3PIOL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pioL01
1VQLN 1YHQN 1W2BM 1VQ4N 4WCEL 1KD1O 1OVYA 2QA4N 4U67L 5MLCQ 1VQ9N 5JVHL 1YJ9N 3PIPL 2QEXN 1YJWN 5HL7L 3G6EN 1Q82O 1Q86O 3I56N 5GADP 5GAHP 1S72N 3PIOL 3CXCM 1YJNN 1VQPN 3J7ZO 3CMAN 2OTJN 1VQ8N 2ZJRL 1VQNN 1Q7YO 3OW2M 1M1KO 1NJIO 1VQKN 1QVFM 5GAGP 3G4SN 1VQ6N 2OTLN 3CC7N 3I55N 3CPWM 2ZJPL 3CCLN 1QVGM 1KQSM 1Q81O 4WF9L 1N8RO 3CCVN 4IO9L 4WFNL 3CCMN 1KC8O 1M90O 4UY8O 3CD6N 3CCSN 3CCEN 5DM7L 3CCQN 1K8AO 3CCRN 1YITN 4WFBL 1ILYA 4IOCL 3CC2N 3G71N 1JJ2M 3CF5L 1VQMN 3CCJN 4WFAL 1K73O 5GAEP 1VQON 1YI2N 5JVGL 2ZJQL 3CCUN 5DM6L 3DLLL 3CC4N 3CMEN 5H1SQ 1YIJN 1VQ7N 1VQ5N 4IOAL 1K9MO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HNVA 1VQ4N 3TSQA 1GLJO 4Z4FA 5HRPA 4RW9A 3SUPA 3HM9A 4BC3A 3O9TA 4DTNA 1ATRA 1B92A 4ZHRA 1LOTB 2ZF5O 4B3TK 4I9QA 5FROA 3D6RA 4I9LA 3VQBA 3PIPL 3ZSRA 2XRIA 1DGKN 4DU1A 1TAUA 3KK1A 3I0RA 1Z25A 2D0OA 3NF6A 4C8MA 3V9WA 4HUEA 4FJ7A 3R3LA 1E4GT 4E3SA 4CEQA 4JD2A 4C8LA 4H5RA 2QTDA 2CGJA 3ENOA 3PX4A 3T1YK 3A5OC 4DFKA 3K57A 5GAGP 4M7XA 2YNHA 1BIZA 4DTUA 4CZHA 3SJHA 4OLBA 3FGUA 3ZSZA 1MDUB 4JV5K 2ZM6K 4A59A 3QDKA 2ZD1A 5FPEA 3L4QA 4GMJB 4KHSA 4AHSA 2P9LB 3O3FA 2NRVA 4CFBA 4DSJA 2DFFA 4DV2K 2VWJA 2ZE2A 2WONA 3L4IA 3MXIA 1CXQA 3IRXA 4IKFA 1YAGA 5GIPA 3THYA 3SAGA 3RVCA 3AVJA 4YDUA 3FE1A 5AFUH 2FBXA 3M8RA 3CCRN 5ADXH 4KBOA 4FJGA 4NXNK 4LFBK 2OCEA 4CF2A 4M41A 4B1UB 1JL2A 3ZX0A 3TPQA 5M1NA 4CF8A 2FXUA 3OJUA 5HLFA 3ATUA 4CEDA 4H0TB 2P9NA 1NKBA 1UA1A 1L3VA 4CJ3A 3OYGA 3KK3A 4FJXA 3AVCA 5IWAK 2FSNA 4O55A 4ICLA 2A40A 2WBNA 3I8BA 2G8WA 4PKIA 3ENHA 5C24A 1ESVA 3RSEB 4KPYA 1U2VA 3TU5A 1RTJA 3GE1A 3LDLA 2QA4N 2IVNA 4FWLA 1EETA 2JGUA 3FR0A 4K0KK 5J1EA 2NRHA 3DLKA 1NK8A 3F5TA 3E9OA 5CZ2A 4BQZA 3OYHA 3ID6A 4ILHA 3I56N 1HR0K 3MCAB 1EKEA 4DFMA 3HVTA 4XEIA 3LWLA 4F2SA 4NCGA 4CJ5A 2HNZA 3OTOK 1HNXK 3O4WA 3OBWA 3OYMA 4IO8A 2YHAA 4K8ZA 4CK1A 1TL3A 5KRSA 2E6LA 1IBLK 4PHTX 1VSHA 1WSFA 3A5NC 5BREA 5AQPA 3HI0A 4DS4A 3QERA 1GOBA 1NJWA 1S6PA 1CLQA 2UXBK 1S1WA 4BG9A 4ELTA 