3V9SA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (aac) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 63
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9sA00
4N76A 5KTQA 4Y1CA 1BCOA 4DTNA 2OYQA 2DFFA 4CGFA 3LANA 3ALYA 4BDPA 1JLFA 3OYAA 4JRQA 2I5JA 2GBZA 4W5TA 3OYKA 1TK8A 1LWFA 3OYCA 1C1BA 2Z1HA 3SQ2A 4FLTA 1BQNA 4KI4A 2IOCA 1RDAA 2RPIA 3DRPA 3ISNC 1NOYA 3VQEA 4KHUA 3VQ6A 1JLCA 1BQMA 1VSEA 1FXXA 2D0CA 4CJPA 3SQ0A 1TKDA 4FW2A 3ZSYA 2QKBA 1L3SA 3OVNA 1KCFA 3VQCA 4FW1A 1WAFA 1VSHA 3HSTB 4IBNA 4CESA 4CIGA 4ZHRA 4M3WA 3DYAA 3QINA 1S5JA 4M3YA 3UIQA 1WSHA 3AO2A 1HQEA 1WNSA 4CJVA 5J2MA 1T8EA 5D3GA 3QERA 1J54A 4DG1A 1RNHA 3DLRA 3OYHA 1ZYQA 4K8ZA 1RCHA 1NJXA 4Z4CA 4DTSA 1BGXT 3WNEA 1X9SA 1QS4A 2A1SA 2IGIA 3SV3A 4KHNA 3D45A 4C8MA 4CJSA 4AHCA 3KD1E 1NK5A 1IKYA 1VSFA 2IAJA 3K2PA 4LSLA 3AVHA 4ELVA 4I2QA 1DTTA 2D5RA 1X9MA 4FJNA 1REVA 1RT4A 3OYGA 1U45A 1HJRA 3ASMA 1ZBIA 4AHUA 4E1NA 1S1XA 1SKWA 4F4KA 1HYVA 2XY7A 3PX4A 4RW4A 3C94A 3IAYA 3FFIA 4IG3A 3NHGA 4FLXA 3V81A 4YNQA 3VQ4A 4Y1DA 1D9FA 2HHQA 3NGIA 1Z25A 2B4JA 4C8KA 1S1WA 2YNHA 3IG1A 1BHLA 3SYZA 3M8PA 4B8CA 4B9VA 4LSNA 3ZSXA 5FDLA 4JRPA 5HP1A 1JL2A 2DY4A 3V4IA 5HRPA 3LZJA 1CLQA 3OS2A 5J2NA 1BIUA 1XI1A 5KRSA 1WLJA 4OVLA 5KI6A 4UQGA 2DFEA 4LY7A 4DTOA 3PV8A 4BE1A 4W5RA 3SPYA 3DLEA 4Z4IA 1SKSA 4DU3A 4KTQA 4CFCA 4CE9A 4OLBA 3AVAA 1RILA 1TK0A 3U6FA 4C8OA 3I0RA 4DLEA 2VG5A 4DFKA 4PWDA 1U48A 3L2UA 4CJRA 2QKKA 3DI6A 1LWCA 3VQ5A 1KVBA 3AVGA 3AO5A 3T19A 3NDKA 3SUOA 4FJ9A 2HMIA 1RBUA 3RR7A 3ZSOA 4W5OA 1HNVA 4LH5A 4KHYA 4O0IA 1U49A 1RBVA 1UA1A 1XHZA 3CFRA 3PO4A 2FBVA 4OJRA 4CEOA 3KJVA 1FKPA 4OKKA 4K8XA 2IC3A 2FBYA 1C1AA 1F21A 1W9HA 1WSJA 3ZSZA 3SPZA 2OZMA 1X1PA 1Y97A 1ASWA 1RTJA 1VSKA 1KVCA 1TKXA 4Z0UA 4CF2A 3L2VA 3V6DA 3QEIA 4CJ4A 3SUNA 5KGXA 1WSEA 1J53A 3HXMA 3DMJA 1CXQA 3VQAA 3LP1A 4CEFA 1U47A 1HRHA 5KGWA 2ZD1A 3V1OA 4B9NA 3MEEA 3L2QA 4C8NA 4FLZA 3QETA 3L2RA 3LP3A 4BDZA 4IFVA 4Z4EA 2PZSA 4FK4A 2LSNA 1VSJA 1TKZA 4DMNA 2OA8A 4JS4A 2XY8A 2YNIA 4AILC 3K57A 3SNNA 2W42A 3QEVA 3MXMA 1LAWA 4L8RB 4FJGA 4DSIA 4E89A 3THVA 