3VQ7A

Hiv-1 in core domain in complex with 4-(1h-pyrrol-1-yl)aniline
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
145
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 54
structure length 145
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq7A00
2X78A 1J53A 3QIPA 1HRHA 3NF7A 3ZSRA 5J1EA 4FLYA 4CE9A 3TABA 3F73A 4OLAA 5J2MA 3K58A 4FJGA 4DSFA 2HVIA 4B9UA 2OYQA 4FVMA 1KFSA 3HVTA 4FZYA 4OLBA 4L8RB 1ASWA 3KLIA 3OYGA 2B5JA 4DTXA 3HP6A 3UIQA 4KHWA 1RNHA 3KLGA 5SZTA 4E1MA 3OYMA 4J2DA 4CIFA 3DOKA 1GOBA 4Z4EA 3AA5X 3F9KA 4DF8A 4O55A 1D8YA 3ZT2A 1RT3A 3NGIA 4M42A 4OPKA 4FM1A 2JLEA 3I0RA 2A1SA 2IS3A 1VSJA 4CESA 4HUEA 4F2RA 4CF1A 1ZBIA 3V9UA 4C8KA 1BCOA 4M3YA 4KO0A 4JRPA 5HRSA 3V81A 1IH7A 4FLUA 2KZMA 4RW6A 3LANA 4W5RA 3AA2A 1U4BA 3P1GA 2D0CA 3WNEA 1S9EA 1U04A 1ZBHA 1HYZA 3BGRA 1EETA 2FBVA 1VSHA 3HPGA 4AHCA 2QK9A 2XY7A 2O4GA 3OYKA 4H4MA 3PUFA 1KVCA 1RBSA 1JLQA 1HJRA 4CHQA 3RMAA 3TAQA 4FJIA 3AVCA 3K5MA 4CGFA 3SV4A 1NK9A 1NK4A 2G8IA 3B6OA 2XY6A 2KW4A 4IDKA 4DTSA 4KTWA 1YTAA 3RMCA 3SUOA 3DI6A 3NH0A 4DSKA 5HBMA 4CCHA 4CHPA 3FFIA 4RW9A 3L2UA 3DRSA 4CGJA 4B3OA 4XIUA 1D9FA 5T7BA 1NK5A 2P5GA 1CLQA 2XY8A 3KJVA 1XC9A 1C1BA 1R0AA 1K6YA 1KCFA 4IG0A 4Z4CA 1MU2A 3SPZA 4FJKA 1I3AA 3VQDA 1HQEA 4YNQA 3S3OA 5J2PA 1S9GA 1WNSA 1S6PA 1RBRA 3AVHA 2HHXA 4RW4A 4AHTA 1UA1A 1HNIA 4B9LA 4YFUA 1G15A 2HB5A 3KTQA 4FYDA 1JLAA 3V6DA 1GOAA 3AVMA 1VSFA 2IOCA 1ZBFA 4NYFA 1NK7A 3VQ4A 2DY4A 3SYZA 2B6AA 3K2PA 2OPQA 1J5OA 4O44A 1TKDA 3QEPA 2FBYA 4KKOA 3TWHA 3LZJA 4B9NA 4M3XA 3V1QA 3OS1A 3AO5A 4JS4A 1Q9XA 2Y1IA 2G8HA 4KHSA 2HNDA 4KTZA 1WSGA 4NCAA 2HVHA 4O4GA 3VQPA 1TAUA 3SI6A 4CGDA 4JRQA 4PWDA 1LV5A 2Z1GA 4GW6A 4E7LA 