3VQ9A

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq9A00
4OKEA 2P5GA 1NKEA 2DFFA 3ALYA 3M8QA 1X9SA 3O4NA 4JLHA 2G8KA 4FM0A 4HHTA 4OPKA 4DU1A 1BISA 1U4BA 4IFVA 2O4IA 3KLGA 3AVFA 2YKMA 2Y1IA 3C6TA 5HBMA 3VQ8A 3V9WA 3SQ1A 4Q0BA 3IAYA 4FZXC 3DOKA 1S5JA 4DFPA 4CJUA 2HVIA 3NFAA 2QXFA 4FVMA 4CK2A 4CEQA 4CJVA 4CIEA 4KREA 3MEEA 4J2EA 4KHSA 2D0CA 4HUGA 1KFSA 3NH0A 1WN7A 3QIPA 5E41A 3CFRA 1Q8IA 1HNVA 1LW2A 4B8CA 3OYGA 5I3UA 4FZYA 3DLHA 4KHNA 4KB1A 1NOZA 4O44A 1C1BA 3CFPA 4DTMA 3VQDA 3KLHA 4CJQA 2I5JA 5SZTA 1LAWA 1RDDA 3ISNC 4I9QA 1HYZA 3K5NA 4CEDA 5C42A 2LSNA 4MFBA 4W5OA 2YHAA 4M3YA 2XY8A 3OYNA 3L2RA 3LWLA 2KZMA 2KZZA 5CYQA 4OLBA 4E0DA 4FLZA 4CGFA 2F96A 2Z1IA 4FJMA 3HYFA 2YNIA 1KCFA 3CYMA 1FKOA 3UIQA 3V4IA 3P5JA 4CGIA 4FLXA 4AHTA 4E7KA 1XC9A 2P1JA 3L2UA 3TAQA 4M3ZA 4QAGA 1SV5A 4CJWA 4N56A 3OS1A 4DLGA 4CIFA 3EZ5A 3MXMA 1T7PA 4LSNA 3TAPA 3AO3A 4O0JA 1KLMA 3DRRA 3P1GA 1WAFA 2HNZA 1GOCA 4IFYA 2RF2A 4CEBA 4DFJA 1LV5A 1J5OA 4J2AA 4I2QA 3O4QA 1GOAA 2RPIA 3KK1A 3JSMA 4FJ8A 1RT6A 1NK8A 3RMBA 4FJXA 4ZTFA 4RW8A 3WNEA 2JLEA 1YVUA 2QK9A 1JXEA 1TKXA 2YKNA 4EP5A 4CEZA 4DSEA 2DTUA 4CJFA 3AVIA 3V1QA 3TABA 1RDBA 4W5TA 1TKTA 3VQPA 1GOBA 1IG9A 3S3NA 1LWEA 4LH5A 1KFDA 3C94A 4Z4CA 5J2MA 3IS9A 3M8PA 3V1OA 1L3SA 3NF6A 1QTMA 3ZT4A 4FJ5A 3OY9A 1T05A 4CJSA 2HHQA 2FBVA 4E19A 4XIUA 4NCBA 1J54A 4DWIA 4CFAA 2OZMA 1QHTA 1S1WA 2RN2A 1QSLA 4DSFA 1SL1A 3B6OA 4E1MA 3NE6A 4Z4EA 3QETA 2HHWA 3KIOA 2Z1JA 4DFKA 3H08A 1HYVA 3OYKA 4E89A 3OS2A 3ASMA 3QO9A 1C0TA 2OPQA 1KVCA 4CFDA 3WNHA 5T7BA 2DFEA 1U48A 2VWJA 4RW7A 2A1SA 4HVJA 3AV9A 1TGOA 1WLJA 3QIOA 2Y1JA 4CF1A 3U3YA 4DG1A 2OPPA 3LP1A 3HO1A 2BANA 3KD5E 1VSHA 1JXBA 1BIUA 1YTAA 3LP0A 2HNYA 1S6QA 1IKXA 4H8KA 1LWFA 1FXXA 4OVLA 3V9ZA 4OGCA 1L3TA 1NK0A 4KHUA 3LZIA 3OYBA 4HUFA 4CERA 3OYJA 2X78A 4DSJA 3F73A 2X6SA 1QS4A 5HRRA 3L3VA 1WSJA 3LPUA 3SQ2A 3LAKA 1LWCA 4GMJB 3NGZA 1ZBFA 3KJVA 4CIGA 3MAQA 3NDKA 3LAMA 3JYTA 4CK3A 4IBNA 3VQ6A 4E7JA 4FK4A 2YV0X 4YNQA 1NJWA 3DLEA 4BDZA 1SKSA 5FRNA 4PY5A 3AO4A 3QESA 3K5OA 3NH1A 1TKZA 4LH4A 3VA0A 