3VQ8A

Hiv-1 in core domain in complex with (3r)-3,4-dihydro-2h-chromen-3-ylmethanol
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 51
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq8A00
2W42A 2E6MA 1W0HA 1T03A 3CFRA 4HUEA 1JL1A 3IG1A 4MFBA 1C0MA 1SKWA 3IAYA 1LWFA 4HTUA 4BE0A 3V6DA 1UOCA 3CM5A 3DRSA 2HNDA 1VSHA 4KV8A 4PY5A 3DRPA 4CJUA 3SQ4A 4E7LA 3MXMA 2PY5A 3ZT4A 1A5XA 4J2BA 3P83D 1QSLA 3DLEA 2QXFA 3CM6A 3SI6A 4N41A 2VWKA 3PO4A 3DLRA 2HHUA 2AJQA 4KB1A 1QQCA 2HNZA 4DTNA 4IBNA 4LSNA 5DK5A 1RBVA 3TAQA 1T7PA 2VG7A 1RDAA 3S3OA 3BDPA 2ZQBA 4RW4A 1J53A 1LW2A 4CEZA 4PA1A 2IDOA 1GOBA 2YHAA 5FROA 5CYMA 4EP5A 3NGZA 1SKSA 4FJLA 1LW0A 4DTOA 2BE2A 3KLFA 2HNYA 2X6SA 4OGEA 3L3UA 4F3OA 3KLHA 1HRHA 5JS2A 3V9WA 3K5MA 1U4BA 3VA3A 3HO1A 1S1UA 4CF2A 2HVHA 4N76A 1VSMA 2GV9A 1NK5A 1TKDA 3RWUA 4PWDA 4FJGA 4F8RA 1RT4A 1ZBUA 1C0TA 3VQDA 3S9HA 3TI0A 4CCHA 1L3TA 3M8SA 3ZSYA 1YT3A 3ALYA 4LH5A 4F2RA 3CYMA 3NDKA 2KZMA 3K5LA 4GVMA 3KD5E 3DM2A 1REVA 4O0IA 3O4QA 1SKRA 1SL2A 1ASUA 1TK0A 4CF8A 3V81A 1B92A 3TAGA 1QSYA 2XO7A 4FLVA 3KK1A 3OYHA 2XRIA 2DFEA 4B9NA 1ASVA 3QEWA 4F2SA 5I3UA 3KKSA 4E7IA 1I39A 3HXMA 4FCYA 4CFBA 4CESA 4CGIA 1RBTA 4CHOA 4YFUA 4ZTJA 2HVIA 4AHRA 1HYZA 3HK2A 1EKEA 2QKBA 3IRXA 2B5JA 1RDBA 2IAJA 3L2WA 1NKBA 4KPYA 3DLHA 3MXIA 2G8FA 1QS4A 1J9AA 1FXXA 3QIOA 4FW2A 2YKMA 3SPYA 4CK1A 3PX6A 5HP1A 2EHGA 2Z1IA 1X9WA 4FJXA 4NCAA 4BDZA 1VSJA 1RT2A 3VQ5A 1VRUA 1WAFA 4CECA 4O0JA 4W5RA 4RG8A 5CZ1A 4FJHA 1VK0A 1S6QA 3OYLA 4CGGA 4DTXA 3TARA 1LAVA 3MECA 1KSPA 3MAQA 4HUFA 1HQUA 1WSGA 2PYLA 4Z4FA 1NK0A 4CEBA 4ID1A 4EZ9A 3U3GA 4M3UA 4Z0UA 2RKIA 1TAUA 3U3YA 3L2QA 1RT5A 4C8MA 4E3SA 4DG1A 3TAFA 3ZT2A 1Q9XA 1BI4A 1SUQA 3WNEA 3P5JA 4DSLA 1F21A 2VG5A 3ZCMA 4DFKA 4F4KA 3I0RA 3DYAA 1KVAA 4ID5A 2FBYA 1CLQA 4DTMA 2HHXA 2YV0X 1RDDA 4CFAA 2XY6A 3P1GA 3L3VA 4Z4HA 4CEAA 4CEDA 1LAWA 3AA2A 1KLNA 1CXQA 1WSFA 5KTQA 3B6PA 2G8UA 2P5GA 4DQPA 2FC0A 1KCFA 1TK5A 1L3SA 4M3XA 1ZBHA 4J2EA 2KFNA 3DI6A 3LDSA 4TSXA 1TKZA 1BHLA 1HQEA 3DLKA 1TL1A 4DTRA 3LAKA 3SPZA 2P51A 3V9SA 4FJ5A 3ZT1A 3QEIA 4W5NA 4O44A 3THVA 4N5SA 