3VQ5A

Hiv-1 in core domain in complex with n-methyl-1-(4-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-5-yl)methanamine
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 133
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq5A00
3MAQA 4B9SA 4QAGA 3AO3A 3V9ZA 4J2EA 3LPUA 3ULDA 4M3ZA 3QO9A 1YTUA 1JKHA 2XHBA 3NGIA 3AVNA 3QNOA 3P1GA 1S1TA 4FLWA 3HVRA 3TAMA 3M8SA 2DFHA 4DTSA 3OYEA 1HQUA 4N76A 4F3OA 2HHVA 1I39A 3O3HA 3AA4A 1C1BA 1Z25A 4AILC 4M3XA 1BI4A 3MECA 4CF9A 1JLEA 1QQCA 1W0HA 1W9HA 1S1VA 3AO5A 3NF9A 4CIGA 4E1NA 3NCIA 4DFMA 1TKZA 3SQ0A 5I42A 3V6DA 2RKIA 1L3VA 4PQUA 4TSXA 4HHTA 3AVGA 4ID1A 5CZ2A 3V9WA 4DFJA 3AA5X 3D0PA 4H4OA 2I5JA 4PA1A 2X6NA 3AO2A 1Y97A 1IKVA 3LP0A 4N47A 1ASVA 3OYDA 2Y1IA 3OYIA 4KHYA 1WSHA 2KW4A 1ZBFA 1IG9A 3QEVA 4C8LA 4JS5A 2KQ2A 3BDPA 4F3TA 4DSLA 4E7LA 3KKRA 3VQ7A 1HQEA 1KLMA 1FKPA 4CJTA 3OVNA 1I3AA 3NE6A 1WN7A 1XWLA 2VG6A 1XC9A 2OZSA 4FLVA 2O4IA 3VQCA 1RCHA 1B92A 2EX3A 2ITGA 3K57A 4FZXC 3WNGA 2B4JA 3ZSOA 3ZSVA 3T1AA 1JLQA 1RT4A 4DQIA 3NAEA 1SL2A 1RBVA 1EP4A 1RBUA 3DLEA 4AHTA 4CJQA 4CJUA 3KK2A 4BWMA 4DSEA 3PX6A 1N5YA 4HCBA 3OYAA 1BISA 4M3RA 1VRUA 1BGXT 3LP2A 4OLAA 1HYVA 4QCLA 3RRHA 3TAPA 4IDKA 1RT3A 4OLBA 2YKNA 3ISNC 1S5JA 4J2BA 3ITHA 2FBXA 2G8WA 1CZBA 4FLXA 2VWJA 3IAYA 2HVHA 4CGGA 3KTQA 4UQGA 3V9XA 1RDCA 1LW2A 3OYJA 3SV3A 2NUBA 3AVJA 5HP1A 4ZTFA 3K5OA 4FM2A 4AH9A 2F8SA 2HHTA 4IBNA 1TVRA 4BE2A 1RDDA 2HMIA 2G8UA 2OPSA 5E41A 1KVBA 4BE0A 3HXMA 1KCFA 4C8OA 4EZ9A 3VQ4A 2PZSA 4FYDA 3VN5A 2HNZA 2VG5A 3DRSA 1SL1A 3DOLA 4KB0A 3S9HA 3BGRA 4C8NA 2HHQA 4CF1A 4ID5A 4FJLA 2F96A 4O5BA 3B6PA 3PV8A 4RW8A 2XY7A 1WSJA 1S1XA 4J2DA 1D5AA 1RNHA 4KO0A 3DLBA 3HYFA 2GUIA 3V9SA 3QIPA 2QKBA 3NGYA 1L3TA 4DTRA 4DS4A 1LWFA 2GBZA 2Z1GA 2QXFA 2BANA 3DLKA 3TABA 3SQ4A 3B6OA 3M8PA 2DTUA 3ZT2A 1VK0A 1R0AA 4KB1A 3QEPA 4FK4A 3IRXA 3OS2A 1IO2A 1MU2A 1C0UA 1NK9A 1T05A 1ZBIA 1SV5A 1TAQA 1B9FA 1SKWA 3LALA 4Z4HA 5HRRA 1UA0A 3AO4A 4CESA 1U47A 4O4GA 3CFRA 1KSPA 3QNNA 1WLJA 2VWKA 4I2PA 3NH2A 4OPKA 4DTNA 4CEOA 1JLCA 2PYJA 5HRNA 1EXQA 3CG7A 3DLRA 1RBRA 5HBMA 3OYFA 4CJ3A 4IKFA 5CY4A 