3QBXA

Crystal structure of pseudomonas aeruginosa 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (anmk) bound to 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
362
structure length
353
Chain Sequence
PRYLGLMSGTSLDGMDIVLIEQGDRTTLLASHYLPMPAGLREDILALCVPGPDEIARAAEVEQRWVALAAQGVRELLLQQQMSPDEVRAIGSHGQTIRHEPARHFTVQIGNPALLAELTGIDVVADFRRRDVAAGGQGAPLVPAFHQALFGSRAVLNIGGFSNVSLLSPGKPVRGFDCGPGNVLMDAWIHHQRGEHFDRDGAWAASGQVNHALLASLLADEFFAARGPKSTGRERFNLPWLQEHLLPAADIQATLLELSARSISESLLDAQPDCEEVLVCGGGAFNTALMKRLAMLMPEARVASTDEYGIPPAWMEGMAFAWLAHRFLERLPGNCPDVTGALGPRTLGALYPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular Basis of 1,6-Anhydro Bond Cleavage and Phosphoryl Transfer by Pseudomonas aeruginosa 1,6-Anhydro-N-acetylmuramic Acid Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
total genus 118
structure length 353
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2011-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qbxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qbxA01
2ZWHA 1YVNA 3A5NC 4BQLA 2Q0RA 4DQ8A 3AAQA 3VEWA 1SAZA 3CERA 4B1ZA 1CZAN 5EOYA 3HSCA 3A5MC 3O4WA 3CQXA 3WEEB 4FL9A 5AQUA 3ZETA 5AQZA 4CZEA 4H0TB 3O5BA 4EFHA 5BRDA 3WT0A 3AARA 1RGIA 1RDWX 3ENOA 2ZF5O 5AQYA 5KPZA 5AQQA 1QQMA 4EAHD 2QWQA 5AFUH 3CJAA 3QMLA 1ATNA 4CZFA 4O5FA 2F9WA 2QWPA 1QQOA 3RSEB 4M7YA 4J8FA 1GLEG 1K8KB 1NGHA 3TU5A 3FZKA 4DB3A 5ADXA 4CZIA 2P9PA 4FPAA 1NMDA 4WQ4C 4CBWA 4CZGA 2CH5A 1ZC6A 3D2EA 2P9NB 2P9KA 3FE1A 4FWKA 5E26A 4FWQA 4O8KA 5LY3A 1GLAG 2E2QA 4I6MB 3VERA 3VF2A 3GG4A 2E2PA 2NRHA 1ATSA 2E88A 4BRQA 4BRHA 1DGKN 4Y0WA 1U6ZA 1MWMA 4H03B 4BRGA 3BEXA 3C0BA 2P9IB 2IVNA 4CD3A 5AQJA 5F1XA 3MN5A 4JHDB 1IG8A 4BRPA 1NGIA 3O80A 4BR4A 2CGJA 3VF4A 2BUPA 2E2NA 5AQFA 2F9TA 3ZX0A 1X3MA 5AZJB 4CBXA 3EKSA 4BREA 3JS6A 4A2AA 3DAWA 3JXUA 2ASMA 4E1JA 2OANA 4BR5A 1T44A 4H5RA 3LDLA 1Z05A 4ISFA 1NGBA 3MN6A 3SMSA 1TUYA 3O1BA 1DEJA 1X9JA 2PBDA 1C0FA 2IVOA 3WEEA 4BRAA 4FPBA 3B8AX 2E1YA 3LL3A 2V51B 2A5XA 4GY2B 3DWLA 3CHWA 1YXQA 3QDKA 4RTFD 3ULEB 4BQZA 1NGFA 4XH1A 2I7PA 1IJJA 2P9LB 1NGGA 3A5OC 4JD2B 1MA9B 3H3NO 2QWNA 3MK6A 