3VQ8A

Hiv-1 in core domain in complex with (3r)-3,4-dihydro-2h-chromen-3-ylmethanol
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq8A00
4JLHA 1X9WA 4CHQA 4B9LA 3OS2A 4KHUA 3O4NA 3OYLA 3OYNA 1NKBA 3OYBA 4CFCA 2RPIA 5J1EA 1IKVA 1TK0A 4HVJA 1QSYA 1Z25A 1VRUA 3ALYA 3DOLA 3LP0A 4KO0A 4KB0A 1RBTA 4FLTA 3BGRA 2YHBA 1RNHA 5HRNA 3SJJA 2KFZA 4AH9A 2X74A 4CIFA 2QXFA 2Y1IA 4BWMA 4DTMA 3AO4A 3DYAA 4MFBA 4FK2A 4XIUA 5KI6A 3VQCA 1TV6A 4I2QA 2P5OA 4F2SA 3HL8A 3T1AA 1EX4A 4E89A 3MEDA 3OYEA 2PY5A 1TVRA 1RDBA 3OYJA 1FXXA 1X1PA 2FBYA 4IFVA 1NKCA 3NH1A 4I7FA 1NK9A 1N5YA 4H8KA 4ZHRA 1RT1A 3KK3A 4CJRA 4DTNA 4BE1A 4AHCA 1MU2A 3P1GA 4IDKA 1L3SA 1EXQA 1JXEA 4FJ8A 4Z4HA 4DQPA 2R7YA 4F3OA 4K8XA 4K8ZA 3TANA 3QEIA 5C42A 1KFSA 2O4GA 3C6UA 4FK4A 1NK8A 4DSKA 1UA0A 4B9MA 2IGIA 4DSLA 1KFDA 3HK2A 3O3GA 3PX4A 3WNEA 4DWIA 1WSJA 3ZT4A 4ELVA 1O1WA 3MXJA 1KVBA 4E7JA 4E7HA 3PO4A 5C24A 4FK0A 4AHUA 1HYSA 2Z1JA 1L5UA 1N6QA 3HP9A 3ZT3A 3NH2A 3V9SA 3NGYA 4ELUA 5K14A 3OVNA 4DFPA 2EHGA 3K57A 2G8FA 4LD0A 3ZSZA 3V9WA 2FBXA 1HRHA 1S1XA 2HHWA 4DF4A 2OZSA 1J54A 3AVIA 2JGUA 2IDOA 2I5JA 1X9MA 1WSGA 5J2MA 4N47A 4OGEA 4E7IA 3HP6A 4KB1A 1C1CA 3P83D 3OYKA 3RMBA 4CJ4A 2KFNA 2Q3SA 3AA4A 2D5RA 3WNGA 3CFRA 4BE2A 4ZTJA 1RTJA 3TABA 3LPUA 4ID5A 4CFDA 3V1OA 1RBVA 3NF9A 4BE0A 1GOAA 1S9GA 4O4GA 4F4KA 2YKNA 4CF9A 5HBMA 3AVLA 2G8KA 4M42A 3A2FA 1L3VA 1T03A 4W5TA 2YNGA 1ASUA 1KCFA 3HPHA 3AO1A 3LP1A 4CE9A 3QESA 3LP3A 1EKEA 4LY7A 3L2VA 1VSEA 4O44A 5HRPA 1L3UA 4Y1DA 3TAQA 3ZSRA 3HSTB 1JLFA 2HNYA 3VQ8A 4CJVA 3M8SA 3LDSA 4J2EA 4YFUA 4CFAA 4FZXC 1D5AA 1RBUA 4DU4A 4RW7A 1T05A 2KTQA 3L2RA 1U45A 2WONA 2G8IA 4IG0A 4FJ5A 2X78A 1VSDA 4KHNA 5C25A 2E6LA 4B8AB 4CF2A 1S9EA 2ETJA 4R5PA 4DTUA 4CHNA 4FXDA 5HLFA 2DFFA 3RRHA 1Q9YA 1EP4A 3VQQA 3D45A 2YNHA 4CHPA 2YV0X 4NCGA 3F73A 3K5LA 3V9ZA 3L3VA 4Y1CA 1TKDA 4EZ9A 1FKPA 3QINA 5I42A 1VSFA 4DTJA 1HYZA 4AHVA 4BDPA 1BL3A 4QOZB 1BQNA 1Q9XA 3AA5X 3OS1A 1SKWA 4F3TA 4RW4A 3K59A 1JLCA 1I3AA 3RTVA 3RMDA 1VRTA 4NYNA 1A5VA 1BIUA 3K5MA 4M3WA 1KLMA 3SQ4A 4GMJB 1CLQA 4GVMA 1TKXA 2OPRA 5FRMA 1HQUA 