3QDKA

Structural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
549
structure length
546
Chain Sequence
KYTIGVDYGTESGRAVLIDLSNGQELADHVTPYRHGVIDQYLPNTNIKLGHEWALQHPLDYVEVLTTSVPAVMKEDADDVIGIGVDFTACTMLPVDEEGQPLCLLAQYKDNPHSWVKLWKHHAAQDKANAINEMAEKRGEAFLPRYGGKISSEWMIAKVWQILDEAEDVYNRTDQFLEATDWIVSQMTGKIVKNSCTAGYKAIWHKREGYPSNEFFKALDPRLEHLTTTKLRGDIVPLGERAGGLLPEMAEKMGLNPGIAVAVGNVDAHAAVPAVGVTTPGKLVMAMGTSICHMLLGEKEQEVEGMCGVVEDGIIPGYLGYEAGQSAVGDIFAWFVKHGVSAATFDEAQEKGVNVHALLEEKASQLRPGESGLLALDWWNGNRSILVDTELSGMLLGYTLQTKPEEIYRALLEATAFGTRAIVDAFHGRGVEVHELYACGGLPQKNHLLMQIFADVTNREIKVAASKQTPALGAAMFASVAAGSEVGGYDSIEEAAKKMGRVKDETFKPIPEHVAIYEKLYQEYVTLHDYFGRGANDVMKRLKALK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribulokinase
molecule tags Transferase
source organism Bacillus halodurans
total genus 173
structure length 546
sequence length 549
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.16: Ribulokinase.
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qdkA01
3VF2A 2YCHA 1XC3A 3A0IX 2Q0UA 2QW9A 2OANA 3UE5A 4I6MA 1S22A 3AAPA 3IUCA 3KZBA 4FWMA 5AFUH 5AQPA 2EWSA 2D0PA 4BRAA 4YDUA 3CJ1A 3A8YA 3ZETA 2IVOA 5AQNA 4ISEA 4FWPA 4B1WB 4BR0A 4K43A 3FZMA 3CHWA 4RCHA 3WQTA 4A2AA 1DKGD 4XH1A 4B1YB 1Z6RA 4JHDA 3SJHA 3VPZA 2E8AA 4DHYA 4EFHA 2E88A 2P9NB 2E2NA 3IDHA 3VEXA 4CBXA 3ZETB 1QZ5A 1HKGA 1WUAA 3O1WA 1DEJA 1R59O 1DGKN 3BF3A 3CERA 4BRHA 2P9KA 3WQUA 3H3NO 2HF4A 1OKJA 3R9PA 5BPLA 5AQQA 3UKUA 4J8FA 4GNIA 1NLVA 4A62A 3CQXA 2ASPA 3EL2A 5JMVA 1JCFA 2FSKA 3EZWA 2FSNA 1Q18A 1NGIA 1U6ZA 4BG8A 1MWMA 1YUWA 2Q97A 3QBXA 1GLAG 1J6ZA 5BREA 4KBOA 3UKUB 4BRQA 1GLCG 2GWJA 4BRCA 2QWLA 5FPEA 4FOEA 2V7YA 3SMSA 1GLEG 2E2QA 3C7NA 4IO8A 3W3DA 1D4XA 1NGJA 2QWNA 4BC3A 5BRHA 1Z05A 3ID8A 1CZAN 4CI6A 4E1JA 2P9IA 5F0XA 2CGLA 1NGGA 1YAGA 2Q31A 5AR0A 5LJWA 3D2EB 4IJNA 1BUPA 2YJEA 5ADXA 3ENOA 1XUPO 3ULEB 2Q1NA 3VETA 3JXUA 3VEZA 1NMDA 1T44A 3MN7A 3VEOA 2GTDA 1GLJO 3VEVA 4B9QA 1SZ2A 2VCPA 2P9IB 3WEEA 2J4RA 3R6MA 4FPBA 5AQLA 1C0GA 5E84A 4A61A 3GBTA 3LM2A 3QMLA 3ATUA 3H1QA 4MO5A 5AQHA 2ITMA 3HM8A 3VGMA 3LM9A 1EQYA 4FL9A 2YHYA 1NGHA 4WQ5C 3CQYA 2F9WA 1ATRA 4BR2A 