3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS3 (83-89)O1 (91-93)TI2 (78-81)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)3H1 (119-121)S4 (112-115)TI3 (79-82)S2 (71-78)AH2 (124-133)S5 (136-139)TII1 (138-141)AH1 (94-106)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
3LP3A 4H4MA 1TL1A 3RMCA 1WAJA 3SZ2A 3NGYA 1X9SA 2HHSA 4CJEA 3KK2A 1Q8IA 1GOAA 2FBYA 2HHVA 4LD0A 4FW2A 2X78A 4CF8A 3L2RA 4FZXC 3ALYA 2FC0A 3VQDA 3DLKA 4W5TA 3AVMA 1WSHA 3RWUA 4LSLA 4ICLA 3L2UA 1SKRA 1A5XA 4NCGA 5CYQA 4DWIA 3QESA 3U3GA 1RCHA 2XY6A 1S1VA 3TAFA 3K5NA 3F9KA 3QO9A 3V1QA 1IG9A 2WOMA 4CFDA 1D8YA 3NGZA 3ZSQA 1WSGA 1UA0A 3NHGA 1KLNA 3LDSA 4N41A 5J2NA 1KCFA 1LWFA 3KD1E 3SUQA 1X1PA 3DLEA 3OS0A 3AO4A 4HCBA 3DRSA 4IG3A 2ZE2A 3QERA 4DTPA 2EHGA 2QXFA 1X9WA 4CCHA 3OYBA 2G8IA 3AO3A 3AV9A 4KTWA 3KLFA 1J5OA 4F4KA 2GBZA 3DRPA 1SL1A 1UOCA 3L8BA 1SL2A 4FJMA 1ASVA 4W5QA 4CHZA 4AHSA 3NH0A 1ZYQA 1ASWA 1JL1A 4O0IA 4CERA 5SWMA 3KLHA 2VWJA 4DQSA 1TK5A 4B9UA 3ISNC 4IG0A 4KO0A 1SKSA 4J2BA 3OYKA 4C8KA 2KTQA 3NF6A 1B92A 3QINA 4FM0A 4KFBA 2I5JA 4OVLA 1L3SA 4HUFA 4DSLA 1TV6A 1C0MA 4O0JA 5K14A 2IAJA 1RDAA 4FXDA 4CJUA 2JLEA 5KRTA 4I7FA 4QAGA 4FM1A 1LAWA 1N5YA 3AVHA 3SJJA 4CK1A 1XHZA 4CJRA 3OVNA 3ZT2A 4E7IA 3AA5X 3VQEA 1J53A 1RTHA 3AVFA 2OPSA 2HHWA 3SPYA 3OYJA 1HNVA 1TVRA 1FK9A 4M3YA 1RBSA 2B6AA 4GMJB 4CHNA 3SQ0A 2P1JA 4NCAA 1KFDA 1QQCA 4FVMA 1YTUA 3SUPA 4DTXA 1MU2A 3L2WA 1I39A 4LSNA 5I42A 5HRRA 1YVUA 3CFRA 4Z4EA 5DMRA 2D5RA 2G8FA 2YNIA 1T7PA 4BWMA 2G8KA 3HM9A 3K2PA 3OYIA 4E0DA 1BIUA 2DFEA 3C95A 4DF8A 3PX0A 1DTTA 1WSJA 3RRHA 1BI4A 3MEEA 1L3UA 4BDYA 3C6TA 4FLWA 3HT3A 1WSIA 2IS3A 3TAGA 2F96A 4FJIA 3HXMA 1FKPA 1NJZA 4B9NA 