3VQDA

Hiv-1 in core domain in complex with 5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazole-4-carboxylic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqdA00
5CZ2A 4B3OA 1ASWA 1RTIA 3IS9A 3KKRA 1EXQA 4DSJA 1WSGA 4H4OA 2RPIA 3LPUA 1TVRA 2QKBA 5SZTA 4OKKA 3DM2A 4CK1A 2G8FA 2B6AA 4Z4EA 2QXFA 1JLEA 4MFBA 1LAWA 1RT6A 4AH9A 2ZD1A 4QAGA 4CESA 4CHPA 3OYHA 1KLNA 1HQUA 1TL3A 5C25A 3RRHA 2VG5A 5CYQA 1IO2A 2R7YA 3QIPA 4AHUA 3OYCA 2D0BA 2D0CA 4I7FA 1JLBA 1Y97A 1RBRA 1WNSA 2DFFA 5EU7A 1TGOA 3VQPA 1RBUA 3SCXA 2HMIA 2PZSA 1J9AA 3DLHA 3RRGA 3V1QA 4Z4IA 5HLFA 4CCHA 2HB5A 3H08A 4CEBA 3DLBA 4TSXA 5CYMA 4CIEA 3JYTA 2G8KA 5K14A 1TKTA 4KHYA 1O1WA 3O3GA 1NJWA 1GOAA 1U4BA 4CJUA 3TI0A 1WSEA 3MAQA 1RTHA 3THVA 1SL0A 2YNFA 4BWMA 4CF8A 4E7LA 1RT5A 3MECA 1SKRA 5KTQA 3NDKA 4DSIA 4Y1DA 4F8RA 4J2AA 2DFEA 4IG0A 2OPQA 3CM5A 1D9DA 3L2UA 3M8PA 1RDCA 1VRTA 1JLQA 4CK3A 3IRXA 3EZ5A 2ITGA 2X78A 1RT7A 5J2QA 2ZE2A 1N6QA 1TAUA 4DTRA 3LP1A 3RMAA 2Z1JA 1BHLA 4CJWA 1JLAA 2KZMA 2WOMA 1T03A 3L8BA 1FKPA 3ISNC 4CEDA 1S9GA 5HRNA 4H4MA 1Q8IA 4RW8A 1IKVA 2RF2A 3M8QA 1BCMA 4FYDA 3BGRA 1IKYA 3KLEA 3QNNA 2DY4A 3ZT3A 1WLJA 2Z1GA 2AJQA 4B8CA 2Z1HA 2E6MA 3NH1A 5HRPA 4O5BA 3RMBA 1L3TA 1S6QA 2DTUA 4W5NA 1RBSA 4HHTA 3AO3A 1FXXA 4DLGA 4FJHA 3F9KA 2E6LA 1U04A 3CFPA 3V9UA 1WAJA 3LZJA 1VSIA 1KVAA 5J2PA 3G10A 2E4LA 2VWKA 4XIUA 1NKEA 4DTNA 3RMCA 4KHSA 3DLGA 1WSIA 1S1TA 3HVRA 1NK0A 3ZSZA 2PYJA 2HW3A 4FJLA 4CJSA 2QKKA 3EY1A 1JLFA 2BANA 3DLRA 4CECA 1Z26A 4CJEA 1HYVA 3VA3A 3PX4A 4I2PA 3TANA 4K8ZA 4E7IA 4B9NA 5CY4A 1XHZA 4CGGA 2VG6A 3RTVA 3OS1A 4E7JA 4KHUA 1BIZA 2XY6A 2KZZA 2IGIA 2HHVA 3KKSA 4LH4A 1FKOA 3OYBA 4CJ3A 4CJ5A 1IKXA 1RCHA 2F8TA 3OS0A 4DTSA 4CGJA 1Q9YA 4DSKA 3NF8A 1F21A 4O0JA 1ZBFA 3AO4A 2BGGA 3VQ8A 2O4GA 4M41A 1TK5A 5CZ1A 4CJQA 3AVCA 3VQCA 4CF2A 3AVBA 5J2MA 4KRFA 4WE1A 3OYIA 3HM9A 3SYZA 4DTPA 2KW4A 4DF4A 5KRTA 1KCFA 4N41A 3S3OA 3C94A 3AA2A 4FJKA 4CK2A 4DS5A 2HHSA 1ASUA 3ZSWA 4DTJA 4LY7A 1NJYA 4R5PA 1NOZA 3NHGA 4CJTA 2DFHA 3QO9A 3SNNA 5DMRA 3KJVA 2OA8A 2F8SA 1T7PA 1TV6A 1CXUA 4DTUA 4EP4A 4FJ5A 1LV5A 