3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
1RBRA 2FBVA 1BL3A 3V6DA 1KSPA 2HNYA 3DOKA 3EZ5A 4DTRA 4E3SA 1BIUA 4DFMA 1LW0A 1EKEA 2OPPA 1VSEA 3KD1E 3H08A 1Q8IA 5KI6A 1SL1A 4DQSA 2PYLA 4DQIA 3MXJA 4JLHA 4DU1A 1NKBA 1QQCA 4RG8A 1KLMA 3V9WA 4LSNA 3SPYA 5HP1A 4CEBA 4HUFA 5J2QA 3B6OA 4PA1A 3L2QA 3DI6A 3AVJA 1CZ9A 3NF9A 1JLQA 3HXMA 1S6PA 3L2UA 1TV6A 3I0SA 1HQEA 3KK2A 2QKBA 1K6YA 3G0ZA 1NJWA 3LP2A 4JRQA 3HJFA 3IS9A 4DG1A 4FXDA 2HB5A 1TKXA 3QEWA 1VSFA 2D0AA 1GOCA 3VN5A 4RW7A 3VQEA 3RMCA 4JS5A 4KV8A 1RT6A 3DRRA 2D0CA 2Y1IA 1NK0A 4FZYA 4FJIA 1N6QA 2LSNA 3KJVA 2XHBA 4I2PA 4GVMA 5C25A 5CYQA 3DMJA 4B9TA 4K8ZA 4M3ZA 3ZT2A 1U48A 3LAMA 1L3UA 3AO1A 3DLGA 2HHUA 1I39A 3AVKA 1WNSA 3I0RA 3SUNA 2PY5A 1DLOA 1NOZA 3SQ1A 3WNFA 1MU2A 3TAGA 3AVHA 4F2RA 2JGUA 3NAEA 2BDPA 2YHBA 4HUEA 4B8AB 4Z4FA 2DY4A 1BQMA 1VSHA 3DLKA 4ZHRA 2DFHA 3KIOA 1QSYA 5SWMA 1C1BA 3OYMA 4O55A 4HVJA 3KLFA 3NGYA 4Z0UA 1FK9A 1HPZA 2I5JA 2QKKA 4J2BA 4ZTFA 1L5UA 4N76A 2FBXA 4J2EA 4KO0A 3D45A 3RMAA 4UQGA 4EZ9A 4CEQA 4DFJA 1DTTA 4CJLA 2IGIA 1JXEA 4DQRA 4FJ5A 4C8OA 2O4IA 2RKIA 1BCOA 4DSLA 3PY8A 3KK3A 4KRFA 3CQ8A 1T7PA 3THVA 4KHSA 4CE9A 2X6NA 4QCLA 4JRPA 1IH7A 1SL0A 1RBVA 4DS4A 3AVNA 4OPKA 3OYGA 3OYJA 2XY7A 1SKSA 1GOBA 5KRTA 4FM0A 4DMNA 3MEGA 4E7IA 1A5WA 2A1RA 2HHSA 3AVFA 1S1XA 5JS1A 1EX4A 1RT4A 4BWJA 3A2FA 4N47A 1T8EA 3DLRA 1NKEA 3HP9A 3TABA 3CM5A 3ZSRA 4W5QA 3NGZA 3HPHA 4CGGA 4QOZB 2YKMA 3L2WA 3OJUA 5JS2A 5KGXA 2IAJA 2OZMA 3I8DA 4CJ5A 1ZBIA 4DTJA 3SUPA 4CK2A 4FJ9A 4E7KA 4OLAA 1S9EA 1Q9XA 2E6MA 2X78A 1RT3A 3HSTB 1WAFA 1RDDA 5HBMA 3C94A 3KLHA 3SI6A 4W5NA 4ICLA 3OJSA 2ZE2A 2YV0X 2ATQA 4CERA 3OYKA 4DLGA 3SUQA 3KLIA 4PUOA 3K58A 3ZT3A 5E41A 2DFFA 2EHGA 1TKZA 2GBZA 1UOCA 3OYFA 1JLBA 4FLXA 3O4QA 1VSMA 3RRHA 1KCFA 1G15A 3K57A 2G8KA 4ELVA 4KPYA 2HW3A 4Z4GA 4Z4HA 1HYZA 4CIGA 1NK9A 4M41A 1RILA 4CEZA 3IAYA 4KB1A 4OPJA 3QEPA 2OPRA 4BDYA 3NH2A 3C95A 3NF6A 4FZXC 2HVIA 4IFVA 3PO5A 5HROA 4CF2A 3ALYA 5DMRA 2XRIA 3U3GA 1TK0A 3HM9A 1QE1A 3S3OA 3L2RA 2ITGA 4BACA 1X9MA 2HMIA 3L3VA 4O0IA 3OS0A 2NUBA 