2KQ2A 2OPRA 4FJIA 3VQBA 4Q0BA 4FJMA 4AHUA 4LY7A 4YNQA 4C8KA 1WAJA 2IC3A 4OJRA 3PX0A 1N5YA 1JKHA 2ZE2A 1TGOA 3OJUA 3NF6A 3DRRA 1Z25A 2O4GA 2PYJA 3UIQA 4PUOA 1EXQA 3C95A 3OYEA 1JLAA 1RT1A 2FBXA 3QINA 3JYTA 4DTSA 4CJTA 2A1SA 4IFYA 3RMBA 5C24A 1R0AA 4C8OA 3QERA 3OYIA 1C0UA 1ZBFA 1UA0A 3LAMA 2X78A 4FJJA 2P1JA 1IKXA 1QHTA 3B6OA 1Q9YA 1U47A 4FYDA 3VQPA 1RT7A 1VRTA 4CFDA 4CJSA 1UA1A 4RW9A 1RT3A 3NE6A 1VSKA 3O3GA 5K14A 4E7HA 3PUFA 1JLQA 1KRPA 4CGJA 3VQQA 4CHPA 2X6NA 1KTQA 1JLGA 2FBVA 1HJRA 4DLGA 1NK4A 3SV3A 4BE1A 1ZBIA 2HB5A 5HLFA 3QLHA 5HRRA 4C8NA 4CERA 3U6FA 4IKFA 4NCBA 2G8HA 3AO3A 2Z1GA 4DSEA 2F8SA 4KFBA 5CZ2A 5CY4A 4DFMA 4B9SA 4CJEA 2YNFA 1X9SA 1NK9A 1LV5A 2HHVA 1B9FA 1TKTA 3C94A 5J2QA 2KW4A 3HPGA 1Q8IA 2Z1JA 3HP6A 4FM2A 2D0CA 3TABA 4ELTA 4M3WA 2A1RA 3OYGA 1LWCA 4CGDA 1CZBA 2OPSA 1ZBLA 1HPZA 4B8CA 4CEOA 4Z4GA 4I9LA 4C8LA 1S9GA 3TWHA 1NOYA 3AVCA 2YNGA 3QNOA 4KKOA 1L3UA 4B9MA 1T05A 4I9QA 2HHSA 4CFCA 3V4IA 1KFSA 1KVCA 2GUIA 1J54A 3FFIA 1S6PA 3TAMA 3S3MA 5D3GA 4Y1CA 4FW1A 1C6VA 2G8WA 3NH0A 2RN2A 3H08A 1WLJA 3RRHA 3RMAA 4CJWA 1NJYA 3SUOA 3G10A 5KRSA 3CQ8A 1NKCA 4RW8A 1RTIA 1TV6A 4IFVA 4AHCA 3PX4A 1QTMA 3F73A 4Z4EA 4FXDA 1WN7A 4NYFA 2YHBA 4IG0A 3ULDA 4ZTFA 1L3VA 3NF9A 4DQSA 2KTQA 4FLWA 3WNHA 1D8YA 2HMIA 4HCBA 3VN5A 2Q3SA 1HYVA 3DLBA 3RR7A 2F8TA 1JLFA 5J1EA 3OS2A 2P5OA 3EZ5A 3SUNA 4CEEA 4KHUA 2HHQA 4GW6A 3ASMA 4R5PA 1JXBA 3HVRA 4DFJA 1A5VA 3SQ1A 1CXUA 2EX3A 3OYDA 4NYNA 2OYQA 3LP0A 3HL8A 2RF2A 3DOLA 4OKJA 3AO4A 3K59A 1C1CA 4KHWA 4FLXA 4DS5A 4Z4IA 4FK2A 1VSEA 1UAXA 3SUPA 4NCGA 3KLGA 2G8KA 3ZSRA 3MEDA 1IKYA 3V1OA 3NF7A 3OYBA 3VA0A 3A2FA 3ZSXA 4HVJA 3OYAA 3NCIA 1MU2A 5HRNA 3AV9A 4KREA 1WSJA 3TAPA 2PZSA 4CEFA 2OPPA 1C1AA 3M8PA 4OVLA 3WNFA 1S1XA 4FM0A 3OYFA 3LP2A 3D0PA 4DF8A 4KAZA 1IO2A 3M8RA 1HNIA 4CJQA 1LWEA 3OYJA 4DTPA 2G8VA 1DTTA 3VQ6A 3LWLA 3QIPA 3KJVA 3AO2A 1D9FA 3PO5A 4FJ9A 3VQ8A 3C6TA 3RRGA 3ITHA 4FLTA 3L8BA 4M3ZA 2B4JA 1JL2A 3K5OA 5HBMA 4B9VA 1K6YA 2D0BA 2IOCA 4CJ4A 3ISNC 4M3TA 4KI4A 3HPHA 1NK8A 3LANA 3LPTA 2JGUA 3VQ9A 2DFHA 4O4GA 1RILA 4O55A 2XY7A 1DTQA 3MXJA 1NK7A 