3VQBA

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-4h-1,3-benzodioxine-8-carboxylic acid
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqbA00
2E4LA 3DLRA 2HW3A 3OS0A 5HROA 3NBPA 3QO9A 3DRRA 4O55A 3O3GA 1HYSA 1C0TA 3ZSWA 5KRTA 1DTTA 1S1WA 4M45A 1D8YA 4N5SA 4CJLA 3AVIA 4FK2A 4LH4A 2KZZA 3M8SA 4XIUA 3KLGA 1BHLA 2X74A 5SZTA 4CF0A 4QOZB 3OYKA 4DTUA 1UWBA 1NK7A 4DQIA 4ID1A 3QEPA 1I3AA 5HRNA 3MEEA 1ZBFA 4FZYA 1BQNA 1Q8IA 4RW8A 3TAGA 1NJWA 2KTQA 4FJ5A 3IRXA 3U3GA 1G15A 2Q3SA 3H08A 5C42A 1TAUA 1I39A 3VN5A 4CK2A 4DFKA 4DFJA 3ASMA 4FW2A 2O4IA 2OYQA 4C8LA 3T19A 1EETA 1TL1A 4QAGA 2JGUA 5KI6A 4WE1A 2XRIA 1ZBUA 2HHWA 4UQGA 2DFHA 3DMJA 4HUFA 1C0UA 3JYTA 4NYNA 5CY4A 3HO1A 4DQQA 4DTJA 1S1UA 4H4OA 2RF2A 2HNZA 1FK9A 4GW6A 1F21A 4OKKA 4CJRA 3LZJA 3ZSVA 3JSMA 1WAJA 4W5RA 3NAEA 3RMCA 1T8EA 1Q9YA 4FLTA 1SL0A 1SL2A 1FKOA 5HP1A 4KTQA 3TR8A 3ZT4A 4CJ5A 1QSLA 1X9WA 3D45A 1EX4A 3K2PA 4F2SA 3AV9A 4LH5A 3NDKA 2D0BA 1WAFA 1NK5A 3RR8A 3CYMA 4N56A 3S3MA 2X6NA 4OKJA 1D5AA 2EX3A 3OVNA 3KK3A 4DWIA 2OA8A 4M3TA 1BL3A 3PUFA 3S9HA 2P5OA 4CJWA 2KZMA 4DU4A 4KPYA 2E6MA 1QQCA 2X6SA 1BIZA 3QNNA 4KHSA 3QINA 4E89A 3O3FA 1XHXA 2Z1IA 4N47A 3TABA 1QE1A 1NKEA 3L2WA 4KI6A 3KK2A 3HXMA 3VQAA 4KB0A 4DQRA 2VWKA 4DSEA 1RTDA 1KLMA 1Z26A 3ZSRA 2PYJA 4NCBA 4CJKA 3O3HA 4DFPA 4JLHA 2G8WA 4CF2A 3ALYA 2F8SA 2ZD1A 4Q0BA 1NKBA 1RTHA 3V9XA 4CFDA 4BE1A 3OYNA 4FVMA 3ZT0A 3OYFA 3O4QA 3CM6A 4FYDA 4L8RB 3AVNA 1Z25A 4DU3A 1IO2A 3B6PA 3QERA 2OPRA 3AO3A 2D5RA 2BE2A 3TAEA 4DQSA 2XY5A 2KFZA 1JLAA 4M41A 4F3OA 3VQ9A 3LP0A 3WNHA 4RW6A 4BWMA 4O44A 2R7YA 3K59A 2DFEA 4FM2A 4DTPA 4FZZA 2KQ2A 4CESA 2VWJA 4KV8A 3SCXA 1KFDA 3HT3A 2VG7A 4Z4FA 3CFOA 1S1VA 4CFCA 3NH2A 4FJJA 1VRTA 2XY6A 4BDPA 4ELUA 4B08A 4NYFA 3LP3A 3WNFA 4I2QA 1JLBA 4DSKA 1CZ9A 4CCHA 2G8VA 4DQPA 2HHUA 1CXQA 5KGWA 3CG7A 4CJTA 4E1MA 1TK0A 1ZBHA 1ITGA 3DOKA 3VQ4A 3VQCA 4HCCA 