3P83D

Structure of the pcna:rnase hii complex from archaeoglobus fulgidus.
Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
SPEFPGRLMKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQKTLDDF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (2-8)TIV1 (7-10)TIV5 (102-105)TI1 (9-12)AH5 (107-118)AH1 (27-33)TVIII1 (12-15)S2 (17-24)EMPTYTVIII2 (24-27)AH4 (78-93)AH3 (66-73)TIV2 (34-37)TIV3 (35-38)TI2 (38-41)O1 (24-57)TIV4 (37-40)S3 (57-64)AH6 (133-157)TI3 (73-76)S5 (121-126)S4 (97-102)3H2 (128-130)TII1 (125-128)AH7 (168-180)TIV6 (160-163)TI4 (164-167)TI5 (184-187)TI6 (188-191)AH8 (192-198)TVIII3 (95-98)AH2 (43-56)3H3 (202-204)Updating...
connected with : NaN
publication title PCNA directs type 2 RNase H activity on DNA replication and repair substrates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase sliding clamp
molecule tags Hydrolase/dna binding protein
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 78
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence E, F
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p83D00
4G1QA 4ELVA 4FW1A 4IFYA 1WSIA 2Z1IA 3V1OA 2A1RA 5I42A 1O1WA 3E01A 4DFMA 1X9WA 2Y1JA 2F8TA 4BDPA 3SUQA 2R7YA 4KI6A 3P83D 4DSLA 1QSLA 4DF8A 4B08A 4FLUA 2XHBA 1C0UA 4YFUA 3KLHA 3SNNA 1GOBA 1TGOA 1SKWA 4LD0A 1CXQA 3DMJA 5JS2A 2OPPA 4OPKA 4DU4A 4E1NA 3TAMA 3L2RA 4NYNA 4FJIA 4C8MA 4RW9A 3RMBA 1FK9A 3RMDA 3F9KA 3AVFA 1TV6A 3OYMA 2HVHA 2HHUA 4FK2A 1BI4B 1TKXA 1RTJA 1XI1A 4J2BA 2G8HA 2ZE2A 4OKEA 4AHCA 1SL1A 3QEIA 4NCBA 3MECA 1KRPA 3ZT4A 4FJHA 3AVCA 3AO2A 3NGIA 2Z1HA 1T05A 2YKNA 1J54A 3NFAA 4DTUA 5HLFA 3CQ8A 1KLNA 3VQ5A 4DQRA 3LZJA 3NGZA 2B5JA 1BQNA 3K58A 2VG5A 3I8DA 1S6PA 4CFDA 4FJ9A 4K8ZA 3L8BA 2BANA 5K14A 3AVLA 5J2PA 4MQ3A 1KTQA 2RN2A 3WNFA 4CECA 4CIGA 1UA0A 4IBNA 4M3WA 4CEZA 1J5OA 2GUIA 2PZSA 4IDKA 1JLCA 