3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
1MWMA 2AA4A 3R6MA 3SMSA 5AQWA 3ATVA 2ZGZA 4MO5A 3CJBA 5AQOA 2GTDA 4H0TB 4CZMA 4BC5A 2Q1NA 2QWNA 3ZX3A 5BN9A 1LOTB 1TUYA 2IIRA 5EVZA 5LY3A 3O6WA 3AAPA 3DAWA 2OANA 3VEXA 3VOVA 1BG3A 2Q31A 5JICA 3G25A 3H46O 4Z94A 2P9UA 1NLVA 1NGHA 1BUPA 4BRIA 4MLHA 1YXQA 2Q0RA 5JLFA 3ZETA 4B1XB 2F9TA 1MWKA 4M7YA 3VERA 3ZX2A 2BUPA 4CZKA 2ITMA 4NO7A 3QDKA 2FXUA 1NWKA 4BGBA 2FSJA 4RCHA 4CZEA 3I8BA 2CGJA 3FZKA 4DB3A 5BPLA 4JAXA 4IXCA 4KBOA 2A6AA 5KPTA 1R59O 1NGJA 5AQHA 1K8KA 2QW9A 4J8FA 1LCUA 4H5TA 3H1VX 3WEEB 3RSEB 3CQXA 3A5NC 1NM1A 4H03B 1HX1A 4RTFD 3DXKA 4DHYA 4FO0A 1HKGA 5BRFA 3O5BA 5AQLA 3CJ1A 4JD2A 3LM2A 2W40A 3LDPA 4FWLA 5E26A 1RDWX 2FF6A 2QWRA 5AQNA 4I6MA 4XH1A 5AQJA 2QWOA 1BA1A 4IWVA 1XQSC 1ATSA 4NB4A 3QFUA 1GLDG 3VGKA 2QXLA 2A3ZA 3CETA 2VWBA 2A41A 4WYBA 1H1VA 3VEWA 2WUSA 3LL3A 2YHWA 1X3NA 1WUAA 3H3OB 2GEMA 3ULEB 4CZFA 3U8XA 3CJCA 1HUXA 4MO4A 2E88A 5AQGA 1KAZA 4CD3A 3CIPA 5AZJA 2D0OA 4AM6A 1T44A 4H0YB 3MN7A 3HBTA 2GWKA 2CH5A 2A5XA 1NGBA 1ZC6A 3IUCA 3EKSA 4PL8A 4B1UB 1D4XA 2P9SB 1QQNA 3DXMB 4PKHA 3O1BA 4EHUA 3UKRA 4H0PA 2NRHA 3VPZA 3HI0A 5KQDA 3JS6A 2I7NA 3BF3A 4BRMA 3FFKB 4BREA 3WUHA 3H3NO 1YVNA 4BR0A 2GUPA 1TUUA 4IO8A 4WQ5C 3MN9A 3WT0A 1T6DA 4EHTA 5JLHA 4CZIA 1Z6RA 1QQMA 5FPNA 1RGIA 2E2OA 3IMXA 2ASPA 3AAQA 1QQOA 4A2BA 4WQ5A 5BN8A 2VYPA 1NGGA 3CJ7A 4QS7A 2FSKA 2QWPA 4CBWA 3TPQA 2Q0UA 3MK6A 4M7XA 3F9MA 4IJNA 3MN5A 2IVPA 3EL2A 4BC3A 4IJAA 2P9NA 3D2EB 3LM9A 2E1YA 4JHDA 2NZTA 3UKUA 5CE3A 4FWOA 2GWJA 3O4WA 4WQ4C 4A2AA 1GLLO 3H6EA 3CJAA 3GE1A 1NGDA 3FZHA 1BWFO 5F0XA 3FGUA 1V4TA 2PAVA 4A61A 1SAZA 5FPEA 1U6ZA 4H5NA 2P9UB 4WQ4A 2ZF5O 4CZLA 5LJVA 1EQYA 1QZ6A 3MDQA 2FF3B 2V51B 3ZETB 4FWNA 5EY4A 3VENA 2QWMA 5AZIA 3L6QA 1YUWA 2HF4A 3GL1A 5AR0A 1QZ5A 4H5VA 5BRHA 3H1QA 1CZAN 3FZMA 3L0QA 5BPMA 1P8ZA 4BRDA 3IDHA 5AQSA 4Y0WA 3CHWA 4CI6A 3WXIA 4E1JA 3R8EA 1NGAA 4C23A 