3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
4HUFA 4HUEA 4O0IA 1X9SA 3KLFA 3AV9A 3EZ5A 4BDPA 5C24A 3IRXA 4FLVA 4FJ7A 1BI4B 3HK2A 2XO7A 2VG5A 1XI1A 4FJHA 4M45A 1U04A 1NJYA 1W9HA 4B9NA 4DSLA 5CY4A 3ZSQA 4M42A 1BGXT 2P51A 4FVMA 4ICLA 5C42A 5HLFA 3V9XA 3I0SA 3O4NA 3QERA 3OYFA 1DLOA 1SV5A 4AHUA 3RTVA 4Y1DA 2RPIA 1NKBA 4IFVA 4FJ9A 1CXQA 1CLQA 1RDBA 1JL2A 2BE2A 3E01A 5KTQA 4DS5A 2OZSA 2LSNA 2G8WA 2X74A 2HMIA 2ZE2A 3ZSOA 3QEVA 3CYMA 3DRSA 3AO4A 5HP1A 1TKDA 1SL1A 4IG0A 4AHSA 2E6MA 3S9HA 3AA2A 1GOCA 1JXBA 3AA3A 3NGIA 4W5RA 1CZBA 1S5JA 4FLZA 3LP0A 2YNHA 4OKKA 1WSHA 2DFEA 4PWDA 4CJTA 3ZT4A 1S9EA 2Y1IA 1T8EA 3HYFA 2P1JA 3PO4A 1ZBUA 4FLYA 3OYNA 2FC0A 4B9TA 3CFOA 4C8MA 2FBXA 1XHXA 5J2QA 1TV6A 3PV8A 3LPTA 2B6AA 4LD0A 1NK9A 4FZZA 3HJFA 4CK1A 1ZBFA 1U47A 2R7YA 4GW6A 4BWJA 3WNHA 4N5SA 1SKSA 3DOKA 1NJXA 4HCBA 4NCBA 3VQ7A 4CJQA 1WSEA 1HQEA 3ALYA 3ZSZA 4CIGA 3AVNA 2G8HA 2A1SA 1ASVA 1KFDA 1RDDA 2F96A 2HB5A 3B6PA 1IKXA 4CHQA 3OYIA 4JRPA 3ZSXA 4OJRA 3ZT0A 1KTQA 5SWMA 1QSLA 4L8RB 1HNIA 3OYJA 4DTMA 1HPZA 3TARA 2I5JA 4IDKA 5SZTA 1WSIA 4C8OA 1HYVA 2B5JA 1SUQA 3KTQA 1KVBA 1S6PA 2IS3A 3DM2A 1I39A 2FBVA 4IFYA 4Z4EA 3OYBA 3KKSA 3MXMA 1KVCA 4CJFA 3QETA 2XY5A 3OYAA 4CESA 4Z4FA 3CM5A 1S1TA 4UQGA 3S3MA 4RW7A 2HHVA 1JLFA 2EHGA 3C95A 3HPOA 1EXQA 4B9VA 3MXJA 4WE1A 1N6QA 4K8ZA 4KHWA 1S1UA 5CZ1A 2EX3A 2HNYA 1REVA 3H08A 4RW4A 2D5RA 4N41A 1BIZA 1RDCA 1DTTA 3DMJA 4AHTA 2Z1IA 4O5BA 4FLUA 4F3TA 3DLRA 3HT3A 1Z26A 3NFAA 4AHRA 1YT3A 2KZMA 4DTPA 1WAFA 1VSKA 3LP3A 4CEFA 1NK8A 3RR8A 4FJKA 1TAUA 3VQPA 4EP5A 1LAWA 3OVNA 1C1BA 1BCMA 4LH4A 3NGZA 4FJJA 2OPQA 4PQUA 4ID5A 2HHSA 3K59A 4DFJA 3ZCMA 1VRTA 3L2UA 3QNNA 2QKKA 4KKOA 3CM6A 1VRUA 4Z4CA 3KLEA 3T3FA 5I42A 1LWFA 3LAMA 3PUFA 4CJLA 1RT3A 1G15A 3DOLA 4O44A 4J2BA 2B4JA 4H4MA 4CEOA 4J2DA 4B8AB 4HUGA 4ZTFA 3K58A 4BE2A 4KO0A 3K57A 3MXIA 2YNFA 3TAEA 1TK0A 1Q9XA 4KI6A 3ITHA 1RT2A 2YHBA 4DFPA 4CFAA 1K6YA 4ZTJA 4J2AA 4LSLA 3VQEA 5JS1A 2OPPA 3K5NA 3QEIA 2FBTA 3NBPA 3MEDA 2X6SA 2XY8A 4HCCA 1WSFA 4KREA 4CF0A 4DQRA 4NCGA 2GUIA 1A5VA 