5AQKA 2P9LA 3RSEB 3VF6A 3LDQA 3FZFA 1BA0A 1BO5O 4JAXA 5BPNA 2QWMA 3DAWA 4PL7A 3CJAA 3A5OC 3UB5A 1NM1A 2P9SB 4DCHA 5TKYA 3JS6A 1QQOA 3EKUA 2QWQA 3QB0A 5BRDA 1GLDG 1TUUA 3O1BA 5AZJB 1T6DA 4FWLA 2FSJA 2V7ZA 3LL3A 3BF1A 3FGUA 3H3OB 5FPNA 3CETA 4FWKA 4BRFA 1WOQA 1MWKA 3GG4A 2YJFA 4WQ5A 4BVPA 1QHAA 3ZEUA 4CZHA 5E26A 2YI1A 1NGBA 3BP8A 4MLEA 4CZIA 3O4WA 4CZGA 3D7EO 1MDUB 3HI0A 3SK3A 2P9NA 4FWQA 1TUYA 2GWKA 3ZEUB 2WUSA 4B1UB 1ZC6A 2HMPA 4FSVA 2YHWA 1KAZA 3VGLA 1P8ZA 2GELA 1HKCA 2FF3B 5EXWA 3TU5A 1XQSC 3U4LA 1HJOA 4ISGA 2BUPA 4H0VB 3ENHA 5AFUA 3VEYA 1NGCA 4FO0A 3LDNA 4H5WA 4BRMA 4CD1A 2BTFA 3MN9A 5AQWA 5JLHA 2E2PA 5KQ8A 2CGKA 4BG9A 3MN6A 3KVGA 5EX5A 1LOTB 3FZLA 1IJJA 3AAQA 1GLBG 3TPQA 1ZXOA 2HOEA 3QDKA 4M7YA 3VENA 1E4FT 3HSCA 2GUPA 2A41A 3ZX2A 2Q36A 3VEWA 4JD2A 4DQ8A 2QWOA 5B8HA 4CBWA 4BRLA 1V4TA 2HF3A 4Y0WA 2E20A 2ZGZA 4BR5A 4K42A 2W40A 3WXLA 4BRGA 2NRHA 3KHYA 3CJ7A 4BC5A 4H0XB 4B1ZA 4GY2B 3U9ZA 1NBWA 3D2EA 4JD2B 3DXKB 3D2FB 3ULEA 1BU6O 2V52B 2W41A 3L0QA 3UKRB 2IVNA 3HZ6A 3GDQA 2H3GX 2UYTA 3U8XA 1H1VA 1HUXA 3GE1A 3WT0A 1K8KB 3HTVA 4QS9A 3S41A 3L4IA 2D1KA 4CZJA 1QQMA 3BEXA 4PKGA 1GLFO 5ADXH 5BPMA 3ZX3A 3VOVA 3WXJA 5F2RA 4EHUA 5AQZA 3RSEA 4H5TA 4B1VA 1JCEA 3EKSA 3H45C 5BN9A 1RDWX 4H5RA 5BRFA 2P9SA 4WYBA 5AQFA 1HPMA 5AQOA 2CH6A 5FPMA 3MK6A 1TYQB 5I9EB 5KPZA 4NB4A 4HTLA 2E1YA 3I33A 2QWPA 4H0YB 4O5FA 3GOIA 5AZJA 5AQTA 3U9DA 2FXUA 2VWBA 3QFUA 1T6CA 2E2OA 3DJCA 5AZIB 2A40A 3FZKA 3G25A 5EY4A 3FR0A 3EO3A 3I8BA 4XEIA 1HX1A 2AP1A 3ZX0A 1KAXA 2QXLA 2PBDA 1JCGA 3BUZB 4M63C 4CZLA 4LC9B 4BRDA 3MDQA 4FWNA 3VESA 3L6QA 4BR7A 4MLHA 5KPTA 1KXPA 1IG8A 4H5VA 2PAVA 5EOYA 1RGIA 4H0TB 4YDUC 3F9MA 3H46O 2ZWHA 4BR4A 4BC4A 3HBTA 3MCPA 4EIAA 4CBUA 4MO4A 3LDPA 2P9UB 4FWRA 1YVNA 4BQLA 4WQ4C 4B1XB 2QWRA 2IVPA 4BC2A 3WXIA 2GEMA 5AQMA 4BREA 4XH5A 3FLCO 3WUHA 5LY3A 4AM7A 2ZF5O 3IFRA 3O8MA 4IWVA 2A6AA 5AQYA 2IIRA 1QQNA 2F9TA 2D4WA 3W0LA 4RTFD 4BQZA 2QM1A 1G99A 4PKHA 4BRKA 2ZGYA 1ZBSA 4H5NA 4CZFA 4CZEA 4F9OA 4I6MB 4L3QA 4FWOA 1NGDA 4H0PA 3MN5A 4WQ4A 4BGBA 2P9PA 5AQUA 4XH4A 2AA4A 1KAYA 3DXKA 1HKBA 3D2FA 1X9JA 1GLLO 2YHXA 3QBWA 5F1XA 3UKRA 5AQVA 3FE1A 3C0BA 3LDOA 