3TAFA 3NE6A 1XC9A 4O5BA 4C8OA 3ZSVA 4DU1A 1X9SA 1NJXA 3QEPA 3HPOA 3S9HA 4KHWA 4EP4A 1U4BA 3MECA 1J5OA 3QIPA 1S6QA 1RTHA 2D0CA 3DLBA 1S1VA 1JLBA 1RTIA 2NUBA 1TK8A 3IG1A 2VWJA 3ZCMA 5SZTA 1UOCA 1JLQA 3JSMA 4H4MA 1CZ9A 4NCBA 4JS5A 3OYMA 4CK1A 5HRSA 3QO9A 2QKKA 3UIQA 1JKHA 4IKFA 4M3ZA 4Z4IA 4FJMA 2DTUA 3PY8A 2B5JA 4GW6A 2PZSA 3DM2A 4FJLA 3OYFA 4ID1A 1RCHA 3FFIA 3M8QA 1BCOA 4HUEA 1FK9A 5J2QA 3PO5A 2HVHA 3TAPA 3C95A 4H4OA 3OYGA 3V1RA 3SUQA 2B6AA 1BIZA 2KQ2A 2XO7A 3RRGA 3V9XA 1KVAA 3I8DA 2DFHA 4E19A 3SPZA 1HQEA 4KTWA 3ZSXA 3OYIA 2WOMA 4CEBA 1ZBHA 4I9LA 2VG6A 3VN5A 4FLWA 4FJ7A 1ITGA 1RT6A 3C94A 4CGIA 4QCLA 1F21A 2HW3A 4OPJA 3SV4A 1BI4A 3QNNA 3HO1A 2VG5A 3VQBA 1KTQA 2B4JA 4DSIA 1IO2A 4Z4GA 4FJNA 1YVUA 4B9UA 3SV3A 4DLEA 2BANA 1JLEA 1RDDA 4FYDA 4OGCA 4CESA 2DY4A 4F8RA 4M3UA 3VQ6A 4O55A 4HCCA 4I2PA 3VQEA 3LZJA 3SNNA 1U49A 1VSJA 4OLAA 4N41A 1Q8IA 4DFJA 3SQ2A 2F8SA 3KD5E 1S1UA 4OKJA 3AO5A 3K58A 3OYDA 3AVKA 3VA0A 1SL1A 4M3YA 4KHQA 3DLEA 1VK0A 2EX3A 3LAKA 3T3FA 1UWBA 1C1AA 3NF6A 3QEWA 2G8VA 1NK6A 1TKTA 1NK7A 1ASVA 2HHXA 5DK5A 2HNZA 3AVBA 2YNIA 3S3OA 1RT3A 2ITGA 4KTZA 2XRIA 3ASMA 4DQRA 1A5WA 1NJZA 3ZSYA 4FJ9A 2O4IA 4HUFA 4ZTFA 4LSLA 2JLEA 2OPPA 4DTRA 3DMJA 2RKIA 2HHUA 1S5JA 3EY1A 3B6OA 2IS3A 2VG7A 2XY7A 3NFAA 3HXMA 4JRQA 4EZ6A 2HHVA 2OPSA 4FJJA 1TL1A 1EETA 1D9DA 4KV8A 4UQGA 4KRFA 3SQ0A 3DRSA 4DF8A 3TAEA 4M3RA 5FRNA 4Q0BA 3QERA 4DTOA 4C8LA 1QSSA 3DRPA 2G8WA 3VQAA 4FJIA 1TAUA 1JXBA 1NK4A 1J9AA 3CFPA 4FLZA 3LPTA 1SKSA 3QETA 1T7PA 5CZ1A 3TI0A 2FC0A 4B9NA 4BDZA 3M8PA 4B8CA 3PV8A 1VSHA 3MEEA 2IAJA 4CIGA 3OYAA 3TARA 4FW1A 2D0BA 1YT3A 1VSMA 1W0HA 4CF0A 3VQDA 4FZZA 1IKXA 1JLAA 1ASWA 4DSFA 3TAMA 3ULDA 3NAEA 1LWFA 1TAQA 1C6VA 1TKZA 1VSLA 5I3UA 3WNFA 4FCYA 1C0MA 3NBPA 1RILA 3F9KA 3IRXA 4KI6A 1NOZA 1RT2A 3ISNC 4M45A 4CEFA 3KLFA 4JRPA 3VA3A 4N5SA 3MEGA 3RR8A 4DTSA 5KGWA 1KLNA 1NOYA 4CF8A 3CFOA 4CHYA 1J53A 1LWCA 1LAVA 3SZ2A 1Y97A 1WNSA 5JS2A 3KKRA 3JYTA 3RWUA 4NYFA 3SQ1A 1YTUA 4G1QA 3RMCA 4Z4FA 2Y1JA 4DTPA 2LSNA 2QK9A 3VQ9A 4CK2A 4FM2A 4Z4EA 3K5NA 3PUFA 4BWJA 3NF7A 1QSLA 4Z0UA 