3R9PA

Crystal structure of acka from mycobacterium paratuberculosis atcc baa-968 / k-10
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
RRVLVINSGSSSLKFQLVDPEFGVAASTGIVERIGEESSPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALQGIEVARRLLPDIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSIVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLAGGKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AckA
molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
total genus 135
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA02
2FSNA 3ATUA 3GE1A 2GELA 1MDUB 1HJOA 1H1VA 1RGIA 2A3ZA 3VETA 3ZETA 1XC3A 5BPNA 1T6DA 4H0PA 3J8AA 4B1ZA 4I6MB 1DEJA 3CQYA 4M7YA 5E84A 3D2EB 5AQRA 4K41A 3FE1A 3LDLA 2A42A 1NGDA 2QWLA 3U8XA 2DPNA 1V4TA 2P9IB 5AQOA 3HTVA 1BUPA 1YVNA 4AM6A 3VPZA 4FPAA 2GUPA 3D7EO 4MO5A 4DB3A 3SMPA 1OKJA 3VEVA 4MO4A 5AZIA 4XH1A 2Q0RA 1ZXOA 3VF4A 3CJAA 3ULEA 4BGBA 4PL7A 3VENA 5AQKA 4BQLA 3HSCA 4PKGA 3KVGA 5AQFA 3JXUA 3I33A 4BR9A 3CJ7A 5AFUH 4K42A 1HKCA 4H0YB 1MWMA 3SK3A 2V52B 1QHAA 2P9PA 3H45C 4FWOA 3WXLA 4E1JA 3DXKB 1BA0A 2QM1A 2ASOA 5EX5A 3C7NB 4JNEA 1Q18A 2I7PA 3IUCA 3R9PA 5B8HA 3BF3A 4BRNA 1HKGA 4H0XB 2IIRA 3DWLA 2J4RA 1U2VB 5BREA 1K8KB 5JMVA 4FWRA 4BRMA 1KXPA 4QS7A 3VGKA 1BA1A 1TUUA 4FWNA 3GL1A 3L4IA 3A0IX 2GWKA 4DQ8A 1J6ZA 4NO7A 3L0QA 2E2NA 2NRHA 1QQOA 3CETA 4PL8A 2CGKA 2P9NA 5EOYA 3MK6A 3ZETB 4BR5A 4DCHA 1ESVA 3ZX2A 3HI0A 2IVNA 4GNIA 3MCPA 3QBXA 4I6MA 3R8EA 1HLUA 3D2EA 4BVOA 2A6AA 1HX1A 2D1KA 4BC3A 4Z94A 3G25A 3B8AX 4ISFA 1Z05A 4M7XA 4B9QA 4GY2B 3WXJA 4BG8A 3A8YA 1GLAG 2QWRA 2YJEA 5BRDA 1KAXA 5KPTA 3UB5A 2IVOA 3SLCA 5AZIB 3LDNA 2AP1A 3MDQA 2WUSA 2YCHA 3FZHA 3RSEA 4EHUA 4BRHA 3WXIA 4ISGA 5BRHA 3DXMA 1E4FT 4BRIA 2KHOA 2P9UB 5AQTA 3CERA 3R6MA 3QB0A 1IJJA 3MMVA 4FL9A 1GLFO 4J8FA 2P9PB 1YAGA 3WEEB 5AQIA 3FFKB 2QW9A 3C7NA 4KBOA 2QXLA 2YHXA 3BF1A 4FWKA 4BR7A 4CZIA 3H3NO 5KPZA 3VEOA 4IWVA 4IO8A 1SQKA 4CD1A 1HKBA 1U2VA 5BRFA 1S22A 3H6EA 2GEMA 5EVZA 1QZ6A 2PBDA 1ZC6A 3SMSA 3VERA 3O8MA 4H5VA 3D2FA 