3WNEA

Cyclic hexapeptide pkidng in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (60-68)TI4 (79-82)EMPTYTI1 (56-59)TI3 (78-81)S2 (71-78)TIV1 (67-70)S3 (84-89)AH1 (94-106)AH2 (124-133)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 47
structure length 138
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wneA00
2OZSA 1U4BA 1NKEA 3TAGA 4FK0A 4Z4HA 3RMAA 3AO1A 1RTHA 4IBNA 3VQBA 4BWJA 3QEXA 2R7YA 4F2SA 2HHWA 3VA3A 4RW9A 1WSHA 1BQMA 3IRXA 4GW6A 4HTUA 4N76A 3ALYA 4B9NA 4CJRA 4DLGA 1L3VA 3L2VA 3S9HA 2PYLA 3ZT3A 4H8KA 3VQDA 4FJ5A 4CJUA 4IKFA 3MEDA 1D5AA 4W5OA 3NH1A 1X9SA 1B9FA 1CZBA 1TL1A 5KRTA 3THVA 3ZT1A 4J2BA 4IDKA 1J53A 4MFBA 4HCBA 1TVRA 1SKWA 2HB5A 3D45A 4O55A 3MXJA 2G8IA 1WN7A 4CFDA 4CEZA 4PWDA 1WSFA 3ISNC 2OPRA 3OYIA 3TAFA 2KZZA 4FLXA 3ZSYA 3CFOA 3IS9A 4CESA 4B9VA 3JSMA 1BIZA 1Z26A 4I7FA 4OVLA 3AVCA 3NFAA 3SV4A 2VG5A 3M8SA 1VSIA 3WNHA 2JGUA 4J2EA 4KAZA 1FKOA 3HYFA 5HRRA 1RT6A 3C6TA 4CGIA 4CF1A 1LWEA 1DLOA 3D0PA 5FDLA 3AO2A 2IGIA 2DFHA 1U49A 1LW0A 5I3UA 3KJVA 4KKOA 2OYQA 4CJEA 3L2QA 1C1AA 3NHGA 4FM2A 1QSYA 3OYHA 2QKKA 4J2DA 1RT4A 1VSEA 4KI6A 1X1PA 3KD1E 3NF6A 1T05A 2FC0A 5CYMA 4CEAA 4E1NA 3TR8A 3KLHA 3NDKA 1WAFA 2EHGA 2YNFA 4CEOA 3TAEA 3DLHA 3TANA 3AVKA 1X9WA 2I5JA 2XY5A 4E0DA 3AO5A 4FVMA 3DLKA 4DSKA 3V9SA 5KTQA 4RW7A 3NF7A 3OY9A 1SL1A 3NH2A 4LH5A 5JS1A 4F3OA 3QNNA 4AILC 4FJKA 3MAQA 1RDBA 4ID1A 4G1QA 3SUNA 4FJNA 2OPSA 4HUEA 4FZXC 3DYAA 3PX4A 1VSLA 4M3TA 3SUQA 3CM5A 2YKNA 2YNGA 3VQAA 4DQSA 4EZ9A 1VSFA 5HRNA 3JYTA 4CHQA 1KLMA 4Z4GA 4BE1A 1KFDA 1LAWA 1K6YA 4W5QA 4ELTA 3TAMA 4KI4A 3LAMA 3A2FA 2HHSA 4CEFA 2PY5A 4RG8A 3NGIA 1Q8IA 4KHSA 2HNDA 4KB0A 3B6PA 3OYGA 1JLEA 3QO9A 3I0SA 4FLZA 4FLTA 4N5SA 4DTMA 5J2NA 1EP4A 4AHVA 3OVNA 3DMJA 3CFPA 4Z4EA 2KTQA 1A5VA 1ZBLA 1LWCA 4FJ8A 4FJXA 1VRUA 1KCFA 2ZD1A 4OKKA 4CJWA 2XHBA 3SJJA 1C0MA 4CGJA 2YHAA 2F8SA 4ZHRA 3NE6A 4JRPA 3E01A 3VQCA 4FCYA 4O44A 3OYDA 4B08A 