3SQ4A 3VQAA 3KK2A 3AVAA 4C8KA 4CJSA 2P5GA 4FW1A 2HHTA 4PA1A 3DLBA 2OPSA 1TL3A 4CHOA 3AVIA 3NF8A 1VK0A 2JLEA 3OYDA 5E41A 4FM2A 3SUPA 4GVMA 4FM1A 1RT4A 3VQDA 1QS4A 4YFUA 3TANA 4N76A 3QEXA 3F9KA 1QSYA 4R5PA 3NH0A 5D3GA 1XWLA 1C6VA 1YVUA 4RW6A 1KSPA 4FJXA 3LAKA 4DLGA 3LANA 3VA3A 1RDAA 1BCOA 2D0AA 2BGGA 3P5JA 4OPJA 2A1RA 5K14A 3U6FA 4W5NA 1D5AA 1BQMA 1C0TA 4HTUA 3CFPA 3M8PA 4E7IA 3V9ZA 4DSIA 4F2RA 1KVAA 3ASMA 3L2VA 4I2QA 3O4QA 3V4IA 5CYMA 3V9WA 4FYDA 4CERA 4KTQA 2RN2A 3OS1A 1RBSA 4QOZB 3EY1A 3QINA 1KLMA 1ZBIA 4DQIA 2HHUA 5CZ2A 3SQ2A 2OZMA 4B9SA 4CF1A 3OYEA 4CJ3A 4DG1A 4DWIA 4NYFA 1WSJA 3LP2A 4H4OA 4I7FA 1KCFA 3QESA 4CK3A 4PY5A 3WNGA 3RMAA 4AHCA 1VSJA 2XRIA 4KI4A 1W0HA 3NGYA 2IC3A 4Q5VA 4CEZA 4B9UA 3AA5X 5J2NA 3AO1A 3VQ6A 4CEDA 4CGIA 3LZIA 4DTUA 4B9MA 3SQ0A 1JLQA 2KQ2A 2YKNA 3QLHA 4CJ5A 1D9FA 1NK6A 1RTHA 1VSIA 5J1EA 3HO1A 1BL3A 4CIEA 1SL2A 3RRHA 5DK5A 1RT5A 1NOYA 2IAJA 1QHTA 1S9GA 1N5YA 3V1RA 1DTQA 1X1PA 4I2PA 3NAEA 2E6LA 5T7BA 2G8VA 1KRPA 2OPRA 4KHQA 1I3AA 3OYHA 4OGCA 1LWEA 1S6QA 3S3NA 3KLIA 3NDKA 1XHZA 4DTJA 3NH1A 1J54A 1QQCA 2Z1GA 3KKRA 3OYCA 3F73A 3OJSA 3BGRA 3MEGA 3SCXA 1Q9YA 1S1XA 4DTRA 3AVKA 3NF6A 2Q3SA 1VSMA 3IG1A 4FCYA 3S3OA 2KTQA 1HYSA 3QIPA 3M8RA 1RT7A 3KD1E 4E1NA 1Y97A 1JKHA 1HNVA 4FLWA 4DTXA 1SKRA 1MU2A 2PZSA 3RRGA 3KK3A 4FJGA 4AH9A 3LALA 3LP1A 3HP9A 3P83D 4W5OA 3HM9A 5J2PA 4CCHA 4CEQA 3DYAA 1L3UA 5HRPA 3SV3A 3AVGA 4KV8A 1VSFA 2G8KA 1Q8IA 4JS5A 4ELUA 1HMVA 4KHYA 1L5UA 5CYQA 3QIOA 3PY8A 4CHZA 3OYKA 4FM0A 4ID1A 3L2RA 3RR7A 4DSEA 4NCAA 3VQ8A 3ZSYA 4CEEA 4CIFA 1L3VA 2IGIA 1RT1A 4B8CA 4FJ8A 3V9SA 1RTJA 3ZSVA 4DTNA 2ETJA 3KLGA 1RNHA 2IDOA 4CJEA 4FLXA 2PYLA 3BDPA 4E7LA 3ZSWA 3CQ8A 4JRQA 4JS4A 3PX0A 1Z25A 2KFNA 3MEEA 4OLAA 2E4LA 4CECA 4C8NA 5KRTA 1NKEA 1NJWA 4B3OA 1EX4A 4BE0A 3AO2A 4K8XA 4FW2A 4BDYA 3DLGA 3SJJA 2HW3A 4CF8A 3V9UA 3DRRA 4KHNA 2F8TA 3O3GA 1QTMA 1JXEA 4DTOA 4Q0BA 1TKTA 3HVTA 1RBUA 1UAXA 4NYNA 1EP4A 1JLBA 1BQNA 2JGUA 2YKMA 3VQ9A 3HL8A 4CHYA 3LWMA 4Z4IA 2F8SA 4CGDA 2AJQA 3AVJA 4CE9A 2PY5A 3TAQA 3U3GA 3OS0A 3AO5A 