3SK3A

Crystal structure of salmonella typhimurium acetate kinase (acka) with citrate bound at the dimeric interface
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
398
structure length
385
Chain Sequence
SKLVLVLNCGSSSLKFAIIDAVNGDEYLSGLAECFHLPEARIKWKMDGSKQEAALGAGAAHSEALNFIVNTILAQKPELSAQLTAIGHRIVHGGEKYTSSVVIDESVIQGIKDSASFAPLHNPAHLIGIAEALKSFPQLKDKNVAVFDTAFHQTMPEESYLYALPYSLYKEHGVRRYGAHGTSHFYVTQEAAKMLNKPVEELNIITCHLGNGGSVSAIRNGKCVDTSMGLTPLEGGDIDPAIIFHLHDTLGMSVDQINKMLLGLTEVTSDCRYVEDNYATKEDAKRAMDVYCHRLAKYIGSYTALMDGRLDAVVFTGGIGENAAMVRELSLGKLGVLGFEVDHERNLAARFGKSGFINKEGTRPAVVIPTNEELVIAQDASRLTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 133
structure length 385
sequence length 398
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sk3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sk3A02
2E2OA 4GY2B 2CGLA 5BPNA 3C7NB 5AQOA 3VESA 3VEVA 4CZIA 4K43A 2P9KA 3O6WA 3VEZA 3WXJA 3W3DA 3HM8A 1NGEA 4CZMA 3WQUA 3DXMA 1QQMA 1HPMA 1IG8A 3CIPA 5AQVA 4BROA 4XH5A 1T6CA 4LC9B 5AQQA 4JN4A 3S41A 4BRFA 3L6QA 4BQLA 2QWRA 3CJ1A 5FPNA 1YVNA 4BGBA 1YXQA 4B1WB 5BR9A 2IVOA 5EOYA 3VERA 3FR0A 3RSEB 1G99A 2HMPA 3FZHA 1TYQB 3IMXA 1HJOA 2V52B 5EVZA 5AQRA 3O08A 2ZGYA 3BUZB 2P9KB 2NLXA 3IDHA 4FL9A 4WQ5A 1Z05A 3CQXA 1NGFA 3SMSA 4CZHA 4A62A 4H0XB 4FWRA 3LL3A 4ISFA 4FWMA 4B9QA 4BGAA 2P9UA 5ELZA 1IJJA 3ID8A 1TUYA 4BQZA 4BR5A 5CE3A 1TUUA 3EN9A 5BRHA 5KQDA 1D4XA 4Y0WA 4DCHA 4K42A 1YUWA 4GNIA 4M7XA 2P9PA 3VF6A 2QWPA 4MO4A 4QS9A 3GOIA 1X3MA 3VETA 3LDPA 2P9IB 2QM1A 4DQ8A 3M6GA 5AQTA 2I7NA 3HTVA 4Z94A 2D4WA 4YDUC 2ZWHA 4M7YA 4WQ4C 4AM6A 2GELA 1NBWA 1GLFO 3MN6A 2Q97A 3ENHA 2CGJA 2F9TA 2V7YA 1R59O 1V4SA 2P9UB 4CBUA 3BEXA 4WYBA 2AP1A 5FPMA 3U4LA 4BRHA 2E8AA 4XEIA 4XH4A 4BG8A 3FGUA 4CD1A 1ATRA 5AQMA 1XC3A 3BP8A 4H0VB 2IVPA 2CH5A 3BF3A 1XUPO 4MO5A 2Q36A 4RWTA 2BTFA 2UYTA 3CJAA 1JCGA 4H03B 4BR7A 1S3XA 1S22A 4IJNA 4JNEA 2EWSA 5BRFA 3ENOA 3ZX0A 1GLEG 1HLUA 4RTFD 2A3ZA 3QB0A 1SAZA 3HSCA 2E2QA 4H0YB 3JS6A 4MLEA 3DWLA 3FE1A 4EFHA 1GLJO 3R9PA 3QDKA 3M1FA 2Q0UA 3VGKA 4BRLA 1C0FA 3LDNA 4BR4A 3H1QA 1RFQA 4B1ZA 3CQYA 4H0TB 