3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
3AVIA 1NOZA 1ZBFA 4CF0A 2F96A 1S6QA 3VA0A 1RT2A 2Z1HA 2RPIA 4IG0A 3K5NA 1RBUA 3D0PA 4KHWA 2DFFA 3TARA 4KTQA 4Z4HA 3OVNA 3HT3A 1S9GA 2YNHA 3EYZA 4I2QA 1ZBIA 4DTPA 1T05A 4DTJA 4OLAA 1BI4A 1VSMA 3V9WA 3KLEA 3MAQA 2IDOA 4O44A 4L8RB 4DQQA 4DTSA 3TI0A 3TAEA 1GOBA 2HMIA 1W9HA 3NF6A 3AO3A 1X9SA 3SPZA 3AVMA 1X1PA 4I9QA 2A1SA 3VA3A 1TKDA 4BE0A 4KV8A 2EX3A 2P5GA 1KTQA 1VRUA 2FBTA 3AA3A 3C6TA 5J2QA 2XO7A 3WNGA 1TAQA 4KB1A 1RCHA 3MEGA 1SL0A 3SNNA 3SI6A 2GUIA 3HYFA 3KK3A 3DRSA 3SQ0A 2O4IA 1TAUA 4E89A 2VG7A 4DQPA 4CECA 2WOMA 4EP5A 3DLHA 1NJYA 1KVBA 5I3UA 1NK8A 3QIOA 1SKSA 4LY7A 4KHSA 4Z4CA 4J2BA 3DM2A 4KFBA 3SV4A 1XC9A 3AVCA 4HUGA 4E7JA 2HNZA 1A5WA 1ASVA 3MEDA 5J2PA 3AO1A 2RKIA 2ZQBA 2A1RA 4E3SA 4M42A 3ZSQA 4BE1A 1KFDA 3AO5A 3VQCA 4BWMA 3LALA 2VG5A 3L2WA 3RR8A 3CM5A 4LH5A 3AVKA 1L5UA 3PO4A 3D45A 3V81A 4CGDA 4HHTA 1L3VA 3RWUA 4KHUA 1S9EA 5HROA 4CE9A 1HNVA 4CEFA 4C8OA 4CCHA 4QCLA 1BHLA 4Y1CA 4CF9A 3CQ8A 4FZZA 1D8YA 1SV5A 1VSDA 4B8CA 3EZ5A 4F3TA 4FLZA 1XHZA 4NCAA 3QEWA 1QTMA 3DMJA 4ID5A 2B4JA 4DG1A 3DLGA 4E7IA 4ZHRA 1S1XA 4B9SA 4MQ3A 1QS4A 1YVUA 1WSJA 3TAFA 1KLNA 4B9NA 4FK2A 1JL1A 1KRPA 1JLCA 3C6UA 4O5BA 1X9MA 1WAFA 1TL3A 3LWMA 1LW2A 3V1OA 5KRSA 3DLEA 3DYAA 1IO2A 2JGUA 3VQ9A 3ZSRA 4CHZA 3LPUA 1RDDA 1U45A 4CESA 1BGXT 4DFJA 3G10A 4PA1A 4FLXA 3RR7A 2YKMA 3IAYA 4CFDA 2X78A 1KFSA 4Q0BA 4BWJA 5T7BA 3PV8A 3AA2A 4ICLA 3SUPA 4DWIA 4GVMA 4E7HA 2Z1IA 3AVFA 3I8DA 3P5JA 1BIUA 2QXFA 2HHUA 1HYVA 1CZ9A 3B6OA 4M3YA 4FJIA 3OYGA 1NK6A 4CJRA 3L3UA 4AHUA 1IH7A 3HVTA 3MEEA 3KK1A 3QEPA 4ZTFA 4FCYA 4W5NA 1DLOA 1HJRA 2KTQA 4Z0UA 3LANA 3IS9A 3ZT1A 3T1AA 2HW3A 4CIEA 4FLVA 3TABA 2QKKA 4QAGA 1CXUA 4FLWA 4LSNA 3S3NA 3L2UA 4DSEA 3SQ1A 4N47A 1W0HA 3NDKA 2OA8A 2IAJA 3AA4A 4CJTA 4Y1DA 4PQUA 4FM0A 1D9DA 4DS5A 2YNIA 1Y97A 3TAPA 1VSIA 3L2RA 4RW4A 3VQEA 1EXQA 4OPJA 4XIUA 1DTTA 4PWDA 2PYJA 2P1JA 4E7LA 4IBNA 3QO9A 1C1CA 3LP2A 3K58A 4C8LA 1U48A 1BCOA 3V9SA 2KFZA 1A5XA 5CZ1A 2YKNA 3F73A 5KGXA 1KVAA 2HB5A 2DFEA 4H4OA 2XRIA 4CJKA 