3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
2QXFA 3LP1A 1IO2A 5FROA 4J2AA 4E7KA 1WNSA 5FDLA 4CJRA 3SNNA 4Q0BA 3V9UA 5D3GA 4DSFA 4CF0A 1WAJA 4DSJA 3WNHA 1KCFA 4B9NA 4KHYA 1XHXA 3L3VA 2Z1GA 3IG1A 4RW4A 4JLHA 3NH1A 4DFJA 3OYGA 3U3YA 1IKWA 3DYAA 2RN2A 1WSGA 3THVA 1YVUA 1JLBA 3SUPA 4FLUA 4GVMA 3MXMA 3HK2A 2YHAA 2YHBA 1S9EA 1I39A 5C42A 2DFHA 3CM6A 4LD0A 3QEVA 1W0HA 1KFSA 4B08A 2G8UA 4IG0A 1WN7A 1L3SA 3EYZA 1QE1A 3VQQA 2YNIA 3RR7A 1ZBHA 4OGCA 4KFBA 4DFMA 4OLAA 4O4GA 4CJ3A 3RR8A 4F3OA 1WAFA 3NF7A 4N47A 4CJFA 4Z4HA 2Y1JA 3C6UA 3QEIA 3HVRA 4E1NA 2WOMA 4AHCA 4EZ6A 2Y1IA 3KK1A 2ITGA 3DLRA 4E7IA 4DS5A 3OYMA 3WNEA 4RW9A 3VQCA 3SV3A 1KVCA 3RMBA 4FK0A 4I9QA 1TK8A 4KTWA 5SZTA 4FJIA 3AA2A 2W42A 3AO2A 2NUBA 2Z1HA 2PYJA 3KLGA 1UA0A 3SQ0A 3OYFA 3NGZA 2RPIA 1QS4A 4HCCA 3V81A 2D0AA 3V1OA 4B9TA 2JLEA 5HRRA 3RRHA 4EP5A 4W5NA 1JL2A 1BISA 3C6TA 4M45A 4KHUA 1RT5A 2ZQBA 3TAGA 3OJSA 1WSJA 3KLHA 4C8NA 3KIOA 4AHRA 3AVMA 2LSNA 3HT3A 3F9KA 3DRPA 4CF8A 2D0CA 1NOYA 1B9DA 2IS3A 4FLVA 3V9SA 4C8OA 3AVBA 3OYBA 2OPRA 1JL1A 2ETJA 4CEQA 4OKJA 5J1EA 3CFRA 3SQ2A 3L2VA 1XC9A 4QOZB 3AV9A 4E19A 4Z4IA 3HM9A 4K8XA 3QEPA 3SUNA 2ZE2A 4G1QA 1JXBA 1HRHA 2HNYA 1TKXA 5DMRA 4OPJA 3PX4A 4KI6A 1JLCA 1TK5A 4LSNA 2KQ2A 3L2UA 3UIQA 4HUFA 3B6OA 3D45A 4OKEA 1VSFA 3NE6A 1GOBA 2FBVA 3LAMA 1I3AA 1TAQA 2XY8A 4NCAA 3HVTA 3O3HA 1RT1A 4E7HA 1X9WA 1KTQA 4B9LA 4F4KA 1DTQA 4OLBA 2FBYA 3G0ZA 3HSTB 2XY7A 3HJFA 3RWUA 4KTZA 3DM2A 3LPUA 4B8CA 1NK9A 1HNVA 1K6YA 5K14A 1L3UA 4ELVA 3DLKA 3M8QA 3F73A 4FJ7A 5KTQA 1U49A 1SUQA 4I7FA 3ISNC 5KGWA 3AO4A 3CFOA 3KLFA 3RRGA 2G8HA 4DSLA 1TKDA 3DLBA 1YTUA 4FJKA 3OS0A 4PWDA 1C0MA 1HYVA 1UAXA 1WSHA 3KD5E 3DLEA 1SL1A 4E3SA 3K59A 2X6NA 3AO1A 4DQRA 1NK5A 3SCXA 1S1WA 1QSLA 2G8FA 4NCBA 1L3TA 1FK9A 1RBTA 3ZSOA 3KLEA 1JLQA 2FBXA 4CFBA 4W5TA 3NH2A 1IG9A 4KO0A 1BIUA 1KVBA 4H4OA 1HYZA 3AVKA 1S1UA 4CECA 1N5YA 4CHPA 3AO3A 3HYFA 3I0RA 2G8IA 2A1RA 1J54A 4DTUA 4CJEA 2G8WA 1TAUA 3QNOA 3KLIA 3T1AA 2R7YA 4RW7A 1FXXA 1HQUA 1VK0A 4IBNA 4CEAA 3I0SA 1XI1A 1LAVA 3ZT1A 5I42A 4DLGA 