3VQ9A

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq9A00
2G8FA 1WSGA 3K5OA 1SL2A 2HHTA 3ZCMA 3MEEA 4BWJA 1VSKA 5HROA 2Z1GA 3LP2A 3IG1A 2XY8A 3OYFA 3OYAA 3LAMA 3LZJA 1UAXA 3OYCA 4N56A 3AVNA 4KHWA 3QEIA 3AVFA 2ZQBA 4Q5VA 5KGWA 4BWMA 4Q0BA 1TVRA 4C8KA 4F3TA 2D0CA 2PZSA 3QLHA 3DI6A 4IG3A 4HTUA 2FBTA 3NH0A 3QETA 3QIPA 4M3ZA 4E7LA 2IGIA 3DRSA 5J2MA 1RT6A 1VK0A 3T1AA 4MFBA 3BGRA 3DRRA 3ZSQA 3KLEA 2O4GA 4W5QA 1YT3A 3TABA 4CJRA 1U49A 5HRPA 4EP5A 2IS3A 1UOCA 1VRUA 4OLAA 4KV8A 1VSJA 2P1JA 3KK1A 2XHBA 4BDYA 3PX4A 4FJ7A 4IG0A 4E1NA 3MXIA 3RMAA 3WNGA 3M8PA 1J53A 5KRSA 2X6SA 4DFJA 4JRQA 2GV9A 3K5LA 1JL2A 4M3UA 5I3UA 3VQ4A 1RBUA 1QSSA 4FLTA 4IKFA 3OVNA 4CK2A 1EETA 2QKBA 1A5VA 3AO3A 1VSDA 4FJ5A 2G8VA 1C0UA 3F9KA 4C8NA 4CJ5A 1RILA 1ZBUA 3VN5A 4KAZA 1KTQA 1XHZA 1CXQA 4I9QA 4O4GA 2OA8A 2HNZA 3O4QA 5FDLA 5HRRA 3NF6A 4CFCA 1SKSA 4CCHA 2D0BA 4PQUA 1SL1A 4J2DA 3V1RA 1QSLA 4HUGA 1JKHA 4KHNA 1F21A 3CYMA 4ZHRA 1X9MA 3SQ0A 4W5TA 3IRXA 4FLWA 1JL1A 1RT7A 2OPSA 4M3RA 3OJUA 1QTMA 4FJ8A 4E89A 2KFNA 3SYZA 3IS9A 2GUIA 1WAFA 3TANA 1YTAA 4DLEA 1VSIA 1S1TA 3MAQA 4CJQA 1VSMA 5C25A 1HQUA 2FBYA 4F2SA 2X78A 3M8SA 4ELTA 1KFSA 4CIEA 1FKPA 1KVCA 3MEDA 4CEAA 4B3OA 4DG1A 3DYAA 4BE0A 4FZXC 4C8LA 1S5JA 3LPUA 3AVAA 4EZ6A 1S6QA 2DTUA 3CM6A 3VQCA 3HVTA 4Z0UA 3VQAA 4B8AB 1S1XA 4DTRA 3AVBA 3LANA 4OGEA 4FLZA 4DQIA 4FYDA 2IAJA 4KREA 2RF2A 2VG7A 4FLUA 1R0AA 1EX4A 3S3NA 4AHSA 3KIOA 3CQ8A 1HPZA 3KLIA 4H4MA 4CGHA 4R5PA 3HM9A 3D0PA 3ZSZA 4FM2A 1NJWA 3OYDA 1UA0A 2I5JA 1T8EA 1IG9A 3DLBA 1ASUA 1WLJA 1QE1A 2HVHA 4E7KA 2DFHA 3KLHA 4HUEA 1TAUA 3TAGA 3VQEA 1BQMA 3PUFA 1XI1A 3NCIA 3RRHA 2YNIA 1JLGA 2FC0A 3NF7A 2R7YA 5I42A 3NGYA 3TARA 4OPKA 1KLNA 1CXUA 2HW3A 4LSNA 1J54A 4CHOA 1GOCA 4CE9A 3KJVA 3AO2A 1CLQA 1KCFA 5HRSA 4ZTJA 2OPQA 2PY5A 1IKVA 1WNSA 5JS2A 3LWMA 4N41A 1S6PA 4FLVA 4N5SA 