3VQEA

Hiv-1 in core domain in complex with [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1h-pyrazol-4-yl]methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqeA00
4PY5A 1VSKA 4CF1A 4DTPA 4N76A 1S9EA 1RDAA 5HRSA 1U45A 2X78A 2RF2A 3HXMA 4B9NA 4KKOA 4UQGA 3U3YA 3I0SA 4OKKA 3OS1A 4Z4GA 1KVCA 4IG0A 4FW2A 1WAFA 3DRSA 1Q9XA 3LPUA 4E19A 3ZSQA 4ID1A 3ZT3A 3BDPA 4KB0A 1LWEA 3DOLA 3OVNA 4M3YA 4NCAA 4F3OA 1U49A 3VQ5A 4E0DA 3HYFA 3RTVA 3RMBA 4NYFA 4CJLA 4J2AA 4CHPA 1S9GA 2P5GA 4EZ9A 1ASWA 3HO1A 1NKBA 3WNGA 3DLBA 1REVA 3LALA 3LAKA 4E7KA 2IOCA 3C94A 4IKFA 1BI4B 3AVJA 3I0RA 4CGIA 4CGFA 3T19A 4CHNA 1RT6A 2Z1GA 4M3WA 3VQBA 1ZBHA 4OKJA 4JLHA 1IKYA 3OYNA 1FXXA 1MU2A 1L3SA 1FK9A 3HL8A 4NCBA 3L2UA 4KAZA 4DS5A 3NF8A 2BDPA 3V1OA 3NGZA 5D3GA 3CFOA 3AVGA 3QEWA 5K14A 1NOYA 3C6UA 4Q0BA 2ZQBA 3K2PA 4RG8A 5FDLA 4DS4A 4DWIA 3AVFA 4FZZA 1WSHA 1VSLA 1EX4A 2DFEA 3MXJA 3O3FA 2D0CA 2GBZA 2XO7A 2IS3A 3SUPA 3MXIA 4FJNA 4OVLA 4JRPA 3D45A 3JYTA 4LY7A 2XY7A 1S1XA 3OYHA 3SUNA 1B92A 4CFCA 3QNOA 3OYBA 4M3UA 2YNFA 4CJSA 4CJ4A 3AVKA 1KSPA 1WSIA 1HNVA 2IAJA 4CJRA 2AJQA 4DU4A 4DFMA 1JL1A 2WONA 4B3OA 1J9AA 3FFIA 4M42A 3AVHA 1TK0A 4DFKA 2Z1IA 1Y97A 3DI6A 3HSTB 4DMNA 2HW3A 3KLIA 2O4IA 4ELVA 4DQRA 1A5XA 2X6SA 2E6LA 3TARA 1T8EA 1TAUA 3QIOA 4B8AB 4DLGA 4LH5A 1RBSA 1XI1A 4JRQA 1D9DA 4CESA 4KHQA 1RT3A 1VK0A 1DLOA 3VQ4A 4DSIA 4CJWA 2IC3A 2PZSA 4CECA 3QEIA 1SL1A 1RBRA 1UWBA 1VSIA 1JLCA 1VRUA 4OPKA 2I5JA 1BI4A 1N6QA 3ALYA 4AILC 1YTUA 5DK5A 3OS2A 3AA3A 3AA2A 1NJWA 2EX3A 4O5BA 4AHRA 3OYEA 1BL3A 2X74A 3RMAA 2G8UA 4Z4IA 4LSLA 3U3GA 4FLUA 3AO2A 3AVBA 1RT1A 1JXEA 3F9KA 1RDDA 4QOZB 4DG1A 3K59A 3PX6A 1ITGA 2Z1HA 4HCBA 3HK2A 3QEVA 4LH4A 4HCCA 4KHSA 1KTQA 3OJSA 3CQ8A 3C6TA 3ULDA 4K8ZA 5HBMA 4CIEA 4B9TA 2YKMA 4C8LA 3ZSOA 1FKPA 4DU1A 4F2SA 1D5AA 2VG5A 1RDBA 1GOBA 1HRHA 1WN7A 1RDCA 4CEOA 4KTQA 3BGRA 1J5OA 2DTUA 2D0AA 3V9ZA 4CJ5A 1G15A 1F21A 1RBUA 3G10A 3L2VA 1U04A 5KTQA 4CGJA 4FLZA 1C1CA 3LWLA 3QERA 4FJGA 3DOKA 4Z4HA 5HRPA 2HNYA 3CYMA 4O0JA 4NCGA 4R5PA 3EZ5A 4F8RA 4DTSA 2DY4A 4GMJB 4N5SA 3SQ2A 5FROA 4DSFA 1GOCA 