3VQAA

Hiv-1 in core domain in complex with 1-benzothiophen-6-amine 1,1-dioxide
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqaA00
1VSFA 1RT4A 4FLWA 3E01A 4DTNA 3VQ9A 2QKKA 4KPYA 1F21A 2HW3A 1VSIA 5KRSA 4NCGA 3KD5E 1C0UA 4DFKA 1T05A 1TGOA 4FK2A 1TKXA 4NYNA 4LSNA 3TR8A 1RBRA 2YNIA 3SUNA 4B9VA 4FJXA 1EXQA 2G8WA 1KFDA 4CJLA 3TARA 2A1SA 4CIEA 5K14A 3V9WA 4DFJA 1TAQA 3SUQA 1NJYA 1NKCA 4RG8A 1N6QA 4KI4A 2HHQA 3CFRA 1JLCA 4NCAA 4FLUA 3KLIA 3CQ8A 3ZT0A 4KHYA 3OYFA 4DTOA 4CF8A 4MQ3A 3H08A 1WSHA 4LH4A 4AHUA 4FZXC 4CJ5A 1U4BA 4M3WA 4I2QA 1G15A 1RILA 2YV0X 4DLGA 4Z0UA 4DTSA 1UAXA 1HNIA 3LAMA 2X78A 3NF6A 1HYVA 3HPOA 3QEPA 4L8RB 3OJUA 1ZBLA 3K57A 2FBXA 4M3XA 2YNGA 4FLYA 2IDOA 1U45A 2Y1JA 3HPHA 3NH0A 4B8AB 2D0BA 1HJRA 5DMRA 1VSLA 1KVAA 3OYLA 3V4IA 1KFSA 5FDLA 4DS4A 3S3OA 2Z1GA 4C8LA 2GBZA 3VQBA 4J2EA 1BCOA 1A5WA 3U6FA 4RW9A 1IKXA 3AVGA 4BDZA 3DRSA 1Q9XA 3MXJA 4M3TA 1JLQA 1RDBA 3MEGA 4KHWA 3S9HA 4RW7A 3HO1A 3NF9A 2ZD1A 4ID1A 4DLEA 1XHZA 4N41A 2DY4A 4EZ6A 4FJHA 4DFPA 1KRPA 2HB5A 1S1XA 3ZSQA 4OPJA 4XIUA 3P1GA 1TK5A 5FROA 1FKOA 3NBPA 3KLHA 1JKHA 5CYMA 3VQ8A 4CHYA 4HUFA 3SJJA 5FRMA 1TL3A 2OPRA 4C8NA 3PV8A 3TI0A 3HJFA 4DSIA 1RDDA 3NGIA 3AO1A 5CZ1A 1QSYA 1TVRA 4W5OA 3ZSOA 1C6VA 4DQRA 2BE2A 3KLFA 3T3FA 1C0TA 1TKDA 3DLBA 3OYJA 2X6SA 1ZBFA 4B9TA 4DTPA 1VSHA 3MEDA 4DSLA 2GUIA 4ZHRA 4CFAA 1Q9YA 2WOMA 4OGCA 3T19A 3M8SA 3AVJA 3KLGA 1QTMA 3OYDA 5J2MA 2G8VA 1L5UA 1NK4A 1T03A 5HRPA 3HYFA 1TKTA 1RTHA 2LSNA 4M41A 4CJPA 3RRHA 1FKPA 3VQDA 4AHRA 4M3YA 4LH5A 4CHOA 3TAQA 1VRUA 3L2WA 1RNHA 3ISNC 4CGHA 4FM0A 5I42A 1NK0A 1SKRA 1CXUA 3C6TA 1TV6A 1W9HA 4AHVA 4I7FA 4OVLA 1I39A 3NHGA 2G8KA 3PY8A 2OA8A 3LP1A 2AJQA 4FXDA 2FBYA 1IKYA 4DU4A 4CK3A 4FLVA 3DRRA 1X9SA 4C8OA 1JLFA 2IGIA 3ZT1A 4JRQA 1NK9A 3VN5A 2G8FA 3PO5A 3ZSVA 4FK4A 2D5RA 1Q8IA 3PX0A 3SPZA 1EP4A 3BDPA 1TAUA 3HP6A 3V9ZA 4DSEA 1BCMA 4H8KA 1YT3A 1UWBA 4CEZA 4I2PA 3NDKA 3OY9A 3ALYA 5CY4A 1NOZA 3HVRA 1LWFA 1TL1A 3OVNA 4FJLA 1LW2A 4KFBA 4AHSA 3HL8A 3QO9A 3LWLA 2XHBA 4Z4EA 3OYGA 3QEWA 1RT5A 3VA0A 3PO4A 4DF8A 2I5JA 2ZE2A 3AA3A 