3VQ8A

Hiv-1 in core domain in complex with (3r)-3,4-dihydro-2h-chromen-3-ylmethanol
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 51
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq8A00
2DFFA 3VQ4A 1TK8A 4E7IA 1NK7A 2E6LA 2FBXA 3QINA 4GMJB 3LZJA 4XIUA 3HK2A 3KK2A 4CJQA 3OS0A 1D9FA 1JLBA 5KGXA 1QE1A 2YNHA 2F96A 2PZSA 1HQEA 3KLIA 3TAEA 3VQ8A 1RBVA 4E19A 2BGGA 3AVNA 1KCFA 3AO1A 3K5NA 1C1BA 3TR8A 2X6SA 3SYZA 3DRPA 3DLBA 3ZSVA 2WONA 3QERA 4KAZA 3RWUA 3C6TA 3SQ1A 1RTJA 3O4NA 3L2QA 4BWJA 4CESA 5HRPA 2PYLA 2JGUA 5E41A 1SL2A 4CK2A 4FK4A 1FKOA 1KSPA 2XRIA 4PWDA 4LY7A 3AO3A 5KGWA 2F8SA 4Z4HA 3SQ0A 5J2NA 1TV6A 3KKSA 3MXIA 4FJGA 3OY9A 5KTQA 1IKYA 4CF0A 3M8QA 3ALYA 4FJLA 1BCMA 1JXBA 3MEGA 5SWMA 3S3OA 4KHUA 4FW2A 3NHGA 5HLFA 1CZBA 3KLEA 1NOYA 2E6MA 2X74A 3AV9A 1GOAA 1F21A 3ASMA 3FFIA 3M8SA 4CJ4A 4FJ9A 3K57A 3CG7A 2IGIA 3ZT4A 1SKSA 1S1UA 2Z1GA 1TKDA 2B4JA 4O55A 4CEBA 1TVRA 3V9WA 4CJTA 1WN7A 3OYEA 2KQ2A 1GOCA 4EZ6A 1B9FA 1JLFA 3VA0A 3T1AA 4QOZB 1LAWA 2NUBA 4HVJA 3KLFA 3JSMA 1ZBLA 3NGIA 3OYLA 4KREA 4ID1A 3HVTA 3SUQA 2GUIA 3KLHA 1UA0A 4DU4A 3DMJA 2OPSA 3DOLA 1Q9XA 1T7PA 4O44A 2FBYA 2ZD1A 1C0UA 3CFPA 4KHYA 4W5QA 2VWJA 1U45A 1XI1A 1BIZA 4LD0A 3ZSQA 4CERA 4DS4A 2YNIA 4IKFA 4CHQA 2PYJA 2HVIA 4ZTJA 4W5RA 1Z26A 1VSJA 2BDPA 3DLRA 3IRXA 1RDDA 3K2PA 2D0BA 1EP4A 2VG5A 1VSKA 5J2MA 4FZZA 2RPIA 2YNGA 3DOKA 5FDLA 2IC3A 4CEEA 1NKEA 1B9DA 3VQAA 1JL2A 2YHBA 3HSTB 4FM0A 4CK3A 1S1WA 1RDCA 3OYJA 1C0MA 3DRSA 1IH7A 3TAPA 3OYHA 4OKEA 1CLQA 3MAQA 2EHGA 2W42A 4BE1A 2YKNA 2IS3A 1BHLA 4DTSA 1TL1A 4BDPA 3BGRA 2X78A 1WSEA 1L5UA 3THVA 3K5MA 2GV9A 2VG7A 2XY8A 4CFAA 4FJXA 4KTWA 3V1QA 2QXFA 4UQGA 3QIPA 