3VQPA

Hiv-1 in core domain in complex with 2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-ylmethanol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 50
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqpA00
3T3FA 3G10A 1KVAA 4E0DA 3V9XA 4E1NA 3E01A 4CJPA 4DS4A 4H8KA 3PO4A 4DQPA 4KRFA 3DRSA 3V4IA 2YNIA 4DF4A 3S9HA 3QEWA 4CFDA 1QSYA 1NK5A 1RT5A 1IKXA 3QLHA 4OPKA 4F3TA 3OYBA 3RTVA 1U48A 4BDYA 2RPIA 3LPUA 3RRGA 5HRNA 1ZBIA 3TR8A 2HNYA 3LP0A 4E89A 1NK7A 4KB1A 2JGUA 1RT4A 3DRRA 3AO1A 1X1PA 4DSKA 1NOYA 1L3TA 5EU7A 2QXFA 3SJJA 1W9HA 4CJEA 2X6NA 5J2MA 4FJKA 4CJSA 4K8ZA 4KV8A 3OYJA 1S1UA 1L3UA 4M3ZA 1YT3A 2Z1IA 3KKRA 2R7YA 4Z4GA 4E7HA 3AVMA 4PY5A 3C6TA 4EZ9A 1BIZA 3V9ZA 4E7LA 3HPOA 3QIPA 4BE0A 4KHUA 3LAMA 4HHTA 3RMBA 2G8KA 3RWUA 4DTMA 4FK0A 4AHCA 4ELVA 4CIGA 4CJRA 4FVMA 2HHTA 4O55A 1YVUA 4JLHA 3P5JA 3AVFA 3S3OA 2HW3A 3NGIA 4J2AA 4CGGA 3V9UA 3ZSRA 4Z4CA 1L3SA 4CGDA 3DM2A 2P5GA 3AVJA 4CK1A 3RR7A 1C1BA 3KKSA 1IKWA 1BIUA 3AA2A 3DLEA 4CGIA 1S1VA 4M3XA 4FCYA 4Q5VA 2GV9A 4DQRA 4CEBA 5CYQA 4B9TA 4J2BA 4DSIA 1RCHA 5T7BA 3RMAA 3SNNA 3AVLA 3LP1A 4CEZA 4B9MA 4M3RA 5C25A 5KRSA 1TGOA 3VN5A 3LALA 3KLEA 4H4MA 1KCFA 1J53A 3U6FA 4O0IA 1CZBA 3HT3A 5J2NA 3LP3A 3EZ5A 4FJJA 3MECA 1A5WA 2F96A 1ASWA 3AV9A 3QO9A 3KK3A 2VWJA 1U49A 1NKCA 4B9UA 1TK5A 3SPYA 3SI6A 2E6MA 1XWLA 4OVLA 3TAGA 3V9SA 2YKNA 2BANA 2I5JA 1T05A 4ZTFA 3HP6A 1N5YA 4WE1A 4FJHA 3QIOA 1G15A 3LWLA 3V9WA 3K5NA 4I7FA 2ZQBA 4FJMA 3AA5X 4B9NA 1SUQA 1WSHA 4FM1A 1NK4A 4E1MA 3HP9A 3AVKA 1JL2A 3QEXA 1Q8IA 4JS4A 3ZSWA 3OYGA 1QS4A 1TKTA 4C8LA 4OKEA 4AHUA 1EXQA 1S5JA 3V1QA 4EZ6A 1LAWA 4Z4FA 3VQ8A 4PUOA 3CYMA 5HBMA 4DTUA 2KQ2A 2G8WA 1B9DA 1U4BA 2OPQA 1NJZA 4CEFA 3OYLA 2D5RA 1VSMA 3TAEA 3ZT1A 3OYNA 3AVBA 3NHGA 3KD1E 4N5SA 4C8OA 1UOCA 3HVTA 3OY9A 1BCMA 3SQ4A 3I0SA 2IAJA 2FBXA 4CJWA 2B5JA 3O3GA 3KLFA 4AILC 4W5QA 3NF6A 1JLCA 3ZT4A 1IKVA 3HPGA 1WAFA 3LZJA 1JL1A 4RW6A 3K59A 4O5BA 2HHWA 2FBVA 4CIEA 1IG9A 3P1GA 4Q0BA 1CLQA 3QESA 4YNQA 1RNHA 1ZBLA 3HL8A 4F3OA 3G0ZA 3KLIA 5E41A 4CF2A 3QEIA 5CZ2A 4FZZA 3HJFA 3PX4A 3RR8A 3AA4A 4LY7A 4M45A 3QEPA 