3VQ8A

Hiv-1 in core domain in complex with (3r)-3,4-dihydro-2h-chromen-3-ylmethanol
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq8A00
1ZBUA 2G8KA 3DLHA 1A5WA 1KRPA 3SQ1A 4ICLA 1NOZA 4K8XA 4CEAA 1RDDA 3IAYA 4KHYA 4M3TA 4J2AA 1EETA 2RF2A 3ASMA 3AVLA 4OKJA 4CEEA 1CXUA 3BGRA 4O55A 3FFIA 5FDLA 3K57A 4Q5VA 1VSLA 3V1QA 4B8CA 3RWUA 3ZSXA 3RR8A 2DFHA 2E6MA 3MAQA 5SZTA 2OZMA 3ZT2A 3MEGA 4LSNA 3L3VA 4ELTA 3NF7A 2RKIA 3K5OA 4LH4A 4CGIA 4BDYA 4DQIA 2IDOA 4OPJA 2GV9A 4I9QA 2D0CA 3QIPA 2P5OA 3B6PA 4FLVA 1QTMA 3I0SA 1LAVA 4DTMA 2RN2A 3VQCA 1C0TA 4CHNA 1U45A 4OLAA 2DTUA 1J9AA 4IG0A 1T8EA 3CQ8A 4FM1A 3TABA 4KHUA 1X1PA 3VQQA 1WSJA 4CJ5A 4C8LA 4IBNA 3AVBA 1TL3A 1VSFA 3ALYA 5KRSA 4FLXA 3JSMA 1TVRA 1VRUA 4H4OA 4AH9A 3A2FA 3DLEA 1BIUA 4O0IA 2HVIA 2HHXA 3VQ4A 1QSYA 4ELUA 4PQUA 2KFZA 3HL8A 1ZYQA 4CFCA 4E7KA 3NHGA 1XHZA 1C1BA 1HYSA 3TAQA 4B8AB 1RNHA 4JS4A 4DSEA 1CZ9A 3HM9A 4Z4IA 4HUGA 1HNVA 4Y1CA 1GOBA 4DFKA 2XY6A 3AVIA 2E6LA 3KKRA 3SJJA 3ZSZA 2VG7A 1NK4A 1NK0A 4N5SA 1SKWA 1QSSA 4F4KA 4KHWA 1S1VA 3VQ5A 3PV8A 4W5OA 3OS1A 1S5JA 4YNQA 4NYFA 4CJVA 1EXQA 3RTVA 1NJXA 4QAGA 3T3FA 4W5QA 1WAFA 5KI6A 3RMCA 3TAMA 4OPKA 4E1NA 4FJ5A 4DFMA 1LWFA 1N5YA 1TAUA 1BISA 4L8RB 4CK3A 4OVLA 3SUNA 3ZT0A 1KVBA 3OYBA 1C0MA 4IFVA 4IFYA 3WNFA 3UIQA 3NH0A 3U3GA 2GBZA 1RTHA 1JKHA 2VWKA 3QO9A 4N56A 3HP9A 4BDPA 3SPYA 4FJ9A 1GOCA 1UWBA 4M3WA 4CHOA 2P5GA 3AVHA 4HCBA 1KTQA 4B3OA 2HVHA 3HP6A 2HB5A 3NE6A 2Z1IA 1BI4A 1JL1A 1LW2A 3MEEA 1WAJA 4JLHA 3DRPA 3KK1A 4DSLA 3K2PA 4FM2A 2RPIA 5KGXA 4FLWA 1XC9A 4FJLA 5FRMA 5JS1A 1Q8IA 2A1SA 4CGJA 1D5AA 2YV0X 1JLEA 3DLGA 3U3YA 1TV6A 1HJRA 2LSNA 5KGWA 4I7FA 4CF2A 4HCCA 3SQ0A 