4FWSA 3GL1A 3ATVA 3B8AX 4IXCA 4JHDB 4PL8A 3CJ9A 3R8EA 2P9PB 4K25A 2CH5A 4K41A 1K8KA 4IZ9A 1SAZA 4ISFA 4CJ7A 1HLUA 2E1ZA 3OHRA 2Q2RA 5BN8A 2Q0RA 4CZKA 2P9KB 2A3ZA 5AQSA 2KHOA 1X3NA 1LCUA 3VGKA 4BR9A 1NGAA 4M7XA 4EHTA 3SLCA 5AQGA 3FZHA 4CZMA 1V4SA 4H0OA 1BWFO 5CE3A 1Y64A 2NLXA 1TYQA 4BRPA 2FLOA 2DPNA 5AQJA 4BROA 2CGJA 3O6WA 1BDGA 3O80A 3DWLA 3M3ZA 4IJAA 4BRNA 3M1FA 5KPRA 5AZIA 5KQDA 3A5MC 3C7NB 3CI5A 3QFPA 3M6GA 5AQIA 3P4IA 3VERA 1MA9B 3A5NC 3J8AA 2ASMA 1U2VA 2VYPA 3H1VX 4RWTA 2D0OA 5EVZA 4JNEA 3IMXA 3CJCA 1NWKA 1C0FA 3CIPA 4H03B 2A42A 2ASOA 4FPAA 2A5XA 3O08A 1YXQA 2NZTA 1NGFA 3O5BA 3QICA 5FPDA 2FF6A 5JICA 4O8KA 3SMPA 3A5LC 3H6EA 1U2VB 5ELZA 4Z94A 4FOIA 3WXKA 1RFQA 3WEEB 1S3XA 3FFKB 4A2BA 1X3MA 4BRIA 3DXMA 3LDLA 5LJVA 1ATSA 1E4GT 3CJBA 2P9UA 3AY9A 3MMVA 4C23A 2V51B 4EAHD 4BGAA 4QS7A 1ESVA 1NGEA 2I7NA 4BVOA 3AARA 1BA1A 4PKIA 1SQKA 3EN9A 5JLFA 4CD3A 5BR9A 5AQRA 3DXMB 2P9LB 1BOTO 4HWIA 4QS8A 4NO7A 1QZ6A 3VF4A 5AQXA 1ATNA 2I7PA 1BG3A 4AM6A 4JN4A 4DB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQKN 3SBTA 3P38A 4OPAA 3CCVN 4CEAA 1S22A 3AAPA 1BI4B 1NK6A 3ZETA 2IVOA 1KRPA 4BR0A 4CEOA 3E1YA 4RCHA 2ETJA 4A2AA 1DKGD 1FKOA 4CERA 1C1CA 4JHDA 3NHGA 4EFHA 2E88A 1U4BA 4IEIA 2E2NA 3IDHA 3VEXA 4CBXA 3SZ2A 1HNZK 1VSEA 1HKGA 1WUAA 1DEJA 1R59O 3CERA 1Q8IA 3HOTA 1RNHA 2B6AA 1ZBUA 2HF4A 2BE2A 2YNIA 3K0SA 3AA3A 4CEBA 1YITN 1NLVA 2DFFA 1HYSA 3PX6A 1F21A 3MX5A 2OCEA 3JAMO 1WBDA 1Q18A 1U6ZA 1S1VA 1VRUA 3T1YK 2Q97A 3TR8A 3KTQA 5BREA 3SPZA 5C10A 4FLUA 2GWJA 2HVIA 3G71N 4ELTA 3T1AA 3L2WA 3AVBA 4FM1A 3O9TA 1NMNA 1D4XA 5BRHA 3JSMA 4ZTJA 4E89A 3CCJN 4KTWA 5J2MA 4FK2A 4LF9K 3KD1E 4M3ZA 2P9IA 1NGGA 2Q31A 4X66K 3D2EB 4IJNA 5ADXA 1S5JA 3ENOA 3VETA 3VEZA 2P5GA 3WEEA 2J4RA 2BDPA 5AQLA 1XC9A 1C0GA 3JYTA 4A61A 3QMLA 4KHPK 2HHQA 2ITMA 3HM8A 3AVJA 4NYNA 3SQ2A 2YHYA 3K9JA 3TAMA 3CCEN 4F3TA 1KFSA 3IAYA 2W6KA 5A2QO 2KQ2A 3S3NA 3OBWA 2P9LA 4OKJA 1T05A 3QEWA 3CJAA 2RKIA 4DMNA 1S9GA 3A5OC 2P9SB 5TKYA 4F2RA 3OYJA 1I3AA 1QSLA 4JI6K 5BRDA 4JLHA 1NK9A 2QI2A 4JI2K 1GLDG 3O1BA 3RWUA 5AZJB 4IEEA 2HNYA 4JK8A 3H3OB 4CGDA 3CETA 2KTQA 5KRSA 2O8DA 1WOQA 4KHSA 1RCHA 4KREA 