4CGGA 4LH4A 4DG1A 4CJPA 3HT3A 3TWHA 3HP9A 1DTQA 4RG8A 4IBNA 1RT7A 2BE2A 4NCBA 3V6DA 4DTRA 2KFZA 2GBZA 5KRSA 3HPHA 3OYFA 2YKMA 3CQ8A 2PY5A 4OPJA 4N76A 3NGYA 4CEAA 3HPOA 1ASWA 4RW4A 4M3RA 2YV0X 3NE6A 5I42A 4ZTFA 3VQBA 4CJSA 4IG3A 4AHCA 3OYDA 4FLYA 3AVLA 4DQQA 1ZBHA 4ELUA 1X9MA 1I3AA 4FXDA 1KVBA 4OKJA 4M3YA 4KI6A 4CJ3A 1VRTA 4F4KA 4FLWA 4KHNA 3MXMA 1QSSA 4CEOA 3NH2A 4BDZA 4B3OA 3WNEA 2OPQA 4CFBA 3SUPA 1L3UA 1U48A 2B6AA 4DSIA 3LALA 4NCAA 5J2QA 3I0RA 1EETA 1ZBIA 3K5OA 4LSNA 3VQQA 4PQUA 4JRPA 3QEWA 4EP4A 1MU2A 2IAJA 1Q9YA 3OS1A 4FJ5A 4OPKA 3O4QA 1RBSA 2KZMA 4RW9A 4QAGA 3PX6A 1D9DA 4CCHA 3PX0A 1GOBA 4KTZA 4N5SA 3SNNA 4B9UA 4CECA 3CFOA 5C25A 3SV4A 3ULDA 4CGIA 1NKCA 3HPGA 1TK0A 1ASUA 2OZSA 1QSLA 1RTHA 1WSJA 2FBTA 1LV5A 2DY4A 2G8HA 1WSHA 3P1GA 3OJSA 1RNHA 3DLHA 4LSLA 4CJVA 3K58A 3L2WA 4C8MA 2YNFA 4E89A 1XC9A 4ICLA 3PO4A 4DTOA 1WSFA 4N41A 1I39A 3K59A 2KZZA 1REVA 1RDAA 1WAFA 3ZT0A 1BIUA 1VSEA 4H8KA 4B8CA 4DF8A 4M3WA 3G0ZA 4HUFA 3F73A 1J9AA 1NK6A 4CGDA 5JS2A 3M8PA 4DTUA 2D0CA 3ZSXA 4DLEA 2Y1JA 1RCHA 3MEEA 3AA2A 1QQCA 4CJUA 4B9VA 3LAKA 3SQ2A 2OPPA 3AO4A 3VA3A 1XHZA 3DLKA 3EYZA 1IKXA 1JLAA 1A5XA 2HNYA 2HHQA 3AVFA 1EX4A 2XY5A 2R7YA 4CHOA 4NCGA 4FLXA 5T7BA 4CJKA 4O5BA 3LWMA 1NK8A 4KB0A 4J2BA 2DFEA 4I2QA 4JLHA 3ZSZA 3DYAA 3L3VA 3SUNA 1IG9A 3ZSOA 3LPUA 3V1OA 3RMAA 2OZMA 4KB1A 3H08A 1TAQA 3G10A 4CF9A 4CF8A 3QESA 4FJ7A 3AVHA 4Y1CA 4OKKA 5DMRA 1Z25A 4GVMA 3S3NA 3AVMA 1L3VA 4DLGA 2Z1JA 4N56A 2HNDA 4M3UA 3U3YA 3SV3A 3OYBA 1DLOA 4M41A 3EY1A 1JLGA 1UAXA 1DTTA 4CF2A 3LANA 3KKRA 4KHQA 2G8IA 3O3HA 3VQ9A 3RTVA 4CE9A 4DFPA 3C94A 3DI6A 5FRMA 2QKKA 3HJFA 1HQUA 3QNOA 4HCCA 1NK9A 4ID5A 3JYTA 1SV5A 4OJRA 