3VQBA

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-4h-1,3-benzodioxine-8-carboxylic acid
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqbA00
4RW9A 3JSMA 4CJFA 3K2PA 3P1GA 4FYDA 3LZJA 5C25A 4QOZB 4J2DA 4IDKA 5J2QA 4IFVA 4CEDA 1REVA 4DQQA 5FRNA 3OVNA 4AHRA 1S1WA 2BDPA 1L3SA 2G8IA 3IAYA 2GV9A 3CYMA 5FDLA 2HB5A 3OYEA 4B9TA 2Z1GA 4DSKA 1BI4B 2EHGA 1TKDA 4FLUA 1UWBA 3OYIA 3OYLA 1UA1A 3QETA 4DTXA 1KVCA 4Z4HA 4CJ3A 5KRSA 2PYJA 2P1JA 3ZSQA 4FM1A 1UAXA 1X9SA 5KRTA 4E3SA 3L2VA 5J2MA 3HXMA 4KHSA 4O55A 1I3AA 4E7HA 1LAVA 4E89A 1JLCA 4LD0A 3HPGA 3QERA 1UOCA 4RW6A 4OKEA 4EP4A 3V81A 4DTUA 5K14A 4CJEA 3NFAA 3NH2A 3PX6A 2HHVA 3AA3A 4W5RA 1ZBIA 4WE1A 4CGGA 1VSDA 2NUBA 3AO2A 1DTTA 1ZBFA 3AVGA 3WNHA 3MECA 1HQEA 1QQCA 4IG3A 3NF7A 3S3OA 5C24A 1XHXA 3AA4A 3OYJA 4ELTA 2F8SA 4KHNA 3LPTA 1LW2A 2D0AA 1JL1A 3F73A 3S3NA 4E7JA 4DTJA 3SQ2A 4NYNA 3QEPA 1X9WA 1BL3A 4E7KA 4E1MA 4FLWA 3SUPA 3KK3A 3VQPA 1RT3A 2FC0A 4B9LA 4C8OA 4F4KA 3NGYA 3WNFA 4CEAA 3OYNA 1BHLA 4C8MA 5HBMA 4Z4FA 1BQMA 3PO4A 4CIGA 4J2EA 4CJ5A 3KJVA 3QESA 2HNZA 2RKIA 4I2PA 3TR8A 2E4LA 3C6UA 4AILC 3T3FA 1TKTA 4B9MA 4CF8A 4OPKA 3SV3A 1RBSA 3C94A 4FJGA 3LAMA 5HP1A 4BE1A 3DM2A 4LY7A 4CESA 3L3VA 4ICLA 1ZYQA 4KB1A 1RDBA 1JL2A 3SUOA 2HVHA 2HHQA 2ZE2A 2YKNA 3AVKA 3EY1A 4CEEA 1NK5A 1C6VA 3DRRA 3CFOA 1NK8A 4Z4EA 3NF6A 3TAPA 3HVTA 3CFPA 3ZT0A 4JS4A 2D5RA 3OYHA 3OJSA 4K8XA 3AVCA 4KI6A 4CJTA 1JLQA 4F2RA 1EKEA 1WN7A 2OPRA 3M8QA 3TAMA 4E7IA 4DTNA 4HCBA 4AHSA 4B3OA 3MAQA 4CHNA 4MFBA 3OYBA 3SNNA 1NJYA 4E7LA 2ZQBA 4H4OA 2G8UA 3DRPA 3V9UA 1HYZA 3TWHA 5E41A 2PZSA 1KTQA 4HHTA 3U6FA 3MEEA 3SQ1A 3AVLA 1KRPA 5DK5A 4OLBA 1RT5A 4FJHA 4FM0A 1EP4A 4LH4A 3CM6A 1WLJA 2R7YA 4FZYA 1S1TA 4E1NA 4IBNA 4N47A 1BCMA 2VWKA 2IGIA 3H08A 5HLFA 3I8DA 2QKKA 1BCOA 1HRHA 3VQ9A 3ZT1A 3V9XA 3SPZA 3LAKA 3TANA 4J2BA 2B6AA 3FFIA 4DS5A 4B8CA 4EZ9A 1RNHA 3CQ8A 4FJJA 5CYMA 3SPYA 1QSSA 3DLEA 4MQ3A 1QS4A 4DTPA 3DYAA 5DMRA 2QK9A 1A5WA 4CERA 4CGDA 3V1QA 1L3UA 3D45A 4E0DA 4FJ9A 4KPYA 2B4JA 3SJJA 4FJ7A 5I42A 4M3WA 4O44A 3K5LA 2BGGA 4FVMA 3LALA 4LSNA 4E19A 1T8EA 