3V9UA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aat) with two mg in the active site
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 68
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9uA00
1XWLA 3QEPA 1RBSA 2HVIA 4E7HA 4PQUA 1JXEA 1WAFA 4KV8A 5J2MA 3SNNA 4M3ZA 3ZT3A 4PA1A 3ZSZA 1HQUA 4DSJA 3HL8A 3DLKA 5CZ1A 3LP0A 2HNDA 4Y1CA 3SUOA 4FJLA 3U3GA 4Z0UA 4LSNA 2HNZA 5JS2A 3LWLA 3ASMA 2IAJA 1SUQA 3NF9A 3JSMA 3V1RA 1NJXA 5SZTA 2VG5A 3SV3A 4H8KA 3F73A 4XIUA 1VSLA 3OYJA 2XY7A 3RR7A 1BCOA 4FW2A 4BDYA 4UQGA 3PO5A 5KI6A 5HP1A 3CG7A 3MEGA 4B9VA 2F8TA 3HP6A 4CF0A 4JS4A 1RT5A 3K5MA 4EP5A 1WSEA 4F3TA 1HQEA 3QIPA 4NCGA 4CEEA 2HHXA 4CJRA 1EETA 1WAJA 1ASVA 2EX3A 3AA4A 3O4QA 4KKOA 3K5OA 3ZT1A 3QIOA 5KGXA 3C94A 3KLIA 3L2VA 1EX4A 1EP4A 3CYMA 4CGHA 3AA2A 1SL2A 2X6SA 4CEDA 3KLHA 1FKOA 2JGUA 4CCHA 3AVIA 4J2EA 4DWIA 4CEZA 1EKEA 1A5WA 1JKHA 4FVMA 3AA5X 1DTTA 4IFVA 4E7IA 3LPUA 5FDLA 4HCCA 4B9UA 2YNIA 5I42A 5E41A 1REVA 1WNSA 5HROA 1QSSA 4ELUA 1TL1A 2Q3SA 4KTQA 3AO4A 3NH0A 4DS4A 3MECA 4FW1A 3LZJA 4Z4GA 4CEOA 3L2RA 1BHLA 4E89A 1SV5A 4GVMA 3HSTB 4Z4EA 1BIZA 2YNGA 3HYFA 4QOZB 3KKRA 3DM2A 2HHTA 1WSFA 1QHTA 2IC3A 3MEEA 3MEDA 1UWBA 5FROA 5J2NA 1X9SA 4OKEA 3WNHA 1NJZA 3M8PA 4CHOA 1S1WA 4I2PA 4JLHA 1YTAA 1NJYA 1IKYA 3RRGA 4YNQA 1CXUA 4CJQA 3LZIA 3SYZA 3VQQA 4QCLA 2RKIA 1SKSA 2ETJA 4FK2A 3QETA 4OLAA 4FLXA 4ZTFA 1L3VA 4CFCA 2QKBA 2D0BA 3NH2A 1RDAA 3SQ0A 4N5SA 4MQ3A 3OYKA 3LWMA 4IKFA 4DU3A 3CM5A 3MXMA 5EU7A 3JYTA 4RW6A 3RMBA 2AJQA 3TABA 1WSGA 1WSJA 3S9HA 4LY7A 3K58A 4DF8A 3PX0A 2A1SA 3K2PA 3AVLA 1YT3A 1VK0A 1S6QA 3L2UA 3OYNA 1NOYA 3BGRA 1U48A 4FJXA 2RN2A 3AO2A 1S9GA 1RT1A 1LAWA 1Z26A 4C8LA 3VQ4A 1U47A 1KRPA 3OJUA 3ZSRA 3L3UA 3IS9A 1A5XA 3NE6A 3SUPA 3T1AA 2VG7A 4AH9A 4M3YA 1VSFA 2QXFA 4PUOA 4BACA 3ALYA 4C8MA 1SKRA 4F2RA 5FRMA 3HM9A 2HHSA 4DG1A 1TAUA 4OKJA 1C1BA 1HJRA 1WSIA 