3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
1NJZA 1HMVA 4CJWA 1NOYA 1HYVA 3CM5A 1BGXT 5JS2A 3L2QA 2YNHA 2G8WA 2HNYA 4HVJA 3K59A 5C24A 4CEEA 3D0PA 4Z4IA 4FJ7A 1UA0A 2O4GA 2WONA 3QIPA 2FBVA 2VWKA 4CIGA 1L3SA 4QCLA 3CG7A 3SUOA 1D9FA 4DG1A 1C0MA 2A1SA 4CJKA 5KRSA 3K5LA 1RDDA 1NOZA 1ASWA 3AO2A 3HO1A 3VQ6A 2G8VA 3O4QA 4FJXA 4E7JA 3PV8A 4AHRA 4DTNA 4Z4EA 1VSFA 4RW4A 1KVBA 3WNEA 3V9SA 3C6UA 1QHTA 4KKOA 1VRTA 5HBMA 3RTVA 4OLAA 3S3NA 3LPTA 4EP5A 4XIUA 1RBSA 4B8CA 3V4IA 4O44A 3DOLA 4RW8A 1TKXA 5C42A 4PQUA 4ZTFA 2VWJA 1RCHA 1TKZA 4HCCA 4QAGA 4DQRA 3V81A 4K8XA 3AVBA 2D0AA 4LSLA 3OYDA 2HHVA 1RBTA 4JS4A 5I3UA 3QEPA 3V6DA 1IKVA 3G10A 1MU2A 2HHTA 2WOMA 5HRPA 1YTAA 3TAEA 4DSIA 3I0SA 3ZT1A 1QSYA 4DTJA 3LALA 1J53A 4W5QA 3L2WA 2IDOA 4LSNA 3OYKA 4O4GA 4BWJA 4DFPA 3L3UA 1RT1A 2VG5A 3OS1A 4FK4A 2RKIA 1WAFA 1B92A 1KLMA 1TV6A 4IKFA 4M3YA 1ZBLA 4AH9A 4FJIA 3TAPA 2B5JA 4ELVA 5CYQA 1NK0A 4RW9A 1U45A 4IG3A 4UQGA 1KTQA 1D8YA 2ATQA 4AHUA 3BGRA 4KTQA 1IH7A 1R0AA 3TAMA 1JLGA 5JS1A 2YKMA 3NF8A 1S9EA 1TKTA 1JLCA 3LP3A 3OYFA 4DMNA 3OYGA 1RTJA 1I3AA 1S1VA 4CJSA 1BI4A 5J2QA 1SV5A 1ZBIA 1EP4A 4E7HA 4PWDA 2B4JA 1CXQA 4CEQA 4DSFA 1T8EA 4YNQA 3AVLA 3VA0A 4FYDA 1BCOA 4CJFA 4CHZA 4FLXA 4DF8A 4HUEA 2NUBA 4Z4HA 4FLZA 3V9UA 3THVA 3BDPA 5FRNA 2AJQA 3AO3A 3VQAA 1BQNA 4KTZA 3QEIA 4N47A 3A2FA 4DS4A 2OA8A 3TABA 1WSEA 1UA1A 4Z4GA 4CF9A 4CHOA 1BI4B 1LWEA 5I42A 4OVLA 4FJ8A 3NCIA 1LW2A 2DFEA 3NF9A 2IC3A 3ZT3A 1C0TA 2D0CA 4CFDA 1G15A 1RT5A 2D5RA 2ZE2A 4E1NA 2Z1GA 3KLGA 2F8SA 4KRFA 1KLNA 3AVJA 1JLAA 3V9ZA 3TAFA 2A1RA 5SWMA 1IKWA 4FK0A 4JRQA 3LPUA 3NF7A 1U4BA 3ASMA 4CK3A 1NJXA 1QQCA 4B9TA 4LD0A 1RTHA 3LP1A 2X74A 2D0BA 4ICLA 5FROA 1CZ9A 3LAMA 2RF2A 1KFDA 3H08A 3HP9A 1ZYQA 4F8RA 3NGIA 2YHBA 3QEVA 3VQ5A 3HK2A 4OPKA 1GOAA 5SZTA 4M3RA 1SL0A 3DRPA 3O3GA 1L3VA 3LZIA 3P83D 2ETJA 1SL2A 1RDAA 5HP1A 3ZSOA 4CF8A 3M8SA 4CJEA 3G0ZA 4HHTA 1VSEA 1VSDA 4KO0A 1YVUA 4CGDA 5DMRA 4BE1A 4CEDA 3QEWA 1J54A 1JLBA 2PZSA 3CFOA 3KLIA 3SJJA 4CJVA 3MXMA 1B9DA 1VSIA 4FJKA 4B9UA 4CJRA 1IG9A 1X9WA 4CERA 