3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
2P9KB 3C7NA 3W3DA 3KVGA 3CJCA 3VEOA 2P9SB 1NWKA 1KAYA 1GLLO 3CJ9A 5AQUA 2GTDA 3DXMB 3CJAA 4C23A 3ZETB 4CZJA 2P9UB 3LDPA 3VETA 1T6DA 3MN6A 1QHAA 1LOTB 1Z05A 2FF6A 3MCPA 3O5BA 1GLAG 1HPMA 3DJCA 1HKBA 1U2VB 4O5FA 3LDOA 1BUPA 4CD1A 3L6QA 2UYTA 3H3NO 4DHYA 2BTFA 2QWNA 2YCHA 2KHOA 4PL7A 4AM7A 4ISGA 2QW9A 2ZWHA 3CJBA 3FGUA 3FR0A 4MO4A 3H3OB 3D2EB 3CJ1A 5AQPA 3IMXA 4BGAA 3KHYA 2IVPA 3W0LA 4MO5A 3VEYA 4B1ZA 4BVPA 4BRQA 4DCHA 5EX5A 5BRDA 1P8ZA 3VESA 3HM8A 1ATRA 5AQZA 4MLHA 4BGBA 4BRAA 4BVOA 5AZJA 2ZF5O 2IIRA 1XC3A 5AQWA 3MMVA 3AAQA 4IJNA 2ZGYA 4A2BA 4CZKA 1T6CA 5B8HA 4BRLA 1T44A 1QQNA 1IJJA 3UKUB 3VGKA 4DB3A 3H45C 2FLOA 4EFHA 1K8KB 4XH4A 5AQQA 4IXCA 1S3XA 2YJFA 3CQYA 1RGIA 3IDHA 5AQGA 3CERA 4BR2A 1C0FA 4RWTA 4JD2A 3R8EA 4B1WB 5AQNA 2NLXA 2BUPA 3EZWA 3DAWA 2YJEA 4FOEA 5KPZA 2V7ZA 4BROA 3GDQA 5AZIB 2ASPA 1HJOA 4K25A 4M7YA 2P9PB 3U8XA 4B1XB 4B9QA 5FPMA 2AP1A 4BRNA 1H1VA 5F0XA 1BA0A 3BF3A 5F1XA 5E84A 4ISEA 3A5MC 3ZX3A 4M63C 3H1QA 3O1BA 4WQ4C 3QDKA 5FPEA 4QS8A 2QWPA 2E2NA 3SK3A 3ULEA 2V7YA 5AQVA 1YXQA 2GWJA 4BC3A 2A40A 2I7PA 2E2QA 3VEVA 4IZ9A 4QS9A 1XUPO 2CGJA 3EL2A 4XEIA 3LDNA 4B1VA 4BR9A 3DXKB 1U6ZA 2P9IB 3FZHA 1E4FT 4YDUA 1NGBA 4O8KA 4PKHA 2IVOA 1SAZA 4H0YB 4E1JA 2E2OA 4GY2B 4RCHA 2P9LB 3VERA 4GNIA 2FXUA 1WUAA 2ZGZA 3FZLA 4JHDA 3UKRA 2IVNA 3BP8A 4HTLA 4I6MA 4RTFD 3L4IA 5BRFA 1Y64A 1RDWX 4H5VA 4IJAA 5AQHA 4IWVA 4L3QA 2CGLA 4FWKA 4CZLA 1Z6RA 3FFKB 1GLDG 3A5NC 1MA9B 4CZMA 3A5LC 3BF1A 3H1VX 2J4RA 2F9WA 5AR0A 3AY9A 5AQOA 5BR9A 3VF4A 4CZFA 4H5RA 5JICA 3VGMA 4CZHA 1QQOA 1YAGA 1NGJA 3FZFA 3QBWA 4BRIA 2Q1NA 2F9TA 2OANA 4XH1A 3R6MA 3QFPA 2V52B 1JCGA 3RSEB 1QZ5A 3D7EO 3CQXA 2FF3B 3QFUA 3ZEUA 1OKJA 3GBTA 4H5NA 3O1WA 2EWSA 3UB5A 1NLVA 3AAPA 4CZEA 2VWBA 2I7NA 4CI6A 3U9DA 2P9KA 2W40A 3A0IX 2ASMA 4CBUA 4MLEA 2VYPA 2P9SA 4FPBA 5AQKA 3IUCA 1ZXOA 3HTVA 3HBTA 3DXMA 