3V9XA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aaa) with two mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
AQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9xA00
4DTXA 3NH0A 5I3UA 3VQDA 5C42A 1BL3A 4CJEA 4OLAA 2FBTA 3DRPA 3LAKA 4J2EA 3AVNA 3MEGA 4M3YA 3V6DA 2Z1IA 3TARA 3TAPA 3AA2A 1NKCA 1RBSA 4GVMA 4J2AA 3SNNA 3QEXA 2G8HA 3VA0A 4TSXA 4KHYA 3LWMA 3RR7A 3KJVA 4CF2A 4DQPA 2QKBA 2GV9A 1XC9A 3HM9A 3LZJA 3TWHA 4CCHA 2HVIA 4OKKA 3NH1A 2HMIA 2OPRA 3HK2A 4PQUA 3L2WA 3SZ2A 5J2PA 4AHCA 2Q3SA 2IS3A 4C8OA 4KAZA 3OVNA 2X6SA 1DTQA 3HT3A 2R7YA 3IG1A 4BE1A 2FBVA 5HP1A 1NJXA 3M8SA 2B5JA 4ZHRA 3L3UA 4NCBA 4AILC 4Z4GA 3NE6A 1QQCA 2BE2A 4Y1CA 3TAMA 3ZSYA 4CEAA 4DFJA 4IG3A 4BE2A 4E3SA 1C0UA 3HSTB 1HNVA 5KGXA 5HRSA 1RTJA 3L2VA 2RF2A 4GMJB 1IKYA 3VQQA 4Z4CA 4QOZB 1CXUA 1X9MA 1T05A 1KVBA 3ZSWA 2RKIA 1BI4A 4G1QA 4OLBA 3SUNA 3QO9A 3PY8A 1RBRA 4FCYA 3WNHA 3OYCA 3QERA 2YHBA 1IKVA 4FJKA 1C6VA 1YT3A 5J1EA 3BDPA 3KLFA 4CHQA 3OY9A 3DLBA 3L8BA 1BI4B 2D0BA 2G8IA 3ZT2A 5D3GA 3SCXA 4CIGA 2OA8A 1ZYQA 1Q8IA 1ASUA 1BHLA 4O44A 4E7IA 4KB1A 1LW2A 2EX3A 1BQMA 1SL0A 4FJXA 3PX0A 3ZSOA 3SPZA 5CZ1A 1SUQA 4CHPA 4CJKA 3HJFA 4CJRA 4CK3A 2OPSA 3PO5A 4HCBA 2B6AA 4IFYA 2PY5A 1U04A 3C6TA 4FZXC 1W9HA 4C8MA 3RWUA 4XIUA 3AO3A 4DU1A 3U3GA 1TKXA 3DOLA 4N5SA 3VN5A 1RT3A 3IS9A 1SKWA 1VSLA 4EZ6A 3T3FA 3QESA 1HRHA 2GUIA 3CFRA 3S3OA 4CK2A 3M8QA 1JLQA 4KREA 1UAXA 3PV8A 4I7FA 4AHRA 3LALA 3QNOA 1JLBA 1WSIA 3AVIA 4CEQA 2G8UA 3NF8A 4GW6A 4FLZA 4CF0A 2KFNA 1VSIA 3RRGA 4K8XA 1TL1A 2BGGA 3SQ2A 4FLXA 3U6FA 1XHZA 4FZYA 1K6YA 3DLEA 1U45A 2WOMA 3DI6A 3OS1A 3LP0A 3DLRA 4OJRA 3VQ9A 4B9LA 4F8RA 4FLTA 3MEEA 4RW9A 2X6NA 4RW6A 3V1RA 3KLEA 4O0JA 3DRSA 1RNHA 4N47A 4JS5A 4FK4A 3L2UA 3S9HA 4FJIA 1LAWA 3NGZA 3KLHA 4KTZA 4CJFA 3DLGA 3HP9A 3KK1A 1X9WA 3AV9A 4HVJA 1RDAA 3P5JA 3TAFA 4FJNA 2FC0A 2G8VA 4DQSA 4DTOA 3AVFA 4HCCA 4YFUA 1YTAA 1TVRA 4IDKA 3NBPA 4CJTA 2XRIA 1JXEA 4CJ4A 1UA1A 4FJ9A 3TANA 1XWLA 4OGCA 3NFAA 3EZ5A 4DS5A 3SQ0A 3ZSVA 4CF9A 4DFMA 1X1PA 3KLGA 3CFPA 3E01A 3L3VA 1VSMA 5T7BA 1WNSA 2OPPA 1NOZA 3QIPA 3PX6A 