3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
5J2MA 4OGCA 2FBXA 1TK5A 4B9VA 1C1CA 3ISNC 3WNHA 3M8QA 3P5JA 3JYTA 3KTQA 3IAYA 3ZT4A 4DTXA 3UIQA 3PX0A 1HMVA 1FKOA 3VQ4A 4ELTA 4QOZB 5FROA 3SZ2A 2G8WA 1D5AA 1WAFA 5SWMA 1BIZA 4CEFA 3AA5X 4M3WA 1JXEA 1NK4A 4JLHA 1BCMA 1QHTA 3V9UA 4IFYA 2R7YA 1J5OA 4DU1A 3CM5A 1Q9XA 4CJEA 4F2RA 3AVIA 1NJYA 2HNYA 2YKNA 3AO2A 3NGYA 1WSGA 3QIPA 4RW8A 1C1AA 3NH1A 4LH4A 2FBYA 1ASWA 3ITHA 3OVNA 4DF4A 3SYZA 3C94A 1WSHA 1UAXA 4DSFA 3DRSA 4M45A 3AVLA 4DQRA 1KTQA 3FFIA 1EX4A 3L2VA 3O3FA 1VSHA 4KV8A 1FKPA 4RW7A 3MAQA 2HVIA 4AHCA 3OYHA 4Z0UA 4AHSA 3ZSXA 3SNNA 5HROA 1WSIA 3H08A 1TVRA 2ZE2A 4C8NA 4DS4A 4CGIA 3F9KA 3LANA 3EYZA 1S1TA 5J1EA 2QXFA 1KVAA 4F3TA 4F8RA 1XHXA 2G8FA 3V9WA 4MFBA 1A5XA 4FJ7A 3A2FA 3C95A 4FJKA 1HNIA 1LW0A 2X74A 4AH9A 4M3TA 4TSXA 4M3RA 3HPOA 1ZBLA 3SJJA 3O4NA 1ZBFA 3ZCMA 3VQCA 4CEOA 1VK0A 3G0ZA 3LAKA 1S1WA 4J2DA 1BQNA 4CGFA 3RMDA 4CJLA 3SUOA 4ICLA 4ZTJA 3ASMA 3G10A 1NOYA 4F4KA 4KAZA 1IH7A 1RBTA 2Z1GA 4CJWA 1I39A 4Y1DA 4CK2A 4DTSA 3BDPA 4FJ9A 4DU4A 1UWBA 1B9DA 1VSEA 5HRRA 3U6FA 4FLXA 2QKBA 1NKCA 4CFBA 2ITGA 3LP3A 4CFDA 3SV4A 1NJZA 5KRSA 4CFAA 1YTAA 3S3OA 4Z4IA 4DSKA 1RCHA 3MXIA 3IG1A 2HNZA 1JLQA 2RPIA 4CHPA 1YTUA 4ID5A 4C8OA 2OZSA 3CFRA 3M8SA 2Z1IA 3SUNA 1VSLA 2BANA 3AVJA 2JLEA 4B3OA 4OKEA 4DTPA 4RW6A 4ELVA 4B9UA 4FJLA 1B9FA 4IG0A 1HQEA 2JGUA 4IG3A 2QKKA 4C8MA 4E7KA 1RT4A 4CGHA 3AO3A 4GW6A 3KK1A 4IBNA 2ATQA 3S9HA 1S9GA 3SQ1A 3AVCA 1X9WA 3ZSOA 2KTQA 2WOMA 4BDPA 4E19A 2F96A 1RDDA 3NHGA 4BE2A 4PUOA 5D3GA 3HP6A 4N76A 5K14A 4EZ6A 4O4GA 3VQQA 3L3UA 3ZSYA 5HLFA 4FM2A 2Z1JA 4FYDA 3AVAA 4JRQA 4E7JA 1SKSA 1JKHA 3KKRA 4OJRA 4M41A 2OPQA 3K5OA 3VQPA 1VSIA 3OYNA 5J2PA 4B9LA 1HRHA 2D5RA 3LP1A 1S6PA 5DK5A 3VQ8A 4BDYA 1N6QA 3B6PA 3O3HA 1S1VA 2RN2A 3VQ5A 1RNHA 4H4OA 5C42A 3LDSA 3CQ8A 2ZQBA 4DQSA 1X9MA 2PYJA 4KTZA 3SPYA 4FLTA 3ZSVA 5HRNA 4CF8A 1CXUA 2ZD1A 4G1QA 2P1JA 4DQIA 4K8XA 3RMAA 2O4IA 4LH5A 3ZSZA 2HHSA 4HCCA 1TGOA 1TKDA 1T7PA 1L5UA 2G8KA 1IKYA 1U04A 3DLEA 3L3VA 3LAMA 5JS2A 3U3GA 4E89A 4C8LA 2DFHA 