3V9WA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (tta) with two mg in the active site
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 59
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9wA00
1GOBA 2D5RA 2FC0A 4F3OA 1ZBIA 4B08A 4M41A 4DFMA 4B9VA 1JLAA 3VQ9A 4YFUA 2OPSA 4E1NA 3CM6A 4C8LA 4E1MA 4CJUA 3KLEA 3VQCA 1NKEA 3DLEA 3OS2A 1RCHA 3ALYA 4DQRA 4FLXA 1RT1A 1KVAA 1WAFA 4NYFA 3OYIA 3U3GA 1EETA 5J2NA 4CEOA 2GV9A 4CHQA 1RBRA 2VWKA 2OPRA 4E7IA 1X9WA 4IDKA 2Z1JA 2W42A 3KKRA 1TV6A 4ICLA 2EX3A 1IKXA 4QOZB 4M42A 4PA1A 4RW4A 4CJFA 3RMDA 3ITHA 5HLFA 1UA1A 2PY5A 4Z4CA 4FYDA 4BDPA 1L3UA 2OZMA 1WN7A 3V9WA 5I3UA 2A1SA 1Q9YA 3WNGA 3SUNA 4I7FA 4BE2A 4Z4HA 5SZTA 4DU3A 3QESA 1EX4A 2D0AA 3OY9A 4IG3A 4DTSA 4ZTFA 3KD1E 2HHXA 4C8OA 2HHQA 4CJQA 4C8MA 2XY8A 1QSSA 3VQ4A 1RT3A 3P5JA 2P1JA 4N56A 3KLHA 1F21A 4FJXA 1D5AA 1C1AA 4FVMA 4R5PA 1HQEA 3BDPA 4CF0A 1GOAA 4B9NA 1XI1A 1QHTA 3OYDA 3SPZA 3OYEA 4Z4IA 4CF1A 4DTUA 1QS4A 1RTDA 1LWFA 3L2RA 1X9MA 2G8FA 4KHWA 1CZBA 1T7PA 3HK2A 2X74A 4BDZA 5JS1A 3TR8A 1L3SA 3NFAA 1RDAA 3F73A 4CF2A 5HRPA 4DQIA 3OYAA 1S6QA 5FROA 2YNHA 1R0AA 1NJXA 3NF7A 4CJ4A 4DTMA 2Z1GA 4Z0UA 1VSMA 1ASUA 2YKMA 1TK5A 4HUGA 3DOKA 4CJ3A 2P5OA 3IG1A 3OYFA 4PUOA 2P51A 1RDBA 3HJFA 1I3AA 1VSIA 2KTQA 4FJHA 1K6YA 1C0MA 1TKTA 5CZ2A 3EYZA 2KZMA 2D0CA 2JGUA 4O4GA 1S1WA 2IOCA 4GMJB 3H08A 1QTMA 3HSTB 2G8IA 4CIGA 1Y97A 3O4NA 2JLEA 1TK0A 2DTUA 4CGJA 1RT6A 1GOCA 4CK1A 3M8QA 2QXFA 2BANA 3HL8A 4ID1A 3SUQA 1REVA 3LPTA 1J54A 5C24A 3C6TA 2X78A 1BIZA 3P1GA 1W0HA 3AVHA 4XIUA 3SZ2A 4DFKA 5C25A 3SJJA 1ZYQA 3RWUA 1TVRA 3NE6A 4BE0A 4FLTA 4KAZA 4L8RB 3VN5A 2BDPA 3VQDA 4OLBA 3UIQA 4KHSA 3ZT1A 3K5MA 1SL1A 1YTUA 2RKIA 4FW2A 3LAKA 4AHSA 3OYBA 3QEVA 4FJJA 3MXJA 1HQUA 4N5SA 4MFBA 3MAQA 1DTQA 5KRSA 3L3VA 4O44A 3LDSA 2HB5A 1XWLA 1D8YA 4KI6A 3K5LA 3L3UA 4I9LA 4OKJA 2PYLA 2B4JA 3DLKA 3ZSQA 4KFBA 2YNGA 2G8UA 3OVNA 3DMJA 3L2WA 3AVKA 2ZD1A 5CYQA 3WNEA 3PO5A 1JLGA 3QNOA 1WSFA 4CJTA 1WSHA 3KJVA 4AHTA 4DFPA 1Z26A 4W5QA 2P5GA 4B9LA 4FJKA 3NF9A 1LAVA 4Z4FA 4W5NA 4KV8A 4AILC 1RBUA 3CG7A 3VQAA 4LD0A 4N47A 