3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
4RW4A 1ZBLA 3NH0A 1TGOA 3PV8A 2XY7A 4KFBA 1ZYQA 3WNGA 5HRSA 1HQUA 4HCCA 5KGXA 3LALA 3K5LA 1J53A 1NK5A 5CZ1A 1VK0A 2VG5A 1SKSA 3B6OA 3VQDA 3DLHA 3AVAA 4G1QA 3F9KA 2LSNA 3L3UA 3QESA 4FLXA 5FRMA 1GOCA 5CZ2A 4GMJB 2BE2A 4CEZA 3AO4A 1C1CA 1RT6A 4ZTFA 2X6NA 4FK4A 1JXBA 2YNFA 1RT5A 5DMRA 3WNFA 3NAEA 4DU1A 1TAQA 3HXMA 1RTDA 1RBRA 1TK0A 3TABA 1YVUA 4DSFA 1IKWA 1B9DA 4Q5VA 1Q8IA 3ZT3A 3M8RA 4FCYA 3THVA 3K59A 4FK2A 2XY5A 3M8QA 4L8RB 4NCBA 3ZSWA 3HYFA 1W0HA 3RRGA 1RCHA 4FJGA 1LW2A 1S1XA 4DWIA 4KB1A 2BGGA 1EP4A 2AJQA 3S3MA 1SUQA 1DTQA 3KK2A 2RN2A 1VSHA 2IAJA 1S6QA 3OYCA 2E6MA 4I7FA 4CGHA 1TK5A 1ASUA 4DTSA 3DOKA 4M3RA 4IG0A 3U3YA 4CIFA 4B9VA 4M3UA 3LDSA 3AVNA 2RPIA 4KI6A 4FYDA 3C94A 1RDBA 3NF7A 4CF1A 3EYZA 4O4GA 4HTUA 3K2PA 1RBSA 3AA2A 4ID1A 3CM5A 1T8EA 4I9QA 3L8BA 3S9HA 5C25A 1JL2A 1DTTA 1TL1A 4LSNA 4UQGA 3OYFA 3LZJA 1XI1A 3H08A 3EY1A 2ETJA 1RT7A 2DFFA 2P1JA 1JKHA 3V9ZA 3I8DA 4CJVA 1KLNA 1QE1A 3OY9A 5JS2A 1R0AA 1BI4A 1TVRA 3HPGA 4XIUA 1CLQA 1NOYA 5I3UA 4LD0A 1WNSA 4E3SA 3NGYA 3WNEA 1L5UA 1IH7A 4C8NA 4DLEA 4FLVA 4OVLA 1FXXA 1NK8A 3KIOA 4CHPA 3AVJA 4HUGA 4FJIA 4DFMA 4DQRA 4AHTA 3MAQA 3K5OA 1KVBA 3PUFA 2XHBA 3AVCA 1C0UA 5KGWA 4KREA 5JS1A 1IKYA 3DI6A 1BQMA 3MEGA 4W5NA 3OYGA 2HHXA 3AVMA 4AHUA 1XHZA 3HT3A 2YKMA 3TANA 4Z4CA 2DFEA 2XY6A 1QSSA 4DTXA 1B9FA 4CF8A 2PY5A 1JLBA 4YNQA 1TK8A 4CGIA 3VQ9A 1RTJA 4MQ3A 4QCLA 2IC3A 1X9SA 3L2WA 3V9WA 3V9XA 4FZXC 5E41A 4KRFA 3LPUA 4F2SA 3OJUA 1FK9A 3M8SA 4OPKA 4DTMA 1S9EA 1LWEA 3CYMA 3OYJA 4BWMA 5HRNA 1SL0A 1RT2A 4CGJA 4OPJA 3DLEA 5EU7A 3RMAA 5CYMA 1SL1A 3ZT1A 4DTUA 1NK0A 1HNVA 4LH4A 4Y1DA 4GW6A 3AO2A 1LV5A 1XC9A 5D3GA 1VSDA 4B9MA 4BE1A 2HHWA 2RF2A 3QLHA 1MU2A 1NJWA 3LANA 1T7PA 4C8LA 3V1OA 3KKSA 2KQ2A 1UOCA 3NF8A 3P1GA 4RW9A 3VQAA 4B3OA 3LP3A 3ZSZA 1RBUA 1WAFA 1GOBA 2ZQBA 2PYLA 1WSIA 5HROA 4CJQA 1U48A 3HPHA 4J2AA 3V4IA 1ASWA 3QEXA 4E1MA 2QK9A 4Z0UA 1KSPA 1SL2A 4EZ6A 1LWFA 1WSJA 5CY4A 2IDOA 3L2QA 3LPTA 4K8ZA 1BIZA 3SPYA 4FJ7A 3NFAA 3OYAA 3PX6A 4OLBA 1CXQA 