3SLCA

Crystal structure of apo form of acetate kinase (acka) from salmonella typhimurium
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
HMSSKLVLVLNCGSSSLKFAIIDAVNGDEYLSGLAECFHLPEARIKWKMDGSKQEAALGAGAAHSEALNFIVNTILAQKPELSAQLTAIGHRIVHGGEKYTSSVVIDESVIQGIKDSASFAPLHNPAHLIGIAEALKSFPQLKDKNVAVFDTAFHQTMPEESYLYALPYSLYKEHGVRRYGAHGTSHFYVTQEAAKMLNKPVEELNIITCHLGNGGSVSAIRNGKCVDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPAIIFHLHDTLGMSVDQINKMLTKESGLLGLTEVTSDCRYVEDNYATKEDAKRAMDVYCHRLAKYIGSYTALMDGRLDAVVFTGGIGENAAMVRELSLGKLGVLGFEVDHERNLAARFGKSGFINKEGTRPAVVIPTNEELVIAQDASRLTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic investigations on Salmonella typhimurium acetate kinase (AckA): identification of a putative ligand binding pocket at the dimeric interface
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 128
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3slcA02
5AQXA 3C7NA 3HM8A 1NWKA 2BUPA 1K8KA 5FPEA 2ZGZA 4XH5A 2P9UB 3JXUA 1GLDG 2F9TA 3A5LC 1X3NA 2ZF5O 4CD3A 2NLXA 2QWQA 1BWFO 2V51B 4BVPA 4BR4A 3ZETA 1YUWA 4PKHA 1TUYA 2YCHA 2GTDA 2P9IB 1C0GA 3DWLA 5AQTA 3SJHA 2P9NB 2A41A 4IJAA 4H5WA 3QBWA 4RCHA 1BO5O 5BPNA 3EL2A 2GELA 3O5BA 3AARA 3M6GA 1KXPA 4DQ8A 2VWBA 2F9WA 3ZEUB 3QMLA 4QS9A 3QFPA 1XUPO 4DHYA 3D2EB 1HLUA 2CH5A 3ULEA 4Y0WA 3FE1A 3OHRA 1C0FA 1U2VB 3L0QA 3QDKA 3VETA 5AZIB 4FWQA 3VEVA 4FWNA 4MLHA 1RFQA 4O5FA 5KQDA 1IG8A 4JHDB 3VEXA 3VENA 4BRIA 2FSKA 2P9UA 2E2QA 3R9PA 5FPNA 4IXCA 3UKRB 3DAWA 3LM2A 5EOYA 3CI5A 5AQYA 5FPMA 4EIAA 3G25A 1XQSC 4WQ4A 1S3XA 2P9SB 2WUSA 3CJ9A 1KAZA 3VGKA 3IFRA 1HJOA 2P9IA 5CE3A 5BN8A 3A5OC 2I7PA 1BA1A 1EQYA 3LDOA 1NGBA 2ASPA 1HKCA 2P9NA 5AQJA 5AQRA 4EFHA 4QS8A 1QQMA 3CIPA 3HSCA 5EY4A 3O4WA 2QWLA 4H0TB 4FSVA 3AAPA 4XH1A 3QB0A 1NGIA 1OKJA 4NB4A 3MCPA 3O6WA 1NGFA 1GLAG 3DJCA 2CGLA 3ZEUA 4BRNA 3ZX2A 2VCPA 5AQKA 3D2EA 2Q36A 4B1WB 1NBWA 3EKUA 4HWIA 3KZBA 3R6MA 2YHWA 1U2VA 3CQXA 4FPAA 4JNEA 4H5RA 4O8KA 5I9EB 3O1WA 3GDQA 5AQOA 5BR9A 5AZIA 2QW9A 4BGAA 1NGHA 4JHDA 2DPNA 1E4FT 2E88A 3DXMB 4BG8A 5LY3A 4BR9A 1NMDA 3UKRA 4FL9A 4BREA 3EKSA 1NLVA 1DKGD 4BQZA 1RDWX 5KQ8A 