3DAWA 3M1FA 3GG4A 5KPRA 3CQXA 2CGJA 2A41A 4CZEA 1XUPO 4L3QA 1QQMA 3LDQA 1ZBSA 2A40A 2FSJA 4FSVA 4A61A 2ZGZA 1NGHA 2GWJA 2P9NB 2AA4A 1QQNA 5F2RA 4MLEA 2W40A 4PKHA 3VEWA 5FPDA 3S41A 3EKUA 4FWLA 2Q36A 4LC9B 4CZKA 2A5XA 2YHYA 3EZWA 3ZEUA 5JLFA 1RDWX 5EXWA 1X3MA 3DJCA 2NZTA 3VGLA 5FPMA 4B1VA 1BWFO 4JHDB 3WT0A 4CZLA 2CGLA 1BG3A 4C23A 5ADXH 3OHRA 1T44A 4YDUC 2VWBA 3RSEB 4FWQA 2ZF5O 1NGJA 5AQYA 4CZGA 5AFUA 1HPMA 3DXMB 2GTDA 3O5BA 2P9UA 3FZLA 3A5OC 4RTFD 3VF6A 1X3NA 1T6CA 3HBTA 3ID8A 4A62A 3WEEA 3M6GA 3BP8A 1SAZA 4H5WA 1TUYA 4JAXA 3CJCA 4B1YB 2W41A 3CHWA 3ZX3A 3MN5A 4FWMA 4FWSA 1BDGA 3UKRA 3BUZB 1R59O 4BR2A 1LCUA 1QZ5A 2NLXA 4CZHA 4BG9A 5TKYA 2E8AA 3GBTA 1MWKA 1KAZA 2EWSA 1Y64A 5LJVA 1RFQA 3D2FB 4H5RA 5LJWA 4O5FA 2FLOA 4HTLA 4IXCA 4K25A 4B1WB 1KAYA 2V51B 4CZMA 3C0BA 3VF2A 5AQXA 4RWTA 1C0GA 1C0FA 4JD2B 4YDUA 2FXUA 3AAPA 3A5LC 3ZEUB 3IMXA 2D0OA 4JN4A 4CZJA 3LL3A 4BRAA 1SZ2A 2V7ZA 3JS6A 3TPQA 3HZ6A 4QS8A 4JHDA 2CH5A 2VCPA 2QWOA 2V7YA 2FSKA 1D4XA 4EHTA 3HM8A 2OANA 1U6ZA 2FF6A 4BC4A 2ZGYA 3WQTA 3SJHA 3O1BA 2E1YA 2HMPA 1P8ZA 3QDKA 4EIAA 4BRFA 3W0LA 3QMLA 2ITMA 4B1XB 3A5MC 3VEXA 3H1VX 2I7NA 3EO3A 1NLVA 2HF4A 4M63C 1GLJO 2F9WA 4CBXA 3O80A 5AQLA 3VGMA 3QBWA 4NB4A 3EKSA 1XQSC 1V4SA 3UKRB 3TU5A 5AQMA 5AQWA 2H3GX 1NM1A 2E2QA 4BROA 5BPMA 2CH6A 3FZMA 3W3DA 5AQSA 5BPLA 1G99A 4CJ7A 4XH5A 3AY9A 3WXKA 3O08A 4H5NA 5BN8A 1NGCA 1MA9B 3ENHA 3ENOA 3FLCO 3QICA 4BGAA 2BUPA 4WQ5A 3CI5A 4B1UB 3IFRA 3FGUA 5E26A 1HUXA 4BRDA 4EAHD 4O8KA 4CD3A 2HOEA 4BRQA 4HWIA 4H5TA 3BEXA 4JD2A 5EY4A 5BN9A 2YI1A 3P4IA 4RCHA 3WUHA 3WQUA 2P9SB 4XH4A 1EQYA 1S3XA 3O1WA 3VEYA 5AQPA 1NWKA 4IJAA 2Q2RA 2P9KA 3MN9A 5AQJA 2Q1NA 1GLEG 1YXQA 4H0OA 2D0PA 2BTFA 1BOTO 3QFUA 5JLHA 4ISEA 4BREA 3M3ZA 3EL2A 5ELZA 3KHYA 4H0VB 5LY3A 3H1QA 2P9LB 3CIPA 3O6WA 4CBUA 4DHYA 5JICA 2E20A 1X9JA 2ZWHA 4BRLA 1JCFA 3FZFA 1NGAA 1NGBA 3GDQA 1YUWA 4EFHA 3CJ1A 1GLBG 3VOVA 3CJBA 3MN7A 4Y0WA 3UE5A 4XEIA 5F0XA 4MLHA 2HF3A 1TYQA 3LDOA 3VESA 4QS9A 1WOQA 3CJ9A 3LM2A 4K43A 4BRKA 3GOIA 3H3OB 1E4GT 1BO5O 1NGFA 