3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
3WNFA 4H8KA 3V9ZA 4TSXA 4CIEA 2GUIA 1YTUA 3SV4A 3LWLA 4CJSA 4CJUA 5C25A 4WE1A 4DTPA 3BDPA 3RR7A 3KLFA 4UQGA 3OVNA 1J9AA 2X6NA 1RTIA 1TKXA 3AVKA 1BHLA 3DLRA 3KD1E 3HPGA 3AA5X 1ZYQA 4FCYA 2EHGA 4FXDA 3VQ5A 1YTAA 3P83D 1J54A 1B92A 3NGIA 1VSKA 5CYQA 2YV0X 3HPOA 4OGCA 3P1GA 5J2MA 1C6VA 4B8CA 1FKOA 1DLOA 1TVRA 4M3XA 1QSSA 3AO4A 4H4OA 4E3SA 1TKTA 2RF2A 4CF2A 5SWMA 5T7BA 4FLZA 1KRPA 3VA0A 3DM2A 1CZ9A 4KREA 4KTQA 4FJJA 1TL3A 2XY7A 3OYNA 2E6LA 3AVAA 3TAFA 3DRPA 4AHUA 3C6TA 2Z1JA 4KKOA 3OYAA 4N41A 4NCAA 3IS9A 3TABA 1XWLA 4IFYA 1CXUA 4HUGA 5DMRA 3TAQA 1SKWA 1JLQA 2O4GA 4CF0A 2IS3A 3TWHA 3SCXA 1NJZA 1JXEA 3FFIA 3NBPA 1TK0A 4CJEA 4KHYA 4FYDA 1QSLA 1EKEA 4FJMA 2B5JA 5FROA 4AILC 3D45A 3OYEA 5HRNA 1HMVA 3MEDA 3QINA 4CJ3A 3S3NA 4E19A 1RDDA 2RKIA 1JLAA 1XHZA 3NF9A 1U49A 3SQ4A 4CCHA 4DFPA 3IRXA 1BIUA 2VWKA 4MQ3A 4CK2A 2YHBA 2D0CA 2IDOA 1KCFA 4R5PA 1ASWA 1HNVA 4DTMA 3V81A 3RRHA 3SPYA 1U04A 2YNFA 4H4MA 1ZBUA 1WSIA 4M45A 4CESA 4OPJA 1RTHA 2W42A 4KHQA 2OYQA 4Y1CA 1VRTA 3QIOA 3K59A 3NDKA 3LZJA 1TGOA 2IOCA 4N76A 3U3GA 1X9MA 3IAYA 5D3GA 5KGXA 3LP1A 4Q5VA 1ZBHA 3F9KA 4ID1A 4OJRA 4FM1A 4CJ5A 1QS4A 3L3UA 4CGFA 3HJFA 3OYLA 2OA8A 3CYMA 2P5GA 3OJUA 4AHRA 3DLBA 1NK7A 3DOKA 4ZHRA 1U48A 4IG0A 3VQPA 4FW2A 1XC9A 3QEVA 4OLAA 3AVFA 1HYVA 4KAZA 2FBTA 4CEFA 3OYJA 3S9HA 2XY6A 1Q9YA 3OYIA 4CGJA 2DFFA 4IBNA 4Z4HA 2Y1IA 4CHZA 5HROA 2OZSA 1NK9A 4DF4A 2I5JA 2OPRA 2XRIA 2PYJA 5E41A 4HUFA 1NKCA 2OPQA 2HMIA 1CLQA 1RBSA 3ZT4A 5KGWA 3NAEA 4YNQA 3MEGA 4C8LA 1X1PA 1TV6A 3EY1A 3CFRA 4CERA 4DLEA 1NJXA 4KHWA 3CQ8A 4BWMA 3ISNC 3AA2A 2HHTA 4FK0A 4Z4EA 1RILA 2X78A 1KVCA 3AVMA 3OY9A 4ID5A 3OJSA 3EYZA 2XY5A 4ZTJA 3CFPA 3V9XA 4DQSA 1X9WA 3RMAA 3DRSA 4E1NA 4W5NA 1S1UA 3LP2A 1FXXA 1ASUA 3JSMA 3UIQA 4DLGA 4RW8A 4CF9A 1RDAA 2B4JA 