1O1WA 4DS5A 1VSLA 4DSKA 1C0UA 3HPGA 3U3GA 4AHCA 4F3OA 1RBRA 3L2WA 2YNGA 4N5SA 3SUQA 2G8IA 4OPJA 4DQPA 1CXUA 2FBTA 4KV8A 2XHBA 3CFOA 3VQAA 4FLWA 2G8HA 3MEGA 3PUFA 3NHGA 3U6FA 4IDKA 3OVNA 3LP3A 3NH2A 3LP2A 2E6LA 1VRTA 2PZSA 4Z4GA 3SCXA 3AVNA 1RDAA 3LANA 4DF8A 3DOLA 3VQCA 5DK5A 1A5WA 1C1AA 3S3OA 1NK6A 2GUIA 4H4MA 3PX4A 2G8FA 2KFNA 4E3SA 3K58A 2OPSA 3CM6A 2EX3A 3OYLA 5D3GA 3L2QA 1RT5A 3SNNA 3PX6A 1UAXA 3OYMA 3VQBA 3SPZA 1EX4A 2ATQA 1UA1A 4J2BA 1VSMA 3NCIA 1WSFA 4KAZA 5HRSA 3CQ8A 4FCYA 4FJHA 3HM9A 4FXDA 4CJ4A 4QOZB 4BDYA 1XHZA 3V81A 3PV8A 3THVA 3IRXA 3ZSOA 3E01A 4Z4HA 4FK0A 4I2PA 4L8RB 2DFHA 2VWKA 1CZ9A 1S9EA 2Z1GA 3LWMA 3KKSA 4E7HA 2OPRA 4KI6A 3QEXA 1IO2A 1VSEA 3DI6A 3AVMA 1C1CA 4OGEA 1BI4B 4OKKA 1RTIA 3O3HA 4FJKA 3AA2A 5CY4A 2XY6A 4RW9A 4ELTA 1BQMA 4MQ3A 3DRPA 1Y97A 3I8DA 4F4KA 1S6PA 3LPTA 1T03A 2XRIA 3V9UA 4C8OA 4CEFA 3SZ2A 1NOYA 3V9SA 2HHTA 4CGHA 2W42A 1L5UA 3MXJA 4JRPA 2HNDA 3ZCMA 3VA3A 1RNHA 2HMIA 1JLBA 1S1TA 2E6MA 4I7FA 3VN5A 5J1EA 2A1RA 4C8LA 4ELVA 3AVCA 4ID1A 2GBZA 4KTWA 2P5OA 4B9NA 4OKJA 1KVBA 4CECA 4FM2A 3QEVA 1QSYA 3HK2A 3C6UA 4DLEA 1ZBLA 4CEOA 3NGYA 1Z25A 1DTTA 4CF0A 3TAGA 2JGUA 2BGGA 1JL1A 5EU7A 4DFMA 3ZSXA 4DQQA 3HT3A 2HW3A 1XHXA 4KTQA 4O55A 1X9MA 1BL3A 2IDOA 3QEPA 3S9HA 3AO2A 2HHVA 1RT1A 1D8YA 5J2PA 1JLCA 1RTHA 1I3AA 1YTUA 4DU4A 3RTVA 3KLEA 1IKWA 3RMCA 1ZBUA 2D0AA 3OYEA 1A5VA 3HSTB 1FKPA 4NCGA 2ZQBA 4IKFA 3SYZA 3NF9A 3RR8A 4BWMA 1C0MA 1JLAA 4OJRA 4B08A 3SUNA 4C8KA 1MU2A 3OS0A 4BE2A 1KTQA 3NF7A 3QEIA 2IGIA 3MEDA 2QKBA 3K5MA 1ITGA 1KSPA 3QNNA 5CYMA 4FW2A 4FLTA 3L8BA 2OYQA 3SPYA 1CZBA 1EP4A 3M8RA 4K8ZA 1UWBA 3M8SA 4AILC 4KHYA 1WSEA 1B9DA 2VG5A 3D45A 3MECA 1TL3A 1JL2A 1WSIA 4O5BA 4B9VA 1I39A 1QE1A 1F21A 1X1PA 3SUOA 1J53A 2EHGA 4B9TA 3QLHA 4DTXA 1NK4A 2XY5A 1TAUA 2YNHA 2X74A 3A2FA 1RDCA 4CEAA 1ASVA 1JKHA 2Q3SA 3HVTA 2YHBA 5CZ1A 3D0PA 5FRMA 4M41A 3BDPA 1R0AA 3OYFA 2PYJA 1RCHA 4IG0A 1D5AA 1VSJA 4CESA 3NGIA 5HROA 4HCCA 4HUEA 3OJUA 1N5YA 3AVGA 2HVHA 1U04A 2G8VA 3DYAA 4ZHRA 3RMDA 3OYAA 3O3FA 1RT3A 1HYSA 4DF4A 1REVA 1HMVA 