2ASPA 3AAQA 2Q31A 3AARA 3A5NC 3EN9A 2UYTA 3O4WA 5AQGA 2IVPA 1GLCG 4BRGA 3FR0A 1NGIA 2QWQA 3KZBA 3L6QA 4BR4A 3ATVA 4BRPA 5AZJA 3ZX0A 3VEZA 2E88A 3UKUA 4AM7A 2D4WA 4BVPA 1DGKN 4WQ5C 1BU6O 4PKIA 2Q97A 4H03B 2P9SA 3F9MA 1ATSA 1NGEA 3QFPA 2E2PA 2E2OA 1JCGA 2QWMA 2P9KB 4WQ4C 3I8BA 3U9ZA 2YHWA 2Q0UA 2QWPA 5KQDA 1CZAN 1GLDG 4CZFA 1NMDA 2PAVA 5FPEA 3FZKA 5FPNA 4H0TB 4F9OA 4BRCA 5KQ8A 1IG8A 3U4LA 2P9LA 4BC2A 3LM9A 4CBWA 2P9IA 5AQHA 5AR0A 3H46O 1NBWA 2VYPA 4FPBA 3LDPA 5AQVA 5I9EB 3ULEB 1TYQB 5BR9A 3MN6A 4A2AA 1NGGA 5AQUA 3U9DA 4FOIA 5F1XA 5CE3A 2F9TA 1Z6RA 4BC5A 3DXKA 1LOTB 4FWPA 1ATRA 5AZJB 4BQZA 1DKGD 5AQZA 1GLLO 4FOEA 4A2BA 1ATNA 3UKUB 2YJFA 4IZ9A 4WQ4A 1JCEA 1K8KA 4IJNA 5AQNA 5AQQA 3IDHA 5ADXA 2QWNA 4FO0A 4CI6A 2FF3B 1WUAA 4BR0A 2ASMA 2E1ZA 4WYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLZA 3ZSRA 3ZETA 4B9MA 3VETA 5BPNA 3I56N 3J8AA 1S1TA 1XC9A 2E5LK 3CQYA 4B3MK 5TKWA 2HMIA 4JI6K 2NUBA 4NYFA 3CCQN 4KH6A 3KD1E 3OY9A 4DTNA 3DLKA 4MO5A 1VSJA 2GUPA 3D7EO 3EEQA 3VA3A 5J2MA 2HHXA 4MO4A 4LFCK 1W9HA 1M1KO 4I2QA 4JI8K 4CK2A 3VENA 5AQKA 4PKGA 3KVGA 3I33A 3SUNA 5AFUH 1MWMA 3SUQA 3ZT2A 2P9PA 3H45C 3P38A 1J9AA 4E1JA 2QM1A 2HHSA 4B9NA 4O5BA 3QETA 1KCFA 2I7PA 3AVFA 4ILJA 3IUCA 3K5NA 3ULDA 1NG9A 5A2QO 3R9PA 4W5QA 1Q82O 4BRNA 2YNFA 2J4RA 1ZBIA 3HT3A 4E7KA 1QSSA 4CJQA 1A5XA 1HNIA 3DLHA 4QS7A 3VGKA 4B3OA 4KKOA 3ZT0A 4R79A 2O8FA 2HHHK 4FWNA 3SAHA 4Z0UA 4H8KA 4DQ8A 3K2PA 4MFBA 4KV8A 3PX4A 3CPWM 3CETA 4J2DA 1QVGM 4DCHA 1FKPA 3MCPA 3NGZA 2G8KA 1VRTA 3D2EA 4BVOA 4Z94A 4BC3A 2D1KA 3G25A 4ISFA 2QXFA 2OPRA 3V4IA 4BG8A 4DF8A 3PX6A 3ZSWA 1VSLA 4O44A 2ATQA 2Y1JA 2IVOA 4DQQA 4CEEA 1T8EA 2IC3A 5AZIB 1IV0A 4O0JA 2O8EB 3SPZA 2GX9A 3L3UA 3SQ0A 5BR8K 4BRHA 3CFOA 3WXIA 4ISGA 4LF5K 1E4FT 3OYNA 2O8CA 4BRIA 3LWMA 2UXDK 2P9UB 4WE1A 4O8UA 1TL3A 3MMVA 4RW6A 5KRSA 4FL9A 1GLFO 5JVGL 3CM5A 4B08A 3DMJA 4PQUA 4DV0K 4FVMA 5AQIA 3OYHA 3TSUA 5DM7L 2HB5A 3FFKB 2HHQA 4CGHA 4NYNA 3BF1A 4J2AA 3VEOA 4IWVA 4IO8A 1QTMA 2RHKA 1SQKA 4DTRA 2YNHA 1HKBA 2PYJA 5CZ2A 1U2VA 