3VQPA

Hiv-1 in core domain in complex with 2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-ylmethanol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
141
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 50
structure length 141
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqpA00
1BCOA 1WSIA 3KKSA 1QSSA 2KZMA 3EZ5A 4DLGA 4DFPA 3OS1A 4LH5A 2G8FA 3RWUA 1HYSA 2HNDA 4QCLA 1D9DA 2NUBA 5KTQA 1JKHA 4O55A 3ZCMA 1TL3A 3NGYA 3IS9A 4BACA 4DU3A 4KAZA 4AHCA 3F9KA 3OYAA 2YNHA 4CHOA 4JRQA 2HVHA 3DLRA 3V9ZA 3DYAA 1ZBUA 4N41A 3KLEA 4DU1A 4OLAA 5CZ1A 3NGIA 2YKNA 1FXXA 1S1UA 3C6TA 4H4MA 2XO7A 3SYZA 4DTMA 1U4BA 3TAMA 5FRNA 3TAGA 1K6YA 3PV8A 3LPUA 1YTAA 1ZBHA 4Z4IA 1NOZA 1ASWA 2B6AA 3VN5A 4B8CA 3NE6A 3CQ8A 1BGXT 3ULDA 1U48A 4E0DA 1TV6A 1NKEA 2RPIA 4N47A 1VSKA 3HJFA 2AJQA 3KLGA 4DFMA 1QHTA 5J2QA 2DFFA 3M8SA 2VG5A 1J53A 1EXQA 3KLFA 4DTRA 3IAYA 3H08A 1J5OA 3LZJA 2O4GA 1ZBFA 2X6SA 2DFHA 4DMNA 4FLXA 2G8VA 1C1BA 3KKRA 3LP2A 2RF2A 4W5OA 3DLGA 3VQ8A 2Y1JA 2HW3A 2R7YA 1RDCA 3QEVA 4KTQA 4FJKA 4CGJA 2KW4A 3TI0A 4DQSA 2HNYA 3QNNA 1A5WA 2YNFA 1QTMA 1T03A 3SPZA 2IS3A 4F2RA 3THVA 4OLBA 1NJWA 4FZZA 3AVJA 1JXEA 4GW6A 3PO5A 4DSLA 4E7IA 4CEAA 3KIOA 3K5LA 2FC0A 4L8RB 1TAUA 1JLEA 1RT5A 3DM2A 3KJVA 2A1RA 3U3GA 1IKWA 1CZBA 3LP0A 4EZ9A 3ZSVA 1N6QA 3SQ2A 1RT3A 4HVJA 3NF7A 3OVNA 1JXBA 4YNQA 1IH7A 3OYHA 3RTVA 4CJ4A 1RTDA 4DSKA 4FJIA 3I0SA 4FK0A 4DFKA 1IKXA 1WNSA 4CERA 1Q8IA 4H4OA 3ZSZA 4CJTA 1HJRA 4PQUA 4JS4A 3RRHA 1NK0A 2P1JA 3V9WA 1HNIA 4HUEA 3QEXA 2BDPA 2P5GA 4W5RA 4OVLA 1XC9A 3DOLA 4ZTFA 4W5TA 5KRTA 1I3AA 4NCBA 5J2MA 3DLHA 2G8HA 4E19A 4O0JA 4CJEA 2IGIA 4CJ3A 3OYJA 4BE0A 1WSFA 4CJRA 3B6PA 4ID1A 3OYMA 1RDBA 5DMRA 4CGGA 3AO4A 1RT4A 4DQQA 1U45A 1REVA 4FK4A 4Z4EA 3C95A 5J2NA 4KB1A 3HYFA 4MQ3A 4AILC 3LAMA 1C1AA 3LP3A 4CFDA 3DRSA 1VSEA 3LWLA 1RDDA 1RTJA 2VWJA 3NF6A 3JSMA 2B4JA 2KQ2A 1VSLA 4RW8A 3O4NA 3TAFA 4FJHA 3LZIA 4M3WA 3PO4A 3AA2A 1TK0A 4FJGA 3SI6A 3DRRA 1I39A 3VQ5A 4LSNA 2DY4A 1RTHA 2BANA 1QE1A 3L3UA 3MEGA 1KVAA 1XWLA 1YVUA 4KHUA 3AVCA 3AA4A 3ZT0A 2QK9A 1S1XA 4RW7A 3KLHA 3KK2A 1NJZA 4KV8A 1Y97A 2XY6A 5K14A 