3VQAA

Hiv-1 in core domain in complex with 1-benzothiophen-6-amine 1,1-dioxide
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqaA00
2PY5A 2QXFA 3CM5A 3G0ZA 1ZBIA 2DFFA 2OZMA 2VG6A 3T1AA 4B9NA 4FM1A 4E3SA 3LPTA 1HQEA 3QNNA 1U48A 4IG3A 4CEOA 2LSNA 1LAWA 1VSMA 2OPPA 3AA2A 3C6UA 4RW4A 3LALA 4E1MA 4DU1A 4H8KA 4CGDA 1ZYQA 4PUOA 4DLGA 2DFHA 3LZJA 4BE0A 4CK1A 1REVA 1L3UA 4LY7A 4NCGA 4AHUA 4W5OA 1JLQA 1NJXA 1GOAA 4Z0UA 2YV0X 3LP1A 4W5NA 5J1EA 1I3AA 2D0BA 3JSMA 1X9WA 2HHWA 2XY5A 3SQ1A 3RR7A 1JKHA 3RMBA 3HVRA 1ZBLA 2E6LA 4CHYA 4DFPA 5J2NA 4CHOA 4KFBA 2WONA 5KGXA 1S1UA 4FJHA 1N5YA 3I8DA 4KHYA 1BCMA 4CK3A 3TWHA 3SUQA 3ZSXA 4WE1A 1HPZA 4DSJA 3MECA 2O4GA 1EP4A 3HPHA 4CECA 2OPRA 4DSLA 1BIZA 2WOMA 3AVFA 4KHQA 1J5OA 3QEWA 4Q5VA 4N56A 4KB1A 4E7LA 4DS4A 1VSEA 4Z4GA 2X6SA 1T03A 3I0SA 1XWLA 3HVTA 4BDYA 3T3FA 4FLVA 4C8LA 3HJFA 2I5JA 3ZSVA 3RRGA 2X78A 3HXMA 1TL3A 4ZHRA 4DTXA 1NK0A 1QSLA 1KCFA 3M8RA 2Y1IA 1HYVA 1NK4A 3ZT4A 1G15A 1SV5A 3CG7A 1NOZA 1D5AA 3MXJA 4H4MA 3KKSA 5C25A 3KLFA 1RBVA 1S1TA 1LW2A 4CIGA 3U3GA 4JS4A 4BDZA 5I42A 3SZ2A 1Q9XA 4CJFA 5SWMA 4HHTA 2G8VA 4E0DA 2JGUA 2YKMA 4ELVA 1TAUA 2P5GA 1VSFA 3QEVA 2X74A 4FJ7A 4AHVA 4FJIA 3A2FA 3NCIA 2HNYA 3RR8A 4W5QA 3KK2A 5HP1A 1BCOA 1EKEA 3C94A 5JS1A 1ASWA 1BHLA 4IG0A 4OKEA 4CHPA 4CFDA 3V9SA 1D9FA 1WAFA 1JLBA 2YNFA 3VQ8A 4DTMA 1KFSA 3IG1A 3RMAA 1WSJA 1J53A 3OYKA 4EZ6A 1CZBA 2VG7A 1XC9A 1KRPA 2D0CA 3DLBA 3RMDA 1NJZA 4EP4A 4BE2A 3BDPA 2F8SA 4DG1A 2G8UA 3B6PA 3ITHA 3PO4A 4KI6A 4Z4HA 4HCCA 1HMVA 5FROA 4M45A 5I3UA 4DF8A 3PO5A 3QEXA 3OYNA 4DTPA 1IG9A 3KK1A 3LP3A 3EY1A 3AO4A 4M3UA 4KI4A 3DOLA 4CF9A 5KTQA 1RDBA 3QLHA 3U6FA 3D0PA 3QEPA 3D45A 4RW7A 4FK4A 4FJLA 5KGWA 3G10A 4FCYA 1EXQA 1IO2A 1UAXA 4FLTA 1VSIA 2BDPA 4ELUA 4IFYA 3OYLA 2KQ2A 1VSJA 3M8PA 5KRTA 3IRXA 4ELTA 4CHZA 4HTUA 4CCHA 3TAGA 1KTQA 2KZZA 3L2WA 3VQ4A 4LD0A 4AILC 2Y1JA 4BDPA 4N5SA 1TKZA 2Z1HA 1JXBA 2F8TA 1SKWA 4M3TA 4PWDA 1L3SA 4CHNA 3ZT1A 4CF2A 4DU4A 3NH1A 4CK2A 2JLEA 4J2AA 4DU3A 2DY4A 1SUQA 3PY8A 1O1WA 3VQCA 1TKXA 3AVAA 1A5VA 3VA3A 4O55A 5J2MA 1NK8A 2HHTA 