3VQ5A

Hiv-1 in core domain in complex with n-methyl-1-(4-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-5-yl)methanamine
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 133
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq5A00
2OPSA 5HRNA 4CHYA 3DLBA 4CCHA 4PQUA 4RW8A 3LP1A 1HQUA 4RG8A 4PWDA 3ZT1A 3TAPA 1S1WA 4DTSA 3LDSA 3O3GA 4E7KA 4DS5A 3TAEA 1FKPA 1WSEA 3B6PA 4KHNA 3M8QA 2HVHA 1NJXA 1IG9A 5T7BA 4OJRA 3SUQA 4O5BA 3RRGA 3P1GA 3O3HA 4C8KA 3QEWA 1HQEA 3KLFA 4KB0A 4KHUA 3ZSZA 3L2VA 1NK0A 1S1XA 1FKOA 3T1AA 2NUBA 3S3OA 3NGIA 2DFFA 4CHPA 4CIFA 3SV3A 4R5PA 4FLWA 1RBRA 3S9HA 1RT4A 4NCAA 4JRPA 2R7YA 2Z1GA 4M45A 1W0HA 1RDAA 1WSJA 3KLIA 3QIPA 1BQNA 2IAJA 5KGWA 4CEAA 3V1QA 3OS1A 4XIUA 3KK2A 4CK2A 1D8YA 2ZE2A 4O55A 5FROA 4AHCA 4N41A 2IGIA 2VG5A 1YTAA 4OPJA 4Y1DA 4CF9A 3NE6A 4E7HA 3HJFA 2E6MA 4HHTA 4I9LA 2Z1HA 2OZMA 3I8DA 5DK5A 1HJRA 1X9SA 3K5OA 3V9XA 3NHGA 2DTUA 4FJ5A 1C6VA 4DTNA 4CGFA 3KJVA 3MEGA 3V1RA 1JL2A 3OYLA 3V1OA 1RBSA 2AJQA 1RTHA 4CFCA 3SCXA 2HHQA 1QS4A 5HRRA 1BCMA 1QE1A 3ZT4A 3ALYA 3V9WA 2Y1JA 4IG3A 3TAQA 1SKRA 4ID5A 2OYQA 4FZYA 3OYDA 4NCGA 3IAYA 2XHBA 4B9NA 4I9QA 4LH5A 4C8MA 4DSEA 4HCBA 1EKEA 4M3YA 4FJMA 3L2WA 4KHWA 4CGHA 2XY5A 2VWKA 4DQQA 4FJ8A 3DRPA 1K6YA 3ULDA 2GV9A 3VQ8A 3CFOA 3HP6A 4DFMA 4UQGA 3HVRA 1JXBA 4DTPA 4FK4A 4CJKA 4OKEA 3NF7A 4N76A 5E41A 3OYCA 3L2QA 3LPTA 1SKWA 3QEIA 4J2AA 1NJWA 4CIGA 2IS3A 3WNHA 1CXQA 4YNQA 3HK2A 4YFUA 5KTQA 4F3OA 2G8FA 3DLKA 4B9UA 2KZMA 4CEFA 1SL1A 1A5XA 1SL0A 3KLEA 1TAUA 2KTQA 1C1BA 4AHTA 2FBYA 2X78A 3CG7A 3L3VA 1KLNA 1QHTA 2F8SA 4DG1A 1XHZA 2FBTA 3ZT3A 3M8SA 2G8WA 1TL3A 1S6PA 3C94A 4CJRA 3TWHA 3L2RA 4CGIA 1RCHA 2RKIA 4LD0A 3VN5A 3QERA 3ZSWA 1RT3A 3THVA 3MEEA 2YNIA 4FVMA 3VQAA 4Z4IA 2EX3A 3PUFA 1EP4A 1U49A 4L8RB 4BDZA 3OS0A 1HRHA 3NBPA 2G8KA 1UOCA 3OYGA 3RR7A 1KTQA 1B9DA 2FC0A 3NF8A 4B9VA 4BE1A 1TAQA 1C1AA 1IKYA 1NK6A 1D9DA 1L3TA 4J2BA 3QEVA 3VQCA 3K58A 1TKDA 1FK9A 3RTVA 4ELVA 4OKJA 3SJJA 3L8BA 4F3TA 3NFAA 4M3UA 3DRSA 2OPRA 2FBVA 4B9SA 1ZBFA 2DFEA 1VSEA 3AO5A 3KTQA 1Q8IA 2F96A 3RMBA 4KHYA 1RT7A 1Y97A 4JS5A 4FJKA 5SWMA 