3U6FA

Mouse trex1 d200n mutant
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
228
structure length
217
Chain Sequence
PHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENSQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQARKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGNVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 69
structure length 217
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u6fA01
3MEEA 2G8HA 4HHTA 3TI0A 4DU1A 1CZBA 3DMJA 4H4MA 3VQ8A 3L3VA 3VQPA 4QCLA 2ZD1A 1HRHA 4CK2A 4KI4A 1NK6A 1XWLA 4JLHA 1K6YA 4GVMA 5SWMA 3PX0A 4LH4A 3HPOA 1TK0A 2HW3A 2EX3A 1HQUA 5C24A 3WNGA 4FM0A 4M3RA 4CGJA 1SL0A 2GBZA 4B9NA 4CJUA 1RILA 1QHTA 4M3TA 1VSIA 5HRSA 2FC0A 4N76A 3I0SA 2KFZA 4J2AA 4CGIA 3ZSXA 3OYGA 5HROA 4AHTA 4CEDA 3RMAA 3SCXA 5CY4A 4JS4A 4HUGA 3AO4A 3K5OA 1NJYA 1VSHA 4CJ4A 1RDDA 1NJWA 1KFDA 4O4GA 4BE0A 4KAZA 4BE1A 4J2EA 4FK0A 4FM1A 5HLFA 4AHCA 4BDYA 2PYLA 3ITHA 4CJQA 3DLKA 4B08A 2Z1IA 5I3UA 3LP2A 2F96A 3QEXA 4B9SA 2F8SA 4ICLA 4LSLA 4N56A 1Q9YA 4OLAA 2XY6A 2QKBA 3S3MA 4ELUA 4CJRA 4FZXC 3EY1A 2YV0X 1XHXA 3RRHA 1WSHA 5K14A 3KLHA 1VSMA 2B6AA 1YTAA 4RW4A 3OY9A 3JYTA 4OPJA 4B9TA 2PYJA 3DLHA 1RBUA 5KGXA 1CXUA 3CQ8A 3DLRA 3VQ7A 4F2SA 2IOCA 2X78A 3T3FA 3AVKA 1NK4A 3OS1A 1KVCA 3MAQA 1SL2A 3KD5E 2P51A 3F73A 2E4LA 2RN2A 4E7LA 1RDBA 4DF4A 3SPYA 2XRIA 1REVA 2IC3A 3SV3A 4G1QA 4KRFA 3CFRA 3VQCA 4MFBA 4PWDA 3NF7A 1Z26A 3TARA 2KZZA 3U6FA 4DFPA 2G8IA 5FROA 1DTQA 3K5LA 1WSFA 2YNHA 2HNZA 5J2PA 3QEIA 1BIUA 4NCBA 4NCAA 2G8FA 3OYLA 3O4NA 4FLVA 1ZBUA 1IO2A 3KLEA 4ZTJA 1KTQA 1WSGA 3C94A 4I9LA 4CHPA 3OS2A 4DTOA 2YNGA 4DQPA 3LAMA 3SQ2A 3TANA 1RDAA 1CXQA 4E7HA 4FW1A 1X1PA 1JLGA 4PY5A 1X9SA 1EX4A 1BISA 1SL1A 