3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
3L2QA 4W5OA 1QSLA 1SKWA 1JLFA 1FK9A 2HMIA 1TKDA 1JL2A 1JLAA 2D0AA 5DK5A 4CIFA 2P1JA 3MXMA 3L2WA 4JLHA 1KLMA 4KI4A 4CJLA 4N5SA 1RT7A 3DYAA 3MEGA 2VG5A 3P1GA 4E1MA 1JL1A 3EY1A 1ASVA 3CM5A 3LP1A 5C42A 3ZT0A 4PA1A 3ZT4A 1EKEA 4HTUA 4KTQA 1TKTA 3EZ5A 1NKEA 3FFIA 4FM0A 4NYFA 3MECA 2Z1IA 4LSNA 3V1OA 3KK3A 3NH0A 4CJRA 4CF9A 1TK8A 4O4GA 4DTPA 1O1WA 3K2PA 1UWBA 3RMCA 4ZTFA 4CJWA 1BIUA 1CZBA 5HRNA 1YTUA 3C94A 4OVLA 3SPYA 3TANA 1NK7A 4DU4A 2XY5A 4DSJA 5FROA 5HRPA 2P51A 2G8UA 3TR8A 1L3VA 1D5AA 3KTQA 3U3GA 3VN5A 3RRGA 2B5JA 4IBNA 5FRNA 1HNIA 3O3FA 1B9FA 3V1QA 4GMJB 4YNQA 1S1XA 3NGYA 2A1RA 1RBSA 3SV3A 3CFOA 1RT4A 2YKNA 3LANA 1BQMA 1JLQA 4M3UA 2KZMA 4BDYA 3WNGA 4FJ8A 3HP6A 4F3OA 1EETA 4OLBA 4DMNA 3AVNA 2HHQA 2WONA 1RTIA 4FLWA 4E19A 3HP9A 4KRFA 3JYTA 2RPIA 3SUPA 2E6MA 4BE2A 4FLXA 3QESA 2XRIA 4DTJA 3QEVA 5HLFA 4CGIA 1WSGA 3AO5A 3NAEA 4HUGA 3VQQA 1BHLA 4E0DA 2BE2A 3HSTB 4FJKA 1XC9A 2ZQBA 3NFAA 2F8TA 3OY9A 1YVUA 4KO0A 3NH1A 3T3FA 1A5WA 4PY5A 4DWIA 4FJ9A 4FJNA 3MEEA 3LAKA 1ASUA 2YNFA 5CYMA 4HUEA 1XHXA 2IAJA 5J2NA 3HXMA 4FZYA 2G8HA 1RTDA 1WN7A 4CJKA 3O3GA 3MXJA 1LV5A 2HNZA 4DFKA 4WE1A 3LWMA 4FLTA 2X6SA 4KFBA 2I5JA 4LSLA 3KD5E 2ZE2A 1REVA 3HM9A 3LP3A 1RT1A 4RW7A 3KLEA 1L3UA 2VG7A 3DM2A 5J2PA 3PO5A 4DS4A 1BISA 3QEPA 2VWJA 4DG1A 1VSLA 5C25A 3OJUA 4M3XA 1NK5A 1S6PA 1S5JA 4KAZA 3QINA 3HPHA 1J54A 3TAGA 4F2SA 3ZSRA 1KFDA 5J1EA 1BL3A 3OS1A 4KI6A 3U6FA 3K5OA 1TGOA 3KKSA 2VG6A 4MFBA 3ZSYA 4CHZA 4Z4CA 4J2BA 4CHOA 4JS5A 3O4NA 4DU1A 3DOLA 3MAQA 3DRPA 4YFUA 1G15A 3AVKA 3ZSWA 1SV5A 3DLKA 3ZT2A 5KGWA 4CESA 4C8KA 3VQ7A 4B9UA 4E7KA 4FLUA 2GUIA 2YHBA 4H4OA 1SL1A 3RRHA 1SKRA 2RN2A 3TWHA 3HO1A 1CXUA 2OPQA 3L8BA 3D0PA 3DLRA 4CGJA 5KGXA 4L8RB 3ITHA 4CEBA 4MQ3A 4BDZA 2EX3A 1WSHA 4DTMA 2JLEA 1U4BA 1NJZA 1HNVA 4DS5A 1NK9A 2HHUA 1HQEA 3DI6A 4BWMA 3NH2A 1QTMA 1Z25A 2HB5A 3AV9A 4XIUA 4CCHA 1X9SA 2Z1HA 4AHSA 4K8ZA 4EP5A 4PUOA 5SWMA 1C1BA 4LH5A 4CJPA 2AJQA 2BDPA 1IKXA 4QCLA 3O3HA 1WAFA 4DFJA 2LSNA 2DFFA 4N47A 4KREA 3G10A 