4CGIA 2XO7A 2KFNA 3EYZA 2YNGA 4CGGA 3SZ2A 1SL1A 5SWMA 3MXIA 4Z4FA 1D5AA 2OPSA 4C8OA 4MQ3A 3TAPA 4CJ3A 4Y1CA 3AVAA 4Y1DA 2YNHA 4CHZA 3PX6A 3RRGA 4DQPA 4HUFA 1KFDA 1T03A 1HMVA 2X74A 2YV0X 5K14A 5KI6A 3NGZA 1CZ9A 2RKIA 4BDYA 3SNNA 3TR8A 4E0DA 4PA1A 1S5JA 1RT4A 4F3OA 4K8XA 1JLGA 4CGHA 3HP9A 5C42A 1JL1A 3PX0A 1ZYQA 4CJVA 3WNGA 4CEQA 1EP4A 3AV9A 2VG6A 3P5JA 2ZD1A 3ZSOA 1XHXA 4IG3A 4ID1A 5FROA 2G8FA 1C0TA 4B9TA 4EZ9A 4M3TA 3JYTA 1EXQA 4DSLA 3NE6A 3V1RA 4OJRA 4CF2A 3TAGA 3IAYA 1X9WA 4J2AA 4M3ZA 1JLEA 3MEEA 1QSYA 1T05A 1RT5A 4OKEA 2YNFA 2P1JA 1WSIA 3MAQA 1BI4B 3KKSA 3ZSZA 4N56A 4QAGA 1TK0A 4FLVA 3CFOA 3NH2A 3QLHA 3KLFA 4IFYA 3RMBA 3TAMA 3U6FA 4KHNA 1LWCA 3ZT3A 1KVBA 1N5YA 1C1AA 1RDCA 1S1TA 3CFRA 3SQ2A 4AHSA 1SUQA 5KTQA 3NH1A 1L3SA 4AILC 1YTUA 5CYMA 1TKTA 1JXBA 3U3YA 3NBPA 4ID5A 4BWMA 5J2NA 3VQ6A 4FLWA 1RBUA 4I9QA 3OYAA 3C6TA 3K5NA 4TSXA 3WNHA 1VSDA 2X6SA 3C95A 3DLEA 3VQ5A 3HK2A 4RW8A 4CIEA 3RMDA 4KB1A 3IG1A 1F21A 2F96A 2FBXA 1BGXT 4N76A 2YKMA 1QTMA 2HW3A 4FJHA 1TKZA 4CHOA 4W5TA 1LWFA 4Z4GA 1X1PA 3K59A 1JLBA 2E4LA 4FZZA 3KD1E 4CFDA 1EX4A 1BL3A 2YKNA 3C94A 1KLNA 4M3RA 3K5OA 1TAQA 2HHWA 4FJ9A 4M41A 4ZTFA 3AVKA 2E6MA 1RDBA 3VQBA 1BQMA 5HRNA 1LWEA 1JLFA 3DLKA 3TAFA 1T8EA 1NK0A 2PZSA 3ZT4A 1IG9A 4DSJA 1SKWA 2KTQA 4I7FA 3VQ7A 1VK0A 1LW0A 4FCYA 4KI4A 3OYHA 4CEEA 1BQNA 3MEGA 2G8KA 1UAXA 4CJPA 2Z1HA 3V9ZA 3K57A 4CK3A 5HP1A 2X6NA 4CK1A 2QKBA 4AHUA 3LP3A 4DQRA 1NKCA 1U45A 1NK6A 1KSPA 1GOCA 1YT3A 4DQSA 5KRTA 2OZSA 1S1WA 3DM2A 5CZ2A 1VSIA 1L3TA 4B9VA 3OYLA 1Z26A 3AO2A 3OYEA 3I0SA 3HYFA 4RG8A 3VQ9A 4CEAA 2W42A 4LSNA 3WNFA 3PO5A 3PX4A 2DFHA 4DSEA 2I5JA 4FJ7A 3C6UA 1SKSA 5FRNA 3LPUA 1B9DA 1WSJA 2KQ2A 