3QBXA

Crystal structure of pseudomonas aeruginosa 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (anmk) bound to 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid
Total Genus 118
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
362
structure length
353
Chain Sequence
PRYLGLMSGTSLDGMDIVLIEQGDRTTLLASHYLPMPAGLREDILALCVPGPDEIARAAEVEQRWVALAAQGVRELLLQQQMSPDEVRAIGSHGQTIRHEPARHFTVQIGNPALLAELTGIDVVADFRRRDVAAGGQGAPLVPAFHQALFGSRAVLNIGGFSNVSLLSPGKPVRGFDCGPGNVLMDAWIHHQRGEHFDRDGAWAASGQVNHALLASLLADEFFAARGPKSTGRERFNLPWLQEHLLPAADIQATLLELSARSISESLLDAQPDCEEVLVCGGGAFNTALMKRLAMLMPEARVASTDEYGIPPAWMEGMAFAWLAHRFLERLPGNCPDVTGALGPRTLGALYPA
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (15-23)TI1 (10-13)AH2 (55-81)S3 (27-36)AH1 (39-48)TIV3 (52-55)TVIII1 (48-51)S4 (90-101)S5 (106-110)AH13 (346-349)S6 (124-126)AH5 (143-152)TIV5 (163-166)S8 (166-172)AH10 (258-280)S7 (158-163)TI3 (281-284)TII1 (173-176)AH6 (187-198)AH9 (243-250)3H3 (204-206)AH7 (207-211)AH8 (216-224)TI2 (237-240)3H4 (226-229)TIV6 (238-241)TI4 (307-310)S11 (311-314)S10 (286-290)3H6 (316-318)TI5 (321-324)S1 (3-9)TIV1 (23-26)3H2 (102-104)AH12 (324-339)AH4 (128-135)S9 (179-185)AH11 (297-306)3H1 (85-87)3H5 (292-295)AH3 (113-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Molecular Basis of 1,6-Anhydro Bond Cleavage and Phosphoryl Transfer by Pseudomonas aeruginosa 1,6-Anhydro-N-acetylmuramic Acid Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
total genus 118
structure length 353
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2011-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qbxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qbxA01
4FWOA 3H6EA 1NGBA 4XH1A 4M63C 3FZHA 3BP8A 5AQKA 1HJOA 2QWPA 4ISGA 5F2RA 2CGLA 1E4GT 3L0QA 3ENHA 5BPNA 3D2EA 2A42A 3LL3A 2KHOA 3QMLA 5BREA 3QFUA 1KAZA 1NGDA 5F1XA 1Z05A 3OHRA 4MLHA 1C0FA 4CZFA 3ATVA 3O80A 3WEEB 1RFQA 1CZAN 3M6GA 3BEXA 1K8KA 1LOTB 3G25A 3CJCA 1XQSC 3FZFA 2YHWA 4RTFD 3TU5A 2NZTA 4FWRA 3C7NA 3FR0A 4CZHA 5EVZA 1SQKA 3VEXA 1SAZA 5AZIA 3HTVA 3H3OB 3EZWA 2DPNA 2Q0UA 