4FLWA 2ATQA 3QEPA 2Q3SA 4Q0BA 1HPZA 4G1QA 1JLFA 1HJRA 3VQ4A 3LALA 4FJGA 1KFSA 1RCHA 4FJKA 4FM2A 3AO1A 2FBVA 4ZTFA 2D0AA 1EP4A 2P1JA 3RTVA 2KFZA 3C95A 4F2SA 4DWIA 4FJXA 1NKEA 4OKEA 5DK5A 4FJLA 4DF8A 1BGXT 3SZ2A 1UA0A 4KI6A 3I0SA 1S1WA 2B6AA 4I7FA 1JKHA 3ZSWA 4CJ4A 1C0MA 4KRFA 4L8RB 2JLEA 1TAQA 1WN7A 4B3OA 1RBUA 2YHAA 3ZSOA 4N56A 3MXMA 4J2BA 2QK9A 4I9LA 3HK2A 1GOCA 4BE1A 2D5RA 3K5OA 3MECA 1QHTA 3OYFA 3K5MA 4KHNA 3U6FA 1ITGA 4CFCA 2P5OA 1VRUA 4NYFA 1CXQA 4DSLA 4F3OA 3TAMA 4OVLA 3ZSXA 4DTUA 1HYZA 3AO5A 3ZSYA 3HT3A 3KKSA 3HVTA 4KHSA 4DTNA 2KTQA 3V9WA 2X74A 1BISA 4FJIA 3OYBA 1UA1A 3D0PA 5KRSA 3ZT0A 2G8KA 5HLFA 4AHTA 3LPTA 3IG1A 4DS4A 3OS0A 4BDZA 4HUEA 3QNOA 3QNNA 4O0IA 3LWMA 2Y1JA 4GW6A 3V9SA 1ASVA 1QSYA 1CZBA 4E7HA 4CGIA 3ZSZA 4O44A 1YVUA 5C42A 3SUPA 2F96A 4LH5A 2YNIA 4J2AA 1JL1A 2DFHA 4W5RA 4I2QA 3NF8A 3L2RA 3HM9A 4CJWA 4KB0A 4DQPA 5FRMA 5I3UA 2EX3A 1D8YA 4CHOA 3NH1A 1B9FA 4CHYA 4B9MA 3VQ8A 3ZT3A 1IO2A 3DRRA 2P51A 4IKFA 2X6SA 4AH9A 3KJVA 1VSMA 2Z1HA 2O4IA 2HHUA 3CFOA 3DLKA 4CF1A 3ZSQA 4E7KA 5JS2A 4RW9A 3M8RA 1DTQA 1QE1A 1RT7A 1NK0A 3NH2A 4FLUA 2QKBA 1HNIA 5HRRA 2F8TA 5KRTA 3VQDA 3NHGA 4OLBA 3AO2A 4DTJA 3WNHA 3OYHA 2KW4A 3SI6A 3ASMA 2HNDA 1WAFA 5CY4A 1U45A 4CEEA 2G8HA 1ZBIA 4NCGA 1IKYA 3KTQA 4BE0A 2BGGA 1REVA 1SUQA 4DSIA 4CEQA 2HHQA 3QESA 1BQNA 3LAKA 4FLYA 1LAWA 1VSHA 3PY8A 3PUFA 2HNYA 4C8MA 3B6OA 4KV8A 1L5UA 1RBTA 4CJTA 1S6PA 4DMNA 3KD5E 3VQ7A 4CJPA 2GV9A 4HHTA 4AHVA 1VSEA 3U3YA 1T05A 2G8FA 4FJHA 3L3VA 3O4QA 3AVBA 3K5LA 1T03A 5FRNA 3DLHA 1NKBA 3CM5A 1SL0A 4KO0A 3T19A 4J2EA 1KVAA 1KVBA 2DY4A 4OKKA 1RT6A 4I9QA 4FK2A 1T7PA 2HHXA 3OS2A 4OKJA 3ITHA 3QETA 3WNEA 3MEEA 2HVIA 1IG9A 1S1VA 1RT3A 4E89A 1RT2A 1YT3A 4ELVA 1JLEA 1XHXA 4GVMA 4CJLA 4CIGA 3SV3A 4N47A 4M3WA 1BIZA 1BQMA 4CK1A 2F8SA 3KLIA 1IKXA 3VQEA 3E01A 4PUOA 1N6QA 4DSFA 3NE6A 