3HP9A 2JLEA 1D5AA 3MXIA 2QK9A 4FJKA 3LWLA 3TR8A 3M8SA 4BDPA 3O4NA 4HCBA 3CG7A 3TAMA 1XI1A 2DTUA 1EX4A 1JXEA 4CFBA 4DQRA 3CM6A 3S9HA 4AHCA 3OYEA 3OY9A 2X74A 3OYCA 1C1BA 1NK7A 4NYNA 3RTVA 4QOZB 4CGFA 4FYDA 1LV5A 1RBSA 4WE1A 3OYKA 3M8RA 4C8KA 1XWLA 2FBXA 1QHTA 3V9XA 3QEXA 3V9UA 4DTRA 1GOAA 5EU7A 1JLGA 4CHOA 3OS1A 4DTUA 3NAEA 3NF8A 1EKEA 1NJWA 1KCFA 3AVLA 3ASMA 2BANA 3NHGA 4OKKA 3ITHA 4RW7A 2BDPA 1BQMA 3B6PA 4KO0A 4N56A 4JS5A 4KI6A 3HK2A 5JS2A 4DMNA 4NYFA 1JKHA 1WSHA 1RT1A 3VQDA 4FJ8A 1KVCA 2HHTA 2Z1JA 2G8HA 4CGGA 1C1AA 4CJVA 4KB0A 4CFAA 4K8XA 4FJNA 3OYHA 3AA5X 1MU2A 1GOCA 3AV9A 2O4GA 2OZMA 4ELVA 1I39A 4C8MA 1S1VA 4RW9A 3NH2A 1BQNA 2AJQA 1TVRA 1WAJA 3OYDA 1RBTA 3OYAA 4CEQA 1NOYA 3PY8A 4F3OA 4E1MA 3KKSA 4DLGA 1BIZA 1YTUA 3ULDA 4CEDA 3IG1A 4B9LA 4FZYA 1RT4A 4CERA 3AVJA 1VSJA 4FJXA 4OLBA 3P1GA 1QQCA 3S3MA 4KTWA 4M3XA 3KTQA 1HYZA 5C25A 1HNIA 1QSLA 4F2SA 3ZSYA 5C24A 4YNQA 4FW1A 3VQ7A 3V6DA 1K6YA 1VSFA 2YNFA 4GW6A 4OJRA 4CJUA 4CHYA 2IC3A 4W5OA 1RDAA 1TL1A 3L3VA 4CK3A 4BDZA 1UA1A 3NFAA 4CEEA 5CYQA 4OGEA 1FKPA 2KW4A 1YTAA 4CK1A 3LZJA 3RRHA 5J2NA 4C8NA 3MECA 3OYIA 3L8BA 3JYTA 3M8PA 3VQ5A 4CGHA 2FC0A 3RMCA 3G0ZA 3DOKA 3V4IA 2HHVA 1ZBUA 3VN5A 5SWMA 4UQGA 1DTQA 3HP6A 3AVAA 1NK0A 1FK9A 4DTOA 4CJEA 1U4BA 3ZSOA 3HL8A 4FLYA 3C94A 1RBVA 4CJ4A 4M3TA 4DLEA 3LAMA 5FRNA 1UWBA 2X6SA 4JLHA 1G15A 2E6LA 4YFUA 4B9UA 4KPYA 2Q3SA 4FM1A 1HQUA 4IG3A 1J53A 4B08A 2XY7A 2DY4A 4BACA 4EZ9A 4AH9A 4KREA 4J2AA 1RT7A 5CY4A 4DQSA 1ITGA 1CZBA 4I2PA 1FXXA 4CF2A 1CXQA 4M3RA 4KHNA 3DRRA 4CEAA 3VQ4A 5KRTA 4FJMA 2HHQA 3LDSA 4DU1A 3OYNA 4CEZA 1S1WA 3SQ2A 1WSFA 4BDYA 2Y1JA 1NKBA 3EY1A 2P5OA 4IKFA 5HRRA 5DMRA 4CGJA 4E1NA 4DQIA 3K2PA 3OJSA 4NCGA 4DSIA 3QNOA 4KHQA 3AVBA 3ZSWA 3QEVA 1S1TA 4DSFA 5K14A 3PO5A 3PX4A 4N41A 2E6MA 1QSSA 3UIQA 4CJQA 1C0TA 4FK4A 3ALYA 3T19A 4DU3A 1ASWA 1T03A 3O3GA 2G8KA 3L2VA 4W5RA 1TGOA 2HNDA 3K5LA 3MXMA 1TK0A 2G8UA 4R5PA 3HM9A 4CJFA 2LSNA 3LP1A 4F2RA 4FJ7A 1UAXA 4FVMA 3TAGA 3V9ZA 4Q5VA 4B8AB 3THVA 4LSLA 1NJXA 2F8TA 3HXMA 2Y1IA 4H4MA 1F21A 1Z26A 3I0RA 