4I9LA 4I2PA 4KAZA 3DRRA 1U49A 1X9MA 5D3GA 1RT7A 1RBTA 2A1RA 4OKJA 4FLTA 1XHZA 1W0HA 2DFFA 2OA8A 4DTPA 4CJLA 3NCIA 4DU1A 4FK0A 3L3UA 4CJEA 1EKEA 3CYMA 4DU3A 3NGYA 4FJJA 4DTJA 2VG5A 4I2QA 4CEDA 2GV9A 3V1OA 2Z1IA 4W5QA 4E7JA 3M8PA 3K5LA 2YHAA 3TAEA 1U48A 1XWLA 4WE1A 4DTUA 4DQIA 5I42A 3NF6A 4LY7A 1NJXA 3EY1A 3V9XA 5CY4A 2DTUA 5DMRA 1ZBUA 4CERA 3HM9A 2KFZA 4C8NA 4CJWA 1C6VA 4CF0A 1IKWA 1BISA 4EZ6A 2ATQA 4EP5A 4HHTA 2F8TA 3G0ZA 1Q9YA 4G1QA 1JLCA 1SL0A 4CJ4A 1T7PA 4CK2A 4Z4HA 3CM5A 4CJ5A 4H8KA 2F8SA 3G10A 1JL2A 3V4IA 4CJSA 1X9SA 3OYJA 4HUGA 4DSIA 3V9WA 4KHQA 3P83D 3RRHA 4LSLA 1BIZA 2HHTA 3QINA 1RTHA 1BHLA 4Z0UA 4ZHRA 1KLMA 4CFCA 1RDDA 1RTJA 3HVRA 3ZCMA 1B92A 3O3FA 3ULDA 3LZIA 1WSFA 4KPYA 2VWKA 3T3FA 5EU7A 4IFVA 4HCBA 2IGIA 1SL2A 1J9AA 1O1WA 3L2WA 4BDZA 1REVA 5C25A 4B8CA 3SPYA 4FK2A 3AO3A 3ZSXA 4KB0A 3AVLA 2RF2A 3QIOA 1VRTA 3O3GA 1NKEA 4DWIA 3SQ0A 4R5PA 3ZSQA 3ZSVA 4DMNA 1TL3A 3LDSA 2YHBA 3V9SA 3O4QA 1JXEA 3KIOA 3AA4A 4OGCA 4ELVA 2D5RA 4CEFA 3AA3A 3A2FA 2OPPA 3DLGA 1Z25A 2Z1JA 4E7IA 1NJWA 2D0AA 3LAMA 4OPJA 1NKBA 5KGWA 1FXXA 4J2BA 3VQEA 4W5NA 2VWJA 4UQGA 1LAVA 1S6QA 4DFJA 4KHUA 4FJ5A 2LSNA 3THVA 4PUOA 3SQ1A 4FM0A 1Y97A 4DU4A 1S1UA 1WAFA 2B4JA 1HNVA 2VG7A 4FJ8A 2QXFA 1TGOA 1D9DA 4CEBA 2BE2A 3ITHA 3SUPA 1QQCA 3NF9A 1QS4A 3OVNA 3VQCA 3OYNA 1RILA 1W9HA 2E6LA 3CQ8A 3QEXA 3KKRA 1TKXA 4CF8A 4DS4A 4LD0A 1DLOA 1RT2A 3U3GA 2G8UA 3MXJA 3SUQA 3KD5E 5HLFA 1HQUA 2RPIA 2XRIA 1VRUA 3L2VA 4KFBA 1LW2A 2BANA 3M8QA 4E7HA 2YNIA 1UA0A 4NCBA 4PQUA 1TVRA 4CJFA 1NJYA 1UWBA 1I39A 2ETJA 3ALYA 3L2QA 4DTRA 4ZTJA 1U47A 1JKHA 2FBTA 3AVJA 4M45A 4N5SA 1VSMA 4BWJA 3MXMA 4AH9A 3SJJA 3RR7A 3LAKA 3HPOA 1DTTA 4GVMA 3SUNA 1BIUA 