3QICA 1K8KB 4B1ZA 4XH5A 5F2RA 3O1WA 3C7NA 3W0LA 4O8KA 3W3DA 2P9LA 1QHAA 3WQTA 3O08A 2P9LB 5EX5A 3EZWA 1SQKA 3WXKA 4BQZA 2AP1A 3CI5A 5AQVA 3WXLA 3DXKB 5AQRA 3MN6A 1SZ2A 5BPNA 2YJEA 1NGIA 4BG9A 4JD2B 2A40A 2H3GX 5AQUA 2YCHA 2W41A 3MMVA 4H0OA 3ZX0A 4I6MB 2QM1A 2CH6A 2A42A 4BR7A 1C0GA 4ISEA 2Q2RA 1Q18A 3TU5A 2D4WA 3BF1A 5E84A 3ZEUA 4MLEA 2HF3A 2D1KA 5AQXA 1DEJA 4M63C 5BR9A 4FWQA 5AQFA 2IVNA 1JCFA 2E2NA 5BREA 1T6CA 4DQ8A 3QBXA 2HOEA 4BC2A 5LJWA 3VGMA 5AZJB 4GY2B 1RFQA 1Z05A 3A0IX 2UYTA 4DCHA 1KAYA 3S41A 1E4FT 4BR5A 1KAXA 2E2PA 5TKYA 3UE5A 5I9EB 4YDUC 3SMPA 1GLEG 5ADXA 4K25A 4EIAA 3UKRB 1JCGA 3KVGA 3VETA 3FR0A 2ZGYA 4GNIA 4BRCA 5AQKA 2YI1A 5EOYA 4BRQA 3U4LA 2CGLA 4YDUA 1HJOA 3GBTA 4LC9B 1ATRA 3D2FA 2CGKA 2NLXA 4BG8A 4PL7A 4FL9A 3SJHA 1MDUB 1G99A 4BRAA 1U2VA 2YJFA 4B1YB 4QS8A 1HLUA 5AQTA 3ATUA 4H5WA 3VEZA 1DKGD 3JXUA 5ADXH 3QBWA 4H0XB 4HTLA 5BRDA 2FLOA 4BRPA 4BC4A 3EKUA 3DWLA 3ID8A 3EN9A 3BEXA 5AQQA 4PKIA 3WQUA 4ISFA 3VEVA 1BU6O 4K41A 2DPNA 4XH4A 2P9NB 4HWIA 4BGAA 2E2QA 2E20A 2P9PA 2P9IA 4JHDB 1ZXOA 3UKUB 1Y64A 3CJ9A 3MCPA 2J4RA 1S22A 1IJJA 3HTVA 5F1XA 4ISGA 2YHXA 4BRKA 3CQYA 1XC3A 3HM8A 4FWSA 4BRGA 4JN4A 1HPMA 4RWTA 4CJ7A 4FPAA 1X3MA 5FPDA 4BVOA 3VF4A 1ESVA 3H45C 1HKCA 1TYQA 1WOQA 3OHRA 1GLAG 5AQMA 2V7ZA 2ASMA 1TYQB 4IZ9A 5AZIB 4B1VA 3ENOA 1NGCA 3BUZB 2P9KA 2P9KB 2YHYA 4BRHA 4FWPA 2PBDA 4BR9A 3A5MC 4L3QA 3GOIA 3SLCA 2ASOA 2V52B 4O5FA 3BP8A 1X9JA 3R9PA 1YAGA 4BRLA 3VEOA 4BQLA 1HKBA 3C7NB 2E1ZA 3FLCO 3U9DA 2VCPA 1KXPA 1XUPO 3KZBA 3LDLA 3J8AA 5EXWA 3QFPA 4CBXA 4B9QA 1DGKN 3SK3A 3FZLA 3GG4A 4FPBA 5FPMA 3WEEA 4CZGA 3RSEA 3VGLA 4B1WB 2FSNA 4BRFA 4CBUA 2Q36A 3EO3A 3LDQA 3M6GA 1E4GT 2QWLA 4CD1A 1GLBG 3AY9A 3M3ZA 4PKGA 3WXJA 1IG8A 3L4IA 4FSVA 1V4SA 3DJCA 3QB0A 3ZEUB 5B8HA 1J6ZA 1NGFA 2KHOA 4CZJA 4QS9A 5AQIA 4EFHA 1JCEA 3A5LC 4BVPA 4H5RA 1OKJA 1ATNA 4FWMA 3FZFA 3VF2A 3CERA 5AFUA 1ZBSA 2E8AA 3I33A 2I7PA 3QMLA 