3VQ9A

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq9A00
1KLNA 3QESA 3RMBA 2WONA 4RW6A 1GOAA 3OS2A 1Y97A 2BDPA 1GOBA 4CECA 4CF9A 5C25A 3HO1A 5CYQA 4FK0A 1RT6A 3AA5X 3ZSWA 3SNNA 2B6AA 5I3UA 4RG8A 3G0ZA 4NYFA 4BE2A 4DSFA 3RMCA 2P5GA 1HYZA 4W5NA 1BHLA 3E01A 3WNGA 3NAEA 1JLQA 4E7IA 4EZ9A 4J2AA 3RRHA 2DFEA 4DFJA 3KKSA 1HYVA 3HYFA 1S9GA 1U49A 3L2VA 4AHTA 2PZSA 1VSMA 4CJWA 1BIUA 4CJ3A 1WSEA 3ZSZA 4CHYA 4FM0A 4FLYA 1KRPA 1RT3A 3U6FA 2HHVA 1XHXA 4M3TA 4OGCA 2PYLA 4FJ9A 3HVRA 4HUGA 3CYMA 4KTWA 4NYNA 2ETJA 3LZIA 3SQ4A 4IG3A 4DSKA 2LSNA 4AH9A 4E19A 4E1MA 3V9WA 1SL0A 4KHNA 1IKVA 1UOCA 1T7PA 3LPUA 3RRGA 4FLUA 3SPZA 4CFAA 2G8KA 4JS4A 2ZD1A 2YNHA 4AHCA 4ELUA 1QSYA 1ZYQA 3HJFA 5FDLA 1S6PA 1W9HA 3LPTA 1REVA 1S5JA 3KLGA 3EYZA 2G8FA 4KHQA 4CHQA 3RR7A 3NF6A 1VSDA 2IGIA 2YNFA 3KK1A 4K8XA 1D5AA 3AVJA 3S9HA 4DQPA 3SUOA 1TK0A 4CK2A 3V9XA 4BWMA 2B5JA 3G10A 3ASMA 1FK9A 1XWLA 3DRPA 4FZYA 4IFYA 4DQQA 4FCYA 3TWHA 4N56A 1Z25A 1U04A 5DMRA 3OY9A 3L2QA 4AILC 4R5PA 2Z1HA 4CFCA 4DTSA 3AVAA 3TANA 4BDPA 4RW9A 2A1SA 1B9FA 2GBZA 3A2FA 3QEIA 1LWEA 3SUNA 3DYAA 4LSLA 4B8AB 3K58A 3KD5E 4NCBA 1L3UA 5FRMA 3T3FA 2PYJA 4FK2A 4DS5A 1UA0A 2B4JA 2Z1IA 4I2PA 3TAMA 2Y1IA 3MXIA 2F8TA 4O44A 1T03A 3NDKA 3RMAA 3NGIA 4DWIA 4J2DA 3AVCA 1LW0A 1ZBFA 3KIOA 2YHAA 1LAVA 1RT7A 1U48A 2HHQA 2E6MA 1Z26A 1NJXA 1JLGA 1RDBA 1C0TA 3MECA 3C95A 5K14A 3OYIA 4CF2A 3AVHA 1YTUA 3FFIA 1KFDA 3JYTA 3D45A 5SWMA 1SKRA 5C42A 1TAUA 2JGUA 4OPKA 3TAQA 2ZQBA 1NKCA 4M3RA 1RBRA 3V4IA 1VRUA 4DTRA 4KHUA 3M8PA 4N47A 1WNSA 3ITHA 3OS0A 4KAZA 3K5OA 1NK5A 2HMIA 1VSEA 5EU7A 4E7LA 1J5OA 4F3OA 3K57A 3VQ8A 4FLZA 1LW2A 3OYCA 4FJLA 4DTOA 2Y1JA 3MXJA 4Y1CA 1NK8A 1NOYA 3QLHA 4B08A 4F8RA 3OVNA 4KKOA 4W5RA 3O4QA 4Q5VA 3VQQA 4F2RA 2Z1GA 3VQCA 1EETA 1RBSA 2D0BA 2YNIA 4FW1A 2VG7A 2FBYA 3IRXA 2X74A 3AVLA 3VN5A 3QEXA 4KHYA 3AVFA 3TR8A 1L3TA 2IC3A 4E1NA 1UAXA 1LWCA 3HP9A 1LAWA 3PY8A 5HRRA 3M8SA 1CZBA 3VQPA 3NH0A 4BE0A 1NK7A 1D9FA 2AJQA 1O1WA 2FBXA 1QQCA 4OLBA 1KVCA 4ZTJA 3D0PA 2YKMA 4DQSA 4CESA 3MXMA 2JLEA 4BE1A 1EXQA 3SV4A 4DTUA 