3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
1BUPA 1XUPO 2CGJA 3CJ1A 3HZ6A 3LM2A 4IWVA 4KBOA 4CJ7A 4FWKA 4CZMA 1NMDA 2EWSA 1MDUB 2HMPA 2FSKA 3P4IA 4ISFA 1V4SA 4FWMA 1CZAN 2ASMA 2ITMA 3ATUA 2BTFA 3BF3A 1BO5O 3MN9A 4H5TA 4DB3A 3W3DA 2E88A 4BRHA 4CZLA 3AY9A 3FR0A 3WUHA 4PL7A 2ZF5O 2P9PB 3EKSA 4JD2B 1SAZA 2UYTA 2ASPA 2Q36A 3QICA 1YUWA 4CZFA 2P9IB 3RSEA 3QMLA 3LDOA 5AQPA 3FZMA 4M7YA 3QBXA 5FPMA 1JCGA 3TPQA 4K41A 1BDGA 3ID8A 4O8KA 5AZJA 2FF6A 3ENOA 4H5WA 2P9NB 4E1JA 3HM8A 2V51B 2ASOA 2I7PA 1NWKA 5F0XA 5ADXH 1T6CA 1U2VA 4QS7A 3EN9A 3AARA 4HWIA 2E1ZA 4BR4A 3DXKA 4YDUA 3VPZA 2YJEA 4K25A 3WEEA 4PL8A 5KPZA 3CHWA 4B9QA 4CD3A 1S3XA 4FWPA 4BR2A 1ATSA 5FPDA 1IG8A 2Q0UA 3ULEA 3WXJA 3VEWA 3SK3A 4MLEA 4Z94A 3D7EO 3QBWA 5E26A 1BA1A 1NGEA 2F9TA 5AQHA 5BRFA 3VESA 1RDWX 3BUZB 3R8EA 1HKBA 5AQSA 3BEXA 5AZIB 3C7NA 1GLEG 1NM1A 1C0FA 3ZEUB 2E2OA 4B1YB 3M6GA 5F1XA 1IJJA 2P9LB 1BA0A 5AQTA 3VEZA 1GLFO 5EY4A 3D2EA 4JHDA 3HSCA 3DXMA 3CJAA 1XC3A 1NGGA 1GLBG 3WXIA 3L0QA 2YCHA 2Q31A 3AAQA 2A40A 3KVGA 4H0OA 3CI5A 1K8KA 1E4FT 4CZGA 4F9OA 1RGIA 3FFKB 2Q2RA 2H3GX 4LC9B 4O5FA 4PKHA 5LY3A 5EOYA 4FOEA 5B8HA 5EX5A 2GWKA 3FZKA 2E2NA 3GBTA 2VCPA 4FPBA 2YHWA 4BGAA 1YVNA 3DAWA 3UB5A 3DWLA 2P9UA 4BVOA 4CZIA 5JMVA 2GTDA 4H0TB 2Q97A 3R6MA 2E8AA 5AQLA 5BR9A 2YHXA 3ENHA 3IUCA 4A2AA 3D2FB 1BOTO 4XEIA 1QQMA 4H5VA 3VGLA 3SMPA 3H1VX 3S41A 3CJ7A 4A61A 2IIRA 1EQYA 5KQDA 2E2PA 3LDQA 5TKYA 4CBXA 5JICA 2QWLA 3UE5A 4B1ZA 2QWRA 1HKGA 3KHYA 4YDUC 3O4WA 1LCUA 1JCEA 1ATNA 4WQ4A 4BC3A 3A5MC 3GDQA 1Z05A 3IDHA 3M1FA 3O1WA 3SJHA 4BRKA 5BPLA 1Z6RA 3WT0A 1TYQB 1JCFA 3VF6A 3FLCO 3MDQA 1KXPA 4EHTA 1NGFA 4I6MB 4PKIA 3VEYA 5AQFA 1SQKA 1GLJO 4BRAA 3O6WA 1HLUA 2FLOA 1X3MA 3O8MA 3SLCA 4FWLA 1D4XA 3FZHA 4CBWA 3H46O 1HKCA 1LOTB 2PAVA 5F2RA 3ZETA 3QFUA 3I8BA 2A41A 2FF3B 1Y64A 4QS9A 1MWMA 3J8AA 1NGDA 5KPTA 3DJCA 3UKRA 1X3NA 5BREA 5FPNA 3O5BA 4CI6A 5BN8A 3LL3A 