3VQ4A

Fragments bound to hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq4A00
3VA3A 2YKMA 2Y1JA 1ZBUA 4DG1A 4HUEA 2P1JA 1W9HA 3OYFA 4KTQA 3C6UA 3OVNA 5FDLA 4CCHA 2QKBA 3K2PA 3O3HA 4AHUA 4FK0A 1CXQA 1RBUA 3AO2A 4E89A 4BACA 4KFBA 5E41A 5HP1A 1U4BA 2DY4A 1RT1A 1C0UA 4DTMA 4EZ6A 2E6MA 4FZZA 4LH4A 4C8MA 1RT4A 4J2DA 4RG8A 4CEOA 4O5BA 1KFSA 3HPGA 4N56A 4I7FA 1R0AA 4HHTA 4IFYA 3MAQA 1EETA 2AJQA 4EP5A 2ZQBA 2KW4A 2Y1IA 3DYAA 1RT6A 3AVKA 3KLEA 4ZHRA 1D8YA 4JS5A 5D3GA 2OZSA 3ZT4A 1RBTA 2B4JA 2ZE2A 3U6FA 3THVA 3MEDA 4IBNA 4M3TA 1EP4A 3KLGA 5HLFA 3EZ5A 4B9VA 3L2UA 2B5JA 4KI4A 1C1BA 5FROA 3KK1A 3L3VA 2QXFA 3KLFA 4FXDA 2RF2A 4DSKA 4LY7A 3NHGA 4Z4CA 3P83D 1GOCA 1KFDA 5JS1A 4CEDA 4XIUA 3HPHA 2X74A 4C8KA 1NK0A 4I9LA 3JYTA 3KD5E 4PY5A 4FCYA 4MQ3A 3SV3A 2HVHA 3AO1A 1HYZA 2D0CA 3LALA 5J2MA 4M3ZA 3QNOA 4GMJB 1RBRA 1HPZA 3A2FA 3AVGA 1WSFA 4KAZA 2IOCA 3CYMA 3T1AA 3CM5A 3PO4A 3VQQA 1C0TA 4JS4A 2FBTA 1BHLA 2EX3A 3DRRA 3HP9A 3AA5X 4O44A 4EP4A 3ASMA 3KKRA 4DLGA 3LP1A 1WSEA 1NK4A 3QIOA 5KGWA 3NFAA 2BE2A 4FJIA 4KKOA 3TWHA 3ZSQA 1UA0A 4B9MA 2IAJA 3ZSYA 1T8EA 2PZSA 4W5QA 3RTVA 1RDBA 5CY4A 4CGFA 4J2AA 3KK2A 4CEFA 3WNEA 4FZYA 1CZBA 3AVJA 1WSGA 4R5PA 3V9SA 4CK3A 3NGZA 3ITHA 4G1QA 4I2QA 4W5RA 4KHQA 3C6TA 4FLXA 3OYAA 3VQ9A 1HYVA 1TKXA 2G8HA 1LWEA 3MEGA 3RRHA 3AO4A 2KZZA 5FRNA 3B6OA 5EU7A 4FLUA 1X9WA 3K5OA 2IDOA 3TAMA 2QK9A 3V9UA 4M3RA 3AVHA 2P51A 1SKWA 2OPSA 5CYQA 4CESA 3M8SA 3SZ2A 4ELUA 1EXQA 2XHBA 1UOCA 3LP2A 1S1UA 3VQBA 2JGUA 3HL8A 1VSLA 3CG7A 3QIPA 1GOAA 3SPZA 2PYJA 4DSFA 5J2NA 4B9NA 4PWDA 1NK9A 4O55A 1IKVA 3LZJA 1TK5A 1KLMA 2IS3A 3ULDA 4FM2A 4Z4IA 1S6QA 3C94A 3QO9A 4AHCA 4DMNA 3DLEA 3SV4A 1T03A 3V1OA 3PX4A 4OKKA 4YNQA 3S9HA 2OZMA 1U48A 2F8SA 4C8LA 4OGCA 3LZIA 1NJXA 1DLOA 3KD1E 5J1EA 4BE1A 1HJRA 4OKEA 1TK8A 1IG9A 3KKSA 3NH0A 3LPTA 3NBPA 5J2QA 3OJUA 3K59A 1NKCA 4DTNA 2EHGA 1S1TA 1XI1A 1RILA 3K5NA 4GVMA 1W0HA 4CF9A 4CK1A 3PO5A 2OYQA 4H4MA 3NH2A 4M45A 1TKZA 1NK7A 3MXJA 2D5RA 2HHVA 2FBYA 4Z4HA 3RMDA 4Y1CA 2RN2A 1O1WA 2VWKA 4M3YA 2HB5A 1QE1A 2BANA 2YV0X 2IGIA 