3VA0A

Crystal structure of rnase t in complex with a di-nucleotide product (gg) with one mg in the active site
Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (36-46)3H1 (10-12)AH2 (92-110)TIV1 (12-15)TI'1 (14-17)TI1 (30-33)S1 (17-26)S4 (114-119)AH3 (122-136)TI2 (31-34)TI3 (47-50)S3 (52-61)AH1 (72-78)TII1 (65-68)TI4 (81-84)TI5 (84-87)TIV2 (85-88)AH5 (164-171)TI6 (179-182)3H2 (177-179)AH6 (183-204)S5 (143-150)TIV3 (119-122)TIV4 (138-141)TIV6 (206-209)AH4 (151-159)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 65
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va0A00
3VQ8A 4H4MA 4Z4IA 1TGOA 2KW4A 1R0AA 5KGWA 1KVCA 2G8VA 4N5SA 3AVKA 4M3UA 4DFKA 1TV6A 3OYBA 4DS5A 4O44A 1RT1A 4ID5A 2X6NA 4RW6A 3ZSZA 3VQBA 2BANA 2Z1IA 4I7FA 4CEQA 1KFSA 2PY5A 4C8OA 1TK8A 2HHUA 1U04A 1SKSA 4AHUA 4CHQA 1K6YA 5FRMA 5HRSA 1WSFA 1HYVA 1L3SA 1S1WA 1JLBA 1NKCA 1FKOA 3S3OA 1RT6A 4FM2A 5CZ2A 1IG9A 4B9UA 4DWIA 2AJQA 2Z1GA 1RT3A 3AVMA 3OY9A 4KB1A 1IO2A 1C1CA 4E1NA 4TSXA 4CJKA 1U49A 3KLHA 3ZSOA 3K5OA 3VQ6A 1NJXA 4OPKA 2G8KA 4BWMA 3S3NA 1MU2A 2D5RA 5HRPA 1JXBA 2OPSA 4MQ3A 5T7BA 4DSKA 4CIGA 4M3XA 4CHZA 3TANA 1BQNA 4DTPA 2HHSA 1Q8IA 3ZT2A 2O4IA 1BCMA 2GUIA 3NF8A 4B08A 1XHZA 3AVJA 1WN7A 2OZSA 2JGUA 4FM0A 2VG5A 3NDKA 2KTQA 3K5LA 4CF8A 3RR8A 3ZCMA 2DTUA 1HYZA 1VRUA 4JRQA 3A2FA 4F3OA 3SZ2A 1UA1A 4KREA 5FDLA 1TAQA 4FZXC 1JL2A 4DU4A 4DQSA 3NH1A 4DS4A 3DLBA 3DLEA 4GW6A 5KRTA 3I0RA 2F8SA 4CJFA 3OJUA 4N41A 1W9HA 2EX3A 3DRSA 1L3TA 3KD1E 4J2EA 2ZE2A 3QLHA 4E7KA 1RTDA 4RW7A 4BE1A 4Z4EA 3T1AA 4DF4A 2E4LA 5SWMA 3OYAA 1W0HA 1KRPA 4AILC 1LAWA 3CYMA 4FJXA 1L5UA 1D9DA 3RRGA 1ZBIA 1JXEA 1KSPA 2PYJA 3TARA 4ZHRA 1DLOA 3L2RA 1NJZA 2PZSA 2OA8A 4LSNA 3OYMA 4HCBA 4NYFA 3OS0A 5JS2A 4CECA 