3VQ5A

Hiv-1 in core domain in complex with n-methyl-1-(4-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-5-yl)methanamine
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 133
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq5A00
2BDPA 4N41A 3JSMA 2VG7A 1SV5A 1Q9YA 1KRPA 1U4BA 4Z4IA 4I2PA 2GV9A 1RDDA 1I3AA 5J2MA 1QSYA 5CYQA 3BDPA 4DQIA 3ZT2A 2Q3SA 1SL2A 1TKXA 2ZD1A 3IRXA 1QSLA 3RWUA 1LV5A 1U47A 4FJNA 4CJLA 3L2WA 2P5OA 2D5RA 3VQ5A 2B5JA 4DLGA 1WSEA 3OY9A 3PO5A 1UWBA 4FLTA 4Z4HA 1W0HA 3NF6A 3V9SA 3RMAA 4O0JA 3LZIA 2KFNA 4N5SA 1KSPA 3CYMA 4RW7A 4CJKA 3NGZA 3VQPA 3KD1E 1WN7A 5HRSA 4DFKA 3OYKA 3TABA 2FBYA 2KQ2A 3HSTB 4CHPA 1SKWA 4KFBA 1CXQA 2XY8A 1RBUA 3K5OA 3TAQA 2OA8A 2Y1JA 3DRRA 3DI6A 1X1PA 4LD0A 1JXEA 4CJVA 2G8FA 3T1AA 1HJRA 2X6NA 4CF0A 3CFOA 3QNOA 1TAQA 4DG1A 1VSMA 1ITGA 1QSSA 3HXMA 2E4LA 4M3XA 4W5NA 4KHQA 2HB5A 1IKWA 4KKOA 1N6QA 4CGIA 4AHVA 1KVAA 3AO4A 1L5UA 4F4KA 4EP5A 4DSIA 3QEXA 2WOMA 4E7LA 4Z4GA 3HPGA 4CF9A 3HP6A 3QESA 3QNNA 4G1QA 4DSLA 2KFZA 3KJVA 2DY4A 1C1BA 4GMJB 2XRIA 3VQ8A 3OS0A 3V9WA 3BGRA 1TV6A 2XHBA 3JYTA 4DFPA 3OYAA 2HMIA 1U04A 3S3OA 1NJZA 1S6PA 3O3GA 4FJKA 3LANA 3LPUA 4B9VA 4M42A 4UQGA 4FLXA 4E19A 3P1GA 3LP0A 1TGOA 1N5YA 5C42A 1NJYA 3LP1A 3MXIA 4W5OA 4F8RA 1RT1A 1WSIA 2HHXA 1WAFA 3MXJA 3DLKA 4LH4A 3QERA 2XY5A 1NK8A 1U48A 4ID1A 2O4GA 1DTQA 4CEOA 4MQ3A 4J2BA 1JXBA 1HYVA 2DFHA 3KLEA 4XIUA 4DTNA 3TWHA 2G8WA 4EZ6A 4KI6A 3WNHA 4BWJA 4CJTA 1NJXA 4J2DA 4IFYA 4CFCA 3SUNA 1BI4B 4CGFA 4KHUA 4OGEA 2FBVA 3K59A 1KVBA 1Z26A 3V81A 1NOZA 1C1AA 3ASMA 5FROA 2DFEA 5SWMA 1W9HA 1J9AA 1T7PA 3OYGA 5HBMA 4B9SA 4DSJA 1QHTA 2GBZA 1QQCA 3ZSOA 1X9WA 4TSXA 3C95A 2P51A 3AVKA 3QO9A 1EKEA 1CXUA 4IDKA 4CHOA 1L3TA 2YNFA 3OYFA 4DTPA 2YHAA 2G8VA 4AHTA 4PY5A 1KLMA 2WONA 2QK9A 3DLGA 4KREA 1B92A 3HK2A 3QETA 3TAGA 1RBSA 4FW1A 3TAMA 4CF2A 1RNHA 1S1XA 4I7FA 1HYZA 3OYBA 4O4GA 3NGYA 4N47A 3V9ZA 3F9KA 2HVIA 2HVHA 3LP3A 4E7HA 4F3TA 2F96A 5I42A 3ZSZA 2IAJA 3IG1A 4BDYA 4DTJA 4FJ9A 3DRSA 4CGGA 4YNQA 4DWIA 1VK0A 2OPRA 4OLAA 3CQ8A 1L3VA 1ZBUA 3IS9A 4HTUA 4I9LA 4KTZA 2W42A 4ZTJA 1HYSA 3AVMA 