3VGLA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose and amppnp
Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (20-23)AH9 (301-312)S1 (3-9)TI1 (10-13)S3 (25-32)TIV3 (130-133)S2 (13-19)AH1 (37-52)AH2 (88-96)TII1 (52-55)O1 (64-66)S4 (57-64)S8 (100-104)S5 (67-68)TI3 (69-72)S7 (83-86)O2 (81-83)S6 (75-78)3H2 (175-177)TI4 (78-81)O3 (86-88)AH3 (105-116)TIV5 (139-142)TI5 (117-120)TII2 (119-122)TIV2 (122-125)S9 (125-130)TIV7 (177-180)AH4 (181-194)S10 (134-140)TIV6 (151-154)3H1 (155-157)TI7 (167-170)TII3 (161-164)TVIII1 (159-162)3H4 (210-212)AH7 (227-251)3H3 (196-198)AH5 (199-205)3H5 (261-265)AH6 (215-224)AH8 (267-280)S12 (255-259)3H6 (298-300)S13 (291-294)TI8 (284-287)TII'1 (283-286)TI9 (295-298)S11 (143-144)TII4 (281-284)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Streptomyces griseus
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
total genus 108
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vglA02
2P9NA 3D2FB 3WUHA 4O5FA 2V7ZA 3ZX3A 3LDPA 4H0VB 1JCGA 2P9KB 1LOTB 4B1WB 3A0IX 3VEYA 4QS9A 5BR9A 3FZLA 3FZFA 3VEOA 4BQZA 2GUPA 1QQOA 4FWNA 3HTVA 3VGMA 4B1YB 2E1YA 1SZ2A 4H0TB 2FSKA 3U8XA 3UKUB 4RCHA 4CZEA 2E2QA 5AZJB 2OANA 5FPNA 1HKCA 2YI1A 4B9QA 1RGIA 3CHWA 3FLCO 3D7EO 4BC4A 5ADXH 4FPAA 2YJFA 2P9NB 5BRFA 3IUCA 4H5RA 3EZWA 5AQJA 1MA9B 3MN6A 3EL2A 2YCHA 3VGLA 4RWTA 4BRNA 1GLEG 2E2OA 5FPDA 4MLHA 3A5MC 4K43A 3EKSA 3I8BA 5EVZA 2NZTA 4EAHD 3H3OB 1QQNA 2P9IA 4CBXA 1YVNA 4QS7A 5JLFA 5AQOA 2IIRA 4L3QA 5AQRA 3G25A 4CZGA 2GWJA 4B1VA 5AQQA 1WUAA 4F9OA 3WXJA 2VCPA 1KXPA 1RDWX 3VPZA 2YHWA 1J6ZA 3D2EB 3BP8A 4H0YB 3VERA 1E4GT 3O08A 4FWLA 3BUZB 2D0PA 4Z94A 5BPLA 3L6QA 3C7NA 4IO8A 4BRHA 2E2PA 3LM9A 1ESVA 2P9SA 5F0XA 4FL9A 1KAXA 4FOIA 3IFRA 3LDLA 5AQHA 3DJCA 3W0LA 1ZXOA 1BA1A 1NGEA 4B1UB 2P9IB 5AQZA 3DWLA 3VESA 4H03B 1H1VA 2FF3B 4PKHA 1HKGA 1GLBG 1GLAG 3UKRA 5EXWA 3HSCA 3CJCA 1X9JA 3S41A 1BWFO 2IVNA 3GG4A 3WQTA 2P9PB 5AQLA 2ZGYA 5KQ8A 2P9LA 3H1QA 3CIPA 3H45C 4BRQA 1KAYA 3VOVA 4C23A 4B1XB 2HF3A 4IWVA 4FWRA 5BN8A 4FPBA 2V52B 1NGAA 2P9KA 4FWQA 4XH1A 2E1ZA 4IZ9A 1JCFA 3F9MA 3FR0A 3JXUA 4EHTA 3DXMA 4ISFA 