3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
5C25A 3NGYA 3V4IA 3AVBA 5KRTA 1BL3A 2OYQA 3V81A 3ULDA 2HNZA 4OGCA 3RWUA 4IG0A 3AA5X 2Y1JA 4F8RA 4DSJA 4DQIA 4KHYA 4DTPA 3OYEA 3U6FA 3U3YA 3RMAA 2PY5A 2KFNA 2DTUA 4OKKA 3VQ8A 4RW4A 2OA8A 4FJHA 3DI6A 4B8AB 1T8EA 3IG1A 2O4IA 2OPQA 4CF2A 3HPHA 4DMNA 3NFAA 2HHTA 3HVRA 4M3TA 2G8IA 1UAXA 3B6PA 4NCGA 3L2RA 3AA2A 3DOLA 3VQ4A 3WNGA 3OYCA 4E7KA 2P51A 2G8FA 4CGFA 5I3UA 1O1WA 1JLFA 1QTMA 4DQPA 3V9ZA 4AILC 2HW3A 3HXMA 1RDAA 3NGIA 1NK7A 1ASVA 1VSMA 3O3FA 4KO0A 1TKDA 4KKOA 3D45A 3KLEA 3SJJA 3ZSOA 1HMVA 4KAZA 1YVUA 1NJWA 4BWJA 2R7YA 1N6QA 3I0RA 3THVA 1NKBA 2KTQA 4HHTA 3LPTA 4FW1A 3SQ2A 4B9UA 3U3GA 4FXDA 1EP4A 4FZZA 3VA3A 1B9DA 4FLTA 4W5NA 3HP6A 4DTJA 4HUEA 1X1PA 3LANA 3L2UA 1BI4A 4FK4A 1KLMA 4E1MA 5KI6A 1LAWA 1IKYA 1NK0A 3DLBA 3QO9A 4OVLA 1RDBA 3KK2A 4KHUA 1JLGA 4AH9A 1DTQA 1BIZA 1WAJA 3JSMA 3V9WA 4EZ9A 3AVKA 1Z26A 3MEGA 4ID1A 2RKIA 4FVMA 3K59A 4J2EA 2YHAA 3WNFA 1TK5A 4M42A 1J5OA 3C94A 3IAYA 2IC3A 1C1AA 4FM1A 4FCYA 1Q9XA 1QE1A 4CF0A 5FRNA 1NJYA 4O0IA 4BE2A 5JS2A 4CECA 3L2WA 4E3SA 4CEOA 1SV5A 3LP0A 3O4QA 4W5TA 1D9FA 3VQCA 3C6UA 4L8RB 1RBTA 1C1CA 3HVTA 4ELUA 4F2SA 3AVIA 2B5JA 4M3UA 1X9WA 4Z4IA 2HHWA 2Z1IA 1VSKA 2RN2A 1SUQA 3ZT2A 4B9LA 3KK1A 4OKEA 4CJKA 3NE6A 3OYBA 3H08A 2KZZA 4CJ4A 3D0PA 4B3OA 2HVHA 4CEFA 1W0HA 3PO5A 1IO2A 3DRPA 4BDPA 2P1JA 4DS4A 3S3NA 4FLVA 3KKSA 3LP1A 4FJ7A 1B92A 2JLEA 4CERA 3OYHA 3O3GA 2FBVA 3BGRA 2OZSA 3IS9A 4KHSA 4RW8A 2EX3A 1J54A 3V1RA 3DOKA 2ZD1A 3L8BA 2D0CA 5CYMA 4E1NA 1J9AA 3ZSRA 1TL1A 3OYGA 4CHQA 1DLOA 4EP5A 5C42A 3QERA 3AO3A 3ZSVA 3LZIA 3PX0A 4N56A 3S9HA 3G10A 3TAQA 3LWMA 3NF9A 1IH7A 1C0TA 4FJIA 3AA3A 4WE1A 1TVRA 4EP4A 5CY4A 1JLQA 3SI6A 2BGGA 4FYDA 2X6NA 4LSNA 3C6TA 3L2QA 4ELTA 1I3AA 5HRSA 3KK3A 2YNHA 3RMCA 4RW9A 4PQUA 3F9KA 4H4MA 1TK8A 3TAFA 1D8YA 1VSEA 4HUFA 4DSFA 4B9NA 4AHRA 2FBYA 3VN5A 4FK0A 2HNYA 4DF4A 4M3WA 4N41A 3PO4A 3QEXA 4Z0UA 3V1QA 1TAQA 2B6AA 4AHTA 3OY9A 4FM2A 3RR8A 4KTQA 4CEQA 4CGHA 3MXMA 1JLCA 3MEDA 5CZ1A 1TK0A 4RW6A 5KGWA 3ZSQA 2I5JA 3NGZA 3NH1A 