3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
1S6QA 2YKNA 4DS4A 1BHLA 1JLBA 3RWUA 3OVNA 4KTZA 1SL0A 4I9LA 1RDDA 4HHTA 1L5UA 1JLAA 1SL1A 5C25A 4FVMA 1FKPA 4CGIA 3LP0A 1HYZA 1Y97A 3NH2A 3O4QA 4M3ZA 4Q0BA 5FDLA 4I2QA 1WNSA 4CF9A 1U48A 1S5JA 4M3RA 1X9SA 4E0DA 4KB0A 2PYJA 3ZT0A 3K5NA 1C0TA 2Y1JA 1BQMA 4KHNA 4DTNA 4KHYA 2Z1JA 5JS1A 1FK9A 1X9WA 4CIGA 1KLMA 3QEWA 3VQPA 3ZCMA 4GW6A 3T1AA 4CJTA 3KD1E 3ZSYA 3HVRA 2PYLA 1WSGA 2B5JA 3MEGA 2YV0X 2F8SA 4Z4EA 2E6LA 4O0IA 1VSJA 3CM5A 4BWJA 4N41A 4F8RA 2QKBA 3OJSA 3TAEA 4F2SA 1RBRA 4Y1DA 1IH7A 1SUQA 1C0MA 2E6MA 2KQ2A 4KREA 3K5LA 3DRSA 1WAJA 3LANA 2R7YA 4NYFA 3NF9A 4CEQA 5T7BA 4I9QA 1D9FA 4W5QA 1WLJA 2XO7A 1NKBA 2VG5A 4C8KA 4J2DA 1VSLA 3RRHA 3OY9A 4E7HA 4FJGA 1KTQA 4C8NA 2D5RA 4BDYA 3QEPA 4GVMA 3TAFA 1TGOA 4RW8A 1TAQA 2ATQA 4IDKA 4FLWA 4JS5A 1MU2A 1S6PA 3PX4A 2F8TA 4CJ5A 1B9FA 1WSFA 3SUNA 1NJZA 1RT6A 3G0ZA 3AVJA 3VQ4A 2X6NA 1VSFA 2HNYA 2VG7A 1TK0A 1J5OA 1T05A 2IOCA 4M3TA 2HVIA 1GOAA 1HJRA 1KVAA 2Z1GA 3SZ2A 3L2WA 4E7LA 1J53A 1K6YA 4HCCA 3OYEA 4HUFA 3D45A 3SPYA 3LALA 4CFBA 3HM9A 3SNNA 4I7FA 2QKKA 1VSIA 4AHRA 2DY4A 1RT7A 3QEIA 1TK5A 4LH4A 1KFSA 3PUFA 1LWFA 1L3UA 3RMBA 1JXEA 2I5JA 1B92A 2HNDA 1RBTA 3ALYA 1LAVA 2QXFA 1KVBA 2IC3A 2ZE2A 3AVAA 4LSLA 4CJWA 5J1EA 3QNNA 1RDAA 1QSSA 4FK4A 1RT1A 3MEDA 3QIPA 3V9ZA 3HO1A 3PX0A 5KGXA 4CK2A 4W5RA 3NDKA 3QERA 1BIZA 1KFDA 3AA4A 3AVKA 4CEOA 4DSIA 4CF2A 2HW3A 5D3GA 3QO9A 4BWMA 1HQUA 1RTHA 4ID1A 3V9SA 3OS1A 1RT3A 3MXIA 1JKHA 3VQ9A 1YT3A 3LP1A 3DOLA 1U45A 2HNZA 2ZQBA 4KI6A 4CFCA 3AVMA 2P5GA 3DLEA 1BCMA 2FC0A 1J9AA 4DQIA 3VQAA 4OPJA 4CEZA 1U04A 3DMJA 4FZZA 4KHWA 3DLHA 2DTUA 4Z0UA 3AO4A 4LD0A 1UA1A 4L8RB 2HMIA 1TV6A 3SUQA 3DLBA 2G8IA 2HHVA 5J2NA 4M41A 1ASWA 3U6FA 4B9MA 1GOBA 2HHXA 4GMJB 1RDBA 3V1QA 3D0PA 4FJMA 3NFAA 3VQBA 2XRIA 3VQQA 3QINA 5DMRA 2OPQA 5K14A 3V4IA 3TAGA 1N6QA 2E4LA 1U49A 4CFDA 1TVRA 3L2RA 1SKSA 4ZTJA 5CYQA 4DSLA 4FJ5A 3KJVA 3TANA 3PO5A 4LH5A 3NAEA 4BE0A 2HB5A 3L8BA 1F21A 1IO2A 4CIFA 1EX4A 1RTDA 4QCLA 4KO0A 4OKKA 3HP9A 1RILA 1XC9A 4EP4A 4ID5A 