1TKDA 2PYJA 1U49A 1TKXA 4ELTA 1QQCA 3QEIA 4I9QA 3S3MA 1HQEA 4FW2A 4CIGA 3V6DA 3D45A 5FRMA 3NDKA 5J2PA 2QKKA 1KCFA 1TVRA 3AA5X 4CEBA 4CHPA 2HVIA 1KVCA 1TKTA 4QAGA 3L2UA 3ASMA 3L2VA 2XRIA 3DOKA 1C0UA 2G8UA 4KHYA 2DTUA 1T7PA 4W5QA 4FW1A 1RTIA 2RKIA 2D0CA 4I2PA 4C8NA 4CF0A 5C25A 4E89A 1MU2A 4AH9A 3KTQA 3SQ4A 4C8OA 3QETA 1SKWA 4OKEA 1FK9A 4DF8A 4K8ZA 1ASVA 3G10A 3ZSQA 3V4IA 2KFNA 3NBPA 1A5VA 3ZT4A 2P5OA 4RW6A 4FLZA 1BI4B 3DMJA 4CEEA 3HT3A 3SNNA 4C8MA 2PY5A 4Y1DA 2ZQBA 3KLIA 4E1NA 1SL2A 4LH4A 1YT3A 2Z1GA 2HB5A 1KLMA 4DWIA 3VQPA 1S9EA 2YHAA 3SUPA 4CHYA 1BIZA 4F2SA 4CEQA 3V9SA 1A5XA 3E01A 3SJJA 3K5NA 3HSTB 3RR8A 4FJXA 1RBUA 1S9GA 3LAKA 3PX6A 1NK6A 1L3VA 4DSJA 1HYZA 2HHWA 3ZSYA 1ITGA 1J9AA 3AVGA 1BQNA 1D9FA 3CM6A 2FBTA 4CF1A 4CECA 2QXFA 4DTUA 1NK7A 4DTPA 4FJ8A 2E6LA 1ZYQA 1G15A 4N76A 3D0PA 3TAQA 4KKOA 3V1OA 1WAJA 1QSLA 4CJ5A 4G1QA 3LP1A 4KHWA 1VSIA 1ASUA 3KK1A 3AVBA 3P5JA 2Z1JA 4FJLA 1S1WA 2WONA 3AO2A 4IDKA 4FLTA 4F3TA 3K5OA 4B9LA 4JLHA 1UA1A 3V81A 3MAQA 4B9VA 4Z4HA 4DQPA 2ITGA 4DSIA 4CJWA 3OJUA 1Q9XA 4B08A 5J1EA 3T1AA 2YV0X 4M3XA 1XHXA 4FJ5A 4EP5A 2HNZA 3EY1A 2E4LA 4LY7A 1EX4A 3S3NA 4KRFA 2LSNA 4B9MA 2IOCA 3ZSWA 1EKEA 1VSDA 4DSFA 4E3SA 3MECA 3AO5A 3HM9A 1WSEA 4WE1A 1YTUA 4DTJA 3SUOA 2EX3A 3O3FA 1NJYA 3AO1A 1D8YA 3VQBA 5HRNA 1SUQA 2D5RA 4F4KA 4J2DA 4CJKA 1WSHA 3AV9A 3NFAA 3AVKA 4O4GA 3VQ4A 3RMDA 1IO2A 3K58A 1CXQA 4DTOA 1CXUA 4RW4A 1KSPA 4FLUA 2PYLA 2IC3A 1LWEA 4KTWA 3K5MA 1VSJA 3NAEA 4B8AB 3SQ1A 1NKCA 4AHRA 1BL3A 3K59A 4CFBA 1RT1A 4M3RA 3MEEA 3EYZA 2IAJA 3V9XA 4CIEA 2OZMA 3NCIA 4Z4FA 1JLAA 4AHSA 2FBYA 4AHTA 3QNOA 4E7LA 2KTQA 3M8QA 3HP6A 5KGWA 4KREA 4DG1A 3K2PA 3V1RA 4FLVA 2X78A 4ID5A 1X1PA 3JYTA 4I9LA 2F96A 3AVLA 4N5SA 3L2WA 4NCGA 3M8PA 2D0AA 1BISA 4AHVA 2A1SA 3ZSRA 4KHQA 2XY7A 4DSEA 4CK1A 1RBRA 1S5JA 3U3YA 4HCBA 2Z1IA 4FJNA 1L3SA 3RMAA 2F8SA 1L5UA 4KHSA 1NOYA 1JL2A 4CF8A 3L2RA 3B6OA 3OYLA 4KPYA 1XI1A 3OYDA 3VQQA 1VK0A 4DU4A 4EP4A 1U47A 4BE1A 2HHVA 1JLBA 3BDPA 5CYMA 4CEOA 3NH1A 2VWKA 3WNFA 2HMIA 4KB0A 3ISNC 1JLGA 3ZSXA 1B92A 4YFUA 4CGIA 3WNHA 1JL1A 2P51A 1DLOA 1LW2A 3P83D 4DS5A 4HCCA 1IKVA 