3DRRA 4FW2A 1RDBA 1YTAA 1S9EA 4KTZA 4M3WA 5D3GA 1QE1A 1XHXA 1S1WA 3KIOA 1ASVA 1RDAA 5JS2A 4AHCA 3OYKA 5KGXA 2OPRA 2G8WA 4BDPA 4RW6A 3KK3A 1WSJA 2OYQA 5I3UA 1I39A 4B9LA 4O0IA 1U48A 1W0HA 4HUEA 4FK4A 3VQEA 3NH2A 3JSMA 4FJ7A 4FW1A 3AVNA 3LP2A 1VSDA 4DSEA 1UA0A 3AO2A 4CEQA 3KK1A 3C6UA 3NGIA 4BDZA 1TK8A 3IAYA 3RMDA 4HCCA 4E7KA 4OKJA 4J2BA 4FCYA 2YKMA 3G0ZA 3V1RA 3ZT4A 4W5TA 1QSSA 4DTOA 1J53A 1NK6A 3DRSA 4DWIA 4L8RB 4HUGA 2X6NA 2XRIA 4NYNA 4H8KA 2B5JA 4FJGA 3SQ4A 2OPSA 1C0UA 4IFVA 4CEZA 3KK2A 4F3TA 2HNDA 4FLUA 3LP0A 4CJ4A 4CJPA 5T7BA 3VQ5A 3KLGA 3PY8A 1YT3A 1SL2A 1KFSA 2OZSA 3AVAA 3E01A 1NOYA 2RN2A 1K6YA 3TWHA 3PV8A 3HT3A 3ZCMA 2FBTA 4AHVA 4FK0A 4DQPA 4CHZA 1BISA 1GOCA 3NF7A 4IG3A 2Y1JA 3OYGA 4IFYA 2JGUA 4KAZA 3K5OA 3HPGA 2GBZA 4M3XA 3SV4A 3AA3A 3OS2A 4RW7A 1JL1A 2ETJA 1CLQA 3ZSXA 4E19A 2HVIA 1LWFA 1VSJA 4ZTJA 1D9FA 1BQMA 4CGFA 4YNQA 5KRSA 1QSLA 4DFJA 1YVUA 3ASMA 1HRHA 4C8NA 4OKEA 4AILC 2Z1IA 3RWUA 2XY5A 1EX4A 5FRNA 4Q0BA 1YTUA 4O44A 1L3SA 3I0RA 3PX6A 1WSHA 4FJ8A 4FZXC 5KGWA 4DF8A 2G8HA 3IG1A 2YNHA 3KLFA 2YNIA 4DU3A 3HSTB 1QTMA 1S6PA 1TL1A 4AHTA 2QK9A 4DSFA 4JLHA 4DFPA 4FXDA 2KTQA 1EKEA 2EHGA 3MEEA 3QINA 3K5LA 4N47A 3D0PA 4FM1A 3QEXA 3SJJA 1RT3A 1NK5A 1HPZA 3QLHA 3WNHA 4NCAA 2HHTA 3MEGA 1D8YA 4GVMA 4J2EA 2HHUA 3U3GA 3SUNA 3ZT2A 3B6PA 1W9HA 1VRUA 4BWJA 1T8EA 2O4IA 1J54A 1UA1A 1R0AA 4KO0A 4FZYA 1C0MA 1EP4A 1JLCA 3ZSRA 4Y1CA 4M3TA 2F96A 3VQ7A 3LWLA 2IOCA 1ITGA 2HHXA 2YHBA 2XHBA 1ZYQA 3C95A 3LALA 2KFZA 2D0AA 2JLEA 3MXIA 3A2FA 4B9TA 1EETA 3L2RA 3TABA 3F73A 1LAVA 3AVHA 3MEDA 5SWMA 3PO5A 4KTQA 1B92A 1C0TA 2X6SA 4MQ3A 3T1AA 3L3UA 1JL2A 1GOBA 3QEIA 4KHQA 1S1UA 1NK9A 3SI6A 4HCBA 4N76A 1C1AA 4CF1A 2FBVA 1TAQA 1FK9A 4BE1A 4DU4A 1WSFA 1BIUA 1ZBHA 1DTQA 4RG8A 3LAKA 4CHNA 4YFUA 1C1BA 3V9ZA 4OVLA 2ZQBA 3NE6A 3L2WA 1XC9A 3ULDA 4AHRA 3QESA 3SQ0A 4CGHA 4CJKA 4JRQA 4PQUA 3WNEA 1RT4A 3OYAA 3AVFA 4DTMA 4F2RA 3NGZA 4E3SA 4PUOA 1KTQA 4BACA 4CHYA 4CF9A 5C24A 1XI1A 3CYMA 1RBTA 1DTTA 1LWCA 4Z4CA 4KI4A 1BGXT 2XY7A 4HTUA 2D5RA 1A5XA 3CFOA 4HUFA 3SZ2A 4DFMA 3BDPA 5E41A 4CJFA 3RR8A 1LW0A 