1D9FA 4FXDA 1BIZA 4QAGA 4FLUA 2YHBA 3E01A 3PX4A 1U48A 4ICLA 3AO4A 2ATQA 3OJUA 5J2MA 2O4IA 1NJZA 3SYZA 1LWCA 3O4QA 1BISA 3ITHA 4E0DA 3KD5E 1NKCA 4GMJB 3WNEA 1U4BA 4N47A 1FXXA 4MQ3A 4CIEA 4KI6A 1REVA 3KLHA 4F2SA 3VQ7A 4KV8A 3OYFA 1GOAA 1DTTA 2RF2A 3G10A 4DU3A 3ZSVA 3ISNC 4CK1A 2X6SA 2KQ2A 1A5VA 1UWBA 3MXJA 3QIOA 2X74A 4CEEA 4CEQA 4W5QA 3SV4A 5J2PA 1YTUA 2YNFA 4GVMA 2YNGA 4CF1A 4CJPA 4QOZB 1IKWA 1EX4A 1LV5A 2QKBA 2XY8A 2P5GA 4FJ9A 3LALA 3TI0A 1CXUA 1WSGA 4DTUA 1S6QA 1SV5A 1B92A 1I39A 1RBTA 1JL1A 1WNSA 1WAJA 1I3AA 2E6LA 4BACA 2HMIA 2HHTA 3TAMA 1Z25A 4FM0A 2GUIA 4HUGA 3O3FA 4OGEA 1C0UA 3HVTA 1GOBA 1JKHA 2LSNA 4IG0A 4MFBA 4DQRA 3ZCMA 1C0MA 3HPGA 3S3MA 4FM1A 1HMVA 2BE2A 1KLMA 3K5LA 4K8XA 3LZJA 4B8AB 5KRSA 3SQ1A 4FJJA 3VQ9A 1O1WA 4CHZA 4DQSA 3T19A 1GOCA 4DFKA 3IS9A 4CEBA 4EZ6A 3EYZA 1KVCA 1NKEA 3VQ6A 4CJTA 4DS4A 2XO7A 3T3FA 4LH4A 5KRTA 3V4IA 3AVBA 4ZHRA 3SQ4A 1RDBA 3SNNA 1IO2A 3PO5A 4C8OA 4FK2A 4Q0BA 1VSDA 4AH9A 1JLEA 2OA8A 1QQCA 4OVLA 4W5NA 3LAKA 3ZSRA 1SL2A 1XC9A 3OYIA 1ASVA 1SUQA 1D5AA 1R0AA 3KKSA 4DSKA 4DQPA 5K14A 4PUOA 2BGGA 3LAMA 3RMCA 4I7FA 4CK3A 4M3XA 3QEPA 2HHWA 2B6AA 4NYFA 4DMNA 3LZIA 4E7JA 4GW6A 1X9MA 4M41A 3AVAA 3KKRA 3BGRA 2HVIA 4HVJA 1JLQA 4JLHA 4KFBA 3C6TA 1RBUA 3P83D 2HNDA 4CERA 4CJQA 3NH0A 5CZ1A 4FW1A 4FJLA 1QSLA 1KVBA 3RMAA 3SZ2A 4FZXC 3TANA 4E7IA 3SPZA 1ASWA 4CECA 2FBXA 3H08A 4FLVA 3HP9A 3LPUA 4DLEA 4KHQA 1BHLA 5J2NA 1VSHA 4W5OA 5FRNA 3AVLA 3AVJA 2RN2A 3LP2A 4KI4A 1F21A 4JS4A 5CZ2A 4W5RA 3OYAA 1BGXT 3DLRA 1X9WA 3MXMA 4AHUA 3OY9A 3KK1A 1EETA 5FRMA 4M3WA 4DLGA 1KFSA 3HL8A 4CF8A 3F73A 3U3YA 4RW7A 4OGCA 3OVNA 3NH2A 3I0SA 1KFDA 3SQ0A 4O0IA 3TABA 3L2UA 4J2DA 2BDPA 4KKOA 2QK9A 3RMDA 4E19A 4E1NA 4CJEA 1S5JA 4LSLA 1BL3A 1MU2A 1S9EA 3LP3A 3NCIA 3UIQA 3MECA 1NKBA 4DU4A 2VWJA 2QKKA 4CJ5A 4BWJA 1LAVA 3NDKA 1EXQA 3V81A 2VG7A 2IC3A 3VA3A 1UAXA 3CFRA 1TKZA 3PX6A 4ELUA 1CZ9A 1ZBIA 4FCYA 2HHVA 4OPKA 4W5TA 1DLOA 1JLCA 5HROA 1G15A 3AA4A 3DRRA 3HO1A 4O4GA 1HNVA 5D3GA 1ZBLA 1T8EA 4RW9A 4CJWA 4DWIA 3QLHA 4B08A 3SUOA 1WSFA 3K5MA 3OYMA 3NGYA 3CQ8A 4F8RA 1S1VA 4FK0A 4I2QA 1RT5A 3AVIA 