2EX3A 3O4NA 4CK2A 1WAFA 1Z25A 4N5SA 2KW4A 1FKPA 3HPHA 3KLIA 4O4GA 1Z26A 3L2RA 3ASMA 1WSIA 3PX4A 3P5JA 4M3RA 1S1UA 3KKSA 1S1XA 5FRMA 4Z4IA 1IH7A 2YNIA 1VRTA 1U45A 4N41A 5CZ2A 2YNHA 4FCYA 1BQNA 3HVRA 1RTHA 2JGUA 5CZ1A 3TI0A 5J2PA 1VRUA 3OYKA 1I39A 1ASWA 5KI6A 1NKBA 2KFZA 2HHTA 1ASVA 3KTQA 4ID1A 1J9AA 4H8KA 4RW4A 4CEOA 1NK9A 1IG9A 1SUQA 3IG1A 4W5OA 3PV8A 3ZSWA 1EXQA 3OY9A 1ZBHA 1WSGA 3NAEA 1VK0A 3VA0A 4NCBA 3MXMA 4CHZA 2QKBA 3K57A 1FKOA 2VG5A 4DF8A 1T03A 5HRSA 3AO5A 2DTUA 1RT7A 3ZSXA 4DFMA 4DF4A 2OPPA 4ID5A 2DFHA 1KFSA 2X6SA 2D0BA 3RRGA 1RT4A 3SZ2A 5J2NA 4DG1A 4FJXA 3MXJA 1ITGA 1RBRA 5C42A 1S6QA 4GMJB 4ZTJA 1CXUA 3AVBA 3K59A 4JRPA 4DSEA 3NBPA 1HNVA 5SZTA 1RDCA 3B6PA 4GVMA 4PQUA 1TV6A 3QLHA 3VQQA 4CECA 4CIFA 3L8BA 1FXXA 1QSYA 4HCCA 2AJQA 3RMDA 4F8RA 4JRQA 3OYDA 4CJSA 4PA1A 1TK5A 3DLKA 3HL8A 4DFKA 1LV5A 2VG6A 4FW2A 1S9EA 4W5QA 4NCGA 3NHGA 4Z0UA 2HNYA 4FJNA 3RMBA 1RBUA 2RF2A 3ZSVA 1T05A 1HPZA 4I9LA 2ZD1A 3OYAA 3BDPA 2FBVA 3HSTB 4FLYA 1SL2A 4DU1A 3AV9A 3S9HA 1GOCA 1L3VA 4FJKA 3AO4A 3PY8A 4R5PA 3PX0A 3WNEA 4CEBA 4CGHA 4CJQA 4FJ8A 1C1BA 1NJWA 1JLFA 2JLEA 2W42A 1TVRA 3D0PA 1SKSA 4KRFA 2HHXA 4KREA 5CY4A 3QEWA 2A1SA 3LWMA 3RWUA 2ITGA 1C1CA 1TL1A 3TAFA 3L3UA 3QINA 1G15A 4GW6A 4TSXA 1RTDA 3NH1A 2X78A 4C8KA 4DWIA 3IRXA 3KIOA 4CJWA 2KQ2A 4DSFA 3U3GA 4QCLA 2HNDA 4DFPA 1KLMA 1RDAA 1S1VA 3PUFA 4FJ5A 4CEQA 1YT3A 4DTOA 1RTIA 2XRIA 3KLHA 1NJXA 3HK2A 4CIEA 3U3YA 1CZBA 2IS3A 3LPUA 2FBTA 1TKXA 4OJRA 3LWLA 3TAQA 1XI1A 4AHCA 4FZZA 4Q0BA 1VSJA 1TK8A 4G1QA 4HUEA 4AHTA 1IO2A 1KSPA 5HROA 2G8KA 1A5VA 4FLVA 4LH5A 1BI4A 4CFCA 1U4BA 1CXQA 3AA5X 4KHQA 1VSLA 4KFBA 3V1RA 3V9ZA 1UA0A 3O3HA 1X9MA 4FM2A 2G8VA 1KCFA 4KTWA 1O1WA 2XY5A 4HUFA 3S3MA 1DTQA 4OLAA 4CFAA 4FLXA 4M3TA 4FJMA 4F3TA 1S6PA 4BWJA 1SV5A 1WSEA 3LZIA 3I0SA 1VSHA 2HW3A 4CF9A 3OS1A 4KKOA 3OS0A 1A5XA 4OGEA 3VQ7A 4B08A 2IOCA 5CYQA 4B8AB 1IKXA 3ULDA 3RMAA 4DTSA 3V1OA 3VQEA 3HYFA 4AHUA 1L3TA 1Q9XA 2O4IA 5SWMA 1S9GA 2B5JA 3B6OA 4RW8A 5KGXA 2HHUA 4DLGA 3MEGA 3O3GA 1J54A 3DRSA 4O0JA 4OKKA 3SUQA 4YFUA 4DSLA 1EETA 4CEZA 3NE6A 4K8ZA 