4M7YA 3O8MA 5AQIA 5JMVA 4CBXA 1V4SA 3L6QA 1OKJA 3C0BA 1QHAA 3MN5A 2ASPA 2GUPA 1ATNA 2ITMA 4BRHA 2CGJA 4FOEA 5F0XA 1T6CA 1NGEA 1YVNA 3TPQA 4ISFA 3SJHA 4CD1A 3ULEB 5AQZA 3JS6A 4BRMA 1QZ6A 4BR0A 3VGKA 1BDGA 3SMPA 4O5FA 1TUYA 3W3DA 3WEEA 4BC3A 1G99A 1ZXOA 3CHWA 3IDHA 4MLEA 3I8BA 2P9SB 5I9EB 3WT0A 1BWFO 2E2NA 1BG3A 1LCUA 2GWKA 3KHYA 3LM9A 4I6MB 2QWNA 4BRAA 5BRDA 1KAYA 2E2PA 1T44A 5AQHA 1YAGA 3R6MA 4JHDB 3VERA 2A6AA 1GLDG 4MO5A 3A5MC 2E20A 1GLLO 4K41A 3CI5A 3ULEA 1HLUA 1IJJA 2AP1A 4IXCA 1XUPO 4HWIA 1DGKN 3O1WA 5AQJA 4BQLA 3VF6A 5BN8A 5BRHA 1KAXA 5FPDA 4BREA 2VYPA 2A3ZA 2QWMA 2P9IB 3VENA 5AQPA 4FWKA 1XC3A 2E1YA 2P9SA 4BC2A 3GG4A 4BRIA 4FOIA 4I6MA 3LM2A 3QBWA 4DB3A 4H0VB 4BR4A 2J4RA 5LJVA 3DJCA 1GLFO 3HSCA 5BRFA 3WUHA 1YXQA 2ASMA 3IUCA 3VF2A 4JNEA 1P8ZA 2GELA 4JHDA 5AQQA 2FSJA 1RGIA 3DXMB 3GBTA 4CJ7A 4WYBA 1Q18A 2QWLA 2QM1A 2HF4A 4GNIA 3LDQA 3M3ZA 3H46O 3MMVA 1HKCA 2OANA 4A2AA 2D1KA 4M7XA 3LDLA 3P4IA 3VOVA 3D2FB 2P9UB 4EAHD 1JCFA 2AA4A 1EQYA 4BROA 4BVPA 2V51B 3U4LA 2P9LB 2Q1NA 5AQRA 3MK6A 3HM8A 5BN9A 2FXUA 1ATRA 4CD3A 1HKGA 2WUSA 3CJ1A 2GEMA 4AM7A 1NM1A 1GLCG 1GLEG 2P9IA 3F9MA 4H0OA 3H1QA 3FZLA 4H5NA 1JCGA 3VGMA 3W0LA 1X3MA 1S3XA 2V7ZA 5EOYA 1U2VB 4IZ9A 5B8HA 4O8KA 1NLVA 4CZIA 2NRHA 1ZBSA 2E1ZA 2Q2RA 5EX5A 4BQZA 2PBDA 5AQLA 4IJAA 4BRGA 3A5LC 3DXMA 1QQMA 4EFHA 3FLCO 2FF6A 4BGAA 4PKHA 4BGBA 3VETA 1DKGD 1NGCA 4A62A 3I33A 1NGGA 1ATSA 3D2FA 2P9UA 4JN4A 4DQ8A 1Y64A 3AARA 3EL2A 2ASOA 2P9LA 4K42A 3FE1A 2I7PA 3WXIA 4BC4A 2HF3A 3CJAA 5TKYA 2IVOA 2W41A 4DHYA 2EWSA 4FO0A 4FWQA 3ZEUB 3SK3A 2CH5A 1U2VA 2H3GX 3AY9A 1RDWX 3AAPA 2PAVA 1NGFA 1WOQA 3D7EO 1H1VA 2D0PA 1GLBG 4CBWA 4H0TB 3LDPA 3MN6A 3HBTA 2QWQA 3MN7A 3FGUA 3VGLA 2GWJA 2BUPA 1QQOA 2W40A 4PL8A 2IVPA 4B1VA 3ATUA 2BTFA 4CZJA 3KVGA 3CQYA 4GY2B 2P9NB 4CBUA 4XH5A 3HI0A 4EHTA 4B1WB 4H5TA 5AQFA 4CZEA 2P9PB 2ZWHA 5KPRA 4CZGA 1TYQB 5AQSA 3A0IX 3MDQA 3VEOA 1SZ2A 3CJBA 3EKUA 5AZJB 3WQTA 5AR0A 3ZX0A 4PL7A 2CGKA 3ZEUA 1KXPA 5AFUA 5E26A 4HTLA 2YCHA 1MA9B 2Q36A 3SMSA 5JICA 1WUAA 1V4TA 3L4IA 3VESA 1X9JA 5E84A 2ZGZA 3B8AX 2E88A 3CIPA 1HPMA 4CZMA 2HOEA 3EN9A 2Q97A 1BA1A 1T6DA 