The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
123
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structure length |
123
|
Chain Sequence |
KMPASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAIMDKTIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKNAIGVLIGGLEANDNTVRVTETIQRFAWRN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structures of the NS1 effector domain from highly pathogenic influenza A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) virus
rcsb |
| molecule keywords |
Nonstructural protein 1
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
31
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P38 A; 3O9U A; 4OPH A; 3M5R A; 3O9R A; 3OA9 A; 3O9S A; 3EE8 A; 3P31 A; 2GX9 A; 3F5T A; 3O9T A; 3KWG A; 3D6R A; 3L4Q A; 3EE9 A; 3RVC A; 3O9Q A; 4OPA A; 2KKZ A; 2RHK A; 3KWI A; 3P39 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OPH A; 1YTA A; 1BCM A; 4BC2 A; 4NXN K; 3AO1 A; 2JGU A; 3QLH A; 3L6Q A; 4H0X B; 4EZ6 A; 1GLC G; 1U48 A; 3CJ9 A; 1BGX T; 4H0O A; 2PY5 A; 2E4L A; 3SBG A; 4XEI A; 1NJZ A; 3R6M A; 2ITM A; 3L2Q A; 1HKC A; 3NCI A; 1SKR A; 1Q8I A; 3D2E B; 1VQN N; 1KD1 O; 1SZ2 A; 4WFB L; 1C0T A; 3KK3 A; 3I33 A; 2P9P B; 1TKD A; 5I3U A; 1JCE A; 3ULE B; 3DXM B; 3O9U A; 4FLV A; 2P9I B; 3V1R A; 1TUY A; 3ZYY X; 2OPP A; 4OGE A; 5GIP A; 3SV3 A; 4X66 K; 5KGX A; 4IG0 A; 1RDD A; 4V19 S; 1TYQ B; 1ATS A; 3BUZ B; 5AQX A; 4YY3 K; 1J53 A; 2QA4 N; 2HMI A; 1ESV A; 5CZ1 A; 4F8R A; 3OYN A; 4WF9 L; 4DFM A; 1UWB A; 4JI1 K; 3T69 A; 1LAV A; 4K8X A; 2X78 A; 1XC3 A; 4AF1 A; 4X64 K; 2E2P A; 4JI0 K; 4JI7 K; 4FO0 A; 2FC0 A; 4CJ4 A; 3DAW A; 3ASM A; 4KTQ A; 5GAH P; 3H45 C; 1JKH A; 3CME N; 4ISG A; 2D0O A; 3WXM B; 2A1R A; 2FF6 A; 3ENH A; 1BIZ A; 3MK6 A; 5LJW A; 4CJ5 A; 4FWN A; 4BR0 A; 3RR7 A; 2J4R A; 3LDS A; 4FJ9 A; 2E8A A; 3QIN A; 2QEX N; 1FJG K; 5BR9 A; 3ATU A; 2G8V A; 4BQL A; 1VSL A; 3KHY A; 2YKN A; 5AZI A; 5AQK A; 3O80 A; 1RT6 A; 3OTO K; 1JLC A; 2D0C A; 2UXC K; 1NK6 A; 3UE5 A; 1C1C A; 2QTD A; 4FM2 A; 2QKB A; 1WAJ A; 4ID5 A; 1NWK A; 3ZSW A; 5AQR A; 1K8A O; 4BDP A; 5C2F A; 3MCP A; 5AQW A; 1NK0 A; 2HHX A; 2E2Q A; 1NM1 A; 3O9R A; 3AO5 A; 4W5O A; 2YJE A; 5K14 A; 4BQZ A; 1WB9 A; 4JHD