3QBWA

Crystal structure of pseudomonas aeruginosa 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (anmk) bound to adenosine diphosphate
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
361
structure length
347
Chain Sequence
PRYLGLMSGTSLDGMDIVLIEQGDRTTLLASHYLPMPAGLREDILALCVPGPDEIARAAEVEQRWVALAAQGVRELLLQQQMSPDEVRAIGSHGQTIRHEPARHFTVQIGNPALLAELTGIDVVADFRRRDVAAGGQGAPLVPAFHQALFSRAVLNIGGFSNVSLLRGFDCGPGNVLMDAWIHHQRGEHFDRDGAWAASGQVNHALLASLLADEFFAARGPKSTGRERFNLPWLQEHLARHPALPAADIQATLLELSARSISESLLDAQPDVLVCGGGAFNTALMKRLAMLMPEARVASTDEYGIPPAWMEGMAFAWLAHRFLERLPGNCPDVTGALGPRTLGALYP
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (10-13)AH1 (39-48)S2 (15-23)AH2 (55-81)S3 (27-36)S5 (96-101)TIV3 (52-55)S6 (106-110)S4 (90-93)AH8 (216-224)3H4 (226-229)AH13 (346-349)S7 (124-126)AH4 (128-135)AH5 (143-151)AH10 (258-280)S9 (166-172)TIV6 (163-166)S8 (158-163)TIV7 (170-179)AH9 (243-251)S10 (180-185)AH6 (187-198)3H3 (204-206)AH7 (207-211)TI2 (237-240)TVIII3 (251-254)TI3 (307-310)3H5 (292-295)S11 (287-290)AH11 (297-306)TI4 (321-324)TIV1 (23-26)3H2 (102-104)TIV5 (139-142)S12 (312-314)3H6 (315-318)S1 (3-8)3H1 (85-87)AH12 (324-339)AH3 (113-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Molecular Basis of 1,6-Anhydro Bond Cleavage and Phosphoryl Transfer by Pseudomonas aeruginosa 1,6-Anhydro-N-acetylmuramic Acid Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
total genus 111
structure length 347
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2011-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qbwA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qbwA01
3B8AX 3EN9A 2VYPA 4BQZA 3U4LA 1S22A 3O5BA 4XH5A 4H5VA 3QDKA 5EY4A 5JLHA 3WXLA 3GDQA 4K41A 1X3MA 3VOVA 5AFUA 3VEXA 4H03B 3UKRB 3SJHA 3U9DA 1HX1A 1KAYA 3J8AA 5AQWA 2HOEA 2GWJA 4BGBA 1SZ2A 5AQZA 3WEEB 4B9QA 4DHYA 4M7YA 1KAXA 3BF3A 3H6EA 3I8BA 3I33A 5AQVA 4FL9A 1T44A 4NB4A 3BP8A 2F9TA 4PKIA 2FSKA 5AQLA 4FOIA 1D4XA 1GLDG 3M6GA 3W0LA 2QWNA 1QZ5A 4GY2B 1Y64A 4CZJA 4L3QA 5FPMA 3VEZA 4BRKA 