4DSKA 1VSFA 3WNGA 4JRQA 3V9SA 1B92A 4I2PA 3NF7A 1RT6A 3O3GA 1RT5A 3SI6A 2FC0A 1BQNA 3QLHA 1C1CA 3OYAA 4E7KA 1TKTA 4CEZA 3BDPA 4DFMA 2IDOA 4BACA 2P5GA 2E4LA 1JLCA 1W0HA 3LP0A 4CJFA 4CJWA 1TL3A 3RR8A 4DQPA 1KLMA 1QS4A 4Z4CA 3WNHA 3SJJA 1TK5A 3OYGA 5C24A 1HPZA 4E3SA 4C8OA 1D5AA 5CZ2A 1S9EA 3SPZA 1JXEA 1S1VA 4M42A 1KFSA 4EZ9A 3M8RA 2HHWA 3TI0A 4CIGA 4B9LA 2WOMA 1RBRA 2HHXA 3AO2A 4FJ8A 4O0IA 1BI4A 3LWLA 2HB5A 1LWCA 3ITHA 4F8RA 3RRHA 1RT1A 4FM2A 3ZT3A 4ELTA 4CF1A 2A1SA 2Z1IA 2A1RA 2ZQBA 1JL1A 1FKPA 1S9GA 1VSMA 1WSIA 3CM6A 3QEVA 3L2UA 3DLEA 4F3TA 3HVRA 3LZIA 3AA3A 3VQ6A 5HRSA 2RKIA 3MXJA 1TAUA 3PV8A 3ISNC 3QO9A 3TAFA 3TARA 4KI4A 5HROA 1VSIA 3U6FA 3VQDA 4AHUA 5FRNA 4CJLA 3DRRA 2HHSA 1W9HA 3VQPA 2G8KA 1HRHA 4DF4A 1LWFA 1S6PA 1K6YA 1ASVA 4AHSA 3OYKA 4KHWA 4E1NA 3RR7A 1BQMA 3OYCA 4DQRA 4RW8A 3ZT2A 2Z1HA 4HHTA 4I9QA 4CK1A 2Q3SA 4KRFA 1TGOA 1NJZA 5HP1A 4FZXC 3OYMA 3SZ2A 2OA8A 1RTDA 3IG1A 4Z4GA 3P83D 4I9LA 2X6NA 1SKWA 3V9ZA 3KD5E 2RF2A 2QK9A 5JS1A 4PA1A 3MEDA 4WE1A 1U49A 4B9NA 2AJQA 3VQ5A 3LDSA 4DU1A 4DTXA 3KD1E 5D3GA 4DFJA 4E0DA 3V4IA 3L3UA 1CXQA 2F8TA 4J2EA 4FJHA 4KHSA 2O4GA 1KTQA 3KK3A 3TAQA 1NJXA 1KRPA 2D0AA 3LP1A 5J1EA 2XO7A 1XHXA 3P5JA 2VG6A 4H4MA 4O4GA 4BDYA 3V9UA 4FVMA 3OS2A 4DTNA 3SUOA 1ZBUA 4KFBA 5HBMA 4E7HA 3S9HA 3L2RA 1NJWA 4Z0UA 4CEQA 1X9WA 4KV8A 1LAVA 1N5YA 3IS9A 3NDKA 3QETA 1S6QA 4AHTA 4C8LA 2HMIA 1A5WA 1RDBA 2VWKA 1IKWA 1YT3A 4C8NA 1EKEA 3ZCMA 3PX4A 1QTMA 2LSNA 4KPYA 3AVIA 3KLGA 4CHNA 1LW2A 4BE0A 4DQIA 3HM9A 4OVLA 3OYNA 4FLZA 1J54A 3S3MA 1SL1A 4KKOA 3B6PA 4MQ3A 5I3UA 4CHPA 2P5OA 3A2FA 1BISA 3AA4A 3VQEA 3WNFA 4DS5A 1FXXA 5K14A 3RMBA 3OYIA 4JS4A 2B5JA 1N6QA 4CJEA 3F9KA 