3ZSVA 2ZE2A 5HRNA 5C24A 4IBNA 3CFRA 4OKKA 4FM0A 4E7JA 1REVA 3B6OA 4DTMA 3HJFA 4M3XA 1WSHA 4FK4A 1RBRA 4FK0A 4KRFA 1B92A 1XHXA 4GVMA 3OS2A 4YFUA 4DTSA 4RW8A 4BE1A 4Z4GA 1KVBA 3E01A 4ID1A 4QCLA 3TWHA 1JLAA 2OPRA 3SJJA 3THVA 1BHLA 1S1UA 4F8RA 4FW1A 3CG7A 1S9GA 3SPYA 4OKJA 1J5OA 5SZTA 3CM5A 4CIFA 3LP0A 4DS5A 4Z4CA 4LSLA 3LPTA 4DLGA 4M3WA 1IO2A 1LW2A 3NBPA 1JLBA 1W9HA 4DFMA 3HO1A 3ASMA 3V1OA 4W5NA 3VA3A 1C0TA 2O4IA 3QERA 3T19A 1YTUA 4CF8A 4PY5A 1LAVA 3ULDA 3U6FA 3AVLA 4E3SA 1VRTA 4NYFA 1NKEA 1NKCA 3KLFA 4FJJA 2E6LA 4CHPA 2QKKA 4DTJA 3TAEA 4DSLA 5CZ1A 1YVUA 2A1SA 4DTNA 3I0SA 1Z26A 1FKOA 2ZD1A 4H4OA 4O44A 4LD0A 4FCYA 4ELUA 4CFDA 1TGOA 1BCOA 2YHAA 3DLRA 1RTJA 3L2RA 1NKBA 3PO5A 4PUOA 2KFZA 4H8KA 3SQ4A 3RMDA 1O1WA 2IOCA 1SKWA 4LH5A 5HLFA 3HP9A 3HVRA 3QEWA 4C8OA 5KRTA 1L3VA 3HXMA 4Z4EA 4B9VA 3DOKA 4AHCA 4CGGA 3PY8A 3C6TA 4BDPA 1U47A 1NJYA 3RR7A 4OLBA 4DSEA 3AA3A 3OYLA 3CFOA 4DU4A 2Y1IA 3AVJA 4FVMA 2WOMA 2BANA 3DMJA 4E19A 3S9HA 1NK9A 3DLHA 3AO4A 5KI6A 1ZYQA 4KI6A 5CZ2A 3TAMA 4CHQA 4DSIA 1Q9YA 1KFDA 2Q3SA 2GBZA 3HL8A 1HNVA 3OYBA 1SUQA 4Z4HA 1N5YA 4FJXA 2F96A 4GMJB 4CFAA 1JXBA 4E1MA 1RNHA 4KPYA 4AHTA 3SCXA 3K2PA 4DF8A 4CF9A 1L3UA 2PYLA 1TK0A 4NCBA 3K5NA 3ZSYA 1S9EA 3LZIA 4CJWA 1C1BA 1FXXA 1BIZA 3HPHA 4NYNA 3RTVA 4JS4A 2KZZA 3KTQA 4O0JA 3HK2A 4OKEA 5C42A 3SNNA 1Z25A 3C95A 1SV5A 4YNQA 5KGXA 2YNFA 4ID5A 1WSFA 4M45A 3MECA 3DM2A 4J2BA 3L8BA 5JS1A 1NK0A 4K8XA 4KHQA 2HHWA 1HYSA 3G10A 4LH4A 4IFVA 4L8RB 4KTZA 5HBMA 5FRMA 1T03A 3KKSA 3OS0A 1KVAA 4TSXA 1BQNA 3NAEA 3OJSA 1Q9XA 4CEZA 4CF1A 3WNHA 3QNOA 3EYZA 3NE6A 3AVMA 3AVKA 3AA4A 4IDKA 3L2WA 3LP3A 4BDZA 2D5RA 1A5WA 4DF4A 2EHGA 1NK4A 1FK9A 1ZBIA 3WNEA 2FBXA 2ETJA 4DU1A 4KHSA 2DFEA 4AHVA 1RDCA 3NF9A 5D3GA 1NJXA 3OY9A 4KI4A 2AJQA 2DFFA 3ZT1A 1WN7A 3V1QA 3V9SA 3O3HA 3HPGA 4N76A 3HYFA 1IH7A 1RBVA 