5DK5A 1QTMA 2AJQA 4KTWA 4G1QA 2KFNA 4FJIA 2FBTA 4CK2A 4ZHRA 1GOCA 2F8TA 5FRNA 3VA0A 1RTDA 5KTQA 2WOMA 1HRHA 5JS2A 3QEXA 1C0MA 2HNDA 3VQ8A 1C1AA 3VQQA 1TL3A 3KLEA 3AVBA 3PX0A 4FJNA 1VSKA 1IKWA 3NBPA 2FBVA 3SUOA 1U49A 1FK9A 1DTQA 4W5QA 3EYZA 3AVHA 3ZT3A 4M45A 4CHPA 3K59A 1JLFA 3QEIA 3KKSA 1VSMA 4N56A 3S3MA 3I0SA 2A1RA 1TK5A 4LH4A 4DQQA 1D9FA 4ELVA 5KGWA 3L8BA 4E1MA 3HVTA 3U6FA 4HUFA 4B9TA 4Q0BA 1WSFA 3UIQA 3P83D 2E4LA 3AA3A 3ZCMA 4JLHA 5KRSA 3L2QA 4FJ5A 2W42A 3SCXA 4Y1DA 3E01A 1A5VA 2ZD1A 1JLGA 4CE9A 3HT3A 4CHQA 4DTXA 3RMBA 1Q8IA 3AO1A 2GV9A 3ZT0A 3KLGA 1XHZA 4M3WA 1J9AA 1C6VA 4L8RB 4W5OA 3SJJA 4OKJA 2IS3A 3OJUA 4IFYA 1BCMA 4LSLA 1KVCA 3SYZA 1UA1A 4B9UA 2ATQA 2E6MA 3LWLA 3SNNA 1BQNA 3KK1A 5J2MA 1BIUA 1IKXA 2P51A 4DQRA 3CQ8A 4PY5A 1VSDA 3OYCA 1WAFA 3QETA 4CFCA 2OYQA 1EKEA 1QHTA 3DRRA 4I7FA 4Z4FA 2OA8A 3PO4A 4CHYA 1VSLA 3QLHA 1S6PA 1HNIA 3LDSA 1NJXA 1HYSA 1RT6A 2Z1JA 3SQ2A 2A1SA 4CJKA 1FXXA 4OGCA 4Y1CA 2G8KA 1TAUA 4FJ7A 4DF4A 4E89A 5T7BA 2PYLA 1IKYA 3L2RA 4AHVA 2JLEA 4M3UA 4N5SA 4JRQA 4R5PA 3SUPA 1VSFA 4F2SA 3DYAA 1NKEA 1WSEA 4GW6A 2OZMA 4RG8A 5JS1A 3K5MA 4LSNA 3QESA 2IGIA 3WNEA 3JYTA 1TK0A 1X9MA 1U04A 4M3YA 4KI4A 2FC0A 1VSIA 1XI1A 4CCHA 3KIOA 4KHWA 2KZMA 1DLOA 1JL2A 4NYNA 4CJVA 4BACA 1RDBA 3AVIA 2XRIA 3VQ6A 2BDPA 1VSHA 4CFAA 4RW7A 5FROA 2R7YA 5HLFA 1NKBA 3HK2A 2HW3A 4W5RA 3HO1A 3CFPA 3MEEA 2BE2A 4WE1A 4NCAA 3QEWA 1TKDA 5CYMA 2LSNA 3SQ1A 2QKKA 3QINA 4FLUA 1NK8A 1A5WA 2YNHA 2O4GA 5D3GA 2RN2A 3OS1A 1Q9XA 4B8CA 4O44A 1KFSA 1TKXA 1B9DA 1NK0A 1JXBA 3RMCA 3C94A 3CM6A 4DFKA 4KHQA 2KZZA 2G8VA 3U3GA 4HVJA 4O0IA 4DTPA 4CFDA 4FJMA 1VSEA 2OPQA 3L2UA 4PWDA 3KJVA 4HUEA 1QSSA 1SUQA 3L3VA 5FDLA 1HMVA 1A5XA 4GMJB 4JS4A 4DSFA 4E3SA 1SL0A 3V1QA 4FLYA 3ZSWA 4CGHA 3TARA 1SKRA 3D45A 4LD0A 1S6QA 2IC3A 3I0RA 4OKKA 3VQPA 3L2VA 4MQ3A 3DM2A 1DTTA 4FW1A 5KRTA 2HVIA 4YFUA 5K14A 1RDAA 3TR8A 1HYZA 3SUNA 1RBTA 2D5RA 3VQ5A 4LY7A 3VQDA 3HL8A 2X6SA 4CEQA 5HRSA 3HP6A 1NJWA 1GOAA 3P5JA 3AA2A 2DFEA 4O55A 5J2NA 3ZSZA 3S3NA 3RR8A 3RMDA 4ICLA 1HNVA 3HJFA 3T19A 4BWJA 3ZT4A 3EY1A 3ALYA 4CJLA 3TANA 3THVA 3VQ9A 3U3YA 