1WSJA 4CJLA 1JKHA 1RT7A 3QERA 1VK0A 4W5TA 2KZZA 1KFSA 3HYFA 1U04A 3AO5A 4DG1A 2YHBA 2XY6A 1HNVA 4ELTA 4LSLA 1SL0A 4GMJB 4CGHA 4CHPA 3OYCA 3VQ4A 4BACA 2DFHA 4HVJA 4C8NA 2A1SA 3ZSYA 1TK8A 4CJKA 5FRNA 1Q9YA 3K2PA 1YTUA 3WNHA 3SUPA 2B4JA 3U3YA 3WNFA 4IBNA 4NCGA 4OPJA 4E19A 3OYFA 1U47A 4KHWA 1IO2A 5SWMA 3OYHA 1CXQA 3ISNC 2IC3A 3LAKA 3ZT0A 3I8DA 3PV8A 2P5OA 4F4KA 3NFAA 4DTPA 3IG1A 3ZSVA 3F9KA 3OYIA 3VQPA 4B9LA 4KHYA 3L3VA 3K5LA 1D9DA 3VQ7A 4GW6A 3NDKA 1VSLA 3VQ6A 1TVRA 4M41A 3NH0A 3VA3A 1X9MA 1N6QA 3SYZA 3AVNA 1I3AA 3PO5A 4KI6A 4BE2A 3RRHA 5J1EA 3IS9A 2P51A 4KKOA 4CHQA 2OZSA 4KHSA 3M8PA 2QKKA 3OYMA 2OYQA 4OLBA 2IS3A 4FYDA 1BI4B 3C94A 3OJUA 5I42A 1KLNA 3NF7A 5C24A 5FDLA 1S1TA 4OKKA 5HLFA 1WLJA 1Y97A 2EHGA 4DSLA 3DRPA 4NYNA 2YKMA 1D8YA 3PX0A 5KTQA 2HMIA 4HCCA 2HB5A 1X9WA 1HYVA 1ASUA 4FJNA 4DQSA 4FJXA 3KIOA 3NF9A 1CZ9A 4I2QA 3BGRA 3WNGA 2VWKA 1HRHA 1BCOA 5HP1A 2OPSA 1VRTA 2VG6A 1QTMA 1TAUA 1TL1A 1WAJA 2IOCA 1BI4A 2PY5A 3NGYA 1VSFA 1RBRA 4NYFA 4DTOA 2AJQA 3L2WA 5CY4A 3U3GA 3HK2A 4CHYA 3V81A 4F2SA 1UWBA 2YNFA 1IH7A 3ULDA 4DSEA 3SQ0A 2HHSA 3NCIA 1NK9A 3B6OA 1NJWA 1SKSA 1HYSA 1Z26A 4CF0A 2EX3A 3DLBA 2KZMA 3OYEA 3O3HA 1S6PA 3QNNA 4M3WA 4FJLA 1YTAA 3CFPA 3AO3A 3TWHA 3DLKA 2F8TA 2Y1JA 4MQ3A 4Z0UA 1WSEA 1X9SA 1LW0A 1O1WA 3O3FA 2GUIA 2PYJA 1RTIA 4I9QA 4KPYA 1RDCA 2FC0A 4FLTA 2OA8A 3BDPA 2BE2A 1D9FA 1KRPA 4J2EA 3CFRA 5CZ1A 4DSJA 1JLBA 4GVMA 3C95A 1NOZA 1HNIA 3VQCA 2OZMA 3VQEA 3PX6A 4HCBA 4DF8A 4E7IA 3KLGA 2RF2A 2KFNA 1KVCA 3OVNA 2WOMA 3T19A 1RT6A 4RW4A 4L8RB 4Z4EA 3ZSXA 4OJRA 2X6SA 1JLEA 3L3UA 1L3VA 1L5UA 2HVHA 1LWCA 2YV0X 4M3UA 3HM9A 1BL3A 2HNDA 4M42A 1RDDA 4YFUA 5KGXA 4DTJA 1J9AA 1NJYA 5HRPA 1WSGA 3SZ2A 2PYLA 2VG5A 3QNOA 1ITGA 5J2PA 3QEVA 3OS0A 4FLWA 3C6UA 4LH4A 1BQNA 1C6VA 3NGZA 5JS2A 4BE1A 2Z1HA 2FBTA 4CERA 4PA1A 4RW8A 1C0UA 3L2QA 3PY8A 1NKEA 5DMRA 4KHQA 1RDBA 4DMNA 2WONA 3KK1A 1Z25A 4KTZA 4W5NA 3SQ1A 2PZSA 4FK4A 4BWJA 1SKRA 4H4OA 3JSMA 1NKBA 3VQ9A 3DMJA 4DU4A 3WNEA 4DFJA 1GOCA 3L2RA 4MFBA 1NK0A 4RW7A 4FM2A 2JLEA 2D0CA 4CFCA 3KTQA 2ITGA 3LANA 3VQDA 4CJ5A 4DU3A 3SV3A 1D5AA 4DQQA 