3TAEA 2VG7A 1BHLA 2EHGA 3PY8A 2HHSA 4C8LA 2E6MA 3ZT3A 4CHNA 1KFSA 4KI4A 4HUFA 4FK2A 1KTQA 1C0MA 4IBNA 3QESA 4O5BA 3KD5E 2X74A 4M3YA 3O3GA 3K57A 1HMVA 2FBVA 3KD1E 2D0BA 1JLCA 1EP4A 1Z26A 4GVMA 3IRXA 4FXDA 1HQUA 1S1TA 3T19A 3DLKA 4CJQA 3OY9A 3SCXA 3S9HA 3DRPA 4BWMA 1LAWA 1ZBLA 4FJ9A 5HRSA 4LSLA 4CHQA 4AHUA 3FFIA 4DF4A 4KI6A 3L3VA 1KVBA 4EZ6A 4NCAA 2VG6A 3LWMA 3I8DA 1C0TA 1GOAA 3PX4A 3CFPA 2YHBA 2BGGA 3A2FA 3AVHA 4IG3A 5DK5A 4CF2A 3MXJA 3VQAA 1KRPA 4OGCA 4RW9A 4KHNA 4Z4GA 3OYFA 1FKOA 3V1QA 5JS1A 1X9WA 4M41A 2HHQA 2FBXA 4FM2A 2ZD1A 4IFYA 1RDAA 3HVTA 4M45A 4PA1A 4KTZA 1HPZA 5E41A 4NYNA 1NK8A 1IG9A 4FYDA 3DLEA 3QLHA 4CEDA 4CESA 1UOCA 1CZ9A 1J54A 3QEPA 1NJXA 3OJSA 1GOBA 1VRUA 1O1WA 3LPTA 5KI6A 5T7BA 3OS0A 3CFOA 1LW0A 1RT7A 3KK3A 3CFRA 3VQDA 5C24A 4J2EA 1RBTA 3OYCA 5HROA 4JRPA 1QSYA 1VSHA 5JS2A 4F3OA 3AVIA 3CM5A 1R0AA 1SV5A 2XY8A 4Z4CA 5CZ2A 4QOZB 1HRHA 5FROA 3L8BA 1ZBIA 2OPRA 2Q3SA 3AO3A 3VA3A 2OPSA 3AA3A 3RMBA 4OGEA 3NGZA 4K8XA 4Y1CA 2GUIA 4BDPA 2RN2A 3OYNA 3SPYA 5HP1A 3TANA 2ATQA 4NYFA 4IG0A 1T05A 3SV3A 3G0ZA 2Y1IA 4FCYA 1NK4A 1L3UA 1TGOA 1WAFA 4JS5A 1DTTA 2WOMA 1D5AA 4FZYA 1T8EA 1HYVA 5HLFA 4OKKA 1KFDA 1SL0A 1C1CA 4B3OA 4FJ7A 3HK2A 2OA8A 3VQEA 4C8KA 3SUQA 3AVAA 4PUOA 1F21A 4E7JA 2QKBA 4DLEA 1WN7A 4E1MA 1TL1A 3OYBA 2PZSA 4E7KA 3IG1A 4BWJA 3OYIA 3TABA 3ZT2A 1BQMA 1TK8A 1DTQA 3AVMA 2G8IA 5HBMA 3HP9A 4M3UA 1RBSA 3L2QA 5EU7A 3TR8A 1VRTA 3WNGA 4HTUA 4ZHRA 1LWFA 2G8KA 1X9MA 4J2AA 2OPPA 5C42A 2BE2A 4RG8A 3HVRA 4ZTJA 1U04A 3VQ9A 5HRPA 4PY5A 4FLWA 4DTNA 3PX0A 1BCMA 1S6QA 3AVFA 3QO9A 4IFVA 3O4QA 4O0IA 3VQCA 3ITHA 4B9UA 4BE2A 3S3OA 1RBVA 4DQRA 2OZSA 3HO1A 4CJFA 1S6PA 3OS2A 3OYKA 3QERA 3VQ7A 4CJVA 4GMJB 3QIOA 4FJMA 3NF8A 3PUFA 3WNEA 4DS4A 4UQGA 4PWDA 1UA0A 4FLYA 3HPHA 3O3HA 2GV9A 4CJPA 1SL1A 2YKMA 4CEFA 3LDSA 1NK9A 4CCHA 1BI4A 4DFJA 1LV5A 2KFZA 3SQ0A 1B9DA 1RNHA 1UAXA 3C94A 4OPJA 1X9SA 3VQ6A 2F8TA 2HHTA 4BDYA 3P1GA 1EETA 4CJUA 4CGHA 1BIUA 1Q9YA 4XIUA 2OYQA 5CYQA 3NF9A 1WSGA 3C6UA 3HL8A 1HNVA 4LD0A 3HPOA 3CYMA 4CFAA 4HHTA 4CJLA 1VSFA 3OYEA 3TWHA 4KO0A 4R5PA 5KGXA 2KZZA 4I7FA 1IKYA 2Z1HA 1TKZA 1W9HA 4Q5VA 