3QEIA 2RN2A 3ZSZA 4DQPA 4KTWA 4W5RA 4KHSA 1BQNA 3FFIA 3O3HA 3OYAA 1D8YA 1RDDA 1VRTA 4CJLA 4CEZA 4L8RB 2BGGA 1TKTA 4DSFA 2OYQA 1KVAA 4OGEA 3ZSWA 3KJVA 3ZSYA 4FZXC 1FKOA 1IH7A 4RW6A 2HVHA 2Z1GA 3JYTA 4YFUA 1L3VA 4O5BA 2GV9A 3O4QA 1LW0A 1RBRA 3K5LA 4KHUA 1BGXT 3HPOA 2HHXA 4XIUA 1HJRA 2O4IA 4PY5A 4CIEA 4GW6A 1K6YA 1B92A 4IFVA 1NK7A 2IOCA 2G8IA 3M8SA 4M41A 4E89A 1YVUA 3OYJA 2HHQA 4R5PA 4I9QA 4K8ZA 1S5JA 1CXUA 1JL1A 3AA3A 3NFAA 4KKOA 2XY7A 3MXMA 3DM2A 3V4IA 4I9LA 4JLHA 1JLCA 2IS3A 2KW4A 1U4BA 3ALYA 3K58A 4O0JA 4FLWA 3RRHA 2BE2A 4B9SA 4B9TA 3KLGA 1RDAA 3IS9A 4IKFA 1LV5A 3SUOA 1BI4B 3CM6A 3O4NA 3P5JA 3HSTB 4DQIA 4M3RA 1C1AA 1JLGA 4LSNA 4N47A 2X6NA 4HUFA 3WNGA 4CHQA 3EYZA 5J2PA 3NGZA 3SNNA 1NJYA 1NKCA 1QSSA 4F3OA 4FJMA 4PA1A 3PX0A 4Z4IA 5FRNA 3VQBA 2GUIA 2P51A 3I0RA 2B5JA 4NCAA 1C1BA 3ZSRA 1IKWA 4CGHA 4CF0A 1UA1A 1X9MA 4B9VA 3UIQA 3VQ7A 4KTQA 1QS4A 1RT1A 3OY9A 4DTNA 4AH9A 5T7BA 4Y1DA 4CGGA 3S9HA 4FK2A 2FBYA 4CEEA 3MAQA 1HNIA 1NKBA 4DSKA 2OA8A 3MEEA 1T7PA 2E6MA 2OZSA 1F21A 3F73A 4CJ4A 3QIPA 5E41A 4ICLA 4RG8A 4CF8A 2FC0A 2G8KA 3K57A 2IGIA 4CJ5A 4O4GA 3L2RA 4F2SA 4RW9A 5CYQA 4JS5A 3DOKA 3VQDA 3OYBA 4YNQA 1J54A 4DFMA 3SUPA 4KHNA 5CZ2A 3VQQA 3SQ2A 1KLNA 3C6TA 4DLEA 3CFRA 4QCLA 1TK5A 1VSLA 3QINA 3VQAA 3LAMA 4E1NA 4B9LA 4E7IA 1ZBUA 2Z1JA 3OYMA 2P5OA 1RTDA 3AVLA 3TAPA 4B3OA 4FLYA 4AHTA 4N41A 1RBTA 3NF7A 1VSDA 5DMRA 4LSLA 3BGRA 3DYAA 4CESA 4Z4FA 3AO5A 2B4JA 4DF4A 4CFBA 3AVBA 1RT2A 3S3OA 3QIOA 1RT7A 5DK5A 4FZZA 3AO1A 3ZCMA 1XHZA 4FVMA 1X9SA 3AVCA 3LAKA 3VA0A 1SL2A 2XY8A 1J9AA 1QQCA 4I2QA 3LWMA 3TAMA 1KSPA 3KD1E 1C0UA 2R7YA 4EZ9A 2HVIA 1NJWA 2E4LA 4M3WA 4M3YA 3HO1A 1C0MA 1BIUA 2DFEA 3M8QA 4KTZA 3VQ9A 4Q0BA 1CZ9A 1WN7A 2HB5A 3DLGA 3KIOA 4OPKA 1RTJA 3OYHA 3SYZA 3LP0A 1RT5A 3V9ZA 3SCXA 3SJJA 4O44A 4FLUA 2FBVA 3SI6A 1BQMA 3LZIA 4C8KA 1UWBA 2Z1IA 4DQQA 4C8MA 4DTSA 4BACA 1DTTA 3HYFA 5HBMA 3P83D 4H4OA 4IDKA 4CIFA 3NGYA 3DI6A 1EETA 5EU7A 4CGFA 4CGIA 3CFPA 4FJ9A 1B9DA 2KFNA 1L5UA 1VSKA 1KVBA 3TR8A 3E01A 4OJRA 3S3NA 3V9WA 3C95A 4J2BA 2YKNA 5CYMA 4OVLA 3AA4A 4FXDA 4FJ5A 5JS2A 