3VQAA

Hiv-1 in core domain in complex with 1-benzothiophen-6-amine 1,1-dioxide
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqaA00
1LW0A 3HVTA 1HJRA 3OVNA 4CIEA 5E41A 3HL8A 5J2PA 4KHNA 1RDDA 1FXXA 1RT2A 2FBXA 2IAJA 3B6PA 3NH1A 3OYDA 1B9FA 4FW1A 2OA8A 3DLBA 4J2AA 4FLZA 4Z4FA 3AA5X 2XRIA 1VSMA 3H08A 4PQUA 3MXMA 2HHTA 2HNZA 4H8KA 4Q5VA 1VSKA 2KZZA 1DTTA 2OZSA 1X9MA 3ZT0A 3LALA 3TAMA 4Z4EA 2BANA 3M8PA 3QEXA 3TAEA 3LWMA 4Y1CA 1RT1A 1HQEA 2KW4A 4FJIA 4M3XA 4I9QA 4OKJA 3RTVA 4FLXA 1TK0A 4W5OA 1ITGA 4DLGA 3LPTA 2YV0X 4ELUA 5FDLA 3DYAA 3LP2A 4E89A 1CZ9A 3DI6A 4N76A 3VQAA 4KHQA 3O4NA 4DTSA 3SYZA 3KK3A 4WE1A 4HUFA 1RT7A 3V9ZA 4CHQA 4FJNA 4NYFA 3LP3A 5EU7A 3AV9A 4CFBA 3MECA 3VQQA 3RMBA 4M3RA 4ICLA 3OYJA 4QOZB 2B6AA 1S1TA 1YTUA 1UWBA 4CJFA 4RW7A 4AHSA 3VN5A 4C8KA 3CM6A 1A5VA 2FBVA 2X74A 1VSLA 4BE1A 3LWLA 1GOBA 3DLRA 4CJWA 3SNNA 1X1PA 1VSIA 1JLGA 2LSNA 3NF8A 2O4IA 2Y1IA 3TWHA 1X9WA 2BE2A 1NJXA 4N5SA 1KTQA 1SV5A 1RDCA 2P5OA 1HMVA 1ASUA 4IG0A 4CF9A 2OZMA 4M3WA 3THVA 3VQEA 4W5TA 1A5XA 3HSTB 2OPRA 4OGCA 4JS4A 1TK8A 4O0JA 1U45A 5J2QA 3SQ0A 1L3UA 3RRGA 4J2DA 1WAFA 1SKSA 3VQ9A 4CHOA 3I0RA 3QESA 3AVMA 2B5JA 5J1EA 2R7YA 2XY6A 2G8HA 1KVCA 4MFBA 3G10A 3HJFA 1RT6A 3RR7A 1WSFA 4DTRA 3EZ5A 1JLQA 3QIOA 1L3TA 3DLGA 4DQQA 2HHWA 2ZQBA 5FRMA 1WAJA 4BDZA 4DLEA 4DTUA 1RBUA 4HHTA 5HP1A 4OPKA 4AH9A 1SUQA 1JL1A 2YKMA 4FJLA 2HHQA 5JS2A 3NF7A 1HPZA 1QSLA 3NH0A 3K5LA 4CGHA 3EY1A 3QEIA 1JLAA 1RBVA 4E0DA 4LSLA 4EZ6A 1Q8IA 3OYNA 3KIOA 4E7JA 3FFIA 2YKNA 3C6UA 1NK5A 1NK4A 4KB1A 3TARA 1VSHA 5SZTA 5KTQA 1GOAA 2EHGA 4E7IA 4DQRA 3RMDA 3O4QA 1EX4A 3TANA 4DSJA 4O0IA 4BE2A 1IKWA 3WNGA 2PY5A 1S1WA 4BACA 4KREA 5HLFA 3S3OA 1JLEA 2Z1JA 5CYMA 1EP4A 1O1WA 3M8RA 3TR8A 1TKDA 4CEOA 4Y1DA 1BQNA 3SPZA 1KFSA 4N41A 2X78A 4DF4A 3OY9A 4KO0A 3OJUA 2HB5A 3AA2A 4Z4HA 4RW8A 3RMAA 1Q9YA 2OPQA 4ZTJA 1QSSA 5KGWA 3S9HA 1C1BA 3LAKA 3V4IA 2HW3A 3AVBA 3KLEA 5KI6A 3ZSXA 4AHCA 1NKEA 1BI4B 4E7HA 3V81A 1QE1A 2G8KA 1KSPA 3RWUA 4FJJA 1I39A 3D0PA 1VSFA 5C42A 3CQ8A 2PZSA 5I42A 3WNFA 4LH5A 3M8QA 4FM2A 1XC9A 1NK0A 2KZMA 