3VA0A

Crystal structure of rnase t in complex with a di-nucleotide product (gg) with one mg in the active site
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 65
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va0A00
4E0DA 4ZTFA 2QKKA 2PY5A 4KPYA 1S6PA 2D0AA 4E7LA 1RNHA 1ZBLA 2E6MA 4E89A 1L3VA 4Q0BA 1HYZA 3OJUA 4B8AB 1CZBA 4M3XA 4KRFA 3H08A 2D0BA 2G8VA 1T8EA 3K57A 4FJ9A 2BGGA 4AILC 1KVBA 3TAPA 4J2AA 2QKBA 1QHTA 5HRRA 1ITGA 4CEDA 1NJXA 3LAKA 3OS2A 1NJZA 3LPTA 4KV8A 5KRSA 2G8IA 4PQUA 3PV8A 3KLFA 2P5OA 3AO1A 3O4NA 4E3SA 3MAQA 1L3TA 4CEEA 4CHZA 1QS4A 1S9GA 4DFPA 4B9NA 3RMBA 1KLNA 1TL3A 4OLBA 1IKWA 1VSEA 4E7IA 1Q9YA 1JLQA 1S6QA 4OGCA 4KFBA 3O3GA 3EZ5A 3NE6A 3M8PA 4CF9A 4FJHA 1UWBA 3ZSQA 4FJIA 1A5WA 2HVIA 1RT4A 4CIGA 3SCXA 4M45A 2YNHA 3DLBA 2ATQA 1SUQA 4OJRA 1TKZA 4HVJA 5JS2A 3SV4A 3TAQA 3ZSZA 3C94A 2G8FA 3VQAA 1C1CA 1D9FA 2LSNA 2Z1HA 4FK0A 4Z4GA 4KKOA 3TAMA 1YTUA 4CJRA 4OLAA 3HXMA 2X6SA 4OKKA 1D9DA 5FROA 3SQ1A 2E4LA 4HCBA 4NYFA 1VSIA 3K58A 3HT3A 4H4MA 4BE0A 4DTSA 2HNZA 1S1TA 1JXBA 4ZTJA 1SKWA 2KQ2A 3AVNA 4DMNA 1T7PA 4JS5A 4CEZA 3L2WA 3OS0A 4DS4A 4J2BA 1XC9A 1T03A 3IG1A 1JLFA 2HB5A 1RT7A 2HMIA 1TKDA 3VQQA 4F3TA 4BDYA 1BIUA 4AHTA 1ZYQA 4DSLA 3NGZA 1HYSA 1EP4A 2OZMA 1ZBFA 1BCOA 1KTQA 4JLHA 2DFEA 4KTQA 2YHAA 2F96A 1NKBA 4B3OA 4CJ5A 3K5MA 3MXJA 3SQ4A 3KLHA 2ZQBA 4CGHA 2KZMA 4DF4A 3S3MA 4DTXA 4B9VA 2KFZA 4I9QA 3ZT4A 1FKOA 2XY5A 4MQ3A 1RBRA 4F8RA 4R5PA 1Z25A 3QLHA 3CFPA 3S3NA 5KI6A 3NDKA 3AO2A 4DSEA 3ZT2A 4F3OA 1JLGA 1GOAA 4M41A 1Q8IA 3QIOA 5J2NA 3AVFA 4CJEA 4CECA 4W5OA 3KKRA 3VQ9A 2XY7A 3ISNC 3G0ZA 1QSSA 2NUBA 4I9LA 3K5LA 3LALA 3MXMA 4FJ8A 1BI4A 4DQIA 2B6AA 2FBTA 1JLEA 1VSFA 3LWLA 1WSIA 1NJWA 3SV3A 4W5RA 4RG8A 3LP0A 3DLKA 4CJ3A 1X9MA 3NF8A 4RW6A 4UQGA 1BQNA 1RDBA 3I0RA 4LH5A 4FJXA 1VRTA 4CJSA 2RKIA 1LWCA 3AVCA 4W5NA 4GMJB 5HBMA 3RTVA 4DFKA 1SL1A 3HPHA 4G1QA 3AA2A 4GVMA 3VQEA 1RT6A 4CJLA 1CZ9A 3QIPA 3V1QA 3SUNA 3VQPA 2JLEA 2YHBA 5EU7A 1VSLA 4EP5A 1KCFA 4FM0A 3OYNA 2XY6A 3DRRA 4OPKA 2QK9A 2FBVA 3DOKA 3A2FA 3LANA 2HNYA 5CZ1A 4O0IA 1L3SA 3RR7A 1KLMA 1IH7A 4OKJA 4BDZA 