2HHXA 3P83D 4KHNA 1HYZA 2KQ2A 4CK2A 4DMNA 1BL3A 1HMVA 4O5BA 1NK8A 1S6PA 1U04A 4CE9A 4CF9A 5C25A 1KTQA 2RKIA 3OYKA 3AVGA 3V9XA 5J2QA 3VQPA 4R5PA 1U47A 2F96A 1G15A 2ETJA 2HVIA 1RCHA 2QXFA 4DS5A 1IG9A 1D8YA 4CJSA 3MEEA 4AHTA 1S9EA 3EY1A 2G8UA 3SQ4A 1C1CA 3LALA 4DQQA 4DTSA 3PV8A 2QK9A 1I39A 3SQ0A 3DRSA 4M3ZA 2KFNA 2RF2A 4DSEA 4BDPA 4CFBA 5KRSA 1J9AA 3RWUA 3PUFA 1LWFA 4CHPA 3KK1A 1VK0A 1ZBFA 3SNNA 1YVUA 3B6OA 1XHXA 4KHQA 1XHZA 3TAPA 1KRPA 4H4OA 1ASVA 2E4LA 3HPGA 4WE1A 4IFYA 3SQ1A 3AA3A 1ASWA 3V1OA 4FLVA 1IH7A 1KSPA 4GVMA 1VSHA 3QNOA 1Z25A 4XIUA 4IFVA 5CY4A 4DTPA 3LP2A 4LH4A 5EU7A 4B8AB 2IS3A 3O3FA 1RBTA 1UAXA 2O4GA 4CECA 4I9LA 1BIUA 1FK9A 3OYLA 1UWBA 3G0ZA 4AH9A 4NCAA 4CJ4A 2OPQA 3K5OA 1CLQA 3HM9A 1GOAA 1BI4B 3AA5X 1NKCA 4E7JA 4FJHA 1WSJA 4PUOA 5E41A 2GUIA 4O0JA 3S3OA 1TK8A 2HHUA 3ZSOA 1RTJA 3CG7A 3I0RA 3S3NA 2F8TA 3HO1A 1QSLA 1W9HA 3HP9A 1NK4A 3AO4A 4Y1DA 3OYNA 1LV5A 4KHWA 4FYDA 3QINA 1KVAA 3MXMA 1Q9XA 4DTUA 3NBPA 1RBSA 4L8RB 1ZBIA 3LP1A 1JKHA 1TK0A 1S1VA 1L3TA 3DLBA 1HYVA 3OS0A 1X9MA 4DSJA 2KW4A 1D9DA 4HHTA 4CEDA 1JXEA 3OYEA 5DMRA 4CHOA 1ITGA 3HVTA 1NK0A 3MXIA 3HJFA 1DTTA 4HUGA 4CGDA 4DFKA 1NJWA 3WNGA 1RDDA 3O4QA 4NCGA 2KZMA 4I2PA 1SKRA 3OYJA 1S5JA 3DOKA 2ATQA 3AO3A 3KLFA 3LPUA 1RT7A 3QLHA 2WOMA 4FM1A 3TAQA 5HBMA 4JS5A 4IG3A 3AVJA 3LP0A 3P1GA 3V81A 4KTWA 3QEVA 1RBRA 2BE2A 3CQ8A 3RMCA 2A1RA 4FK2A 1XWLA 4I2QA 1VSMA 1QSSA 1HPZA 4CIFA 4NYFA 1XI1A 3RRGA 4M3YA 4B3OA 1C6VA 4H4MA 4Q5VA 3HP6A 3IG1A 3OYAA 4BACA 5D3GA 4Z4CA 4FJIA 4CF0A 4KRFA 4BWMA 1VRTA 2E6LA 3NAEA 3C6UA 4CERA 2XY6A 3AVHA 1R0AA 2DY4A 4DQRA 3ZSWA 3LDSA 1IO2A 1O1WA 2E6MA 1RTDA 3WNEA 1BCMA 4C8KA 1C0UA 1S9GA 3T19A 1QHTA 3T1AA 4OGCA 4IG0A 5FRNA 1TKTA 1CZ9A 4UQGA 2B5JA 3ZSVA 4CJ3A 4CK3A 3V6DA 5KGWA 1NKBA 1JLBA 4AHRA 2LSNA 3K57A 5CZ1A 4CEBA 3KTQA 3F73A 3O3GA 4EP5A 4Z4FA 3L2WA 3QEWA 2HVHA 3KK2A 2IAJA 1RT3A 3DI6A 4M45A 4DU4A 2HHTA 3VQ4A 3K59A 2QKBA 2G8HA 