3PIPL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 13
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pipL01
2ZJPL 2ZJRL 1VQLN 4U67L 1M1KO 3CCLN 3CCVN 2OTLN 5GAGP 1VQON 1ILYA 4UY8O 1K9MO 1VQ5N 3CPWM 3G6EN 3CCRN 2QA4N 4WF9L 3I55N 5GAHP 3CF5L 1YJNN 1VQ9N 3CC7N 1Q86O 5MLCQ 3CD6N 3G4SN 1W2BM 4WCEL 1JJ2M 3CC2N 4IOCL 4WFNL 5DM6L 2QEXN 3CCEN 3PIPL 5JVGL 3CCSN 1QVFM 3I56N 5DM7L 1VQ8N 5GAEP 3CMEN 3DLLL 1VQ7N 3CMAN 4WFAL 1Q81O 3CXCM 1OVYA 1Q7YO 5JVHL 1KQSM 1VQ6N 3J7ZO 1VQKN 1M90O 1YJWN 5GADP 3PIOL 2ZJQL 2OTJN 1NJIO 1YITN 3OW2M 1YHQN 4WFBL 1K8AO 1KD1O 3CCJN 1VQNN 1Q82O 3G71N 3CCUN 4IOAL 1YJ9N 1N8RO 3CCQN 1KC8O 1YI2N 3CC4N 1S72N 1YIJN 1QVGM 1K73O 5HL7L 5H1SQ 1VQPN 1VQ4N 4IO9L 3CCMN 1VQMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHNA 4Y1DA 3L2RA 3VQCA 3S41A 1LCUA 4I6MB 4BR0A 4Q5VA 3T1HK 1HPMA 3CG7A 3LDSA 4CBUA 2FF3B 2O4GA 1R59O 1CZAN 4Q0BA 1BA0A 3HZ6A 1UWBA 2P9KB 4XEIA 2XY5A 3EY1A 2GEMA 3CF5L 3ZSQA 5J2PA 4DFKA 2VQEK 3HPHA 3H3NO 1JLEA 4ILJA 4FJMA 3KTQA 3A2FA 1SKRA 2E6LA 1QSYA 1W2BM 1BQMA 3E66A 3QINA 2Y1JA 2ASMA 3U3GA 1IO2A 4IWVA 1DTQA 3VEYA 3T7ZA 5E26A 4M3YA 4X64K 1UOCA 1XMQK 3MAQA 1U04A 1Y97A 5HOOA 2BANA 4Y0WA 2V7YA 3P31A 3K9KA 4CZGA 2FC0A 1JCGA 5FRMA 3D2EB 2OPQA 1XHXA 4BVOA 1X9SA 2Q31A 3VQQA 2VQFK 5JLFA 1JKHA 2E20A 3K2PA 4CIEA 4YOYA 1D4XA 1DGKN 4CK3A 4ISEA 3LL3A 1IV0A 4DV0K 4MO5A 1QHTA 3DRSA 1ASWA 2NRVA 5FPDA 2E4LA 4KHPK 3O80A 3EYZA 3NF9A 3KLEA 1VSFA 3HJFA 4XH5A 3DI6A 4LF6K 1LWEA 2YHXA 2CGJA 4M3TA 3P4IA 5HRRA 2PZSA 4IJAA 4E19A 1S72N 2F7TA 5AQTA 2Q0UA 1ATNA 1GOBA 2UUAK 4ELUA 3E9OA 3I0RA 2KFNA 1MWKA 2D0BA 2ASPA 4DTUA 4FLXA 4KH6A 4DLEA 4ILHA 2B6AA 5AR0A 3AAQA 5AQGA 3CJ1A 4DLGA 3PX6A 3ENOA 5AQKA 3LM2A 4C8NA 3SAFA 3EO3A 3RRGA 3L2QA 3CCRN 2GUIA 5AQSA 3DXMB 2HHUA 4ZTJA 2HF4A 4LH4A 1BL3A 3O9UA 4DWIA 4U7BA 3PX0A 3HTVA 3QICA 4DSIA 1G99A 1NK5A 3CFPA 3T3FA 2P9IA 4CF1A 3U9DA 4RW6A 3K5LA 1HKGA 2KTQA 4IDHA 1FW6A 4FJGA 1J53A 2G8WA 1LV5A 4FJNA 1SL0A 2YKMA 3ASMA 2HVIA 2F96A 1Z26A 4OLBA 3HVTA 3MEDA 5BRHA 1GLLO 3JSMA 4E0DA 3R8EA 3IRXA 