4QAGA 5J1EA 2DFEA 1QS4A 3CQ8A 4DTPA 2BDPA 3O3HA 4N56A 3SJJA 3I0SA 4BWJA 1ASWA 4NYFA 4OKKA 3KK2A 5D3GA 4JRQA 4B9TA 1YTUA 4FXDA 4DQIA 2VG6A 4DSLA 4CIGA 3THVA 1RT2A 1TK0A 1Q8IA 3OYAA 2B5JA 2KQ2A 1YVUA 3T3FA 1XHXA 3PY8A 2O4IA 3KD5E 2OZMA 3LAMA 1KVAA 1I39A 4DTNA 2JLEA 4CF8A 2YHBA 2HB5A 1JLFA 4NCAA 4YFUA 4KAZA 4OVLA 4RG8A 4AHRA 2XY5A 2X74A 3M8QA 2B4JA 3QO9A 4CJLA 3HXMA 3MAQA 3K57A 3K59A 1S9EA 3TWHA 4DFPA 1JL1A 1QQCA 2QKKA 4J2BA 3VQ7A 4O0IA 4KHYA 5FRNA 3LAKA 1B9DA 1N5YA 1RTIA 1IO2A 2Z1GA 3AVJA 1J5OA 4FJ9A 3NH1A 4ID1A 4F2SA 1RILA 2G8IA 4DSEA 3ZSXA 1MU2A 4CECA 3V9ZA 1KFSA 5SWMA 4EZ6A 3SV4A 2PYLA 4FK4A 1J9AA 1KLMA 3RMAA 1T8EA 4BWMA 4W5RA 4DF4A 3VQ5A 4B9NA 3ZSVA 3S3NA 4KPYA 5T7BA 4FJNA 2ATQA 3EY1A 1JLBA 2P51A 4BE2A 3RRHA 3V9WA 2FBXA 3CFOA 1NK8A 3QNNA 3HVTA 1QTMA 3VQCA 3PV8A 4CF2A 2XY6A 1WSHA 4ID5A 3SUQA 4LD0A 4RW9A 3QEWA 4CJUA 1NK6A 4KFBA 4CHQA 3PX6A 2G8KA 2FBYA 3VQ9A 2FBTA 1S5JA 2Z1JA 2ZQBA 3NGIA 1UA1A 4FJMA 2F8SA 1CZBA 1GOBA 1C1AA 1RT3A 3AV9A 4M42A 3QEVA 3ZT4A 4E7KA 2X78A 4FZXC 4W5TA 4BE0A 4O55A 3V4IA 1XI1A 3BDPA 3AVFA 2Y1JA 4AHCA 1TKTA 3SCXA 3SUNA 4Q0BA 3NAEA 3DRSA 3L2WA 2I5JA 3EZ5A 3ULDA 3NF8A 4DTUA 3SI6A 3TAPA 1ZYQA 1VRUA 3ZCMA 1CZ9A 4JRPA 1NKEA 1BI4A 1GOAA 1QSYA 2PYJA 4CGIA 4OLBA 1RTJA 2FC0A 2PY5A 2YV0X 1KLNA 3OYLA 2W42A 1FK9A 4O44A 4DTJA 3C95A 4OGEA 1BI4B 4HUFA 4CJ3A 1HYZA 1TKXA 3TAFA 1Z25A 4CESA 1CLQA 4B9LA 1D9DA 3QERA 4CIFA 1HYVA 3L8BA 1NKBA 3PO4A 4FJ5A 1WLJA 5CY4A 2IOCA 2RF2A 4LSLA 1NK9A 2GUIA 2KFNA 1TL3A 1NKCA 3IAYA 2OPRA 4Z4CA 4CJFA 4AHVA 4CFAA 4DTRA 2YKNA 1HNIA 1LW2A 1S1VA 4KHUA 1NK5A 1WN7A 3K5NA 4Y1DA 1D5AA 2YKMA 3WNGA 1S1UA 3KK1A 3NHGA 1BCMA 3TAEA 1R0AA 3AVBA 5I3UA 3OYGA 4EZ9A 4CFBA 3DLGA 4DU4A 3RMCA 3TARA 3UIQA 2HW3A 1TGOA 3SPZA 3DMJA 3OYIA 4FLWA 1TKDA 1RDCA 3V1QA 1UA0A 4CJKA 4IFYA 3ZT0A 4B8CA 3DOKA 4CGFA 4H4OA 4KI4A 4CEQA 3D45A 5HBMA 1ZBIA 