1S5JA 4PUOA 1UAXA 2B4JA 4CIGA 4AHCA 3B6PA 2KW4A 1JLEA 4ZTFA 1R0AA 1CXUA 4FM2A 1D9FA 4IBNA 1UA1A 4F4KA 4CGDA 5KRSA 3HP6A 3OYGA 1IKXA 4DTXA 1UA0A 5KGXA 1ZBUA 3KLHA 4FJKA 3V81A 4CJUA 3K58A 5J2MA 2YNHA 1VSMA 4CF2A 2ITGA 3QEXA 3V6DA 4KB1A 3PV8A 3AA5X 4C8NA 4FVMA 4Z4CA 1ZBIA 3THVA 4F3TA 1D8YA 4CFAA 1B9FA 1UOCA 3TAQA 1SKSA 3DLHA 3MEEA 4RW4A 4FLTA 1TKTA 1SL2A 2E4LA 1DTTA 2YNGA 4DQQA 3K5NA 1TKDA 4B9MA 1SL0A 1YVUA 3VA0A 2FBTA 1BCOA 4QAGA 3WNHA 4M3RA 3SYZA 2A1SA 3S3OA 1ZBLA 1T03A 3KK1A 3TAFA 2VWKA 4QCLA 3NHGA 1WLJA 1NKCA 1DTQA 3IG1A 2ZE2A 4CIFA 4FK4A 1L5UA 4KPYA 3NBPA 3QINA 1KVBA 4B8CA 4O0IA 1C0UA 4FZYA 3ITHA 3HVRA 1QQCA 3L8BA 1RCHA 1WNSA 1C1AA 4DTNA 3RR7A 4I9QA 2RPIA 3NF6A 4BACA 1JLAA 3NFAA 3OYAA 2E6MA 1BGXT 3HP9A 2OYQA 4RW9A 4Z0UA 3SZ2A 4DTJA 4CCHA 1EP4A 1RTHA 2HHSA 3TWHA 3ZSWA 3KLFA 1QSLA 2Y1JA 4H4MA 2XRIA 1TK8A 2VG6A 4LD0A 2IDOA 4CJEA 5KGWA 5C24A 1XHZA 4B9UA 2BANA 1S6PA 2OPQA 4I7FA 4NYNA 3KJVA 1RTJA 4B9VA 4J2BA 4G1QA 4CJFA 1GOAA 4CF8A 5HRNA 1Z25A 2XHBA 4FM0A 1RT7A 2F96A 3WNFA 4CE9A 1CZ9A 4CEEA 4CK1A 4ID5A 3O3GA 4BWJA 4B9LA 3SQ4A 2ATQA 4CK3A 2VG7A 5KI6A 3OYFA 4CEQA 3EYZA 3SI6A 1NK8A 4FJHA 4FK2A 4DTUA 4M3ZA 3ASMA 4CJKA 1IO2A 1WSGA 3PO4A 4Y1CA 4CEZA 4FLYA 1I3AA 2XY8A 3DM2A 3VQPA 5J2PA 4DSKA 1KVAA 3ZT4A 4CEAA 1NK4A 4CK2A 2ZD1A 1QS4A 3C95A 1NK9A 2B6AA 1X9SA 3SV4A 4GVMA 1QSYA 4KFBA 1I39A 1KCFA 3EY1A 1L3UA 3RRGA 1BQMA 1RBTA 3VQ6A 4YNQA 4PQUA 4J2EA 2G8KA 3LAMA 4KHUA 3VQ9A 4KI6A 4M3XA 4KTWA 2FBVA 1KLMA 2HVHA 5J2NA 3DRRA 3E01A 2Q3SA 3NF7A 2KTQA 3KKSA 3AVLA 4DLEA 3P1GA 4C8KA 3L2QA 3ZSXA 1NJYA 3H08A 3CG7A 1HMVA 3CFPA 2QKKA 1X9WA 3KIOA 1HYSA 3ISNC 2YHBA 3M8SA 4CEBA 3MAQA 1WAJA 2X6NA 3ZT1A 4HUEA 1NJXA 1YT3A 1C6VA 1VSHA 4XIUA 2O4GA 3V1QA 4B08A 1LWCA 3P83D 5I42A 3K5OA 4FJIA 3ZSVA 4DFJA 3I8DA 1LWFA 1LV5A 3PY8A 4FZXC 3VQQA 4RW8A 1HQUA 1NK7A 4HTUA 2GUIA 3NH1A 2BGGA 4O44A 4FM1A 4IFYA 3LPTA 1TK5A 4FXDA 3RMDA 4WE1A 1LAWA 1S1TA 3OYIA 4CJQA 4CGHA 4E7IA 4CFDA 4CHYA 1RILA 4FJ7A 3NDKA 3TAGA 1O1WA 1CZBA 2HHXA 2XY5A 3TI0A 4CJVA 1TV6A 1KLNA 4DTOA 1TL3A 3L3UA 3KK2A 1XC9A 4CFBA 3NF9A 3NGIA 