3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
3NH1A 3OY9A 1TGOA 4KFBA 1REVA 3C6UA 2HNYA 4ZHRA 1HNVA 4NCGA 4OJRA 4FJKA 3KK3A 3MEGA 1XWLA 3VA0A 3LZIA 1IH7A 1GOCA 4OGCA 4JRPA 3K5OA 3VQ7A 4TSXA 3LWLA 3RMBA 1JKHA 3V1RA 1QSLA 4FJIA 4RW8A 4CJUA 1HMVA 5FRNA 1WSGA 2RF2A 1RT4A 3LP2A 1TKZA 1RDAA 4JLHA 4CFBA 1NK0A 4DSLA 2YV0X 3LALA 1ZBFA 3SQ2A 4AHVA 3IS9A 4BDPA 3S3MA 4I9LA 4CFAA 3OYFA 3U6FA 4CGGA 2G8VA 2P1JA 3VN5A 2QXFA 4DTXA 1T7PA 2LSNA 2Y1JA 4IBNA 4CECA 1WLJA 2FBYA 3QIPA 4ZTFA 3SI6A 3RR7A 5HLFA 4O44A 3VQEA 3NHGA 3P83D 5SZTA 5HROA 4FZYA 2HHTA 3VQQA 1CXQA 1J54A 3RMAA 2F8SA 4CEAA 1IO2A 1WAFA 1HNIA 1KVAA 3LAKA 3V4IA 2G8KA 4CF8A 1CZBA 1VSFA 4E7HA 4I7FA 2GBZA 3S3OA 4FM1A 1WSHA 3D45A 2WONA 3RTVA 4FJ7A 4O55A 4DTRA 4DF8A 4CJFA 4E19A 1L3TA 2FBXA 4KO0A 4C8MA 5C25A 4DSFA 1RT7A 1SL0A 2A1RA 4IG0A 1GOBA 1TL3A 4Z4HA 1NKEA 2YKNA 2B6AA 4E1NA 4DTJA 1EXQA 4FLZA 1TKXA 3FFIA 3HM9A 4KTZA 4M3UA 1S5JA 1VRTA 4GVMA 5J2QA 1BGXT 4E89A 4FJLA 3OYJA 2D0BA 4CHQA 3PO5A 4OGEA 3CFPA 1ITGA 3A2FA 1A5WA 4Z4GA 2O4GA 3I0SA 5DMRA 3TI0A 4NYFA 1T05A 4W5RA 3ITHA 3MXMA 3OYLA 3KD1E 2X74A 1RTHA 4DTMA 3NF8A 1JLGA 1C1AA 1JLQA 3H08A 4N76A 1QTMA 4FXDA 4KKOA 1SKWA 5HP1A 2HHWA 1HYVA 2VG7A 4BE0A 3T1AA 3HPOA 2D0CA 1HQEA 2HB5A 4LY7A 4AHRA 3K5NA 4HUGA 3ALYA 4BE2A 1RTDA 4EZ6A 4DG1A 2QK9A 3LP3A 2OZMA 4J2EA 4NCBA 1Y97A 4FLTA 4LH4A 1S1UA 4DLGA 2I5JA 3TAPA 3HYFA 4DQSA 4O0JA 3WNGA 3RWUA 4IKFA 4HTUA 4DQPA 2OPSA 1K6YA 2OPQA 4LSNA 4CGJA 3K5MA 5I3UA 2HHQA 2KZZA 5KI6A 3DM2A 4HUEA 4M42A 3CG7A 3O4NA 4CGFA 5FROA 2IS3A 2XO7A 3SPZA 4FLUA 1SKRA 3DOLA 4DMNA 4AHSA 4F4KA 1KVBA 2BANA 3L2WA 1WSFA 4FLVA 3TARA 1N5YA 2DTUA 3NF6A 4UQGA 4W5TA 3NGZA 3LAMA 3DOKA 3KKRA 4O0IA 2KFNA 2HMIA 1QSYA 3EY1A 3SZ2A 4KAZA 3VQDA 1J53A 2RPIA 4RW6A 2EHGA 3M8SA 4F3TA 1D9DA 3VQ6A 2X6NA 4F8RA 3NDKA 4DS5A 1NJWA 1XI1A 4ID1A 2OA8A 3IAYA 1VK0A 1WSJA 3V9XA 1JXEA 3OYMA 4RW7A 3ZSXA 5FDLA 2G8HA 3AA5X 4DSIA 4CJSA 3L8BA 5HRSA 3ZSQA 3SV4A 3AVNA 2BGGA 4HUFA 3L2UA 4PUOA 1ZBUA 1VSLA 4ICLA 1C0MA 3L2RA 1BQNA 4H8KA 3MXJA 3DRRA 1TK0A 1BI4B 1HYZA 