1WN7A 5I42A 4FLWA 1KVAA 3BGRA 3CFPA 3EY1A 3P1GA 2XO7A 2X74A 2HB5A 5CZ1A 4KKOA 1VSMA 4M3RA 4OLAA 3LZIA 4DTUA 4PA1A 5DK5A 1C6VA 1KSPA 3RMDA 4DS4A 3M8RA 1EP4A 4AHVA 3U3YA 3M8SA 3S3OA 3HO1A 4PUOA 4ELUA 4CEEA 4DLGA 4DFMA 1ZBFA 3NF8A 5C24A 1WAJA 3S3MA 3AVNA 1UWBA 1NK0A 4FM1A 3PY8A 5C25A 3KLGA 2ATQA 3T3FA 4R5PA 3NF6A 1KLNA 3AVJA 4AHSA 2QXFA 2YHBA 5JS2A 4AHTA 4FZYA 2B6AA 4TSXA 4BWMA 2GUIA 4CF1A 1DTQA 1NK4A 1A5VA 4CEAA 3RWUA 1S1VA 2YKNA 4G1QA 4CJEA 3LPUA 4RW9A 4RW8A 2G8VA 4KHSA 1RDCA 1WSGA 1RTDA 4DS5A 2B5JA 2YHAA 4FJ5A 4KAZA 3LAKA 2VG6A 1SL1A 1VSIA 4O4GA 3K58A 3IS9A 3JSMA 5CZ2A 1LW0A 1IKWA 4RG8A 4Z4FA 4NCGA 4CFBA 1HNIA 2E4LA 3E01A 3TARA 3MEDA 4FJLA 1XC9A 2R7YA 4KHWA 4N5SA 3SUPA 2JLEA 4GVMA 2RF2A 3SJJA 2RKIA 3LWMA 4KV8A 3WNFA 1QHTA 2BDPA 4E7HA 3ZT4A 2P1JA 1T03A 3AA2A 1XHXA 3QESA 3SQ4A 4CCHA 5JS1A 2WOMA 1C1CA 3PX6A 1S1TA 3OS0A 1NK6A 4Q0BA 3WNGA 3EYZA 4KRFA 3KKRA 3VQBA 2OZSA 2E6LA 1MU2A 3OS1A 3OYIA 3PX0A 3RR8A 1EETA 1Z26A 4I9LA 4NYNA 4DU1A 4O5BA 4B3OA 1I3AA 3TR8A 1S9EA 3U3GA 2DFHA 2ITGA 3TAGA 3AVCA 3KKSA 3MECA 1SL0A 4DWIA 1RTIA 4MQ3A 5SWMA 1LV5A 4BACA 2KZZA 3VQ9A 2YNFA 4N56A 3NH0A 3D0PA 3TAFA 3VQDA 4W5NA 4PY5A 1WSIA 3DRRA 3P5JA 4AH9A 4H4OA 4J2AA 2Z1GA 3ZT0A 1UA0A 4C8LA 2Z1JA 2DTUA 1RDDA 1T7PA 3NGZA 4DTXA 4CGIA 4OPJA 4BWJA 2EX3A 1U04A 3NCIA 3AV9A 2EHGA 2O4IA 4CGHA 3O4NA 1Q9XA 3HJFA 2KTQA 4F3OA 3KK1A 2NUBA 3S3NA 1HYSA 1C0TA 1JXEA 1RT1A 4OGEA 4W5QA 1NKBA 4E7KA 5HRRA 5CY4A 3LWLA 3ZT1A 3DLHA 4FXDA 3L8BA 4H4MA 4CK2A 1ASUA 5FROA 3KK3A 3HM9A 3ITHA 4E7JA 4DF8A 1D9DA 2G8FA 1NKEA 3I8DA 1HMVA 1RBSA 4CJ3A 2HNZA 3ZT3A 3K5OA 3C6TA 2RN2A 1BIZA 3EZ5A 4ZTJA 3K5NA 3HP6A 3NFAA 1LW2A 4CFDA 4CIFA 3LP2A 1RT6A 1FK9A 1LWEA 1NJWA 4M42A 2XRIA 5FRNA 1RT5A 4DQIA 3LALA 5T7BA 2A1RA 3QIPA 1JLQA 2F96A 4CJQA 4HUFA 1J5OA 3V1RA 3AA3A 4FLVA 1HYZA 4EP5A 4KREA 3A2FA 1UOCA 4ICLA 5HRNA 3L3UA 2BANA 4HUEA 4B9MA 2HHWA 1ZBLA 3K5LA 2AJQA 2FBTA 3LDSA 5J2QA 3ZCMA 3CM6A 1JLEA 1YTAA 3DOKA 4I2PA 4CHOA 3F73A 3B6PA 1KRPA 4KFBA 2XY6A 3O3HA 2Y1JA 4Z4HA 3K5MA 2HNYA 3L2WA 1S9GA 3RTVA 4F8RA 5FRMA 1TAUA 3KLIA 3VQ7A 1D8YA 