The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
|
sequence length |
123
|
structure length |
123
|
Chain Sequence |
KMPASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEANDNTVRVTETIQRFAWRN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
|
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| total genus |
35
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P31 A; 3OA9 A; 3M5R A; 4OPA A; 3P39 A; 3KWG A; 3EE9 A; 3EE8 A; 4OPH A; 3L4Q A; 3O9R A; 3O9T A; 3D6R A; 3RVC A; 3P38 A; 3O9Q A; 2GX9 A; 3O9U A; 3KWI A; 3O9S A; 3F5T A; 2RHK A; 2KKZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RCH A; 2F9W A; 2YHB A; 2G8W A; 3UKU A; 4PHT X; 2YV0 X; 4CCH A; 3HVT A; 2FC0 A; 2ETJ A; 2IOC A; 3LP3 A; 3TI0 A; 1TK5 A; 4FZY A; 5AZI B; 1B9D A; 3D2E A; 4JHD A; 1VQ8 N; 4E0D A; 4CHN A; 4H5N A; 4KBO A; 3A0I X; 3T1H K; 3L2R A; 4JD2 A; 4YDU A; 5C0Y A; 2RHK A; 1C1B A; 3OYC A; 1TV6 A; 1I3A A; 2E5L K; 5FDL A; 3S3N A; 3O08 A; 3L3V A; 2XY5 A; 2VWK A; 4C8M A; 4PWD A; 3EE8 A; 3CFP A; 4DG1 A; 3NGY A; 4FW2 A; 4EIA A; 5BN9 A; 4XIU A; 4BRE A; 4H5T A; 1ZYQ A; 3SNN A; 3HZ6 A; 2X74 A; 3ZX0 A; 4FM2 A; 1KAX A; 4DFJ A; 4WFN L; 5AQW A; 4CFA A; 2GTD A; 3KKR A; 3MMV A; 1XUP O; 2IVP A; 2OPR A; 3I8B A; 3DOL A; 2RPI A; 3W3D A; 4DLG A; 5KPZ A; 2HOE A; 1TKZ A; 3A5N C; 3KIO A; 4FW1 A; 1TL1 A; 3ZSQ A; 1BDG A; 1TYQ B; 5FRM A; 1OH5 A; 4B1Z A; 1BO5 O; 4H4M A; 4QS9 A; 4DSF A; 4Z0U A; 1EP4 A; 4XH4 A; 4BE2 A; 4CJR A; 4EP4 A; 4B8A B; 4DS5 A; 4H0X B; 3MAQ A; 3AVI A; 4H0O A; 4B3O A; 4YOT A; 2D0C A; 2P5O A; 1IBM K; 4IG3 A; 2Q31 A; 1VK0 A; 3SJH A; 4M3Y A; 3CER A; 2IS3 A; 4I7F A; 2QW9 A; 3M6G A; 2QTD A; 4FLT A; 4J8F A; 3UIQ A; 2A1S A; 4CK1 A; 2D0B A; 1Q81 O; 4N47 A; 3CET A; 1RBR A; 2O8F B; 3J7Z O; 3BZC A; 1QSS A; 5C2D A; 1HNW K; 4MQ3 A; 1S1X A; 1BWF O; 4LF8 K; 5KRS A; 5LMN K; 3TWH A; 3HSC A; 3VEY A; 4CJ7 A; 4C8O A; 1VHX A; 2Q0R A; 4IZ9 A; 2Y1I A; 4KRF A; 1SS6 A; 4PKG A; 1TL3 A; 4CJU A; 3BEX A; 4LSN A; 4KTQ A; 2DY4 A; 4K8Z A; 3AVH A; 1WSF A; 1UOC A; 5KPR A; 1S9E A; 3NBP A; 3TTF A; 3LDQ A; 1NK8 A; 1LAV A; 1KLN A; 3V9U A; 3VEZ A; 1WSG A; 5IT9 O; 4OX9 K; 2IDO A; 1LCU A; 3WQU A; 1RGI