3NAEA 4HCBA 5K14A 3QEVA 3U3GA 3LANA 3HO1A 1L3VA 1SL2A 3DRPA 4CJTA 3MXIA 4CJQA 3TAEA 1QHTA 1RT5A 3M8RA 3RR8A 1ZBIA 3B6PA 4PWDA 1KVCA 3K57A 1SKSA 4PY5A 4FLWA 2B5JA 1B92A 1RBSA 1RBTA 3AA2A 4AHTA 3V9UA 2VG5A 3U3YA 3NH2A 3M8QA 4CJ4A 3MEEA 1U45A 1BL3A 3OS1A 1NJXA 2F96A 4BDYA 1HPZA 2PYLA 4OVLA 4Y1DA 1S6PA 1RTJA 4CEEA 1S9GA 3OYBA 3LPTA 4M3RA 4CHNA 4DTSA 4L8RB 4IG3A 2FBTA 3G10A 1ZYQA 3NGYA 3AO5A 3THVA 1RBVA 1UAXA 3ZSRA 1WSEA 3CQ8A 1MU2A 1FKOA 3S3NA 3LZJA 4E7JA 3QEXA 1NJZA 1L5UA 3SV3A 5JS1A 3OYGA 4W5NA 3V1OA 4CJLA 1Q9YA 2VWKA 1NKBA 1L3SA 4E1MA 3VQ9A 2FC0A 1W0HA 1B9FA 4FJNA 4M41A 1RT1A 3WNHA 3ISNC 4DTPA 2D5RA 4CJKA 4DFMA 3AO2A 3ZSOA 4H4MA 4CGIA 4CEOA 4CK3A 3NBPA 3BGRA 1BISA 1NOZA 3F9KA 3KJVA 1KLNA 4MFBA 3V9SA 1LWEA 1U4BA 4CJWA 1X9WA 3L2QA 1VSKA 2KTQA 3T19A 1YTUA 4FW2A 4O5BA 3PO4A 2YNHA 3NCIA 3DLHA 4YNQA 1WSIA 5KRSA 3D0PA 4FM0A 2XRIA 4OLAA 2W42A 4FLYA 3QNOA 1A5VA 4GW6A 4F2RA 1O1WA 1ASUA 2NUBA 4CGHA 2G8FA 3AA4A 3SNNA 4FK0A 2ZE2A 3V9ZA 2JLEA 2PY5A 3OJUA 1EETA 3ZT2A 4DFPA 5J2MA 3OYNA 4O4GA 4K8XA 4J2DA 1BIZA 3VQAA 5CY4A 4HVJA 3O3HA 3VA3A 4DSEA 3SQ1A 3L3VA 3NF9A 1RT6A 4NCAA 1RDBA 4CJEA 2GV9A 5HRNA 4XIUA 4Q5VA 3HVRA 4C8OA 1EKEA 2YHAA 3QETA 3ZT1A 3PX4A 1KLMA 4OPJA 1GOAA 4GMJB 4LH5A 2KQ2A 3VQ5A 4N5SA 3NF7A 3LWMA 1VSMA 1JL1A 1YTAA 1JLEA 2HNDA 1VSIA 4KI4A 2YNFA 4F2SA 1CLQA 3S9HA 1KCFA 2E4LA 3TANA 4C8NA 5CZ1A 4CHYA 1YT3A 2R7YA 1RDCA 1KFSA 1DLOA 4FK4A 3HT3A 4B9UA 2Z1JA 3K58A 4B08A 3TAQA 3ZSZA 3AVHA 3PX6A 1QS4A 4E0DA 3F73A 1Q8IA 3RRGA 4DTNA 3SCXA 3AVJA 3L3UA 4FK2A 3I0RA 2ETJA 4HCCA 3AO4A 4KHUA 3SUQA 3PUFA 3IRXA 3EZ5A 1RILA 3CFOA 1LW2A 1ZBLA 4YFUA 4DTUA 2WOMA 3CM6A 4CK2A 4CFCA 1QSSA 4AILC 1D8YA 1S9EA 1JL2A 4DWIA 1C6VA 4QOZB 3V6DA 3V1QA 1TKTA 1KFDA 2ZD1A 3AVAA 2A1SA 4RW9A 3SUNA 1D9FA 1SV5A 4FJ9A 3DRSA 5J2NA 1L3UA 5I42A 2JGUA 4C8LA 1U48A 1W9HA 1X9SA 3HK2A 1NK4A 1A5XA 3WNEA 3LP0A 1N6QA 4B9TA 1RCHA 3AVFA 2FBVA 2DFEA 3QO9A 1CZ9A 4FW1A 3OS0A 4JS5A 3SUPA 2PZSA 4CEQA 1ASWA 3AVLA 1FXXA 3K59A 3AVBA 4JRQA 4DU3A 2OZSA 3OYAA 3VQPA 2XY7A 4KTWA 3I8DA 1VSDA 4J2BA 