4DLEA 4H8KA 2P51A 1RDCA 3O4NA 1IKYA 1TVRA 2OPSA 4I2PA 1B9FA 3RR8A 4CJPA 1S6PA 3LANA 3SQ4A 3SUPA 4KHUA 2Z1IA 2ITGA 3C94A 4E3SA 3AVKA 1VSKA 3EYZA 3SZ2A 1JLEA 1RT6A 1WLJA 4BE0A 4HUFA 1Y97A 4FLTA 4DFKA 4EZ6A 2KFZA 3RMCA 1ZBFA 4CJQA 1NKCA 4B9NA 1X1PA 3KK1A 4W5RA 2LSNA 4GMJB 4CFBA 4CHNA 3I0RA 2IOCA 3V1OA 3VQ4A 4DFMA 1JL1A 4GW6A 2DFFA 4C8MA 2OPPA 4KHNA 4M3ZA 1LV5A 1NKEA 3L3VA 3AA5X 4KTWA 3VQEA 3OJSA 4C8LA 1RT4A 4FJMA 4DSLA 4KI4A 3ITHA 4OLBA 2HHSA 4RW7A 3SV4A 3OYCA 1NK9A 3PX6A 2OZSA 1SL1A 3DMJA 4OJRA 1U48A 3B6PA 1WSJA 3RRHA 2G8FA 3FFIA 1VSHA 1CLQA 4J2AA 4M45A 4CJ4A 5EU7A 4DTMA 3KIOA 3AVNA 3LWLA 3MAQA 3VQBA 3SNNA 2QKBA 3ALYA 2OPRA 4NCBA 1N5YA 3SI6A 3QETA 4N5SA 1O1WA 4F2SA 5FDLA 3NE6A 1BL3A 4BDZA 1UAXA 3CM6A 3TARA 1GOCA 4BWMA 3B6OA 2B6AA 4J2EA 1LWCA 3ZSZA 1LAVA 1LW0A 4HUGA 4B9SA 4B9VA 1JL2A 4FM1A 1ZBHA 4DS5A 2HHXA 3ZSRA 1Q8IA 3OYAA 4FVMA 3K5MA 4HCBA 2FBYA 2HHWA 3DRRA 3ZSYA 3PY8A 4OGEA 3AVIA 4G1QA 1J9AA 2IGIA 1VSLA 4CGHA 1FKOA 1NK6A 4KHYA 1VSJA 3MECA 1RTDA 3C6TA 3ZT0A 2P5GA 4Y1DA 1WNSA 4R5PA 3D45A 5CY4A 5E41A 3VQPA 1QSLA 1WN7A 3AO1A 4RW6A 1RNHA 2XRIA 1DTQA 3HXMA 4DTRA 2OYQA 3HSTB 3P5JA 1Z26A 4L8RB 1U49A 1WSFA 2RN2A 1TL3A 3KK3A 3KKSA 2Q3SA 2HVHA 1D5AA 2G8UA 4AHVA 4IG0A 2P5OA 3U3GA 4KHQA 3AVGA 3HM9A 3V9WA 4CF0A 1TL1A 4MQ3A 4FCYA 4KB0A 1SKSA 4CHYA 3QNOA 1QS4A 2BE2A 3ZCMA 5CZ1A 2KFNA 4O5BA 1TK8A 4DQSA 4DQIA 4O55A 3OS2A 3ZT4A 1REVA 1RT2A 4PUOA 3AVFA 1WSIA 5KI6A 5HRSA 2XY5A 1TKDA 4ELTA 4QOZB 4CESA 3S9HA 2ZD1A 4AHTA 1JLFA 4FLWA 4DU1A 2PYJA 3SCXA 3RWUA 1NJYA 3O3HA 4FJLA 1C1BA 1BIZA 1W0HA 4CEZA 4BACA 3SPZA 1NK4A 4C8OA 3PX0A 3HPOA 4I7FA 2RPIA 4M41A 2EX3A 3ZSWA 1DLOA 3CFRA 4E19A 3OYBA 2OPQA 1X9SA 1L5UA 3TR8A 1VSMA 1JKHA 3QINA 2QXFA 4CJUA 3DLEA 4FJNA 3L2UA 4KPYA 5HRNA 2G8IA 1BIUA 3VQ9A 3SQ0A 1A5XA 3VA3A 4OGCA 1ZBUA 3TANA 2G8HA 3K5OA 3LP2A 1RILA 4FM2A 4E7KA 3RMAA 3F73A 5HROA 3O3FA 3MXJA 4IFVA 3AO5A 4CJLA 4O0JA 1IO2A 3LP0A 2QK9A 3NDKA 3LZJA 3NH1A 2GUIA 2BANA 1RBRA 3CFPA 1NKBA 3EY1A 4TSXA 5D3GA 1IKXA 4Y1CA 4DLGA 3IRXA 1XC9A 3DLBA 3DLRA 4CECA 3S3OA 2VG7A 