1TGOA 3QESA 2IDOA 2YHAA 1T05A 5D3GA 3PX4A 2HNDA 4GVMA 3AVIA 3DLEA 3WNEA 1TVRA 3HM9A 2FBTA 4DTOA 1NK9A 2G8HA 4J2DA 3L2VA 4CJRA 1D9DA 3WNFA 3OS2A 1WSFA 3TABA 3K5NA 3KTQA 2A1SA 3OYFA 2D0AA 1RCHA 4DQRA 1BI4A 2EX3A 4UQGA 1Q9YA 4AHCA 4CEAA 1XHXA 3VQEA 4CEFA 3OS0A 4E7JA 4NCBA 3ZT3A 4F3TA 4CJQA 1WLJA 1YT3A 4CJWA 1UOCA 4JRQA 3OYEA 1A5XA 2HHSA 3TAFA 4NYNA 1WAJA 4BWJA 4DFKA 3NAEA 3SUNA 2G8FA 4OPJA 2XO7A 1QE1A 2XRIA 4Z4EA 3AO3A 3K2PA 4KRFA 1TV6A 3ZSOA 1C0TA 2VWKA 4FJGA 2ZD1A 1KFDA 1XI1A 2ZE2A 3DRPA 3VN5A 3AVGA 2Q3SA 1SKSA 1HYSA 1TAQA 4CF1A 1X1PA 3K5OA 4FJ8A 1ITGA 1TL1A 2W42A 2YHBA 3SV4A 3HP6A 4C8OA 2P1JA 3DRSA 3OYIA 3V9XA 4DTRA 4QOZB 4DSEA 3NBPA 1ZBHA 3TI0A 4IBNA 3HT3A 1RTIA 1SL1A 5C42A 2QKKA 3K59A 4OKJA 1MU2A 4LH4A 1TK0A 1LWCA 1U04A 3AO2A 3LP2A 2XHBA 4DFJA 1WSGA 4CERA 2PYJA 3AA5X 3CFOA 1DLOA 1RNHA 1RBSA 4FW1A 3L3VA 4MFBA 3SQ4A 5HRRA 4FJJA 1CLQA 3NDKA 3CQ8A 1Y97A 1QTMA 5CZ1A 3VQPA 1SL0A 3AVKA 1A5WA 4OGCA 4BE1A 1R0AA 3ZT2A 4DTJA 1B9FA 1NKEA 5HLFA 3SQ0A 1IKYA 4AHSA 1YTUA 2HHVA 1S6PA 3P1GA 1RTHA 1VSHA 4CJ3A 5KRSA 4J2EA 4N76A 1VK0A 1Q8IA 4Y1CA 5FDLA 5SZTA 4CJSA 3HPGA 3V1OA 4OKKA 4C8NA 5J2QA 2PYLA 3OJUA 1TKDA 4JRPA 2OPSA 3ZSQA 3OS1A 4ID1A 3ASMA 3V1RA 4CJPA 3SPYA 3S3MA 2HNZA 3O3FA 1C1CA 1ZBFA 2VWJA 4B9MA 1L3TA 1EX4A 2DTUA 4EP5A 4F2RA 3SPZA 3KKRA 3LDSA 1JL2A 1U45A 3QO9A 4KAZA 4E7HA 1UA0A 4TSXA 1W9HA 4NYFA 3V1QA 4CJVA 1VRUA 3VQ6A 3OYGA 3DLKA 3WNHA 3QERA 4FLZA 4F8RA 4GMJB 4CFCA 2B6AA 2QK9A 1S1VA 3H08A 2KFZA 1S6QA 4O0IA 3O3GA 1LAVA 3MEGA 4ZTJA 4LH5A 1HYZA 1NK6A 4CGJA 3AVMA 4CEDA 3ULDA 3NF6A 5K14A 3SV3A 2NUBA 3TAQA 4B8CA 2RKIA 4E7KA 3EZ5A 3L8BA 4OLAA 1LWEA 1T8EA 3PV8A 1QHTA 3KLIA 2HHUA 3HL8A 3OVNA 4FM2A 1FXXA 3KD5E 1S9GA 3PUFA 3L2UA 2BANA 4FJXA 3CYMA 1HRHA 2GBZA 4FJKA 4HVJA 2HW3A 4F4KA 2EHGA 3KLEA 1BISA 1ASVA 4KV8A 3OYDA 1Z26A 4M3ZA 1QSYA 3QETA 4QAGA 2YNGA 4AHRA 5FRMA 1JXEA 1GOCA 4B08A 3LWLA 1IKVA 4DSIA 2HMIA 4CEBA 3PX6A 4KHWA 1U47A 4FM0A 1W0HA 3KK3A 4DWIA 4FZYA 4CJEA 1RDCA 4I2PA 4FW2A 3V9UA 4BWMA 3T19A 4E19A 3NH0A 3TANA 1SKRA 4FLXA 3AV9A 2VG5A 3DLRA 3L3UA 3F9KA 5CY4A 