3QESA 2DFFA 4W5RA 4DB3A 3LAKA 3V9XA 3FZMA 3CI5A 3MCAB 3HBTA 3ZCMA 4DU4A 2EHGA 4CK2A 4X66K 4B9TA 1VQKN 1BCOA 3QDKA 3AVIA 4A5AA 3NH0A 1FKPA 3ALYA 3MEEA 4BGAA 4O0JA 3V4IA 1WAFA 1KFSA 4JHDA 5CYQA 3OW2M 4NXNK 3DOKA 4L8RB 3CETA 1S1TA 4JLHA 1O13A 4CZLA 2IVOA 3NE6A 3KK7A 2UU9K 4AHUA 4OVLA 4IBNA 3P83D 4O8UA 2HHQA 1RT7A 4BE1A 3SPZA 3MXMA 1ZBHA 3MECA 5KRTA 4CESA 4Z4EA 2UYTA 1VSKA 2HNYA 2HHVA 1Q8IA 4CF2A 4JK8A 5HRSA 1DTTA 3O4WA 2KW4A 2RN2A 3THYB 3VOVA 3QB0A 2QTDA 1L3UA 2Q2RA 3H6EA 3OYLA 1NGBA 4BC4A 4GKJK 4B9LA 4F2SA 3O8MA 3O4NA 4FWMA 4YORA 2VG6A 3NH2A 3OYGA 3OA9A 1S6PA 3DMJA 1QSSA 3G10A 1BIUA 2OYQA 2VG7A 3ULEA 1SKSA 3AA4A 3ZYYX 3ZX3A 3VTHA 2PBDA 3QERA 5BN9A 4IG0A 3OS0A 2NRTA 1REVA 4PA1A 2HBJA 2QKBA 4CEEA 1U6ZA 3O9TA 3DXKB 1VQ7N 4QS7A 4DR3K 1QHAA 4O8KA 3HOSA 2P5GA 1Q81O 3CXCM 4FK4A 4IZ9A 2P9KA 5KPTA 4OPAA 5F0XA 4I2PA 4H0PA 4J2BA 3B6PA 4NLBA 2Z1JA 2Q36A 3SPYA 2NRWA 4ID1A 1SQKA 3SUOA 3O6WA 1W9HA 5C24A 4CEBA 2RPIA 4FWOA 1MU2A 2E2NA 1ASVA 3KKSA 1W0HA 1J54A 2CH5A 4B08A 4FJKA 4Z4GA 3DLHA 5AQZA 3T1AA 3V1RA 5HROA 3IDHA 1NGEA 3C6HA 5FPNA 4DV3K 3O3GA 4I7FA 4WQ4C 4FWPA 3LZIA 4AHSA 2DFHA 1LW2A 3MXIA 1N36K 2X74A 1X1PA 3WXIA 3VEWA 2KHOA 3E01A 3N4QA 4WQ5A 3DJCA 5JS2A 1EO1A 4GNIA 3I0SA 2QM1A 1VHXA 5GAGP 4DF4A 4KRFA 4YY3K 3VGKA 5I42A 4CEZA 4BE0A 3KWGA 1YF5L 1BCMA 2ETJA 3SUPA 1Z25A 1X3MA 2Q3SA 4E1NA 3F2KA 1QSLA 1TKZA 1TKXA 1VSDA 4HTLA 1P90A 1YAGA 3BDPA 2OZMA 2F4VK 2A6AA 4LF9K 5DK5A 2FBTA 2P9LA 3VMFB 1N33K 4KHSA 4IFEA 4DR2K 4BWMA 4WCEL 3CC2N 4KHQA 1QZ6A 4CJEA 3PV8A 3LP0A 4YOWA 2WUSA 5FPEA 4MLHA 2OANA 4DTJA 1VSEA 5JVGL 5AQQA 3CCSN 2OPPA 3VF4A 1NJXA 2XHBA 4DV6K 1LWFA 3F73A 4IJNA 5DM7L 3NGIA 1VSHA 4QS8A 5KI6A 1XC3A 4H0VB 3AA5X 2A5XA 4N47A 3U6FA 2OZSA 4DTSA 2IOCA 1QTMA 1HNWK 3H46O 4DSFA 3L2UA 4JK9A 4YOVA 4O0IA 1NK7A 4JKEA 4FWLA 4BDPA 1VQ6N 4MDAA 1T6CA 5KTQA 1BWFO 4UQGA 1RDCA 4HTUA 3OYEA 2YNGA 1VAZA 2RE2A 3ZX0A 5HBMA 3AO5A 4CK1A 4JI6K 3NAEA 3HP9A 4BRCA 4FJ9A 3SK3A 3CCJN 5C0YA 2JLEA 4FJLA 1JLBA 1N8RO 3ZETA 4HUGA 3E1YA 2G8VA 1EWQA 3EE9A 4XH1A 2YNIA 2WTUA 3R3LA 