4CFBA 2E4LA 1NJZA 3LPUA 1SKRA 3P5JA 3SYZA 1NJYA 4H4OA 1X1PA 4M3UA 4DSKA 3PO4A 4G1QA 4YNQA 4KHWA 3SJJA 3O3HA 1HMVA 3K5OA 4CIEA 4CEEA 3QNNA 2KZZA 4O4GA 3JSMA 2XY8A 3TAFA 1VRUA 4DLEA 2VG6A 1T03A 4FK0A 1IG9A 3KTQA 4CJTA 4FJ7A 1RTJA 3PX0A 4Z4IA 1BGXT 1CLQA 1X9SA 3ZSZA 2OZSA 4CFDA 3M8PA 2O4GA 4CGFA 3NE6A 1TL1A 1RDAA 4I9LA 1C0MA 1S1WA 4DF4A 3FFIA 3V4IA 3K59A 3HVRA 2VG7A 3NHGA 4Y1DA 4DFPA 4CGJA 4FJXA 4N41A 1S5JA 2QK9A 1HNVA 4E89A 1VSLA 4FLYA 4HUGA 4FYDA 1BI4A 3VQAA 1XC9A 3E01A 4CJRA 1RT7A 3AVAA 3K5NA 4M3XA 4DS5A 5CZ2A 4RW4A 1S9GA 3KLEA 4FK2A 1JL2A 1N5YA 1Q9YA 2Z1GA 4DSIA 5FRNA 1HNIA 4FJNA 5EU7A 3U3YA 1NOYA 1JLCA 3VQ9A 4B9SA 3EY1A 1LW2A 3DLHA 1WN7A 2FBTA 4AHUA 4CEFA 4M3WA 4KFBA 2HHVA 4J2AA 4B9VA 4AHSA 3K5MA 3MXIA 3TWHA 3OS2A 4LH5A 3VA3A 4CJPA 1U04A 5HRRA 4E1NA 3NGIA 4CJUA 2BE2A 3RWUA 4RW9A 4CF9A 5KRSA 1RTHA 1RBTA 2P51A 4KTQA 4KTZA 3ZSXA 4DTNA 4KI6A 4CK3A 1J53A 1JL1A 3OYLA 3T19A 4OKJA 3NF7A 1C1AA 1Z26A 3QESA 3UIQA 3AVLA 4F2SA 4CJ4A 4KI4A 4OVLA 1S1VA 3DYAA 4R5PA 1XI1A 2XO7A 5CY4A 3PX4A 4B9NA 2B4JA 2VG5A 4ELUA 1LAVA 2KW4A 1VSDA 3ISNC 1C0UA 3AA2A 4FW2A 4B9UA 4OKKA 1HYVA 1RTDA 4KKOA 4GMJB 4DFKA 4YFUA 4CJFA 2Z1JA 4CGHA 2PYJA 5C42A 4BE0A 2HNZA 2ZQBA 3VQBA 4DTXA 1LV5A 3ZSQA 1BIZA 3S3MA 5HRNA 3CG7A 4ZTJA 4IKFA 3ZSOA 4KREA 3TANA 3QEIA 1KLNA 1Z25A 4K8XA 2IS3A 3VQCA 4AHTA 4PY5A 3LZIA 2YNGA 1UWBA 3CYMA 1D5AA 3L2VA 4CEDA 3S3NA 3K2PA 1NK8A 4F8RA 3AO4A 4E0DA 4H4MA 2D0BA 3CFRA 1U49A 3DLBA 3ZT0A 4W5OA 4CHQA 4OGCA 4NCBA 4CGDA 4KHUA 3M8QA 3ULDA 4LY7A 2F8TA 3AO2A 1HYSA 4CHPA 1WSEA 3ITHA 3SCXA 3QLHA 3TARA 4B8CA 3IRXA 1BQNA 1NK5A 4EZ6A 4NYNA 4C8MA 3HPOA 2FBYA 4CIFA 4BE1A 2HHQA 4HHTA 4CEOA 4F3TA 2E6LA 4Q0BA 3HK2A 1EP4A 4IFYA 3RRGA 2HVHA 2AJQA 4XIUA 1BHLA 1Y97A 1A5VA 3WNHA 4LD0A 1L3VA 1X9WA 3AVBA 1RT5A 5FDLA 3OYDA 1TK8A 1YVUA 4CEAA 4MFBA 3QEVA 4B08A 1WSGA 1KVBA 2HHTA 2GV9A 2RN2A 1B9FA 3P1GA 3OYCA 4E7JA 3U6FA 2Q3SA 3C6TA 3OS1A 1VK0A 1TAUA 1IO2A 2F96A 4KTWA 3OYEA 4FM2A 4C8NA 5I42A 3AA3A 3LALA 4LSLA 4FLWA 1UA1A 1WSFA 4CK1A 1J5OA 1SV5A 4DSEA 4FJHA 4CECA 4WE1A 