2ZQBA 1S22A 3THWA 1U48A 4CHYA 1KTQA 5EVZA 2PBDA 3OYCA 3TTDA 3Q7BA 2KQ2A 2A1SA 3CQXA 2A41A 4DTUA 4C1NI 2KFZA 1QQMA 1NJZA 2RF2A 4PKHA 5FPDA 4JK9A 4FWLA 3V9SA 4FJKA 3TSPA 4N5SA 3EZWA 4JKBA 1RTHA 2NZTA 3VGLA 4B1VA 1RDDA 3F9KA 3MXIA 3D6RA 5DMRA 4GKKK 1NGJA 4CZGA 3DXMB 3LWLA 3KJVA 4NCBA 4C1NK 4FJJA 3NMUA 1TK8A 1D9DA 1ZBHA 3WEEA 4H5WA 2YNIA 1EX4A 2W41A 2W6KA 3CHWA 2ETJA 4FWMA 4FWSA 3VTIA 4CJUA 3BUZB 1TKTA 4CJLA 3VQ9A 1KFDA 4CIFA 4CZHA 3I55N 4BG9A 4W5OA 4LSNA 3KLEA 5LJVA 1RFQA 3DLRA 5LL6Z 5JS1A 1R0AA 4O5FA 3NVKA 4FM1A 1TKXA 3QINA 5J2NA 3LP1A 3CPEA 3VF2A 2G8HA 3VN5A 1C0FA 4Z4EA 3AAPA 2D0OA 5GIOA 4HUGA 3LL3A 3SPYA 1VSMA 2NRXA 1D4XA 2NRWA 3SJJA 2OPPA 4LF8K 4FXDA 1P8ZA 4GV9A 3QDKA 4EIAA 5M1OA 4DLGA 1EETA 3OVNA 3VEXA 1Q86O 3H1VX 2I7NA 3EO3A 4JRQA 4M63C 3QERA 3V9XA 1YVUA 4ID5A 3MAQA 1IKYA 1XHZA 3VGMA 5HRSA 3RVCA 4HTUA 1VQ7N 3UIQA 5AQMA 3NCIA 1BIUA 2E2QA 4IFEA 1NK9A 1C1AA 4DR4K 4IDHA 3T3FA 3VQPA 1W97L 3W3DA 4JI3K 5AQSA 1JLEA 3V1RA 4CJ7A 2ZD1A 2HVIA 5BN8A 3QICA 4CHZA 4CGIA 4BGAA 1IKWA 3K5OA 1RTIA 3IFRA 2OCEA 3HRGA 1HUXA 3VMFB 4G9ZA 2HOEA 3ZSVA 1C0UA 1LWEA 2YKMA 3NHGA 4YFUA 3KLGA 2NRZA 1Q81O 2YX6A 1S1UA 1QHTA 2BANA 1VQ6N 1NWKA 4Z4FA 2P9KA 1GLEG 3THYA 1E3MA 3BZKA 1BOTO 4ISEA 4EZ6A 5ELZA 4DTOA 1ILYA 2ZJPL 5LY3A 3CIPA 1IH7A 3QEIA 4CBUA 1VQKN 3PIPL 1X9JA 4CEQA 2ZWHA 1MU2A 4BRLA 4DV7K 1NGBA 1BCMA 4EFHA 4DTXA 3CJ1A 3MN7A 3VA0A 1SS6A 3MXJA 3VESA 3HO1A 4CEFA 3CJ9A 3LM2A 4ELTA 4K43A 3EYZA 4BRKA 4IOXA 3H3OB 3EE9A 1N8RO 3AVGA 4DTMA 5C2DA 1N33K 1J5OA 3EY1A 3AARA 3OA9A 3A5NC 3CC4N 3SQ4A 1BI4A 1GLCG 1YITN 3E01A 3VEZA 2E88A 3SAFA 4CF0A 3F73A 1M90O 5GADP 4PKIA 4FYDA 5H1SQ 2P9SA 3DLEA 1HNWK 3MECA 4B9SA 3O3HA 2QWMA 5GAEP 4JEPA 3U9ZA 3U6FA 2QWPA 3AO1A 3QEWA 1GLDG 4CZFA 1NMDA 4CE9A 1NOYA 4DR1K 4F9OA 5KQ8A 4K0KK 4BRCA 1IG8A 3U4LA 4CERA 1NJWA 2P9LA 1OVYA 1P90A 1NOZA 3MEEA 3LM9A 3VQEA 2P9IA 1KVCA 3ZCMA 2WBNA 4X62K 2HBMA 3K9KA 4FPBA 5AQVA 5I9EB 2IDOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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