5T7BA 4N56A 1Y97A 3HP6A 1VSMA 4ELTA 2P51A 2RPIA 1NKEA 2VG6A 1T05A 3AA5X 4RW7A 1B9FA 4CJ4A 4KHSA 2OYQA 4BWMA 4DWIA 1X9WA 2HW3A 2HHVA 3NFAA 3V4IA 4CK3A 4K8XA 4ELVA 1WSJA 3SUOA 1D8YA 1IKXA 1TKXA 3PO5A 1RBVA 4PY5A 1FKPA 1RILA 3OYLA 4HUFA 1K6YA 3L2QA 2YNFA 2D5RA 4Q5VA 3VQDA 1S5JA 1TKTA 3QESA 4L8RB 1LW2A 1X1PA 1LWFA 2GBZA 1LW0A 4CK2A 4KHQA 5J2PA 2P1JA 5CY4A 1TVRA 4M3YA 1HPZA 2OPPA 2Z1JA 3HM9A 2Q3SA 3LZIA 3THVA 3SYZA 4O5BA 1J9AA 1LAWA 1RTDA 4IBNA 4FLUA 4CFBA 4AH9A 5E41A 3NH2A 2G8KA 1NOZA 3P5JA 4FVMA 3L2UA 3DMJA 3HVTA 3TAEA 4E19A 4CERA 3O4QA 1ZBHA 3NHGA 3P83D 3DYAA 3V9SA 3CQ8A 4LSNA 3DRPA 4NCAA 3VA3A 1CLQA 3ZSYA 2IAJA 1QSLA 4FJNA 3NF9A 1ZBIA 1SKRA 3OYDA 3C95A 1B92A 4CESA 3JSMA 1NK9A 3M8SA 1L3UA 2O4GA 4CJFA 1NK6A 4KI4A 1TV6A 1SV5A 5D3GA 5J2MA 5C42A 3AVJA 3KD5E 4CJQA 4DTPA 4B9SA 1TAUA 3NGYA 3RRGA 3U6FA 1HQUA 4CFDA 2DFFA 3AVGA 5HRNA 1RT2A 1J53A 2G8WA 2EHGA 4IKFA 3V1RA 2Y1JA 1X9SA 4CGDA 1UA1A 4IFVA 1C1AA 3OS1A 2XHBA 1VSHA 3ZSWA 1BI4B 1WNSA 3QINA 4CHPA 2VWJA 4E7HA 1SL2A 3VQCA 4B9MA 3AO3A 3UIQA 4FZYA 1TK8A 2X6NA 3ZT3A 3SJJA 1D5AA 3CM5A 2PZSA 1VSKA 1DLOA 4FW2A 1JKHA 1A5VA 1RT3A 1TL1A 4M3RA 4FW1A 3SNNA 1RT5A 4DU1A 4CCHA 2OZSA 3RWUA 2RN2A 3V6DA 4FLXA 3HK2A 4M3UA 1EKEA 5HRSA 3O3FA 2JGUA 3ZT1A 1JLBA 1EXQA 4B9TA 3WNEA 4M3ZA 4N47A 4NCBA 1BGXT 1VSJA 1JL1A 4C8MA 2PYJA 1NOYA 4O4GA 2ZD1A 1C0UA 5KTQA 3DLHA 4FJGA 4CJTA 1NK4A 3NBPA 4CHYA 4JS4A 5CYMA 4CJVA 4DTOA 1BL3A 3QEPA 4FJMA 4CGGA 3OYIA 3TI0A 4AHSA 1SKSA 4Y1DA 4DTRA 4DFJA 1NKCA 4B9UA 4FK2A 1HQEA 3HO1A 3HL8A 1BCMA 1GOCA 3SPZA 4QCLA 3DLRA 3VQ4A 4CGFA 4N5SA 3ALYA 4AHVA 1NJYA 1G15A 3BGRA 1C0MA 1RTIA 4EP4A 4DF8A 3RR8A 1IKYA 2IOCA 4CEAA 3T1AA 4CEFA 4KTWA 4W5TA 3PX4A 3SPYA 3MECA 3QETA 3DM2A 3TAFA 3WNGA 3ZSOA 4FM2A 5HLFA 2HNDA 1RT1A 4CJKA 4CK1A 1RDAA 2D0CA 2YV0X 3EY1A 3KD1E 4Z4FA 3E01A 2A1RA 4CIFA 2KW4A 3KKSA 2RF2A 4N41A 4HUGA 1QE1A 4HTUA 4DSKA 4FJ7A 2XY8A 3HJFA 3OYFA 1ASVA 3OYKA 1S1UA 1RDCA 3MEDA 1RTJA 3NAEA 2ETJA 4FJLA 3HVRA 5I42A 4M3TA 4NYNA 3IS9A 1KVCA 4AHRA 4CF1A 2Z1GA 3AO5A 4IG0A 4QOZB 3AVHA 4DTMA 1NK7A 4RW8A 3AVKA 3ZT0A 2F8TA 1VRUA 3HSTB 3MEEA 