2HHUA 4AF1A 3THWA 4FJ8A 4DSFA 2Z1GA 4YDUC 4JD2B 4OJRA 2GX9A 1XI1A 2ZJPL 4LF7K 4IWVA 4CGFA 4GKJK 3PX6A 3NH2A 3OYJA 2J4RA 3ZSOA 3CJ7A 4JKGA 2ZGYA 3A2FA 2R7YA 3LANA 1N8RO 3MWPA 1U45A 5LY3A 4YHHK 3VQAA 1EX4A 4KHQA 2D5RA 2OA8A 1VSDA 2O4GA 2NZTA 3GOIA 4F9OA 1IG9A 4BC5A 4DF4A 4M3UA 3HPGA 3AO4A 2WC9A 4CD3A 2QWNA 5M1OA 5TKYA 5AQLA 1WUAA 3BEXA 5AZIA 5AQNA 2FBYA 3VF4A 2P9IA 3SQ1A 3C6TA 3LP2A 3B6PA 4WYBA 3VEYA 4Y1DA 3WNGA 3QIPA 1X9SA 3QICA 3NBPA 4AH9A 4BC2A 4DR4K 3THXB 1IBKK 4GVMA 3G0ZA 1VSKA 3BUZB 4LF8K 1NGHA 1VQ5N 1T3VA 4ID5A 2HVHA 4CZJA 4GV6A 3ZT2A 1JLBA 3F73A 4FWMA 3QEVA 3LDPA 1HNIA 1VSFA 2BTFA 2E2PA 1NBWA 3AA2A 2ITMA 4FWPA 1S9EA 4FZXC 1BGXT 5J2QA 1P8ZA 2YJEA 4RG8A 4B9QA 3AAPA 3C6UA 3HP9A 4MDAA 5J2NA 2WOMA 4EZ9A 3QEPA 2GV9A 1NNEA 4ELUA 4FW1A 3O5BA 5BPLA 1TL1A 1ZBSA 2F96A 3PSFA 4Z0UA 4JKFA 4JKCA 4IJAA 1DTTA 2P9PA 3LZIA 5BPMA 3OYIA 3AVLA 3PY8A 3DAWA 2KZMA 3G10A 3MWTA 3CM6A 1ITGA 4FWOA 4PKHA 3HM8A 3A5MC 3AVAA 4GKKK 2WFBA 3V9SA 1DTQA 3CQ8A 4PUOA 1DKGD 1LW0A 3JXUA 1YT3A 4FOEA 1L3TA 3THWB 3L3UA 2KFNA 3HPHA 1ASVA 1WSGA 4LFAK 1HMVA 4FVUA 5BPNA 5DM7L 4FJNA 4MO5A 1D9FA 3SV4A 3O9SA 4H4OA 4KHYA 1HX1A 4CESA 2F9WA 1JJ2M 2PYLA 3CF5L 1X9JA 4KHNA 3BZKA 4DCHA 4GVEA 3TTCA 4JS4A 4J2EA 2X78A 2HHSA 5GAEP 4CCHA 2DTUA 4B3SK 3DRRA 4KH6A 4CGIA 3B6OA 2KTQA 1ZXOA 3Q7CA 4FK0A 1HNWK 4CIFA 3UIQA 4YOXA 3BF3A 4CHOA 4O8KA 2P9IB 4BGAA 3KLIA 1SL2A 5K14A 3VQPA 4B9LA 4CZIA 4FWKA 3CHWA 3HSCA 4DR3K 3MEGA 3S3OA 3UKRA 1X3MA 3O9UA 5AQMA 2F8TA 5JVHL 2GBZA 1IBMK 3KLFA 3TWHA 3OY9A 2UYTA 4C8OA 4MFBA 4K43A 1XMQK 2QEXN 2IVOA 2Z1JA 4H5NA 3S41A 1VRTA 1KAZA 2YJFA 1I39A 1GLDG 3T3FA 3NCIA 1HKBA 5C25A 1ZYQA 2W41A 3T69A 2ZGZA 4W5OA 3BZCA 3RRHA 3LWMA 4JKDA 4DMNA 3H3NO 3P38A 1M1KO 3KTQA 2E1ZA 4AHTA 2D1KA 4IEEA 3RRGA 4Q5VA 3DXMA 4BR2A 4Z4CA 1TKDA 1GLAG 4Q0BA 4JI2K 1KAYA 1Z6RA 4CHYA 3TR8A 1RBTA 3I55N 3VF2A 1ATSA 4XH1A 4OGEA 4DLGA 4NXMK 4DUYK 5CE3A 2FC0A 4IO9L 4LC9B 2F8SA 1WAFA 3P5JA 4FJ5A 3CFOA 3QNOA 3CD6N 1N5YA 3KWIA 1KCFA 2NRTA 2KQ2A 2RPIA 3IFRA 4WQ4A 3NGYA 1DT9A 3S3NA 3T19A 3HPOA 