4EFHA 3VGLA 4WQ5C 4A2AA 4BR5A 3FZKA 4FSVA 3ULEA 3TPQA 1BOTO 1HLUA 2IVNA 3H45C 1GLFO 4XEIA 3ZX3A 2BTFA 4BRCA 3MMVA 5AR0A 3R6MA 1C0FA 4RCHA 2FXUA 3IUCA 2AA4A 3ZX2A 4DB3A 3UKUA 3ID8A 2E1YA 3VENA 3H46O 4CBWA 4IJAA 4BVPA 3LM9A 3GBTA 5F2RA 3GL1A 3FE1A 2GEMA 4B1XB 3HM8A 2P9PA 4PL8A 2IIRA 3BEXA 4FPBA 4YDUC 2BUPA 2QWPA 3FFKB 1QQOA 5BREA 3BF1A 4FWMA 4Y0WA 1NWKA 3IFRA 5F1XA 2YI1A 3ULEB 4HWIA 1E4GT 3EZWA 5EOYA 1NMDA 5LY3A 4LC9B 1SAZA 4HTLA 5AQFA 4FOEA 4JHDB 1ATRA 2YCHA 3GG4A 3IMXA 1NGHA 1QHAA 3ENHA 5AQMA 2ASPA 4FWQA 3UKUB 2KHOA 1GLJO 4H5WA 4XH1A 3ZX0A 3CQXA 1MA9B 1TUUA 3WEEA 2V7YA 4RTFD 4FWOA 5BR9A 3ZETA 1GLBG 1ESVA 4AM7A 4H0TB 1HJOA 4IJNA 3SLCA 5ADXA 4KBOA 2Q97A 4BR2A 5FPEA 1NGDA 2P9PB 4H0PA 4MLHA 4CZFA 1J6ZA 1DKGD 4GNIA 1ZBSA 3FZFA 5AQNA 5E26A 4BRPA 2HMPA 4WYBA 5AZJA 4JN4A 2A3ZA 2P9IA 4FPAA 1XQSC 2YJEA 3O1BA 4H5NA 5AQJA 3L4IA 1NBWA 3LDLA 5JMVA 4IO8A 3VF2A 3A5NC 4B1UB 5JLFA 2FSJA 2PBDA 2HF4A 2QWMA 3VGKA 3W3DA 1NGJA 4CZLA 1TYQA 1JCEA 3CERA 4ISFA 1GLCG 3O6WA 3QBXA 1Z6RA 3MK6A 3VGMA 1HKGA 3CJCA 2IVOA 3R9PA 2CH6A 2Q31A 5E84A 3HSCA 4BR0A 3WQUA 4BR7A 4K42A 5AQSA 3LDNA 3CJAA 4BRQA 3ZETB 3CJ7A 5AQTA 2A42A 5BPMA 5AQPA 4DQ8A 2E1ZA 4QS8A 3AY9A 3UB5A 3M1FA 5FPNA 1TUYA 4FWLA 2I7NA 3CETA 2QM1A 5FPDA 4CZGA 1Q18A 3UE5A 4O5FA 2GUPA 2YHWA 3JXUA 2Q2RA 1BA1A 2VWBA 5AZJB 5AQUA 4E1JA 2P9IB 2YHYA 2F9WA 3WT0A 4B1WB 4K43A 3S41A 3QBWA 1X3NA 3ATVA 5ELZA 1WUAA 3H1QA 1MWMA 5AQHA 4JHDA 3VESA 2CH5A 4IZ9A 3OHRA 5KPZA 1TYQB 4CZEA 3HI0A 1GLAG 2E2NA 4JAXA 1HKBA 2FSNA 4WQ4A 3FR0A 2CGJA 3VPZA 2DPNA 3FZMA 3MN7A 3BUZB 1HUXA 2CGKA 3D7EO 4CBUA 1EQYA 1U2VB 4BR4A 3VF4A 3HBTA 1NGEA 4IWVA 1R59O 4H0XB 4BR9A 5AQQA 3U8XA 1MDUB 4FWNA 2A41A 3U9ZA 3GE1A 4B1VA 3H3OB 3CHWA 4M7XA 2FF3B 4H5TA 1BDGA 4BRGA 3JS6A 5BRFA 4BRHA 4BREA 3LDPA 5BPLA 2ASMA 4EIAA 4FO0A 1U6ZA 4RWTA 3O08A 5BPNA 3WUHA 3D2EA 1S3XA 3H1VX 4MO5A 3AAQA 3CJBA 1BU6O 4BC2A 3EL2A 3GOIA 2Q1NA 3DJCA 5AQGA 4CI6A 4XH4A 3O1WA 1NGGA 1BO5O 3DXMA 3A5MC 5AQKA 2I7PA 2V51B 3DXKA 1BUPA 4EAHD 5I9EB 3A5LC 3EO3A 3O80A 1RFQA 2D4WA 4CZKA 4EHUA 2A6AA 2QW9A 3LL3A 