4CFAA 3AVAA 1D9DA 4I2QA 4RG8A 4DFPA 1NKEA 4FJNA 1VSMA 3PO4A 1LV5A 2DY4A 2O4GA 3QIPA 1WLJA 4DTNA 3SPYA 5FRMA 2F8SA 3ZT3A 2HNZA 3HL8A 1T7PA 3OYEA 2F96A 4CK3A 4CJQA 1JLEA 3K5MA 4M42A 1BI4A 1O1WA 3CG7A 5EU7A 4KPYA 1JLFA 1LWFA 4ZHRA 2I5JA 4CF9A 1HJRA 1JKHA 4DTMA 4FJXA 3P5JA 4E1MA 4OPKA 4CGIA 1C1AA 4CGDA 4DQIA 4M3TA 4F2RA 4AILC 1TL3A 1WSFA 2RKIA 4DS4A 2HVIA 4FLWA 2B6AA 4Z4CA 1J9AA 2ZD1A 4CEDA 3SZ2A 4E7LA 2QK9A 4FJHA 1LW0A 4F3TA 3L2QA 4CJPA 1SKRA 4DSIA 2BANA 1VSEA 3NHGA 3JYTA 5HRPA 1N6QA 2ATQA 3PY8A 1RBSA 1Q8IA 4I9LA 3VQPA 3WNGA 4CEBA 3ZCMA 1X1PA 2B4JA 4FK4A 1NJZA 1CZ9A 1BL3A 3OYLA 1TK0A 4QCLA 3B6PA 4CGJA 4FLYA 4KRFA 1IKVA 5I3UA 3V9XA 3AVCA 3HP6A 1Q9YA 1L3VA 1YTAA 2E4LA 3DRSA 3NF6A 4DU3A 3PV8A 1X9MA 1D9FA 1ASWA 1CXUA 3DRRA 1TL1A 2G8KA 2PYLA 4RW6A 1EP4A 5HBMA 3OS1A 3C95A 3QLHA 1VSLA 2YKMA 4HCBA 1T8EA 1HYSA 4FZYA 4HHTA 4BDZA 4CJKA 2VG5A 3ZT2A 2IAJA 1VSHA 3L2WA 5HLFA 2YNGA 3V1QA 3NBPA 4YNQA 2F8TA 2RF2A 3ITHA 4CEFA 4CHOA 1C0TA 4QAGA 2OZSA 5DK5A 4UQGA 2XO7A 3MXIA 3AVHA 4KB0A 2HHUA 3G10A 4DQSA 2OZMA 3QIOA 3TAMA 1U45A 1FKOA 4FLXA 2A1SA 4CJ4A 2HHWA 3ASMA 1RT7A 2OPQA 1NK0A 3AVFA 3BDPA 3VQ6A 1ZYQA 1RTHA 1Z26A 4AHTA 4CF2A 2Z1JA 1ASUA 1WSIA 3EY1A 3VN5A 1S6QA 2XY6A 1CLQA 1UWBA 1UA1A 4NCGA 3VQ9A 3K5NA 2EHGA 3V9ZA 3S9HA 3QERA 1RBRA 3NF9A 3LPTA 4AHSA 4YFUA 2E6MA 2X74A 3OYNA 3V6DA 4ELUA 1Q9XA 4IDKA 3ZSYA 3RMDA 4DU4A 2HB5A 3TAPA 5CZ1A 3U6FA 4N41A 4FM1A 4DG1A 1RCHA 3MEDA 4KTQA 2P51A 2QKBA 3OYHA 4CJSA 3TWHA 1BHLA 4Z4EA 5C25A 3AA3A 4ELTA 4FYDA 3SI6A 3T3FA 4KB1A 1CZBA 2DFEA 3I8DA 4DLEA 2PY5A 4IFVA 2HW3A 2IOCA 1FKPA 3NGYA 5JS2A 4CERA 3HPOA 4KKOA 3SJJA 3AA4A 4LSLA 1RT4A 3OYIA 3LWMA 4FCYA 2KFZA 3E01A 4OGEA 2VG6A 3AO5A 4O0JA 2HHVA 1EXQA 4MFBA 1QSSA 4O55A 4CEOA 3VQBA 1X9SA 4BDPA 3VQ5A 4CJ5A 4CGHA 1Y97A 3QINA 3PX6A 3MAQA 1R0AA 1BQNA 2HHXA 4CJUA 1U04A 1JLGA 3ZSQA 4CK1A 3QESA 1LWCA 2VWJA 3CQ8A 3SUOA 1U47A 3TAQA 3MEGA 4CHZA 1VRUA 4JS5A 1TVRA 1JLAA 3V9WA 4R5PA 4BE0A 4FJ9A 1DTTA 1A5WA 2GBZA 1TKZA 2YV0X 3P1GA 4FLZA 1J5OA 4CGGA 3LAKA 1ASVA 3NGIA 1TKTA 3LP0A 1B92A 