4TSXA 1RT4A 1C1CA 1UA1A 3U6FA 2OA8A 3SZ2A 4FZYA 3ZCMA 1S1WA 3MXMA 4E19A 3LDSA 3PX0A 4RW6A 4Q0BA 3QEVA 1ITGA 3QINA 4F8RA 4KI6A 1QS4A 4DQRA 3AO1A 4CJQA 4CJSA 3SI6A 4NCBA 4M3UA 5HP1A 3AVNA 3KJVA 4OGEA 4DSFA 4KHNA 3QNOA 1IKVA 2B4JA 5CYQA 3LAKA 2KQ2A 1DTQA 1SV5A 3S3OA 1XI1A 2HNYA 5I3UA 4OKKA 4DU4A 4DFPA 4Z4EA 4C8NA 3HK2A 5CY4A 3B6OA 1NKBA 1UAXA 3LZJA 2OPSA 3CM5A 4B08A 4JRPA 4CEZA 5KRTA 3QLHA 2B6AA 4KREA 2OPQA 1S1TA 3QEIA 3SPZA 4DTJA 2IC3A 4NCGA 3C6TA 3TR8A 4CJWA 1IKXA 4BDZA 5SWMA 4DWIA 4FK0A 2FC0A 2YKNA 4FYDA 3S3NA 5I42A 3VQ8A 3DI6A 4Z4FA 4DQQA 3M8PA 1RDBA 3LP2A 1S9EA 3OS0A 3NF9A 1IKYA 3LP0A 1SL0A 3KK2A 2IOCA 2G8FA 5HBMA 1J54A 1RBUA 1RT2A 1S6QA 3V4IA 2XY7A 1RT1A 4RW4A 4ZTJA 3QETA 3L2RA 1VSJA 1LV5A 1WSHA 1I39A 4OLBA 1ASWA 4O0JA 3DM2A 3DLKA 1ASUA 3VQPA 4DSIA 4HTUA 2YNIA 2AJQA 2X6SA 1SKRA 1L3TA 3ZT3A 1U4BA 4CJUA 3AA3A 3KD1E 4KHSA 4CESA 1TKDA 4DFJA 1GOAA 1VSEA 3C6UA 1IKWA 4LH5A 3QEPA 2QKKA 2PZSA 4B9VA 3LAMA 4CJLA 3TI0A 1B9DA 4I2QA 2HHUA 4E7LA 4E1MA 1F21A 1XHXA 2X74A 3HT3A 3CYMA 4HUEA 3AVAA 4HUFA 2R7YA 2FBTA 3KTQA 2G8UA 1VSMA 3HPGA 1Y97A 1C1AA 1QSLA 1U04A 2EX3A 2HNZA 5J1EA 4FCYA 4FJIA 3KLIA 1T7PA 4PUOA 1L3VA 3RR7A 4CHZA 3M8RA 1KLNA 4KTQA 3AO2A 2DY4A 4DTSA 1L3UA 1RBSA 3LALA 3RMAA 4N41A 1JXEA 2Q3SA 1TAQA 1VSDA 4BE0A 1LWEA 2GUIA 4CHPA 4UQGA 3EY1A 1RT6A 1SL2A 3TANA 2BANA 2QXFA 5C24A 4FW1A 1RBVA 2DFFA 2QKBA 3P83D 1WLJA 3DOKA 1VSIA 5HRRA 4KB1A 2ATQA 2Y1JA 4CIFA 3CFOA 4F2SA 2YHAA 2PYLA 3DLBA 3AVJA 4E7IA 1TK5A 4FJMA 2KFNA 3NCIA 1BGXT 5EU7A 3F73A 3OYKA 4B9NA 4M3XA 3V9WA 3MXIA 4FJKA 4DU1A 3AO3A 3ZT4A 3SQ4A 1HRHA 2X78A 1B92A 3NAEA 4QOZB 1WSIA 1VSKA 2NUBA 4AHTA 2ITGA 1D9DA 2QK9A 