3VQ7A

Hiv-1 in core domain in complex with 4-(1h-pyrrol-1-yl)aniline
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
145
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 145
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq7A00
4CJRA 4NCBA 3L3UA 4CGFA 4E7IA 3LWLA 3OYKA 4KI6A 3LP0A 3MXMA 4Z4CA 3SUOA 4ZTJA 3RMDA 4LD0A 5FRMA 1CZ9A 1LW2A 1L5UA 3C94A 2HHTA 2P1JA 3HSTB 4FVMA 4CK1A 3KK1A 4DFJA 3C6UA 1TV6A 2ITGA 1ZBFA 3HP9A 3OYNA 1BHLA 2ZD1A 3K2PA 3V9WA 4M41A 3G10A 4DTSA 3OYHA 4E89A 2NUBA 1RTHA 1J54A 1TKXA 4FCYA 4E7JA 4F3TA 4XIUA 4DQIA 2Z1HA 4FXDA 2HHVA 4ID1A 1ZYQA 3PY8A 4E1MA 3NH0A 3M8QA 3QINA 1NOYA 2PZSA 2VWKA 1NJYA 2B4JA 1T8EA 4CEDA 3T3FA 2KQ2A 4FLXA 3LDSA 2BGGA 3ALYA 4GW6A 4JS4A 1FKOA 1S1TA 5J2MA 3AVIA 3RRGA 3HXMA 4DQPA 4DTPA 3M8SA 1S1UA 1Y97A 3LALA 1Q9YA 4B9UA 3PX4A 4E19A 2A1RA 4ZHRA 4B9LA 4DWIA 4KO0A 3AA5X 1WSEA 3AO5A 1Q8IA 4O5BA 3V1RA 3O4NA 3VQ4A 4N5SA 1JLCA 3TAGA 3SQ2A 1XC9A 1RT1A 2Q3SA 4ICLA 4KTWA 4C8NA 1L3VA 4I9LA 1QE1A 1DLOA 5KRTA 3M8RA 3MXJA 3ZT1A 4GVMA 3SV4A 5J2NA 4B9MA 3HO1A 4BDPA 3ASMA 1WSJA 4O4GA 4M3RA 4UQGA 1D9FA 3U3YA 3AA3A 3DRPA 3B6PA 3SNNA 4DSJA 2QXFA 2YHBA 1VSMA 1W0HA 3NGZA 2P51A 1TKTA 4DG1A 4DSKA 1EXQA 4C8MA 2E4LA 3OJUA 4BACA 1WNSA 4WE1A 3QEXA 3SUNA 3S3NA 3S3MA 1RBSA 5FROA 3NCIA 2OZSA 2OPSA 3NH1A 4E7HA 2PY5A 4J2EA 4FJGA 1D8YA 4RG8A 3O3GA 4DS4A 3ZCMA 4ELVA 4HUFA 3VQ6A 1YTAA 1K6YA 1RBVA 4NYFA 1QSLA 3AO4A 4MQ3A 1W9HA 4H8KA 3ITHA 1ZBIA 3ZSVA 3QEPA 5HP1A 1TK5A 1X9MA 4CCHA 4K8ZA 4F3OA 3U6FA 3H08A 4CESA 1QSSA 1RILA 3ZSWA 1LAVA 4CIFA 1ITGA 5HROA 1X9SA 3OYJA 5CYQA 4CEEA 5KI6A 5KGXA 1GOCA 1U49A 4I2PA 3DI6A 2F8TA 1NKEA 1NK5A 4KTQA 1N5YA 4CECA 3MECA 3WNEA 1LWCA 1RDCA 3NGYA 1X9WA 4HUGA 4CJKA 3IG1A 3QNOA 4CIEA 2HHXA 1D5AA 1S6PA 4OKEA 1FK9A 4PWDA 2QKBA 1KLMA 4YNQA 3JYTA 5HRPA 3NAEA 4CHQA 2OPRA 2XY7A 3TR8A 4W5NA 4DTOA 4DS5A 2X74A 1VRTA 3L2QA 1NK9A 3SPZA 2YNIA 4GMJB 2KFZA 2RPIA 3IRXA 4W5RA 3CFPA 1HRHA 1RBUA 4CE9A 4KHWA 1RT2A 1TKZA 2IC3A 4QAGA 3F73A 2BANA 3ZSQA 2YHAA 5KRSA 3I0SA 1HYZA 1BI4B 1UAXA 3V9ZA 3RMCA 2ZE2A 4DSIA 3KIOA 1I39A 3HVTA 3LP2A 5C42A 4I9QA 