3VQCA

Hiv-1 in core domain in complex with (5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqcA00
1N5YA 1JLBA 4O0IA 4TSXA 4DLEA 3NBPA 2G8WA 1VSEA 1VSHA 1CXQA 3T19A 3P5JA 1NK7A 1S5JA 2VWJA 1X1PA 3O3FA 3PY8A 1VSMA 4CFDA 3SQ2A 4AHVA 4PUOA 1D5AA 1L3UA 3LZIA 4XIUA 3TANA 2DTUA 1IG9A 4AILC 3OYKA 1L3TA 2OYQA 1QE1A 5KRTA 3O4NA 2IGIA 2YNIA 1VRTA 4JLHA 1RT6A 3CM6A 1S1UA 4E7HA 4I9LA 1K6YA 3ZT3A 4KTQA 2HVIA 4DWIA 3ZSWA 1S6QA 4LY7A 3LZJA 3O4QA 4NCAA 1ASUA 1UAXA 3OYGA 3KTQA 3JSMA 2YV0X 3G0ZA 3PV8A 2F8TA 2E6MA 3CFOA 4HUGA 2BANA 3K5MA 4CGDA 3V9SA 2D0CA 1HYZA 2ZE2A 3OYLA 1KFSA 1Z25A 3AVKA 1L3VA 4KTWA 4KHYA 3ZSZA 1BL3A 3WNGA 3M8RA 2HMIA 4LSLA 1SKRA 4F8RA 2Z1GA 4B9NA 3ZT4A 1VSDA 2P1JA 3K5NA 3VA3A 3BDPA 4ELUA 4DS5A 3L3VA 3NF7A 4BDPA 4CERA 2XY7A 3QEWA 1RT4A 1UA1A 2A1SA 4FJKA 4CHPA 1RDAA 2B4JA 1TL1A 1C1AA 4FYDA 3VN5A 4DQRA 2RF2A 4PQUA 4CK2A 2JLEA 1SL2A 4LD0A 4Z4CA 3NF6A 3SQ1A 2G8KA 4FJLA 1RBRA 3SQ0A 4M3ZA 1ITGA 1VSFA 1RBSA 4DFJA 4FJ7A 4ID1A 4Z0UA 1VK0A 1TL3A 3M8SA 4CFCA 4OLAA 2GBZA 2HHTA 3NH2A 1N6QA 3LP0A 5SZTA 3SI6A 3HO1A 1LWFA 3VQBA 1JKHA 4J2BA 4W5QA 1LWCA 3B6PA 4FK0A 3DMJA 4H8KA 4CHQA 4DTMA 1NKEA 4HUEA 3MXIA 5C42A 2X6SA 1RBTA 4OGCA 1WSHA 4W5RA 4RW6A 4CEBA 4DF4A 4KB1A 2DFHA 1QS4A 4F3OA 1XI1A 2Z1HA 3KLHA 3V6DA 2X74A 2YNHA 1EKEA 3S9HA 5CYMA 2DY4A 3VQ7A 3L8BA 4J2DA 1WAFA 1BISA 3OY9A 1S9GA 1WN7A 3LWLA 2OZSA 4DSIA 4QCLA 1FKOA 2NUBA 3ZT0A 4M3UA 3QEIA 3DRSA 3QLHA 4B9UA 4M3XA 4CF2A 2O4IA 1J5OA 1KSPA 2ITGA 4FZXC 4AHTA 2BDPA 3L2RA 3ZCMA 3SUNA 4PWDA 1EXQA 4OLBA 3DLRA 3HJFA 4B9MA 3AVNA 3FFIA 1S9EA 1C1BA 3TWHA 1O1WA 2IOCA 3V81A 4IFYA 1U47A 1RT3A 4EP5A 4E7LA 1SL0A 3SQ4A 3TAFA 1WSFA 1S1VA 2FBTA 3HSTB 3KKRA 1LAVA 1JXEA 3MAQA 3CQ8A 4DQPA 4DTNA 2AJQA 3DLBA 4LH5A 1W9HA 3NGIA 3MEEA 3M8PA 1T8EA 4E19A 2FBYA 3ZSXA 3AVGA 4ELVA 1TAUA 4ELTA 4CJWA 1IKXA 2G8VA 4Q0BA 4JRQA 1VSKA 4B9SA 4KHWA 3MEGA 3TR8A 4CJ3A 1KLMA 3AVFA 1JLAA 4NCBA 1J53A 3K59A 3RMCA 2YNGA 1NKBA 3RMBA 2WOMA 2Z1IA 3LP2A 3AVCA 4LSNA 2W42A 4CEZA 1JLGA 3CYMA 4DTXA 1JL1A 3RR7A 4FJGA 2P51A 3KK1A 1TK5A 3HL8A 1KVBA 1LW2A 