3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH3 (101-526)EMPTYUpdating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
3SNNA 3AO2A 2KTQA 4IFVA 3WNGA 3OYEA 3OYAA 3K58A 4FJHA 4C8NA 1IH7A 1KTQA 2D5RA 3SUQA 1S9GA 3AVNA 1VSHA 4BACA 4TSXA 5CY4A 4KHYA 3OS1A 4Q5VA 3OYCA 2XHBA 5SWMA 1RBVA 3ALYA 4Q0BA 3ZCMA 4OPJA 1DLOA 3BGRA 4ID1A 3WNEA 3VQPA 4FJ5A 4FJ9A 1L5UA 3DLEA 4FW2A 1HJRA 3DM2A 1RT5A 4KHSA 4J2AA 3O3FA 4HUFA 3HPHA 2BDPA 3HYFA 4KAZA 1Z26A 4DQIA 1RDAA 3C6UA 1DTTA 1NK5A 2QKBA 2IDOA 4FJ8A 1KFDA 3K5MA 5J2QA 4BE1A 2ZD1A 3QIOA 3KLIA 3KLFA 2HVHA 1J5OA 1LWCA 1UA1A 2DFFA 1TL3A 4CJTA 5HROA 1RNHA 4K8XA 1K6YA 1BQMA 1SV5A 3CQ8A 2IC3A 4BE0A 4CJVA 2DFHA 4CEDA 1ZBFA 2HNYA 3AA3A 1RILA 3VQ6A 4FJKA 1BIUA 2Q3SA 2X6SA 4RG8A 4CHYA 1T05A 2KZMA 4RW9A 1LW2A 3QEXA 3AO3A 1QSSA 3K5OA 2Z1IA 1S1WA 4CF2A 4FLUA 3QEPA 1IKWA 1WAFA 3HK2A 1JLEA 3ZT2A 1RBSA 3HJFA 3VQ8A 4B9NA 2FBTA 3OYGA 3HO1A 4YFUA 2ATQA 3CM6A 2FBXA 2O4GA 1YTUA 4EP5A 4C8OA 3KD5E 3LDSA 3CYMA 1BCOA 1CZBA 3KK3A 4CJ4A 3SQ2A 3ZT1A 4KB0A 1QHTA 3AVCA 1VSJA 3NGYA 4HHTA 4CHPA 4CEBA 1NKCA 2VWKA 4LSLA 4DTOA 2NUBA 2VG6A 4DLGA 3AVHA 2OZSA 3L3UA 3NCIA 2E4LA 2YNHA 1QQCA 4NYNA 3ZSWA 3KIOA 3SV3A 2G8IA 3P83D 4AHRA 4FLYA 1TKZA 4FJMA 4M3TA 1RCHA 4M3XA 3V9XA 1MU2A 2XY7A 3AVFA 4H4OA 3V1RA 4CEEA 1IKYA 1LAVA 4I7FA 3TAPA 1C6VA 4CJEA 3QNOA 3V9UA 1JLBA 3SQ4A 4J2BA 2OA8A 3AVBA 4E7HA 5CZ1A 1VRTA 2I5JA 3OYDA 4CERA 4ID5A 3RTVA 3M8RA 4LH5A 3DRSA 1S5JA 1T03A 3TAEA 1ZYQA 3MEEA 1D9DA 1S6PA 3LWLA 2PYLA 4B3OA 3IG1A 1RDCA 1HYVA 1KSPA 1NJZA 4Z4CA 4DF4A 2BANA 2YNIA 3AVLA 4EZ9A 1WSHA 5KGWA 1U49A 4AHCA 1VK0A 4GMJB 1LWFA 3OYFA 4DQRA 1JLFA 4KTQA 4NCAA 4HCCA 3RR7A 1RDBA 1EXQA 3QETA 1R0AA 2O4IA 1JL1A 3VQ9A 3S3OA 3SUOA 1TGOA 4DTNA 4CJQA 4DU4A 2YNFA 3VA3A 4OGCA 4W5OA 3THVA 1WSFA 3NE6A 2HHTA 1BCMA 1A5WA 3BDPA 3RMBA 2QKKA 3SPZA 5C24A 3VQBA 3H08A 1ZBLA 1L3SA 1Q9XA 1TL1A 3S3MA 2ZE2A 4HUEA 4IG3A 4NCBA 3NHGA 3QERA 2HHQA 1EX4A 5HRPA 4DSFA 3G0ZA 3TARA 1S1VA 4B08A 4CE9A 3KTQA 1HNVA 5EU7A 4OGEA 4M3ZA 3E01A 4CJSA 2PY5A 4FZZA 2HNZA 5FROA 3QIPA 2DTUA 1FKOA 3VQCA 