1XI1A 3OS0A 2AJQA 4FJHA 4H4OA 5HRNA 3VQCA 4J2AA 4FJ8A 4B8CA 3L2WA 3L8BA 3LP1A 3TARA 4YFUA 2D5RA 4BWMA 2VG6A 1GOBA 4RW9A 3KLGA 4CEAA 1KFDA 4CEZA 3L2UA 3O3HA 1WSFA 4CERA 2VG5A 4LSNA 3UIQA 3KLHA 3OVNA 2HVIA 4NYNA 1SKRA 4N47A 4ID5A 3VA3A 1U04A 2DFHA 4DMNA 1JXBA 4CEQA 3RWUA 4E7LA 5CY4A 3P83D 4AHSA 4CF1A 1NJWA 2HVHA 4OGEA 3AO1A 4FK4A 1Q9XA 3V1OA 1FXXA 3HK2A 1RDAA 3HPGA 3AO3A 2EHGA 4FW2A 3VQ7A 3THVA 3ISNC 4LY7A 2BDPA 3PO5A 4KV8A 4DU1A 1NJXA 1RNHA 2G8IA 1ASVA 2XY6A 4C8LA 3DLEA 4HVJA 3SJJA 3V9UA 4OGCA 4ELTA 3TAMA 4LH5A 1KLNA 4KHNA 2QKKA 3V4IA 4CHYA 4IG3A 1KVAA 4PA1A 4KFBA 4Y1CA 3TAQA 1SL0A 2QK9A 5CZ2A 5HRRA 1QS4A 3WNFA 3AA4A 2PYJA 4DU4A 1RT6A 5KGWA 4NCGA 4BWJA 2YNHA 4CFBA 1NKCA 1C1BA 3DM2A 2JLEA 1BI4A 4DSEA 1TK0A 2YKNA 1C1CA 1WLJA 1REVA 4C8OA 3OYEA 1JLQA 3AVJA 4O0JA 4F2SA 3MEDA 4RW7A 3HT3A 1G15A 4DFKA 4FJ9A 1EETA 1VSFA 1HNVA 1ZBLA 4FK0A 4M3YA 4QCLA 2FBTA 1Z25A 1A5XA 4FM1A 4DTJA 3QNNA 4B9TA 2KZMA 1IKVA 3PX0A 1T03A 2EX3A 4PQUA 3L2RA 1S1WA 4CJFA 3SUQA 1UOCA 3ZSXA 4KRFA 4Y1DA 5HRSA 4CJVA 1GOAA 4HHTA 3QIOA 4QOZB 2KTQA 2DY4A 4HUEA 1RT7A 5D3GA 1WSIA 4OKKA 3NF9A 1WAFA 1T05A 1TVRA 3AVAA 1LAWA 1ZBUA 3SI6A 2IS3A 3HYFA 4LSLA 4OVLA 4CJ3A 3DLBA 1BCMA 4CFAA 3KK2A 4B9SA 1N6QA 4O0IA 3PO4A 2XO7A 2YKMA 4FJJA 4R5PA 3OYGA 5FRNA 1NKBA 2DFEA 3V9SA 4FJNA 1EX4A 1IH7A 1VK0A 1X1PA 4RW8A 3NHGA 1VSEA 3KD5E 4DSLA 1ASUA 1HPZA 4CF9A 3HJFA 4DTMA 4E0DA 3LZJA 1EKEA 1EP4A 1VSJA 1VSLA 4CJLA 1VSDA 1RT5A 3AO2A 4M45A 1XWLA 4N56A 2FC0A 3AVNA 1JL2A 3QIPA 4EZ9A 3OYBA 1TAQA 3CYMA 1NK7A 1BL3A 3CFOA 1SUQA 4I7FA 3K57A 4N76A 3ZT0A 4DU3A 4M3ZA 3F9KA 1DTTA 4KB0A 5J2QA 3MAQA 5KTQA 2FBYA 4CGJA 2G8UA 3T1AA 4M3TA 3OS1A 2B6AA 2XHBA 2OYQA 3NGIA 4AH9A 5J1EA 1NJZA 3DLGA 1NK0A 2GUIA 4CF2A 5C25A 3TAFA 3VQDA 1J53A 3VA0A 1IG9A 2KW4A 2JGUA 1TAUA 3DOKA 2YNGA 5JS2A 1WSGA 4IDKA 4DTRA 3BGRA 1S6QA 1RT3A 4Z0UA 2GV9A 3V1QA 2E6LA 3VQAA 4BDYA 3SV3A 1JKHA 3DRRA 1UWBA 3BDPA 4CFCA 3EY1A 1J5OA 4DFMA 3KD1E 1FKPA 4JRPA 4Z4FA 5T7BA 2Y1JA 3V81A 3SQ0A 2FBXA 3AVFA 4HTUA 4BDZA 4CHZA 2IDOA 3HM9A 3NE6A 1CZBA 5C24A 1RBTA 3AVKA 3KLEA 4RW6A 3VQEA 1C1AA 3AVCA 2E6MA 