3VQ7A

Hiv-1 in core domain in complex with 4-(1h-pyrrol-1-yl)aniline
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
145
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 145
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq7A00
3VQDA 1L5UA 3DYAA 2IOCA 3VA3A 3LDSA 3OS1A 1KVAA 1RTJA 2F8SA 2HHWA 4I9LA 4C8OA 1C1BA 1EETA 2PZSA 2DFHA 4AHRA 1SUQA 4W5TA 4JRPA 2E4LA 4CERA 3OYLA 1Z25A 5CYMA 3TAPA 2RF2A 4DLEA 4Z4FA 4FJXA 2WONA 1GOAA 1ASUA 1RTDA 5HRSA 4DTMA 1IKWA 3CFOA 1IG9A 1TGOA 4LD0A 4N76A 1GOBA 1QS4A 4HUGA 1VSHA 5KGXA 3L2QA 1N6QA 3LWLA 1KSPA 3ZCMA 4OKKA 3V4IA 3KLGA 5C25A 4C8KA 3AO5A 1W0HA 4IBNA 1QE1A 4CF8A 2YNGA 3OYCA 4OKJA 4O0JA 2XO7A 4CK2A 3DLBA 3CFRA 4RW4A 3LZJA 2E6MA 1CXQA 4KPYA 3VQ8A 4CFAA 3OYHA 1UA1A 2OZMA 5JS1A 1VSDA 1FKPA 2NUBA 1KLNA 4JS4A 4Q5VA 3LALA 4K8XA 3VA0A 4E7KA 3CM5A 1QHTA 2D0CA 4CGHA 2P5GA 4Z0UA 3RMAA 4FM2A 4B9VA 2HHTA 1XHZA 2QK9A 1DLOA 1VSIA 1BI4B 1IKXA 1KVBA 3AVJA 2WOMA 3VQ9A 1NK6A 2JLEA 1IH7A 2BANA 3AVFA 1S9EA 1VSKA 2DFFA 3K57A 3AO3A 3JYTA 4DS4A 3A2FA 1BIUA 1B9FA 4CESA 5SWMA 3LPUA 4CEQA 5KGWA 3AVBA 2O4GA 2XY8A 3CYMA 4F3OA 2HNDA 1J53A 1C1CA 4BWJA 3V9ZA 4N41A 3SQ0A 1IKVA 3QERA 4CCHA 3PUFA 3C95A 2VWJA 3ZT2A 4KTQA 3L8BA 4FYDA 4CHOA 1N5YA 4FJ8A 1NK9A 4IDKA 4OJRA 4CFCA 3OYBA 2VWKA 1BISA 1LAVA 1S1TA 4FJKA 3V9SA 4HCBA 4FLWA 4PY5A 1DTTA 5CYQA 4GMJB 3NHGA 1NOZA 1S6PA 4MFBA 1RTIA 3ZT4A 1KRPA 1X9MA 3ZSQA 2HMIA 4FLTA 1JKHA 4J2BA 3M8RA 4NCAA 4H8KA 1C0MA 2XY7A 2ZE2A 3SYZA 3AVGA 4DQIA 4DSIA 3QETA 3AA5X 3B6OA 3ULDA 3IRXA 3AVNA 4G1QA 1JXEA 3TAQA 4ELVA 1WN7A 3SZ2A 4C8MA 3LWMA 4N56A 1UWBA 1BCOA 3LP1A 4KTWA 4E7HA 2OPPA 4AHUA 2XY6A 1SKSA 4KHUA 1RDAA 4M3UA 4PWDA 4CEEA 1TAUA 3SI6A 1YTUA 3NDKA 4KREA 2ZD1A 3OYAA 4BACA 3TI0A 2XRIA 4O0IA 3DLRA 3LP3A 1WLJA 5KTQA 3HXMA 4M3XA 3P83D 1B9DA 4FW2A 4LSNA 4J2DA 3E01A 1RNHA 4OLAA 3C6TA 2G8HA 3T3FA 4EZ9A 3VQCA 1HYSA 4O55A 1CLQA 1YT3A 3NF8A 4HHTA 1RT6A 4KI6A 1ZBIA 3HVTA 2YV0X 3S3OA 1S9GA 2X74A 1WNSA 3KJVA 1BI4A 1EXQA 3RTVA 4E3SA 4KHNA 1C1AA 4ZHRA 4CGDA 5I3UA 4FK2A 4CJ4A 4IG3A 5HROA 2PYLA 4DU1A 3OY9A 1S6QA 2YNHA 3PV8A 4B8AB 2LSNA 