4FWPA 3LDOA 4CZLA 5ADXA 2ZGYA 4FSVA 3A8YA 4QS7A 1QZ5A 5AQWA 1BO5O 4BRPA 1C0GA 5ELZA 2P9NA 3AAQA 5BR9A 2D4WA 3U9DA 3GL1A 1Z6RA 2P9PA 1BUPA 4A61A 4H5VA 3O1BA 1TYQA 2P9KB 4FWMA 1DEJA 3IMXA 2GTDA 3O5BA 4Z94A 1J6ZA 5AZJA 3R9PA 4CZKA 1U6ZA 4H03B 4H0PA 5KPZA 2IVNA 5AQMA 3GOIA 4JAXA 2FLOA 3BUZB 4BR7A 4B1UB 3ZX2A 3ZETB 5LJWA 3GDQA 4B9QA 3UB5A 4B1ZA 4C23A 2A5XA 3ZX3A 3QFPA 2A41A 5JLFA 2A40A 3RSEB 4LC9B 3CJ7A 1HX1A 4WQ4C 4YDUC 1HKBA 3FZMA 4ISEA 3IFRA 1NGHA 3FFKB 4BRLA 2I7NA 4IWVA 4H5RA 2FF3B 2YHYA 3VEYA 4B1YB 1NWKA 4BR2A 3VEVA 3M1FA 3J8AA 1NBWA 2E2OA 4FWNA 1ZC6A 3LDNA 3R8EA 4IJNA 5AQNA 4KBOA 3EO3A 3U8XA 3WQUA 3KZBA 2P9KA 3H1VX 1E4FT 5AFUH 3BF1A 2VCPA 2E2QA 2Q0RA 3DAWA 3O6WA 4WQ4A 4H5WA 4YDUA 3H45C 3ZETA 1GLAG 2QW9A 3BF3A 4JD2B 5CE3A 3UKRB 4F9OA 1YUWA 1MDUB 3RSEA 2YHXA 4L3QA 4CI6A 5ADXH 1QQNA 3JXUA 3UKUB 4FPAA 4BC5A 5AQVA 1NGIA 4BRNA 1MWKA 1IG8A 2E8AA 5FPEA 5FPNA 3QDKA 1BU6O 1R59O 4BG9A 1NGAA 3VPZA 4XEIA 2HMPA 2NLXA 3EKSA 3ID8A 1D4XA 4FL9A 4QS9A 5AQXA 4BG8A 3WXJA 4FPBA 4FWSA 2V7YA 5KQ8A 1ESVA 4RWTA 3DXKB 2F9WA 2YI1A 4K43A 4Y0WA 3UE5A 3S41A 1MWMA 4H0XB 2CH6A 3VEZA 5AQTA 5AQYA 4BVOA 5KPTA 1BOTO 3DWLA 4E1JA 4JD2A 2V52B 3QICA 1S22A 3WXKA 3UKRA 5AQGA 5LY3A 4WQ5C 3O4WA 2IIRA 3A5OC 5BPMA 3UKUA 1BA0A 4FWLA 4QS8A 2Q31A 5AQOA 4DCHA 3CERA 4J8FA 5BPLA 2VWBA 2YJFA 4A2BA 2QWOA 1X3NA 4BR5A 4K25A 3QB0A 3CJ9A 3QBXA 4H0YB 2YJEA 4NO7A 5JLHA 3MCPA 4BR9A 3CQXA 3ENOA 2FSNA 5AQUA 4AM6A 4BRCA 3D2EB 3VEWA 4BRQA 4PKIA 1JCEA 3HZ6A 4RCHA 1NMDA 3DXKA 3H3NO 5EY4A 4XH4A 1K8KB 4MO4A 3GE1A 3WXLA 4WQ5A 1TUUA 3MN9A 3FZKA 4EIAA 3C7NB 1NGJA 2FSKA 5KQDA 4BRFA 5AZIB 2ZF5O 4IO8A 5FPMA 5EXWA 4B1XB 2D0OA 2QXLA 3O08A 4BRDA 1GLJO 4PKGA 4EHUA 2F9TA 3VF4A 1HUXA 4NB4A 4BRKA 2QWRA 3SLCA 2UYTA 3U9ZA 3A5NC 3CETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA1A 1O1WA 1HNVA 4FJXA 3BP8A 1B9FA 2IC3A 4PHTX 3L0QA 4AQYK 5BREA 3QFUA 1NGDA 4WFBL 1NK0A 3NAEA 4K8XA 1Z05A 4CFDA 4CZFA 3E01A 3CM6A 3M8QA 3TANA 4DV4K 3QNOA 3G25A 4B3SK 4RTFD 3TU5A 2NZTA 3C94A 4BE0A 3T1YK 3C7NA 3NGYA 4IG0A 3VQCA 4CZHA 4PQUA 5AZIA 4B3TK 1OH6A 3H3OB 5CR4A 5AQIA 4JYAK 2YHAA 2G8KA 