3VQ7A 2Y1IA 4OKEA 3WNFA 3T19A 4OVLA 4E1NA 3VQ8A 3M8RA 3C6TA 3VQ5A 1J54A 1JL2A 4DU4A 4DTNA 4H8KA 3V1OA 4AHCA 1L5UA 1RTHA 3MEGA 3MXIA 2O4IA 1IO2A 1U45A 3V9ZA 1QSYA 4FZXC 3JYTA 4CIEA 3AVMA 4Z4HA 3QEXA 1KFDA 3IRXA 1CXUA 1U49A 3M8QA 1EX4A 1HJRA 1WAFA 2XRIA 4LY7A 4IDKA 4HHTA 4I2PA 1JLAA 2VG7A 3L3UA 4YNQA 3V9UA 4F4KA 4DG1A 3NCIA 3QEVA 2WOMA 3L8BA 1DTTA 1I3AA 4FM1A 4FJ5A 1WSFA 1NK0A 4FZZA 3RMDA 2E6LA 3HYFA 3SQ0A 3T3FA 3CG7A 4JRPA 3ZCMA 5SWMA 3O3HA 3L2RA 1WLJA 4FYDA 4B8CA 1FK9A 1XWLA 5C25A 4M3WA 1XHZA 3TAGA 2HHWA 4QAGA 1CXQA 1C1BA 3V9WA 3KLGA 4E7KA 4KI6A 4DU3A 4FLZA 4KHYA 3OYAA 2OPRA 3DRSA 4CEQA 4CHOA 5KGWA 4B08A 3B6OA 4IG3A 3RRHA 2P5GA 3ITHA 3VQBA 2YNIA 2VG5A 2PYLA 3PUFA 4ID5A 1YVUA 3QNNA 3CYMA 5CYQA 4J2EA 4LH4A 1A5XA 1KVAA 3NF7A 2IS3A 3AVLA 4KO0A 3K59A 5DK5A 2HHXA 2ITGA 1HYVA 4Y1CA 3FFIA 1HNIA 1QTMA 3S9HA 1FXXA 3LP2A 4HUEA 2OPSA 4O44A 1U4BA 1WSHA 2KTQA 4E7JA 1WSGA 3L3VA 2R7YA 4FXDA 3AA3A 4PWDA 3ZSVA 4DSJA 3ULDA 1BISA 4I2QA 4E1MA 4CHQA 3NH1A 2HHSA 1REVA 4DSIA 3F9KA 2W42A 3CM6A 3U3GA 4DQRA 4CF2A 1U04A 5FRNA 4DTUA 4KREA 4ID1A 1WN7A 3KLIA 5HRPA 2B5JA 3DLGA 1U47A 4KHNA 3F73A 3IAYA 3HP9A 1VK0A 4IFYA 1YT3A 4NCGA 1MU2A 3QO9A 3C6UA 3OY9A 4BE2A 3KLEA 4DS5A 4LD0A 1SL0A 1LV5A 4Z4EA 3LZJA 2OA8A 2G8HA 4YFUA 3VQ6A 4B9LA 4KTZA 4J2DA 1TAQA 3QNOA 3LDSA 4C8NA 4W5QA 4N76A 4C8OA 3LP3A 1U48A 1VSDA 2B4JA 1ASWA 4FK4A 3V9XA 3OVNA 3U3YA 3OYHA 3SUPA 3RMAA 4K8ZA 1B9DA 3OYCA 3EYZA 2OPQA 4WE1A 3K2PA 4CEBA 2VWKA 4CF8A 3QEIA 3V81A 1UOCA 3HPGA 4CJWA 4DSFA 3AV9A 3DOLA 2EX3A 3RMCA 1J5OA 4OGEA 3NH0A 3LPUA 4RW9A 4C8LA 1BIZA 2HHTA 4HCCA 3G10A 3OJSA 4CJPA 1JXEA 5CZ2A 4DTJA 4CEOA 2WONA 1DTQA 1LWEA 1S1XA 4CGIA 4GW6A 1UAXA 4MFBA 3TABA 3VN5A 3KK3A 4O0JA 2HHQA 1QQCA 1BQMA 5HP1A 5DMRA 3AVIA 5SZTA 5HROA 1GOBA 1KSPA 3PX0A 3TARA 2HVHA 2IDOA 4CFAA 4BDPA 5KRTA 4OPJA 4KB1A 1W0HA 4ZHRA 3K5OA 4KAZA 4EZ9A 4FLWA 4FCYA 4Z0UA 4DFMA 4ELUA 1YTAA 1N5YA 1TGOA 3AA4A 3OYEA 3D45A 3LP1A 3SUQA 1TK0A 1Q9XA 4KHUA 4DQPA 4BACA 3I0SA 3OYMA 2FC0A 2YNGA 4PUOA 2DTUA 5JS1A 1S1VA 4LSLA 2ZE2A 3AVBA 1NK8A 2GUIA 2I5JA 4CE9A 4FJKA 1RBTA 1XHXA 1R0AA 