1ATRA 1J6ZA 2IVPA 4YDUA 5F2RA 1Z6RA 4L3QA 3SLCA 4CZFA 1KAYA 3VF6A 4CZIA 5AQLA 4NO7A 5BPLA 2OANA 4FOIA 2NRHA 2A5XA 1MWKA 4M7YA 3H3OB 4HTLA 3FR0A 5ADXH 2HOEA 4WQ4C 5JLHA 2FSNA 5BN9A 4A61A 4BQLA 4AM6A 3F9MA 4FWSA 2IVNA 4FO0A 2IIRA 3P4IA 2YJFA 1RGIA 3VPZA 4CZKA 2QWPA 2ASOA 3H3NO 4H0YB 3DXMA 4BGBA 3U9DA 4MO4A 3GG4A 4FWKA 4BROA 2W41A 3S41A 5F1XA 1GLCG 1LCUA 5AQGA 1D4XA 4XEIA 3CETA 4BRFA 1QQNA 3KHYA 5ADXA 3B8AX 3WQUA 2IVOA 4PL8A 1Z05A 4A2BA 3O08A 4ISFA 1G99A 3MMVA 2KHOA 3SMPA 2QWMA 1NGCA 4M63C 3I8BA 3FZKA 1HUXA 1ESVA 2E2OA 4B1YB 3FGUA 5F0XA 1DEJA 1MA9B 4YDUC 4AM7A 1NGAA 3H6EA 3UE5A 4BVOA 4CD1A 3WXJA 1BG3A 1SAZA 3C0BA 1T6DA 4H0OA 4RWTA 3FZMA 4E1JA 4A2AA 1QZ6A 3TU5A 4H0PA 3ENHA 5AZJB 1GLLO 3A8YA 2P9PB 4CZHA 1NGDA 4WQ5A 1T6CA 4B1XB 1R59O 3LDNA 2Q0UA 4B1VA 4CZEA 1ZBSA 1GLFO 5AR0A 2W40A 3U8XA 4CBXA 4CZJA 2V7YA 3BP8A 2YJEA 2PBDA 3H1VX 2V52B 3HTVA 3CJCA 4M7XA 5AQVA 4BR7A 2ZWHA 4J8FA 3FZHA 3GL1A 1BDGA 5KPRA 2FLOA 2QWNA 3L6QA 3LDLA 4H0XB 4EHTA 4B1UB 3BUZB 3W3DA 1JCFA 3FLCO 1XC3A 3VF2A 4H5NA 3VERA 2ASMA 1QHAA 3ATUA 4CZGA 2E20A 3BF1A 5AQWA 2I7NA 3FZFA 3HBTA 2Q0RA 5AZJA 2GWJA 1X9JA 4RTFD 2P9PA 3CJ1A 3L4IA 1V4TA 3ZX0A 5E26A 4JD2B 3D2FB 2P9KB 2AA4A 4BC4A 4Z94A 2YHYA 4DCHA 2QXLA 5KPZA 2P9SA 1WOQA 3O1BA 3ID8A 1HX1A 2J4RA 3C7NB 4K43A 2D0PA 4PL7A 1YXQA 1S22A 4F9OA 2PAVA 2E8AA 3H1QA 4BG9A 1CZAN 2GWKA 3J8AA 4BRPA 2P9LB 4BRMA 3WXIA 2GEMA 3H45C 2D4WA 1T44A 4WQ5C 2GUPA 5AQIA 2CGJA 2A40A 1QQOA 4A62A 3O80A 1ATSA 1SQKA 4FWOA 3UKUB 3H46O 3TPQA 3VGMA 4BC2A 4CZLA 3VEOA 1LOTB 3CJ7A 3RSEB 3GE1A 2V7ZA 4PKIA 1BUPA 5AQHA 4H5TA 4BRQA 2E1YA 4PKGA 2UYTA 5BRHA 3FZLA 3IUCA 1BOTO 3SK3A 4IZ9A 4CI6A 4H0VB 3MN7A 1YAGA 5JMVA 2QM1A 1JCEA 4I6MB 2Q1NA 2E2NA 4EAHD 4K42A 1WUAA 3GOIA 4MLEA 1MWMA 2Q31A 2ZGYA 4FWLA 1GLJO 1Q18A 1NGEA 4B1ZA 4CBWA 2A3ZA 4H5VA 3ENOA 1GLEG 2P9LA 1IJJA 1E4GT 5JICA 3VGLA 3CHWA 3MN6A 1NGJA 2D1KA 5AQZA 2BTFA 3A0IX 3WEEB 3MN5A 3UKUA 4BRKA 5AQNA 5AQSA 5TKYA 3LL3A 3A5NC 3DXKB 3RSEA 5EXWA 3MN9A 3U4LA 3VEWA 3I33A 5AQUA 1Y64A 3VF4A 4LC9B 1KAXA 3MK6A 2HMPA 2A42A 1TYQB 5E84A 2EWSA 1H1VA 2FF3B 1DGKN 3ATVA 4QS7A 2D0OA 4IO8A 3A5MC 4I6MA 