2A1SA 3TABA 3AVGA 1RCHA 2HNYA 2FC0A 1VSHA 1GOBA 3HYFA 2P1JA 3NE6A 5CYMA 4FLZA 3VA3A 1WSIA 4FJGA 1JLEA 1TL1A 4E89A 4YNQA 3CM6A 3QIPA 4FLUA 1NK7A 2VWJA 2A1RA 3KD5E 1YTUA 2HHQA 4K8ZA 2IOCA 3TAMA 3QEXA 2YNHA 3DRPA 3QNNA 4DQQA 3TAPA 4OGCA 5J2QA 3NH2A 2QKKA 3NHGA 4CGDA 4Q0BA 3TAGA 4CF2A 3I8DA 2XY6A 1N6QA 3ZT0A 3QO9A 3DRRA 4C8KA 2HNZA 4YFUA 3DI6A 2HVHA 3HPHA 3AA3A 3OYNA 3SQ2A 2Q3SA 3SUNA 3HVTA 1WLJA 5C25A 4F2RA 4KAZA 1TVRA 4AHRA 2YHBA 4CJLA 4DF8A 4FLWA 4KHUA 1TK0A 4ELTA 4E0DA 3HP6A 4CK1A 2KQ2A 4ID1A 4B8CA 3D45A 1B92A 3SJJA 3VQPA 3LWMA 4Z0UA 1I39A 2ETJA 3BDPA 3M8SA 3B6PA 4DTUA 1NK6A 3AVFA 3T19A 3ALYA 4IG3A 4CHNA 3RMAA 1S1XA 1DTTA 1JLQA 3TR8A 2E6MA 4HHTA 1HRHA 4FLVA 4E7JA 3HSTB 3V81A 3EYZA 1UOCA 2D0AA 1TL3A 4LH4A 5HRRA 1LAVA 5EU7A 1FK9A 2Y1IA 3P5JA 4DG1A 4Y1CA 3V9WA 4CJ4A 1VK0A 3SPYA 2HMIA 3C95A 4FLXA 3V4IA 1RBUA 4OKEA 1LWEA 4CFCA 4B3OA 4DMNA 5J2MA 1QSYA 3O4QA 3DM2A 2KFNA 1SL1A 3PX4A 4HCCA 1BL3A 3NF9A 4KHSA 3ZT1A 3P83D 1VSKA 3MEGA 4IDKA 3KLEA 3L2VA 2D0CA 4I2PA 4FVMA 2BGGA 2B5JA 1J53A 3VA0A 3VQDA 4Y1DA 4FJ8A 3F9KA 2OZMA 1GOCA 1B9FA 3DLRA 3VQ5A 1Z25A 1NJWA 2EHGA 3MEEA 3LP2A 2DFHA 1C0TA 4FW2A 5HBMA 4DTXA 2XRIA 1T7PA 1VSMA 3PV8A 3AO2A 4FJ5A 1CZ9A 1G15A 1S1VA 1HQUA 3LP0A 5HP1A 4CGJA 4W5QA 1A5VA 4JS5A 1RBRA 2B4JA 4M3TA 1VRTA 3RMBA 4UQGA 2RN2A 2VG7A 3U6FA 4OGEA 2B6AA 3ZSQA 4CEOA 4B9MA 3WNFA 5I42A 1SL0A 4M3ZA 4DSJA 4KFBA 4M3WA 2ZD1A 4Z4CA 4XIUA 3KLGA 3K5MA 2Z1HA 2HB5A 3OYKA 4Z4GA 4CGGA 4BE2A 3SCXA 4KKOA 1O1WA 4B9SA 2R7YA 3KKRA 4M3YA 3LWLA 1Z26A 4DTOA 4FCYA 2IAJA 4DFPA 1A5WA 2VG6A 4FJKA 3OYLA 3QINA 1WSHA 3PUFA 4N47A 4CERA 1NKBA 3OS2A 1RNHA 1TKDA 3BGRA 1BI4A 4KTZA 4CEBA 1X9SA 3WNHA 4CJEA 3KK3A 4FJ9A 4GMJB 3AVIA 1SKRA 1BISA 4CFAA 2HNDA 4CEAA 3OVNA 4CEEA 2P5GA 4F2SA 