A; 3SI6 A; 4IEE A; 3LDP A; 3V9Z A; 3CI5 A; 3QBX A; 3ID8 A; 2OA8 A; 5JVH L; 5BPL A; 3U3G A; 3AVK A; 5KGX A; 3MXI A; 2XRI A; 2Q36 A; 3SZ2 A; 4IDH A; 4NO7 A; 3ZX2 A; 4YOW A; 3F9K A; 1NGE A; 2KKZ A; 3N4Q A; 4DTN A; 1C1C A; 4BR9 A; 1YXQ A; 1S72 N; 3S41 A; 2KZM A; 3AGR A; 4FJH A; 1I39 A; 2O8C A; 4GY2 B; 3RR8 A; 2BTF A; 3O80 A; 5HRR A; 4CBX A; 3MN5 A; 4BDZ A; 3VET A; 4PUO A; 5HL7 L; 2HMP A; 1QSY A; 2QWL A; 2E1Z A; 4HTL A; 5JLH A; 2EHG A; 4GW6 A; 3F2K A; 4F2S A; 3MEC A; 3AGK A; 3TTC A; 3RMA A; 4CBU A; 1S6P A; 4IO8 A; 2P9K B; 1SKW A; 2WBN A; 3KVG A; 4DTJ A; 3BZK A; 4CFB A; 2KHO A; 1RT6 A; 1Y97 A; 4YOU A; 1VSE A; 3LDS A; 3O9S A; 1WAF A; 4HWI A; 3VPZ A; 4CFD A; 4KHP K; 1CXU A; 1GLA G; 3E9P A; 3LWL A; 3V81 A; 1BQM A; 3K5N A; 4E1N A; 3P83 D; 4JRP A; 4RW8 A; 3V4I A; 2GEL A; 2YCH A; 4CJW A; 4B9N A; 3H3N O; 4IFE A; 2P9P B; 1U2V B; 3O3F A; 3EN9 A; 3K59 A; 1IKV A; 3CJ1 A; 3K9J A; 3RRH A; 4AH9 A; 4JN4 A; 3EZW A; 1WN7 A; 2V52 B; 4B1Y B; 3QEX A; 1QS4 A; 4JI0 K; 5FPN A; 5I3U A; 1T6D A; 1Q7Y O; 3PLA A; 3OBW A; 3SPY A; 5HOO A; 3NDK A; 4HUG A; 3QNN A; 4BRC A; 4BR2 A; 1YIJ N; 4FOI A; 2PBD A; 3WNH A; 4GMJ B; 4KTZ A; 2P9U B; 1YTU A; 4JV5 K; 4CW7 B; 4H0T B; 4KHW A; 2KQ2 A; 3NHG A; 4JKE A; 2HMI A; 1XC9 A; 3PO4 A; 3MWT A; 1ATR A; 2A1R A; 1HMV A; 4DQ8 A; 4DR7 K; 3PX6 A; 4CZJ A; 4DCH A; 1N8R O; 4CJF A; 2DPN A; 2QWR A; 1CLQ A; 3FZM A; 3VGM A; 2YKM A; 5MLC Q; 3EE9 A; 2D1K A; 2P9I B; 1VSI A; 3T3F A; 3BDP A; 3A5O C; 4CER A; 2FBX A; 4F3T A; 3ZEU A; 1T03 A; 3OYE A; 1E4G T; 2KW4 A; 3HK2 A; 3KJV A; 3CC7 N; 4JI2 K; 5HP1 A; 1Z25 A; 3TAQ A; 2RN2 A; 1QE1 A; 1RCH A; 4GV9 A; 4FZX C; 1X3N A; 2XHB A; 2CGJ A; 5M1F A; 1A5V A; 3CPE A; 3ID6 A; 4RW4 A; 3NCI A; 4B9S A; 1J54 A; 1JLB A; 3QEW A; 3LAL A; 4FOE A; 1WBB A; 5H1S Q; 3O3H A; 3T1Y K; 3SJJ A; 3OYA A; 4FJ5 A; 1ASV A; 4MLE A; 4JLH A; 4GKJ K; 1DTQ A; 1FXX A; 4FLX A; 4ILJ A; 3CFO A; 2O8D B; 3ULE A; 1P8Z A; 3VGK A; 3LDL A; 3DRR A; 4E7L A; 1KVA A; 3DM2 A; 3ZCM A; 4CIE A; 1NMD A; 4CED A; 1GLB G; 2OAN A; 1MA9 B; 4H0V B; 4JI1 K; 3D0P A; 3HP9 A; 3O6W A; 4QOZ B; 3ZSR A; 3ZSW A; 3NAE A; 4E89 A; 4JNE A; 3J80 O; 3C6T A; 4M7X A; 2Q1N A; 3G25 A; 1TKX A; 