3VQEA

Hiv-1 in core domain in complex with [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1h-pyrazol-4-yl]methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqeA00
2BANA 3F9KA 1NJXA 2W42A 1TV6A 1RTHA 1ZBIA 5J2QA 2B4JA 3QNNA 5KGXA 3G0ZA 4E7IA 1LWCA 1RCHA 2HNYA 2RF2A 4DSIA 1C0UA 4HTUA 3ZCMA 4J2AA 4BACA 4CEQA 3LDSA 3CM6A 1A5XA 1YTUA 4F2SA 4Q0BA 1VRUA 3HM9A 3L2UA 3M8PA 4AHCA 1QHTA 5D3GA 4K8XA 3DOLA 1RTDA 4PY5A 3DI6A 1QSSA 4TSXA 1NK7A 4CEAA 2DTUA 1NKCA 4RW7A 4CJ5A 4M45A 3AO5A 3AO1A 1CXQA 3ALYA 4B9LA 4FLVA 1RBSA 4DG1A 3SZ2A 1TKTA 2ZQBA 4HHTA 2WONA 3AVMA 3C6UA 3TI0A 4Z4CA 2IC3A 3SNNA 4ZTJA 4QAGA 4KTZA 1VSDA 3A2FA 3OYKA 1ITGA 2VWKA 4F3TA 2OYQA 4DF8A 4DMNA 5CYMA 1BGXT 1RDBA 3OYHA 3DLRA 3CM5A 3TARA 1Q8IA 3S3NA 1D9DA 3PY8A 4AHUA 4R5PA 1REVA 3DRRA 3V9ZA 5CZ2A 3ZT4A 4DQPA 4FLWA 4M3YA 4BE2A 4DQSA 3SV4A 2GBZA 4O0JA 4CFBA 1U04A 1TKDA 5K14A 3TR8A 5HRSA 1BCMA 3KJVA 3SUPA 1U45A 1VSLA 1T03A 4CJTA 4AILC 1NK9A 2YNGA 3LP1A 5C42A 1BIZA 3ULDA 2VG7A 3VQ9A 3BDPA 2OZMA 2G8IA 1VSMA 4DFKA 2PYJA 3AO2A 5I42A 3ZSWA 1X9SA 4Y1DA 5HBMA 3VQBA 4Q5VA 3ZSYA 3AVIA 3QO9A 4I9LA 2IOCA 3KLHA 2ZD1A 3OYBA 4DTOA 4CGGA 1NKBA 3ASMA 1YTAA 4DTUA 4E3SA 4NYNA 3ZSXA 2FBYA 3OY9A 1RT7A 3LP2A 2Z1GA 5HROA 3MEGA 3EZ5A 4UQGA 3IAYA 3DLGA 3I0SA 2X6NA 5I3UA 4XIUA 3CG7A 2P1JA 2X78A 1HJRA 1SUQA 2E6MA 1SL2A 4KHWA 1C0MA 1I3AA 4IDKA 1JLCA 2EX3A 4ICLA 1N6QA 4Z4IA 3QERA 4NYFA 4ELVA 3HO1A 2HNZA 3KIOA 3V1OA 3VA0A 3DLBA 3E01A 1UA1A 1QSYA 1J9AA 1GOCA 1KLMA 3C94A 3D45A 3ZSQA 1D8YA 1G15A 3AVFA 4QOZB 1BCOA 4N47A 4HCBA 3NGIA 4FCYA 4CHQA 4FW2A 4FJIA 3PX0A 1K6YA 1IKYA 2DFFA 3RMBA 3OYIA 3NBPA 4GW6A 4FLUA 1TAQA 3NFAA 3QIPA 4FZYA 1TK8A 3M8QA 4GMJB 4CEOA 2VWJA 4MQ3A 3V9WA 4FM2A 1ZBHA 1XI1A 4AHRA 3ZSZA 3LP0A 4CJ4A 4KHQA 4O5BA 4DSLA 3V9XA 3H08A 1L5UA 3M8RA 2Y1JA 1BL3A 2YNHA 3VQDA 2YNFA 4CIGA 2RPIA 4DU3A 2HHTA 1BQMA 4W5OA 1DLOA 1KVCA 4FK2A 3NGYA 4FXDA 4PQUA 3CYMA 3VQQA 2YKNA 1HQUA 3OYGA 4JRPA 1BISA 4BDZA 3L2VA 3WNGA 3F73A 4DU1A 2HMIA 1C0TA 1LV5A 4CEBA 4KHNA 4F4KA 1KCFA 2YHAA 3DLEA 1C1AA 1VSKA 4RW6A 2IDOA 3QINA 4CHZA 4O44A 4CJQA 