4CZJA 2IVPA 2ZGZA 5AQGA 3MK6A 4BRPA 2YHYA 4IXCA 3CJBA 3RSEB 4NB4A 3TU5A 2P9KA 3VGMA 4AM7A 5AZJB 3R9PA 1MWKA 4MLHA 4DQ8A 1KAZA 4JAXA 3H3NO 3EKUA 1NGCA 2F9WA 3A5OC 4H5NA 3UKUA 3LDLA 4BRLA 5CE3A 3F9MA 3VGKA 5ADXA 4BRIA 1U2VB 3H3OB 4DHYA 5EVZA 2GWJA 1NLVA 4ISEA 4WQ5A 4K42A 2QWOA 2D0PA 5AQQA 3DXKB 2A5XA 4RTFD 2ZGYA 4IO8A 2CGKA 3L6QA 1ESVA 3WEEB 2V7ZA 2Q0RA 4WQ4C 2W41A 5JLHA 3ULEB 5LJVA 4H0YB 5KPRA 3JS6A 3JXUA 2KHOA 1J6ZA 1C0GA 4BR0A 4BRFA 3I33A 4CBUA 1ZBSA 4EHUA 4K43A 1TUYA 3U8XA 4BGBA 1Q18A 2D1KA 4C23A 3ZX3A 3C7NB 4FOIA 1GLDG 3LDNA 4XH5A 2QXLA 1HJOA 1DEJA 4PKGA 3D2EB 1X9JA 1G99A 1ZC6A 2BUPA 1TUUA 3DXMB 3M3ZA 2FXUA 4JHDB 4BVPA 4AM6A 5LJWA 1DKGD 3MN5A 3MN6A 4EIAA 1GLAG 4BRQA 4BRGA 1H1VA 4A62A 1GLLO 2QWNA 1T44A 2E1YA 3VF2A 5I9EB 4IZ9A 2WUSA 4JNEA 1K8KB 4BREA 3CIPA 3BF1A 3O80A 5AFUH 2CH5A 3FE1A 3A5NC 3QB0A 4CD1A 4H0XB 4FWOA 4H5RA 3VEXA 3EO3A 1MA9B 1V4TA 1QQNA 2FSJA 3CQXA 2DPNA 1HX1A 2GELA 4IJNA 3O1BA 5AQVA 3FZLA 3ZX2A 5KQ8A 2P9UB 4BC2A 4FO0A 5AQKA 4B1WB 4IJAA 2V7YA 3GG4A 3HI0A 3G25A 3IMXA 2HF3A 2HOEA 3O08A 4BRCA 2NLXA 1GLCG 1NGHA 1NGJA 1QQOA 4CZEA 3WQTA 4FSVA 1P8ZA 3WQUA 1S22A 4A2BA 4WQ5C 3VF4A 3WXKA 2PBDA 2I7NA 2P9PA 4JD2A 4BG9A 2IVNA 4FL9A 5ELZA 4M7XA 2P9IA 2D4WA 5BRHA 3EL2A 3A8YA 3BP8A 2A6AA 1QHAA 2YI1A 5AQYA 2E2QA 3OHRA 1R59O 4BQZA 4HTLA 5AQIA 1U6ZA 4ISGA 2W40A 2P9NA 1HPMA 2CH6A 4BRNA 5BPNA 4BR7A 4FPAA 2A3ZA 3AAPA 3GL1A 4BG8A 3ZETB 2NZTA 5AQRA 4B1XB 4BRMA 5FPEA 4RCHA 4L3QA 2QWPA 3QFPA 1ATRA 4BC4A 4RWTA 1BWFO 1ZXOA 1NGBA 3LM9A 4H0PA 5AQXA 2VYPA 3UKRB 3CQYA 1KAXA 3HBTA 3CETA 1WOQA 3FGUA 3VEVA 4BRDA 1QZ5A 4I6MA 4WYBA 2P9SA 3LDPA 3H45C 4BQLA 3L4IA 1T6DA 4FWQA 1NGIA 4EAHD 2Q1NA 1WUAA 4XH4A 3IFRA 3MMVA 4MO5A 5AZIA 2AP1A 3FZFA 2E20A 2P9KB 4H0VB 3ZEUA 2GEMA 3CERA 4JN4A 2P9LA 3ZX0A 2AA4A 5E84A 4FWSA 3QDKA 2YJFA 3A5LC 4Y0WA 1OKJA 4XH1A 3HTVA 3UKUB 2HF4A 2P9SB 3A0IX 3VETA 2VWBA 1HUXA 1RFQA 3U9ZA 1DGKN 4FWRA 