5E26A 4NB4A 3WXLA 3O08A 1V4SA 2P9UA 2NZTA 4KBOA 2YI1A 3GE1A 1BU6O 2ITMA 2D0PA 4PKGA 1U2VA 4PL8A 1BO5O 5KQ8A 3LM9A 1EQYA 2D1KA 5JLFA 4EHTA 3I8BA 4BRHA 4JAXA 4M7XA 1JCEA 1NGAA 4WQ5A 5ELZA 3FLCO 3JXUA 2H3GX 3VEXA 4BRPA 4BG8A 3H6EA 3D2EA 4BC5A 2ASOA 4CZIA 2YHXA 1MWKA 3I33A 3LL3A 4HWIA 1ATNA 4FSVA 3ULEB 1BOTO 1KAXA 4QS7A 5ADXH 3C0BA 3D2FB 2YHYA 3ENHA 3MK6A 4Z94A 4A62A 5EXWA 3HSCA 1NGGA 4WQ4A 3WQTA 2P9NA 4B1YB 3JS6A 5AQXA 3WUHA 3EN9A 4Y0WA 4BC2A 2GUPA 4BRMA 1D4XA 4BRCA 4FWMA 4FWSA 3UKUA 3IFRA 4XH5A 2E8AA 1NGIA 1K8KA 2HOEA 2Q97A 4CZGA 1TYQB 1E4GT 5EVZA 5AQYA 2A6AA 3DWLA 1ESVA 2QWMA 1X3NA 4H0XB 2QWRA 1NGDA 4BR4A 5AQFA 1HKCA 5KPRA 1MWMA 2PBDA 3KZBA 3VPZA 3C7NB 5AZIA 1HX1A 2FSNA 3H46O 3TU5A 4BRGA 2P9PA 3QBXA 4NO7A 1KAZA 1TUUA 2HMPA 1GLCG 4FL9A 5EOYA 3QMLA 1SZ2A 1GLJO 4FWQA 1HKGA 4H0PA 4FWOA 3WEEA 5AFUA 3CJ7A 2Q36A 5FPNA 2DPNA 2NRHA 3SMSA 1YVNA 3VEZA 2AA4A 5F2RA 3R9PA 4H0OA 4BR5A 5BPMA 3HI0A 4H0TB 5AQRA 2E88A 3GL1A 3EKUA 5BRHA 3MN5A 4BRKA 3M6GA 3ID8A 2FSJA 1HLUA 3DXKA 2QWOA 2P9IA 4JNEA 1SQKA 1JCFA 4BQLA 3BEXA 4F9OA 1NMDA 3HZ6A 4H5WA 2P9LA 3O4WA 1BDGA 1G99A 1X9JA 3P4IA 2A5XA 1BA1A 2CH5A 2CH6A 5AZJB 3J8AA 5AQMA 5JLHA 2GELA 3VEWA 2FSKA 4K41A 1DGKN 5BN9A 3QB0A 3O8MA 2Q31A 1ATSA 4EIAA 1QQMA 4BR7A 3EO3A 2Q2RA 3L0QA 3SMPA 1J6ZA 3WXIA 4CJ7A 3ZETA 4EAHD 4JD2B 5AQLA 3FE1A 3F9MA 2Q0UA 3AARA 1NM1A 2D4WA 4BREA 4WYBA 1IG8A 3ENOA 3O6WA 4BG9A 3A5OC 4BRFA 3CI5A 5TKYA 5BREA 3RSEA 3VF2A 5I9EB 2GEMA 5LY3A 3LDLA 5JMVA 4FOIA 2V51B 4BRDA 3VOVA 2CGKA 2P9NB 3OHRA 2QM1A 4AM6A 3O80A 1LCUA 1MDUB 1XQSC 1HUXA 3G25A 5LJWA 4FWPA 4H03B 2YHWA 2HF4A 3U9ZA 4DQ8A 5LJVA 1Q18A 4FWRA 5EY4A 1X3MA 4FWLA 3U4LA 4PKIA 2E1YA 5FPDA 2Q0RA 2D0OA 1V4TA 2W41A 4CBWA 3GOIA 3WXKA 2PAVA 4FPAA 3BUZB 4H0VB 4A2AA 4WQ5C 1NGEA 5AFUH 3SLCA 2A42A 4LC9B 1GLBG 1ZC6A 4IO8A 4ISFA 2WUSA 3EKSA 4B1UB 4BR0A 3UKRB 3M1FA 5AQTA 4JHDB 3VGLA 3ZX0A 3ZX2A 1NGHA 1BWFO 4I6MB 5KQDA 