3VQEA

Hiv-1 in core domain in complex with [1-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1h-pyrazol-4-yl]methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
136
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 136
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqeA00
4N76A 1VSEA 1WSHA 2ATQA 4O5BA 2GUIA 5T7BA 2D0CA 4DSFA 4CJEA 3F73A 4FVMA 4CEZA 5DMRA 3K5MA 2XY6A 1BCMA 3P83D 3C6TA 1RNHA 3S3MA 4XIUA 4DF8A 2HVIA 3AA2A 2HHWA 4CF8A 4FJHA 1SKSA 1J9AA 5HRRA 1J53A 4N56A 5J2PA 4CIEA 3CFRA 2IOCA 1RBVA 4LD0A 3TAMA 3OJSA 3NH0A 3VQEA 4KTQA 3ZT0A 4CEQA 1HYSA 4DLGA 3ZSWA 1XC9A 5CYQA 4HCBA 3G10A 4Q5VA 3NFAA 1VSJA 3OYBA 2Z1GA 1ZBFA 2KZMA 1JLFA 5KGWA 3CFPA 4PUOA 1S5JA 3ZSZA 4FJNA 2G8WA 5FDLA 1DTTA 1X1PA 4FZXC 4FLUA 1FKOA 2YNHA 2ZD1A 1WSFA 3ZSXA 3NE6A 3SUOA 3DMJA 2ZQBA 3LALA 2AJQA 3M8PA 4Z0UA 5C24A 4PWDA 2O4IA 5FRMA 3V1QA 3NGYA 3DLBA 3QLHA 4W5RA 4FXDA 4CK2A 4J2AA 2XY7A 4KI6A 3V9XA 1C1BA 1EP4A 3OYAA 2R7YA 2HNZA 4DTNA 4JRPA 4ELVA 2QXFA 3VQDA 4CEEA 1RBSA 1I39A 3QIPA 1QSLA 4BE1A 4CIGA 3AVFA 4CJLA 4CEOA 4AHVA 4FJJA 1SV5A 4H4MA 1U4BA 1L3VA 5FRNA 3LPTA 3VA3A 3KJVA 1BCOA 1RCHA 1TGOA 3SCXA 1REVA 4E19A 1HMVA 2KW4A 3VQ8A 3AVLA 4EP4A 1RT4A 1GOBA 1SUQA 3TWHA 3KD1E 4FJ5A 2A1RA 2JGUA 1C1CA 4O4GA 1B9DA 4HVJA 4TSXA 3VQ9A 3NDKA 3RMAA 1S1XA 4H4OA 4DTOA 4E7LA 3KLIA 4N47A 1RTHA 3DYAA 2F96A 2RKIA 4KTWA 3QEPA 3RWUA 1CXUA 3DLKA 3P1GA 3ZT2A 4CFBA 4B3OA 5J1EA 3SQ1A 1RTDA 1T05A 5HBMA 4OGCA 2Z1HA 4AHCA 5CZ2A 4K8XA 3ZSVA 4BDPA 3DOLA 3K5LA 2QK9A 4FW2A 4OKJA 4CHYA 5J2QA 1NJZA 1NK5A 3OYLA 2KFZA 1HYZA 3M8QA 3OYNA 3DRSA 3JSMA 4ELTA 3MECA 2XO7A 1C0TA 4LSNA 4JS5A 1D9DA 4B8CA 4DSLA 3ZT3A 4W5OA 4I9QA 1RBUA 2D0BA 4E89A 1GOAA 3VQ4A 4RW9A 2VG6A 4NCGA 1TK0A 1XWLA 2FBXA 1HQUA 3V6DA 