3UIQA 1TKDA 1VSLA 4B9UA 1Z25A 4DMNA 1KFDA 5J1EA 1X9MA 1ZBLA 4CJVA 4FLZA 4IDKA 3MXJA 5KI6A 2IDOA 3MXMA 4OLBA 4Z4FA 4FJIA 4Z4GA 1CZBA 4B08A 3HP9A 1JKHA 2FC0A 3QIOA 3EYZA 4G1QA 1LWEA 4NCGA 4ELVA 3OYFA 1SUQA 4OGEA 4CHQA 1JXEA 4FVMA 3PUFA 1X9WA 3OY9A 2PY5A 4CGIA 1U47A 4OPJA 1T05A 3V9WA 3L2QA 2YKNA 1VSEA 2VG7A 2FBYA 2HNYA 3NCIA 4FLTA 4OLAA 5HROA 3V6DA 4KHWA 1QS4A 4O55A 3U3YA 1B9FA 2WONA 3LP3A 4I9LA 3OYLA 3K57A 4B9VA 2W42A 2Q3SA 3DOLA 4E89A 4KB1A 5HRSA 3L2VA 3TAQA 2PYLA 4N56A 4KFBA 1HNVA 3QETA 1REVA 4FLVA 4CHOA 1J5OA 4DQIA 4CEAA 4FJNA 3KLIA 1QSYA 3O4NA 3HPHA 3TAPA 3O4QA 1NKCA 4E1NA 1LW2A 2ATQA 1KRPA 1IKWA 2A1RA 3QEVA 4DSLA 4DLEA 4NCBA 4UQGA 3PX0A 4FJMA 3HK2A 4BE0A 3V9SA 3SPZA 1HYZA 2BE2A 4C8LA 2HNZA 2LSNA 1A5WA 4K8XA 1SV5A 4B8AB 1CZ9A 2P5GA 3QNOA 2G8IA 2Y1IA 3TAEA 4M3YA 3OVNA 1D5AA 3NFAA 3NF6A 3I8DA 4QOZB 3P5JA 1NK8A 4FJJA 3S9HA 1VSFA 3DYAA 4PWDA 4CIFA 1WAFA 3AV9A 4LH5A 5FROA 3ITHA 4CIGA 3OYDA 4DS4A 3AVJA 1NKBA 2RKIA 3K5MA 1ZBIA 4E7HA 5HRRA 1DLOA 1BL3A 1HQEA 3VQQA 3VQ6A 4ZHRA 4W5OA 4NYFA 3HJFA 5J2NA 3V1OA 4AHSA 3SPYA 2G8UA 3AA5X 4HVJA 4ID1A 1U45A 2EX3A 4E1MA 1B9DA 3LWMA 4DQSA 4GW6A 4LSNA 5DK5A 4JRPA 3P1GA 2X74A 3DI6A 3VQ9A 1KVCA 1L3UA 2KQ2A 4FJ9A 4PA1A 2BDPA 4J2DA 3VQDA 2HHQA 1BQNA 3O3FA 3AVMA 3S3NA 1X9SA 3VA0A 4B9SA 1SL1A 2P5OA 5JS1A 4FM0A 1SKSA 4M42A 1TK0A 2P51A 3DLEA 1C1CA 3VQBA 4CGDA 4OPKA 3K5NA 1NK4A 4W5QA 2I5JA 3LDSA 1G15A 3AO5A 4ZTFA 3KTQA 3LAMA 1RILA 2KFNA 3SUPA 5HBMA 4CF0A 4C8MA 3DRPA 3HL8A 1UOCA 2YHAA 3V4IA 4EZ6A 4ID5A 3L3VA 1HJRA 1UAXA 3CM6A 5FDLA 2HVHA 3ZSVA 1BI4A 3VN5A 3OJUA 4KI6A 3NBPA 4KKOA 4ELTA 1C6VA 1UWBA 4C8KA 4FLYA 4EP5A 4CEFA 4CFAA 4BE2A 3OYJA 1HYSA 2OPPA 3DMJA 1I3AA 3ALYA 1WN7A 1X1PA 3AVGA 3K58A 3B6OA 5FRMA 3TAMA 4B9MA 1NJXA 4CJLA 4FLXA 3SV3A 1L5UA 4FM2A 4CFBA 4KB0A 4KTWA 3K59A 1TKXA 4O4GA 4KREA 3SUOA 3CQ8A 1TKZA 4GMJB 3AO1A 4DQRA 1BCOA 1RT2A 1BI4B 4LD0A 4IKFA 4DTXA 4N5SA 5C42A 3HO1A 3CG7A 3WNFA 1JLGA 4FZZA 1NK7A 4DFKA 4CE9A 1HNIA 3S3MA 4EZ9A 4M45A 3ZSQA 4DQQA 3O3HA 3SQ2A 3NH0A 4CFDA 4DG1A 1RDDA 1VK0A 4M3ZA 1RTJA 4JS4A 1L3VA 3V9XA 4CFCA 3AVKA 