3TARA 2O4GA 3G0ZA 4ZTJA 1RTDA 4Z4GA 2G8VA 4FJNA 5HRNA 2E6LA 1RNHA 1NK4A 3KK2A 1SL2A 1IO2A 3NH2A 4FJGA 3L2VA 1TKZA 4KTQA 1YTUA 1N6QA 4W5RA 1RT2A 3NBPA 4ZTFA 1RTIA 4KHQA 2QKKA 1S1WA 1RT7A 4DS4A 3AVAA 4PA1A 3I0RA 1S1XA 1QE1A 4KAZA 4I9LA 1S9EA 5J2MA 1RT4A 2WOMA 4CFAA 4I9QA 1GOCA 3ZSQA 3SV3A 1W0HA 2HB5A 1VRTA 4KHWA 4E3SA 2QXFA 4BE0A 1KVBA 1L3UA 2X6SA 4C8LA 2OZMA 4C8OA 5KI6A 3MEEA 3HM9A 4OGEA 3TAFA 1BIUA 4OJRA 3HJFA 2FBTA 1NK9A 1EX4A 4Q0BA 3ZSVA 5HRSA 2KTQA 3VQ7A 3ZT3A 4B9VA 1RDCA 3OY9A 1RDBA 4F3TA 2P5OA 3DYAA 3L2WA 4OLAA 4KHUA 4CJ3A 3VA0A 1VSEA 4CJUA 3PX6A 4LSNA 3OYGA 3F73A 3SUOA 3BDPA 2NUBA 3K5NA 1NKCA 2DTUA 1S1UA 1U04A 2IGIA 3TWHA 3DLEA 3KLGA 3M8QA 4M3RA 4DSJA 4H4MA 1D8YA 4QAGA 4OPJA 3ZSYA 4EP5A 1X9SA 2F8SA 4FXDA 4BACA 3OJUA 2X74A 3OYNA 4DSKA 3KD1E 4HCCA 1NKBA 5J2QA 3IS9A 4E7JA 3TAPA 2DFEA 4CF1A 1DTQA 4EZ9A 1UAXA 5DK5A 5DMRA 2G8WA 4NCAA 1KLMA 1TKTA 2EX3A 3G10A 5KGXA 4KV8A 4CJVA 3SZ2A 4LY7A 3L3UA 2OPQA 1JLFA 4CJSA 4DSIA 4CHOA 3QEPA 4DQSA 2E6MA 2ZD1A 4FZYA 4BWJA 3ISNC 4N56A 4UQGA 4H8KA 3PX0A 4IFVA 1JLQA 4TSXA 2G8UA 4FJ7A 1IKWA 4CHNA 2DY4A 1VSIA 3OS0A 4FJXA 3HO1A 2OYQA 3WNGA 4B9MA 2JLEA 3DI6A 3VQCA 3D0PA 3TR8A 2D0CA 4E7IA 4Z0UA 2YNGA 1XHZA 3AO5A 3DLKA 1BCMA 4W5NA 3T1AA 3MEGA 3ITHA 3P5JA 4IG0A 4CEQA 4CK3A 1S1VA 1KSPA 3B6OA 4CEEA 3VQ4A 3HP9A 2B6AA 4FJLA 4BDZA 1QTMA 3LALA 4NYFA 4M41A 4CGDA 3NDKA 1HYVA 3OYDA 4DTSA 3OYHA 1CZBA 1S6QA 1SUQA 1HYZA 3ZT1A 4O0IA 3LDSA 3SYZA 4HTUA 3QNOA 4M3ZA 1U45A 2DFFA 3NH0A 1ASVA 2YNFA 3CFOA 3RMCA 4I2QA 2IAJA 4KKOA 4JRQA 2G8FA 3RMAA 1HQUA 5KTQA 1XC9A 4RG8A 4F8RA 2KZZA 3H08A 2HNDA 4GVMA 4BWMA 3AVGA 1Z25A 3P1GA 5T7BA 3HPOA 4F2SA 3L2QA 1NOYA 1TK5A 5HRRA 5KGWA 3V9ZA 1SV5A 1WSGA 1JLBA 1WNSA 5C24A 3QLHA 3KIOA 1HJRA 4DFJA 3SQ2A 1UWBA 2HVIA 3CM6A 1NJXA 1QHTA 3KKRA 4N76A 3ZSZA 4M3UA 2QKBA 4CJEA 4HUEA 4CJ4A 4EP4A 4RW7A 4M3XA 