3VQ6 | Genus

Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	152
structure length	145
Chain Sequence	SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__667620233318925__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__667620233318925__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3VQ6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__667620233318925__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"667620233318925","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3VQ6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__667620233318925__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification? pubmed doi rcsb
molecule keywords	POL polyprotein
total genus	52
structure length	145
sequence length	152
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-03-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3vq6A00

2ZE2A 4CE9A 4CJSA 2XY7A 1NOYA 3NDKA 1YT3A 4FJJA 1HYVA 3NH1A 1X9SA 1A5XA 1QS4A 4CIGA 3SJJA 3KD1E 4CK3A 4DS5A 1N5YA 2G8VA 2JLEA 3F73A 2VWJA 3LP3A 4CF9A 3ZSRA 3KD5E 4DSKA 3AA2A 3PX0A 3TAPA 1KRPA 1ZYQA 4RW8A 3ZSQA 3S3MA 4BACA 3C94A 3V9XA 4DSFA 1S5JA 4J2DA 4FJKA 3PO4A 2X78A 2F8TA 4PQUA 4OLAA 2E4LA 1KFDA 1BISA 3NE6A 3LWLA 4CJWA 1JLAA 1LWCA 2P51A 3OYGA 1RCHA 1Z25A 4OJRA 4CEDA 3RTVA 2HHVA 4KTWA 3IRXA 1HQEA 4CFCA 1BQMA 4YFUA 3KLFA 1ZBLA 4UQGA 1JLQA 4KPYA 4JS5A 4PWDA 2Y1IA 3ASMA 1GOCA 3CFRA 4KHWA 4LD0A 4CJUA 4CCHA 2D0BA 2YHAA 1BHLA 2IC3A 3IG1A 1JKHA 1U04A 3WNFA 1KLNA 3NGIA 3VQ7A 3DRSA 3M8PA 3TAGA 4FVMA 1C0MA 4HUFA 1UOCA 3M8RA 3QERA 1U45A 4C8MA 1B9DA 1W9HA 2DFHA 3NF7A 2G8HA 1RT7A 5EU7A 1IH7A 3RWUA 1TKXA 4W5NA 4ZTJA 3D0PA 1KFSA 1X9MA 1RTIA 4DTRA 3NGZA 4NCBA 1FXXA 4H4MA 4I9LA 3K58A 3I0SA 4FLVA 4M3WA 4DG1A 2Q3SA 4CJ4A 1JXBA 3OYMA 4B9SA 3HVTA 4FLXA 4BWJA 1QSLA 3V6DA 4FJMA 3VQEA 2HHXA 1I3AA 4DTMA 1RDAA 4IG0A 4O0IA 4JS4A 1VSHA 1WLJA 4E7HA 4HHTA 3RMDA 1Y97A 3AO3A 2VG6A 3B6PA 4DQQA 4CF0A 1VSMA 4O0JA 4N5SA 1NK6A 4LH4A 3P5JA 3G10A 3O3HA 4CGHA 4E3SA 