4FJ5A 2KZMA 4CHPA 2G8KA 4KHSA 1K6YA 3U6FA 2PY5A 1W9HA 2E6LA 2KZZA 4DTXA 2GV9A 2XY6A 4FLYA 3CYMA 3HL8A 3NBPA 3LAKA 1VK0A 4CGJA 4M3WA 3L2RA 3ZT2A 3OYNA 1EETA 4KHWA 3QNNA 1EX4A 1RBUA 4CF2A 5J2MA 1L3UA 1FKPA 1SKWA 2HMIA 4EZ9A 4FXDA 1L3TA 3K58A 2Z1HA 1LAWA 4OKJA 4Z0UA 4O0IA 2HB5A 3SQ2A 2O4IA 1HYSA 1HYZA 5KTQA 3EZ5A 1KRPA 4KI6A 2E6MA 4M42A 4B3OA 2ZQBA 1S1WA 1KVCA 4E89A 3NH2A 1RT3A 3RMDA 2BGGA 1XI1A 3OYMA 4FLVA 3SYZA 1NK5A 3WNFA 4FZYA 2XY7A 4RG8A 4CFCA 3M8QA 4B08A 2EHGA 1HQEA 4IDKA 4IFYA 1XHZA 1TAQA 4FM0A 1C1AA 4DU4A 1TK5A 4DQQA 4DWIA 2FBXA 1EKEA 4DFJA 3C95A 3NH0A 3JYTA 4DTUA 3AA4A 5DK5A 1FK9A 4DTOA 1T7PA 1RTIA 4OKEA 2YV0X 1RT7A 4CF1A 3QERA 4F3TA 3SV3A 2DTUA 4Z4CA 4H4MA 1KCFA 3MEDA 1A5WA 4N56A 2KTQA 5FRMA 1Z25A 4FZZA 1TAUA 3QO9A 3OS0A 3KLEA 3KD5E 3AVAA 2HNZA 2JLEA 4FZXC 1SUQA 2DY4A 1XWLA 3RRGA 1CXUA 3TAGA 1Q9XA 3HVTA 4ELUA 4F4KA 1S5JA 2HHUA 3OJUA 3PX4A 1WAJA 1RBVA 3DOKA 3KKRA 2GBZA 5K14A 3KD1E 1FXXA 2OZMA 4DSKA 4DSJA 3QESA 4KFBA 4CJ5A 3AVHA 5HLFA 3VQCA 3HYFA 4I2QA 1UOCA 4CK1A 4CHQA 3HP6A 1Q9YA 3V1RA 4B9LA 4K8ZA 2DFHA 1S1TA 3PUFA 4ID5A 5J1EA 1S6QA 4CEAA 3QEXA 2Y1IA 2YKNA 2BDPA 4FJ9A 1JXEA 4OKKA 4H4OA 2F8TA 1CZBA 4DU3A 4FJGA 2JGUA 3M8RA 4M3UA 1YT3A 1TGOA 3WNHA 3OYJA 3M8PA 5J2NA 3F9KA 3VQ7A 3S3MA 3PO4A 4W5OA 2HHQA 4KV8A 1BQMA 4AHCA 1N6QA 3LWMA 4F3OA 3JSMA 4I9LA 1ITGA 5CZ2A 1WSGA 4CJTA 1S1XA 1UWBA 2KQ2A 1HPZA 4NYNA 4DF4A 3SPYA 3IS9A 4JLHA 4Q5VA 5J2PA 3TWHA 4B8AB 3L8BA 3V9XA 3KLHA 4HTUA 3PO5A 4KB1A 4M3XA 1ASVA 3DLHA 1S9GA 2YNFA 1WSHA 3NGYA 3NAEA 1BCMA 3HPGA 3E01A 4CGFA 3ISNC 2W42A 5KGWA 4OPJA 4I9QA 4JS5A 2X78A 2I5JA 4J2BA 2HVIA 1C1CA 2F96A 4NCAA 3MEEA 2KW4A 3VN5A 2XHBA 4GVMA 4Z4FA 3OVNA 3AVMA 3TAQA 1KSPA 4BDYA 3VQ8A 4DQPA 3KLFA 4JRPA 4CGIA 2XY8A 3LDSA 5C25A 3U3YA 1DTTA 3T3FA 1NK7A 3RMBA 4LH5A 3AV9A 4CK2A 3V1QA 4Q0BA 1T05A 3I8DA 1TK0A 1QSSA 2YNIA 3DRSA 4CEOA 4C8KA 1F21A 3QIOA 3OYHA 1RDBA 4CIEA 1D9DA 4FJJA 3IAYA 4CGGA 1A5VA 4LH4A 4EP4A 4CIFA 2Z1JA 3VQQA 3ZSVA 2HW3A 1QTMA 3SUQA 4ZHRA 3CQ8A 4CEBA 3HJFA 3AA3A 4CEFA 3OYIA 1HRHA 1C6VA 3SQ1A 