1KFSA 2XY7A 5T7BA 3DLKA 3QEWA 1SKWA 3I8DA 3DLRA 4KI4A 1F21A 2NUBA 2HNYA 2BANA 2BE2A 1BGXT 1IKWA 3AVKA 3HVTA 3OYGA 4FYDA 4KHWA 1W0HA 1U47A 3ZSVA 4NCGA 4QCLA 1TKZA 4CJQA 4HHTA 1EP4A 2OZSA 3M8RA 4CJRA 3SI6A 3K5MA 3VQDA 4QOZB 1J53A 1RT2A 2WOMA 4O5BA 3LAMA 4CJFA 1N5YA 1RT5A 3NHGA 3LP2A 1ITGA 4C8LA 3H08A 3QNOA 2VWJA 1TV6A 1VSIA 1MU2A 4CHPA 5KGWA 3OJUA 4AHVA 3RTVA 3P1GA 4C8NA 4B8CA 5J2MA 4FZZA 4TSXA 3KLFA 2R7YA 1YT3A 4M3XA 1BQNA 1IO2A 1WSGA 4H4MA 3ZT3A 4CIEA 1DTQA 4XIUA 3KLHA 3KK2A 1RDCA 3V81A 3DLEA 1ASVA 2KQ2A 4OKKA 4B9NA 4ICLA 4Q0BA 4BDZA 4LH4A 2XY6A 2KFNA 5C24A 1A5WA 4HUFA 3RR8A 2RN2A 4KI6A 4M3ZA 1HPZA 3OYNA 1K6YA 1KVBA 1RCHA 4Z0UA 5HRNA 3P5JA 2QXFA 3DLHA 1BISA 1WSHA 1J9AA 2DFHA 2E4LA 1QS4A 4O55A 1ZBUA 1HJRA 3VQBA 1S6QA 3B6OA 5HLFA 4FJMA 4M3WA 2F8SA 1NK4A 4BDYA 2G8UA 2IDOA 3V9SA 1IKYA 4DU1A 4KTZA 4HCBA 3T19A 1TVRA 3V1RA 2O4GA 4FZXC 3DMJA 1TGOA 1ASWA 3HT3A 3HPOA 1L3SA 4KB0A 3TI0A 4KFBA 4C8OA 3SZ2A 1I3AA 4O0IA 1NJWA 3L3UA 4M42A 1A5VA 3AVMA 3P83D 4AHRA 3PX6A 5KTQA 4L8RB 4JS5A 4CGHA 3CG7A 4KB1A 1RNHA 4CJEA 2I5JA 1S9EA 3KK3A 2RKIA 1J54A 1JLEA 4J2EA 5SZTA 3UIQA 4CGGA 2XY8A 3IAYA 1JXBA 2P1JA 4Y1DA 1HYSA 4FJXA 2QK9A 3OYBA 2DFFA 1S1WA 3JSMA 2XRIA 1BIZA 3LZJA 4B3OA 3SV3A 4PWDA 2EX3A 2VG5A 3I0RA 4OJRA 3OYLA 5HBMA 4FJKA 3DI6A 4CEZA 2HNDA 2GV9A 4FLVA 1NJYA 5HRSA 4FJHA 5DK5A 1T8EA 4CHNA 1GOCA 1BI4B 1WLJA 4DLGA 2HHXA 3EZ5A 3LALA 5E41A 4E7HA 3SUPA 4HUEA 2RF2A 1RBVA 3SPYA 3U3YA 2DTUA 3O3FA 3SJJA 4LY7A 1KLMA 3LANA 4DG1A 2P51A 3ZSQA 1N6QA 4RW7A 3LP3A 1SKSA 4G1QA 4CF8A 1C1AA 4PA1A 1TKDA 4CIFA 2G8VA 2E6LA 3AVNA 1X9SA 4FJIA 4M3UA 1Q8IA 3RWUA 4Z4GA 4B9LA 4I7FA 3KTQA 1IG9A 1ASUA 1VSKA 3ISNC 3SUQA 1U4BA 4JRPA 1SUQA 2HHWA 2XY5A 4K8ZA 1TL1A 3IS9A 3AA2A 4UQGA 3RMDA 1ZBHA 1JXEA 4KV8A 1S1VA 1KTQA 3TAEA 2YV0X 4ELTA 2HHUA 4Z4CA 3AA4A 3NBPA 3QERA 5D3GA 1TKTA 2FBTA 3ZCMA 3L2RA 3THVA 2XHBA 4CJUA 5KI6A 4W5OA 4GW6A 1JLFA 4I9LA 4DFKA 4IDKA 4FLTA 3AVBA 3TAGA 3DOLA 1L5UA 3NE6A 3HSTB 1SV5A 4FJ5A 3WNEA 2HNZA 4DF8A 2Q3SA 5CZ2A 4KREA 5CZ1A 4CE9A 3BDPA 4LH5A 4E3SA 5I42A 