3TWHA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 41

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
TIV1 (64-67)AH1 (105-123)S1 (68-75)TIV3 (76-79)S2 (79-87)TIV4 (87-90)S3 (93-103)TI1 (88-91)EMPTYTIV2 (74-77)S4 (129-131)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Novel complex MAD phasing and RNase H structural insights using selenium oligonucleotides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 41
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-09-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3twhA00
1HYVA 1TL3A 3HP9A 3HYFA 2XY6A 3OYFA 4CJSA 1K6YA 3AVLA 2GBZA 4CF2A 3L3VA 5DK5A 4CEDA 3D0PA 4BDZA 3SV3A 3QEXA 1JLGA 3CFPA 3KKSA 3NDKA 4FJXA 5KRSA 4CGJA 1L3SA 4BDPA 1QS4A 1Q8IA 2A1RA 4OJRA 1B9DA 4KB1A 1YTAA 4DTXA 3QEVA 3SQ4A 4Q0BA 1TK5A 1VSKA 3LZIA 3NHGA 4BDYA 1S6QA 5I3UA 4DSEA 4DWIA 1VSJA 4DQPA 4ELVA 5FRMA 2KZZA 2AJQA 3V6DA 1R0AA 3V9WA 2FBVA 4EZ9A 2HVIA 4KTWA 4HCBA 3NF7A 1TKDA 4Y1CA 2B4JA 1NJYA 3KLFA 4FLVA 3VQCA 4OPKA 5J1EA 3OYGA 1Z25A 3OYCA 3AO3A 2R7YA 1CXQA 1WSFA 3MXJA 3VQQA 4B8CA 4WE1A 4KI4A 5EU7A 5HP1A 1A5VA 3ISNC 4J2AA 1C0TA 1VSHA 1L5UA 4B9VA 1JLQA 4OLBA 3OYEA 4GW6A 3I0SA 3OS2A 2XY8A 3AA2A 4I2PA 4LH5A 4CJRA 3EZ5A 4CJ4A 3CYMA 4B9SA 4ELUA 4DTNA 4XIUA 2D5RA 2X78A 3A2FA 1TL1A 3IRXA 4O55A 3SNNA 1TAUA 3E01A 4CEQA 3KK3A 1GOBA 1UAXA 4CJTA 4DTRA 3MXIA 4E7HA 1ASWA 1RBTA 3OYMA 1C0MA 3RRGA 3OYBA 4DU1A 3OS1A 4AHUA 1HQUA 1XI1A 2D0CA 3AVMA 3VQ7A 4BE1A 3KIOA 1NKBA 3AVNA 5FDLA 1EX4A 4DU4A 1BGXT 1SL2A 4NCAA 4O0IA 3AVAA 4ZTJA 3SQ0A 4MQ3A 3ZSRA 3DLEA 4FZYA 3PX6A 4ELTA 4DS4A 3LWMA 4KV8A 1XHZA 2RPIA 2QKKA 1VRTA 2OZMA 1SUQA 3SQ1A 4F3OA 3CG7A 4M42A 1RBSA 4DTOA 5HROA 4PUOA 3DLHA 5T7BA 3LP1A 4W5RA 4Z4EA 2HW3A 4DMNA 