2ETJA 2IDOA 3ZSQA 1NKCA 4FJHA 1KLMA 3TABA 4PQUA 2HHVA 3HPOA 3QIOA 3HP9A 1FKOA 3AO3A 2YKMA 3QO9A 3AO4A 4M41A 1IKVA 1CXUA 2X6NA 3TAQA 4CFAA 3ZSVA 3G10A 1JLGA 4FJXA 3K59A 4IDKA 1N5YA 3IRXA 1G15A 4FVMA 3VA3A 3KTQA 4ELTA 3F9KA 2F8SA 3ZSRA 3RMBA 4CGDA 1RT2A 3HVRA 3V9UA 1QTMA 1SV5A 2HHTA 3O4QA 1GOAA 1IO2A 4B9UA 3RRHA 4ID1A 1C0UA 1X9WA 4HCBA 2OPRA 1TAQA 4HHTA 4E3SA 3RRGA 2HHSA 4CHQA 3NH1A 3P83D 3ZSWA 1S6QA 1NJYA 1TV6A 1K6YA 4FM2A 3MEGA 1KFDA 1YT3A 3TAMA 1C0MA 3TAPA 1IG9A 4B9LA 4DTPA 3RMAA 3OYNA 3MAQA 4DFPA 5K14A 1RT3A 4FJJA 4CGGA 3JYTA 3DLKA 3QEPA 4LD0A 4M3TA 4F2RA 1B92A 4NYFA 2BE2A 4CEZA 4M3ZA 4FJ7A 3QNOA 3OY9A 4M3XA 4FLYA 1IH7A 2GV9A 3H08A 1QSLA 2X6SA 3AVMA 4KHQA 4GMJB 1JLBA 4BDYA 5HBMA 3NAEA 4CF0A 1B9DA 5E41A 3SI6A 4I9QA 5DMRA 5I3UA 4E19A 1Q9YA 4F2SA 1NK9A 2WONA 3VA0A 4I7FA 4HUGA 2HNDA 2PYLA 4IFYA 4DSKA 2FC0A 3NF7A 4N47A 1VK0A 4O55A 4CHYA 4M45A 3AO1A 4CK1A 2G8KA 3CG7A 3OYFA 1NOZA 3NGYA 3AVFA 2P5OA 4M3UA 1Q8IA 2KFZA 4XIUA 1J9AA 1GOBA 1TL1A 1UAXA 1A5WA 3NF9A 3SQ1A 3LP0A 3HK2A 1HPZA 4CF8A 4IKFA 4CEQA 3KLHA 3QNNA 5CYQA 1EX4A 4OPKA 4CEBA 3KK2A 4CJLA 3TI0A 4FJIA 3NBPA 3O3GA 2Z1IA 4DTJA 3KD5E 4FJ8A 4FYDA 3OYMA 3ULDA 1BI4A 1QQCA 1VSDA 3DLGA 2BGGA 3DM2A 1TK5A 2QK9A 3O3FA 1JKHA 2X78A 4RW7A 3OYJA 1L3VA 1NJZA 1L3TA 1W0HA 2KW4A 2KQ2A 1B9FA 1ZBUA 4CHZA 4J2EA 4FLUA 2P51A 1SKRA 4AHRA 4CJFA 3B6OA 4IG0A 1VRUA 3OJUA 4B8AB 4O0JA 3OYLA 4E7IA 1RDBA 4DQRA 2OPPA 3QEXA 3KLFA 3S9HA 4CJ5A 3V9WA 4QAGA 4DTMA 3OYBA 1TVRA 3PUFA 4CGJA 1QSYA 3NH2A 3C95A 1QE1A 4FCYA 4F3TA 1DLOA 3RMCA 3SUQA 3LPTA 1YVUA 1TL3A 4B9TA 2G8UA 1HQUA 3VN5A 4JLHA 3AA5X 3LAMA 4DU4A 2OPQA 3SCXA 2KZMA 1BISA 1S1UA 1XWLA 1VRTA 3QLHA 4CECA 4HTUA 1T05A 1QSSA 4FZZA 4DFJA 3V1QA 2HHUA 1BCMA 4KPYA 2PYJA 2HVHA 3BDPA 1VSLA 1RTHA 1CZ9A 2D0BA 3MXJA 2Y1IA 4H8KA 1RT7A 2O4GA 1N6QA 2P5GA 1IKXA 4E1MA 2VG7A 3DLBA 1O1WA 4J2DA 2YNGA 3OYDA 2HVIA 3C6UA 4KO0A 4EP4A 4KB1A 5HRSA 4FJKA 1RBRA 3PO5A 1SUQA 3VQPA 4GW6A 5EU7A 3V9SA 1RBTA 4CK3A 1JL1A 4KB0A 1BI4B 4CHNA 4DSLA 4O44A 4FZXC 4OKEA 4FK0A 4B9SA 1NK8A 4CF9A 4HCCA 4Q5VA 4RW6A 1ASVA 4CEDA 2E6MA 