3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio parahaemolyticus
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
3FZLA 1U2VB 2P9NA 1LCUA 3CJ1A 4IO8A 4ISGA 4CZEA 2E2QA 5BN8A 4XH4A 4BRCA 4BQZA 1SAZA 4CBXA 2FF6A 5CE3A 4BRHA 1HKCA 1NGGA 3AARA 3RSEA 5AQFA 1X3MA 4CBUA 3FE1A 2P9UB 4PL7A 2HF3A 3ATVA 3ENHA 3KVGA 1NGAA 3FLCO 4Y0WA 2A40A 4ISEA 1MWKA 4B1UB 4CZLA 1ZBSA 1BA0A 4FWSA 1GLBG 4A2BA 3LDLA 2P9SA 4BRAA 4QS9A 2A3ZA 1DKGD 1YXQA 2ASMA 3QMLA 2Q1NA 3AY9A 4HTLA 1MWMA 4H5VA 2YJFA 4AM6A 4NO7A 4A61A 2ZGYA 4FWLA 4WQ4A 1HLUA 1CZAN 2QWNA 4B1ZA 1QQNA 1LOTB 3CJ9A 1P8ZA 2CGJA 3L6QA 1XC3A 2E2NA 3W0LA 3ZX2A 1BOTO 2FXUA 2H3GX 2V52B 1G99A 1V4TA 1IJJA 2V7YA 3C7NB 3VEZA 2ZWHA 3VEYA 1K8KB 4RTFD 5LJWA 3EL2A 1QQOA 4BG9A 2YI1A 1NLVA 5TKYA 4C23A 3U9DA 4AM7A 4JN4A 3S41A 3WXKA 3WEEA 2QWOA 5BPNA 5BN9A 2W40A 1NGDA 3VEXA 4ISFA 3R9PA 1NGEA 3EKSA 4JNEA 2CH6A 2VCPA 5E26A 3ATUA 3HSCA 3O1BA 2P9NB 1GLEG 2E1YA 4QS7A 4FL9A 1NGBA 2YHXA 2YJEA 1GLJO 4B1YB 4K42A 5I9EB 3FZHA 4L3QA 3O80A 1NBWA 5AQZA 4MLHA 2YHYA 4IJAA 2FSNA 4NB4A 3A5OC 1NMDA 3J8AA 1T44A 1U6ZA 3VERA 3DWLA 2W41A 4BR5A 3M6GA 4FO0A 3KZBA 3HM8A 4F9OA 5KPTA 3VESA 2V51B 2P9SB 2QWQA 1OKJA 4CZIA 4CD1A 4BR0A 1ZXOA 2Q36A 1Z05A 5ADXH 1DGKN 2AP1A 3CJAA 3C0BA 1GLCG 5FPNA 3D2EB 4EHUA 3CJ7A 2CGLA 4WQ5A 3U4LA 1YVNA 3H1VX 2E8AA 2Q97A 2P9PA 4BG8A 1Y64A 2IVOA 3R8EA 5AQMA 2GEMA 1RFQA 4B9QA 1ATNA 1BA1A 1EQYA 4H0PA 4FPBA 3P4IA 4BR7A 4H5TA 3FZFA 3ZX0A 3UKUA 3WXIA 3WEEB 2FSKA 3DXKA 2QXLA 3WXLA 3VGLA 2FLOA 2Q2RA 2I7NA 1TUYA 5AFUH 1QZ6A 3FZMA 4M63C 4A2AA 2D0PA 2CGKA 1NWKA 3FR0A 1BU6O 3D2FA 1H1VA 2BTFA 4XH1A 5EVZA 4RCHA 4XH5A 3ENOA 3HBTA 4H5RA 3CI5A 1BDGA 5AQWA 3H6EA 3VF2A 2E2OA 4B1VA 1BO5O 4CZMA 3WT0A 1XQSC 3FFKB 4BRFA 4H5NA 2E1ZA 3EKUA 5FPMA 4BRDA 4PKIA 1SQKA 2QWLA 3OHRA 5AZJA 1RDWX 5F0XA 5JMVA 2P9IA 2YCHA 4Z94A 3QB0A 5FPEA 5FPDA 2IVNA 3WQUA 2GWKA 3CJBA 4B1XB 4CZGA 4EHTA 3O5BA 3VETA 3MN5A 1X9JA 4CZHA 