2ITGA 1FK9A 3JYTA 2KW4A 2HHXA 4DQRA 3ZT3A 3DLBA 4KHQA 1J5OA 4CEDA 3RMCA 1FKPA 4FVMA 3TAGA 1U49A 1IG9A 3TR8A 2XHBA 2PYJA 1UOCA 3QIOA 4LSLA 5E41A 4ELVA 4BACA 4B3OA 3KK1A 3QNNA 4FYDA 1R0AA 4OPKA 4HHTA 1KRPA 4NYNA 4CF0A 3PX0A 4Z4IA 4N56A 2HVHA 1ASVA 4CJ5A 4CK1A 4CHOA 4DS4A 4KHWA 1LWCA 3AVCA 4E3SA 4MQ3A 4B9LA 1EX4A 2BDPA 4F3OA 3M8PA 4CJRA 3ULDA 3C94A 3KLFA 3QEPA 3KD5E 1KTQA 4EP5A 4CIEA 3O4QA 4CHZA 3HSTB 3ZCMA 3KLHA 1JLCA 1T8EA 4B9VA 4OKEA 1TV6A 1IKVA 1BI4A 1DTTA 4AHCA 4JS4A 3SYZA 3TABA 1NK8A 3AVIA 4FJHA 5J2PA 2F8TA 2E6MA 1C1CA 3TWHA 1IKYA 1S1XA 2KZMA 4I2QA 3DLEA 3QERA 3HP9A 2YHBA 1CXUA 5DK5A 3NFAA 3O3FA 3QEIA 4Q0BA 3B6OA 3NE6A 4PQUA 2ATQA 3OYDA 1LW0A 3PV8A 4ZTJA 3PY8A 1LAWA 3L2VA 1Q9XA 1BQMA 3LPUA 3E01A 5HRPA 3O3GA 1VSEA 1LV5A 3T3FA 4B9NA 4QCLA 4KPYA 2Z1HA 1S6QA 2X78A 4FJJA 4IDKA 1NK6A 3NH0A 3DLGA 1QE1A 2IC3A 2HVIA 3P1GA 3OS2A 3HL8A 4M3XA 4FJMA 4OKJA 4I2PA 4FJ5A 3CYMA 3QEWA 2GUIA 1UA0A 1WAJA 1UA1A 3HPHA 2DFFA 4BWJA 2HW3A 3DYAA 5JS2A 1HJRA 2IOCA 1JLAA 1HQUA 4CEZA 4CF9A 3KLEA 1S1TA 5CZ2A 3V9WA 4RW4A 2XY6A 1C0UA 1IKWA 3KKSA 4FJGA 3OYEA 4KRFA 2G8UA 4N41A 3DLKA 4KB0A 2HNZA 4CESA 1YVUA 1S1VA 4CEFA 4CERA 5J1EA 1SL1A 2P5GA 4DQIA 2G8IA 3IG1A 4Z4FA 3G0ZA 1HYSA 5SWMA 4W5QA 1JLFA 1SUQA 1S1WA 4KV8A 4DLEA 3MEDA 3DLRA 3KIOA 4IFVA 4AH9A 1RBRA 4QAGA 4BE1A 4DU4A 2O4IA 2Z1GA 4CF2A 4CE9A 3C95A 3TAFA 1C0TA 3AO3A 4EZ9A 2YNGA 4KI6A 4FZXC 4KB1A 3OYCA 3AA3A 1Z25A 2Z1IA 4CJPA 3OJSA 4E7KA 4DSJA 2QKBA 3MAQA 4DF4A 1J9AA 1VRUA 2XY8A 4B8CA 3OYIA 2RKIA 1BCMA 4J2AA 3AVGA 3AVMA 4OLBA 2IGIA 3KLIA 1IKXA 1U04A 4M3ZA 2DY4A 4OKKA 3JSMA 1BIUA 3CFRA 3RRHA 4DSKA 4KTQA 2ZQBA 4ELUA 1EP4A 5T7BA 4CIGA 4K8ZA 3LP1A 3KK2A 3VQ4A 3KTQA 4DFJA 4H4OA 1TVRA 4CF1A 4DU1A 2G8WA 1TAUA 1ZBHA 4CFDA 3VQBA 1RNHA 3MECA 1RTIA 1TKDA 2EX3A 1F21A 3OVNA 2P51A 4G1QA 3KLGA 2Y1IA 4B9SA 4ELTA 1X1PA 3SQ4A 4DTOA 3C6TA 4PA1A 4FZZA 2OPPA 1LWFA 4CJVA 4M45A 3SUOA 4I9QA 1NK9A 1BCOA 4Z4EA 3RMDA 2DFHA 2BE2A 3K2PA 3QESA 4CHPA 2YKMA 3QINA 1XC9A 1T03A 1HRHA 4N47A 4FM2A 5CYMA 1NJYA 4M3WA 1JXBA 2OYQA 2KFZA 1I39A 