3QERA 4FJLA 1A5WA 3AA4A 4HTUA 4F4KA 4RW9A 4FJNA 1RDDA 4FLWA 2I5JA 4K8ZA 4DU1A 1BHLA 1JKHA 3QEXA 4RW8A 3VQ5A 1FXXA 3E01A 3HPHA 4E19A 4OLAA 2Y1IA 1IKWA 4NCAA 4CECA 4FJ7A 1LWEA 2XHBA 2ZQBA 4JRQA 1VSFA 3PO4A 4B8CA 4B9SA 4HUFA 2FBVA 4CJVA 3AVBA 3RR7A 1BI4A 2G8VA 3KK2A 2HHSA 2LSNA 1NK5A 4N76A 5DMRA 4Q5VA 3V6DA 1RDCA 1L5UA 4I2PA 4CERA 4B9MA 1QSLA 1RT4A 3HP6A 3DLRA 4ID5A 4JS4A 3PY8A 2HHUA 3ZT0A 4IFYA 1VK0A 5FDLA 4KHYA 3TWHA 1A5VA 1B92A 2DFFA 4CJKA 3L2VA 4FM1A 4DSEA 2G8HA 1WSJA 2BE2A 3AVGA 3OYCA 4DQQA 3NHGA 3ULDA 3SQ0A 1RBTA 3VQQA 1S9GA 4DLEA 3CFRA 3SI6A 1DLOA 3V1RA 4BWJA 2HHWA 3L2QA 3S3NA 1U4BA 4CFCA 3ZSZA 3MXIA 1KLMA 3LWLA 3QNNA 3KTQA 1YTAA 4BACA 4FK0A 4CEBA 2XY5A 2Z1IA 2KFZA 3LP0A 1RT7A 4TSXA 3AO3A 3V4IA 3NH1A 3QIPA 2HHTA 1HMVA 1LW0A 2Z1HA 1IKVA 3NAEA 4KHQA 4NYNA 2A1RA 4RW6A 2ATQA 2X6NA 1N6QA 4M3ZA 1ASVA 4HHTA 4H8KA 1XHXA 1Q8IA 3RTVA 2PYJA 4O0JA 4BE1A 4KHNA 5C42A 3V81A 1S5JA 3VQ7A 3TABA 2KQ2A 1VSDA 1WSIA 3O4QA 3HO1A 4CJLA 4M3YA 3CM5A 3U3YA 3S9HA 4PY5A 4W5RA 3S3MA 4HCCA 4KO0A 3OYJA 4LH5A 3KKSA 4OJRA 4CF8A 5KGXA 5SWMA 4CEEA 3JYTA 3M8SA 3NBPA 3OYMA 4EZ6A 2HHVA 2DY4A 3SUOA 4CEQA 2ZE2A 3SNNA 3SQ2A 3NF6A 3EY1A 3ZSOA 4B8AB 4CGGA 3AVCA 1HYVA 2OZSA 1S1UA 1UWBA 1NOYA 1NK9A 1S9EA 1TAQA 2O4IA 4OVLA 3QEWA 4DSFA 3DLBA 4FM0A 4CHPA 2KFNA 4O5BA 3OYGA 3CFOA 3TAGA 4CJPA 4FJ9A 3IS9A 5HROA 1QE1A 4C8NA 1BL3A 3AVIA 4B9TA 4HCBA 4DTRA 2BGGA 4M3UA 1CLQA 2GBZA 4YNQA 1U48A 4J2AA 2NUBA 2PZSA 4J2EA 3K59A 1LW2A 4CEFA 4KTZA 1XHZA 1X9SA 1J5OA 1QSYA 1VSHA 2IC3A 1G15A 4MQ3A 4QAGA 4CF9A 3HPGA 5T7BA 4DLGA 3QINA 2QKKA 1UOCA 3AVNA 4FZZA 3MECA 1NKCA 3T1AA 2KW4A 4DG1A 4DTXA 4DF4A 1ZBUA 3OYKA 4AHVA 4KRFA 4LSLA 3LAMA 3NGZA 2KZZA 1ASWA 3DRSA 3VA3A 2IDOA 1HNIA 4OGEA 1RTIA 3QO9A 4CEAA 4DS4A 1NK0A 1KFSA 4IKFA 3I0SA 4DWIA 4C8KA 3DOLA 4E7HA 3KLIA 4GW6A 5J2QA 3OS1A 3MEGA 2RN2A 2WONA 3DRRA 1BI4B 1T8EA 4ELUA 1NJZA 1S1TA 3TANA 3AVFA 1BCMA 2F8SA 3ZT3A 3NGYA 1BQNA 4EP4A 3PX4A 5J2PA 3QETA 4CIFA 2VWJA 3AVAA 4W5OA 4N41A 4IFVA 4RG8A 1HNVA 3B6OA 3K57A 2OPQA 1KRPA 4CJSA 2FBYA 1NK8A 3G10A 3LANA 2XO7A 3OYLA 4OPJA 3V9XA 4DF8A 1CXQA 