1Q9XA 5KI6A 3ZT1A 2W42A 3U3GA 3LZIA 4FJGA 4PQUA 5J2MA 1RT4A 4HUFA 1RBRA 2IAJA 1RT3A 4Y1DA 3NH1A 2Y1IA 1BL3A 1LAWA 1NK7A 2DFEA 3HO1A 3O4NA 3HT3A 4E7IA 4LH4A 3LP0A 4F3TA 5SZTA 1WSEA 1TVRA 3NF9A 4CJ5A 1BQNA 3SQ4A 3QEIA 3NGIA 3QINA 3KLFA 5CY4A 1J5OA 5FROA 1X9WA 4CHPA 4IFYA 4TSXA 1TV6A 4OVLA 3VQPA 3TARA 4CJEA 4HUEA 3QEXA 3SJJA 5JS2A 4KV8A 3TR8A 1RDCA 3MAQA 4KHQA 2YHBA 1C0UA 4DSKA 1HRHA 4B9SA 3QLHA 1HYVA 3OS2A 5HRPA 1TKZA 4UQGA 3JSMA 2QKBA 3KTQA 4B9TA 4KB1A 3MEEA 2HVHA 3P1GA 3L3UA 4CF9A 1D9DA 2OPSA 5KRSA 4F4KA 1RDBA 1HPZA 2B5JA 3MXMA 1HQEA 4ID5A 3NGZA 3SQ2A 4DTOA 3ZSZA 3PX4A 3MECA 4LH5A 1TL3A 2Y1JA 1QSSA 4FK0A 3SV3A 3AVIA 4DU3A 1FXXA 2RKIA 4EZ6A 4LY7A 4FLXA 4M3YA 4FJ7A 1KCFA 2Z1JA 3NBPA 3K2PA 1FK9A 3SNNA 4CJWA 4CJTA 2EHGA 2FC0A 4BDYA 4I2QA 1NKEA 4GVMA 3F9KA 1A5WA 4BE1A 1SKRA 1TL1A 2X6SA 3CFPA 4QCLA 4CFBA 4KHSA 4DTXA 1U4BA 4DTRA 1TKTA 4OGEA 3G0ZA 4CJVA 1CXUA 4ELUA 4M3TA 1BQMA 4XIUA 3NFAA 4FLZA 2P5OA 1VK0A 4CJLA 5T7BA 2E6LA 4DQSA 4DSFA 4DTSA 3SUOA 2RPIA 3KLEA 1SL2A 4DWIA 1RT2A 3G10A 3OYEA 1T03A 4R5PA 2X78A 3OVNA 4QOZB 2Z1HA 1G15A 1K6YA 3WNGA 3NAEA 1SL0A 4F8RA 3DI6A 3B6PA 4FLVA 5E41A 3ZSWA 1FKOA 2F8TA 3AO4A 4CK3A 4DQRA 4CF1A 4FJLA 4M3ZA 1NJZA 4CEOA 4CEAA 2G8IA 1Y97A 4B3OA 3KLHA 4JLHA 2VG7A 3ZSYA 4CJPA 5J2NA 3U3YA 2QKKA 1NKBA 4FLUA 3DLKA 1L3SA 4KRFA 1W9HA 3L2VA 3VQ4A 3EZ5A 4E19A 3SPZA 1R0AA 4IKFA 4FJNA 3ASMA 2YNFA 1WSJA 4B9LA 4B08A 4CJKA 1MU2A 3T19A 1O1WA 4CGIA 1WAFA 4PA1A 4CJFA 3NE6A 3K59A 1IO2A 4CIGA 5J2PA 3DLHA 4F2RA 3WNEA 1LV5A 4FXDA 4DTUA 2ETJA 4YNQA 4CJUA 3TANA 3QNOA 4KHWA 4DF8A 3DOLA 1BCMA 1C6VA 1UAXA 4ELTA 3NH2A 4E1NA 4RW9A 4Z4HA 4E7LA 4CJQA 3OS0A 4FJJA 3ZSRA 3HYFA 4B9MA 2JGUA 5HRNA 1C0TA 1LWCA 3LAMA 4CEZA 1VSMA 4JS5A 4I2PA 1KFSA 3DLEA 4DFJA 2G8VA 1KTQA 1VSJA 2D0BA 2ZQBA 4E7JA 3K58A 3C6UA 3V9UA 3HPHA 3KD5E 4DSLA 3RRGA 3QO9A 2B4JA 4CIEA 1TK5A 3KD1E 4KFBA 1SKWA 4AHSA 4J2AA 1A5VA 3NH0A 5HRRA 4M3WA 1LW2A 2P51A 1JLGA 4DG1A 3HVRA 1ZBLA 4FW1A 4GW6A 1J9AA 1U45A 1S1WA 2KZMA 5FRNA 4H4OA 4E1MA 3MXIA 3DRSA 3DMJA 1EX4A 2OA8A 3QNNA 3HK2A 2X6NA 1U04A 2KTQA 3P5JA 3HL8A 5J1EA 1S1UA 5K14A 