3QO9A 4CGDA 3I8DA 4FLTA 4M3WA 1F21A 4IG0A 2XY5A 3QETA 4CHNA 5E41A 2X6NA 3OYLA 4FJ7A 4AHUA 3VQQA 3ZT3A 3LPUA 1A5WA 1LWFA 2W42A 4DLEA 3QEIA 1UA1A 2G8WA 3DLHA 4F8RA 4FZZA 4JRQA 3VQPA 4OJRA 4ZTFA 5J2PA 4HCCA 1CXQA 1S9EA 3RTVA 2Y1IA 3HL8A 4M3XA 4E1NA 4FJ5A 1U48A 3LAKA 4CEBA 5SZTA 1ZBHA 4CJUA 4B9NA 1JL1A 4FLWA 3S9HA 2YV0X 1TK8A 5I42A 3FFIA 3TI0A 1SV5A 3K5MA 4CJTA 1HJRA 2OPQA 3OYAA 1I3AA 3K59A 4DF8A 2RF2A 4KHUA 1KSPA 2O4GA 2RN2A 4KI4A 4FJLA 4KHQA 3ZSOA 3NF8A 4CK3A 3G0ZA 3O3FA 3LWMA 4IFVA 3C6TA 4IFYA 4FLUA 1C0UA 4FW1A 3C95A 1IKXA 3B6OA 3P5JA 4K8XA 1KFSA 2A1SA 4DLGA 3WNGA 3OYIA 1B92A 1BIUA 1NK8A 1D9DA 4B9VA 4J2DA 1VRUA 1BQMA 2WONA 4CJEA 1SKWA 2HB5A 2R7YA 1JLGA 4CGGA 3JSMA 3QLHA 4I2QA 4FLZA 1UA0A 1SL1A 1SKSA 1RBRA 4CJWA 4KPYA 2Z1JA 1RDDA 4J2BA 4FJXA 4FZYA 4Q5VA 3EZ5A 3A2FA 1LWEA 3ZT4A 4OKJA 1B9FA 2HHQA 3DYAA 3OS2A 1KTQA 4CK2A 4CF8A 3TWHA 2G8VA 4Z4GA 2ATQA 1CLQA 4M3UA 2F96A 4DQRA 1RTIA 2D0CA 3ULDA 4NCAA 2HNDA 4FJIA 4DTUA 4JLHA 2FBVA 4CEFA 5EU7A 3VQ5A 2BE2A 1KRPA 3CM5A 3LANA 1TL3A 4RW4A 3O4QA 3HVRA 1HQEA 3NF6A 2HNZA 2XRIA 2PYLA 2KFNA 4F4KA 3OYCA 3SCXA 3OYFA 4W5OA 1L3SA 4O44A 2RKIA 3U3GA 4TSXA 3CFRA 1BQNA 4KHSA 4AHCA 4LH4A 4CEOA 4Z4HA 3QEWA 1RCHA 3SUPA 3NF7A 1JLAA 4CF0A 1VSIA 4DFPA 3RMBA 1HYSA 2G8FA 1BISA 4L8RB 2O4IA 3HPHA 3VQBA 1U4BA 5I3UA 1U47A 3D45A 3KKSA 2P5OA 1KCFA 3K5OA 4FM0A 3VN5A 4EP4A 4B8AB 3TAPA 1SL2A 3HP6A 3AVGA 5JS1A 5CYMA 3NFAA 2X6SA 4OPJA 1RTJA 5CZ1A 3VQ8A 1T7PA 3L3VA 3CQ8A 1YTUA 2HW3A 2F8SA 1HQUA 3OYMA 1CXUA 3CG7A 3DOLA 3NDKA 4B08A 1TL1A 4CJ4A 4OPKA 4CJ5A 4JS5A 1YT3A 2G8HA 2HMIA 2HHUA 4E3SA 3SQ4A 2HHSA 4DQSA 2IOCA 3SPYA 4KTZA 1LV5A 4PY5A 3K58A 4N41A 1MU2A 1S1XA 3RMAA 4O55A 4B3OA 1L3TA 4DQQA 3VQ9A 3ZSZA 2DFFA 2GBZA 1BGXT 4H4MA 4KHYA 3I0RA 4CGHA 4KB1A 1S9GA 1VSHA 3LP3A 1IKWA 4CJPA 4MFBA 1U45A 1JLEA 4OLBA 2KZZA 2X78A 1NOZA 4FM2A 1RTDA 4FJMA 4F2RA 1S5JA 4CJQA 1HYVA 5DMRA 1IKYA 3RRHA 3S3OA 4DTXA 1BIZA 3MEGA 4Z4EA 3DMJA 3ZT2A 3CM6A 3V6DA 1HMVA 2B5JA 3IS9A 2OPPA 1L3UA 3DLRA 2D0BA 3MEEA 1BCOA 1RDBA 4BE0A 4FZXC 1DTQA 1WN7A 4G1QA 4E7KA 4CHOA 2P5GA 1QTMA 4PUOA 1S1VA 3KKRA 3P1GA 