4CGFA 3NGIA 4Q5VA 4NCAA 4CGHA 3WNHA 3K5OA 2BE2A 4AHSA 1YTAA 3OJSA 2OZMA 4CJWA 1DLOA 4FLVA 3QLHA 4C8NA 4BDYA 2HB5A 3HPGA 1BHLA 3NDKA 1I39A 1RTDA 4AHRA 1RT7A 3NCIA 1QE1A 4CHOA 1XHZA 3I0RA 3O4QA 4FW2A 1WSIA 2HVIA 4W5RA 3OYHA 4W5OA 3PX6A 4N76A 4M3TA 3KKSA 4KFBA 2KW4A 4B9VA 4O0JA 4RW8A 3CG7A 3C6TA 2A1SA 4B08A 1LWEA 3EZ5A 4DS5A 1R0AA 3DLKA 3ZSQA 3KLIA 4CJFA 1NK5A 4KTQA 1CZBA 4CEDA 1D9FA 1A5XA 4E7KA 5J2NA 4DSJA 4HUGA 1C1BA 2ATQA 2PYLA 1ZBFA 5FROA 3SPYA 3MAQA 1TGOA 3TAGA 3KIOA 3AVAA 4DTXA 4KREA 1XI1A 3LALA 3S3NA 2E6MA 1WAJA 5CZ2A 4RW9A 4E7LA 2Z1HA 4FLUA 1XWLA 3U3YA 1BI4B 3HVRA 4DSEA 1HYVA 3V1QA 3D0PA 4CEZA 3L2UA 5DMRA 3V6DA 2W42A 4IBNA 2YHAA 3SYZA 1W9HA 4CJ3A 1JL1A 2G8HA 4ICLA 4F2RA 1SUQA 3LWLA 3AO2A 2E4LA 4FJXA 4PQUA 1ZBUA 1B92A 2XHBA 1VSKA 4DQIA 4CFBA 2ZQBA 4W5QA 3OYCA 4MQ3A 3QEVA 4KI4A 2YNFA 4DLGA 3RR7A 3NGZA 3KD1E 2F96A 4E0DA 3TWHA 3OY9A 3QIOA 2VWKA 3HM9A 1JLGA 1ZYQA 1G15A 4CEQA 4AHTA 4Z4CA 3RMAA 3SI6A 4CF1A 1LV5A 1BQMA 4LSNA 3V81A 1VSIA 2OPQA 1LW2A 4IFYA 1NK0A 3B6PA 3L3UA 1KSPA 1SL2A 1REVA 4DMNA 3U3GA 3AVHA 4FM0A 2F8TA 1WSHA 2RF2A 1QTMA 4FZYA 1B9DA 3SUPA 4M41A 1UAXA 4DU3A 3DRRA 3VQ7A 3MXIA 4PY5A 4FJKA 4OJRA 4B9TA 1RDAA 2ZE2A 3AV9A 1TL3A 3HVTA 4PA1A 1HNVA 4CGDA 4CEOA 3V9UA 2A1RA 2IOCA 4E1NA 2OA8A 4B3OA 4CJ5A 5CYQA 3CM5A 1SL0A 3ITHA 3ZSWA 3CM6A 3H08A 1D8YA 3IAYA 3LP2A 3VQ4A 1RBSA 3AVJA 1QHTA 2BGGA 3IS9A 1HPZA 2D0AA 2AJQA 4CJQA 4RW6A 4HHTA 5FDLA 4YNQA 2XY8A 3EYZA 3L8BA 3HJFA 1C0UA 3AA3A 5KRSA 4QAGA 4FM1A 4IG3A 1U04A 3AVGA 4FLXA 2G8UA 2X6NA 4CK3A 4CGJA 2IC3A 4J2AA 3M8RA 3LZIA 1RBRA 1S6PA 1WSEA 1ZBLA 3KLGA 3CYMA 4OKKA 2HHTA 1C0TA 3L2QA 1KRPA 2RN2A 4CJEA 3NF8A 4OVLA 3SUOA 1L3TA 1SV5A 3ZT0A 4CEAA 4CIEA 1ZBIA 2HNDA 4FJGA 3LWMA 4I9QA 3OS0A 2QKBA 3CQ8A 4PUOA 4PWDA 2P51A 1RT5A 3LANA 3AVCA 4BACA 4DQQA 3S3MA 4J2DA 2HHSA 1HJRA 2ZD1A 4B9SA 3DLRA 2Z1IA 3E01A 4CHZA 4N56A 4C8KA 3DLHA 1BCMA 1RDCA 2GUIA 3HYFA 1U48A 3ZSOA 1HMVA 1BISA 3P5JA 4OLBA 1CXUA 4FLYA 1LW0A 3TR8A 1IKWA 1CXQA 4CJSA 1KVCA 3NH0A 4DQSA 1DTQA 4CCHA 3AVMA 3KLHA 4TSXA 2XY6A 3VQPA 4FJHA 3K2PA 1NJYA 4HCBA 