4DSJA 3HYFA 3OYHA 1X9WA 2FBYA 1WNSA 3QIOA 4RG8A 1T03A 1Q9YA 2YNGA 3PO4A 4C8KA 4EZ9A 2HMIA 4M3ZA 1CXQA 1RDAA 3IS9A 4IKFA 4FK4A 3KKSA 4M3RA 2BDPA 4NYNA 3LP1A 3SNNA 1UOCA 2HNDA 4W5NA 2ETJA 4DLEA 3NGZA 3RMBA 2VG6A 3SYZA 1N6QA 4LSLA 2F8SA 3S3MA 1RBTA 1REVA 4DQSA 4DTXA 3NFAA 4RW7A 4MFBA 3OYMA 3AV9A 3T1AA 4YFUA 4KAZA 5E41A 4HHTA 4ELVA 1JL2A 5HLFA 3VN5A 3SUOA 4CEDA 1I3AA 1W0HA 4FLTA 3D0PA 2X6NA 5CYMA 4W5RA 4FLZA 1IG9A 1IO2A 1BQNA 3DOLA 4Z4GA 1JLFA 3OYGA 3I0RA 1Q9XA 4KB0A 3AVCA 2HHVA 1JLCA 4MQ3A 4CIEA 4CHYA 4FJJA 4CEFA 3OS2A 2B5JA 4KFBA 1TKTA 1QHTA 1BCOA 3ZT1A 1TK0A 2G8IA 3PO5A 4JS5A 5FROA 5FRNA 3RMDA 1BHLA 1KLMA 3F9KA 4CE9A 2YNFA 1NOYA 1W9HA 1RT3A 4KPYA 2IAJA 4CJEA 3O3HA 3QEWA 4DU3A 3KLEA 3O3GA 3KLGA 1L5UA 3EYZA 4FJNA 1S1XA 2OZSA 1C6VA 1HPZA 2A1RA 1JLBA 3SV3A 1NJWA 1EP4A 4CGGA 5T7BA 3KLHA 3H08A 4DG1A 5C25A 4CJKA 3ZSVA 4CJ3A 3ZSWA 2OPRA 1BIZA 1X9SA 1RTIA 2Y1IA 2Z1JA 3JYTA 3PUFA 1ZBIA 2G8VA 5DMRA 4CGHA 3G10A 4N47A 1J5OA 3L8BA 4GW6A 2ZQBA 1LWCA 2G8HA 3LZIA 4O5BA 4CFAA 1JLAA 2KTQA 1RTDA 3WNGA 4CF9A 4CEOA 2JLEA 4KHQA 1TL1A 4CEQA 4DS4A 4DLGA 3SUQA 1HNIA 3NF6A 4E3SA 1BCMA 1VSHA 3AA2A 3AO5A 4CGDA 3QESA 1D8YA 1RT7A 4AHCA 1KCFA 3V9XA 1TKZA 3VQEA 3V9SA 3V6DA 4KV8A 4E7HA 3HVTA 4G1QA 3AVFA 3BDPA 1FXXA 1SUQA 5JS2A 4CIGA 2OPPA 1VRTA 4KO0A 3KD5E 2PY5A 3HPHA 2HW3A 4DTUA 1TK8A 2P51A 4FZZA 1HQUA 2DFEA 3S9HA 3NGIA 3M8QA 1O1WA 4PWDA 3OYJA 2Z1GA 3IRXA 5J2PA 1HMVA 4FW2A 4XIUA 4E7JA 4DTOA 3KK3A 1NKCA 4AHUA 4CJ4A 2VWJA 2Z1HA 3HO1A 1C0UA 3CFPA 2BGGA 3OVNA 3D45A 2JGUA 4OKEA 3TWHA 4DTPA 1TKXA 4DMNA 2HHTA 3MXJA 1NK6A 3CM6A 1KSPA 1RCHA 1ASVA 2FBVA 4GVMA 5CZ2A 4ZHRA 4Z0UA 2HHQA 3OYEA 1KFSA 1FKOA 