3AVLA 3DLKA 1QHTA 4EP5A 3PUFA 3SYZA 3SZ2A 4AILC 3K5NA 3KJVA 3ZSRA 4KREA 2G8KA 2VG7A 1HNIA 1WAJA 2D0AA 3WNHA 1XHXA 1C0TA 3KLIA 3LAMA 3RR8A 1KVBA 4AHTA 1J9AA 1VSKA 2ETJA 3AVHA 4FYDA 1LW0A 4BE2A 4HCBA 4M42A 3DRSA 4W5TA 3K5LA 1R0AA 1C6VA 3PX6A 3KTQA 1QSYA 4CGIA 1Z26A 4CFDA 3HPOA 4Z4IA 1ASWA 3TANA 5HBMA 3AA2A 2DTUA 1JLFA 3ZSYA 5SWMA 2LSNA 4KKOA 1JXEA 4BE1A 2Z1IA 3LZIA 1XHZA 2OZMA 1NK6A 1JLBA 4DF4A 1QQCA 3SQ1A 2WOMA 4DTNA 1WSHA 3TABA 2OA8A 3M8PA 4CIGA 4Q0BA 4AHVA 4CJSA 4FK2A 1TGOA 3AVBA 4CHPA 3KK3A 5FDLA 3OY9A 3OJSA 3NBPA 3T19A 3KLFA 2ZQBA 1B9DA 3E01A 4FLYA 1A5VA 4OLAA 3V9XA 2YNFA 3QERA 3LPTA 1C0MA 4ELUA 1KVCA 3L2VA 3AVMA 5DK5A 3IAYA 3AV9A 1YVUA 2XY8A 3D0PA 5HLFA 4FJKA 4EZ6A 4W5QA 2Z1GA 1O1WA 3PV8A 1RT4A 2IAJA 2VWJA 1IO2A 4IKFA 4DSFA 3QESA 3QEVA 4KAZA 5K14A 2IGIA 4FLVA 1TKDA 1NK4A 3MXIA 3OYDA 3RR7A 2HHWA 4AHRA 3TAEA 4IBNA 2HNYA 2I5JA 3NH2A 3EYZA 4C8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJRA 3TTFA 3L3UA 4CGFA 1QQOA 2E88A 3CJ1A 4ILGB 3KK1A 3HOSA 1BHLA 4PL7A 1G99A 2ZD1A 1C0FA 1NGDA 3AAPA 4DTSA 2NRTA 2A40A 4L3QA 4FXDA 4XIUA 4DQIA 2IVNA 2FXUA 2Z1HA 3FZLA 3J7AP 3NH0A 1NOYA 2PZSA 2ZJQL 4B3MK 4CEDA 2KQ2A 3M1FA 3QMLA 2QWLA 2P9SA 4JS4A 1FKOA 1S1TA 2PFUA 5J2MA 4B9UA 3PX4A 4E19A 2A1RA 4ZHRA 2O8DA 1CZAN 4O5BA 2W42A 4N5SA 1Q8IA 3TAGA 2A42A 1JLCA 4ICLA 4C8NA 1NGCA 4I9LA 5KRTA 5J2NA 3SV4A 3MXJA 4H0XB 3ASMA 4DR6K 2P9PA 2YHBA 4FWMA 2UXDK 1W0HA 4OPAA 4DG1A 2P9UB 3UKUB 3S3MA 1NJIO 1BUPA 5FROA 4BRPA 5AQVA 4J2EA 4FJGA 3O3GA 3ZCMA 4ELVA 3H1VX 3L4IA 5TKWA 2AA4A 1QSLA 3AO4A 1WBDA 3VF6A 4CW7B 4CCHA 4BRIA 3H3NO 1YVNA 4MO4A 4Z94A 4B1YB 4FWQA 5CYQA 5C15A 3CCVN 3CJCA 1U49A 5JMVA 1NKEA 3F5TA 1BO5O 4MDAA 4HUGA 4CJKA 1N34K 2HHXA 4BY9C 4C1NK 1S6PA 2HHHK 5FPEA 4FWNA 3MN7A 1FK9A 4PWDA 4HTLA 5AQZA 4CHQA 2OPRA 3TR8A 1VQ8N 4W5NA 2X74A 4JKDA 1NK9A 4FL9A 4GMJB 4BRLA 2O8EA 2KFZA 3IRXA 4W5RA 4QAGA 3UKUA 2BANA 3CXCM 3V9ZA 1UAXA 4ILJA 2JWLA 1RFQA 4ISFA 3E1YA 3KIOA 4RCHA 3SAFA 1I39A 3LP2A 1SZ2A 3LDNA 4H4OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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