1T05A 3NH1A 1B92A 3OS1A 1WAJA 3V9ZA 2G8IA 5KRTA 1NK6A 4I9QA 4DTPA 5HROA 4CEDA 3HXMA 4ZTFA 3AO3A 1JL1A 1VSHA 3DRSA 4DSIA 1X1PA 2KZZA 3VQAA 5CYMA 3U3GA 3AO1A 4Z4IA 3DLBA 4ID5A 4H8KA 4DLEA 4M3YA 2FBVA 4OGEA 4DF4A 2IOCA 4CEFA 1RTJA 1UWBA 3CFOA 3MEGA 4W5TA 1QTMA 3PO4A 2D5RA 2OYQA 2X6NA 1BCMA 2OPSA 5J2NA 4CGJA 1DLOA 4FJNA 3F9KA 4AHSA 4CEEA 3NGYA 4CHZA 3DOKA 3TAFA 4IKFA 4PY5A 3TABA 4FM2A 3LDSA 4DQIA 1EX4A 3OYAA 1Q9XA 1C1CA 1JL2A 3WNFA 4F4KA 1NOZA 4DFMA 3QEVA 4DTMA 4C8KA 2OPPA 1BQMA 4DQRA 1U45A 3PUFA 4F2SA 4ELVA 3K5NA 1ZBLA 4DS4A 1B9DA 1FKPA 3HPHA 4O0JA 3SQ0A 1JLAA 2QKBA 1NJZA 4CEAA 3NCIA 1QSSA 3O3HA 4Z4EA 3O4NA 3AO5A 4CEOA 4YNQA 3LWLA 3MAQA 2XO7A 3QIOA 4EP4A 1RTIA 4YFUA 2ATQA 4FJJA 5FRNA 1EKEA 4CFBA 4HTUA 1C0MA 1DTTA 1QE1A 1VRTA 2X78A 3VA0A 1HNVA 1BL3A 1FKOA 1VSFA 3ZT0A 4CJLA 4FJGA 4DU4A 4DSEA 3HP6A 4CHOA 3ALYA 2HHSA 3OYEA 3PO5A 2G8WA 4KHSA 3OYHA 1VK0A 4OKEA 1YTAA 2HB5A 4CJKA 3K2PA 3SQ1A 3IG1A 3NF8A 3LWMA 4ZHRA 4KPYA 4HVJA 1YVUA 1CXUA 4FLWA 3HM9A 3C6TA 3KKRA 3HL8A 1IKXA 4B9TA 5FROA 1TKXA 4DTNA 5J1EA 1RTDA 5KGXA 4O4GA 4E0DA 4BACA 1VSLA 3I0SA 3S3NA 4OKJA 1A5XA 3AO4A 3NH2A 3NF9A 3KLIA 3VQ7A 4FK4A 3ZT1A 2OZMA 4F3TA 3LAKA 4OPJA 5J2PA 3OYDA 1C0UA 4I2QA 4MQ3A 4DSLA 2HVIA 4RW8A 2ITGA 3V1OA 1CXQA 3WNHA 1Q9YA 1QSLA 5HP1A 4FXDA 1RBTA 3V9UA 1WAFA 2YHBA 3PV8A 4FVMA 4CGIA 1C6VA 4DMNA 4EZ6A 5JS1A 2A1RA 3K59A 3HPGA 4DU3A 1TK8A 3SQ2A 3VQ6A 3LP1A 3QEPA 1NK9A 1WSIA 2O4IA 2FC0A 4J2BA 2IAJA 1LV5A 4GVMA 4PUOA 3QINA 1HQUA 1KCFA 3DRRA 1KVAA 3ZSYA 3V1QA 1WN7A 2KW4A 3OJSA 4B9SA 3K5LA 4E7JA 1RILA 1I39A 2YNGA 4MFBA 4LSNA 1RDAA 2D0AA 4CERA 4CEQA 1R0AA 4FJ7A 4E89A 3AVGA 4JRQA 3PX4A 4DTXA 3ULDA 3C94A 4IFVA 3ZSOA 4W5QA 4RW4A 4CEBA 3S3MA 3QETA 1KSPA 4CF1A 2DY4A 2OPRA 2VG6A 2GUIA 4CF0A 1ZBIA 4EP5A 1TK5A 3V6DA 3MEDA 2HHTA 1S1UA 1SL2A 3L3VA 1CZ9A 2OA8A 1X9MA 2HW3A 5CY4A 2EHGA 3KLEA 4FLXA 4N41A 1RT1A 4CFDA 2Z1JA 1XHZA 3ZT2A 1HNIA 1TL3A 2PY5A 1TAQA 1XI1A 2X6SA 4FJ8A 4CIGA 1JLBA 2HVHA 3VQEA 2P5OA 2OPQA 5J2QA 3L8BA 4B9MA 4N76A 5HRPA 2RPIA 4PQUA 3OYJA 1RBUA 4IBNA 3OYFA 2W42A 