3VEZA 1MWKA 3M6GA 2YHYA 4WYBA 3L4IA 5E26A 3UKRB 3UKUA 3ULEA 4JD2B 5AZJA 2YHXA 2PAVA 3VGKA 3ENOA 2Q0UA 1R59O 4BRMA 4WQ5A 3TU5A 5BPMA 3P4IA 3LDQA 2P9LB 1GLFO 3LL3A 4BR7A 4M63C 4PKGA 4BR0A 4BRIA 4H5NA 5BRHA 3WXIA 3QICA 3JS6A 2ITMA 3DXMB 3O5BA 3FZMA 4YDUC 4MO5A 3SMSA 2QW9A 4FWOA 2ASMA 5KPRA 4RTFD 2FF6A 4DCHA 3ULEB 1G99A 1Y64A 2W41A 4WQ4A 4NO7A 5AQGA 2KHOA 3CQXA 1QQMA 3ATUA 1ZBSA 3EKUA 4JNEA 4BRPA 3M1FA 3QBWA 3D2EA 3ZEUB 3OHRA 1P8ZA 3O4WA 3WEEA 2ASOA 4A2BA 4BRGA 1QZ5A 1QZ6A 4JHDA 1Z05A 2V51B 1TUUA 3FZKA 3O1BA 5LY3A 1C0FA 2BTFA 4AM7A 4BREA 4BVPA 1IG8A 4FWKA 5AZIA 5AQVA 5I9EB 4WQ5C 4KBOA 2ZGZA 4LC9B 4ISGA 2HOEA 3CJ9A 2GTDA 4MO4A 4BRDA 3H3NO 2EWSA 1T44A 4BC2A 5AQKA 3RSEA 3BF1A 3CQYA 3A5LC 3ZETA 4MLEA 4H0OA 2VYPA 3CJ7A 1DKGD 1KAZA 3AARA 1YXQA 2W40A 3UB5A 4BG9A 4DB3A 1NLVA 2P9PA 1T6CA 3CERA 5AR0A 4J8FA 3KVGA 3WEEB 2HF4A 4BR2A 3SMPA 2VWBA 2FSNA 4EIAA 3WQUA 1JCEA 3VETA 3WT0A 2QWMA 2WUSA 4XH5A 1U6ZA 4JHDB 5TKYA 5BPNA 4JAXA 1GLLO 5AQUA 2QWRA 4WQ4C 5AZIB 1Q18A 4FWSA 4CZHA 2E8AA 2A41A 4BR5A 2QWOA 3O6WA 1NGJA 2Q36A 2F9TA 3RSEB 4JD2A 2DPNA 3ZETB 3MN5A 2E20A 4AM6A 5KPZA 1YUWA 1NGGA 1RFQA 2YJEA 4HTLA 1NGFA 2FXUA 3W3DA 3HBTA 5AQTA 3L0QA 3UE5A 3QFUA 3FZHA 2D1KA 3KZBA 4IXCA 3VEXA 1HX1A 3ZX0A 4H5TA 1EQYA 3BEXA 3A5NC 2J4RA 4HWIA 4BRCA 4O8KA 3HM8A 1ATRA 1X3MA 5AFUA 3CETA 1QHAA 2ZWHA 1BDGA 4H5VA 2A40A 5AQMA 1HKBA 3U4LA 1K8KA 1NGCA 1E4FT 3M3ZA 3MN9A 2GWKA 1XC3A 3MN7A 3R9PA 1SQKA 4CI6A 3R6MA 1HUXA 5BN9A 3O1WA 3FGUA 4BR9A 4CZLA 3LDOA 3ZEUA 3I33A 3HZ6A 5AQIA 3SJHA 2E88A 3AAPA 2CGJA 5KQDA 4Y0WA 3O8MA 2IVPA 2QWLA 5AQFA 4BG8A 4CBWA 3WXLA 3MCPA 3EN9A 1HLUA 2IVOA 3IDHA 2F9WA 4NB4A 2H3GX 1SAZA 4FO0A 1BA0A 5E84A 3SLCA 1K8KB 5JICA 1MWMA 2Q97A 3LM2A 3ENHA 4CZFA 4I6MB 2NRHA 1Z6RA 1LCUA 4A2AA 3VENA 2A3ZA 2FSJA 1NGIA 3ZX2A 5KPTA 3SK3A 3H1VX 5LJWA 1YAGA 2CH5A 1DEJA 4K25A 1S22A 1GLCG 3VEVA 4FWPA 4BRLA 4EFHA 3QB0A 5LJVA 4CZMA 5EOYA 4H0PA 3ID8A 1D4XA 2A6AA 4FOEA 4CD3A 3H6EA 5EY4A 3MMVA 2A42A 4FWMA 3DXKA 2AA4A 1BOTO 3AAQA 3VF6A 2QM1A 5JLHA 4DHYA 3FFKB 2P9UA 4K41A 1U2VB 3B8AX 2QWPA 1WOQA 2QWNA 1XQSC 4BGBA 4CBUA 2GELA 5FPEA 4EHUA 1NGBA 4QS8A 4JN4A 4K42A 4XEIA 