1S6QA 4LH4A 1X1PA 2Z1JA 3OYJA 1HRHA 3ZT1A 4LD0A 2QK9A 1HYZA 1C1CA 3AA5X 4J2AA 1QSYA 5KRTA 2PYLA 5HP1A 2KTQA 2XY8A 4KTZA 2X78A 1RILA 3UIQA 3DMJA 1U45A 4FJHA 4FJLA 3HPGA 1VSHA 2RKIA 3OYKA 4ELUA 3K5NA 4N56A 2IS3A 1WSEA 3LWLA 3ZSZA 4M41A 3KD1E 2JGUA 3TAMA 3VQ9A 3M8PA 4BE0A 3CQ8A 3HVRA 2HHVA 4M3WA 1WLJA 3WNHA 5KRSA 1R0AA 1JLGA 3WNFA 4HUFA 4FJMA 2DFHA 3CFRA 4ICLA 3ZCMA 3SI6A 3SZ2A 3TAQA 3AVHA 4GVMA 1LW2A 3CFPA 4Z4FA 1I3AA 3DOKA 1Q8IA 4CJEA 1VRTA 4AILC 3VQ5A 5KTQA 3M8RA 4DSKA 3IG1A 4CHPA 3L3UA 2IOCA 1TV6A 1ZBUA 4E1NA 3O4QA 1JXBA 3QEIA 2DY4A 2O4GA 3MEDA 3KJVA 1TL1A 1BCOA 3SQ4A 3PV8A 3AO3A 1VSFA 1RT6A 2HNYA 3AVIA 4IKFA 4N41A 3HVTA 2KFZA 1TKXA 4R5PA 2OPPA 2E6LA 4FZXC 1WSFA 3AVAA 4CFDA 3AA3A 3PX6A 2IDOA 2OYQA 4F2RA 3OVNA 4KB0A 1S9EA 2FBXA 5HBMA 3AVBA 1L5UA 1WNSA 4KHSA 1C0TA 1DLOA 3V6DA 2OPSA 3U3YA 3ZT3A 1TK0A 2HVIA 3V9WA 4I2QA 1UA1A 5FRMA 1WAJA 4BE1A 4CJQA 2R7YA 3QNOA 1RDDA 3DLGA 4BDPA 3KLGA 2B6AA 4FK0A 4CHYA 4Z0UA 4CFAA 4HVJA 1WSJA 4FLYA 3KLHA 2OZSA 4DU3A 5HRSA 1VSJA 1L3TA 4E7LA 1QQCA 1RT2A 4CHNA 1VSDA 2F8SA 3SV4A 3IS9A 1MU2A 4CEOA 1ZBHA 3NGIA 3V9XA 4CEZA 3M8SA 3LDSA 4E7JA 4B3OA 2PY5A 4OGCA 4M3ZA 1RTHA 1TAQA 4B9TA 2KQ2A 2HVHA 3RWUA 4OKJA 3VQCA 1T7PA 4FZZA 1ITGA 1J5OA 3NF8A 2G8VA 3OYHA 1I39A 3B6OA 4JRQA 4DFMA 4CECA 3QLHA 1XHZA 1JLCA 3SQ1A 4HCCA 4W5NA 4O0JA 3VQBA 3S3OA 4NCGA 4AHUA 4I7FA 1KVAA 1U04A 3I0SA 4ID1A 4DQPA 2FC0A 3DLHA 2W42A 1GOCA 4I9QA 1ZBIA 1RT5A 3SNNA 3NHGA 2D0BA 2D5RA 3AVFA 2XY6A 1GOAA 2F96A 4FW2A 3F73A 2HHTA 4FM1A 4B9SA 2WOMA 4AHVA 2KZZA 3A2FA 4IDKA 4Z4GA 1UA0A 1NK4A 4PQUA 3B6PA 1A5VA 4J2DA 5JS1A 1TVRA 4KKOA 1U49A 1N5YA 3C95A 4AHCA 1IKWA 3OYIA 4B8CA 2HHXA 4FYDA 3K58A 3OYGA 1S1WA 1NOZA 2QKBA 2X6NA 3LPTA 3LPUA 4CHQA 1YT3A 3AVCA 4GW6A 3VA0A 3ZSQA 5E41A 1HPZA 1L3SA 3JSMA 3C6TA 4FW1A 4ELTA 4RW4A 3K5MA 4ELVA 4NYNA 1NK6A 3RMDA 3D45A 3I0RA 3PUFA 1BIZA 3OYCA 3QIPA 1C0UA 1W9HA 1FXXA 1RBTA 4E89A 1Q9XA 4J2EA 3KKRA 4CJUA 1K6YA 3OS2A 4KTWA 4KV8A 5HRRA 5I42A 4FXDA 4CIGA 4C8MA 3LZIA 2G8KA 4F3TA 1HYSA 4O5BA 1IKVA 4Z4EA 3NF6A 3VQ6A 1NJWA 