3VGKA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
LTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
total genus 95
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgkA02
4HWIA 4E1JA 3LDQA 3JS6A 4CZJA 2D0PA 4ISGA 4IJAA 4PKHA 5BR9A 2E1ZA 1S22A 3CIPA 3GL1A 4CZKA 5F1XA 4B1UB 3QFUA 1HKBA 4BRNA 4BR4A 2VWBA 1NBWA 2EWSA 3MMVA 4BG8A 3ATVA 3ZEUB 2P9IB 4FO0A 5AQMA 4AM7A 3O1WA 2Q36A 3O5BA 2Q97A 3CQYA 3UE5A 2A42A 3A8YA 5I9EB 3GDQA 2ITMA 3UKRA 3LM2A 3VOVA 1XQSC 4A61A 3EN9A 3VEWA 3CJBA 4FWOA 3G25A 1GLDG 5BPLA 1KAXA 1YUWA 4CZLA 1WUAA 2P9PA 3CJ7A 3A5MC 1ATRA 3UKUA 1X3NA 2D1KA 2Q1NA 3FZFA 3MN5A 2FLOA 2YCHA 5ELZA 3U4LA 4BVOA 1YAGA 1DEJA 3KZBA 4BRAA 3EKSA 5AZJB 3U9ZA 4CZGA 5F0XA 5TKYA 3R6MA 1T44A 4BR0A 4JHDA 1CZAN 4YDUC 1BUPA 5AZIA 4EAHD 3LDLA 4CD1A 3LL3A 3DXKB 3D2EA 4FPBA 1KAZA 2PAVA 4WQ4C 2WUSA 1BO5O 3SMSA 1X9JA 4DCHA 4JN4A 3ULEB 5AQUA 1WOQA 1IJJA 5B8HA 2F9WA 4B9QA 1ATSA 3CERA 4H0XB 3LDNA 4M63C 4XH4A 3EZWA 1Z05A 2E2QA 3VERA 4EHTA 3ZETB 1D4XA 4C23A 3AAPA 3L0QA 3AY9A 1MA9B 4H5WA 1HLUA 3QMLA 4BGBA 1EQYA 3SJHA 3O80A 3LDOA 2GTDA 1NGJA 2IVOA 2E8AA 5AQIA 4JD2A 5KQDA 4BQZA 1GLLO 2CGKA 3GE1A 2W40A 4CZMA 4EHUA 1HJOA 1J6ZA 2E2NA 4BRQA 4BC2A 3I33A 2D4WA 2QM1A 3GG4A 3MN7A 4RCHA 4BRFA 5E26A 4CD3A 1QQNA 4JNEA 3F9MA 2FXUA 4IWVA 5F2RA 2P9KB 2J4RA 3MN6A 3HSCA 4XH5A 3IDHA 3ZX0A 1TUUA 1BA0A 2F9TA 3ENHA 3ZX2A 4MLHA 5AQVA 3S41A 2ZF5O 4K43A 4AM6A 3WXKA 1YVNA 3WXJA 1NGIA 2P9SA 5AQYA 3U9DA 4PKGA 5EXWA 3QICA 4WYBA 3VEXA 3BF3A 3VGKA 2P9PB 2P9UB 4H0PA 2GEMA 1ZXOA 3WQTA 5EVZA 4A2AA 3UKUB 3CJAA 2ASMA 5AQKA 1QHAA 4I6MB 1BOTO 1NGHA 1JCGA 3VF4A 2QWRA 2FSJA 2QXLA 3FZMA 4H03B 3SMPA 1E4FT 4H0VB 2NRHA 1MWKA 4H5NA 5KPTA 3W3DA 3MDQA 4FOEA 1RGIA 2QWPA 3EKUA 4JHDB 3M6GA 1GLCG 3BUZB 4BC4A 3I8BA 3IFRA 5AQTA 5BRHA 3WEEB 3MCPA 3D2EB 4NO7A 2IIRA 4IO8A 1LCUA 2V51B 3BF1A 2QW9A 2P9LA 4CZHA 3A5NC 1R59O 1X3MA 4HTLA 1BDGA 3ATUA 2IVNA 2DPNA 2QWLA 4L3QA 3D2FA 3FZLA 2P9NA 5E84A 