4J2DA 1JLQA 3HVRA 3MEGA 3KTQA 4F2RA 4FK2A 1HNVA 1KVAA 1HNIA 1JXBA 4CFAA 4E0DA 4CCHA 3K5NA 1NK8A 3DYAA 1XHXA 1J5OA 3L2VA 2YNGA 1X9MA 1S1UA 1U47A 3HPHA 3OYLA 3VQDA 4FLUA 1QE1A 3DLKA 5KRTA 1U04A 3DI6A 3SUNA 4MFBA 1VRUA 4B9MA 4PY5A 2QKKA 2P1JA 5HRRA 5T7BA 3OYEA 4IBNA 2E4LA 3NHGA 1T03A 4KREA 2YHAA 2VG6A 3UIQA 2Y1JA 3NGZA 2IS3A 4W5TA 4W5NA 4M3TA 4FW2A 3T1AA 3DLGA 4NCGA 2FBTA 1ASUA 3HT3A 2X6NA 2IAJA 4DSEA 3AVCA 4KAZA 4N41A 3OY9A 4AILC 3AO4A 1HJRA 3NF6A 2X6SA 1LWFA 1C0UA 1BISA 3P1GA 4E7LA 4ID1A 1HQUA 4CE9A 4FW1A 2FC0A 5CYMA 3ZSQA 3MXIA 3K57A 3IG1A 4ZTJA 1I39A 4YFUA 4BE2A 4DTPA 5KGXA 3KJVA 2R7YA 4BDPA 3K2PA 3AA2A 3ULDA 3KK2A 3RR7A 1BHLA 1NJWA 1YTUA 4FJHA 4LY7A 1GOBA 4E7IA 2XO7A 1EXQA 3WNGA 4N76A 4AHSA 3T19A 2HNDA 4C8NA 4NYFA 4DTSA 3DM2A 4CJ3A 4E1MA 3TI0A 1KFSA 3NFAA 2PYLA 3ZSXA 4PA1A 1SKRA 4WE1A 3QLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJWA 3ULEA 4BGAA 1VQMN 1WOQA 3FFKB 4IWVA 2E2NA 2HNYA 4HVJA 2RHKA 4AQYK 4CEEA 3QIPA 1L3SA 3CG7A 1C0MA 5KRSA 4AF1A 1YHQN 3KZBA 1OH7A 3K5LA 1YI2N 2O8BA 5KQDA 3R1XA 1TUUA 1VSFA 2Q0RA 1K8KA 3P38A 1VRTA 3CETA 4EAHD 4GKKK 4A59A 4O44A 4RW8A 4MLHA 4BR4A 5AQLA 1E4FT 3E1YA 1RBTA 3QBWA 3QEPA 1MU2A 3BUZB 1IBLK 2ZF5O 2GX9A 4ILHA 1QSYA 1BUPA 1W2BM 1NWKA 2O8EB 2A41A 2P9PA 4WCEL 4DFPA 1WAFA 3OBYA 4CD1A 2FSNA 4M3YA 3SAGA 3TAPA 2CH5A 4BRCA 1U45A 4IG3A 4UQGA 1GLAG 1KTQA 4AHUA 5AQWA 3BGRA 3S41A 1R0AA 3TAMA 4XH4A 3NF8A 1S9EA 2E2PA 3OYFA 5JVHL 4CJSA 4LF8K 5J2QA 1EP4A 4BRIA 4E7HA 3CC7N 4PWDA 5C2FA 4PKGA 4CEQA 1VQ4N 4FYDA 4YNQA 1BCOA 3BDPA 4Z4HA 4FLZA 2F4VK 4BROA 3SMPA 5KQ8A 3TU5A 4DS4A 1WSEA 5GIPA 4GV3A 5AQRA 4FJ8A 3K9JA 1LW2A 4CFDA 1RT5A 2W6LA 1NG9A 2QEXN 4JI1K 4E1NA 2Z1GA 3A8YA 3KLGA 3K9KA 3FZLA 1JLAA 3V9ZA 3TAFA 3LDOA 3H6EA 1IKWA 3NVMA 2E1ZA 1CZAN 1NJXA 4IOCL 2E88A 5JMVA 1RTHA 4ICLA 1P90A 5AJ3K 2YHBA 1T6DA 5SZTA 4H0TB 3H1VX 1BOTO 3AGRA 1RDAA 3G0ZA 4HHTA 4CGDA 5ADXA 1J54A 1BO5O 5DM6L 3LDLA 4H5RA 3MXMA 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 2QKK A;  2P1J A;  5HRR A;  5T7B A;  3OYE A;  4IBN A;  2E4L