4QAGA 2KZMA 4O4GA 2OPPA 3DMJA 3ALYA 3V1OA 4AHCA 1WNSA 2KFNA 4HCBA 3OYMA 2PY5A 4B9TA 2E6MA 1S9EA 4PWDA 5CZ2A 4FJ8A 1LW0A 2NUBA 3VQCA 4FM0A 1Q9XA 2G8VA 2XHBA 3VN5A 4DSEA 3TAEA 3KLGA 1A5XA 1Z25A 1TKZA 2ZQBA 4AHSA 3L2QA 4C8KA 4BACA 1IH7A 3HL8A 4W5QA 1KSPA 3VQ6A 4N5SA 2KQ2A 1FKPA 4FK4A 3P5JA 1LWFA 1RT4A 1SKSA 3I8DA 3LP3A 4KB1A 4E1MA 1UOCA 3AVNA 3V9UA 4FVMA 3SYZA 2Z1GA 2YKNA 4DFKA 1IKVA 1KTQA 1S6QA 3QLHA 2AJQA 4PY5A 3VQBA 4CGDA 3AVGA 3G10A 2A1RA 3L8BA 3O3FA 3SQ1A 4K8ZA 1DTTA 2IAJA 3OYKA 3OS1A 3ZSRA 1RTJA 4DU4A 3NCIA 3DLGA 1WAJA 3DOLA 5I42A 4B9LA 1HQUA 3SUNA 1K6YA 1QTMA 4E7JA 3DLEA 3L2WA 1O1WA 4FZXC 3NF7A 3QEWA 4CFAA 3M8SA 2BDPA 4QCLA 1RBRA 3M8PA 3SJJA 4B9VA 3T1AA 3NF6A 3PX6A 1RT5A 1VSFA 3K57A 1D9DA 4BDPA 1NOYA 1SKRA 2R7YA 4KTZA 2BANA 1VSIA 3AVHA 3HPHA 1BI4B 4O55A 3PX4A 3QERA 1WSJA 3ZT1A 2IGIA 3RR8A 4DTOA 4F8RA 4CJVA 3THVA 1C1CA 1WLJA 3C94A 1J53A 1D5AA 2G8WA 4F4KA 1LWEA 3RWUA 1EX4A 3LDSA 4CEAA 2ZE2A 1JLBA 1SL2A 4LSNA 4E0DA 2G8IA 1Q8IA 3KLHA 4CECA 4RG8A 1EETA 3SNNA 3LZIA 4BE2A 4CHPA 3HO1A 2DFEA 1W0HA 1EXQA 1KLMA 5HBMA 1QQCA 1VK0A 4FLTA 3ULDA 1SV5A 3ZCMA 3RMBA 1HQEA 5J2QA 2HW3A 4M3UA 4JRQA 1KFDA 2HHWA 1GOBA 4DTRA 2DTUA 1JL2A 3PO5A 1S9GA 2RN2A 3VQAA 4CEDA 4CF8A 4CHNA 3HVRA 2OPSA 4ELUA 4M3YA 2BE2A 4QOZB 3T3FA 1HYSA 1JXBA 4CJQA 4OPKA 1WSHA 3LAMA 1HRHA 1LAVA 1G15A 5HP1A 4BWJA 1T8EA 1J5OA 3K2PA 4M42A 4Z4CA 2FBYA 1A5VA 1JLCA 3ZSVA 3SUQA 3G0ZA 1UWBA 4FJ9A 3TARA 2LSNA 4FJNA 3SQ2A 3AVIA 4IFVA 4M3RA 2YKMA 5K14A 4CHQA 3EZ5A 2VG7A 1NJWA 2KZZA 1LWCA 1F21A 5CYMA 3S3MA 4F3TA 2RPIA 3KK1A 3DYAA 1WSFA 4CEZA 3SPZA 1C1BA 2WOMA 5EU7A 1KLNA 4FJ5A 5JS1A 1VSJA 4M3TA 4NCBA 1LV5A 4Z4FA 1RBVA 1S5JA 4GMJB 4DSKA 2XY8A 3M8QA 3A2FA 4Z0UA 3OYGA 4DQRA 3TAGA 2A1SA 4W5TA 2PYLA 1U47A 4M3ZA 1FK9A 4HCCA 2ITGA 3JYTA 5C24A 3F73A 2OZMA 1BL3A 3S3OA 4CJKA 4E7IA 3OYDA 