4FM0A 2HHUA 3CM6A 4FLUA 1DLOA 1TKZA 4RW9A 1KSPA 1Q8IA 4M3XA 4FLTA 1KVCA 3ITHA 2X78A 4CFAA 3LZJA 4HUEA 2W42A 4OKJA 3ZT1A 1WSEA 4FLYA 3AA3A 3WNGA 3ZT3A 3OYBA 5HRRA 4CHPA 3ZSZA 4ZHRA 3I0SA 1NK7A 4R5PA 4F2RA 5J2PA 3NGIA 4KTQA 3LWLA 3CFRA 1NOYA 1NK0A 1KLNA 4CEBA 2XHBA 3U3YA 1U4BA 1FXXA 3OYNA 3S3MA 1HMVA 3TABA 4H4MA 2HHTA 1RBUA 2KZMA 4FJKA 2VWKA 3MECA 3RMDA 4CJ4A 3DRPA 4JLHA 4CF0A 4KAZA 4KV8A 2B4JA 3MXMA 4CE9A 3QEVA 4KHUA 5J2MA 4W5NA 3C95A 1CXQA 2RKIA 3K59A 3LZIA 3IRXA 4CIEA 5CZ1A 5C24A 4CEAA 4M42A 1EETA 2O4GA 1IKYA 1HPZA 4CJFA 1SKWA 4FM1A 3RR8A 4RW6A 1ITGA 4FZXC 4K8ZA 4EZ9A 2OZSA 4CEFA 4Z4GA 4DSJA 1BISA 5HRNA 4DF4A 2O4IA 2XY8A 3OYDA 4FW2A 1XWLA 2Q3SA 4RW7A 2JGUA 1VSKA 5E41A 1EKEA 1LAWA 2WONA 1J54A 1C1BA 1S1VA 3LPTA 4CGDA 4YNQA 4NCGA 1RDCA 1GOCA 3AO5A 2OPSA 4CGFA 1XHXA 5EU7A 4B8CA 4CEDA 4CJRA 1BI4A 1W0HA 1A5VA 5KI6A 2G8WA 4M3UA 4F3TA 3AO3A 1Q9YA 3BDPA 3TAMA 1EP4A 3P5JA 3ZT2A 5SZTA 4E1NA 3HP6A 1NK5A 3E01A 3ULDA 2G8KA 1BGXT 4FLZA 1NK4A 3VQDA 4NCAA 1NJXA 1L3TA 3OJUA 2XY7A 3U3GA 4HVJA 1IG9A 5FRNA 3AVLA 3O4NA 3P1GA 5J2QA 1HNVA 3C94A 1WSHA 1S9EA 2FBYA 4DQPA 4DSKA 4G1QA 5HROA 4BE2A 4FJHA 3KLGA 4FJNA 4CHNA 3AA2A 3TWHA 3SQ0A 1BQNA 2ETJA 4CJQA 4DQQA 1L3VA 4DQSA 3WNEA 2BANA 3SQ4A 3MXJA 4QOZB 3V9WA 3I0RA 4J2EA 1Z25A 3HPOA 3B6OA 4DTUA 3HT3A 1DTQA 3ZSVA 2BGGA 3ZSOA 1VSHA 3HSTB 3ZSXA 3NGZA 2Z1IA 4CERA 3V1OA 4XIUA 4ZTFA 5JS2A 2WOMA 3OYGA 1FKOA 4RG8A 3K57A 3SJJA 4AHVA 3AVCA 1JLEA 3NF7A 1JXBA 1BIUA 4E7IA 4B9VA 3KKSA 4NCBA 4CECA 3SI6A 1HRHA 4KHQA 3V81A 4DU1A 1S1XA 2RPIA 3SCXA 1RNHA 3T3FA 1LW2A 1REVA 2BE2A 4IFYA 1ZBIA 4WE1A 4DLEA 4DTSA 3QNOA 2D0AA 4O5BA 1ZYQA 1LW0A 4C8OA 4IG0A 3DRRA 4B08A 1S1WA 4DWIA 2A1SA 1SL2A 4AHUA 3PO4A 3T19A 4FZYA 1XI1A 1TL3A 3HYFA 4M3YA 1WSJA 1G15A 1VSEA 3MEEA 2G8FA 3DLGA 4B9NA 3AVGA 2XY6A 3M8QA 4DTOA 3OS0A 4EZ6A 3KKRA 4Z4FA 2BDPA 3KLIA 3OYLA 3KLEA 3QEXA 3V1RA 3SYZA 3LDSA 1I3AA 3DYAA 4KRFA 3C6UA 5HLFA 4K8XA 3AA5X 5CZ2A 4O0JA 5FRMA 3V9UA 2YNFA 3KK2A 3NCIA 1JL2A 4DSEA 3UIQA 4OLBA 3LP3A 3QIOA 3VA0A 1O1WA 1RT4A 4CJ3A 4N76A 3CQ8A 