1BOTO 3VEYA 1BO5O 3FE1A 5ELZA 4EAHD 3ULEA 4BR4A 1NGEA 3UB5A 1GLJO 3HZ6A 4K42A 1GLCG 5AQYA 3VF6A 4A62A 3B8AX 4F9OA 1GLFO 4BR2A 3O80A 1S3XA 1NBWA 3O8MA 3HSCA 3M1FA 4XEIA 5AQZA 5AFUH 4CZHA 3D2FB 5AQPA 5KPRA 2P9SA 1BA0A 3DXMA 3ENHA 1U2VB 5KPZA 4FOIA 4JNEA 3AARA 5KQ8A 2BTFA 2GELA 2ZWHA 4BRNA 2D0PA 2EWSA 4BROA 3LDOA 4FWRA 4FOEA 2V7YA 2Q97A 2QWQA 3LDNA 3C0BA 3A5OC 3VESA 2F9WA 1MA9B 2P9PB 2P9IB 2HMPA 4H0VB 3U9ZA 3KHYA 3GDQA 5JMVA 4K43A 1BDGA 3IFRA 3A8YA 2IVOA 1C0FA 3P4IA 1NMDA 4AM7A 3D2EA 4FWKA 3D7EO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MWMA 3SMSA 3ATVA 4E7JA 1HMVA 2Q1NA 3ZX3A 3RMAA 3DAWA 4ILHA 1XC9A 3TAMA 1IKVA 2Q31A 4CFAA 2DFFA 3G25A 4HUFA 3H46O 2YNIA 3RTVA 4X62K 4CFBA 3EYZA 5J2NA 1KTQA 4LF5K 4OJRA 4ILJA 5BR8K 3RR7A 4JI3K 4CJ3A 2BUPA 4CZKA 3Q7BA 3QDKA 4MDBA 4M41A 4BGBA 4RCHA 4CZEA 4GW6A 4H4OA 1ZBLA 3G6EN 4KBOA 4IOAL 5KPTA 3E66A 1K8KA 2QW9A 4J8FA 4HCBA 4KHYA 2HSTA 4DMNA 4DFKA 4IFEA 3QIPA 3PSFA 4XIUA 3F73A 3DXKA 1YVUA 4DQPA 3VQEA 4J2DA 1N36K 1HKGA 1RDDA 5BRFA 3THXB 1LV5A 3CJ1A 4JD2A 1X9WA 2E4LA 5E26A 2FF6A 2QWRA 5DM6L 5AQNA 3VQPA 3CMEN 5AQJA 1RT5A 1KD1O 1BA1A 3TSUA 1GLDG 1N32K 1S6QA 3NGZA 4IKFA 3L3UA 1H1VA 1CXQA 1X3NA 2ETJA 3ULEB 2GEMA 4CZFA 2W42A 3U8XA 1HUXA 1WAJA 5HROA 4O8UA 3KKSA 1KAZA 3P83D 3KTQA 4AM6A 3L2VA 3MN7A 4E89A 4X66K 4B3TK 3HJFA 1NGBA 3IUCA 2ZJPL 3TR8A 1NKCA 3EKSA 5GAEP 1D4XA 2JWLA 3HO1A 3AO2A 2P9SB 4JLHA 4IOXA 3UKRA 3CCMN 3PX4A 3HI0A 3AVAA 2I7NA 1RTDA 3FFKB 4BREA 1YVNA 3MECA 3OYLA 5EU7A 1BIZA 4IO8A 4H8KA 3MN9A 4O55A 3AVLA 3BZCA 5C15A 4JV5K 4B9SA 3AO3A 5JLHA 1Z6RA 2XRIA 3IMXA 1QQOA 1ZBUA 3CCQN 3QEXA 1XMQK 4E7KA 4QS7A 4FJNA 4CBWA 2O8CB 3MK6A 1OH8A 4IJNA 1REVA 2IVPA 3EL2A 5HRRA 4Z4EA 1JJ2M 3DM2A 2GV9A 5C12A 4JKFA 1YF5L 4JHDA 2VWJA 2HBJA 1TK0A 1NK4A 1FK9A 4GV3A 1YTAA 1NJZA 1ZBFA 1ASVA 3H6EA 4PA1A 4CIGA 1NGDA 3FZHA 3ZT1A 4CJ4A 4AILC 2HHXA 2UXDK 2P9UB 3AVCA 5H1SQ 4FW1A 3MDQA 