1DKGD 3H1QA 3DXMA 4YDUA 3QFUA 1BA0A 1QZ6A 5JLHA 4BC3A 4WQ4A 3RSEA 1NGDA 5AZIB 3SMPA 4FSVA 1K8KA 3L0QA 5BRFA 5AQXA 3GOIA 2A6AA 5FPDA 3WUHA 3LM9A 3O1WA 1D4XA 1E4FT 3U9ZA 4JN4A 2P9NA 1NLVA 2YJEA 1R59O 3CETA 4CZJA 3QICA 5FPNA 4BR2A 3KVGA 2D0PA 5LJVA 4IZ9A 3WXLA 2QWRA 4I6MA 4RWTA 3HI0A 2E8AA 3ID8A 1JCFA 2P9IA 1NGJA 4JHDA 3VOVA 3UB5A 2VCPA 4C23A 3H6EA 5AQIA 3VEYA 4CI6A 1V4SA 3ZX3A 1KAZA 1OKJA 1NGAA 3AY9A 5AZJA 1HX1A 4CZMA 5BR9A 2V7YA 3DXMB 4BRFA 3D2FB 4L3QA 3BUZB 1RFQA 3W0LA 3BF3A 3EO3A 2FF3B 4B1XB 2Q31A 1NBWA 3W3DA 2FXUA 3CQYA 4ISGA 4JAXA 4YDUC 3VGMA 5AQTA 3U8XA 3R8EA 4F9OA 4BR0A 2QM1A 5EX5A 1QZ5A 3ULEA 4DCHA 4AM7A 3MN7A 4BC2A 2VWBA 3VPZA 2P9LA 2PAVA 1NGCA 4IXCA 4WYBA 5BN8A 4JD2A 1GLDG 4BRKA 3GBTA 2EWSA 3M3ZA 3CIPA 2D0OA 1GLLO 3IMXA 4NO7A 3VETA 3UKUB 4M63C 5JICA 2I7NA 1JCGA 1HPMA 2BTFA 1Z6RA 3LDOA 5AZIA 3BP8A 3J8AA 4CBUA 5AQOA 2V52B 3L6QA 3QBWA 2GUPA 3O6WA 4K43A 4BVOA 3EN9A 2A41A 4K25A 2P9SB 3M6GA 4FWPA 4JNEA 3AAPA 3I8BA 2IVPA 4BGAA 4BR9A 3KHYA 1GLCG 5BREA 4H0OA 1HJOA 3FR0A 4AM6A 5AQRA 4HWIA 1HLUA 2YJFA 3U4LA 2IIRA 1KAXA 3VEZA 2YHXA 1WOQA 2E20A 3I33A 3L4IA 1ATRA 1LOTB 3H3OB 2GWKA 3C7NB 5E84A 2FSNA 3ZEUB 4CD1A 3M1FA 4BRLA 5KQ8A 2YI1A 4BVPA 4PKIA 5ADXH 1NWKA 3IUCA 4K41A 4MLHA 4NB4A 3VGLA 4CZHA 1S3XA 2Q1NA 3VGKA 3QB0A 2Q97A 1YUWA 2QXLA 4B1YB 3HM8A 2GTDA 1Y64A 4WQ5A 2P9UB 4XH5A 3R9PA 1BDGA 1KAYA 2QWMA 3FZHA 4MO5A 3FFKB 1HKBA 3EL2A 4H0YB 3MMVA 3D2FA 3FZFA 2NLXA 3SLCA 2A40A 3DXKB 2VYPA 2V7ZA 3WXIA 1EQYA 3WXJA 1HKCA 3A5LC 4XH4A 4H5TA 4H5VA 5AR0A 1X3NA 4FWLA 1QHAA 2D1KA 3D7EO 5AFUA 3CJBA 4FWSA 2CGKA 1T6CA 3U9DA 5I9EB 3GL1A 1ESVA 3F9MA 1WUAA 4H0XB 4FO0A 3BF1A 1U2VB 4IJAA 1GLFO 4CZLA 4BRIA 5EVZA 5BPNA 2Q0UA 3DJCA 2QW9A 1E4GT 4A62A 2GWJA 5JMVA 3UKUA 5EY4A 3UE5A 5BN9A 4B9QA 1TYQB 3UKRA 5AQNA 2FF6A 5EXWA 3FGUA 2AA4A 2P9SA 3WXKA 4A2BA 3CJ1A 2HF3A 2GELA 2ZGYA 4IJNA 3CI5A 4WQ5C 1HUXA 1SQKA 5F2RA 3ZX2A 4CZKA 4H0PA 1ZXOA 1NGEA 4FOEA 3SK3A 3EZWA 4EHTA 3LM2A 3P4IA 3ZEUA 3C7NA 1GLBG 3VF6A 1BWFO 4BG8A 1MWKA 2Q2RA 1MDUB 5BRHA 3QFPA 3MCPA 2HMPA 4HTLA 4PL8A 1NM1A 2YCHA 3WQUA 1BOTO 1GLJO 3GE1A 4FWRA 1YAGA 2P9UA 1LCUA 3H45C 