3NH0A 1LWEA 4AH9A 4UQGA 1JLFA 3NH1A 3DLKA 1X1PA 1ZBUA 4W5TA 1NJYA 2HHQA 4Z4IA 2HHWA 4FM2A 4CF8A 4MQ3A 1TKDA 2D0BA 4CJPA 2G8HA 3RR7A 4J2AA 5I3UA 1RCHA 3AVHA 3V6DA 4CJKA 3LAMA 1QQCA 4CGGA 4AHSA 1L3SA 4KKOA 1QSLA 3P83D 4DFJA 3BGRA 2PY5A 2ZD1A 4JS4A 4JRQA 3VQ5A 1CZ9A 3SUPA 3S3OA 1NKCA 2OPRA 1ZBHA 2LSNA 3VA3A 4TSXA 1U47A 2JLEA 4FJ9A 1ZBFA 4DTXA 4DFKA 3SV3A 5CY4A 3JYTA 3VQ7A 3WNHA 5HRSA 3OYMA 3SUOA 1TK8A 1VSMA 3F73A 4FJ8A 4E19A 1I39A 2IS3A 3CYMA 4CJEA 1DTTA 2P5OA 3WNFA 4FK2A 2A1RA 2GBZA 1JLGA 4FJXA 5KTQA 2YKMA 4HUGA 1JLCA 4FLXA 2IAJA 3OYIA 1RBSA 4BE1A 3HPHA 4FJJA 1S1UA 4IFVA 3ZSWA 3MAQA 3LP2A 4CHZA 2OYQA 1KCFA 3H08A 4YFUA 4DU3A 1LV5A 2QK9A 1TL1A 3O3GA 2GUIA 4NYNA 3IG1A 3HJFA 4B9TA 4EP5A 1CLQA 1X9MA 3TAQA 2Z1HA 3TARA 4DS5A 1T8EA 1RT2A 3L3UA 1UWBA 4IBNA 1BCOA 1QHTA 1ZBLA 4CGHA 1HNIA 4ELUA 3KK1A 4E1MA 2KFNA 2DFHA 2XY5A 2PZSA 3PV8A 1VRTA 1BI4B 1UAXA 2P51A 4C8MA 3AVNA 3VN5A 4W5OA 1B9DA 3F9KA 4FK0A 3HK2A 4B9LA 1TAUA 5KRTA 1CZBA 1EXQA 1C1CA 2ITGA 4O4GA 2EX3A 3ZSRA 4DQRA 3PX6A 4KPYA 1WN7A 4DFPA 1SV5A 2KFZA 4KTWA 4LSNA 3KIOA 3OS2A 4F4KA 3DM2A 3NF8A 4FYDA 2HVHA 2NUBA 1SKRA 3KK3A 1QSYA 3L2QA 3RMCA 2KTQA 2G8UA 5HBMA 1BL3A 2IDOA 4KI4A 4OLAA 3CFOA 3LAKA 1RTIA 2OPPA 3I8DA 4CGJA 4Q5VA 2OA8A 2HHSA 1TKTA 4AHTA 4FJLA 2FBTA 2VG6A 3B6PA 3NHGA 4DMNA 1IKVA 4HTUA 1D8YA 1YTUA 5FROA 4CEEA 3RRGA 3O3HA 3M8SA 1NK6A 2FBVA 1QS4A 4B8AB 3O3FA 3LWMA 1KRPA 4OKEA 3KD5E 4CJVA 1NJWA 4ELTA 4CJSA 2X6SA 4ICLA 3RMAA 4HCBA 2OZMA 2RN2A 4B9UA 4DTRA 3TAPA 1Q9XA 4FW1A 3OYKA 4AILC 2P1JA 3CG7A 3QETA 2VWJA 4FLVA 1JL1A 1WAFA 2YHBA 3AVBA 1ASVA 3M8PA 1HQEA 3NGYA 5DK5A 3TI0A 2YHAA 3S3NA 3L2UA 4FCYA 1IKWA 2B6AA 3HVTA 1NK8A 1T7PA 3L3VA 4O44A 3EZ5A 3CFPA 1D9DA 3V9XA 3KTQA 4OGEA 4KFBA 3PY8A 3ISNC 1N5YA 3OYFA 3L2VA 4ELVA 4OVLA 4Z4HA 4CJLA 1Z26A 2X74A 4H8KA 1LWCA 3DOKA 1C0UA 1S1TA 3DI6A 3KLHA 4BACA 3SQ2A 1WSIA 3SQ1A 3M8RA 3K5OA 5I42A 1HYVA 3AV9A 4N47A 1QTMA 1RTJA 1UOCA 4PUOA 1C1AA 2AJQA 3EYZA 4Z4CA 1IKXA 3DLRA 4N5SA 2FBXA 4E3SA 4I2PA 4QAGA 4DU4A 1D5AA 3IAYA 4H4OA 4M3WA 3RTVA 2KW4A 4LY7A 