2PYJA 3RMBA 2HMIA 1RDCA 1T7PA 1NOZA 5HRSA 2IC3A 1T8EA 1TKDA 4M3WA 1FXXA 4KO0A 3HK2A 2D0AA 4CEQA 5KGXA 4OPJA 4CJQA 1KVCA 4OGEA 2P51A 4OPKA 2G8WA 3ZT0A 1NK9A 3KD5E 4AHCA 1WAJA 4FW1A 1TL3A 4E1MA 3K58A 4FLWA 3V4IA 4QCLA 4F8RA 1WSGA 1RBVA 3M8QA 4CHNA 4FZYA 3OS1A 3KLGA 1JL2A 5J2MA 3LWMA 4CK1A 3VQ8A 3PO5A 5FRMA 1S1WA 2WONA 2A1SA 3O3HA 5CYQA 2G8KA 1BCOA 4I9QA 2D0CA 1HNIA 4ELUA 1Y97A 2HW3A 3RTVA 3V9UA 4LSLA 4FJJA 4RW8A 3LPTA 4DTXA 4DTOA 2Z1IA 4E7KA 1NJYA 3VQ5A 2RN2A 1NOYA 3RR8A 1EETA 5SWMA 2Z1JA 3L2RA 3LWLA 5J2PA 3WNFA 4M42A 3QERA 1IKWA 1RNHA 4NCBA 4DF4A 1BHLA 4CEEA 1GOBA 3NF9A 4BDZA 5HRPA 4DSIA 1TAUA 3RR7A 4FJGA 4CFAA 2VG7A 4FLYA 2ITGA 4DS4A 4FZZA 4QAGA 1J5OA 4EZ6A 4DU3A 3IAYA 2B6AA 4DG1A 2Y1IA 1QS4A 1IKXA 2O4IA 2P1JA 1QE1A 3LP3A 3L3VA 5FROA 4O4GA 1BISA 4B9MA 2YNHA 2Q3SA 1YT3A 3QEPA 3OYCA 3QIPA 3OJUA 1CXUA 4CJLA 2HNYA 3SUPA 3DLRA 4Z4IA 2X6SA 3VQ6A 4KV8A 5I42A 1JLQA 3AVLA 2KFZA 3SQ2A 3AVAA 5HP1A 2VWJA 4DSLA 2PZSA 1S1TA 3SUOA 5K14A 1ZBUA 4LSNA 3ZSXA 4FLUA 2BANA 3VQ7A 4BE2A 3SI6A 3TWHA 3KK3A 3LAKA 1KFSA 4PY5A 3L2UA 4N47A 4CJVA 2XRIA 3AV9A 2D0BA 3L8BA 3M8PA 4YNQA 4OKEA 5JS2A 3RMDA 4ICLA 1JLCA 1DTQA 3MECA 4TSXA 4LY7A 4E7HA 1S1UA 3AVIA 1QTMA 4C8OA 3PX6A 3ASMA 3BDPA 1B92A 2FBTA 3VA0A 4B9TA 1Q9YA 4CIEA 5C24A 4JLHA 3VQQA 3AVBA 4CJ5A 3TI0A 4CF8A 3HL8A 4FM0A 5DK5A 1SV5A 2ZE2A 2ZQBA 2BGGA 4ZTFA 4OLAA 3HSTB 1B9DA 1QQCA 2VG6A 3U3GA 4CFCA 4DTRA 4Y1CA 3DRPA 3ITHA 1I3AA 1LAVA 1TK5A 1RT2A 4KTZA 4FJ9A 2DTUA 3TABA 1RT1A 1YTAA 3SZ2A 1W0HA 4CJFA 4B8CA 4EP4A 1TKZA 1D9FA 1LW2A 3NH0A 4W5TA 4KFBA 1HYSA 3OJSA 4C8NA 3K5LA 4E7IA 4DU1A 1NJXA 4F2RA 4N41A 1UA0A 5T7BA 4CCHA 4AHSA 1RTIA 3SCXA 4M3UA 1NK5A 1VSJA 3KLEA 2NUBA 4C8LA 3I8DA 3K5MA 1HQEA 1A5XA 4E19A 3AA2A 3DM2A 1EX4A 2XY8A 3H08A 4KHYA 1JLFA 2XO7A 4ID5A 2RPIA 1RILA 4CJKA 2Z1GA 1REVA 3HPOA 4DFMA 4B9LA 1RBUA 3LANA 3QEIA 3T3FA 4J2AA 4FJMA 2VWKA 1RDAA 2DFEA 4PA1A 5CZ2A 3TARA 1FKPA 2JLEA 