1FKPA 4CK2A 3C95A 1WSFA 1NJWA 1T05A 5EU7A 1LAVA 4DQQA 1SL1A 1JXBA 3MECA 5DK5A 3TAFA 2VG5A 1BIUA 1FKOA 3ITHA 3LPUA 5KI6A 3WNEA 4CEFA 1KLNA 4PUOA 2IAJA 3VN5A 3O3GA 4DTPA 4HUGA 4M3UA 4FLTA 2OZSA 1U4BA 3LAMA 3T19A 4OPKA 4NCBA 1NKEA 3S3MA 3TAEA 1JLAA 5HP1A 3TANA 4FM1A 3K5MA 2X6SA 1QSLA 4OLAA 2LSNA 4I7FA 5C25A 2FC0A 4IG0A 2BDPA 1QTMA 1D9FA 4KO0A 1WSJA 4CJRA 2A1RA 2Q3SA 2B5JA 3HPHA 1L3SA 3V9UA 3QLHA 1RT5A 4CF9A 3SUQA 1XHZA 1JXEA 1LW2A 1RDAA 1S1TA 4E19A 3OYMA 1JL1A 1XC9A 4FK0A 1MU2A 4OKEA 3EY1A 1TL3A 4B9SA 3K5OA 2HHQA 3CFRA 1VSIA 3SUNA 3L3VA 4M3RA 4FJHA 4CGJA 4NCAA 2D0AA 2RKIA 3ZSVA 4B08A 4FM0A 3SQ0A 4FJ9A 3BGRA 2DY4A 3NGZA 1TL1A 3L8BA 1R0AA 3ZSRA 5KGWA 4DWIA 1LW0A 4FJMA 3DYAA 1Z25A 2KFZA 1SV5A 4C8MA 4FJXA 3QEXA 1WSIA 3OS1A 4M42A 4KTWA 3HPGA 2X74A 3AA4A 1EETA 3O4NA 2BE2A 1A5VA 3EYZA 4JS4A 3QETA 1BI4A 4CHPA 3QEWA 1NK4A 1J5OA 3AVNA 1T7PA 4CJLA 1X9WA 2HW3A 3LANA 2P5GA 4CJEA 1XHXA 4LH5A 2OPPA 1W9HA 1D5AA 4BDPA 4J2BA 1CZBA 3V6DA 1L3UA 3TAQA 3RR8A 4CIFA 3DM2A 2HHUA 2KFNA 1X1PA 5J2NA 3B6PA 4EZ9A 4KHSA 2QK9A 3HVTA 1L3VA 4JLHA 4O55A 4CFDA 3VQ5A 4HUEA 4LD0A 1KVAA 4E7JA 2HHWA 4IFVA 2XY6A 4FJ7A 2FBTA 3LALA 3RRGA 4Z4FA 3G10A 2QKBA 2NUBA 2JGUA 3LPTA 3ZT3A 4KFBA 1IKXA 3T3FA 2G8VA 4IG3A 1CXUA 1EXQA 1I39A 1U49A 4NCGA 3HPOA 3NE6A 5SWMA 4CEZA 4CGFA 3HL8A 1RT2A 3V1QA 1RNHA 3SQ4A 4F8RA 3NAEA 2ITGA 4KB1A 4CHYA 4H4MA 2XY8A 1Z26A 4HVJA 3PX4A 1UA0A 1DTQA 1U47A 4DQIA 3VQ6A 1JLBA 3DRPA 3JSMA 4E89A 4KV8A 2OPRA 3OYAA 4CJPA 3DMJA 4FYDA 1CZ9A 4IBNA 2F8SA 3VQ4A 4KI4A 4W5NA 1WN7A 2XY7A 4EP4A 4C8NA 3TAPA 1RDCA 2EHGA 2OPQA 4B8AB 1EP4A 3KK1A 1VRTA 4GVMA 4Z4GA 3P5JA 3OYCA 4B9MA 3OYDA 4BWMA 2HVIA 2A1SA 4KAZA 5HRRA 3RTVA 4CCHA 2Z1IA 1GOAA 1S9GA 3MEEA 1FK9A 3NF6A 5HRNA 3HT3A 2HB5A 3V9SA 3VA3A 4KB0A 4CESA 4CIEA 3HJFA 1JL2A 1TVRA 3OVNA 3VQ7A 2YNIA 4FK4A 1BI4B 2KW4A 3RMDA 3S9HA 4DSKA 3L3UA 3NDKA 2YV0X 3SPZA 3NH1A 3KD5E 1RBRA 1RBTA 2E6LA 3MXJA 3AVCA 3RRHA 3VQCA 5T7BA 4AHSA 1JLFA 4O0IA 3KK3A 1TK5A 2D5RA 4K8ZA 1JLQA 1Q9XA 1LWEA 3MAQA 1TKXA 4LSNA 1RT6A 4O4GA 4CF0A 1SL0A 3PO5A 1GOBA 4EP5A 1S9EA 1N5YA 4AHVA 