5CY4A 4CGFA 1GOCA 4ELVA 3RMCA 3DI6A 4CK2A 3V9UA 1NKBA 4MFBA 1CLQA 2JGUA 4H8KA 4CIFA 4Q0BA 5D3GA 2XHBA 4FM1A 5SZTA 4B9NA 1LAVA 1LWCA 1S1VA 4DTSA 1JLQA 4CF9A 2G8WA 4KFBA 3QIPA 2HHXA 5I42A 3MEDA 5HRRA 4CGDA 3NHGA 3T3FA 4M3ZA 3QINA 4M42A 2YNIA 1B9FA 1JLFA 2I5JA 3QEWA 4FZXC 4ICLA 4B9SA 4OPKA 4CJSA 2ZE2A 4Z0UA 3ALYA 1FKPA 3LANA 1RCHA 3RR7A 1RT2A 1RT6A 4DQIA 4OJRA 3OYGA 4CHZA 3VA0A 3MXIA 4FVMA 1SKSA 2YNGA 4HUGA 2O4IA 3TAPA 1NK5A 4W5NA 3ZT1A 5KRSA 1RILA 3NH0A 4F8RA 1XHZA 2JLEA 3HPGA 3BGRA 3U6FA 2XY5A 4IKFA 2GBZA 4DTXA 3RRGA 3AVNA 4N56A 2IDOA 4CE9A 3SZ2A 3SUNA 4CFCA 1W0HA 2X6NA 3M8RA 4TSXA 1KLNA 4CK3A 1TAQA 4BDZA 4B9TA 1N5YA 2DFEA 3HXMA 1WSJA 3F73A 1TK5A 4FM0A 2OPQA 3SV4A 4J2BA 2W42A 1SKRA 4ELUA 4FJJA 3ZSOA 1C6VA 1UWBA 3CG7A 1L3TA 4CEZA 5FDLA 4E7HA 3NH2A 3UIQA 1QS4A 3DLBA 1WLJA 4I2QA 4M3TA 1VSMA 3I0RA 5SWMA 3MXMA 2HHUA 4O44A 3LALA 1Z25A 2ETJA 5I3UA 2B5JA 3TARA 4OKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSIA 3CCLN 5AQNA 2KZMA 4DLGA 2G8FA 3RWUA 1HYSA 4X65K 3BF3A 5KTQA 1JKHA 4BACA 4KAZA 1TL3A 2QWOA 4U7BA 3OYAA 4CHOA 2W6KA 3FZMA 1MDUB 1ZBUA 2ITMA 4N41A 3THYB 5MLCQ 2XO7A 1YUWA 5AQPA 1K6YA 3PV8A 3LPUA 2ZJPL 2HSTA 4A2AA 3ZEUA 1NOZA 2B6AA 3CQ8A 1BGXT 3TSUA 1U48A 4CD1A 3CJCA 4DR3K 2VG5A 1EXQA 4AM7A 4IO9L 3J7YP 1J5OA 2G8VA 1O13A 2ASOA 2QWQA 2RF2A 5BPLA 2HW3A 4A62A 3CCVN 1XQSC 3SPZA 2IS3A 3U9DA 3H45C 1IG8A 1NGIA 2A5XA 3E66A 4BC4A 4EIAA 4IZ9A 1YXQA 3R9PA 3AARA 3OTOK 1RT5A 3KJVA 3C65A 3U3GA 1IKWA 5JLHA 4E1JA 3ZSVA 3OYHA 4YNQA 3VEVA 4CJ4A 4DSKA 4FK0A 4DFKA 1IKXA 1HJRA 5AQLA 2P1JA 1J6ZA 1HNIA 4HUEA 2BDPA 4OVLA 2HBJA 1VQ4N 1EO1A 4NCBA 5J2MA 3BZKA 1QVGM 2NNWA 4ID1A 4CJRA 4DQQA 4NO7A 1RT4A 4CVNE 3C95A 5J2NA 4JHDB 4MQ3A 4AILC 4IWVA 3LDLA 1DT9A 2FXUA 3VEZA 2QM1A 5C2FA 1RTJA 2ZWHA 4KH6A 1QQOA 4YOYA 4RW8A 4M3WA 3PO4A 3AA2A 3JS6A 5TKWA 3QBXA 3MN5A 2ZGZA 3LDPA 5AQYA 3L3UA 3AA4A 3ZT0A 2QK9A 2VQEK 1TKDA 3QEIA 3S3MA 5FRMA 3NDKA 3AA5X 1C0UA 2G8UA 3MN9A 1ILYA 5CR4A 4IFEA 1RTIA 4H5VA 2D0CA 3OBYA 4CF0A 2CH6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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