3VQ7A

Hiv-1 in core domain in complex with 4-(1h-pyrrol-1-yl)aniline
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
151
structure length
145
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 145
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq7A00
3QERA 4B9TA 4FJ9A 1YTUA 2FBXA 3K58A 4DFJA 2GUIA 1CZ9A 3G0ZA 2X6NA 4K8ZA 5FRMA 2VWKA 3DLRA 1DTTA 4M3UA 2XO7A 1HJRA 2HHUA 1Z26A 4RG8A 5HLFA 1NK9A 4LSNA 4CCHA 2QKKA 1YTAA 3MAQA 2FBYA 3DLKA 2JLEA 1GOCA 1WAJA 4E7HA 2P51A 3CFRA 1KLNA 1DLOA 1JLCA 4DFMA 1HPZA 4LH4A 3VQ6A 3M8SA 1B9FA 4IFYA 1LW0A 1T8EA 1TL1A 4EZ9A 1S6PA 1JLFA 2B6AA 3ZSXA 4DSFA 1BHLA 3OVNA 3NGIA 4JRQA 3NF6A 4DTJA 4B8AB 3NH0A 3QETA 4NCAA 2QK9A 3KLFA 3RMDA 1CXUA 3TAMA 1A5VA 5J1EA 1EP4A 1RDBA 3ZSZA 1BQMA 1C0TA 4CJKA 4DQRA 4CK3A 3V81A 3AVMA 1QHTA 2XY6A 3AV9A 5HRPA 3OYLA 1HYSA 1U04A 2FBTA 2X78A 4CEZA 3HL8A 1TV6A 4M3YA 5JS1A 1YVUA 3I8DA 2Z1HA 1L3TA 4KPYA 3AVNA 1D8YA 2OZMA 4FW1A 4EP4A 4Z4FA 4CGGA 1I39A 1XHXA 4DFPA 3QIOA 1LAWA 3ZT1A 3CFPA 1U47A 3L2UA 3HVRA 4IDKA 2HNYA 3RR8A 5KTQA 4DQQA 1WSJA 5HRNA 1L3VA 1D9DA 4FJIA 3ZT3A 4DTSA 4CHOA 5FRNA 3H08A 5KGWA 2BDPA 1WSEA 3IAYA 2OPRA 4E1NA 5K14A 3EYZA 4OLBA 4F3OA 1HYZA 4FYDA 2NUBA 5HP1A 4FJNA 2WOMA 3SUNA 1LWFA 4ZTJA 2XRIA 4OKEA 4FK4A 4FJ7A 4FXDA 1TKZA 4CJRA 4FJMA 4C8OA 1VSJA 2F8TA 3TAEA 4PWDA 1J5OA 1ZBIA 4AHUA 4ID1A 5SWMA 3C6TA 3OYEA 3WNGA 3S3OA 4H8KA 1WAFA 3MEDA 3HP9A 4OGCA 2IDOA 4W5OA 1NK5A 4W5RA 3I0SA 1RCHA 3OYBA 3MEGA 3P1GA 1RTJA 1WNSA 3THVA 1UAXA 1NKEA 4DSIA 4M3ZA 3HK2A 3HP6A 4YFUA 1VRTA 3V9SA 4DLEA 1JLEA 4H4MA 3RMBA 1ZBFA 3AA2A 4FLZA 4XIUA 1NKCA 3O4NA 1BCOA 4W5TA 1NJXA 3MEEA 4FM0A 2EHGA 1BGXT 4CF2A 1HYVA 3DRRA 3HM9A 4KHQA 4UQGA 1WSGA 1ASWA 2E6MA 4BDZA 4Z4HA 1RT2A 1ASVA 4GW6A 1JL2A 4E1MA 3QIPA 3RRGA 1ASUA 2OPSA 2Q3SA 4CIEA 4NCGA 3KK2A 1D9FA 4OKJA 4FK2A 2WONA 4CK1A 1SL1A 3TAFA 1S5JA 3SPZA 2DFEA 3VQDA 2OYQA 1L3SA 4W5QA 3AVJA 1B9DA 1J53A 1JXEA 3NGYA 4DF4A 1W0HA 1JLBA 2RKIA 3KLGA 3PX6A 4DSJA 4GVMA 3KD1E 4CECA 3K57A 4RW9A 3CYMA 5J2NA 1ZBUA 4DMNA 4F4KA 4CJTA 2OPQA 1JLGA 1KCFA 3V4IA 1SKRA 3LPTA 3AVBA 1U48A 4DTOA 1S6QA 3T3FA 3C95A 