1A5XA 1HPZA 2QWLA 1O13A 1HKGA 5CZ1A 4CIGA 4BDPA 2E88A 1VQON 1QTMA 1SZ2A 1Z05A 1F21A 1N33K 4FJHA 2X6SA 4BC4A 3ASMA 5CYMA 3IS9A 4DV6K 1XC3A 4MLHA 4LD0A 5KGWA 5C2FA 2E6MA 3AVFA 1KD1O 4EZ6A 3OS1A 2BANA 5JS1A 3I8DA 2Q0RA 4Y0WA 4B9VA 1VQ9N 3IAYA 3EZ5A 3QESA 4PQUA 2YCHA 5B8HA 2YNGA 2VG5A 2QK9A 4AHVA 1EP4A 3F9KA 5AJ3K 2HNYA 2G8KA 4NLCA 4HCBA 4I7FA 4B9SA 3CYMA 1JLQA 3FZKA 2V52B 2EX3A 3OYDA 3VTHA 3OYAA 3TI0A 4PL8A 2HBKA 1Q7YO 4QS9A 4BRAA 2HB5A 1EXQA 3ZT3A 3TTDA 4BVOA 3CJ1A 1BQNA 4UQGA 4XH4A 2QWOA 3D2FA 3AVMA 1FK9A 3PO4A 4ZTFA 4LSNA 2VQEK 1H1VA 3NH1A 1BI4A 1T03A 5LJVA 1IO2A 4B9UA 1KRPA 3O1BA 4BE0A 4FL9A 3CCSN 2A1RA 4KHWA 2P9LA 2GUIA 4KHUA 4KB1A 1LW2A 3DXKA 4BR4A 2NRZA 4RCHA 2HOEA 3TAQA 3EL2A 3NHGA 3SYZA 3M5RA 5AQIA 4X65K 1NJXA 4B9TA 2GEMA 3FZMA 3QEWA 1T6CA 4AQYK 3TAFA 2IDOA 3AA5X 4CJRA 3L6QA 4BE1A 1ZBUA 5H1SQ 4H8KA 4I2QA 2YKNA 4KKOA 2UXDK 1YHQN 3VPZA 5AQOA 2E8AA 2UU9K 3VETA 4CFCA 5C15A 1HNZK 1RILA 1TKXA 5HP1A 3V1RA 3WXIA 2V7ZA 3SQ4A 3PSIA 3FLCO 1S9GA 3NAEA 1T7PA 3LDQA 3HZ6A 3C94A 4AHRA 1TK0A 4QS8A 3S9HA 2X6NA 4KFBA 4YORA 1HYSA 4KHPK 4IJNA 1LAWA 3TSPA 1YJWN 4LH5A 3PLAA 4K41A 4GW6A 2WTUA 4U7BA 5AQXA 4R5PA 2NNWA 3DWLA 1S22A 4MDBA 3SUQA 1UA0A 4FM1A 3CMAN 1VQNN 4OLAA 4IZ9A 2YNFA 3VGKA 2P51A 3K2PA 2XY6A 4CHPA 4A57A 4FOIA 2F4VK 3DOLA 3OYKA 1QQCA 3C7NB 3AVKA 3H6EA 4FSVA 1NWKA 4M3ZA 3LP3A 4BRGA 3E66A 4N47A 3VENA 3D2FB 4KB0A 3U9DA 4OKJA 1RDCA 4W5QA 1TUYA 3IMXA 3QINA 3ATVA 1OH8A 1JCEA 1RT3A 2F7TA 2YHBA 2YHWA 5GINA 1L3UA 4WFBL 1WB9A 5AFUA 1BI4B 2EHGA 5ADXA 1DEJA 3VEOA 2YX6A 1RNHA 2ASPA 4HVJA 1ZC6A 1C0TA 2ZJQL 4WQ5A 4CZGA 3M1FA 3DXKB 4B1YB 3AVHA 3ULEB 4DG1A 5JLHA 1J5OA 4DQRA 1Q9XA 5AQSA 3THVA 4DFPA 4IFVA 1B9FA 3SMPA 1VK0A 3M8QA 3T1HK 3THXA 1E3MA 3MN7A 3RMAA 4JI5K 4DR6K 3SMSA 1SL0A 1GLFO 1IJJA 3NGIA 2OANA 3V9XA 5BN9A 1RT7A 5JS2A 1S6QA 4OO1J 3SJJA 5HRNA 1YJ9N 2IC3A 1WOQA 5KPZA 5JICA 2OZSA 1MU2A 1C0MA 1BO5O 2Y1IA 5F0XA 4DHYA 4PWDA 1EO1A 4CJLA 3OA9A 4CIEA 4CF9A 4X66K 4PL7A 1Q18A 3KK2A 1HUXA 4CHNA 4C1NI 2OTJN 1RTHA 1NGAA 3IG1A 1J54A 1BA0A 