2ZD1A 4FCYA 4N76A 3RMBA 4RG8A 3DLRA 1S1TA 3NF6A 4B9UA 1LWEA 4DSEA 1NJWA 3V1QA 4CK2A 1L3SA 2OA8A 2VWKA 1ZBUA 4KHUA 2KQ2A 3NBPA 3P1GA 4KFBA 4CEFA 1UAXA 3H08A 4DLEA 5I3UA 3NHGA 1YTUA 2XRIA 1U4BA 2OPSA 4B3OA 1VRUA 4HCBA 3JYTA 3LPTA 4DU4A 1HYZA 4FJ8A 1CZ9A 1J54A 3VQQA 1SL0A 3NH0A 3QLHA 3AO5A 4KI6A 4M3ZA 2PYLA 1I39A 2YNFA 1ASWA 5CZ2A 4Z4HA 2GBZA 4IFYA 2X6SA 4KO0A 4F2RA 3HP9A 1HPZA 4DTUA 3TAEA 2YV0X 3U6FA 4H8KA 4R5PA 3LZIA 1TV6A 4E7LA 4DTJA 3AVBA 1BL3A 2E6MA 1NKEA 1BCMA 1LAVA 1WSJA 3HSTB 3IS9A 3VA0A 2G8KA 2G8UA 2PYJA 2BGGA 3HPGA 3DLKA 4AH9A 4DLGA 2IGIA 1S6PA 3FFIA 3NF8A 3QEIA 1J5OA 4F4KA 4DF4A 1EP4A 1X9WA 1Z26A 4QAGA 4CJVA 5C42A 2YHBA 3TR8A 3VQPA 4OPJA 3HL8A 3RMAA 4DTOA 4CJPA 3VA3A 4CEOA 4CHQA 1O1WA 3L2UA 4HVJA 1RBTA 3TARA 5CYQA 2XHBA 4GVMA 3AVNA 3HYFA 4O5BA 4B9VA 3A2FA 3CQ8A 5HROA 4KHQA 1GOAA 3KJVA 4PY5A 4CJ5A 1HJRA 4W5RA 3PX4A 3ISNC 3CM6A 4Z4FA 3VQCA 3I8DA 1YTAA 4CEBA 4FLWA 4L8RB 5HBMA 3DLBA 2HNYA 1RT3A 3B6OA 1SKWA 4LSLA 4FLZA 3L2QA 4MFBA 3TWHA 2ETJA 4B08A 3KK3A 4CGIA 1TKDA 3L2VA 1ITGA 2OZSA 3VQAA 3OS0A 4NYNA 3AVHA 4FZXC 3VQ4A 3OVNA 2YNGA 4CHZA 5HP1A 1VSKA 3SQ1A 3SQ0A 1K6YA 3AVLA 1WSGA 5HRPA 4FM2A 3PX6A 1D9FA 1ASVA 4Z4CA 1VSFA 3OYKA 1SV5A 3QESA 3AA4A 4BWMA 4Z4GA 5DMRA 3LP2A 1XWLA 3SPZA 3RRGA 4FJ7A 4FK2A 3S3OA 3KKRA 3HPOA 2IOCA 1J9AA 1JLGA 4IDKA 4NCGA 5KRTA 5SWMA 4B9LA 1QQCA 1RBUA 4GMJB 3OYDA 3L3VA 1U49A 2KFZA 3KLHA 4RW4A 3LPUA 4ZHRA 2FBVA 3NAEA 1JLBA 4B8CA 1RT6A 3OYHA 3DRRA 4DFPA 1NJYA 2X74A 1T05A 3MEDA 1VK0A 1C6VA 4HUEA 2XY5A 3HK2A 2YNIA 1FKPA 3OYFA 3PV8A 5KGXA 3T19A 4CGGA 3BDPA 3VQ5A 2KFNA 2Z1JA 5CYMA 1T8EA 3L2WA 1NOZA 2HNDA 4CEEA 4OLBA 1L3UA 1W0HA 1WNSA 4J2EA 1JXEA 4ELVA 4FLTA 1N6QA 3ZT4A 3CFPA 2O4IA 1NK4A 3OJUA 2OPQA 1WSEA 3SUQA 3OYBA 4DSIA 4IFVA 3BGRA 4Q5VA 4C8OA 1HYSA 4KI4A 3OYEA 1WSIA 3NGYA 2Y1JA 1IG9A 4M42A 1L5UA 1X1PA 3KKSA 5K14A 3V9WA 1BGXT 2IAJA 3KIOA 1LW0A 4KHNA 4OKJA 2YKMA 5HRSA 5C24A 3TAFA 3ZT3A 2P5GA 4WE1A 4KRFA 4LSNA 4M3XA 1HRHA 4OGCA 1XHZA 1TAQA 1IO2A 2WONA 3VQ6A 1NK5A 