1DGKN 3ZX2A 3TU5A 4BR2A 4FWOA 2PAVA 4CZFA 2YHWA 3CJCA 3O5BA 4CI6A 4FWSA 1TYQA 4CBWA 2J4RA 1HKBA 1KXPA 2VCPA 3FZMA 4FSVA 4B1UB 4BRNA 5AQLA 1NGGA 3EKUA 1MWKA 1YAGA 1ZC6A 3O1WA 5AQIA 3FZLA 3VENA 3VEXA 1EQYA 3GDQA 1BWFO 4FWQA 1NGCA 2AA4A 1BU6O 4IO8A 4HWIA 5AQNA 3IFRA 4BRDA 5BPMA 3WUHA 3ZEUB 2HF4A 3AAPA 1J6ZA 3VEYA 1Q18A 3IUCA 2Q2RA 1DKGD 2YHXA 2WUSA 3KVGA 2OANA 5TKYA 2P9IA 3WXIA 2IIRA 4BREA 1U2VA 1BUPA 3CJBA 4A61A 1LOTB 4FWKA 4FO0A 4HTLA 3EZWA 1ESVA 1T6DA 5KQ8A 2A5XA 2W41A 3L0QA 5KPZA 4RCHA 4EHTA 3GG4A 3WQTA 4CZLA 1Y64A 1K8KB 3QICA 3CJ7A 4CZKA 4I6MB 4O8KA 1V4TA 2GTDA 4BC4A 1XQSC 3O1BA 1KAYA 3R6MA 4PKHA 2HOEA 5AQUA 4CJ7A 3EO3A 2VYPA 4FOIA 3VPZA 2Q0RA 3UB5A 2D0OA 4XH1A 3I8BA 3ZX3A 4J8FA 3QBXA 3VF4A 1BDGA 2YI1A 1E4FT 1U2VB 5FPDA 3D2FB 5LJVA 3CJ9A 2FSKA 4EIAA 3MN7A 5AR0A 5AQXA 4PKGA 1QZ5A 2I7PA 2ASMA 3UKUB 3J8AA 3H46O 4BRGA 3R8EA 2E88A 1WUAA 4IZ9A 3HZ6A 5E84A 3WXKA 1OKJA 2BUPA 2YJEA 3UKRA 3H3OB 4BRIA 3DXKB 4NB4A 3M3ZA 2QW9A 3L4IA 2FSNA 2E2PA 4BRAA 3CERA 5ADXA 3U9DA 5KPRA 3ZETA 4MLHA 4JD2B 2A6AA 3QFPA 2V7ZA 1BA1A 5FPEA 3LDOA 2E1ZA 1DEJA 2A40A 3WT0A 5F0XA 4NO7A 3SLCA 3LDLA 2YHYA 3MDQA 3QMLA 3P4IA 2NZTA 2QWLA 4IWVA 1MDUB 2CH6A 3KHYA 2V51B 2GEMA 5F2RA 1QZ6A 5BRDA 1NGHA 3HI0A 3FFKB 4JAXA 1NGBA 3I33A 5AQFA 3ATUA 3SJHA 2F9WA 3UKRB 4BG9A 2P9LB 4WQ5C 2ZF5O 3B8AX 3GE1A 4H0PA 2D1KA 3JXUA 4IXCA 3ZEUA 3A0IX 2GUPA 2H3GX 5KPTA 1NGJA 3LM2A 3MN9A 3ZETB 3KZBA 5AFUA 1NMDA 1SQKA 5EX5A 2QWNA 3MCPA 5AQJA 5JMVA 4H0OA 1NLVA 2YJFA 4PL8A 4F9OA 4EAHD 3CHWA 3O4WA 4FWLA 3H45C 2E1YA 2FLOA 3FZFA 4BR9A 3A5LC 4YDUA 4C23A 2QWQA 3OHRA 1X3NA 4WQ4A 3MN5A 4CZJA 4IJAA 1K8KA 2ZGZA 1X9JA 4I6MA 4ISEA 2QXLA 1KAZA 2FXUA 4K41A 5JLHA 4CZEA 4A2AA 2P9NA 1LCUA 2HF3A 5JLFA 1P8ZA 5JICA 4AM7A 3WEEB 2W40A 2VWBA 4M63C 1QHAA 5AQKA 5AZIA 3UE5A 2D0PA 3FZKA 3D2FA 1BOTO 2ASPA 5F1XA 1BO5O 3SMPA 4FPAA 4K25A 2QWOA 5EY4A 3VOVA 1Z6RA 3C0BA 5BN8A 3ULEB 2YCHA 3UKUA 2GWJA 5AZJB 4QS7A 5BPLA 4ISGA 3O80A 3A5OC 4BRKA 1GLBG 5E26A 2P9NB 2P9SA 3DXKA 1ATSA 3LDQA 1HKGA 3VGMA 4CBXA 3D2EA 4FOEA 3DJCA 2PBDA 3H3NO 5AZIB 1HKCA 3H6EA 3MMVA 1GLLO 4JD2A 3DXMB 1NGIA 