3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
3GDQA 5BRDA 4K25A 3OHRA 2CGKA 1BU6O 1SZ2A 1NGJA 3FZLA 2D4WA 4BRHA 3VPZA 1HJOA 1KAYA 5BN9A 3CJ9A 2Q36A 3CJBA 2EWSA 1BDGA 3H3NO 3HI0A 5BPLA 4CBWA 5E26A 1HPMA 4JN4A 5FPMA 1YAGA 2QWLA 4WQ5C 3MDQA 3WEEB 4FWKA 3ZETB 1KAXA 3M1FA 1HKGA 1ATRA 3WXJA 1X9JA 5AQIA 4L3QA 4BRPA 3WEEA 1OKJA 3ZETA 1CZAN 3CI5A 3JXUA 4BRGA 4EIAA 1HX1A 1ZXOA 2WUSA 2F9TA 1GLCG 2NLXA 3GG4A 4CD3A 4BC4A 1DKGD 2IVPA 5CE3A 3FZKA 2FSJA 3LL3A 5AQUA 2DPNA 2E2PA 3BUZB 3SLCA 4IJNA 5ADXA 1BG3A 4JD2B 3AAQA 4B1ZA 4BGAA 5JLFA 5JLHA 3DAWA 3H3OB 2YHYA 5KQ8A 1KXPA 5AQNA 3O8MA 1JCGA 2QWNA 4JD2A 1NGEA 1ZC6A 4RWTA 1YUWA 1IJJA 4JHDB 1RFQA 3VF4A 3WQUA 1QZ6A 3CJAA 2P9PB 2E20A 2ZGZA 1GLLO 4AM7A 1BA1A 1ESVA 3VENA 1KAZA 4H5TA 4CZLA 4JHDA 2P9UB 4H5VA 5E84A 1S3XA 4O5FA 3UE5A 2FSKA 3QDKA 2P9PA 3O5BA 4EAHD 3H1VX 3O1BA 2YI1A 1GLBG 3I33A 5AZIB 5EXWA 3VEXA 3CJ1A 4BG9A 4BR2A 5AQRA 3EKSA 3EZWA 3EO3A 2P9KB 3A8YA 3ZX2A 5AZIA 2Q0RA 3LM9A 4B9QA 2ASPA 2A5XA 1ATNA 3R9PA 2GUPA 1GLFO 1U2VB 2GELA 2OANA 2HF4A 2A41A 2E2OA 2P9KA 3SK3A 4A61A 4LC9B 2PAVA 4GNIA 4CBUA 3QFPA 4BRNA 4BRFA 1U2VA 4BQLA 3BP8A 4HTLA 3L6QA 3TPQA 5BR9A 1P8ZA 1NWKA 1GLAG 1E4GT 5TKYA 4EHTA 3BF3A 4QS7A 4BGBA 3QFUA 2YHXA 5EY4A 4ISGA 3VEYA 1NGHA 4FO0A 3VGKA 5AQGA 4BG8A 4YDUA 5AZJB 4DCHA 4MLEA 2YHWA 2GEMA 3VEVA 4BR4A 2E8AA 4BR7A 1GLEG 4CD1A 2Q0UA 5LY3A 5ADXH 1MWMA 3TU5A 2D0PA 4BC3A 4BVPA 4KBOA 3U9ZA 3IDHA 4Y0WA 5AZJA 4F9OA 3UKRB 1V4TA 4M63C 1G99A 1R59O 2QWRA 2IVNA 2D1KA 4CZKA 3DJCA 3FZHA 1BUPA 1MA9B 5F2RA 3UKRA 4RCHA 1NGIA 3H1QA 1JCFA 1HUXA 3EN9A 4BRDA 4BR5A 2E2QA 3EL2A 3H45C 3L0QA 3QB0A 3WXIA 3U9DA 3M3ZA 3CERA 3WXKA 4BRQA 1T6DA 1QZ5A 3MMVA 4BQZA 2A6AA 3A5LC 5AQQA 2W41A 4B1YB 3ID8A 3AARA 4FWPA 3DWLA 3FE1A 1Y64A 3A5MC 3ATUA 3KVGA 4EFHA 3VGMA 3R6MA 1MDUB 3CQXA 5AQZA 2QW9A 2FLOA 3MN5A 5KQDA 3I8BA 4FWQA 5AR0A 3UKUB 4IXCA 4M7XA 3LDPA 1TYQB 3C7NB 3IUCA 4IWVA 