3AO1A 3LP3A 1B9FA 4GW6A 1RTJA 5DMRA 3QETA 1UA0A 4DLGA 4DU4A 4FW2A 1NJWA 4FJHA 5HRNA 5HRRA 3T3FA 3DM2A 4HTUA 4PY5A 1ASWA 1JLEA 3CM5A 3PX6A 4DTUA 4CGHA 4M42A 2PZSA 3KK3A 1TVRA 2B6AA 1W0HA 1BHLA 4GMJB 3L2QA 4FK2A 4CHOA 1HPZA 3CG7A 1ZYQA 5HRSA 1MU2A 3LAKA 4BWJA 3OYIA 3SPYA 4KI4A 1JLCA 1A5WA 1C6VA 1VRUA 3AV9A 3AVBA 4AHSA 4R5PA 3OYHA 2G8UA 3HK2A 4G1QA 4K8ZA 4CEQA 3S3NA 2E4LA 1TV6A 3LANA 5HBMA 3OYBA 2QKKA 4ZTFA 2HHSA 3U3GA 2F8SA 4CF8A 1YT3A 4IG3A 3AVJA 1RDCA 3HM9A 4Z4GA 3IS9A 4Y1CA 3AVHA 4CJFA 2RPIA 3ASMA 4B8CA 3PO4A 1DLOA 3OYNA 3RMDA 3KD1E 3V1OA 5K14A 4CCHA 4N5SA 4W5NA 1JLFA 1ZBLA 3ZSVA 3HP9A 1X9WA 5FRNA 4FJMA 4H4OA 4C8NA 3L3UA 1REVA 3VA0A 1FK9A 4IFVA 3MXMA 1U04A 4OKEA 2PY5A 2LSNA 5J2MA 2VWKA 1XWLA 5HRPA 1RT2A 1Q9YA 4FM2A 4HHTA 3VQ9A 3OS1A 1NOYA 3SNNA 4J2EA 2QK9A 2HB5A 4B9LA 4M41A 1X9SA 3AO3A 1VSLA 4N47A 3OJUA 3KD5E 4FLVA 2XRIA 1TKZA 4OGEA 4FLWA 3AVLA 2EHGA 4AHRA 3MEDA 3RWUA 2R7YA 3NE6A 2HHVA 4RW8A 2IC3A 3TAPA 1KCFA 1FXXA 4M3WA 4BDZA 4FZZA 5KGXA 4KHNA 4I9QA 1KFDA 3ALYA 3IRXA 3OYFA 4NYFA 3SUPA 2B5JA 1BI4A 4B3OA 4KFBA 3T1AA 3QNOA 4N76A 3MXJA 5HLFA 1XC9A 1L3SA 1B92A 4FLUA 1D9DA 3U3YA 2P5OA 1RBVA 4BACA 1UWBA 3RRGA 3AA2A 3QNNA 4DSJA 3A2FA 3ZSOA 1WNSA 3B6OA 1CZBA 4I7FA 3D0PA 1D8YA 3IG1A 4DTOA 1SUQA 3HYFA 3NH0A 4CEAA 2PYJA 4B9VA 4CGFA 3VQ6A 4AHUA 4N56A 3LWMA 3QIPA 3ZSQA 4DG1A 5EU7A 1A5XA 4C8OA 3K57A 5KRSA 5JS1A 1ASVA 2OPPA 2X6NA 3PX0A 1EETA 4DU1A 4CF0A 4CJVA 3NAEA 4CECA 1RTDA 1KRPA 4E0DA 4FJIA 4CIFA 4CEOA 2YKNA 2VG6A 5C24A 1TAQA 4PA1A 3RMAA 1LWEA 4FJ5A 1GOAA 5J2NA 2KW4A 3HPHA 2G8FA 3OVNA 4FM0A 3LAMA 2HNZA 1SKSA 3ULDA 2PYLA 3K2PA 4EZ6A 1ZBIA 4CJQA 1NK6A 4CEFA 4FCYA 1T7PA 4CF1A 3JYTA 4NYNA 4ZTJA 4CJKA 3NGZA 3QEPA 4FJ9A 2O4GA 5E41A 4DS4A 1RT1A 2XY6A 4F2RA 3DI6A 4EP4A 1C1CA 3M8QA 4FLZA 4DFMA 3THVA 1NKCA 4M45A 5KI6A 4FJXA 4DSFA 1KVCA 4ID5A 1A5VA 4Q5VA 5HROA 4KV8A 1IH7A 3CFRA 4DTJA 4KKOA 3C95A 1TKTA 2KTQA 5CZ1A 1T03A 3AO4A 1KVAA 1NK9A 4FJNA 4OKKA 3U6FA 2HW3A 2D0BA 3VQ5A 2OZMA 1QSLA 5FROA 1C0UA 4FLTA 4DTSA 1NK4A 3DLKA 3AA3A 2OA8A 2RN2A 4RW4A 1J9AA 5SWMA 