4DTJA 3VQQA 4BDPA 4DQPA 1TKZA 1QSLA 3OYDA 2WONA 3PX0A 1UWBA 4CJQA 3QEIA 3ZSXA 3NH0A 1VSDA 4CIEA 4DSIA 4CGHA 3L2WA 3NAEA 2IDOA 3AO1A 4OKJA 2GBZA 3HM9A 4FLTA 4CCHA 3VQEA 3V9XA 3VQAA 4FK2A 1LV5A 1NKEA 4B9VA 1RDAA 4F8RA 1HPZA 3QEWA 4EP5A 1ASUA 4EP4A 4KB0A 1LWCA 2ITGA 1KCFA 4KTQA 4B9NA 1RTIA 2YNFA 1U47A 4NCAA 2XY7A 1ZBLA 2OPRA 1NOYA 4IFVA 1BIUA 3MECA 4CJPA 3RTVA 1XWLA 1VSIA 4W5RA 4ELUA 4KO0A 4DQIA 4CJUA 3AVCA 2NUBA 5KRSA 1S1UA 2O4GA 3ZSWA 3LPUA 3FFIA 5HLFA 1IH7A 1RILA 1UAXA 3MEDA 1ZBFA 3L3UA 2DFEA 4KHQA 1CLQA 4J2DA 1KTQA 3CFPA 4DTRA 3KLIA 3AA2A 4AHCA 3M8QA 2RF2A 4F3TA 2W42A 1D5AA 4PY5A 1J9AA 1RBVA 4I9LA 4CESA 4J2BA 4PUOA 4QOZB 1S6QA 3AO5A 1QE1A 2X78A 4B8AB 3OYJA 3ZSRA 1QSSA 3TAQA 4KPYA 2YKNA 4AHVA 4DLEA 1KLNA 3ASMA 4PA1A 3QNOA 3TI0A 2PYLA 2ATQA 4HUGA 3THVA 4E3SA 5KTQA 1KVAA 1WSEA 2OPQA 1JLCA 3P1GA 1HNIA 2FBXA 1RTHA 4LY7A 4CF1A 3NCIA 1C1BA 1L3UA 4N76A 4CJWA 3EZ5A 4DTMA 1Q9YA 3SV3A 4C8LA 1C0UA 3H08A 4RW9A 1NOZA 3AV9A 4CJSA 1LWFA 3O3HA 2KZZA 1RT2A 2XY8A 4DTSA 4KI4A 3RRHA 3RMDA 3V1OA 4I9QA 1ZYQA 1ASVA 4FZYA 1X9MA 3AA4A 4O5BA 4OKKA 3QEVA 3O3FA 3AO4A 3L2UA 4HUFA 4B9TA 4OLBA 3AO3A 1BGXT 4NYNA 1RT4A 4Z4HA 3V9ZA 4E7HA 1FKPA 2YNGA 4RW4A 1S5JA 4BDZA 4DU1A 2IGIA 4DFJA 5CZ1A 5KI6A 4KHNA 2LSNA 3L2QA 1RDCA 4QCLA 4R5PA 4H8KA 4CEDA 1JLAA 3V1QA 2G8FA 3ZT4A 3QIOA 1RDDA 4FK0A 4PWDA 4AHSA 3K59A 1YTAA 2DFFA 4QAGA 4MFBA 4CHOA 1RTJA 1ITGA 1LW2A 1IKXA 3OYHA 2XO7A 2YKMA 3HT3A 3LZJA 4BDYA 2HHTA 1HYSA 3ZSVA 3DOKA 3HXMA 1SV5A 3MXIA 2QXFA 2WOMA 3G10A 5D3GA 2FBVA 3C94A 3G0ZA 4CEZA 4BACA 3SV4A 3SQ4A 3NGYA 4JRPA 3HK2A 3ITHA 2BE2A 1YT3A 5C24A 1QS4A 2YNIA 4ZTFA 3RWUA 1F21A 1HJRA 2GV9A 2HHVA 4CJRA 4O55A 1JKHA 1HMVA 4DSLA 2G8UA 4DTNA 3NF6A 1GOAA 3L3VA 4M45A 4OLAA 3ISNC 3VN5A 4HTUA 3TWHA 