3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
1K6YA 3HPOA 4NYFA 3ULDA 4FLXA 3S3NA 2G8VA 4KTQA 2FC0A 3RMDA 4N76A 1EXQA 4DMNA 3HP6A 4CHPA 1MU2A 4B8CA 4CF1A 3VQ9A 4EZ9A 3KIOA 1D9DA 4C8KA 4OPKA 1VSJA 4FJ9A 1U04A 1RT3A 5D3GA 3ZSZA 3CFOA 4KHSA 1VSFA 3ISNC 1RNHA 3NBPA 3BGRA 3ZT2A 2OZMA 3V81A 3ZT3A 4YNQA 5I42A 1TKTA 1HMVA 5KGXA 1WAFA 1ZBUA 3IG1A 3NFAA 1TVRA 2E4LA 4CJPA 4XIUA 4FW1A 3OYNA 5I3UA 1NOZA 3AVIA 5HRPA 4Z4FA 4NCAA 2RPIA 2ITGA 4O4GA 2GV9A 1NKBA 4DTPA 2KZZA 4FJ8A 3MAQA 1LWEA 1VSEA 3VQQA 4OKEA 4CFDA 4BE1A 3SUNA 2KQ2A 1D9FA 4F3OA 3HXMA 2QKBA 1A5WA 4W5OA 2ZQBA 2DFHA 2DTUA 4AHTA 3V9UA 4WE1A 1TK5A 4KHUA 3KLGA 4DSFA 1B92A 3O3GA 1RDCA 3AA5X 3ZSXA 1CXQA 4DSLA 3IAYA 1JLBA 2JGUA 3OS2A 4JS5A 3SQ1A 1BI4A 1HJRA 1RBVA 2DFEA 3L2RA 4IDKA 1RT5A 2KFZA 4BWJA 3THVA 5FRNA 5KTQA 4DU1A 2BANA 4J2EA 4CF2A 2B6AA 3U6FA 3V1RA 1WLJA 4HCCA 4C8MA 4Z4CA 4E7LA 3TARA 1KFSA 5KRSA 1TGOA 3DRPA 3ZSVA 2OPRA 4HTUA 4FJMA 1XHZA 2F8SA 1GOCA 3SQ2A 1C0TA 1JLFA 2G8FA 3M8QA 1BCOA 4HUEA 4BDZA 1Q9YA 1WSFA 4FYDA 2KTQA 3ZCMA 4FJHA 4CHNA 1CXUA 3TAQA 2PYJA 3AO2A 4OLAA 4FJ7A 4CJUA 4J2AA 2D5RA 4CF8A 3TABA 4GW6A 4HHTA 4DLGA 1X9MA 1RTDA 4DTOA 2I5JA 4DTXA 3T3FA 1RT2A 2D0BA 4B08A 4CECA 4FJGA 4B9MA 3LAKA 4FK0A 4JS4A 1YTUA 3MXMA 3UIQA 2Z1JA 3OYGA 2LSNA 2IDOA 3OJSA 3P83D 3NH1A 3WNHA 3OYLA 1VRTA 1ZBLA 4KTWA 4B9NA 4F2RA 2O4IA 1IO2A 2HHWA 1U48A 1BCMA 3SV4A 1UAXA 3VQDA 1QE1A 4MFBA 3DLRA 5J2QA 3AVAA 4FZYA 4M45A 4DQPA 1LAWA 2DFFA 4MQ3A 5E41A 4KAZA 4KB1A 3OJUA 4DFJA 4CK3A 3LWMA 4KHYA 1WSEA 2Q3SA 3TAMA 3K5MA 3CFPA 2IC3A 1RBTA 1VSHA 2YNFA 3LWLA 3QETA 2XY5A 1X9WA 2OPSA 3KKSA 4CIGA 4AH9A 1RDAA 2R7YA 3HT3A 1XC9A 2F8TA 1U49A 4CJLA 3I0SA 4IG0A 3TAPA 3H08A 1FKPA 1HRHA 4AHSA 3O4QA 3OS0A 4KI4A 4I2QA 1R0AA 3NAEA 2KW4A 3VQAA 1ASVA 1O1WA 1XI1A 3TAGA 4LH5A 4CGGA 4CEBA 5FRMA 2B5JA 3SZ2A 3LZJA 1TAQA 3OS1A 4H4OA 1T05A 1RBSA 4B9TA 2Y1JA 5EU7A 2YNHA 4JRPA 3DRSA 4DG1A 4FLTA 4HCBA 1DLOA 3L3VA 2FBXA 1EP4A 4FK4A 2NUBA 3ZT4A 3DMJA 5KRTA 1REVA 5CZ1A 1A5VA 3CM5A 4CCHA 3HO1A 1RTHA 2G8KA 1HNIA 4ID1A 4CE9A 3KK2A 