4DLEA 1ASUA 5KGXA 3HPOA 2XO7A 3CFOA 5J2QA 4DQQA 1HRHA 3DLEA 3OYBA 2A1SA 2FBYA 4CFCA 1C0TA 3LAMA 1F21A 2DFHA 3AVAA 3L2VA 4F2RA 2AJQA 1RBUA 3QERA 2X74A 2F8SA 1C6VA 4KHWA 1NK5A 4BWJA 1WSEA 1XI1A 3PO4A 5I3UA 1I39A 4CGJA 1LAVA 2IC3A 4KB0A 3KIOA 3QEWA 3K5NA 3ZSRA 2QXFA 3ZSXA 3NF6A 1Z26A 3TWHA 1RBSA 3I8DA 1BHLA 4CJUA 4DLGA 5FDLA 1IG9A 4RW4A 3OYGA 2BE2A 2GV9A 1S9EA 1WAJA 4O55A 3CFRA 3B6PA 2G8UA 1HNVA 1TK5A 2FBXA 1N6QA 4XIUA 4CF0A 2IGIA 3DI6A 4PA1A 4EZ6A 3ASMA 1RDDA 4I7FA 4ICLA 4FLTA 2BDPA 3PX6A 5J1EA 3KTQA 3SI6A 1KRPA 3WNHA 4H4OA 4CHNA 4F2SA 2KFNA 2BANA 1S1WA 4AHUA 3SZ2A 3VA0A 2HHUA 1HMVA 1EETA 3D0PA 3OYJA 4DQSA 3TR8A 3TANA 1W9HA 3AO4A 4FJJA 3BDPA 4M42A 5FRMA 3SQ2A 2Z1IA 3KJVA 4JRQA 3KK2A 3LWMA 3PY8A 2KZZA 1UA0A 1KFSA 5C24A 3NGIA 4Z4CA 3S3OA 4FLVA 2X78A 2YKNA 3KK1A 4C8KA 2YKMA 3P1GA 1O1WA 4Z4IA 1JLCA 1IKVA 1RCHA 4FLYA 4BE1A 2DY4A 5K14A 4TSXA 1ZBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L4IA 4KPYA 4E7LA 3PLAA 4WF9L 4YHHK 1L3VA 4B8AB 5AQSA 3H08A 3CJAA 4AILC 3CD6N 2O8BB 2QKBA 3ID8A 1NJZA 5KRSA 4PQUA 3PV8A 3KLFA 2P5OA 5F0XA 3AO1A 1L3TA 5FLXO 3CJ7A 3TSUA 5E26A 4EIAA 4GY2B 3RMBA 1QQOA 5KQDA 3OTOK 1JLQA 1S6QA 3NE6A 5LJVA 3I33A 4DQ8A 1E4FT 2F9WA 4M45A 3VF6A 2D0OA 5JS2A 3H6EA 1XUPO 4WQ5A 4OKKA 1D9DA 3HT3A 4H4MA 1JXBA 4BRFA 1KAYA 2P9LA 4ZTJA 3AVNA 1NGBA 4BC2A 4IFEA 2UXBK 1T03A 3P38A 3TTFA 4BDYA 1XMQK 4AHTA 2OZMA 1KTQA 2HF3A 2HSTA 4JLHA 3SAFA 4KTQA 4B3OA 3K5MA 1EWQA 3SAHA 3MXJA 2KZMA 3KLHA 4DF4A 3S3MA 4DTXA 4B9VA 2KFZA 4CBXA 3ZT4A 1XMOK 2XY5A 3CFPA 1Z25A 4GV9A 3S3NA 3AO2A 4DSEA 2NNWA 1WUAA 1GLAG 1QZ5A 1EO1A 4G9ZA 3QIOA 5J2NA 1NMNA 3EN9A 3KKRA 3IKMA 3VQ9A 1HKBA 3O4WA 3CF5L 3MXMA 3ZLJA 5LJWA 1BI4A 3LWLA 3H46O 3SV3A 1RDUA 4NB4A 2E20A 1X9MA 4JKFA 1MDUB 4FJXA 4CJSA 3R3LA 2RKIA 1LWCA 3THXB 3AVCA 3W3DA 4W5NA 2ZJQL 4DFKA 1U6ZA 3A0IX 4B1UB 3QIPA 3V1QA 4EP5A 3VEVA 4BRNA 1YITN 3DOKA 3LANA 2HNYA 5CZ1A 1L3SA 4OKJA 1VSMA 3DXMA 2P51A 1NKEA 4MO5A 5AQYA 1B9FA 4JHDA 4BWMA 2QWLA 4A5AA 3NFAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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