4FWRA 4H03B 4DB3A 5EVZA 4BC3A 4BC5A 4FWPA 4IJNA 2ITMA 3CQYA 1JCGA 1QZ5A 2Q2RA 3VEZA 5AQFA 4GY2B 1ZXOA 3VESA 3WQTA 4XH4A 3LM9A 4BRHA 3UB5A 3QICA 3M1FA 4GNIA 5JLFA 3GBTA 5LJWA 2Q97A 2YI1A 3IDHA 4BRCA 3AY9A 4BRAA 2HF4A 2HF3A 3WEEA 3EZWA 4K25A 3WT0A 2E2PA 3LDPA 1GLBG 3DXKA 4BRDA 4KBOA 4JAXA 3WXKA 3EO3A 5AQPA 2H3GX 1NGGA 4CJ7A 3M3ZA 5AQMA 4IWVA 4BRLA 3KVGA 1TYQA 1HPMA 1ATNA 5ELZA 5AFUH 5AQQA 3W0LA 4B9QA 5BPMA 3BEXA 2FF6A 3HZ6A 4FPBA 4BR0A 3WXLA 4EHUA 1MDUB 5FPDA 4K41A 3CJBA 1BU6O 2QWOA 1K8KB 1SZ2A 4WYBA 5EX5A 5BRDA 4FOEA 1V4SA 2FSJA 2A6AA 1P8ZA 2E1ZA 1NM1A 4C23A 2YHXA 3U9ZA 1U6ZA 4JN4A 3ZETB 2VYPA 3WUHA 3ZX3A 3MDQA 3D7EO 4BR2A 4FWMA 1YVNA 3FFKB 3EN9A 2CGKA 5BREA 5AFUA 3AAQA 5BRFA 3QFUA 1X3MA 4BR5A 3BF3A 1HKGA 3CJAA 4MO5A 5KPTA 4CZMA 3R8EA 2NZTA 3CERA 3JS6A 4CBUA 3O8MA 3QBXA 4ISEA 1BA0A 2CH6A 1ZC6A 4ISGA 3LDQA 3VEYA 3SMSA 5B8HA 4JD2A 3D2FA 2P9KA 5LJVA 3ULEB 3HI0A 1TUUA 3IMXA 4BRGA 2AP1A 2FXUA 1HKBA 3VOVA 2QWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HW3A 3QEXA 1NK7A 1NWKA 1FK9A 5FPEA 3OA9A 2ZGZA 3KK3A 2P9UB 1UA1A 4NYNA 1GLDG 4FK4A 1X3NA 2ZF5O 1OH5A 2RF2A 3C6UA 4CD3A 1BWFO 4BR4A 4PKHA 3I56N 4CFDA 4I2QA 1TKDA 3C65A 1MU2A 3SNNA 4LF9K 3SUQA 3AVBA 3QBWA 5BPNA 2HHTA 3EL2A 1YHQN 4U7BA 4E7IA 3O5BA 3AARA 3M6GA 1KXPA 3CFOA 4DQ8A 2F9WA 2HMIA 5IWAK 4N5SA 4Y0WA 3V9UA 3OHRA 1IH7A 1RCHA 1TK5A 1C0FA 3L0QA 3G4SN 5GAHP 4C8LA 3IAYA 1WBBA 4GV3A 5AZIB 3VEVA 1RFQA 4E7JA 1IG8A 3VEXA 4BRIA 2FSKA 3EY1A 1DT9A 3CXCM 4IXCA 5M1NA 4CFBA 4WFNL 3DAWA 1NK0A 2D5RA 1HQEA 5AQYA 2B6AA 1XQSC 3CFRA 3KLEA 1NG9A 4BDYA 4RW7A 4DTNA 1S3XA 4QAGA 2P9SB 3HP6A 3B6OA 1HJOA 2P9IA 4GVMA 3RMDA 3A5OC 2KFNA 1NGBA 3QESA 4CJFA 1VQ7N 1QQMA 2BH1A 3O4WA 1W0HA 4XH1A 1I94K 3QB0A 4CIEA 3HVRA 1J54A 3NF7A 4NB4A 3NH0A 1UAXA 4BRNA 2CGLA 2Q3SA 3ZEUA 5GIOA 4FM2A 5AQKA 4B1WB 4DR3K 1JLBA 4KPYA 1WLJA 4LFBK 4JK7A 3GDQA 3TWHA 5BR9A 3CC7N 1ILYA 1TAUA 2D0AA 2DPNA 3OYAA 3DXMB 5LY3A 3VA0A 4F3OA 4KTQA 4FL9A 4BREA 1UA0A 3TSUA 4BQZA 3AO4A 4GW6A 4RW8A 1ASVA 2YHBA 1ATRA 1J6ZA 2IVPA 2VWJA 4ILJA 5F2RA 1Z6RA 4FJIA 3HOTA 1BHLA 3PX4A 4CZFA 1W2BM 5AQLA 4FOIA 3THYA 4C1NI 4E7HA 