3R3LA

Structure of np protein from lassa av strain
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
554
structure length
513
Chain Sequence
KSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKQRRDDSDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSVLRVGTLSSDDLLTLAADLEKLKSKVTRTERPLSSGVYMGNLSSQQLDQRRALLNLIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDVVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQSMDGILKSILKVKRALGMFVSDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSIVGRAWENTVVDLGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEVALYQPISGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDIADLFAAQPGLTSAVIEALPRNMVITCQGSEDIKKLLESQGRKDIKLIDIALSKIDSRKFENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTLVLRAVLPRDMVFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of NP protein of Lassa AV strain
rcsb
molecule keywords Nucleoprotein
molecule tags Structural protein
source organism Lassa virus
total genus 165
structure length 513
sequence length 554
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r3lA02
4FVUA 4GV6A 3MWPA 4GV9A 4GVEA 3R3LA 3MWTA 3MX2A 3Q7CA 4G9ZA 3Q7BA 4GV3A 3MX5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TANA 4DF4A 1J54A 3CM5A 1QVFM 4Y1CA 3NF8A 5EU7A 5J2NA 1HNWK 2OANA 1YJWN 1FJGK 3KKSA 5KGWA 4FLWA 4DTJA 2A1SA 3WXKA 4JAXA 3L2VA 1N36K 1RDBA 1KD1O 4JI0K 2ZJPL 5GAHP 1OVQA 1HX1A 1LW0A 3EEQA 2X6NA 3TSUA 4DV7K 4YOTA 4B1XB 1TUUA 3AV9A 4YDUA 1OH5A 4DV4K 3OYCA 4L8RB 2OCEA 3GG4A 1X3MA 1TAQA 1DKGD 2NNWA 3DRPA 4FLUA 1D5AA 3FFIA 4JRQA 1RDAA 4M41A 2V7YA 3H3NO 1VSMA 3CCVN 2ZD1A 5AQKA 4BRCA 3K5MA 4FWSA 3UKRA 4KBOA 3SI6A 3A5MC 1NG9A 2YNFA 3RVCA 5TKYA 4BRNA 3KK3A 4IFEA 1ATNA 5D3GA 3ULEB 3WXMB 3OS2A 1RBSA 1FW6A 1ATRA 4MLEA 3PO4A 3QIPA 1Q8IA 4CJTA 3S3NA 3HPOA 3EE9A 4E7JA 4QCLA 3L3UA 1BOTO 1NK4A 5M1OA 3PV8A 3ENOA 1NGJA 4AM7A 4B9SA 2KTQA 2FSJA 3S3OA 3QETA 3T7ZA 4J2EA 4FK0A 2HHHK 4CEOA 4AM6A 3C95A 4FWOA 2HNZA 1VQ8N 