3VQBA 3V9UA 1RT3A 4TSXA 1QS4A 1BQNA 3OYKA 5KRTA 3NDKA 2ETJA 1FXXA 1RDCA 1LWEA 1X9MA 4FZZA 4NYNA 2KFZA 3PX0A 3HYFA 5KI6A 1R0AA 2P5OA 1C0MA 4IG0A 3BGRA 1HNVA 3OS2A 3LWMA 1RDDA 4C8MA 1QQCA 4HCCA 1UOCA 4G1QA 3LZIA 3RTVA 4CJLA 4R5PA 3DOKA 1FK9A 4N56A 2YKMA 3WNFA 3SUOA 2YNHA 4E3SA 2AJQA 1S9EA 3VQ7A 3ASMA 4RW6A 4JLHA 1RBSA 1ZBHA 2RPIA 4CJVA 1TL3A 2E6LA 3AVKA 3OS1A 3CQ8A 4F8RA 4FZYA 3OYIA 3U3YA 1IKXA 1C1CA 1RDAA 2P1JA 3ALYA 2YNFA 1ITGA 4AHCA 3OYHA 4HTUA 4HUFA 1U45A 1ZYQA 4J2EA 2B4JA 4KKOA 2HNDA 3NBPA 5SZTA 4O44A 4O4GA 4ELTA 3FFIA 3JYTA 1KVBA 4ICLA 4FJ5A 5JS2A 1WSHA 4NCBA 3HO1A 1VSDA 1RTIA 2GV9A 5CYQA 1JL1A 3OJSA 2G8FA 4K8XA 4L8RB 4AHTA 1KSPA 1RT4A 1LV5A 4DTUA 5FDLA 4CHQA 3TAPA 3K5NA 3MXJA 3V1RA 4FW2A 4CGHA 4DS5A 5I3UA 4KI6A 5DMRA 3QEXA 4I7FA 3KK1A 1Q9XA 2LSNA 3AVLA 4EZ6A 1NK7A 4FJJA 4CE9A 3HT3A 3U6FA 3CM6A 4Z4GA 4CEEA 3F9KA 3LP0A 1C6VA 3OS0A 3KJVA 1DTQA 1RNHA 1VSMA 2XHBA 3TWHA 3SJJA 4KTWA 4KHSA 1SUQA 4KV8A 3VQPA 3NGZA 4FCYA 3AO3A 2YHBA 4E7IA 1L5UA 4B9NA 3TI0A 3OYNA 5J2QA 3HPGA 3SQ1A 5J2MA 3LPUA 4JS4A 2ZD1A 3AVFA 4CHPA 1EX4A 3RMCA 4B9LA 4EP5A 4DQIA 4F2SA 3DYAA 4N41A 3V9WA 2A1RA 4CFDA 3AVGA 4LY7A 5HRRA 4GMJB 4ZHRA 4B9SA 4DWIA 4FZXC 2Z1IA 4KB1A 3ZSOA 4DFKA 3B6OA 3K5OA 3NFAA 1TAQA 1WLJA 4CJUA 3V9XA 1RT7A 4F3TA 3S3MA 3K5MA 1SV5A 3NF7A 2PY5A 1SKSA 2HVIA 3O3FA 3KLHA 4DU3A 4HCBA 4CF1A 3KLIA 3EZ5A 3PO4A 3NH1A 1S1VA 4B8CA 4KTQA 3AVAA 3KKRA 3AVHA 3JSMA 2FC0A 3AVIA 3AO1A 4CK2A 2ITGA 3PUFA 4O55A 4I9QA 2QKBA 2YNGA 4MFBA 4CJ4A 5D3GA 3UIQA 1NK8A 1VSKA 5DK5A 3MECA 2YHAA 3ZSQA 4CHZA 3PV8A 1UA0A 4NYFA 3QNNA 1BI4B 2JGUA 4KB0A 4M3WA 2G8IA 4QCLA 2YKNA 5C25A 1RTHA 3ZSYA 1IG9A 4OJRA 3LP3A 1U49A 2EX3A 4M45A 3LZJA 3S9HA 1NK6A 3G10A 3SNNA 2ZQBA 3M8PA 1KFSA 4CEFA 4CJ3A 4CJEA 2DTUA 4C8LA 3TABA 1XC9A 4CGFA 4Q0BA 2D0BA 3MXMA 1T7PA 1X1PA 1T03A 3AVCA 4CFAA 4DSLA 4PY5A 2G8HA 4LD0A 2I5JA 3WNHA 2X6SA 4B9UA 4FJXA 4J2AA 2OZSA 4O5BA 3HJFA 4E7JA 2D0CA 3LP1A 3T19A 3AA4A 1TGOA 3LWLA 1NKBA 1A5XA 4I9LA 4CEAA 4KAZA 1NK4A 4RW8A 4B9VA 1KVCA 4B08A 2G8WA 3KTQA 4E7LA 4CEQA 3OY9A 4FJHA 1X9WA 3L2QA 1BISA 1QSSA 3CG7A 2HHTA 3AO5A 3TAGA 