4B9TA 4RW7A 3T19A 3OYNA 3G0ZA 3ZSZA 3V9UA 3SYZA 3K57A 4ZHRA 4CHNA 5KI6A 5J2NA 3KTQA 4FLYA 4EZ6A 1QE1A 5E41A 1S5JA 4H8KA 5SWMA 4XIUA 4CJLA 4KTQA 2DTUA 1U45A 4E1NA 4CF0A 1BI4B 3ZSOA 3RMDA 3WNGA 1U48A 4CK2A 3HYFA 4LSLA 2Y1IA 4M3YA 2G8IA 2JLEA 2XY8A 4B3OA 3LP1A 3NGIA 1RT6A 1XWLA 5HROA 1D9DA 2DY4A 5JS1A 4O5BA 5KGWA 3VQ4A 1XI1A 3EY1A 3QETA 1NOZA 4CJVA 1EP4A 4W5QA 3AVGA 2DFFA 4CIEA 3O3HA 3NH2A 4CJ5A 4CIGA 4FLUA 3C6UA 3SNNA 3HJFA 3ZT0A 1X1PA 2IGIA 2ITGA 3E01A 4DU4A 4LD0A 2BGGA 4M3RA 4F3TA 4CGHA 4G1QA 3NBPA 1G15A 3V1RA 4KHQA 3BGRA 2OZMA 3L2RA 3OYCA 2ATQA 1IG9A 4FJ8A 3TAEA 3ZSWA 4B8AB 1RNHA 3KIOA 2HHWA 1BQNA 5KGXA 3KD1E 1RTDA 2I5JA 3I8DA 1FKOA 3ZSVA 3RTVA 1NJXA 4KO0A 3VQEA 4HCCA 2D0AA 4CJKA 3NH1A 4ELUA 4DFPA 3OY9A 1NK6A 5T7BA 4WE1A 1RTJA 2HW3A 3OJSA 4MQ3A 4CJRA 3VQCA 4KI6A 3RMCA 1BCMA 3AA3A 5C42A 1S1VA 2BANA 4CHZA 3LP3A 4E7JA 1VSIA 4H4OA 4I2QA 3K5NA 1NKEA 4IDKA 3OS1A 1VSDA 1B9DA 4M41A 4BACA 3OYKA 4FLZA 1U49A 4OKKA 2Y1JA 1FKPA 1XC9A 1BIZA 4BE2A 3QO9A 1NJWA 1BCOA 4B08A 5KRTA 4K8XA 3LZJA 3NGYA 2GBZA 3SUQA 5I42A 1WNSA 1FK9A 2ZD1A 1L5UA 4KHYA 3NF8A 1CZ9A 1D5AA 1TL3A 1JXEA 1X9MA 3S3NA 3SZ2A 4FJ7A 1WSIA 4BWJA 3F9KA 3DMJA 4CEQA 2RPIA 4CK3A 1RDCA 1S1TA 4H4MA 4AHTA 3AVMA 4FZXC 3NFAA 4DSJA 3ZSQA 2XY5A 3KK3A 4DS4A 1QSSA 5EU7A 1SL1A 2HHTA 3O3FA 4HHTA 3PY8A 1S9EA 5SZTA 1JLBA 4FVMA 4FZZA 1YTUA 3SJJA 3CFOA 1UWBA 2B6AA 3AVKA 4OGCA 1RTHA 5J2MA 3SCXA 1SL0A 4JRPA 1W9HA 3KKRA 4CJFA 3QEVA 3SV4A 2XHBA 4FJNA 3AVFA 1ASWA 3HSTB 4FM1A 4DTUA 1WSHA 2BDPA 3KLIA 4Y1DA 4B9UA 2Z1HA 1IKVA 5CYQA 5FRMA 4E89A 4JS4A 3AVJA 1RBSA 4ICLA 2KFZA 1EETA 1YVUA 2R7YA 1TVRA 3HPOA 4KTZA 3K58A 2X74A 3HVTA 2YNHA 4RW6A 4CHYA 4N47A 3KLEA 4PQUA 3RR8A 4AHSA 2FBTA 2WOMA 4KHNA 4HUGA 1HNVA 1N6QA 4I2PA 1RCHA 3AVHA 3EYZA 4DQQA 3K2PA 4QCLA 4FK4A 3AVNA 1A5WA 2F96A 3V1QA 4E7KA 4KTWA 3L2UA 1Y97A 1JLCA 4N56A 1NJZA 1O1WA 1Z26A 1YTAA 3MEGA 4JRQA 2O4IA 3MEEA 3LWMA 3OYMA 4DSKA 3KK2A 4KHSA 3ZT3A 1BGXT 2YNIA 4LH4A 4W5TA 3NHGA 3LZIA 4DWIA 2E4LA 2IS3A 2KZZA 2WONA 2QKKA 1XHXA 3PV8A 4GMJB 1U04A 4OLAA 2D5RA 4UQGA 4OPKA 1VSFA 4JLHA 1KFDA 3AVAA 