3V6DA 3PX0A 3NH0A 4RW6A 1NK4A 1I3AA 3LPUA 2FC0A 2VG6A 2HHVA 2IC3A 3KKRA 3AO3A 4EP5A 4B9UA 1I39A 1TK8A 1X9SA 4MFBA 4O5BA 4JS4A 1XI1A 2ZD1A 3MXJA 4RW4A 4KPYA 2Z1IA 3V1RA 4DS5A 3TAPA 4CGGA 2G8UA 4CEOA 5J2PA 4CEBA 4FZZA 5SZTA 1S1XA 5CZ1A 3HYFA 5FDLA 5KI6A 3AVCA 1JLGA 4LH4A 3VA3A 3SQ0A 2D0BA 3AA3A 3QIPA 3PO4A 4DSJA 1ZBLA 3DI6A 3TR8A 3SUOA 2QXFA 2VWJA 2PZSA 1NOZA 1WSGA 3NGYA 1TAUA 1L3SA 1S1TA 4CFDA 4YFUA 2YNGA 3K5NA 1W9HA 2JGUA 4BDYA 4DU3A 4DG1A 3O3HA 4IDKA 4FJ7A 3V4IA 4B08A 4DFMA 3AV9A 4CFBA 1VSDA 4O0JA 3WNGA 5KTQA 1U4BA 3RMCA 1VSLA 3H08A 1D9FA 4DQIA 1NK8A 4C8OA 1TL1A 4JLHA 3OYCA 4JRPA 4PQUA 4ELTA 1C0UA 1TK5A 4FZYA 4DU1A 5HRSA 1WSEA 4FW1A 4DQQA 1B9DA 3NFAA 1RDBA 3RMDA 1RNHA 4NYNA 1BCOA 3KIOA 3O3GA 4LD0A 3KK2A 3B6PA 3TI0A 1LW2A 3LANA 4ICLA 4KTWA 4FLVA 4DTSA 2WONA 4IG3A 4M41A 3CM6A 4B8AB 4CK3A 3ZT2A 4CGHA 3C6UA 3BGRA 4EZ6A 1NJYA 4Y1DA 4CIFA 3MXIA 1C1AA 4JS5A 3O4NA 4LSLA 2E4LA 2FBXA 2YNHA 3VQ9A 4W5OA 3NGZA 4HTUA 4KHUA 2HHSA 5J1EA 3QO9A 3TANA 1R0AA 3V1QA 4E7LA 3K58A 1MU2A 2ETJA 4HVJA 1GOAA 3HSTB 4Z4IA 2HVHA 2HB5A 3AA4A 3AVJA 4KI4A 2QKKA 1Z26A 1BI4A 1L3TA 3HP9A 3RRGA 1BCMA 5J2NA 4PA1A 1IKWA 1L3UA 1TKDA 1UAXA 2XO7A 3HP6A 3MAQA 4FLXA 2GBZA 4CJFA 4DTXA 1N5YA 4F2RA 1C0TA 4CJRA 3CG7A 3HXMA 4K8XA 4EP4A 4C8NA 3LP0A 1RTDA 3QEIA 4XIUA 1L3VA 2HNZA 4CE9A 4RW7A 4I2PA 4KFBA 4J2DA 1SL1A 1NK6A 1Y97A 4Z4GA 3KK3A 4B9NA 3AVLA 1ZBFA 4LY7A 3PV8A 1RDCA 3QEXA 5HRPA 3L2VA 2VG5A 3L2UA 1NK5A 4EZ9A 1A5WA 1RT1A 3I0RA 4DFJA 4B9SA 4OGEA 3VQQA 3KLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNFA 4H8KA 3RSEA 3MN5A 4CIEA 2GUIA 1HKCA 3VEYA 3LWLA 4CJSA 4WE1A 4DTPA 3BDPA 5BRHA 4UQGA 3CJ7A 3E1YA 2A3ZA 1ZYQA 1VSKA 3HPOA 3P1GA 5J2MA 4B8CA 1DLOA 3AO4A 4BQZA 4CF2A 5T7BA 4FLZA 2UXDK 4FO0A 4KREA 4FJJA 4IOAL 3C7NB 1TL3A 1GLEG 3AVAA 3NMUA 4K42A 1W7AA 4BC4A 4FWNA 