3WNGA 3G10A 1BCOA 1RBUA 4CGDA 1WNSA 1W9HA 4W5QA 2FBYA 1NJXA 1D9DA 4CHYA 1ZYQA 4KHWA 3DLBA 1WSHA 3PX0A 4CEEA 4PWDA 2D5RA 4FZZA 1HQUA 4KKOA 4IG3A 4ICLA 2RKIA 4CJPA 3SQ4A 2O4GA 1U49A 4DTPA 1KRPA 2F8TA 4M3RA 3TWHA 1TK0A 4JS4A 2AJQA 5J2QA 3RRHA 1D9FA 4Z0UA 4AHUA 1Z26A 3EYZA 1NK9A 4B9LA 1S1VA 1UA0A 2P51A 4EP4A 1SKWA 4CFCA 3ZT1A 4DTSA 1TV6A 3HJFA 3VQQA 1XWLA 3NF8A 3LDSA 4BE1A 4GW6A 4RG8A 2ETJA 3DLRA 5FDLA 3OYDA 2IAJA 3AVBA 3KK3A 1BCMA 3HVRA 2BE2A 4H4OA 1BGXT 4BDPA 4F2SA 3ZSRA 4N41A 1ZBIA 3V1RA 2B6AA 2YNFA 3K59A 2XY7A 3TAMA 4DQSA 1A5XA 1IKVA 1JLGA 1BI4A 3AVKA 1Q9XA 3HPHA 3TARA 3QERA 1RBSA 3VQ4A 1NJYA 1NKBA 4Z4IA 1HNIA 2DY4A 5SWMA 2Z1HA 4FJGA 3K2PA 4QCLA 2F8SA 4JRQA 4GVMA 5HP1A 4KRFA 4CJLA 1G15A 5I42A 4CF9A 3RRGA 4CHQA 4Y1DA 4ZTJA 4N76A 1RBVA 3AVLA 1U45A 3L2VA 3HXMA 3O3GA 2OA8A 3KLFA 2QKKA 4Y1CA 4O4GA 4FJ7A 4CF2A 3OJSA 1TAQA 4DTRA 3RMAA 4Z4FA 2XO7A 1VSDA 3B6PA 3CM5A 3ITHA 4FW1A 3EY1A 1RILA 1SL0A 4HCBA 1ZBHA 5KRSA 4DTJA 4CJ5A 4Q5VA 3OYHA 4OLAA 1BHLA 3I0RA 4LD0A 5C24A 2HHXA 3DLGA 2GV9A 3ZT0A 3K5LA 1EETA 2X6NA 2KTQA 4B3OA 2B5JA 3C95A 5KTQA 1SKRA 4LSLA 4TSXA 4FJIA 1B92A 1BQNA 3K57A 4PA1A 1C6VA 4CHOA 2ZD1A 1J9AA 3T19A 4NYNA 3V6DA 4DQIA 3KD1E 2FC0A 4EZ6A 2OZSA 1TK8A 3KKRA 4DSLA 3DM2A 4AH9A 2G8WA 5K14A 4KI4A 3AVJA 2WOMA 1XI1A 3S3MA 1QQCA 5FROA 4FLYA 4J2DA 2ZE2A 1CLQA 1HRHA 4AHRA 4W5RA 3OYCA 4DS4A 4DTOA 3AA5X 5J2NA 3SQ0A 3F9KA 3G0ZA 2D0BA 4AHSA 1SL2A 3NBPA 2VG6A 2E4LA 3ZSWA 1EXQA 1WAJA 3V9XA 4E7LA 4PUOA 4DTUA 3QNOA 3FFIA 2FBXA 4FLVA 4CJ3A 4CJEA 3KTQA 4BWJA 1JLFA 3OYIA 3KK2A 1CXQA 4FJNA 1VRUA 3ZT3A 1VK0A 4KPYA 1RT7A 3IG1A 1NJZA 4C8MA 1NK7A 3AVAA 1BIZA 3SV4A 1HJRA 3ZT2A 3LALA 3KLIA 2IC3A 3AO5A 1FK9A 4B9UA 4FJLA 4M42A 1TVRA 1L3UA 4CF8A 3AVHA 3HPOA 4B9SA 5CZ2A 4DMNA 1S1XA 4G1QA 1U47A 1RTJA 1RT4A 1RT2A 1X9WA 4C8NA 4M3XA 4CJRA 3T1AA 4I9LA 3ULDA 5DMRA 5HLFA 4CHNA 4B8AB 1L3VA 1NKCA 4DU3A 1T8EA 1YT3A 4AHVA 4BACA 2BDPA 3TR8A 4KO0A 5JS2A 3VQ7A 4CK1A 4F8RA 5KRTA 2ITGA 1WSGA 3TANA 4B9MA 1W0HA 1N6QA 4KB0A 3HP9A 4FJJA 3DMJA 3ZSQA 1LAVA 4CFBA 2PYLA 3BGRA 1TKDA 