3IG1A 3RRGA 4EZ6A 4RW9A 4K8XA 3OS0A 1ZYQA 1T8EA 1X9SA 4CJRA 2P5OA 3ZSXA 4FZYA 4E7IA 4CF8A 4AHCA 1LAWA 3G10A 3AV9A 4BDZA 4DU4A 1WSGA 4B9NA 3MEGA 4J2AA 1CXUA 4DFPA 1WNSA 4YNQA 4FJHA 4M3TA 3ZT1A 1T7PA 4E0DA 3SUQA 5FRMA 5C42A 1BIZA 4DQPA 3PY8A 1BQMA 3C95A 3K5LA 1Z26A 4DWIA 3MXIA 4FVMA 1EETA 3VA3A 4K8ZA 4E7JA 3O4NA 2DY4A 1C1CA 3IS9A 3OYKA 3OYLA 3VQEA 2DFFA 2Y1JA 1NK5A 4IG0A 1RT7A 4CJFA 3OYMA 4ZTJA 1ZBUA 4FJGA 3O3GA 1ASWA 3A2FA 4B3OA 4DG1A 4F2RA 1RBSA 4FCYA 4CJEA 1NOZA 1UAXA 3TAEA 3CM5A 3LP1A 2EHGA 1BCOA 3O3FA 4DLEA 4B9VA 4DSJA 1ZBHA 1VSJA 4CGIA 3NGZA 3S3OA 3KD5E 4CECA 1HJRA 4FW2A 2PY5A 1VRTA 2RF2A 3V9UA 4DTJA 3DOKA 4FJ9A 3C6UA 3HSTB 5CYQA 3SPYA 1WSIA 2WONA 4CJ4A 3AVMA 4BE1A 2YKMA 4CF2A 4FK0A 1O1WA 3NFAA 4CHZA 1CXQA 4FLZA 3LANA 4Z4GA 4KREA 4CERA 5J2QA 3I8DA 4B9MA 1J53A 4M42A 2B5JA 2D0CA 3AVLA 4CHNA 4FXDA 4CJWA 3M8RA 3WNHA 4CEFA 4HCCA 4KAZA 2IOCA 2ETJA 4NYFA 1JLBA 4CEAA 4DTMA 1RT2A 3PX4A 2YNFA 1NK4A 4E7KA 3DI6A 4BDYA 5EU7A 2D0BA 1F21A 3OYGA 4DU3A 2HHSA 3HP9A 1S1UA 3TI0A 1NK7A 2YHBA 1CZ9A 1RT5A 5C25A 1RTJA 4AHSA 4CJSA 4XIUA 5KGXA 1WAJA 4EP5A 3OYBA 4DTUA 4RW6A 4I9LA 3H08A 5CZ1A 3AVKA 3NH1A 3F9KA 1BHLA 4GVMA 5J1EA 3OJSA 3MXMA 2YNGA 2XY5A 4F4KA 2KTQA 4KKOA 3TAGA 4KTQA 4Z4IA 2HB5A 3KLHA 3CFOA 1QE1A 1QSLA 4CEEA 4HUGA 3NF7A 3DRPA 1U48A 1LW0A 3HPOA 4BDPA 4ELUA 1J54A 3RTVA 1UWBA 2P5GA 2Q3SA 2IDOA 1IH7A 1X9WA 3HPGA 3QERA 1EX4A 2BGGA 5SWMA 4CHOA 1RTIA 2ZE2A 4I2QA 1JLAA 3DLGA 3SI6A 1QSYA 3RR7A 4ELTA 3SV4A 4JRPA 3NH0A 3AVAA 1KFDA 1KLNA 4CJPA 2HNYA 4C8MA 3NDKA 1JXEA 4NCGA 3WNFA 1S9EA 3PUFA 4H4MA 1XHXA 3SZ2A 1YTAA 2G8IA 1GOBA 3TAFA 1LWEA 1YVUA 4CGFA 2JGUA 4FLTA 2G8HA 2YHAA 4CK1A 4FK2A 4DLGA 1ITGA 1BL3A 4DSKA 1HPZA 3G0ZA 3RMAA 1Q9YA 4DF8A 4IG3A 1FKOA 2G8FA 5DMRA 3HM9A 4FJKA 4DU1A 1U45A 4PUOA 3SPZA 5C24A 1RT1A 1REVA 1K6YA 3KK3A 3ZSYA 3KD1E 3K58A 2YNIA 5KI6A 4CF0A 2OPRA 1L3UA 1S9GA 2X78A 4MFBA 2B6AA 4CEDA 4RW4A 4CJ5A 2VG7A 4Q5VA 3LAKA 3V1OA 3LAMA 4KTZA 1G15A 2Z1HA 3OY9A 4FJXA 4CGDA 4CK3A 4KHUA 1NJYA 1BI4B 3PO5A 4AHRA 5HROA 1RTHA 2FBYA 1SKSA 4C8KA 1D9DA 4O0JA 4AHUA 1TK8A 2XY8A 1X1PA 3V81A 4Z0UA 