3KHYA 2E2NA 4IJAA 2ASPA 5ADXA 4CZJA 1V4SA 3U9DA 4M7YA 1NGHA 4BRKA 5AQXA 1ATSA 3QBXA 2PBDA 3GOIA 3MDQA 3DXKB 4CZKA 2D4WA 3HI0A 2QWQA 3BF3A 2Q31A 5ELZA 1MDUB 3R8EA 3H46O 3LDNA 3VF4A 5F2RA 3CJAA 4IJNA 2D0OA 4A61A 2P9UB 3J8AA 2CH6A 3QMLA 1NGDA 5BREA 2QXLA 3C0BA 1DGKN 5EX5A 3A5OC 3ATVA 4BGAA 5BRDA 3VF2A 4BC3A 4BC5A 3CI5A 1NWKA 3MK6A 5AFUH 1BO5O 1CZAN 2Q1NA 3GBTA 5AQSA 4B1ZA 4PL7A 1C0GA 2GEMA 1NMDA 5FPMA 1GLDG 4BRFA 1IJJA 4BR4A 2I7NA 5CE3A 2HMPA 4BVOA 1TUYA 3VEWA 4E1JA 5AQPA 1TYQA 4BRAA 3O80A 4BROA 3TPQA 3DAWA 3GE1A 5AQYA 3EO3A 1ATNA 1X3NA 4PKIA 4YDUA 3QDKA 4PL8A 4DQ8A 3U9ZA 3IMXA 3D2FA 3A8YA 1OKJA 4I6MA 2V7YA 3FE1A 2CGKA 2Q0RA 1XUPO 2I7PA 4CJ7A 4H0XB 3C7NB 4H5WA 4ISEA 3CJBA 1BG3A 2AP1A 1V4TA 1NM1A 4A62A 3AY9A 4M7XA 2P9SB 1NBWA 2ZF5O 2UYTA 3QFPA 5B8HA 5F1XA 5AQNA 4XH4A 2BUPA 1BU6O 2A5XA 4BQLA 5JMVA 3GDQA 4GNIA 3GL1A 1T6DA 4GY2B 4FSVA 4CZIA 1ZC6A 1BUPA 1TYQB 2Q2RA 1HJOA 3WXKA 1GLJO 4CD1A 2CGLA 2NLXA 3CJ1A 5AQWA 1S3XA 2FLOA 1U2VA 1HPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SUPA 1VQ5N 2V7ZA 4CK3A 3ZX3A 3OYDA 2DFFA 4MQ3A 1LOTB 2E6LA 1MU2A 2IGIA 4JRQA 3VEOA 4UY8O 4GV9A 4QOZB 1BQNA 1VSFA 1R0AA 3I56N 5EU7A 3KLFA 1JLEA 2DFHA 5LL6Z 3U8XA 4RCHA 5AZJB 4DTXA 3CCRN 3CHWA 4LH5A 3J7YP 2XY7A 4FJLA 1RDCA 4ID1A 4NCGA 3F9KA 3SUQA 5I3UA 2XRIA 3S3OA 4MLHA 1TAUA 1NOYA 4K43A 4YFUA 3HXMA 3I8BA 4RG8A 4F4KA 2X6NA 4DR2K 1YTAA 4F2SA 5AQOA 4L3QA 3G25A 4C1NK 1T03A 4DR5K 3I0SA 1D8YA 3V1QA 2UXCK 2VCPA 1RDWX 2YHWA 4E3SA 3HT3A 4PQUA 2IC3A 3D2EB 3VERA 1S1WA 1JXEA 4LSLA 1ASWA 4W5NA 3THYB 4Z4EA 2D5RA 2B4JA 3ZSRA 5F0XA 4FL9A 3O3HA 5AQHA 2X6SA 3VQQA 3OYBA 1J5OA 4B1UB 1TK0A 5AQZA 4K0KK 4YOXA 2FF3B 3CPWM 1GLBG 4AHUA 1NJWA 3TTDA 4RW8A 4CF2A 5J2QA 4G9ZA 1X9JA 4IEIA 3THXA 4V19S 2IVNA 4DR3K 1WAFA 2F8SA 3GG4A 3SAHA 5KQ8A 3DOKA 4U7BA 4B1XB 3DLBA 1T3VA 2HF3A 4FWRA 4DTSA 2P9KA 4FWQA 3UIQA 2E1ZA 5LMNK 3VQ5A 4FZZA 2NRXA 3VEZA 5T7BA 3L8BA 3M6GA 5KTQA 2YHYA 3CPEA 4JI6K 5E26A 1YJWN 4CJWA 1HNZK 3OYIA 3P38A 3UKRB 3ULEA 4JD2B 3LP0A 1VQNN 2YHXA 1Q7YO 1HYVA 2Q0UA 4BRMA 4DUZK 2QI2A 3AA5X 3TU5A 4KHNA 3P4IA 3LDQA 2UUAK 2P9LB 1QSYA 1SKSA 4BRIA 5C2DA 4H5NA 2EHGA 