3WNFA

Cyclic hexapeptide ckidnc in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 133
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnfA00
4OJRA 4KV8A 1LWEA 1QS4A 1TVRA 4C8NA 4F4KA 4DSEA 1TK8A 1YTUA 4E0DA 2FBTA 2DTUA 3VQDA 4CK2A 4DTRA 4CEOA 3PX0A 2PY5A 3OYIA 3MXMA 5JS1A 1D9DA 4CFDA 1JLQA 3AVMA 3LAKA 3OVNA 1TAUA 3DOKA 1K6YA 3NBPA 3RRGA 4CJEA 3MEEA 5T7BA 3O3HA 1SKRA 1VSKA 3U3GA 3VQQA 3NF7A 1VRUA 4DQPA 3HSTB 4M45A 3RWUA 1YT3A 4AHRA 3V4IA 4ZTJA 3K58A 4DU4A 4FK4A 4KRFA 4E7IA 1KVCA 4C8OA 5J1EA 1VSLA 3LP3A 5HROA 1EP4A 1QSLA 4FJ7A 3OYJA 1VSMA 1IG9A 4J2BA 3B6PA 1XHZA 3NH2A 2HVIA 1UA1A 2HNYA 3SQ1A 4OGCA 3TABA 3L3VA 1HNVA 3DRSA 3ZSQA 3AVJA 3HP9A 3ZT3A 3SPYA 4HTUA 1ZBFA 3NH1A 4CJQA 3ISNC 3KTQA 2YHAA 1RBTA 3S3MA 1ZBHA 2GBZA 3MEGA 4FLZA 5HLFA 1NJWA 3OYCA 4I7FA 2NUBA 3OYMA 3QETA 4HCBA 1C6VA 4DTXA 4KFBA 3ZSWA 2HB5A 5SWMA 1U48A 1HYVA 1BCMA 3QERA 3NF6A 4ID1A 1NK7A 3OS1A 1KFSA 1C1BA 4OPJA 4W5QA 5D3GA 1S6QA 3FFIA 3VQ7A 4AHTA 3NH0A 3SYZA 4ZTFA 3AA5X 4FW1A 4CFBA 3LAMA 2OPPA 2GV9A 2E6LA 5FROA 4E3SA 4B9UA 3PY8A 3OYHA 1SL0A 4KHQA 4Z4IA 2HHSA 1C0TA 2DFEA 4NYFA 4M3RA 2Z1GA 4IG3A 1L3SA 2YKMA 4FLXA 1DTQA 5CY4A 3ZCMA 1I3AA 3O3GA 4OLBA 4OLAA 1HMVA 4OPKA 4E7JA 4CF1A 4E7HA 4CF8A 1KFDA 3LWMA 5HRNA 5JS2A 4BDZA 3S3NA 3LWLA 3OS2A 2D0AA 3AVCA 4Q0BA 3OYAA 1IO2A 3HT3A 4NYNA 1RBVA 4I2QA 2XO7A 1LAWA 4MQ3A 3L2QA 3SUQA 2KZZA 4CF9A 4CGJA 1KSPA 4KHYA 4CCHA 4DG1A 3NHGA 1S1WA 1VSHA 3OYFA 4FZYA 2KZMA 1T05A 4HUGA 3BGRA 4DLEA 3SJJA 1NK9A 3EYZA 4DFPA 1D8YA 4F8RA 1EKEA 1RT2A 2D0BA 1RTHA 1WLJA 4DF8A 1RTIA 1WSEA 4DFJA 1KRPA 3V1QA 2G8WA 1GOAA 3PO5A 2PYLA 3L3UA 1KVAA 3A2FA 1YVUA 1A5XA 2BDPA 2BANA 4RW6A 3C95A 1CZBA 4B9SA 4KB1A 3QEVA 3KK3A 3M8SA 2FC0A 1TKTA 2BE2A 3U6FA 3SNNA 4FJ5A 3OJSA 1W9HA 3VQAA 3OY9A 4DF4A 3MXIA 4CJFA 1J53A 1U04A 4JLHA 4O0IA 4BDYA 4J2DA 4CE9A 2F8SA 2HW3A 1FXXA 2ATQA 2B4JA 4CGGA 4KHSA 1JLFA 1O1WA 3RMDA 3T19A 4CEZA 1BI4A 3EY1A 4N76A 3HL8A 4E1MA 4Z0UA 1VSDA 1VSFA 5J2NA 4NCBA 3AA2A 4CHQA 1ZBUA 1U47A 3S3OA 4CGFA 4N5SA 3ZT4A 1ZYQA 2G8KA 4FCYA 4QCLA 2QKKA 2G8VA 3VQ8A 2R7YA 1NKEA 