4DSFA 1XWLA 2Y1IA 4OLAA 4F3OA 3LP3A 3NF9A 4M3ZA 2QKBA 4AHVA 3C6UA 4M3XA 3D0PA 5J2PA 4FYDA 1TKZA 4YFUA 3SQ4A 1HNIA 4DWIA 2KTQA 1WNSA 3QEXA 5SZTA 3T19A 1A5VA 4FJJA 3V1RA 1O1WA 2ZE2A 4YNQA 4OGCA 3PO5A 1WSGA 3AVBA 4HUGA 2RN2A 4OLBA 1NOZA 1X1PA 5C42A 4Z4IA 3NAEA 1U4BA 1NK5A 4RW7A 4W5OA 1C6VA 3CYMA 3ZSRA 3OVNA 3NGZA 3T3FA 3EZ5A 4R5PA 1HYZA 4CEFA 3NH1A 4M3TA 3I0SA 1BI4B 4DTJA 1VSHA 3C95A 4W5TA 3CFRA 2YHAA 2IOCA 2O4IA 5HRRA 4KTQA 4G1QA 4KO0A 4CEDA 4QCLA 3IAYA 2XHBA 4FLTA 5KI6A 1NK4A 4NYNA 1JLQA 2ETJA 3QNNA 2HHTA 1S5JA 1T8EA 4K8XA 1ZYQA 4FJMA 4FJNA 1Y97A 3NBPA 2FBVA 3AVKA 4AH9A 4Q0BA 1BCOA 1LWEA 2BANA 4HTUA 3HO1A 2HHVA 4Z4EA 4IDKA 1CXUA 4CFDA 1J5OA 3NF6A 1JLEA 4F2RA 2JLEA 4BE2A 4DTPA 3QIOA 4Q5VA 4FJIA 1YVUA 1IKVA 4I7FA 3K5LA 1S1TA 1HJRA 4FK0A 1YTAA 4CHYA 4GW6A 4J2AA 4PY5A 3TANA 1J53A 2I5JA 4DU3A 1QSYA 4CJ5A 4FLUA 1HNVA 3HP6A 2G8UA 1IO2A 4J2DA 4W5NA 1HMVA 3V9XA 3NH0A 3VQ7A 4ZHRA 3RMDA 1Q8IA 4DSEA 4CGHA 4BWMA 4FM1A 1EXQA 4F2SA 3AVJA 1UOCA 1NKBA 3AVCA 1VRUA 4NYFA 4IG0A 4FCYA 3LPTA 4ELVA 1BGXT 3RMCA 1ITGA 3KTQA 5CZ1A 4Y1DA 3L8BA 4B9TA 1G15A 3CM5A 4OGEA 2EX3A 1KVCA 4K8ZA 1NK0A 4FLVA 1BL3A 5CY4A 4DTMA 4CFCA 1T03A 4CIEA 2G8WA 4FZYA 2HVHA 2OYQA 1KVAA 4DQSA 4C8KA 4N47A 2DFHA 1SUQA 1R0AA 1RBUA 1KFDA 1UA1A 3NCIA 4E1MA 3V81A 1RTIA 4B8AB 1SKRA 4IFVA 3PY8A 1NJYA 1HYVA 3VN5A 4HUEA 1C1AA 4CHZA 3RRGA 1L3SA 2HW3A 3L2VA 3D45A 1U04A 1SL0A 4DSLA 4O0JA 2P1JA 3B6OA 5DK5A 3ZSYA 1U47A 4HCBA 4CGJA 1C0TA 3NF8A 4TSXA 4AILC 3E01A 4E7JA 3AVAA 4IFYA 1L3TA 2XY6A 3TABA 1X9SA 1RT4A 1S1XA 2ATQA 4AHRA 2HHUA 3HXMA 1FK9A 3LP2A 1VSDA 3PUFA 3HYFA 3ZT1A 3NFAA 4E7LA 3SPYA 3TAGA 3KJVA 3TAMA 4CJRA 3AVGA 3KIOA 4L8RB 1UWBA 