1BIZA 4N47A 4BE2A 4CJ3A 3SQ1A 1Q9YA 4B8CA 4W5NA 5HLFA 4KI4A 3AV9A 3VQ6A 1KVCA 3O4QA 3AA2A 4DMNA 5I42A 1NJWA 1I39A 2F96A 3M8QA 5HP1A 3ALYA 3QEWA 4C8NA 1JLFA 1GOCA 4YFUA 2ATQA 3HM9A 1ASWA 3VQBA 4AILC 3RMCA 1T8EA 3RR7A 3LPTA 4NCBA 4O44A 2QXFA 1HQUA 1YTAA 2YKNA 3CG7A 3AA3A 3NGYA 4QAGA 4CK1A 1NK5A 1NK4A 2G8KA 4N5SA 2HNZA 4Z4IA 3RWUA 5J2QA 2A1RA 3CM6A 1XWLA 4Z4CA 2XHBA 4KTZA 2BDPA 1HJRA 3KKRA 3DOKA 3FFIA 1NOYA 4DFPA 2FBVA 4CEBA 4Z4GA 1S1XA 3MEDA 1VRTA 2FBTA 3VQ7A 1CZBA 1DTQA 3KLIA 3SUQA 5D3GA 4OPKA 4Y1CA 4DSJA 3K5LA 4M3RA 1HNVA 1JLQA 4FJHA 1LWFA 1JLEA 1D9FA 3KIOA 3V9WA 4M41A 1T7PA 4W5RA 4FJ5A 4E89A 1T05A 3PY8A 1RT5A 4DU4A 1SV5A 3BGRA 4DFMA 2EX3A 3UIQA 3ITHA 3D0PA 1IKYA 4HTUA 4FVMA 3QIOA 1WSFA 4DQQA 3SCXA 4BDPA 3O3FA 3S9HA 4CFDA 1S1VA 2YHAA 3OYFA 1UA0A 2G8FA 4OLBA 3DLGA 3OYJA 4CHYA 2KFZA 4M42A 1JLBA 1RILA 3SUPA 1X1PA 2R7YA 3VN5A 3VQEA 2PY5A 3BDPA 3I0SA 1NK8A 3K5OA 1Q8IA 2ITGA 4IFVA 3T1AA 3H08A 4FM0A 3LANA 4E0DA 3DRPA 3HP9A 3L2RA 1L3TA 4ID1A 2B6AA 1YVUA 3MEGA 4KO0A 1HNIA 3NCIA 3WNFA 1JL2A 3F73A 3EYZA 3IS9A 4I7FA 4AH9A 4CGJA 1KLMA 3TAEA 3OYDA 4DSEA 1D5AA 1JLAA 4FK4A 3AVKA 1RBUA 3IAYA 1JL1A 3THVA 4C8LA 1XC9A 1LW0A 1RBTA 3RMDA 4B9NA 3L3VA 4RG8A 2P1JA 3ISNC 2KFNA 2VG6A 3OYKA 1VRUA 3V1RA 5C42A 2PYJA 3AO2A 5CZ1A 1TAQA 5HBMA 4DFKA 4CGFA 4HVJA 1RCHA 4ZTFA 3S3MA 3HJFA 3HP6A 3AVHA 2Q3SA 3TAGA 3AO1A 1EKEA 3RR8A 2FBYA 4KB0A 4KKOA 2RN2A 3O3HA 4FM1A 3RRHA 4B9UA 3TAFA 4EP5A 2DY4A 2GUIA 4CJSA 4PUOA 3VQ5A 1WSIA 2HW3A 3QIPA 3EY1A 2VG5A 4FJIA 1F21A 1BGXT 4ZTJA 4J2EA 3CQ8A 4CHNA 3K5MA 1NKCA 4F2SA 3AVAA 4M45A 3V1OA 3DM2A 3QESA 4NYFA 3AA4A 1NJYA 1JLCA 3NF6A 1I3AA 4OGCA 1S5JA 4BDZA 1HMVA 3SV4A 4NYNA 4RW7A 3AVMA 1HYZA 5KRTA 2XY5A 4CIFA 4H4MA 2HHXA 4CGGA 4CHZA 3QEVA 1RDDA 3U6FA 4FJ9A 3M8PA 2OZSA 3KK1A 3LAKA 3WNHA 4W5QA 3VQAA 4DS5A 4CF0A 4KHYA 2HHSA 2IGIA 2OYQA 3AVLA 4OPJA 2KW4A 4DF4A 2HHUA 3ZSVA 3PX6A 2D0AA 5FRMA 1QTMA 2IS3A 3ZT3A 3HPOA 4DTNA 1QSYA 3S3NA 3SUNA 4CE9A 3I0RA 3D45A 4FJMA 1RT1A 3IG1A 2DTUA 4AHTA 2YNIA 5DK5A 4AHVA 1U49A 5CZ2A 2OPRA 2BE2A 3ZSXA 1VSEA 3V1QA 1A5XA 1ITGA 1TKXA 1J54A 2HNYA 4AHCA 