3MEEA 3KKRA 1WSJA 3VQ6A 3LDSA 3V9ZA 1JLAA 1SL2A 1ZBFA 1BCMA 1IKYA 1W9HA 3QETA 4FCYA 1B92A 4B3OA 3ZSWA 1QS4A 3QEXA 1KTQA 4FJLA 4KHQA 3RR8A 3SZ2A 4HCCA 4W5TA 4M3RA 2W42A 1D9DA 1LWFA 3KK1A 1NJXA 1D9FA 3OYAA 4N5SA 4E7LA 1TAQA 4CF1A 4CJSA 4HTUA 4FLZA 3PX6A 1KFDA 3TR8A 3HO1A 5HRPA 4W5RA 1IKWA 3DM2A 3HT3A 3MECA 3K5LA 1LAWA 4FM1A 3KLGA 2YNHA 3SV4A 4DTOA 1NKCA 4AH9A 4Y1CA 4NCGA 5DK5A 1EETA 2G8IA 3VQ4A 1KVCA 4EP5A 3LP1A 3HPGA 3VQPA 5I3UA 3AO3A 4KHYA 3RMBA 3V1RA 4IG3A 3V9UA 4DQQA 3SPZA 4FLUA 4C8LA 3HYFA 2FC0A 3M8RA 4DSFA 1LWEA 4O0JA 5K14A 1SKWA 2ZD1A 4FJGA 1U4BA 5HLFA 4DTUA 3TAMA 2EX3A 4GW6A 3V81A 4F3OA 3LP0A 3D0PA 5FRMA 1WSHA 3VQQA 4M3TA 2Z1IA 3BDPA 2OA8A 1YT3A 4CGIA 2G8HA 2BGGA 1CXQA 1RDCA 2JLEA 3O4NA 2ETJA 2P1JA 4IDKA 4CJKA 3OYHA 4KAZA 2WOMA 1YTUA 4AILC 3LWLA 4CJQA 1ZBLA 3VQDA 1VRTA 4DWIA 3F9KA 3OYNA 2F8SA 1RBUA 1TVRA 1YTAA 3V1OA 2HHWA 3HL8A 4OLBA 4ID1A 4DTSA 2DFEA 1RT1A 4QAGA 3MAQA 3QNOA 2BANA 5FROA 5J1EA 1J9AA 1GOAA 1KVAA 2OPQA 4FJMA 4Z4EA 1JXBA 5KTQA 4CHZA 4DSJA 2YKNA 1TL3A 3C6UA 5CYMA 1ZYQA 3AA4A 1VSKA 4KB0A 1FKOA 2DTUA 1KRPA 4ID5A 1JLFA 4MQ3A 4N56A 4BE2A 4M42A 1ZBUA 4M3YA 5C24A 3TAPA 1IKXA 2KQ2A 3ZT4A 4L8RB 4FJ8A 2P5OA 1QSSA 1XHZA 1L3TA 4AHCA 3O3GA 3QIOA 3P83D 4CF0A 1ASWA 3LANA 3NBPA 3VQ5A 4CJEA 4Z4CA 2G8WA 4B9MA 3OVNA 3LPTA 3QO9A 4IG0A 4E7HA 1S1UA 1A5XA 4F4KA 2KTQA 1WAJA 4DTMA 5KGWA 1ASUA 3SV3A 1RNHA 3VQ8A 2D5RA 1KFSA 2KFNA 1J54A 3RMDA 3NCIA 4FLVA 1WLJA 1ASVA 4I2QA 2XY5A 4CJVA 3AV9A 5SZTA 1QTMA 3V9XA 4PWDA 3SQ2A 5J2MA 4CFAA 1XHXA 4JS4A 2OPSA 2OYQA 3HVTA 4CCHA 4PQUA 4O44A 5J2NA 3T3FA 4DU3A 4FLTA 3DOLA 2IOCA 3AVCA 1VSJA 1QSLA 3QIPA 2P5GA 3IG1A 5J2PA 1B9DA 1I3AA 3B6PA 1C6VA 1HQUA 4J2DA 4FK4A 3NH1A 3VQ7A 4CJ3A 4CESA 4CHOA 3WNEA 2KZMA 4CF8A 4TSXA 3CFPA 1NK6A 4ELTA 5T7BA 1RT2A 3AA5X 4AHRA 3RR7A 1CXUA 2VWJA 1C0TA 3DRSA 4OGEA 2RPIA 3VA0A 1TK5A 2X74A 3KD5E 3MXMA 1HRHA 3AVMA 3SNNA 3PUFA 2B6AA 4RW8A 4M45A 3L8BA 3QERA 2GUIA 3OYIA 4E19A 3BGRA 4CHYA 3AO5A 3SUOA 3NDKA 2QXFA 3DRPA 1D8YA 2X6SA 1TGOA 4CFCA 3JYTA 1UAXA 3HP6A 4EP4A 1ITGA 1O1WA 