3CYMA 3K5LA 5E41A 5SWMA 3QEIA 1RT4A 1SL2A 1RT2A 3QIOA 3RMDA 2F8SA 1WN7A 1ASWA 3P1GA 3O3GA 3K2PA 4I2QA 4K8ZA 4DSIA 2Y1IA 4M3XA 5C24A 4HUEA 1EP4A 3KTQA 3DLKA 1HYSA 4HHTA 4ICLA 4AHVA 4CFAA 2IOCA 3RR8A 2X74A 1MU2A 2A1SA 1W0HA 3V4IA 1NK5A 3ULDA 4M3UA 1RT5A 1VRTA 4ZTFA 2AJQA 4W5QA 1A5XA 4CJVA 4B9NA 1DLOA 3LP3A 4FJHA 4CECA 4FK0A 3L2QA 4Z4HA 1I3AA 2XO7A 4B9VA 1F21A 1FKOA 2W42A 2Z1HA 1VSKA 4B8CA 3O3HA 4KI4A 2KZMA 3VQ8A 2IGIA 4FJMA 2RN2A 3SV4A 1R0AA 1ZBIA 2O4IA 3VQAA 4CHYA 4DTMA 4IBNA 3QNNA 4Z4FA 4FW2A 1RTDA 3NHGA 4AHSA 3QEPA 1Q9YA 3ZT1A 1BISA 3HYFA 3OYMA 3SI6A 2Z1GA 4CK1A 1L3SA 2HHQA 1TV6A 4B3OA 1RTHA 3I0SA 1S9EA 4DF4A 1TGOA 4C8KA 4YNQA 4BWJA 1SKSA 1IO2A 1KFDA 4E89A 3V9UA 1WAJA 4OPKA 3C95A 3MXIA 1G15A 3LPUA 1UOCA 4CERA 1T8EA 1FKPA 1NK0A 3OJSA 4UQGA 4ELUA 3PUFA 4FM1A 4DWIA 4I9QA 4KHWA 1I39A 2WONA 3KLIA 2OZMA 4M3ZA 4FLYA 1L3TA 2XHBA 1LV5A 4JRQA 3HPGA 3KD1E 3NF6A 3V1OA 1TKDA 4W5TA 3A2FA 3ITHA 5CYMA 4KB0A 1B9FA 4RW4A 1U47A 4FXDA 4FJJA 2KQ2A 1UWBA 1BCOA 2DFFA 2ZD1A 5HBMA 3AA3A 4DTPA 4DFKA 1L5UA 3WNEA 3QEVA 1VSFA 1QHTA 4M45A 2XY5A 4LSLA 4CJQA 2XY8A 2YKNA 4MQ3A 5C25A 2QXFA 4PWDA 1VSEA 3BGRA 2HHUA 2HHVA 3SV3A 3DOKA 1KLMA 2DFEA 3IAYA 4IG0A 3OYLA 1NJYA 1HQUA 4AHUA 2P5GA 4E0DA 2A1RA 4PUOA 3HL8A 4CGIA 4B9UA 4B9MA 5CZ2A 3K57A 5JS2A 3ZSXA 1IG9A 1J54A 1WSFA 2HNDA 4H4MA 3OYDA 1C1AA 4CGHA 1VK0A 1LAVA 2EHGA 4M41A 1EX4A 4FM0A 4MFBA 4FLVA 3LAMA 2IDOA 4W5NA 5J2QA 3C6UA 4CJUA 1KVAA 3V9XA 4M3TA 1S1TA 3G0ZA 3I8DA 1S1UA 3VQ5A 3SYZA 3QLHA 4CF8A 5KTQA 2E6MA 4DTUA 3JSMA 1C1BA 1N5YA 3LWLA 4Z4IA 3L2RA 1D9DA 4KKOA 1CZBA 3ALYA 1ZBUA 4FW1A 4CEEA 4JS4A 2HHXA 1TKTA 2XY6A 1TL3A 4F3TA 2PZSA 1TK5A 1HJRA 5CYQA 3EY1A 4OVLA 1WSEA 3AVHA 1EXQA 1LW0A 4NYNA 3RMCA 4CJWA 4RW8A 3KKRA 1TKZA 4BE0A 3SUQA 3QETA 3OYAA 4DSKA 4ELTA 4DSEA 3WNGA 4E7LA 4DSFA 1EKEA 1QSLA 1NOYA 3ZCMA 5DK5A 1CXQA 4W5RA 3OJUA 5HROA 4CEZA 1S1WA 1A5WA 1RT7A 2YHAA 4O0IA 5FDLA 3NAEA 1RILA 3K5NA 1S1VA 3AVBA 3VQCA 2HW3A 1NJZA 3NH2A 3VQ6A 1D8YA 4Q0BA 1BGXT 2HNZA 1RT6A 3P83D 2OZSA 4DQIA 4J2BA 2O4GA 2QK9A 2DY4A 3AA5X 1LWCA 3LANA 5K14A 4CESA 3OYIA 4DTJA 