1TAUA 4AILC 1REVA 1HQUA 3L2RA 2Z1GA 2A1RA 1L3UA 2RF2A 1B9FA 4DU1A 4J2EA 1O1WA 3TR8A 1QTMA 4J2AA 4OVLA 3ZT0A 3OS1A 1RT5A 4CHZA 5T7BA 3DLBA 1KCFA 2E6MA 1X9SA 4CJ5A 2OZSA 4O5BA 3DOKA 4PWDA 4DMNA 4E7KA 1T8EA 1KFSA 4HUEA 3S3NA 1FK9A 1JLAA 4RW4A 1VSEA 4E1NA 4CEDA 3QIOA 3L2QA 1XWLA 4AHRA 4CFDA 3OYNA 3K5MA 3SUOA 3TAPA 1RBRA 3O4NA 4IBNA 3T19A 4BE1A 4B9MA 3KK1A 4DS4A 5KI6A 4CCHA 3QEIA 1RCHA 2YKNA 1VSJA 4FJHA 1JL2A 2PZSA 3KD5E 3M8QA 1UA0A 3AVNA 4F2SA 1DLOA 1XHZA 4B8CA 3E01A 3VQQA 4KB1A 4M3WA 1KFDA 1WNSA 4OKJA 1C6VA 1RT4A 1NKBA 4B3OA 2ATQA 4B9NA 1BI4A 3OYIA 3EY1A 3TAEA 3ZSYA 1YT3A 4JRQA 4QAGA 2D0BA 3NH0A 2QKKA 2YNHA 4Y1CA 1SKRA 3SV4A 1TKDA 1IKXA 4E7IA 1X9MA 3CFPA 3ITHA 4I2QA 5HRNA 3MXMA 3VQ7A 1A5XA 4FLVA 1GOBA 3DLHA 4CHNA 1S1UA 4CEEA 4Z4CA 1VSKA 3DM2A 4CGHA 4B9LA 2D0AA 1TL3A 1JLBA 2KW4A 5HROA 3VN5A 5HLFA 5J2QA 4FJ8A 1YTUA 3LAMA 4KRFA 3DLEA 1LW2A 4E89A 1BQMA 3NE6A 3KKRA 3AVCA 5FRMA 3LAKA 2Z1IA 4C8KA 3OJUA 4FJ7A 4DFJA 1SL0A 4E0DA 4B08A 4W5RA 4PUOA 4OGCA 2IS3A 3NF7A 5DK5A 3SV3A 4HCBA 1FKOA 3F73A 1UA1A 1TK5A 4CGJA 3AA2A 4OPKA 1SUQA 4O0IA 3NH1A 3AA5X 2I5JA 1RT3A 3AV9A 4BE2A 1NK9A 4KB0A 1D9FA 1BCMA 5J1EA 4Q5VA 4W5QA 1BIZA 4CK2A 1TK0A 3VQCA 3IAYA 4FM0A 4CESA 1TKTA 3C6UA 4CEFA 3V1QA 2RN2A 2VG5A 1BCOA 1RT6A 1NKEA 2OYQA 1JLGA 3HPOA 4HUGA 4K8XA 4NCBA 4YFUA 3V9XA 1RBTA 3TAFA 1Y97A 2YKMA 1A5WA 4L8RB 4OPJA 1R0AA 4M3UA 3LALA 4FK2A 1BIUA 3EZ5A 3KLIA 1B9DA 4M3RA 3DRPA 3ZSWA 2OPSA 3K5LA 3ZT4A 1J5OA 3PO4A 1TL1A 4M3YA 1RT2A 4DF8A 1LWFA 4NYFA 4FZXC 1U45A 4QOZB 1BISA 5SZTA 4FLYA 4CJPA 3MEEA 4Y1DA 3I0SA 4M41A 3L8BA 3L3UA 3CFRA 4LY7A 1TKZA 5C25A 4JRPA 3VA0A 3V4IA 4DQRA 3B6OA 1HMVA 2Y1IA 3VQBA 5KRSA 1TK8A 2HHSA 1SKSA 2HNDA 2X78A 2R7YA 3SUQA 2F8SA 1J54A 1S1WA 2HHUA 3AO5A 3NHGA 1JLQA 2E6LA 4KHSA 1XI1A 3AVFA 4F3OA 3ISNC 3RMDA 3RMBA 2QKBA 4K8ZA 4PQUA 4E3SA 2G8HA 2RKIA 4O44A 1RILA 1G15A 4O55A 4B9TA 1CLQA 2HHQA 4ELTA 3HJFA 4KAZA 4NCGA 4HVJA 1I39A 2FBXA 3M8PA 2OPQA 1J53A 3AVBA 4H8KA 3M8RA 3LDSA 1MU2A 2EHGA 4DU3A 3NAEA 3RR8A 1DTTA 4CJFA 4M45A 4ICLA 3SZ2A 1EX4A 1NOYA 1EETA 2OZMA 2O4IA 3QEVA 1S9GA 1D5AA 2LSNA 3AO2A 