3U3YA 1XC9A 4NCGA 4FK0A 3PX4A 2OZMA 4DS5A 3K57A 4PUOA 2YNGA 3MEDA 3RRGA 2XY6A 3M8PA 4JLHA 4DTRA 3OYIA 5FRMA 2F8TA 3WNFA 2X78A 4DU1A 1NJXA 3OY9A 3MAQA 4HVJA 3OS2A 4CF1A 3LALA 1JL2A 1WLJA 4OKKA 4N56A 3I0RA 3O4QA 4R5PA 2Y1JA 3PY8A 4FJGA 4I2PA 4FVMA 3VQQA 5HBMA 2VWJA 3NH2A 4B9UA 2OPRA 4RW6A 2ETJA 4Z4GA 4E0DA 5I42A 2EX3A 4ZTFA 4KV8A 3DOLA 4B8CA 4C8KA 4J2DA 2YKMA 4FK2A 3KKRA 4CK1A 4G1QA 3VQ4A 1YTAA 3ZSXA 1G15A 5CYQA 2W42A 5SZTA 1NK8A 3AVGA 1QSLA 3LAKA 4I9LA 3HPOA 5J2MA 1RTHA 4DTUA 3DI6A 4CGIA 1TVRA 3KK2A 3SV4A 4KTZA 2HHXA 3NDKA 4ZTJA 1VSDA 4E19A 4F8RA 1NOYA 1O1WA 4FK4A 2E6LA 4CEAA 3NF7A 1S6QA 4DLEA 1GOBA 1L3VA 3SYZA 4DQSA 3I8DA 3EY1A 4DTPA 3L2VA 4KI4A 4E7KA 3ZSOA 4CHZA 3L8BA 4FCYA 3V81A 3PV8A 3RMCA 2Y1IA 3K5NA 4PY5A 1U48A 4AHSA 2PZSA 1HQEA 1J54A 2ITGA 1HYSA 3NH0A 5KRTA 1KLMA 1WAJA 3VQAA 4CGFA 3TAQA 2FBYA 4IBNA 4F3OA 4DS4A 3MEGA 1VSKA 4KREA 1RTIA 3PX6A 1W0HA 1VSIA 4E1NA 3V9WA 4W5NA 4Z4FA 1XHZA 3KK1A 4DFJA 1S1TA 2Z1GA 1C0TA 3VA0A 3TI0A 3PX0A 1BHLA 2RPIA 2YHBA 1IKVA 3NGZA 3T1AA 3T3FA 1JXEA 3AO1A 2X74A 5CZ2A 2G8KA 4DTSA 2HNDA 4RW7A 1FXXA 3MXMA 1RT6A 5FDLA 4FJLA 1ZBHA 1B9FA 1YVUA 4I2QA 2G8UA 3RWUA 3S3NA 1A5XA 4FYDA 4JS4A 3DRRA 1UOCA 1JXBA 3AO5A 1CLQA 3HM9A 4FZXC 4PWDA 4Z0UA 3TAFA 4DQQA 4ELVA 1TK0A 1RBRA 4N47A 3IRXA 2DFEA 4CJKA 1X9SA 1WSEA 3C6TA 1SL2A 1J53A 3ULDA 2HMIA 4E1MA 4FLTA 4CEQA 3QLHA 2OPQA 1CZ9A 3DRPA 3SJJA 4DQPA 1RTDA 1NK4A 1QS4A 4CFDA 1NKEA 4CESA 4O44A 2VG5A 4H4MA 3DLKA 4NYFA 1KFSA 1BQNA 5K14A 4UQGA 5DK5A 3RRHA 3LP0A 4DFKA 1RT2A 1BI4A 3I0SA 4KTWA 3QESA 3SUPA 4ELUA 4LY7A 4KPYA 2HW3A 3HVTA 2RN2A 3NAEA 4HCBA 3CM5A 1HMVA 4FJJA 4M3RA 3P1GA 3ZT4A 3HXMA 2HHVA 1KVCA 4AHVA 4W5TA 4BDPA 4LSNA 5FRNA 1U45A 4CFAA 1FKPA 1NK6A 1RBUA 1KCFA 2VG7A 4Z4IA 4OLAA 1B9DA 1I3AA 2G8WA 2P5OA 1KRPA 5CYMA 3TWHA 4J2EA 1RT7A 3KLEA 4CJFA 4K8ZA 4AILC 1TAUA 2DY4A 4M41A 5C25A 1VSEA 3TABA 4F4KA 4FJXA 3NBPA 4IDKA 4XIUA 1BL3A 1C1BA 2XO7A 4BE2A 1RT4A 3DMJA 3PO4A 1IG9A 3PUFA 4L8RB 1VSFA 5KTQA 2YHAA 1S9EA 1XHXA 2OPSA 1N5YA 3LZJA 3M8SA 3VQ7A 2BGGA 3VQDA 3CG7A 3DLRA 4CF9A 3NF9A 4B9MA 3SUNA 