4CEQA 4CJUA 4KPYA 1S1XA 4PQUA 3DRRA 2KTQA 2QKBA 3QNOA 4CFAA 1CXQA 3RTVA 1NK5A 2YNHA 3LPUA 3OJSA 1WSEA 4K8XA 3NE6A 3HK2A 4FJNA 1RT6A 5HRPA 4KREA 1WSIA 2YNIA 5HRSA 1JLEA 2D5RA 3VQ5A 2ZQBA 2IAJA 3NF8A 3TARA 2PZSA 2ITGA 4DS5A 3B6OA 1FK9A 3NGIA 2IC3A 3MEDA 3OYCA 1HNVA 1RBUA 3U3YA 1RT4A 3V6DA 3ZT0A 2G8WA 1S9EA 4CJKA 3AVJA 3V81A 4M42A 3NHGA 1Z25A 2FBXA 1YTAA 2OPQA 4G1QA 4OLBA 3AVHA 2RF2A 3KLHA 2RPIA 3DMJA 5HROA 1JLFA 4W5TA 2A1RA 1JLAA 1RT3A 3TAEA 1RILA 4HCBA 2KZMA 1BL3A 1ASUA 3THVA 2AJQA 2ATQA 1IKXA 4MQ3A 4B9UA 1WSHA 3HP9A 4DQSA 3ISNC 4Z4CA 1KLMA 3L2QA 1NOYA 2ETJA 3LANA 1TK8A 2XY6A 1KVCA 4I7FA 3MXIA 4DMNA 5KI6A 1DTQA 4HUEA 5HRNA 1S1WA 1FKPA 3IAYA 4ID5A 3RMCA 1HQUA 4KB0A 1I39A 4FK0A 4DTUA 4KO0A 1U49A 2F96A 4HUGA 3DLHA 4M3XA 4B8AB 4ZTFA 4CJTA 3K5MA 3NH2A 3RWUA 4RW8A 4FYDA 1GOBA 5C24A 4CE9A 1N6QA 3AVNA 3NF9A 1WNSA 1C6VA 1LWFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZIB 3CM5A 3G0ZA 3P39A 1ZBIA 2DFFA 2YJEA 1NGAA 4E3SA 2O8DB 2Q0RA 4K43A 4IG3A 4CEOA 1U2VB 1VSMA 3AA2A 3FZKA 3LALA 3A8YA 4H8KA 4ISFA 4CGDA 1YXQA 4CW7B 3UB5A 4CK1A 4BRIA 4NCGA 4AHUA 1JLQA 4W5NA 1XNRK 3HOTA 4OPAA 3ULEA 1ZBLA 2E6LA 4CHOA 2WONA 3LDQA 5KGXA 1S1UA 5M1QA 4FJHA 3I56N 1P8ZA 3O8MA 2NRZA 4CECA 4M7XA 3LM9A 4Q5VA 3QEWA 5F1XA 4Z4GA 1T03A 3I0SA 2NRTA 1XMOK 1Z6RA 5AQKA 3O1BA 3ZSVA 3CJ7A 4K25A 3HXMA 3F5TA 3M8RA 1HYVA 5C10A 4K0KK 3MN7A 1D5AA 2Q2RA 1U6ZA 1RBVA 1BA1A 3D6RA 3CF5L 3GOIA 1Q9XA 4E0DA 3GG4A 2YKMA 4ELVA 1TAUA 4QS9A 4IFEA 2FSNA 3A5OC 3IFRA 3VEVA 3NCIA 2UUAK 4W5QA 5HP1A 1EKEA 1GLCG 3C94A 4OKEA 4CFDA 3J80O 1BDGA 4IEEA 5KPTA 2VG7A 2WUSA 3RMDA 1FJGK 3MN5A 3BDPA 3O4WA 3ITHA 3PO4A 1HMVA 3RSEA 3OYNA 3G71N 3LP3A 3EY1A 3AO4A 4DV6K 1HNXK 2ZWHA 3QLHA 2E2PA 4BGBA 2V52B 3SLCA 4CJ7A 3OTOK 3EO3A 3VGLA 1IJJA 1IO2A 2BDPA 3T1HK 4WFBL 1VSJA 3M8PA 1OH8A 3U8XA 4CHZA 5AQXA 4JNEA 3TAGA 1V4SA 1HX1A 4LD0A 3VF4A 1TKZA 2Z1HA 2F8TA 1P90A 1SKWA 3TTDA 1L3SA 1Q7YO 1NG9A 3VA3A 1A5VA 1NK8A 2O8EB 4BQZA 5FPNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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