3D0PA 1ESVA 3LALA 3HT3A 5HL7L 5J2MA 3KJVA 2IAJA 4IO8A 1XQSC 3HP6A 4BR4A 4CF8A 4IXCA 4JI4K 3SQ4A 4B1UB 2QXLA 4PQUA 1GOAA 4CJ3A 4CIGA 2ZJPL 4GV3A 5SZTA 4EAHD 4ZTFA 4FYDA 4B3MK 3HYFA 1T44A 4Z4IA 1HJRA 1RT4A 4E7JA 5M1NA 4AF1A 3LDLA 2P9IB 3DLBA 1BISA 1CXQA 5GIOA 4FK0A 4LFCK 4BQLA 4B3SK 3OY9A 4CGDA 3BF1A 4CHOA 3CJCA 4CJ4A 5B8HA 1BI4A 5AQYA 3LWLA 4FCYA 4OKKA 2D0PA 3OYCA 2QEXN 5AQUA 4CBXA 4AHTA 3K9JA 4FW1A 5I9EB 1D9FA 4H0OA 2P9PA 3VQEA 3O3FA 4EZ6A 3TSUA 3PIPL 4CEQA 4NB4A 4LFAK 5AQFA 1E3MA 4DTMA 2KQ2A 1D8YA 2G8FA 2AP1A 4O5BA 4DV7K 3V6DA 3AO2A 3T19A 3BZKA 5KGXA 3DLKA 1HQUA 2GTDA 3AV9A 1HNXK 4B9VA 2KLAA 4CEDA 4FL9A 4KHUA 3J81O 1JXBA 5KQ8A 3WT0A 1XNRK 4JHDB 1BO5O 2FBXA 4WQ5C 1X9WA 4DFPA 2Q1NA 2KZMA 4CE9A 3TAPA 3SNNA 2GWJA 4GKKK 1RBRA 4B9QA 1K8KB 3WUHA 1YVUA 3LPUA 4B3TK 3AVFA 3TSPA 3LAMA 4O44A 5JICA 1BU6O 3VQDA 2NZTA 4BR5A 3OBYA 1LWCA 4OKEA 5JMVA 1EKEA 5BR8K 1U45A 1NG9A 4CHZA 3A8YA 4LF4K 3FFIA 1VQPN 3R6MA 2R7YA 3CJ9A 4EHUA 4W5TA 2NUBA 1VQMN 4G1QA 2UUCK 1WSIA 4W5QA 4GVEA 4H0YB 4ELVA 2GX9A 3KWIA 1RILA 1JXEA 4CGJA 1ZC6A 4DG1A 3L0QA 3AO4A 1VQON 3KLFA 3PO5A 2G8HA 3EZWA 2A3ZA 3AGKA 2HHHK 4F3OA 4YOUA 4CFCA 1HX1A 4GVMA 2KKZA 5CY4A 3FE1A 3V1QA 2QKKA 4OPKA 4OO1J 3QBWA 3DM2A 4RW8A 3KLGA 4KBOA 2Z1IA 4KI6A 3ULEB 1KXPA 3Q7BA 1SKWA 3MWPA 2W42A 3AVAA 4KFBA 4JAXA 3SMSA 3NF7A 5F1XA 3R1XA 3LWMA 1NMNA 3KVGA 4K8XA 4BRPA 4WYBA 4O55A 3N4PA 3EKUA 4M7YA 5K14A 3MXJA 1HNZK 4F9OA 4BY9C 3HK2A 4CJTA 1VSJA 2YHBA 3CMAN 1RDUA 2WC9A 4JKHA 5E41A 2QWQA 3I8BA 1WAJA 3ZSYA 1RNHA 2YNFA 3D7EO 3HI0A 2HBLA 5AQMA 1RDAA 4XH4A 4MLEA 3SJJA 3QLHA 3KLHA 2IIRA 5ADXA 4H5RA 3VQ8A 1M90O 3HXMA 4NXMK 4CJPA 1B92A 2A1RA 1J9AA 3L4QA 1NGDA 3AVNA 2F9TA 4DQ8A 3VQ9A 1VRTA 1BHLA 4ICLA 5LJWA 4FWSA 3C6TA 4IOAL 2F8TA 1YJ9N 2VGMA 1QQCA 4JI3K 4KHYA 3RSEA 4K43A 3QMLA 3V9SA 1EQYA 5BN8A 1YIJN 3D45A 4DSKA 4DR5K 1YXQA 4H5VA 2HSTA 1RFQA 3QETA 1RBUA 1KRPA 3ZT4A 2OCEA 3CIPA 4Z4HA 1M1KO 1DT9A 4CF0A 5AQLA 3ZT1A 4HHTA 4FJIA 3TI0A 5F2RA 1QS4A 3B6OA 4CJ5A 5J2NA 1T8EA 1OH5A 3FLCO 2O8DA 1C1BA 4B1WB 4TSXA 1ASUA 1FXXA 