3R8EA

Crystal structure of a putative sugar kinase (chu_1875) from cytophaga hutchinsonii atcc 33406 at 1.65 a resolution
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
GMILGIDVGGTSVKFGLVTPEGEIQNATRFMTADWVNGIGFVESMKLEIGNFLKQYPIVKGVGIGWPGLVSLDRTKVILLPNIPSVVNVPIVEILRSEFPHIHFKIENDAKCAALGEYYFGENKRMQTFILLALGTGVGSGVMMNGKLFIGGRGNGTEVGHMLTTRGKSLENQVGINHLIAYTHEQLALDVAKKSSLHTIAELSPKVIADHAAQGDALALAVWADIGTIIGESLVNIVRVMDLNNILLGGGISGAFDYFVPNLKKAMLEHLPTYYTDDMYIGKATLENDAGLLGAAGLIME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Cytophaga hutchinsonii
publication title Crystal structure of a Hypothetical sugar kinase (CHU_1875) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.65 A resolution
rcsb
molecule keywords Hypothetical sugar kinase
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r8eA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r8eA01
4ISGA 1J6ZA 2A6AA 1HKBA 4A61A 1BOTO 3CQXA 4BGAA 1GLLO 1NWKA 3ENHA 1BU6O 1SZ2A 3W3DA 3FLCO 3D2FB 1KAYA 4YDUC 4BR0A 3A8YA 5EY4A 3QFPA 2E2QA 2E1YA 1BUPA 4FWSA 4K42A 4BR5A 4IXCA 3MN7A 2QWOA 1BO5O 4GNIA 4QS7A 4FL9A 3U8XA 3MMVA 4CZHA 2NRHA 3B8AX 3QDKA 1GLBG 1HKGA 1NGAA 2ZGYA 5AQIA 4A2AA 4HTLA 5AFUA 4M7YA 1DEJA 2F9WA 3GOIA 4FWRA 5FPNA 3VGMA 1WUAA 3WEEA 5AQNA 5JICA 1T6DA 2A40A 3DAWA 1LCUA 3O08A 3UE5A 3VGKA 3GE1A 4EIAA 4H5NA 5LJVA 1GLCG 4H5TA 3H3NO 4B1YB 5AQVA 2KHOA 1TUYA 3VESA 3AARA 3M6GA 2WUSA 1U2VB 3I8BA 1RFQA 1GLAG 4IJNA 3EN9A 4FWMA 2GWJA 4PL8A 4BG9A 1S3XA 2FF6A 5LY3A 1X3NA 3ATVA 4CZJA 1D4XA 3G25A 3AAQA 3HSCA 4BRFA 2F9TA 1GLDG 1H1VA 3S41A 3A5LC 3U9ZA 4FOIA 3LDOA 3TPQA 2I7NA 3ATUA 1NBWA 1Z05A 3O8MA 4JD2A 4RCHA 3VETA 4RTFD 4XH4A 1JCGA 1TYQA 1T6CA 1ATRA 4H5WA 2IVOA 2GEMA 3A5MC 3FGUA 3LM2A 3VENA 3BF3A 4JD2B 4CZGA 3WT0A 2GELA 2HF4A 2IIRA 5FPEA 5AQGA 4FWQA 4B1VA 3C7NB 1TUUA 2P9NA 2GUPA 3HM8A 3ZETB 5AR0A 5BRFA 1HKCA 1V4TA 2ASPA 4XH5A 5E84A 5AQRA 3BUZB 5AQKA 1NM1A 3O4WA 1E4GT 3VF6A 4B9QA 4JHDA 4FWNA 3WXKA 4EHTA 5JLHA 3ZX3A 1K8KB 1RGIA 1ZXOA 5EOYA 3M3ZA 3D2EA 3VF4A 3DJCA 5BREA 3EKSA 1WOQA 4JHDB 4KBOA 5AQWA 3OHRA 3EKUA 5AQJA 2VYPA 3H45C 2V51B 3FZFA 3CQYA 