1Y97A 3KLHA 2HHTA 1TGOA 4CIFA 4FJHA 2IC3A 4HHTA 3NBPA 3V4IA 1BI4B 5I42A 4FW1A 4AH9A 1WSEA 4Q5VA 3NE6A 3THVA 1D9FA 4KTQA 1JL2A 1JL1A 3VQ9A 1RTHA 1C6VA 3NF9A 3PO5A 2KFNA 2XY7A 2IS3A 3HXMA 1BISA 3G0ZA 2G8UA 1L3TA 4M3WA 3TI0A 1GOCA 3VQ4A 5C24A 2KFZA 1X1PA 4HCCA 1HNIA 3KKRA 1VRUA 1Z26A 2DTUA 3WNFA 2O4IA 3SPYA 3CQ8A 1QHTA 3NAEA 2VG6A 4ICLA 2G8HA 3MEEA 3D45A 3U3GA 4CJVA 4RG8A 4K8XA 3V9XA 2RKIA 1EXQA 2B6AA 3K2PA 4FLWA 2PYJA 3DLGA 3QINA 4FLXA 5J2PA 2HHQA 3TANA 3IG1A 4B3OA 1NK0A 1F21A 2VG5A 3VN5A 4CEEA 2RF2A 3VQBA 2HB5A 1CZBA 4BWJA 3UIQA 5D3GA 3ITHA 4CEAA 4F3TA 1NK9A 4IFYA 1TKZA 1LW2A 4CHZA 3PO4A 1ITGA 2OA8A 4FJMA 4E7KA 3TAGA 3DYAA 4DTJA 1NOZA 3DLKA 3AA4A 3DRSA 1RT7A 4OKEA 1HRHA 2G8KA 3ZT0A 1S5JA 1A5XA 2DFHA 3V9ZA 1S1WA 4OVLA 3QNOA 3NCIA 3NH2A 4C8MA 2ZD1A 4R5PA 3BDPA 1NK5A 3F73A 2FC0A 2HHVA 2O4GA 3V1OA 1A5WA 4RW7A 3TARA 2ATQA 4RW4A 3NH1A 1J9AA 1Q9YA 1GOAA 1QQCA 3U6FA 1RT2A 3RMAA 2IGIA 4CHYA 3QETA 4RW6A 3AO2A 3AVHA 5KGXA 2XRIA 1X9SA 2Z1GA 3K57A 3LWLA 4W5QA 4I9LA 2G8IA 4CGIA 3CM5A 1RT5A 2OPSA 4M45A 2KTQA 3ZSOA 3TWHA 4E0DA 2Z1HA 2OZSA 1NK8A 1BL3A 4JRQA 3S3NA 4O0JA 1U45A 2YKNA 4NYFA 3DI6A 3HVTA 4CEOA 1L3VA 4CF9A 5SWMA 3OYNA 3ZT3A 4DS5A 1D9DA 3L2QA 4FXDA 1L3UA 3EYZA 1SKSA 4GVMA 3NF6A 4AILC 2HHWA 4FW2A 1J53A 4MFBA 4B08A 4DTSA 3T1AA 4M3XA 2QKBA 2KQ2A 2BE2A 3ZSQA 1JXBA 1C0UA 3OYJA 3QEWA 3U3YA 4CEZA 2DY4A 2VWKA 4CJFA 2X6SA 1I3AA 1C1AA 1IH7A 4FM1A 1NKCA 3OYAA 4C8OA 3K5OA 3MEGA 3T19A 1D5AA 3DOLA 3AVCA 2DFFA 4CHNA 4E3SA 1ZBLA 1NJZA 2Z1JA 1LAWA 3H08A 5E41A 3OYLA 4DU3A 3G10A 4DQSA 1HJRA 3HSTB 1J54A 1RBVA 1S1UA 2QK9A 3QLHA 3HPOA 3IS9A 4HVJA 3VQEA 5CZ2A 4CJQA 3K59A 5HLFA 1N6QA 4CF1A 5HRRA 4B9NA 1RT3A 3OVNA 4HUEA 2XY5A 3LALA 1KFSA 3VQDA 5FROA 2OPQA 4CJUA 3C6UA 1LV5A 