3GOIA 2PBDA 2D1KA 2QM1A 4BRQA 4EAHD 1HKBA 3LM9A 5AQKA 3HI0A 4JAXA 3CETA 4EIAA 3O6WA 5AQVA 3H3NO 1J6ZA 2QWPA 3QFPA 1HUXA 2P9PB 2HF4A 1JCGA 2GWJA 3MDQA 4FWQA 2ITMA 3KHYA 4IXCA 3TPQA 4WYBA 3LDNA 3SLCA 4MO4A 4BC3A 2QWMA 4MLEA 4JHDA 3CERA 4I6MA 3ZETA 1KAZA 3JS6A 3GBTA 1NM1A 3UKUB 3SK3A 4CI6A 1JCEA 1NGCA 1TYQA 3LDPA 4PKHA 1ATRA 1ATSA 3DXKB 3I33A 1T6CA 5B8HA 1YUWA 4BR4A 3FGUA 3O4WA 1QQMA 3H45C 3RSEB 5LY3A 1C0GA 3D2FB 4H0TB 4BRNA 3R6MA 1BG3A 3JXUA 3BF1A 5AQTA 4DB3A 4B1WB 5AQRA 2IVPA 1Z6RA 2I7PA 3IFRA 4BRLA 4JD2A 2FSJA 4YDUA 3VEWA 1MA9B 3QBWA 3EN9A 2D0OA 3MMVA 5AR0A 4XEIA 2E88A 3O08A 2NRHA 3DXMA 2GUPA 5AZJB 3VENA 1V4SA 2A41A 2P9IB 4CJ7A 5KPZA 4FWMA 4O8KA 3SJHA 3U8XA 2A42A 5AQNA 2ZF5O 1JCFA 3D7EO 4PKGA 2CH5A 4M7XA 1NGFA 4FPAA 3LM2A 4IZ9A 5BPMA 2PAVA 1NGHA 4BQLA 3UKRA 2Q0UA 3QICA 4BGAA 3WQTA 4DHYA 5EY4A 3VF6A 5JLFA 4H5WA 2NLXA 3A5MC 5BRHA 4IWVA 1GLDG 1GLAG 2F9TA 3U9ZA 4BRMA 2ASOA 1GLFO 4BC2A 3M3ZA 4H0VB 5AQIA 5KPRA 1GLLO 5AQHA 4CZKA 3LL3A 2OANA 4JHDB 4FSVA 5AQQA 5EX5A 5AZIA 4H0OA 4H03B 2EWSA 1KXPA 1T6DA 4GNIA 4I6MB 4DQ8A 2DPNA 4CZJA 5E84A 4FWRA 4IJNA 3HTVA 4M7YA 3CIPA 3IDHA 3EZWA 4HWIA 1TYQB 3WXJA 1YAGA 2ASPA 3VGMA 3LDOA 1BWFO 1S22A 2VYPA 3DAWA 3L4IA 2P9KA 5BPLA 2AA4A 3CQYA 3QDKA 4LC9B 3ZEUA 4CBWA 4CD3A 3QBXA 3BUZB 3M1FA 1WUAA 5ADXA 3VEVA 4MO5A 1NGJA 3VF4A 1QZ5A 5EOYA 2QWRA 3CQXA 4K41A 3IMXA 3MCPA 1HPMA 2GELA 3ID8A 2NZTA 4WQ5C 3G25A 4JD2B 2E2PA 4BVOA 5KQDA 1WOQA 1HKGA 3H1QA 5JLHA 5AQOA 3LDQA 3A0IX 3B8AX 3DXMB 2P9LA 3W3DA 4J8FA 3L0QA 4FOIA 4FOEA 5AQJA 4K43A 1HJOA 4BVPA 1SZ2A 2FF3B 2HMPA 4K25A 4DCHA 4FWOA 3MN7A 4BGBA 3FZKA 5F1XA 2HOEA 2A6AA 3SMSA 3H3OB 5BREA 4PL8A 3UKRB 1ESVA 3D2EA 1BUPA 5AFUA 5BRDA 3MN9A 3A5LC 3AAQA 4H0YB 1C0FA 3CJCA 3GG4A 5AQYA 4BRPA 5EXWA 3O1WA 5JICA 1D4XA 4FWNA 4EFHA 3ULEA 4BRIA 2BUPA 4BR9A 4H0XB 5KQ8A 1U2VA 5AZIB 5LJVA 3SMPA 3BP8A 2YHWA 1S3XA 4BC4A 3QFUA 2E20A 3AAPA 4QS8A 2A5XA 1ZC6A 4BROA 4WQ4C 2D4WA 