1KSPA 3E01A 3ZSOA 4QOZB 1TK5A 1RT5A 2PZSA 4NYFA 4AHVA 1JL2A 4KKOA 4CF2A 3OYIA 1CXQA 1EETA 4CJLA 4CJFA 3PUFA 3RR8A 3PO5A 1VSIA 1KVCA 4FJXA 2XO7A 4OPKA 4CF8A 1L3TA 3CM5A 3ULDA 4BE0A 1Q9YA 4AILC 4DFMA 3DM2A 1RTJA 3LWMA 3LP1A 4C8NA 2JGUA 4Y1DA 4O55A 3T1AA 3V1RA 3O3FA 3QEVA 4BDPA 2QKKA 2HHSA 2FBTA 4DWIA 1JLCA 1REVA 4B8AB 2FBYA 3LAKA 4AHSA 4GW6A 2HHTA 5I42A 1RT1A 3AA3A 3NFAA 3C6TA 4RW6A 5T7BA 3U3GA 2HVIA 4FZYA 2YNHA 3MEGA 2RN2A 4OKEA 2X6NA 2KTQA 4M3UA 4JRPA 1WSHA 1LW2A 3V1OA 4CESA 4ID5A 1TL3A 1SKRA 5JS1A 4IKFA 3SCXA 3KLGA 1LV5A 3PY8A 4DQPA 4Z4EA 1XC9A 3SUPA 3DOLA 1L3VA 4FZZA 3NCIA 3HO1A 4BDYA 4RW7A 4RW9A 2HB5A 4G1QA 3G0ZA 2BE2A 4W5OA 4E7JA 4ELTA 1HMVA 1BQNA 2D0CA 4M45A 2GV9A 1J53A 1F21A 3ZT2A 4FLYA 4FM1A 4CGJA 1XI1A 4F3TA 3VQBA 3OYLA 1FK9A 2WOMA 4M3YA 4QCLA 1RDBA 3VN5A 2Z1HA 4DFKA 2P5OA 2G8IA 5J2MA 3OYCA 1XHXA 2O4GA 2YKNA 4DFJA 4B9NA 4EZ6A 1BI4A 4CERA 2Z1IA 3EY1A 4FXDA 1S6QA 1VSJA 4FM0A 1NKBA 3RR7A 4HTUA 3L8BA 3RRHA 2DFEA 1C0TA 1DLOA 3ITHA 4DTXA 3V81A 3AVGA 1FKOA 4AHCA 4CF1A 1DTTA 1D9DA 1QHTA 1RDDA 5HLFA 2IS3A 3L3UA 3AVMA 3M8QA 4E1NA 4CEQA 2A1RA 4N41A 3DOKA 1HNVA 4BE2A 2F8SA 5J2NA 4CJQA 3AVAA 4CEZA 4DTPA 3HPHA 1T7PA 4FJHA 1KVBA 4CGDA 1RNHA 3P83D 2DTUA 3LAMA 1ZBIA 4W5TA 2QKBA 2EHGA 5FROA 1NK8A 3DLHA 3SZ2A 2AJQA 1WAFA 4JLHA 4J2BA 4NCAA 4M3TA 3K5MA 2HVHA 1SL2A 3QIPA 4B9TA 4FJIA 2HHQA 3CFOA 4OVLA 3AVIA 3AVKA 3K2PA 3EYZA 1SL1A 1QSSA 3D45A 4FK0A 2R7YA 4Z4IA 5HRNA 4I9QA 1DTQA 3AVFA 4CIEA 1CXUA 1LWFA 1RBSA 3O4QA 3V4IA 2GUIA 1WAJA 1NKCA 3RMCA 4OGEA 3AV9A 1JLEA 1RILA 1BIZA 1KVAA 3ZSYA 4KTQA 1KLMA 1VSEA 1BIUA 5DK5A 1TK0A 4DQRA 3S9HA 4XIUA 4ELUA 4BDZA 1QTMA 3AO4A 4FJNA 3AVCA 4N56A 1T03A 5J2PA 3K57A 4E19A 1B92A 2NUBA 2HHWA 4KAZA 3WNHA 4DTSA 1IKWA 4FW1A 1TK8A 3K59A 4PUOA 1C1AA 3HVRA 3ALYA 3LANA 3ZT0A 4HCCA 1B9FA 2RF2A 4E89A 3OS2A 4HUGA 3SNNA 3S3NA 1BCOA 1LAWA 2B5JA 4EZ9A 2B4JA 3KLEA 1SUQA 4DMNA 4KHYA 4C8LA 3OYAA 1KCFA 2EX3A 2HNZA 3OS1A 1NJXA 2PY5A 3F9KA 1RBVA 2KZMA 1QSYA 2HMIA 3V9ZA 5KRSA 4E0DA 1G15A 