3DRRA 3KK3A 1KRPA 4Z4EA 1JL1A 1RBRA 2B5JA 3DLRA 1S1UA 2YV0X 4EP5A 3DMJA 1BQMA 1ZBIA 4YFUA 4FK0A 3QNNA 2B6AA 3NF8A 3L2QA 2VG5A 3MEDA 3OYGA 2P51A 3SPZA 1ZBHA 2XRIA 3QEXA 1QSYA 3PO5A 3AV9A 4B08A 4CHQA 3HVRA 3LP0A 3NCIA 4FJGA 4PWDA 1QTMA 4CJ3A 4DFKA 3RR8A 3MXJA 1R0AA 4LSNA 3K5MA 4MQ3A 3NF6A 2A1SA 1UA0A 4CF9A 3NFAA 2XY6A 1X1PA 4DMNA 5FDLA 2RKIA 2YNGA 3F73A 4EP4A 1L3TA 1RT5A 2O4GA 1SKRA 4KPYA 2AJQA 4CFCA 3TWHA 5KGWA 5C25A 1WNSA 3ZT1A 3HYFA 2IOCA 1XWLA 5T7BA 4KB0A 1NKEA 1KVBA 3LPTA 3OS1A 3V6DA 1NKBA 2RF2A 4FXDA 1N5YA 3IS9A 4JS5A 3ULDA 1ASVA 4LY7A 4CJPA 4Z4FA 3RWUA 4OLAA 1Y97A 1O1WA 5DMRA 4CJRA 3NBPA 4FLVA 4KO0A 4FZZA 1U47A 4B8CA 3C6UA 2ETJA 2KZZA 2G8VA 2KW4A 1LW2A 5HRSA 3OYLA 4CECA 2QK9A 2X6NA 3OYMA 1Q9YA 1BI4B 3NE6A 3THVA 1VRUA 4PQUA 3OYJA 2IS3A 2YNIA 3QEPA 4O55A 1KFSA 1HYVA 4RW9A 3DOKA 3WNFA 4B8AB 3NF7A 3RTVA 4OLBA 1GOCA 4I7FA 3IRXA 3D0PA 3LZJA 1CXQA 4FJIA 1VSFA 4KHYA 4KHQA 4FVMA 4Z4GA 2F8SA 3CG7A 1RT6A 3HO1A 1ZYQA 1W0HA 1WAJA 2B4JA 4FJ8A 2OPSA 4KREA 1NJWA 2FBTA 1JLBA 3HL8A 1EKEA 1JLAA 5CZ1A 4BWJA 4DS5A 5J2NA 1RT7A 4FM1A 1C1BA 4KHWA 2KQ2A 1U4BA 1ASUA 1LWEA 2G8IA 1Z26A 3K2PA 4CJ4A 1UA1A 1C0TA 3ZSQA 4FZXC 4IDKA 2HW3A 1VSDA 4DTNA 3QEVA 3HXMA 2VWKA 2HHTA 2EX3A 2DFFA 1NK9A 3KD1E 1HYZA 5CY4A 4CEBA 2D0CA 3NH0A 1LV5A 4M3XA 3DLGA 4KTQA 4DTRA 3TAMA 3B6OA 4RG8A 3OYAA 4FW2A 1RTHA 3SQ0A 4IKFA 1WSEA 3CM6A 1NK5A 5KRTA 3OYCA 3NGIA 4DLGA 1S1XA 2GBZA 5E41A 5JS1A 3S3NA 2HHQA 4YNQA 3AVHA 3OYFA 3I0SA 1L3SA 4N56A 4N41A 1LAVA 4L8RB 3HJFA 1NOZA 1RDAA 4E3SA 3JSMA 2HHXA 4LD0A 4DU3A 3M8RA 1TAQA 1U45A 3OYBA 1D9DA 1D9FA 1NK8A 2HNDA 1WN7A 3QIOA 1IKXA 2OPRA 1BCOA 2EHGA 3NDKA 3CFOA 3K5LA 3ZSWA 4CIFA 1J54A 4FLZA 1KVCA 3V81A 3BGRA 2PZSA 3KKSA 3LZIA 1SUQA 3KLIA 3V1QA 3OYIA 4AHTA 2D0BA 3QNOA 3T3FA 3TAGA 1WSJA 4CJSA 5EU7A 4ZTFA 4FJ5A 4R5PA 4BE1A 4M3UA 3VA0A 1W9HA 3DM2A 1HNVA 2XO7A 1HYSA 4CJTA 2WONA 4CF0A 1EXQA 2HMIA 3U3YA 3AVGA 3MEEA 5C24A 4Q0BA 2DY4A 4Q5VA 1C0MA 4Z4CA 3QEIA 4QAGA 1RDCA 4I2PA 3PUFA 3OYEA 3RRHA 1S9EA 3C6TA 3SQ4A 4BDZA 2YHAA 1LWCA 1U49A 1U48A 4KHUA 