2E88A 3D2EB 2HF3A 4CBWA 3UKRA 5AQMA 2UYTA 1HPMA 3MCPA 4CBXA 2ZWHA 5TKYA 4MO5A 4XEIA 3R8EA 4H5RA 3QMLA 2Q31A 4B1UB 4JN4A 4Z94A 5LJWA 1BDGA 3CETA 3ZX0A 5AZJA 4XH1A 3SJHA 5AQYA 2FSKA 4DB3A 5BN9A 2P9SB 5KPZA 4BRAA 2W41A 4M63C 5AQZA 3VF2A 5AQTA 3SMPA 1XQSC 3KHYA 1BA1A 3U9DA 5FPDA 4CZIA 3SMSA 3CJCA 2I7PA 3MN9A 5JLFA 3WXLA 1XC3A 3CIPA 1NGBA 1OKJA 4EFHA 3MN6A 4BC5A 4CZLA 3FE1A 1U6ZA 2Q2RA 5F2RA 1KXPA 2J4RA 4WQ4C 4B1ZA 3ID8A 3IFRA 2D0OA 3WXIA 2CGLA 3FZKA 4DQ8A 4H0VB 1GLEG 4FWOA 1Z6RA 1DGKN 1YAGA 2E8AA 5ADXA 2QWQA 2QWNA 3A0IX 3QB0A 4BRNA 3F9MA 3DXKA 2FF3B 5I9EB 4BROA 5KQDA 4BRGA 4I6MA 4O5FA 3KVGA 5AQOA 4PL7A 3WEEB 3AY9A 3FZHA 1QQMA 5BPMA 4MLEA 2P9IA 4CD1A 1NLVA 2HMPA 2ZF5O 1KAXA 4FO0A 4H0OA 4BRIA 3ULEA 5EVZA 4NB4A 3VEZA 4CJ7A 1QZ6A 2CH5A 3BP8A 4O8KA 4BRDA 1IG8A 5BPLA 1HJOA 3LDLA 3QICA 3LM9A 1ESVA 3C0BA 3ENOA 2AP1A 2QWPA 3HTVA 4E1JA 2BTFA 1GLFO 5AQPA 3SLCA 2E2NA 1V4SA 4AM7A 2QXLA 4CZMA 1BA0A 1BG3A 1XUPO 1YVNA 2E2PA 3W0LA 1MA9B 2YI1A 1DKGD 3AAPA 2Q36A 3IMXA 1TYQB 3U4LA 5AQHA 2E1ZA 1X3MA 2ASOA 1QZ5A 2FXUA 4H0TB 5FPMA 1S22A 4BRQA 4L3QA 1Y64A 4AM6A 1RDWX 4BR4A 4H0PA 1ZC6A 2A3ZA 2D4WA 3GL1A 2IVNA 2YHYA 5JMVA 2P9NB 4CZEA 1IJJA 5AQUA 5B8HA 4BG8A 1MWKA 3WXJA 4A2BA 3O80A 2IVPA 2VWBA 2NLXA 3O6WA 1GLJO 4BVPA 2A5XA 3EO3A 1MWMA 1SQKA 2QW9A 4CZFA 3RSEA 3ZEUA 2YCHA 4B1WB 5E26A 4C23A 5AQSA 2E20A 4BR2A 3VEXA 4B1XB 2FLOA 4BR9A 4GY2B 2ASMA 5BN8A 4M7XA 3LDNA 2ZGZA 3VGLA 4J8FA 2CGJA 4BRMA 4BRLA 3HI0A 2FSNA 4F9OA 1HX1A 3LDPA 4BVOA 3IUCA 1YXQA 4FWKA 5ELZA 3UKRB 4FOEA 4DHYA 1KAZA 5CE3A 2W40A 1X9JA 2QWRA 4WQ5A 3EZWA 4MO4A 2PBDA 5AQFA 5AFUH 5AZJB 1HLUA 1NGCA 4QS9A 3H1VX 5AQQA 4QS8A 3UKUA 3JXUA 2Q0RA 4JAXA 1MDUB 4CBUA 2P9UA 4A62A 4BQLA 2PAVA 1C0GA 1YUWA 1T44A 1NMDA 3R9PA 2GWKA 3O5BA 4ISEA 2P9PA 3A5OC 4BRHA 2YHWA 3GG4A 3UKUB 3D2FA 4PKGA 2A42A 3QBXA 3MDQA 4IJAA 2P9UB 4CZKA 2HOEA 1CZAN 1E4FT 4YDUA 5KQ8A 4Y0WA 4EAHD 4BC3A 3L4IA 4BRPA 2P9PB 4BR7A 3M1FA 4FPBA 2V7ZA 2P9LA 4IZ9A 3WUHA 4WQ4A 2E2OA 4EHUA 1QQOA 2BUPA 3KZBA 5EX5A 4HWIA 3H6EA 4BGBA 3H3OB 2Q1NA 4H03B 4IWVA 2P9LB 4DCHA 2FSJA 1NGEA 3DXKB 3FFKB 3WQTA 1R59O 5KPRA 5AQLA 4I6MB 