3M8RA 1TK8A 4M3TA 4B9LA 1A5XA 1BIUA 4JRPA 4KB0A 4FJMA 4O0IA 3OYNA 3KD5E 3LAKA 3OYGA 1RDBA 1ZBFA 3V4IA 3O4NA 4CJEA 4O5BA 4BACA 4BE2A 2HMIA 4HVJA 4CHNA 2Z1JA 3TAFA 4DMNA 4ZTFA 5HP1A 4I2PA 3P83D 4KHYA 3L3VA 3I8DA 1HJRA 4FJLA 3T3FA 1CZ9A 3QEPA 1U45A 3OYMA 2EX3A 3S3OA 4CJ3A 1WSEA 5J2PA 4FJKA 1T05A 4DTPA 2DY4A 4KO0A 2HNDA 4I7FA 2WONA 2B4JA 3SZ2A 2KTQA 3K5MA 3FFIA 1BISA 4CJPA 2F8TA 3QESA 3ALYA 2P5OA 1LWEA 5SWMA 3MEGA 3QNNA 4N47A 3K57A 3NGIA 4PWDA 1D8YA 3VQBA 4KFBA 1KSPA 1JXEA 1VSHA 4CJLA 1QQCA 2VWJA 3V81A 2PYJA 1HYVA 3NDKA 2YV0X 3AA2A 4RW9A 4CHYA 1RTDA 4CHZA 3EY1A 2ITGA 3F73A 1JLCA 1CZBA 4KTQA 4K8ZA 5CYMA 1MU2A 1B9FA 3I0RA 3C6UA 3NFAA 4CECA 1NOYA 4J2AA 1J9AA 4GW6A 2W42A 1ZBLA 1B9DA 1VSLA 4HHTA 1ITGA 5J1EA 2VWKA 3ITHA 3SUOA 3L2UA 5KTQA 1T7PA 1RBTA 3PX6A 3AA5X 3QEVA 5J2QA 4FZYA 3DLEA 2XRIA 3V9ZA 3AVIA 4CJVA 4AHUA 2OYQA 1G15A 2YKNA 3KKRA 4OPJA 2Y1JA 4E0DA 1RBSA 3KK2A 4I9LA 3KLGA 1RT5A 1L3SA 3QO9A 3VQ9A 4OJRA 4CJUA 4UQGA 3RMCA 1VSEA 4CERA 4CGIA 3RMBA 4Z4FA 3RRGA 1QSYA 3SUNA 1W0HA 2BDPA 1SKRA 4G1QA 3PO4A 3H08A 3VQ7A 1LV5A 1D9DA 1X9WA 4KTWA 4HCBA 4OVLA 4DFKA 5FRNA 2QK9A 2OPPA 3JYTA 4CJFA 1VSFA 4CJKA 2G8UA 4JLHA 3AVGA 4KB1A 1X9SA 2P5GA 3OYEA 4AILC 1RT1A 4C8MA 3RWUA 4KHUA 1GOBA 2YNHA 2B5JA 1BCMA 5EU7A 2Z1IA 3ZT2A 2HHVA 5FROA 4F4KA 3SQ1A 4B9MA 4DTXA 1NOZA 4FW2A 3HPOA 2P51A 4F3OA 2RKIA 1UA1A 1U4BA 4RG8A 4AH9A 1JLQA 2E4LA 3NF8A 2YNGA 4JS5A 1GOAA 1NJZA 3UIQA 3VQPA 1IKXA 4ICLA 1L3TA 3OYHA 4PA1A 4DS4A 2G8KA 1RT4A 2G8HA 1ASVA 1LWFA 3ZSWA 5DK5A 1S1WA 3VQ5A 3HT3A 3AO1A 4CF0A 1Q8IA 3JSMA 3AO5A 2HB5A 3A2FA 1DTTA 3P5JA 4RW7A 3IAYA 2HHSA 1WSJA 1UWBA 1LWCA 3AVCA 4LY7A 4OGCA 3U3GA 3U3YA 2HVIA 5DMRA 3ZSOA 3QEXA 2HHQA 4CEBA 4CK3A 1DLOA 3C94A 3EZ5A 4FJHA 4DQQA 2Z1HA 4FXDA 3SV4A 1BI4A 2HHXA 1TAQA 5T7BA 2RPIA 4CK1A 3DRPA 3D45A 3LALA 3L2VA 1D9FA 2VG5A 1SL0A 