1QZ6A 2O8DA 3K9JA 2FF3B 3M5RA 4CJEA 4FWNA 3OY9A 3L6QA 5AR0A 3M8RA 3JYTA 1QZ5A 5M1QA 3TAEA 1S1TA 3L0QA 4BRDA 3IDHA 4CEBA 3LZJA 3THWB 4CI6A 3PIPL 3ZYYX 4FK4A 3T3FA 1KC8O 2NRVA 4CE9A 4DFPA 3S3MA 2W6LA 3B6OA 3W3DA 3SUOA 2NUBA 1HQEA 3WQTA 1I3AA 1SQKA 4KI4A 4NYFA 2HHQA 2OPSA 4FM2A 3CI5A 5AQVA 3WXLA 3MN6A 4IBNA 2D0BA 4CJQA 3SAHA 3QESA 3V9WA 2YCHA 3MMVA 3F2KA 1WAFA 3L2QA 3VQCA 3K2PA 2HNDA 5KTQA 1DEJA 5BR9A 4FWQA 3HPOA 1S9EA 3HM9A 4N5SA 4FJLA 3G0ZA 5LJWA 1QQCA 5FRMA 4DTOA 5D3GA 5AZJB 2DTUA 3KLFA 4GY2B 5DM7L 1ASWA 1IBLK 3HOSA 1SKWA 1BQNA 1FKPA 4JKGA 4BR5A 2E2PA 5I9EB 3K5MA 1N6QA 4BDPA 1GLEG 5ADXA 3O9RA 4EIAA 2XHBA 4I2PA 3NH1A 4B8AB 4FLXA 1NKEA 4CJVA 3IRXA 3NH2A 4JI2K 5EOYA 1Q7YO 5M1NA 4C8OA 1HYVA 1HJOA 1VQNN 4LC9B 1ATRA 4N47A 4J2AA 3SAGA 3AVMA 4FJIA 4PL7A 1YJ9N 3OYNA 1C0UA 3SPZA 4UQGA 3T1YK 3CQ8A 4QS8A 3ZSQA 1FJGK 4H5WA 4OKEA 3JXUA 4FZXC 2VG5A 3QBWA 4H0XB 5ADXH 4WF9L 4YOWA 5BRDA 4KHNA 2P5OA 3MWTA 3OYEA 3MX5A 3AVBA 3L2WA 3WQUA 4CGHA 3LPTA 4FLZA 1LWEA 3HT3A 2P9IA 1ZXOA 5HLFA 3UKUB 1IJJA 4CW7B 2DFEA 2KW4A 5J2MA 4HUEA 2WONA 1XC3A 4C1NI 3HM8A 3EZ5A 3RMDA 2HW3A 1EWQA 1X9SA 4BVOA 3HRGA 4CJFA 3PX0A 3H45C 2V7ZA 5AZIB 3ENOA 4DSIA 4BE1A 1NOZA 3ULDA 3BUZB 4KHQA 1Q86O 4FLTA 4BRHA 4FWPA 1W97L 3SLCA 3QETA 4ILGB 5M1KA 4KTZA 5CYMA 3SI6A 1YAGA 3VEOA 3C7NB 3HVTA 1KXPA 4DQQA 3TABA 4FZYA 1HYSA 3KZBA 3LDLA 4OGCA 1VSEA 3J8AA 4LFAK 1XNQK 4OPKA 2HB5A 3QFPA 4DV6K 2WBNA 4TSXA 4FLUA 4YOYA 4FJGA 1HNZK 1DGKN 3FZLA 1HNXK 1RTHA 4OPHA 4FPBA 1CLQA 5FPMA 1GOBA 3AA2A 4CZGA 3OBWA 3VGLA 4B1WB 2FSNA 4M45A 2EHGA 4BRFA 4CBUA 2OPRA 1YITN 4B9TA 1SL2A 4CHPA 4PKGA 4E0DA 4FSVA 1K73O 1S5JA 3EE8A 4DF8A 3QB0A 3ZEUB 5B8HA 3MAQA 1JCEA 3RRHA 4K0KK 4H5RA 4FK0A 1OKJA 4DFJA 4Z4GA 2GBZA 3CC2N 1RDCA 3I33A 2D5RA 1HQUA 3FE1A 3HPHA 1NGEA 4DV4K 2PYJA 4C8LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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