The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
|
Chain Sequence |
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RIBOSOMAL 23S RNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-11-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PIO L; 4WF9 L; 1QVG M; 5MLC Q; 3OW2 M; 1JJ2 M; 3CCR N; 1YJ9 N; 1QVF M; 1YIJ N; 3I55 N; 3CCU N; 3CCV N; 3CC7 N; 5GAH P; 4IOA L; 4WFN L; 1VQP N; 3G6E N; 5DM6 L; 3CCJ N; 5JVH L; 3PIP L; 1N8R O; 1Q7Y O; 3DLL L; 2QA4 N; 1VQL N; 1YHQ N; 5HL7 L; 1Q86 O; 4IO9 L; 2OTJ N; 5GAG P; 3CMA N; 3J7Z O; 1Q81 O; 1VQ4 N; 3CCL N; 3CC2 N; 5GAE P; 2ZJP L; 1VQ6 N; 2ZJR L; 1YIT N; 2OTL N; 1KQS M; 1K9M O; 1K8A O; 3CCM N; 1VQO N; 4U67 L; 3G71 N; 1YI2 N; 5GAD P; 1S72 N; 3CC4 N; 5DM7 L; 4UY8 O; 1OVY A; 3CCQ N; 1VQ8 N; 3CD6 N; 2QEX N; 1VQK N; 3I56 N; 1M90 O; 3CME N; 3CF5 L; 1K73 O; 1VQ9 N; 1YJW N; 5JVG L; 1KC8 O; 1VQ5 N; 4WFB L; 1Q82 O; 1VQN N; 2ZJQ L; 3CCE N; 1YJN N; 3G4S N; 1ILY A; 5H1S Q; 1KD1 O; 1VQ7 N; 3CPW M; 1M1K O; 1W2B M; 4WFA L; 1NJI O; 4WCE L; 1VQM N; 4IOC L; 3CXC M; 3CCS N; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HVT A; 3AO4 A; 3NDK A; 1QVG M; 4FXD A; 2O8D B; 5KI6 A; 4CIG A; 2FLO A; 1ATR A; 3FZL A; 2Z1I A; 1SV5 A; 4PQU A; 1U6Z A; 4FWQ A; 3SJH A; 1WAJ A; 1O1W A; 5EY4 A; 4FSV A; 1NWK A; 3NBP A; 4KPY A; 2ASP A; 4FWN A; 1S9G A; 4DR7 K; 1IKY A; 5JVH L; 3KK2 A; 1NGJ A; 1X9W A; 1V4T A; 3K59 A; 4FJL A; 4OLB A; 4C8N A; 3WT0 A; 3KIO A; 3TAM A; 1D8Y A; 3CFR A; 3AAR A; 1WSJ A; 3ZT4 A; 2P9L B; 3CIP A; 2WFB A; 1JKH A; 4FJG A; 3SJJ A; 4DR4 K; 4DSL A; 2GUI A; 4IG3 A; 1WAF A; 1Q81 O; 1KAX A; 1FKO A; 4MQ3 A; 4GVE A; 4N47 A; 3TTF A; 5EU7 A; 3SV4 A; 1VQO N; 3HTV A; 2NRR A; 3CM6 A; 3E66 A; 4CD1 A; 3BDP A; 4CI6 A; 1BA1 A; 4M3Y A; 3D0P A; 4JKA A; 2NRT A; 4KHQ A; 2YI1 A; 3FZM A; 4JD2 B; 3MN5 A; 1WUA A; 3Q7C A; 4X64 K; 2G8U A; 4XH5 A; 1BHL A; 3P5J A; 4BQL A; 4CJF A; 3WXM B; 4IKF A; 4DV7 K; 3C7N B; 4CHQ A; 4WE1 