4FWSA 1RFQA 3TPQA 3M3ZA 4H0TB 3DWLA 3CJCA 3D7EO 4LC9B 5JLFA 1H1VA 1HPMA 4BR5A 3QBXA 4CBUA 3QB0A 4H0OA 5LJWA 3IMXA 4H5TA 1GLAG 3CQXA 5AQLA 4EIAA 1ZBSA 1HX1A 1XC3A 2YHXA 4YDUA 3VETA 4BQLA 5AQZA 4PL7A 2HF4A 2GWJA 1IG8A 1DKGD 3KHYA 3VEYA 1JCFA 3O1BA 5EY4A 5FPNA 1BA1A 1BG3A 2W41A 3RSEA 4DQ8A 5BPNA 4BRGA 4MLEA 2BTFA 2FSNA 2I7PA 4B1YB 3ZX3A 2Q2RA 3DXMB 2ASOA 3O8MA 3H45C 4ISEA 3WUHA 2YJFA 3ZEUA 1NGDA 3HM8A 1NMDA 5ADXH 2ZGYA 3C7NB 2V52B 3VPZA 3H46O 1NGAA 1JCEA 4FPAA 4RWTA 2PBDA 2VYPA 3UB5A 1GLJO 3WXLA 1QZ6A 3DAWA 2FF6A 4FWPA 3EO3A 5AQHA 1HKCA 3FE1A 3L6QA 1OKJA 3CETA 4K42A 2CH5A 1MWMA 1ZC6A 3H3OB 2UYTA 3A5OC 3C0BA 3WQUA 5AZJA 4BR2A 3OHRA 1C0FA 3WT0A 3H6EA 1Y64A 4ISFA 4MO4A 4CI6A 4M7XA 5AQGA 5JLHA 1BWFO 1Z6RA 1YXQA 3H3NO 5CE3A 3O4WA 4CZIA 2P9LB 4WQ5C 3QFPA 2D0OA 3FZHA 2E2PA 3UKRB 4BRIA 2FSKA 4QS9A 3ULEA 2OANA 3O08A 2E1YA 1ESVA 3D2FB 5FPEA 4CBXA 2ZGZA 3VGMA 1NGEA 3LM9A 4A62A 5AFUH 3JXUA 4NB4A 3R9PA 1TYQA 3SK3A 5BPMA 4B1WB 1NGGA 2HOEA 3WXIA 3VEVA 2QWNA 2ASPA 3ENOA 2A40A 4BREA 5AQQA 5FPDA 2A6AA 1SAZA 2CGLA 5EX5A 3HTVA 3DJCA 2H3GX 2ZWHA 3VEZA 3AARA 3FLCO 4IJNA 4BRPA 5AZIB 3B8AX 5BRDA 2AA4A 4PKIA 1QZ5A 2A3ZA 4GY2B 2GUPA 3CJ1A 3VENA 4BRHA 2V7ZA 1SZ2A 2HMPA 1V4SA 5AQNA 4CZFA 2CGJA 4FL9A 3RSEB 4BC3A 3ID8A 4BR9A 1U2VA 3R8EA 1NM1A 4IXCA 4FWMA 4K41A 5AQOA 2P9KA 4BRLA 4J8FA 4BRKA 1K8KA 2FF3B 1KAYA 5AQJA 4DHYA 5EOYA 4FWQA 1RDWX 1GLFO 3GBTA 2BUPA 3P4IA 1QQOA 3FZKA 4JD2B 4BRCA 5LY3A 1DGKN 2AP1A 3QDKA 4BC5A 3HZ6A 2E88A 3W0LA 2QWMA 5KPZA 5ADXA 3L4IA 4Y0WA 3AAQA 4CBWA 2P9UA 2E2OA 2NZTA 4WQ4A 3BP8A 4M7YA 4I6MA 4H5VA 4BRDA 2GWKA 3VESA 4BG9A 3FFKB 4DB3A 4FWKA 4F9OA 1S3XA 2IVPA 5BRFA 5FPMA 5JMVA 5KQ8A 5JICA 2Q0UA 4K25A 1GLBG 1GLEG 1NGCA 3CHWA 1MDUB 4CJ7A 1HKGA 1NLVA 4XEIA 2I7NA 4FSVA 3WEEA 3O6WA 2HF3A 2P9IA 4B1VA 5KPRA 1NWKA 2QWOA 3FR0A 2GELA 2P9SB 1TUYA 5AQRA 2NLXA 4Z94A 1T6DA 4BGAA 1QQMA 1U6ZA 4O5FA 3BEXA 4FWRA 4PL8A 3M1FA 3MN9A 2VCPA 1V4TA 1TYQB 4H5RA 