3G0ZA 4DTUA 4CFAA 1GOCA 1RILA 1U4BA 4B9LA 4PQUA 1U49A 2RN2A 3KJVA 5SZTA 1CXUA 2XY6A 3P5JA 4IG0A 1TL1A 3AO3A 4ELTA 4CGHA 3OS0A 4FK0A 1JLBA 2YNFA 3CFOA 1MU2A 1T7PA 3TAMA 3KLEA 2HHWA 3KLIA 3THVA 3VA3A 1N5YA 4XIUA 3NGYA 1S1TA 4CJSA 2QXFA 4HUEA 1IKYA 3RMAA 4W5NA 3KK2A 1L3UA 4PA1A 1TAQA 1SKWA 4E7KA 5FRNA 4CJKA 3QEIA 1TK0A 2EHGA 1IKVA 3M8PA 3WNGA 3AO2A 3WNFA 3DI6A 2IS3A 3TANA 4C8LA 4KPYA 1BL3A 3ZSOA 3V81A 1WSGA 1CLQA 2F8TA 2I5JA 3L2UA 3PO4A 4Z4EA 1I39A 2HNDA 1NOYA 4CEQA 1B9DA 2FBXA 3DLGA 3SV4A 2KFNA 4FZZA 4QOZB 1NK8A 3P1GA 4CESA 4C8MA 4DS4A 3QNOA 4OKJA 4OKEA 3DLHA 1WN7A 2YNIA 4DSLA 2IOCA 3DRPA 3K5OA 3TARA 1BQNA 1L3TA 3V9SA 4RW8A 4CECA 3VQEA 2BGGA 3VQ5A 3VQCA 4H8KA 4DQSA 2AJQA 5KTQA 1ZBLA 2D0CA 4NCAA 3KLHA 4HCCA 5KI6A 3K5MA 4HHTA 4MFBA 3SI6A 4UQGA 3L2RA 1S1XA 4BE1A 4CHZA 4DS5A 4DTOA 4GVMA 1KCFA 3ZSVA 4DLGA 3CM5A 3NDKA 1RT5A 4CK1A 3LALA 3VN5A 4CHYA 3AVKA 4DFKA 2XRIA 3AVFA 3I0RA 4FJMA 2XY5A 4FM2A 3WNEA 1QHTA 4CFCA 1S5JA 4I9LA 3ZSZA 4Z4FA 1B92A 4DQQA 4DFMA 3KD1E 4BWJA 1WSIA 3AA4A 1BISA 1CZ9A 1C0UA 2FBVA 2OPRA 4I9QA 4M3TA 3VQ6A 1SL2A 3DOLA 3IAYA 3HK2A 4JRPA 3KLGA 3ZSRA 4B9NA 5CZ1A 3V9UA 1NKCA 3RMBA 3E01A 1RT4A 3DMJA 3D0PA 1X9MA 4DSKA 3TAQA 3L2VA 1FKOA 3NF9A 4QAGA 1EETA 4AHUA 3F73A 1KVBA 1NK0A 4E89A 4DU1A 2Q3SA 4FYDA 2XY7A 3QINA 3OYDA 4AHCA 3TAGA 2OZSA 1YTAA 1LAVA 3QESA 1VSEA 5I42A 4CF2A 1SL1A 4ICLA 2IDOA 3QIPA 3OYGA 1HPZA 4NCGA 4IFVA 3NE6A 2ETJA 1EXQA 2KW4A 3C6TA 1JLCA 3DRRA 4BACA 4KI4A 2RKIA 3EZ5A 4KREA 1Q8IA 1SUQA 3HM9A 4M41A 4IDKA 5HRPA 1JLEA 1Q9XA 3AVBA 3IG1A 2E6MA 2PYJA 4PWDA 1S9EA 4CJUA 1L5UA 3AO1A 5FDLA 5EU7A 4FJHA 3F9KA 1IH7A 4EZ6A 3IRXA 4CJ4A 1CXQA 4DTSA 3NGZA 1TL3A 4CJRA 3S9HA 1F21A 4E19A 5C25A 4N56A 3DLEA 1RDAA 3LZJA 3V9ZA 4B8CA 3K2PA 3AO4A 1REVA 3DLRA 3MEDA 4BE2A 4FLVA 3CM6A 3AVLA 3HVRA 1VSJA 4CJ3A 1HYZA 3L8BA 3SPZA 4N47A 4BDPA 1SKSA 1RT1A 2WONA 4Y1DA 2HHXA 3AVGA 2HVHA 4CHOA 3OYBA 3NFAA 2P5OA 4HUFA 1JXBA 1T8EA 2G8IA 1XHXA 2VG7A 1DTTA 4JS4A 3SUPA 2YNGA 3TWHA 5CYMA 3RMCA 4KTWA 4Y1CA 2OZMA 3M8QA 2OPSA 4FJGA 3RR8A 1TGOA 4J2AA 4CIFA 4ELVA 4Z4GA 4J2EA 