4HCCA 2HHQA 4CFAA 1BIUA 1TK8A 2KZMA 3NF9A 4AH9A 1L5UA 4DQSA 4DTPA 4BWMA 3ZT1A 4CJ4A 3L2VA 3WNEA 4O5BA 4C8MA 1QTMA 2YKMA 5KGWA 4CJUA 3QEXA 1IO2A 4LH4A 2GUIA 3ITHA 3VQ4A 4J2AA 4O44A 2EX3A 3F9KA 3K5LA 3WNHA 1HQEA 3QO9A 4DQQA 1HRHA 1U48A 3TAEA 1Y97A 3C6UA 1QQCA 2G8HA 4Z4IA 3HT3A 4Z4EA 2P5GA 4CJ5A 2VG5A 4CF9A 4JS4A 1XHZA 3V9ZA 3NGYA 3VQQA 3AO5A 1DTTA 1NJYA 1LAWA 4O0JA 4HVJA 4DSEA 3SYZA 4CJLA 3SV4A 2D5RA 1C0TA 3KLFA 3AA5X 1WSGA 1R0AA 3H08A 4KI6A 4KREA 1TKXA 3SUQA 2XO7A 5T7BA 3O3GA 4O4GA 2G8IA 4E1NA 1F21A 2HNYA 2YHBA 3L2WA 3SPZA 4F3TA 4CJTA 3PX4A 3V9WA 4CHZA 1HYVA 1XHXA 3O3HA 5I3UA 4OVLA 2ZQBA 2HVHA 2OPRA 1NJXA 2YNFA 3VQ8A 1RILA 3OYMA 3K5OA 2HHUA 4E7KA 3AVAA 3TARA 1IKVA 4JS5A 1BGXT 1WLJA 1ZBFA 4QOZB 3WNFA 5JS2A 4CGGA 2X78A 2E6LA 3KKSA 3VQDA 5KTQA 3V4IA 4B9TA 1J54A 3VQCA 4CFBA 4E3SA 3P1GA 1BCOA 1U49A 1U45A 4EZ9A 5CZ2A 4B8AB 3NHGA 2IDOA 1TK0A 2IAJA 3KJVA 4IKFA 3CFPA 2XY8A 3SCXA 1YTAA 3DRRA 4CHYA 3OYJA 1BI4B 1UOCA 4DU3A 3LP1A 2A1RA 1TKDA 4KHSA 5CY4A 3NCIA 3G10A 3LPUA 4OPKA 3VQAA 4M3YA 4M3TA 3V1RA 1DTQA 3LALA 3OYDA 4OPJA 3C94A 2Y1JA 1T05A 1VSJA 1WSIA 3C6TA 4IBNA 3QIOA 3ISNC 4I2PA 5FDLA 4Z4FA 2VG7A 1NOZA 1NK5A 2OPSA 4FK4A 2XY5A 3ZSRA 1LV5A 3AA4A 3EY1A 1HYSA 4OJRA 1WAJA 3L2UA 2ZD1A 1VSIA 4FZYA 1SV5A 1HMVA 2HHWA 3P83D 1RT7A 1CXUA 3OYAA 4KPYA 3DLGA 5J2QA 1D9FA 1BQNA 1RDDA 1YVUA 3DRPA 3V1QA 4CJSA 4FM1A 4KRFA 1S6PA 4DMNA 2I5JA 4FLYA 2D0AA 3K58A 4ICLA 2KQ2A 3TAGA 3SV3A 2QKBA 4NCGA 4KO0A 3I8DA 3KLIA 4N41A 3PO5A 4CEDA 4F4KA 1RT5A 2DFFA 5C25A 5D3GA 1HJRA 5HP1A 3VQPA 3AO2A 2KFZA 4FJ8A 3DLHA 1CLQA 3RR8A 4K8XA 4FVMA 5I42A 3RRHA 1I3AA 3D45A 4CJEA 3TI0A 4C8KA 1WSEA 3SUOA 3OS0A 1HNIA 3NH1A 2HNDA 2FBXA 3E01A 4QAGA 4CIEA 1JLQA 4B08A 1GOBA 1BCMA 4E7JA 4GVMA 3PUFA 2FBVA 1HNVA 2BGGA 4CJPA 3NDKA 3HVRA 1YTUA 2BE2A 2IS3A 4DQIA 3TAMA 3EZ5A 2XHBA 2FC0A 1WSJA 4H4MA 3DOKA 3NF8A 1B9DA 2KZZA 4IDKA 4Z4HA 4M3RA 3V9UA 4BE0A 3IAYA 1IKYA 3I0RA 3QERA 2RKIA 3F73A 4FW1A 4CK3A 1CZ9A 3HPOA 1IKWA 1U4BA 4JRPA 5FRMA 3BGRA 1S1WA 3TAQA 1EP4A 4RW7A 3HPGA 1TGOA 3HP6A 4WE1A 1ZBHA 3DLEA 4DSLA 