4K43A 2Q1NA 2VCPA 5EOYA 3DXKB 2FF3B 2P9SB 4CZHA 4H0OA 3UKUA 3WQTA 1LCUA 3A5NC 4J8FA 1TYQA 4B1UB 3C7NA 2GWJA 4BRLA 2V7ZA 3U8XA 3D2EB 5EVZA 5BPMA 1DGKN 3G25A 3CIPA 4H5RA 4FOIA 1YXQA 3DXKA 2P9SA 3HBTA 4WQ4C 5F0XA 5AQOA 3D2EA 2GWKA 4WQ5A 4H5NA 4K41A 3ENOA 3AAPA 4MLHA 2P9IB 2HOEA 2V7YA 3M6GA 4FWOA 2BUPA 3LDQA 1RGIA 1V4SA 1D4XA 3HZ6A 5AFUA 4A2AA 4H0PA 4NB4A 5AQTA 2P9IA 3VF6A 3QBWA 4CBXA 3EKUA 4ISFA 3O1WA 1MWKA 4B1WB 5LJWA 2P9UA 4MO5A 3O08A 2ITMA 2Q31A 3A5OC 3U4LA 4CZIA 4GY2B 1QQNA 4PL7A 4MO4A 4WQ4A 2YJEA 3KHYA 2CGJA 2FF6A 4FL9A 3GBTA 3MN7A 2FXUA 3VGLA 1LOTB 2Q97A 2P9LB 5FPNA 1NGBA 3GL1A 1EQYA 3O4WA 4A2BA 3WXLA 5F1XA 5I9EB 4H0XB 3VEOA 3FLCO 2IVOA 3CJCA 2VYPA 1XUPO 2P9LA 4BRAA 1HKCA 3LDNA 3VERA 4Z94A 1BO5O 4CZJA 4BROA 1Z6RA 2F9WA 4BC5A 2NZTA 4FWMA 3UB5A 1XC3A 3O6WA 3F9MA 3H6EA 4BRMA 2HMPA 1K8KB 3H46O 2E88A 4BRIA 3P4IA 2KHOA 1ATSA 1NLVA 5AQWA 3CHWA 2W40A 1K8KA 3MN6A 1DEJA 1NBWA 2A3ZA 3FGUA 4QS9A 1BWFO 5AQFA 4E1JA 3ZX3A 2A42A 3VETA 1NMDA 4PKHA 4H5WA 5AQPA 3LDLA 1QHAA 3B8AX 1NM1A 4BRKA 1ZBSA 4A62A 4CZFA 3J8AA 3SMPA 3A0IX 4M7YA 1SAZA 4CZEA 3MK6A 5AQYA 4XH5A 3LM2A 2I7PA 1U6ZA 5AFUH 1H1VA 3QICA 3WT0A 4BVOA 2UYTA 3JS6A 1T44A 4XH1A 3FFKB 4FOEA 3GE1A 3IMXA 5LJVA 3QMLA 2NRHA 2P9NB 4EHUA 4FPBA 3CETA 5AQSA 5KPZA 4FPAA 2I7NA 1YVNA 2BTFA 2P9NA 1HLUA 4FWSA 5BN8A 4ISEA 4WYBA 1QQMA 2PBDA 4JNEA 5FPEA 5AQMA 3CJ7A 2AA4A 1GLJO 4FWNA 5AQHA 1TUUA 4K42A 3VEZA 1XQSC 3D2FB 1RDWX 5ELZA 2ZF5O 3SJHA 3ULEB 2CH6A 5JICA 1Z05A 3RSEB 1C0FA 3D2FA 4DHYA 3O80A 4XEIA 3ULEA 4XH4A 2J4RA 1GLDG 4H0VB 3RSEA 1HKBA 2E1ZA 2QWOA 4CI6A 2IIRA 2E1YA 3D7EO 4BREA 2AP1A 1X3NA 3HM8A 5BPNA 2HF3A 5BREA 1J6ZA 1IG8A 1NGCA 2QWQA 3R8EA 3MCPA 5AQLA 2CH5A 4CZGA 4DB3A 3VESA 4JAXA 4FWRA 3VOVA 2ZWHA 4AM6A 5AQKA 1QQOA 2QWMA 4I6MB 4B1VA 1NGDA 4FWLA 3ZEUB 3QBXA 3S41A 4PL8A 3HTVA 3BEXA 4BC2A 1WOQA 2GTDA 4PKGA 5KPRA 4I6MA 3SMSA 3ZEUA 2QWPA 3IFRA 2FSNA 3FR0A 4C23A 3GOIA 