1WLJA 2IOCA 1BI4B 4O0JA 4CHOA 3DLGA 1NK9A 3BDPA 2ETJA 1C0TA 4PY5A 2Z1JA 4DU1A 1HPZA 4DSFA 4DTJA 1J9AA 2HNYA 4N56A 1Z26A 2Q3SA 1ASUA 4M3ZA 4FJGA 1UA0A 1L3VA 2HHUA 5KI6A 3OYNA 2KW4A 3DMJA 4PA1A 3VQ4A 1HYVA 4FM2A 1VSIA 3AO2A 5HBMA 3P5JA 5C24A 4CJSA 4FLTA 1NK5A 1RTDA 4FZZA 3HM9A 4IDKA 3U6FA 3M8PA 4FJNA 3EZ5A 3ZT2A 4TSXA 4Y1CA 4CHNA 1VSKA 3TAFA 4DSLA 1WSHA 1LWFA 2HW3A 4OLAA 4FLYA 1RBVA 3VQPA 1TV6A 1U04A 1IKXA 2G8IA 4E7LA 2YKNA 4RW4A 2P1JA 1HYSA 4JRQA 4H4OA 3VQQA 4DTXA 4E1MA 1J54A 2Z1IA 4B9MA 4OKKA 3DLHA 4KRFA 1ITGA 4KTQA 1C1CA 2KFZA 1IH7A 3D0PA 3LWMA 3AA5X 3HXMA 2JLEA 4IBNA 4I2PA 3KLGA 3V6DA 4KPYA 3L3UA 4G1QA 3AV9A 1BCOA 2BANA 3SQ2A 4DTRA 4IFYA 3G0ZA 2GBZA 1NJYA 1CLQA 4M3TA 1S1TA 1TKXA 1RTJA 4FLZA 3SI6A 4OLBA 1NK4A 1S9GA 4K8ZA 3IRXA 3DLEA 1KVAA 5CY4A 4WE1A 3AA2A 3RWUA 3VQBA 1NOYA 4QCLA 2D0CA 2WOMA 2YNHA 1RT1A 3U3GA 4DQIA 2A1RA 1B9FA 4Z4FA 3OYEA 3I0RA 3VQEA 5CYQA 1Q9YA 3AVGA 4Z4EA 4NCBA 1LWEA 4CJ4A 1Q9XA 3IG1A 1KRPA 4FYDA 4Z0UA 3ZSQA 2KZZA 1A5WA 4CEOA 4CFBA 3AVNA 3FFIA 1LW2A 3HSTB 1WAFA 3CYMA 4FW2A 5JS2A 1TL1A 4DF8A 4CF2A 1BIUA 4F4KA 3K2PA 4HCCA 3AVCA 3K59A 1L5UA 1TKTA 1RT6A 3AA3A 3MEDA 1U47A 4CFDA 4ID1A 4FJ7A 4KO0A 1J5OA 2QXFA 3JYTA 1VRTA 3NH1A 1UA1A 1N6QA 4B8CA 2I5JA 3QNOA 4CJLA 4ELTA 3WNFA 3OYKA 3C95A 4LSNA 1VK0A 1RNHA 2E4LA 3LANA 4KTZA 5C25A 3CFPA 1T05A 1LAWA 4B9TA 4EZ9A 1JXEA 2EHGA 1T03A 1N5YA 4CEZA 4B9LA 1WSIA 4ZTJA 1ZBHA 2Y1IA 1IKVA 1QSYA 4Z4GA 3WNGA 3QETA 1LW0A 2ITGA 3VQDA 3S3NA 4CJFA 3NGZA 5I42A 4J2EA 3F9KA 1L3SA 3AVHA 1RTIA 1JLAA 4AILC 5JS1A 3K57A 1HYZA 1XWLA 4AHVA 4E89A 4FLXA 2YV0X 2YHAA 4BDYA 4IKFA 4HUFA 4CF0A 3ZT0A 1NK8A 2X6NA 3ZSXA 4Q5VA 2XY6A 4RW6A 2OPQA 4CJ3A 2DFHA 5HRSA 2ZQBA 1BI4A 4EP5A 2WONA 5SZTA 3CM6A 4M3RA 5C42A 2F8TA 3K5NA 1RILA 2OPPA 4CJVA 4DTOA 1ZYQA 2P51A 2VG6A 4Z4CA 3SUNA 1TK5A 3OYHA 1QSSA 3TAGA 2HHXA 1VSFA 3HPHA 4CGJA 3V9UA 4DFJA 3HT3A 1DTQA 1SKSA 2D0BA 1JLFA 1KCFA 4O44A 1L3UA 4CE9A 2D5RA 3QESA 1TK0A 3JSMA 4Z4HA 4C8LA 3AVKA 3AVMA 4CESA 2O4GA 5HLFA 3ZSYA 4M42A 2ZD1A 3ASMA 3O4NA 5HP1A 1BQMA 4KTWA 4AHSA 1W9HA 3C6UA 3NF9A 5KGXA 2A1SA 3EY1A 2PY5A 3PX0A 