1KRPA 3L2WA 2HHXA 4M41A 4I9QA 1C0TA 1LV5A 4FZZA 3JSMA 4H8KA 4FJJA 4DQSA 4E19A 3M8QA 5J2PA 2HHWA 1LWCA 5HRPA 4KFBA 4EP4A 4FM1A 1D8YA 1U4BA 4N41A 4FJ8A 3ZSQA 4LH5A 1TGOA 4W5TA 3KLFA 4F8RA 1TV6A 3VQBA 3F73A 1JL1A 3HPHA 3CYMA 3MXJA 3LZIA 4NCBA 3EZ5A 1NKCA 2X74A 3TWHA 4DS5A 4CEBA 3KLIA 1L3SA 4DMNA 3ASMA 4Z4EA 4KPYA 1UOCA 2RPIA 3NHGA 1LAVA 4DSIA 3TAQA 1TKTA 3L3UA 4OJRA 4B08A 3OYHA 1NJZA 4CIFA 3V1RA 4W5NA 4OKEA 2ZQBA 4OGEA 4CIEA 3O4QA 3OYNA 2XO7A 4B8AB 4KI6A 1ASUA 1NK6A 3ZSRA 2E6LA 1J5OA 5I3UA 1S1WA 2P1JA 3LP3A 3QIOA 4CEZA 4HTUA 4E7HA 1ZBLA 1L5UA 5SZTA 4B9LA 3LZJA 2QK9A 4IFVA 4KV8A 3K5NA 1KTQA 3MEDA 2XY6A 1T03A 1TL1A 2D0AA 1NOYA 1QS4A 4OVLA 4OPJA 3LWMA 3LPTA 3T3FA 3DMJA 1N6QA 4CGJA 4CFBA 3V4IA 3DLHA 4KRFA 1CLQA 3AVCA 3VQAA 4QOZB 4KHNA 3FFIA 1RILA 4DTOA 4Z4CA 3RWUA 3C6TA 3NF6A 4FM0A 2IAJA 1KVAA 1YT3A 3K2PA 4KHSA 2HHUA 2OPPA 3AVFA 2KFZA 2YV0X 2Z1IA 3NF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MAQA 4B9SA 2F7TA 3AO3A 1T6DA 2P9NA 2QWMA 4AM6A 3P1GA 5KPZA 3JAMO 3TAMA 3M8SA 2DFHA 1XMOK 3OYEA 2PAVA 1SQKA 4AILC 3AA4A 1C1BA 4BRFA 4DQ8A 4CF9A 4BRDA 1DT9A 3CIPA 4E1NA 1TKZA 5I42A 3V6DA 1ESVA 2YX6A 3BZCA 3PSIA 4PQUA 4R79A 2D0PA 3V9WA 4DFJA 2QWOA 4H4OA 4PA1A 3AO2A 1IKVA 4BR2A 2KW4A 4PL7A 3QEVA 4C8LA 3PSFA 3KKRA 3U9ZA 1NGBA 3W0LA 1FKPA 1XMQK 1K8AO 4CJTA 2IVNA 4EIAA 1HUXA 3OVNA 3NE6A 2EX3A 4H5RA 1LCUA 3QBXA 2B4JA 3T1AA 1JLQA 3JS6A 1RBVA 1EP4A 4J2DA 3T1HK 3CCLN 3M5RA 1BISA 3O6WA 3LP2A 4YOTA 4LF9K 4IDHA 3RRHA 4PKHA 3TAPA 1IBKK 3WXMB 4DV1K 2YKNA 3QICA 1GLCG 1LW2A 5LL6Z 3R3LA 3EE8A 4JHDB 3VENA 4PHTX 4ZTFA 1TVRA 4BE2A 3CXCM 2G8UA 3VEVA 4BE0A 3HOSA 3DRSA 3DXMA 4KB0A 2VWBA 4C8NA 4ID5A 4FJLA 4O5BA 4BC2A 1VQ4N 5MLCQ 2XY7A 4NO7A 2P9IA 2FXUA 1RNHA 3O9TA 2QKBA 4MO4A 3CCQN 4EHUA 5F0XA 4BRNA 1VQON 1GLFO 4DV7K 3ZT2A 5EOYA 3QEPA 3IRXA 1IO2A 1B9FA 3LALA 1UA0A 1KSPA 4IOCL 3QNNA 2NRRA 2WC9A 5FPDA 2VWKA 4I2PA 4DTNA 3FZHA 4BRPA 5HRNA 1VHXA 4Z94A 3BUZB 5HBMA 3OYFA 4CJ3A 3G4SN 1N32K 5DK5A 5FPMA 4A62A 4FWOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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