1UOCA 1S1WA 4JRQA 2PZSA 2NUBA 4CHPA 1WSGA 4DSEA 4RW4A 3E01A 3RMCA 4NCBA 1S6PA 1WN7A 4MFBA 3RMDA 3AVHA 3MAQA 3V9WA 1Y97A 4DG1A 1U45A 4RG8A 2F8TA 1RTJA 3I8DA 4F2RA 4CCHA 2B5JA 4OKEA 1NKCA 1RT6A 1RT3A 4B08A 1BQNA 3ZT1A 2YKMA 1DLOA 1L3SA 1TKTA 3CFOA 4DS5A 3OY9A 4DS4A 3QETA 4KHQA 3U3YA 1B92A 2OPPA 3G0ZA 4DU4A 1L3TA 1QSYA 2KZZA 5HRSA 3LANA 1TL3A 1S1VA 1QQCA 3MEDA 3L3VA 1IKYA 1CZ9A 3HP9A 3OJUA 1KVAA 3H08A 1JLGA 4W5QA 2PYLA 3DM2A 3AO5A 1K6YA 2KTQA 2Q3SA 3S9HA 3DLEA 4M42A 2EHGA 3O3FA 1R0AA 1JL1A 4AILC 1NK4A 1GOCA 1NJXA 1C0UA 1LWEA 3OYMA 4CJQA 3HP6A 4J2BA 3TABA 5CZ1A 3LWLA 1T7PA 4DFJA 3D45A 2FBVA 3ZSRA 3LZJA 4KFBA 4AHRA 4HUFA 4DTSA 4KV8A 1F21A 1DTQA 2G8KA 3HVTA 4YFUA 2ZE2A 3SJJA 1HJRA 4DTPA 5E41A 1HYVA 3U3GA 4FJ7A 4PY5A 4CIFA 2ITGA 4CF1A 1EX4A 1RDCA 3VQCA 3OS1A 4DQRA 2G8VA 2HMIA 2XHBA 2X6SA 4CGFA 3AVKA 2BGGA 4E7HA 1VSHA 3MEGA 4CJUA 2F8SA 3DLRA 3PX0A 3AVJA 4CF0A 3ALYA 1XHZA 1T03A 3LPUA 4DTJA 3KD5E 4F3OA 1IKXA 1BL3A 1KFDA 3DLGA 3L3UA 2P51A 3SYZA 3DOKA 4C8NA 1NKEA 3NH1A 4FK2A 1BI4A 4CGHA 3C95A 3LP2A 5KGXA 4KHYA 3AVGA 3VQ5A 1KVCA 1WAJA 4JLHA 3SUNA 1BGXT 1TAQA 3TAEA 1NK0A 3QERA 1QTMA 4EP5A 2VWJA 3SPYA 3PUFA 1ASUA 3NF6A 3VQ6A 3OYKA 4FLXA 2PYJA 4KRFA 3QO9A 2FC0A 4DSIA 1IKWA 4LSLA 1LAVA 1C1AA 2YNGA 1RILA 1WSJA 2P1JA 3RMBA 4I2PA 4IFVA 3KKRA 1S9EA 1RBRA 4QCLA 3AO4A 3NHGA 4FJIA 3WNHA 4DSKA 2YNFA 4B9MA 5K14A 3CM5A 3VA0A 4DFPA 4EZ6A 3QNOA 1HNVA 5FROA 4FLTA 4DTMA 3NF9A 4CJFA 4DSJA 2QKBA 2Z1JA 3MEEA 4CGJA 4OLAA 2OPSA 2EX3A 1HNIA 2D0AA 4HHTA 3SZ2A 3TAFA 4IKFA 4E1MA 4FCYA 3V1OA 4CHNA 4HUGA 1TK8A 2PY5A 4FJKA 2B4JA 1T8EA 2YHBA 4OLBA 4DQPA 4KO0A 4CEFA 4B9VA 3O4QA 4F2SA 4DTXA 3QNNA 3ULDA 1FXXA 1BIUA 3VQBA 2HVHA 4CFDA 4R5PA 4OKKA 2E6LA 4KHNA 4KB1A 1BIZA 3TR8A 1YT3A 3KK3A 4DFKA 