2GUPA 3NVKA 4KTZA 1QZ5A 4U67L 2G8VA 4ID1A 4DSEA 1X9WA 3KTQA 4CF9A 1NGDA 3G25A 2Q0RA 3TSPA 1GLLO 2P9KA 3WNGA 4CJVA 1T05A 3QESA 1HQEA 1SAZA 2YJEA 4MDAA 2QWPA 4Z0UA 1S3XA 2XY7A 4DUZK 2HW3A 1S6QA 4IJAA 5AQTA 1YHQN 1S5JA 3C65A 5J2MA 2YHYA 1C1AA 3SK3A 1CZBA 5C10A 1WUAA 4DFPA 3SV3A 2IS3A 4CZFA 3VQQA 1GOBA 3ISNC 1JLGA 4EHTA 4BE2A 1EETA 3O9RA 1S1WA 3CJ1A 1QTMA 2VGMA 4B1YB 1MA9B 1VK0A 1ASVA 4A57A 3KD5E 1BQNA 3R6MA 4OKKA 2OPRA 2KZMA 3CQ8A 1JLFA 2A5XA 2F7TA 2VG7A 4BQZA 3AGRA 5BREA 4IOCL 1G99A 4WFBL 3O8MA 4O5BA 3VOVA 3P31A 3FZHA 4JN4A 4CHZA 2DTUA 1U4BA 3VPZA 4CZHA 3HVRA 2O8FB 5AZJB 3FR0A 1C0FA 4W5NA 3EZ5A 2QK9A 4GVMA 5AQNA 4IOAL 3PY8A 2I7PA 4IO9L 2HF3A 5CY4A 2VWBA 4B8CA 4JK9A 4FK2A 2UXDK 1U2VA 1DLOA 3CCSN 4DU3A 1R59O 4XH4A 2KFNA 3MXJA 4WFAL 4KTQA 4KI4A 2GELA 2E6MA 4QS7A 3QNNA 4KV8A 4WE1A 1XI1A 4ZTFA 2VG5A 4JKHA 2KHOA 1YVNA 1WSIA 4FM2A 3KZBA 3NVMA 4JI2K 4O0IA 1C6VA 3HT3A 3K59A 1GOCA 3UIQA 5FRMA 1TK0A 3CPEA 4QS9A 4IXCA 1YVUA 4DU1A 3MX5A 3T1AA 1O13A 4CD1A 4CJKA 1QZ6A 3LALA 1M90O 4H0TB 3EZWA 3FE1A 4ILJA 3LL3A 2IAJA 4NCBA 3R8EA 3C6UA 4YDUC 2A6AA 2ZJRL 2B4JA 1K9MO 1C0MA 3TAFA 5KRTA 5BR8K 4IFVA 2FBTA 3V9ZA 4CGDA 2BGGA 3G71N 3AVNA 5GAEP 4FM0A 4DMNA 4DQPA 2IC3A 4B8AB 3AAQA 3DXKA 1XMOK 3NF7A 5DK5A 2CH5A 4NLBA 1SKRA 3OYNA 1ZBLA 4CEEA 4BROA 4F3TA 3CFOA 1TKDA 4EP5A 3DWLA 2KLAA 4M45A 5JVHL 2QWMA 4FLYA 1BI4A 2JWLA 4DFKA 4JI4K 1XUPO 1YUWA 1RDDA 3G6EN 1WOQA 4ILHA 3DJCA 1A5XA 4E1MA 1BL3A 2PBDA 4I2QA 4OPJA 3I8DA 5AQJA 3AVIA 4BACA 3V9UA 4B9QA 1REVA 4BR7A 2WONA 4YOYA 5AQOA 1TYQA 2QWOA 3QFUA 2O8BA 3HL8A 4F2SA 4H5VA 1BCOA 3HPGA 4MFBA 1T8EA 3VQ7A 1LCUA 4CF0A 1N34K 3U9DA 3TWHA 4GKJK 4BE0A 1NKBA 3HPHA 3M8QA 2CGJA 4FJ9A 4CZLA 4WQ4A 1JLBA 3F9KA 4CZEA 4DSIA 4NXMK 2W6LA 4CZJA 2D0AA 4CIGA 2EWSA 1VRTA 1NMNA 2A40A 5C12A 3HYFA 4K8XA 1V4TA 3CQXA 3QEWA 4DR2K 2Q2RA 1IKWA 3LDLA 3VQPA 5KQ8A 1E4FT 2GTDA 4JKEA 4I6MB 4HTLA 3JS6A 1DT9A 4QAGA 1EKEA 5FPMA 2B6AA 4B1WB 3DLLL 4CJFA 3L2QA 3HP6A 3TAMA 4LF6K 4NB4A 4BRDA 3M8PA 