3C6HA 4CEZA 2ZQBA 3TI0A 3RMDA 3HP9A 1KVCA 1X9WA 3AO4A 3MN5A 1TKXA 4E7IA 4DS4A 1LW2A 5C24A 4OGCA 1T6CA 3BZCA 5DM7L 4FXDA 3CMEN 3TPQA 3SJHA 4CD1A 3VQQA 3D45A 3CCMN 3PO5A 4N41A 1SS6A 1ASWA 1GOAA 1QZ6A 2O4IA 1LAWA 1BDGA 3VQPA 3HSTB 3W3DA 4BC3A 1G99A 3V9SA 3CHWA 5IT9O 2O8CA 3NGZA 4G1QA 4YOXA 1NJIO 3PX0A 2UXBK 1LCUA 4CECA 3KHYA 5C10A 2QWNA 3AVNA 4DFMA 1KAYA 3KWGA 4NYNA 3SV4A 1RDBA 3KD5E 1QSSA 4CJ3A 1WAJA 2VGMA 1BGXT 3MX5A 3R6MA 1EKEA 2KQ2A 2HVHA 3TSQA 3WNFA 3QNNA 4LD0A 3CG7A 1GLLO 3ULEA 3N4PA 5KTQA 3WNEA 2B5JA 1NG9A 1IJJA 2AP1A 5DMRA 3LANA 3PV8A 5AQJA 4JS4A 4BQLA 3J7AP 3VF6A 5BN8A 5BRHA 3CFOA 4CGDA 3V81A 4DQQA 2XY7A 5AQPA 4KHPK 3GG4A 3QEPA 1L3SA 1S1XA 3WXMB 3V6DA 4BR4A 3KK3A 1DTQA 1VSHA 3KKRA 1W0HA 5BRFA 2DY4A 1YXQA 2RF2A 2ASMA 3IUCA 2WBNA 3ZT4A 3VF2A 1P8ZA 2GELA 2FSJA 3DXMB 3HPOA 3LAKA 4JI7K 1C6VA 4CJ7A 4WYBA 1Q18A 5M1OA 3CCVN 2QM1A 4JK7A 4CF1A 4G9ZA 3AGRA 4GNIA 3LDQA 3M3ZA 5SWMA 4JI3K 3NF6A 4BDZA 3TARA 3LDLA 2O8FA 3D2FB 3VA3A 4EAHD 1VHXA 5TKWA 3NH1A 2O8BA 1EQYA 4AHCA 4NLBA 2P9LB 2Q1NA 1VAZA 5AQRA 3MK6A 5BN9A 4A5AA 4CD3A 1S72N 3OYMA 1WSIA 4JEPA 1GLEG 1A5XA 3F9MA 3P39A 4H0OA 4JKDA 1OH5A 3VGMA 3T1AA 4B3MK 2HHHK 3KK2A 2NUBA 5JVHL 1U2VB 3AA2A 4CEBA 4J2EA 1VSJA 4DTOA 2E1ZA 5EX5A 2D0AA 4IJAA 1QVFM 4FLZA 3VA0A 3MXIA 2OTJN 4EFHA 3FLCO 4F3TA 3J7ZO 3VQ8A 3E1YA 1DKGD 1NGCA 2KFZA 3TSPA 3SUOA 3LZIA 2P9UA 1Y64A 3VTIA 2HNDA 4DV2K 1Y97A 4K42A 3MWTA 2I7PA 4M3UA 2YNHA 3KLGA 4DHYA 3ZEUB 3PIOL 1IH7A 3MEGA 3AY9A 4F4KA 3DLEA 1RDWX 3RMCA 4DV3K 2GV9A 3O4QA 1WOQA 3HM9A 3P38A 4F2RA 3LDPA 3AVFA 1VRUA 2QWQA 3MN7A 4JK8A 2BUPA 4DQRA 3OVNA 2IS3A 2W40A 1QE1A 1NU0A 4LF4K 1RBVA 2RHKA 3KVGA 3RWUA 3HPGA 4DSLA 4XH5A 2BH1A 4FJ9A 4FVMA 2NRRA 4KFBA 2BANA 1EWRA 1BI4B 5AZJB 3EKUA 5CY4A 4CEEA 4ICLA 2HMIA 2KZZA 3HRGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FWO A;  3H6E A;  1NGB A;  4XH1 A;  4M63 C;  3FZH A;  3BP8 A;  5AQK A;  1HJO A;  2QWP A;  4ISG A;  5F2R A;  2CGL A;  1E4G T;  3L0Q A;  3ENH A;  5BPN A;  3D2E A;  2A42 A;  3LL3 A;  2KHO A;  3QML A;  5BRE A;  3QFU A;  1KAZ A;  1NGD A;  5F1X A;  1Z05 A;  3OHR A;  4MLH A;  1C0F