4F8RA 4M3ZA 3NF9A 1LWEA 2KZZA 1UA0A 2HVHA 1RT3A 1C0MA 4O0JA 4TSXA 4CFCA 4N76A 4B9TA 4CIFA 2BGGA 3MXJA 5CYMA 1JLQA 3OYFA 1B9DA 2EHGA 3AO4A 3U6FA 2QKBA 3F9KA 2I5JA 1S1UA 3NH1A 3KD1E 1VSKA 3I0SA 5JS1A 1NK5A 3ISNC 5FDLA 1NK9A 3IRXA 1Q8IA 3DLKA 3L2QA 3HO1A 4EZ6A 1TKXA 4M3WA 3P83D 3NGZA 2OPPA 2IS3A 2OPRA 3AVNA 3CFPA 3PX6A 4DSKA 4B3OA 3HSTB 1SKRA 4CF1A 5C42A 4DU4A 1KSPA 2D0AA 3KLFA 1BCMA 1A5VA 5J2MA 3TANA 3U3GA 2G8VA 4ZTJA 1LAVA 3KLHA 5FRMA 1UOCA 4RW6A 2B6AA 1SUQA 1C6VA 1VSLA 1HPZA 4OKJA 3DOLA 4CJSA 1FKOA 3K59A 1TV6A 3HVRA 4DF4A 1C0UA 4RG8A 5CZ2A 1NJZA 1J54A 5J1EA 4KI4A 2KFNA 4LH4A 3NE6A 3SQ4A 4GMJB 2G8WA 1RNHA 3NBPA 3WNEA 2RF2A 1ZBHA 3OJUA 4M41A 1EETA 3O4QA 3K5OA 4FW2A 3SCXA 4FJ5A 4HVJA 3ZCMA 4OVLA 4CJWA 3TAQA 3LAKA 3SUNA 1IKVA 1TKZA 4AHTA 3OYLA 5HP1A 3SUOA 4M45A 3KKRA 3ZSVA 3HPGA 3VQPA 3SV3A 2XY8A 2ATQA 1B9FA 1HQEA 2OPSA 3DI6A 4OGCA 4N5SA 2OPQA 2PY5A 4PUOA 4JRQA 1SKWA 4KAZA 1I3AA 1JXBA 5HBMA 3RRGA 2ZD1A 3LP3A 4I7FA 4KTZA 3SZ2A 4E19A 2FBYA 4CIGA 4FK0A 3NF7A 2KZMA 2XY6A 1RTIA 4FM2A 2PZSA 1L3UA 4O4GA 1EP4A 4NCBA 4JRPA 4Z4GA 3OYMA 4Z4EA 4AHSA 5HRSA 1L3SA 4ELTA 1WSIA 1TK5A 4W5TA 2PYLA 1RDCA 4DSLA 3PUFA 1REVA 3NH0A 2XY5A 4FLUA 2GBZA 1T8EA 2D0BA 2ITGA 1CLQA 4HUEA 4CGIA 4MFBA 3AVHA 4DTXA 1NKEA 2KQ2A 2P51A 3DLRA 3RMBA 1TK8A 3K5MA 3JSMA 2G8IA 2VG6A 3QINA 1S5JA 1L3TA 1RDBA 3LPTA 3SPYA 4KKOA 4IFYA 2D5RA 3KIOA 3HPHA 4DTNA 2HHXA 1U47A 1Z25A 1SL2A 4HTUA 4HCCA 4E0DA 4J2EA 2FBVA 3SYZA 2ZE2A 4O0IA 1ZBLA 4BE2A 1BL3A 2IGIA 3NGYA 3KLGA 3K57A 4DSJA 3O3FA 4J2DA 3HJFA 1WN7A 4FJLA 3BGRA 5HRNA 1NK4A 4CHQA 5D3GA 2E4LA 1RBRA 1WSEA 4IDKA 3OYBA 3ZSZA 4G1QA 4KHYA 3VQ8A 1U04A 2VWKA 4EP4A 3OS2A 3CFRA 2R7YA 1BISA 4E7KA 4OKEA 1IKWA 2OZSA 3O3HA 1X9WA 5HRPA 4ELUA 3ZT4A 2XHBA 3QETA 5HLFA 2F8SA 1J5OA 3KD5E 1YT3A 2YNGA 3VQAA 1R0AA 4CHPA 3DLBA 2G8FA 1RT6A 4B9MA 4CJPA 4AHVA 3S3OA 1N5YA 1T7PA 3T3FA 4M3UA 2X6NA 2ETJA 1RTHA 2VWJA 3BDPA 1IG9A 2B5JA 1IKXA 1KLMA 3KLIA 1JLEA 3VQBA 2HHWA 2HNYA 3PX0A 1LWFA 3QIPA 2WONA 3E01A 2HHSA 3KJVA 1JLBA 4CJ3A 4CJ5A 3QERA 3H08A 2YHAA 1Q9YA 