2V52B 5F0XA 3L6QA 3LDQA 5AQXA 2GWKA 5CE3A 5AQIA 2QWLA 3A0IX 1NLVA 2QXLA 4J8FA 4BG8A 3CIPA 4O8KA 3VEOA 5JICA 4MO4A 3A5OC 1SQKA 2W41A 1XUPO 5KPTA 1ATSA 5EX5A 1JCFA 5BN8A 1NGBA 3MDQA 4Z94A 3RSEA 1DEJA 4JD2A 3R8EA 3MN5A 1LCUA 4B1YB 3CJ9A 4F9OA 1G99A 3L0QA 1HKCA 4QS9A 3D2EB 4H0VB 3O4WA 4PL7A 1XC3A 4FWSA 3SMPA 5BRHA 1QQNA 1K8KA 2QWQA 3VEWA 3DXMB 2YJFA 3TU5A 4ISEA 3FGUA 4CD1A 1T6CA 3QFUA 3DXKB 5BN9A 3ZEUB 5AQYA 1C0GA 4IXCA 3F9MA 3HZ6A 1U2VA 3VEYA 3VF6A 2H3GX 3ATUA 1IG8A 2D0PA 3ENOA 4BC3A 3C7NA 4H5RA 2NRHA 4BG9A 4WQ4C 4BROA 2P9SA 4CZMA 1WOQA 2P9NA 2WUSA 3M3ZA 1NGFA 2ZGYA 4CD3A 2E2PA 3O8MA 3QFPA 1GLLO 3QICA 5AFUH 3IDHA 1QZ6A 1X9JA 2QWRA 1IJJA 3RSEB 4I6MB 1HPMA 3MN6A 2ITMA 1NM1A 4JD2B 4C23A 4CZHA 4H0YB 1MWKA 3VERA 4A2BA 1BA0A 3WXKA 4AM6A 5B8HA 2FLOA 4BC5A 3AARA 4FWRA 2P9LA 1K8KB 4BVOA 3VETA 2V7ZA 4FWPA 4QS7A 2GELA 5KPRA 4CBXA 3EKUA 1E4FT 2ASOA 2NZTA 2GTDA 1KAZA 4EHTA 4NO7A 1V4TA 1P8ZA 2QWOA 2J4RA 2EWSA 1KXPA 3MN9A 1YXQA 2P9KA 1GLEG 1Z05A 1RDWX 3LDOA 5AZIA 5BRDA 2P9UA 2Q0UA 3C7NB 2VCPA 2ZGZA 2D1KA 2ZF5O 2P9SB 3WXJA 4A61A 2P9NB 3FZLA 1YUWA 3H3NO 2Q36A 2E20A 2A5XA 1YAGA 4JNEA 2FF6A 4BRAA 1BG3A 4WQ5A 3VEVA 4BC4A 5EVZA 5AQOA 3FLCO 4CJ7A 2YHXA 2OANA 2P9LB 5LJVA 3KZBA 2IVPA 4BRDA 1NGAA 4A62A 3A8YA 5TKYA 1T6DA 1ATNA 4M63C 3CJ1A 4PKGA 2D0OA 3D2FA 3ZEUA 3KHYA 1H1VA 3WQTA 3WXIA 3AAPA 3CI5A 1ZC6A 5LJWA 2ZWHA 1V4SA 3P4IA 3QMLA 4H0OA 4PKHA 4BGAA 4K25A 2E2QA 1DGKN 2P9KB 5AZIB 4BRLA 4BRIA 2P9UB 1RGIA 4FWKA 2W40A 3SK3A 3UKRA 3HTVA 4YDUA 2CGLA 3SMSA 4BRFA 3C0BA 3DWLA 3EKSA 1CZAN 2AP1A 3G25A 3KVGA 4I6MA 4B1ZA 5EXWA 4BQLA 2E2OA 2E8AA 2HF3A 1QQMA 4DCHA 2PAVA 3DAWA 3CQYA 1OKJA 4BRMA 5ADXH 2UYTA 1NGCA 1BWFO 5AQRA 4CZIA 1YVNA 1NGIA 2Q0RA 5KQDA 1ZXOA 3FZHA 5KQ8A 2A40A 3LM2A 3QB0A 1LOTB 4ISGA 3D2FB 4BRNA 4MLEA 2E88A 1JCGA 3MCPA 2NLXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI1K 4BQZA 3ZSOA 3O5BA 3DOKA 4XH5A 5JLHA 4CGGA 3E9OA 1KTQA 1X3MA 4K8XA 4A5BA 1FKOA 1RT5A 3SJHA 4CVNE 1LV5A 1SZ2A 1Q9YA 3MX5A 5FDLA 4KO0A 3WNEA 4EZ6A 1T44A 1WNSA 5FROA 3O9QA 4FVMA 1D4XA 1NMNA 4WCEL 