1NK0A 1U47A 3LP2A 3RR8A 1RBVA 2OZSA 1DLOA 3ZT3A 4N56A 4KB0A 3T1AA 2Y1JA 2RPIA 1C0MA 4IFYA 3KLFA 3QNOA 2G8FA 1RT6A 2OPQA 4OVLA 1RTJA 4BDZA 3ZT2A 5HRPA 3RRHA 4I9QA 3AVJA 1WSFA 3AO3A 1GOAA 3CM5A 3SV4A 1YVUA 3M8PA 4FK2A 1CLQA 3QEXA 1Q8IA 1IKWA 2XO7A 4FLZA 2X74A 4I2QA 5FROA 3ZSYA 4ZHRA 1TK0A 4BDPA 1KVBA 3VQCA 3VQ8A 1IKYA 1K6YA 3QNNA 4JLHA 2DY4A 3AVMA 4BWMA 1LWEA 1U49A 1D9FA 4ELVA 2E6MA 1VSFA 1SL0A 1RCHA 4KV8A 3DOLA 3VQBA 3A2FA 3DLRA 1VSMA 1J5OA 3KD5E 2P51A 4HTUA 4NYFA 4CJUA 1N5YA 1B92A 3L2QA 4B9NA 4F2SA 3HO1A 2XY7A 3QIPA 1NK7A 1HYSA 4M3XA 4CF0A 3ALYA 4CE9A 3ZSOA 4KHWA 1RT1A 2ATQA 4CJPA 5D3GA 1HMVA 4KTQA 3ISNC 3QEVA 3SYZA 1BIZA 4KAZA 2KTQA 4DQPA 2A1RA 3OYMA 1RT2A 2HVIA 3DLHA 3NH0A 3V9WA 1QSLA 4CK3A 1RDDA 4DMNA 2X6NA 3K58A 4BDYA 1KVAA 3BGRA 4NCAA 2KZMA 4CJVA 3TAGA 1RILA 1QE1A 5KGWA 2LSNA 3OYCA 1JLBA 4Y1DA 2YV0X 5JS1A 3VQ6A 4DU3A 4BACA 3K5OA 3OYFA 4N76A 4CHYA 3P83D 1HJRA 1XHZA 3IS9A 4CK1A 2XHBA 3PO5A 3KK2A 3NGIA 1JXEA 2F96A 2OPSA 3EZ5A 3VQDA 1JLAA 1HQUA 1W9HA 4M41A 4CJRA 2YHAA 1JLEA 2XY8A 4CFBA 1XC9A 2Q3SA 3O4QA 2G8HA 2FBYA 1ASUA 1WNSA 2P5OA 3AVIA 4CF1A 2KFNA 3CFRA 1D5AA 4EZ6A 3V4IA 2GUIA 4EP5A 2IC3A 4CF2A 1GOBA 2FBXA 3NDKA 2HHSA 1YTAA 3HJFA 1NJZA 4B9SA 2HHWA 1NKCA 3AVFA 1L5UA 3DLGA 4OPJA 3DOKA 3I0RA 2BE2A 2DFEA 3E01A 3UIQA 1W0HA 4BE0A 2I5JA 1SKWA 4RG8A 1QHTA 5J1EA 3LP1A 1HNIA 3AVAA 4CHQA 4W5TA 3LDSA 4M3UA 4AH9A 1VSIA 4L8RB 4FZXC 1RBTA 4C8NA 4CJLA 2IAJA 1D8YA 1C1AA 5HRRA 4AHVA 4FJIA 4FK4A 5T7BA 2Y1IA 1WSHA 4PUOA 1U48A 3OS2A 3VN5A 3AVNA 3K5NA 2PY5A 3DI6A 3SQ4A 4KTZA 1WSJA 2OYQA 1KFDA 5HRNA 2PYLA 4CHOA 3DMJA 1LWFA 1TKZA 3C95A 4HUGA 2OA8A 3HP6A 2IDOA 1CZ9A 4YNQA 2YNGA 1B9DA 3G10A 1FK9A 4KO0A 2OZMA 4DQIA 3L2WA 2WONA 3ZSZA 3RTVA 1WAJA 3AVHA 5JS2A 3KK1A 2P5GA 3KLGA 4ELUA 2VWJA 4IKFA 4I7FA 3VQ5A 4DFJA 1U04A 3NCIA 3JYTA 3OYGA 2DFFA 4H4MA 3MXIA 4O0IA 4DQSA 4B9UA 4KHUA 3V6DA 3SQ0A 4C8LA 1JLGA 1EX4A 2Z1IA 3HM9A 3EYZA 4DSJA 1NOYA 4KHYA 2Z1HA 4OKJA 1LWCA 2O4GA 1ZBLA 1BIUA 4CJ4A 2WOMA 4DLEA 4DU4A 3HT3A 4JS5A 3TAEA 4PY5A 1N6QA 4M45A 3ZCMA 3SI6A 3ZSRA 4Y1CA 1SL1A 2KZZA 2F8TA 