4B9LA 4M45A 4CF1A 4DF4A 4QAGA 4EP4A 4Z4CA 2YKNA 3CG7A 4JS5A 1DLOA 3DOKA 4DMNA 1IKWA 3SQ2A 1BL3A 1VSLA 3OS0A 4BDYA 4DQIA 4CF9A 4CE9A 1XHZA 1WSEA 1TKXA 2LSNA 4AILC 4BDPA 4K8ZA 4KRFA 1GOAA 3AVLA 3QESA 3V9XA 3SQ0A 4E1MA 1HYSA 5DMRA 3AVBA 3HT3A 1EX4A 4L8RB 3TR8A 3QEXA 2QK9A 5HRPA 4IG3A 3QNNA 4CIFA 4ELVA 2OA8A 4KB0A 5C25A 1IH7A 3HP9A 3IS9A 3I0SA 4OPJA 3LPUA 4W5OA 3HM9A 3V9ZA 3TANA 3T3FA 1GOCA 3L2VA 5J2PA 3AA5X 1BISA 1T8EA 4AHVA 1TK8A 4CJPA 4Q5VA 5FRNA 3JSMA 4J2AA 3CFPA 4DSFA 5HRSA 3AA4A 3DLGA 4DLEA 3AO1A 3T1AA 3AVIA 2ETJA 1S1WA 1RBRA 4OKEA 2OPQA 1JLEA 4E19A 3VQAA 4FZYA 4FJKA 1RBUA 3NAEA 1BQMA 4M42A 1HMVA 4DTJA 3AO5A 2VWJA 4J2DA 2E6LA 4DQRA 2NUBA 1ITGA 1KLMA 3VQ7A 1KVBA 4DU3A 1C1BA 3QEPA 4DSIA 1I3AA 4FK0A 3OVNA 4OLBA 4QOZB 1BIUA 4CHQA 4DU1A 1J5OA 4I7FA 4BWMA 2VG6A 3LALA 5FDLA 4CGFA 3M8QA 3O4NA 4AH9A 1SV5A 4CJ3A 2OZSA 1TAQA 4E0DA 3D45A 1ZYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W42A 2E6MA 4U7BA 3IG1A 5HL7L 1EWRA 4DV6K 2O8BB 1XUPO 4EAHD 4BE0A 1UOCA 2HNDA 3WXMB 4U67L 3SQ4A 4H5RA 2QM1A 3FZMA 3CM6A 1IV0A 3FLCO 2VWKA 1OVQA 1VHXA 1NGJA 5AZIA 4H0TB 3QICA 4Z94A 4WCEL 3T69A 1X9JA 1RBVA 5I9EB 3E66A 4PA1A 4EP5A 3THWB 4FJLA 3NGZA 1C0FA 4DTOA 5BPNA 3L3UA 5ADXA 3BUZB 1U4BA 3VA3A 3THXB 1S1UA 1U2VB 3FE1A 4N76A 1VSMA 3RWUA 1TKDA 4FJGA 4F8RA 1IG8A 1C0TA 4LF9K 3SMSA 4CCHA 2KKZA 4K42A 1YT3A 1N34K 3CYMA 3ENHA 4GVMA 1REVA 2E8AA 3O4QA 1ASUA 5BRFA 4CF8A 1B92A 3TAGA 2XO7A 1M1KO 1ZC6A 2YJEA 3CJAA 3CPWM 3QEWA 4KH4A 3KKSA 4E7IA 1WUAA 5M1KA 1EO1A 3FGUA 4IO8A 4ZTJA 2HVIA 4CBWA 4AHRA 3DXMA 2QKBA 3PSIA 3IRXA 1J9AA 3H1QA 3HK2A 2YKMA 5HP1A 1X9WA 2ASPA 2EHGA 5LJWA 3VQ5A 4ISGA 3LDNA 1YF5L 1I94K 1S6QA 2H3GX 5AQQA 4CGGA 3TARA 1LAVA 3MAQA 2O8DA 3VGLA 4Z4FA 1NK0A 4CEBA 4ID1A 1TAUA 5E84A 4Z0UA 3H1VX 4C1NK 4DG1A 4XEIA 1SUQA 4H03B 3P5JA 4DSLA 4F4KA 5C2DA 5EVZA 1RDDA 1JCGA 3P1GA 3L3VA 3VEZA 4CEAA 1KLNA 5KTQA 2G8UA 2FC0A 4NXNK 3DLKA 2QW9A 5BR8K 4N5SA 4FJIA 4Q0BA 4FJMA 4AHUA 2UUCK 4C8KA 1WAJA 4OJRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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