3U3GA 1YTUA 2KW4A 2G8FA 4LH5A 1D8YA 4FJKA 2ITGA 3DLGA 4MFBA 3DM2A 5CYQA 4JS5A 2KFNA 4DFKA 4M45A 2OPRA 3I8DA 4PUOA 4B08A 3ZSWA 4B9MA 1QHTA 4Z4FA 5FROA 3AA5X 3VQCA 3QEPA 1LW0A 4B9SA 4FK2A 4H4OA 2XY7A 1CZ9A 1VK0A 5HRNA 3O3FA 5KRTA 3MECA 1T05A 1TKXA 4RW6A 1RT2A 1ZBFA 3HL8A 3AO5A 4CIFA 3UIQA 4EP5A 2P51A 1KLNA 2G8VA 1RILA 4FW1A 2HNZA 3OJUA 3SCXA 5CYMA 2D5RA 1HYSA 5EU7A 4CGFA 3QEIA 4DMNA 1WLJA 1RBTA 1RT3A 3KK1A 4DSJA 2DTUA 3LAMA 1WAJA 1JKHA 1VSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GOIA 1NK7A 2FBXA 1RDUA 3LZJA 1HQEA 2W6LA 3TAEA 3VQ8A 1RBVA 4E19A 1KCFA 4H5VA 3LDQA 3SMSA 3QERA 3SQ1A 3L2QA 4JD2A 1DT9A 4CESA 4QS8A 2YI1A 3O08A 4FK4A 1KSPA 2UXDK 4PWDA 1VQPN 4YY3K 3VOVA 3SQ0A 4ISEA 1TV6A 3OY9A 4BR7A 5GINA 3M6GA 4FJLA 5SWMA 3S3OA 3O4WA 3NHGA 1GLJO 2KHOA 1NOYA 3CI5A 5DM6L 2E6MA 3ID8A 4JKEA 1GOAA 3ASMA 2E88A 4FWLA 3CJ1A 3VEOA 3TTFA 3DAWA 1ZBLA 4KREA 1U2VA 1T7PA 4EIAA 4DU4A 3DMJA 1Q9XA 3A5NC 4O44A 4B3MK 3CFPA 4LF5K 4KHYA 1JCGA 2HVIA 4LD0A 3ZSQA 2WTUA 4DS4A 4IXCA 4GV6A 4W5RA 1Z26A 3IRXA 3OBWA 3R6MA 2VG5A 2RPIA 2YNGA 1BA1A 4ISGA 2WBNA 2AP1A 1DKGD 2NRZA 4M7YA 3TAPA 1CLQA 3MAQA 4BE1A 4BRFA 2IS3A 3BGRA 4CZMA 1NGCA 5AQWA 3AAQA 2XY8A 1DTQA 4RG8A 5AZJB 1RT7A 3RVCA 4CZKA 3SAHA 4DV3K 4NCBA 4B3TK 4LF6K 2Q1NA 3LM9A 5BN8A 3CQ8A 4N76A 3VF6A 1ASWA 5I42A 1WBBA 5JS1A 1H1VA 3OYDA 4CJSA 3I33A 2IVPA 4DQQA 4ELUA 2QWMA 4NLBA 4F4KA 1QSSA 4CEOA 4BDZA 3WNEA 4CFBA 4IOCL 3A5OC 3U9DA 2HSTA 2B6AA 3I0RA 4JKGA 2BTFA 2HBJA 3A5LC 5HL7L 4JRPA 4EP4A 5C2DA 3PSIA 4RW9A 1GOBA 4KTZA 3IDHA 4K42A 3SV4A 4A2AA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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