2XY5A 3F73A 4DWIA 3QEVA 3LZIA 2RKIA 3KLIA 4FCYA 1N5YA 3V1OA 3QNOA 1HYZA 5I3UA 3KLGA 3LAMA 1TGOA 3OYBA 4CJ4A 4F4KA 4FJ9A 1S1UA 4I2QA 4CHZA 3ZT1A 1RDBA 1D9DA 1KLNA 5D3GA 3OJSA 4DS5A 2QK9A 2P51A 3JSMA 4CGIA 3SQ4A 1U47A 1IH7A 1TL3A 3SUNA 4OLAA 4B9NA 2IOCA 1HQUA 4Z4CA 1J54A 1RTDA 2G8UA 2GUIA 2G8FA 4F2RA 3VQBA 3LANA 4RW4A 1IG9A 2ATQA 4I9LA 4KV8A 1WLJA 5CZ1A 3K59A 4HUGA 3K5OA 4KFBA 1WSGA 3HVRA 4NYNA 3KKRA 3L2WA 4KAZA 4PY5A 2B4JA 2AJQA 1F21A 3AVGA 3VA3A 1LWFA 3RMCA 4B3OA 2IS3A 2E6MA 4CGJA 2XO7A 4KTWA 4FJKA 1D9FA 2HHUA 3MEEA 4Z4IA 2ITGA 3CFPA 5HBMA 4DFKA 4CJ5A 3HPGA 1UAXA 5K14A 4B8CA 4IG3A 4EP5A 4M3TA 1BHLA 1HYSA 3ISNC 4OPJA 3LP0A 4E7LA 1J5OA 1RDAA 2P5GA 4AILC 1FKPA 1S6QA 2HHVA 4ZHRA 4ID1A 1LAWA 3DRSA 3SI6A 4LH4A 2D0CA 3ASMA 4ZTFA 3V9UA 4FJGA 3P1GA 4CJVA 3CM5A 3HP9A 4CEEA 4CK2A 4DG1A 4CJKA 4KHWA 5FRNA 2HHXA 1JXEA 2A1SA 3OS1A 4AHUA 4DFPA 3D45A 3DMJA 1L3VA 4AHRA 1S9EA 3TAPA 5SWMA 1Q9XA 2EX3A 5FROA 3NDKA 2DY4A 4CJLA 4PUOA 1XWLA 1XI1A 1NK9A 4FJ7A 3VQCA 3DM2A 3NGYA 2RPIA 4BWJA 4NCBA 1ZBIA 2KQ2A 3VQ6A 3L3VA 4E3SA 4GMJB 4F8RA 4OKEA 4K8XA 1ZBHA 4FJ8A 4DTXA 1CXUA 3C95A 4B08A 2HNYA 2JLEA 1TKZA 2VG7A 2G8WA 3QNNA 4NCGA 3SV4A 4FK2A 4FZXC 1EXQA 1XHXA 3SV3A 2YNGA 3MEGA 3HM9A 4CGDA 3ZSRA 2YNHA 1QHTA 3DLEA 3AVCA 3K58A 3HPHA 3DLKA 3MAQA 3S3MA 4OJRA 3ZSZA 1T05A 2F8TA 1VSDA 3OYCA 4M3ZA 1SL0A 3TABA 1VK0A 3O3HA 4E7KA 3SUPA 3TAGA 3OYIA 2OPPA 4FVMA 3V6DA 3AVLA 3LZJA 1CXQA 3V9SA 1LWEA 4G1QA 4H4MA 4CF0A 3KTQA 3U3GA 4B9MA 4KHSA 4M3UA 3SQ1A 2WOMA 4ID5A 4DFMA 5CYQA 4HCBA 3V9WA 3AVJA 1JXBA 1Z25A 2GBZA 3NAEA 4DF8A 4DTNA 4CK3A 3ITHA 4FJXA 1LAVA 4FLTA 3HO1A 3QO9A 2IGIA 3DOLA 3V1RA 3IS9A 3PX6A 3C6TA 1JLBA 3VQPA 3ZT4A 3ZSWA 3TAQA 4O44A 4B9VA 3VQ5A 3PX0A 1RT3A 4E19A 1NK7A 3S3NA 3QINA 4DTPA 4O5BA 2W42A 4K8ZA 2WONA 3PY8A 1S9GA 3HPOA 3BDPA 1HNIA 3AO4A 3LPUA 1JKHA 4O4GA 3ZT2A 1REVA 1BCMA 3AO3A 1IKYA 5HRSA 1TAUA 4FJMA 3UIQA 4QAGA 4CIFA 1RTJA 4FLWA 3VQ7A 4B9LA 3HT3A 3ULDA 4FLVA 4NCAA 3NF6A 1TKXA 3HK2A 3AVAA 4YNQA 3NE6A 1UA1A 4F3TA 4DQSA 1U04A 1BIZA 1RTIA 2GV9A 1EKEA 3MEDA 4M45A 4KB0A 1A5WA 1VSEA 