3OYKA 1RT2A 1XHXA 4Y1CA 1LAVA 4E7IA 1NOYA 1TK5A 2B4JA 3SPYA 1NK7A 3ZSYA 3AVKA 3QLHA 2HHUA 4KHNA 2AJQA 1RDDA 1QQCA 3CM5A 3VQCA 4FJ8A 4RG8A 3HPGA 4BWMA 3OYHA 4FLXA 2P5OA 2VWJA 1KSPA 2HHSA 4ID5A 1JLBA 2VG6A 4EP4A 3ASMA 3EYZA 5FRMA 4FCYA 1NKCA 4KREA 1XHZA 3V81A 3BDPA 1TL1A 2QKKA 2Q3SA 3SQ0A 5KRTA 4FJXA 4M3YA 4AHUA 5HBMA 4DQQA 1RBUA 5EU7A 1G15A 1VSJA 1RT3A 1TAQA 1UWBA 1I3AA 4CGDA 3DMJA 3VQ8A 4CIFA 3DI6A 3P5JA 2OPRA 2IAJA 3LDSA 4Z0UA 3HXMA 2YNIA 3ZSWA 5C42A 3SJJA 3ZT0A 1B9DA 4B9MA 4B8AB 4W5OA 4CCHA 4C8KA 3ZT4A 4Z4CA 4IFYA 1WNSA 1BHLA 4M3TA 3WNFA 5CYQA 2RN2A 1TK8A 3HJFA 4KHSA 1D5AA 4KHYA 5C24A 1C1BA 3ZSVA 1Z26A 2E6LA 3HP6A 1NK5A 4CEBA 2XY5A 4LD0A 1U47A 4CJ3A 5KGXA 1DTQA 3AO1A 3NGIA 4BDZA 3TAMA 4DFKA 5KTQA 4E7LA 3HVTA 5HRRA 4WE1A 3AV9A 2IDOA 3K5LA 2D0AA 1WN7A 3UIQA 2HHVA 5D3GA 2X6SA 4R5PA 1VSHA 1X9MA 5KGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH1A 2GUPA 4IOXA 3R8EA 4YY3K 4FWOA 4ZHRA 4OJRA 4IEEA 3MEGA 3VA0A 4NXNK 1RDWX 1W97L 3VQ7A 1GLBG 3KZBA 4RWTA 4FJIA 2RF2A 1R59O 3ID8A 3F9MA 4DB3A 3SQ2A 4BDPA 3DJCA 2NRZA 3S3MA 3CCSN 2G8VA 4PL8A 3VN5A 2Y1JA 1NM1A 3JXUA 4CECA 4BC2A 4H0OA 5HLFA 2AA4A 4O44A 3P83D 2ZJPL 4FWQA 2HHTA 1QVGM 3O08A 1IV0A 5AQHA 3I55N 1CZBA 1EQYA 4PKIA 4BC3A 4FM1A 3D45A 2WONA 4O55A 4Y0WA 3DXKB 2EWSA 4GNIA 5C25A 1ZBSA 2A1RA 1TL3A 4Z4HA 2FXUA 4DTJA 3LL3A 4NO7A 1TKXA 2QA4N 1VRTA 4JAXA 3ZLJA 3SJHA 4OGEA 4Z4GA 4JI5K 4NYFA 1T05A 3B8AX 3VTHA 2X74A 1RTHA 3OHRA 4XH4A 4BR2A 5HP1A 2QWQA 2CH5A 5AZJB 3A5NC 3ALYA 3CJCA 4NCBA 4BR9A 4LH4A 4BQLA 5AQGA 2NZTA 4BRPA 2HF3A 3RWUA 1K6YA 4LSNA 4CGJA 3K5MA 5IT9O 2A41A 3CG7A 3O4NA 1NGIA 2IS3A 5AZIA 2XO7A 3FZKA 1SKRA 3TARA 1N5YA 1WSFA 4FLVA 2DTUA 2QW9A 3PLAA 3Q7BA 3U9ZA 1VQ4N 4O0IA 1VQLN 1QSYA 3SZ2A 5AQMA 4JK8A 4CZFA 1YIJN 4DS5A 1XI1A 5LJWA 1XNRK 2G8HA 3ZSQA 4PUOA 3FZHA 1YJ9N 3VF2A 3L2RA 1C0MA 3CJ1A 1BQNA 4B3RK 3A5LC 3LANA 4X65K 1MA9B 1QHTA 3RR8A 4PWDA 3BEXA 1KVCA 1SKSA 1RBTA 2P9NA 3MEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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