3F9MA 4RWTA 2P9UA 4BR2A 1E4GT 3H46O 2P9KB 5BR9A 3ZEUB 3UE5A 4BC5A 4KBOA 5ELZA 4FWPA 3DJCA 1R59O 4BRKA 4BREA 3EO3A 3VGKA 1KAYA 2QW9A 3GE1A 3BF3A 3VEOA 2KHOA 3UB5A 1E4FT 3WUHA 5BRFA 3IUCA 3BEXA 1NGIA 1QHAA 3VOVA 2UYTA 2Q0RA 2P9LB 3MK6A 4CZFA 2V7ZA 4BRGA 5AQPA 5AQSA 1Q18A 1MDUB 5AQGA 2GTDA 4E1JA 2J4RA 1XUPO 3I8BA 3O8MA 1IG8A 3C7NA 1HX1A 4GY2B 1K8KA 2Q31A 3A5NC 1DEJA 2WUSA 3GL1A 4O5FA 3MN6A 1RGIA 3HZ6A 3CHWA 2IIRA 3ZETB 4A62A 3ZX3A 2F9WA 3TU5A 1TUUA 1X3NA 5AQLA 5AQXA 2ZGZA 2VWBA 5AQUA 3ULEB 1KAXA 4FWKA 3VPZA 3GDQA 5F2RA 3A8YA 4YDUC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O13A 3MXIA 2YNFA 3CF5L 1JL2A 4IO8A 2P5OA 2QXFA 4XH4A 1SAZA 2GUIA 5HBMA 1IKWA 3CM5A 1HKCA 3MECA 1NGGA 3AARA 4BRHA 3IAYA 2X78A 5IT9O 3P39A 4CBUA 2HHVA 3SI6A 3OS0A 4PL7A 3ATVA 1GOCA 3KVGA 1VRUA 1CXQA 2IAJA 1T8EA 2RKIA 5GAEP 1N33K 1BA0A 3LDLA 2P9SA 4CEQA 1YXQA 3AA3A 4U7BA 1KVCA 3FFIA 5GAHP 4BE1A 2YJFA 2VGMA 4B9LA 1HLUA 2QWNA 4OLAA 1LOTB 3L6QA 1P8ZA 1TAQA 3ZX2A 1BOTO 4Z4CA 2YV0X 2O8FA 3VEZA 1K9MO 3VEYA 4ICLA 4RTFD 4PQUA 4A5BA 1WSJA 1QQOA 2NRVA 4FJ8A 4OKJA 2IC3A 1NLVA 5CZ1A 3T3FA 1TKZA 4JN4A 3SYZA 1TKXA 4KB1A 4FXDA 4J2BA 4FK2A 4X64K 2O4GA 4YOXA 2W40A 3VEXA 5HL7L 1S1WA 2IGIA 3R9PA 1TAUA 2O8EB 5E26A 3ZT0A 3CFOA 5TKWA 2P9NB 4ID5A 4JI3K 3V9ZA 1NGBA 3NH0A 4AHSA 2YHXA 2UU9K 3NH2A 1K8AO 4CVNE 4B1YB 4NYNA 4K42A 2WC9A 3FZHA 2ATQA 3M8SA 1CXUA 3L3VA 4MLHA 3DRPA 3EE8A 3OYMA 3QEVA 1NMDA 3J8AA 4G1QA 1U6ZA 3VERA 3DLEA 2W41A 4BR5A 3ULDA 3KZBA 4F9OA 5CR4A 5KPTA 1CZBA 3KD1E 4FCYA 3QO9A 4CZIA 3CCSN 4OGCA 3KK1A 5H1SQ 1S1VA 1FJGK 1WLJA 5ADXH 3NFAA 3C0BA 2A1RA 4DFPA 2HNYA 3CJ7A 3P31A 4IO9L 3PX4A 2HHXA 2E8AA 2P9PA 4BG8A 1Y64A 1RDCA 2DFFA 3ZT2A 3QIOA 4ELVA 3S9HA 3WNGA 3RTVA 4WFNL 2YHBA 4F2RA 1EWRA 1QSSA 4H5TA 4ELUA 1D5AA 4PY5A 2FSKA 3O9TA 3RRGA 3TAGA 3E9LA 2Q2RA 1WSIA 5AFUH 4KTQA 4H4MA 1VQON 4KI4A 1C1AA 4A2AA 3D2FA 3PIPL 5KGXA 4XH5A 1UA1A 3HBTA 1LAWA 4C8OA 1BDGA 