3AVMA 4KI4A 4CERA 1YVUA 1VK0A 2A1SA 3SUPA 1B9FA 1RBTA 3O3GA 3TAPA 1LWCA 2BANA 4FZYA 4NCAA 1S6QA 3OYJA 4MQ3A 1RT7A 3ASMA 4FM2A 3T19A 2YKNA 4CESA 4OPJA 1NK7A 3RR8A 3QINA 5D3GA 1O1WA 2YHAA 4K8ZA 4M3YA 4W5TA 4F8RA 1Q9YA 1KFSA 1EETA 1G15A 3AVAA 4CJ3A 4C8LA 3KK2A 2B6AA 1KSPA 3L8BA 4FZZA 1VSKA 4ID5A 3OYGA 2HHQA 4RW8A 3M8SA 3SI6A 1C0MA 4GMJB 4KAZA 1CLQA 3AA5X 2XRIA 4M45A 1RDBA 3SPZA 4F3TA 1LAWA 3AO3A 2XY5A 1NJWA 3L2QA 1EKEA 3V81A 2DFFA 1L5UA 3BDPA 3LP1A 4B9SA 4CF2A 2JLEA 4CGIA 2I5JA 4BE2A 3MXMA 1I3AA 4DU3A 1SL2A 5JS2A 1FKPA 4DQQA 3OYDA 5I42A 3RTVA 2VG5A 3L2WA 4CJ5A 1VSDA 2IAJA 1A5WA 2VWKA 3FFIA 1IH7A 3HPHA 4PA1A 2W42A 1U49A 1U47A 1NOZA 1KCFA 3KK1A 4GW6A 3HPGA 3L2VA 3QEWA 3IG1A 4O44A 1D8YA 3AA3A 3V9SA 3SUQA 2KQ2A 4LY7A 5KTQA 4DU1A 4L8RB 1QS4A 4CJ4A 1A5VA 3SV4A 3V4IA 4PQUA 2KFNA 1N5YA 3KLHA 3OYCA 4CK3A 3AVCA 2E4LA 2BE2A 4JS4A 3LAMA 2X78A 1NK8A 5C42A 3C6UA 4DQSA 1FK9A 4CEBA 3KLFA 1ZBLA 1Z26A 4BWJA 1LWFA 2OPQA 3VN5A 1IKVA 1Q8IA 3K58A 3QEIA 3QESA 1S1TA 1BQMA 1VSLA 4KREA 4NYFA 2OA8A 4BDZA 4FK0A 4KHSA 1KTQA 4FLWA 4I7FA 2P5GA 3SQ0A 3BGRA 3DRRA 4CJSA 3KLEA 4FJGA 4I2QA 1JXBA 3HL8A 3V9UA 1X9WA 3LP3A 2X6NA 2G8FA 4CHQA 4Z4IA 2RF2A 4IDKA 1RT5A 2IS3A 5CY4A 4BWMA 3NGZA 4ID1A 3HPOA 4BE0A 3V9ZA 4N5SA 4ZTJA 3SNNA 3L2UA 4RW6A 4Q0BA 3LP0A 3OYEA 3KLGA 2DFEA 3CQ8A 1KVBA 4HUEA 3IS9A 4N41A 2HNYA 1J54A 1RT2A 3OS2A 3HT3A 4Z4GA 1ZBIA 2HHTA 3WNGA 3IRXA 4DQIA 3AVIA 1IG9A 2BDPA 4B9TA 1HRHA 1U04A 4CJRA 1VRUA 4IFYA 4YNQA 3SV3A 5CYMA 3UIQA 4M3XA 3LWMA 4W5NA 4C8MA 3T3FA 1RT1A 3OYHA 3HVRA 4EZ9A 4G1QA 2HHUA 4FLYA 4KB0A 2HHXA 3PV8A 2DY4A 4AHTA 3NGIA 3C94A 4Z4CA 2DFHA 4DMNA 1RDAA 4O55A 1Q9XA 5J2MA 3VQ7A 3K59A 4B9UA 4C8OA 2OZSA 4CFCA 1LW2A 2Y1JA 4C8KA 2HW3A 3M8RA 3K57A 4F4KA 3B6PA 3S3OA 3RRGA 