3ITHA 3KK1A 3TI0A 5KRSA 3V9WA 1DLOA 3QLHA 4LSLA 2P5GA 4FJ9A 2ZD1A 2VWJA 3V6DA 3G10A 1L3VA 3VQBA 4FJNA 1BCOA 4H4OA 1RDCA 3LANA 4CEEA 1UWBA 2X78A 3IS9A 1WSJA 5E41A 3CQ8A 4EZ9A 2G8HA 1ASWA 3LP0A 3I8DA 1BHLA 1S1VA 1UAXA 3CYMA 1D9FA 3HXMA 3NF8A 3OJUA 2F96A 4CJTA 3HP6A 3QEWA 2G8UA 3KD5E 4FJXA 1ZBIA 1X9SA 5J2PA 3JYTA 4FJIA 2QK9A 2OA8A 1BQMA 3HPGA 4M3ZA 4KTQA 3LDSA 2Y1IA 3VQ9A 1S1UA 5KGXA 2RF2A 1RDBA 4HVJA 2HHUA 1KLNA 4B3OA 1JL1A 2QKBA 3D45A 5KRTA 2HHVA 1HQUA 4O0JA 4FW2A 4B9VA 2HHTA 4CHPA 1HQEA 3PX4A 4IFYA 4RG8A 5HRRA 4F3TA 1QE1A 3PUFA 3V1OA 4CGIA 3C94A 4CGDA 3TR8A 4M3UA 1A5WA 4DQIA 1QQCA 1G15A 2EX3A 1XI1A 1LV5A 5C42A 2IC3A 1UA0A 1RBUA 1J54A 3SUOA 3T1AA 1HNIA 3M8RA 4YNQA 4Z4CA 4E7LA 4CEAA 3AVAA 1BIUA 2VWKA 4C8KA 4FM1A 1XC9A 4FJ8A 4CIGA 3SV3A 1Q9YA 4PY5A 1D5AA 4IBNA 2X6SA 1C1AA 4K8XA 2VG6A 4O5BA 4ID5A 3L2WA 1VRTA 4M3WA 1NJYA 4BWMA 4W5OA 3HO1A 1BIZA 1R0AA 4H4MA 1QSSA 5HP1A 1RDDA 2IGIA 4Z4HA 3LPUA 1JLGA 4O44A 3C6UA 2Y1JA 3UIQA 4LD0A 1ASVA 4EP4A 4FZXC 2KFZA 3LP2A 3SCXA 2PZSA 1Z25A 4DSIA 3AO5A 3ZSXA 4CEBA 3AA3A 3QO9A 4ELUA 3VQ4A 3TAFA 2YNHA 4OVLA 1JKHA 4RW4A 1HJRA 1KTQA 5CYQA 3HPHA 1TV6A 1RNHA 3LP1A 4FLWA 2KTQA 3KIOA 1NJXA 2VG5A 1VK0A 5K14A 1A5VA 1RT6A 3H08A 1B9FA 4O4GA 4CJVA 3T3FA 3QEPA 2B6AA 1X1PA 4DWIA 4KHWA 2A1RA 2ZE2A 4DTMA 2RPIA 4FLUA 4G1QA 1RTJA 2P1JA 3HYFA 3KKSA 3DLBA 1BI4B 1ASUA 2DFHA 2GUIA 5HBMA 3QIOA 3ZT0A 4CJ5A 1RT3A 1TKXA 2Z1JA 4KO0A 1TKDA 2JLEA 5HRSA 1BGXT 2HMIA 4W5RA 2A1SA 1SV5A 3SQ2A 4B9TA 4KKOA 3NGIA 4DTNA 4JRQA 3DYAA 3NCIA 3QEXA 1U45A 2ZQBA 4N41A 3OYEA 5J2MA 1QTMA 1C0MA 1WAJA 4GW6A 2IAJA 1QSYA 1UOCA 1NK4A 4FVMA 3DM2A 1WSHA 2FBYA 3AV9A 1RT7A 3K57A 2ITGA 4DTJA 1X9WA 2B5JA 1NOZA 3B6OA 2OYQA 4KAZA 1J5OA 3K59A 4F2RA 4LH5A 3RR7A 3AVNA 4FM0A 1RCHA 4M3XA 3DLKA 4BE0A 4RW9A 1J9AA 1Y97A 3LZIA 4CIEA 4FK2A 1W0HA 3VQPA 4M3YA 1RBSA 3MAQA 4DSJA 2O4IA 1WSFA 3K5NA 4AHVA 1JL2A 3QNNA 2O4GA 2XY8A 4RW7A 4DMNA 4CJWA 3BDPA 4L8RB 2WOMA 4PUOA 4M42A 2DY4A 4OKKA 1VSIA 1FKPA 2YHBA 3AVHA 4TSXA 4DQRA 5KGWA 1NKBA 1ITGA 3KKRA 1NK5A 1LW0A 4F2SA 4B9MA 4DTPA 2X74A 2JGUA 3U3YA 