1NGAA 3W0LA 4YDUC 5BRHA 5BRFA 1E4FT 2VWBA 4BR9A 4IZ9A 2CGLA 3MN9A 1SQKA 1T6CA 4DQ8A 4RTFD 4BR0A 4B1XB 4IO8A 5AQVA 2Q2RA 1BOTO 4NO7A 4IJAA 2ASOA 2QXLA 4PKIA 5AQJA 4HWIA 3KZBA 4H0YB 1X3MA 4QS8A 5KPTA 3W3DA 1S22A 5AQXA 5JMVA 5B8HA 4FSVA 4H03B 1BA0A 2A40A 5FPDA 4CJ7A 2H3GX 2ZGYA 1WUAA 3BF1A 2V51B 3ATVA 2E2NA 1NGGA 1NGFA 3LDOA 1TUYA 3FZMA 2D0OA 3WUHA 3DXMB 3VEWA 3C0BA 2QM1A 3AY9A 2V52B 4CZMA 3HSCA 3L4IA 3CQYA 3VF2A 1C0GA 3DXMA 2ASMA 3ZX0A 4O8KA 2YJFA 1JCEA 3ENHA 3FZFA 2YCHA 4H0TB 4BRCA 5EX5A 1Q18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OHRA 4HTUA 2ATQA 1I39A 3NF8A 4JKDA 4DTRA 1KAYA 2WFBA 3LP0A 3CJ9A 4JKGA 4DTPA 4AILC 4CBWA 5E26A 4JN4A 2EHGA 4DV2K 4WQ5C 3MDQA 3WEEB 1KAXA 4ZTJA 3CCVN 5HL7L 4DFMA 1VK0A 4CJVA 4B9TA 1ATRA 1X9JA 5AQIA 4OGEA 3C95A 3DRRA 3VQ5A 4FJMA 4CF8A 1OKJA 2YNGA 3KK3A 2VGMA 1HX1A 2FBVA 2WUSA 3EE9A 1GLCG 4CD3A 4BC4A 3L4QA 3H08A 2QTDA 3LL3A 5AQUA 3KLFA 5CYMA 4JD2B 1VSFA 3DAWA 2YHYA 3CYMA 4JI3K 5KRTA 2QWNA 3V1OA 1NGEA 1KLMA 4OPAA 2ZJRL 4IEEA 4EZ9A 4E7IA 1OH6A 2FBTA 4I9QA 4B3TK 5LL6Z 3S9HA 4CZLA 4H5VA 2NRTA 3G71N 3O5BA 3CM6A 4EAHD 3LPUA 2VWJA 3O1BA 1GLBG 3VQAA 3PSIA 3O3HA 3CFOA 1JLCA 3KLHA 3OYLA 3HT3A 2QK9A 4HVJA 2OTJN 1RILA 1VSEA 4BG9A 4PY5A 4BR2A 4O8UA 4U7BA 3CC2N 5AQRA 4CJEA 2P9KB 1JLFA 5CHIA 4N47A 2A1SA 2Q0RA 3ZX2A 1ATNA 3SPYA 2QKBA 4CEEA 4WFBL 1J9AA 4A61A 4AF1A 4GNIA 4CEQA 3ZSYA 3AVBA 3L6QA 5BR9A 1YTAA 2D0AA 4HUEA 3HPOA 1VSDA 4EHTA 5EY4A 1RBUA 4FO0A 1REVA 4BG8A 3ZSRA 1QHTA 4IOCL 3I0SA 4MLEA 4JK7A 4Y1CA 2YHWA 2GEMA 3VEVA 3V9ZA 3LZIA 3SUOA 2Q0UA 1LWCA 3NHGA 1WB9A 4KHYA 3TU5A 4KBOA 3IDHA 4DTSA 5AZJA 3AVCA 3O3GA 1G99A 2QKKA 4CZKA 4IOXA 4CGHA 3E01A 3UKRA 2Z1JA 4RCHA 3H1QA 4DKWA 4JI5K 1SS6A 4CEAA 3U9DA 1HJRA 3CF5L 2O8FB 2UXCK 2WC9A 4CJQA 3HM9A 1L3TA 3HRGA 4W5OA 3A5LC 4KH5A 3DLHA 3ID8A 3VQQA 3FE1A 4YY3K 3KVGA 1NKCA 1RBRA 1S6QA 1MDUB 1NJWA 2QW9A 2FLOA 3MN5A 4OLAA 1S1WA 4LSLA 