1UAXA 4M3WA 4CIEA 3L2WA 1RT1A 2FC0A 2B5JA 4CGGA 2HB5A 4FLVA 3AO4A 3FFIA 2LSNA 4OKJA 1TV6A 1JLQA 2BE2A 4E7LA 3AVIA 3CFRA 3V9ZA 2YKNA 1N6QA 1SKRA 3NF8A 4FM2A 2KFZA 3HSTB 2EHGA 2AJQA 4BWJA 3DLGA 3LANA 3OYKA 3JYTA 5J2NA 3V6DA 1TKDA 3DLBA 4GVMA 3T19A 4CK3A 3RMDA 2RF2A 4EZ6A 4OKEA 2HHWA 3OYJA 1EP4A 4DF8A 1S1UA 3K2PA 2WOMA 3MXJA 4OLBA 1RTJA 3HT3A 1BIZA 1Z25A 3KLGA 3LP2A 3ZSZA 2RKIA 1GOCA 3ZSQA 4CGJA 2GV9A 1JLAA 2D0BA 4FW1A 1TKXA 4Y1CA 2GBZA 3LZIA 4KHUA 4KHWA 1L3UA 4W5RA 4DFMA 1C1CA 5D3GA 3LP3A 1XWLA 3CFOA 4CECA 1CXUA 3HVRA 4JS5A 4FJ7A 1ZBUA 4FZYA 3KKSA 4GW6A 3LAMA 3VN5A 1RDDA 2G8HA 4KHNA 3OYNA 5HRNA 1U47A 4B9LA 3KD1E 3TANA 4OJRA 4EP4A 4CEOA 4IFYA 4I9QA 3NFAA 2P1JA 4IG0A 1F21A 1J9AA 4DSKA 2GUIA 4CJLA 3SI6A 2XY5A 1ITGA 3HPGA 4KKOA 1UA0A 3HP6A 3OS0A 2A1SA 2KW4A 4DTMA 3K5LA 4N76A 3ZT3A 4CJ5A 4KI6A 3ISNC 4E89A 2P5GA 4CJPA 5HLFA 4FJNA 3SCXA 4KHQA 1KLNA 1T7PA 1WN7A 4M3UA 4YNQA 4Z4HA 1BISA 3ZSVA 3L2UA 1IKXA 1TKTA 2R7YA 1TK5A 4QAGA 3O3GA 4BDYA 1VSLA 2IAJA 4CFBA 1HRHA 3AVMA 3NH1A 3KLHA 4QOZB 4HTUA 2HVIA 3TAGA 4N41A 3OYMA 1WNSA 3SQ1A 1SKSA 4FJIA 2HHUA 4O4GA 3TAMA 3AA5X 3F9KA 4KB1A 1LWEA 3O3HA 3AVJA 2QK9A 4BDZA 5DMRA 4AHUA 1JLCA 1RBTA 4KFBA 4DMNA 5HP1A 2G8VA 4CGDA 3HP9A 4DSIA 4IKFA 3TR8A 3VQEA 3IAYA 1D5AA 4FM1A 4FLXA 4MQ3A 4DTJA 3AVKA 4M3YA 4CF8A 4O5BA 3D45A 4O0IA 3C95A 4FLWA 4DSJA 1RT3A 3QINA 1TAQA 1HQUA 4CJRA 2ZQBA 3PO5A 4CJ3A 1SL1A 2A1RA 5T7BA 1Q9YA 4DWIA 2E6MA 4F2SA 4CIFA 3AA4A 1WSGA 3LPUA 5KRSA 3EZ5A 2KFNA 3QNNA 1QTMA 3WNHA 1SKWA 5KI6A 3SPYA 1XI1A 3F73A 4M42A 3U3GA 1DTQA 1GOAA 4FXDA 4N5SA 2IS3A 4CFCA 4AHTA 3B6PA 1NOZA 4B8AB 4PA1A 1I39A 3IS9A 4JRQA 2XY8A 3QEWA 3U6FA 1SL0A 4H8KA 2G8FA 4M45A 1LW0A 4CJWA 1C1AA 3LP1A 4W5QA 3C94A 1X9MA 1U4BA 1KVBA 1NKBA 1QE1A 3RMAA 4CEFA 2IOCA 2OPPA 3MECA 4HUGA 1D9FA 1X9WA 1TK8A 4FM0A 2HHSA 4AH9A 5JS1A 2Z1HA 3LPTA 1U04A 3QEIA 4FLZA 2KZZA 3V1OA 3KJVA 4DTXA 1L3TA 1BI4B 1S1XA 1KVAA 4ZHRA 1ASUA 2OYQA 1T8EA 2F96A 3V9SA 4DSLA 4Z4EA 1WSJA 4KRFA 4QCLA 4RW4A 2JGUA 3P5JA 4KO0A 3L2QA 4CHNA 3S9HA 2PYJA 4DFPA 1HPZA 4CF0A 3L3VA 4CHQA 3ZSYA 