4CF1A 4AHRA 3ZSZA 2HNYA 4DQSA 3KJVA 3RMCA 4CFDA 3V6DA 4DQIA 1WAFA 3HXMA 5J2QA 4DU4A 4CFCA 2RF2A 3P1GA 1IH7A 3TAMA 1HMVA 3V9ZA 2DFHA 1EXQA 3M8PA 1NJXA 4CEZA 4H4OA 5CYMA 2Z1HA 4Z4EA 4NYFA 4DF8A 3AA2A 1KSPA 1LWCA 3KLGA 3DLBA 4KO0A 1GOAA 1NK5A 5J1EA 3NE6A 3SUOA 4KB0A 4M3WA 4DFJA 1WSEA 3SQ4A 3NAEA 3SUQA 1ZYQA 3NF9A 4OKEA 3AVJA 3VQ6A 3BDPA 4CJVA 1LW0A 1VSFA 3DYAA 3VQ5A 2KW4A 5HRNA 4IFYA 2OPQA 3NGZA 3OS0A 3VQ4A 2HHVA 3QETA 3KK3A 3ZT3A 3ZSYA 1BI4A 1BQMA 4KTZA 1RT1A 5KRTA 1DTTA 1RT6A 5E41A 1JL2A 3DI6A 1NK8A 4DSKA 4KHQA 3MXIA 2BE2A 4B8CA 3SQ1A 4FLTA 2EHGA 4KHUA 4Z4HA 3TWHA 4FCYA 3DOKA 4YNQA 3A2FA 3VA3A 1J54A 3OYJA 3V9WA 3SI6A 1BI4B 2FBYA 4RW8A 1TAQA 5JS1A 4M3ZA 1B9FA 1C0MA 4CF0A 3SPZA 3MEGA 1ASWA 4DFKA 4CECA 1U47A 3VQ9A 2HVHA 3ZSQA 3SZ2A 2X6SA 4DSIA 4QAGA 4RW6A 3S3OA 2XO7A 4C8MA 4CJLA 1VRUA 3P5JA 4ZHRA 4EP5A 3NFAA 2Y1JA 3TAGA 3AVFA 5CYQA 2VWKA 4O5BA 5DK5A 4LD0A 4FK2A 3SUNA 2OPSA 2GV9A 4CJWA 5DMRA 1W9HA 4CK1A 4HVJA 2WONA 1TVRA 1QSLA 4O44A 1WSIA 1KRPA 1I3AA 4CJKA 4N47A 1BIZA 3ZSWA 4B3OA 4CJ5A 4HUFA 3QNNA 4XIUA 4CHZA 4KFBA 3OYMA 1NJZA 2PY5A 3T1AA 4KI6A 2G8VA 3K57A 3LP0A 1VRTA 4CHYA 3V4IA 1ZBIA 1ZBLA 4DQQA 1UWBA 3I8DA 4E7KA 4NCGA 2G8WA 4K8ZA 1Q8IA 1TL3A 3HPGA 1C0TA 4CEOA 1LAVA 2Q3SA 4I2PA 4CJTA 2OZMA 2O4IA 1D9FA 5CZ1A 4E1NA 3RMDA 3CG7A 1X9MA 1L3VA 1SKWA 3CM6A 1HPZA 5HRPA 2BGGA 3JSMA 1LW2A 1B92A 2VG6A 3CYMA 4R5PA 1TKDA 4W5QA 4L8RB 1FKOA 1GOCA 4KHYA 4BWJA 3OYNA 4LSNA 3CFPA 3DRPA 1LWEA 3NCIA 4FK4A 3OVNA 3K2PA 4C8NA 3HP6A 2G8UA 3AV9A 3QINA 4BE2A 2B4JA 4F2RA 3LZJA 1C1BA 3NHGA 2KZMA 1RT3A 3OJSA 1SV5A 4KPYA 3SV4A 5KRSA 1S9EA 2GUIA 1C6VA 4YFUA 3V9SA 4CHOA 4KTQA 1Y97A 1JLFA 3ZSRA 4Q5VA 1HNVA 4CHQA 4E7IA 1R0AA 1U48A 3L2UA 2F8TA 1BCOA 4CEBA 