1TKZA 5LL6Z 3CQXA 1E4FT 3WEEA 1VQ6N 4KTZA 1NK4A 3ISNC 4CJTA 4E7LA 3LM2A 4B3RK 5KQ8A 4IG3A 5AQVA 2NUBA 4W5RA 4KRFA 4BDZA 3RMCA 2O8DB 2AJQA 4EAHD 4KREA 4FYDA 3OBYA 2UUAK 3NF8A 4M42A 4WQ5C 1YF5L 4HCCA 3CJCA 3CCQN 3EKUA 4DF8A 4FWSA 3R6MA 5AQRA 4FJKA 3CERA 2QKBA 4JK8A 5J2MA 3G71N 3V81A 3SCXA 4G9ZA 4CERA 2B6AA 3CCJN 2BGGA 4FJMA 3K9KA 4DB3A 1KFSA 2P5OA 2E2NA 3WQTA 3H45C 3AY9A 4ID1A 4CE9A 1S1TA 1QHTA 4O8UA 5KPTA 4FPAA 3AA3A 2YKMA 4IG0A 4O0IA 4BRPA 2JLEA 4YOWA 1O1WA 3AARA 4DUZK 3AO2A 1VAZA 4KO0A 4DTJA 2OPPA 5C0YA 3VGLA 1LWFA 1JLCA 1RT5A 5FLXO 4A2AA 1C1AA 3KJVA 4RW6A 4J2BA 3O3GA 3VQ6A 3MDQA 4FW2A 4H4MA 4M3YA 3HO1A 1Q82O 4F4KA 1ASUA 3OJSA 4EP4A 1BOTO 1T8EA 3D7EO 3EYZA 5E26A 1RFQA 4CJQA 5BR8K 1QSYA 4CEOA 1TV6A 1FJGK 1JL1A 1SS6A 4AM6A 4OKEA 2PAVA 1NK6A 3HT3A 4W5NA 4LF6K 1G99A 1KXPA 1NGCA 1WN7A 4C23A 4CJ7A 1YVNA 3AA4A 4BRQA 4BWMA 1QVFM 2P5GA 2FBVA 1NJYA 4Y1CA 2GWJA 3E1YA 5EXWA 2W6KA 3KLGA 3OYEA 4F3TA 2OPRA 3WEEB 4YY3K 5KTQA 1N6QA 1YVUA 2CH5A 1N36K 2QWQA 3KZBA 4H5WA 4Z4HA 3LZJA 4OPAA 4Z4IA 1MA9B 1NMNA 1K8AO 1J9AA 1SAZA 2E20A 3TAGA 4BQLA 1X9WA 3VGMA 1KLNA 2YHYA 1A5WA 4DV4K 4JLHA 5C12A 3OS0A 3V1QA 1MWKA 4BGBA 4B9MA 3SUNA 1C0FA 4BVPA 4LH4A 2NLXA 4DFJA 2F9TA 2HHHK 1QQNA 4CFDA 2QI2A 2V51B 4CBWA 3V9ZA 4KI6A 3TTFA 2IGIA 3E9PA 4JKBA 4N5SA 3TAEA 4E1JA 1NOYA 3HOSA 3QBXA 1RT1A 3V4IA 5AQHA 2IAJA 2ITGA 4JRPA 3VQCA 4JK7A 1BUPA 4JN4A 5FPDA 3DOKA 2G8HA 4DTOA 4H0YB 1SUQA 4NB4A 2I7PA 3NDKA 3HL8A 4IFEA 3CI5A 2QKKA 3C65A 4N56A 1VSIA 1I3AA 1QSSA 2O8EA 1S1UA 5T7BA 3C6HA 5M1PA 1NK7A 3VQEA 3CXCM 1YJNN 3P1GA 3ZT4A 5BN8A 3J7ZO 4J2AA 3ZX2A 1C1CA 2ZWHA 4E7IA 2HNDA 4FZYA 3EY1A 4QAGA 2O8FA 3R8EA 1OH6A 1GLEG 3R9PA 2VGMA 3ZETB 1KVCA 3NVKA 4RW7A 1BWFO 1NMDA 1RDAA 2OPQA 3L3VA 2QWPA 1KSPA 2OTLN 4DQIA 1V4TA 2PBDA 4CJEA 4K42A 1LWEA 1Q9YA 3M3ZA 4FLVA 4NLBA 4HTLA 4DR1K 4QCLA 3P83D 2X74A 3ZSQA 4O4GA 4L3QA 3CIPA 2KLAA 4HUFA 1XUPO 3EN9A 5A2QO 5DK5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQL N;  1YHQ N;  1W2B M;  1VQ4 N;  4WCE L;  1KD1 O;  1OVY A;  2QA4 N;  