1VSFA 3RMDA 1L3UA 3TAFA 1VSEA 2YV0X 4AHRA 4CERA 4C8MA 3KLIA 3AVFA 3HVTA 4BE0A 3IRXA 2OYQA 2E4LA 1KTQA 3QETA 4FJ9A 3HSTB 4H4MA 2DY4A 4RG8A 2F8SA 4FXDA 2OPPA 1U47A 4AHCA 3DYAA 1RDCA 4CF2A 3CFRA 1S6PA 3VQ7A 3AVBA 3NHGA 1A5WA 3TI0A 3VQQA 1BHLA 4QAGA 3ASMA 5HRPA 2NUBA 3ZT4A 2G8VA 4ID5A 4CHNA 5HLFA 2QKBA 1NK6A 1UWBA 3OYBA 4O5BA 4O44A 3KD5E 4LY7A 1VRTA 5HP1A 3QEWA 4OGEA 1EXQA 2DFHA 3KKRA 2D0CA 4ICLA 4CF9A 3S3OA 1X9MA 4C8OA 2W42A 2KZMA 3V9SA 3QO9A 1S1WA 2YNIA 1N6QA 4FM0A 1TL3A 4FVMA 3PO5A 2BDPA 2HMIA 4M3XA 3AVLA 4CK1A 4CHOA 1JL1A 3KLFA 4CIEA 4CFCA 2DTUA 4WE1A 3O4QA 4W5TA 3NF6A 1WN7A 3C95A 3PO4A 4IKFA 1T03A 1BL3A 3OYNA 4BDYA 4GVMA 2EHGA 4CFAA 3SQ1A 1DLOA 3LP2A 4NYNA 4FJLA 4I2PA 2KW4A 3OYIA 4KAZA 1QHTA 2G8HA 2YKNA 4CFBA 3OJSA 2Y1IA 3HL8A 3OYHA 3ZSOA 3MXMA 2ATQA 4CIGA 3KLGA 4CEDA 2HHQA 3OYKA 1KLMA 4FLWA 2OPSA 3K5MA 3VQEA 1BCOA 2HHUA 1X1PA 1S1UA 3B6PA 1NJZA 1NKCA 1RBTA 1X9WA 4FJXA 3LWLA 4IG3A 4AHSA 1W9HA 5SWMA 3OYDA 2FBTA 4DSIA 2IOCA 4CJ4A 4F2RA 4DF4A 3TAQA 1VSKA 2PYJA 2GBZA 3IS9A 3V81A 1NK7A 4JS4A 1L3TA 4B8AB 4OLAA 4BACA 4DTOA 2B4JA 4KHSA 3SV4A 5KRTA 4E7IA 4DFKA 4O55A 1CZBA 3RMBA 5FRNA 1SV5A 4B8CA 3VQ6A 4B9UA 1SKRA 1KRPA 1YT3A 2YNGA 4FJMA 4W5RA 4B08A 1YTAA 2Y1JA 4CGDA 3NH2A 3SYZA 3DMJA 3PX4A 1HRHA 4KHQA 4BWJA 4MFBA 4R5PA 4EZ9A 4CJUA 4W5OA 4DFPA 1CXUA 4QOZB 1TAUA 3P83D 2FBXA 2G8IA 1KCFA 1BIUA 1UA0A 2IGIA 2WOMA 3DM2A 3WNHA 3AVGA 3T19A 2Z1HA 4KTWA 3NGZA 4M3YA 3UIQA 3V6DA 3QEVA 1LWCA 1WSHA 1S1VA 3VQBA 4CJPA 4KO0A 3PX0A 4DQIA 3NF9A 4DQQA 3DLGA 3VQ4A 3K5NA 3MEEA 1C6VA 5KRSA 3JSMA 4DS5A 4F4KA 3S3NA 1ITGA 1WSGA 2HNZA 3ITHA 1D9FA 2Q3SA 1U45A 2G8UA 1KFDA 3SUPA 3NBPA 1ASVA 4HUEA 4CJLA 4FK0A 1TKDA 1EX4A 3BGRA 4PA1A 2RKIA 3OS1A 2F96A 3NDKA 4JRQA 4CJ5A 1XHXA 4H8KA 4OKEA 1QQCA 3QERA 2KFZA 3MXIA 4DMNA 3ULDA 1D5AA 1NOZA 1L3SA 4CCHA 3QEPA 2VWKA 3QIPA 3NCIA 4LSLA 3F73A 3OYMA 4HHTA 3SUOA 4Z4FA 2B6AA 1RT4A 4F8RA 4CEOA 3QNNA 3VQCA 4CFDA 1U04A 3AO3A 4CEFA 4CJ3A 4CJRA 4CGGA 3CQ8A 3HM9A 3SJJA 2O4IA 1JLQA 3TAEA 3SV3A 4E19A 1J5OA 3LWMA 3K57A 4CESA 1NK9A 4Y1CA 