4W5NA 3C6TA 3UIQA 3VQ7A 3CFOA 2HHXA 2JLEA 3OYEA 1EETA 4FJMA 3LPTA 1BCOA 3O4NA 4F4KA 2Z1JA 5J2NA 1NK0A 2F96A 2X74A 3DYAA 4KHYA 3NBPA 4G1QA 2HVIA 1QTMA 2G8HA 2QKBA 1X9WA 4L8RB 1TAUA 1CZBA 4E1MA 4E7IA 1Y97A 1FXXA 3ULDA 3KIOA 1REVA 4OPJA 4RW8A 1WAJA 3ZSYA 1T8EA 4IBNA 3LAKA 3SUPA 1T05A 1EXQA 3DOLA 2XY5A 4CJ3A 3HVRA 1S6PA 3C6UA 4LSLA 5KGXA 3KLFA 1RBTA 3B6OA 4DSEA 3T3FA 3DLKA 1U45A 1TKTA 4W5OA 4CE9A 3SI6A 4Q5VA 3OJSA 3F73A 2D0BA 1SUQA 4EZ9A 4CGIA 3CM5A 4PQUA 4O0IA 3LP1A 3QEPA 4WE1A 2F8TA 3U3YA 3HL8A 1SKWA 1EKEA 1C1AA 2FBYA 4ELVA 2P51A 3MXJA 4LH5A 4AH9A 4BWJA 3WNEA 3HO1A 2HHWA 1IKVA 2RKIA 3AVAA 4KTWA 3VQCA 3K58A 3IG1A 1XI1A 1D8YA 4FXDA 3KKSA 4DQRA 3OYCA 1ZBUA 4CFDA 1L3VA 4K8XA 3RR7A 4JLHA 1J5OA 1DTQA 1BIZA 1QHTA 1XHXA 2YHAA 4NCGA 3OYFA 1U4BA 4KRFA 1VSFA 3K57A 5CY4A 4KHWA 3KTQA 1S9GA 3EY1A 3AVLA 3MXMA 3JYTA 4ICLA 1NK5A 1NK4A 3PO4A 4FJ7A 3HJFA 3SQ0A 4M41A 4ZTJA 1XC9A 3SQ1A 4I2QA 4FJNA 4B9LA 2IC3A 1CXQA 1SL2A 1VSLA 4C8MA 3V9UA 4JS4A 3DLGA 2VWKA 1EX4A 2P5OA 4CHPA 1QQCA 4LD0A 3DLHA 1UA0A 3JSMA 4E19A 4FLYA 5FROA 3NF7A 3KK2A 1LW0A 4OVLA 4CF0A 4CK2A 5K14A 4IKFA 1HQEA 4IFYA 1CXUA 4CFBA 2G8IA 5C42A 3M8PA 3S3MA 4KI6A 1I3AA 5J2PA 2ZQBA 1KLMA 3E01A 3OS1A 3S9HA 5HROA 2IS3A 3MAQA 4CK3A 3SPZA 4FJLA 3AA5X 4FZZA 3TAFA 2DY4A 3SUOA 3IRXA 3LALA 3IS9A 4CJ5A 3M8RA 3QESA 5CYQA 4AHTA 4CHYA 3SNNA 3ZT3A 3QETA 2KFZA 4M3RA 4CJTA 4CEFA 1HNVA 3IAYA 5DMRA 3OYGA 1BI4B 1NJYA 3CQ8A 2OPPA 4CJVA 3NGZA 1RDBA 5JS1A 3LDSA 2G8WA 5FRNA 1VSJA 1IKYA 1YVUA 1WSJA 3K5NA 1S9EA 2BDPA 1WNSA 2RPIA 3L8BA 3NGIA 3PO5A 4DFMA 4Z4FA 4CIFA 1RT5A 3RMCA 4H4OA 4CGFA 3AVBA 1BHLA 3PY8A 2HW3A 4HVJA 3AVHA 1J54A 2Y1JA 3HP9A 2QK9A 3V6DA 4J2AA 4O0JA 1EP4A 1KFDA 4M42A 4E7LA 5J1EA 3SUQA 4FK4A 1S1TA 3DMJA 1D9FA 4DLGA 1X1PA 