2Z1JA 3OTOK 4AM7A 4NCAA 1CXUA 5BREA 2GEMA 1NM1A 2Q1NA 1JLQA 3VMFB 5JMVA 3TWHA 4C1NI 3NBPA 1TK0A 4CJEA 3T69A 5BN9A 1EKEA 4EIAA 2B5JA 1YXQA 4AILC 3D45A 3MEDA 3QINA 4E19A 3CPEA 3NF9A 1BIUA 2VWKA 4MQ3A 2YHBA 4DUZK 2HBLA 4JD2A 2HMPA 4DTMA 4GV3A 3SPYA 2YNFA 1ZBUA 1WSIA 3KWGA 4CESA 1DEJA 2ASPA 3TTDA 1XMOK 4JI1K 2AA4A 3LL3A 3WEEB 1KAXA 3WQUA 3NDKA 1TGOA 3K59A 3U3GA 3LP1A 4Q5VA 4OJRA 4CJ5A 1QS4A 1NGIA 4CGFA 1U2VB 2P5GA 3F9MA 3ZETB 3DOKA 4IDHA 4MLEA 1U48A 3VQPA 4FW2A 4EHUA 4JKGA 4KAZA 2IIRA 1Q9YA 2UUAK 1WBBA 5HROA 5EY4A 2OZSA 2O8BB 2I5JA 2OPRA 2P9LB 4H5TA 5E41A 4HUFA 4B1WB 1RBSA 4LFCK 5KGWA 2NLXA 2YCHA 3NVMA 3QBXA 1JJ2M 4Z4EA 3AVMA 2V7YA 2XY5A 1U6ZA 4JK9A 1S1UA 5BPNA 3UIQA 4DLGA 3QEPA 1Q18A 1HPZA 4G1QA 2WTUA 2HBKA 3D7EO 2Q0UA 4FJKA 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 4YFU A;  1W9H A;  3O3H A;  3DXM B;  4FJ7 A;  4DFM A;  4AQY K;  4CFB A;  1VSD A;  3GG4 A;  3WNG A;  5KTQ A;  3CCR N;  1U4B A;  5M1F A;  1VSL A;  4C8O A;  4JLH A;  4ELT A;  4DQQ A;  1B9D A;  4BRP A;  1RDB A;  1BDG A;  1RNH A;  3KIO A;  4ICL A;  5ADX A;  2WON A;  4CGH A;  1BUP A;  4JS5 A;  1GLL O;  3O4N A;  1G99 A;  2YNH A;  4W5O A;  2HHS A;  5AQL A;  3K58 A;  3HRG A;  4F9O A;  4HVJ A;  4BRN A;  3FLC O;  3PSI A;  3A5M C;  4DR5 K;  3CCS N;  1YAG A;  3HP9 A;  2GWK A;  4BRK A;  3RRG A;  1BCM A;  1N34 K;  4PA1 A;  1TKD A;  3J81 O;  5LJV A;  2GBZ A;  4F2R A;  4DTX A;  4CJR A;  3F2K A;  4J8F A;  3HXM A;  3LP0 A;  3QBW A;  4JHD A;  3HSC A;  3QEI A;  4XIU A;  2F4V K;  1L3V A;  2HNZ A;  3TTF A;  2ZGY A;  4RW7 A;  5KPT A;  4YOT A;  4J2D A;  4Z4G A;  3KK3 A;  3AVL A;  1Q86 O;  1GLC G;  4FWL A;  3THY B;  1V4T A;  4H0Y B;  3L2U A;  2P9P B;  4B9S A;  3H1Q A;  3KLE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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