5HRRA 2DY4A 3K5OA 3TI0A 2QXFA 3ZSVA 4CHOA 2FC0A 3M8SA 1MU2A 3IAYA 3DLEA 3K5NA 2G8FA 1BI4B 2LSNA 3LALA 1TL1A 2HW3A 5FRNA 4JRQA 4F3OA 1D8YA 2G8WA 3OYJA 1NK9A 4CJEA 4BE1A 4CHNA 2VG7A 2F96A 4CEAA 2ZQBA 3QO9A 4LY7A 4IBNA 2VG5A 3TAMA 4DF8A 4FJ5A 5D3GA 4YNQA 3WNGA 4DS4A 3SQ4A 4CFDA 1VRTA 4DTNA 2W42A 1CZBA 3HXMA 3QNNA 1U47A 1RT4A 3QINA 2BANA 3ZCMA 4KREA 1VSLA 3KLIA 5JS2A 1QE1A 2OYQA 5KI6A 1HNIA 1A5VA 4FK4A 2D0AA 3HJFA 1GOBA 1UA1A 1A5WA 1Q8IA 1S1WA 1S1VA 1WSFA 2OPRA 3AO1A 3DI6A 4CHYA 5FRMA 3CYMA 1RBRA 1TKZA 2D5RA 2BDPA 2OZMA 4CJTA 4DU1A 1ASUA 1EKEA 1S1XA 1U48A 1RT2A 2XY8A 3MXJA 3DYAA 4OKKA 3HP6A 4M3RA 2KZZA 4E1MA 2DFFA 2I5JA 3KK2A 4KV8A 3VQ8A 3O4NA 3UIQA 1SKSA 3C6UA 2KW4A 3QEWA 4W5QA 1RTDA 3O3GA 3AA5X 4F8RA 3C95A 5CY4A 2P1JA 1JL1A 5CZ1A 4LH5A 2XY6A 3WNEA 3ZT1A 3ZSWA 4KHSA 3THVA 3LP0A 4CFAA 3JSMA 1TGOA 4KB0A 4O4GA 4I7FA 4DU3A 1IKVA 2ATQA 4FLUA 4FW2A 3U3YA 4DSLA 4I2PA 3ZSZA 3SPYA 1TAUA 4CJKA 1NJZA 4KTZA 4K8XA 3K5LA 4FYDA 3VQ9A 4M41A 3OYNA 4E7IA 3SV4A 3OY9A 2OPPA 4CGFA 3T3FA 3MEEA 4O44A 3V9UA 3DLGA 4E7KA 4DQIA 4EP4A 3SV3A 3SYZA 3SQ2A 3SUOA 1D5AA 4EP5A 3QNOA 1C1BA 5KTQA 1S9GA 1KTQA 3KK1A 3VQDA 4KB1A 5J2QA 4CHPA 3TABA 4CFBA 3DMJA 1R0AA 1C0UA 4ICLA 3EZ5A 4K8ZA 1NK7A 3MECA 4PA1A 3NH2A 1Q9XA 4J2AA 3I0RA 4ID1A 5C25A 3MAQA 1RTHA 3AO2A 4C8KA 1YVUA 4ZTFA 3HM9A 3SUNA 4IG3A 4Y1CA 3QEXA 4FJ9A 1JLFA 4CK1A 3HT3A 1EX4A 4AHRA 3DRPA 1WN7A 3MXMA 1UA0A 4F2SA 1ZBHA 1UWBA 1TKTA 1EXQA 1TVRA 4I2QA 2QK9A 3LDSA 4MQ3A 3L2RA 1CLQA 3V9SA 4AHUA 4CJRA 5KGWA 3ZSXA 3QETA 2RKIA 3QIOA 3QEPA 3SI6A 3MXIA 2Z1GA 2E6LA 3AVJA 1IKYA 4CECA 3TAQA 2ITGA 5E41A 2FBXA 2A1SA 3OJSA 3TANA 2HHUA 4B9MA 5FDLA 4N47A 4TSXA 4DQSA 4FJLA 3LZJA 1IKXA 3NF9A 4FJGA 3CG7A 2IDOA 1RDCA 5SZTA 1NK0A 3KTQA 4Q0BA 1S9EA 1C1CA 1HQUA 1VSDA 2RPIA 1ZBFA 4H4OA 4Z0UA 1S1UA 2B6AA 4AHTA 4CJ3A 5J1EA 4DSJA 4CIFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3VQ6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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