4M42A 1NJWA 3I0RA 4RW7A 3S3MA 1VSMA 1DTQA 4AILC 4CJVA 2GBZA 4CJ4A 1U4BA 4YFUA 3AVLA 4I2PA 5FROA 1S6QA 2WONA 4CJQA 1TKDA 3VA0A 3MEDA 1RT7A 1ZBFA 2Y1IA 3RMCA 1BGXT 1SL2A 2HW3A 3M8SA 4DLEA 3TAFA 4H4MA 4IBNA 3PX0A 2RF2A 5DMRA 2X6NA 1Z25A 4AHUA 1IKVA 1WSHA 4OJRA 2FBTA 2XY8A 4E19A 4C8NA 1T03A 1UWBA 1WNSA 2YHBA 5J1EA 4O0IA 4N41A 1CLQA 4CHYA 3V6DA 3ZSQA 3ZSRA 1T7PA 3VA3A 4KPYA 3LP0A 3VQ4A 1TL1A 4C8OA 3QO9A 1TAUA 3TI0A 1KCFA 3NF9A 1TK0A 1HYZA 1CZ9A 3AVBA 3AVFA 5SWMA 3PO4A 1LV5A 1GOBA 5SZTA 1EETA 5DK5A 1RT6A 2X6SA 4GMJB 4KHQA 4B3OA 4M3RA 2X78A 4BE2A 1WSGA 3K5NA 1BHLA 2EHGA 4RW8A 4CGFA 4CIFA 3OYEA 4BE0A 3V9ZA 3V9WA 2QXFA 2YNGA 4DQQA 3U3YA 3KD1E 4ELUA 4CEZA 4DTSA 1L3TA 4FZXC 1BQMA 3MECA 3HPGA 4FLUA 3MXIA 4GVMA 2B4JA 3LAMA 3OYJA 4N56A 3WNGA 5HLFA 3PX4A 1TKXA 1SL0A 3HJFA 1S6PA 4PY5A 1RDDA 1J54A 1IKYA 4O5BA 4CEEA 3AO3A 1TL3A 2ATQA 4IFYA 4I9LA 2D0CA 1JLAA 4CEOA 2G8IA 2HHXA 1RTJA 4N47A 4CIEA 1J53A 3CQ8A 3VQEA 1ZYQA 3AO1A 4FJLA 4Y1DA 1NKCA 3OYFA 2P5OA 1YTAA 3QESA 3DLKA 4NCGA 1LW2A 4CERA 4Z4IA 4W5NA 1RCHA 2OPPA 4ICLA 4ID5A 3OYMA 4FM1A 3C95A 1S1TA 1L3UA 2DY4A 2E6MA 3ASMA 1S1WA 3NGZA 4M41A 1D8YA 3PX6A 4ZTJA 4BDPA 4OKJA 3VQ8A 1NK8A 1S1UA 3AVKA 1Q8IA 3RMAA 3OYAA 2BE2A 1YT3A 4FW2A 3F9KA 1S9EA 5CYMA 1IG9A 3V1QA 1G15A 2EX3A 2XRIA 4CFCA 3SNNA 1SKWA 4Z4GA 4CK2A 3L2UA 3RR7A 2P5GA 3DOLA 3L3UA 3QERA 3D0PA 5HP1A 3D45A 1NK7A 1TV6A 2Z1HA 4FK2A 3SV3A 1Y97A 3P1GA 3V1OA 1LW0A 3HP9A 4DF4A 3KD5E 3ITHA 4J2BA 1J9AA 4ELTA 5K14A 1VRUA 1C1AA 4BWMA 4OVLA 1QSYA 1I39A 3QEWA 3L2QA 3AVMA 1ASWA 4OGEA 3V4IA 1JKHA 4M3YA 3HVTA 3OYBA 3LP1A 3U3GA 4M3ZA 3G0ZA 4OPJA 3OY9A 3KLEA 3L2VA 1FKOA 3B6PA 3VN5A 4CGDA 4DSKA 2HVHA 1QSLA 1SKRA 1N5YA 1QTMA 1TKZA 1C6VA 4RW9A 3ZSWA 1RT4A 3LP2A 4JRQA 5J2MA 4Z4HA 1HNVA 3C6TA 4FVMA 3NGYA 1KRPA 2O4GA 4CJRA 4LSNA 3PV8A 1HQEA 3OYHA 1S9GA 4I7FA 4UQGA 4Z4EA 1L5UA 4EP4A 4DQSA 4KB0A 1JXBA 3NDKA 4M3WA 4DTRA 2HHTA 1BISA 4I9QA 5J2PA 2OA8A 1C0MA 2X74A 5T7BA 1S5JA 1ITGA 4QCLA 1KLNA 4CJWA 1KVBA 4Q0BA 1IKXA 2A1SA 4DU3A 3RR8A 4N5SA 1JLCA 3F73A 4FCYA 5CYQA 4FJIA 