A; 4YOV A; 1NK7 A; 3AO4 A; 4LD0 A; 1BIU A; 4JS4 A; 1IKY A; 4JI2 K; 1ASW A; 1C0F A; 4B1X B; 4IEI A; 4ID1 A; 3CFO A; 3VQQ A; 2O8E A; 2DFF A; 4OLA A; 4IJN A; 4IDK A; 2ZWH A; 1XMO K; 1W0H A; 5EXW A; 3FZK A; 1X9J A; 3K9K A; 4E1N A; 1RT4 A; 2YHX A; 3MDQ A; 4MFB A; 4BR7 A; 1HRH A; 1NK9 A; 4B1Y B; 4JK9 A; 3P31 A; 3ZSQ A; 4BE0 A; 3HBT A; 1K8K B; 1N36 K; 1NJI O; 4PL8 A; 2E1Z A; 3L4Q A; 4H03 B; 2O8D A; 5JIC A; 1XNQ K; 3VGL A; 4CZF A; 1KTQ A; 5GAE P; 2BH1 A; 5GAD P; 1S3X A; 3CJC A; 4Z94 A; 1S9G A; 4AQY K; 3EY1 A; 4BRG A; 5BN9 A; 4FL9 A; 4RW9 A; 1UA1 A; 1QE1 A; 2YNF A; 3CFP A; 1QSL A; 4EZ9 A; 3SK3 A; 4E7I A; 2O8F B; 1VQK N; 1W9H A; 2UUC K; 3VTH A; 3P4I A; 2O8B A; 5CE3 A; 5AQL A; 4DV7 K; 3I8D A; 1QQO A; 1NGI A; 2ASM A; 4NO7 A; 2O8C B; 5KGW A; 3T7Z A; 4QS9 A; 2I7P A; 1BWF O; 4UQG A; 3VQ6 A; 4RW8 A; 3EKS A; 4CGF A; 3SMP A; 1NGA A; 4BRK A; 4BE2 A; 3VF2 A; 2G8U A; 3SJH A; 3U9D A; 1WOQ A; 5GIO A; 4LF8 K; 3HTV A; 3AA4 A; 3QIP A; 1Q86 O; 4B8A B; 4BC4 A; 1KAZ A; 4CED A; 3IFR A; 4B3T K; 2E2O A; 4O4G A; 3TR8 A; 1EP4 A; 5KTQ A; 3CC4 N; 2ASP A; 3NF9 A; 1BOT O; 4CJF A; 4CF0 A; 1OH7 A; 4G9Z A; 2HHV A; 2OAN A; 4DV3 K; 4FJX A; 3ENO A; 1T7P A; 1DEJ A; 1KLN A; 1HKB A; 1VSM A; 2D1K A; 4DSL A; 1X3N A; 3J7A P; 3VMF B; 3A0I X; 3CER A; 1GOB A; 1RBR A; 1CZB A; 3AY9 A; 2XO7 A; 4B9M A; 3HZ6 A; 3MN5 A; 5AZJ A; 4C23 A; 5AQS A; 3M8P A; 3KIO A; 2EWS A; 3NVK A; 3LAN A; 1JLB A; 2BUP A; 3TAQ A; 4PUO A; 3DRP A; 5GAG P; 1RT2 A; 4DFP A; 2G8K A; 3J81 O; 3LZJ A; 2NRV A; 2BGG A; 3EYZ A; 3HT3 A; 3FZL A; 1NGF A; 5M1F A; 1JL2 A; 5BRH A; 3O5B A; 2Z1G A; 4B3R K; 4K41 A; 3IRX A; 1ZXO A; 4AHU A; 5DM6 L; 3VA0 A; 2A3Z A; 4OKE A; 4BC3 A; 4NCA A; 3AA3 A; 2D0A A; 3C94 A; 4A57 A; 3KK2 A; 4AHS A; 4O0I A; 3CCE N; 3EEQ A; 3M6G A; 5BPL A; 5C10 A; 1RTH A; 1ATR A; 3M3Z A; 1S1W A; 1SL1 A; 4BY9 C; 4FJH A; 1GLD G; 2OPQ A; 3U9Z A; 4B9L A; 2P9K B; 2NRW A; 1NOZ A; 3MN9 A; 2FSK A; 4IO8 A; 1HJO A; 2P9U A; 2CGJ A; 1M90 O; 3P83 D; 3HYF A; 1QTM A; 3CQX A; 4NLB A; 3LWL A; 4M3R A; 2VWK A; 3VQA A; 4M3T A; 1ZBL A; 4Z0U A; 1SKS A; 4DHY A; 2YNH A; 4CK1 A; 3ITH A; 3TTD A; 3OVN A; 3AV9 A; 3OJS A; 2VG7 A; 4A5B A; 3C6U A; 1KAY A; 1N32 K; 1IO2 A; 4CJK A; 3SUN A; 4FJ8 A; 4GVM A; 3WQT