3WNEA

Cyclic hexapeptide pkidng in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 47
structure length 138
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wneA00
4BDYA 2FBYA 1VSDA 3NH2A 1IH7A 1ZBHA 3M8QA 3AVFA 4IG0A 1X9SA 3IG1A 4DTMA 1WSFA 3NH1A 3SNNA 3DLGA 1HNIA 5JS2A 4CF0A 2HNDA 4JLHA 4Z0UA 1WSEA 1DTQA 3IRXA 1X9WA 2LSNA 3KTQA 4ELUA 1JLCA 4IFYA 3SZ2A 4FJNA 1REVA 4HTUA 1T05A 3U3YA 1QSLA 1IKYA 1RT5A 4B3OA 3SUNA 2OYQA 1D8YA 4I2QA 4KHYA 4CJWA 3VA0A 3VQQA 2WONA 4HUGA 2DY4A 1RTJA 1UA0A 4C8NA 4CGFA 1Z25A 4IDKA 3L8BA 2OPRA 4HHTA 1C1BA 3AA3A 2YNIA 3PX0A 2ITGA 2HHSA 4N5SA 3AVGA 1NJZA 4CCHA 3M8RA 4M3YA 3AO2A 3A2FA 4KPYA 4W5NA 1K6YA 1NJWA 2YHAA 1VK0A 3ZT1A 2IOCA 2G8VA 4I7FA 4ZTFA 3G10A 4DQSA 4FJ8A 2HNZA 4CE9A 1GOAA 1D9DA 5CZ1A 4DQPA 1C0UA 3OYDA 1X1PA 5HRPA 1T03A 3P5JA 4OVLA 1KFDA 1Q9XA 1B9FA 3NF8A 4FVMA 3OYCA 1Z26A 2Y1IA 3RTVA 4JRQA 1SKRA 4AHSA 2YKMA 4DU1A 2VWJA 4DS4A 3ZT3A 3PV8A 1KRPA 1YTUA 4R5PA 4KKOA 4N76A 1C0TA 4FCYA 4BWJA 1TK5A 3C95A 1S1TA 1JXEA 3SQ2A 1WAJA 4J2BA 4N41A 4CJ5A 1SUQA 4NCGA 1S5JA 3QEWA 1EP4A 4FK4A 3AVHA 3NDKA 4KHUA 3K2PA 1ZBLA 4KHSA 5CZ2A 1XHZA 3ZCMA 3SQ4A 3CQ8A 1WSHA 3S3OA 2DTUA 3KLEA 1LWFA 1S6QA 4OGCA 4B8CA 4CFAA 3OYFA 4E89A 2XO7A 5J2NA 3RRGA 3K59A 2XRIA 3CG7A 4LSNA 4CHQA 4C8OA 3UIQA 4I9QA 4KTZA 4NYFA 4KTQA 5T7BA 1NK5A 3C94A 4CGHA 1UAXA 1L3UA 4FJHA 3AO5A 4CIEA 4FM1A 4BACA 3HL8A 1RDBA 4E1NA 1W0HA 4I2PA 1BHLA 3RMAA 1J5OA 2EHGA 4I9LA 4DTRA 3TAGA 4KTWA 3ZSVA 4DFMA 3HJFA 4W5OA 3DMJA 1RT1A 3ZSWA 5HRNA 4CEEA 1RILA 1W9HA 2ATQA 1T7PA 3DRRA 3OYIA 5FRMA 3KKSA 3KD5E 1YT3A 3ITHA 1LAVA 2Y1JA 2YNHA 1WSJA 2EX3A 4M3UA 1S1VA 3HPHA 1YTAA 3VQ5A 5KRSA 3MXMA 1RT2A 1VSIA 3SJJA 3LAMA 4FLWA 1DTTA 4E19A 2B6AA 2JLEA 2HB5A 3MXJA 3VQ6A 4B9SA 4DQIA 3QEVA 2P5OA 3PO5A 4E7JA 4FJIA 3M8PA 4PY5A 3PX4A 1KLNA 5I3UA 1KFSA 2P5GA 3CYMA 4F3TA 1QS4A 3T19A 3QINA 4AHUA 4FZZA 4M3WA 3AA4A 1IKXA 2G8UA 4FW1A 1RBVA 4LH5A 4E7LA 4RW6A 1RCHA 4GMJB 4E7IA 4DG1A 1NKCA 3NF6A 3HXMA 4IBNA 3MEEA 4CJ3A 3OS2A 2D5RA 1S1XA 1ZBUA 3RMBA 2HHUA 4DSKA 2GUIA 5I42A 1I3AA 3HVRA 1D5AA 3RMCA 2KFNA 1RT3A 