3LP2A 2XY7A 4CHQA 4ZHRA 4FCYA 3OYLA 1JKHA 1SL1A 3I8DA 2YV0X 4F2RA 1EXQA 3M8SA 3ULDA 4GW6A 3OYHA 4CJSA 3VQEA 1Q8IA 3AA4A 5D3GA 3MEGA 4CIFA 3AVIA 4DTUA 5HRPA 2IGIA 4CJRA 4FJGA 3KLGA 2X74A 3LWMA 3PX4A 3TANA 3OJSA 1VSFA 4CGDA 4GVMA 3G10A 2HHWA 2P1JA 3WNEA 3CM5A 1A5VA 3T3FA 1YVUA 3S3MA 2ETJA 3QLHA 1NK5A 3NCIA 5E41A 4H4MA 1WAJA 2G8KA 2G8IA 3L3VA 1D9DA 3HM9A 3V9UA 4KTQA 4CFAA 4QCLA 3HPHA 3KK2A 1VSHA 1JL1A 1RTJA 3KKSA 5J2NA 4FLUA 3S9HA 1ASWA 2IDOA 1WSJA 3ZSQA 1ZBIA 2IC3A 3EYZA 4FJMA 3P83D 2HW3A 1FXXA 2HHVA 3ZSRA 1VSLA 4I9QA 4KHWA 4FXDA 3OVNA 2IOCA 4DTRA 4IG0A 1Q9XA 5C24A 4JLHA 4B8AB 3QEPA 3SUPA 1F21A 1VSIA 3HL8A 4BACA 4DSFA 2AJQA 3SPYA 2JGUA 2DTUA 3AVJA 2NUBA 3VQ6A 1Z25A 3WNGA 4HHTA 4DF4A 3U3YA 1NK7A 1NK4A 5K14A 4BWMA 1IG9A 4CJWA 1LAVA 4LSLA 3LPTA 1JLEA 3V1RA 3K58A 4M3TA 3PV8A 4CK1A 3DOLA 5CZ2A 1UAXA 4HCCA 1IKYA 3K57A 4AHUA 1NKCA 1VSDA 1RTIA 1K6YA 3LWLA 1ZYQA 3NGIA 1NJWA 4DFMA 2ITGA 1T05A 4FJ5A 3K2PA 4LSNA 3O3FA 4FVMA 2Z1JA 1NK6A 3VQAA 2B4JA 5CZ1A 3QINA 3B6PA 4KHYA 3RRGA 3CG7A 4E1MA 3C6TA 4KHNA 4CJQA 3G0ZA 3SQ1A 3TARA 4IKFA 1RDAA 3AVGA 4OKEA 5KGWA 2HNYA 3SI6A 3SJJA 4AHSA 3TI0A 2VWKA 1IO2A 4RW6A 4CIEA 1TVRA 1D8YA 3U3GA 2DFFA 3KK3A 3HVTA 1JLCA 4CEZA 3I0RA 3KTQA 4C8LA 4DSKA 1XC9A 3HYFA 4CEQA 5JS2A 4WE1A 5I3UA 4C8NA 4DTOA 2FC0A 3V6DA 2BANA 3QIPA 5HRRA 4CJUA 4CIGA 1S5JA 3AVLA 3NF9A 5FRNA 4FK4A 4DS5A 1BGXT 4ID5A 4DSEA 1BHLA 1C0UA 1RDBA 2KZMA 4OKKA 4CECA 4H4OA 1JLFA 4FLZA 4BDZA 4FK0A 1UOCA 4KO0A 3CM6A 4NCAA 3MECA 4FLWA 3DYAA 1ZBLA 1IH7A 4KPYA 1FKPA 4RW9A 5DMRA 1U49A 4JS4A 1KVCA 1RBVA 5KTQA 1BQNA 4E7JA 4ELVA 2BE2A 4CERA 2YNGA 3VQDA 5J2PA 5EU7A 3O3HA 2RPIA 4CF8A 1BL3A 3KIOA 4AHCA 2XO7A 4CE9A 3H08A 4CJ4A 5JS1A 4ELUA 3ZSXA 3ALYA 3SQ0A 4FJJA 2YHBA 3DMJA 2JLEA 1CZ9A 3DLRA 4CK3A 1CZBA 4PA1A 1HRHA 3HT3A 4FJLA 4FW2A 3FFIA 1L3SA 3NDKA 1HQEA 1LAWA 1QE1A 2ZQBA 1WSHA 3HO1A 5KRTA 3SQ4A 3RMCA 3OYCA 3D0PA 2A1SA 1QS4A 2G8UA 4MFBA 3ZCMA 2D0CA 2EX3A 3L2UA 3V1OA 4FZZA 2GUIA 2VWJA 1RTHA 4ZTFA 1S6QA 1ZBHA 3OYDA 1ASUA 3KLFA 1HNIA 3MAQA 3AA3A 4C8MA 1T03A 2X6SA 3C94A 4Z0UA 3SQ2A 1WSGA 1ZBFA 3SCXA 4KI4A 1VRUA 