4GMJB 4FK4A 2FBVA 3NGYA 4AHUA 2X6NA 4W5RA 2G8FA 1YTUA 3AVMA 3AVFA 2AJQA 4FW2A 1WLJA 2OPPA 1WSIA 3G10A 4LD0A 1A5WA 2W42A 2FBXA 4PQUA 1GOCA 3SPYA 3HT3A 1L3UA 1EKEA 4DFPA 3FFIA 3SV3A 3S3MA 1NJZA 4KTQA 4Z0UA 1EXQA 1JXBA 3CM6A 3ZT2A 3EYZA 3DLGA 4CF2A 2G8VA 1TV6A 4B9SA 1NK6A 4DTJA 4NYNA 1BI4A 4M3XA 1C1BA 3M8RA 3PX0A 3PO4A 4BE0A 1WSEA 4DSFA 5SZTA 2HNZA 3AVNA 3HPHA 2P5GA 4K8XA 2HHQA 4DTNA 2FBYA 2EX3A 4JRQA 4RW6A 4ZTJA 3DRRA 4FXDA 4Q0BA 1WNSA 1T03A 3QESA 3VN5A 2P5OA 3MEGA 5J1EA 3O4NA 2IOCA 2XY7A 4OLBA 1JLAA 4M41A 4QOZB 4CIGA 3LZJA 1U48A 4K8ZA 2YNIA 3ZCMA 1CXQA 4M3RA 3OYBA 3EZ5A 3U6FA 3UIQA 3NCIA 2YKMA 1J54A 2Z1HA 2DFFA 4CJTA 4HUFA 4JS4A 4OKJA 1L5UA 3RRHA 1F21A 3KIOA 3NF8A 4E3SA 4HCCA 4KHUA 3OYMA 5KI6A 3U3YA 3P5JA 4DQPA 2HHVA 3KKSA 1HJRA 3SYZA 4KREA 4KPYA 1NK7A 3DOLA 5C42A 1C0TA 1N5YA 3NGZA 1HRHA 1BQNA 3KKRA 4C8MA 2X74A 1MU2A 1IKYA 4O0IA 3ULDA 3F9KA 3HXMA 3QIOA 4CGHA 2Y1JA 1L3SA 3ZSZA 3V9ZA 1SKSA 3VQ9A 3ZT4A 3V1RA 1KVBA 4OJRA 4HVJA 1HQUA 3AA4A 3L3UA 3SPZA 4FJ7A 4ELVA 1ZYQA 1JL1A 1XC9A 3ZSRA 2B4JA 2OA8A 4FJLA 4CHYA 3OS2A 3V9WA 4N56A 4BDYA 4CJPA 4F3TA 1N6QA 4DQIA 1UOCA 3VQEA 4F4KA 1ZBHA 1SUQA 1HNVA 3HVRA 1U45A 4DFJA 2OZMA 2YV0X 2IDOA 1VSKA 3LZIA 1TAQA 3K5NA 1UA1A 1KLNA 1BGXT 3C95A 1TGOA 2D5RA 3CYMA 3KLIA 4DF8A 4E7LA 1SL0A 5HLFA 4YFUA 1S6QA 4DLEA 2GBZA 3CFRA 3DLEA 3ZSQA 3QETA 4CGFA 4E89A 4W5NA 4B9UA 3BGRA 4CGGA 1ASUA 2YHBA 3V1QA 1JLGA 1RT5A 1SL2A 1S1XA 3PY8A 1IKVA 3OYFA 5HROA 3C94A 4MQ3A 1TKXA 2BDPA 4DWIA 4KB1A 3K2PA 2X78A 4RW4A 1VSDA 2GV9A 4CHZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDWX 2OZSA 3RMAA 2WC9A 2P9IA 2VQEK 4RW9A 1WSHA 1M90O 4ISGA 4CJRA 5JMVA 4B9NA 3L2VA 4DR2K 5BN9A 4J8FA 4IKFA 1B9FA 3CJCA 2Q97A 3THVA 4HCBA 1J53A 1BWFO 1Q18A 1SKWA 2HB5A 3D45A 5C12A 1T6CA 2P9KA 2G8IA 4JK9A 4OPAA 1IJJA 3PSIA 3C0BA 3DXKA 3CCVN 2KZZA 4FLXA 3SMSA 4LFAK 3ZSYA 4CESA 4B9VA 2A41A 1BIZA 3F9MA 1KC8O 5HRRA 1RT6A 4CGIA 