2G8IA 4CFAA 2HVIA 1C0UA 4KRFA 4CECA 4CJUA 4JRPA 4Z0UA 4HCCA 1KCFA 3TI0A 2KFZA 4EZ9A 3ZSYA 4L8RB 1L3SA 2IDOA 1DLOA 3IAYA 1Z26A 1KLMA 4BDPA 4DTMA 1RTHA 3LP1A 1FK9A 1TL1A 1RILA 3L2VA 3L8BA 4OLBA 3IRXA 1NJYA 2JGUA 1B9DA 3T1AA 3ALYA 1K6YA 1KVBA 2XY7A 4IKFA 4DTOA 4C8NA 1G15A 1TAQA 4C8MA 4CHYA 3SUQA 3SUOA 3SPYA 3K57A 4FZZA 5CZ2A 4FM0A 3MXJA 3OYLA 3NGZA 3L2QA 3VA0A 3K5MA 3AVNA 2P1JA 4B9SA 1HNVA 4CFDA 3QEPA 1Y97A 3O3GA 3WNEA 4CE9A 1ZYQA 4DQIA 3AVKA 1UA0A 4DU4A 5DMRA 3V9XA 1DTQA 1ZBLA 1C6VA 4DSFA 3V1QA 4I2PA 2D0BA 3K2PA 2PYLA 4CJTA 2OYQA 1TV6A 4Q0BA 4M41A 5KGXA 4DU1A 3OYGA 3CFOA 4R5PA 4LY7A 4IDKA 3L2RA 1BIUA 5JS1A 4YFUA 3KK2A 3AVIA 4CEZA 4CJQA 4FLYA 2DFHA 2F96A 2Z1HA 3VQDA 1WSEA 1J53A 2X6SA 1BL3A 4RG8A 1UOCA 3LDSA 2YNFA 3EYZA 4CGGA 4BWMA 3OYHA 1RBSA 4IFVA 4F2SA 4FM1A 3KLFA 1N6QA 4C8LA 1R0AA 4FZYA 4PWDA 3L2UA 2HVHA 3PO4A 1SL1A 1QTMA 1JLFA 4CHPA 4E1MA 4ELTA 1TKTA 2QKKA 3E01A 1RCHA 1RT4A 3AO5A 4PA1A 3QETA 3P83D 4JS5A 5HROA 2ZD1A 1WSJA 1ZBFA 4CJ3A 1YT3A 5J2MA 3M8SA 2XHBA 1LV5A 2VWKA 2PYJA 2QKBA 2KTQA 4OKKA 3OYMA 3AO1A 1EETA 1LWCA 2D5RA 3CYMA 1BI4A 4O55A 3T3FA 1NKCA 4KI4A 1WNSA 2D0AA 1W0HA 3KK1A 4DS4A 1KRPA 1ASVA 4CEQA 3AA3A 1HRHA 3OYFA 4N56A 1SKRA 2DFEA 4IBNA 3ZCMA 1YVUA 2E6LA 4HUEA 4RW6A 1XHZA 4CF2A 4FK4A 3A2FA 3C94A 1VRUA 1HYVA 5CY4A 3CG7A 1RBTA 1YTAA 4I7FA 4HVJA 3PX4A 3I8DA 3U6FA 3SQ2A 4FYDA 3U3YA 2FBTA 4MQ3A 3WNHA 3TAFA 4KPYA 1VSJA 5HRPA 1QQCA 4CEAA 4CHNA 4AHVA 1U49A 3K5NA 4CCHA 4DSIA 1WSHA 3T19A 2BDPA 4W5QA 4B9TA 2YNIA 4B9UA 1IKXA 4J2EA 2KFNA 1ASWA 3VQ8A 4CIGA 1FKOA 3L3UA 4CEBA 1KVAA 1SL2A 1CZBA 4FLUA 3NBPA 4DU3A 1ZBUA 1B92A 4ELVA 4DSLA 5T7BA 4FK0A 3KKSA 1TVRA 1WN7A 3ZSQA 1GOCA 3KLHA 4OVLA 4JLHA 1C0TA 2NUBA 4KI6A 2ETJA 3NFAA 3OYKA 5KRSA 5J2NA 1CLQA 2X6NA 4AHTA 4CK1A 3KD5E 2HMIA 2HHSA 5C24A 1T03A 1KFDA 1NOYA 2BGGA 2VWJA 3QEWA 4GW6A 4C8OA 3AVHA 3AA4A 3OYAA 3ZSOA 1X9SA 2RN2A 3HYFA 1C1AA 4UQGA 5DK5A 4KKOA 1U4BA 3KD1E 4CGFA 4KHYA 5HRRA 2Q3SA 4EP4A 4CJEA 1JL2A 3QLHA 4TSXA 1BISA 1SKWA 3HXMA 3NCIA 4HTUA 2QXFA 4FW2A 3ZSVA 4FXDA 4B8AB 2VG6A 4IFYA 4CEFA 4BDYA 4H4OA 