4BE2A 4O4GA 2Y1IA 1ASVA 4KV8A 3U3YA 1QQCA 4OLBA 4NYFA 3I8DA 3SUPA 4EP5A 1GOBA 1RTDA 3LP2A 5KGXA 1XI1A 2RN2A 3NFAA 4DU3A 4JS4A 4BE1A 1J9AA 4H4OA 1JXEA 1RBTA 4RW8A 2OPPA 3AA2A 1X9WA 2OZMA 4KTWA 1BIZA 3CYMA 4HHTA 4N56A 4FM2A 1UOCA 3LP0A 2YKMA 5JS1A 3OYAA 3DOKA 3ZT4A 4AHCA 4AILC 5HROA 1RBVA 3LAKA 3KLEA 3CFPA 4CEAA 3AO4A 4N5SA 4Y1CA 5JS2A 4HUGA 3VQ4A 4F4KA 2KFZA 1NJZA 3AVCA 3AV9A 4CGFA 4OPKA 4JS5A 4R5PA 4IFVA 4CF9A 4HUEA 1D9DA 3B6PA 3A2FA 1REVA 1SV5A 1TKZA 3VQ6A 1WNSA 2JGUA 4M3RA 3HT3A 3T1AA 3QEXA 3WNGA 3KKSA 2HHWA 1NK5A 4LSLA 3LPTA 1C1BA 1S1TA 4B9LA 3P5JA 4FJ8A 1SKWA 2F96A 3HPGA 1JL1A 2XO7A 3CG7A 5HRNA 3U3GA 4QAGA 3JSMA 1IG9A 4DWIA 3LZIA 3NGZA 3K5NA 4F8RA 2E6LA 3OJSA 3NF7A 1RTIA 3DYAA 3QEIA 3C94A 4QOZB 5KTQA 3L2RA 4KB1A 4HCBA 1VSJA 1X1PA 4FZZA 3G0ZA 4M3UA 4RW6A 4ELTA 1WN7A 3ZSYA 2VG7A 4AH9A 4CJWA 4KHUA 4KHNA 1ZBUA 4JLHA 4UQGA 1WSEA 3OYMA 4Z4HA 3SPYA 1S9GA 4HTUA 4PY5A 3I0SA 4CCHA 2ZQBA 2YHAA 4M3ZA 2X6NA 1UA0A 2YHBA 4B9MA 3ZT2A 4CJ4A 3K5OA 2FC0A 2O4IA 2OPSA 4DSFA 3KD1E 1J53A 1RT2A 4F3TA 1HQEA 1YVUA 1NKBA 5KI6A 5J2PA 4FJIA 4GMJB 3L3UA 4FLTA 4FJ5A 4CHZA 1ZBIA 3ZT3A 3I0RA 2HVIA 1B9FA 4FCYA 4CEDA 1VK0A 1BHLA 3LDSA 3TAEA 4YFUA 4Q5VA 3ASMA 3KJVA 4DTXA 1NOYA 1T7PA 4OKKA 5EU7A 3ULDA 1CZ9A 3O4QA 3OYNA 1S6QA 3LPUA 1VRTA 2DFFA 4CFDA 1KVCA 5DK5A 4YNQA 3KK2A 4FK0A 3VA3A 2DTUA 4KHSA 3D0PA 4KKOA 4CEOA 1B92A 1A5VA 2RF2A 1LAVA 3AVHA 2FBTA 2OZSA 4E7LA 1XWLA 3VQCA 1LAWA 2R7YA 1RDCA 3AVMA 5J2NA 1GOCA 4DSKA 4FJGA 2KTQA 3CM5A 1NK7A 2XRIA 1J54A 4CEQA 3EZ5A 2HHTA 1UA1A 1YTAA 3QINA 4C8KA 1LWEA 4WE1A 3ZSZA 2OYQA 4CJKA 2B6AA 3M8QA 4DTRA 5CYQA 1C1AA 4CIGA 1GOAA 2B4JA 4Z4IA 4KRFA 1T8EA 1EETA 1NK8A 1WLJA 3LANA 4BWJA 3IAYA 4IDKA 4CFCA 1VSKA 4FLZA 4CJFA 3V9SA 1BQNA 4IKFA 4OLAA 4CF0A 2E4LA 4DG1A 4E7KA 5J2QA 2VWJA 2KZZA 4E19A 3QLHA 2PZSA 4J2AA 3WNHA 4TSXA 3O3GA 3M8PA 3PX4A 1NKEA 1K6YA 4K8XA 1CLQA 4DTMA 4FZYA 5KGWA 4PQUA 4CE9A 3DLEA 2A1RA 3QIOA 1U49A 1RBUA 3DOLA 1HNVA 2JLEA 1KLMA 3FFIA 4J2DA 4OKEA 3DMJA 4KTQA 2D0AA 1QE1A 3PUFA 1R0AA 4W5NA 1N5YA 3QNNA 3ZSRA 1EKEA 4JRPA 4ZTJA 3KTQA 2HHVA 