3TI0A 2VG6A 3OYKA 4CEEA 1U04A 2E6MA 3OYJA 4CIGA 3WNFA 4CEDA 4CFBA 4W5RA 1BGXT 1D5AA 1QS4A 1I3AA 4CGJA 1L5UA 4FJIA 4RW4A 3DLGA 3V6DA 1C1AA 1HQEA 1NK8A 2X6NA 1NK6A 3VQ8A 3K58A 3KD1E 1RT2A 1EXQA 4DFPA 3ZSRA 1X1PA 2B6AA 3OS1A 4QAGA 3HP6A 4FLXA 2G8IA 3ZSXA 4FLYA 3DOLA 4DQSA 1XC9A 4ELVA 1RCHA 4FJ9A 4B9UA 1TKZA 3MXJA 3V9WA 4AHRA 4DWIA 4HCCA 1KRPA 3NHGA 3K59A 3VA0A 1EP4A 1IKWA 2LSNA 4NCGA 2F8SA 2JGUA 3B6PA 4DQPA 4FJGA 3G0ZA 1TKXA 2D0AA 1C0MA 4I2QA 3SPZA 4MQ3A 3AV9A 1HYZA 3L3UA 4Z4IA 4DSFA 1I39A 2YKMA 4WE1A 3LWLA 3TR8A 1RTIA 4DTOA 1IKYA 4B9NA 1C6VA 1RDAA 4IFYA 3V9XA 3NGZA 4XIUA 1BL3A 5CYQA 4CJSA 2XY6A 3TAPA 1N6QA 3ZT0A 2HNYA 1TKTA 1RTHA 3SUQA 1Y97A 3KK3A 3QIOA 1WSIA 2XY5A 3ZT3A 2KQ2A 4QOZB 1NK5A 4E7HA 4DSKA 2BE2A 1C1CA 2IDOA 3NH1A 3O3GA 4HUFA 2BGGA 4E7IA 3O3FA 2JLEA 1HRHA 5K14A 4CESA 4CJ4A 3LDSA 1BI4B 4M41A 3MXMA 4O55A 1WAJA 2YHBA 4FJNA 2A1RA 2FBVA 3QINA 5J2NA 1LAWA 4CGFA 4J2EA 3VQQA 4CJTA 2HHUA 3BDPA 1QHTA 4W5OA 4EP4A 1ASWA 3PV8A 2ATQA 3M8QA 3DLKA 4Y1DA 4CEFA 4DQRA 3SI6A 3V9UA 4F2RA 2G8WA 3AVHA 1XWLA 1HMVA 3NH2A 4B8CA 3VQ6A 1NK7A 1ZBHA 2NUBA 4DSJA 3CFPA 1RT3A 2XY7A 4FM1A 2KW4A 2RN2A 1TV6A 3TAQA 3OYIA 4EZ9A 3SQ2A 3RR8A 4DTUA 3P1GA 4CEQA 3L2QA 4CGDA 4M3YA 1LW0A 4KKOA 3ISNC 3ZT4A 4B08A 4M42A 2OZSA 2KZMA 1JLEA 2OZMA 1TL3A 2IC3A 2XO7A 4CF2A 4CEOA 3HSTB 3SUPA 3S3MA 1TK5A 1TL1A 3VQDA 5CY4A 1EKEA 1S1VA 1TKDA 4NCAA 4Y1CA 3SV3A 1U48A 1DTQA 1K6YA 2X74A 3LP1A 5E41A 3PX0A 1JLFA 4FK2A 2QXFA 1HNIA 4DU3A 1RDDA 4RW6A 4B9TA 1KLMA 4B9SA 4FZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RVCA 5AFUH 1DEJA 3ZCMA 2ZJRL 5AQQA 2UUBK 3LP2A 3IG1A 5H1SQ 4N56A 4NXMK 3QEIA 4C1NI 5AZJA 4F9OA 4BWMA 1TVRA 1M90O 4F3TA 3QLHA 3QIPA 4M3ZA 4BR9A 3CCJN 4E7LA 3DRSA 4DR7K 4MLHA 5ADXA 3BF3A 3ZSQA 4Z94A 4CJRA 2I7NA 4H5VA 4BGBA 1GLCG 1D4XA 4EP5A 2IS3A 3TPQA 5HRPA 5AQJA 