4CHZA 1LW0A 3IAYA 1WSJA 4XIUA 2B4JA 4CFCA 1C0MA 3ZSWA 1RBVA 3KD5E 2EHGA 1RDDA 4W5OA 3U6FA 3KKSA 1Q9YA 2HHVA 3V9SA 3AVMA 1TVRA 2ETJA 3OS1A 4CE9A 1I39A 3LPUA 4DLGA 3DRRA 4AILC 1IH7A 4AHVA 3SUPA 1U4BA 4LH4A 1JLEA 3T19A 3VN5A 1N5YA 3MXIA 3CYMA 5SWMA 3SCXA 1WSEA 1NK7A 4AHTA 2IDOA 1J53A 4PQUA 3KLFA 3ULDA 4JLHA 3L2UA 2PYLA 4PWDA 4BDYA 3HYFA 1K6YA 4N47A 2XO7A 4B8CA 4N41A 1ZBHA 3V9UA 4M45A 4KTWA 2FBVA 2RF2A 1TL1A 1S1TA 4KPYA 4FLTA 3U3YA 1VSLA 1NJYA 4RW6A 2YHAA 1X9MA 4B9SA 1JKHA 4KTZA 3OYAA 4Y1CA 1S5JA 2PY5A 3OVNA 2BGGA 3V1QA 4DQPA 3CG7A 3QO9A 1A5VA 1ZBFA 4PUOA 1NOZA 5J1EA 3SQ1A 3RRGA 3C94A 1JLAA 1QQCA 4DWIA 3ZT2A 1ITGA 1TK0A 1RTHA 4KI4A 3VQPA 4N5SA 1TL3A 3OYIA 1RBRA 1R0AA 1ZBIA 4O5BA 1QSSA 2A1SA 3V9WA 4KRFA 5JS1A 4C8NA 2FBXA 5C25A 3OYEA 5CZ2A 3ZSXA 4CJFA 1T03A 3CM5A 3QEVA 3O3FA 4DTJA 4CGGA 3T3FA 3SPZA 1CZ9A 3S3MA 3AA4A 2OPRA 3LAKA 4CEDA 3HP6A 2XY5A 3TAEA 4CHPA 1WSFA 4JS5A 2YKMA 3K5MA 2FBYA 1Y97A 1YVUA 3QIPA 3NF6A 4DLEA 1C1AA 2Z1JA 1LV5A 5FRMA 4J2DA 3LP0A 5CZ1A 1MU2A 3QINA 3M8SA 4E7KA 2OA8A 3OYFA 4EZ6A 3DRSA 2RPIA 2DFHA 4CJTA 4FLYA 3IG1A 3NH1A 4B9TA 3B6PA 2HHSA 2VWJA 4Z4FA 3MEDA 4FM1A 4FM2A 3MAQA 1JL1A 3EZ5A 3SQ4A 1BQMA 1BGXT 4CJKA 4BE1A 1IKYA 2KFNA 2XY7A 1XWLA 1RBUA 2GV9A 1RT3A 1D9FA 3SV4A 3ZSOA 4E0DA 3O3HA 2D5RA 4DTPA 2PYJA 4F2RA 4FJJA 5KRSA 4R5PA 4B9LA 3EY1A 4CGIA 1RT5A 3NAEA 1REVA 1UOCA 3SPYA 1WSHA 1NKEA 4ELTA 3LZIA 1WAJA 4Z4CA 2Z1GA 1ZBLA 1RT6A 3THVA 2KQ2A 3KTQA 1WN7A 1S9GA 3O3GA 5CYQA 3KJVA 3EYZA 4KHYA 3V81A 3AVHA 4ID5A 3K2PA 3M8PA 2G8IA 1HYSA 4FJ8A 3O4NA 4H4OA 4HCBA 1LWCA 1WAFA 3VQ9A 4J2EA 4FZZA 4CGHA 3TANA 3PY8A 3DM2A 2XRIA 2HHQA 4E7LA 2KZMA 2VG7A 4HUFA 1HQEA 4FLVA 2HHWA 3LWMA 4DQQA 4B9UA 4CJWA 1LWEA 3ZCMA 4AH9A 4M3TA 4CEBA 3C95A 2X6NA 3QEXA 3ZT0A 1NK0A 2YNIA 4Q5VA 4QCLA 2AJQA 5I3UA 4DU3A 3AA5X 2ZQBA 4CF8A 1VSKA 1KVCA 4AHRA 2Y1IA 1EETA 3DLBA 