1EKEA 1FKOA 2IS3A 5KGWA 1EP4A 3QEPA 1D9DA 4FJMA 1C1BA 4CFAA 1W9HA 4FLZA 4CHOA 3TAQA 2YV0X 4RW7A 3VQBA 4FW1A 2HW3A 3AO4A 2YHAA 4CGDA 3NH0A 2QKBA 1TK8A 4FZYA 2YHBA 3DYAA 3EZ5A 2HMIA 1YVUA 1NKBA 3ZCMA 3DLHA 4ELTA 4DSLA 1RT5A 3AO5A 2HNZA 1RBVA 3AA5X 4JRPA 4CESA 4Y1CA 4FJGA 1RBSA 3TAEA 3RMBA 4O55A 2GUIA 3AV9A 4JLHA 1WSGA 3M8PA 1U04A 3TARA 4FJIA 3RR8A 4BWMA 1HJRA 3PV8A 4CJWA 1TAUA 1B9DA 1HYZA 3VQEA 1SL0A 1S6PA 4Q0BA 1SKRA 1UA0A 4NCGA 1JLFA 3AVLA 3DRPA 4DQSA 1QQCA 3QIOA 3LWMA 1LV5A 3M8RA 3CYMA 1FKPA 3MXMA 1JL2A 3LP2A 4O0IA 3C95A 3HT3A 3A2FA 1JXEA 4DU4A 4FK2A 1J53A 5I42A 4FZXC 2XY7A 3HVTA 4CFBA 3SQ4A 1NK4A 3OJUA 4CGHA 4E7JA 4M3TA 1TL1A 4FJ5A 3VQPA 4DTNA 4CHNA 5D3GA 3SPYA 2YNFA 3U6FA 3CFPA 3FFIA 2E4LA 2ETJA 4E7KA 4F3TA 3QLHA 4DMNA 3OYNA 4CFDA 4FLUA 3SYZA 2F8TA 1JXBA 3LPUA 1T05A 5J2MA 3V1OA 3LZJA 4KTQA 4CJRA 3HM9A 3RRHA 3BGRA 4E89A 1IKYA 4CE9A 5KTQA 3HXMA 1SKSA 3KD5E 4FXDA 1SUQA 3I8DA 2OA8A 3VQ8A 1TKZA 1WLJA 2YNIA 1L3VA 1N5YA 2OYQA 1UAXA 4OKKA 1TKDA 4DS5A 5K14A 4ZHRA 1WSEA 1B9FA 3ZSYA 1ZBLA 1SKWA 1IG9A 4DSIA 1JLEA 4KKOA 1BGXT 1A5XA 3S3OA 5J1EA 4ELVA 1S1XA 3WNFA 4KTWA 3PUFA 2O4GA 1MU2A 1U47A 4IG0A 4DQPA 3C6UA 2HNDA 4KPYA 3SCXA 2X6SA 3ZT4A 4H4OA 4Y1DA 1DTTA 4PQUA 2RPIA 1TKXA 3DLGA 3RMAA 3MEDA 1XC9A 4CCHA 1J9AA 3KK1A 4CHZA 2Y1JA 1FK9A 4DTJA 4LH4A 4DTPA 3L2UA 4DFJA 3LALA 1YT3A 4CEDA 1VRTA 2YKNA 4EZ9A 2Q3SA 2WOMA 1O1WA 5CYMA 1NK6A 3ZSXA 2G8KA 1Q9XA 4E0DA 1RTJA 2B6AA 1U49A 1BISA 4LSNA 3V9SA 2HVIA 4QCLA 4M3WA 3AVMA 1VSKA 1NJYA 3KK3A 5HRSA 5HBMA 4F2SA 5KI6A 1S1VA 4E7LA 1KCFA 3HYFA 2HVHA 3OYHA 4IBNA 1HPZA 4I2QA 4K8XA 1IO2A 1I39A 3C94A 3TAMA 3ZSRA 2HNYA 4CGFA 2IAJA 3ZT2A 1NK7A 4DSKA 1VSLA 4CEZA 3K2PA 1U45A 5DK5A 4EP5A 3ZSVA 4OPKA 4B9UA 1KLNA 4PWDA 2XY6A 3KLFA 5CY4A 3WNHA 3KLGA 3QEIA 5KRTA 4NCBA 1C0TA 5E41A 4UQGA 1ITGA 3V9ZA 3O3HA 3SV3A 1SL2A 1L3TA 4JS5A 4CK3A 2AJQA 3ZSWA 1X1PA 3NGIA 1KFDA 1CZ9A 5HRRA 3AA3A 3VQ6A 3TAFA 4M3RA 4FLYA 3CQ8A 4GVMA 2B5JA 3V1QA 1WAJA 1Z25A 2EHGA 2RF2A 3AO1A 1RT2A 2VG6A 3ASMA 1NOZA 1C0UA 2XRIA 3AA2A 3LP3A 1EXQA 4AH9A 4CJEA 5FRNA 3RMCA 4J2BA 4AHRA 3O3GA 1VSEA 