3R3LA

Structure of np protein from lassa av strain
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
554
structure length
513
Chain Sequence
KSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKQRRDDSDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSVLRVGTLSSDDLLTLAADLEKLKSKVTRTERPLSSGVYMGNLSSQQLDQRRALLNLIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDVVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQSMDGILKSILKVKRALGMFVSDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSIVGRAWENTVVDLGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEVALYQPISGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDIADLFAAQPGLTSAVIEALPRNMVITCQGSEDIKKLLESQGRKDIKLIDIALSKIDSRKFENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTLVLRAVLPRDMVFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Structural protein
source organism Lassa virus
publication title Structure of NP protein of Lassa AV strain
rcsb
molecule keywords Nucleoprotein
total genus 165
structure length 513
sequence length 554
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r3lA02
3R3LA 4GV3A 4FVUA 3MWTA 4G9ZA 3Q7CA 3MX2A 4GV9A 3MX5A 3MWPA 4GVEA 3Q7BA 4GV6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JHDB 4KB1A 1LWEA 3ZSZA 2FF3B 4DFKA 5FLXO 3HI0A 1NOZA 1O1WA 3P5JA 1J6ZA 1KVCA 3OYAA 3NF8A 1NGHA 1S1WA 3VQEA 4XEIA 3K9JA 4B3RK 1EQYA 4JK8A 4Z4EA 3K9KA 3NGZA 4X64K 1IBMK 2KW4A 4NCGA 2WTUA 2PBDA 2G8FA 2Z1GA 2E2OA 4H5VA 3ZX2A 4I2PA 3CFPA 4FLWA 1LWCA 1XWLA 1NK4A 1BQMA 1MDUB 4DWIA 1Q18A 2E88A 1EO1A 1RT3A 1SAZA 4B1YB 1BUPA 4HUGA 4CHQA 3L3VA 4OKKA 3NVKA 1XC9A 1JCEA 3BY5A 5AQVA 3ULDA 1EWQA 1VQ7N 3LL3A 3LZIA 2GBZA 4J2DA 2QW9A 4JKDA 5KPTA 1Q81O 1BDGA 2DTUA 4FOIA 2DPNA 1ASUA 4OGCA 3KZBA 3MX2A 1VSIA 3NGYA 1HX1A 3VA0A 1GLFO 4M3WA 2KFNA 4JKBA 2OPRA 1XHZA 2GWKA 1BCMA 2WOMA 3BZCA 3KLIA 4DKWA 1HNXK 3LDOA 4DU3A 1LAVA 3KD1E 3SPYA 4CEAA 1TUYA 1TGOA 1IO2A 4LF4K 3EZWA 2P51A 3QO9A 3PX0A 3EKUA 4IBNA 4J2AA 1OH6A 3A5OC 1IKXA 3CCMN 3G25A 3OYHA 4DTRA 1GLLO 4LD0A 2E8AA 4MO4A 3FGUA 2ASPA 2FLOA 4DQ8A 1K8AO 2DFEA 1KAZA 4PL8A 4RG8A 4FOEA 4B8CA 4A57A 4E19A 4DV4K 4F9OA 2DY4A 2BDPA 1HR0K 