5AQGA 4FWPA 2A41A 4H5NA 3ATVA 3G25A 2GWKA 4DHYA 4H5WA 1HUXA 4BVPA 3A5NC 1ZBSA 5LY3A 3AY9A 4A2BA 1ZXOA 2Q1NA 4BC5A 4H5RA 4BRPA 1CZAN 1HX1A 5BREA 2QWMA 3EKSA 3H1VX 3O8MA 4CD3A 2P9SB 4L3QA 2P9LA 3VEOA 3SK3A 1BG3A 4DB3A 4FWNA 3D2EB 2CGKA 3TPQA 4BRMA 5AQWA 3QFUA 5EXWA 4QS8A 1NM1A 3EL2A 1GLDG 4BC2A 3LM9A 4BC3A 4E1JA 3AARA 4PL7A 5B8HA 2ASOA 4JHDA 1QQNA 1SZ2A 1JCFA 5AQHA 3W0LA 1RDWX 2P9PB 3DAWA 3HBTA 3VEWA 1MA9B 5AQZA 4B1VA 4BR0A 1NGAA 4H5VA 3GL1A 1NGDA 1E4GT 4B1YB 3CI5A 2FF3B 3A5MC 1WOQA 5AQPA 3AAQA 4KBOA 5ADXH 1ATNA 4B1XB 2ITMA 3C7NA 5AQYA 1KAXA 1BA0A 1H1VA 1MWMA 1RGIA 2E20A 3CETA 5BN9A 3WEEA 3D7EO 3WXLA 4CZGA 3GBTA 5I9EB 1NWKA 1GLAG 4EHUA 2DPNA 2IVNA 4JHDB 2FSJA 3F9MA 4BRCA 2E2NA 2FF6A 1GLCG 1QQOA 1JCEA 3A8YA 3U9ZA 3ULEA 3MK6A 4H5TA 4PKIA 4FPBA 4O5FA 5AZJA 4BRQA 3QBWA 1T44A 3FLCO 2KHOA 4BVOA 5LJWA 1U6ZA 2NRHA 2Q31A 3VF2A 3RSEA 2A42A 1C0GA 3BF1A 5AQSA 3U8XA 5AFUH 3VGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OTOK 2F7TA 4CFAA 3DOKA 4CERA 3C7NB 3VEVA 1L3UA 4CZIA 3TI0A 3C94A 1OH5A 4K43A 2P9KA 3O6WA 4MFBA 3DRRA 4ICLA 3WXJA 3ASMA 3W3DA 3KKRA 4DQIA 1QS4A 4FZYA 2GV9A 3AO1A 5HRRA 3ZLJA 1IBLK 5AQVA 4BROA 1L5UA 3CQ8A 4AILC 4JN4A 1HNVA 3L6QA 3MWTA 1BISA 5HP1A 3OYIA 4FVUA 4B1WB 5BR9A 2NUBA 3VERA 4FYDA 4E0DA 3FZHA 2X78A 3HPHA 1HJOA 5AQRA 3O08A 1Z26A 4DV1K 3TSQA 1BI4B 3SQ0A 2NLXA 3OYDA 3KLHA 4Q0BA 4KO0A 3R1XA 1NGFA 3SMSA 1JLBA 4CIFA 4B9QA 1Q9XA 4CJFA 3AA5X 4FXDA 1O13A 4JI7K 5CE3A 1D4XA 4DCHA 4K42A 4M3RA 1IKXA 1LW0A 3AVCA 1LV5A 3TR8A 1OVQA 4KI6A 3LDPA 5AQTA 5GAEP 1HYVA 4DSIA 3P5JA 3KIOA 5E41A 2G8FA 3AV9A 4WQ4C 4AM6A 4BDZA 2GELA 4LF5K 2B6AA 1JXEA 3VQ9A 4FZXC 4W5QA 3QLHA 5FPMA 3J7ZO 3E9OA 5DK5A 4BRHA 4XEIA 4DSFA 4BG8A 4FW1A 2HW3A 2X6SA 3DLBA 3HO1A 3CM6A 1XC3A 4DKWA 4H0VB 3EYZA 3V6DA 1W2BM 3BF3A 1XUPO 3HPOA 4KHSA 3UIQA 2UYTA 5J2NA 3ZSXA 4H03B 2XY5A 4I2PA 4FJGA 1S3XA 1S22A 4IJNA 1VQON 4O0JA 4CK3A 3RVCA 1XC9A 4RTFD 1BL3A 3EE8A 3ZT1A 4CEZA 1SAZA 1X9SA 4FJ5A 3AA2A 2E2QA 3DWLA 4DV4K 4AH9A 4B3OA 3M1FA 1T8EA 1VRTA 4N76A 4B1ZA 1XHZA 3CQYA 2IOCA 3ZX2A 3TU5A 5IT9O 5D3GA 4CFBA 4CJVA 2PAVA 4JKDA 