4CF1A 3QDKA 4CZIA 2J4RA 3FFKB 1HNZK 2DFHA 1LW0A 4BG9A 5I3UA 3KJVA 5M1NA 1C1AA 2QKKA 2FXUA 3CPEA 1N8RO 3M6GA 2FC0A 4YORA 2QEXN 2O8DA 2YNFA 4JHDB 3DLHA 5AQSA 4K25A 2E8AA 2QA4N 2Q0RA 4FL9A 3NF7A 3OY9A 1VQ6N 2E2NA 3NH2A 4LH5A 4FJNA 1RDBA 5AZJA 4G1QA 4GVEA 4FZXC 2FSJA 5HRNA 4H0TB 4PKGA 4Z4GA 1K6YA 3JAMO 4CZGA 2PY5A 4RG8A 1BU6O 3WEEB 4KHSA 2HNDA 4DV5K 5AQTA 1JLEA 3I0SA 3SJHA 4FLZA 5AR0A 5J2NA 3EKSA 1EP4A 5I9EB 4FJ8A 3ID8A 1VRUA 2ZD1A 4OKKA 3WUHA 4CJWA 3SJJA 1VAZA 4PL8A 2YHAA 2F8SA 4DR1K 1HYZA 4CK2A 4O5BA 4CE9A 4CF9A 1IBLK 2F96A 3VETA 3ENBA 3CC2N 4NXNK 3MEEA 2G8UA 4DTSA 5FPNA 1I39A 1FW6A 1HNWK 4DSEA 3THYB 1J9AA 1K8KB 2P9LB 1GLEG 1YVUA 4KHQA 1XHZA 2JWLA 4H4OA 1ASVA 4BROA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RDW X;  2OZS A;  3RMA A;  2WC9 A;  2P9I A;  2VQE K;  4RW9 A;  1WSH A;  1M90 O;  4ISG A;  4CJR A;  5JMV A;  4B9N A;  3L2V A;  4DR2 K;  5BN9 A;  4J8F A;  4IKF A;  1B9F A;  3CJC A;  2Q97 A;  3THV A;  4HCB A;  1J53 A;  1BWF O;  1Q18 A;  1SKW A;  2HB5 A;  3D45 A;  5C12 A;  1T6C A;  2P9K A;  2G8I A;  4JK9 A;  4OPA A;  1IJJ A;  3PSI A;  3C0B A;  3DXK A;  3CCV N;  2KZZ A;  4FLX A;  3SMS A;  4LFA K;  3ZSY A;  4CES A;  4B9V A;  2A41 A;  1BIZ A;  3F9M A;  1KC8 O;  5HRR A;  1RT6 A;  4CGI A;  4CF1 A;  3QDK A;  4CZI A;  2J4R A;  3FFK B;  1HNZ K;  2DFH A;  1LW0 A;  4BG9 A;  5I3U A;  3KJV A;  5M1N A;  1C1A A;  2QKK A;  2FXU A;  3CPE A;  1N8R O;  3M6G A;  2FC0 A;  4YOR A;  2QEX N;  2O8D A;  2YNF A;  4JHD B;  3DLH A;  5AQS A;  4K25 A;  2E8A A;  2QA4 N;  2Q0R A;  4FL9 A;  3NF7 A;  3OY9 A;  1VQ6 N;  2E2N A;  3NH2 A;  4LH5 A;  4FJN A;  1RDB A;  5AZJ A;  4G1Q A;  4GVE A;  4FZX C;  2FSJ A;  5HRN A;  4H0T B;  4PKG A;  4Z4G A;  1K6Y A;  3JAM O;  4CZG A;  2PY5 A;  4RG8 A;  1BU6 O;  3WEE B;  4KHS A;  2HND A;  4DV5 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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