1ASWA 5HRSA 2F8SA 2D0AA 2X6NA 4LH4A 2Z1JA 1HNIA 4C8LA 4B9SA 5KGXA 4CK2A 5J2PA 3OYLA 4E7JA 1NK9A 3DYAA 3G10A 3A2FA 2FBVA 4DSEA 4B9VA 1JLGA 3DLHA 3NF6A 3OYBA 1EETA 1YT3A 3DOKA 4O55A 4CHOA 1D8YA 1ZBIA 1Q8IA 1WSIA 3HL8A 1W9HA 1VSMA 4MFBA 1JKHA 3QEVA 1Y97A 4B9TA 4C8MA 3UIQA 4F3TA 3V1QA 4OPKA 3QO9A 3D0PA 1UWBA 3V4IA 1C0UA 5J1EA 3OYHA 4Y1DA 3RR8A 3AA2A 3VQ5A 4LD0A 2YV0X 2IGIA 1NK7A 4CCHA 1ASVA 3SQ0A 3OJUA 3K59A 3M8QA 3ZSRA 4JRPA 3OJSA 2P51A 2B4JA 2XRIA 1IO2A 1A5VA 3AV9A 3B6OA 5HRRA 4BWMA 3ZT0A 3SZ2A 4E3SA 5I3UA 3MXIA 4ICLA 1NK0A 1FK9A 3L2RA 3LWMA 4PQUA 2QXFA 1BGXT 4E7IA 1C0MA 4F2RA 1SUQA 1EKEA 1LV5A 4CJUA 3ASMA 4CEZA 3OVNA 4DU3A 4O0JA 1NJYA 5JS2A 3NGIA 3ITHA 1HYZA 5E41A 1QSYA 3AVAA 5C42A 1CXQA 2B6AA 3O4NA 4ELTA 3CFPA 1VRUA 3EYZA 1X1PA 2D0CA 4OVLA 4RW8A 1NJWA 2KQ2A 1B92A 1LAWA 2JLEA 4WE1A 4DG1A 1REVA 2WONA 4CGHA 4CIGA 3JSMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLLL 3OYAA 1IH7A 2D5RA 2GTDA 1C0FA 4BR5A 4BACA 2BUPA 1OH8A 4KHYA 3CI5A 2HMPA 2NRRA 4Q5VA 3OYCA 4H0XB 5SWMA 4OPJA 1DLOA 1XUPO 3BGRA 4FJ9A 4FJ5A 1L5UA 1HJRA 3O9UA 4IXCA 4J2AA 2BDPA 1HX1A 3VGLA 1Z26A 5IWAK 1TUYA 2UUBK 3SAHA 4CI6A 2IDOA 1HKCA 5EY4A 2GEMA 4BE1A 3KLFA 1U6ZA 1J5OA 1TL3A 1K6YA 1BQMA 4K43A 1ZBFA 2HNYA 3FGUA 1RILA 2AA4A 4FJKA 2Q3SA 5AQPA 2X6SA 1T05A 4EHTA 1LW2A 1Q81O 3AO3A 2Z1IA 1WAFA 1N36K 1RBSA 4B9NA 3HO1A 4MLHA 3ZYYX 4EP5A 4L3QA 3LDSA 3CYMA 1CZBA 3C0BA 3SQ2A 1K8AO 5M1NA 4WQ4C 5AQNA 4DLGA 3P39A 2OZSA 2E4LA 3ZSWA 3P83D 4AHRA 3V9XA 1O13A 3AVFA 1IKYA 1LAVA 1Q18A 1C6VA 4CJEA 3QNOA 3V9UA 2VYPA 1VRTA 3CC4N 4CERA 4LH5A 3DRSA 1T03A 3TAEA 4HWIA 4BR4A 1YJNN 1D9DA 3ZX0A 4BVOA 4A2AA 4Z4CA 2BANA 2YNIA 1WSHA 1N33K 5LL6Z 1VK0A 4FPBA 1LWFA 4NCAA 4HCCA 1SS6A 1R0AA 3QETA 4NB4A 1JL1A 3S3OA 3CJBA 3PSFA 5AQVA 2I7NA 5LY3A 5FLXO 1BCMA 3RMBA 3H08A 1TL1A 3NHGA 3QERA 2HHQA 1EX4A 1KAZA 5HRPA 4DSFA 4YOXA 1HNVA 4M3ZA 3G71N 1J5EK 3E01A 2PY5A 3LL3A 2DTUA 1XC9A 1VQ5N 1XNQK 5GAHP 1QQMA 2PFUA 4FK0A 4PUOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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