2JGUA 4BVPA 2OYQA 3ZEUA 4EP5A 2G8FA 3HPOA 1VQ7N 3BP8A 4CZIA 4KAZA 3MWTA 3D7EO 1TKDA 3VN5A 5GIPA 2P9NA 4W5OA 3CC7N 4B1UB 4Y1CA 2HBLA 2UUAK 3NVMA 4DFPA 1HKCA 5EXWA 3TU5A 4KRFA 4KV8A 5AFUA 3LDNA 5AQWA 4BG9A 5EX5A 4CIGA 4MFBA 1IJJA 3NF7A 5KI6A 3AAQA 1S6QA 2Z1IA 4HCBA 2Z1GA 2Q3SA 3TPQA 2E4LA 3TARA 1ZXOA 3LAMA 2P51A 5JVGL 3K5NA 4NCBA 4IOAL 3AA4A 2A41A 3ZX2A 3OJUA 3DOKA 3VEWA 1VK0A 5B8HA 4BRLA 4FJ5A 2HF3A 4BR5A 4FJ9A 4DFKA 4C8OA 3WXLA 4BRGA 5EU7A 5SZTA 1VQ6N 2NRHA 4IKFA 3U9ZA 1NBWA 4JD2B 4KB0A 4CJRA 1KC8O 2BGGA 2W41A 1QHTA 4JKAA 3TSUA 3HZ6A 2YKMA 1QE1A 4FLVA 1HUXA 4I9QA 3GE1A 3WT0A 1NOZA 2NRXA 4YOYA 4PHTX 3NH2A 1C1AA 3VOVA 4KTZA 5F2RA 5FRMA 2A1SA 2DTUA 3RSEA 4H5TA 2E6LA 3NAEA 4H5RA 1HPMA 3M8SA 1Q7YO 1TK8A 5GIOA 4NB4A 4HTLA 1ZBHA 4H0YB 3GOIA 5AQTA 1RT2A 4LF6K 2E2OA 4KH5A 4GW6A 3FZKA 3OYEA 4B8CA 3NF8A 1WLJA 2VGMA 3G25A 1N5YA 2PFUA 1ASWA 3I8BA 3K9KA 5BR8K 3TI0A 4KHUA 1VQLN 2OTLN 1KAXA 2QXLA 4U67L 1FW6A 1JCGA 1KFDA 3VA0A 3PX4A 4CZLA 4LC9B 3AVKA 3V1RA 4FWNA 4JKHA 3ZSZA 3VESA 4FJ8A 4FZZA 1NJXA 4JYAK 1IG8A 3IG1A 4KFBA 1B9DA 1RBTA 4O4GA 3V9WA 1VQ5N 5EOYA 3L3VA 4YDUC 4E7JA 1J5EK 5C2FA 5J2QA 4B1XB 3LP3A 1RDCA 1SL0A 4B9NA 3OYNA 5C42A 1EX4A 4M3RA 4DV0K 1IKWA 4IFEA 2JWKA 3WUHA 2HHXA 2Y1JA 4NXNK 3IFRA 2RE2A 3O8MA 3QNOA 4IWVA 5AQYA 2IIRA 1QQNA 3CPEA 3RTVA 2F9TA 3SUNA 3KK1A 4CVNE 4JRPA 1QSSA 4IDHA 1JLEA 2O8FA 4BRKA 4H5NA 4CZEA 4L3QA 3LWLA 3OYGA 3MN5A 4XH4A 4O8UA 3RVCA 3D2FA 1XHXA 5F1XA 3RMDA 1GOAA 4AHCA 1NK4A 3UKRA 4FK0A 4CFAA 4DSEA 1VSMA 3FE1A 3ATVA 3VTIA 4JHDB 3CJ9A 5M1OA 4DV2K 3RMCA 1LW0A 4K25A 4K41A 1K8KA 4IZ9A 4IG3A 2YNFA 2G8KA 1S72N 3IKMA 2E1ZA 1RTJA 2Q2RA 4DF4A 2Q0RA 4CZKA 4DKWA 4N5SA 2F96A 2A3ZA 1LCUA 2OA8A 3AVGA 4ID5A 2UUBK 1L3VA 2E5LK 4I9LA 1SUQA 4FZYA 1BCOA 3EE8A 3AVLA 5J2PA 2O4GA 1TYQA 3T69A 3KLFA 5C2DA 5IWAK 1D5AA 3MXIA 4Q0BA 2W42A 1KLMA 4C8NA 4E7HA 4EZ6A 5AZIA 1WSEA 3KLEA 4CJLA 4BDYA 1C0TA 3QFPA 4H4MA 1LV5A 3VERA 3OTOK 1MA9B 1IG9A 5D3GA 2ASMA 1U2VA 5J2NA 3TAGA 3EEQA 3H1VX 4RWTA 4JNEA 3KK7A 4HUEA 3SCXA 2OPSA 4B3SK 2FBTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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