2CGLA 2B5JA 1UWBA 1MU2A 4BRHA 4Z0UA 1TK8A 4B9SA 2YHBA 3R9PA 4DTOA 1ZBSA 2P9KB 4H0XB 3ULEB 3FZLA 3AVMA 1WOQA 3HT3A 3O08A 3OYIA 3L2QA 4DB3A 3MN7A 2D0CA 3I55N 2E20A 2WUSA 3SAFA 4F2RA 4A59A 4OVLA 5AQLA 4N5SA 4FJLA 3FZMA 3ZT2A 1O13A 4BRCA 3L4IA 1KC8O 5SWMA 4BRIA 3GDQA 3ZCMA 3V1RA 1XNRK 5M1QA 3AV9A 3AGKA 4EZ9A 4JI0K 5CYMA 4M3YA 5AQFA 3SQ0A 1IG8A 1XHXA 3CF5L 4CHPA 4F3TA 5M1PA 1N6QA 5DM6L 3DYAA 4YOYA 3DXMB 4JI8K 3OYFA 4K25A 3P83D 5J1EA 4FK2A 2O4IA 1NJXA 5HRRA 4W5OA 3I33A 4LF9K 5AQIA 4BRKA 5M1OA 3M3ZA 1KAXA 3Q7BA 4KHQA 4FWSA 4HTLA 2E4LA 4ILHA 1ATSA 4CZKA 3NGIA 3O4NA 2P9IA 3KLEA 4O5BA 1UA0A 1HNWK 4FM0A 1GLEG 2D5RA 5TKYA 5HRPA 4CF0A 3CCJN 1V4SA 5LMUK 1RTJA 3OBYA 2HVHA 1RDAA 1ZBLA 2UUAK 3CJCA 1QS4A 4ZHRA 3LZJA 1TKZA 5AQYA 4DSEA 1QZ5A 4QS9A 2W6LA 4B3OA 5AQZA 3AARA 1L3VA 1NK6A 4ISEA 3I8DA 1RT4A 3CJ7A 2P9SA 3D6RA 1GOBA 3MXMA 4JI2K 3PO4A 2ASOA 4BDZA 1NK5A 4MO5A 4FK4A 3P4IA 1GLCG 3O3FA 2FXUA 5AFUH 4QAGA 4E1JA 1YAGA 1YUWA 4CEOA 5C2DA 3AA3A 2Y1JA 3DMJA 4FLXA 2BUPA 2FF6A 3RR7A 4CFAA 2O8CA 1FW6A 2G8IA 4X66K 4CF2A 3LDQA 5CR4A 2YJFA 1YTAA 4GW6A 1L3SA 4WQ5C 5GINA 5AQMA 1NGCA 3D2EA 1TK5A 4JKHA 3IS9A 5C25A 5IT9O 4B1WB 4IOCL 3SAHA 4ILJA 4BGBA 1U47A 4CK2A 3DJCA 5T7BA 1RT7A 3KIOA 1EX4A 3A5LC 4DTNA 3P39A 4RW6A 1W7AA 4FJKA 5KRSA 2FBYA 1TAUA 2UYTA 5HLFA 3TR8A 1HKGA 4B1UB 2NRVA 3V6DA 1WBDA 3VQ6A 3SUPA 3F9KA 4KHNA 4CGDA 4FLUA 3L2VA 1WN7A 1KAYA 5LL6Z 2IDOA 2ZQBA 1N36K 2UXBK 4CJRA 2HVIA 1VHXA 4KH6A 1T44A 3FE1A 4HUFA 2HMPA 4JI3K 1BGXT 2A1SA 4RW4A 4G9ZA 4YOVA 4R5PA 3ID6A 3QETA 3TANA 1FXXA 1UOCA 1DEJA 4DTXA 3SUOA 1U2VA 4CEEA 3QEIA 1ATRA 1OKJA 3RSEB 1QVGM 4KHWA 3CC7N 3HOSA 5E84A 2QXLA 4MLHA 3OY9A 1Y97A 1JJ2M 4O44A 3MEDA 3UE5A 1RT2A 4WE1A 3IDHA 3O5BA 2HNDA 3F9MA 4C8NA 1YVNA 3CCRN 1NK0A 4CZGA 1BOTO 3MCAB 3MXIA 3R6MA 5AQQA 2Z1HA 1Z26A 2GEMA 3C6UA 4IEIA 2CGJA 4LY7A 3B6OA 3O4QA 1X3NA 2ITGA 3B8AX 5EOYA 1QHAA 4PA1A 3HO1A 3WQTA 1HYVA 5EVZA 2O8FB 1S3XA 3U9ZA 3U9DA 3LP3A 1J53A 4FJJA 1TKTA 2W6KA 2JGUA 5BPMA 1KFDA 2V7ZA 1KFSA 1Z05A 3IKMA 3J7YP 3QMLA 1FKPA 1M1KO 1SV5A 4CHZA 4KKOA 1E4FT 1MWMA 4FWOA 3THWB 4A2AA 1A5VA 3VGLA 3RMCA 3VQDA 5HRSA 4FZYA 3NBPA 2O8DA 1JCGA 4U7BA 4FJ7A 1BA0A 2GELA 