A; 1NNE A; 3WXJ A; 4CJV A; 2BDP A; 3K5L A; 4CIG A; 1LCU A; 3OYG A; 4KH4 A; 4JI4 K; 1IKW A; 3KZB A; 3SCX A; 3EZ5 A; 3NGY A; 4FLY A; 4IBN A; 1YJ9 N; 3MX2 A; 1VRU A; 4CEB A; 3VES A; 4KO0 A; 3DLB A; 4B1Z A; 5J1E A; 4H0Y B; 1ITG A; 2NRR A; 3DLK A; 4MDA A; 5J2Q A; 4B1W B; 4J8F A; 4M42 A; 3VQ4 A; 4DLE A; 3V1O A; 3TI0 A; 1L5U A; 3H3N O; 1UA0 A; 4Y1D A; 4CZM A; 2P9S A; 4QOZ B; 4CGG A; 1N8R O; 3M5R A; 2FSN A; 2XY5 A; 3LDN A; 3L2R A; 4BR9 A; 3IDH A; 4PY5 A; 5AQG A; 4FLU A; 4BRP A; 4BWJ A; 1J5O A; 3UB5 A; 2FF3 B; 3RMB A; 4Z4F A; 2YX6 A; 5AQP A; 4JYA K; 4YDU A; 2F96 A; 1YIT N; 4GKJ K; 3KKR A; 1KFS A; 1E4G T; 2FBY A; 1Z05 A; 3QNO A; 3E66 A; 3ID6 A; 4TSX A; 1HNW K; 3QES A; 4JEP A; 2CH6 A; 4CFB A; 4LF5 K; 3TAB A; 3F73 A; 1K9M O; 4B9U A; 4FOE A; 2P1J A; 3CIP A; 1X9W A; 4Q0B A; 4B8C A; 3V9S A; 1HQU A; 4C8L A; 4M41 A; 4M45 A; 4FK2 A; 4XH1 A; 1VSE A; 3THW B; 3OYC A; 2IGI A; 5AR0 A; 1S6Q A; 3V81 A; 5AQN A; 4PL7 A; 4BG8 A; 3VEW A; 1U2V B; 3LDQ A; 3EZW A; 5CY4 A; 3CPE A; 1R59 O; 3BEX A; 3UKR B; 1YT3 A; 4KBO A; 3CMA N; 1YHQ N; 1VQ4 N; 3AVG A; 1HJR A; 1S72 N; 3AVC A; 2NLX A; 3SUQ A; 4FLX A; 3D2F B; 1LWE A; 3AA2 A; 2G8I A; 3VQ7 A; 2JWK A; 4OKJ A; 1JLE A; 1EXQ A; 1HYV A; 1H1V A; 1DKG D; 4CHY A; 3G10 A; 3TSP A; 2QWO A; 4H5N A; 4RW6 A; 1SAZ A; 5C25 A; 1SS6 A; 3TAM A; 3SAG A; 1OVY A; 5HP1 A; 2GBZ A; 4I6M B; 3CJ7 A; 1W7A A; 1Y64 A; 3THY A; 5T7B A; 1JL1 A; 2NNW A; 2HHW A; 3SQ0 A; 1TK0 A; 3T1A A; 4LH5 A; 4E1M A; 2KKZ A; 2PFU A; 2OCE A; 1XQS C; 3HPH A; 4NYN A; 3JAM O; 1G15 A; 4DR1 K; 3ATV A; 3K9J A; 4A62 A; 2DFH A; 5CYQ A; 2WON A; 4DR6 K; 3NMU A; 1C0M A; 1YUW A; 4RTF D; 3PY8 A; 4Z4H A; 3CM5 A; 1WSF A; 3PSF A; 5HRS A; 4C8K A; 3OYF A; 4AHR A; 3UIQ A; 2CGL A; 4MO5 A; 2QKK A; 1WSJ A; 4YHH K; 3MAQ A; 5FRN A; 4LY7 A; 5KQD A; 3DLH A; 2Y1J A; 2WOM A; 1KQS M; 4RW7 A; 2ZE2 A; 3TTC A; 4B9N A; 1VK0 A; 3L2V A; 2NRH A; 1S22 A; 1QHA A; 1BQN A; 3VEX A; 1NKB A; 3BF1 A; 4DU4 A; 3DMJ A; 1QQM A; 4DS4 A; 4NCB A; 1RFQ A; 2RKI A; 1QHT A; 4EIA A; 3OW2 M; 3ZET A; 2NRZ A; 4OPA A; 4IO9 L; 3GBT A; 3T3F A; 2OZM A; 3OBW A; 1CZA N; 4YOT A; 5CZ2 A; 2RPI A; 3D7E O; 3RWU A; 3ZLJ A; 3BZC A; 3GE1 A; 3AVH A; 4DLG A; 4DR7 K; 4YFU A; 5AFU H; 2LSN A; 4LH4 A; 3SAH A; 