3PO4A 3OYMA 3K57A 1HMVA 1VRUA 2IGIA 4BWJA 4M45A 3EYZA 4DTOA 3IAYA 4PWDA 1T03A 4DTRA 1ZYQA 1CLQA 4CEDA 5I3UA 3PX4A 2HW3A 3RR8A 4F8RA 2FBYA 1IO2A 4CJFA 2G8FA 4O44A 4H8KA 1KCFA 1VSKA 3CYMA 3VQEA 2PYJA 2DFEA 3F9KA 3HL8A 5CY4A 3CG7A 3VQPA 4KHYA 2DTUA 2HHWA 3ZSXA 3L2RA 1NKCA 3L2UA 2QXFA 2Z1GA 3HYFA 3LAMA 3V1RA 3BGRA 3NCIA 4FVMA 2E4LA 5CZ2A 5FDLA 3RTVA 1D9DA 3OYEA 2NUBA 4NCAA 3HK2A 4C8NA 4CF8A 2BANA 1X9MA 1SUQA 4C8LA 4QOZB 2X74A 4OGEA 4CGHA 3QNNA 2EHGA 1J9AA 3IRXA 1RNHA 3G0ZA 4OJRA 3I8DA 5J2QA 4IFYA 1DTTA 4Q0BA 3TARA 4OKEA 3SUQA 5DMRA 1RBUA 1NJXA 1B92A 2B4JA 4FLVA 3T1AA 3V81A 2Q3SA 4OLAA 3KLIA 3SUNA 4B9NA 4E7IA 3TABA 4KPYA 2Y1JA 4CERA 4FK2A 3QEWA 3VQAA 4C8OA 1A5XA 1LWFA 2GV9A 1VSMA 2P5GA 4CJTA 3E01A 3OYAA 1KLNA 4FJXA 1BI4B 3QEXA 1U48A 1GOBA 4CF0A 1T05A 1F21A 1UAXA 1S1VA 1LW0A 3TAPA 3CM6A 1DTQA 2PZSA 4KHQA 1LAWA 4CJVA 2XO7A 4DQQA 1B9DA 1ZBLA 2YV0X 1LAVA 3RMBA 4DF8A 1LWCA 2OPRA 1T8EA 3DLBA 5JS2A 1BQNA 1RDCA 3AA2A 1RDBA 4CE9A 4OKKA 3WNEA 3KK2A 4Y1CA 4CFBA 1QHTA 3AVLA 4DTXA 3SPZA 3QO9A 1NK0A 3ZSVA 3OYFA 1JXEA 3KLFA 3DLEA 3NBPA 1HJRA 4ID5A 1W0HA 3PX0A 1C1AA 4CK1A 3OYDA 3KIOA 4CJ3A 3OS0A 1ZBFA 4CF1A 2A1SA 3ULDA 4TSXA 5HROA 4CFCA 4OPKA 1CXQA 4B8AB 4DF4A 2ETJA 1RTJA 1IH7A 1Z26A 4CJ4A 3THVA 4AHTA 1HYVA 2QKKA 2D0CA 1YTAA 4E7HA 3OJSA 4IG0A 3QERA 4KHNA 4FK4A 4H4MA 4DTNA 4DSFA 3SJJA 1HQUA 1RT3A 4LY7A 1VSIA 4B08A 4DQIA 3OYLA 4W5QA 2YKMA 4CEFA 4DTUA 2P5OA 4B9MA 1Y97A 1KVCA 3NF9A 2ATQA 4JS4A 3V9UA 4DSIA 4O0IA 2Y1IA 2XHBA 3TAFA 1RCHA 4CGGA 4FJJA 4B9LA 2KW4A 3DRSA 5C24A 4RG8A 4AH9A 3DRRA 3SYZA 1VK0A 1KSPA 4K8XA 2FBVA 3TAEA 1IKYA 4QAGA 5T7BA 3SUOA 2YNGA 1BCMA 1KRPA 1QS4A 1U47A 2GBZA 1NKBA 4DFPA 4HHTA 1S1UA 4RW6A 4M3RA 2KFNA 2VWKA 4F4KA 4CK2A 1TK5A 3AA4A 4Y1DA 4EZ9A 3BDPA 3OYNA 3S3MA 4KHWA 1J53A 1SKSA 4Z4HA 3NGZA 1X9WA 4CJSA 1NJYA 1IG9A 3RMAA 4CJ5A 4CIEA 2HHSA 5J2MA 1EP4A 1ASWA 2YHAA 3ALYA 1D9FA 3VA3A 4IG3A 3SCXA 1Q9YA 4O55A 4FLZA 3MXIA 2OZMA 4N76A 2OA8A 1RBRA 1RBVA 1KTQA 4HCBA 1XWLA 3H08A 4I2PA 4KHUA 4CGFA 1SL2A 3TI0A 2RF2A 4CEQA 4FJ7A 3HPOA 4RW9A 