4RW9A 4HUGA 3QEXA 1XI1A 3AVLA 1WSFA 4CEFA 4CHPA 4CHZA 4CGHA 2OZMA 2F8TA 3VQPA 1LW0A 3SUQA 1RNHA 3IG1A 4DS5A 3NH0A 2YKNA 1DTQA 2A1SA 3NF6A 3V4IA 5J2NA 2G8KA 4E19A 3LP2A 3BGRA 4DTOA 4ZTFA 4CK1A 4B9VA 3L8BA 4LD0A 4BACA 4DSFA 3ZT3A 3DOLA 1ZBLA 3VQ5A 3TAPA 3D0PA 2PYLA 4IG0A 3QEVA 1RT4A 3M8QA 3QLHA 4DU1A 1D9DA 4HCBA 3PO4A 2OPSA 1JLFA 2GUIA 4FCYA 2HHVA 1KVCA 4M3XA 4BE0A 1LAWA 4DG1A 2G8FA 4CGDA 4FLUA 4W5TA 3WNGA 4JS4A 1ASVA 3AVHA 3K58A 1UA1A 1NKCA 1TKTA 1BI4A 1S1XA 4R5PA 3NE6A 4E0DA 2QKBA 3DLEA 1WSEA 4FW1A 4GVMA 2VG6A 3ISNC 3ZSOA 3KLIA 4CJQA 1NJZA 4CJFA 4O5BA 1ASWA 3OJUA 2PZSA 5FROA 1RDCA 4ELTA 1HYZA 4DFMA 2DY4A 1L3UA 3KTQA 1J54A 4IBNA 4OPKA 3PX6A 2HVHA 1RT1A 4F8RA 5DMRA 4M42A 4E7KA 3V1QA 2XY7A 4F2RA 2KW4A 1UA0A 3ZSZA 2FBYA 4IG3A 4DSIA 2O4GA 3K5NA 3HSTB 4CEAA 4CJVA 4HHTA 3THVA 2IDOA 3F9KA 2ETJA 3L2UA 1NK6A 4O0IA 3V9UA 3AO5A 4FJGA 4IDKA 3O4NA 4CECA 2FBXA 3SQ2A 4K8XA 3KLEA 1K6YA 2HMIA 4I2PA 3K5MA 4CHYA 2JLEA 4M3WA 3ZSXA 3SUNA 3KD1E 4CEBA 3NF7A 3CQ8A 3VQQA 4E7LA 4EZ6A 3OJSA 1HQEA 1U04A 4CGGA 3SUOA 1O1WA 4B9NA 1HPZA 1KVAA 2AJQA 2YV0X 3QETA 4AH9A 1WNSA 4CJ4A 4GMJB 3L2QA 4B8AB 4AHVA 5J2PA 4CGFA 4CEDA 1LAVA 1YTUA 3NF9A 4BDYA 1R0AA 2IC3A 4Z0UA 3RWUA 3K57A 2HHTA 3LZIA 3AA3A 1A5XA 5J1EA 4LSLA 3SQ1A 4FZXC 2HHSA 3ZT2A 1JL2A 2QK9A 3C94A 3RMBA 2A1RA 1ZYQA 5CZ1A 2VG5A 3OS2A 1KFSA 4J2BA 1BGXT 4B9MA 4KHWA 3ITHA 3OYLA 1SKSA 2OPQA 2B6AA 4ICLA 1U49A 4CE9A 4FJHA 1U47A 1X9MA 1KTQA 4IFYA 3OY9A 4DF4A 3CFRA 3SQ4A 3RMAA 4Q5VA 3KIOA 1UAXA 3SV4A 4CHQA 1VSDA 5HRRA 3AVJA 1FXXA 4O0JA 4ZTJA 4KHQA 3U3YA 3SJJA 2YKMA 4Z4HA 4O4GA 1RT7A 2Z1GA 3P1GA 5K14A 1VSEA 3F73A 4M3YA 3IAYA 3AO1A 2HHXA 2Z1HA 1VK0A 1VSLA 1KLNA 3RR7A 4PQUA 1GOCA 3C6UA 3SPYA 3AVMA 4AILC 4EP5A 1JKHA 1T03A 1RBRA 1IKWA 2IGIA 1NK0A 3MECA 1HNVA 3HYFA 3LAMA 1IKYA 2IS3A 4OLAA 1NOZA 3NGYA 4CIEA 1L5UA 1RBSA 4DSJA 3V9ZA 2RKIA 4C8OA 4FXDA 3RRGA 4DMNA 2RN2A 