3TR8A 3SUQA 1S1XA 4FK2A 3M8SA 3HYFA 4Z0UA 4PY5A 3LANA 3U6FA 1KVBA 1HMVA 3HP6A 2YV0X 3ZSYA 4CJRA 3OYMA 3T3FA 4DU1A 4E0DA 4F2SA 4IBNA 5I42A 4C8OA 2IS3A 1RNHA 4Q5VA 4OJRA 3OJSA 4QCLA 5HP1A 2FBXA 3NAEA 1VSKA 3KD1E 2GV9A 3VQ4A 1RT1A 3WNGA 3TAFA 1U49A 1KSPA 3QEWA 3LZIA 3K2PA 1N5YA 3SQ1A 4CEEA 1KLMA 4F4KA 3DOKA 3D45A 4LSLA 4RW9A 4Z4HA 4FJXA 1QQCA 3KLHA 3ZT1A 3OYNA 1IH7A 4W5RA 2XY8A 3OYEA 1IG9A 3LPTA 3PO4A 3HPOA 4BDYA 2HHWA 2YNGA 1MU2A 2NUBA 2GUIA 3HXMA 1RBVA 2P1JA 3P83D 3CFRA 2XO7A 4FLWA 3AVIA 3ZSOA 3FFIA 2VWJA 3HVTA 2IC3A 4OGCA 4CERA 2IAJA 1QHTA 1S5JA 4M3UA 4M3RA 1XWLA 2G8VA 1VSHA 2B4JA 4I2QA 1JXBA 3I0SA 4I9QA 4CEOA 3M8RA 1VSMA 3NGYA 3NF9A 4F3OA 3T19A 3RR7A 3V81A 3TARA 3TAGA 1NJZA 4ICLA 1Q9XA 3AVLA 1CXQA 4KHNA 3AA4A 4RW4A 3KD5E 4ELUA 1A5VA 4KPYA 1ZBUA 3QEPA 4JS5A 1S1VA 4KV8A 2A1SA 3ZT0A 3QERA 3VQAA 3DLKA 1SKWA 1RTDA 2OZMA 3C6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3THYA 5GIPA 5ADXH 3OA9A 1EXQA 4DSJA 4H4OA 4CD1A 5JLFA 3F2KA 2IVNA 2GEMA 2Q0UA 1JLEA 4MFBA 1LAWA 4I6MA 4CHPA 1KLNA 3E66A 4DV2K 5C10A 3OYCA 2D0CA 4I7FA 1YAGA 5EU7A 1RBUA 1J9AA 3V1QA 5HLFA 3H08A 2UUAK 2G8KA 2P9IB 3CJ1A 3TI0A 2YNFA 4B1XB 4E7LA 3MECA 3EKSA 4MO4A 4J2AA 3CM5A 1D9DA 3NVKA 5AZIB 1T6DA 3MN7A 1TAUA 1RT7A 5AQWA 1N6QA 5FLXO 4M7XA 1BHLA 4CJWA 5M1FA 4YOYA 1FKPA 1S9GA 4FYDA 1VQ7N 3QNNA 2DY4A 3O6WA 5TKYA 3A8YA 1WLJA 2AJQA 1HJOA 3GDQA 3RMBA 1FXXA 3BUZB 3F9KA 2E6LA 1WAJA 5J2PA 5AJ3K 2VWKA 3CD6N 4JI0K 4KHSA 4JD2A 4LFAK 1S1TA 1KAXA 1NK0A 4ISFA 3DLRA 4A2BA 4CJEA 3PX4A 1KD1O 4H0YB 4BG8A 1C0FA 4CGGA 5AQIA 1D4XA 4QS7A 3R9PA 2HHVA 1HKBA 4LH4A 4DV4K 3OYBA 4IJAA 4XH5A 2QXLA 2BGGA 4O0JA 3VQ8A 2QM1A 5CZ1A 3VQCA 4DV5K 1NG9A 4WFAL 2KW4A 5KRTA 1K8AO 3S3OA 3SBGA 4BRLA 4JI6K 4H5WA 4FJKA 4DS5A 1ASUA 3ZSWA 1T3VA 1NOZA 4IOXA 2DFHA 3SNNA 3KJVA 3NVMA 2OA8A 4K0KK 4EAHD 3O80A 1HPMA 5A2QO 3E9PA 1S9EA 5D3GA 1BOTO 2P9SB 5AQJA 1QE1A 1IBKK 3CCEN 5TKWA 2G8WA 3KK3A 3T1YK 2OYQA 5I3UA 2W6KA 5BPMA 1YITN 3VQEA 4DV7K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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