1VSHA 1VQ5N 1JXBA 3QEXA 4KI6A 4CHOA 2P9IB 4KPYA 3OYIA 5BN9A 2GWKA 4JI7K 4N47A 3SQ1A 3T1YK 1LAWA 3LDOA 3CMEN 4KO0A 4OGCA 3KJVA 4LF5K 4TSXA 4R79A 3M6GA 4YY3K 4RTFD 3PX6A 2P1JA 4LH5A 5AJ3K 5HROA 4BG9A 1QHAA 4E1NA 3CC4N 4JD2A 4FJJA 3RMBA 4KH4A 1RDCA 3H08A 1JKHA 4FXDA 4PHTX 3D2FB 2UXCK 1NKEA 1HKCA 5AQQA 4FSVA 3CF5L 2GBZA 1HUXA 5GADP 4CGGA 4DQQA 2F8TA 3AO1A 4FJMA 4BR5A 1Z25A 4FM1A 1NGBA 4B1UB 1HKBA 3OBYA 4BRAA 2Z1JA 2HBMA 3ZETA 4CJQA 2P9UB 4WCEL 3C7NB 1NK6A 3LP3A 1VQ7N 2YX6A 4DFMA 1Z05A 5JMVA 5M1PA 3CCRN 3HRGA 1D8YA 1HYVA 1JLAA 3ZSXA 4JKFA 4DQRA 4OPKA 5KRSA 3V9XA 2ZGZA 4B1ZA 1J6ZA 4RCHA 4Q0BA 2AJQA 4IOXA 3H45C 1VRUA 3ULDA 3AGKA 4JI6K 4E3SA 5HP1A 2YNIA 3BDPA 1KAZA 3LWMA 3CPWM 3QNOA 4LC9B 2NRRA 4EZ6A 1EWQA 3SAHA 4JKCA 4CGHA 4Z4IA 3O9UA 4JEPA 4KHNA 2X78A 4PA1A 2CH6A 3ASMA 3DM2A 4CZIA 1Q9XA 1KTQA 1M1KO 3QBXA 5CZ1A 3CG7A 2GUIA 2P9NA 1W0HA 2R7YA 2GV9A 3FLCO 3TAGA 3ITHA 2D0OA 4EFHA 1ILYA 3AVFA 2IIRA 1QQCA 1RTHA 4M3XA 3O6WA 1W7AA 2VQFK 4IWVA 4O0JA 2DFFA 3NDKA 2E8AA 3PLAA 3SV4A 3OA9A 4GMJB 1LWEA 3VTHA 4HCBA 4O5FA 3WNFA 3E1YA 1YT3A 4GY2B 1I3AA 1BA1A 2W40A 3SYZA 1NGIA 3W3DA 3IUCA 3C6AA 4CE9A 1U45A 4JI5K 2P9PB 5JLHA 2FF6A 3H1VX 3IMXA 1L3SA 3ATUA 4PY5A 2UUAK 4QS8A 3ZT1A 3B8AX 3HK2A 1IG9A 4RW6A 4DTPA 1SV5A 4GV6A 1KAYA 1ATSA 4BRPA 3CMAN 1L3TA 1QQOA 5AQXA 1HQUA 1SQKA 5AR0A 3VTIA 3N4PA 3A5NC 4FZZA 4FLZA 3I55N 4DQIA 4ELVA 5I9EB 3SNNA 2JLEA 3IFRA 2WBNA 3IG1A 3IKMA 3THWB 4Y1DA 3ZSQA 3CETA 4M3YA 3TSQA 3UKUA 1KFSA 3HSTB 4OPAA 1UAXA 4N41A 4CBXA 2NUBA 1GLAG 4IEEA 3TARA 2Q3SA 1KSPA 3ZT3A 1SL0A 1T3VA 1VQ9N 2IGIA 4ICLA 4XH5A 1BDGA 4M3RA 3MAQA 4CK1A 3NF6A 3LZIA 1ASUA 5KPTA 3MN6A 1RT4A 3E9PA 5KTQA 5MLCQ 4BVPA 3CJ7A 2WOMA 1EXQA 4C23A 2BTFA 1U47A 2PYJA 3VQCA 4H0VB 2E2QA 3RRHA 1HNIA 4CJLA 1NGAA 2D0BA 4KREA 3NH2A 4KRFA 4DKWA 1YITN 2QTDA 2BE2A 1S1TA 3P1GA 4IG0A 1NK0A 4H0YB 3C0BA 2QWLA 4JI1K 3AO2A 4BE1A 1HKGA 3QB0A 2OZSA 2G8KA 2KKZA 2G8UA 4K0KK 4CEFA 2AA4A 1RBUA 2P5GA 5F0XA 1Q18A 4PL7A 2H3GX 4DTMA 3HOTA 3SMSA 