A;  4CZF A;  3ATV A;  3O80 A;  3WEE B;  1RFQ A;  1CZA N;  3M6G A;  3BEX A;  1K8K A;  1LOT B;  3G25 A;  3CJC A;  1XQS C;  3FZF A;  2YHW A;  4RTF D;  3TU5 A;  2NZT A;  4FWR A;  3C7N A;  3FR0 A;  4CZH A;  5EVZ A;  1SQK A;  3VEX A;  1SAZ A;  5AZI A;  3HTV A;  3H3O B;  3EZW A;  2DPN A;  2Q0U A;  4M7Y A;  3O8M A;  5AQI A;  5JMV A;  4CBX A;  1V4S A;  3L6Q A;  1OKJ A;  3C0B A;  1QHA A;  3MN5 A;  2ASP A;  2GUP A;  1ATN A;  2ITM A;  4BRH A;  2CGJ A;  4FOE A;  5F0X A;  1T6C A;  1NGE A;  1YVN A;  3TPQ A;  4ISF A;  3SJH A;  4CD1 A;  3ULE B;  5AQZ A;  3JS6 A;  4BRM A;  1QZ6 A;  4BR0 A;  3VGK A;  1BDG A;  3SMP A;  4O5F A;  1TUY A;  3W3D A;  3WEE A;  4BC3 A;  1G99 A;  1ZXO A;  3CHW A;  3IDH A;  4MLE A;  3I8B A;  2P9S B;  5I9E B;  3WT0 A; 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 1HUX A;  4NB4 A;  4BRK A;  2QWR A;  3SLC A;  2UYT A;  3U9Z A;  3A5N C;  3CET A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UA1 A;  1O1W A;  1HNV A;  4FJX A;  3BP8 A;  1B9F A;  2IC3 A;  4PHT X;  3L0Q A;  4AQY K;  5BRE A;  3QFU A;  1NGD A;  4WFB L;  1NK0 A;  3NAE A;  4K8X A;  1Z05 A;  4CFD A;  4CZF A;  3E01 A;  3CM6 A;  3M8Q A;  3TAN A;  4DV4 K;  3QNO A;  3G25 A;  4B3S K;  4RTF D;  3TU5 A;  2NZT A;  3C94 A;  4BE0 A;  3T1Y K;  3C7N A;  3NGY A;  4IG0 A;  3VQC A;  4CZH A;  4PQU A;  5AZI A;  4B3T K;  1OH6 A;  3H3O B;  5CR4 A;  5AQI A;  4JYA K;  2YHA A;  2G8K A;  3C6H A;  4CEZ A;  2ZQB A;  3TI0 A;  3RMD A;  3HP9 A;  1KVC A;  1X9W A;  3AO4 A;  3MN5 A;  1TKX A;  4E7I A;  4DS4 A;  1LW2 A;  5C24 A;  4OGC A;  1T6C A;  3BZC A;  5DM7 L;  4FXD A;  3CME N;  3TPQ A;  3SJH A;  4CD1 A;  3VQQ A;  3D45 A;  3CCM N;  3PO5 A;  4N41 A;  1SS6 A;  1ASW A;  1GOA A;  1QZ6 A;  2O4I A;  1LAW A;  1BDG A;  3VQP A;  3HST B;  3W3D A;  4BC3 A;  1G99 A;  3V9S A;  3CHW A;  5IT9 O;  2O8C A;  3NGZ A;  4G1Q A;  4YOX A;  1NJI O;  3PX0 A;  2UXB K;  1LCU A;  4CEC A;  3KHY A;  5C10 A;  2QWN A;  3AVN A;  4DFM A;  1KAY A;  3KWG A;  4NYN A;  3SV4 A;  1RDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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