1Q8IA 4GMJB 3DI6A 4DTOA 4FWSA 1WB9A 1R0AA 2J4RA 1EKEA 2VCPA 4CJRA 4LF9K 3NAEA 2VG5A 4WE1A 1NGGA 3EKUA 1U4BA 1LW2A 3O4QA 1SKSA 3FZLA 1EQYA 3ZSVA 2QA4N 3NCIA 2QEXN 1VSFA 1WSEA 5IWAK 4IO8A 3IFRA 2UU9K 2HF4A 2HNYA 4CHOA 1L3TA 3AAPA 4FLWA 3VEYA 2YHXA 3QO9A 1QQCA 4CECA 5TKYA 2OANA 2P9IA 1XMOK 3KK7A 1EO1A 4DFMA 3NVMA 1ASVA 4WFNL 1LOTB 4FO0A 4E19A 4MDBA 2E5LK 3OJUA 3L0QA 2XHBA 4JKAA 1C6VA 1RCHA 3QICA 4CZKA 4O8KA 1BCMA 1XQSC 3O1BA 5I42A 4FOIA 2Z1HA 3UB5A 4IKFA 1BCOA 3TWHA 4CVNE 2D0OA 3LWMA 3F2KA 4XH1A 3VQAA 3ZX3A 5GAGP 3AO2A 3OS2A 5J2PA 3PV8A 5FPDA 1U2VB 3THYB 2QXFA 3CJ9A 4JI1K 2DFHA 1C1AA 1VSKA 1QZ5A 4DU1A 4JS5A 1YHQN 4ID5A 1NJZA 3UKUB 4EZ9A 1J54A 3NVKA 1S6PA 2E88A 3V81A 2E6MA 2VGMA 5E84A 5TKWA 3OA9A 1OKJA 2BUPA 4OPHA 3WXKA 3H3OB 5FLXO 4BRIA 4CEBA 3L2QA 1ASUA 1GOCA 2QW9A 2E2PA 3QIPA 4M42A 1B92A 4B9SA 3DRPA 4CGDA 1OH6A 2O8FB 1L3VA 3TSPA 5FPEA 4JD2B 1BA1A 1KQSM 2E1ZA 2X6NA 2A40A 2O8CA 4FLUA 3SAGA 4YHHK 3QMLA 3P4IA 2NZTA 1RTHA 2QWLA 3TAGA 4IWVA 5CY4A 1MDUB 3S3NA 1HQUA 1NGHA 3FFKB 3NF7A 2F9WA 5GIPA 1ZBUA 3PUFA 4DUYK 4H0PA 3JXUA 4IXCA 3VQQA 3ZETB 1NMDA 3L3UA 4G1QA 3NH2A 4H0OA 4B8CA 2YJFA 5AJ3K 4OKEA 3L8BA 2O8DA 4YOUA 4LF7K 5H1SQ 4C1NI 3O4WA 2ZM6K 2E1YA 4YDUA 4I7FA 3EZ5A 1NJWA 1VRUA 1M90O 4DV2K 1K8KA 3J80O 1X9JA 4I6MA 3PX6A 2Y1IA 2UUAK 4ISEA 1ILYA 3VQDA 1KAZA 3ZCMA 2FXUA 3EY1A 3VN5A 4A2AA 2P9NA 4O55A 2HHSA 4AM7A 1JLGA 3WEEB 2W40A 4HUFA 3THWB 1VSJA 4M63C 5AQKA 5AZIA 2D0PA 3HYFA 3D2FA 3PLAA 3T19A 5F1XA 3O9UA 4FPAA 5EY4A 3VOVA 3AA4A 3WNFA 3OYEA 1HYZA 2YKNA 5BN8A 4KI4A 4PY5A 4BE2A 3K59A 1VQMN 5AZJB 1B9DA 3NFAA 3O80A 3SV4A 4QOZB 4DSLA 4BRKA 4IBNA 4M3WA 1EWRA 3DXKA 3TAQA 3SUPA 4OX9K 4B9LA 3D2EA 2XY7A 1HQEA 4JKGB 3I0RA 5LMNK 4ELTA 3ALYA 1NGIA 4FWPA 2A41A 2IS3A 4H5NA 4HCBA 3T69A 3G25A 5BR8K 2GWKA 3CPWM 5GINA 1RT3A 2RPIA 4AF1A 4BWJA 4Z0UA 2Q1NA 4BC5A 1VQ6N 4H5RA 4BRPA 3QIOA 1HX1A 5BREA 3H1VX 4CHZA 1NKEA 2F8TA 1VQ5N 4F8RA 1IG9A 2UXCK 3MXJA 5HRPA 1HR0K 4PQUA 2A1RA 1HNIA 2VQFK 3QFUA 3HRGA 2DFFA 4FZZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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