A; 3CG7 A; 2PYL A; 4DU4 A; 4LF4 K; 4AHU A; 3TAG A; 2XY6 A; 1OH6 A; 4CHY A; 3TAP A; 3VTH A; 4N41 A; 2E2O A; 4RW4 A; 3ZX2 A; 2IVP A; 3VQ9 A; 2IOC A; 5BPN A; 2WOM A; 3D2F B; 2E6M A; 3NGY A; 3TAF A; 5AQG A; 4JNE A; 4FK2 A; 4FZY A; 3L2R A; 3WEE A; 3B8A X; 3O4N A; 3OYB A; 1X3N A; 3OYG A; 2HVI A; 3TAB A; 1U04 A; 3MWT A; 3VQE A; 4L3Q A; 4J2A A; 1NGC A; 4WF9 L; 2HHT A; 1SQK A; 4E1N A; 4YFU A; 3VEN A; 5BRD A; 4OX9 K; 3DLB A; 4DQP A; 5AQH A; 5FPE A; 4RW9 A; 3S3N A; 4B3S K; 1RDB A; 2XO7 A; 3VOV A; 2VQE K; 5HRP A; 1XQS C; 4BRA A; 4GY2 B; 1TK8 A; 3AGR A; 1TKD A; 3J7A P; 1G99 A; 2Q36 A; 4NYF A; 2O8E A; 4MO5 A; 4ID1 A; 1HPM A; 2OPS A; 3AAP A; 3O9Q A; 5AR0 A; 2DPN A; 3CFO A; 1RGI A; 1TUU A; 4DV5 K; 3QEW A; 3CJ7 A; 3KLI A; 3RSE B; 3HM9 A; 2F7T A; 3MDQ A; 1HLU A; 3AO5 A; 2FBY A; 3SAH A; 4I9L A; 5AQK A; 5KGW A; 3VN5 A; 5I3U A; 1LAW A; 1RIL A; 2HF3 A; 5AQZ A; 4M3Z A; 4CJP A; 1B92 A; 1GLJ O; 3QIO A; 1VRU A; 3W0L A; 5J2P A; 1KRP A; 2OTL N; 5C12 A; 4TSX A; 3VMF B; 1TUY A; 3T3F A; 4EIA A; 5LL6 Z; 2HBK A; 3GL1 A; 5JS1 A; 3FR0 A; 3CFP A; 3IDH A; 4WQ5 A; 4CJK A; 5FRM A; 3J7Y P; 5BRH A; 3ULD A; 1WN7 A; 3LM9 A; 4HTL A; 2IVN A; 5DM7 L; 2GV9 A; 1ZYQ A; 1SZ2 A; 5BPL A; 4B1Y B; 2G8K A; 3I56 N; 1FKP A; 4O8U A; 2GWJ A; 3AV9 A; 4LF9 K; 4CFD A; 1XMO K; 1XC3 A; 2YNG A; 3EZ5 A; 1YUW A; 2NRV A; 1DT9 A; 3QEV A; 3BZC A; 4Q0B A; 3T1H K; 4DSK A; 2E2Q A; 4CD3 A; 1TGO A; 4LFB K; 4Y0W A; 1D5A A; 2HNZ A; 2ZF5 O; 4X66 K; 3L6Q A; 2QXF A; 4YNQ A; 4FJ8 A; 5M1Q A; 4KV8 A; 1BQM A; 2P9K B; 1S6Q A; 3BZK A; 1YXQ A; 4CJE A; 2OZM A; 4HCB A; 3I0R A; 1RDD A; 4J2E A; 1IKV A; 1TYQ B; 3M3Z A; 1JCG A; 4MLH A; 4IZ9 A; 3ISN C; 3ZT3 A; 3NH1 A; 3OW2 M; 3FE1 A; 4GKJ K; 2WC9 A; 2F4V K; 3B6O A; 2NRW A; 3T1Y K; 4B3R K; 5CZ1 A; 1SS6 A; 2F9W A; 5LY3 A; 3PX0 A; 1GLD G; 1S22 A; 3AVC A; 2E20 A; 1RT2 A; 3CCJ N; 1GLA G; 4G1Q A; 4QS9 A; 1VSH A; 1NM1 A; 3TU5 A; 5KPT A; 4F8R A; 3HXM A; 3PSF A; 4BG8 A; 3DXK B; 