2A5XA 4YOYA 4I7FA 4M7YA 3R3LA 4K0KK 3FR0A 4JKBA 1RTDA 1OH7A 1Z25A 5HBMA 5C42A 2FSNA 4E1NA 5SZTA 5BN9A 5KGWA 1JXBA 4BDZA 3F9MA 3WXMB 2XY5A 3ZSWA 4JI3K 1GOAA 5KGXA 1RGIA 3VPZA 4CZKA 1YIJN 2GUIA 2WONA 3D6RA 4E0DA 3U9DA 2HHWA 3GG4A 2W41A 3S41A 4Z4GA 2HBLA 5KI6A 3V6DA 3KTQA 2I5JA 3CETA 3KHYA 5ADXA 5FRNA 1FXXA 2O8FA 2NUBA 4A2BA 3ZSQA 4ISFA 1XWLA 3MECA 2UXBK 4M63C 3DOLA 3S3MA 1QTMA 3OYJA 1DEJA 4AM7A 1L3TA 3AVJA 4DS4A 1SL1A 3VQ9A 1QVGM 3TTFA 4CK3A 1A5WA 2WTUA 3C0BA 4A2AA 4B9SA 3AO1A 4CEOA 2W6LA 4J2EA 3KKRA 2ATQA 5GINA 4B3TK 1NK8A 5T7BA 4DR4K 4LY7A 1RBUA 2QI2A 4O55A 1T6CA 4B1XB 1WAFA 3SUOA 3CMAN 4DUZK 1KC8O 1JLFA 2NRWA 4B1VA 1NJIO 1TK8A 4OLAA 4LH4A 3F5TA 5AR0A 4F2SA 3U8XA 1DLOA 3TR8A 3TAMA 3RMAA 1C0TA 3SBTA 2YJEA 3HTVA 2ZWHA 3NGZA 3H08A 4NYFA 2PYLA 1WSEA 3CCVN 4CGJA 1L3SA 3C6TA 4KREA 2F7TA 3LDLA 4EHTA 4B1UB 3W3DA 4F3TA 3TAQA 3P39A 3SV3A 3VF2A 4JI6K 4C8NA 4B08A 4MDAA 2ASMA 4CZGA 1Q8IA 3CQ8A 1RT2A 2Q0RA 5AZJA 4DTXA 4RW6A 4DQRA 3L4IA 3ZX0A 5E26A 3EYZA 1U48A 1I39A 4DTRA 2P9SA 4FJ9A 3THXB 3ID8A 1B92A 3CCRN 4FK0A 2J4RA 3THVA 3MXJA 4PL7A 2G8WA 4OGEA 1FW6A 4CEQA 2P9LB 2OA8A 1SKRA 4LFCK 1TGOA 1QE1A 5K14A 1QVFM 3CYMA 2DFHA 4B8CA 4DLGA 3TPQA 3F73A 2ETJA 3AV9A 4YY3K 2HHUA 2V7ZA 3ZCMA 4FW2A 3SUPA 5AQHA 1YITN 1LWCA 4PKGA 4CJEA 3QO9A 3D45A 2UYTA 3SV4A 5BRHA 3V1RA 5HOOA 3RR8A 3KLGA 2E6LA 3ULDA 4A5BA 3N4PA 3AVGA 1JCEA 4EAHD 2HHXA 4BWJA 3OJUA 1MWMA 4PHTX 2RPIA 4HUGA 1GLJO 3S3OA 1TKZA 4FCYA 3K2PA 4B1ZA 1CXUA 4ICLA 1CXQA 5LL6Z 2NRTA 2A1SA 3VGLA 1VQ4N 3G10A 4OGCA 4DQSA 3AGKA 2UU9K 1BI4B 1RBTA 2RKIA 1NGJA 3A0IX 4FJKA 4BRKA 5AQNA 3QNOA 4PY5A 4DV3K 4LH5A 4DQQA 1LWFA 3CCLN 1IKWA 4W5OA 2HMPA 1S5JA 4JI4K 4DV4K 4I9LA 4G1QA 5E84A 1Q7YO 2FF3B 4IG3A 2IOCA 4B9LA 2D0OA 1NJZA 3SJJA 3AVAA 5M1FA 4H03B 3AVHA 4DB3A 1K9MO 4N41A 4BC5A 2G8IA 3JSMA 4YOXA 1HR0K 3VEZA 5AQFA 4NCBA 3UB5A 4GNIA 5LJWA 1TL1A 3ZT3A 3KK1A 2ITGA 1SV5A 1QSSA 2HF3A 4AHSA 4JKCA 3WT0A 3J81O 1OH8A 2HHSA 3KIOA 4KRFA 3BZCA 2E4LA 2H3GX 1NGGA 4W5RA 2W6KA 5AQMA 1ITGA 4BRLA 2JWLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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