3D0PA 1TKDA 3NF7A 4OVLA 4M3RA 4CHZA 4O0JA 3CM6A 3SQ2A 1D9FA 3S3NA 3K5NA 5KI6A 3WNEA 1WSIA 1BHLA 4FK4A 3O3HA 1QSSA 5SZTA 4BDYA 1NK6A 1NOYA 5HLFA 4FJ9A 1JLEA 4OGEA 2LSNA 4FM1A 4J2EA 1LV5A 3HJFA 3TARA 3ISNC 1ITGA 1NK9A 3AVBA 2O4GA 4FJXA 4CFAA 4FLVA 4QAGA 2RPIA 5HROA 1VSIA 1W0HA 1ZBUA 4J2DA 4IBNA 3WNFA 4HTUA 3JYTA 2FBYA 3B6OA 5DK5A 1S9GA 4CEDA 2D5RA 3ITHA 4Y1DA 3QEVA 4HCCA 4CJWA 1X9MA 1TAUA 3QEXA 2G8HA 4CJKA 4AHSA 1KLNA 4KTZA 3P5JA 1JLCA 4FW1A 2WOMA 3PX6A 5SWMA 3LAKA 3CYMA 1D5AA 4CK1A 3TANA 1SL1A 1VSMA 4DTUA 2OPRA 3VQPA 4CEAA 4KHUA 3HXMA 3LDSA 3K2PA 3ZSQA 1KRPA 2DTUA 1MU2A 3HYFA 3O4NA 2GV9A 4AHUA 4M3WA 2VG7A 3HM9A 3RR7A 2GBZA 3DLHA 3NF8A 3DI6A 1KLMA 4O0IA 4DF4A 4M41A 4Z4EA 3TI0A 1WAFA 1YTAA 5EU7A 4IG0A 2OZMA 1UAXA 3I0RA 4CECA 3K5OA 3HSTB 4UQGA 3AO2A 1WSEA 1IO2A 5HRPA 3PO5A 3THVA 3KKSA 1U48A 2P5OA 5HRNA 3HO1A 4GVMA 4RW7A 1EXQA 1QHTA 4I9LA 4E3SA 4QOZB 2G8UA 1HPZA 3SQ4A 1TL1A 3AA4A 3KIOA 1Z25A 4NYNA 1JKHA 1UA0A 3DRPA 3PY8A 4IG3A 4KKOA 2WONA 1X9SA 1JLQA 4M3ZA 3HK2A 1UWBA 5I3UA 4E7JA 2ETJA 4ZTFA 3ZCMA 3EYZA 4LH4A 4BACA 1SL0A 2HNDA 1NJYA 5JS1A 2RN2A 1VSFA 3U6FA 1BISA 4DFMA 1TKXA 1XHXA 3TAQA 4Z4HA 1QE1A 2E6MA 2IC3A 1RTIA 2Z1IA 4Y1CA 3LZIA 3NH2A 4CGGA 1CXQA 2XY8A 3VQQA 1UA1A 1W9HA 4B8AB 2QKKA 1HQEA 4ICLA 4CJPA 2IGIA 4E7IA 4ELUA 4M3TA 3I0SA 1L3UA 3AO1A 1RDDA 3A2FA 4E1NA 5C25A 3OYIA 3V1RA 3MXIA 1SKWA 3ZT4A 1S1UA 5KRTA 2FBTA 3MXJA 2X74A 1SKRA 1JLAA 3EY1A 4DWIA 4CJVA 3RRHA 3IAYA 4WE1A 1TKZA 4H8KA 4KHWA 3QIOA 1ASWA 2G8IA 3PO4A 1BI4B 1VRTA 4CJTA 4KPYA 5HP1A 4E0DA 4ZHRA 3AVNA 4OPKA 4Z4FA 3EZ5A 4E7KA 4CGDA 3VQAA 1ZBHA 1WLJA 3OYFA 2HB5A 3CG7A 4LH5A 1XI1A 1TV6A 3NCIA 1JLBA 1JXEA 3OVNA 1C6VA 3PX4A 1TVRA 1YTUA 2YNIA 1CZBA 4B9NA 3F9KA 2HHSA 4FLZA 4DLEA 1ASVA 1WNSA 