3HVRA 3LP1A 4OKJA 4FJHA 4M3ZA 2HW3A 4PY5A 1Q9XA 4JRPA 4KTQA 1L3VA 1IKVA 5T7BA 4FLZA 2P5OA 4ZTJA 1FKPA 3LP0A 2F8TA 3OVNA 1IG9A 5J2QA 2OPQA 1RTIA 4I9LA 4CK3A 3SQ4A 2JGUA 2YHAA 3I0RA 1HQEA 3HK2A 3P5JA 4N41A 3ISNC 3JYTA 4IDKA 3VA0A 1RNHA 1ZBIA 4M42A 4CHZA 2ZD1A 3ZSQA 3AA5X 1ZBUA 5C24A 1C1AA 4CJEA 3HP9A 3NE6A 1QS4A 2KZZA 3K58A 3TWHA 4KHUA 1S9GA 3CFPA 5FDLA 2G8WA 3TAPA 4CJKA 4E0DA 2X74A 1Z25A 4KB0A 2R7YA 4CF0A 4HVJA 1Y97A 1SKWA 4CHYA 3BDPA 4J2DA 2HHSA 1O1WA 2D5RA 2EX3A 4KTZA 3ZT2A 4E7LA 4B9NA 1N5YA 3LAMA 3VA3A 4DTRA 1QTMA 1A5XA 3HPOA 4DTJA 1I3AA 1QSYA 2G8FA 1EKEA 4CJTA 2A1SA 1YTUA 5HRRA 2FBYA 4CJWA 3AVKA 3KK3A 3RR7A 2KTQA 2PZSA 1WLJA 1WSFA 4I2QA 4NCGA 4N47A 1J9AA 4DSKA 3V1QA 1FKOA 3DLRA 3O3HA 3SQ0A 2OA8A 4FJJA 1REVA 1HNIA 3O3GA 2G8KA 1JLGA 1I39A 4E89A 2YHBA 3SI6A 4FLUA 4PQUA 1LAVA 3A2FA 1UA1A 1Q9YA 4FLTA 3AO5A 3DRSA 1BISA 4OGCA 1C0MA 4CEEA 3MEDA 4CJFA 3OYLA 2XO7A 3D0PA 4K8XA 4JS5A 1BCMA 3FFIA 4DU3A 2X6SA 5J1EA 4N76A 1KVAA 2OZMA 4AILC 5I42A 3HO1A 1VSIA 2YNHA 4RW8A 3NGIA 1IO2A 1B92A 1RT1A 3ZCMA 4EP4A 4FM2A 3SZ2A 1NJYA 3G10A 3L2UA 5J2NA 3KTQA 4Z4IA 1KFSA 4CEAA 2JLEA 5C42A 1JLAA 4RW6A 3VQ8A 1Z26A 3EZ5A 1BGXT 4IFYA 3VN5A 3HP6A 2IS3A 4DF8A 3AA4A 5K14A 2FBVA 3E01A 1HYZA 4RW7A 1HYVA 4CEQA 1A5VA 4DTPA 2OPRA 5KI6A 1GOAA 3O4NA 4B9SA 2GUIA 4F3TA 1VSMA 3CM6A 1U4BA 4FZZA 4E7KA 3OYEA 4CHQA 3TR8A 2FC0A 5FROA 3AA3A 4KI4A 2HNYA 1JLEA 1D9DA 4OKKA 1XWLA 4KHYA 2I5JA 3RR8A 1TKTA 4DTNA 2Z1JA 2GV9A 4DU4A 1WAJA 4DFJA 4DSEA 2D0AA 3ZT0A 4AH9A 3SNNA 1NJXA 3LZIA 4E7JA 5J2MA 3RMCA 3DLKA 1ZBFA 1NKBA 4CE9A 2P5GA 5HBMA 2X78A 1LW0A 4TSXA 4M45A 4OJRA 3ALYA 3DOLA 2VG7A 3LAKA 3SQ2A 2XRIA 1ZBHA 4JLHA 4F3OA 1LAWA 3L2RA 3IAYA 1C0TA 3L3VA 1RBVA 2HHTA 4Z4EA 1HMVA 3SUNA 3SCXA 2HVHA 1NK4A 4NYFA 4W5QA 4BE2A 4FJKA 1C1BA 4FM1A 3G0ZA 4KV8A 2KFNA 4M3WA 1HPZA 2ITGA 4M41A 3U3GA 1HYSA 4FJ5A 4KHWA 1RT3A 4O0IA 1UAXA 3QIOA 4DG1A 3TARA 1RTHA 1VSJA 3AV9A 4NCAA 2HVIA 5CYQA 3KJVA 1KVCA 1CZ9A 1D8YA 2OZSA 1NKEA 1VSLA 3MECA 2HNDA 3QNOA 3V1RA 1J54A 4KHNA 3KLHA 3CG7A 4J2BA 2VG6A 1TKZA 4N56A 