3AO1A 2XY6A 3MEDA 4W5TA 4M3ZA 4OLBA 4Q0BA 2F8TA 4JS5A 1RTDA 5CY4A 1HPZA 3SPZA 4DLEA 3RTVA 1S9EA 3OYJA 4Z4EA 3ZSVA 4EP4A 1HNVA 4IG3A 3NF8A 4OJRA 1GOCA 4EZ9A 4CJ3A 4BE0A 3ZT1A 4DTSA 3QEWA 3OYEA 1NK0A 5CYMA 2HHTA 2KZZA 3LZJA 3D45A 3VQ9A 2PY5A 1S1TA 4CFBA 1GOAA 3NH2A 3KLHA 4DTMA 3THVA 3RRHA 3AVHA 1KTQA 4DU4A 1IKVA 1C0MA 2P5GA 3AO3A 2VG6A 1C1CA 2B6AA 4RG8A 2PYLA 4C8OA 1C0TA 4RW8A 1LW0A 1VRTA 1EP4A 4DQPA 4B9UA 1XHXA 3L2VA 4LH5A 3VA3A 3UIQA 1ASVA 3PUFA 4KTWA 1LWCA 1YTAA 5HP1A 4AH9A 3SNNA 3PX0A 4BDPA 4DQQA 1RDCA 4CEAA 5KGXA 4CJEA 1WLJA 1WSFA 3K5NA 4FM2A 2BGGA 2YNIA 5FDLA 4DQSA 3P5JA 3SYZA 4FJIA 3WNFA 4N56A 2KTQA 3HP9A 4HUFA 2HNZA 2ZE2A 4CEBA 2FBTA 3PX6A 1LWEA 3ZT3A 2PYJA 4FYDA 4NYNA 4FJXA 1S1VA 2OPPA 3AVAA 3NBPA 3NFAA 3HVRA 4CF1A 4KV8A 1KLNA 4IFVA 3U6FA 1RT7A 3PY8A 4CHYA 4DTXA 2QXFA 3A2FA 4N76A 3OYMA 4Z4FA 4FZYA 4FM1A 3RR7A 3VQ4A 2Z1HA 4R5PA 3O4QA 3OS2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWNA 3DXMA 4Z4IA 1RDDA 1QSYA 3BDPA 3FLCO 4FWKA 2Q3SA 4JK8A 4JN4A 1U47A 2VQFK 4CJLA 4FJNA 2NRTA 3O1WA 1Q18A 2D5RA 3VQ5A 2B5JA 4DLGA 5AQFA 4A5BA 1J6ZA 4BC4A 5KPRA 3NGZA 3A5NC 3SAGA 1WN7A 1GLAG 4BQLA 4DFKA 3TABA 1XMQK 1BA0A 3WXIA 4KFBA 3TAQA 5GADP 3K5OA 3QFPA 2A42A 2CGJA 3ENHA 3T1AA 2X6NA 3C0BA 4CF0A 3HXMA 4X65K 1P90A 2HB5A 4KKOA 3O6WA 3CCJN 1KVAA 4EP5A 3QEXA 3QESA 2QWLA 3WXMB 2KFZA 4GMJB 2VQEK 3V9WA 4H5TA 5FLXO 1N32K 1NJZA 1ILYA 1U2VB 4B9VA 4FLXA 4E19A 2FSJA 3LP0A 1TGOA 4F8RA 4A5AA 5E26A 2XY5A 1VQ6N 4NB4A 2O4GA 2Q1NA 5B8HA 1QHAA 4DTNA 4KI6A 4GY2B 4CJTA 2VGNA 4KHUA 3CIPA 5TKWA 4KBOA 3K59A 4B1VA 5FROA 2YHYA 2YHXA 1VQKN 3C95A 2P51A 4CHOA 4PY5A 3QMLA 3QETA 4DR3K 1N8RO 1YIJN 1BO5O 4O8UA 3K0SA 1GLJO 3V9ZA 3VEOA 5AQMA 4RTFD 2F96A 2IAJA 5GAEP 4DTJA 4FJ9A 4M63C 4FO0A 3IS9A 3AVMA 1TAUA 5AFUH 1L3UA 4IEIA 1O1WA 4YOYA 3ZT0A 5T7BA 4CHZA 4DV4K 1U2VA 1NGJA 1KFSA 1X3NA 3QIOA 3OYNA 3H6EA 4XH1A 3O4NA 4DS4A 1RCHA 1VSJA 4IZ9A 1W97L 1XHZA 2GX9A 3MCPA 1C6VA 4B3OA 4YDUC 2ZJRL 3OYIA 2O8CB 4OX9K 3NH0A 4BG9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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