4W5QA 2G8FA 4CHZA 1HPZA 1WSFA 4YFUA 2VWJA 3VA3A 4HVJA 3RMCA 3VN5A 4DQPA 2OA8A 3AVNA 3HM9A 2HVIA 1N5YA 1BQNA 5HLFA 3AO1A 4HHTA 3LP1A 5JS1A 3QLHA 3LZIA 4BDZA 2BE2A 4M45A 3QNNA 3QESA 1ASUA 4DQIA 1BHLA 3QEPA 3LANA 3ZT2A 3QETA 4CJPA 1LW0A 2P51A 3HPHA 3WNEA 4CHOA 1CLQA 1QE1A 1JKHA 3MEGA 5C42A 2HHVA 3V9WA 2IGIA 4AHVA 4J2DA 3JSMA 3KD5E 4HUFA 4RW6A 1HJRA 1RBVA 4PA1A 3NCIA 4C8MA 3TANA 1U4BA 4Z4EA 3KK3A 4FJMA 1KFSA 1JL2A 1XHXA 1NK5A 2EHGA 3OYMA 5FRMA 1B9DA 4OLAA 1J54A 1A5VA 3SJJA 3V9XA 4DU3A 4N56A 1U48A 4KHYA 2HHQA 4KV8A 4OPJA 1NKEA 4BWMA 3SQ0A 4BE1A 3AA4A 1JXBA 4CGGA 4IG3A 1IKWA 2HNZA 1SKRA 4ELTA 4E89A 3OJUA 4KREA 2KFZA 2G8HA 5HP1A 1XWLA 2ETJA 4FLVA 2NUBA 5C25A 5CYQA 3SUQA 4ZHRA 3B6OA 3CM6A 3IS9A 4BDPA 4HUGA 1EKEA 1U47A 3PUFA 4EP4A 3L3VA 3DRPA 5HRRA 3AVCA 2W42A 4MFBA 5CY4A 3F73A 2LSNA 3SUOA 3SPZA 3MXMA 2QXFA 3KLEA 4F2RA 1VSFA 3DYAA 3MECA 5J1EA 4BDYA 4BE0A 3TAEA 2OPRA 2P1JA 1JLBA 4AH9A 1JLQA 3AVAA 4MQ3A 3S9HA 1KRPA 4DSJA 2F8TA 4KO0A 4DSLA 3SV3A 1RTIA 3ZSYA 4KRFA 1BIZA 3ZSZA 3AO3A 2XY6A 2Y1IA 4BE2A 3M8RA 3DLGA 5EU7A 1Q8IA 1WSJA 3HPOA 1HNIA 3LZJA 3D0PA 1CXQA 1W0HA 1LAVA 2KQ2A 3AVMA 4GW6A 4AHTA 3NH0A 3V9UA 1S1UA 5E41A 3TABA 5HROA 4B9SA 2YV0X 1KFDA 2OPPA 1EXQA 5SWMA 1NK6A 3DLEA 4OGEA 4LSNA 3VQDA 5KRTA 3HVTA 4CJ3A 4E1NA 1NOZA 5CZ2A 4KHWA 3PO5A 3LP2A 1NK0A 3OS0A 3O3HA 2JLEA 1ZYQA 4CJTA 2PY5A 2KFNA 2HHUA 1RT2A 1HYVA 3LWMA 3DMJA 3RR8A 3OYKA 2HB5A 1BIUA 5T7BA 1X9MA 3V1RA 4AHSA 4E7HA 3V4IA 3KTQA 3ZT0A 2KZZA 3CFRA 4KI4A 3MEDA 3KKRA 1L3VA 1TKZA 3VQEA 1HYZA 4IFVA 3HT3A 4E3SA 1IG9A 1X1PA 4W5OA 4FW1A 4DQSA 4DTRA 2GV9A 5I3UA 2G8IA 1ASVA 2QK9A 3SCXA 4I2QA 3K5MA 3OYJA 3S3MA 3UIQA 1Q9YA 3VQCA 2R7YA 3U6FA 3P5JA 2YKNA 1SKWA 2P5OA 5FRNA 1WSEA 4FCYA 4DFPA 4ZTJA 4N41A 2FBYA 4FYDA 2PYJA 4I9LA 5CZ1A 4W5TA 4TSXA 1QTMA 3VQAA 3LP3A 1BCMA 1VSJA 3TAPA 1RTDA 2HHWA 3PX4A 5JS2A 3OYDA 3KLGA 3DLRA 3OY9A 3K57A 3NH2A 3DLKA 3NE6A 4FJXA 2KZMA 2PYLA 1JLGA 2DFFA 1SV5A 4IDKA 4CHQA 3SPYA 4W5NA 3CM5A 1TKXA 2G8WA 2FBXA 4OKEA 4OGCA 4CEDA 5J2QA 3IAYA 4K8XA 4JS4A 4CEFA 2OZMA 1EETA 3M8PA 4FJ5A 5DMRA 1IH7A 3T1AA 