4H03B 3ATVA 4J8FA 5AQJA 4BC5A 4B1VA 3MN7A 4DCHA 4GNIA 3WXLA 1YXQA 4M63C 5AQUA 3MCPA 5AR0A 3U4LA 2V52B 4EFHA 2FSNA 3VENA 4MO4A 2QW9A 3VERA 5AQNA 3B8AX 3H1QA 4FWNA 5AQWA 4CZKA 4B1UB 3SMSA 2IVOA 3D2FA 1NGAA 2QM1A 4NO7A 1BG3A 2OANA 5AQMA 4QS8A 5EXWA 4BR5A 5BN9A 4BR9A 5BPMA 5JLFA 4BROA 3GOIA 3EZWA 3CJCA 4CZHA 2CGLA 5AQOA 3VEOA 3VOVA 1QZ6A 3W0LA 3H6EA 1XQSC 1YAGA 5AQZA 2J4RA 1KAYA 2A42A 1BU6O 5AFUA 2ZWHA 1TYQA 3CJ9A 3GE1A 4GY2B 5BRDA 1SZ2A 2NRHA 2GUPA 2QWQA 3U9DA 2D0OA 2QWMA 1NBWA 3C0BA 3KZBA 1E4GT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XRIA 4EP4A 3CJ1A 2CGJA 4CGHA 3HZ6A 3LM2A 4E7LA 2YNHA 1TL3A 3MEEA 4CJ7A 1YTAA 1VRTA 4FWKA 4KI6A 1NMDA 1S1TA 3MEDA 3PX6A 2HVIA 3V1OA 1V4SA 1FK9A 1SL1A 2ZD1A 3TR8A 4PWDA 2UXBK 2VG5A 3ATUA 1BO5O 2E88A 2YX6A 4CZLA 1YITN 3FR0A 3WUHA 2EX3A 4PL7A 3TAPA 2UXDK 4OGCA 3MXMA 2P9PB 1XC9A 2ASPA 3N4QA 1N32K 3G10A 2Q36A 1ASVA 5C2DA 5GAEP 4CZFA 3HVTA 2HHVA 4Y1CA 4DQSA 3KKSA 5AQPA 4CW7B 4M7YA 1RT2A 1RBUA 4K41A 1RTHA 4O8KA 1U49A 2FF6A 2G8IA 1YJWN 4EP5A 4E1JA 3OYGA 4HVJA 4JS4A 4J2BA 4RW7A 3NH1A 4PHTX 3THWB 5ADXH 4JK8A 4DS4A 3EN9A 3CF5L 3DOLA 1N34K 2JWKA 3DXKA 1RDAA 1HPZA 1OH7A 3F73A 5CY4A 5M1OA 4KHPK 4K25A 4FXDA 3CHWA 4X66K 1VK0A 1WB9A 3AVKA 4AHRA 5FPDA 3LZIA 2Q0UA 3HPOA 3QLHA 4CJFA 3THVA 3QBWA 4FJ7A 1IBLK 5C12A 3SUOA 5AQHA 4JKEA 5BRFA 3VESA 4R79A 3RTVA 2O8EB 5I3UA 1WSJA 3AVAA 3BEXA 3C7NA 4DMNA 1IKXA 1HNWK 5F1XA 1IJJA 3QNOA 1BA0A 4M3ZA 1ASUA 3TTDA 2G8VA 4LSNA 3VQ8A 4DF4A 1NGGA 3WXIA 3I0SA 2YCHA 4JKHA 3OYNA 4IG0A 2PZSA 1SL0A 4H0OA 1K9MO 4QOZB 3CI5A 1K8KA 1E4FT 4F9OA 4PA1A 2HW3A 2Q2RA 3NCIA 1YTUA 1F21A 3VQ7A 4IOAL 2GWKA 3FZKA 1EWQA 1N8RO 3CCVN 3DWLA 3OYMA 2QTDA 3HPHA 4BVOA 4EZ6A 3DLLL 4H0TB 2Q97A 5AQLA 5BR9A 3QEPA 4DTMA 3D2FB 4AQYK 1KLMA 1QQMA 4CFBA 1Z26A 2KQ2A 4G1QA 3SMPA 3ZT0A 3CPEA 2FBXA 4FK0A 4NXMK 2E2PA 4B1ZA 1SV5A 3CM5A 2QWRA 1HKGA 3DLKA 4O4GA 3CCJN 3A5MC 3TSUA 5KGWA 