4B9LA 5J2NA 4CHOA 4FJLA 3ZSOA 4CF9A 3KTQA 3OS0A 2YV0X 2Y1IA 1TK5A 4FJ8A 4DTRA 2HHVA 3T1AA 1LW0A 4OJRA 1NKBA 3NAEA 3ZSYA 2OYQA 4FYDA 1ZYQA 3NBPA 4CE9A 3TAGA 1JL2A 2IDOA 1A5XA 3AV9A 4FM0A 1J5OA 4M3UA 3L2RA 4AH9A 1N6QA 4FJMA 5KRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N76A 3KWGA 1VSEA 1WSHA 4O5BA 5BRFA 5GADP 4WQ5A 5DMRA 3ZLJA 2O8CB 3EN9A 4DF8A 4UY8O 3FR0A 3M3ZA 4CIEA 3CFRA 4JKCA 3TAMA 4HCBA 3NFAA 1VSJA 3OYBA 5AZJB 2PBDA 2KZMA 3CFPA 4H0TB 3J80O 3BZCA 4GKKK 3DAWA 4FZXC 4BRNA 2YNHA 3ZSXA 4YHHK 3PLAA 2HBLA 3LALA 2AJQA 3M8PA 4Z0UA 4BQZA 3D6RA 2ZF5O 4E1JA 5FRMA 1YF5L 4IXCA 3OYAA 4QS9A 1XNQK 4GV9A 4MO5A 3QIPA 1QSLA 4FJJA 4JK7A 4FL9A 3LPTA 5EY4A 1REVA 3MX2A 5KPRA 3LDLA 4LFAK 3KD1E 4HVJA 4TSXA 3VQ9A 1S1XA 4H4OA 4BC3A 4IEEA 2OTJN 3DYAA 3PIPL 4KTWA 3P1GA 4B3OA 1GLLO 4OGCA 2Z1HA 5CZ2A 5MLCQ 4MDAA 4JNEA 4BRFA 3M8QA 3OYNA 1VQLN 1GLDG 1C0TA 2XO7A 4JI3K 4JI2K 1BG3A 3CJ1A 1RBUA 3UE5A 2WUSA 2VG6A 4NCGA 1UOCA 2F9WA 1S1WA 4JRQA 4K25A 2NUBA 4RW4A 1WN7A 4MFBA 1VQNN 3MAQA 3V9WA 4GVEA 2DPNA 3FZMA 1QQOA 1NKCA 1RT6A 2YKMA 1DLOA 4DS5A 3OY9A 3QETA 4WYBA 1B92A 2KZZA 1TL3A 2Q31A 1Z05A 3SK3A 2PAVA 5C10A 1K6YA 2E2PA 2NRRA 5AQRA 3O3FA 1R0AA 1JL1A 3VF4A 1WBBA 2I7NA 4DHYA 3I56N 3LZJA 3NVKA 4HUFA 4KV8A 4PHTX 3CJBA 3QDKA 4FJ7A 4MDBA 3BP8A 4DQRA 4LC9B 1BA1A 2D0PA 2QA4N 2BGGA 1VSHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4N76 A;  3KWG A;  1VSE A;  1WSH A;  4O5B A;  5BRF A;  5GAD P;  4WQ5 A;  5DMR A;  3ZLJ A;  2O8C B;  3EN9 A;  4DF8 A;  4UY8 O;  3FR0 A;  3M3Z A;  4CIE A;  3CFR A;  4JKC A;  3TAM A;  4HCB A;  3NFA A;  1VSJ A;  3OYB A;  5AZJ B;  2PBD A;  2KZM A;  3CFP A;  4H0T B;  3J80 O;  3BZC A;  4GKK K;  3DAW A;  4FZX C;  4BRN A;  2YNH A;  3ZSX A;  4YHH K;  3PLA A;  