4I2QA 5J1EA 4FLXA 1NK8A 2KFNA 4IG0A 1ZBUA 4YNQA 3KK2A 3EYZA 4KTZA 4BDYA 4HCBA 1KLNA 5CYQA 3QESA 1C0MA 1G15A 1QSSA 4E7IA 4E1MA 2YHAA 1GOCA 4CJRA 1RCHA 5DK5A 4C8LA 4KB0A 3KLGA 1SL1A 4MQ3A 1RDBA 2QXFA 3RTVA 1QHTA 2OPQA 3OJSA 4W5TA 4BE1A 3KIOA 4FJJA 1EX4A 1Q8IA 4Y1DA 1HQUA 3HXMA 4MFBA 1JXBA 1JL2A 4DSKA 4HUFA 4F2SA 2Y1IA 1KTQA 4RG8A 1RTHA 3TABA 3SJJA 3AVIA 4DTRA 1S1XA 1BIZA 3ZT2A 1BQMA 1X9MA 1Q9XA 2Z1JA 4CGIA 3LPTA 2HHXA 4CESA 4CK1A 4KHUA 4W5OA 1NJZA 4DF8A 2WONA 3MECA 3NFAA 3OYEA 3UIQA 4O55A 4CE9A 1FKPA 3LDSA 3OS2A 4FXDA 3S3OA 1RBUA 1Z26A 2ATQA 3QINA 4CGJA 4DFKA 2GV9A 3HVTA 4OKJA 5J2PA 4L8RB 1I39A 2JGUA 2ETJA 4UQGA 3SZ2A 1RTIA 4YFUA 1NK0A 4AHCA 2Q3SA 4E89A 4CEEA 3S3MA 4KAZA 4KHQA 3KLEA 3DYAA 3V9XA 2DFEA 4CIGA 1SKWA 3AVMA 3VQEA 2F96A 4RW9A 1QSYA 1LW0A 3OYCA 4CHNA 3QEVA 3DOLA 1S1TA 3ZSYA 4BE2A 4DFPA 4ZHRA 1RNHA 3I0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSXA 1RGIA 5BN9A 3P5JA 4CFDA 2UUBK 3KK7A 3SQ2A 1L3UA 2ZGYA 4ISEA 4AILC 3ZX3A 5KRTA 5AQIA 2IGIA 2YNIA 1HNZK 1KAYA 4KTQA 4DWIA 4LY7A 4NCAA 3KVGA 3O4QA 1ASUA 3G0ZA 2F8TA 2E2QA 2FF6A 3CFOA 4BR7A 4ISFA 4CGDA 2D1KA 2QWLA 2QWMA 2QWNA 3C6HA 3WNGA 2HMIA 4LSLA 1SKRA 2Z1GA 2Q36A 4X66K 2P1JA 4IO9L 4ELUA 3FR0A 3BDPA 4DV6K 3CCMN 2V51B 3E1YA 5LMUK 2XY7A 5AQSA 4FJKA 5LMNK 4B1VA 4DHYA 3TPQA 2JLEA 4LD0A 4Z4CA 4FJLA 1RBRA 2P9IB 4FVUA 1ITGA 5AQKA 1VSFA 4BR9A 1RDUA 1NGJA 5AJ3K 2O8FA 4J2BA 1H1VA 4W5QA 4K0KK 2NRTA 4X62K 4DTMA 3IKMA 3R8EA 4HUEA 3MXIA 3TTFA 4IEIA 4BROA 4CZKA 2QA4N 5GIPA 1SAZA 3KLHA 1EO1A 3VQ7A 1WAFA 1BISA 3LWLA 5M1NA 3WEEA 2O8EB 3EN9A 3QLHA 1XMOK 1J5OA 3WXLA 3AAPA 2ITGA 3MN7A 3ZETA 3WQTA 4AHTA 2BDPA 5EVZA 1EXQA 3DLRA 2WC9A 4B9MA 3AVNA 1S9EA 4CZFA 4IFYA 4DKWA 3HSTB 4QS7A 3ULEA 4BR2A 4DTNA 4IJNA 3D2EB 2FBYA 3ZSXA 3AVGA 2G8VA 1M90O 1VSKA 3EKSA 4B9SA 3MEGA 4CJ3A 3AVFA 4B1ZA 4NCBA 2YNGA 4DTXA 4NB4A 3M6GA 4FJGA 1EWQA 1GLBG 3TU5A 1KVBA 3QETA 4BRCA 4BVPA 3THXB 4FJHA 2E5LK 2UXDK 5HRNA 5DM6L 4DUYK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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