3OYEA 3TR8A 4QOZB 3QEPA 1QTMA 3V9UA 2HHXA 3HM9A 1RTJA 1HYZA 1ZBHA 3NDKA 3QNOA 3RRGA 5C25A 4CERA 3LALA 4H8KA 1W0HA 1KLMA 2XY8A 4F3TA 2HHTA 4CIEA 2VWJA 4ELTA 3LANA 3SJJA 2XY7A 3LPUA 1QS4A 2RKIA 1L3SA 5KGWA 4B9LA 4FJNA 3DLGA 1KLNA 3NGIA 2VG7A 4CGGA 1VSLA 1JLQA 4E1MA 2O4GA 2QXFA 3AO2A 3FFIA 4OVLA 3L8BA 3DOLA 4DTXA 4CEFA 2W42A 4W5OA 2B5JA 3VA0A 2VG5A 4GW6A 1IKXA 3SUPA 3QLHA 3RR7A 4FJLA 1RT7A 4DS5A 3MXJA 3O3HA 1JLEA 4DU3A 4FJ5A 4FVMA 4PQUA 3IS9A 3ZT1A 4DTMA 3AVLA 3OYHA 2DFFA 1J9AA 1RT2A 2OPPA 5JS2A 3WNEA 4FM2A 3P83D 4FZYA 4W5NA 3HP9A 4KHWA 2Y1IA 3SYZA 2ITGA 5KTQA 1ASVA 3T19A 1JKHA 3CFOA 5HP1A 4EZ9A 3KK1A 3C6UA 3G10A 4FJHA 2G8KA 2D0BA 3QEWA 1RTDA 3K59A 3ASMA 4IFVA 3LP1A 5FDLA 3PO5A 4C8KA 2E6LA 4DSLA 4CCHA 4K8XA 3ZSVA 4JS5A 3D0PA 3OYBA 3ZCMA 4IKFA 1J5OA 4C8OA 4FXDA 4OGCA 1IKWA 4CIGA 2NUBA 4EP4A 3OYIA 3LWLA 3LDSA 4FJJA 4CJSA 3WNHA 4DTRA 3MXMA 3AA5X 4M3YA 1HYSA 1U45A 3KLFA 2HNDA 1C1AA 1BQNA 3EZ5A 4AHVA 1G15A 4E19A 1S1XA 1T7PA 3HJFA 4CEEA 1KVBA 3S3NA 3KTQA 4Y1CA 3PO4A 4KHSA 1FXXA 3KKRA 1IKYA 4OGEA 3OYCA 2KFNA 3AVHA 3VQQA 1X9WA 3KD1E 3NH2A 4CHNA 1ZBFA 3ULDA 1T05A 4FJ7A 3IRXA 3K58A 3QEVA 3RMBA 1KFSA 2OPRA 4E3SA 4BDPA 1RBVA 3HT3A 2PZSA 3DRRA 4F3OA 2HVIA 2AJQA 3KK2A 1F21A 4AHSA 4CJFA 4Y1DA 4Z4IA 3NF8A 2FBXA 3AVBA 3AVIA 1L3UA 1JXBA 4I9QA 4N41A 3C6TA 1T03A 1NKBA 1S1WA 3NF6A 3TAQA 1ASUA 1JL1A 4Z0UA 4HCBA 4HCCA 1LAWA 3QERA 1XHZA 5D3GA 1BCMA 1EKEA 1SKRA 1RTHA 3F9KA 2P1JA 4DSFA 4KKOA 1B9DA 4BACA 3OYKA 2ETJA 4CF9A 2ZQBA 5HBMA 4FZZA 1RBTA 4Z4CA 3E01A 1NKEA 1Q9XA 4N5SA 4O0JA 5KI6A 5C42A 3VQAA 3TABA 4LH5A 4FW2A 1QSSA 4HTUA 1YT3A 3V1QA 3VQEA 3AO5A 4CEQA 3VQBA 3VQDA 3L2VA 2OYQA 5J2NA 4OPKA 3KKSA 1QE1A 2ATQA 1NKCA 4OKKA 4E0DA 4M42A 4AH9A 