2HHUA 4CJFA 1S1VA 3KTQA 3RWUA 3OYKA 1T8EA 3QEXA 3IS9A 1C1BA 1W9HA 4CHZA 2VWJA 4KKOA 2OYQA 2P51A 2ETJA 3HSTB 1S1XA 3CFRA 4DS4A 1BIZA 3AVJA 3SUQA 5C25A 2HNDA 3VQPA 1JL2A 3M8PA 1RILA 4Y1CA 4CJ3A 3PO5A 3OVNA 4KFBA 4QAGA 2JLEA 3CG7A 3SUOA 1ASUA 3NF7A 1UA0A 3DLGA 3KLIA 4CJTA 1NJZA 4KTZA 1VK0A 3AA4A 5JS2A 2YNIA 3FFIA 3K59A 5HRRA 4CJ5A 4L8RB 4PWDA 3WNFA 4KV8A 3QLHA 3HVRA 4ZTFA 2QKKA 5CZ2A 4IG3A 1WN7A 4CJKA 4O55A 2HMIA 2ZD1A 1SKSA 2QK9A 3DOKA 1EKEA 1J5OA 2P1JA 2PY5A 2GUIA 3LPUA 1BL3A 4CHQA 3DRRA 4FLWA 2Z1IA 3C94A 4CFBA 4DS5A 1ZBIA 2KFNA 3TANA 4DWIA 4FZZA 3ZSYA 2XHBA 3NE6A 4E89A 2FBYA 4B9UA 1WSIA 4FJ5A 2VG6A 1XHXA 4PUOA 5HROA 2HHVA 3DLBA 5CY4A 5C42A 3KKRA 3QIPA 3HM9A 4F3TA 3P5JA 3RTVA 3MXJA 4E1MA 4HUFA 2G8HA 4DFKA 3ALYA 1EX4A 2W42A 3QINA 3T19A 3C6UA 4BACA 4RW6A 4CF9A 1VSDA 3DLEA 3EZ5A 3CYMA 1U45A 1NK5A 3SPYA 1N6QA 5JS1A 4CESA 4DTJA 2BDPA 4F4KA 2OZSA 3MEEA 3S9HA 4CHOA 1BQNA 3LP3A 4ZHRA 1SUQA 2KZMA 2AJQA 4CGHA 3DM2A 1DTTA 1FK9A 4AHRA 3ZT0A 3NGIA 3NCIA 1RTIA 4DTUA 2G8UA 4FJKA 1KFDA 4E7HA 1B9FA 4LY7A 3M8RA 3K5LA 3A2FA 4PA1A 1NJYA 4E0DA 3RRHA 1QSSA 3JYTA 2XY6A 1LWFA 1QHTA 4TSXA 3ZSOA 4CGJA 2HNYA 4DSEA 2F96A 1IH7A 1NK0A 1RBRA 1KVCA 2OPQA 4R5PA 3OYDA 4K8ZA 3DI6A 3PUFA 1UA1A 2PYLA 2HHSA 3G10A 4B9LA 3ZT1A 1LWCA 3L2WA 1NK4A 3LPTA 3NH0A 1Q9XA 2VWKA 3LALA 4KHWA 4M3UA 4KI6A 1JL1A 4CF0A 1RBUA 4DU4A 4DTNA 4J2DA 2YV0X 1HYVA 4PQUA 4DQRA 3SJJA 2FBVA 3NHGA 2RN2A 3AA3A 3AV9A 2HHQA 4B9VA 4RW4A 1VSKA 4QOZB 4B9SA 2HB5A 3AVGA 3V9XA 1I3AA 4NYNA 4CEAA 3LDSA 3SUPA 3QEPA 1YVUA 1QS4A 3O4NA 2A1RA 3VQCA 4HVJA 1WAJA 4KREA 1NK9A 4CJEA 4FM2A 3DLHA 4FJXA 4CK1A 5C24A 3K58A 3OYIA 3KJVA 3OYCA 3PY8A 3VQBA 4EZ6A 1A5XA 5J2NA 3K57A 1L3VA 4EP5A 4E7KA 4FLZA 1HYSA 3QNOA 2IS3A 3TR8A 3SQ4A 3TAEA 3AO4A 4F2SA 4M3XA 1VSLA 3QEIA 1HPZA 3AA2A 4KRFA 1RT1A 2IGIA 4B8AB 4AHCA 4CFAA 3JSMA 1LAVA 4DTMA 4FJJA 5KGWA 2IOCA 3E01A 4CJSA 1RDBA 3AO5A 1KVAA 2YHAA 3LANA 5KI6A 3RMBA 4DSJA 5FDLA 4C8LA 4KHNA 1BIUA 1JLGA 4AHVA 3VQ5A 3O3HA 3NF8A 1XWLA 2ZE2A 3MEGA 3NF6A 3K5OA 1L3SA 1JXEA 2BGGA 4O0JA 3NH2A 