4CK2A 4R5PA 3DI6A 3HVRA 3AO2A 4Z4HA 2A1RA 3CQ8A 2DFEA 4BWMA 2IGIA 3OJSA 2G8UA 4DU1A 1A5XA 1J54A 2RKIA 2IDOA 1QSLA 1CXUA 4DQIA 1JLQA 1RTHA 2OPPA 4FW1A 4QOZB 1QE1A 4OKJA 2XHBA 3CM6A 4DWIA 1S1WA 1WSIA 3ASMA 2HHUA 2NUBA 5KRTA 3MXIA 1HPZA 1K6YA 2RN2A 3SPZA 3AVHA 1RTDA 2YNGA 4FZYA 1C0MA 4KREA 1RT1A 4E7JA 5SZTA 3NH2A 4CEDA 1RBTA 1VSHA 5HROA 4DS5A 1A5VA 3NBPA 1VSKA 4FLUA 3AO4A 3SQ2A 3P83D 1ZBHA 4DFPA 2OPRA 4E7KA 4F2RA 4DTSA 2LSNA 1XC9A 4FJIA 3VQQA 4IG3A 5JS1A 4CJ3A 3DYAA 4J2DA 4KHNA 4RG8A 2YHAA 1C1CA 3TAFA 1QQCA 2BGGA 3OYAA 3EY1A 2HVIA 3KD5E 5DK5A 2KTQA 4CHOA 2O4IA 3K5MA 3D0PA 2G8IA 1Q9XA 4JRPA 4QCLA 3NH1A 2W42A 5I3UA 1TK0A 1TKXA 2GBZA 1XHZA 4ZHRA 1EETA 4CF8A 3L2VA 4FJGA 4FLZA 1QSSA 4CCHA 4KO0A 2G8FA 3UIQA 1HQEA 4DLEA 4FLYA 4Y1DA 1RBSA 1UA1A 3ZCMA 4DSFA 3OYKA 1RDAA 1WN7A 3M8SA 2YNHA 3PUFA 4C8MA 1TV6A 2XRIA 4CJVA 1FXXA 4IFVA 2Z1GA 1UA0A 1ZYQA 1QHTA 4FLXA 3TAQA 1KTQA 4CE9A 3HO1A 3AVGA 3DLGA 5CYMA 1EX4A 1RT3A 3LZIA 3EYZA 4IKFA 2Y1IA 3CFOA 1TL3A 5D3GA 3ITHA 4F8RA 4OLAA 3THVA 4ZTJA 1SKWA 4LD0A 4HTUA 1T7PA 4FZXC 3S3MA 4OGEA 5FROA 4KI4A 4KTWA 3DOLA 3KLHA 2XO7A 4JRQA 3LPTA 1LWEA 1VSJA 1S9EA 3IRXA 4O4GA 1S1XA 1WNSA 3AA3A 4DFMA 4IFYA 1DTTA 3JYTA 4EP5A 2B6AA 2ETJA 4QAGA 1DTQA 1JLGA 3HXMA 4FLVA 4LSNA 1GOBA 3IAYA 2VG7A 5KGWA 4I2PA 1NK8A 3MEEA 1JXBA 4DFKA 4W5OA 1RBUA 4DTNA 3HPHA 1S9GA 4M3YA 4FXDA 4AHVA 1JLAA 1XI1A 1ZBUA 3L8BA 5HRSA 3LDSA 1NK6A 4CGFA 2DFFA 1LWFA 2ZE2A 4NCBA 4CJ4A 4JS5A 1FKPA 4B8AB 1HYZA 3DLRA 3MEGA 3MAQA 1TKDA 4CECA 5J2QA 3DLHA 4CHZA 4CHNA 4G1QA 3O4NA 4CF9A 2XY5A 3MEDA 1EP4A 3TAMA 3ZSOA 2HHXA 4CJQA 1S6QA 1HMVA 2KW4A 3RMDA 4BDPA 1RT2A 4XIUA 3CG7A 1UAXA 5HRRA 3TAPA 1T03A 1WSFA 3B6PA 4ICLA 3V6DA 2XY8A 3LWMA 3QETA 4CEEA 3TARA 1R0AA 2G8HA 4CGJA 2BDPA 3KK2A 1T8EA 2D0BA 4M3TA 3SV4A 3AVAA 3DOKA 3L2UA 1VSDA 4DLGA 3SCXA 4CFAA 4CEQA 3AVIA 3O4QA 3NAEA 1TAQA 4N76A 4B08A 1F21A 3OYDA 2HHVA 1I39A 1KVBA 2Q3SA 3VQ5A 2QK9A 4PQUA 1FK9A 3K5OA 4CF1A 3HSTB 1GOAA 4ELUA 3QINA 1JLFA 3SUNA 3I0RA 1KSPA 4CK3A 1BISA 4PWDA 4O44A 3RMCA 2KFZA 4O0JA 2DTUA 3NE6A 5C42A 4DTXA 1XHXA 2X78A 4E3SA 3TANA 3ZSZA 