3BGRA 2DFEA 4CHOA 4DSJA 5FDLA 1Q8IA 4XIUA 1VSKA 4EP4A 3HT3A 1RNHA 5HROA 1BQMA 2RN2A 3O3FA 3WNHA 3CFPA 3VN5A 3OVNA 4FJLA 3TAEA 1RTIA 3SV3A 2KFZA 4Z4EA 1NK0A 1KSPA 4DLEA 2E6MA 1BIUA 2IAJA 3ZSZA 3M8SA 1NK6A 1KVBA 5HLFA 1JLFA 1NOZA 2ZE2A 4N56A 3V9WA 3DLBA 1JLGA 5C25A 1JKHA 1T8EA 3QLHA 4FXDA 1SKWA 2BE2A 2GV9A 3AVAA 4AHCA 1XI1A 1XC9A 5KRTA 1U49A 2G8HA 4Y1DA 1F21A 4FJKA 2PY5A 1TKTA 3SPZA 4KB0A 1BIZA 4CEFA 4W5QA 3V9XA 1BISA 1KLMA 1QQCA 1UOCA 1ASVA 4CEOA 3ZSXA 3OYHA 2G8KA 2HW3A 3L2VA 4CJ4A 4C8KA 1LW2A 1C1CA 1SKSA 5HP1A 3KIOA 2D0AA 4CECA 4O55A 4CESA 3OYBA 3SI6A 3T3FA 4F2RA 4DSFA 1CZBA 1QE1A 1TGOA 4RW8A 4CFDA 3AVJA 3KJVA 4FJ7A 1KCFA 4GVMA 3MEGA 2ETJA 4ID1A 4LD0A 4DQQA 4DTNA 3AVLA 5HBMA 1IO2A 4CJFA 4FLYA 4EZ9A 1VRUA 5SZTA 2IDOA 4CEZA 3L2RA 3TABA 2PYLA 1U4BA 1FK9A 1U48A 4ZTJA 1SL1A 1HPZA 4CEQA 1N5YA 1S1UA 3U3GA 3SPYA 1RTDA 4B9MA 1U47A 1EKEA 5DMRA 5C24A 3CFRA 1HQUA 1TK8A 3OY9A 3LDSA 4DTUA 2QKKA 1NK8A 3OYNA 1BI4B 3JYTA 1L3VA 3V81A 3HSTB 3ZSQA 1NK9A 4KREA 1LV5A 5KI6A 3V9UA 3P83D 3LP1A 3WNEA 2BDPA 4L8RB 1WSGA 1D9FA 2I5JA 4HUEA 3ULDA 3QERA 3SUPA 1BQNA 2D0BA 3OYEA 1S9EA 4CIFA 4FYDA 4DF8A 4FM0A 1RDCA 1TKDA 1FKPA 3LAKA 3TANA 3NBPA 1HRHA 1S9GA 4AHRA 2X74A 1O1WA 3KLGA 2VG7A 2XHBA 4ELTA 4WE1A 1S1WA 4DFKA 4KAZA 4B9VA 1ZBIA 1EX4A 3LALA 2OA8A 4JS4A 2O4IA 3SUQA 1LWEA 4MQ3A 4OPKA 3EYZA 1C0MA 1TAQA 1JLAA 1B9DA 3ISNC 4LH4A 4E1MA 4B9UA 1VSMA 1HYSA 1VSFA 1C6VA 3AVCA 3L2WA 4ICLA 1VSLA 3NCIA 4CF1A 3ZSYA 4EP5A 4FJJA 3IAYA 5CY4A 1BCOA 3LANA 1BCMA 3I8DA 2QK9A 2OPPA 4BE2A 2A1RA 4K8ZA 1B92A 3O3HA 3S9HA 1SL0A 4M3XA 4OPJA 4NYNA 1GOCA 1S6PA 3PY8A 2Q3SA 2FBTA 2YNGA 3KK2A 3EZ5A 2PZSA 3OS1A 4IFVA 3ZT0A 2F96A 2HHQA 2AJQA 4CGJA 4DTJA 3AO3A 3HK2A 2P1JA 4CHNA 1JL2A 5JS1A 1RT7A 4B9NA 3HPGA 4RW9A 4BWMA 5J2MA 4Q5VA 3LPTA 4PA1A 4CGDA 4AILC 1TK0A 4Z4GA 4CF2A 2OZMA 2Z1JA 4KHQA 1WSIA 4CEAA 1XHXA 3KK3A 1WAFA 4DFPA 3V4IA 4PQUA 4LY7A 4H8KA 4HUFA 3QETA 3LP0A 1RTHA 3NF9A 3KLIA 4RG8A 1RDAA 3I0SA 3KKRA 3TAPA 3K5NA 2X78A 1JLBA 3VQBA 4F2SA 4CIGA 1A5VA 1LW0A 1Y97A 1YVUA 4OJRA 3O4NA 3DM2A 5J2QA 1QSYA 4FJ5A 3SYZA 1RT4A 