1ZBHA 3DLEA 4L8RB 3L2QA 3DRRA 3NBPA 3NGYA 3DLRA 3KLGA 3OYBA 3QINA 4DQRA 3DYAA 1BGXT 1S1TA 2LSNA 3OS1A 3ZSOA 4DMNA 1C6VA 1RT6A 3TAQA 2KTQA 1BISA 1X9MA 5KRTA 4CJ4A 5DK5A 2A1RA 2D0CA 3ITHA 1KCFA 1S1XA 1IKXA 4FLTA 4EP4A 4DQSA 2E6MA 4DQQA 4E3SA 2OA8A 1QSLA 2E6LA 4CHPA 4IG3A 1VSIA 4O0JA 3U3YA 4BDPA 4Z4FA 3OYMA 5HRSA 4CHNA 4Z4IA 4HCBA 1X9WA 4DLEA 4CJ5A 4B9SA 4F3OA 4PWDA 1LWEA 4CGJA 5J2PA 3VQ8A 1TVRA 1VSKA 3VQ6A 1Q9YA 2DTUA 4KREA 1RTDA 4FZYA 4CK2A 3I0RA 3HPOA 1TK5A 3B6OA 1ZBUA 4HVJA 1J53A 1U45A 2Z1HA 1L5UA 4M3UA 3U6FA 3F9KA 1JXBA 1U49A 5CYQA 3SQ2A 3OY9A 1IKWA 4E7LA 4DSKA 1NJWA 4KI6A 4W5NA 4O4GA 4CJWA 1JLEA 4HHTA 3NDKA 1LAVA 1JLQA 3AO5A 4M3RA 4DFKA 1NK0A 1F21A 4FJ7A 1UOCA 3NF6A 2HHVA 3I8DA 4DS5A 2G8FA 2FBVA 2WOMA 2G8WA 3DLHA 1RT7A 4LH4A 4AHTA 3DRPA 3PX4A 4W5QA 1RBVA 4FYDA 2IGIA 3C6UA 3AVCA 3ZT2A 3G10A 4RW7A 1X1PA 3ZSWA 4DQPA 4KHWA 3LP1A 3MXJA 3ISNC 1D9FA 1TV6A 4NCBA 4FJKA 3VQDA 3HVRA 2ZE2A 5C25A 4FLZA 1K6YA 2P1JA 3M8RA 2YHAA 1BIUA 1U04A 4AILC 3V1OA 4RW8A 5KTQA 4AHUA 1KSPA 4KHQA 4DSIA 4KO0A 3ZSQA 3AVNA 3KK3A 4RW4A 1RBRA 1T05A 2OZSA 3HP9A 4M3TA 1O1WA 1RT4A 3RR8A 2P5OA 1VSDA 3LPTA 4JS5A 3RMDA 1J54A 2GBZA 2P5GA 4C8KA 1UAXA 4KB0A 2KZMA 3TAMA 4OPJA 4FM2A 1IG9A 4KHNA 3SZ2A 1ITGA 1TKZA 1Y97A 4OJRA 4CEFA 4FM0A 1D8YA 4M3WA 2HVHA 2DY4A 2EHGA 4CJTA 4CERA 3KJVA 3CFRA 2VWJA 1VSEA 4KHSA 1JLCA 3P83D 3KLEA 3QNOA 2G8UA 4MFBA 1KTQA 2VWKA 1SL1A 5HRPA 2E4LA 4Z4HA 3OYFA 1C0UA 2B6AA 4FLVA 1IKVA 3HT3A 3TI0A 1C1CA 2G8VA 1HYSA 4W5OA 2WONA 5HRRA 2IDOA 5KRSA 3LALA 4LH5A 3QESA 4K8ZA 3OYHA 3QEIA 3HPHA 4E1NA 2R7YA 3HK2A 1W0HA 3RWUA 4J2DA 3OJSA 3QEXA 2OPQA 4CEBA 3H08A 4KTWA 4DTOA 3VQBA 4E7JA 1RCHA 5DMRA 5C24A 4NYNA 5CYMA 3VQPA 1KFDA 4CF9A 4CGGA 4KRFA 2XO7A 2G8HA 3OYDA 3SPYA 2BE2A 2KFZA 4FLUA 4DTMA 1I3AA 3S3MA 3DLBA 1FKPA 2XHBA 3O3FA 3WNFA 4OPKA 3HO1A 1BQNA 3DOLA 2HNYA 4DFMA 4G1QA 4CGDA 3V81A 