3VA0A

Crystal structure of rnase t in complex with a di-nucleotide product (gg) with one mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va0A00
3MAQA 4G1QA 3TAFA 4DSJA 3DLGA 3WNGA 5CZ2A 5JS2A 1T05A 4EZ9A 1BHLA 2OPPA 2RF2A 4JRPA 2PYLA 4DMNA 2DTUA 1HJRA 3KKRA 3HT3A 5D3GA 4AHSA 4CGJA 4CIEA 4CEDA 4CEFA 1S1VA 4B9SA 3U3GA 3VA3A 1X9SA 4M3ZA 3VQ7A 3OYNA 3OYLA 4UQGA 3VN5A 3QO9A 4E7KA 1N6QA 4HUEA 3RMBA 1HMVA 2ZQBA 3L2RA 4KKOA 3JSMA 4DSIA 1X9MA 4BDYA 1NKBA 3V81A 3PUFA 1LAVA 4CERA 3OYBA 3RR7A 4CHZA 4M3UA 2QK9A 4KREA 2KZZA 2Q3SA 5FDLA 4CESA 3VQCA 2HVIA 2FBXA 4FCYA 4GW6A 4ELVA 3V9WA 4L8RB 3RMDA 4FK2A 4FM0A 2VG7A 4DQQA 4H8KA 1NK5A 4KTQA 3V6DA 2QKBA 1U04A 5JS1A 2PY5A 1TVRA 1SUQA 3KIOA 3AO3A 3OYHA 3HVRA 3CFOA 1SKRA 3SJJA 4FK0A 1XHXA 3MXJA 5CY4A 3V9XA 1KLNA 1RBUA 3O4NA 4CJQA 3LP2A 1BI4A 1KFSA 3CM6A 1VSIA 1RBRA 4BWJA 1NJWA 1S1XA 3EY1A 4WE1A 3U3YA 4F2RA 3L3VA 3NGYA 1EXQA 3DRSA 3AO4A 3QETA 1KFDA 4CEQA 4O0IA 5K14A 3NHGA 2Y1JA 3OYCA 1KVAA 3DRRA 3OYGA 3QNOA 1U4BA 3OJUA 4QCLA 5I42A 3DLBA 5J2QA 1BQMA 4J2EA 1ZBHA 1TK0A 3V9SA 3LP0A 4DTUA 4RW6A 2XRIA 3AVLA 4IFVA 3V1OA 4I7FA 1SL1A 4DFMA 4AHTA 4FJKA 4M3XA 1RTHA 1RDBA 3RMAA 4Z4EA 4KI6A 4CEBA 4CJ4A 3LPUA 2OZSA 4KHNA 2OPQA 1HYSA 2GBZA 1VSLA 4FJLA 3KLGA 3SI6A 3MXIA 3S3MA 1KRPA 3AA4A 1N5YA 1YVUA 3C6UA 3SCXA 5KGWA 2EHGA 2PZSA 3T1AA 4FVMA 1BGXT 4OGEA 4CHYA 4NCBA 4FM1A 4OKJA 3EYZA 2Z1JA 3VQBA 1JLEA 3QESA 1C1BA 4O0JA 4B9NA 1KLMA 3HYFA 4ZHRA 3PX6A 3BGRA 3QEXA 4DG1A 2VWJA 1CXUA 3LP3A 3QIOA 3ZSYA 2QXFA 2X6NA 4N5SA 4FLXA 4FLVA 5EU7A 3NF8A 2GUIA 3TARA 1J5OA 3AVJA 3U6FA 3HJFA 4CJUA 3AV9A 3MECA 2FBTA 4OPJA 5KGXA 3D0PA 1WSIA 2D5RA 1B9FA 2B5JA 3KKSA 4DTRA 1BIUA 3TANA 4CJWA 1QSLA 5FRNA 1JLBA 3QLHA 4DQSA 4OLBA 4OLAA 4FLYA 2KTQA 4TSXA 5DK5A 4CECA 2O4GA 3ZSZA 2HW3A 4CF9A 3QEIA 2HNDA 1QS4A 3ZT2A 4FJGA 4KHUA 2YNFA 3VQAA 4CJEA 1JLAA 4C8MA 1TK5A 1XHZA 3HSTB 3ZT3A 4MFBA 4FJ9A 2Y1IA 3FFIA 2HVHA 3K57A 2G8UA 1TKZA 4EP5A 4FZYA 3KK1A 5FROA 2HB5A 3AVHA 4CGIA 3O3GA 4BACA 3ULDA 3T3FA 4KRFA 3OYDA 3RTVA 1QSSA 4DSKA 4J2DA 1L3UA 4CIGA 1Y97A 1B92A 4FJNA 1WLJA 