2HW3A 1NJZA 3OS1A 2G8WA 4DQQA 4BWMA 1C0MA 5T7BA 2FBXA 2G8VA 4CGGA 4IG0A 3SQ4A 1J9AA 3I0SA 3ZCMA 3QEWA 1TL1A 4LD0A 4QAGA 4MFBA 4DU1A 4O4GA 3U3YA 3S3MA 4OKJA 1S6PA 3PUFA 4Y1DA 3HP6A 1LWFA 3V9WA 4DQRA 3SQ0A 4ZTFA 4JRPA 4J2BA 4KREA 4EZ9A 2VWJA 3ZT0A 4OPJA 4IKFA 1CLQA 4DTUA 4FYDA 4CIGA 4I2PA 2HNDA 4FJ9A 4CJPA 3OY9A 3OJSA 1LW0A 1WSJA 4CGHA 3CFPA 1WLJA 5CZ2A 3AO3A 1HNVA 4F4KA 2Q3SA 1J54A 3NDKA 5HRPA 1RT3A 3DRSA 1SL2A 4YFUA 3L2QA 2QKKA 3AA2A 3AV9A 4LH5A 2OA8A 2Z1IA 1NJYA 4FJHA 2FBVA 2XO7A 2YNIA 3AVFA 3HVRA 5KRTA 4LSNA 4F3TA 4CHZA 2GUIA 2VG7A 3WNGA 3RMAA 4JRQA 4BDYA 3V9XA 2PYLA 1VSKA 4ELVA 5HRRA 3IG1A 3KIOA 5SZTA 3AVLA 1L3TA 3ZSZA 3AVBA 4N5SA 1X9MA 4KHWA 4E7JA 2G8FA 1Q8IA 4E3SA 2GBZA 2HHQA 4CERA 3MXIA 4RW7A 1NKBA 3TABA 2RPIA 3HJFA 1ZBHA 4O0JA 4DFPA 2P5OA 3ZT1A 1RTDA 4CJWA 3M8RA 1LAWA 3TAPA 2YNHA 4AHVA 4Z4GA 3DI6A 4L8RB 1VRUA 3VQ7A 1NK6A 3PY8A 4CJKA 1FXXA 3K57A 4CHYA 4DU3A 1ZBLA 3DMJA 3NGYA 1BI4B 4FLWA 4DTXA 4N47A 3NF8A 5HRNA 4TSXA 4DF8A 1YVUA 1BCOA 3OYKA 3QESA 3SNNA 3MXMA 3SJJA 3DLRA 2X6NA 3VQ4A 5C42A 3OYJA 1SKRA 4CFAA 1L3UA 2XY5A 4B3OA 1JLBA 3M8QA 4GW6A 4CJSA 3V4IA 3T19A 3I0RA 1C1AA 2HHSA 4FM0A 2WONA 3O3FA 4FJMA 1IKXA 4RW4A 4KB1A 4DQPA 2XRIA 3P5JA 4FVMA 4E7IA 1KLNA 3MEEA 4E1MA 1IO2A 3ZSWA 4HTUA 3DLHA 1Q9YA 4DSJA 1WN7A 1C1CA 1KCFA 1WSIA 2B6AA 3LAMA 1I3AA 4HVJA 1TV6A 4CJTA 3L3UA 4E7HA 1L3SA 3RRGA 4H8KA 3NCIA 1ZYQA 1G15A 4W5NA 3AA4A 1S9GA 4FK4A 4CF8A 4NYNA 3M8PA 4CHOA 4CHNA 1VSFA 4C8NA 3S3OA 3LP3A 2YNGA 1ITGA 4BWJA 5I3UA 2E4LA 1VSMA 3SI6A 1SL1A 1N5YA 2PY5A 1RT5A 3RR7A 4CJ4A 3KLIA 1LAVA 3H08A 1WAJA 3ZSXA 1U45A 2F8TA 3QERA 2O4GA 4Z4FA 2Z1JA 3VN5A 3F73A 1LV5A 3AVIA 4E1NA 2HHWA 4J2EA 3PV8A 4QOZB 4OLBA 1HQUA 3DOKA 1HYSA 2HMIA 2G8IA 1Y97A 4KO0A 4HCBA 1L5UA 3VQDA 1UAXA 1A5XA 1T7PA 4DTPA 1ASUA 2KFNA 1IKYA 4CEAA 1BISA 4ICLA 4RW6A 4RW9A 4CHPA 3I8DA 4M3UA 3U3GA 4NCAA 3IS9A 4CJLA 3O4NA 3OYGA 5HBMA 4DS5A 1X1PA 3IAYA 3LWMA 4FJ7A 1SKSA 1KVBA 4CECA 4DF4A 3RWUA 3V1QA 3QETA 3VQ8A 1WNSA 1T05A 1RT2A 4Q0BA 3DM2A 4O0IA 3F9KA 3V81A 1NOZA 3HSTB 4CF0A 1QSYA 5CYMA 4B8AB 