4DU1A 4RG8A 3NHGA 4IG3A 4F3OA 1ZYQA 5HRRA 3JSMA 2O4IA 2HVHA 4KAZA 1TAQA 4CJ4A 1LAVA 1LV5A 3SUNA 3SV4A 1TKZA 2NUBA 3PO5A 3HP6A 4Y1CA 2VG6A 4IBNA 5FDLA 3O3HA 4HVJA 3QEWA 2XHBA 3AO3A 4M41A 4Z4GA 1VSDA 1QSSA 1S1WA 3OYMA 3P1GA 3AVHA 2ZD1A 3C94A 3NF9A 4QAGA 5KGWA 4YNQA 3I8DA 3DLEA 4FLTA 3RMDA 1RBRA 1WAJA 4M3YA 1TKXA 4LSNA 1J9AA 2KW4A 4F4KA 4O4GA 4FJLA 4M3UA 4CGFA 1S1VA 4Z0UA 4H8KA 4CJRA 1YTUA 5HROA 2HHXA 2BANA 3OYLA 4DTSA 3AVBA 1JLEA 1IH7A 3L8BA 1BIUA 3SUOA 3A2FA 1IO2A 4B9LA 1YTAA 4OLBA 5KI6A 3NE6A 3AVLA 3PX4A 1HRHA 3B6OA 1WLJA 1BISA 1JLGA 2ZQBA 1WN7A 4CJPA 1LW2A 4QCLA 1TVRA 4HHTA 4M3RA 2KZZA 4CFCA 1U49A 1ZBLA 1JLCA 5J2MA 1NKCA 2G8UA 4KTWA 2G8FA 3G10A 4CFBA 4C8LA 2Y1JA 4MFBA 2Z1HA 1U48A 4FK2A 4EP4A 1XC9A 3VN5A 4KB0A 2RF2A 1VSLA 1IKYA 4DFMA 4M3ZA 3K5OA 3DRPA 2PYJA 4F2SA 1NK0A 3SUQA 2WONA 1SKWA 5DMRA 3HXMA 3L2QA 3M8QA 4E0DA 1ASUA 1FKPA 1R0AA 4XIUA 3ZT2A 4GMJB 3C6TA 5HRNA 4EZ9A 1B9FA 3VQ4A 4LH5A 3V81A 4FK0A 2HVIA 1U4BA 4KHSA 1A5WA 1NK5A 3L3VA 4RW8A 1T05A 4FJNA 4BE1A 2QK9A 3OJUA 1C1CA 2ATQA 3L3UA 4CF2A 3VQQA 2Z1JA 4CHPA 5C25A 1RBVA 3EYZA 4DF8A 2FBYA 2W42A 3PX6A 1CXUA 2O4GA 3KIOA 4CJVA 3U3YA 2GBZA 3AA4A 2QXFA 3IS9A 1UWBA 2DFHA 1VSEA 3CFRA 1LWCA 2DFFA 1UOCA 4E1MA 4ZHRA 1T7PA 4DSKA 4I9LA 2X78A 1UA1A 1FXXA 4N47A 4CJUA 3V6DA 1QE1A 4CF9A 1NOZA 1HYZA 1C0MA 2RKIA 3HPHA 3NCIA 3D0PA 1RTDA 3RMBA 1HQUA 1O1WA 2YV0X 3ZT3A 4DFKA 3VQCA 1NJZA 4FK4A 3K5LA 2XY7A 2IOCA 3LDSA 1HJRA 2X6NA 4BWMA 3TR8A 4E7KA 3QEPA 1U45A 4M3TA 4W5QA 1RT6A 4ELTA 3THVA 1A5XA 3C6UA 1FK9A 3T19A 2YHAA 3HSTB 1RTIA 4AHVA 5EU7A 1X9MA 4DQPA 1LW0A 2XY6A 3K5MA 5FRMA 4KHUA 2HNZA 3QO9A 3SNNA 1EETA 4E3SA 1GOAA 3HVRA 1ITGA 3KJVA 3TWHA 1ASWA 4O55A 3ULDA 1NK7A 3G0ZA 1KFSA 2P5OA 4M3XA 3TAGA 1B9DA 1BHLA 4CEBA 1D9DA 4ELVA 1NK4A 3WNFA 3V1OA 4CGHA 2HHWA 2VWJA 5HBMA 4DMNA 4BACA 3O3FA 4OPKA 1TK5A 1L3TA 1J53A 4I9QA 2QKBA 5JS2A 3JYTA 4CJKA 4RW9A 3KLHA 3OY9A 1GOBA 1C1AA 1JL1A 1WNSA 3RMCA 3LZJA 3SZ2A 1VSHA 1F21A 4W5TA 4DQSA 2HHQA 3TI0A 2OYQA 3ZT1A 2D0BA 4EZ6A 5KGXA 1IKWA 3NH2A 1EKEA 4N56A 3AVCA 1KLNA 