4U67 L;  5MLC Q;  1VQ9 N;  5JVH L;  1YJ9 N;  3PIP L;  2QEX N;  1YJW N;  5HL7 L;  3G6E N;  1Q82 O;  1Q86 O;  3I56 N;  5GAD P;  5GAH P;  1S72 N;  3PIO L;  3CXC M;  1YJN N;  1VQP N;  3J7Z O;  3CMA N;  2OTJ N;  1VQ8 N;  2ZJR L;  1VQN N;  1Q7Y O;  3OW2 M;  1M1K O;  1NJI O;  1VQK N;  1QVF M;  5GAG P;  3G4S N;  1VQ6 N;  2OTL N;  3CC7 N;  3I55 N;  3CPW M;  2ZJP L;  3CCL N;  1QVG M;  1KQS M;  1Q81 O;  4WF9 L;  1N8R O;  3CCV N;  4IO9 L;  4WFN L;  3CCM N;  1KC8 O;  1M90 O;  4UY8 O;  3CD6 N;  3CCS N;  3CCE N;  5DM7 L;  3CCQ N;  1K8A O;  3CCR N;  1YIT N;  4WFB L;  1ILY A;  4IOC L;  3CC2 N;  3G71 N;  1JJ2 M;  3CF5 L;  1VQM N;  3CCJ N;  4WFA L;  1K73 O;  5GAE P;  1VQO N;  1YI2 N;  5JVG L;  2ZJQ L;  3CCU N;  5DM6 L;  3DLL L;  3CC4 N;  3CME N;  5H1S Q;  1YIJ N;  1VQ7 N;  1VQ5 N;  4IOA L;  1K9M O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HNV A;  1VQ4 N;  3TSQ A;  1GLJ O;  4Z4F A;  5HRP A;  4RW9 A;  3SUP A;  3HM9 A;  4BC3 A;  3O9T A;  4DTN A;  1ATR A;  1B92 A;  4ZHR A;  1LOT B;  2ZF5 O;  4B3T K;  4I9Q A;  5FRO A;  3D6R A;  4I9L A;  3VQB A;  3PIP L;  3ZSR A;  2XRI A;  1DGK N;  4DU1 A;  1TAU A;  3KK1 A;  3I0R A;  1Z25 A;  2D0O A;  3NF6 A;  4C8M A;  3V9W A;  4HUE A;  4FJ7 A;  3R3L A;  1E4G T;  4E3S A;  4CEQ A;  4JD2 A;  4C8L A;  4H5R A;  2QTD A;  2CGJ A;  3ENO A;  3PX4 A;  3T1Y K;  3A5O C;  4DFK A;  3K57 A;  5GAG P;  4M7X A;  2YNH A;  1BIZ A;  4DTU A;  4CZH A;  3SJH A;  4OLB A;  3FGU A;  3ZSZ A;  1MDU B;  4JV5 K;  2ZM6 K;  4A59 A;  3QDK A;  2ZD1 A;  5FPE A;  3L4Q A;  4GMJ B;  4KHS A;  4AHS A;  2P9L B;  3O3F A;  2NRV A;  4CFB A;  4DSJ A;  2DFF A;  4DV2 K;  2VWJ A;  2ZE2 A;  2WON A;  3L4I A;  3MXI A;  1CXQ A;  3IRX A;  4IKF A;  1YAG A;  5GIP A;  3THY A;  3SAG A;  3RVC A;  3AVJ A;  4YDU A;  3FE1 A;  5AFU H;  2FBX A;  3M8R A;  3CCR N;  5ADX H;  4KBO A;  4FJG A;  4NXN K;  4LFB K;  2OCE A;  4CF2 A;  4M41 A;  4B1U B;  1JL2 A;  3ZX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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