3NDKA 3NF8A 3LZIA 4WE1A 5CZ1A 5JS2A 3RRGA 4FCYA 4CHYA 3SUPA 4CIEA 4E3SA 3HPOA 3SQ1A 4FJ8A 3TI0A 4B3OA 3SV4A 1LAWA 3ISNC 5HP1A 3AO2A 4DSJA 4KB0A 1BQMA 2FBXA 1TL3A 1CXUA 4CGIA 4HUEA 1KSPA 1KTQA 1JLQA 3I0RA 1IH7A 1TGOA 4OKEA 2DFHA 3THVA 2R7YA 5HRNA 3JSMA 1T03A 2FBTA 1BIUA 3HVRA 3PX0A 1BCOA 2D0BA 2E6LA 2ITGA 1KVCA 3AVJA 3IRXA 3LP1A 1WNSA 5EU7A 3D0PA 4FM2A 3K58A 1SV5A 4HVJA 3NH2A 1LWCA 2VG7A 4M3XA 2DFEA 3PX6A 4KB1A 1D9FA 3F9KA 2VG5A 4KREA 3P83D 4H4MA 1C6VA 1JLCA 3O3FA 4FK4A 4Z4GA 1HYSA 1ZBFA 3DI6A 4KHUA 2QK9A 2E6MA 3T3FA 4DTOA 3K5OA 1VSJA 4AHUA 3V9UA 2F96A 4FLVA 3MEEA 4CJ5A 4Z4EA 4J2DA 2OPPA 1C1CA 3B6PA 3HP9A 3VA0A 3OJSA 4M45A 1KVBA 4W5TA 4F2RA 2G8WA 3DM2A 4KI4A 1JL1A 3K5NA 4BDYA 1NJWA 3NCIA 4OGCA 1RNHA 5FRMA 2IGIA 1ZBHA 1RTHA 4G1QA 1HRHA 3D45A 1VRUA 4LY7A 4CK2A 4ZTJA 4F8RA 3L8BA 4AHCA 3TAPA 3OS0A 3T19A 1RILA 3IAYA 3KIOA 1JLBA 4I9QA 3G0ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBIA 4DFMA 3WXKA 4B9VA 4A2AA 5GINA 1OKJA 3VQCA 3DLEA 3OS2A 1NLVA 4L3QA 3CERA 3CQXA 1EETA 1K9MO 4YORA 3CPEA 4M42A 4RW4A 4FYDA 1K8AO 5IWAK 5I3UA 3SUNA 4BE2A 4H5VA 1E4GT 1YVNA 3CD6N 3DXMA 4C8OA 4CJQA 1JCEA 4CVNE 3SAGA 4N56A 1ILYA 4FJXA 5JICA 4CF0A 1GOAA 3ID8A 3OYDA 3SPZA 1BU6O 4CF1A 1QS4A 1RTDA 3L2RA 2D0OA 3HK2A 3O9QA 5AQRA 4JI7K 3HOTA 5HRPA 1V4SA 1R0AA 4B1UB 4LF6K 4JV5K 3DOKA 3IG1A 5GADP 1QVFM 1I3AA 1VSIA 3EYZA 1FJGK 2D0CA 4O4GA 4IOXA 2IOCA 3H08A 3CJCA 3CJBA 3T1HK 3TTCA 4BC3A 3E66A 3H3OB 2DTUA 1GOCA 3THWA 2QI2A 2BANA 1ZC6A 3LPTA 3CJ9A 4KHPK 4J8FA 2X78A 4XIUA 3AVHA 3CCRN 4L8RB 1TVRA 4BE0A 3G71N 3VN5A 2HBLA 3ZT1A 4CZJA 4FW2A 4WQ4A 4FJJA 4A2BA 4IEEA 1HQUA 5AQJA 1DTQA 2NRRA 4BRQA 4KI6A 3CI5A 2PFUA 3D2EB 2UYTA 4I9LA 3ZSQA 2G8UA 3EE9A 4XH1A 4CJTA 1WSHA 2F9TA 1TYQA 1Z26A 1LAVA 4IOCL 4FJLA 1A5WA 2F7TA 5AQPA 4KH4A 4BR5A 4DU1A 5AZIB 3QEXA 4RW8A 3VQ5A 1IKWA 3K9KA 4CECA 4FJ7A 4B9SA 1ATSA 1MWKA 1QQMA 2FBVA 4CJVA 3AVBA 2HHSA 3I56N 3V6DA 1RDCA 4FPBA 4JKCA 4GV3A 3HP6A 4ID5A 3PY8A 2HHUA 4IFYA 4A5BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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