1Z26A 3G0ZA 3VA3A 4AILC 5K14A 1HQEA 3THVA 3PY8A 2OYQA 1J53A 3CG7A 3MECA 3E01A 1Z25A 1MU2A 3NF8A 3PX4A 3T19A 3LWLA 1QE1A 3LANA 2EHGA 4AHRA 3K5NA 3QNNA 4HVJA 3V1RA 3DRRA 4CF1A 1LAWA 4Z4HA 3O3FA 1RBRA 4CF8A 4I2PA 2W42A 2O4GA 4ID1A 3VA0A 1IH7A 4EP5A 1NJZA 1U48A 4F2RA 4F3TA 4E89A 2KW4A 4WE1A 4CFDA 3L2WA 2YKMA 3SQ2A 3O4QA 2WOMA 3SUPA 4KKOA 4J2EA 5J2QA 4M42A 5J2MA 4BACA 1RTJA 5CZ1A 3QERA 3VQ9A 4PY5A 1X9MA 4DTRA 1UA0A 1NK7A 1KVAA 2D5RA 3TAPA 1CZBA 4B9LA 4BWJA 3K5MA 2VG5A 4Y1DA 1D9FA 3TAFA 4FJGA 1XWLA 3HPOA 3V1OA 4GMJB 1NK5A 4IG3A 4PA1A 1B9FA 1HYZA 4DF4A 4FJXA 3C94A 4H4MA 2KZMA 4C8OA 4J2DA 4FJ7A 5J2NA 3ISNC 3K58A 3AA4A 3LP3A 5KTQA 5D3GA 2D0BA 3K59A 1JLGA 3AVMA 2I5JA 4DQPA 4CGFA 2YNHA 1K6YA 3NH1A 3AO4A 5HRNA 4B9SA 1U47A 4DS5A 3SV4A 3HSTB 1NJYA 4EP4A 3HVRA 1BL3A 4OJRA 3OY9A 4CF0A 1QQCA 4CERA 1JXBA 4B9MA 5C42A 1KFDA 1RT5A 2XRIA 3OYNA 3ULDA 4E0DA 4Z4CA 2G8WA 4F3OA 4M3YA 4IDKA 3NDKA 4DTNA 3V81A 4C8MA 2YHBA 3RRHA 3AVKA 2O4IA 4FK2A 3VQBA 3OYCA 4CFBA 4CJRA 2XO7A 3OYLA 1FK9A 4BWMA 3NH2A 4CK2A 4AHSA 2BE2A 3NGYA 2IS3A 1SL1A 4AHVA 4FM0A 2KZZA 2WONA 4OGCA 3HXMA 3VQ7A 3VQAA 1ZBLA 3OJUA 1SKSA 2XY8A 4RW8A 3V9UA 2HHSA 1YT3A 4BE2A 1VK0A 4CJPA 1JLQA 3O4NA 4CEBA 4CJFA 3RRGA 4B9TA 4M45A 1YVUA 1ZBHA 2HHWA 3I8DA 1A5VA 3HJFA 1WN7A 4J2BA 2F8TA 4CJTA 5HRPA 1EKEA 4I9LA 4FLUA 1DTTA 2E4LA 1T05A 3PX6A 4CK1A 3L3UA 3DRSA 1RDCA 3ITHA 4LD0A 3WNEA 3L2UA 4DF8A 1KVCA 3CFRA 3AA5X 3P1GA 4QCLA 1R0AA 3ZSRA 3DLRA 5HRSA 3OYDA 1DLOA 1G15A 4M41A 3NBPA 4FJHA 3AVGA 5HROA 4DSKA 4KTZA 3VQ6A 1ZBFA 1TGOA 1A5XA 4ZTFA 1L3SA 4CCHA 3LPUA 4CHQA 4KRFA 3LPTA 4R5PA 1S1UA 2XY5A 4W5TA 3EZ5A 4CECA 3TAEA 4FLYA 4N76A 4FXDA 4FZXC 4RW9A 1HYVA 1S9GA 3DYAA 4JRQA 3OYIA 4O44A 1BQMA 3C95A 1RILA 2ZE2A 3DMJA 3TAGA 1U49A 3V9ZA 3SCXA 1WSGA 1LW0A 2XHBA 4O4GA 3OYAA 3QEXA 3LWMA 1NK9A 3M8SA 4KI4A 4ID5A 1S6PA 2D0AA 3KLFA 1EX4A 3ZSQA 1NK8A 2FBXA 1BI4B 2F96A 2P1JA 5DK5A 3ZSYA 4BE1A 1CLQA 4FJ8A 1WSEA 3VQDA 3L2VA 3KIOA 3MEDA 4FVMA 4LY7A 1YTUA 3K5LA 2PYJA 2IGIA 4NCAA 4KTWA 3L2QA 4H8KA 1NKEA 4EZ6A 3ZSOA 3IG1A 4B9UA 3TARA 3OYFA 1WSFA 1FKPA 2ZD1A 3P5JA 1YTAA 3OJSA 4K8ZA 3WNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBUA 4CBUA 1RFQA 2F9TA 4ICLA 1K8KA 3UKRA 4CEAA 1WBDA 4KHYA 2RF2A 4CW7B 4O55A 3K57A 4B8CA 4B1UB 4CZKA 2QA4N 3ZSXA 2DFHA 2E6MA 3A5LC 3ZT2A 3MEGA 4V19S 4FWNA 3KWIA 3K5OA 2RE2A 2CH5A 4BR7A 3B6PA 1QTMA 3I0SA 2NRRA 3HBTA 1U45A 4PHTX 4CHNA 4OLAA 5BN9A 4K0KK 3A8YA 1ILYA 3O1WA 3VEXA 2P9PA 3AVBA 3D2EA 4JNEA 1TVRA 4BR0A 4O0IA 3DLEA 1BIUA 5AQSA 4CD1A 4WYBA 3VQ4A 1QSYA 4PQUA 2KFZA 4E7KA 3NHGA 1R59O 4ISGA 4XEIA 2I7NA 4DFKA 4H0YB 4FWQA 3ZSZA 1NK4A 1E4GT 4F4KA 2OTLN 3VQ5A 3PV8A 3OS1A 1KD1O 4YNQA 2NRXA 4NYFA 3RTVA 1EXQA 1EWRA 4QAGA 4WCEL 4W5QA 4GKKK 2E8AA 5KI6A 5BRHA 4AM6A 1IBLK 4DUZK 1T6DA 1N5YA 4CK3A 3DJCA 3KK7A 4MO4A 5GIPA 3SUNA 3O9TA 1KVBA 4IFYA 4IOAL 4BDPA 3CPEA 4M3WA 3SPYA 1GOCA 1HNZK 1IBMK 5KQDA 3AVHA 4B3OA 3NE6A 4DV2K 5AJ3K 3MEEA 4WF9L 4IFEA 4FJLA 1ZC6A 1JLEA 2Q36A 3JXUA 1TV6A 4I7FA 1T3VA 4HCCA 3O9SA 3SQ0A 4TSXA 3M1FA 1M1KO 1C1CA 3VF2A 3SZ2A 1DGKN 3MXMA 2BTFA 4DR5K 3PX0A 4NCBA 2GEMA 2QW9A 2HSTA 1IKVA 1NLVA 2P9UB 1XI1A 2HNYA 3ID6A 5I3UA 5C0YA 4A61A 3B6OA 1NKBA 2A42A 3CM5A 4WFBL 1J5EK 5KRTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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