1TKDA 4IKFA 1IKYA 4DSEA 5C42A 1UA0A 1HQEA 4OKEA 4OGCA 1LW2A 1ZBFA 3VQDA 1EKEA 3NDKA 4KHYA 2PYJA 4F4KA 4HUGA 5HRPA 2XO7A 4DSFA 3P83D 4Z4CA 3OYIA 1NOZA 4B9MA 4Y1CA 4J2BA 1WSEA 2KW4A 1UAXA 3V1RA 1D5AA 4CEOA 1XI1A 1TAUA 3M8SA 3ZSQA 4CJ3A 1ZBIA 1C0TA 1HQUA 2HNZA 3H08A 4CF1A 1RT7A 1S5JA 4OJRA 4DQRA 1CXQA 4W5TA 5CZ1A 5J2NA 2G8VA 3PX4A 2OA8A 4LSNA 1NK7A 4DS4A 1SL0A 3VQ9A 4KHQA 4W5NA 1SL2A 4FM2A 2HHTA 5KI6A 4CFBA 3CFRA 3TAGA 4KV8A 2VWKA 2YHAA 3ZSRA 4LY7A 2HHWA 3DYAA 1I3AA 2IS3A 1VSHA 1JLGA 3HPGA 3SYZA 5HROA 3HVTA 3A2FA 4CJVA 3IRXA 3TABA 3WNHA 4DTJA 3SQ0A 1XC9A 1WSHA 1QE1A 4GMJB 1KCFA 4BE1A 4RW4A 3QEWA 3SV4A 4KO0A 4W5RA 4CJSA 2KQ2A 4CJLA 3LAMA 3HO1A 1J53A 1VK0A 3QIPA 4DLGA 1QSYA 1YTUA 3KLHA 1VRUA 3ASMA 1JL2A 3LANA 1KSPA 2WOMA 3VQ4A 1ZYQA 4M3WA 3OYEA 2AJQA 4FLWA 2HHQA 3LZIA 3BDPA 1S6PA 1I39A 3AVAA 4CEEA 1D9DA 4KPYA 4B9LA 4B9TA 4HCCA 5SWMA 4DTOA 3VQ6A 2HHXA 4F3OA 3AA2A 4FLUA 1EP4A 4PUOA 3OVNA 3ZT4A 1VSDA 4OPKA 3K58A 3ITHA 4OVLA 3LWLA 1T03A 3P1GA 4HUFA 4FJXA 2QKKA 4ID1A 1WNSA 3RMCA 4FZZA 3K2PA 3AVNA 4E19A 2B6AA 4B9VA 5KTQA 1BL3A 1U47A 1S1TA 3THVA 4H4MA 4ID5A 2VG5A 4AH9A 4DWIA 1O1WA 3SQ1A 2DY4A 1IO2A 3AA3A 4KTZA 4CEAA 3DLEA 3OYFA 3WNEA 3IS9A 1CZ9A 5SZTA 3CFPA 4CHOA 1RTDA 2ITGA 4J2AA 3VQ5A 3L2VA 1NJYA 1WAJA 4QAGA 1D8YA 2X78A 2XY5A 4N47A 3ALYA 3AVKA 4PA1A 5HLFA 3I8DA 3TAQA 2Z1HA 3TAEA 2HNYA 1ASVA 1DTQA 3S3NA 3KLFA 3DRPA 1EX4A 3KK3A 3IAYA 4Y1DA 4E1MA 3NBPA 1YTAA 4K8ZA 4I2PA 3L2UA 1RT4A 1S1WA 4M45A 4FLZA 1NJZA 4E7LA 1NK0A 1TK8A 4C8NA 2D0AA 1T8EA 3AA5X 4O4GA 2F8SA 4E1NA 4DSLA 4PQUA 2ZE2A 1K6YA 3VQEA 1KVCA 4JS4A 4DFPA 3DLHA 1JLCA 5CYQA 4LH5A 5J2PA 2RN2A 5E41A 4RW8A 3NF7A 1S1UA 1ASUA 3AO5A 4H4OA 5C25A 1TV6A 1TAQA 3M8QA 3O3FA 1L5UA 1CZBA 1SV5A 3SUPA 1NK6A 4FW1A 4DU3A 4ZTFA 1GOCA 3KK2A 2GV9A 3C6TA 3KLEA 3L2QA 1WSJA 2YKNA 3SQ4A 3SUQA 1U45A 4IG3A 2RPIA 2Z1IA 2XY7A 2OYQA 3IG1A 1LV5A 1GOAA 4M3YA 4E7HA 2DFHA 2LSNA 3DMJA 1XWLA 2X6SA 4LSLA 4AHCA 3F73A 3B6PA 2A1RA 4DFJA 3HK2A 4RG8A 4CGHA 1D9FA 1LAWA 2EX3A 4CIFA 4KI4A 4JRQA 1NKCA 3NFAA 2G8WA 3QNNA 1RDCA 3OYJA 4DQIA 2YNGA 3K5MA 