2D4WA 3CJ9A 3IDHA 4IO8A 4CJ7A 5ELZA 4XEIA 5AQGA 5AQVA 5BPLA 3CJ7A 3A8YA 5LJWA 5F0XA 5FPMA 2QWOA 4KBOA 5AQWA 3HTVA 1BUPA 3O8MA 2H3GX 3DXKA 2J4RA 4Z94A 4B1VA 1C0GA 4RCHA 2ZGZA 4BG9A 4LC9B 2CH6A 1KXPA 3UKRB 4BC5A 4M7XA 4MLEA 3H1VX 3QBXA 5AQHA 3ATUA 5AQMA 2DPNA 3VENA 2FLOA 3EKUA 2UYTA 4EIAA 3TPQA 3HBTA 3ZETB 5KPRA 3FZLA 2A42A 1XUPO 3VEOA 2ITMA 3H46O 1P8ZA 1XC3A 4FWOA 4H5WA 1U2VA 1BU6O 2W40A 2FSJA 1SZ2A 3O08A 2YHWA 4BC4A 2E2OA 3G25A 4DHYA 2NZTA 1H1VA 2ASPA 4MO4A 2HF4A 4BRCA 3GDQA 4FOIA 3VEVA 3MN9A 3WQTA 4QS8A 4BRNA 2GEMA 4H0VB 3A0IX 1TYQA 2A3ZA 4QS7A 4EHUA 1T6DA 3S41A 3FZMA 1JCEA 2KHOA 4ISEA 5JLFA 4FWMA 1S22A 2P9PB 4BR7A 2AP1A 2FSKA 4H5NA 1J6ZA 4K42A 5AQLA 1V4TA 2ASOA 3CJCA 3D2EB 2P9KB 5AQSA 4BRMA 2HOEA 3FLCO 5B8HA 3IFRA 4PKHA 5KQDA 4B1UB 3HZ6A 3LDQA 4A61A 3MDQA 1Q18A 4FWNA 3KZBA 3VESA 5KPTA 5CE3A 5TKYA 3VEXA 3ENHA 4PL7A 1ZBSA 4IWVA 5BPMA 3ATVA 2CGLA 3SJHA 2Q36A 3OHRA 4BGBA 2WUSA 1HKGA 4B1WB 1XQSC 4GNIA 1TUUA 1BA1A 3LDPA 4PKGA 4QS9A 4BRDA 2W41A 1BG3A 3LDNA 1G99A 2QWLA 5AQKA 2YHYA 4BROA 1BO5O 5FPEA 1QQNA 5AQPA 2E1ZA 3R6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BQNA 2G8HA 3EE8A 4CGDA 4H8KA 4BQLA 3CCQN 1ZBUA 1HMVA 3AVCA 4DTXA 3OYGA 3A5MC 3O4WA 5AQZA 4IFEA 3ALYA 2VGMA 4GV6A 3E1YA 2OA8A 3NHGA 1RGIA 5KPZA 4KPYA 5AQYA 1TGOA 1VSKA 5C25A 5DM7L 5AFUH 2X78A 4Z4GA 1ATNA 4CEBA 1O1WA 1IKYA 3NVMA 1DLOA 2OPPA 3AVJA 4DFKA 2KFZA 3LP0A 2WONA 3SQ4A 1KCFA 4J8FA 1X9WA 1O13A 3TU5A 4JI2K 1KVBA 4CZIA 3OS1A 1NMDA 5JS2A 3SAFA 2YNHA 2CH5A 2D5RA 1DTQA 4FWKA 1LW0A 4HCBA 5E26A 2Q3SA 3E9LA 5LY3A 4FJ8A 2O8EB 1GLAG 3G4SN 2E2QA 4I6MB 4DSFA 5EU7A 1F21A 4A57A 1MWMA 3AGRA 3KK2A 3BEXA 2P9IB 2YHBA 5AQJA 3ZYYX 4CECA 1A5WA 2VG5A 3HT3A 1HR0K 2CGJA 2X6NA 3VTIA 4CERA 1LAWA 2E2NA 5AQFA 1X3MA 4WFNL 4CBXA 3CCUN 1W2BM 2YNFA 2QKKA 4JEPA 1U47A 3EKSA 4A2AA 2ASMA 1HNIA 1IKWA 1T44A 2PY5A 1WBDA 3LDLA 4OVLA 3OS2A 1JLQA 1YIJN 2DY4A 4CE9A 4DMNA 3VQ7A 4GKKK 4CJEA 3SQ0A 4FZZA 1TUYA 1DEJA 4PY5A 3HPHA 1C0FA 3WEEA 2OTJN 4B9VA 2IGIA 3B8AX 4CJFA 1FKOA 1D9DA 2A5XA 4GY2B 4DF4A 3CHWA 1EO1A 4C1NI 3QDKA 3ULEB 3NCIA 1IJJA 1WN7A 3HVTA 4DV0K 4DFMA 4DV3K 2P9LB 1VSLA 