3KD5E 4KHUA 3VA0A 3CFOA 3K5MA 4DTMA 4I7FA 4DG1A 4FLYA 5CY4A 1EP4A 2E4LA 1S1VA 1SL0A 4J2DA 2YHAA 4FZZA 3I0RA 3ZSWA 2VWJA 4IBNA 1T8EA 3OJUA 4IDKA 3MXMA 1WNSA 1VSLA 4F4KA 1W0HA 3HM9A 2YKMA 1EKEA 2P51A 3MEDA 1UA0A 2WOMA 1SKWA 3SUOA 3AVGA 1S9EA 2RN2A 2G8FA 1RTDA 4YFUA 4DLEA 1ZYQA 2HNZA 3VQAA 1TK8A 4CCHA 3OJSA 1C1CA 2GV9A 4DQIA 2YNIA 3LP2A 3VQ6A 2BDPA 4AHVA 4H8KA 4LSNA 4LD0A 4CFAA 3QEIA 1KRPA 4Z4GA 2EX3A 4KFBA 4BWMA 1U47A 1BIZA 3O3GA 4FK0A 3KLIA 4KKOA 4FJLA 1YVUA 1S1TA 1U48A 1RDDA 1FKPA 1RBRA 1KLNA 3L2WA 4C8KA 3RR7A 3OYKA 3S9HA 1WAFA 3VQ8A 3QIOA 3QERA 2D0BA 4CGFA 4EZ6A 3SJJA 3TAEA 1RILA 3O4QA 1VSMA 1KSPA 4FJNA 4KI6A 1RT6A 3BGRA 4CECA 3T3FA 2FBXA 1J5OA 5CYMA 4B9MA 2ETJA 2YHBA 3AVFA 4Z0UA 4DTPA 3WNHA 4FJ7A 2OPRA 4CESA 1LWCA 4E7JA 3LAMA 4I2QA 4OKKA 3OS0A 2VG7A 3LP3A 5K14A 3O3HA 4OPJA 3S3MA 1TK0A 1KCFA 5CYQA 1QSLA 4CHQA 3KLEA 1RCHA 3PX4A 3NGIA 1RDCA 1VSFA 5CZ1A 1HNVA 4CJPA 3SV4A 3SI6A 4NCBA 4CF0A 3P1GA 4CEFA 1HYZA 2HNYA 1S6PA 1IG9A 4AHCA 3F9KA 4H4MA 5DMRA 3L2VA 1RDAA 3M8PA 3AVIA 4ZTFA 4FJJA 4RW8A 1SV5A 3SUPA 3RR8A 4FYDA 3QO9A 3AV9A 4DFMA 4KREA 3HPHA 1JLAA 4BE0A 3L8BA 4LH4A 4CGDA 1ASUA 3HO1A 5HRNA 3B6OA 1NJWA 4M3TA 2A1SA 1N5YA 1XWLA 1RDBA 3DLBA 2F8SA 1BIUA 1QE1A 3KK2A 3ZT2A 3OY9A 4W5TA 3HPGA 4CJKA 3KTQA 1U4BA 3KD1E 4W5OA 2XHBA 4PY5A 3NFAA 4Z4CA 4DSKA 2YNGA 3MECA 4E7LA 1YTUA 1WN7A 4ID5A 5JS2A 3SQ2A 4F2SA 2OYQA 5HRSA 4HUGA 4UQGA 4IG3A 4KHQA 1S1XA 3HVRA 3VQ5A 4FK4A 5J2QA 1WSIA 1X9MA 2PZSA 3AVKA 1VK0A 4OGEA 4DF8A 3RMDA 4KHSA 4M3UA 2HMIA 3TABA 4DSFA 3L3UA 3V1RA 4FLZA 1VSIA 1WLJA 4Z4HA 1UWBA 3RWUA 4CJLA 3ZT4A 5KTQA 2FBTA 3HL8A 3LAKA 3OYDA 4CIGA 3SUQA 4Z4FA 2YV0X 2X6NA 3ULDA 1CLQA 5KI6A 3CFRA 4FZXC 4C8NA 2JGUA 1KVAA 4OKJA 1KTQA 1O1WA 2ZE2A 4QOZB 1KVCA 