4CERA 4FVMA 1IG9A 3QEXA 1T8EA 4EP5A 1FKOA 1GOBA 3KK2A 5HP1A 3DI6A 3G10A 3MXMA 5T7BA 2HMIA 4WE1A 4CECA 4W5NA 1S1TA 2GBZA 2HHQA 1U47A 2Z1GA 3QNOA 2BDPA 3KTQA 2X6SA 4KHSA 3I0SA 5CY4A 1DTTA 1XHXA 3SUNA 3PX0A 4AILC 1UA1A 4KPYA 4L8RB 4LH5A 1K6YA 3T19A 1RT4A 5E41A 2P1JA 5J2PA 3VQ5A 4DFMA 3ZT2A 2PYJA 1NJWA 5D3GA 5KTQA 3AVNA 4C8MA 4CGGA 1NKEA 1B9FA 4DS4A 1Z26A 2OYQA 2P5GA 3AVFA 2YKMA 4LH4A 3BDPA 3L2WA 1IKYA 1WLJA 4RG8A 5CYMA 3KJVA 5EU7A 4J2BA 4HTUA 4M3XA 1SKRA 3DOKA 5KGXA 2KZMA 1LAWA 5SWMA 1IH7A 4OPKA 3NHGA 2KZZA 5JS1A 1S1WA 3V4IA 3AO3A 3SCXA 4CJTA 3HT3A 3ZT1A 2XY5A 1TK5A 1QS4A 1QQCA 1GOCA 4CJPA 4OKEA 1WSFA 3OJUA 4CJLA 4KKOA 2DFEA 1WN7A 3O3FA 3THVA 4KHYA 1WAFA 1JL2A 4CJUA 2GV9A 1BGXT 3U6FA 5HROA 3O3HA 4ELTA 3LAMA 5HRRA 1HNIA 4KAZA 3G0ZA 4E1MA 3KK1A 4JS4A 4E3SA 4CJKA 5KRTA 2FBTA 3AA2A 4CEEA 4DG1A 4DFKA 4O0IA 3DLGA 2FBVA 3KLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X9WA 4CHQA 1G99A 3O4NA 3OYLA 3OYNA 2D4WA 3L0QA 2RPIA 5J1EA 1N34K 3CC2N 1Z25A 4KB0A 3LP0A 4KO0A 4A62A 1VHXA 2YHBA 1RNHA 4JKBA 3HSCA 3MK6A 4FK2A 3LDQA 4FOIA 4F2SA 2UXBK 3HL8A 1EX4A 4E89A 3MEDA 1FXXA 1X1PA 1NK9A 4I7FA 4XH5A 1N5YA 4BE1A 4IDKA 2WBNA 3TSPA 4DQPA 2R7YA 4GV3A 2O4GA 4FK4A 1QVFM 3E9LA 3EKSA 4DR4K 2IGIA 1NGJA 4ISEA 3PX4A 3WNEA 4A5AA 3MCAB 3ZT4A 1IBKK 3SBGA 3PO4A 4Z94A 4FK0A 1O13A 3JS6A 1N6QA 3HP9A 3QBWA 2BUPA 3V9WA 3H45C 4Y0WA 3EE9A 2OZSA 1J54A 2JGUA 3MX2A 4N47A 3KHYA 3P83D 5BRDA 2KFNA 4BR5A 2Q3SA 1S72N 5JMVA 3I55N 3V1OA 1GOAA 5CE3A 1S9GA 4F4KA 4IWVA 1K8KA 3U4LA 4DCHA 4K0KK 4JI4K 4BRMA 3CCUN 1ASUA 1KCFA 3HPHA 3LP1A 3LP3A 1L3UA 5HRPA 3BUZB 1ZBSA 3E9OA 2HNYA 2H3GX 3KK7A 5LJVA 4DV3K 3THWA 2KTQA 2YI1A 1U45A 2X78A 1VSDA 2Q36A 4B8AB 4DTUA 3C6HA 4FXDA 1SZ2A 5AQOA 1KD1O 1EP4A 1BG3A 2YNHA 4LF5K 4EZ9A 3K5LA 3N4QA 3L3VA 4Y1CA 1FKPA 4BDPA 3W0LA 3OS1A 3OHRA 1SKWA 3D6RA 4F3TA 3O4WA 4NYNA 3SQ4A 4JAXA 2OPRA 5F0XA 1HQUA 5FRMA 3NE6A 4O5BA 2UYTA 1NJXA 4KHWA 1U4BA 3MECA 1J5OA 3AGKA 2D0CA 3DLBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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