3EYZA 3KJVA 4FLUA 3HPOA 4IBNA 3TR8A 3RR7A 4CHYA 3PX6A 3SCXA 1REVA 1LV5A 3TAMA 2PZSA 1TKTA 4B9MA 2X6SA 1WSFA 2D0BA 5KTQA 3ZT0A 4DF8A 4B8CA 4I9QA 3NBPA 3ISNC 2F8TA 5HP1A 1HYZA 2IS3A 5HBMA 1C0UA 4HTUA 2HHXA 2VWJA 3CYMA 1RTHA 1F21A 3I0SA 3VA0A 5DMRA 3TAPA 2HHQA 3TAGA 1EXQA 4DSKA 2X78A 1FXXA 1HRHA 2AJQA 4CFAA 2LSNA 5J2NA 5C24A 5JS1A 1R0AA 3C95A 1X9MA 4PY5A 3T19A 1SKWA 3A2FA 3VQ6A 2BDPA 4Z4HA 1EETA 4CGJA 4NYFA 1S1WA 2Z1JA 4KHWA 3L2VA 5FROA 4CJLA 2ETJA 4GW6A 3HJFA 4CFCA 3LZJA 1T05A 3KIOA 4FLWA 3SQ4A 3VQQA 4BWMA 4DSIA 4OJRA 3QINA 2DY4A 2XO7A 3ASMA 2XHBA 1VSFA 4CIEA 1RBSA 1FK9A 3RMBA 3TWHA 4CCHA 1ZBLA 1IKXA 3QESA 4CIFA 3AO2A 4AHCA 1TKZA 3ITHA 1GOBA 4CJVA 1S6PA 4CEBA 4DLEA 4FLXA 1LW0A 1Y97A 3CG7A 4O55A 4I7FA 4CEEA 1TKXA 2HHUA 3QEVA 3OYJA 1UA0A 1S1XA 2DFEA 3CFPA 4EZ6A 2HHSA 3LP2A 5J2MA 2HHVA 3TI0A 4Z4FA 2QKKA 3QNNA 4C8NA 4LD0A 1WSIA 1BQNA 1LWFA 1J53A 2F96A 3SNNA 3B6OA 1KCFA 1SL0A 3OYLA 4DWIA 1C6VA 3OVNA 4FLYA 2GBZA 1LWEA 4E0DA 3WNEA 5CZ2A 1WSGA 3M8SA 3VQ7A 1KVBA 4QAGA 1NJXA 3LDSA 1VSIA 4CJ5A 4C8OA 1BI4B 1VRUA 2E4LA 4LH5A 2KQ2A 3OS2A 3K5NA 5FDLA 3KLGA 3SQ0A 2F8SA 3K5OA 4FJJA 3RMDA 4CJPA 3K2PA 3WNHA 4BE0A 1B9FA 3O4NA 4W5OA 5I42A 4IKFA 5D3GA 4KI6A 4CGGA 3HSTB 4H4OA 1A5XA 4CJQA 4C8LA 1EKEA 5SZTA 1BGXT 1U04A 1XC9A 4QOZB 1CLQA 1T03A 3DLHA 4ZHRA 1IKVA 3VQEA 1UOCA 4I2QA 4FK2A 3LAKA 4I9LA 5J2PA 4CK2A 4CJWA 4N47A 1WSJA 4LSLA 2Q3SA 3ZSZA 3AO1A 3SV4A 4CESA 1HYVA 4KPYA 2Z1GA 4Z4GA 4RW7A 3MAQA 4E7HA 4LH4A 2P5GA 1VK0A 2OPSA 4DQQA 1WSEA 4MQ3A 3M8QA 3MECA 4HVJA 4I2PA 4OGEA 3G0ZA 4ICLA 1NK9A 1YT3A 2D5RA 4CHPA 1XWLA 3KLHA 3T1AA 4M3RA 3TAEA 3LAMA 4E19A 3S3OA 4FJ9A 3AVJA 2QKBA 1RBVA 4M45A 1A5VA 5EU7A 4LY7A 1WSHA 2G8WA 3RTVA 3SPYA 1ZBIA 4KHQA 3HPGA 3TARA 4NYNA 4BACA 1BCOA 1K6YA 1WLJA 5T7BA 4FLZA 2YNIA 2E6MA 4Q0BA 1VSLA 1TV6A 2WONA 3AVFA 1XHZA 1JLAA 3OYFA 1QSLA 4NCAA 4FJKA 1XI1A 3QEPA 4M3ZA 4O4GA 5HRRA 4B9TA 3V6DA 1BHLA 1S1VA 4M3XA 4J2DA 2W42A 1WNSA 3K5MA 3KTQA 3AVMA 4KHNA 4DFMA 2A1SA 1TL3A 4CJFA 4DTRA 3QEWA 3SUQA 1CZBA 1ZBHA 2IGIA 3L3UA 2OPPA 4CFDA 1U45A 