3OYIA 3PO4A 1WSHA 3RMBA 3K5NA 3L2WA 1EP4A 2HB5A 4ICLA 1ASVA 3KK2A 4CEDA 4Q0BA 4JRQA 1NJXA 3I8DA 4K8ZA 4LSLA 4O4GA 4FZYA 3DRRA 5C24A 1NK0A 4NCGA 1XHXA 3TWHA 1WAJA 1XI1A 4DLGA 1D8YA 1VSLA 1B92A 1ZBUA 4RW6A 3OYGA 3V6DA 5EU7A 1TK8A 3OYNA 3O3GA 3SPYA 1BHLA 4BWMA 1KFDA 4FZZA 3L2UA 1RTHA 4BE0A 3V81A 1L3UA 1QQCA 3KKSA 3PX0A 1TKDA 1JXBA 5DMRA 4FCYA 3OJUA 1WSGA 4EP4A 4RW8A 4I9QA 4FZXC 1LWEA 3OYMA 4IG0A 4CF2A 1REVA 2D5RA 3C94A 1U47A 1RBSA 2YKMA 3MXJA 4MQ3A 1Z26A 4CJRA 2Z1GA 3M8SA 1X9SA 1VSFA 3ZT0A 1ZBFA 4FLYA 4DTPA 1SL1A 2G8WA 2KZZA 1U48A 4DTJA 3VQQA 3QEPA 2FBXA 3HSTB 3KK3A 3PO5A 2BGGA 2HVIA 1CZ9A 3HPGA 2IC3A 1L3VA 4Z4EA 2O4IA 5FDLA 2KQ2A 3TABA 2G8UA 2HHVA 2HHQA 3ZSOA 3NF7A 3AVCA 4O5BA 1ZYQA 4DQPA 2A1SA 2GBZA 1TK0A 1QSLA 2IDOA 4KAZA 4CEFA 4CHQA 4L8RB 1RT7A 1UOCA 3LP2A 3OJSA 2AJQA 1ZBHA 2Z1IA 2OPQA 4WE1A 1RBVA 3TAMA 3V9XA 4CECA 2I5JA 4W5OA 2GV9A 4OKEA 4HCCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DYAA 1N36K 3C65A 2F8SA 4I9LA 1C1BA 5IT9O 2E4LA 2ZJPL 3TAPA 3CXCM 2ZWHA 4IOAL 4YOUA 1GLDG 4BQZA 1ASUA 4BRAA 2RE2A 2P9PB 4H5VA 1QS4A 4HUGA 4C8KA 4KH4A 5C25A 3AO5A 1QE1A 2YNGA 3H3NO 2XO7A 4B9QA 3KZBA 3QBWA 1CXQA 2QW9A 3VQ8A 4CFAA 5F0XA 3OYHA 5JS1A 1FKPA 2YCHA 1ATSA 2P5GA 2D0CA 3OBYA 4Z0UA 2HHTA 4B9VA 1DLOA 5IWAK 1NK6A 2BANA 3AVFA 3ATVA 4FWOA 3A2FA 4CESA 5SWMA 3AVBA 3RSEA 5BR8K 4ILGB 4EHTA 2NRXA 2O4GA 2W6LA 2QWLA 1C1CA 4JAXA 3DXMA 2UYTA 4N41A 3SQ0A 4YOWA 3CHWA 4CCHA 2VWJA 3BP8A 4KTQA 3L8BA 1NK9A 4BRGA 1LAVA 1X9JA 3VOVA 1DTTA 3NHGA 3VF2A 1NOZA 4BRIA 4DV4K 1JKHA 1Y64A 4DQIA 1KAZA 3VF6A 3B6OA 2KKZA 3AAPA 1WN7A 2O8BB 4CZFA 1N34K 4KTWA 1SKSA 5AQNA 3HM8A 4AHUA 4JNEA 3VENA 4CEEA 4B1XB 5HOOA 1Q7YO 2ZD1A 4BACA 4JKHA 5C10A 1NGFA 3LP3A 3HXMA 4FW2A 4LSNA 4J2DA 4AF1A 5I9EB 3C6TA 2G8HA 3I56N 2ZGZA 1YT3A 4LFCK 2QXLA 3HI0A 4KI6A 1J6ZA 3IUCA 3S3OA 1S9GA 2X74A 3KJVA 4E3SA 3THXA 2V7YA 4I6MB 4MO4A 3T69A 2D1KA 3MWPA 5HROA 4V19S 3E66A 4DU1A 4R79A 1OVYA 3ZT1A 2W42A 3U3GA 3UKRA 2NRWA 1RBRA 3NH1A 1LAWA 2DFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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