3LP0A 3ZSOA 4B3OA 4H8KA 3CM5A 2G8VA 3KIOA 3OJSA 2D0AA 4CJUA 4F2RA 3DM2A 4HUEA 3PV8A 3NF6A 2XRIA 4ZTFA 1U45A 1VSLA 1YVUA 4BWMA 3QEXA 4KAZA 2KFNA 5J2QA 3B6OA 4FJHA 3A2FA 4LY7A 5CYMA 3VA0A 4DFPA 4DSIA 3M8RA 2PYLA 1QTMA 1ZBUA 3DOKA 3KK3A 3NAEA 1T7PA 2HHSA 1HNIA 1VSMA 3TR8A 1RT2A 5HRPA 5I3UA 1KSPA 2JGUA 3PO4A 2PZSA 1JLBA 2B5JA 4AHRA 3AO1A 4EP4A 3DYAA 4BE0A 3QNNA 5FDLA 1TK8A 3V9SA 4IFVA 1XHXA 4CGDA 2W42A 1YT3A 4DF4A 2XY7A 4DSJA 3AO3A 3QO9A 4FJXA 4NYNA 4H4MA 3HYFA 3SUPA 1NK7A 2PYJA 4BDPA 1J53A 4E3SA 4CHQA 2G8UA 2HB5A 4DTMA 1WN7A 3AVFA 1X1PA 3QINA 5EU7A 3SPYA 3PY8A 3MXIA 2P5OA 3RR8A 1TVRA 5J1EA 2IDOA 3LWLA 2HNZA 1CZBA 2RPIA 5DMRA 4CFAA 4N5SA 3OYJA 3HPOA 1VRUA 3TARA 4KHSA 1TGOA 2B4JA 4C8NA 2OZSA 4FJIA 3DOLA 2G8HA 2DY4A 4BE2A 1RDDA 3D45A 1VSJA 3DI6A 3OS2A 1XI1A 1JLGA 3KD1E 4CEDA 3OYBA 3VQ5A 1S1UA 4CGGA 4HTUA 2YKMA 3V9ZA 3RRHA 1NOZA 4KREA 3MAQA 4KB1A 1RDCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLBA 3LP1A 2V52B 3ZT1A 1KAYA 1S1WA 3THXA 4DS5A 5IWAK 5AZIB 3FZLA 4DR1K 1NJXA 3RRGA 5T7BA 2QWRA 4H5WA 4A62A 3O3HA 3QEWA 1HQEA 3TSUA 4WYBA 4H5NA 3T1AA 5BRHA 3NGIA 2DFFA 4ISGA 4CIFA 3CCSN 3SV3A 4ILHA 1N34K 4NCAA 3TU5A 2IIRA 4XIUA 4A57A 4N41A 4O55A 3SBTA 2VG5A 4OPJA 3WXKA 4I9LA 2OZMA 1X9SA 3CQYA 4FJ5A 5F1XA 4DTNA 5AQXA 3A5OC 3V1RA 2AJQA 3CCVN 1RTHA 2HHQA 1QS4A 1BCMA 5JMVA 1SKRA 4FZYA 3HOTA 3OYDA 2KKZA 4B1XB 4LH5A 3L2WA 1IG8A 4MDBA 4DQQA 3DRPA 3ZETA 1K6YA 2GUPA 3ULDA 3CFOA 3HP6A 5EVZA 4UQGA 3JS6A 5M1KA 2FF3B 4DTPA 4R79A 4BC3A 3EE9A 4IXCA 4CJKA 3QFPA 3H1QA 2QWPA 4BVOA 1M90O 4DUZK 1CXQA 3T69A 4B9UA 2KZMA 2KTQA 1C1BA 2FBYA 2X78A 3L3VA 1QHTA 2NRHA 3M8SA 2QTDA 1TL3A 2E88A 5AQJA 1RFQA 4YOVA 2IVOA 5AQRA 4XH5A 1RCHA 2RKIA 3OTOK 1VQKN 3ATVA 3QFUA 5AFUH 4GNIA 3R3LA 3DJCA 2YNIA 4FVMA 1W7AA 2O8DB 1U49A 4L8RB 3DWLA 4JK8A 1KTQA 4FSVA 1TAQA 1NK6A 3CPWM 2NRRA 1L3TA 2UXBK 4BRPA 4X62K 3DXMA 2ASPA 2OPRA 1WB9A 4JV5K 4PKHA 1BIZA 1U48A 5BREA 4ICLA 3AO4A 5J2MA 1QQMA 2O4IA 3O4QA 3ULEB 4WQ4C 3N4QA 4MQ3A 4CIEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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