3V9UA 4DF4A 3TR8A 1S9GA 2I5JA 3ZSZA 3VA3A 1G15A 3SYZA 4DQQA 1I39A 4DSJA 3HJFA 3K5NA 1JXEA 2X74A 3QESA 1IKYA 4KHNA 1JLCA 4DSIA 1MU2A 1RT1A 4CFCA 3ZSYA 1NK7A 3HT3A 2Y1IA 4JLHA 4Y1DA 1REVA 2DFEA 2P1JA 2P5GA 1WSGA 4B9TA 4M3YA 3ASMA 4QAGA 4DFJA 3LP0A 5HBMA 3DRRA 4CJ3A 5KRTA 3OYHA 3KJVA 1CZ9A 3CM6A 3AA5X 3P5JA 1JLBA 4FVMA 5HRPA 1TV6A 2IDOA 2F8TA 1BCOA 2HNDA 1KLMA 2LSNA 3DLRA 3NF8A 4O44A 4YNQA 3FFIA 1TVRA 4JS4A 4IG0A 3PUFA 2YNFA 4DTUA 4TSXA 5C25A 4N56A 4CK3A 4IFVA 4N47A 3AO1A 3DOKA 1FXXA 3NH0A 3HP6A 4KB0A 4PA1A 1B92A 4NYNA 4Z4IA 3QIPA 1C1BA 4KHYA 3SPZA 1BI4A 4CJEA 4JS5A 1WSHA 3SUNA 1D8YA 3C6TA 3NGZA 1T7PA 4FJIA 4J2EA 4HUFA 4E1NA 1DLOA 4CFDA 3M8RA 2ITGA 2KW4A 4O5BA 4FJ8A 2IAJA 3HK2A 1HQEA 2E6LA 5C42A 3I8DA 1WAJA 1TAQA 2QXFA 3S3OA 4W5NA 2IOCA 2PYLA 3AO5A 4N76A 3O3FA 3RRHA 2Q3SA 1FKOA 3DRPA 4FLUA 3IAYA 4I9QA 4LSLA 3DMJA 4C8LA 4KAZA 2FBYA 4FCYA 4K8ZA 4E1MA 4FJGA 1IKWA 1LWFA 4FJ9A 1VSDA 3SCXA 4J2BA 4CERA 1IKXA 4RW9A 4KO0A 4FJ5A 1BCMA 1X9WA 2W42A 1T03A 4CFBA 2Z1IA 3ALYA 3AA3A 3WNEA 4CJWA 4DFPA 3M8SA 1NK6A 4JRPA 3AO4A 3TAPA 3JYTA 3SZ2A 4FK2A 3TAMA 5J2NA 4AHSA 4NCGA 1JLEA 3PV8A 4EP5A 2ZQBA 3L2UA 3V9SA 1NK4A 1B9FA 1BHLA 2E6MA 1LW0A 5KGWA 4N5SA 2P5OA 2G8VA 3LPUA 3LDSA 1SL1A 1ZBIA 3WNGA 3K58A 4DQRA 1HMVA 4CIEA 3C95A 1WSJA 4O4GA 3KLGA 4FLTA 4QCLA 1W9HA 1T05A 4CK1A 1LWEA 4OLAA 1EETA 1KFDA 4DSLA 1TKTA 4HTUA 1ZBHA 1JLFA 1ASVA 4CHPA 2OPPA 3PX0A 4L8RB 4ZHRA 3JSMA 1BQNA 3VQPA 1U49A 4LY7A 3V1QA 3K5LA 4E89A 2WONA 3RMCA 4PWDA 2G8WA 2HHXA 2KZMA 4AHRA 2YNHA 4E19A 1Q9XA 1QSSA 3MAQA 4KHWA 3AVJA 3ZSXA 4CGGA 1LAVA 3NGYA 1QTMA 4KPYA 3L2RA 4M41A 4KRFA 4OGCA 1RNHA 4IKFA 3EY1A 4CJ5A 1TKXA 2HHUA 2Y1JA 1NJXA 3LANA 4BACA 4M3ZA 4EP4A 3O4NA 4CEBA 3RMBA 1RBUA 4M3RA 2B5JA 2GUIA 1BQMA 