1S1WA 3THVA 3WNFA 5CZ2A 4C8MA 4KO0A 4I9LA 1C1CA 1QHTA 2P5GA 3AA4A 2VG5A 1IO2A 3NCIA 3M8RA 4E7JA 1Z26A 1DTTA 3RMBA 4DTJA 1S5JA 1U47A 3VQPA 1TK8A 1L3VA 4B08A 2P5OA 1ZBHA 1VSMA 2G8IA 4CK2A 3AVKA 4CJVA 1DTQA 4FJKA 1VSDA 3IRXA 3HSTB 3QNOA 1IH7A 1DLOA 2FBVA 3AO5A 3TAGA 4CF1A 2BGGA 5HRRA 3SQ2A 4CJQA 4CGDA 4CGJA 1SL0A 4Z4FA 3O3FA 3NE6A 2NUBA 3OYCA 3RMAA 4O55A 1WSIA 4GVMA 2HHSA 1SUQA 5SWMA 3L2QA 2YKNA 4PUOA 2DFHA 1MU2A 1QSLA 2W42A 4DQQA 2ATQA 3O4NA 3QETA 5I3UA 2YNHA 3KIOA 4DMNA 2HNZA 2YNFA 4B9SA 3NH2A 4DS5A 4ID5A 4Z4CA 3KK1A 4DSJA 4FYDA 4HVJA 3SQ4A 1IKVA 1HPZA 1ZYQA 3JYTA 4N47A 1ASWA 1WSFA 3AO2A 1JLEA 3VQ5A 4CESA 1JL2A 2DFEA 1JXBA 3VQEA 4FJ7A 3G10A 3AVBA 2D0CA 1Z25A 3DLKA 3ITHA 3MAQA 4E1MA 3K59A 4DF4A 4IG0A 4IBNA 1S6PA 1L3SA 4CHPA 5HP1A 4E0DA 3L3VA 4AHTA 1I3AA 4CJSA 4O44A 3EYZA 3LZJA 1SL2A 4FJMA 4CF2A 4N76A 4F2RA 2IAJA 2HMIA 3SQ0A 1HYSA 3C6UA 4FW2A 5E41A 2OPQA 3C95A 4GW6A 3TABA 4EZ9A 3KK3A 4LY7A 4FJJA 1FK9A 4G1QA 4CHNA 3AVAA 1XC9A 3SUOA 3RR8A 2ITGA 3DLRA 2QKBA 2HNYA 1X9MA 4BWMA 1LW0A 1RT1A 4E3SA 3AA5X 3S3NA 2E6MA 1JLBA 3MECA 4CIFA 3RWUA 3NH1A 3AO3A 3NAEA 3SV3A 3LWMA 3OYEA 1L3TA 4CEFA 1W0HA 3LALA 1QS4A 4FVMA 1BQMA 3TANA 2PYJA 4OKJA 2O4GA 4FM1A 2XY5A 2QXFA 4ICLA 2Z1HA 1FXXA 3RTVA 4Q0BA 2KQ2A 3HK2A 1BL3A 5SZTA 4CK1A 4E7HA 1ITGA 2XY6A 1VSEA 2BDPA 2RPIA 2BANA 3MEEA 3O3HA 3MXIA 4B9UA 1JLGA 1BI4B 4PWDA 1HYZA 4CECA 4CGGA 5C42A 3TWHA 4I9QA 1RCHA 1LWCA 4E89A 2X74A 3DI6A 2F8SA 1WSGA 3RR7A 1A5XA 4CJTA 3L8BA 4E1NA 3CFOA 2Q3SA 1WAJA 1Y97A 3VQ7A 3RMDA 1LV5A 4QCLA 4CEEA 1KTQA 4B3OA 1S1UA 1KSPA 1NK6A 3WNEA 1RT7A 3OYKA 1RDAA 4HCCA 3EY1A 3AVLA 1WSJA 4LD0A 3OS1A 4CFBA 3V6DA 4KAZA 4KB0A 2KW4A 2HHXA 1S9EA 4DFMA 3V9UA 3SQ1A 1EX4A 3B6OA 3HM9A 2WONA 3NF8A 1SL1A 4EP4A 2IC3A 3HP9A 3K2PA 3QERA 2PY5A 1KVBA 4K8ZA 3DRPA 4BE0A 2HHUA 4DQPA 4IG3A 3K58A 4DQSA 2ETJA 2RKIA 1BISA 4ZTFA 1YTUA 3TAMA 3V1OA 3VQQA 1SKSA 3AVIA 4H4MA 4Z4GA 3F9KA 3F73A 3SI6A 4KHQA 4FW1A 4W5TA 5C24A 1S1VA 5HLFA 2QK9A 1JLAA 3QESA 3L2UA 1D5AA 3HXMA 3QEVA 2Z1JA 3DLHA 1KLNA 1ASUA 3TAFA 3SV4A 4J2BA 3V1QA 3V1RA 1CZBA 