2X74A 4Z4GA 3O3FA 3MECA 1NK0A 1S6PA 1S1VA 2HB5A 4AHUA 1WN7A 4CEAA 4FJ9A 1C0UA 5FRMA 2HHQA 4M3XA 2BDPA 4EZ6A 4DMNA 2IDOA 1S6QA 4DG1A 4DS4A 1UAXA 1SKSA 3AO1A 4FYDA 3ZSOA 4FJXA 3OJUA 3V1RA 3AVMA 5CZ2A 2YNIA 1U4BA 4E7JA 3HO1A 3QIPA 4DLGA 4J2BA 4CF8A 2YHBA 1HYVA 2ZE2A 4KTWA 4DTUA 3D45A 1BGXT 1RBRA 1RNHA 1RTIA 1S5JA 3M8QA 2DFEA 3LWMA 2HHSA 5SZTA 1RBSA 4FLXA 1UA0A 1I39A 1TKZA 4RW9A 3NGYA 3KLIA 4NYNA 1KVAA 4IDKA 3OYAA 1TL1A 4CJEA 5T7BA 3HPHA 4O0IA 4FLWA 4I2QA 4W5TA 3O3GA 1J53A 5I42A 4LY7A 2E6MA 4JRQA 1XC9A 3U3YA 2JLEA 1S1TA 1TKTA 2X6NA 3BGRA 3PX4A 2DY4A 3I0RA 1L5UA 3DLEA 1NOZA 1VK0A 2KQ2A 4CE9A 4CFBA 3S9HA 3ALYA 1IG9A 2DTUA 1WLJA 2IAJA 5HRRA 3K5MA 4IBNA 1WAJA 3LZIA 2FBVA 1CLQA 1SUQA 3EYZA 3QIOA 4HUEA 4CK3A 3QESA 3PX6A 2YKMA 4OLBA 2YHAA 2BANA 2OA8A 3HL8A 4Z4FA 1A5XA 3G0ZA 4FLYA 4PUOA 3TAFA 4O55A 4RW7A 4KB1A 3LP3A 1JLBA 1RT5A 3HYFA 4Q0BA 1D9DA 3C95A 1NK7A 4CGFA 3O4QA 3RWUA 3OYFA 1U49A 1Z25A 1GOBA 4CGHA 3L2RA 4ZTFA 1YTUA 4B8AB 1L3TA 2D5RA 5EU7A 1S9GA 3OYDA 3CM5A 1U04A 3HVTA 4F4KA 1UOCA 1TAUA 3L2WA 1JLCA 1HQEA 1VSEA 3AVCA 3AO3A 2QKKA 2LSNA 1QSYA 2IS3A 3B6PA 4DLEA 3QO9A 1WNSA 1D8YA 1KCFA 3DRSA 4I7FA 4FLZA 4AILC 1LV5A 1RCHA 2FBTA 3WNFA 1JLAA 4GMJB 2HHWA 4PA1A 2RPIA 2Z1JA 3DM2A 5J2MA 1O1WA 4IG3A 1FK9A 4DTSA 4M41A 3V1OA 1UA1A 4KHNA 4CIFA 1TGOA 4ID5A 4MQ3A 4DTPA 4FJIA 4C8LA 3UIQA 3PV8A 3IG1A 1LWFA 1TK5A 2D0AA 3PY8A 1A5VA 4DTJA 4OKJA 3AVAA 3L3UA 3VN5A 1VSKA 3TAEA 1RT4A 4UQGA 4KV8A 4FLUA 1IKVA 4B9UA 1A5WA 4JRPA 1RDCA 3V9XA 4ELVA 3LPTA 2I5JA 3M8SA 3ZT2A 4CGDA 2HMIA 3IAYA 3MEDA 2D0CA 1T8EA 4WE1A 1EP4A 4B9MA 3B6OA 4DTNA 1HNIA 3NBPA 5FRNA 2IGIA 4IG0A 1JXEA 1HJRA 4CJPA 3AA3A 2XHBA 3L2QA 3V81A 1FKPA 3RTVA 1YVUA 3TAPA 1VSDA 1TK8A 2YKNA 1MU2A 