3FZKA 1C0GA 2A3ZA 2QWQA 1R59O 5BPLA 2VCPA 2GWKA 1TUYA 1DKGD 1CZAN 1NBWA 3MDQA 4FWNA 3WEEB 1QZ6A 2E20A 3CIPA 2QWLA 3VENA 4CBXA 1S22A 5BN8A 1DEJA 3VF6A 1RFQA 1NGFA 3D2FA 3LM2A 4JN4A 5AQIA 1WOQA 5BPNA 3LDQA 3MN9A 3FZMA 3M3ZA 5AQJA 3WQUA 5CE3A 4J8FA 1KXPA 3SJHA 4CD3A 3TPQA 1NGCA 5AQSA 3GG4A 5KPTA 1GLFO 2QXLA 3B8AX 3A8YA 3MN7A 4YDUC 4FO0A 3CETA 1TYQA 4H5TA 3ZEUB 4K42A 2A41A 4A61A 5ADXA 1BG3A 3ATVA 1ZBSA 1GLEG 3ATUA 2E2PA 3WT0A 4K43A 3CHWA 2HF3A 1YUWA 3QICA 3S41A 3WXJA 4EHUA 4BQZA 4BC4A 2E1ZA 3UE5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK5A 4H4MA 3AVBA 1HMVA 2Y1JA 2GTDA 2HHQA 4ILJA 4AHVA 4C23A 3ZETB 1JLFA 3TARA 3SUOA 4CZJA 4CEDA 2P1JA 3I55N 1U45A 4BE2A 1QHAA 1LOTB 3E9OA 3OYBA 3DJCA 2UYTA 5M1KA 3THYB 4DF4A 5J2MA 5GINA 5GAEP 4YY3K 3SAFA 3FR0A 3IMXA 5DM6L 3KHYA 1LWCA 3W0LA 3NVMA 3VEYA 4B1ZA 2VG7A 4DU3A 3HM8A 1ATRA 4BGBA 4MLHA 2E5LK 3ENBA 4BRAA 1FW6A 1I3AA 1A5WA 4YOWA 2ZF5O 1VQ5N 2IIRA 1B9DA 4FJKA 3B6PA 1IJJA 4KH4A 3UKUB 4Y1DA 4AHRA 1BHLA 4EFHA 2HNDA 2NUBA 3E9LA 4ID1A 2HB5A 3CQYA 1RGIA 3IDHA 3C6AA 3THWA 1HNIA 4BR2A 1W97L 1OVQA 2NLXA 3PIPL 1KVCA 4B9SA 1RDBA 1WSEA 3D0PA 4ZTJA 1NK0A 4FOEA 3LANA 3VQ4A 2V7ZA 1T7PA 4BROA 3T3FA 2HBKA 2HHUA 5AZIB 1KFSA 4LY7A 4LH4A 4OGEA 4M7YA 1XMQK 4B1XB 3U8XA 4B9QA 4LFAK 1WSJA 2AP1A 5F0XA 1BA0A 3BF3A 4ISEA 3ZX3A 3TTDA 5HRPA 4FLUA 5FPEA 4EP4A 2QWPA 3ZT3A 3ULEA 1BQMA 5AQVA 1S1WA 1YXQA 4DR1K 1IO2A 2A40A 2OTLN 2I7PA 3TANA 4IFVA 4DTPA 1XUPO 4XEIA 4E7IA 2G8HA 3FZHA 1Y97A 4BACA 1SAZA 2ATQA 4CGFA 4H0YB 1N32K 4E1JA 2E2OA 4RCHA 3FZLA 1WUAA 1ZBLA 4I6MA 3RRHA 1C0MA 2F8SA 4CE9A 3J7ZO 2CGLA 4O55A 1Z6RA 3CYMA 3HP9A 5CZ2A 3A5NC 4I9QA 4OO1J 4DR2K 4CZMA 2B4JA 3M5RA 1TVRA 4F3TA 3ZSQA 4CIGA 4BDPA 1YTAA 5BR9A 1S9EA 4KI6A 5KI6A 4CGIA 3ZSXA 5JICA 4JEPA 3VGMA 1YAGA 1NGJA 5J2QA 3AO4A 3F2KA 2Q1NA 2HBMA 2OANA 1LW2A 1UOCA 3QFPA 2NRVA 3CPEA 3OBYA 4DR3K 3DLGA 3QFUA 1K8AO 3MX5A 3GBTA 4DFPA 