4H5TA 3ZLJA 4DLEA 4MLHA 2DPNA 4NO7A 1T44A 4F8RA 4CGIA 1K8KA 3KLGA 3OHRA 3ZSWA 1VSDA 4LD0A 4KB1A 4M3UA 3HZ6A 1BHLA 3UE5A 4HUGA 4UY8O 4IZ9A 3OYAA 4H8KA 5C0YA 3ZT2A 2E4LA 5C2DA 3V6DA 4N76A 1N6QA 3EKSA 1XQSC 1IH7A 4JKBA 1SS6A 4Z4CA 4E7LA 2ITMA 3E9OA 1ASWA 5M1FA 2HNYA 4E1JA 1LOTB 4AHSA 5F1XA 1TKXA 5E26A 1J5OA 4AHVA 5HRRA 2P9SB 3P38A 1VAZA 4CF2A 5JS2A 4FWMA 3NGZA 4DTSA 1NWKA 1HNXK 3O3FA 2QA4N 1TAUA 3PSFA 2RF2A 1BGXT 2EX3A 3LM9A 3B6OA 3MX2A 1WSGA 4FL9A 4V19S 1XC3A 2ASOA 5CE3A 1QHTA 2FSKA 3SPYA 4FJKA 4FJNA 3O1WA 3JSMA 4MQ3A 1BQMA 1VQMN 1WSFA 3VQBA 3L6QA 3EYZA 1GLEG 3OVNA 3K58A 4E7HA 5AZIB 3OJSA 1K73O 2G8FA 1D4XA 4J2BA 4FJLA 3B6PA 4X65K 4M7YA 3I8BA 4CHYA 1TL3A 3R9PA 1B9FA 1UA1A 2DFHA 2YNGA 3VEOA 3RSEB 3SJJA 4UQGA 3LP1A 5KPRA 5M1KA 4H5NA 1CXUA 5FPNA 4OKJA 3G4SN 4B9TA 1KLMA 2DY4A 4CW7B 3W0LA 4GV3A 2OPSA 3CM6A 3WNEA 4DS5A 2BANA 3KK2A 3D2EB 2PFUA 5E84A 2W42A 2Q1NA 4N56A 3THXA 4DV3K 2PY5A 3OYJA 1N8RO 3OS1A 3A5LC 2P9LB 2ASPA 5CHIA 4FWNA 1GLCG 1TUYA 2ZWHA 4DV1K 4KHSA 3KKRA 4JKGA 5FLXO 4WF9L 1FXXA 1TL1A 1BCMA 1DEJA 1HNVA 4DR7K 2HBLA 2E1YA 3LAKA 2D4WA 3LZJA 5KQDA 1ZBFA 4W5QA 2OTLN 2KW4A 4CEBA 1TKZA 5AQYA 2FSNA 4GVEA 3R1XA 4FJIA 4PUOA 3ZYYX 3WEEB 4BRQA 4I2PA 4BR4A 3VA3A 3GDQA 4DHYA 2QXLA 5JLFA 4DLGA 3THYB 4RWTA 4X66K 4FJGA 3M5RA 3H1QA 3OW2M 4EZ9A 2RPIA 4JI3K 4CGFA 3CJ9A 1KVBA 3PIOL 1NK7A 3DOLA 1ZXOA 4FW2A 2OA8A 3SPZA 5HBMA 3VQEA 3QEIA 3I33A 4C1NK 3QEVA 4ID5A 2A41A 3HVTA 5ELZA 2HHVA 5M1NA 2O8EB 2F4VK 3O3HA 2IVNA 3NGIA 1P8ZA 1QS4A 3CI5A 3CCLN 1NK5A 3MEEA 3TAEA 5C15A 2HHSA 4MDBA 5AQRA 4JKAA 3VEZA 4MO5A 4A2BA 3GE1A 4EHUA 5LMUK 4KB0A 4W5RA 4GKKK 4CJ3A 4BRFA 3ZSOA 3IAYA 3PX4A 1KLNA 1JCEA 3RWUA 5BPNA 1VSIA 5C25A 4F3OA 2VQEK 3JXUA 4FJXA 1RT2A 1XNRK 1FKPA 4BQLA 1GOAA 3OYFA 2RHKA 3DLGA 4FOIA 1X3NA 3LPTA 4JHDA 2O8CA 1TVRA 5I42A 4JYAK 3TTFA 4CFDA 4IEIA 1IBKK 1IKYA 3VMFB 4CJ4A 1UA0A 3ALYA 2ASMA 1SZ2A 3GBTA 1NMDA 1C1CA 3D45A 3ZEUA 1T03A 4BC3A 1YJ9N 3A5OC 1H1VA 5LL6Z 4L3QA 1YXQA 3ZSRA 3LWLA 1WAJA 