3VF6A 3HI0A 4BVPA 2A41A 1T6CA 1C0GA 2E20A 1E4GT 4GNIA 5AQSA 4IZ9A 4CZEA 4RTFD 2Q0RA 5BN8A 5LJVA 3HBTA 3H1VX 4A2BA 5AFUA 3IUCA 4JAXA 3TU5A 4H0YB 1LOTB 4MO5A 5BREA 2YHWA 5AQWA 3A0IX 3LDPA 4FWNA 4KBOA 5AQPA 4BR7A 1P8ZA 2YHYA 2CH6A 4O8KA 3J8AA 3DXKA 2Q31A 3QBWA 4XH1A 4WQ5A 4FWLA 5AR0A 3VF2A 1HUXA 2YI1A 3VGLA 1U2VB 2P9NB 3H1QA 3KVGA 4EFHA 3SLCA 1SQKA 3U8XA 1XUPO 3A5LC 1Q18A 5AQFA 3DXMA 3ZETA 5AQXA 1NGFA 2QWQA 1K8KB 3EL2A 2KHOA 2YJEA 1ATNA 3FGUA 1KXPA 1NGBA 3CI5A 4QS7A 3C7NA 2A5XA 3CJ9A 5BN9A 4B1ZA 1G99A 2V7YA 3MK6A 4FOIA 4BROA 4BRMA 4QS8A 3VEOA 4B1XB 3GOIA 1BU6O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DLEA 1IG9A 1VQ7N 3R3LA 4CK3A 4ISGA 5C15A 1U48A 1VSLA 4N5SA 1YJWN 4RW9A 4IG0A 1RBRA 3HK2A 2B5JA 4B1UB 3VQPA 4WF9L 1TKTA 2EWSA 3BY5A 3CC2N 3ATVA 3OYGA 2P9IB 5AQMA 3DRRA 4JKEA 3K59A 1CZ9A 3DLEA 4Z0UA 4CW7B 1N34K 4E7IA 2DFFA 1LV5A 1SL0A 3UE5A 4JI7K 5I9EB 3CCJN 1KRPA 5GAGP 3UKRA 4CJPA 1HNZK 3V81A 4B9MA 4DS4A 3SV3A 4AHCA 4A61A 4B9LA 3PIPL 1DTTA 4FJ5A 3RRGA 2P9PA 3CJ7A 4RW6A 3A5MC 2IGIA 3AVFA 3FZFA 3MN5A 3ZLJA 4CJ3A 1X1PA 3AVKA 4BRAA 3U9ZA 4CZGA 3RMCA 1RTJA 1WBBA 1T44A 4CJRA 3EY1A 1CZAN 4LFBK 1EWRA 4AHSA 4EAHD 3M8PA 3PSFA 5CHIA 4DFJA 4CD1A 5GIOA 3D2EA 3U6FA 2HW3A 3NMUA 4WQ4C 3VTHA 3K9JA 3SMSA 1D9FA 4JN4A 4EP5A 5KRTA 3AVLA 1WOQA 3P83D 1UA0A 4B9SA 1ATSA 2OPRA 4H0XB 5GADP 2XY5A 3THYB 4JYAK 4FVUA 3QNOA 3THVA 4FLVA 4Q5VA 5D3GA 1JLEA 1N32K 3L0QA 3AY9A 3AGKA 3PY8A 3QMLA 4OPKA 4BGBA 1EQYA 3EE9A 3PX0A 3SJHA 5J2MA 1WLJA 3OA9A 2G8UA 2E8AA 5AQIA 2IC3A 2G8WA 1C1BA 3GE1A 4DFKA 4CZMA 1TK5A 2D4WA 3MN7A 4EZ9A 4BE0A 3RMAA 1IV0A 5E26A 3NH2A 4CD3A 4F3OA 2FXUA 1ASWA 4IWVA 5F2RA 2J4RA 3LP0A 1VQNN 2F9TA 3HVTA 3ENHA 2NNWA 4B9UA 4MLHA 5AQVA 3S41A 4BWJA 3ZSWA 4Z4HA 3KKRA 3CCLN 3U9DA 3ASMA 4CEEA 3QICA 4JKAA 4WYBA 3KK3A 2PYJA 2XRIA 2P9PB 2GEMA 4DR7K 1ZXOA 3WQTA 1S9GA 1KFDA 3QLHA 1BOTO 1JLAA 2KKZA 4J2BA 3VF4A 1MWKA 3G0ZA 3W3DA 4DUYK 4FOEA 1C0UA 2UUAK 