4BWJA 1M90O 3CCQN 4O0JA 3TAMA 1WN7A 2I7NA 4CI6A 3T1HK 4KHYA 1NMNA 1ASUA 3QEVA 2W40A 1FK9A 3G6EN 2ASMA 3KLIA 4DQPA 2A1SA 3AGRA 2QKBA 1QSSA 5AQKA 1WSHA 4HCCA 3AO5A 3O08A 1A5VA 2YKNA 4B3OA 3OYCA 2NZTA 4DR6K 2P5GA 4DFKA 4I9LA 5TKWA 3THYA 5SWMA 3A2FA 4CJFA 3I8BA 4JKBA 1JCEA 4CEOA 3FLCO 3H6EA 2ASOA 4CJPA 2NRWA 2YHXA 4U7BA 1Q7YO 1MU2A 2RPIA 3J7YP 4FJ9A 1O13A 4QS7A 2OPSA 5BR8K 1WBBA 1WBDA 4KFBA 2YHYA 4CFAA 1J54A 4W5OA 3WQTA 4FJ8A 3IRXA 4CF8A 4B1YB 1SS6A 3JS6A 3NCIA 4Y0WA 4BRMA 1D4XA 4BRCA 4DR5K 3UKUA 1YI2N 2UXBK 3I0SA 1VQKN 4XH5A 2HOEA 2RHKA 1TYQB 3HK2A 4B8CA 1E4GT 5EVZA 3RVCA 2ITGA 3ASMA 5AQYA 3ZSOA 3DWLA 4LD0A 1TAQA 5AQFA 1HKCA 3SV3A 4NCBA 3KZBA 3C7NB 5AZIA 1HX1A 2FSNA 3CD6N 1VSFA 2ETJA 2O4IA 3QBXA 2OZSA 1KAZA 1TUUA 1TL1A 3HT3A 2QI2A 3WNFA 3LWLA 3TR8A 2JGUA 2VG6A 3L2QA 3MEGA 4FWQA 1CXUA 3VQ6A 5I42A 4NLCA 1VSEA 3L2VA 5AFUA 4E7HA 3K2PA 1TGOA 4JKDA 3QESA 4OLAA 1ASWA 1QQCA 5AQRA 3K57A 1N34K 3EKUA 2IS3A 3ITHA 3LZJA 4CIFA 1KSPA 1DTQA 4JNEA 1NMDA 1VSMA 3TSQA 2LSNA 3L4QA 1D9DA 1KCFA 2CH6A 4ZTFA 1WSIA 5AQMA 2QTDA 2GBZA 1RDCA 4CK1A 3VEWA 1KC8O 4K8ZA 4JI6K 4OPAA 1QQMA 4IFYA 4BR7A 3WXIA 4EAHD 3JAMO 3ULDA 1U48A 2KZMA 1VQLN 2PZSA 4DU1A 3IKMA 4WCEL 4DV4K 3KJVA 1IKVA 1LAVA 2GEMA 4CESA 4CF1A 5LY3A 3LDLA 3I8DA 4YNQA 4E1NA 1EX4A 3PV8A 3O3HA 3S3OA 3SUQA 2QM1A 3KK2A 1XQSC 1HUXA 3D45A 3P83D 3N4QA 5LJWA 1JL1A 4H03B 2HF4A 3V1QA 3DLEA 5LJVA 4FWRA 4RW6A 5EY4A 1X3MA 4Z4IA 1KVBA 2Q0RA 3SPZA 3GOIA 4CJLA 1SKSA 4WQ5C 5M1NA 1NGEA 2A42A 1GLBG 4HUGA 4ISFA 3VQ7A 5FLXO 3EKSA 4B1UB 1CLQA 4DU4A 3M1FA 2UUCK 4JHDB 4WFBL 5KQDA 4PY5A 4DQIA 2QWQA 1R59O 1NK8A 2VCPA 3VQDA 4M3UA 5FRMA 4JI7K 1NBWA 3OVNA 3PSFA 1QZ6A 3OBWA 2E20A 4IO9L 4CBXA 3VA0A 5C0YA 4JN4A 5AQIA 1K73O 4GV3A 4RW8A 1S1UA 5BPNA 4CF9A 4DTJA 3MN9A 3FZMA 5AQJA 5C24A 2G8KA 1JLBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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