5EX5 A; 3SAF A; 3DLE A; 1L3V A; 4FLY A; 4A62 A; 4WQ4 A; 3QNN A; 5J2N A; 1S6P A; 2D0A A; 1NGD A; 1BDG A; 4NB4 A; 3AVL A; 5AZJ B; 2IGI A; 3A0I X; 3G0Z A; 1YAG A; 5FPD A; 4CZF A; 3D2E B; 4FWP A; 4FJ5 A; 5HRO A; 1C0F A; 3WXL A; 3PLA A; 5KGX A; 2G8F A; 2ZGZ A; 4RWT A; 3LAL A; 3SBT A; 1KXP A; 3THX A; 4BGB A; 1CZA N; 1S3X A; 4Z4I A; 3CC4 N; 3MEG A; 4RCH A; 1WNS A; 1BCM A; 4M3U A; 4JKF A; 2P9S B; 4BRN A; 4AHC A; 4Z4C A; 4A2A A; 4PY5 A; 1C1C A; 4KAZ A; 4JKG B; 4PKH A; 4FM1 A; 1BG3 A; 3S3M A; 1JL2 A; 5AQS A; 3DXM A; 5LMN K; 1X9M A; 4OGC A; 1XHZ A; 3FFK B; 3DOL A; 1UOC A; 3A5L C; 1VQN N; 3C6T A; 3CCE N; 3J81 O; 2A5X A; 3F9K A; 3O08 A; 4JAX A; 1IH7 A; 5J2Q A; 3AO2 A; 3UE5 A; 3HJF A; 1LWF A; 2QWQ A; 4BE2 A; 3RMB A; 3ZCM A; 3TR8 A; 4FJK A; 2ITG A; 3O1B A; 3T1A A; 5JLH A; 3QBX A; 4YDU C; 3MCA B; 3CCS N; 3SPZ A; 3MWP A; 2KTQ A; 1YJ9 N; 4FWS A; 4DTJ A; 1SL0 A; 4BRD A; 2P9U A; 1C0G A; 2Z1J A; 4JK9 A; 1I3A A; 3VER A; 4KFB A; 3L2Q A; 4EAH D; 1N32 K; 4KO0 A; 4DMN A; 4W5N A; 2VWB A; 1EO1 A; 1NKC A; 4OJR A; 1BU6 O; 3GBT A; 1DLO A; 4YOR A; 4FJI A; 5M1F A; 1T03 A; 2P9N A; 4PWD A; 1RT7 A; 1SAZ A; 4DF4 A; 3NGI A; 2QI2 A; 5B8H A; 1U4B A; 1SKS A; 1NJX A; 1IBK K; 2G8W A; 3FGU A; 1NKE A; 1KVA A; 1KAY A; 2QXL A; 1T8E A; 4B3M K; 4FLZ A; 2ZJP L; 1NOZ A; 4OPA A; 4FVM A; 4BDZ A; 1LCU A; 4BRF A; 2O8C A; 1KLM A; 3SAG A; 3VEZ A; 4FM0 A; 3MN9 A; 1JLQ A; 3O1W A; 5BR9 A; 4QS7 A; 3U3G A; 5CE3 A; 3ULE B; 1JLE A; 4JI4 K; 3WQU A; 4BR9 A; 1EET A; 3AVA A; 4BRE A; 2UUB K; 1BIZ A; 2Q0U A; 3OYN A; 5T7B A; 2BH1 A; 2JWL A; 1UA0 A; 3LP3 A; 1GLF O; 3MEE A; 1ASU A; 4BRM A; 1Q82 O; 4LSL A; 1HYV A; 3TSQ A; 1YJN N; 3R6M A; 3AA3 A; 3ZT1 A; 2QWR A; 3DRP A; 5ADX H; 4M41 A; 2CH5 A; 1TL3 A; 2I5J A; 2NRX A; 1W0H A; 2O8F B; 4E7K A; 2ATQ A; 1KCF A; 1MA9 B; 3GOI A; 3EO3 A; 2ASO A; 2KZM A; 2GX9 A; 2JGU A; 2PFU A; 1QVF M; 4FWO A; 4E89 A; 1ATN A; 2V52 B; 2P9P A; 3AY9 A; 3I0S A; 1O13 A; 4DV6 K; 3CQY A; 