4OGC A; 3VOV A; 1QQN A; 4GV9 A; 2QWL A; 3K2P A; 5ADX A; 3ZT4 A; 4N76 A; 4CBW A; 1FXX A; 4Z4C A; 3B6P A; 4KTW A; 4BRF A; 4CD3 A; 2A41 A; 4ZHR A; 2PZS A; 2A6A A; 1WAF A; 1ZC6 A; 3OS1 A; 4A2A A; 3QEX A; 4G1Q A; 4C8N A; 1NJW A; 1HYZ A; 1EO1 A; 3M8Q A; 2HVI A; 4CF8 A; 3IG1 A; 3ZSR A; 2GTD A; 4IDH A; 4JAX A; 3T19 A; 2GUP A; 3CF5 L; 5EVZ A; 1N33 K; 4Z4I A; 4PQU A; 3ZT2 A; 1B9F A; 3AVB A; 4ILJ A; 4HVJ A; 3A2F A; 4U7B A; 1IBL K; 1QVF M; 1BDG A; 3E9O A; 3KKS A; 1IG9 A; 2RN2 A; 3SAF A; 4FK4 A; 4FLW A; 1D8Y A; 3CET A; 1KSP A; 4KAZ A; 3E1Y A; 3OS2 A; 3G6E N; 5HRR A; 3MEC A; 3QEV A; 3VPZ A; 1N34 K; 1TL3 A; 3WNG A; 5C2D A; 3VQ8 A; 3OHR A; 4KHS A; 4DR4 K; 3KWG A; 2O8C A; 3O4Q A; 4FVM A; 1OH5 A; 5M1K A; 4FYD A; 2AJQ A; 3I56 N; 4PKH A; 4JS5 A; 1A5X A; 4F9O A; 3B8A X; 1JXE A; 2BE2 A; 4JKB A; 2OYQ A; 1C6V A; 3V4I A; 4B9Q A; 3NFA A; 2KFN A; 4DR5 K; 3O1W A; 1U45 A; 1WSH A; 4H4O A; 3S9H A; 5FPM A; 4IWV A; 3TPQ A; 3R1X A; 3G71 N; 3HXM A; 3C95 A; 4PA1 A; 2X6N A; 4DQ8 A; 4IFY A; 3BP8 A; 4PHT X; 3KLH A; 4DQS A; 2VG5 A; 4EFH A; 5I9E B; 2GWJ A; 1S1T A; 1HNZ K; 3CI5 A; 3QEW A; 1JJ2 M; 4DUZ K; 4JKD A; 3U4L A; 3O9T A; 1LW0 A; 4B9V A; 3AVA A; 1TVR A; 4EHU A; 1MA9 B; 5HRO A; 3C7N B; 3VF4 A; 4BDY A; 5J2M A; 4O0J A; 3VEZ A; 4KRF A; 2PBD A; 3LP0 A; 4U67 L; 4I9Q A; 4DQR A; 4FJN A; 4WFA L; 4N41 A; 4IOA L; 3Q7C A; 2XY6 A; 3SBT A; 2KFZ A; 3AGK A; 1T03 A; 2B6A A; 1BU6 O; 3D6R A; 3QIO A; 4QS8 A; 4GKK K; 3HPO A; 3LL3 A; 4E1J A; 4FJ7 A; 4M3Y A; 2IVO A; 2FSJ A; 2P5O A; 1TAU A; 3I55 N; 5E41 A; 4BRN A; 4X62 K; 1BQM A; 1TK8 A; 1L3U A; 4MDB A; 4OJR A; 3FGU A; 4H4M A; 1C0U A; 2KZZ A; 3U8X A; 1VQ5 N; 4KH5 A; 4A2B A; 4M7X A; 1ZBF A; 1KFD A; 4JKG A; 2P9N B; 3EE9 A; 3JS6 A; 2KW4 A; 4CHN A; 4Y1C A; 5EU7 A; 4FW1 A; 3OJU A; 4XIU A; 1A5W A; 5HL7 L; 5BPM A; 3CD6 N; 4MO4 A; 2W42 A; 1VSJ A; 4DFK A; 4KB1 A; 3RMC A; 2NRX A; 1HMV A; 3V9X A; 2OTL N; 3BF3 A; 4CI6 A; 4JI3 K; 3OYA A; 4DV2 K; 3VQ5 A; 1TL1 A; 2IAJ A; 2Q0U A; 5AQV A; 1ASU A; 4JV5 K; 3VEO A; 1TUU A; 1WSG A; 3PLA A; 2NRT A; 2UUA K; 1S1X A; 3D0P A; 4CEE A; 1U47 A; 3GL1 A; 4JK7 A; 4CIE A; 4DF8 A; 1KVC A; 2IDO A; 4YOU A; 1CZ9 A; 3CCJ N; 4CHO A; 1W2B M; 4LFC K; 3HOT A; 3SNN A; 4JN4 A; 5JVG L; 4YOX A; 4KTZ A; 2QK9 A; 4CW7 B; 4FXD A; 3H3O B; 2ZJQ L; 3AGR A; 1IJJ A; 1NK4 A; 3VA3 A; 5KRS A; 2ZJP L; 2E2N A; 1KCF A; 3O3H A; 5C24 A; 4OVL A; 3THX A; 1M1K O; 4OO1 J; 3UKU A; 1IV0 A; 3CM6 A; 4FWK A; 3FLC O; 4HWI A; 2AA4 A; 3QFU A; 2HVH A; 1DTT A; 3R8E A; 1YTU A; 3IAY A; 4M3X A; 4BRE A; 1C1B A; 3H6E A; 1X9M A; 2QWR A; 1Z25 A; 5KI6 A; 1KAX A; 4W5T A; 1Q7Y O; 2IC3 A; 2Q36 A; 3O9S A; 1ILY A; 1BUP A; 2QWQ A; 1WUA A; 3QB0 A; 3THV A; 4JI8 K; 3THW A; 2I5J A; 4CJU A; 5M1N A; 2DTU A; 2YV0 X; 3PX4 A; 3OYI A; 4JK8 A; 2PYJ A; 4BRL A; 1EWR A; 4HUF A; 4GV3 A; 3AVF A; 1KRP A; 2HHH K; 3FZF A; 5AQU A; 3HI0 A; 4B9S A; 3UKR A; 2GUI A; 1XHX A; 2R7Y A; 4LSL A; 1T6C A; 1VAZ A; 2X6S A; 4W5Q A; 3DXK A; 4CJP A; 4BRH A; 4YNQ A; 1Z6R A; 1E3M A; 4E0D A; 1VQO N; 4MLH A; 1LAW A; 3CC2 N; 3M8R A; 4DSK A; 5C0Y A; 3QDK A; 4BVP A; 4FJL A; 3GG4 A; 1IKX A; 1R0A A; 4CER A; 3L3V A; 1XNR K; 1P90 A; 5F1X A; 4FJJ A; 2IVN A; 1RNH A; 4LF6 K; 1NK5 A; 1MU2 A; 2XHB A; 1YJN N; 2F7T A; 1BA0 A; 2HF3 A; 4DB3 A; 3HK2 A; 3DYA A; 3AA5 X; 4E7L A; 3G25 A; 3GOI A; 5JLF A; 3I0R A; 1V4S A; 4B1V A; 3DLL L; 1VSK A; 2VGM A; 3K5O A; 1D4X A; 1CXU A; 1BL3 A; 3L3U A; 3O1B A; 3VET A; 3RMA A; 1RT5 A; 3S3O A; 2EX3 A; 1RDW X; 1RBT A; 4IFE A; 1P8Z A; 4KFB A; 4N47 A; 4F2R A; 3CJB A; 3IKM A; 4NB4 A; 3KLI A; 5AQM A; 3L4I A; 1YJW N; 4HUG A; 4NXM K; 1IBM K; 3CCV N; 2F8S A; 3OYD A; 1BG3 A; 3NF6 A; 1KVA A; 1NU0 A; 3AVJ A; 3OBY A; 2P9L B; 4BGB A; 4JHD B; 2IVP A; 1XUP O; 3KD1 E; 5LY3 A; 1BO5 O; 3J7Y P; 2O8E B; 4JI6 K; 3LAK A; 1T05 A; 3NAE A; 4FZZ A; 1I3A A; 3PX0 A; 5SWM A; 4B3O A; 1LW2 A; 1NLV A; 4AHT A; 1CXQ A; 5FRM A; 4CEA A; 3C6H A; 4KHN A; 4FM0 A; 3WQU A; 3U3G A; 1DT9 A; 5AQY A; 1RT3 A; 2UXD K; 3VEN A; 2KZM A; 3QFP A; 3F9K A; 1NOY A; 2O8D B; 1WN7 A; 2HMP A; 1U04 A; 4KHQ A; 1ZBH A; 4CEO A; 1RT1 A; 1EWQ A; 4CHQ A; 1KLM A; 1HNV A; 1WNS A; 1S6P A; 3RSE B; 3WEE A; 4CES A; 1NGD A; 1UOC A; 3MXM A; 1T44 A; 4KHU A; 1T3V A; 1X9S A; 3LM2 A; 4H0T B; 4CHP A; 4QCL A; 3LDO A; 1KVB A; 1RCH A; 3LP1 A; 4AM6 A; 2O8B B; 1K6Y A; 5JVH L; 2GWK A; 2QWP A; 4KB0 A; 5B8H A; 2JWL A; 3MED A; 4OX9 K; 1D9D A; 3DJC A; 3OA9 A; 1RTI A; 4LF9 K; 2YJF A; 3WXI A; 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