1BIUA 1VSLA 1VSHA 3KK3A 3E01A 4JRPA 5KRSA 2W42A 4FLYA 2Y1IA 4CFBA 3M8RA 4Z0UA 4DTNA 1KLMA 4BE1A 1O1WA 3O3HA 5CZ1A 1VSIA 1VSFA 4FM1A 3RRHA 3QEIA 4JS5A 4RW4A 3OYAA 4OLAA 1Y97A 2G8KA 4MQ3A 4FLTA 2KZZA 3I0RA 4BE0A 2VG7A 3HXMA 4Z4IA 3QINA 3L8BA 4CERA 3SUQA 2F8SA 4OVLA 3ZT0A 4QOZB 3K59A 3CFOA 4M41A 3OYFA 1GOBA 4ELUA 5J2PA 1CXQA 4FLVA 3KIOA 3QEVA 2BANA 4N5SA 4QAGA 4Q5VA 2KFNA 3ZT2A 4FJGA 2X74A 1IH7A 3LALA 3WNEA 4CHYA 4KRFA 5HBMA 2XY7A 2KTQA 1KTQA 4Y1CA 3VN5A 3O3GA 3BDPA 1JXBA 4HHTA 4DTRA 3RWUA 1T05A 1FKPA 2G8UA 4CGJA 5T7BA 3QO9A 4F2RA 4KTZA 5KGXA 4FK0A 4LH5A 1U4BA 4CJ5A 1IKWA 1RBVA 4CESA 1ZBLA 3SPYA 1S1WA 2BE2A 2IC3A 3AO4A 2OPPA 1BL3A 4M3RA 3ZSRA 4HVJA 4FVMA 4KI4A 2KZMA 4CFCA 1Q8IA 3HVTA 4FJKA 3QLHA 3SQ2A 1RBTA 3ZSVA 3VQ5A 2A1SA 4CEOA 3OYMA 3QNOA 4M3TA 1LW2A 3SI6A 2KW4A 4BDYA 2HVHA 3V1OA 4IG3A 1TVRA 2GBZA 3PO5A 4E19A 4IKFA 2QXFA 4KO0A 3VQCA 1N5YA 4FJLA 3V6DA 3LDSA 1Q9YA 4Z4CA 3SQ4A 3DRSA 3DMJA 1NK0A 4FLWA 4ELVA 4N76A 3PX4A 3LAKA 2HHXA 4C8NA 3VQ4A 2HNZA 2E4LA 3A2FA 3KKSA 3C6UA 3V9ZA 3LP2A 1VSEA 4BWJA 3VA0A 4E7KA 4DS4A 1S1XA 4DU4A 3L2WA 4B9MA 4PQUA 1EETA 2PYJA 3PY8A 2O4IA 2YV0X 2ZE2A 2Z1GA 1J9AA 4HUEA 3RMAA 2BGGA 3NHGA 1QSLA 2VWJA 4BE2A 4CF0A 1S1UA 2IS3A 3VQAA 4DG1A 4CHNA 3NF8A 3DLHA 2XY8A 4OPKA 3D0PA 2D0AA 3L3VA 4AHSA 4DTPA 1XHZA 5E41A 3L3UA 1TK0A 1X9SA 2DFHA 1JLQA 3T1AA 4CGIA 3DLBA 4ZTFA 4FLXA 3NCIA 3SUPA 4B3OA 1TK8A 1RILA 3TR8A 2OA8A 3V1QA 3ZCMA 1N6QA 1KRPA 4O0IA 1W9HA 4CJFA 4H4OA 5FROA 1NOYA 4CF8A 4HUGA 1RT6A 1J54A 2IOCA 4CGDA 1WSIA 3OJUA 3ITHA 3SYZA 1KFDA 3B6PA 2ATQA 3U3GA 3QESA 5HROA 1Z25A 3K5LA 4I2QA 3ISNC 5HRSA 3IRXA 1JLAA 4DTXA 1XI1A 4RW7A 4AH9A 2R7YA 3QEWA 1TKXA 3SV4A 1HMVA 4I2PA 1LAVA 4IBNA 1HQEA 3LAMA 3EY1A 1UWBA 4M42A 4IFVA 3HPOA 4KHYA 3F73A 2HHVA 2FBVA 3LANA 1SL0A 4BDPA 1MU2A 1EKEA 1TK5A 4W5NA 1BIZA 4CEBA 2HMIA 1TKDA 1SKWA 1RBUA 1S9GA 3DRPA 4C8KA 1B92A 4CIFA 4CIGA 3NE6A 4KHUA 3OYGA 4WE1A 3ZSWA 2RN2A 1YT3A 3P83D 2PZSA 3NH2A 3RR7A 3VA3A 4KREA 1D5AA 3VQQA 4BACA 3TARA 3MXIA 2HHQA 1VRUA 1C1AA 1JKHA 3KD5E 4Y1DA 1WN7A 4CJPA 4BWMA 3C94A 1QTMA 2G8VA 3AO2A 4PUOA 4KFBA 2F96A 3HPHA 