1NK4A 1JKHA 3KKRA 1YTUA 4CGJA 3MEDA 4DS4A 4XIUA 1LW0A 2BANA 3O3FA 3M8SA 3T19A 5KTQA 4DTRA 1XWLA 4J2AA 2GBZA 2XY6A 3THVA 1S5JA 4KI4A 1MU2A 3C6TA 2RN2A 4OGCA 3TARA 4QAGA 1Y97A 1QTMA 2HMIA 1C0TA 3SUNA 3LANA 1VSEA 2D0CA 1B9FA 4M3YA 3CG7A 1F21A 3ITHA 2G8WA 3L2UA 1KLNA 3SCXA 3G0ZA 1NOZA 4CGIA 4CCHA 1TL3A 4BE2A 4FXDA 4HVJA 4Z4CA 4PWDA 1ZBUA 3M8RA 2VG7A 1HYVA 2E6LA 2QXFA 4W5NA 1IKVA 4FW1A 3WNGA 1T7PA 3KLEA 3NF9A 1NKEA 1TGOA 3F9KA 3K5MA 5I3UA 4RW7A 3V9SA 4CHPA 4FLTA 4M3ZA 4F3OA 4M42A 3RR7A 3QIOA 4DQRA 1BISA 4FJLA 3OJUA 1J53A 3AA2A 2ETJA 3VQAA 4CFDA 3HP9A 4B9VA 4CJKA 4Q5VA 3VA3A 4UQGA 4ZTFA 4IG0A 1TAUA 3NF8A 1SKRA 4FK0A 3AO1A 2YNFA 3DLBA 1JXBA 4CEFA 3QO9A 1TAQA 3KD1E 1Q9YA 3VQ4A 1D9DA 4DTMA 4LSLA 4O5BA 3HPOA 3LP3A 1NK6A 1BGXT 4Z4GA 3RMCA 1VSKA 5EU7A 3NGZA 1X1PA 3ZT4A 3TABA 1LAWA 2YKMA 3QEIA 1R0AA 4CGFA 1C0UA 3LP0A 4DSIA 2Z1JA 2YHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWLA 4FYDA 4JKAA 3LZJA 4J2DA 1Z6RA 4IDKA 3PIOL 2D4WA 4IFVA 5CR4A 4BRPA 4DQQA 3G4SN 2GEMA 1L3SA 2GV9A 5FDLA 3J7AP 2HB5A 1XUPO 1NGIA 4DSKA 4IOCL 1TKDA 4LF5K 1OH5A 3HM8A 4H5WA 4DUYK 2E88A 2QWPA 2A5XA 5FPMA 1ZC6A 2P1JA 4FM1A 1X9SA 5J2MA 3HXMA 3T69A 1LAVA 4FO0A 3QERA 1UOCA 1MA9B 4OKEA 3CETA 1VSDA 2NUBA 5ADXH 1DTTA 4DR2K 1HQEA 4IG3A 3U9DA 2YX6A 4FL9A 4ISEA 5AQGA 3OYJA 2F8SA 3C6HA 4WCEL 1JL1A 4DTJA 1X9WA 1QQOA 3IFRA 2E1YA 2O8CA 2ITMA 5KQDA 4C8OA 4F4KA 3NGYA 3OYNA 1ATRA 3CCEN 4Z4FA 4J2EA 5CE3A 1WOQA 4KHPK 2HNZA 2RKIA 3WXJA 4AILC 3WEEA 1TKTA 1W2BM 3ZLJA 4OX9K 3L3VA 1RDBA 2ZE2A 3AVKA 1DT9A 3CFOA 4PKIA 2FLOA 3L4QA 4K8XA 4KI6A 4CJTA 4JKBA 4AM7A 4DQ8A 3O5BA 1EKEA 3VTHA 4B3OA 4CHNA 2Q31A 3A0IX 4A61A 3DXMA 1KTQA 2D0PA 4GY2B 3MEEA 4OLBA 5DK5A 1RT5A 1EP4A 4BREA 1QHAA 5HLFA 3I8DA 1BCOA 3VQ9A 3V9XA 5BPLA 2NRXA 3WQUA 2A42A 3L6QA 3SPYA 3DLEA 4BR5A 4CERA 4CGDA 1L3UA 3D45A 4E0DA 3KHYA 4KPYA 1D4XA 4Y0WA 4M3WA 3LDOA 2OANA 3SAHA 4CK2A 1WAFA 1Z25A 4BRHA 3HPHA 3KLIA 3TTCA 3PX4A 5IT9O 3P5JA 1S1UA 1S1XA 5FRMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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