3KD1E 2HB5A 2B5JA 4FW2A 1IKXA 1JLCA 4DQPA 1RDDA 2BANA 3T1AA 3V9UA 2A1RA 1S1TA 2QXFA 4CECA 4ELTA 4HCBA 3AVIA 3L2VA 4E1NA 1TKXA 3O3FA 3TAGA 4FW1A 1RILA 3ZSRA 4AHVA 3OS0A 2Z1GA 3KLEA 4ZHRA 4HUFA 3RRHA 3ZSYA 3SUQA 4DQSA 4B9LA 3C6TA 4ELUA 4KPYA 5SZTA 2D0BA 3I0SA 2HHVA 3IG1A 3DRPA 4FJ8A 2VWJA 4PWDA 1WSEA 3RTVA 3U6FA 2P51A 4BDZA 4N5SA 4C8KA 4DSLA 3TAMA 4M3TA 2E6LA 4CEBA 3RWUA 2O4GA 1U49A 3HJFA 3D45A 1K6YA 1TV6A 3CFOA 5KTQA 4DS4A 3PY8A 4J2EA 1S5JA 1JXEA 3C6UA 1BQNA 1RDAA 2ZE2A 3MXJA 1JLFA 3ZSXA 4B9TA 1F21A 4LH5A 4KKOA 3KK1A 4Z4GA 2XY8A 4FLYA 3T3FA 4BDPA 4YFUA 1EETA 1G15A 5DK5A 4ELVA 4FZYA 4DLGA 3SPZA 4O0JA 4Q0BA 4IFVA 3ZSVA 2Z1IA 4EP5A 4CK2A 3AVHA 4DSJA 3QEIA 1HJRA 4Z4HA 3AO1A 2WONA 4FJNA 3QINA 5J2PA 3M8PA 3VQPA 3DLBA 4IBNA 4CJSA 3OS2A 3DRRA 3VQ5A 1QSLA 1VRUA 4H4OA 4E7HA 3NH1A 4PUOA 1T05A 1BI4B 2QKKA 4CGFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW4A 1ZBLA 4BC3A 2XY7A 1U2VA 3M5RA 1HQUA 1J6ZA 3GOIA 4A5BA 5KGXA 1NK5A 5AQWA 5CZ1A 1VK0A 3AVAA 4IOXA 4CEZA 2P9NB 3BZKA 1J5EK 2X6NA 5DMRA 3CC7N 4DV7K 4M7XA 3THVA 1VQ8N 3M8QA 4NCBA 3ZSWA 3HYFA 2H3GX 1RCHA 3MN6A 4FJGA 1GLJO 4KB1A 2BGGA 1EP4A 2AJQA 4BQLA 2RN2A 2OANA 4CGHA 1TK5A 3DOKA 3H3OB 4B9VA 4CIFA 4M3UA 5FPEA 3LDSA 4A2AA 4KI6A 4FYDA 3NF7A 4DKWA 1EO1A 3AA2A 4I9QA 4BVOA 3L8BA 3FLCO 1JL2A 4UQGA 3OYFA 2Q31A 1YI2N 1JKHA 4EHUA 3V9ZA 2QA4N 3ZEUA 3U9DA 2FLOA 5JS2A 1R0AA 5AQXA 4LD0A 4V19S 3BP8A 1RDWX 1IH7A 4C8NA 4B1UB 4CZFA 4HUGA 1U6ZA 3K5OA 3MN9A 2E5LK 2XHBA 2QWPA 2A41A 3DI6A 3WUHA 2P9SB 1BQMA 3SMPA 4W5NA 1C0GA 2YKMA 4Z4CA 4GV6A 1JLBA 4DV1K 1M90O 4QCLA 2IC3A 2O8CB 4A59A 3L2WA 4G9ZA 3LPUA 3CQXA 4OPKA 4DTMA 4JI3K 3ENBA 2NRZA 4BWMA 3CCVN 1SL0A 1KAZA 3U4LA 5EU7A 3RMAA 5C12A 3B8AX 2IVPA 3VESA 1LV5A 1XC9A 1VSDA 4BE1A 2RF2A 3QLHA 4C8LA 1HKGA 1UOCA 4JKHA 4A5AA 2ZQBA 2OTLN 3T1HK 4CJQA 1EWQA 4H5TA 3LDOA 4C1NK 2UYTA 3LPTA 4FJ7A 1BIZA 3TSQA 3IUCA 1L3UA 3TAFA 4CERA 4C8MA 4BE0A 3IRXA 1BG3A 1KTQA 2DY4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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