3CFPA 1XC9A 2NUBA 1N6QA 4E19A 3V9XA 4N76A 4CK1A 3IG1A 5CZ2A 4DLGA 4FM1A 1A5VA 3LP2A 4I7FA 3OS0A 4DTXA 2KW4A 5C42A 3LDSA 1SKWA 4I2QA 4B9MA 1LW0A 3AO1A 3NF7A 3KD1E 2PZSA 2GV9A 3HJFA 2OYQA 2X6NA 2RPIA 5KGWA 1RBTA 1RBUA 2DFFA 4BE1A 3OYEA 3AVMA 1ZBFA 2XRIA 3B6PA 1IH7A 2BGGA 4FJGA 1KVBA 4E1MA 4FK0A 1SL0A 1L3TA 2BANA 1VRTA 1ZBLA 3O4NA 1W9HA 1NOZA 5K14A 1C0MA 4B08A 4FJHA 2QK9A 2YNFA 1RTHA 2F96A 3D0PA 3FFIA 4WE1A 4DU1A 3VQAA 3QLHA 3NGZA 4ICLA 3T19A 3V9UA 1T7PA 5JS1A 4N41A 4H4MA 1DTQA 2ITGA 4M45A 1VSJA 3P5JA 3V6DA 4CIEA 4ZTJA 1BL3A 3KTQA 3LANA 4B3OA 3S3OA 1TAQA 3EYZA 4HUEA 2Y1IA 3SQ4A 1U4BA 4F4KA 4PY5A 1RDDA 2ZD1A 2HHQA 4O5BA 1VSMA 4DTSA 4CHYA 4CE9A 1KVCA 4KTZA 4CF1A 4FJJA 3TAGA 3OVNA 1HNVA 1CXQA 1VSHA 3E01A 3WNEA 4J2AA 3O3GA 3AA3A 3VN5A 3IRXA 3VA0A 2KZZA 4CJEA 3TR8A 4HTUA 2OPPA 4I9QA 3LP3A 1S6PA 1NK4A 2DFHA 2HHUA 1FXXA 2OPSA 2O4GA 2XY8A 4M41A 4CK3A 1NK7A 4C8NA 1GOCA 3PUFA 2IS3A 2D0AA 2YNHA 4IDKA 3AO3A 3VQEA 3KLFA 4FJIA 5HRNA 4I9LA 4DFJA 1T03A 4FCYA 4CJPA 4IG0A 4OGCA 4E0DA 1L3SA 3K5LA 4C8OA 3KKSA 5J2QA 3AVAA 4TSXA 4CFDA 4CHZA 2HMIA 3NFAA 3HPGA 3L3VA 3OS2A 1RDBA 4GW6A 4K8XA 4M3XA 4R5PA 1RNHA 3G0ZA 4IBNA 1LWFA 4ELTA 1BQMA 4B8AB 3KIOA 1HPZA 4ELVA 2HHWA 2D5RA 4CJSA 3SQ1A 3DI6A 4ZHRA 3MXIA 1XHZA 4CEAA 3V9SA 4BDZA 1LV5A 2Z1IA 4FZZA 3TANA 1ASUA 4CJVA 1B92A 3AVGA 3AVKA 4GMJB 1HMVA 1L3UA 1B9FA 3OYCA 1LWCA 4N47A 1JLGA 4Q5VA 1DLOA 1JL2A 3M8SA 4F8RA 3RTVA 4KB1A 5HLFA 3AVHA 4DSFA 4FJ8A 1QE1A 3C6TA 1TK8A 1Q9XA 3CM6A 4AHSA 1G15A 3A2FA 1EXQA 1JLAA 1HRHA 3ZSYA 3P1GA 4FLYA 3VA3A 4HUGA 1C0TA 3NCIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEPA 5BR9A 1HQUA 1P8ZA 4DSJA 2ZF5O 4DR4K 3SMPA 4H5RA 4FWOA 4Z0UA 4BGAA 5M1NA 3LWLA 2IAJA 3NF9A 3JSMA 2VG5A 4H8KA 1VSLA 2XY7A 1GLLO 3VESA 5HP1A 3CERA 4BRLA 5BRHA 4JS4A 3THWB 3O9RA 4DKWA 3QIPA 4CEEA 1K73O 1WAJA 3O4QA 3ZT1A 3K5OA 4FJMA 