4DSFA 2VYPA 4BWJA 1KCFA 1SL2A 1FJGK 1VQ6N 1GOAA 2HBLA 4LF8K 3VQ5A 4M42A 4HCBA 3NFAA 1ESVA 4OPKA 3AVNA 4B1XB 4LFBK 1HQUA 3K5MA 2V52B 1DTQA 1KSPA 3CI5A 5AQSA 4KREA 3HP9A 4DV2K 4FM2A 1YT3A 3QEVA 5HBMA 3WQUA 1K8KA 2QM1A 4Z4HA 4M3ZA 1TVRA 5HRNA 3PY8A 5FDLA 1RTIA 1X9JA 4CECA 1GLBG 4CGJA 3VEOA 5TKWA 3QINA 4ID1A 2QWQA 4GV6A 1VQON 2F7TA 4CBXA 3DOKA 3VETA 3RR8A 4OKJA 3WXJA 3FFKB 5C12A 3TAGA 4JKGA 4Z4IA 4LF7K 2ASMA 4FZXC 2ZD1A 1TAQA 3MN9A 3PLAA 3NHGA 4KH4A 1RDDA 1R59O 4BWMA 2F9TA 5EY4A 5F0XA 3PX6A 4E7LA 1L3TA 5C2FA 1HQEA 3S3NA 3EZ5A 4AQYK 1S6PA 2P9LA 3CCLN 1SQKA 5JMVA 2A3ZA 3DLLL 5AJ3K 2HF3A 2O8BA 3UIQA 2B4JA 3OYJA 4AM7A 1WSEA 1CZAN 4IKFA 4YORA 1WAJA 3NH2A 4KO0A 3H45C 5MLCQ 4FWLA 3S9HA 1S1UA 2DFHA 4JI5K 3QLHA 1IKYA 2I7PA 4CZFA 3K57A 3ZSXA 3O9UA 4FXDA 1G15A 1C1CA 4JI6K 2NZTA 3VESA 3KKSA 4KI6A 4W5NA 1S1VA 4B3MK 5AQJA 3OYNA 1E3MA 4FJ8A 4YOUA 1LW0A 4FLVA 2RF2A 4DS4A 5GADP 2CH5A 2HF4A 4Z94A 3VEYA 3VQ4A 3LM9A 4B1ZA 2BH1A 3HRGA 5I9EB 4UQGA 4BR5A 2NRTA 3L6QA 4DQPA 1DLOA 3ENHA 3L3UA 4H0OA 3C94A 3LAMA 3SJJA 4NYNA 4E0DA 4LSLA 4ISFA 1ZBFA 4DF8A 1WBBA 3T3FA 1NJIO 2YCHA 1NGDA 4Y1CA 5B8HA 3VPZA 2CH6A 3O6WA 4K42A 2HHHK 2AA4A 2YNFA 3WXKA 3G71N 4B9NA 4CD3A 4H4MA 4LFCK 3H3NO 4DF4A 1FK9A 1NM1A 3THXA 4J2EA 3SQ2A 4CHNA 3E66A 5BRDA 5C10A 3CYMA 4Q5VA 4HWIA 5AQWA 2XY5A 2YI1A 4BRPA 3MX5A 2HB5A 1P8ZA 4M3RA 3NMUA 3AA4A 3VQ7A 2ZJQL 4KTQA 3BEXA 4NXNK 4DFMA 3WUHA 3VQBA 4GNIA 4XH5A 4J2BA 4XH4A 4PHTX 4KHSA 4A62A 3RRGA 3B6PA 4CJ5A 3I0RA 3M8SA 1VSKA 3K5NA 3JXUA 3OYEA 2X74A 3WEEA 4BRMA 3PSIA 4GV3A 3SMSA 1J9AA 4NO7A 4AHCA 5AQTA 4B9UA 3LDLA 1T05A 3CFOA 4JS4A 5EX5A 3TARA 3EEQA 2NUBA 4BREA 3EY1A 1LAWA 4WFAL 1VQKN 4FSVA 1NLVA 3AO2A 3C65A 5FPDA 3H1QA 1C6VA 1ATNA 2KZMA 2GUIA 2FBTA 1WB9A 2IGIA 1VK0A 2YKNA 3ATVA 1NGFA 4DFJA 1D5AA 2NNWA 4CZLA 4M3XA 4DV6K 5C0YA 3UKUA 2QKBA 2A5XA 2BANA 1VSJA 3OJUA 4CGGA 4FLYA 3KKRA 3M8RA 1HUXA 2P9SB 3BP8A 1NMDA 4B1VA 3OYDA 2FC0A 5EXWA 3C0BA 3SV4A 3KTQA 4AM6A 3MK6A 2HBMA 3HSCA 2F8SA 3HBTA 1NKCA 1YJ9N 3AVAA 2O8EB 2NRHA 1GLDG 4DTPA 5AFUA 1HNZK 4BG9A 3ATUA 1HRHA 4DU4A 3HP6A 1QSSA 1RT1A 2QWPA 1NU0A 4N41A 3IAYA 4WFBL 4CK3A 4F8RA 1J54A 1WSIA 4YNQA 4FW2A 2FBVA 1T6DA 