1RGIA 2HMIA 3BUZB 2NRXA 3I8BA 5AQTA 4CFBA 3VQAA 1C6VA 3WEEB 2G8KA 4F2RA 1KVCA 1I94K 3D2EB 3OTOK 4EZ6A 3AA4A 4JEPA 1LCUA 2V51B 3WXMB 2NRZA 2AJQA 4NCAA 4HTLA 4JRQA 3S3NA 3NF7A 1KVBA 4OKEA 4CIEA 4CF8A 3VQ7A 3HXMA 1NJYA 3FZLA 2P9NA 4BDPA 4HUEA 3DWLA 3D7EO 4LC9B 3RR8A 3D0PA 1HPMA 1RBTA 4CK2A 1RDCA 3QB0A 3NH1A 1NJWA 3PLAA 4H5TA 3CQXA 2WOMA 4K8ZA 4EIAA 4LF6K 4YDUA 3VETA 3HRGA 3QINA 3SUPA 1ZBLA 3OS2A 2HF4A 1BQMA 1JXBA 3V6DA 3HOTA 3KHYA 2FBXA 4N56A 2KFZA 4OX9K 5FPNA 1U04A 2NUBA 2BTFA 3ZX3A 4C8MA 1ZYQA 3RMDA 3WUHA 4DKWA 1NGDA 1LWEA 4DTNA 3SI6A 4DV6K 4YOVA 3O4QA 3OVNA 4QOZB 5C25A 3VPZA 4FXDA 1JCEA 2QXFA 2HBMA 2VYPA 3L3VA 3UB5A 3DAWA 2FF6A 4FWPA 2UU9K 3HPHA 5AQHA 4JI4K 4N41A 4E1MA 4E89A 3P31A 5H1SQ 3FE1A 4PY5A 4FLXA 4ZTJA 4YOWA 3EEQA 4FJIA 1MWMA 1MU2A 3BDPA 1EO1A 3C0BA 2WFBA 3AVIA 4B8AB 1JLQA 3H6EA 4ISFA 3E1YA 5JLHA 1BWFO 1T8EA 4BDZA 4CZIA 4C8NA 3NGIA 2E2PA 2FSKA 2E1YA 2X74A 4CE9A 2ZGZA 3AO1A 1NGEA 4HUFA 3SK3A 1FJGK 1NGGA 3VEVA 3ENOA 4DTXA 1RT4A 1YF5L 3OYNA 1QE1A 2A6AA 1J5EK 3SQ1A 3TANA 5JS1A 3ZSOA 2A3ZA 4EP4A 2GUPA 3CJ1A 4GMJB 4ELUA 3VENA 4FJHA 4NLCA 1QHTA 4M42A 2YNGA 5AQNA 3BZKA 1HQUA 3VMFB 3DYAA 4BC3A 3CXCM 1HRHA 4FJLA 2HHTA 5IT9O 3RMBA 3MEEA 3NF8A 4JK9A 1VQON 2NRVA 2P9KA 1QVFM 2W42A 1QQCA 3IG1A 4DHYA 4E1NA 5EOYA 3GBTA 3FZKA 5LY3A 1DGKN 2AP1A 2E88A 1JJ2M 3W0LA 1JL1A 2QWMA 3L4IA 3J7ZO 3CQ8A 4G1QA 4KI6A 2VWKA 1YJ9N 2P9UA 2E2OA 3TTDA 4M7YA 2GWKA 1BI4A 3FFKB 3OBWA 4FWKA 5I3UA 1NKBA 2O8CA 2IVPA 3T1YK 1S9EA 2UXDK 5JMVA 3E9LA 5KQ8A 4CJSA 1NGCA 1GLEG 3SV4A 4CJ7A 4DR5K 3DRSA 1TVRA 1NLVA 2YKMA 1NK9A 2I7NA 3HP9A 5AJ3K 3O6WA 2HF3A 1NWKA 3FR0A 2P9SB 1LW0A 3JSMA 1NMNA 5AQRA 2NLXA 4CEDA 4BGAA 3LP2A 1VQLN 1U6ZA 5KGWA 1W7AA 3M1FA 3TR8A 3HOSA 5AQSA 3AA2A 1S5JA 4YY3K 4E19A 4B3MK 2Q0RA 5BN8A 4A2BA 2KW4A 3TU5A 3TARA 4ICLA 1SL2A 5HRPA 4KI4A 2BANA 4FWNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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