4YOTA 4KV8A 1VSJA 4FWKA 4OLAA 4BDYA 2UUAK 4CZGA 3SJHA 3M8PA 1J53A 4KH5A 3VESA 4DFJA 4JRQA 1JL2A 2ASMA 3VF4A 1XMOK 3VQ4A 5FPEA 1QSSA 1EETA 2QKBA 1VSDA 3C0BA 3N4PA 2G8VA 3EE9A 2QM1A 4CJ5A 2JWKA 3SLCA 3P39A 3VN5A 1KTQA 4KAZA 1XHZA 4I9QA 5KPRA 3AAPA 2HNZA 5HRRA 2O8BB 4CD1A 4CFCA 3JXUA 5CHIA 2GELA 1JKHA 5EY4A 2QWNA 4BVOA 3PIOL 3HOTA 5AZJB 4FJ8A 2W41A 3OJUA 3ZX0A 3CCLN 2GUIA 1Y64A 1HQUA 2FBYA 3JAMO 4F2SA 1KVCA 3MEDA 4WCEL 4C8LA 1S5JA 4KH4A 2WC9A 4OPHA 3VQCA 4Z0UA 4BR2A 1ESVA 4OGEA 4FYDA 2IAJA 4KREA 2VG7A 4FLUA 1EX4A 4IWVA 4AHSA 5EX5A 4DV3K 3ZETA 3D0PA 1NJWA 2I5JA 3CJ1A 1N32K 2DFHA 3TAGA 1BG3A 3TARA 2YNIA 1JLGA 1KLNA 5I42A 3NGYA 4CHOA 1YAGA 4O5FA 3KJVA 4ZTJA 5HRSA 1BUPA 3K9JA 2ZE2A 4FWOA 1REVA 3B6OA 3VF2A 1RBRA 4KRFA 3U9ZA 1B92A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4HCC A;  1KRP A;  5C15 A;  5BPM A;  4B3T K;  2QTD A;  1OVQ A;  2NRT A;  3VOV A;  5GAG P;  3LDL A;  3DXK A;  3EZW A;  3GE1 A;  4FJG A;  3ZYY X;  1C0M A;  3S41 A;  4I2Q A;  3SPZ A;  3L3U A;  4DSF A;  4ISG A;  2ZWH A;  3SAG A;  3EEQ A;  3TR8 A;  5AQL A;  2XY6 A;  4CJS A;  2HNY A;  1RTH A;  1QHA A;  4BR5 A;  3QIO A;  1WSI A;  2V7Z A;  4FPB A;  2KQ2 A;  2XY5 A;  1NK5 A;  4E7H A;  4DSK A;  3NH1 A;  4EFH A;  4HUF A;  3SK3 A;  4E7I A;  5K14 A;  4CES A;  1RDW X;  2YHB A;  4FSV A;  3QIN A;  5J2N A;  4BRM A;  3VQQ A;  5AQZ A;  1XNQ K;  4CJT A;  1C0G A;  2ZJQ L;  5BR9 A;  3SI6 A;  1HMV A;  2DPN A;  4DSJ A;  3CHW A;  3CFP A;  2HF3 A;  2KW4 A;  2RN2 A;  3SQ2 A;  4DTU A;  4NXN K;  4M3Y A;  3ISN C;  2KHO A;  4CBU A;  3DXK B;  4CF2 A;  3HST B;  4DB3 A;  1EKE A;  1S1V A;  5AQG A;  1U48 A;  1K6Y A;  4RW6 A;  4B9T A;  4ILJ A;  2O8B A;  1KLM A;  4B9S A;  2ASO A;  4M7Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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