3ZT1A 3QLHA 1WSFA 4RW7A 4CF0A 2F8SA 1RT2A 4ELTA 4QCLA 1ASUA 1S1WA 2GV9A 1XI1A 4EP4A 5HRSA 3BGRA 1NJXA 4Z4IA 3S3NA 4CEBA 1J54A 1RT4A 4HVJA 4C8NA 5EU7A 3KK3A 3MAQA 4DSEA 5KI6A 2G8HA 1W0HA 3RR8A 2Z1HA 1KTQA 1NK7A 1TL3A 3LANA 4E1NA 3KKRA 3SI6A 4KB1A 4MQ3A 1JLQA 4B8AB 1C1CA 2R7YA 4Y1CA 3V1RA 1XC9A 2OZSA 4Q0BA 4JS5A 3HK2A 1ZBIA 2FBTA 1RDBA 4H4OA 4H8KA 3OYCA 4FK0A 2E6LA 4B9VA 3QIOA 2HHXA 1S5JA 1HJRA 1RNHA 3VQ7A 3NFAA 4AHTA 1S9EA 4M45A 3DLHA 4CHQA 3VA3A 4CJVA 1BGXT 2YHBA 3LP2A 4J2AA 5FRNA 4DTNA 1SV5A 1NK4A 3KLIA 2PZSA 4E19A 3LP0A 3SQ2A 2XY7A 3TANA 3MEGA 3V81A 1JXBA 4KHUA 3OYGA 2WONA 2YNFA 4Q5VA 3PV8A 5FRMA 4NCBA 2YHAA 1RBTA 3LALA 4CGDA 4E7JA 1BHLA 1LWCA 1CZBA 3SUNA 2A1RA 3WNFA 1UWBA 3OYHA 3OYLA 4RW4A 5C42A 3PX6A 4DF4A 4DMNA 4E1MA 4CGIA 5C24A 1JLBA 4I9QA 2ATQA 3JSMA 2IDOA 2E6MA 3LAMA 3H08A 4CJKA 3LWLA 4B8CA 3V9SA 1G15A 5FROA 1LWEA 3CQ8A 3HP6A 1XWLA 4B9SA 1BCOA 1CXUA 1FXXA 4CEFA 3T3FA 2HVHA 3MXJA 2NUBA 3ZSWA 5HRPA 1DTQA 1S6QA 4FLYA 3QEVA 4FLTA 4HUEA 4M3WA 1IO2A 3DRRA 2VG5A 4M3TA 2VWKA 2ZQBA 4FK2A 4Z4CA 5J2MA 1QTMA 3MEDA 4CIEA 4EP5A 5KTQA 3AVNA 3LZIA 1T03A 2AJQA 5JS2A 4KKOA 4CF1A 3K59A 3S3MA 4FLXA 1IKYA 1DLOA 3EYZA 5J2PA 4Z4FA 3LPUA 3ITHA 1C0UA 4E7KA 2XY8A 1C6VA 3QEXA 2XO7A 3TI0A 4KHQA 1VSHA 3HO1A 1VSKA 3HP9A 1KVCA 1O1WA 2RKIA 5FDLA 4CGJA 2HVIA 3DOKA 4CJ4A 4F8RA 1JLGA 3I0RA 4CGFA 4DU3A 2IGIA 4CEAA 3PO4A 3EZ5A 1KSPA 4PA1A 3KK1A 2O4IA 4FYDA 4CK2A 4M3RA 3OYEA 1NK5A 4CJWA 4ZTJA 4CIFA 2DFHA 4DQRA 1A5VA 2KZMA 3HSTB 4FJLA 4J2EA 1RBRA 4B08A 4DS5A 1VSIA 1VSMA 1ZBFA 2W42A 3TAEA 4FZYA 1S1XA 4DTUA 3L3VA 3NDKA 3PUFA 4KTZA 4FJ7A 4F3TA 4BE0A 1CLQA 1IKVA 3T19A 3G0ZA 4N56A 4DTRA 4KI4A 2JGUA 5KGWA 4CJSA 3CFOA 1Z26A 