3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
1S1TA 4LD0A 4Z4GA 4M3UA 1S6QA 4Q0BA 5I42A 4B9LA 3LP1A 3DI6A 3VQ4A 3EYZA 3V9WA 1LWFA 2PZSA 4RW4A 1HQUA 4AH9A 4DSJA 4QOZB 1RBSA 3QIPA 4BDYA 3DLKA 1YVUA 4DQSA 4N41A 4FLUA 4KHYA 1IH7A 4CHOA 5FRNA 1LAWA 1S1XA 1VSHA 1BISA 1HQEA 1QQCA 1CZ9A 3LWMA 4JRQA 4HTUA 1D9FA 2P5OA 3K5MA 4DSLA 4DU1A 4XIUA 3SPZA 4OPKA 4FJGA 1HNVA 3TABA 2HNYA 2EX3A 4E7KA 4ID1A 1WSFA 4C8NA 4B3OA 3JYTA 2OZSA 4CEDA 4PQUA 3H08A 1C1BA 5KRSA 4N5SA 3L2VA 4CHZA 1RILA 3D45A 3CYMA 5HRNA 3RMDA 3SV4A 3S3NA 1BQNA 4FZXC 3HSTB 2BDPA 4FJKA 5FRMA 1A5VA 4F8RA 4CJLA 4W5QA 4QCLA 4M3YA 3RMAA 4Q5VA 4DU3A 2XY7A 1C0TA 3AO1A 4LH4A 4I9LA 1SL2A 3HK2A 2DTUA 1TK8A 4MFBA 4I9QA 3QEWA 4Z4CA 1ASUA 3QO9A 3ZT0A 2RKIA 4EZ9A 3D0PA 1TL3A 3C95A 3DLGA 2HHSA 2ITGA 3DRSA 2A1RA 4IBNA 1QS4A 4JLHA 1TAUA 3THVA 3VQ9A 3K58A 4Z4IA 3DM2A 1GOBA 4DLGA 2XO7A 4NCAA 4M3TA 4K8XA 3LZJA 1WSHA 3PO5A 4DF8A 3OYDA 1GOAA 4BDZA 2HW3A 1JLCA 4R5PA 2IOCA 1RTJA 3PX0A 1U47A 2HMIA 4DSEA 4LSLA 1VSEA 2HHTA 2KFNA 2XHBA 2FBVA 1KLMA 3I8DA 3QIOA 4AHSA 3L2UA 2BANA 1BI4A 4KTZA 1L3TA 2QKKA 2DFEA 4O0JA 4CJUA 3NH1A 2YNHA 4L8RB 3OYMA 1TAQA 4FJ8A 3VQ5A 2D0CA 3SUPA 4AHUA 5KGXA 3HXMA 1CLQA 3PUFA 2JLEA 2QKBA 4RW6A 3OYBA 4KREA 4DTJA 4NCGA 3NE6A 1U45A 4IG0A 3AVLA 3HO1A 3G10A 4LSNA 3ZSYA 4DTRA 4CF8A 4F4KA 4FJHA 2B4JA 1J5OA 3SYZA 4FJXA 2F8SA 2P51A 2YKMA 1XHXA 3OYGA 4FW2A 4FJIA 1QE1A 1L3SA 1EXQA 1UWBA 1BHLA 1BCMA 1WN7A 3K5OA 4CJ3A 4AILC 4E1MA 4E7JA 2GUIA 1JLGA 1VK0A 3NBPA 1W0HA 2PYJA 2YV0X 5CYQA 5J1EA 3SUQA 2G8VA 3O3GA 3CM5A 1UA1A 3MEEA 3MAQA 3MXIA 4BDPA 1S6PA 3BDPA 3HM9A 4KAZA 3ZSOA 2GBZA 4CK2A 4CIGA 4FK4A 4CEOA 1RCHA 4DTSA 2PYLA 1XC9A 1U49A 4KI6A 3QEVA 3RWUA 1W9HA 1C1AA 4FZZA 3DLHA 4IKFA 4O4GA 4H4MA 3L3UA 3NF8A 2IS3A 3SI6A 4DTPA 4KTQA 2GV9A 3ZT3A 1QSSA 1HJRA 3ISNC 3NGYA 2KFZA 1TVRA 4HUFA 1A5XA 4AHCA 4FLYA 4RW7A 3LP2A 4FXDA 2DFHA 3AO5A 3T19A 4FLXA 4DTNA 4C8LA 3SV3A 2G8KA 4KPYA 4F2RA 4OLBA 3V1QA 2HVHA 1HMVA 4E19A 4E7IA 1NK5A 4TSXA 1EP4A 3VQAA 1A5WA 2KQ2A 4DG1A 3A2FA 4FYDA 1ZYQA 1UOCA 1J53A 2VWKA 