4CJPA 4DFPA 4ELVA 4DF8A 2I5JA 4WE1A 4J2DA 1L3VA 4FM2A 1NJWA 4BDPA 2VWKA 3TAEA 2ITGA 3LP1A 3SUPA 2VG6A 2F8TA 1HPZA 3V1QA 1X9SA 4IFVA 4I9LA 3AVKA 1GOBA 2E4LA 4DU3A 4CJLA 1D9FA 4FLUA 3TABA 5EU7A 1B9DA 4KI6A 4CEOA 1J5OA 3QINA 3AVCA 1KCFA 4CFCA 4CE9A 1QSYA 4CEDA 4KHQA 4FYDA 1KTQA 1VRUA 1U49A 2HHSA 1KFSA 1RDDA 2JLEA 3CM5A 1SL1A 4CHNA 2D0AA 3DMJA 3RMAA 4HUFA 3OYGA 4KTQA 4CHZA 4B9SA 1NK7A 3O3FA 3KD5E 3HP6A 3RMBA 3CG7A 4QCLA 1J53A 3EYZA 1BQNA 4ID5A 3VQEA 1Y97A 3OYFA 4LSNA 1TK8A 3MEDA 4PY5A 3G10A 3ZSZA 2OYQA 4QAGA 4HTUA 3VQPA 1U48A 3K58A 4DU4A 4OGEA 1T7PA 3MECA 3F73A 3B6OA 2LSNA 1C0TA 4Y1DA 4CFDA 3VQ4A 2HHTA 2BANA 3V9ZA 3S3NA 5CY4A 2YV0X 3OYKA 1D5AA 3I0RA 3WNFA 3AO4A 5HRNA 3TR8A 1XHXA 3AA4A 3K5MA 1QSSA 2G8KA 1TAUA 2FBXA 5KRTA 2Z1JA 4E7HA 4B9TA 4CJ5A 1DTTA 2DTUA 2OPQA 4CGGA 4OPJA 1RCHA 1JLFA 3SQ1A 3OYHA 4C8LA 5KGWA 1EETA 2ZQBA 1BIZA 4OKJA 1JL1A 5KRSA 1ZBHA 3AVJA 3V9WA 1KSPA 3T19A 3IRXA 5J2MA 2IAJA 1VSDA 1NKBA 1NK9A 4EP4A 4DTRA 3M8PA 4I2PA 1ZBFA 1JLEA 4O5BA 3FFIA 4FJ5A 4CGJA 4KV8A 3THVA 2IC3A 4FJLA 4KFBA 3CM6A 3CQ8A 4LH5A 4LY7A 3D0PA 4JLHA 3SQ4A 2KTQA 4EP5A 3V81A 1QTMA 1S9GA 1JLCA 3U3YA 4DTSA 2KZZA 3KK2A 4FZZA 1WLJA 2HNYA 2JGUA 4M3WA 4H4OA 4H8KA 3TI0A 3LZIA 4DSLA 4C8NA 4FJ8A 1BIUA 2D0CA 3AO2A 4DLEA 4O55A 4KHUA 4M3RA 3HPHA 3MAQA 4DQRA 1ITGA 1GOAA 2RPIA 3M8RA 3NCIA 1SKRA 3H08A 4N76A 1KLNA 3JYTA 4CJ3A 4FK2A 3DM2A 1T03A 1HYVA 5HRRA 3OYNA 4BWMA 1NKEA 1JL2A 2G8FA 3AVGA 3NGIA 3DRRA 4BDYA 1XI1A 1ZBLA 2HB5A 4EZ9A 3O4NA 3T1AA 3UIQA 1S6QA 2XY7A 1RT1A 2YKMA 2P5OA 1Q9XA 4CGDA 4DQQA 4KO0A 4CFBA 1JXBA 4R5PA 3HPOA 1IKXA 4Z0UA 3AVAA 4O4GA 2E6LA 3ASMA 3DYAA 2GBZA 4RG8A 1J9AA 4LD0A 4BDZA 3B6PA 1QS4A 2ZE2A 4N41A 1C1CA 1S1XA 3K5OA 2F96A 3ZT4A 3NDKA 4KHNA 3LP2A 1O1WA 1TK0A 3LDSA 4F2RA 2YNFA 4DG1A 5J2NA 3HVTA 3SUOA 1L3UA 4JRPA 1RBTA 4F3OA 3OYJA 3SJJA 3QEWA 1ASVA 3HO1A 3KIOA 3KKSA 4CEFA 4W5OA 1HYZA 3NGYA 2KFZA 1GOCA 4DS4A 1HQEA 5HLFA 4CIEA 3K59A 4OKEA 4DTNA 1REVA 2NUBA 4LH4A 4Q5VA 1VSHA 4ID1A 1S6PA 2YNGA 1Z26A 4NYFA 3HXMA 1NK8A 4FJ7A 1YTUA 2BDPA 3ZT0A 3SPYA 4F4KA 1HMVA 1Z25A 4NCAA 1JLGA 2HVHA 