5J1EA 4PA1A 3IG1A 4MFBA 1RT6A 1D9FA 2PYLA 4B9NA 4B8CA 2VG6A 1O1WA 3AVFA 4KTZA 4W5QA 2EHGA 2GV9A 4KI6A 3TAPA 2HNDA 1C0MA 2P1JA 3RRGA 2G8HA 2VWKA 4CJ3A 4CJUA 3OS2A 1L3UA 4F2SA 2F8TA 2HVHA 1U04A 5KRTA 5T7BA 1HMVA 4CHQA 2Z1IA 4M45A 3ZSWA 4ELVA 5HBMA 3DLGA 4W5RA 5C25A 4KREA 3ZCMA 3K5LA 2XY7A 3MXMA 1TK0A 3D45A 4CEBA 4OJRA 1HRHA 3BGRA 3OYIA 4FJNA 3OYHA 3SZ2A 3S3MA 4FLXA 3L2VA 4NCBA 5FRNA 2KFNA 1U48A 5D3GA 4RW4A 3OS0A 4DTUA 1CXQA 4DQIA 2KZMA 1BGXT 4O0JA 4O5BA 2P51A 4CJEA 1RBSA 3SNNA 1RTJA 3VQAA 3PX6A 1QSSA 2G8UA 3DM2A 1BIUA 3OYBA 2XY8A 1KCFA 3P83D 4BACA 2IOCA 3UIQA 2IS3A 4E7IA 3KKRA 4DU1A 4FJ9A 3NGYA 1D8YA 3LP3A 3ZSXA 3SYZA 4O0IA 2EX3A 1B9DA 3IS9A 1IKWA 4Y1DA 3K5MA 3QIPA 4BDYA 3RMCA 1NJWA 1J5OA 4CJRA 4ELUA 4CGIA 3CM6A 4BDPA 1WAFA 2B5JA 3HVTA 4OGEA 3V9XA 4F3OA 4IFYA 5HRSA 1RT3A 3V81A 4CERA 1XHXA 3SCXA 1BI4A 1NJXA 3AVNA 4M42A 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NVMA 3E01A 4KPYA 1F21A 3KD5E 1U2VA 4JN4A 1C0UA 4DFKA 1T05A 4JK9A 4NYNA 3OW2M 3CETA 4NXMK 1YXQA 4FJXA 2G8WA 4CJLA 3UKRB 1NKCA 2NRVA 4KI4A 2HHQA 3CFRA 4NCAA 4KHYA 3KLIA 3CQ8A 3OYFA 3L4QA 4DTOA 4WQ4A 3H08A 4LH4A 4CJ5A 5AQUA 4I2QA 1G15A 1OH5A 1HNIA 3HPOA 4L8RB 3F9MA 2UU9K 4X65K 4GY2B 2P9PB 4FWSA 2YNGA 2IDOA 1EWRA 4CD1A 3HOTA 2AA4A 1HJRA 1BO5O 5FDLA 3M5RA 2ITMA 2E2PA 2O8BA 4RW9A 3W0LA 3D2EA 4DR1K 4BDZA 1JLQA 1RDBA 2ZF5O 3MEGA 3HO1A 3NF9A 1E4GT 4DLEA 2DY4A 4FJHA 4DFPA 2HB5A 1S1XA 4WF9L 3DXKB 3FFKB 4XIUA 4ILJA 3P1GA 1FKOA 3NBPA 1HNXK 3VQ8A 4CHYA 5FRMA 5AQQA 1TL3A 4FVUA 2VGMA 3TI0A 2ZM6K 3NGIA 3KHYA 1ZBFA 1KQSM 1VSHA 3T7ZA 4ZHRA 3T19A 4LF8K 3AVJA 1QTMA 3OYDA 1E3MA 1L5UA 5HRPA 3HYFA 2LSNA 4YOUA 4M41A 3J7YP 3TAQA 5BR8K 3CJAA 1MWMA 3LDQA 1NK0A 5M1FA 5E26A 5EVZA 3LP1A 1VHXA 3C7NB 4YOVA 4JRQA 2G8FA 3ZSVA 1Q8IA 1TAUA 1EP4A 2W6LA 3IKMA 2QTDA 3VESA 3LM2A 1UWBA 4CEZA 4CVNE 3NDKA 3CHWA 2D4WA 3HVRA 5AZJB 3LWLA 3HL8A 3QO9A 4BG8A 2O8DA 2Q0UA 3NMUA 2P9KA 5LJVA 1Y64A 4JKFA 2I5JA 3K0SA 2Y1IA 1ASVA 4KV8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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