3LAK A; 2P9S A; 2QWN A; 3CF5 L; 5D3G A; 4FJ7 A; 1S1W A; 4KKO A; 4BDY A; 3J81 O; 3VQP A; 4BC3 A; 2E2Q A; 3I8D A; 4H0P A; 3IKM A; 4CVN E; 1W0H A; 3THW B; 3VQA A; 3R1X A; 5CR4 A; 3WEE B; 4B9Q A; 3KLF A; 1RT1 A; 1NLV A; 2UXB K; 4A2B A; 4LFB K; 3OYL A; 4FO0 A; 4FVU A; 4JKC A; 2G8V A; 3LDO A; 3DLB A; 1EWQ A; 3THX B; 3CCR N; 2Q97 A; 4ZTF A; 4FWK A; 1KXP A; 3DYA A; 1HNI A; 4FJM A; 2W41 A; 4FLZ A; 1VQ6 N; 2HF4 A; 1FKO A; 4WQ5 A; 1VQ4 N; 4YNQ A; 4IXC A; 4JKB A; 4FJX A; 1SL2 A; 1NOZ A; 4FXD A; 4B1U B; 2HST A; 1L3V A; 2GUP A; 5KQD A; 3DOK A; 5AZJ B; 4E19 A; 3UKR A; 2E2O A; 5JVG L; 4ISE A; 4BQL A; 3E9O A; 4CEE A; 4DQP A; 4C8N A; 5AQP A; 3V1R A; 3HT3 A; 4DV3 K; 4H03 B; 5JLF A; 3F73 A; 2P9L B; 1XNQ K; 3WNF A; 2P9N A; 4DR6 K; 3OA9 A; 3ASM A; 1HNV A; 3C7N B; 1EWR A; 3WT0 A; 1TKD A; 4B1X B; 3ZSV A; 1Z6R A; 3QIC A; 2E6M A; 2EWS A; 2OTL N; 4W5Q A; 4H5W A; 3HXM A; 3ATU A; 3PSF A; 4A2A A; 4JI7 K; 1Q8I A; 2Z1H A; 1L3U A; 3SAF A; 4DR4 K; 3DLH A; 1E3M A; 1TKT A; 1K73 O; 1NK0 A; 1C0T A; 3TAM A; 3VF2 A; 1RT3 A; 2HBJ A; 4FZZ A; 2QKB A; 3K5L A; 3EKS A; 1DTT A; 4BDP A; 3G4S N; 3J7Y P; 4BWM A; 1RDU A; 1GLF O; 1GOA A; 3H08 A; 3ZET A; 4B1V A; 3RWU A; 4AF1 A; 4ELV A; 1RT5 A; 1J53 A; 1K6Y A; 4F9O A; 2GV9 A; 2E88 A; 2GBZ A; 1ESV A; 3BF1 A; 4FJG A; 3QFU A; 1MU2 A; 5LL6 Z; 3THV A; 1OH8 A; 4DTS A; 3NGI A; 1LWF A; 3DWL A; 2BDP A; 3ZSZ A; 3VQ4 A; 2HHU A; 4BQZ A; 1HYZ A; 1YJN N; 1Y64 A; 3SBT A; 3OW2 M; 1NKE A; 1NU0 A; 2UUC K; 3FGU A; 1RDC A; 1QQO A; 3GG4 A; 3P5J A; 4R79 A; 3HP6 A; 3TAP A; 4FLW A; 3V9W A; 4CJV A; 4CZI A; 1NK4 A; 4FLV A; 3OJU A; 4DTX A; 4CJT A; 3OYN A; 2D5R A; 3HO1 A; 4B3R K; 3A2F A; 4M3R A; 5AQS A; 3L2U A; 2UU9 K; 4CEB A; 2ZGY A; 4E7K A; 2KLA A; 4FJK A; 2HHW A; 4CK3 A; 3RSE A; 1SZ2 A; 1JCG A; 3HL8 A; 5HBM A; 1X3M A; 1BL3 A; 1V4T A; 2BE2 A; 4OGE A; 1HJR A; 4BR0 A; 1W97 L; 2E8A A; 5AQN A; 4FCY A; 4CJ4 A; 5C24 A; 1X9W A; 3KKS A; 5LY3 A; 3SMS A; 4WE1 A; 4JS5 A; 2GWK A; 3QLH A; 2E1Y A; 4Y1D A; 4YY3 K; 5GIN A; 4EZ6 A; 1HUX A; 4ISF A; 3PX4 A; 3CME N; 2FXU A; 4CZF A; 4LF5 K; 4BRN A; 1MWK A; 4Q5V A; 4DQQ A; 2GUI A; 3LM2 A; 3Q7B A; 4CGI A; 3HOT A; 1BGX T; 4E1J A; 4E3S A; 3L0Q