3SPYA 4KHUA 1NK8A 5C24A 1Y97A 4DS4A 2HVHA 2F8TA 1C6VA 3RMCA 4I2PA 3KD1E 4LY7A 3ZSOA 3HVRA 3DLKA 4CJFA 2YHBA 4W5QA 3CFPA 1ZBUA 4DS5A 1HRHA 4CECA 3AVLA 1IO2A 1WSHA 3DOKA 3KKRA 4WE1A 4DFPA 1T8EA 2G8HA 1SKRA 3HYFA 4DTMA 1WSGA 3O4QA 3O3HA 4DF4A 2QXFA 3KKSA 1ASWA 3AVGA 1EX4A 3SCXA 4ELTA 4HCCA 4C8OA 4KTQA 3LAKA 3SJJA 1S1UA 2D0BA 3ZT2A 4CJUA 1SKWA 3QNOA 4OJRA 2G8FA 3DLHA 3QIOA 3V81A 1VK0A 3U3GA 1RT3A 3K5LA 3VQ8A 2XY5A 4B9UA 1HYZA 3AVHA 4B9TA 3KLIA 4FJNA 1JKHA 3B6OA 5CYQA 1IKWA 3IRXA 4C8KA 3VQEA 4H4OA 4LH4A 3I8DA 3HP9A 1WAJA 1RT1A 4J2EA 1BHLA 3CFOA 1RTIA 1J53A 1RBVA 2D0CA 4DLGA 5HLFA 4OVLA 1KVBA 1W0HA 3NF8A 1KSPA 2HNDA 2PYLA 4FVMA 4JRQA 4FLZA 1ASVA 4OPJA 5FRNA 1RT4A 2DFEA 3TAGA 1L3TA 1VSHA 3SV3A 3WNHA 1VSFA 1Q9YA 3V1RA 1UOCA 3MEDA 1WNSA 4CE9A 1X9MA 3KTQA 3KLEA 3PO4A 3ISNC 2Z1JA 4IFYA 5SZTA 1RBUA 3ZT1A 3OS0A 1SKSA 3IS9A 2Y1IA 1QS4A 1NK5A 1NOYA 1IH7A 4Z4EA 2WOMA 4M3TA 2KZZA 3I0RA 4M41A 1VSJA 1TAUA 5JS2A 1BQNA 4FZXC 2B6AA 1XWLA 3S3OA 2XRIA 4B9NA 3SUOA 4CJVA 4KREA 4Z4HA 4BWJA 5CZ1A 2G8UA 4OLBA 5HRPA 4OKJA 1WSEA 1RILA 3P83D 4N56A 4E1NA 4RG8A 3OYLA 2GV9A 3TAMA 2QKKA 1RDDA 5J1EA 3OJUA 3LZJA 3K58A 3P1GA 3SQ1A 1S1XA 4KI6A 4DFJA 1S1VA 4OGEA 2Z1HA 3NH2A 2G8KA 3HK2A 4E7KA 4CF1A 1DTTA 3L2RA 2GUIA 4M3XA 4KKOA 3AVJA 3O3FA 3OJSA 1TKZA 3HXMA 4CHNA 4DFMA 4KPYA 4KRFA 1B9DA 5FROA 3NHGA 2OA8A 3AO4A 1YVUA 3L2QA 3AA3A 3NF9A 1WAFA 1NJZA 1UWBA 3AA5X 4DSJA 1U48A 4CERA 2KQ2A 1TK0A 2IGIA 1ASUA 1HNIA 4QCLA 3K59A 3K57A 4FLYA 4EZ6A 3V4IA 4AH9A 4CJ3A 3M8SA 4BDYA 4DTSA 3OYFA 1WLJA 3UIQA 2HHSA 2VG6A 4RW8A 3T1AA 3AVKA 4B3OA 4CGDA 4ID1A 5DMRA 3NH0A 2KZMA 5FDLA 3JYTA 1KRPA 3HP6A 3QEVA 4FJKA 4RW4A 1F21A 4ELUA 2AJQA 3VQPA 2KTQA 1S6PA 1S1WA 3NCIA 3ZT0A 4PWDA 4DTRA 4PA1A 2DFHA 2F96A 4H8KA 4N5SA 4F3OA 3TWHA 2HHVA 4DSFA 3RWUA 2O4IA 4E1MA 3AA2A 4J2DA 1ZYQA 1NK6A 1KFSA 3LWMA 4YFUA 4CF8A 3LP3A 1O1WA 4DTXA 3PX6A 3THVA 4CHOA 4RW9A 4CF2A 4BE0A 4CFCA 3AV9A 4DTJA 3MXIA 4MFBA 4FZZA 1VSEA 4L8RB 4OKKA 1S5JA 4HUFA 4AHTA 4DQRA 3QESA 3SQ2A 3SYZA 5J2PA 5J2MA 4CJKA 2R7YA 3AVBA 3AO3A 2PZSA 1LWFA 5KRSA 4ZTFA 3HSTB 2I5JA 