3HYFA 2A1SA 2LSNA 2YNIA 4Z0UA 2HB5A 3SZ2A 3V81A 2OYQA 2HHWA 1RTDA 1JXEA 2I5JA 2RPIA 1S9GA 1ITGA 1VSJA 4M3XA 4KHNA 3CFOA 4B9TA 4ZTJA 3VA3A 1SV5A 4B9VA 3SQ2A 3AV9A 4LY7A 4FLWA 1FXXA 5C42A 3KKRA 3ZT2A 3VQ6A 4DFKA 1CZBA 3VQ7A 4FJ5A 3HPGA 3O3HA 5JS1A 1D8YA 1IO2A 5CZ1A 1LWCA 4N76A 5SWMA 3KLFA 4CEAA 2KTQA 1YTUA 1LW0A 5E41A 1C0UA 3MECA 4CF2A 1HNIA 3KLGA 3KLEA 4KHSA 1SKRA 4KHUA 4BE1A 4DLEA 2D0BA 2X6NA 1WSIA 1KTQA 3OJSA 3V4IA 3LDSA 3V6DA 4ICLA 3SPYA 3HPHA 1XI1A 2WONA 4CEFA 1NKBA 3AVMA 3AA5X 2HVIA 4CEEA 4FLTA 3KLHA 3SQ0A 3SNNA 3NF6A 4CFAA 3RMBA 4FJJA 2F96A 4OKEA 4Y1CA 3WNHA 5HRSA 4EP4A 3CQ8A 4BWMA 4CIEA 2KW4A 3DRPA 3TR8A 4CGFA 1Z25A 3F73A 4FM0A 4E7LA 4KB0A 2X6SA 4WE1A 4CF9A 1HPZA 3AA3A 3KD5E 4DTUA 1BCOA 2Z1JA 3VQDA 4DFJA 3I0SA 1QSYA 4OLAA 3HT3A 5SZTA 2X74A 4RW8A 4H8KA 4FJLA 1CXUA 4AHTA 1X9SA 3SUNA 1RT2A 3PX6A 1ASWA 2FBXA 4B08A 4CFBA 3L2QA 3B6PA 1TK5A 1YTAA 3AO2A 1VSFA 3QETA 3AVIA 2IC3A 4PUOA 3U3GA 2FBYA 3AVCA 3ZSXA 4B8CA 1S5JA 4CE9A 4M3RA 2D0AA 3KK1A 3NHGA 1ZBLA 3AVHA 1NJWA 1L3VA 2RN2A 3AVGA 5CYMA 4FK2A 1T05A 3B6OA 3SJJA 4E3SA 1IKWA 2Q3SA 3IRXA 4BWJA 3OS1A 1SL1A 2IGIA 2VG7A 3QESA 4DWIA 1G15A 3K57A 4CK3A 1T8EA 1X9WA 1TL1A 2WOMA 1X9MA 1BGXT 4KO0A 2BGGA 1DTQA 3HPOA 4FM1A 1L3UA 1LAVA 2EHGA 4ELVA 3OYLA 1RDCA 1RT6A 4B9NA 4M42A 3AVBA 3QLHA 4GMJB 4CF1A 3RTVA 1JLAA 4J2DA 4KHQA 3HL8A 3NDKA 3TAFA 2IAJA 4B9SA 3EY1A 1Y97A 3OYEA 5HRPA 4DTMA 1TKXA 5KGWA 4CHQA 3AVFA 1T7PA 3V9SA 5CY4A 3LWLA 4PWDA 1LW2A 2B5JA 1VSDA 3I0RA 4CJSA 1I39A 3HP9A 3M8QA 1LV5A 4KTWA 2FBTA 1O1WA 2P1JA 1JXBA 1MU2A 4O0IA 3DLRA 1RDDA 4RW9A 4IFYA 3O3FA 1U04A 4CGGA 4CEZA 5HRRA 1EETA 3FFIA 3QINA 4OKKA 5EU7A 4CJEA 4E89A 4ZHRA 2VWJA 4CCHA 4J2AA 3VQPA 2HHVA 1FKPA 4DSIA 3DOLA 1X1PA 4W5OA 3OYCA 5HROA 1NK4A 1QHTA 1RBRA 4KB1A 4KV8A 2YNFA 3CM6A 1ZBHA 5HLFA 3LPUA 3U3YA 2E6MA 3O4NA 1U48A 1SL0A 4CGDA 1J9AA 3TAMA 1JLBA 5HBMA 4CJWA 4I7FA 2D5RA 3O4QA 1KRPA 2E4LA 4ELTA 3SUOA 4KI4A 4CEQA 3F9KA 4I2QA 3E01A 3QNOA 1BL3A 3T3FA 4C8KA 3EZ5A 1RT3A 3LAKA 3LZIA 2G8UA 3ZSVA 4KKOA 1SKWA 4OVLA 3VQQA 3TAQA 2P5GA 