A; 4NXM K; 2NRZ A; 4CE9 A; 3D6R A; 1NJY A; 1R59 O; 3ATV A; 4H5V A; 2V7Y A; 1WSI A; 4FSV A; 1O13 A; 3ZSY A; 1VAZ A; 2PAV A; 1JLQ A; 3VN5 A; 3RRG A; 3FR0 A; 1FK9 A; 2IGI A; 3SUP A; 1U48 A; 3E66 A; 3VTH A; 3M8P A; 1S1U A; 4BWJ A; 2FSJ A; 1REV A; 1S1T A; 3HBT A; 1HPZ A; 1B92 A; 1GLL O; 1K8A O; 1IG9 A; 2YNI A; 4BC2 A; 1YTA A; 1JLE A; 4EAH D; 3KK3 A; 3CC4 N; 4Z4F A; 3DLG A; 2IIR A; 1J5E K; 5ADX A; 1HNZ K; 1S1V A; 3D2F A; 3OYM A; 3HPO A; 4Y1C A; 1QQC A; 4MLH A; 3UB5 A; 4DUY K; 4CZK A; 4DKW A; 1L3S A; 4JYA K; 3IMX A; 1K8K A; 3VQB A; 3I33 A; 3P39 A; 3P4I A; 1X9J A; 2HHV A; 1RBV A; 4BVP A; 1NWK A; 1C0U A; 5BRH A; 4PA1 A; 1RDW X; 5IWA K; 3C0B A; 2VG6 A; 3AVC A; 5JIC A; 2E20 A; 4DFK A; 4CZL A; 3CG7 A; 2ZJQ L; 3OBY A; 4FPB A; 4YOY A; 2R7Y A; 2NRV A; 5KI6 A; 3QBW A; 4ID5 A; 4KFB A; 2WFB A; 1JCE A; 5C12 A; 1KSP A; 1KVB A; 1BI4 A; 1J9A A; 3OHR A; 4CF1 A; 3IG1 A; 4OVL A; 3CCV N; 2YNH A; 4NYF A; 4RW6 A; 1VQP N; 4YOR A; 3K58 A; 3PY8 A; 1W9H A; 2O8B B; 4FPA A; 4PQU A; 3AO2 A; 4IFV A; 4DTO A; 4CJ3 A; 2QWQ A; 1LW2 A; 5BR8 K; 3H1V X; 4BRH A; 4DTP A; 3QEP A; 5AQF A; 4K42 A; 4FJL A; 4DU4 A; 3HPH A; 2NRT A; 2HND A; 3AA2 A; 3K0S A; 2J4R A; 1VQL N; 4DMN A; 3DRS A; 4Z4I A; 4OKJ A; 1NGJ A; 4BGA A; 3DAW A; 2VWJ A; 4F4K A; 3L6Q A; 3JAM O; 4M3T A; 4RG8 A; 4FJJ A; 2YJF A; 2YHY A; 1WNS A; 1VRT A; 4IO9 L; 1EET A; 3VQE A; 2HVH A; 3VEW A; 3O1B A; 1D4X A; 2A3Z A; 1N36 K; 2Z1G A; 3WQT A; 4CHY A; 3D7E O; 3C65 A; 5AQT A; 4KH6 A; 3U9Z A; 3TAG A; 2ASM A; 5J1E A; 5DM6 L; 1YVU A; 3WXI A; 5AQI A; 4DSI A; 4CHO A; 4JAX A; 1R0A A; 1SL0 A; 3VQQ A; 4WQ4 C; 3FE1 A; 4N76 A; 3QNO A; 3W0L A; 5AQQ A; 1Q82 O; 2G8H A; 1HNX K; 3TSP A; 4R5P A; 5LJW A; 2QWP A; 4H5R A; 5C2F A; 5ADX H; 3TAN A; 4K25 A; 3K5O A; 4OPH A; 3AVN A; 1YHQ N; 1FW6 A; 4E7H A; 2JLE A; 3FZL A; 3QER A; 2ITM A; 1IBK K; 4F8R A; 2YJE A; 4O8U A; 4AHC A; 4M41 A; 3SV3 A; 2OZM A; 3NF8 A; 3KWI A; 1G15 A; 3MN6 A; 1BIZ A; 3VEV A; 1X9S A; 4LF9 K; 3EY1 A; 4BRL A; 3LM9 A; 3MX2 A; 1QQM A; 3G10 A; 3MDQ A; 3H46 O; 3DI6 A; 4K41 A; 1NJI O; 4JI5 K; 1N33 K; 4ZHR A; 4IJA A; 4K0K K; 5FPD A; 3CCJ N; 2KFN A; 3O4Q A; 4CJK A; 3OYD A; 4BC5 A; 3EYZ A; 3BY5 A; 