1S1TA 4I7FA 1RTIA 3S9HA 4RW6A 4DU4A 1TKTA 2RF2A 4BWMA 3CFOA 4DF8A 3ZCMA 1SUQA 2PZSA 3KKSA 2Z1HA 4IBNA 3G10A 1RCHA 3AVGA 1U45A 3CM6A 5HRSA 3ASMA 1REVA 1RDBA 3LZJA 3NFAA 4O5BA 2A1SA 4DQPA 4KHNA 1QHTA 2B5JA 3ZSVA 1FXXA 3RTVA 2XY6A 2YNFA 1NK7A 1TKDA 1U47A 1C1CA 5D3GA 2G8UA 4Q5VA 1ZBHA 3AVIA 3O3FA 4FVMA 3TAQA 2VWKA 3MEDA 4I9QA 1S6QA 4NYFA 1BISA 1JLEA 4FW1A 4BDPA 3DLEA 4CJWA 4NCAA 3QINA 2WONA 4CHNA 4BDZA 2HNDA 1LWCA 4LH4A 2Y1JA 1JKHA 3V1QA 3ZSYA 3SQ0A 3TI0A 3LWMA 3SQ4A 3PV8A 1DTQA 2R7YA 1XWLA 1R0AA 4OKEA 1CZBA 3ZT1A 1RBSA 1JLGA 1BI4B 2IC3A 3EYZA 2IDOA 2KFZA 2YNIA 1L3SA 1WSIA 5CZ1A 2G8VA 3T1AA 3WNGA 1T05A 4HCBA 3NH0A 2G8FA 4B9LA 4OJRA 3LAKA 4E1MA 4C8KA 1HJRA 4H8KA 4AHVA 2HHXA 4FJKA 1W0HA 3M8SA 1F21A 4FJJA 1FKPA 1IKVA 3NF8A 3OY9A 3OYBA 1VSIA 3TAEA 4FZZA 3LP3A 3F73A 3V9SA 1NK4A 1UA0A 2YHAA 4DTPA 3L3UA 1EXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRCA 3WXLA 3T1YK 3GDQA 1EKEA 2OPPA 3R6MA 1VSEA 1N8RO 1YHQN 1Q8IA 3EEQA 5KQ8A 4O8KA 3MWTA 3L2QA 3DI6A 1CZ9A 1T6CA 3ATVA 1QQOA 5M1OA 3HXMA 1M1KO 3L2UA 2O8CA 4JRQA 2A42A 4FXDA 2HB5A 1TKXA 1T44A 3C7NB 1GOCA 3J80O 3VQEA 5JLFA 2D0CA 1N6QA 4K8ZA 3DMJA 3ZT2A 3LAMA 5IT9O 1L3UA 3M5RA 1NGBA 3O9QA 1ATSA 3ID8A 3AVKA 1WNSA 4AQYK 1NOZA 3WNFA 2JGUA 3NAEA 4HUEA 2DFHA 1QSYA 5SWMA 1NWKA 3CCEN 1C1BA 4O55A 3NGYA 4Z0UA 2I5JA 4BR9A 1QQNA 4N76A 3D6RA 2O8DB 1TYQB 4CEQA 4DFJA 2HHHK 1JXEA 1VQKN 3SJHA 1W2BM 1T7PA 3THVA 3MX5A 4JRPA 3H3NO 2E1YA 4DS4A 3OYGA 4A59A 1SKSA 4BVOA 4JEPA 3FZHA 4ISFA 2WFBA 3AVFA 5JS1A 1RT4A 5E84A 3OA9A 1NKEA 3VESA 4I6MA 3HP9A 1NGGA 3CM5A 3D2FB 2CGLA 3ZSRA 3O9RA 5BN9A 4FWKA 2QWRA 1KAZA 4OPHA 3C6HA 2OZMA 1HJOA 4IZ9A 4JK7A 3SUPA 4CZEA 3UKRB 3OHRA 1IG8A 4GKJK 2X78A 2YI1A 1RDDA 3CD6N 3MN7A 4JKBA 3M3ZA 1R59O 4GV6A 3OYKA 3K9JA 3R1XA 3KLIA 4DLGA 3K58A 5E41A 3SUQA 2UYTA 1NM1A 1JLBA 2G8KA 4B1XB 2ASPA 4JKHA 4JKGB 4Z4GA 4Z4HA 4M41A 1RILA 4KB1A 4U7BA 3QEPA 2HVIA 4IFVA 2XRIA 3S3OA 2O8FA 4BACA 2HMIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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