4E89A 3HK2A 3NH1A 3SNNA 3U3GA 3H08A 4CFAA 3HVRA 1XI1A 2KTQA 1C1CA 4BWMA 4DFMA 3SQ0A 2Z1GA 3THVA 3PUFA 1NK9A 1N6QA 4F8RA 2HHUA 3ISNC 1BHLA 2JGUA 3LAKA 3K5NA 4FJGA 3AVGA 4FJKA 3NH0A 3HSTB 4DSEA 2OZSA 2QK9A 3KIOA 4KREA 1TV6A 3AVNA 1CZ9A 4FJMA 4ID1A 1QQCA 1S1UA 3M8RA 2R7YA 4DQRA 1TKXA 4M45A 4B9VA 4RG8A 4TSXA 2P5OA 3AA4A 4OJRA 3ZT0A 4M3UA 1DLOA 4J2DA 2WOMA 1WSJA 2A1SA 4DSJA 4FJ8A 1EETA 2XY5A 1D5AA 1N5YA 1NOYA 2P5GA 2YNFA 4BDZA 4CJ3A 3RR8A 3ZT4A 4CF2A 2A1RA 4CESA 1ITGA 4W5RA 1VSJA 1BL3A 4DWIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEEA 5AQPA 2G8HA 4DU1A 3DMJA 1TUUA 3L3VA 4BRLA 4ILGB 4JLHA 4JKBA 3ZLJA 5SWMA 3VF6A 1HQUA 5C24A 3WNGA 2GX9A 2P9LA 4B9NA 3HZ6A 3IKMA 1JCFA 1RILA 4N76A 3LL3A 4CGIA 2KHOA 3OYGA 2A41A 5EXWA 3BP8A 1YJWN 3VPZA 3SCXA 3ULEA 3CC4N 2A6AA 1RDDA 1KFDA 4O4GA 4J2EA 4FM1A 4AHCA 3E1YA 3ITHA 2BTFA 4CJQA 2Z1IA 5I3UA 2PAVA 1Q9YA 2XY6A 4BR5A 2P9SA 3H3OB 3WXKA 5FPNA 3EY1A 4X66K 3RRHA 3MCPA 5AFUA 4OPHA 1VSMA 2B6AA 1YTAA 1P90A 2I7NA 1XMQK 1CXUA 3CQ8A 3DLRA 2HF4A 2X78A 4B1XB 3T3FA 3SMPA 2RN2A 1REVA 3VTIA 2WFBA 4DV4K 3CCJN 3NF7A 1Z26A 2GEMA 4A57A 2V7YA 3B8AX 4DFPA 1VQNN 2G8IA 1NMDA 1EO1A 1DTQA 3CCSN 1WSFA 2YNHA 4WYBA 5FPEA 3THWB 1BIUA 4NCBA 5GAGP 2G8FA 3O4NA 1YXQA 1KTQA 4DTOA 4W5NA 3SQ2A 3TANA 4E7HA 4XEIA 1XMOK 3EO3A 4CFCA 3P1GA 1IH7A 1HMVA 1EXQA 3KK7A 5AZIA 4H4OA 4LC9B 3DWLA 3IUCA 1H1VA 1VQ4N 3LDQA 4Z4EA 4DF8A 1KSPA 1NK5A 3SUOA 3NAEA 3AVJA 4DUYK 1LW0A 4XH4A 3DYAA 4XH5A 3VQ4A 3ZSYA 4H5TA 4KTZA 5E41A 2FF3B 4NB4A 4KHQA 5TKYA 4NXMK 3MXIA 1LOTB 3SQ1A 1JCEA 4BVOA 4KHUA 3DOKA 1U2VA 3V9WA 5H1SQ 2FBYA 3DLLL 5JS1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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