3HP6A 3LP3A 4K8ZA 3AVAA 4IFVA 4DFPA 4G1QA 1L5UA 1NOYA 4ZTFA 3DMJA 3OYHA 3AO3A 4O55A 1NJYA 2G8IA 5C25A 1DTTA 5KI6A 3PY8A 1UAXA 1RDAA 2OPSA 3NGZA 3KK2A 1XWLA 2ATQA 1WNSA 3LP0A 5J2NA 1IG9A 4HCCA 4CGJA 3K5LA 1CXQA 2KZMA 1ZBUA 3SQ1A 1JL1A 3KIOA 1RTHA 4Z4HA 4RG8A 1VSIA 1LWEA 4FM2A 4M3ZA 3U6FA 4HUEA 3P83D 4NYFA 2VG5A 3RR7A 4KHWA 4M45A 3ALYA 3ZT1A 5I3UA 3MXMA 1WAFA 3AA4A 4PA1A 4CJVA 3NCIA 4GVMA 4CK1A 2XY8A 4W5TA 3C6UA 4CEBA 3VQ8A 4FCYA 4C8MA 3UIQA 2HHUA 1D5AA 1JKHA 4GW6A 3OYKA 3S3MA 3OYJA 5FDLA 3OYAA 4FJMA 3DRRA 3LALA 2YNGA 1Z26A 1S1UA 3OYIA 3TAGA 3CFPA 3SQ4A 3IS9A 4CJTA 4EZ6A 1NK8A 1NKEA 3MEDA 4F2SA 3L2WA 4OGEA 4F3TA 4CFCA 4Y1DA 3ZSWA 5HP1A 3JSMA 1HYVA 1WSEA 3OS0A 2VG6A 4HVJA 1RBTA 1Q9YA 2R7YA 4CFDA 3TANA 3T1AA 3AVKA 4H4OA 4HCBA 1HYSA 4CF0A 4OPJA 3V1OA 4UQGA 3PO4A 2OPPA 1TGOA 1SKSA 1KFSA 2PY5A 4FZYA 3HVTA 1TK0A 1JLEA 1NK6A 1TKTA 4E0DA 1VSLA 3OS2A 1VSMA 2DFFA 2QK9A 1KVBA 1DLOA 4CJPA 1QSLA 4CJ5A 3ZSQA 2W42A 4FJ9A 1BIZA 3QEPA 2G8WA 1F21A 4NCBA 4M41A 3DYAA 1EKEA 2O4GA 4N47A 1IKXA 3CG7A 4AHVA 2IDOA 1N6QA 2QXFA 3RR8A 4CHNA 3VN5A 1NK0A 4I2PA 1JL2A 1RT4A 1KVCA 3OYFA 2ZQBA 1Q8IA 3C6TA 1S1VA 4DF4A 1U4BA 4CJ4A 4LH5A 2X78A 3OJUA 5J2MA 2XY6A 3S9HA 3ULDA 1RT7A 3TAPA 4DQIA 5DK5A 3OYNA 1BI4B 1KVAA 1S1WA 1HYZA 5CZ2A 4CGHA 3PX4A 1WLJA 3C94A 1Q9XA 3M8SA 1VRTA 1YT3A 3RRHA 1RBUA 1VRUA 1N5YA 2O4IA 4FLZA 4HUGA 4ID5A 1TKDA 1GOCA 4OGCA 1R0AA 3NF7A 3OY9A 2AJQA 3NH0A 4KRFA 3QEXA 4M3WA 1XHZA 1VSKA 2NUBA 4QAGA 2OPQA 1FKOA 1BIUA 1I3AA 4DS5A 4J2EA 3NH2A 1UA0A 3SCXA 3NFAA 4NYNA 3ZSRA 1WSGA 3QEIA 4CJFA 3V1RA 3PV8A 4Z4FA 3TI0A 2YHAA 3WNFA 4W5NA 3WNEA 4FJNA 2ETJA 3ZCMA 4N56A 2FC0A 1NJXA 4J2BA 3LPTA 5FROA 3KJVA 3CFRA 5J2PA 4FJ7A 3ZT4A 2DY4A 3DLBA 2RF2A 3QERA 4FW1A 4C8OA 1WSJA 3NGIA 5DMRA 4CJRA 4DFMA 4O5BA 3VQEA 3AO4A 1IKYA 2JGUA 3KKSA 2XY5A 3IAYA 3HJFA 2Z1GA 1RNHA 4F3OA 4AHRA 1J54A 4B8AB 2ZE2A 1HRHA 5KRTA 4PY5A 2HHXA 3P1GA 3VA0A 4YNQA 2Y1JA 1KSPA 3DLEA 3K59A 1S9EA 3P5JA 3KTQA 4ELUA 4BACA 1RTIA 3LAMA 3NF9A 4CECA 3AVNA 1REVA 1TV6A 3M8RA 1RDBA 1TKZA 3V9UA 1NK7A 1BQMA 