3ZT2A 4DTRA 1L5UA 3HT3A 2VWKA 4LH4A 4KTWA 2ZQBA 4CERA 4CIEA 4J2BA 3WNHA 4EZ6A 1KFSA 3HPGA 4QCLA 4BE2A 4DF4A 2VWJA 4ZTFA 4FJMA 5HROA 3TWHA 2ZE2A 1GOCA 1R0AA 2FBXA 1BL3A 3CFOA 3HPHA 3MXIA 2G8HA 3QEWA 3V9ZA 1TGOA 1LAVA 1TKTA 1EXQA 4OGCA 4E7LA 1WSFA 1SL2A 3T1AA 3G0ZA 3M8QA 1S6PA 3KLEA 3TAEA 3OJSA 4CJWA 1ZBHA 4JS5A 4N41A 5SZTA 3KIOA 3CYMA 3SZ2A 1A5XA 4WE1A 4CHPA 4FM0A 3VQ8A 3DRSA 4Z4GA 5HLFA 4CJTA 4KI6A 1JLAA 4QOZB 4DQPA 2XHBA 1D5AA 4BE0A 3HL8A 3HYFA 2D0AA 4DSEA 3HVTA 4CJUA 1YTUA 3L3VA 2XY5A 4MFBA 3AA4A 3AVBA 1CZBA 1ITGA 2YV0X 4E0DA 5C42A 4DSJA 4DQSA 4OKJA 5J1EA 2G8IA 4DSFA 3AVLA 1L3UA 2JGUA 2F8TA 3I0SA 1EKEA 4HVJA 1JXBA 3NE6A 4KTZA 3SV4A 3AVKA 5J2PA 3TANA 2OPSA 3V9XA 3CM5A 4CJKA 1U4BA 2PY5A 2IS3A 3CQ8A 1KTQA 4DQQA 4NCAA 3OYEA 4FK2A 2HW3A 2HHXA 1I39A 4B08A 5CYMA 4YFUA 2G8WA 4EZ9A 2KFNA 4NCBA 3AVIA 3DOLA 1NK7A 3VQQA 2Q3SA 4ID5A 5KRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZJQL 4N76A 5KTQA 3UKRB 4CZIA 3UKUA 2DFFA 1IG8A 4XH5A 3LANA 1JLFA 1ATNA 5GAGP 3LDLA 4O8UA 4W5TA 3OYKA 3OYCA 3MCPA 1SQKA 3SQ2A 2VCPA 4FLTA 3CJCA 2RPIA 1NOYA 3ISNC 1JLCA 1VSEA 2D0CA 3EL2A 4YDUC 1TKDA 4FWMA 4H5RA 3ZSYA 3CCMN 1WAFA 3HSTB 4IBNA 4M3WA 1S5JA 3UIQA 1T8EA 5J2MA 5E26A 4BRQA 4B1UB 1J54A 4DG1A 1RNHA 3DLRA 1ZYQA 3OA9A 3J7ZO 2UXDK 4DTSA 3WNEA 4BRNA 2A1SA 4KHNA 2GEMA 4JI2K 3GL1A 1VSFA 3K2PA 1T44A 1I94K 3BZKA 5FPEA 1W2BM 2AA4A 4GV3A 1NU0A 3H6EA 3ASMA 2P9IB 5M1KA 2HF3A 3C94A 3V81A 4YDUA 1KD1O 1S1WA 2YNHA 5ADXA 1RDWX 3P39A 4QS8A 3A0IX 4JKAA 4OPAA 4GVEA 1WLJA 4UQGA 5GAHP 4BE1A 1WB9A 4LFBK 3I0RA 2VG5A 4PWDA 4MO4A 1KVBA 5B8HA 4GKKK 1IBKK 3K0SA 2F9WA 2HMIA 4W5OA 1RFQA 1U49A 3CCJN 1XMQK 2FBVA 1FKPA 4OKKA 4NXMK 4K8XA 3SPZA 1W9HA 2OZMA 1X1PA 3G6EN 1VSKA 5EX5A 4CJ4A 5BRFA 5KGXA 4CZKA 4CEFA 1HRHA 5KGWA 3A8YA 1N36K 3T1YK 4B9NA 4FLZA 3LP3A 4BDZA 4IFVA 4DR6K 4DR7K 3THWB 4JS4A 5AR0A 2XY8A 4AILC 4DUZK 3SNNA 5BPLA 2UXBK 3EZWA 4FVUA 4DSIA 2YCHA 5I42A 3BGRA 3EY1A 4DHYA 3VEXA 3RMDA 3S3OA 1EP4A 4WFNL 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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