4JKB A; 2G8V A; 5AQM A; 5AZI B; 3EEQ A; 4L8R B; 3MX5 A; 4BAC A; 3K57 A; 4R5P A; 2Q97 A; 4C8O A; 3PIP L; 3P31 A; 3LP0 A; 2NLX A; 3M8Q A; 1N8R O; 3ENO A; 5E26 A; 4DSF A; 3CHW A; 4B3T K; 1NGH A; 5AQF A; 4NXM K; 3K9J A; 5C2D A; 4FLV A; 4FLX A; 1TK5 A; 1NK9 A; 3M6G A; 2IC3 A; 2OYQ A; 3A8Y A; 3OYC A; 1RT3 A; 3FZH A; 4B9T A; 2LSN A; 1HKC A; 3E01 A; 4FJH A; 3CJB A; 3NVK A; 5ELZ A; 3V9U A; 2QWM A; 3CJ1 A; 1NGA A; 3ZLJ A; 4BVO A; 3CJ9 A; 1RDW X; 3KK1 A; 3PSI A; 1ASV A; 3RWU A; 2O4I A; 2XHB A; 4I9Q A; 1K8K B; 1HKG A; 4I7F A; 3WNG A; 4PL7 A; 4AHR A; 3IMX A; 3CJA A; 1DTQ A; 2W6K A; 4ELT A; 2ASM A; 2IVO A; 1QQM A; 1NKB A; 1UA1 A; 3OYI A; 3QIN A; 1RFQ A; 1T6D A; 1VQ8 N; 4CEF A; 3W3D A; 3IS9 A; 1W7A A; 1RDC A; 2E1Z A; 2VG6 A; 3U6F A; 2WON A; 4JI0 K; 4DS5 A; 4ZTJ A; 1HJR A; 2E4L A; 2XY5 A; 1IV0 A; 3AA4 A; 2DTU A; 3J80 O; 5DK5 A; 4B9S A; 4PHT X; 1HMV A; 3ENB A; 4JRQ A; 1QZ6 A; 2HST A; 2W40 A; 3A5O C; 1IKX A; 4M3T A; 4KI6 A; 1Z05 A; 4LF5 K; 3UKU B; 4MLE A; 4AH9 A; 1HNZ K; 4M7X A; 1LW2 A; 5KRS A; 1W2B M; 5AJ3 K; 1BOT O; 3SNN A; 3KZB A; 4ISF A; 2UXD K; 4ZHR A; 3TI0 A; 4AM7 A; 3OYJ A; 1U47 A; 4Y1D A; 2YJF A; 3RMD A; 5MLC Q; 3L0Q A; 1WSG A; 4B1U B; 3KWG A; 3DRR A; 5DMR A; 4YOW A; 4IOX A; 5F2R A; 4ICL A; 4CJ5 A; 3VQD A; 3TAN A; 1ZXO A; 1HNI A; 4BQZ A; 1R59 O; 1E4G T; 5A2Q O; 4FOI A; 5AQU A; 3KWI A; 2O8B B; 4GV9 A; 2QWN A; 1W97 L; 3AVF A; 4HHT A; 3RRG A; 4BC3 A; 1VRT A; 1XWL A; 2FBX A; 4BR5 A; 4CEC A; 2O8D A; 4EP4 A; 1Q7Y O; 4DR6 K; 4DQ8 A; 2OA8 A; 3M5R A; 3SYZ A; 3MX2 A; 1DKG D; 4E7L A; 4NYN A; 2AP1 A; 3E9L A; 1JXB A; 2YNH A; 2FF3 B; 1RT5 A; 4FO0 A; 4RW6 A; 3QER A; 4PA1 A; 1RT6 A; 1KVB A; 2GBZ A; 4CEO A; 5KPR A; 2Q2R A; 4IEI A; 3H45 C; 3CCL N; 2X78 A; 3NF7 A; 1HUX A; 4CZI A; 2P9I A; 4B3O A; 3HOS A; 4BC5 A; 4FLT A; 1K8A O; 1BCO A; 1VSK A; 4BRO A; 4G9Z A; 5LMU K; 4OO1 J; 1HYS A; 2RKI A; 3V9W A; 3U9Z A; 3VQB A; 1WBB A; 3NH0 A; 1VQK N; 3F9M A; 3H08 A; 2YV0 