4CHZA 3AO1A 1JLEA 5JS1A 4CJTA 3L3UA 1QSSA 1S9GA 3HP6A 1TK5A 2IOCA 4DSIA 3SUPA 2HB5A 3PY8A 4WE1A 4M45A 3TI0A 4CGJA 3AA4A 4LY7A 1NK5A 1RTDA 4ID5A 4F3TA 3DRSA 3T3FA 4RW4A 4HTUA 1UOCA 4M3WA 5KI6A 2NUBA 3LZJA 4BE0A 3VQ9A 4KFBA 4FJ9A 1HQEA 4FLUA 4DTNA 3SJJA 3VQEA 4F2RA 5HRPA 4YFUA 4O0IA 4ELUA 5KGWA 4M3UA 1IKYA 4NCAA 1EKEA 3HL8A 5HRNA 1B9FA 3SV3A 1DLOA 2B4JA 3WNFA 4DQRA 1S1UA 2HHSA 1Q9YA 4KHQA 3TAFA 4JS5A 4E7IA 4CE9A 4K8XA 1K6YA 5KGXA 4CGGA 4FM1A 1KLNA 4KTZA 1VSKA 3I0SA 3P83D 2R7YA 2PY5A 4PQUA 3ZSVA 5C25A 1LW0A 1VSIA 4R5PA 1TL1A 4CCHA 4EZ9A 2IS3A 3MXIA 1VSFA 3CG7A 2G8UA 1DTQA 4E1NA 4M3TA 1IH7A 1KVAA 1RBTA 3SI6A 3PO5A 1JLQA 4FK2A 3VQ5A 3TAEA 4UQGA 1ASUA 3RWUA 1ASWA 4RW6A 2VG7A 3ZSYA 2KQ2A 3NAEA 3RR7A 2HHUA 3QINA 4N47A 3ZSZA 1SUQA 4NYFA 4CJKA 2KFZA 4W5NA 3AA3A 2KW4A 4FYDA 4CHPA 3QEWA 2WONA 1HPZA 3PO4A 3DLKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGLA 1NKEA 3ALYA 4BRPA 2P9IA 4JLHA 4FM0A 4OPKA 1BISA 4IXCA 2NRRA 2O4IA 1GLJO 3AVFA 4JKGB 3C6TA 2E5LK 4XH4A 3P39A 3G6EN 4FWNA 2QXFA 2NRVA 3ZLJA 3NH0A 4B8CA 5I3UA 4FZYA 4B3RK 2QWNA 1NOZA 5I9EB 3P38A 1LCUA 3CFPA 4KBOA 2I5JA 1LAWA 1HYZA 2LSNA 3ZX3A 4OLBA 4CGFA 5BN8A 2Z1IA 4CBUA 2P9LB 1E4GT 2UXCK 1P90A 2P1JA 3L2UA 1SV5A 1S72N 4DLGA 2P9SB 3MXMA 4LSNA 3DRRA 3UE5A 1WAFA 2HNZA 1GOCA 2RF2A 4J2AA 3SK3A 1K73O 1M1KO 1NK8A 1WBBA 1YI2N 3RMBA 4GVEA 3TU5A 3WNEA 4FSVA 5AQVA 4CBWA 4YOXA 4CEZA 4CJFA 1GOBA 1GLBG 1KFDA 3C94A 5J2MA 4FJ5A 3F2KA 4CJSA 2FBVA 5EVZA 4BRLA 1QHTA 1QSLA 4QS8A 1K9MO 3KIOA 2Z1JA 4DFKA 2GELA 4CFDA 3CJ7A 3VGLA 2VWJA 2A1SA 2HBJA 5GADP 4OPAA 1TGOA 1WLJA 2VYPA 2OCEA 4DG1A 3HO1A 1OH8A 3H3NO 3TSQA 1YTAA 4YDUA 1NBWA 1N34K 1FXXA 3V9ZA 4HUFA 3OYJA 3D2EA 2X78A 4LFBK 2UXBK 5KPTA 5HRRA 3SQ2A 3KJVA 4CIGA 3LAMA 3A5OC 3VQ6A 3L6QA 4YOUA 4BR7A 4PY5A 3AO4A 2UUBK 3THXA 3NH1A 1TKZA 4LH4A 5C0YA 1VQ6N 1O1WA 4AHCA 3ZYYX 1RBRA 3SUQA 4N5SA 4OPJA 4DV6K 1CXUA 2FBTA 2XHBA 3CFOA 3VQAA 3U6FA 4JKEA 4IDKA 1IBLK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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