3O3GA 3HP6A 3E01A 1NOYA 2VG6A 2YNFA 5KGXA 2W42A 2A1SA 4OLAA 3AVKA 2QXFA 4MFBA 4M41A 4E3SA 3ZSOA 3NFAA 3QIOA 3HPOA 4DU3A 2G8FA 4UQGA 1ASWA 2RKIA 2HHXA 3VQEA 1GOBA 1TAUA 4TSXA 3FFIA 4DF4A 3THVA 3AVBA 4YFUA 2FBVA 1CXQA 4H4MA 4O0JA 4OGEA 3VQAA 1ZBFA 3JSMA 3QEIA 3VQDA 3V1RA 3S3MA 4KHWA 2BGGA 4F4KA 3NGIA 1TKXA 4FLVA 4BDZA 3WNGA 3QEPA 3SCXA 4OKJA 2Z1GA 3L2QA 1TVRA 3SV4A 2RPIA 3D0PA 5CYQA 1Q9YA 1WLJA 4DS5A 2JGUA 3OJUA 1A5XA 3WNFA 2WOMA 2VWKA 3QIPA 2HHTA 3NH0A 4ID5A 3PUFA 4LSLA 3AO1A 3K5MA 4JS5A 4OKEA 1VSEA 4CK2A 3PO4A 3C6TA 1JLEA 1U45A 1RBSA 4F3OA 2HHWA 3MAQA 2G8IA 3ZT2A 1BGXT 4CJRA 3AVIA 4FLZA 1J53A 3SQ0A 3F9KA 2G8WA 4M42A 4CJQA 3NE6A 3TAQA 2OPQA 3S3NA 1J54A 2HVIA 3OYAA 1FKOA 2HHVA 2KQ2A 3RWUA 3K5OA 5KTQA 1X9MA 4QAGA 1QTMA 2B5JA 4FZXC 5D3GA 1ASUA 1IKVA 3NAEA 1NK7A 3QESA 3ASMA 3LZJA 3DLKA 4Z4HA 3RR8A 3I0RA 4CJLA 3DOKA 4E7HA 4DFJA 4CJUA 3AO4A 4J2AA 4B08A 3RRHA 1TL1A 3P1GA 4FZYA 3HP9A 4E0DA 4PUOA 1EXQA 1HMVA 5SWMA 3RMDA 4DSLA 4FJGA 4HVJA 4OKKA 4EZ6A 1JLQA 1DLOA 2HNYA 4KFBA 1J9AA 2XY7A 2XY5A 4NCBA 4AH9A 4RW7A 4CHPA 4KI6A 4C8MA 4CEDA 4B9LA 1BL3A 3V9ZA 4DTXA 4FJ9A 3C6UA 3NF7A 5DK5A 2DFFA 4CHZA 4DTOA 4BE0A 3VQ8A 1XWLA 3U6FA 3HO1A 2X6SA 2R7YA 4CJPA 1SL2A 5C42A 1HYVA 2IGIA 4O5BA 4CF8A 4CF9A 4CK3A 3B6PA 3BDPA 4PWDA 4Y1CA 2X6NA 1QHTA 3KLHA 2F8TA 3LWLA 1CZ9A 1RDDA 3VQPA 1QSSA 3OJSA 1RBRA 2P51A 4HCCA 4DMNA 3K5LA 1HJRA 2ZQBA 1VRTA 3DRSA 4W5RA 1UA1A 1RBUA 1LWCA 4GW6A 2RF2A 1RBTA 4O0IA 1KVCA 4DWIA 4Q0BA 4KO0A 3OYMA 4CJEA 3G0ZA 1MU2A 3CM5A 4CJKA 5J2PA 1JXBA 1ZYQA 4B8AB 3TR8A 3OS0A 3K58A 3KK1A 3TI0A 4DQRA 2Z1HA 3OYLA 2NUBA 5HRRA 2BANA 3AV9A 1KVAA 2VG5A 2ZD1A 3V1QA 4CFBA 1KTQA 1TL3A 4CK1A 4BDPA 4DU4A 4KHNA 4Z4IA 4KRFA 5E41A 4K8XA 3CFOA 4AHTA 4J2EA 2IS3A 3V6DA 1I39A 3HM9A 4IKFA 2QKBA 4Z4FA 4N47A 3HVTA 4ELVA 4QOZB 3RR7A 2YKNA 4OLBA 3V1OA 4AHVA 5KGWA 2KZMA 2GBZA 3L3VA 1N6QA 1CLQA 2F8SA 4O4GA 4O44A 4FJMA 3L2UA 3KLFA 3LZIA 1HYZA 3TAFA 1A5WA 3VQ7A 1NKBA 2Z1IA 1IG9A 4G1QA 1NK4A 4DTSA 3KD1E 4C8LA 1VSJA 2OZSA 5FROA 3ZT4A 5CYMA 5EU7A 4M3TA 1TV6A 1LAWA 4W5TA 2E4LA 3O4QA 3TWHA 3VA3A 2HVHA 3AVNA 