1B92A 3ZT3A 3SJJA 3SUQA 3WNHA 5I42A 3FFIA 1RTDA 2RN2A 1HRHA 4H8KA 4PY5A 4CEBA 4FLTA 1SL1A 3HPOA 3ZSXA 2GV9A 5KTQA 4FXDA 1LAWA 3LP0A 3AVGA 1IKYA 5SZTA 3QLHA 5KI6A 2YV0X 3NCIA 3CYMA 4DTMA 1HYSA 4F4KA 1WLJA 1BI4B 4OPKA 4DFKA 2D0CA 2OYQA 5E41A 4DFMA 1NKCA 4CJLA 3V1QA 3OS0A 3NGIA 3U3YA 4CEOA 1WNSA 3CFOA 2W42A 4JS4A 2HVIA 2IOCA 1RT5A 1VSHA 2DFHA 1O1WA 4FZXC 4K8ZA 1J9AA 3ZT0A 1RILA 4Z4FA 3VQQA 4FJGA 1LW0A 4FJHA 1LWCA 2YHBA 1HMVA 1VRTA 3QNNA 1D9FA 3KK2A 3V1RA 1JLAA 3LZIA 4I9LA 1Q9XA 1QE1A 3QESA 4RW8A 5FROA 4B9VA 3DRPA 3RMAA 1ZYQA 1RTJA 3VQ6A 4AILC 4O55A 5DK5A 5KGWA 1QSYA 4HUFA 3C95A 1JL2A 3WNFA 4DF8A 4FJ9A 1TKTA 2NUBA 3QEIA 2Z1GA 2BE2A 1ASUA 1JLFA 1N6QA 1XHXA 4KRFA 4ID1A 3M8QA 4W5QA 3OYJA 4Z4IA 4LD0A 4DS4A 3ZT2A 4AHRA 4FJJA 1WSGA 3TWHA 4DFPA 3AO2A 3A2FA 1VSEA 4CF8A 4CHNA 1U49A 3RMDA 4IFVA 1S6PA 1VK0A 4CK2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBFA 4CF0A 2Z1HA 2RPIA 4CBWA 4KTQA 1VAZA 1SZ2A 4Z4HA 3OVNA 1YVNA 3CCSN 4FSVA 1ZBIA 4X64K 1JCFA 4LF5K 2IIRA 3ID6A 3DXMB 2HSTA 1W9HA 4B1VA 3ZLJA 4FL9A 4I9QA 3CIPA 2EX3A 4FOIA 5AQQA 4FWOA 1TUUA 3AA3A 4BROA 1TAQA 2ZWHA 4JEPA 3DRSA 4DQPA 3QICA 4KHSA 4Z4CA 1O13A 4J2BA 1XC9A 3AVCA 4HUGA 4E7JA 5IT9O 1WBBA 2CH6A 4BVPA 5J2PA 4F9OA 2RKIA 4E3SA 3JS6A 4RTFD 3AO5A 3LALA 4JI2K 4LF9K 4HHTA 3RWUA 4BR5A 1S9EA 2PBDA 4BGAA 2NRWA 4CCHA 4JV5K 1VQ9N 1OH7A 1D8YA 1SV5A 3AAQA 4B8CA 3IFRA 3ENBA 4X66K 2UUBK 5C12A 1K8KA 5TKYA 2ITMA 1QS4A 2J4RA 2F9TA 4QS9A 1TL3A 1NLVA 1QZ6A 1U6ZA 3V1OA 4CJ7A 4YHHK 3GE1A 3G25A 4FO0A 1IO2A 2JGUA 1KC8O 3FR0A 3G10A 1T44A 4YY3K 4CFDA 1KFSA 5T7BA 4ICLA 2GTDA 4GVMA 1GLJO 3H46O 3S41A 4B3MK 1BIUA 2W6LA 3A8YA 3KZBA 4M3YA 4CJRA 3L3UA 4AHUA 5DM7L 4FCYA 4W5NA 1ESVA 3LANA 3IS9A 3ZT1A 4DUYK 3THXB 4QAGA 1CXUA 4FLWA 1QVFM 3NVMA 4DSEA 4N47A 2OA8A 3AA4A 4CJTA 3GBTA 4PQUA 1D9DA 4DS5A 3VQEA 5BRHA 4H0YB 4E7LA 4IBNA 4WF9L 4M63C 1U48A 1IJJA 4BQZA 3J80O 3CCVN 2KLAA 2KFZA 3MK6A 5CZ1A 3FLCO 3WEEB 5KGXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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