2HBL A;  3LAL A;  2AJQ A;  3M8P A;  4Z0U A;  4BQZ A;  3D6R A;  2ZF5 O;  4E1J A;  5FRM A;  1YF5 L;  4IXC A;  3OYA A;  4QS9 A;  1XNQ K;  4GV9 A;  4MO5 A;  3QIP A;  1QSL A;  4FJJ A;  4JK7 A;  4FL9 A;  3LPT A;  5EY4 A;  1REV A;  3MX2 A;  5KPR A;  3LDL A;  4LFA K;  3KD1 E;  4HVJ A;  4TSX A;  3VQ9 A;  1S1X A;  4H4O A;  4BC3 A;  4IEE A;  2OTJ N;  3DYA A;  3PIP L;  4KTW A;  3P1G A;  4B3O A;  1GLL O;  4OGC A;  2Z1H A;  5CZ2 A;  5MLC Q;  4MDA A;  4JNE A;  4BRF A;  3M8Q A;  3OYN A;  1VQL N;  1GLD G;  1C0T A;  2XO7 A;  4JI3 K;  4JI2 K;  1BG3 A;  3CJ1 A;  1RBU A;  3UE5 A;  2WUS A;  2VG6 A;  4NCG A;  1UOC A;  2F9W A;  1S1W A;  4JRQ A;  4K25 A;  2NUB A;  4RW4 A; 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 2P5O A;  1ATR A;  5HRN A;  1NM1 A;  3VER A;  2G8U A;  3AA4 A;  1Z25 A;  4GKJ K;  3P4I A;  1HUX A;  2QWL A;  5JS1 A;  2RN2 A;  4X64 K;  3U6F A;  4DFM A;  1Q7Y O;  1QE1 A;  2E6M A;  3FZK A;  2XY8 A;  4BR5 A;  4B8A B;  4J8F A;  5AJ3 K;  4H0V B;  3I0S A;  4QS8 A;  3AO1 A;  3VF6 A;  3A2F A;  5C25 A;  4JI8 K;  2FBT A;  3SAG A;  4XH1 A;  2VQE K;  3IAY A;  1XMQ K;  2GWK A;  1NMN A;  1BI4 B;  4CJT A;  4E0D A;  3EZ5 A;  1K8K B;  5H1S Q;  2HB5 A;  3NCI A;  3IUC A;  1C6V A;  1TVR A;  2HHS A;  2QWO A;  1CZA N;  4FLZ A;  2ASP A;  1WNS A;  4B9L A;  3MK6 A;  5J2N A;  4FJL A;  3ZSO A;  4CF9 A;  3ZEU B;  2Y1I A;  1TK5 A;  3G4S N;  5F2R A;  4DV6 K;  1T6D A;  4OJR A;  3E1Y A;  4OPA A;  3NAE A;  5JVG L;  3P39 A;  4LF5 K;  4BC2 A;  4IJN A;  3NBP A;  4NO7 A;  2QWN A;  4CE9 A;  4WCE L;  2IDO A;  3AV9 A;  4FPB A;  4NLB A;  1J5O A;  3AAR A;  2P9K A;  3W0L A;  4OPH A;  5KRS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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