1JLEA 4IFVA 3HK2A 1D5AA 1NJXA 1X1PA 4E7JA 2HVIA 1X9SA 5HRSA 4M3TA 2E6LA 3RRGA 4LSLA 2RKIA 3KLFA 4E7IA 3AVHA 4ELVA 4Z0UA 4DF8A 3SI6A 2D0AA 1SL1A 5HRNA 1B9DA 4W5RA 4NCBA 2HNZA 1NOYA 3B6OA 4OKKA 3V9SA 5HBMA 1C0UA 3WNEA 3S3OA 4F8RA 4OLBA 3AVNA 3DYAA 3SQ0A 4IKFA 1WSJA 4W5TA 3L8BA 3EYZA 1QQCA 4HUGA 1C1CA 4OGCA 1W0HA 4JLHA 3KK3A 3LZIA 4BDYA 3QNNA 4G1QA 1F21A 1IKWA 2VG7A 1TK8A 3BDPA 1BI4B 3I8DA 4DFPA 2WOMA 3IRXA 4DSIA 3HL8A 3KK1A 3SPZA 3SYZA 4LD0A 4CEDA 2PZSA 1JLQA 3EY1A 3AVCA 4CEQA 4LH4A 2Z1GA 4DQIA 3TWHA 4FLYA 4K8XA 4FJNA 4W5QA 2VG5A 4E1NA 1KSPA 1CZBA 1UOCA 1Z26A 1KLMA 3QIOA 4KO0A 4FM0A 4FXDA 4DFMA 4E3SA 1ZBHA 3SCXA 1HQUA 1KTQA 4O44A 3K2PA 2G8WA 4RG8A 4FLVA 2YKMA 4CGIA 3QEVA 2YKNA 1U47A 1NK6A 4Q5VA 3O3FA 1FXXA 2XY7A 3HYFA 3T1AA 1NKEA 2XO7A 3VQ6A 3HPHA 4CEFA 3KLHA 3CM6A 3VQ7A 1GOAA 1SV5A 2IAJA 4H8KA 1VSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKGA 5HOOA 1JCFA 4F9OA 1N33K 3AGRA 1MU2A 1U04A 2NRVA 3NMUA 3EO3A 1VSFA 2ITMA 3V81A 4YNQA 3OYNA 1ZBUA 3OYJA 4KHWA 1TVRA 2E4LA 4Z4FA 2RPIA 2QWQA 5M1OA 1VSEA 4B1ZA 4OKEA 4CFDA 3SUNA 2O8BA 4BQZA 1TK5A 4JHDB 4WE1A 1B92A 3O3GA 4RWTA 4RCHA 2RE2A 1BI4A 1RBVA 3LDQA 4DU1A 3WEEA 2B6AA 3U6FA 1RDWX 4HTUA 3ZSVA 1HLUA 2OPRA 2F8SA 5AQHA 1GOCA 3VGMA 3QMLA 1C0TA 1JLFA 3THWA 3M8QA 4BDZA 1ATSA 3R1XA 4FJ7A 1V4TA 3TABA 1X9MA 3TSPA 4DTOA 5ADXA 4FJGA 3VESA 3LAKA 3MXMA 3A0IX 1VQLN 3UIQA 4K43A 3P83D 5GIPA 4B9NA 3ZX0A 1BCMA 3SV4A 4MFBA 4JI6K 5J2QA 2I7NA 4M45A 5E41A 3N4QA 2VQEK 3OJUA 4DFJA 4CK3A 4KHYA 4BR7A 3TAMA 3K5MA 4BRCA 4CIGA 2R7YA 2F8TA 1U49A 1K73O 2FSJA 3TAPA 1FKPA 1HRHA 3O4QA 3MN6A 2KW4A 5AQMA 2IIRA 1XI1A 3W0LA 3A5MC 4H5RA 2QEXN 5LMNK 3OS1A 1T05A 2Y1JA 1SAZA 3DRSA 3E9OA 1DLOA 3L3VA 2ZM6K 5GAHP 3FR0A 1REVA 3O9QA 4CE9A 4CZJA 4AILC 4CJVA 3TTCA 3AVLA 4WFBL 2OTJN 2Q0RA 3C7NB 1TKDA 3VA0A 1W97L 2HW3A 1BGXT 3M8SA 4U7BA 3VGKA 1IKVA 4E19A 4C8NA 4JD2A 1CLQA 2E2PA 3V6DA 3ZSQA 1T7PA 1TAUA 4KPYA 3LP0A 3VQ4A 1TL1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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