1Q8IA 4HVJA 3QEWA 3AVNA 4CJRA 1NOYA 4B9MA 2HHQA 2AJQA 1ITGA 4FJLA 4CEOA 2DFEA 3CG7A 4DFMA 3TI0A 3HJFA 1J54A 2Y1JA 4E19A 4E7KA 4DF4A 1XI1A 1RT6A 4DFKA 2QKKA 1ZBLA 4KI6A 4O5BA 4ELTA 1RTIA 1S1XA 3HSTB 4KRFA 1YVUA 4BACA 3VA3A 4DTMA 1TK8A 1QE1A 4E1NA 3TANA 3QETA 4B08A 3L3VA 5FRMA 4HTUA 4BE1A 1L3UA 4N41A 4FJMA 1BI4A 4FW1A 4CJKA 3NF8A 2PY5A 1VSLA 3HL8A 1QSLA 4M3WA 4OKKA 4FW2A 1IO2A 3OJSA 4F3TA 1RTDA 4NCGA 4C8MA 3ZSWA 3L8BA 2HMIA 1VSKA 3PO4A 3IRXA 3LWMA 4DG1A 1KVAA 3S3NA 4E3SA 3OYFA 3DRPA 1RT1A 1TL1A 5FDLA 3LP0A 3OYDA 3AVBA 3I8DA 2Q3SA 4JS5A 2HNZA 5I3UA 4C8LA 1TK5A 1WLJA 5HROA 4F2SA 4DQQA 4OVLA 4J2EA 1L3VA 4F8RA 3QNOA 4DLGA 3TARA 3QEIA 3KK2A 1IKVA 3DLBA 4MFBA 3QESA 1LAWA 3MECA 3D45A 4ELUA 2WONA 4DTNA 2IC3A 3VQAA 3VN5A 3CFPA 3QNNA 4FZXC 3LP1A 5CZ1A 4FK4A 1TV6A 4CHNA 4KTQA 4Z4IA 3PY8A 4E89A 2IDOA 4FXDA 4KHYA 3QEVA 4KV8A 4CFAA 2O4IA 3LP2A 1C0UA 3ZT1A 2OPRA 4GMJB 3OS0A 3E01A 3JSMA 4B9SA 1ASUA 4QOZB 1DTQA 2OZMA 1KRPA 2NUBA 4BE0A 1L5UA 3OJUA 3D0PA 3NHGA 3IS9A 1WSEA 3LPTA 4AHRA 3OYCA 3HXMA 3ZT0A 5JS1A 2JGUA 3O3HA 3DMJA 3KLEA 3S3MA 3M8RA 2R7YA 3VA0A 3SCXA 1HPZA 2WOMA 1A5VA 1RCHA 3LWLA 1FKOA 3HT3A 4FJNA 3LALA 5JS2A 4IBNA 3M8SA 3PV8A 1VSEA 3AO1A 3ZSYA 4QCLA 3DLHA 4H4OA 3EZ5A 1SV5A 3AO4A 1NJZA 4DFPA 5DK5A 3SV3A 4JLHA 5C24A 4CJTA 4CHYA 4DLEA 3OY9A 3AVGA 4DTOA 1WSHA 1HYVA 4M3UA 1CXQA 3KK1A 2XY5A 3OYBA 2G8WA 2P51A 2EX3A 3ASMA 3DYAA 3QERA 4EP4A 3VQQA 3AVIA 3T19A 2G8VA 1RDAA 2RN2A 4DS5A 1QSSA 3DOLA 2ITGA 2BDPA 2HNYA 3HO1A 1HYSA 4CFBA 4W5OA 1RBVA 1KTQA 4RW7A 3RTVA 1IKYA 1B9FA 4CJUA 3OS2A 2FC0A 3T1AA 1S1VA 1IKXA 5J2QA 2D0BA 4CF9A 3NAEA 4HCCA 1BCMA 4FLZA 4NYNA 3RWUA 2IAJA 5KGXA 4FLXA 4K8ZA 3CM6A 1FK9A 3ISNC 