1HQEA 2YV0X 1VSHA 3DYAA 4JRPA 4HCBA 1C1AA 3ZSRA 1JL1A 2OPSA 2PYJA 4KV8A 3LWMA 2XY8A 1TKZA 3OYGA 4FK0A 3NHGA 3TAMA 1ITGA 3CM6A 5HRSA 4RW4A 4DSEA 2FC0A 3F73A 4QCLA 2IC3A 3V9SA 2YHBA 4FM2A 2XY6A 3DLRA 2KZZA 3NGZA 3DOLA 2D0CA 1CXUA 3LPUA 3AA5X 4M45A 3OYJA 4CHYA 3DLEA 1UWBA 1WN7A 3VQ4A 4CGIA 4FLXA 4FJXA 1SV5A 3IS9A 3TARA 4FK2A 4J2DA 1EETA 1HNVA 1L5UA 4KB1A 4ZHRA 4DSIA 4NCAA 1IKWA 3DI6A 2KW4A 1FXXA 3LP3A 3MEDA 4FW2A 4CJVA 1WNSA 3OYKA 2FBXA 2E6LA 4Z4CA 2DFHA 3D45A 4YNQA 1L3TA 3VQ9A 4BE1A 3MXIA 1U04A 3DRPA 3LP2A 3NGYA 3EY1A 3DLHA 3VQCA 1G15A 1RT6A 2O4GA 1L3SA 2HMIA 4CJTA 3AA2A 4DTPA 3ALYA 3SUOA 5FRNA 1NJYA 4CEBA 4CJSA 4M3RA 3HYFA 3QEXA 1NJXA 4CFCA 3K57A 3PX6A 3H08A 1R0AA 4M3ZA 1BI4A 5J1EA 4E7KA 4FLTA 3T1AA 1NKEA 3B6OA 3MECA 4F8RA 4IG3A 4KI4A 3AVMA 4CGGA 4B9TA 3L3UA 4H4OA 3QNOA 4CERA 2KTQA 2B4JA 4FLUA 4DLGA 3SQ1A 3QNNA 3QO9A 5K14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBYA 5AQPA 2GTDA 1S72N 1C0GA 4IG0A 4WFNL 4DTMA 3DLGA 1HNIA 4CF0A 2ZJPL 4AQYK 2P9SB 4JLHA 1WSEA 1X9WA 4ELUA 3L4IA 1REVA 4HTUA 4I2QA 4CJWA 2NLXA 4JD2A 4FWNA 4HUGA 1UA0A 4IEIA 3QFPA 4IDKA 4NB4A 4K0KK 4N5SA 1KC8O 3AVGA 3H1QA 3R1XA 1HNXK 3A2FA 3H46O 2YHAA 4BRPA 2UXDK 2HF3A 1WBDA 3OBYA 1D9DA 1C0UA 1X1PA 3NMUA 1KFDA 3QFUA 4JRQA 2QXLA 2VWJA 1YTUA 2O8CB 5LMUK 1WAJA 5JICA 3O9TA 1S5JA 3ZX3A 4FK4A 3AVHA 3NDKA 2ITMA 4KHUA 3K2PA 5AZJB 4CFAA 3AGRA 3CG7A 3U9ZA 4JKAA 2ASOA 1QQMA 1VQ5N 4A2BA 4YOUA 3THXB 4IDHA 4CGHA 3AARA 4CIEA 4LF4K 1X3NA 1O13A 4AM7A 4I2PA 1BHLA 1GLLO 2VCPA 4KH6A 3O6WA 4W5OA 1E4FT 2ZGYA 1RILA 2YJEA 3HZ6A 4YDUA 3D7EO 2CGJA 1WSJA 2EX3A 1XMQK 1YTAA 1VSIA 3LAMA 4FLWA 3HM8A 2F9TA 3MXJA 4FWOA 4B9SA 3CD6N 2P5OA 3T1YK 3QMLA 3PX4A 1KLNA 3W0LA 2P5GA 3WXIA 3QINA 1KAXA 4LH5A 1NM1A 2ZJQL 4IBNA 1S1XA 3WXLA 1OKJA 2HHUA 2GUIA 2KFNA 4JYAK 3O9QA 4CHOA 4DSJA 1VSKA 1RNHA 4CBXA 3WNHA 3OVNA 5AQRA 3OHRA 4DLEA 1BIUA 4M7XA 1JLFA 2F9WA 5AQKA 3DLBA 5C25A 1T8EA 3J7ZO 3L4QA 2QWOA 1XI1A 3DJCA 4K43A 2PY5A 3DXMB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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