3LALA 3QO9A 3NAEA 4ZTJA 1VSKA 2YNFA 2HVHA 1L5UA 3NDKA 1GOCA 1LWEA 4B9UA 5J2MA 3SQ4A 2P1JA 3TARA 4M3RA 3DLHA 4DWIA 3CYMA 4NYNA 2KZMA 2BE2A 1S1TA 4Z4GA 4KV8A 1HQEA 3WNFA 4C8LA 4FJ8A 1YT3A 3EZ5A 2HHQA 5JS1A 3OYJA 4GW6A 1IKXA 4CHNA 4CJLA 1B9FA 1C6VA 3AVGA 5KGXA 4BWMA 5SWMA 4C8KA 3JSMA 4H4MA 3LWLA 3QNNA 4FK2A 3ULDA 3O4QA 2OPPA 3VQAA 1HPZA 1D5AA 3SUQA 1ZBUA 4B9VA 2GV9A 3ZSXA 4XIUA 3HPGA 1S9GA 3NF8A 1U48A 4B9SA 3TABA 4CJTA 1G15A 1Z25A 1ITGA 3HO1A 3OYDA 2P5OA 2O4IA 4M3YA 1SKWA 3PO5A 3PUFA 3V4IA 3IAYA 1CXQA 3K57A 4EZ9A 1EKEA 5T7BA 3HPHA 1NK4A 4M3UA 3ZT0A 1T03A 3DOKA 4FXDA 3D0PA 1D8YA 2B5JA 4ZTFA 3LZJA 4N76A 3KK3A 4N56A 2VG7A 3QEXA 3TANA 4N5SA 4LY7A 3VA0A 5J2NA 2KFNA 1J53A 4CK2A 2G8VA 4FM0A 1KFDA 4L8RB 1U4BA 2IDOA 3QEWA 4O5BA 3OJUA 4FJMA 4AH9A 1KRPA 3KK2A 3L2RA 4J2BA 2YNHA 3HXMA 4KI4A 3LZIA 4KHSA 1BCMA 1BQMA 3TR8A 4HTUA 5J2QA 1RTDA 4B3OA 1A5XA 1A5VA 4ICLA 4BE1A 1EETA 3DI6A 1BI4B 1W9HA 4OVLA 3RTVA 3M8RA 3K5LA 4C8MA 3S3MA 2OA8A 3KKRA 3ALYA 4W5RA 4CCHA 4FJ5A 2BGGA 3LANA 5E41A 1IKYA 1RBVA 1KVAA 4PA1A 1S1XA 3OY9A 3O3GA 3S3OA 4KHNA 1T05A 4DF4A 1RTIA 3IRXA 3PX0A 2EX3A 3KD1E 5FRNA 1RDCA 2D0BA 4NYFA 4EP4A 4IKFA 4KREA 1KLMA 3K5OA 4Q5VA 1RBUA 3FFIA 3T19A 5KI6A 3DLGA 3TI0A 1NJXA 3DMJA 1KLNA 3K2PA 4ID5A 4BDYA 2VWKA 1VSIA 4DSEA 2X6SA 3AVLA 1NKBA 3SV4A 4CESA 2XY5A 4PQUA 2QKKA 2DFFA 4CFCA 1DLOA 1VSDA 3LP3A 4KHWA 1RILA 3VQ4A 3ZT4A 3O3FA 2XHBA 5CYQA 4J2EA 4FW2A 1ZBFA 3H08A 4H8KA 1HMVA 2YKNA 3RMAA 4F8RA 2FBTA 1XHZA 1S1VA 1XWLA 1JXEA 2D5RA 3AVNA 2OYQA 4F2SA 1RNHA 3L8BA 4M3XA 5C24A 1MU2A 2Q3SA 4CEEA 4DTJA 4I2PA 4GMJB 3P83D 3SQ1A 3NFAA 5HROA 4FLTA 1IH7A 3VQ8A 3LDSA 4RW8A 4TSXA 4AHVA 5HRSA 2WONA 4FJGA 3ZSZA 2PZSA 4W5OA 3DOLA 1NK6A 2IC3A 1C1BA 4OKKA 1BCOA 4HVJA 4LH5A 1VSJA 1S6PA 4DTSA 4CF1A 3OYAA 1QQCA 3SYZA 2HHSA 1S5JA 4O0IA 4E0DA 1SV5A 3CM5A 3IS9A 1REVA 3NH0A 1ZBIA 2JGUA 1QHTA 1RDDA 4B8AB 4E7JA 3VQEA 4JRPA 1NKCA 4DMNA 4FZZA 4DTPA 3TAEA 4DQPA 1SKSA 3L3UA 3MEEA 4JS4A 1RT6A 1GOAA 4CHQA 4DFKA 1NJWA 4FVMA 4Y1DA 4CGFA 3M8PA 1NOZA 3LP2A 4W5QA 4HUEA 4BWJA 4CJVA 