3QIOA 3C94A 3KLIA 1N34K 4JHDA 3MWTA 3AA2A 1SL2A 4WFNL 4UY8O 4CCHA 1DEJA 1ZXOA 1A5WA 1DTTA 4HCCA 3LPUA 1REVA 1QZ6A 2Q3SA 1VQKN 3VOVA 2Q31A 3MECA 1GLEG 2QM1A 4Z4GA 3L2RA 1BHLA 3F2KA 5LL6Z 1HKGA 3HSTB 1BIZA 3H1VX 2HHTA 2O8DB 3MEEA 3MEDA 1UWBA 5FROA 1BA0A 5J2NA 1XQSC 4OKEA 4IO8A 3M8PA 3CQYA 4JKGA 1NGFA 1NJYA 3RRGA 2OTLN 1CXUA 2HF3A 2NLXA 4QCLA 4X64K 4FOEA 1NU0A 2Q1NA 4FLXA 4EHUA 4OLAA 3FZLA 1RDAA 4MQ3A 3L4IA 2ASOA 3CM5A 3JYTA 2O8FB 2AJQA 1WSJA 3ENHA 4LY7A 4KHPK 4JAXA 3G6EN 1J5EK 2E2NA 3D2FA 2O8EA 3BGRA 1LAWA 4WF9L 3OJUA 3BZCA 4M3YA 3THXA 2QXFA 2GWJA 4C8MA 2VWBA 1J6ZA 1YUWA 4B3TK 3UKRB 5J1EA 2DFEA 4BVOA 3U8XA 3KHYA 4YHHK 2W40A 5D3GA 3GE1A 4JRQA 1YTUA 4DSLA 1RT2A 1TK0A 3OYAA 1YJ9N 5JVHL 2GTDA 5JLFA 2WC9A 3PY8A 3LAMA 2YHBA 4H5WA 2O8CB 1JLFA 4MDBA 3J7AP 3IUCA 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 4N41 A;  2FSK A;  3CCM N;  3P5J A;  5C0Y A;  3KTQ A;  4A2B A;  3LAN A;  1HNZ K;  3EEQ A;  3H46 O;  3O9Q A;  4GY2 B;  5AQL A;  3U9Z A;  3T1H K;  1ILY A;  4PY5 A;  3R9P A;  4O5B A;  4DV2 K;  3E01 A;  3O1W A;  4IJA A;  1NK4 A;  2DFH A;  1FXX A;  3OW2 M;  4CK3 A;  2XY8 A;  3SBG A;  4R79 A;  2YNH A;  4IDK A;  4WQ4 C;  3VQE A;  1Y64 A;  5HRN A;  3M5R A;  4DV6 K;  4CJP A;  2UUC K;  4C8O A;  3I8B A;  3AVA A;  4CFD A;  3NFA A;  3L3V A;  3OS2 A;  1XNR K;  2UXD K;  5M1Q A;  1LWF A;  3LM9 A;  1BO5 O;  1BQM A;  4B8A B;  4CBW A;  4DR1 K;  1O13 A;  2D5R A;  2A6A A;  2NRX A;  5KPT A;  3V9S A;  4FZZ A;  1VAZ A;  3TAN A;  3IDH A;  4JKD A;  3IFR A;  5AQY A;  1B92 A;  3H45 C;  4EAH D;  4GMJ B;  1LWC A;  1JLG A;  4CZI A;  3O4W A;  4DV1 K;  3AVH A;  4FJ8 A;  2P9P B;  2VGN A;  1TK8 A;  4NB4 A;  4BRH A;  1G15 A;  3A2F A;  2RHK A;  4KH5 A;  1EXQ A;  1JLA A;  3RWU A;  1C0T A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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