3WNEA 3IAYA 1B92A 4KB1A 2WOMA 3D45A 4CFDA 2VG7A 4IKFA 4E7HA 1FKOA 4OKEA 1D8YA 2BDPA 3DLHA 3HPGA 1IKVA 3M8SA 3VQ5A 3V1QA 4FZXC 4KRFA 3AVMA 4DU3A 3SI6A 1C0UA 4MQ3A 4OVLA 4BDZA 3CG7A 4M3WA 1TL1A 3MECA 1WSGA 1RBTA 3NF7A 4DQQA 3T1AA 1X9WA 4FJ5A 4KFBA 3KK1A 3DLKA 4FJIA 3KD5E 1SL0A 4CGJA 1T03A 4E7JA 4AILC 4F8RA 1UA0A 2YNIA 3DI6A 2DY4A 2HNDA 3TAPA 5I3UA 1BI4A 4TSXA 4B08A 4CK2A 4KPYA 4DLEA 3LPUA 3ISNC 3LWLA 4DSJA 4E19A 4FXDA 5HRSA 3K2PA 3ZSRA 2G8IA 5FROA 4O0JA 1J5OA 3VA0A 4J2EA 4E89A 1RCHA 3I0RA 3OYGA 4DS4A 4OKJA 1TK8A 4G1QA 2DTUA 4Z4HA 4LY7A 1JLAA 2KFZA 1TGOA 3SQ1A 2VWKA 3VQBA 3SPZA 4OGEA 2ITGA 4CHNA 4DF4A 1RILA 3MAQA 3RWUA 3SPYA 2D0CA 3TAMA 1ZBHA 1CZ9A 4CGGA 5KRSA 2YNGA 3SYZA 3FFIA 4JLHA 3L2WA 2OA8A 3QNOA 3AVFA 4CJWA 2GV9A 4KTZA 4FJMA 4DU4A 4CEAA 4FZYA 4PUOA 3UIQA 1IG9A 3TAFA 1L3SA 5FRNA 4DSFA 3TABA 3OS2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E88A 3A8YA 4BDPA 3U9ZA 2ZGZA 2KKZA 3HK2A 3CJBA 2XO7A 3CD6N 4FJHA 4M45A 2P9UA 4DSLA 1IBLK 3VETA 4DR5K 4FVMA 5HLFA 3I0SA 5AQPA 4H0PA 3QERA 3OYFA 1DLOA 3RTVA 4Y1DA 1TYQB 4IFVA 1CXQA 3MN9A 4KH6A 1RDBA 3O4WA 1JL2A 5KTQA 1NNEA 2QA4N 2LSNA 3C6AA 2G8WA 5AQSA 2X74A 3ZSOA 3O08A 3QBWA 1TKDA 1SL1A 2V7ZA 2NLXA 5AQUA 3S9HA 2QW9A 1JXBA 4W5RA 5AQLA 1S5JA 4OKKA 3H1VX 4GVEA 1S9EA 3HYFA 3PO4A 2NNWA 3BUZB 2B6AA 3HJFA 4CK1A 4GV6A 1SKSA 4NCBA 4X65K 4HCBA 3O6WA 1WSEA 3AVNA 3PIOL 2A1SA 2G8HA 1ASVA 1KFDA 3B6PA 4CHQA 3ZSXA 3ZT0A 4GKJK 3C6HA 4IDKA 2B5JA 4IFYA 2IS3A 4FPBA 1KVCA 1YVNA 4CESA 1MWMA 3OYAA 4Z4FA 3CM5A 2HHVA 4RW7A 1JLFA 1NGDA 3C95A 1NBWA 3HPOA 4CW7B 1N6QA 5CZ1A 3H08A 2ZF5O 4B3TK 1BIZA 3DMJA 1DTTA 1Z26A 2IIRA 4AHRA 1TAUA 1WAFA 1NK8A 4CEFA 4FJKA 4EP5A 3TSPA 4CZFA 2W6KA 1C1BA 1BCMA 2HHSA 3NGZA 4FJJA 3DXKA 3ZCMA 4DFJA 1X9WA 4Z4CA 1VRUA 5FPDA 3T3FA 5I42A 3LAMA 3DOLA 1G15A 4KO0A 3NMUA 4KI6A 2YHBA 2ASOA 2QWQA 4CFAA 1K6YA 4J2AA 4LSLA 2E8AA 1WSFA 4CF0A 3E9LA 3H1QA 5LJWA 1GLJO 4FW1A 2YHYA 4FM1A 3O9TA 1QS4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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