4DU4A 2YHBA 1IKWA 1MU2A 2ATQA 1RT1A 3C94A 2HMIA 1ITGA 1C0MA 1Z26A 1JL1A 4CK3A 4DS5A 4B9UA 2BANA 3AO2A 1W9HA 2WONA 3CM5A 4CHNA 3OS0A 3B6OA 2W42A 4BE0A 3OY9A 1A5VA 4CK1A 4HHTA 1Z25A 3TAPA 2BGGA 3HXMA 4IFYA 4I9LA 4C8LA 1WSFA 3OYMA 1BI4B 3AVIA 1WAFA 4OKKA 4FJJA 1BCOA 4DTNA 2BDPA 5KRSA 3MXMA 1B9DA 4XIUA 3DI6A 3HP6A 3NE6A 3SUNA 1X9WA 1HNVA 2IGIA 1KTQA 1YT3A 3P5JA 2E4LA 4JS5A 1HRHA 3K59A 3S9HA 3AVGA 1C0UA 3SPZA 3V4IA 4K8XA 3MEDA 1RDAA 3ZSWA 1C6VA 3NAEA 3L2WA 4PWDA 2FBYA 4R5PA 1U49A 4KHWA 4CJFA 2O4IA 4CFCA 4ELTA 5J1EA 3O3HA 1NKEA 4Q0BA 1RTJA 2YKMA 3NF6A 2E6LA 4KFBA 4RW7A 3V1QA 3ZSXA 4CGDA 1LW0A 2G8FA 3PY8A 1TGOA 4CK2A 1R0AA 4Z4HA 1W0HA 3LWMA 1G15A 3SZ2A 3QEVA 2G8KA 1RT2A 3HPHA 3T19A 3QEPA 1WN7A 4DF8A 4B3OA 4Z0UA 3E01A 3AVFA 2Z1GA 4FZXC 4CE9A 2YNHA 3O4QA 2IC3A 2HHVA 3DOKA 2KZMA 1RT5A 4NYNA 3LALA 4Q5VA 4BDZA 3M8PA 3SPYA 1NK4A 1QTMA 4BE2A 1RDDA 3HL8A 1JLQA 1BIZA 4NCGA 2NUBA 2ZD1A 3OJSA 1RBSA 4IDKA 4E89A 1JXBA 3MEGA 3D45A 3V9UA 3SNNA 3G0ZA 4AHVA 2R7YA 1ZBLA 4ELUA 1S9GA 1QQCA 2YV0X 4F2SA 3KLIA 2YNIA 1DLOA 3NH0A 2P51A 3HM9A 4HVJA 4NYFA 4CGFA 1LWEA 2XY6A 4C8OA 5KRTA 2D0CA 4N76A 2IDOA 1BCMA 1IH7A 1BISA 1JXEA 2D0BA 1RBVA 1IG9A 1TKXA 1C1AA 1IKVA 3NCIA 3RWUA 4N56A 4M42A 1HPZA 3EZ5A 3VA0A 4CF2A 1RTIA 1VSEA 4CJKA 3DOLA 3RRGA 3OYAA 1JLFA 2B4JA 5T7BA 4M41A 1RT3A 1VRTA 4CHPA 1T7PA 1SKSA 3S3OA 1S9EA 4NCAA 1Q8IA 3L8BA 4AHRA 1IKXA 1FK9A 1J54A 3G10A 3WNFA 2X74A 4FJ7A 4CFAA 1TL3A 1UA1A 2FBVA 3K5OA 4RW9A 3TR8A 4C8KA 5HRNA 1KVBA 1WSGA 2G8HA 4IG0A 1HYZA 2IOCA 3TAMA 1A5WA 2I5JA 4CJPA 1HYVA 2P1JA 4FLTA 4FJHA 2FC0A 1ASWA 1U48A 4KB1A 4FJMA 4FYDA 4O44A 4B08A 4E3SA 3LDSA 4E7JA 2HHSA 3NGIA 4GVMA 1RCHA 4DLEA 4IBNA 4N41A 3NH1A 4E7IA 3PX0A 4ZTJA 1RILA 4YFUA 1RNHA 4BDPA 3ZSOA 1JKHA 1RBTA 4JLHA 4Z4GA 5I3UA 2OZMA 2KFNA 1FKOA 2OPRA 3OS1A 3M8RA 1L3TA 1GOBA 5FRMA 4FXDA 3OYKA 3KJVA 1S6QA 4CHQA 2ETJA 2XY8A 3JYTA 3SQ2A 4EP4A 1NJXA 4LH4A 3I0SA 3PV8A 2F96A 1NOYA 4F3TA 4Z4FA 1C1CA 1FXXA 3KTQA 4EZ6A 4M3TA 3RR8A 3NH2A 3CQ8A 3ZSVA 4FJ5A 1REVA 1VSFA 2RKIA 1A5XA 1BQNA 2IAJA 4DQPA 3CG7A 3AVMA 3KD1E 3LPTA 