1TVRA 4BREA 4DR4K 2P9LB 4YOTA 4CZIA 3OYBA 3D2FB 1NJWA 4DQRA 4NYFA 3K59A 1SS6A 1V4SA 2P9UB 3FZHA 3W0LA 3TAEA 3B8AX 3TAQA 1Q86O 1N32K 1VRUA 4JEPA 2FSJA 1XI1A 2YCHA 4IG3A 4KHNA 3TAMA 3VESA 3L4IA 2HHXA 3HOTA 3TU5A 2DPNA 5J1EA 1NMDA 4BRKA 3MWTA 3I56N 1XC9A 4DQIA 3S3NA 5HLFA 4DUZK 1Z05A 4GW6A 3VQAA 1CZ9A 4CGIA 1CXUA 3HSCA 3TPQA 4KH5A 4FLVA 3GOIA 4M7XA 4G9ZA 5AQWA 1KQSM 3P1GA 4B1YB 2P1JA 3AA3A 1HKBA 3VN5A 4FLUA 4B1XB 2I5JA 3ZT0A 3NH1A 1YJWN 1FKOA 5C42A 3ZETB 2EX3A 5I3UA 4BC3A 3E9PA 2HMIA 3IFRA 2OTJN 3KK3A 3BUZB 2O4IA 4WFBL 3OYDA 2NRZA 1VK0A 3K58A 1OVQA 1BA1A 4YDUA 2AA4A 3U4LA 4A5BA 3K0SA 1IKVA 4FXDA 4DV1K 3CCQN 4X62K 2O8FA 2Q97A 2D1KA 3AVKA 2ZE2A 2AJQA 5H1SQ 3TAFA 1JLFA 4FVUA 2HBMA 3AVJA 1WSHA 2GV9A 5HRNA 3T1YK 3CCMN 4JK7A 3CERA 1HYSA 4U67L 3CQXA 3ID8A 1K8KA 3S3MA 5KPZA 2F8SA 1BIZA 2E1YA 1S6QA 1RTDA 4DSLA 4JRQA 4FLZA 1BI4B 3O4QA 5AQOA 3OS2A 1VQ5N 3SV3A 3DOLA 4CJ7A 5GAHP 3O3HA 4CJVA 1HNVA 2P9PB 3HVRA 1VSLA 3VETA 5TKYA 1XHZA 4JKDA 1UA0A 3F5TA 1HPZA 1JJ2M 2NNWA 4AILC 2FXUA 3RMAA 4QOZB 2BUPA 3KK1A 2E6MA 4DV5K 4FM2A 2O8CB 2BH1A 2QK9A 3C7NA 4FSVA 4IEIA 3O08A 3SQ2A 1LAVA 4BDZA 3AVHA 3T69A 3LDQA 3CJAA 3QIPA 4DS5A 4DSJA 3NVKA 4LSLA 3VQ4A 2A1SA 4CJQA 4CW7B 1S5JA 1U4BA 5LJVA 3UE5A 3LPTA 3K57A 2BE2A 3AO1A 1Q7YO 2FF6A 1T05A 5AZJA 1EETA 3BEXA 3BY5A 2YJFA 2JWKA 3MMVA 3QBXA 3SAHA 4LFBK 4ISGA 3EN9A 4LF8K 1ZXOA 4M3UA 1ZBSA 4I9QA 4LSNA 1K8AO 2DY4A 1A5VA 2JGUA 5GINA 4CF9A 4JKAA 4JI0K 5AQHA 4FPAA 4HCCA 1QQOA 4N56A 3KD5E 1NKBA 1YI2N 1W7AA 3ZT3A 4BC2A 2Q0RA 5TKWA 5FROA 3IAYA 4M3WA 3O1BA 3D6RA 1IBLK 5HP1A 5KPRA 4CECA 4FZXC 1IKWA 1NK0A 2RHKA 5FLXO 1IJJA 3CCVN 3H1VX 1P8ZA 1K9MO 3P5JA 3FR0A 3F9KA 3VQ7A 1K6YA 4JNEA 2WONA 4N76A 4DCHA 5KQDA 1NK4A 2KFZA 4LD0A 3CFRA 1TYQA 3F9MA 2YHYA 1WN7A 1F21A 5IWAK 2J4RA 1NK6A 3EL2A 2QWRA 4DFJA 2YNHA 3J7YP 3K5MA 2ATQA 3AVGA 3CM5A 3NFAA 1NJZA 4PL8A 1WLJA 3EEQA 1Z6RA 2W6KA 3DLRA 2YHAA 4CEOA 4B3OA 4BVPA 5LL6Z 3MX2A 1IKYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJP L;  2ZJR L;  1VQL N;  4U67 L;  1M1K O;  3CCL N;  3CCV N;  