1RDAA 4JRPA 3QETA 1NK8A 1QSSA 1KFSA 4DSEA 4EZ6A 4W5RA 1S9GA 4DQRA 4CEEA 4CGDA 3AVGA 1JLEA 3QIOA 3LP0A 3K5LA 3KK1A 3V4IA 3SQ2A 3HJFA 4BACA 3NE6A 4DLGA 4FJ5A 2O4IA 4DLEA 3SQ0A 3HT3A 1FKPA 1C0MA 1EX4A 1TAUA 5D3GA 3K59A 5SZTA 3AO4A 1BGXT 3ISNC 4G1QA 3S3NA 4DQSA 1TL3A 5EU7A 4FJIA 1N6QA 3L3VA 2YNIA 3LP2A 4ZHRA 2ZD1A 4M42A 4M3YA 2FBTA 1QE1A 1S1TA 3VQ4A 1LWEA 3AO1A 4E3SA 1CZ9A 3C6UA 4CF2A 3V9ZA 5CYQA 4RW8A 2YNHA 3AVMA 5KI6A 3V9SA 2G8WA 4FJGA 4NCBA 5K14A 4OPJA 4UQGA 4CK3A 2ITGA 3S9HA 1D8YA 1UOCA 1TKZA 2IC3A 3ZSOA 1EXQA 4M3TA 1JKHA 4EP4A 4DSLA 4KB1A 1NOYA 1XI1A 1JLBA 1VSEA 2BGGA 3NDKA 2G8IA 3LALA 4Q5VA 4Z4IA 4IFVA 2HNDA 4ZTJA 3PY8A 3AVJA 3M8QA 4CEAA 3VQDA 1C6VA 4FM2A 5CZ1A 1FKOA 4W5TA 3T19A 1KVBA 3OYBA 3ASMA 3AO2A 4AHRA 4I9LA 3LZJA 3L2VA 4B9VA 1WSIA 2XY7A 3VQ8A 3NF7A 1SL0A 3P5JA 3P83D 3RR7A 4FCYA 1BI4A 4DTSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PHTX 4B3RK 4W5OA 1J5EK 1ATSA 1NM1A 4BRDA 1DKGD 4H5TA 2P1JA 1KLMA 1JCFA 4WQ5A 3BZKA 4CZMA 2VG5A 3P1GA 3VGKA 4PKGA 4B3TK 1NKEA 3AY9A 2Z1IA 4BVOA 3D2FA 4M7YA 1TUYA 3HZ6A 4O4GA 3K2PA 4V19S 3GE1A 1BIUA 4J8FA 5FPMA 3CD6N 1ILYA 3SPYA 3TANA 4IEIA 2G8UA 3AARA 5EY4A 3U3GA 3VN5A 2B5JA 2Q97A 4IBNA 4CZHA 4JI2K 1B9FA 1S1XA 5C2DA 1RBSA 4C1NI 3CFOA 3LANA 1BQMA 5GINA 4M3UA 1XMOK 3TSQA 3LM9A 2Q0RA 1EETA 2HHQA 1RTIA 2A42A 3QEVA 3QESA 3CXCM 1WSGA 3AO5A 4B1WB 2NLXA 3VQQA 2WC9A 4WQ4A 3ENHA 3OY9A 2F8TA 1YVUA 3CJCA 1A5WA 4FOIA 5BRHA 2YNFA 3HXMA 2V7YA 1LV5A 2HNZA 4DFKA 4WE1A 3LWMA 4FWPA 4H5RA 4YHHK 3LDNA 4BRHA 3GG4A 1L3UA 2JWLA 5J2PA 1K8AO 1K8KA 3PSIA 4M3XA 3CETA 3R9PA 1S6PA 2GEMA 2WBNA 3H3OB 1VQNN 2E2NA 3TAGA 5J1EA 5CR4A 1TGOA 3KKSA 3OBYA 4B1ZA 4DU1A 2ASPA 1YHQN 4GNIA 1G15A 3AVKA 5AQIA 2RN2A 3TWHA 2DPNA 2H3GX 1CXUA 3D0PA 3WT0A 4CEBA 4BDZA 1WSHA 1U4BA 1NJZA 3SAGA 4BWMA 1QTMA 1Z25A 4XIUA 4JI5K 4K42A 4BR0A 4RWTA 1W7AA 2P9PB 4PUOA 4JI6K 4CJPA 2BDPA 4KREA 1YIJN 2NRHA 5JVHL 3OYJA 1C1CA 3AA5X 5M1OA 4J2AA 4DCHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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