5FRNA 2YV0X 3A2FA 3I0SA 3L3VA 4CEFA 4ZHRA 5SZTA 3OS2A 4FW2A 3CFPA 3SI6A 5EU7A 4DTRA 2YHBA 1RDAA 3QEWA 3RWUA 4KO0A 4HHTA 4FJMA 4PY5A 2RKIA 4L8RB 1ASWA 3UIQA 3NF8A 1FXXA 3FFIA 2W42A 3VQQA 1J9AA 4B9NA 4E1MA 2HHTA 4CFBA 4KFBA 3VQ6A 4DS5A 2HNZA 4CEOA 3V9XA 4CGFA 3NCIA 1A5XA 1U49A 1BCOA 4KB0A 4FK0A 1VSHA 2HHXA 4CK2A 3O4QA 3RRHA 4LSLA 3LANA 4I2PA 3BGRA 1RILA 1TAQA 1W9HA 4LH5A 4CK1A 2WONA 4Z4EA 3HVTA 4DTOA 1UA1A 1HPZA 3LP2A 4O55A 3U3GA 1RBSA 3VQDA 3OYLA 4DF4A 3V4IA 1T8EA 1SKSA 4CERA 2FC0A 1B9FA 4HVJA 1L3TA 3ALYA 3C6TA 4CJ5A 4KHNA 1YT3A 4DQIA 4CF0A 1Q9XA 2I5JA 3TABA 1SL0A 3DRPA 4ELUA 1VSFA 4Z4HA 1NK8A 1LAWA 3NGYA 2O4IA 4CJRA 4DSEA 4RW4A 1RT1A 1FKPA 1VK0A 4OGCA 1JL2A 1LW2A 2X78A 3PUFA 4ICLA 5CY4A 1D5AA 3HXMA 3TAQA 3TI0A 4QOZB 3WNHA 3IRXA 4CHQA 3QERA 1U48A 1Q8IA 3DOKA 4GMJB 3PO4A 4E7HA 1KFDA 4F3OA 2BDPA 2HMIA 1F21A 3AO1A 4O4GA 4CGJA 1ASUA 2LSNA 4Y1DA 3RTVA 3S3OA 2D0BA 5C42A 1L5UA 3AVKA 3AO3A 3DLHA 3DOLA 3KK3A 4M42A 5E41A 4ID1A 2HW3A 1L3SA 3AVNA 2ATQA 1VSMA 3OYKA 2VG6A 3SJJA 1BL3A 4O44A 1C1CA 1I3AA 3AV9A 4W5QA 3QNNA 3MXJA 4CESA 3LWLA 3OYCA 3TAGA 1ZYQA 5D3GA 1IG9A 3K5OA 4DMNA 3HPGA 4AHUA 2KFZA 3AA3A 4OVLA 2VWKA 2P51A 1L3VA 1QSYA 1B92A 4CHYA 4YNQA 4DG1A 1NJWA 4DFPA 3HPHA 4FLZA 3K57A 4FJ5A 5HP1A 2P5GA 4IKFA 3JYTA 3S9HA 5HRPA 4DSFA 3LP1A 3AVIA 4AHSA 4OLBA 1IKVA 3OJSA 2XY6A 3PV8A 1DLOA 2ITGA 1LWFA 3LP3A 1WLJA 1BIZA 3KK1A 2P1JA 1NK6A 3RR7A 4OKJA 2KW4A 4O0JA 3V1RA 4MFBA 3AA2A 2IC3A 2E4LA 3VQEA 4C8KA 2QK9A 4FVMA 1B9DA 1VSJA 2OZSA 4F4KA 3ZSRA 4B3OA 1HMVA 3K5LA 3S3NA 4FJKA 4DFKA 3K59A 4NCGA 4CJQA 3PX4A 1BHLA 3AVBA 4E89A 3VA3A 1X1PA 1A5WA 3KLIA 5FROA 1VRUA 4FLWA 1TKDA 4KB1A 4JRPA 5KRTA 1QS4A 1VSDA 4FCYA 3SQ0A 1C0TA 1D9DA 1GOAA 4HUGA 1HNIA 1BI4A 3SUNA 1TK8A 4FM0A 4FYDA 1RCHA 4GW6A 2BE2A 1EKEA 1JXBA 1FKOA 3VQ8A 4W5TA 4DU1A 3RR8A 4CEAA 1CXUA 3WNEA 4CF9A 4DTMA 4IG3A 