2OTL N;  5GAG P;  1VQO N;  1ILY A;  4UY8 O;  1K9M O;  1VQ5 N;  3CPW M;  3G6E N;  3CCR N;  2QA4 N;  4WF9 L;  3I55 N;  5GAH P;  3CF5 L;  1YJN N;  1VQ9 N;  3CC7 N;  1Q86 O;  5MLC Q;  3CD6 N;  3G4S N;  1W2B M;  4WCE L;  1JJ2 M;  3CC2 N;  4IOC L;  4WFN L;  5DM6 L;  2QEX N;  3CCE N;  3PIP L;  5JVG L;  3CCS N;  1QVF M;  3I56 N;  5DM7 L;  1VQ8 N;  5GAE P;  3CME N;  3DLL L;  1VQ7 N;  3CMA N;  4WFA L;  1Q81 O;  3CXC M;  1OVY A;  1Q7Y O;  5JVH L;  1KQS M;  1VQ6 N;  3J7Z O;  1VQK N;  1M90 O;  1YJW N;  5GAD P;  3PIO L;  2ZJQ L;  2OTJ N;  1NJI O;  1YIT N;  3OW2 M;  1YHQ N;  4WFB L;  1K8A O;  1KD1 O;  3CCJ N;  1VQN N;  1Q82 O;  3G71 N;  3CCU N;  4IOA L;  1YJ9 N;  1N8R O;  3CCQ N;  1KC8 O;  1YI2 N;  3CC4 N;  1S72 N;  1YIJ N;  1QVG M;  1K73 O;  5HL7 L;  5H1S Q;  1VQP N;  1VQ4 N;  4IO9 L;  3CCM N;  1VQM N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CHN A;  4Y1D A;  3L2R A;  3VQC A;  3S41 A;  1LCU A;  4I6M B;  4BR0 A;  4Q5V A;  3T1H K;  1HPM A;  3CG7 A;  3LDS A;  4CBU A;  2FF3 B;  2O4G A;  1R59 O;  1CZA N;  4Q0B A;  1BA0 A;  3HZ6 A;  1UWB A;  2P9K B;  4XEI A;  2XY5 A;  3EY1 A;  2GEM A;  3CF5 L;  3ZSQ A;  5J2P A;  4DFK A;  2VQE K;  3HPH A;  3H3N O;  1JLE A;  4ILJ A;  4FJM A;  3KTQ A;  3A2F A;  1SKR A;  2E6L A;  1QSY A;  1W2B M;  1BQM A;  3E66 A;  3QIN A;  2Y1J A;  2ASM A;  3U3G A;  1IO2 A;  4IWV A;  1DTQ A;  3VEY A;  3T7Z A;  5E26 A;  4M3Y A;  4X64 K;  1UOC A;  1XMQ K;  3MAQ A;  1U04 A;  1Y97 A;  5HOO A;  2BAN A;  4Y0W A;  2V7Y A;  3P31 A;  3K9K A;  4CZG A;  2FC0 A;  1JCG A;  5FRM A;  3D2E B;  2OPQ A;  1XHX A;  4BVO A;  1X9S A;  2Q31 A;  3VQQ A;  2VQF K;  5JLF A;  1JKH A;  2E20 A;  3K2P A;  4CIE A;  4YOY A;  1D4X A;  1DGK N;  4CK3 A;  4ISE A;  3LL3 A;  1IV0 A;  4DV0 K;  4MO5 A;  1QHT A;  3DRS A;  1ASW A;  2NRV A;  5FPD A;  2E4L A;  4KHP K;  3O80 A;  3EYZ A;  3NF9 A;  3KLE A;  1VSF A;  3HJF A;  4XH5 A;  3DI6 A;  4LF6 K;  1LWE A;  2YHX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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