4ELUA 1OH8A 4KREA 3SJHA 2ZJQL 3L3VA 1Z6RA 1TYQB 4CJSA 1NK7A 1U48A 4A59A 1KXPA 1HR0K 4EHTA 1A5WA 4E1MA 3HXMA 3QETA 5I42A 1RDDA 5AQFA 3ENBA 2HBJA 1HJRA 3QNNA 4CGGA 3AVFA 1D4XA 1SKWA 2IGIA 4DV0K 1L3VA 3AVHA 3J80O 1LOTB 4DS5A 5F2RA 1HRHA 3ZETA 4M45A 4ZTJA 4I7FA 3I8BA 1YI2N 3THYB 4NCBA 4FJKA 3AVJA 1ZBUA 1EKEA 1MWMA 3J8AA 3T69A 5KPTA 3SV3A 4J2EA 1X3NA 5FPNA 1DTQA 4HCBA 5BN8A 3G4SN 4CFAA 4KHYA 1W9HA 4V19S 4FZYA 3T3FA 4E89A 4E7HA 3AO3A 3EE9A 1RBTA 1IG9A 2WC9A 2BANA 5AZJB 1MWKA 1LWFA 1KAZA 3VQDA 3H3NO 3EKUA 2F9WA 4H5NA 3KWIA 3F9MA 3R1XA 4BRIA 3KK3A 4BE2A 1U2VB 4DHYA 2F8SA 1KFSA 2DY4A 4OKJA 2D0PA 2XY5A 2QI2A 2ZGYA 1REVA 4DTRA 2CGKA 1RT7A 3MXJA 1ESVA 3K2PA 3MWPA 2O8DB 3OYEA 1SKRA 5J2NA 5KPRA 5JS1A 1WSFA 4CJUA 3DRSA 1KLNA 4F8RA 5MLCQ 1J6ZA 3OYDA 4YOUA 4O55A 4BRFA 4BR0A 4CBUA 3D45A 3TAMA 1XMOK 3QIPA 2EHGA 4BGBA 2G8KA 3WNHA 3ZX3A 3VQAA 3TAFA 3ZYYX 2QXLA 3AO1A 3NF8A 1I94K 3DXMB 3P31A 4AM6A 3OJUA 4MFBA 4EZ9A 4U7BA 4LF7K 4ID5A 3VF2A 3TSPA 2HBMA 4JNEA 3MX5A 5SZTA 2KZMA 5FDLA 4IBNA 3BF1A 4NCGA 5AFUH 4CD1A 4H0XB 4FWOA 4WFNL 3THXA 1IKWA 1MA9B 5HBMA 4FLWA 3OYJA 1OVYA 3O1BA 5AQVA 5M1PA 4A57A 5KQ8A 4C8LA 4FO0A 4IJAA 2V7YA 2Z1IA 4BY9C 4I2PA 1MU2A 3U3YA 4HUGA 2D0BA 4YOYA 3THXB 3QEIA 1GLCG 4HTUA 4L8RB 2HHUA 1LV5A 3WQUA 4I9LA 2ZJRL 4CGJA 5C25A 3O4NA 4JD2A 4B3TK 4OJRA 3HP6A 4JRPA 1TK0A 4CGDA 3ZSZA 4M7XA 2P9IA 1FJGK 1GOBA 1JJ2M 2KFNA 2FC0A 1R59O 3AO5A 4FM0A 3RMCA 4ELTA 5HP1A 5AQIA 1S72N 1U6ZA 3BY5A 3Q7CA 3VQCA 4KHWA 3P83D 1HPMA 2VGMA 4BRNA 3LAMA 1BCMA 5BR8K 3VQQA 3AVMA 1B9FA 3AAPA 4CK2A 4N76A 1VQ9N 3QINA 4KTQA 3AA3A 3ASMA 5AQRA 4ZHRA 1BI4A 4FM2A 4L3QA 4RWTA 2HNYA 3BZKA 1ZXOA 3LM9A 4H0PA 4CGIA 2VYPA 2NRVA 2UU9K 3T7ZA 3HBTA 4LF9K 1TAUA 1WOQA 1HNVA 3VEVA 3PIOL 1WBDA 4NLBA 2ETJA 5HL7L 1WNSA 1T6DA 4IO9L 4FWQA 2Z1GA 2Q1NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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