4LY7A 1TK5A 3JSMA 3CFPA 3CG7A 4LH4A 2Z1HA 3MECA 3OYLA 2D5RA 3OYNA 1LWFA 4CHNA 1EX4A 2Z1IA 4AHSA 4KHNA 4KI6A 5FRMA 1Z26A 2HHQA 4FJJA 1HRHA 2OPQA 5C24A 3OYKA 2KQ2A 3HVTA 3LPTA 3P83D 1HYSA 1IKXA 3O4NA 4CEDA 5J2QA 1RTDA 4KHUA 4K8ZA 1C1CA 1FK9A 1GOBA 2XHBA 3SQ4A 4IKFA 4AH9A 3ZSYA 3TAPA 3WNHA 4W5TA 4FLTA 4B08A 4FJKA 2P51A 5I3UA 1WNSA 3KLFA 1S9GA 4FXDA 1T03A 2HNZA 3ASMA 3CFRA 3ULDA 3V9XA 3SQ0A 1LWCA 4CERA 4CJLA 3O3FA 4B8AB 4JS5A 2LSNA 3V1RA 4I2PA 3ZT1A 1JXEA 1S6PA 3ALYA 3MXJA 4E1NA 3NAEA 3SUNA 4GMJB 3ZT2A 1RBRA 2X6NA 5DMRA 2YV0X 1NK6A 1N6QA 3O4QA 4Q5VA 4FLYA 4KB0A 4FJLA 1IKWA 3I0SA 1XWLA 2DFFA 1JLAA 1TKZA 4CK3A 3PV8A 4KTZA 1WAFA 4F3OA 2G8FA 3PX6A 1KLMA 3HPOA 4WE1A 3VA0A 3AVIA 2YKNA 4YFUA 4AILC 4EP5A 5DK5A 4LSNA 3TAEA 3SZ2A 4DU3A 4R5PA 1NJZA 3HJFA 2W42A 1LW2A 4OGEA 4CF0A 4ZHRA 3RTVA 5CZ2A 4DSFA 4CJPA 4CEFA 2E4LA 3K5LA 3RRHA 4O55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BRDA 4KV8A 1BA0A 5AJ3K 1YTUA 5DM7L 3U4LA 1BUPA 3VQDA 3CXCM 4DTRA 3OBWA 1D9DA 1TAUA 1JLQA 1VSKA 3U3GA 2RE2A 3NF7A 3IMXA 4Y0WA 4ZTJA 2P9SA 3K58A 4KRFA 3U9ZA 4ILJA 3CJ1A 1ESVA 1QSLA 4FJ7A 3OYJA 4J2BA 2I7PA 1UA1A 2HNYA 3SQ1A 3O8MA 4BRMA 1HNVA 3FZMA 1YIJN 3SPYA 1YITN 3KWGA 5AQOA 2YHAA 1NJWA 4I7FA 2NUBA 3QETA 2P9NB 1NGFA 3L4IA 1U48A 3VGMA 1BCMA 4OPJA 1NGEA 3FFIA 1XUPO 3ZETA 4GKKK 4FW1A 5TKYA 3LAMA 2OPPA 2E6LA 3CCEN 3CPEA 4IG3A 4YDUC 5CY4A 4CZIA 1I3AA 1NGHA 3BZCA 2E1ZA 4OPKA 3LWMA 1KFDA 4BDZA 1YUWA 3OYAA 2JWKA 2HMPA 3ID8A 2KZZA 4H03B 3VEYA 3LM9A 1NMNA 4NO7A 5LY3A 3MN7A 5CE3A 3EYZA 3U9DA 1EKEA 1NG9A 1WSEA 4M63C 5CHIA 3V1QA 1GOAA 1KXPA 2PYLA 3UKRB 3CQYA 4JKCA 4PHTX 3E9OA 4OPHA 4KB1A 4OPAA 3SNNA 3OJSA 2E5LK 3OY9A 4CJFA 1J53A 4CZLA 1FXXA 5FPNA 3ZEUA 2E2QA 3T19A 3RMDA 1BI4A 3EY1A 3HL8A 4E1MA 1VSDA 1ZBUA 4FO0A 5F2RA 4PL8A 3S3OA 1U47A 3BUZB 5F1XA 1ATRA 1ZYQA 4H5VA 2J4RA 4A5BA 2Q36A 3VQ8A 2GX9A 5AQNA 2QTDA 1RILA 3TSUA 1Q82O 5EX5A 3SBGA 3JAMO 2DPNA 1JCFA 1NGCA 1QZ5A 2VCPA 3A0IX 3AO3A 4CGHA 4ELTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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