3AVMA 1WSGA 2QKKA 4CGFA 1KVCA 3C94A 1CLQA 1C0MA 3NF9A 4DMNA 1JKHA 3VQ7A 5SZTA 3TAGA 5FRNA 2ETJA 2KW4A 1FK9A 3OYEA 4AH9A 4L8RB 4FLWA 1U4BA 1IKWA 1RDCA 1RBUA 3AO1A 4E7KA 2YNIA 4F2SA 4M42A 2HHWA 1JLAA 4RW7A 3AO5A 1QE1A 3VA3A 2PYJA 3ZSRA 4FJGA 5JS1A 1WSHA 3ZSQA 3PX4A 1TAQA 3ZT3A 2FBYA 4B8AB 4KHSA 3F9KA 3TAQA 1S5JA 2VG7A 1WAFA 3V9SA 1HNIA 5I42A 3MXJA 4AHTA 2Y1JA 1KRPA 4HUGA 4PA1A 1RTIA 1N6QA 2VWJA 2PYLA 4DSJA 4IKFA 4CHOA 3DLHA 2DFHA 3ISNC 2B4JA 3VQBA 3RRHA 4KRFA 4BACA 4E7JA 5HRPA 3KK3A 3NF7A 3PO4A 1NK6A 4NCGA 4KPYA 1IH7A 1LWEA 4CEBA 3S3MA 1B92A 3OS2A 3MXMA 2ATQA 4B08A 3OYBA 1UA0A 1WSJA 5FRMA 4Z4EA 4N56A 4CIFA 1FXXA 4CJSA 1YVUA 3CFOA 4DLGA 4FVMA 5KI6A 2P1JA 4E1NA 2YNHA 3RTVA 1NK4A 1LWFA 1RBVA 1SV5A 1VSJA 2D5RA 3D45A 4CF1A 5DMRA 2G8WA 1BCMA 5FROA 2P51A 3O4QA 3LPTA 3HVRA 4E1MA 4KTWA 4E19A 1A5VA 2VG5A 2X78A 3AVLA 1RDBA 4ZTJA 3OS0A 1CZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I3UA 3LL3A 3VQDA 2QWPA 2ZJPL 1ZBSA 5C42A 2FBTA 4J2EA 3MEGA 3V6DA 4H5WA 4JKCA 1RBSA 4OO1J 2G8HA 3WXMB 4BRLA 3VA0A 5GAHP 3E9LA 3CJ1A 2GV9A 4DUYK 3HM9A 3LZJA 3D2FB 3SMPA 1Q81O 3J7AP 3HI0A 3L2WA 2Q3SA 1IJJA 3T69A 3CD6N 3OVNA 4KBOA 4CZIA 2YHWA 5AQMA 1BG3A 2JWLA 3FGUA 5AQJA 1QQCA 3TAMA 4DFJA 2QEXN 3HSTB 2RF2A 4GMJB 2E2QA 4JI6K 3VQQA 4A5AA 3BF3A 1BI4A 4BC5A 3QO9A 3PY8A 4JI3K 2YHBA 3A5MC 1HJOA 5AQZA 3L8BA 3DLBA 1DGKN 3R9PA 2G8IA 3L6QA 2KLAA 2OA8A 1Q8IA 1ASUA 4E7IA 5GAEP 2QA4N 3TTDA 1SL0A 5CZ1A 3HJFA 5LJWA 4CJRA 4CK3A 4HCBA 3MMVA 4IFYA 1KXPA 3FE1A 3RVCA 2F7TA 3RWUA 5C2DA 2O8EA 3CFRA 4CK2A 1JLQA 4KREA 3LALA 2HF4A 2G8UA 4FLZA 4CF0A 5IWAK 1KD1O 3ZYYX 5AQLA 3PSFA 3E1YA 5AQFA 2ZGZA 1N8RO 3U6FA 4FZYA 3DI6A 3LP0A 4XEIA 3AAQA 3VQ9A 2P9SB 4B9LA 3O8MA 4H0OA 4RW9A 3KLEA 4O0JA 1RNHA 3KLHA 3DLGA 4B3SK 2O8FA 3TAFA 4DQSA 4C1NK 4FSVA 1UA1A 4IDKA 2VGMA 4YOUA 4YDUA 2XRIA 1JXEA 3MCPA 4CJ4A 4FJ9A 2Q31A 3CC7N 4CZFA 5B8HA 1V4SA 1NGHA 3KLGA 3E01A 3L3VA 5T7BA 3QIPA 3VEOA 3DXKA 3HZ6A 3LDPA 4IFEA 4KHPK 3UKUA 4DR7K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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