3UKUB 1WBDA 4M7XA 3UIQA 3C7NB 3KJVA 4E7JA 4DTMA 1CZ9A 2VCPA 3QEXA 4JLHA 5CR4A 5JS2A 5D3GA 1DT9A 3A5NC 1N34K 3D2EB 4K8ZA 5EVZA 5AJ3K 4OO1J 4FOIA 3OYNA 4IFEA 3KLGA 3OYDA 1X1PA 1C1CA 4WQ4C 2KTQA 3CCJN 2G8HA 3NH2A 3K5LA 4LFBK 4W5QA 3CMAN 3K5MA 3KLIA 3O9UA 3NF9A 2HOEA 4JKEA 4KREA 3C6AA 1K73O 4KB1A 1ZBIA 3LDQA 2B6AA 4Z0UA 1RGIA 3TSPA 3V6DA 1J5OA 3G4SN 4RW7A 3AGRA 3C6TA 5AQTA 2P9IA 1OH7A 4DLEA 5C42A 2ITMA 4PA1A 4JYAK 3TAGA 4O55A 5J2NA 5HRSA 2FF6A 3MN7A 3NMUA 2FBXA 1NGBA 3GL1A 5I9EB 2G8KA 5F1XA 3WXLA 4M3TA 3PO4A 4C8OA 4GVEA 3WNHA 1DTTA 3KWIA 2G8WA 2P9LA 4E19A 1BI4A 1YITN 4CGIA 3EYZA 3LDNA 4DG1A 3QERA 2E6LA 2HHTA 4E89A 1I3AA 1ZBFA 1Z6RA 2KW4A 3O6WA 4W5TA 3AVLA 3F9MA 4BRMA 4C1NK 1QSYA 3HYFA 3H46O 2E88A 3P4IA 2WBNA 5AQWA 1UA1A 3THYB 1A5VA 3AO3A 1DEJA 3FGUA 3JSMA 3NCIA 3ZX3A 4CK3A 2A42A 4AH9A 4BACA 3K9JA 2YNHA 3MEEA 4JK8A 4PKHA 2O8EB 1SUQA 4OPJA 4CJRA 1LWFA 1W97L 3K9KA 4B3OA 2XY7A 1BCOA 3TANA 1B9FA 4FK0A 4CZEA 3OYBA 1SL1A 5AQYA 4XH5A 3SBGA 4CIEA 3QLHA 5C25A 4XH1A 3HPHA 3Q7BA 2XRIA 4FOEA 3GE1A 2HBLA 4JKBA 4CFBA 4EHUA 4B3RK 5AQSA 5KPZA 3VTIA 2P9NA 1HLUA 3V9UA 1EXQA 2YHAA 2QA4N 4YOWA 3PV8A 3L3VA 2PBDA 4JNEA 2Z1HA 5FPEA 4O0JA 1C1BA 4DSJA 3CJ7A 2AA4A 1GLJO 4FZXC 4FWNA 5AQHA 4K42A 3VEZA 1KCFA 2W6LA 3D2FB 5DM6L 4IFVA 3WNEA 1RT7A 3TTCA 3RSEB 1RBSA 3AO5A 4TSXA 1TAUA 4JI6K 3LAMA 4DF8A 3THXA 1C0FA 4DHYA 1BGXT 4I2QA 3E9PA 2PFUA 2QWOA 4X66K 3KK2A 1L3SA 2IOCA 2HHWA 1NK8A 3SQ1A 3SI6A 4A5AA 1M1KO 1X3NA 3SQ2A 5BPNA 5BREA 4O5BA 4F2RA 2QWQA 3MCPA 3C65A 4DB3A 3VESA 4JAXA 2ZWHA 4LF8K 3VQBA 4RW8A 5CY4A 5FLXO 4FJGA 1RTDA 1NGDA 3CCSN 3BDPA 2VGNA 5EU7A 5GINA 3N4PA 3VTHA 1QSLA 3NFAA 3C94A 4PL8A 1O1WA 3HTVA 3CXCM 4DSEA 3DLKA 4E3SA 4K0KK 2HBJA 2W42A 2OCEA 3IFRA 2FSNA 3GOIA 1NGAA 3W0LA 2VWBA 2NRRA 1IKVA 4IZ9A 1CLQA 1WSJA 1T6CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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