3K2PA 4PQUA 4E7JA 3VQEA 3ASMA 2EHGA 3G10A 3AO2A 2YNGA 3A2FA 4CHYA 2IGIA 4DTPA 1NK9A 1NOZA 4IG3A 4DSFA 4F3OA 2YNHA 4DF8A 3ZT4A 5HP1A 4CCHA 4BDZA 2YNIA 4AHCA 1VSDA 2GV9A 5KGWA 3FFIA 1VK0A 4CF1A 4JRPA 4DTMA 3HPGA 5HRPA 3KLFA 4C8LA 4FJ7A 4PWDA 3S9HA 3K5MA 4PA1A 4B9SA 2Y1IA 5C42A 3ZSQA 4CJUA 4N56A 1W9HA 4PY5A 3QLHA 3IS9A 1R0AA 4FJIA 4B3OA 4Y1CA 1UA0A 4DFMA 1XHZA 5CYMA 4DTJA 3OYHA 2D0CA 1A5XA 1HYSA 3OYAA 3EY1A 5SWMA 4OGCA 4CESA 2G8VA 3JSMA 4RW4A 4IKFA 1NKEA 3SV4A 3NE6A 3OYJA 1T03A 1RBVA 3K58A 3QESA 1CXUA 1VRUA 4OJRA 5KRSA 3VQ8A 2DFFA 1TKXA 1JLQA 4CK1A 4CHQA 4CK3A 4DLGA 1YVUA 2RF2A 3NF6A 3VQCA 3C6TA 4CHOA 4KHSA 1RT5A 4O55A 3SPZA 1ASUA 1C6VA 1QE1A 4DG1A 4J2BA 1YTAA 1A5WA 2F96A 4MFBA 3TR8A 3AVIA 4E89A 2KZZA 3VQ6A 3AVFA 3THVA 4KB1A 1S9GA 4FXDA 3LPUA 3HXMA 3NBPA 4M45A 3HL8A 2DFEA 4OPKA 4E7KA 3AO1A 3OYCA 4BDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 3RWUA 1BHLA 2YJFA 4BC5A 4HHTA 5AZIA 1JLAA 5C25A 1Y97A 3NH2A 5FDLA 3J7YP 1YJWN 4LFCK 1VQON 1WNSA 1U48A 1X9SA 4M3RA 4KB0A 2PYJA 2P9PA 3K5NA 2A5XA 1NGGA 1X9WA 3ZCMA 3CCMN 4BR5A 2E6LA 4F2SA 1RBRA 4Y1DA 1W97L 2KQ2A 4KREA 1WAJA 4NXNK 4MO5A 5FPMA 1BDGA 1VSLA 1NNEA 4BGAA 3HM8A 1TAQA 4IDKA 4JS5A 2D4WA 4BRQA 1E3MA 3SUNA 3IMXA 4IOAL 2VG7A 5C0YA 3RSEA 4DV5K 4CZEA 1GLLO 5JLFA 3H45C 3L2WA 3CMEN 1IV0A 1X3NA 1K6YA 3JXUA 4CFBA 4I7FA 3QFUA 1NGIA 1K8AO 1RT7A 2DY4A 3QEIA 1TK5A 4LH4A 4UY8O 4LSLA 3ALYA 5EVZA 1KVBA 4OPAA 1RT1A 1XUPO 5KGXA 3THXB 1KFDA 3AA4A 2AA4A 1QQMA 3OS1A 1RT3A 4DUZK 1W2BM 3THYA 3LP1A 2Q0UA 4H5WA 1IBMK 2ZQBA 3R8EA 4OPJA 4LF8K 1U04A 3DMJA 4Z0UA 3AGRA 4B1ZA 2HMIA 3C6AA 2QWOA 4DV6K 4B9MA 5GAGP 4GMJB 3V1QA 3NFAA 2XRIA 5AQPA 3V4IA 4DCHA 2OPQA 2OCEA 3FZFA 1U49A 1G99A 5AZJB 4CFDA 1NBWA 5BR9A 1SKSA 4BROA 4FJ5A 4XEIA 2HB5A 2D0PA 3CXCM 1IO2A 4QCLA 3E9OA 4CZHA 3LDQA 2W6KA 3CCRN 1J6ZA 4M3XA 1KSPA 1XMOK 3J7AP 1QZ5A 2HBMA 4BR7A 2W42A 4OKJA 4CJ7A 3Q7BA 1BG3A 3EN9A 4BR0A 3S3MA 1HMVA 3VF2A 3I55N 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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