3G10A 1NGGA 4JK8A 2NNWA 4JD2B 2F7TA 1U04A 1L3UA 3RRHA 4FZYA 3R3LA 4O4GA 3NVKA 4EP4A 3AVLA 4KAZA 4DTNA 3J7YP 4ZTJA 2P1JA 1GOBA 3TANA 1NGDA 2B5JA 2O4GA 4CF2A 1K8KA 1KD1O 3L2QA 5AQXA 3GOIA 1CXUA 3LM9A 3DMJA 4YOUA 4W5NA 2GBZA 4JI6K 3U9ZA 4CHPA 1NLVA 4ELTA 1R59O 3VQAA 3AA5X 4KV8A 4AHSA 5LJVA 4KHUA 4IZ9A 4CEFA 3WXLA 3T7ZA 1WAJA 4KH5A 3K5OA 3PSFA 3OBYA 1TKDA 4JKEA 3V9ZA 1QSLA 4JK7A 1JLAA 2NUBA 4OPAA 1NGJA 4C23A 2VCPA 4YOXA 1B92A 3VEYA 2B6AA 3IS9A 3HOTA 1V4SA 3CMEN 1KAZA 3ZSYA 4RW8A 3AY9A 5AZJA 3TTFA 3CCJN 4LFAK 3DXMB 4I7FA 1Q7YO 1RFQA 3KJVA 3MXMA 2FF3B 1VQ5N 4OX9K 1YT3A 1L5UA 4B1XB 3SBGA 4O0JA 4YOVA 3RMBA 1TL3A 3SJJA 4H4MA 2FXUA 1W97L 1VK0A 3CQYA 5JS1A 1VQNN 4Q0BA 3OA9A 4JKDA 3THXB 4R5PA 4F9OA 4DG1A 4BR0A 1HYSA 2F96A 4RW4A 5M1QA 4M3XA 4BC2A 3VPZA 1BI4A 4B9NA 5LL6Z 4IOAL 3OTOK 3GBTA 4IOXA 4E1NA 3SAHA 2EWSA 4E7JA 2D0OA 3NF6A 5JICA 4FJMA 1S72N 5GIPA 3BDPA 4NCGA 3HPOA 1M90O 5AZIA 3BP8A 3J8AA 3PY8A 4B08A 4W5OA 2UU9K 4K25A 3M6GA 4ZHRA 1IBLK 5BREA 2KKZA 4H0OA 4H4OA 3SZ2A 4AM6A 4HWIA 1TAQA 1NK4A 1KAXA 1GOCA 1WOQA 3L4IA 4AHUA 4X62K 2G8VA 1ATRA 3KK7A 1C1CA 3ZEUB 1X9SA 3UIQA 3N4PA 4NCBA 4BRLA 2YI1A 4MLHA 4DQIA 4CZHA 4K0KK 3V6DA 2Q97A 4B1YB 4K8XA 4CFAA 1Y64A 1RDDA 1W0HA 4LH5A 1BDGA 2IC3A 2QWMA 1ASUA 4CJRA 3EL2A 3MMVA 3D2FA 3FZFA 1NOYA 3CPEA 3V9SA 3WNGA 3HJFA 4J2AA 4WF9L 4XH4A 3NF8A 5HROA 4BY9C 4B3SK 4QOZB 3OYEA 3KLHA 1X3NA 1QHAA 5AFUA 4Z4IA 4JV5K 1T6CA 3NFAA 1ESVA 4FJGA 1XI1A 4M45A 4I2PA 4K8ZA 3BF1A 4CZLA 4WCEL 4BRIA 1SL2A 4BE2A 3D6RA 2Q0UA 3DJCA 1K6YA 4E0DA 2BANA 4EP5A 1HPZA 5DMRA 4M41A 3ISNC 5AQNA 2FF6A 2UUCK 5EXWA 3CG7A 3DLBA 4DR1K 2AA4A 2P9SA 1A5XA 2ZGYA 3CI5A 4DF8A 1NU0A 1ZXOA 1NGEA 4FOEA 4AHRA 1XNRK 3C7NA 4JI3K 3VF6A 4BG8A 4JI1K 4CIGA 1OVQA 1MDUB 5BRHA 3QFPA 3ID6A 3QERA 1A5VA 1VQMN 3SV3A 5MLCQ 4E19A 1VQLN 3GE1A 1JL1A 4FWRA 3PSIA 4DR3K 5ELZA 5AQVA 5BPLA 5LJWA 5F0XA 1RDCA 3SUQA 1Q8IA 4LSNA 2H3GX 3DXKA 1RT7A 4DR7K 4B1VA 4DQQA 1W7AA 4N47A 3THYA 4BC5A 2O8CA 4J2EA 3RR7A 5FDLA 4WFBL 2FBTA 3ATUA 4HTUA 5J2PA 4O44A 1OH7A 1M1KO 4G1QA 3NGIA 4CHNA 1P8ZA 2XRIA 1XC3A 3C6HA 3CCRN 3QNNA 1U2VA 3TTCA 2OZMA 4IEIA 1SZ2A 3O08A 