4FWLA 3VEVA 3H1QA 3HZ6A 2AA4A 2P9KA 3CERA 3P4IA 2YJFA 2P9IB 3FZLA 1U2VA 1LOTB 3DXMA 3IDHA 2CH6A 2ITMA 5BRDA 1BWFO 5F1XA 4H5VA 4WYBA 3GDQA 2P9KB 3ULEB 5KPTA 3L0QA 1HUXA 2Q0UA 3ZX2A 2D0PA 2D1KA 3DXMB 4BC2A 5F0XA 1NGIA 1G99A 4BREA 4K43A 3VOVA 3O1WA 4IO8A 3SK3A 3CJ1A 4K25A 5EXWA 2Q97A 1C0FA 2V52B 3UB5A 4H0YB 1SAZA 3O1BA 3CJAA 2QM1A 3H46O 3QBWA 2V7YA 3BEXA 4BQZA 1NGDA 3R6MA 3D7EO 3DWLA 4BC4A 2H3GX 4H0XB 3C7NA 2GTDA 1NGGA 3VERA 2VCPA 3QFUA 1ATNA 5AZIA 1QQNA 3ZETA 4CD3A 4NO7A 4CI6A 4FPAA 1JCFA 4FSVA 3EL2A 3BF1A 3JS6A 1NGJA 4RWTA 3VPZA 3LL3A 5AZIB 4PKHA 4K41A 5BRHA 1K8KA 1NGFA 4BRKA 3HBTA 3CJBA 3FR0A 4JNEA 3GBTA 4LC9B 3VEYA 1P8ZA 3RSEB 3ZEUB 4MLHA 3TU5A 5AQXA 1Q18A 1JCEA 2NZTA 4FWPA 3CHWA 2YHXA 2QWLA 2DPNA 2OANA 3LDQA 4ISFA 1EQYA 3MK6A 3VEOA 5ADXH 5BR9A 2A41A 3CJ7A 1NGHA 4BRCA 3VEWA 2CGKA 3I33A 3CJ9A 4WQ5C 2P9SA 2YJEA 3CI5A 2EWSA 1QHAA 3J8AA 3MN5A 3L6QA 3A5NC 2QWMA 5BPNA 1ATSA 3WQUA 1ZBSA 4PKIA 3FZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T3FA 4A61A 3BZCA 1BOTO 2ZJPL 1GLLO 1ASWA 4BR0A 4G1QA 2PYLA 3OYKA 4DU1A 3KKSA 4IXCA 2QWOA 3VQ5A 4GNIA 1FKOA 4CZHA 3CF5L 1TVRA 2VWKA 1HKGA 4CJEA 5AQIA 1QE1A 1WSFA 4HTLA 4CJVA 1DEJA 3GOIA 2YHAA 4OKEA 3WEEA 3THWB 1B9FA 4KTQA 3UE5A 1OH5A 2QTDA 3V4IA 4U67L 4FJXA 2PY5A 5K14A 4DLEA 3H3NO 3I0RA 3IS9A 2ZD1A 3KLFA 3CC4N 3I8BA 4IJNA 4GW6A 3G10A 2HVIA 4CHOA 3ZSYA 1DLOA 4IEIA 1OH8A 2FF6A 3HL8A 5LY3A 3E9LA 3ATVA 1S5JA 1B9DA 3WNEA 1DTQA 1KVBA 3AAQA 2O8CA 4RW8A 3HSCA 4KI4A 2F9TA 1H1VA 4MFBA 4DS5A 4FOIA 3KTQA 2I7NA 1TK0A 3LALA 1NBWA 1Z05A 3O8MA 4KHSA 3VETA 3C6HA 2RPIA 1M1KO 4H8KA 4DTRA 4KHNA 1T6CA 1TL1A 2GEMA 4E89A 3CFPA 2HHXA 2F7TA 2GELA 3F2KA 3VQ9A 4CJ4A 3J7YP 1DTTA 4WFAL 3HYFA 3OS1A 5BRFA 5AQRA 5AQKA 1NM1A 3VF6A 3VA3A 3QIOA 4B9NA 4CGJA 4N47A 3ZX3A 1K8KB 3O3GA 5GAGP 2VG6A 3EKSA 1WOQA 5KRTA 2FBXA 2QXFA 3EKUA 2HNZA 2VGNA 3H45C 4CE9A 1WAJA 3CQYA 3D2EB 2HF3A 4CBWA 3UKRA 5AQMA 2UYTA 4FJJA 3MCPA 2ZWHA 4FZZA 4XEIA 4LSNA 4M3ZA 4H5RA 3QMLA 3L2UA 3L4QA 3OYFA 2G8WA 5KPZA 1ZBFA 1XQSC 3CCSN 5GAEP 4CZIA 4EZ6A 4ILGB 2HW3A 5JLFA 3WXLA 1XC3A 1N33K 1VQ4N 1RTIA 1RT2A 4GVMA 1NJXA 4EFHA 