1KSPA 4B9MA 3AVJA 1SL2A 4DTOA 4CIGA 2HHTA 1RT2A 3MECA 2FC0A 2GUIA 3VQ7A 3OVNA 3OYCA 4K8ZA 1EX4A 4ID1A 4BE2A 5CY4A 4CIEA 1BIZA 4DF8A 3QETA 3ZSVA 2E6LA 3MXJA 3SPZA 4CIFA 1HNIA 2HNDA 3NCIA 2KZZA 3AVIA 4CEZA 1NK8A 3KTQA 1VRTA 1C0UA 2Z1IA 2KW4A 3OYKA 4BACA 4DQQA 1RT3A 1C1CA 2DTUA 1LW2A 1RDBA 4Z0UA 4CJWA 5KRSA 3K58A 3HP9A 3VA3A 1QTMA 4PUOA 3U3GA 4M3ZA 4LH4A 3ZSRA 2BDPA 4HUGA 5HP1A 2OPSA 2KTQA 1RDAA 3TAFA 5CZ2A 1BGXT 3AA5X 3VQDA 3CFPA 5CYMA 3V1RA 1F21A 4CE9A 2X78A 3S3NA 4KAZA 4MQ3A 4IFYA 3ZSWA 3M8SA 4FM2A 4CHYA 3KKSA 1SL0A 4E89A 2P5GA 1TGOA 1QSYA 4Z4FA 4PY5A 2XRIA 1TV6A 3BGRA 3A2FA 1WSEA 4Y1CA 1NJYA 4IG3A 4DTRA 4FZXC 2IGIA 4J2DA 2HMIA 1UOCA 1RTJA 4OJRA 3OS2A 4FW1A 1ZBLA 4DU1A 4DSKA 4FJJA 5KRTA 3RMCA 1LAWA 4CFDA 3O4NA 4FJLA 4KHQA 1NK7A 4M3WA 4DTXA 4WE1A 2AJQA 3C94A 4M41A 4JRQA 3KJVA 5J2PA 4AHUA 4O44A 5HRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWLA 5EOYA 3FZMA 5FDLA 3CC4N 1OH7A 4MO5A 1WAJA 1KCFA 5DM6L 3CCSN 1XHXA 3U3YA 2Z1GA 3IG1A 3OYGA 1IBLK 2RN2A 1WSGA 5C12A 5DM7L 1QZ6A 3SUPA 5FLXO 3SK3A 3E66A 3QEVA 1S9EA 2G8UA 4B3MK 1L3SA 3HI0A 1QE1A 2YNIA 1NWKA 4OGCA 2GX9A 4F3OA 5LJVA 3C6UA 4KH4A 4ILHA 2DPNA 4E1NA 4EZ6A 3KK1A 4BR4A 4WYBA 4H0OA 2QEXN 4KTWA 4FJIA 3AA2A 2W42A 3AO2A 3C0BA 3SQ0A 3HZ6A 1NMNA 3NVMA 4B9TA 2D0AA 2ASPA 1OH5A 2JLEA 4IWVA 4BY9C 1BISA 1T44A 5LMNK 4KHUA 2ZQBA 4NXNK 5GAGP 3O9SA 4YOVA 3O08A 1MWMA 3F9KA 2D0CA 4WF9L 1NOYA 1B9DA 3V9SA 4C8OA 4B3SK 2BH1A 1VQ9N 3AV9A 3RSEA 1HRHA 1YITN 3AGKA 1ZXOA 4LSNA 4HUFA 3D45A 4B1YB 1GOBA 1GLJO 1TAQA 1VQ5N 3C7NA 2NLXA 3HVTA 4E7HA 4F4KA 3LL3A 2XY7A 4BRPA 4KTZA 5C2FA 4I9QA 1K6YA 2HF4A 1SUQA 4I7FA 5KGWA 4CZEA 3KLFA 4FJKA 1UAXA 1WSHA 3DLEA 1SL1A 2E5LK 4G9ZA 3AO1A 1QSLA 2G8FA 3KWGA 1FK9A 1RBTA 3BEXA 3FFKB 1IG9A 4KO0A 5LL6Z 3FZHA 2E2PA 4DTUA 4CJEA 4M7XA 4ISGA 4DR5K 2NRWA 4EHUA 4RW7A 1XI1A 4CEAA 4CBUA 4I2QA 4DFPA 1NKEA 4LF8K 2O4GA 2DY4A 3G4SN 3GDQA 4FWNA 4MDAA 1T7PA 4IJNA 1JLEA 4M42A 5EU7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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