3PUFA 1U48A 4CERA 4KTQA 2DTUA 3NF9A 3IG1A 4QCLA 2F8SA 1BQMA 1C0MA 2IC3A 4LD0A 4CJPA 1BCOA 1TK5A 1I3AA 2FBYA 2RF2A 3AO2A 1BGXT 4RW9A 3NH2A 1NKBA 4FJHA 1S5JA 2HNDA 3QIPA 4GVMA 1RT5A 3ZT3A 4W5NA 3SZ2A 3PV8A 3OYEA 1NOZA 4CF8A 4DMNA 2Z1IA 4DQPA 2A1RA 3JYTA 1D5AA 4E1NA 1MU2A 3NHGA 2DFFA 2YHBA 2VG5A 3PO5A 4BE0A 2I5JA 2FC0A 3RR8A 3DLHA 1IO2A 1QS4A 1S1VA 4DFJA 3VQ4A 5C25A 4LSNA 4FJ5A 4CEDA 3B6OA 4OGEA 1T7PA 1RNHA 3OS0A 4CJSA 4CESA 2E4LA 4CFCA 3P5JA 1NK6A 1D8YA 3DOKA 2OPSA 3F9KA 4JRQA 3BGRA 1NK8A 5HRNA 1LW2A 3O3FA 3HP6A 4N47A 3SJJA 3I0SA 2O4GA 4DSEA 3G0ZA 4XIUA 3RRHA 3DRPA 3QERA 4Z4GA 1L5UA 1W9HA 4CJRA 3CFRA 1C1CA 1RBRA 4CF1A 1NJZA 3KJVA 3AVFA 3DRRA 3MXIA 4W5RA 4J2BA 4M3YA 1T8EA 4KTZA 2Z1GA 2G8VA 4KHUA 4DTJA 4DSKA 1JLCA 3NGIA 2YHAA 3SCXA 1QSYA 2ZE2A 1WSIA 2XY8A 1VRTA 2Y1JA 1IKVA 3OS2A 4F3OA 4M42A 5KRTA 1NJWA 1S6PA 1S1XA 1J9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LW0A 5HL7L 4KHNA 3HL8A 2IAJA 3NH1A 4J2AA 3CIPA 2OA8A 4FW1A 3MXMA 2HNZA 2Q0RA 4Q5VA 1VSKA 2GUPA 4LF8K 4Z4EA 1WOQA 2UXDK 1HR0K 3LWMA 4Y1CA 2KW4A 2UYTA 2VQFK 4FJIA 1XUPO 4OKJA 1ITGA 3BY5A 4FOIA 4JKDA 5E26A 1NGEA 4ELUA 3DYAA 3LP2A 1CZ9A 3DI6A 4KHQA 4EIAA 4CW7B 4FJNA 1NBWA 3WUHA 4NYFA 5EU7A 1EWQA 4M3RA 1BUPA 4ICLA 4QOZB 1S1TA 1YTUA 4RW7A 3VN5A 3S41A 3ID6A 5ELZA 1A5VA 4CJWA 2V7ZA 2Y1IA 2BE2A 1NJXA 1X3MA 1ASUA 1XMQK 4M3WA 2Q0UA 4W5TA 4OGCA 3HSTB 1MA9B 2RHKA 1U45A 4RCHA 3EE8A 3HJFA 5BR8K 1XMOK 3EZ5A 1JLQA 1VQ6N 2OANA 3DLGA 1U2VB 4DTUA 3H46O 5CHIA 2HHQA 1QSLA 3AARA 3LM2A 4I9QA 5AQWA 1Q8IA 3KIOA 1VSHA 5SZTA 5KTQA 3W3DA 5F0XA 2EHGA 5AQVA 4E7IA 4O0IA 3TTCA 4KREA 4BACA 2ASOA 2GWJA 2Q1NA 3QFPA 5LMNK 4CEOA 2V51B 3SPZA 2X78A 3DJCA 5ADXA 3WXMB 1VQNN 3OW2M 4DR2K 1QSSA 5KGWA 1VAZA 3S9HA 1C1BA 3V4IA 1BI4B 4FJJA 1QE1A 1VQ7N 4FM2A 1NK0A 1JCFA 3QEVA 3LZIA 5GAEP 3KLIA 3KLGA 3BP8A 1RDBA 3SAFA 1KLNA 5D3GA 1JJ2M 5BN9A 3M5RA 2QK9A 2P51A 4CGIA 3F2KA 4CBUA 4XEIA 1LCUA 2G8UA 1IG9A 3VGLA 2F9TA 4GV3A 1WSGA 3HVRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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