4DSEA 1U04A 1RDDA 1EX4A 2Z1HA 1TGOA 3SUNA 4QCLA 1NJWA 4DFMA 1VSJA 4DQSA 3HPOA 3V9ZA 2XY6A 4H4OA 3P1GA 4ID5A 4CIFA 1DTTA 3OS2A 4PA1A 1XHZA 1TAUA 4BE0A 3JSMA 2P5GA 1FKPA 1VSEA 3KLHA 3QEPA 4OVLA 2G8KA 4NCBA 1QTMA 4CE9A 1VSHA 1WSHA 4RW8A 4AHRA 2LSNA 3SYZA 4DSIA 3NGIA 2DTUA 1RNHA 4BDZA 1B9DA 4DLEA 1SL0A 3G0ZA 1JLAA 3OYIA 1Q9XA 4BDPA 3VA0A 4KPYA 4FJXA 1QQCA 3NH1A 4HCCA 4FJ8A 4CHQA 1D5AA 4B9SA 4WE1A 3G10A 3L2WA 1U47A 4AH9A 4DQIA 3OYHA 1S1WA 5HROA 1JLEA 1L3VA 4FJGA 1NK8A 2OPQA 3ZSOA 1BIUA 4DTRA 1QSLA 3AA3A 4CJEA 2DFEA 2A1SA 3B6PA 2DFFA 2KFZA 4F2RA 4OJRA 4IG3A 1KVCA 3ZSRA 3RMCA 4CEBA 3K5LA 1KSPA 2VG5A 3AVMA 4KHNA 4M3XA 2I5JA 4FJJA 4KV8A 1BCMA 3SUOA 4ELTA 2O4IA 1XHXA 3SQ1A 2BDPA 2KZMA 4CIEA 3HXMA 2IC3A 4HUFA 3QEXA 1BGXT 1F21A 1S5JA 4IDKA 3VQCA 4IFVA 1JKHA 3BGRA 1B9FA 1JXEA 4Z0UA 3ISNC 4OPKA 3DOLA 1RTHA 3OYCA 1J5OA 4CJRA 3WNFA 4CJ3A 4W5OA 1EKEA 3HVTA 3CFOA 3VQPA 3D0PA 2D0AA 3SQ2A 1JLGA 1S1VA 2JLEA 1VRTA 3OYDA 1RCHA 1K6YA 3AVAA 3DLGA 3E01A 3TR8A 1TL3A 5KTQA 1UWBA 5KRSA 3KTQA 1RBVA 4JLHA 5DK5A 1BIZA 3OYLA 4B9LA 1KTQA 1REVA 3ZT3A 4M42A 3OYBA 4BE2A 1FK9A 4NYFA 1BQMA 2XY8A 3OYMA 3CFRA 2R7YA 1UA1A 1Z26A 2FC0A 1BQNA 5DMRA 3AO5A 1TKTA 4DTOA 1RDAA 5JS2A 3QEIA 3PX6A 3SUQA 4N76A 3L2VA 1ZBFA 1ASVA 3OYEA 3L2RA 5I42A 3TANA 1BL3A 3AVNA 3SPYA 4CGIA 3QNNA 3TAEA 4DSLA 1VSIA 3O4QA 3EYZA 2YHAA 4FLTA 4PQUA 4C8OA 1FKOA 3QINA 4CGJA 2HNZA 4E19A 3TAFA 3HT3A 3S3NA 3TARA 3RR8A 4I9QA 2ZD1A 5KGXA 1D9FA 1YTAA 1IKWA 4ZTJA 1TAQA 3KK3A 1VSDA 3LPUA 3AVCA 1XWLA 3CQ8A 4E7LA 1CXUA 4DS4A 2OPPA 4CJ5A 4KTWA 5SWMA 3LDSA 4DU4A 5J2PA 1TKDA 2HHTA 1C6VA 4AHTA 4B08A 2OPRA 4ID1A 1HNIA 3LAKA 1JLCA 4FJNA 4FZXC 2W42A 1SUQA 4FJKA 1A5WA 3UIQA 3T3FA 1KRPA 1N6QA 5FRMA 1RDCA 5K14A 4M41A 3FFIA 3NF7A 4DWIA 3L8BA 1YT3A 4LSLA 4CJVA 1WAFA 2D0BA 1RTIA 3HK2A 2Z1GA 4CJUA 1CZ9A 1GOBA 2F96A 3VQEA 1ZBIA 3HO1A 1RBSA 4CF2A 1TVRA 1HMVA 3LWLA 1S9EA 3LP0A 3QLHA 1D9DA 1IH7A 2YKNA 1JLQA 4FJLA 4F3OA 4FW1A 2YHBA 4CK2A 4NCGA 3TAQA 4FLZA 2KQ2A 1QHTA 1NOYA 2KTQA 1I39A 4KHUA 4FW2A 4DFJA 4CFBA 3NF9A 1NKEA 2X6SA 1YTUA 