1DTTA 1IKXA 2JGUA 2GBZA 3JSMA 2IS3A 3OYJA 4I7FA 1C1BA 4FLXA 3DLGA 3VQBA 1NK5A 1RBTA 1KCFA 3LPTA 5CYMA 4E19A 3VQAA 3CFRA 3PO5A 1EXQA 4CF2A 3QETA 3NHGA 3HL8A 3ASMA 1U47A 4KHSA 1YTAA 3M8RA 5HROA 1C6VA 1T7PA 4CJLA 3C6UA 1TAUA 3AO4A 4RW8A 3KLEA 4JS4A 1LAVA 2F96A 1HNVA 4J2AA 1EP4A 1ZBUA 3NE6A 1G15A 1NJZA 2D0AA 1KVAA 1KFSA 4M3YA 2IOCA 3HK2A 3MXMA 3NF9A 1Z26A 2Q3SA 2YNHA 3HT3A 5J2NA 4WE1A 1BISA 3OYBA 1SKRA 5HBMA 4B8AB 4OKKA 4DTXA 1XHXA 4CIFA 4CIEA 3HVRA 4K8XA 3AVJA 2OPSA 3LAMA 3NF7A 4FK4A 4Z4IA 4BE2A 4CJPA 3QESA 1JLGA 3V6DA 1CLQA 1HRHA 1JXEA 3D45A 5FDLA 2G8KA 3QIOA 3DLRA 3HSTB 4FZXC 4CCHA 2HNYA 4DTNA 4KREA 2XY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E8A A;  4BC2 A;  3V1O A;  1WSI A;  3E01 A;  1NG9 A;  4CVN E;  4DSL A;  4KHP K;  3R6M A;  1QSL A;  1S3X A;  3VGL A;  4B08 A;  2XHB A;  1C0F A;  3KLH A;  4CW7 B;  5GAH P;  3SNN A;  5I9E B;  4LD0 A;  1CXQ A;  3UE5 A;  4OPK A;  4DU4 A;  4E1N A;  1FK9 A;  3AVF A;  1ATS A;  3R1X A;  1TKX A;  1XI1 A;  3QIC A;  1E3M A;  2NNW A;  4J2B A;  2G8H A;  2ZE2 A;  3ZT4 A;  4FJH A;  2Z1H A;  2ZJR L;  4DV5 K;  5HLF A;  1KLN A;  2B5J A;  1BQN A;  3VMF B;  2VG5 A;  1S6P A;  4JD2 A;  3LDL A;  4K8Z A;  3ZET A;  3AVL A;  5J2P A;  1UA0 A;  4CEC A;  3UB5 A;  2VGM A;  4CZG A;  1VQL N;  5C2D A;  2PZS A;  1JLC A;  1EQY A;  5AQT A;  1RTD A;  1SL2 A;  1OKJ A;  4BC5 A;  3NH2 A;  3CJ7 A;  2W6K A;  4X64 K;  3EE9 A;  4DS4 A;  2OTL N;  1S1X A;  3EN9 A;  5BRD A;  5M1P A;  1S9E A;  2WOM A;  4I9Q A;  2D0O A;  4E3S A;  4C8L A;  2OZM A;  1KVB A;  4C8O A;  4OGE A;  3VF4 A;  1BIU A;  5F1X A;  3SAG A;  4BY9 C;  3HJF A;  2FBT A;  4Q0B A;  3ZSV A;  3JS6 A;  4BR2 A;  5M1K A;  5AQM A;  3HOT A;  4K0K K;  1HUX A;  4OLA A;  1H1V A;  2FSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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