1WSGA 3QERA 4DU3A 3LZIA 1Q9XA 3O3GA 3U3GA 2XHBA 4FJIA 4FYDA 4BE0A 4C8NA 1RT7A 3PX6A 2E6LA 3OYIA 1RBSA 1WAFA 2YV0X 4N56A 3I0SA 3SYZA 3CFRA 4DSFA 4HUEA 5I3UA 5E41A 3LP3A 3V9SA 1VSEA 2X6SA 1TKXA 2FBTA 3VQ9A 2I5JA 5SZTA 3KK1A 1C0MA 4NCBA 5DK5A 1U48A 1JL1A 3NFAA 1IKWA 4GVMA 4W5TA 4FJHA 3LANA 1JLGA 1C6VA 3AVNA 3TAEA 2OYQA 1N5YA 1JLFA 4EZ6A 3WNGA 1KVBA 4FM1A 2KZMA 3HPGA 1NK9A 3K2PA 1B9DA 1A5XA 4O4GA 1ZBHA 3LAMA 1ASWA 4CF9A 1NK8A 1BQMA 4RG8A 3KJVA 4FJJA 3HPOA 4KV8A 4FW1A 3V1RA 3D0PA 1T03A 4OJRA 5HRNA 1TK5A 3CG7A 4IG0A 3VQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV4K 4Z4IA 1TGOA 5KGWA 4N5SA 3AVKA 4M3UA 1TV6A 3OYBA 4O44A 4ID5A 2X6NA 2VWBA 3B8AX 1U04A 4CHQA 1K6YA 2KLAA 1S1WA 1FKOA 3S3OA 1NWKA 1C1CA 4TSXA 4O8KA 5MLCQ 3KLHA 3ZSOA 3R3LA 1C0GA 5H1SQ 2G8KA 4BWMA 3S3NA 1MU2A 1JXBA 3TSQA 2HHSA 4MO5A 3E1YA 4JKCA 3CCRN 1T3VA 3RR8A 4B3MK 3SZ2A 3NH1A 3DLEA 4H0OA 1ATSA 4N41A 4J2EA 3DXMA 3QLHA 1QQNA 4PKGA 4E7KA 2E4LA 3O8MA 3OYAA 1LAWA 4LF7K 1L5UA 4BC3A 1ZBIA 2QWOA 1NJZA 3D2EA 2PZSA 5BRDA 4NYFA 3OS0A 4PL8A 2A1SA 2PBDA 2NRHA 2P1JA 1HKCA 2QWPA 4FJGA 4DR7K 3CM6A 4B3SK 2VWJA 4IO9L 4HTLA 4DCHA 3LL3A 3QNNA 3MN9A 3SMPA 5J2QA 3NH2A 2QKKA 1T6CA 1N6QA 3C7NB 3QO9A 3FGUA 1N34K 2IVPA 2HNZA 4C8KA 3DI6A 3SUNA 3HVTA 4CD1A 2YHBA 4FLWA 1HKGA 4M7YA 4KHUA 3S41A 4C23A 5KQ8A 3HP6A 4B8CA 3D45A 5C15A 1W7AA 2P9IB 3L4QA 3ZX2A 3T19A 4R79A 4IG3A 1HNXK 3TR8A 4X66K 4NLBA 3V81A 3EYZA 3ZX3A 1LAVA 2Y1IA 2GWJA 3SAFA 3SPYA 3C95A 5LMNK 1LWEA 4CFCA 3JXUA 3PX4A 3NF9A 2W6LA 3TTFA 3N4QA 3MEGA 2FLOA 4IOCL 3R9PA 1U6ZA 2EHGA 4ISGA 4MDBA 4YORA 4FW2A 4JKGA 1C0TA 4DTXA 2XRIA 3AO2A 1CZ9A 1S1VA 2FSJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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