X; 4Z4E A; 4FWM A; 3LDP A; 2D0C A; 3OYM A; 1U2V B; 4CBU A; 3EYZ A; 3GE1 A; 5ADX A; 3HP6 A; 3H46 O; 4KHU A; 3RTV A; 3MCP A; 4DQS A; 3VQ4 A; 1E3M A; 4DS4 A; 4DTU A; 1ILY A; 3C65 A; 2NRZ A; 4CK3 A; 4WYB A; 3OS0 A; 4UQG A; 4WQ4 C; 5KQ8 A; 3QB0 A; 5JIC A; 1VSF A; 2QWL A; 4HVJ A; 4YOU A; 1LW0 A; 3HZ6 A; 4CZE A; 3L2V A; 4CJU A; 1GLC G; 3C6A A; 1ATS A; 3VQ8 A; 3VQP A; 5M1N A; 2E5L K; 3NE6 A; 3KK7 A; 1L5U A; 3ZSQ A; 1RNH A; 3D2F A; 4A2B A; 3C6U A; 3P1G A; 3G25 A; 5FRN A; 1ZC6 A; 3U4L A; 4CHP A; 1Q18 A; 1BGX T; 4WFN L; 3O3G A; 4DLE A; 3I8B A; 4KH6 A; 3UKR A; 1YTA A; 3LP1 A; 4B9U A; 4K8X A; 3DLL L; 5KQD A; 2QA4 N; 5K14 A; 1JCF A; 3WNE A; 1RTI A; 2A3Z A; 5C42 A; 4JYA K; 2Y1J A; 2OTJ N; 5GAG P; 4BR4 A; 4DUZ K; 4CGJ A; 4A57 A; 3JXU A; 3F5T A; 3QML A; 2GTD A; 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4FLW A; 1HR0 K; 4RG8 A; 1YHQ N; 4EHU A; 4M3X A; 4FJM A; 1BI4 A; 4KHW A; 3AO3 A; 2KFZ A; 3QIP A; 3BY5 A; 4BY9 C; 3OVN A; 1EXQ A; 4DB3 A; 4FK4 A; 1I94 K; 1VQ4 N; 3VEX A; 3QFU A; 5FLX O; 2IIR A; 4O8K A; 3V9S A; 3TPQ A; 1HX1 A; 3DXK A; 4CJ7 A; 3BEX A; 4FLU A; 4O5B A; 5GAD P; 4FPB A; 3WNH A; 5FRO A; 3LP2 A; 3L2W A; 1GLE G; 1J9A A; 2YCH A; 5HBM A; 1EKE A; 3LDS A; 1M90 O; 1GOA A; 3DYA A; 4BR0 A; 2XRI A; 5EXW A; 3B6P A; 4Y1C A; 4JKC A; 3MED A; 3EN9 A; 3VQ6 A; 1YJW N; 4JI2 K; 3LM2 A; 3UB5 A; 5TKW A; 5AQT A; 3WNF A; 1LWE A; 2NZT A; 1DEJ A; 3WQT A; 1JLA A; 4EZ9 A; 2EWS A; 3BGR A; 2HBL A; 4IJA A; 1KFD A; 3MXJ A; 1ZBL A; 1NJY A; 4KI4 A; 4FL9 A; 3ZSO A; 4DSI A; 4B1X B; 2QWP A; 4CCH A; 4I2Q A; 1S5J A; 3K58 A; 3V6D A; 1JLC A; 1KSP A; 2FF6 A; 3KJV A; 1U48 A; 2KW4 A; 3AVN A; 5I9E B; 3O9S A; 1Q8I A; 2FSJ A; 4JK7 A; 3THX B; 2VG5 A; 4JLH A; 1NK5 A; 2JWK A; 2GEL A; 3WXK A; 3JAM O; 2VWJ A; 1B9F A; 4H0V B; 3PX6 A; 4IDK A; 4DR2 K; 1QSL A; 4E1J A; 3P4I A; 4JI1 K; 2BDP A; 2X6N A; 4CE9 A; 4CF0 A; 2DY4 A; 1FXX A; 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