4CIGA 1C1CA 3MEDA 2HHVA 4LH4A 3B6PA 4FM2A 4FJXA 1C0MA 4B8AB 5HRPA 5KRSA 3OYIA 4KREA 2ZE2A 1QHTA 3NFAA 2EHGA 3KLHA 4F4KA 4N47A 2P5OA 3QO9A 4O0IA 3RR8A 4AHVA 4PY5A 2GUIA 2BGGA 1FKPA 4O0JA 2XHBA 3NDKA 4LH5A 1CXUA 5E41A 1NOZA 1CZBA 1WN7A 4BE2A 4Q0BA 4OGEA 1A5WA 2GBZA 1A5XA 3S9HA 2ZQBA 3DLRA 5CYQA 3KK3A 2PYLA 2PYJA 4Q5VA 5HRRA 1SKRA 1WAJA 4CJQA 4CEZA 3L2RA 2HHUA 4CECA 2KZZA 1UOCA 3HPHA 3SQ4A 1N6QA 3BDPA 3H08A 4IKFA 3O4NA 4ICLA 1ASVA 1NK8A 2HHSA 3AVFA 4BDPA 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1YK 3QIPA 3ZSRA 4OLAA 1RDWX 3F73A 5J2MA 2OYQA 4H5VA 4FZYA 1ASWA 4DTXA 3HP6A 4KHWA 3LM2A 3QFUA 4B9QA 4J2DA 4O55A 3CCQN 4DR1K 1RT3A 4MLEA 4BRNA 4HTLA 3O1BA 1NWKA 2JLEA 2A1SA 4HUEA 4F2RA 4CF1A 4BQLA 3ATVA 4C8KA 4M3YA 4KO0A 4ISFA 4FLUA 2KZMA 3CCJN 2D0CA 1T3VA 5KPTA 1HYZA 3O9TA 3CCLN 1SZ2A 1XUPO 1HJRA 4CHQA 3RMAA 4FJIA 3AVCA 2OTJN 4CGFA 2QEXN 2E2OA 3CPWM 4KTWA 3RMCA 3ZX3A 4B1XB 3DI6A 2HBLA 4DSKA 4ILHA 4YHHK 4KHPK 1KAZA 5T7BA 5M1NA 2P5GA 1CLQA 4EFHA 1C1BA 3EO3A 1KCFA 3OW2M 4LF7K 4K41A 3SPZA 3S3OA 1HKCA 1S9GA 1S6PA 1Q82O 1NGFA 1VQMN 3ENHA 1UA1A 4AHTA 3FZKA 4YFUA 1YAGA 2HB5A 3KTQA 4B9LA 2E2PA 2IIRA 1HKGA 1GOAA 1VSFA 3R9PA 2V51B 1J5OA 3DXMA 4NLBA 3WQTA 3LZJA 1E4FT 1WSGA 3DXKA 4NCAA 1TAUA 5I9EB 3SI6A 3VTIA 1NLVA 4CGGA 2ZGZA 1D5AA 3TAPA 2O8BB 2P9KB 3AVAA 2YNHA 3CCEN 4DQPA 3AVFA 5AZIA 5K14A 3SNNA 1CZ9A 2AJQA 1ZYQA 1ESVA 2OCEA 3AV9A 4HWIA 4JKFA 4M3TA 2QWQA 3SMSA 5AZJA 3LDPA 4KH4A 1X9WA 1M1KO 4M3ZA 3FZLA 2NRRA 4JK7A 5C0YA 3KKSA 3ZSZA 2O8FB 4QAGA 3QLHA 4IFYA 2P9LA 5JICA 3U6FA 4R79A 1TYQA 4MDAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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