5HRRA 4LD0A 3DM2A 1VSKA 4MQ3A 4CJRA 1EETA 2VG6A 3PO5A 2KFZA 4CCHA 3ZT1A 3KD5E 1X1PA 4AILC 3NGZA 4DTSA 4BWMA 5DMRA 4W5OA 4QOZB 3VQPA 3AVBA 4KB0A 1LWFA 4I2QA 2BE2A 2DFFA 3L3UA 3ISNC 1CLQA 4FW2A 1TKTA 4YNQA 3K5LA 1VSMA 1Q9YA 1UWBA 2DFEA 2G8IA 3OS2A 2JLEA 3VQ8A 4CF0A 4CF8A 4CJ5A 4DU1A 1F21A 4DTMA 2P5OA 3C95A 3MEEA 3QERA 4DTXA 1RT6A 2E6MA 4O55A 1TL1A 1FKPA 4ICLA 4O5BA 3LZJA 4B8CA 3TI0A 1NK8A 5HBMA 3SUOA 1UOCA 3ZCMA 3HP9A 1HNIA 3QINA 3HPOA 4DF4A 4HTUA 4FK4A 3PO4A 3DLRA 4CJTA 1SKWA 5J2MA 3AVCA 2A1SA 3F9KA 4M3RA 3RRHA 3NF9A 4B8AB 4CGGA 4KAZA 3DLKA 1L3VA 3AO1A 1Q9XA 5C24A 4AHUA 4FJ8A 3TWHA 4KHSA 2XHBA 2P5GA 3V9ZA 4F8RA 3LP1A 4DTPA 3LAKA 1VSJA 4HCBA 4I9QA 5CYMA 1J9AA 2F8TA 3I0RA 1NK9A 3UIQA 2JGUA 1ZBUA 4Z4IA 4PY5A 3CYMA 4CFDA 1LWCA 1L3SA 4W5QA 3SV3A 3VQQA 2OPSA 3K5NA 4KTWA 4E0DA 4FJIA 1QHTA 3ZT0A 5HP1A 4CEZA 4DFKA 2HHUA 1DTTA 5HRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MAQA 3VEXA 3TAFA 4DSJA 5ADXH 4EZ9A 3ZEUB 2PYLA 3MDQA 4DMNA 3HT3A 5D3GA 4AHSA 4CGJA 1VQNN 4E1JA 4CEDA 4CEFA 3VA3A 4IJAA 3VQ7A 5FPDA 1NGEA 3QO9A 2F9TA 4HUEA 4JKGB 1K8AO 3V81A 4CZJA 4WFNL 2HVIA 4FCYA 4DQ8A 3A8YA 1OH6A 3VESA 4KTQA 3R9PA 3V6DA 1NWKA 4JKBA 1U04A 2D1KA 3MN7A 2PY5A 1TVRA 5ELZA 1SUQA 3HI0A 3AO3A 3QFUA 2GELA 3V9XA 3MX5A 3O4NA 4CJQA 1BI4A 2P9PA 1NJWA 1VSIA 4BWJA 1S1XA 4F2RA 1EXQA 2AP1A 4WQ4A 3QETA 3SMPA 3NHGA 1W2BM 3QNOA 1U4BA 5I42A 4CZGA 3LP0A 4RW6A 2XRIA 4PKHA 1WBBA 1RTHA 4KI6A 4KHNA 5AZJB 2OPQA 2GBZA 4BC3A 3AGRA 2NRTA 4O5FA 4FWLA 3VEYA 1N5YA 1X9JA 3K0SA 3T1AA 4XH1A 4OKJA 4BRCA 2Z1JA 3D7EO 1JLEA 3QESA 4FWOA 3BEXA 4IJNA 3QEXA 1CXUA 4FLXA 3NF8A 4JI4K 1J5OA 1BU6O 4DR4K 5JICA 5TKYA 3D0PA 3KKSA 2IVPA 3TANA 4JK8A 3A0IX 1M1KO 4OLAA 5EX5A 4CECA 3ZSZA 4CF9A 3CD6N 4DR6K 4JKAA 3VQAA 3VOVA 1XHZA 3HSTB 2P9IA 3VF2A 4FJ9A 2QWOA 3F5TA 3KHYA 4EAHD 2NRWA 3P31A 3UE5A 3AVHA 4BACA 3T3FA 3ULDA 1QSSA 4CZLA 1L3UA 4GY2B 1Q82O 1RGIA 4I6MB 1TKDA 1IKYA 4DSEA 3H3OB 1HQEA 4OGCA 1ZBFA 3VQDA 2P9UB 1ATNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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