4DQPA 3ULDA 1I3AA 2VG6A 3CM5A 1L3UA 1RT1A 4ID5A 4CJSA 3DLEA 1NJWA 2HHWA 5CYMA 3IG1A 2HB5A 2IAJA 2IGIA 4OPJA 4PA1A 4CEDA 4FLUA 1FKOA 2XY5A 2P5GA 4O0JA 4DSKA 4CJWA 3VQEA 4J2BA 1C0UA 3VQ8A 4DF8A 3OYJA 2Y1JA 1TAUA 1C1BA 3SV3A 3OYDA 4FM2A 1WSFA 4E89A 3P5JA 3K2PA 3L2VA 2B5JA 3SZ2A 1CLQA 1HQUA 1QE1A 4OKKA 4DQSA 1EXQA 5CY4A 3QEPA 1G15A 3AA5X 2HHSA 1CZBA 1BI4A 3IS9A 4AHRA 1TKTA 4FJ8A 3S3NA 1XWLA 1HRHA 4CJQA 1S1TA 4YNQA 4DU1A 1K6YA 1REVA 5C42A 4E0DA 2YNIA 3DLGA 4DTMA 4AILC 1A5WA 3DM2A 2PYLA 1GOAA 4DLGA 1IKVA 2VG5A 1VK0A 3DOLA 1RBRA 2O4GA 1HNIA 3AA3A 4M3XA 2Z1JA 4LSLA 3M8QA 3OYCA 3DI6A 3D45A 1NOZA 5CZ2A 1IO2A 1RT5A 4KHWA 1SL2A 4Z4EA 5C24A 3TANA 3O4QA 5EU7A 4DSEA 4N47A 1NJZA 2HW3A 2KQ2A 3NF9A 1LWCA 3TAQA 1RTDA 1KVAA 3HSTB 3SQ0A 4J2DA 4OGEA 3ZT4A 1NJYA 4AHVA 2D5RA 3KLEA 2DFFA 4KHNA 3SCXA 1IKYA 1F21A 1QSYA 3VQ9A 4CF9A 1UA1A 2DY4A 5I42A 3NAEA 2RF2A 3L2RA 1BCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GBTA 1YTUA 1CZAN 4DFJA 3O5BA 3G0ZA 2X6NA 4H5NA 4M3UA 2XO7A 3FE1A 1NK9A 3EKUA 3K9KA 2ZGZA 2A5XA 4BRMA 4E7HA 2P51A 3H1VX 1HPZA 3D6RA 1LW0A 5ADXA 4BRLA 1JLFA 4NXMK 3VEWA 3OVNA 1K9MO 3RMDA 3FZMA 3TAMA 5FLXO 4LF7K 1HUXA 2QW9A 3CXCM 3HBTA 5HRPA 1X9JA 2HF3A 4A59A 2E2OA 3SAGA 5JS1A 4CZLA 1L3TA 3THWA 3AVNA 5AR0A 1U47A 3ZT1A 3L2UA 5C15A 2HNYA 5IWAK 1IG8A 4LF8K 5FRNA 5K14A 4OLBA 4F3OA 4X66K 2WOMA 3O9SA 3MX5A 4JI8K 4FK4A 3WXLA 4PWDA 3CJBA 4X64K 1D4XA 4AHUA 2F7TA 4DR3K 4W5OA 1K8KA 1NK5A 1KXPA 2IIRA 3WXJA 3I0SA 3HK2A 4YFUA 1JLEA 1GLAG 4BRFA 4CW7B 3SK3A 1NKCA 3I55N 4W5TA 3C65A 1BGXT 1X3MA 5AZJB 3A5NC 1WSGA 2E6MA 4WFBL 4BDZA 4GW6A 3ZX2A 5C10A 1JL2A 1ASUA 2OPSA 2Q3SA 4CIEA 4CZHA 3D2FB 2VYPA 1XMQK 4FK2A 4CVNE 3O1BA 4FWMA 2VQEK 3SPZA 2UU9K 1B9DA 1JXEA 4MDBA 1W0HA 5DM7L 4DSJA 2RKIA 4GVMA 4DB3A 2OPQA 2E20A 3VESA 3S41A 4MO5A 4CD1A 3T3FA 5LY3A 4K43A 4F2SA 3V9UA 3FR0A 3ID6A 3T69A 1RDCA 2HMPA 3PX0A 4JI5K 3U9ZA 1QQMA 3N4QA 3BGRA 4C8MA 2ZF5O 3O4WA 1GLJO 3JXUA 4JI2K 4R5PA 3J80O 1TYQB 3LDPA 4E3SA 4YHHK 1Q7YO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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