3K5LA 4C8KA 1JL2A 4GMJB 2E6LA 3LP3A 4FJGA 1DTTA 5HLFA 2QK9A 1TAUA 4JRPA 1U47A 4B9SA 4MFBA 4IG3A 2FC0A 4Q5VA 3VQ9A 3HO1A 4DTMA 2XY7A 2PYLA 4K8ZA 4FZXC 2JGUA 4O44A 3KLFA 2QXFA 3NAEA 4FJXA 4BE1A 2RPIA 3AO4A 3TABA 1C0MA 4FW2A 4CF9A 4FJ5A 1Z25A 3NF7A 1U48A 3DLGA 1IG9A 5HRPA 2ZQBA 3DMJA 1BQMA 1KSPA 2HMIA 3QIPA 4DFKA 3T3FA 1S1UA 2B4JA 3V1OA 1LAVA 1VSDA 1RTDA 2G8HA 4DTOA 1HQUA 4HCCA 3SZ2A 4KV8A 3OYIA 2G8VA 1JL1A 2OZMA 4FJ8A 1I39A 2HB5A 2KW4A 3UIQA 3OYKA 3EZ5A 1U49A 4KTWA 1GOCA 3AVLA 1HNIA 2YNFA 3KLIA 4ID5A 1KTQA 3IRXA 4OPKA 3OS0A 4DU1A 3HL8A 1RT2A 4Y1CA 3M8PA 1HJRA 4CF8A 5SWMA 4YNQA 3SYZA 4CHNA 4XIUA 4HUGA 1QHTA 3DLKA 1L3UA 1RT4A 1ZBFA 2BANA 3CM5A 4FJMA 2ITGA 3ZSYA 1C1BA 2G8KA 4IDKA 4FZYA 1RT5A 2D0AA 1SL2A 1JXBA 4JRQA 1QSYA 4ELVA 3AVGA 2BE2A 2XRIA 1ZBUA 3AVAA 3CFOA 1RT1A 4H8KA 1X9SA 4PWDA 2FBTA 1BISA 1ZYQA 3VQ5A 1YTUA 4E7IA 3DYAA 2XY5A 1L3SA 2YV0X 4CJ3A 3I8DA 4DS5A 5DK5A 3HM9A 2YNGA 4JS4A 4DLGA 5HROA 3DM2A 4B08A 3PY8A 4CGIA 4CF1A 4F3TA 4GVMA 4JLHA 3RRGA 1RCHA 3LALA 4CEZA 4DFPA 4HCBA 4CHOA 3PV8A 4KB1A 4KTZA 4JS5A 3QNOA 2VG7A 1KVCA 1WAFA 1WN7A 4KB0A 4FJLA 1S5JA 5FRMA 4OPJA 4DFJA 4E7JA 4F2RA 4J2AA 4DU4A 3S3MA 3OJSA 1CXQA 4IFVA 4QCLA 1HYSA 1ITGA 1GOAA 3VQDA 4CJRA 4F4KA 2GV9A 2KFZA 4CIGA 3OYMA 1QS4A 4DTUA 2G8UA 4OKJA 3LPUA 3O3HA 3P83D 1JKHA 3VQAA 1BCMA 4TSXA 3ZSWA 3QIOA 2DFFA 3QETA 2VG6A 2ZE2A 3DRSA 4ZTFA 3AO5A 3HYFA 3NDKA 4OLAA 3DLRA 1RNHA 1LWCA 3CM6A 1TGOA 1YTAA 5E41A 1RBUA 5CYQA 3OYDA 4AHUA 1U4BA 1N5YA 1SKRA 3DLEA 2HNDA 3SPZA 3AVCA 3E01A 4Z4CA 4CJUA 1FKOA 3HT3A 1Q9YA 1BIUA 4CE9A 2PYJA 1KFSA 3ZCMA 4RG8A 3NH2A 3OYAA 1L3TA 1LW2A 2WOMA 4CHZA 4DSLA 3PUFA 4C8MA 2ATQA 1A5WA 1CXUA 2DFHA 3OJUA 2A1RA 1NKCA 1QSSA 1RTJA 3ZSXA 3MXIA 1S9EA 1KLNA 4B9VA 3ALYA 5J2QA 3KKRA 3PX4A 1VRTA 2P5OA 4CEAA 4K8XA 3EY1A 4BDZA 3P1GA 1JXEA 3KD5E 3QLHA 2X74A 4DQRA 4DTXA 1CZ9A 3M8RA 3JYTA 4J2BA 3OYNA 3SUPA 4AHVA 4BDYA 1KRPA 4M3YA 3SUNA 4ZTJA 4DU3A 2Y1IA 1G15A 1HPZA 5KRSA 1L3VA 2NUBA 3AA4A 4DQSA 3K57A 4OLBA 1IKWA 4O5BA 1NJZA 3VQPA 1NK8A 1RILA 1NK4A 4NCBA 3NCIA 3LWLA 