3V1OA 2YKMA 4L8RB 3K5LA 3QEPA 4IBNA 3EY1A 1R0AA 4M3UA 1Z25A 3V9UA 3AO1A 3JYTA 3SPZA 4KHYA 4FJ8A 3O3HA 4OGEA 4CHYA 2KW4A 4FW1A 3HPOA 4CFAA 5D3GA 3KIOA 4CJ5A 4OPKA 4PUOA 2KZZA 3M8QA 1RTJA 1RTDA 4AILC 4FJ9A 4CJ3A 4KPYA 2HNDA 1UA1A 1W9HA 1C0TA 3B6OA 2X74A 3S3OA 4CFBA 2HHUA 3NH2A 1S1UA 4JLHA 3OS2A 1SKWA 2Y1IA 3TWHA 1D9FA 4UQGA 3RMAA 4ID1A 3DLBA 3I0SA 3ULDA 4M42A 1ZBLA 1EETA 4AHUA 1BL3A 4CHPA 3MXMA 3AO5A 3F73A 3OYNA 3VQ9A 3ZT3A 1GOBA 3L3UA 2X6SA 3FFIA 4DSFA 2LSNA 3CG7A 3NBPA 3AVGA 2HHQA 1TKXA 3I8DA 1VSJA 1CXQA 4KHNA 3ZT4A 1TK0A 4OLBA 4W5NA 4EZ9A 4KRFA 2D0AA 4K8XA 1TGOA 3CYMA 2OPQA 3MECA 4NYFA 4FJ5A 4W5OA 3U6FA 3NH1A 3SYZA 3VQ6A 4DFPA 4ZTFA 4ID5A 2VG6A 4M41A 4JRPA 1YTAA 4CEOA 2PY5A 4HCCA 1RT6A 3ZSZA 4AH9A 1ITGA 1A5WA 1L3VA 4TSXA 2OA8A 2XRIA 4G1QA 4C8OA 4FZZA 3AA4A 3V9ZA 1KLMA 1RBVA 1S9GA 1LV5A 4IFVA 1TAUA 5E41A 3CM5A 1KRPA 3O4NA 3TAMA 3O3FA 4CF9A 4JS4A 4CHOA 4CEDA 4LH4A 3LPTA 4WE1A 5CZ2A 4FLVA 3TARA 3T1AA 4IDKA 2RPIA 1TKZA 2RN2A 4E89A 4OLAA 3VA0A 4CEEA 1LAVA 1T05A 1WNSA 4IFYA 4OJRA 1JLAA 3VQAA 3A2FA 4KAZA 1SUQA 2HNYA 5KGXA 1JLEA 2B4JA 4BDPA 3K57A 2P51A 3SUOA 1NOYA 1XHXA 4YNQA 1BQNA 1U4BA 3SCXA 2PYJA 1NK9A 1N6QA 4GVMA 4AHVA 1VSDA 3HPHA 5HRNA 3QEIA 2Z1JA 4DLEA 1F21A 1GOCA 1BCMA 1JXEA 3HVRA 2VG7A 1T8EA 2YV0X 4DU1A 3PX4A 4CJQA 3V4IA 1NK6A 3S9HA 1VRUA 4DTSA 4DFMA 3AVJA 2IOCA 3VN5A 4CFCA 3NAEA 2Y1JA 2OPPA 4KV8A 1NOZA 4OKEA 4C8MA 2G8VA 1NK8A 1RBUA 2KFNA 4E3SA 1HQEA 1U47A 5CY4A 4CF2A 2HB5A 2YNGA 1JL2A 5SZTA 1UAXA 3AVCA 3MXIA 1WSEA 3VQBA 3SNNA 1D9DA 2EX3A 4OKJA 4FK4A 1NKCA 4N47A 4Z4HA 1RT7A 1VSFA 3VQ5A 5J2QA 5HP1A 4I2PA 4DQQA 4BE1A 1QSSA 2P5GA 1EP4A 3LP1A 4JRQA 3RTVA 1U04A 5DK5A 1NJYA 4PQUA 3PY8A 3K5MA 