1TK8A 4DSJA 3TAEA 4DQQA 1T05A 4H4MA 3K57A 1Z25A 1WSFA 4DLEA 2FC0A 2VG6A 3VQDA 4AHVA 3LWMA 3E01A 4CHNA 1G15A 3L2RA 4O0JA 1NK6A 3LALA 4CHZA 3D45A 3EZ5A 2G8HA 4F2SA 4AILC 1RTJA 1I3AA 4DFPA 3M8PA 3RMBA 1TKTA 2OPPA 4CHOA 3LPUA 1KSPA 1QS4A 3AVMA 4HVJA 4CJUA 1DTQA 1J9AA 4FK2A 1RILA 3AO5A 2IDOA 3L2UA 4J2EA 3WNGA 4CGDA 1A5VA 3V9ZA 4B9MA 2HHWA 3LWLA 4W5NA 1RTIA 4JRPA 1KLMA 3KLEA 1TV6A 2YNFA 1A5WA 1RDBA 4FCYA 4W5TA 3PV8A 2Y1IA 3SI6A 2P5GA 1EETA 3PX4A 4FW1A 3QLHA 4O0IA 4FLWA 1CZ9A 3SQ2A 1JL2A 4HHTA 2E6MA 2FBVA 1RT3A 3OY9A 1EP4A 4OGEA 4F3OA 2HHVA 4E7IA 3I8DA 4Y1CA 2YKMA 5CZ2A 4CIEA 4CJKA 4E7LA 3KD5E 4EZ9A 1GOAA 3L2WA 1YT3A 3OJSA 1WLJA 2A1RA 2PY5A 1L3UA 3TAQA 1D8YA 4DSIA 5CYMA 1HJRA 3HK2A 3DOLA 4CEZA 1GOBA 3VN5A 1J53A 1KCFA 5KI6A 5I42A 1UOCA 4QCLA 1TAUA 1BI4A 1HQUA 3TI0A 2GUIA 4CEDA 2YNHA 2G8UA 4CEEA 4DTOA 1VRTA 4OKKA 3SCXA 4WE1A 4KFBA 1S6QA 4CE9A 2XHBA 3QESA 4DTJA 4DF8A 2XY7A 4W5QA 1JLGA 4CEQA 3O4QA 4KTWA 3RR7A 2GV9A 3P83D 4KHNA 1C6VA 1NK7A 3DLBA 4FJNA 3VQ7A 1RBUA 2XY5A 4NCBA 3HSTB 3VQ9A 3ALYA 3ZSRA 1SL2A 1XI1A 4CK3A 1ZBUA 3MXMA 2HHUA 4HUEA 4XIUA 5HBMA 1TKXA 3SV3A 4CESA 3AA4A 2VWJA 4E7HA 1LWFA 4CJFA 3QO9A 1Q8IA 4BWMA 4I9QA 2KFZA 3TANA 4CF2A 3PY8A 4PY5A 1X9SA 4OVLA 2Z1HA 4AHUA 1BISA 1CLQA 3KIOA 3V9XA 3VA3A 4DSLA 3K59A 1RT2A 4K8ZA 4CIGA 4CK1A 1BHLA 1QQCA 3TARA 3K5NA 4N5SA 4OPJA 4CCHA 3OYDA 4J2AA 4OKJA 4PA1A 3O3GA 3PX6A 3DLHA 4I9LA 3K58A 2E6LA 4W5RA 4FLYA 3SUPA 4CJQA 4I2QA 1IG9A 1NJXA 2F8TA 1KFDA 4FJMA 4B9NA 1RT1A 1LAWA 1FXXA 4FK4A 3ZT0A 5HRPA 4E1NA 1NK0A 1YVUA 3ZT2A 4CGJA 4BACA 4DTMA 2BDPA 3MEGA 2BGGA 3DI6A 3PO4A 1BIUA 1RBSA 1TL1A 2Y1JA 1HPZA 3LP2A 3P1GA 5CYQA 4UQGA 4IFVA 4B9TA 4KB1A 3V1RA 3WNEA 3I0RA 3S3MA 4CJVA 3QETA 3HPHA 1VSKA 3CFPA 1IO2A 4DG1A 3VQ6A 5SZTA 3NGZA 3V9SA 3DYAA 3AA2A 1JLCA 1VSMA 4FJHA 1CZBA 5I3UA 2OYQA 4E0DA 3RMCA 4OPKA 1SKWA 4HCBA 1TL3A 2I5JA 4GVMA 3HVTA 4KHSA 1T03A 4W5OA 4DTUA 4H8KA 1RTDA 2X78A 4Z4HA 4FZYA 1DLOA 5KTQA 3AVFA 3OJUA 4HUGA 4KI6A 3TAPA 2XY8A 4ZHRA 2IGIA 3KJVA 4NCGA 3DLKA 4B9SA 4ELUA 2IC3A 2YHBA 3VQBA 4CGGA 2OZMA 