4DTNA 2ATQA 3P83D 3VQDA 2LSNA 4ZHRA 4JS5A 3DLKA 2Y1JA 2G8HA 4RG8A 4B9SA 1X9SA 4PY5A 1WN7A 3OYDA 1SL1A 3HK2A 3MXJA 1WSJA 3NCIA 4FJKA 3LALA 4OVLA 3LPUA 4ID5A 1BCOA 4DTXA 4QCLA 4OJRA 1QHTA 3LDSA 4B9UA 4Z4IA 1UOCA 4J2AA 3M8RA 4AHTA 3S3OA 1BI4B 3NF8A 3V1OA 2FBTA 4CFAA 4CJEA 3KK1A 4HTUA 4J2DA 4DF8A 1C1AA 3HVTA 3SUPA 2BGGA 3NHGA 3SPZA 3DLHA 5FRMA 4EZ9A 1C1BA 3L2RA 4NCAA 1IH7A 4FK0A 2QXFA 3MEDA 3AVAA 5C25A 1Q9XA 3HJFA 4E7JA 1YVUA 3OYIA 1GOAA 4EP4A 2XY8A 2ITGA 4FJ8A 1YTAA 1XWLA 1DLOA 3L3UA 4W5QA 1NK4A 4FJ9A 4N41A 2YNIA 2YHAA 1IKVA 1SV5A 2GBZA 4H8KA 4CHNA 4FJIA 1HNIA 1JXBA 3OYCA 5HBMA 4RW7A 1S6QA 4N76A 3B6OA 1GOBA 3VQBA 5CYQA 4OPJA 4Z4GA 4KKOA 1C0MA 3AVCA 5KTQA 1A5WA 1HQUA 3NGIA 4FLXA 3OS1A 4FM0A 3U6FA 3V6DA 2X78A 2IOCA 4CJSA 3QEIA 4IKFA 3AVKA 3I8DA 2BANA 1S5JA 4OKEA 4M3RA 1ASUA 1T7PA 1XHZA 5KRSA 4YFUA 3EY1A 3KD5E 1RBVA 3VQEA 4AHCA 1TKZA 2FBVA 2YNGA 4CEQA 1X1PA 1VSMA 5EU7A 4CEZA 3VQ7A 2HNYA 3G10A 3P5JA 4AHRA 2W42A 3PX4A 5J2QA 3TAQA 3V9WA 4FJNA 1T05A 1JLQA 1QTMA 1B9DA 3QNOA 3ZSYA 3ZT1A 4RW4A 3I0SA 4KO0A 1RBUA 1J5OA 4B9LA 2FC0A 4JRQA 4PUOA 3NFAA 2I5JA 1JLGA 3DRPA 4JRPA 5J2MA 5C24A 1L3VA 3QEWA 2XO7A 2RPIA 3I0RA 3MXIA 3EZ5A 4FK4A 3T1AA 1CLQA 4DTMA 2D0CA 1QSYA 3G0ZA 1BQMA 3ULDA 4E1NA 2PY5A 4ELVA 1XC9A 4F3TA 3PV8A 2KFNA 1C6VA 1HYVA 3DM2A 4CK3A 1B9FA 4NCGA 1NK9A 1LWFA 3AA5X 3AO2A 3SZ2A 3BDPA 3C6TA 1EKEA 1HJRA 4DLGA 3OYGA 3QIPA 4PA1A 1TKDA 3DLBA 3TAMA 1LW2A 3AVFA 4MFBA 5HLFA 4HUEA 4KAZA 3L2VA 1VSIA 4DLEA 1J9AA 4FJXA 2WONA 3K5LA 1RILA 3OYEA 3LAKA 4C8NA 2P51A 4H4MA 3HPOA 4FLVA 3SYZA 4CGJA 1L3TA 4I9LA 4Z4CA 1TKXA 3K5OA 4BDZA 4Z4EA 3M8PA 4IFVA 4E3SA 4DTRA 4FJMA 1NJYA 2YNFA 1JXEA 3NH1A 4CIGA 3TAFA 4FLZA 4F4KA 4KREA 2NUBA 3AVBA 1S9GA 1LWEA 1WSGA 3ZSQA 1QS4A 2G8IA 3HM9A 3KKRA 3LANA 3AO4A 3VA0A 2WOMA 1SKRA 4LSNA 4AHUA 5I42A 4B8CA 3MXMA 4KHNA 4KRFA 3TWHA 3T3FA 4C8KA 4BE2A 1W9HA 4CJPA 4J2EA 