3W0LA 5SZTA 2QWNA 4LFAK 2KQ2A 4Z4EA 1Y64A 3BY5A 4EFHA 3VGLA 4DR7K 4WQ5C 1FK9A 3FZKA 4DFJA 3U6FA 3DRRA 3OA9A 1GLFO 3E1YA 3NBPA 3L8BA 2BDPA 5AR0A 4DR1K 3QERA 2HNZA 2HW3A 4DB3A 5GIPA 5CR4A 2E1YA 3MEGA 3CCQN 1IKVA 1OVYA 3H46O 2HMIA 3GL1A 1EWRA 3K9JA 4U7BA 4DSJA 5HRNA 1RT7A 4M3YA 3OYJA 1WAFA 3VQPA 4CF8A 4CK2A 4YDUC 3DLBA 1NOYA 1JL2A 4KFBA 2QWPA 3P38A 4DSIA 1IBLK 1BISA 3FFKB 5D3GA 1S9GA 1NK5A 1B92A 3K5NA 1GOBA 3BZCA 5F1XA 3QEXA 1E4GT 3EZWA 5EOYA 4B9UA 3C94A 1SAZA 3DYAA 4HTUA 3GG4A 1WSIA 1RBRA 1LW0A 3IMXA 4DR5K 1NGHA 1VRUA 3ZX0A 4XH1A 1HQUA 2O8BA 3BGRA 5BR9A 2O8FB 3IAYA 4H8KA 1ESVA 1TKDA 2HB5A 5ADXA 5J2QA 4DSKA 3ZSZA 3SCXA 2JWKA 4M45A 1HRHA 3KJVA 5E26A 2HMPA 3NH2A 4KTWA 2A3ZA 3RVCA 3TARA 1XQSC 1LWCA 3DRSA 3LZJA 4IO8A 3A5NC 1TKZA 1Z26A 2QWMA 2BANA 3VGKA 1NGJA 1VQKN 3L2QA 3VTHA 1TYQA 3CERA 4ISFA 3O6WA 5HRRA 3QBXA 3VGMA 1HKGA 3RMBA 1VSFA 2Q31A 2YKMA 4BR0A 4IBNA 4BRQA 2GX9A 5CY4A 3AGKA 4DKWA 4N76A 3AV9A 2E1ZA 4QS8A 3AY9A 2HHHK 5M1QA 3CETA 4CJPA 5C10A 3LAKA 1VSDA 1BA1A 3O4QA 2P9IB 3V6DA 1FJGK 4JI3K 1N33K 2OTJN 4NXMK 3QBWA 2NUBA 1VK0A 3NAEA 1MWMA 2PYLA 3VQ7A 4LF4K 5HL7L 1OH8A 2E2NA 4JAXA 4O44A 1S1VA 2FSNA 4O0JA 2Y1IA 1NK0A 3KLFA 4Z4CA 4CK1A 2P5OA 1C0TA 5LMNK 3P1GA 3QNOA 2CGKA 3D7EO 1U2VB 3C6UA 3TSPA 1NGEA 3E66A 4IWVA 2Z1JA 3AVLA 1MDUB 4B3MK 3R3LA 3GE1A 2LSNA 3V81A 4K8ZA 2IDOA 3THXB 4DV3K 4DV0K 1W9HA 3JS6A 2NRZA 3HXMA 2QTDA 1N8RO 5BPLA 4EIAA 4F4KA 4OPJA 4DR3K 3THYB 1RBUA 4BC2A 4CI6A 2XY6A 3DXMA 4IG3A 4B08A 4FJIA 4OLBA 4M3TA 5AQKA 4IFYA 3J7YP 4FJHA 4FJ7A 3DI6A 1IG9A 4X64K 2I7PA 3SZ2A 4QAGA 3DXKA 3SPYA 5I9EB 3RMDA 3EO3A 4EHUA 2OCEA 3T7ZA 3LL3A 5F0XA 1OVQA 1KFDA 3I0RA 2KZZA 1VQ4N 2F8SA 3SYZA 3AVFA 1YITN 3A0IX 5LMUK 2QXLA 4J8FA 3OS2A 3MEDA 3CIPA 4E3SA 3T1YK 1A5XA 4MO4A 3A5OC 4CHZA 1SL1A 2XY7A 1JCFA 4YHHK 4N41A 4O8UA 3RSEA 2Y1JA 1VAZA 5H1SQ 4BE1A 2DFEA 4CJUA 1LCUA 4ELVA 3HO1A 1HKCA 4JKGA 2D0CA 4FW1A 4E7JA 3KTQA 4DTJA 3LWMA 3WNFA 1N6QA 3VEWA 3SAFA 5KGWA 3AVHA 1SUQA 3TU5A 3VMFB 4CEEA 1D8YA 3KKRA 2AJQA 1W0HA 4HCCA 3KK1A 4CHPA 1KVAA 4IXCA 2FBTA 4UY8O 3I56N 4J2DA 