5M1NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BGG A;  3DOL A;  4F2R A;  1VSH A;  1K9M O;  4A5A A;  4Z4C A;  4KRE A;  3NF7 A;  2YKM A;  4F8R A;  3ZCM A;  4OLB A;  4H5T A;  2Y1I A;  4H5V A;  3SUP A;  5AR0 A;  4DTP A;  3D7E O;  4YHH K;  1EWR A;  4OLA A;  4ILJ A;  1VHX A;  3U9D A;  3GL1 A;  3F9M A;  3OY9 A;  3RMD A;  1J9A A;  2X6S A;  2YKN A;  2JLE A;  3QET A;  1IBK K;  3C6T A;  4CJ5 A;  5EVZ A;  2QW9 A;  1SKR A;  4N5S A;  5EY4 A;  3UE5 A;  2BE2 A;  5BN9 A;  4JKB A;  1UAX A;  4I9L A;  5M1F A;  3WXK A;  3VA0 A;  3AVF A;  1VQP N;  5FRM A;  2RHK A;  2JWL A;  1NK0 A;  4CZK A;  4H0P A;  3EZW A;  1WB9 A;  1IG9 A;  2PYL A;  2HMP A;  4HTL A;  3I0S A;  3RR8 A;  3AO5 A;  1NM1 A;  1RTI A;  1WAF A;  4M3R A;  3MXJ A;  1GLJ O;  1HQU A;  3VQB A;  4IOC L;  2XY8 A;  2D4W A;  3IDH A;  3K58 A;  2VG7 A;  5AQW A;  3HTV A;  1K8A O;  4DR4 K;  4Z94 A;  3S3M A;  3THW B;  3F9K A;  1C0G A;  4RCH A;  5HOO A;  4BG9 A;  1C0M A;  3K0S A;  1KXP A;  1UA1 A;  4M7X A;  5CR4 A;  5AQM A;  2DPN A;  3VEN A;  1KLM A;  3TPQ A;  3HBT A;  5C2F A;  1VSF A;  2A42 A;  5TKW A;  2ITM A;  3VEO A;  3SV4 A;  4FWO A;  4LF6 K;  3T19 A;  2NRZ A;  4H5W A;  4JS5 A;  4ID5 A;  4JKF A;  2RPI A;  1EKE A;  3VMF B;  4PUO A;  1FXX A;  3G25 A;  4JYA K;  2HF4 A;  1BIU A;  1YTA A;  1YJW N;  2KZZ A;  3FFI A;  3WQT A;  4QS8 A;  4H0V B;  4M3U A;  4MQ3 A;  2A3Z A;  1DT9 A;  1T6D A;  2GX9 A;  4FJL A;  1JLG A;  2HW3 A;  3FZM A;  2GUI A;  4ISE A;  5JLF A;  4JRP A;  2P9P B;  4BR7 A;  1ZBI A;  2FSK A;  4H5N A;  4KKO A;  4Y1C A;  4YFU A;  4R79 A;  3D2E B;  4FJH A;  2P9K B;  1NJY A;  2HOE A;  1ZBH A;  4F4K A;  1I39 A;  3TAE A;  4B1U B;  4FZX C;  3LDQ A;  1Q18 A;  3ZT1 A;  4YOW A;  1QTM A;  1KSP A;  1VQK N;  5CE3 A;  3VEX A;  3PV8 A;  4PL7 A;  1I3A A;  1RTH A;  3ZSZ A;  3ATV A;  4KH4 A;  5C42 A;  2QKB A;  4ICL A;  4YNQ A;  1HKG A;  3VQD A;  4E89 A;  3K59 A;  3TAM A;  2RKI A;  3ULD A;  1BA1 A;  3DOK A;  1RDA A;  4BRD A;  3ZT0 A;  2O8B A;  2YHY A;  4A59 A;  5AQP A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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