1T6CA 3V1QA 1P90A 5F2RA 3UKRB 3TU5A 1HJOA 1A5VA 4CERA 5GIOA 4DR1K 2E2OA 1N33K 4FVUA 3RMCA 3CCEN 3VQ5A 2NRHA 5BN8A 5GINA 4KHWA 1RTIA 3SJHA 1YIJN 4CEZA 2NZTA 3MWTA 3VF6A 4ZTJA 4CESA 3CIPA 5C2FA 2O8DA 4J2AA 3KWIA 5BRDA 1NNEA 2ZGYA 3DLRA 1WSEA 4M7XA 4E19A 1BU6O 1VQPN 4KHYA 3Q7BA 3K9JA 3SUPA 1JJ2M 4FLTA 3CERA 3HI0A 3VQ9A 5M1QA 3HO1A 5T7BA 4MO4A 4BGAA 2LSNA 4M42A 1W9HA 2ZJQL 1HR0K 2B5JA 1A5WA 4DQ8A 3U3YA 3MN7A 3C6HA 1VHXA 4JV5K 1NGGA 1X9JA 3H46O 4FVMA 4DFJA 4FLVA 1RT6A 3NHGA 4CJWA 4JNEA 4BR2A 2Z1HA 4PKGA 5AQWA 4I9QA 3AVGA 2YV0X 4FJHA 4DSJA 4PKIA 4EAHD 2P9KB 1ESVA 4K41A 2QWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FVU A;  4GV6 A;  3MWP A;  4GV9 A;  4GVE A;  3R3L A;  3MWT A;  3MX2 A;  3Q7C A;  4G9Z A;  3Q7B A;  4GV3 A;  3MX5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TAN A;  4DF4 A;  1J54 A;  3CM5 A;  1QVF M;  4Y1C A;  3NF8 A;  5EU7 A;  5J2N A;  1HNW K;  2OAN A;  1YJW N;  1FJG K;  3KKS A;  5KGW A;  4FLW A;  4DTJ A;  2A1S A;  3WXK A;  4JAX A;  3L2V A;  1N36 K;  1RDB A;  1KD1 O;  4JI0 K;  2ZJP L;  5GAH P;  1OVQ A;  1HX1 A;  1LW0 A;  3EEQ A;  2X6N A;  3TSU A;  4DV7 K;  4YOT A;  4B1X B;  1TUU A;  3AV9 A;  4YDU A;  1OH5 A;  4DV4 K;  3OYC A;  4L8R B;  2OCE A;  3GG4 A;  1X3M A;  1TAQ A;  1DKG D;  2NNW A;  3DRP A;  4FLU A;  1D5A A;  3FFI A;  4JRQ A;  1RDA A;  4M41 A;  2V7Y A;  3H3N O;  1VSM A;  3CCV N;  2ZD1 A;  5AQK A;  4BRC A;  3K5M A;  4FWS A;  3UKR A;  4KBO A;  3SI6 A;  3A5M C;  1NG9 A;  2YNF A;  3RVC A;  5TKY A;  4BRN A;  3KK3 A;  4IFE A;  1ATN A;  5D3G A;  3ULE B;  3WXM B;  3OS2 A;  1RBS A;  1FW6 A;  1ATR A;  4MLE A;  3PO4 A;  3QIP A;  1Q8I A;  4CJT A;  3S3N A;  3HPO A;  3EE9 A;  4E7J A;  4QCL A;  3L3U A;  1BOT O;  1NK4 A;  5M1O A;  3PV8 A;  3ENO A;  1NGJ A;  4AM7 A;  4B9S A;  2KTQ A;  2FSJ A;  3S3O A;  3QET A;  3T7Z A;  4J2E A;  4FK0 A;  2HHH K;  4CEO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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