4XIUA 3ZT0A 3WXIA 2YNGA 2IOCA 3CCJN 3C65A 3B6PA 5CY4A 3O5BA 3FZMA 4IDHA 3RMCA 1ZBLA 1KRPA 1RNHA 4CEBA 4WFNL 3E9PA 4DUYK 4E7KA 2Z1IA 4CCHA 2QW9A 4IG3A 1VAZA 4CEDA 5KPRA 1XC9A 3RWUA 4DCHA 4W5RA 3SV4A 3RRGA 4M3ZA 4YHHK 2HBKA 1S5JA 1QQMA 3ATUA 3TAQA 3EKUA 4N5SA 2W6LA 3QBWA 1U04A 3OHRA 3WEEA 4A2BA 4BRGA 4NXNK 1EP4A 1QZ5A 4B3SK 4JHDA 2Y1IA 2V51B 1TUUA 3CXCM 2EX3A 2BTFA 4C8OA 4FWKA 4FM0A 5I9EB 1RBTA 4ISGA 2WONA 3KTQA 4I7FA 3WNGA 1VK0A 2ZQBA 1IKVA 5HRPA 2O8EA 4W5OA 1KAZA 1YXQA 4DB3A 1NLVA 3OYNA 2X78A 3E01A 4DSLA 4Y1DA 4CF0A 4DR6K 4BR2A 4LFBK 3HRGA 2W6KA 1JXBA 2WUSA 3HSTB 4HUFA 2BH1A 5TKYA 3QETA 3QIPA 1HYSA 2D0AA 4WQ4C 4FWSA 4CZHA 4CERA 3O6WA 4CF1A 1TV6A 4CIEA 3SAFA 3EZ5A 3S3MA 3HP9A 3ZETB 3MN5A 3HK2A 1N5YA 4FLUA 1YUWA 1NGGA 1RFQA 1N33K 1RTHA 3I8DA 4JKFA 2FXUA 4WE1A 1BI4A 4IEEA 4CJTA 1ASUA 3HBTA 3OYKA 3S3NA 3L0QA 1IBMK 3FZHA 3QO9A 4PHTX 4F3OA 1NJZA 4E1NA 3CMEN 3ZX0A 4H5TA 4F3TA 3BEXA 3A5NC 3TSUA 2YNIA 3O9SA 1TVRA 1OH6A 4DSKA 4O8KA 4E0DA 2ZJQL 4GMJB 1QHAA 4ZHRA 4DG1A 4H5VA 4EP5A 3TSQA 1X9SA 4DV0K 3NGYA 1NGCA 2HVHA 3MN9A 2DTUA 1W7AA 3TTCA 3MEGA 3BDPA 1RTIA 3R9PA 1SQKA 2O4IA 4CI6A 2OPRA 3BZCA 3O1WA 4C8NA 4CF8A 3ZEUA 3I33A 2E88A 3AAPA 5KQDA 4N41A 2Z1JA 4Y0WA 4E7LA 2QWLA 5HRRA 4LD0A 3V9SA 1HLUA 5SZTA 5LMUK 3MX5A 2IVOA 4NB4A 1ZBFA 4I2PA 2H3GX 4NYNA 4B8CA 1BA0A 1MWMA 1QQCA 3N4QA 4CGHA 1Z6RA 4KTZA 1LCUA 2YX6A 3OBYA 3VENA 4A2AA 2A3ZA 1NGIA 4ILHA 4Y1CA 2ATQA 1GLCG 4FWPA 2E4LA 3CFRA 3HPHA 3SZ2A 4CZMA 1NG9A 1VQ6N 3RR8A 2ZE2A 3ID8A 4GV3A 3L2QA 4FOEA 1WSIA 4CD3A 4BWJA 4DQPA 4IG0A 3RR7A 5GAHP 4DV7K 3DXKA 2AA4A 1IKWA 4CFCA 1LWFA 3LAMA 1Z26A 3ASMA 2JWKA 4EP4A 4KB1A 2P9UA 3PX0A 1U2VB 3AO4A 2QWPA 3E9LA 2HHTA 3VQ8A 2E6MA 1WOQA 4ILGB 1SS6A 1XQSC 3TTFA 1WSFA 1ZYQA 5M1FA 2ETJA 4EHUA 5C10A 3I55N 1KC8O 3MCAB 4OKEA 3ZSXA 3HO1A 2E2NA 3AO3A 3DRRA 4JYAK 1XHXA 3THVA 1WLJA 4IJAA 2ASPA 5ADXA 1WNSA 4BRKA 3D45A 5KGXA 3M5RA 3QERA 1KFSA 3MDQA 1WSHA 4PWDA 4YOWA 4IO9L 1Q82O 1O1WA 2VG7A 3LDNA 4DV5K 4DFJA 3TAFA 1RT7A 3VF4A 3CFPA 4FW1A 5JS2A 3K58A 1U47A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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