4FWQA 3ZSYA 4DUYK 2P9PA 3HTVA 4OPHA 4ILGB 3JS6A 1IJJA 4PUOA 3SV3A 4OLBA 4LF6K 4YHHK 4H5NA 2PYJA 1F21A 4O8UA 4CGHA 4WCEL 3ITHA 4CJSA 4B8AB 3M8PA 3CIPA 4GVMA 3IMXA 2XY8A 4JI4K 1JLGA 2IVOA 1CZ9A 3OW2M 1A5XA 4FVUA 3KLGA 3K2PA 3JYTA 1QE1A 3CQ8A 1RFQA 3CJ9A 1HMVA 4BR7A 3A0IX 3HOTA 3L2RA 3QB0A 1VSEA 3LWMA 2Z1IA 3NDKA 4CJKA 4CW7B 4Z4GA 1ZBHA 1QQMA 4K41A 2OTJN 1BIZA 3C7NA 5BR8K 2XRIA 3J7AP 4M7YA 4OKEA 4GV9A 2D0AA 3AVHA 2PYLA 3EL2A 1QVFM 5BN9A 1W9HA 4FL9A 1JXEA 1KRPA 3AO3A 4O55A 4CIEA 3MXJA 2A40A 4MFBA 4FWRA 1JCFA 2EWSA 1EWRA 2G8VA 3ZEUA 2ZM6K 1SL1A 3UKRB 1RT5A 4X65K 4E7KA 2G8UA 2WBNA 2E1ZA 3NCIA 4EP4A 3V1QA 1GLJO 2VWBA 1RDUA 1EP4A 2IS3A 2KLAA 2Q2RA 3DLEA 1L5UA 3ZT4A 1SKRA 4DR4K 3RMAA 3KHYA 3VEWA 3CETA 4CFDA 4A61A 2OPQA 4YOWA 2P5GA 2YJEA 4RTFD 1T3VA 4CE9A 2HOEA 3CHWA 3VTIA 3L0QA 1KVAA 1OH8A 3E9LA 5BRFA 3BDPA 4DR2K 4LF5K 3WNGA 1HNIA 4A5BA 1LW2A 3MAQA 5DM7L 3OS0A 4PY5A 4YFUA 4CEFA 4O5FA 3TTFA 3DXKB 4CF8A 1SL0A 1N32K 1WSGA 3PIPL 2B6AA 3CJBA 1TUUA 2IOCA 4XH1A 3HVRA 1ZC6A 3QEXA 4BE2A 2O8DB 3ALYA 2E2QA 3IFRA 4CJVA 2Y1IA 1TL1A 4C8MA 2P9NA 4HVJA 2F4VK 5HP1A 3T1YK 3PO5A 1B92A 3QFUA 4QS7A 4BVPA 1UAXA 1RGIA 4H8KA 2BGGA 5LY3A 3CPWM 1YTUA 4MDBA 2YHAA 4DR7K 2KKZA 2OYQA 4JHDA 4ELVA 2OANA 3DM2A 4ELUA 3OS2A 4NLBA 2X6NA 1JXBA 2RPIA 2D1KA 4JRPA 3N4QA 4V19S 2QK9A 4CJWA 1JL2A 1J5OA 3TTCA 1VSMA 3HXMA 1NWKA 3KLHA 1Q9YA 3DRSA 1KTQA 1UA1A 1RBUA 3H6EA 1VSHA 4DR1K 1ZBIA 4JNEA 2V51B 4G1QA 1U49A 1G99A 3ZETB 1S9GA 5GIOA 4DTUA 5BPNA 3RMBA 4UY8O 4JV5K 4BQZA 4Y0WA 1OVQA 5EU7A 3HJFA 4BC2A 4IFYA 2Q97A 4L8RB 3BGRA 4OGEA 4FJ5A 2FSKA 3K0SA 3SYZA 2V7YA 4OLAA 5F1XA 4RW8A 1KD1O 4RWTA 4FJMA 2HHSA 4CEBA 4BGAA 5FRMA 1YXQA 2XY6A 2PAVA 3NF7A 5AR0A 2E6LA 4JS5A 4F2SA 4OX9K 3FLCO 3ZT0A 3CG7A 1IH7A 1KLNA 3SBGA 1VSLA 4M63C 3TTDA 3OYBA 1S9EA 3O4WA 3NAEA 1K73O 2I7NA 5LJWA 4N56A 3C95A 1IKWA 1YF5L 2NRRA 1LV5A 3ZT1A 3PIOL 1C1AA 3OTOK 4AHSA 5C15A 4C8KA 2W41A 1Z6RA 4CESA 3OYKA 1NGBA 5AQHA 1LWFA 4CHOA 1DKGD 2E6MA 4KV8A 4BROA 3THYB 2Q0UA 3M8QA 3ULEA 4C1NK 3A5MC 4FLZA 1NGGA 1BO5O 3DAWA 4KTWA 4RW9A 3CD6N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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