1BI4A 3QO9A 4IG0A 3NFAA 3C6UA 3O3GA 4FM1A 1L3VA 2KTQA 1XC9A 3DM2A 1LWFA 3DLGA 4GMJB 3OYKA 2G8HA 1BCOA 2IS3A 4CGDA 4CK1A 3LP0A 1WSFA 4DTJA 4DSJA 5KRSA 1HRHA 4JLHA 1HMVA 4FW2A 3KJVA 3AO2A 4CK3A 3CFRA 2KZMA 2BGGA 1JLCA 5JS2A 1C1BA 1JKHA 3EY1A 4AHUA 3MEEA 4OLAA 3CQ8A 4HCCA 3VQ5A 2YKNA 4LD0A 3QIPA 4CJPA 3SCXA 2F96A 3OYMA 3M8QA 4Z4HA 3TARA 4OVLA 3KD1E 4KRFA 3VQ4A 4WE1A 3ZSRA 3L2WA 4E7KA 3ZT4A 2KFZA 1S1TA 3T1AA 4H4OA 1RTHA 3CM6A 1VSJA 3NF7A 4ID1A 4CJTA 4DFPA 1D9DA 4CJVA 1X9WA 4BWJA 4NCAA 2VWKA 1RDDA 2ZE2A 4QAGA 3F73A 3AV9A 1WSJA 3AVIA 3CFPA 3AA3A 1QHTA 4CJ5A 4B9VA 3QNNA 4Z4FA 1G15A 1HQEA 4C8MA 2D0CA 1NKBA 3VA3A 3VQ9A 4M41A 4CJSA 3NGZA 3PX0A 3S3OA 4B9UA 3B6PA 1SL1A 4CCHA 3HK2A 4N5SA 3CM5A 1IH7A 3SYZA 4CGFA 1FXXA 4KO0A 1UA1A 3L2UA 1NKEA 1D8YA 3ZSXA 3BGRA 1RT4A 1NK0A 4M45A 3TAPA 1S1XA 4KTQA 4CJ4A 1CLQA 2QKKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IDHA 4RW6A 3OS2A 5AQLA 3BP8A 5CYQA 1RT6A 5FLXO 2GWKA 2B6AA 4BE2A 4BRPA 2P5GA 1Q7YO 3WNGA 3ZETB 3NAEA 4AQYK 1JLQA 4E7IA 4B1UB 3ID8A 3DJCA 4DFJA 3KKSA 1S9GA 1U49A 4XH4A 3MX5A 2PZSA 3CERA 1TYQB 3EL2A 3ZSZA 1RT3A 2HHVA 3P39A 1XHXA 4YORA 3HVRA 3CYMA 4DSKA 3OA9A 2A40A 4JKHA 3SQ4A 2W6LA 3MWTA 2FSNA 5FPNA 4CFAA 4AHCA 5AR0A 5FDLA 1S6PA 3LPTA 4KHQA 3VF4A 1RDWX 2G8FA 1ILYA 3M5RA 5FPDA 2YNFA 4K8XA 3FLCO 5HL7L 1TK0A 4BWMA 2B5JA 1FK9A 3DRPA 5DMRA 4AILC 3L2QA 4R5PA 4CFCA 4BDPA 3FZLA 2GBZA 3A2FA 4BREA 3EKSA 3KHYA 3SUNA 1JCFA 3BUZB 4NCBA 4YHHK 5C15A 1SZ2A 1KAYA 2PYJA 4FK2A 4NXMK 2B4JA 4BR0A 2Z1IA 3C65A 2NRXA 3MXIA 1T03A 2F8TA 3NDKA 4J2DA 1ZBFA 3O9QA 3F2KA 1RT7A 4YOXA 1U48A 3B8AX 4U67L 3C95A 3FZMA 1YTUA 3O80A 3FFIA 1KFDA 4JKFA 4OPHA 1R59O 5C42A 1TAUA 4M3RA 3CMAN 1DEJA 1RBRA 3V4IA 4OO1J 3E9OA 3U4LA 3OS0A 1NK5A 1VQ9N 1VSEA 5EU7A 4E7LA 3ATVA 1J5OA 3ZYYX 1H1VA 4JKGA 3VQ8A 1M90O 2Y1JA 3MXJA 4Y1CA 4KKOA 2ZJRL 3VQCA 4JD2A 2FBYA 5AQHA 3C6AA 3AVFA 2QXLA 1LWCA 2UYTA 3PY8A 1CZBA 2DPNA 4ZTJA 2YKMA 3ULEB 4CESA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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