3FFIA 3QEPA 4Z0UA 5KRTA 2ATQA 3DRSA 3RMAA 2BGGA 3VQAA 4IKFA 3OYEA 4CEDA 2ZE2A 3KLFA 4YNQA 4W5TA 1HYVA 1HPZA 4CJSA 4F2RA 4FJ8A 4KHYA 2JLEA 4I2QA 1ZBLA 1HNVA 1EKEA 1QE1A 1TGOA 4CJWA 5E41A 3SI6A 2OPSA 2FBVA 3WNFA 4DSEA 3LWLA 3MXMA 1B92A 3PV8A 5KTQA 3KK2A 1IG9A 4FJJA 2YKMA 1CLQA 1QQCA 1ZBFA 5CY4A 3OYJA 4FLXA 1B9FA 4CGHA 3K5NA 2PY5A 4FJLA 4LSLA 1HQEA 2ETJA 1HYSA 1RTJA 2IS3A 4ID5A 1UAXA 3OYNA 4CEEA 1IKVA 3L2WA 2P5OA 4CK1A 4CFAA 1JLGA 3PUFA 2E4LA 4E7HA 3LZIA 2XHBA 4B9VA 5JS1A 3U3YA 2FBXA 4C8LA 3OS2A 1LAWA 4ZHRA 4DLEA 3D0PA 2P51A 4G1QA 1NOZA 1JLEA 3CQ8A 4JS5A 3QEIA 3K2PA 3IG1A 3RR7A 4FJ5A 1KTQA 4I9QA 3U6FA 1HMVA 2G8WA 3NF7A 1KFDA 4CK3A 1J54A 2O4GA 2XO7A 4FJGA 4Y1CA 4BE1A 3C6TA 1NJYA 4N76A 1C1CA 4N41A 1A5WA 2RN2A 3KLGA 4OGCA 4DU4A 4E0DA 1FXXA 4W5RA 3AVAA 4DTNA 5FRMA 4B8CA 3TABA 4M3ZA 4CGIA 4M3WA 2HHXA 1C1BA 1NK0A 4E7LA 1YT3A 1S6QA 4FW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IEIA 5JLHA 3F9KA 4WQ4C 1RTHA 4NXNK 5J2QA 5KGXA 3G0ZA 1LWCA 4KH6A 3H1VX 4F2SA 4Q0BA 1RGIA 5D3GA 4PY5A 2IIRA 3J8AA 4CEAA 4WQ4A 5LMUK 4CJ5A 1I94K 3AO5A 4X66K 4HHTA 1T44A 4ZTJA 3D2FB 1S72N 3CJBA 2CGLA 4FVUA 3O80A 4RWTA 4DMNA 3VETA 3OYHA 4BRAA 1D9DA 3KZBA 4AHUA 5LMNK 4X64K 4DQPA 1ILYA 4BE2A 1U04A 4CZKA 3T1YK 4IFEA 4JK9A 2UXCK 5M1QA 1T03A 3ZETB 4B1UB 1NK9A 1T3VA 4MDBA 4BRNA 2PYJA 3BZKA 5I42A 1X3MA 5AQRA 1X9SA 4Y1DA 1QHAA 3MK6A 4DTOA 1HPMA 4CGGA 3ASMA 1YTAA 4H0VB 4KHWA 1C0MA 2JWKA 1JLCA 2EX3A 4Z4IA 2HF3A 4ELVA 3OTOK 3DLBA 1QSYA 1BDGA 3CJCA 2P9UA 3MX5A 4FW2A 1U6ZA 1VQ5N 1IKYA 2DFFA 4NLCA 3FFKB 4CZLA 4FZYA 5AQYA 4GMJB 4Y0WA 1ZBHA 3GDQA 4AHRA 3ZSZA 3LP0A 4O5BA 5C12A 1HKBA 5JLFA 2YNHA 3VQDA 4DU3A 3GBTA 5LY3A 3LL3A 4FK2A 4FXDA 2YKNA 1HQUA 2GUPA 3OYGA 4JRPA 4FOIA 4ISFA 3L2VA 3WNGA 4BDZA 2HMIA 4FWNA 1KCFA 4E1JA 2P9PA 3QINA 3NVMA 4A59A 4CJQA 4CK2A 3C95A 1WSFA 4BQZA 2P9LA 1SL1A 1KLNA 1BIUA 2E2OA 3O3GA 4M3UA 4FLTA 2OZSA 1GLAG 3NMUA 5BREA 3HI0A 1JLAA 3L0QA 5HP1A 3TANA 2X6SA 1QSLA 4JI6K 4OLAA 5C25A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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