4WQ4C 3O9SA 4OPHA 2P9SA 3LP0A 4CZMA 2HHWA 2WUSA 2QEXN 3M3ZA 1NGFA 3O8MA 2IS3A 1KRPA 2QWRA 1IJJA 2ITMA 3ZSQA 4JD2B 3NMUA 1T7PA 1MWKA 1WSHA 4YOWA 1TGOA 3TAPA 4BC5A 3LP2A 1K8KB 4BVOA 3T1HK 2V7ZA 5SWMA 3ID6A 3CXCM 4FXDA 1E4FT 2ASOA 4NO7A 4NLCA 2J4RA 3G10A 1VSHA 3MN9A 3OJSA 1Z05A 3SV4A 1VQ9N 5AZIA 3MXIA 1JXBA 1RDAA 2D1KA 2ZF5O 3F2KA 2P9NB 3HOTA 3H3NO 4KHPK 4CGFA 3CPWM 2E20A 2X6NA 1BG3A 4WQ5A 4BC4A 3MXMA 2YHXA 2PFUA 1VQPN 3QEWA 2P9LB 1JLFA 3L3UA 4FLTA 5HLFA 4A62A 3A8YA 2HVHA 4ZHRA 4CFAA 1ATNA 2NRTA 1HYVA 2XY8A 3CJ1A 4X62K 5I42A 2O4GA 3D2FA 3VQBA 3KK3A 3KK2A 3OYEA 3CI5A 1NNEA 4CEQA 3CYMA 4H0OA 4BGAA 2P9KB 4R79A 4Q0BA 4RW8A 5LL6Z 4ELUA 5JS2A 3K57A 1BQMA 3PIPL 2KZMA 4YDUA 2CGLA 3SMSA 3DWLA 1CZAN 4ILJA 4JKBA 2AP1A 3M8PA 3ZT2A 2O8EB 4BQLA 4OGCA 2GV9A 2HSTA 2VG6A 4FM2A 4ICLA 2NNWA 3O3GA 3T69A 3AA3A 1TL1A 1EXQA 4I9QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B8A X;  3EN9 A;  2VYP A;  4BQZ A;  3U4L A;  1S22 A;  3O5B A;  4XH5 A;  4H5V A;  3QDK A;  5EY4 A;  5JLH A;  3WXL A;  3GDQ A;  4K41 A;  1X3M A;  3VOV A;  5AFU A;  3VEX A;  4H03 B;  3UKR B;  3SJH A;  3U9D A;  1HX1 A;  1KAY A;  3J8A A;  5AQW A;  2HOE A;  2GWJ A;  4BGB A;  1SZ2 A;  5AQZ A;  3WEE B;  4B9Q A;  4DHY A;  4M7Y A;  1KAX A;  3BF3 A;  3H6E A;  3I8B A;  3I33 A;  5AQV A;  4FL9 A;  1T44 A;  4NB4 A;  3BP8 A;  2F9T A;  4PKI A;  2FSK A;  5AQL A;  4FOI A;  1D4X A;  1GLD G;  3M6G A;  3W0L A;  2QWN A;  1QZ5 A;  4GY2 B;  1Y64 A;  4CZJ A;  4L3Q A;  5FPM A;  3VEZ A;  4BRK A;  4EFH A;  3VGL A;  4WQ5 C;  4A2A A;  4BR5 A;  3FZK A;  4FSV A;  3ULE A;  3TPQ A;  1BOT O;  1HLU A;  2IVN A;  3H45 C;  1GLF O;  4XEI A;  3ZX3 A;  2BTF A;  4BRC A;  3MMV A;  5AR0 A;  3R6M A;  1C0F A;  4RCH A;  2FXU A;  3IUC A;  2AA4 A;  3ZX2 A;  4DB3 A;  3UKU A;  3ID8 A;  2E1Y A;  3VEN A;  3H46 O;  4CBW A;  4IJA A;  4BVP A;  3LM9 A;  3GBT A;  5F2R A;  3GL1 A;  3FE1 A;  2GEM A;  4B1X B;  3HM8 A;  2P9P A;  4PL8 A;  2IIR A;  3BEX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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