3VQQA 4HTUA 2QKBA 2DY4A 1VSLA 3ASMA 2GUIA 4BDZA 1TK8A 1HQUA 4I2QA 4F2SA 3NE6A 3OJUA 4B3OA 4BE2A 1RT5A 3ZCMA 5HROA 4J2DA 4ELUA 1IKXA 1HRHA 3SQ4A 1EXQA 2DTUA 1QSLA 3DLRA 1X9MA 2HNZA 3M8PA 1KVBA 3QETA 4DQIA 5KRSA 3ZSRA 3TR8A 1HYSA 3OYFA 1TKDA 1JLCA 4O4GA 4LH5A 3DM2A 1S6PA 3CFPA 4RW6A 3SQ1A 2KFZA 3U3YA 2F8TA 4NYNA 3NF9A 5C25A 4KREA 3PO5A 2FBXA 4CECA 4K8ZA 4IKFA 3V9XA 1HPZA 1HYZA 3RMBA 4DG1A 4M3ZA 3ZSXA 2YNHA 4O55A 4B9TA 1RILA 3O3GA 4KB0A 3NF8A 4RG8A 4FCYA 4F2RA 1TAQA 1VSEA 3QNNA 4AHRA 4Z0UA 4CK3A 3KLGA 3LZJA 4FJXA 4BACA 4KTQA 3OY9A 3KJVA 1ZBHA 2ZD1A 1B9DA 3M8SA 3NCIA 3V9WA 4BWJA 4FJKA 2OYQA 4E7HA 1QE1A 1K6YA 2A1SA 2G8WA 3IRXA 2Z1IA 2XHBA 4DTJA 3AA3A 1L3TA 4DQPA 2IC3A 4DFKA 1NKEA 1BQMA 3M8RA 3HJFA 3O4QA 1FKOA 4DLGA 4DFJA 2O4GA 4DSIA 4N76A 1LW0A 3TAPA 3AVBA 1WLJA 1JKHA 3OS1A 3AVIA 3P1GA 4DS4A 1EX4A 1RT1A 4I9LA 5I3UA 3D0PA 1Y97A 4W5RA 4GW6A 3AVAA 3OYMA 4HHTA 1TKTA 1D5AA 4E7LA 3IAYA 1RDDA 3DYAA 2X6NA 2Q3SA 3ZSVA 1QS4A 5T7BA 1NK0A 4CGHA 4EZ6A 3UIQA 4CEQA 1C1BA 1JLFA 3G10A 4RW9A 3WNEA 2BE2A 3DOLA 1BISA 2ITGA 3E01A 1WAFA 4RW8A 4KHWA 1U48A 4FJGA 1QSYA 3SV4A 2G8UA 3P83D 4FLUA 5HBMA 5CYMA 2B5JA 1IKWA 3VQ4A 2D0BA 5J1EA 3L2QA 2Z1GA 3RMDA 3HL8A 2HMIA 4PWDA 4PY5A 1S1TA 3DMJA 1VK0A 1J9AA 3NF7A 3SV3A 2HHTA 1RT3A 2FBVA 3WNHA 4FJNA 3ZSOA 1LW2A 4B9LA 4AHCA 4DTOA 3LAKA 3DLGA 4OPJA 4CIGA 4FLZA 1EKEA 3L2VA 3RR7A 3BDPA 3AVKA 2P5OA 4F3OA 3QNOA 3IS9A 4ZHRA 1RDCA 3HVTA 4C8LA 3KD5E 2BDPA 3OJSA 4O5BA 2BGGA 2HW3A 2PYLA 1REVA 2E4LA 2YKNA 3AVLA 4OKKA 3QEWA 3TABA 4QOZB 4Y1DA 4YFUA 1Q9YA 2OZMA 4MFBA 4DSKA 1C1AA 4CJTA 3TAQA 1RTIA 4CJLA 3CM6A 2QKKA 3B6PA 4CJPA 3RRGA 4KI6A 3LWMA 3K58A 1BI4B 2ETJA 2KQ2A 3ZSYA 1L5UA 1ZBUA 3OYAA 