3MXJA 4BE2A 2HNZA 4DTXA 3AA2A 4E1NA 2YKNA 3G0ZA 3S3OA 4CIFA 3L8BA 1ZBFA 3KK3A 1D9DA 5K14A 4B9MA 1ASVA 3L2RA 2ZD1A 4DU4A 4DQPA 1B92A 4MQ3A 4B9UA 2OA8A 1K6YA 2HNDA 4OJRA 4W5RA 3NAEA 4DTOA 4KFBA 5KTQA 3TAEA 2OZMA 1C6VA 2E6LA 5C24A 4CGIA 4DQQA 4JRPA 3ZSZA 1T03A 4CJKA 1WAJA 1ZBIA 4CERA 4CJQA 3HVRA 2B6AA 3V9ZA 4DSKA 1NJZA 1IKVA 1JLQA 4O44A 3TWHA 2XRIA 4OKJA 4CHPA 3MEGA 1KLNA 1JLFA 5T7BA 4DS4A 1NK9A 1EX4A 5J2QA 3KD1E 4CESA 4DQRA 4IG3A 1B9DA 4YFUA 4FK0A 2Z1IA 1RBVA 3WNGA 2OPRA 2YHBA 5JS2A 4JS5A 1KFDA 3VQCA 4E7HA 3RRGA 3M8PA 4IDKA 3OVNA 3ASMA 4EP5A 4JS4A 4CHYA 3ITHA 4Z4EA 1NKCA 1FK9A 1QTMA 3L3VA 1C1CA 3AVJA 1NOZA 3BGRA 1SUQA 4DMNA 4BE0A 3QNNA 3K2PA 4FVMA 4DSFA 1RT5A 3DOKA 2Y1IA 1C0MA 1KCFA 4HHTA 2G8FA 3IG1A 3VQBA 3V9XA 2BE2A 2Z1HA 5D3GA 2G8HA 2F8TA 4FLVA 1B9FA 3TARA 3K5NA 3RMCA 1RT1A 2HHQA 3KLIA 3LANA 2KZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BTFA 1GLAG 2HSTA 1ILYA 3DI6A 3FGUA 2PZSA 4FL9A 4RW4A 1GLFO 5ADXA 1JCGA 4KHYA 5FRNA 4FLUA 5B8HA 1N33K 1LAWA 1S1XA 1VSHA 1HPMA 4JRQA 2P5OA 1ZBIA 4XIUA 3SMPA 3SPZA 1NWKA 2QW9A 4K0KK 4ID1A 4FSVA 4B3OA 3JYTA 3MWPA 4N5SA 1QQOA 4LFBK 4CHZA 1RILA 3S3NA 2BDPA 3FLCO 4FJKA 2CH5A 3O9TA 4BVOA 3RMAA 4Q5VA 4DU3A 2XY7A 1C0TA 1SL2A 4CBUA 1TK8A 4I9QA 3QEWA 4Z4CA 2V52B 1ASUA 3RSEB 1TL3A 1P8ZA 4IBNA 3J7AP 3M6GA 2QEXN 3THVA 4DR5K 3G6EN 3BUZB 3DM2A 3LDPA 1IBMK 1V4SA 4K8XA 3PO5A 4FWOA 5BN9A 4DF8A 5TKWA 3AY9A 1JLCA 4R5PA 1U47A 4DSEA 1GLLO 4LSLA 5AQPA 1VSEA 4B9QA 4B3TK 3CMEN 2XHBA 4AHSA 3L2UA 4KTZA 1L3TA 2DFEA 5BRDA 4UY8O 4DKWA 2D0CA 3SUPA 5JLHA 1CLQA 4BR2A 5AQMA 4B3SK 4KREA 3L4QA 1NM1A 2HBJA 4DTRA 4FJXA 4B1YB 3MN9A 4FW2A 3OBWA 4X66K 3ZEUB 4E1MA 3WXIA 3CCVN 2FSNA 1VK0A 3JXUA 3N4PA 1W0HA 3CJ1A 2G8VA 1Z05A 1UA1A 4BDPA 4JD2A 4FPBA 4DTSA 2F7TA 4KI6A 3QEVA 3RWUA 3DLHA 4O4GA 4H4MA 3L3UA 3A5OC 2IS3A 4FOIA 1HJRA 4JHDA 2KFZA 1YJWN 3LP2A 2DFHA 2YX6A 3T19A 4DTNA 1HNXK 3KK7A 2YJFA 2P9NA 3SV3A 1YITN 4E19A 3SBTA 2ZF5O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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