3O9U A; 3C94 A; 3J8A A; 3M3Z A; 3OY9 A; 3SLC A; 1BOT O; 3HOS A; 1KTQ A; 4HVJ A; 3LP2 A; 3H3O B; 4CJS A; 1DT9 A; 3I0S A; 3VEO A; 4B9M A; 3DLR A; 2P1J A; 4E7I A; 4BVO A; 2Q2R A; 5LMU K; 3SK3 A; 3H6E A; 2BH1 A; 4J2A A; 3ZSX A; 1CZA N; 3AAQ A; 3L4Q A; 4CJQ A; 3VGL A; 1ZBI A; 3SCX A; 4PKI A; 4I6M B; 1Z26 A; 3IRX A; 4H0Y B; 5LJV A; 2QK9 A; 4CJ5 A; 3AAP A; 1ZXO A; 1NGA A; 3THY A; 3EEQ A; 2IC3 A; 5FRO A; 3VQ6 A; 3PUF A; 3RTV A; 4C8L A; 4MO5 A; 1EXQ A; 3MED A; 3SMP A; 3CJ7 A; 3BP8 A; 3HI0 A; 3ISN C; 3SUO A; 1IBL K; 4DSL A; 1NGD A; 4DQS A; 3V1O A; 1NGF A; 5GIP A; 4FJN A; 4LFA K; 1RDD A; 4JKG A; 4O5B A; 2XY7 A; 4OLB A; 1VSL A; 3AVG A; 4B3M K; 2CGK A; 3QIN A; 3A8Y A; 3GE1 A; 4B3S K; 4B3T K; 2W40 A; 3OYH A; 3V6D A; 4H4O A; 1ZBS A; 2YHA A; 3TAR A; 3MEG A; 4EFH A; 4DWI A; 1TK0 A; 3L2V A; 1V4S A; 3LP1 A; 1KQS M; 4M3X A; 4DQR A; 2ATQ A; 3OJS A; 1I94 K; 4LF6 K; 1NGB A; 4NLC A; 1Q9Y A; 1ZBF A; 1JL2 A; 4FJI A; 1GLJ O; 4DTR A; 3VQ7 A; 5AZI A; 4DV2 K; 1LV5 A; 3AO3 A; 3CJC A; 3IDH A; 5BR9 A; 5GAH P; 4C1N K; 4FLU A; 2HBK A; 3CCE N; 4BR7 A; 4DHY A; 1NNE A; 3ZT3 A; 3ZLJ A; 1QSL A; 1T8E A; 4IOC L; 3ZT0 A; 4HCC A; 3ALY A; 4O4G A; 1DKG D; 2PFU A; 3RMD A; 1D8Y A; 3HVR A; 4E1M A; 4IFY A; 2HB5 A; 3DXK B; 1QVG M; 3R6M A; 4FWR A; 4M63 C; 4O8K A; 1RTJ A; 3ZT4 A; 3HPG A; 4XH5 A; 2O8E B; 3A5L C; 3QDK A; 2Q3S A; 2FBY A; 3TAB A; 4G9Z A; 3V1Q A; 1SL1 A; 1IH7 A; 4DLE A; 1CZB A; 1JXE A; 1VSH A; 3DLL L; 1TYQ A; 3WXL A; 2BGG A; 1SQK A; 1JL1 A; 2HBL A; 3PO5 A; 3HRG A; 1XWL A; 5E84 A; 4FM0 A; 3H45 C; 2X78 A; 3CQY A; 2I7N A; 5AJ3 K; 5AQK A; 5JS2 A; 1B9F A; 2ZQB A; 1KCF A; 1Z05 A; 4F3O A; 1MWM A; 3LPU A; 3OS2 A; 2B4J A; 2FSN A; 3DXM B; 5HRN A; 3E01 A; 1ITG A; 3V9X A; 1YF5 L; 4B08 A; 3VQ9 A; 4DV0 K; 1KD1 O; 4B9U A; 3MX5 A; 5GAG P; 4NLB A; 4EP5 A; 3PV8 A; 4TSX A; 5C15 A; 2Q0U A; 3SYZ A; 3S9H A; 4CZE A; 1BCO A; 1HPM A; 2HVI A; 3DMJ A; 3PSI A; 2PYL A; 2O8F A; 5CE3 A; 3M8R A; 1NG9 A; 3ITH A; 3UKU B; 1D5A A; 1WBD A; 2YNF A; 1TK8 A; 3KTQ A; 5GIO A; 1VQK N; 1BA0 A; 1K9M O; 3RR7 A; 3ZT1 A; 1QZ5 A; 3D2E B; 4JHD B; 3KLG A; 2RKI A; 4DTM A; 5BRF A; 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