4C8OA 4PWDA 3K5LA 4E7LA 4DF4A 3ZCMA 1LW2A 3QIPA 4N47A 3S3NA 1S1VA 4FLWA 3AV9A 1BISA 4CF0A 1A5WA 3AO4A 3SNNA 4EZ6A 3O4NA 1RT4A 4Q5VA 1C1BA 4M3TA 1ZBFA 3OYCA 4H4OA 1SUQA 3T3FA 3TR8A 2OZSA 2RN2A 4OJRA 3LDSA 2FC0A 4DSEA 1K6YA 4CERA 4FJ9A 2QKBA 1W9HA 1C0TA 1S1WA 4H8KA 3V9SA 1RT5A 4FJ8A 1TAQA 3QO9A 1Z26A 3O4QA 3KD1E 2D0BA 3VQ7A 4CF9A 2YNIA 3OYLA 2HHTA 4ICLA 1T7PA 1FKOA 1VRTA 2D5RA 2HNDA 1S6QA 1L3TA 2G8VA 3NGYA 3TAMA 1RNHA 3AVIA 4RW7A 4AHUA 3L2WA 1J53A 1TL1A 5CYMA 4O55A 2WOMA 2B5JA 1YTAA 3VQ8A 3ZSRA 1VSDA 4W5RA 3NAEA 3M8QA 4DF8A 4JS5A 4FK0A 1C0MA 2JGUA 4FLXA 4FJJA 2F8SA 4Y1DA 2YHAA 3IRXA 3SQ1A 2A1RA 1QHTA 4M41A 3RRHA 1QSSA 4L8RB 2DFHA 3HPGA 4O4GA 4FJLA 4Z4FA 1HQEA 3HJFA 1T05A 2HMIA 3A2FA 1VSEA 4EP5A 4OLBA 5SZTA 4E7JA 3RWUA 3AO5A 4DTMA 4KTZA 4KHNA 1TVRA 1JLFA 1NJZA 3PX0A 4ELUA 4E1MA 2OPSA 3G0ZA 1IKVA 3L2RA 3LP0A 4I2PA 1TGOA 2RKIA 2Z1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PY5A 1VSKA 3I56N 4N76A 3MWPA 4B9NA 3FZFA 3OS1A 1V4SA 1TYQB 1KVCA 4IG0A 4FW2A 1WAFA 3LM9A 3CPWM 1X3NA 3LPUA 4E19A 4KB0A 4CZGA 3MCPA 1NGEA 1ATRA 3HYFA 1S9GA 4EZ9A 1ASWA 3LALA 2FSNA 2ITMA 1BI4B 4CGFA 4CHNA 2GX9A 4K41A 4JLHA 3OYNA 1L3SA 4NCBA 3PSFA 4KAZA 4UY8O 1NBWA 4JKHA 3V1OA 3UB5A 1NOYA 4H0YB 2OANA 3K2PA 3AVFA 1JCGA 2DFEA 1EX4A 4H0OA 4O8UA 3D45A 2XY7A 4BRAA 4FPBA 2P9PB 1B92A 4M3UA 5B8HA 4CJ4A 4EAHD 2IAJA 1BOTO 4JKAA 2WONA 3FZMA 3DI6A 3HSTB 4DMNA 4JI8K 3E9OA 1BA0A 2O4IA 1A5XA 2E6LA 3VGKA 1T8EA 4JKGA 4PKHA 4JRQA 4CESA 1RT3A 5AR0A 1DLOA 3VQ4A 4CJWA 2IC3A 2F9WA 2GUPA 3AARA 1DT9A 2V7YA 1DKGD 2I5JA 3ALYA 4H03B 2E8AA 3AA2A 5AQZA 3SAFA 1NWKA 4Z4IA 4DR2K 2FSKA 1RT1A 1RDDA 4QOZB 4DG1A 1K73O 3HK2A 2A5XA 3ZEUB 2O8FB 2RE2A 1KD1O 1LOTB 3IUCA 4HCCA 1KTQA 5HBMA 3TSUA 1FKPA 4F2SA 2VG5A 1RDBA 1WN7A 1RDCA 3WXIA 1W97L 4KTQA 1Q7YO 1J5OA 2DTUA 5LMNK 3A8YA 3H3NO 1K8KA 3G10A 4JI1K 3L2VA 3CIPA 3VGMA 1VHXA 1RFQA 4FLZA 5AQPA 5HRPA 3CQXA 4NCGA 2DY4A 3MK6A 4GMJB 1ZC6A 4XH1A 4YHHK 2GEMA 4IO8A 1S5JA 4DV5K 3BF1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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