2KZMA 2VG7A 4CJ5A 3HPGA 4RW4A 3ZT3A 2KFNA 1K6YA 3KLGA 1XHZA 3L8BA 1IKWA 3QINA 3AVKA 2LSNA 1SL1A 1MU2A 2E4LA 5FRNA 3OS2A 3V4IA 2DFEA 4ID1A 4DFMA 3KK2A 3HM9A 2X6SA 5KGXA 1TK0A 1S5JA 4HTUA 2PYLA 4C8KA 3T1AA 4O5BA 3AVBA 4NYNA 3VQEA 4FLUA 3KLHA 1VSJA 3HP9A 2DTUA 4FJXA 4CERA 4NCAA 1IKVA 3V1OA 4E1MA 1C0UA 2P5OA 4CHYA 4BE0A 5HP1A 3EY1A 1SV5A 1BL3A 3TABA 3TAFA 2Q3SA 3RRGA 4AHRA 3AO4A 5FRMA 3QERA 4J2BA 1FK9A 1JLFA 1F21A 1SL0A 2BE2A 1ITGA 1B92A 3NF9A 3OYKA 1T8EA 5J2QA 3SUQA 4M42A 3NH2A 3VQAA 3MECA 1KLNA 2HVHA 2D0AA 4NYFA 3NAEA 1QSSA 4DWIA 4KRFA 1XC9A 4DFJA 4M3ZA 4JS4A 4CEAA 1QSLA 4DSEA 2NUBA 4FJJA 4KKOA 4KI4A 3AA3A 1RBVA 3T19A 2W42A 3DRPA 2IAJA 4HUFA 1L3VA 3HT3A 1JXBA 1QE1A 4O44A 4N47A 1DTTA 3KLFA 3AVNA 4DQPA 4CF1A 2OA8A 3QEWA 3TR8A 4GMJB 3OS0A 4M3YA 1JLEA 4FM0A 1REVA 2HB5A 3CYMA 4LSLA 1TKZA 3AO1A 1BGXT
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK5A 2P9NA 4IO8A 5JLFA 2D0OA 3KTQA 4HTLA 3ZT4A 2V7YA 1ATSA 3THWB 5FROA 2YX6A 3MN6A 1BIZA 4CEFA 5AZJA 4M3WA 4JLHA 1J5OA 2R7YA 4F9OA 1E4GT 1LOTB 3AO2A 4DV5K 3NH1A 2P9UA 4LH4A 4DF4A 1WSHA 1UAXA 4H5NA 4V19S 3I33A 1T44A 1RDUA 1VSHA 1YAGA 2QM1A 3MAQA 2HVIA 3AGKA 3OYHA 1WSIA 3ULEB 2VGNA 4CGIA 1IJJA 3F9KA 3EYZA 3MN7A 4NXNK 1KVAA 1YITN 3NVKA 1XHXA 4H5VA 2G8FA 1HNIA 1ATRA 2V52B 4M3RA 2ZJQL 3O4NA 3VQCA 1VK0A 4J2DA 1BQNA 4H0VB 4CJWA 1I39A 5A2QO 3DXKA 3H46O 2AP1A 5ADXH 3U6FA 4FLXA 5F1XA 1NKCA 1WBBA 2JWKA 4CFDA 1NGCA 2FSJA 5KRSA 4Z4IA 4DSKA 3CCMN 1RCHA 4YY3K 3TSQA 5C12A 3C7NA 5M1NA 4ILGB 3AVJA 5LMNK 3VGMA 2D0PA 5KQDA 4IG0A 4CBUA 4E7KA 1VQ4N 3QBWA 3U4LA 3AO3A 4CGHA 1QZ6A 3S9HA 1NGDA 1S9GA 3SQ1A 3CQXA 2KTQA 5KQ8A 5K14A 2GTDA 1CZAN 4NO7A 5HLFA 4OPHA 3BUZB 3AVAA 5H1SQ 1JKHA 2OPQA 3IFRA 3K5OA 1HRHA 3LP1A 3VQ8A 5EVZA 1RNHA 2ZQBA 4BGAA 2PYJA 4KTZA 4FLTA 5HRNA 1NU0A 4G9ZA 5AQWA 4G1QA 5B8HA 4HCCA 1TGOA 1T7PA 4JNEA 3DLEA 3L3VA 1RBRA 5FPEA 1BQMA 1ZBIA 4BG9A 1VQON 3QEXA 1QSYA 4B08A 3LP0A 1QQOA 3IUCA 4PWDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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