3V9SA 2IOCA 4E89A 1RT7A 3AV9A 1NKEA 4PUOA 1XHXA 2YKMA 3L3VA 4W5RA 2RF2A 4N76A 4E7LA 1S6QA 5J1EA 3SQ1A 4DTNA 3ZT1A 1Q8IA 4DTSA 1NOZA 3K58A 1JLBA 1FKPA 1W9HA 3SV3A 1ASUA 1JLEA 4KRFA 1HQEA 4M41A 3DRRA 4DG1A 4R5PA 4CFBA 3OS1A 3NHGA 3NF8A 2IDOA 1NOYA 1T7PA 3P5JA 2FBXA 3AVNA 3VQBA 4YFUA 2GUIA 4KFBA 5KGXA 1MU2A 1QQCA 3AVHA 1RTIA 3MEEA 3ZT3A 3F73A 1S9GA 3CFRA 4DSEA 3QEIA 1S1TA 1RT6A 3TANA 2O4GA 4KI4A 2IAJA 4CK3A 1UWBA 5K14A 4FJNA 4CJEA 2XY6A 3ZT4A 4N5SA 5HRNA 1EX4A 1KFDA 1VSJA 3FFIA 4CK1A 1VSHA 2VWKA 2YHBA 3V9UA 4PA1A 2XY8A 1NK5A 4F3OA 4CEDA 4Z4EA 2EHGA 1D5AA 1SKSA 3CQ8A 1NK6A 4FM0A 2YKNA 1ASWA 2HVIA 3V9XA 4Y1DA 3NH0A 3BDPA 4AHSA 4CJTA 4UQGA 1RDDA 4IFYA 3MXJA 3SUOA 4O0JA 2VG5A 4CJSA 3RRHA 1D9DA 1RBRA 3HP9A 1L5UA 1KVAA 4CGDA 1SL1A 1UA1A 3KD1E 4G1QA 1RDCA 4KREA 1RT3A 2OPRA 3NF6A 4W5QA 3HK2A 2Z1HA 1HNVA 2KZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L4QA 3ZETA 5KRTA 2GTDA 1BL3A 3ULDA 4WQ4A 5AQWA 3RMAA 4OKKA 3VQ8A 2OA8A 4B8AB 2HHHK 4CF2A 4BR5A 3NFAA 2ZJQL 3TTFA 3HVRA 4M3TA 1DT9A 4GY2B 4H5RA 2O8DB 3SBGA 4H5VA 4AILC 2HW3A 1RDAA 3C0BA 1VSMA 5IWAK 4A59A 4B1YB 4KAZA 1NJWA 4BWJA 3GBTA 1S3XA 5AQXA 1NKBA 2KTQA 3LPTA 3SQ2A 2OTLN 1Q81O 1B9DA 4FLTA 1NGEA 1BI4A 3PSIA 4E1MA 1NK0A 1K8KA 3QO9A 1HR0K 3KK2A 3O9SA 4KHUA 2KKZA 1WAJA 3JSMA 2O8BB 1WBDA 2RKIA 3E9OA 3CETA 2IC3A 1Q9XA 3KK7A 2W6LA 3AGKA 4O0IA 4BE2A 4L8RB 3C6UA 3IKMA 4B3TK 3MCPA 3WQTA 1RBTA 5JLFA 2NRRA 3HVTA 2CH5A 2B5JA 4YDUC 1SUQA 3ZT2A 1YI2N 3CC7N 4O5FA 3WEEB 3JAMO 3H08A 2KZZA 2QWQA 3I55N 4B3OA 2HVHA 1IBLK 1IO2A 3M1FA 2P1JA 4DV6K 4FLVA 3CPEA 1B92A 2JLEA 4CERA 4DV7K 3SMPA 3BF3A 2OZSA 4JHDA 4LF5K 4RW8A 3DWLA 5AZJA 3DOKA 4DKWA 3G71N 1V4TA 4EHTA 1J9AA 4CHQA 3LL3A 5C42A 1OH5A 4IO8A 2J4RA 2HBKA 2P9SB 4WE1A 4B1XB 5KPZA 1JLQA 2BGGA 5M1FA 2HSTA 3C6TA 5C2DA 1FJGK 1I94K 1X9JA 4AHRA 2FBYA 3VN5A 1BA1A 4A5AA 1BO5O 5I9EB 1YITN 4FM2A 4CEQA 4CGHA 3THYA 2KLAA 2V51B 3NGZA 3NH1A 1TK0A 5B8HA 3HPOA 4IBNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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