1KFDA 4CEAA 3K57A 3VQBA 3TABA 4FJ8A 4OGCA 3MXMA 5KI6A 1BGXT 3ZT3A 2F8SA 1W0HA 2FBYA 1TKZA 3A2FA 3H08A 4AHSA 4CJTA 3OS2A 1SL1A 4AHTA 1B9FA 3MXJA 3V1RA 4HUGA 1HQUA 1LAVA 1VSEA 4N56A 1ZBFA 4Y1CA 3F73A 2DY4A 4AH9A 3NF8A 4CEOA 3VA0A 4FW2A 2G8VA 1LW2A 3OS1A 4IG0A 1JXEA 2D0AA 3ALYA 1IKYA 4FJ5A 4ID1A 2E6LA 4N47A 1DLOA 1RBVA 1VSIA 4B3OA 1ASVA 4BDZA 4FJ7A 2XY7A 4FM0A 4CIFA 1EKEA 2P1JA 4EP4A 4FJ9A 4RW9A 4W5RA 2O4GA 1C0TA 4Z4IA 1RTJA 3TI0A 3M8QA 5FRMA 3ZSQA 1REVA 4AHRA 4FK2A 3ZT2A 1U45A 3KJVA 1SL2A 1J5OA 3M8RA 1B92A 4KB0A 3FFIA 3CM5A 1NJXA 1MU2A 4I9LA 3SUOA 3SUQA 4UQGA 4B8CA 4NCAA 2QKBA 4B9SA 3T1AA 4KTQA 1VRUA 2ZD1A 5K14A 4B9VA 3K58A 1HJRA 2Z1JA 4KFBA 1C1AA 4CESA 4N41A 3V1OA 1LV5A 2ATQA 2HNZA 4KAZA 4CJFA 1SV5A 3VQAA 4ID5A 4DTRA 2HHQA 4HUEA 4CJUA 1FKOA 3AVCA 4C8KA 4TSXA 2E4LA 4HUFA 3S3NA 3LP2A 2X74A 4CFBA 3D45A 4K8XA 1RILA 4IDKA 1BQMA 1KLMA 1BHLA 4LH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E0DA 2O4IA 1KVAA 3E01A 4U67L 1ATNA 4ILHA 2YNIA 4BRQA 1XNQK 3QLHA 3C6AA 3LPUA 4C1NI 2AA4A 3DRRA 3AO1A 5EU7A 3D2EA 4Z94A 2QXFA 3SJJA 1W9HA 3M3ZA 2X6NA 4CJEA 4K8ZA 2Z1IA 2AP1A 1VQLN 3LDQA 4EZ9A 4A62A 4CZHA 3V9ZA 4AF1A 2G8KA 3RMBA 3RWUA 4BROA 1NMNA 4AHCA 2YHYA 3H1QA 1GLDG 4O55A 4J2AA 4BRHA 2P9IB 3DM2A 1IKWA 3AA2A 4CGIA 2FSNA 3WXIA 4J2BA 4DSIA 4DR2K 5T7BA 3AVLA 4XH1A 4GV6A 1LCUA 3KLEA 4H4MA 1KCFA 3U6FA 2UUAK 3J8AA 3MK6A 1VQ7N 2P9IA 3QO9A 2VWJA 1KAYA 1U49A 4B9UA 3VEXA 3SI6A 2E6MA 2OTJN 3VMFB 3D6RA 1T05A 3GL1A 1WBDA 3QIOA 3K5NA 4I7FA 2ZQBA 4V19S 1SUQA 1WSHA 4KHPK 4FWLA 4JI0K 4C8LA 4OKEA 4AHUA 3V1QA 4KH6A 3NVMA 2I7PA 4PUOA 4FSVA 1B9DA 5MLCQ 1R59O 4B9QA 3OYLA 4DV4K 1VSMA 2QWQA 3OYNA 1VQPN 3VPZA 3KD1E 1ZBSA 1UOCA 4AILC 2Q97A 3EE9A 3MN7A 4PKIA 3HPGA 4BC3A 1NG9A 4RW6A 1IG9A 3HL8A 1U2VB 4NB4A 4CF2A 1SQKA 3F5TA 1GLFO 5CZ2A 1WOQA 3PX4A 4LY7A 4DUYK 3QERA 4JKEA 4L3QA 4DG1A 4GMJB 4CHPA 2WFBA 3H45C 1U2VA 2D0PA 3VTIA 1Q9YA 5LMNK 3WNHA 2B4JA 3OYFA 4NCGA 1U47A 3ID6A 3OYHA 3ISNC 2IC3A 3VF2A 3ZT0A 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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