1JKHA 1IO2A 5FRNA 5JS1A 1DTTA 1U04A 1HYSA 1VSEA 4CGHA 4B9UA 3RTVA 5SZTA 3DM2A 3M8QA 4F2RA 1FK9A 4FM2A 1XHXA 1NOYA 4PQUA 4AHTA 2PY5A 3TAFA 3LPTA 3C94A 4ID1A 2HVHA 1XC9A 3KK1A 2HHSA 1RTIA 3ZCMA 2NUBA 4BE2A 3LZJA 3TAQA 1YT3A 4FJKA 5J2MA 1UOCA 2D0AA 3QEPA 4F8RA 4G1QA 2XO7A 4DLGA 2F96A 3P83D 4H4OA 1UA1A 2EHGA 4CK2A 4CE9A 3QNNA 1ZBFA 2JLEA 3AVBA 4GMJB 4CF8A 3V81A 4FM0A 1RTJA 1CXUA 1ZBUA 3ZT1A 3OYIA 1IKVA 1QSYA 3ZSVA 1NKEA 1HPZA 4E7IA 4B9LA 4CHOA 1SKRA 3PY8A 2BANA 1RT4A 4DFKA 4N41A 1KVBA 4KTZA 3B6PA 1DTQA 2BGGA 4B8AB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGAA 1TL3A 3HP9A 3U8XA 2E1YA 3L3VA 5DK5A 3QEXA 1NMNA 4YOUA 2F7TA 3KKSA 5KRSA 4CGJA 3AARA 1YVNA 1Q8IA 3QB0A 1YTAA 3AGRA 4X65K 4Q0BA 1GLBG 4BDYA 4A59A 4CZGA 2FBVA 1Q82O 1NJYA 4FLVA 4OPKA 2YHYA 5HP1A 4B9VA 1NGFA 5ADXH 1XNQK 1VAZA 4GW6A 3I0SA 3OS2A 3AA2A 3Q7CA 4I2PA 4LH5A 4CJRA 3EZ5A 2YI1A 1XUPO 3CYMA 4B9SA 2X78A 3IRXA 3N4QA 2IVNA 4PHTX 3EKSA 3MXIA 5JVHL 4I6MA 4OPHA 1HQUA 3CIPA 1NBWA 4BE1A 3AVNA 2GWKA 1BGXT 5AQMA 1OVYA 3ULEB 5KQDA 1JCGA 2P9UB 4IO8A 3T1YK 4B1YB 4DS4A 3LWMA 2OZMA 5CR4A 1Z05A 3SQ1A 4JI3K 5JVGL 4PUOA 3R6MA 4DTOA 3DLHA 5T7BA 4Z4EA 4DMNA 2IC3A 3TTFA 2VGMA 2HBMA 1D9FA 3E9PA 4Q5VA 3THVA 3H1VX 1JL2A 3VQ9A 2KFNA 3QFPA 4FOEA 3SK3A 1L3TA 1GOCA 3CC2N 2KFZA 3UB5A 3HTVA 4ILHA 1Z26A 2O4IA 3VETA 1QHTA 2WC9A 3NAEA 3MEEA 4QS8A 2FXUA 3D45A 2P9PB 2RKIA 2P9LA 1EXQA 3CCJN 1TUYA 4JKBA 4QS7A 4B3OA 1NK0A 4DUYK 2VG5A 2RF2A 4IDHA 1CZBA 2Q97A 1NGBA 3OBWA 5AQPA 1TKZA 4BREA 3JS6A 4FJMA 4E7KA 3TAGA 3SBGA 1W2BM 4DTJA 1NOZA 2D0OA 3AA4A 4YHHK 2NRXA 1OH5A 3ZT0A 3V9ZA 2DFHA 4CZLA 3BDPA 4C8MA 4B1VA 1T6DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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