1TK0A 2VG6A 3VQ6A 4K8ZA 3ZSVA 1JL2A 4FLYA 1KVAA 4FJ5A 4HUGA 2XY7A 1JL1A 2NUBA 4E0DA 3RMBA 2ETJA 4FM1A 4KHYA 4DTJA 3IRXA 3MECA 3ZT2A 2E6LA 3KJVA 4CEQA 4KHSA 3LANA 3HM9A 1LWCA 4CGDA 3D45A 4CF1A 4DTSA 3VQ5A 4AHSA 1HRHA 4KI6A 5HRSA 4PUOA 3SUPA 2YNFA 1QS4A 3K58A 4FK2A 4DFKA 1ASWA 1RTJA 2ITGA 3DLKA 4F8RA 1A5VA 2DFHA 2HNYA 2HVIA 3K5MA 2HHUA 1BI4A 4Q5VA 3NAEA 1LW2A 4CEEA 3SCXA 1RT7A 2ATQA 2A1RA 1J53A 3NE6A 3BDPA 4KB0A 1VK0A 3O3GA 2BGGA 4OLAA 4B9UA 3DLBA 2X78A 5CZ1A 4KRFA 3EY1A 4Z4EA 4CJFA 1U49A 3HYFA 2WOMA 4W5TA 1QSSA 1JXBA 3C95A 1NK5A 4N41A 4B9TA 4KTZA 3TAGA 1X9SA 1B92A 5C24A 4CFDA 3OS0A 3WNHA 1S1XA 3VQAA 3DRPA 2GV9A 4OGEA 1MU2A 4CFCA 5C25A 3NF6A 4CEZA 3QEVA 2G8UA 4CJQA 4UQGA 4M3WA 3ALYA 1XC9A 3TI0A 1HQEA 4FLVA 3V6DA 3CM6A 4E7KA 2RKIA 3PX0A 4K8XA 1Z25A 1SV5A 4B8CA 2HHXA 3OYNA 1JLFA 4AILC 4F2SA 5KI6A 1DTQA 3V1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RGIA 3VA3A 3BZCA 4DG1A 3OYFA 3OVNA 3K2PA 4FK0A 1CXQA 5GIPA 3R9PA 4WFBL 4KFBA 2DY4A 2A6AA 4EZ6A 1R59O 3MN5A 1RT4A 2ASMA 3QB0A 4CEOA 4CI6A 4IO9L 4I7FA 1R0AA 4HHTA 4IFYA 2P9IA 2AJQA 2ZQBA 5LJWA 3UKRB 4FWMA 5D3GA 2F9WA 4KH6A 4F9OA 4YOXA 2B4JA 2QW9A 3EZ5A 4KI4A 3L2UA 1C1BA 4DR6K 3KK1A 2QXFA 4BVOA 2QWMA 4LY7A 2UXBK 3P83D 5ADXA 4C8KA 3U4LA 1GLCG 1Q81O 3JYTA 5KPZA 3KD5E 5F2RA 4PY5A 4FCYA 1JCGA 2D0CA 5J2MA 3M6GA 4DR4K 2IOCA 3CYMA 4H5WA 3CM5A 3WXIA 4LF4K 3VQQA 1C0TA 2FBTA 3HP9A 3R8EA 4EP4A 3ASMA 1ZC6A 5C10A 4EIAA 2IAJA 1SAZA 4NO7A 3ZSYA 1U2VA 2E88A 1T8EA 4W5QA 3RTVA 1RDBA 3KK2A 4CEFA 4JI8K 1TYQB 2NRRA 4YY3K 3EE9A 2D0OA 4R5PA 3NGZA 4G1QA 4I2QA 4W5RA 4FLXA 4GY2B 1WOQA 2YI1A 4FO0A 2O8EB 4BGBA 3K5OA 3TAMA 3V9UA 5JLFA 3J7YP 5CYQA 4BRFA 3MK6A 3ZEUA 4C1NK 3SPZA 4PWDA 4O55A 4FSVA 5AR0A 3LZJA 1KLMA 4Z4IA 3A5LC 1S6QA 3T69A 1T03A 3V1OA 4ISFA 2OZMA 1U48A 2F8SA 3KD1E 4BE1A 1IG9A 1HJRA 4DV7K 3KKSA 3WT0A 3NH0A 1OVYA 5J2QA 1HKBA 3OBYA 4DTNA 3DJCA 3PO5A 4H4MA 4CZLA 1QVGM 3RMDA 4FWNA 4M3YA 2BANA 4BG8A 5AQJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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