1VSFA 3EYZA 1CXUA 2D0AA 4W5OA 1TV6A 1VSKA 3SV3A 1FKPA 4OGCA 5KGXA 1MU2A 3KLFA 2YHBA 4DS4A 1KRPA 4CF9A 4G1QA 5D3GA 2YNHA 4DTSA 2EHGA 3DI6A 4B3OA 3AVGA 3LP1A 3HP6A 3AA4A 4I7FA 1RDAA 1Y97A 4I9QA 3QESA 1TK8A 4MQ3A 1L3SA 1NJXA 2P5GA 4FM1A 3RMDA 2G8UA 1RTJA 3RRHA 3OYJA 3IS9A 3MAQA 4LY7A 1VSJA 4FLWA 2QKKA 5FRNA 3WNEA 3PX0A 3KJVA 1JLEA 1TAQA 4YNQA 3CFPA 4KI4A 3NGZA 1RDBA 4CF8A 5SWMA 1KSPA 2E6LA 4CERA 2HNDA 4DSLA 4CJ3A 3L3VA 1RBTA 3ZCMA 4OGEA 3OYBA 3DRSA 4KHUA 2XHBA 2OZSA 5I3UA 1JL1A 1LWCA 5HRSA 1C1CA 3HVRA 1NK8A 1KCFA 1RT3A 4FLYA 4CFBA 3OYMA 2DTUA 1TVRA 3HPHA 4CJUA 3V9SA 3TANA 1NOYA 1N5YA 2HHQA 4Y1CA 1HMVA 1VRUA 1WSHA 3QIOA 4KTZA 2OPPA 5DK5A 4CGIA 1IG9A 1IKXA 1RDDA 2P1JA 1VSHA 3SQ0A 2IAJA 1TK5A 4M3UA 1U45A 4W5NA 1D9FA 4HVJA 3KLHA 3VQ8A 3C95A 1S6PA 2HB5A 5JS2A 4Y1DA 1BISA 1QSSA 3MEGA 4CEOA 3LPTA 4TSXA 1REVA 3CM5A 3LWMA 3TI0A 2HVIA 1KVBA 1WSIA 3HL8A 3V1RA 3S3NA 1S9EA 5E41A 1U4BA 3RTVA 1A5VA 2ZE2A 3SI6A 3AA2A 2BDPA 1B92A 4BWJA 1U48A 5CZ2A 1RTIA 1BCMA 4KB1A 2DFFA 3VQ6A 5HRPA 1HRHA 3PO5A 2Y1IA 1RT5A 3TARA 3OYHA 1RT6A 3OYAA 4E7IA 4KFBA 3E01A 3HPGA 5CYMA 2F96A 4KHYA 2ZQBA 5T7BA 5JS1A 1SKWA 1CZBA 4OLBA 4CHOA 4PWDA 1SUQA 3DYAA 4CF1A 2B5JA 4C8MA 2Z1JA 3VA3A 3V81A 4AHSA 3HP9A 1EP4A 1J53A 3LWLA 1W0HA 5FDLA 3FFIA 1RCHA 2GV9A 3DLGA 4FJ7A 4FJLA 1EXQA 1TGOA 1YT3A 3PY8A 4M3ZA 1S1TA 1WLJA 1ZBIA 4B9TA 1TL3A 3UIQA 4CEEA 3SNNA 1RT2A 4CIFA 1JLCA 4KTWA 4E7HA 3KKSA 2B4JA 1BIUA 1N6QA 1LV5A 4K8ZA 3A2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XUPO 3DLRA 3OS0A 3CC7N 1VQON 3NBPA 4AF1A 3DRRA 1Q81O 1HYSA 5LMUK 1DTTA 4M45A 1K8KB 4CJLA 2P9NB 4FK2A 4ISEA 4I6MA 1MDUB 1GLAG 3DXKB 4XIUA 3VTHA 4QOZB 2E88A 5C0YA 4ID1A 3ZX3A 1T44A 4CZJA 4RW8A 2KTQA 1NJWA 1G15A 2Q3SA 3H08A 5AZJB 3QFUA 5BPMA 2O4IA 4C8LA 3T19A 4JI4K 3HOSA 5KI6A 3O9SA 4UQGA 4BRCA 5CY4A 4DQQA 4H4OA 4W5RA 5BREA 1SL0A 1SL2A 2UXBK 3MN9A 3EE9A 3PIPL 