3KD5E 4YOVA 3V1QA 1UWBA 4IFVA 1C0UA 2J4RA 2O8DA 3QEPA 3LZJA 2O8FB 4LFBK 2CGLA 4E1MA 3HOSA 4GV9A 5M1OA 4NCAA 1A5WA 4FJGA 1DGKN 1YAGA 4KHPK 3QESA 2IC3A 3A0IX 4CEAA 3J81O 5I9EB 3DLGA 2X74A 3M8QA 3KVGA 2O4IA 1QQMA 4JKGA 5BPMA 4KREA 4B3SK 3HP9A 2Q3SA 1NLVA 2ZM6K 2Y1IA 3G6EN 3SPZA 2VWJA 1VAZA 3TAEA 2YNGA 4CJ7A 4DV1K 3SYZA 2F4VK 4BWJA 4AHTA 1YVUA 3CMAN 5BPLA 1JL1A 4F3OA 3ASMA 3R1XA 3SI6A 1S1UA 3SLCA 5KGWA 4JYAK 2XY8A 4AM7A 4X64K 3K59A 5H1SQ 4DFMA 2UUAK 1VSJA 4W5TA 2E2PA 3RMBA 3W0LA 4B9SA 2P5OA 1MA9B 1JLBA 2YKMA 1RCHA 1RT5A 1TYQB 5AQHA 1VQPN 1N5YA 2ASOA 3AV9A 3LWLA 1LV5A 2Z1IA 4FJNA 4H0PA 1ZC6A 3GL1A 4F2SA 2O8EA 4OLBA 3D6RA 3OYHA 4I2PA 5AQUA 5B8HA 2IVPA 1CLQA 1GLJO 1A5VA 4AHUA 3O3HA 1MWMA 1SQKA 1JLGA 3RSEA 2YCHA 2YX6A 4FJLA 3U3GA 4B1XB 4ID1A 4JKHA 1VQ5N 4NLCA 5BN8A 5C2FA 1C0MA 2ZGZA 4BRMA 4J8FA 2FSNA 3WNGA 4A57A 4CIFA 1NKEA 3AVAA 3IUCA 1ZBUA 5ELZA 1WSHA 4DHYA 4IEEA 4B3TK 5CE3A 2PBDA 5AQFA 1QQCA 3CD6N 1HLUA 1NGCA 3QINA 4QS8A 3CQ8A 3OYMA 1MDUB 4CBUA 3K0SA 4CFAA 4A62A 3CCRN 1EX4A 1C0GA 4K8XA 2QEXN 3VQ4A 4ISEA 2P9PA 3MEGA 2YHWA 4HVJA 3UKUB 3NGIA 4KKOA 3V9WA 4IJAA 1S6QA 4Y1CA 5FRNA 2P9UB 3HJFA 5HRRA 3DYAA 5KQ8A 3B6PA 4EAHD 4BC3A 1XNQK 4M3YA 4JKFA 3M1FA 3LP1A 4FPBA 5CYMA 5HOOA 3CPWM 2HNYA 4Q0BA 3K9KA 4DWIA 4IZ9A 5HRNA 2E2OA 1QQOA 3UIQA 4HWIA 2ZQBA 4BGBA 3SQ2A 4FK2A 4GKJK 2P9LB 2FSJA 2NRZA 1NGEA 3CCVN 1YT3A 1R59O 3ID6A 4NYFA 5EU7A 5AQLA 3DLRA 2P9KA 3LDSA 3E9PA 3FZLA 3HRGA 4K0KK 3L2VA 4O44A 2JLEA 3TSPA 4AHVA 1BIZA 2KZZA 2HNDA 1YIJN 5GIOA 2HHHK 3WNHA 4CF1A 4F4KA 4HUFA 1RT1A 4IDHA 3ZX2A 3RR8A 1L5UA 1LWCA 4BC2A 5F0XA 1NGIA 1G99A 1QHTA 1P90A 4CFDA 3IKMA 1ZBIA 1HNIA 3KWGA 4IO8A 3SK3A 3CJ1A 4K25A 4KRFA 4Z0UA 5EXWA 1VQLN 4CFBA 4HHTA 4H0YB 1YJNN 2F8SA 3K57A 4LD0A 3DRRA 3OS0A 3CCQN 3BEXA 3TAGA 2VQFK 3DWLA 4YOXA 4CK3A 2UXDK 1RILA 3CXCM 3NDKA 3THYA 3E66A 4IOCL 1NGGA 5HBMA 4CHNA 5HRSA 1ATNA 1QQNA 4DQPA 1VQ6N 4YOTA 1R0AA 4FSVA 3T1YK 4J2DA 4K8ZA 4I2QA 2BGGA 4CEEA 3VPZA 3LL3A 4KO0A 1NK5A 4A5AA 4DTXA 5BRHA 1K8KA 5GINA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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