5AQWA 4GKJK 3K5MA 1EP4A 1ASUA 1Q9YA 4MDAA 4W5NA 1C0UA 2GBZA 4PA1A 3V1QA 2UXBK 3CCEN 4CJLA 5F0XA 1NJIO 4JRPA 2P9IA 3AO3A 3OYBA 4M3UA 3PO4A 3D45A 3TAPA 4M3WA 2OYQA 1LAVA 2IVNA 3LAKA 4LY7A 3O5BA 1M1KO 3KK2A 1X9JA 2PBDA 3RMDA 2D1KA 1VQ8N 4Z4FA 3LM9A 5AQKA 3HI0A 4O44A 4OPJA 2QWPA 3AVFA 3QFPA 4M3YA 4JKFA 2HF4A 4IXCA 4LF6K 4ELTA 3LDNA 4BC3A 2QWMA 1D9FA 4E1NA 4FLZA 1W2BM 4AHTA 3UKUB 3D6RA 2OZSA 3PV8A 1JCEA 1NGCA 1ATRA 4RW4A 3I33A 1T6CA 5B8HA 1WSEA 3TAFA 1BI4A 4DTMA 2W6LA 1Z26A 1YTUA 4CERA 2OA8A 3DLBA 3OYNA 3JXUA 5AQTA 3ISNC 4DQIA 3CXCM 2VG6A 3R1XA 2B5JA 1BGXT 4BRLA 4JD2A 4CIFA 3BZCA 3VEWA 3V6DA 2D0OA 3MEGA 3MMVA 3MWTA 4Q0BA 3SJJA 3NVMA 3QESA 4EZ6A 4KB0A 1D8YA 1HNVA 1HYSA 1VSJA 1ILYA 1V4SA 2IOCA 3OYLA 4YOTA 3T19A 1T3VA 4WFBL 5DK5A 3NF8A 5AQNA 4LF5K 4I7FA 2XY6A 2OPQA 5C25A 1NGFA 4BDYA 1YF5L 5BPMA 3UKRA 3QICA 2ETJA 4IOAL 3BZKA 4BDPA 5EY4A 5JLFA 2ITGA 3BGRA 1Q7YO 1S5JA 4IWVA 2G8WA 4BC2A 4DV1K 1E3MA 4B3RK 3KKSA 1LWCA 1QVFM 3LL3A 5AZIA 2D0AA 5EX5A 4H0OA 1HR0K 4X66K 4H03B 2EWSA 4I6MB 4CW7B 3HXMA 4DV6K 3VQCA 4IJNA 3HPOA 4M7YA 3HPGA 4RW9A 3V9UA 3SV3A 1TYQB 4JKGB 1YAGA 2ASPA 4FZXC 4LFCK 1JLAA 3G4SN 1S22A 2VYPA 3KLIA 5BPLA 4DWIA 2AA4A 1QTMA 3CQYA 3QDKA 3C94A 4CBWA 3DLRA 4KREA 5C2DA 4EZ9A 4CGHA 3VF4A 1QZ5A 2RHKA 2RPIA 3SPZA 3AVLA 2QWRA 4C1NK 1W0HA 1N32K 4UQGA 1RTDA 3QLHA 1JLQA 1S9GA 2VWKA 4JK7A 3H1QA 4DSEA 1YHQN 1TL3A 5JLHA 1XNRK 3LDQA 1HPZA 3W3DA 3B8AX 3F73A 1YI2N 1QSYA 1CZ9A 1SZ2A 2FF3B 4JYAK 3HRGA 1N5YA 4FYDA 2HOEA 4N5SA 1NOZA 1S6QA 4CHYA 4CHPA 3U6FA 5BRDA 1ESVA 4CF1A 3AAQA 2F8SA 3L2WA 4DU4A 3CJCA 3VQ6A 1WSFA 4JK8A 4FWNA 3ZSOA 3PSIA 4E7LA 3QEWA 1IBKK 1X1PA 5LJVA 4IG3A 3SMPA 1BQNA 3NVKA 4BC4A 2Z1GA 3AAPA 2A5XA 5HP1A 2D4WA 3F9MA 4RWTA 2P9UA 3L8BA 3AA2A 3VQBA 2PY5A 3ZEUB 2YX6A 3CFRA 4KAZA 5ELZA 1ZYQA 1KAYA 4JKAA 3BF3A 2KHOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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