3ZT4A 1QSLA 4RCHA 3D45A 3K2PA 3CJ7A 5F2RA 2D0BA 1WAFA 3CCQN 1NK5A 4YDUC 3CYMA 1JJ2M 2EX3A 2P9UB 3OVNA 4XH5A 4BREA 1ATSA 2KZMA 1HKCA 1QQCA 2X6SA 3O3FA 3TABA 1NKEA 3U4LA 3EEQA 3HXMA 3EKSA 3VQAA 2UYTA 2VWKA 1OKJA 4BVOA 3ZSRA 5AFUA 2PYJA 4CJKA 2G8WA 3ALYA 2P9SB 3DXMA 2ZD1A 1W7AA 3CETA 4BRGA 4FVMA 3O4QA 3CM6A 4FYDA 3FZLA 4G9ZA 1Z25A 3KWIA 4WFAL 3ZX2A 3AO3A 2D5RA 5DM7L 2BE2A 3HSCA 4F3OA 3UKRB 3VEVA 4JKFA 3WNHA 4O44A 2R7YA 4A5AA 3LM9A 2O8CB 4CESA 3SCXA 1KFDA 4DCHA 2VG7A 4Z4FA 1KQSM 4KHPK 4NYFA 4I2QA 1JLBA 2ASOA 4X66K 1CZ9A 4A61A 4CJTA 4E1MA 1TK0A 1ZBHA 3O9RA 1SZ2A 4HCCA 4RW9A 4OO1J 1LW0A 2YKNA 3NF6A 2P9PB 4ILHA 2YHYA 3D0PA 4HCBA 4RWTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XUP O;  3DLR A;  3OS0 A;  3CC7 N;  1VQO N;  3NBP A;  4AF1 A;  3DRR A;  1Q81 O;  1HYS A;  5LMU K;  1DTT A;  4M45 A;  1K8K B;  4CJL A;  2P9N B;  4FK2 A;  4ISE A;  4I6M A;  1MDU B;  1GLA G;  3DXK B;  4XIU A;  3VTH A;  4QOZ B;  2E88 A;  5C0Y A;  4ID1 A;  3ZX3 A;  1T44 A;  4CZJ A;  4RW8 A;  2KTQ A;  1NJW A;  1G15 A;  2Q3S A;  3H08 A;  5AZJ B;  3QFU A;  5BPM A;  2O4I A;  4C8L A;  3T19 A;  4JI4 K;  3HOS A;  5KI6 A;  3O9S A;  4UQG A;  4BRC A;  5CY4 A;  4DQQ A;  4H4O A;  4W5R A;  5BRE A;  1SL0 A;  1SL2 A;  2UXB K;  3MN9 A;  3EE9 A;  3PIP L;  3ZT4 A;  1QSL A;  4RCH A;  3D45 A;  3K2P A;  3CJ7 A;  5F2R A;  2D0B A;  1WAF A;  3CCQ N;  1NK5 A;  4YDU C;  3CYM A;  1JJ2 M;  2EX3 A;  2P9U B;  3OVN A;  4XH5 A;  4BRE A;  1ATS A;  2KZM A;  1HKC A;  1QQC A;  2X6S A;  3O3F A;  3TAB A;  1NKE A;  3U4L A;  3EEQ A;  3HXM A;  3EKS A;  3VQA A;  2UYT A;  2VWK A;  1OKJ A;  4BVO A;  3ZSR A;  5AFU A;  2PYJ A;  4CJK A;  2G8W A;  3ALY A;  2P9S B;  3DXM A;  2ZD1 A;  1W7A A;  3CET A;  4BRG A;  4FVM A;  3O4Q A;  3CM6 A;  4FYD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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