3V6DA 3C6UA 1NKBA 5HLFA 1Q9XA 1B9FA 1I3AA 4OGCA 3VQPA 4CJFA 1HYVA 1BIZA 2DFFA 1U49A 1SL0A 3D45A 3IG1A 4XIUA 4DTMA 4CESA 2D0CA 3K5OA 3THVA 4N5SA 4B9MA 3VQCA 2BANA 3P5JA 3QIPA 4CGGA 4O44A 4CEZA 1IH7A 4KHSA 5JS1A 3NGIA 3AO2A 4ELVA 1HMVA 3HPGA 4HUGA 2OPRA 3VQ8A 4M3XA 1KVAA 3KLEA 1HNIA 1VRTA 3AA2A 5CZ1A 4R5PA 1QHTA 2RF2A 3C94A 4DU4A 1CZ9A 4DSJA 1U45A 3WNGA 3DI6A 1WN7A 3KKSA 4Z4GA 3OYDA 1KFSA 4LY7A 1YT3A 4FM2A 3HYFA 2XY5A 4FJJA 3ZT0A 4CE9A 4FJHA 3KTQA 2QK9A 1NJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H4MA 1TL1A 1WAJA 4CJEA 2HHVA 4AQYK 2KLAA 3VQDA 5GAGP 4W5TA 3CCVN 1WSHA 3RWUA 3DAWA 3QESA 1RCHA 3OBYA 1H1VA 3EZWA 4CFDA 1D8YA 3G71N 1KLNA 3OS0A 3AAPA 3MWPA 3A8YA 2QXFA 2QWLA 4CZMA 3KLFA 4AM6A 4K25A 1SL1A 4CHZA 3HJFA 4CERA 4B9UA 1OKJA 2GX9A 2P9IA 3OYKA 2P9LB 1L3SA 2E20A 4HUFA 3WXLA 3QFUA 1P8ZA 2CGJA 1RDAA 2JLEA 4QAGA 4CK1A 1XNRK 3CJ1A 1RGIA 3AVFA 3SPYA 4DR2K 1VHXA 3SLCA 1DT9A 2ZJRL 4CHNA 4GMJB 2P1JA 1YTUA 4LFBK 5LY3A 3P38A 5ADXA 4DTXA 1MU2A 1IBLK 3UKRB 5BR8K 1K8KB 1I39A 3CMEN 3ZETB 2G8KA 3HM9A 2E2OA 3OYIA 1BIUA 3WUHA 1EWQA 3N4QA 1WSJA 3RRHA 1L3UA 5MLCQ 4A62A 4IXCA 5AQSA 4FJIA 4KHPK 3HXMA 1FKPA 1NJZA 2W40A 3ZT1A 3QLHA 4RW7A 4B9NA 4YOTA 4BRQA 3KK7A 1ASUA 1CZAN 3O80A 5AQMA 2E2PA 2QEXN 4JKEA 3VF2A 3S3NA 4OO1J 3D2FB 1EQYA 1BA0A 3RR8A 1KTQA 1NK7A 2RE2A 4B1UB 3V1RA 2OZSA 3VGMA 1RDBA 1HJRA 5E26A 3NFAA 4AHTA 4BRLA 3DLHA 3VA3A 1BGXT 3LP2A 4J2AA 5AZIB 4DTNA 1SV5A 1NK4A 3KLIA 2PZSA 2QWRA 3TANA 3E9OA 5DM7L 5FRMA 2BUPA 3IMXA 1BHLA 1LWCA 2A1RA 1TYQA 3OYHA 3C7NA 3CQYA 5TKWA 5C42A 4H5WA 4DMNA 4I9QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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