A;  3NHG A;  1T03 A;  4KRE A;  2YHA A;  2VG6 A;  3UIQ A;  2Y1J A;  3NGZ A;  2IS3 A;  4W5T A;  4W5N A;  4M3T A;  4FW2 A;  3T1A A;  3DLG A;  4NCG A;  2FBT A;  1ASU A;  3HT3 A;  2X6N A;  2IAJ A;  4DSE A;  3AVC A;  4KAZ A;  4N41 A;  3OY9 A;  4AIL C;  3AO4 A;  1HJR A;  3NF6 A;  2X6S A;  1LWF A;  1C0U A;  1BIS A;  3P1G A;  4E7L A;  4ID1 A;  1HQU A;  4CE9 A;  4FW1 A;  2FC0 A;  5CYM A;  3ZSQ A;  3MXI A;  3K57 A;  3IG1 A;  4ZTJ A;  1I39 A;  4YFU A;  4BE2 A;  4DTP A;  5KGX A;  3KJV A;  2R7Y A;  4BDP A;  3K2P A;  3AA2 A;  3ULD A;  3KK2 A;  3RR7 A;  1BHL A;  1NJW A;  1YTU A;  4FJH A;  4LY7 A;  1GOB A;  4E7I A;  2XO7 A;  1EXQ A;  3WNG A;  4N76 A;  4AHS A;  3T19 A;  2HND A;  4C8N A;  4NYF A;  4DTS A;  3DM2 A;  4CJ3 A;  4E1M A;  3TI0 A;  1KFS A;  3NFA A;  2PYL A;  3ZSX A;  4PA1 A;  1SKR A;  4WE1 A;  3QLH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJW A;  3ULE A;  4BGA A;  1VQM N;  1WOQ A;  3FFK B;  4IWV A;  2E2N A;  2HNY A;  4HVJ A;  2RHK A;  4AQY K;  4CEE A;  3QIP A;  1L3S A;  3CG7 A;  1C0M A;  5KRS A;  4AF1 A;  1YHQ N;  3KZB A;  1OH7 A;  3K5L A;  1YI2 N;  2O8B A;  5KQD A;  3R1X A;  1TUU A;  1VSF A;  2Q0R A;  1K8K A;  3P38 A;  1VRT A;  3CET A;  4EAH D;  4GKK K;  4A59 A;  4O44 A;  4RW8 A;  4MLH A;  4BR4 A;  5AQL A;  1E4F T;  3E1Y A;  1RBT A;  3QBW A;  3QEP A;  1MU2 A;  3BUZ B;  1IBL K;  2ZF5 O;  2GX9 A;  4ILH A;  1QSY A;  1BUP A;  1W2B M;  1NWK A;  2O8E B;  2A41 A;  2P9P A;  4WCE L;  4DFP A;  1WAF A;  3OBY A;  4CD1 A;  2FSN A;  4M3Y A;  3SAG A;  3TAP A;  2CH5 A;  4BRC A;  1U45 A;  4IG3 A;  4UQG A;  1GLA G;  1KTQ A;  4AHU A;  5AQW A;  3BGR A;  3S41 A;  1R0A A;  3TAM A;  4XH4 A;  3NF8 A;  1S9E A;  2E2P A;  3OYF A;  5JVH L;  4CJS A;  4LF8 K;  5J2Q A;  1EP4 A;  4BRI A;  4E7H A;  3CC7 N;  4PWD A;  5C2F A;  4PKG A;  4CEQ A;  1VQ4 N;  4FYD A;  4YNQ A;  1BCO A;  3BDP A;  4Z4H A;  4FLZ A;  2F4V K;  4BRO A;  3SMP A;  5KQ8 A;  3TU5 A;  4DS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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