3WNFA

Cyclic hexapeptide ckidnc in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 133
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnfA00
2ZQBA 3OYKA 4FCYA 5J2MA 4CF2A 4E7HA 4B9UA 3L3VA 3PO5A 3V4IA 4CIFA 1ITGA 3QLHA 4BDZA 1D9DA 3P1GA 5JS1A 1CLQA 3AV9A 3SV3A 1TKDA 1L3SA 1RT1A 3K58A 4PUOA 3SNNA 4RW4A 3H08A 3NGZA 4N41A 3OVNA 1K6YA 4O0IA 1NK6A 2RN2A 4DTRA 3IS9A 3VQ6A 4FM0A 1NKCA 3DMJA 1UA0A 4DSIA 2OZSA 3S3NA 1VSEA 1LAWA 3K59A 3RMDA 3AO1A 4FM1A 4CEFA 1TL3A 2FBYA 4KFBA 3ALYA 1IKYA 1RT3A 3ZSOA 1NJWA 4CIEA 1RT4A 3CYMA 2E6LA 1I39A 4E19A 3AO4A 3SQ4A 4J2EA 3B6OA 1UWBA 3TARA 4DWIA 1VSDA 1RT7A 4BE1A 3QETA 3EZ5A 4O0JA 4M3YA 4DSLA 3CM5A 4WE1A 4DSFA 4Z0UA 1C6VA 3OS1A 1WN7A 4JRPA 1JL2A 3U6FA 3CG7A 3D0PA 4CJVA 1D8YA 4FLWA 1BIUA 3ASMA 3JYTA 3V9WA 4FK2A 4CFCA 1VSKA 4CJ3A 5HLFA 2B6AA 1QQCA 4H8KA 3L3UA 3L8BA 2KW4A 1NK0A 4JRQA 4AHTA 1HNIA 4I2QA 1HNVA 1WSFA 1UAXA 3LDSA 3TABA 4KB0A 4B3OA 1TAQA 2Z1IA 1TAUA 2Z1HA 3AA2A 1Z26A 2OPSA 4IG3A 2A1RA 4CGHA 3OYBA 1BQNA 1L3TA 1XHXA 1QHTA 5HROA 1RDDA 3HSTB 4RW6A 2OPPA 3P5JA 3VQBA 2VWKA 4CE9A 4I2PA 1LW2A 1TL1A 3DLEA 4CECA 4Q5VA 3OYJA 1KLNA 4B9LA 2Y1IA 4DMNA 2IC3A 3CM6A 1WAJA 3FFIA 3KD1E 1R0AA 1B9FA 1DTQA 5FRNA 1JLCA 4Z4EA 3OYLA 1VSLA 3BGRA 1QSYA 4B9TA 4DTXA 1WNSA 5C25A 4CGGA 1S9EA 2A1SA 2YNIA 5FROA 4DQRA 3QERA 1CXQA 3CFPA 4KB1A 4I7FA 1KFDA 4CK2A 2LSNA 3RWUA 2HHQA 1EXQA 3DLBA 4JLHA 1S1WA 3L2WA 2D0AA 5KI6A 4CK1A 3CQ8A 3KD5E 3HPOA 5J2PA 2F8TA 2DFEA 1RBSA 3C6UA 4B08A 3NH2A 2W42A 4DSEA 4DTJA 4AILC 2KZMA 1WSEA 4BE2A 3AVBA 1LV5A 4ELUA 4FZXC 4I9LA 1S1XA 4J2AA 2O4IA 1CZBA 2YKMA 3L2RA 4NYNA 4J2DA 3NDKA 3EYZA 2G8KA 3LPUA 4RW7A 1Q9XA 2HHTA 1J53A 4OLBA 1BCOA 4CJ4A 3RRHA 3HK2A 3ZT1A 3OY9A 1Q9YA 4FK4A 1A5WA 2JLEA 3LPTA 1KVBA 4DU4A 2PY5A 4F8RA 3IRXA 3VQ9A 4HUFA 5HRRA 4YNQA 4KI6A 1KTQA 3HVRA 1NOYA 2HHSA 4KTQA 1RTIA 4AHSA 4DFMA 1JLFA 3KLFA 1A5XA 4C8OA 4RW9A 2KFZA 3NAEA 4B9VA 4J2BA 1DTTA 4FZZA 4Y1CA 2X78A 4DU1A 4C8KA 2G8HA 1J54A 3TAQA 4B8CA 4Y1DA 1KCFA 4O5BA 2VG5A 1T8EA 3K5OA 1J5OA 1IG9A 1C1BA 3C6TA 4CFBA 1NK7A 4FJ9A 3F9KA 1Z25A 1I3AA 1BGXT 4AHCA 1JLEA 3K5NA 4JS5A 1ZBFA 1XI1A 3WNFA 4N47A 5C42A 1SL1A 2IGIA 3NF7A 2DTUA 5K14A 2X6SA 4W5TA 4FJMA 4YFUA 1TVRA 3AVKA 1SKSA 1CZ9A 1RDBA 4H4MA 1O1WA 4DG1A 3TAPA 3DLKA 1G15A 3C95A 4CJWA 4UQGA 3V81A 1SL2A 1KFSA 3DYAA 3I0SA 5FRMA 5KGXA 1JLGA 4O4GA 4HHTA 2G8VA 1NKEA 3AVCA 1QSSA 2HHWA 2GBZA 1KVCA 2Z1JA 4EP5A 4ELTA 1IKXA 5KTQA 4EZ6A 3O3HA 4DQSA 4AHVA 3NF8A 4CGFA 1NK9A 3PX0A 1T7PA 4E7KA 3NFAA 3VA0A 4M3RA 4BDPA 2HMIA 4RG8A 3LALA 4W5QA 4DTPA 3AO2A 3NF9A 1TGOA 4IBNA 2P1JA 3P83D 4HUEA 1JXBA 4AHUA 3QEIA 2HNZA 3JSMA 4CEZA 4M3UA 2EHGA 1HJRA 3MAQA 1ASUA 4GMJB 2HNDA 4IDKA 1QE1A 1S5JA 4LH5A 4MQ3A 2XHBA 3SZ2A 3T3FA 3K57A 1RTJA 1RT2A 3NGYA 4R5PA 4Z4FA 1RDCA 3SPYA 4FJJA 2ETJA 4FJNA 2DFHA 1RT6A 5DMRA 5JS2A 3HT3A 3HP9A 3QEPA 4CCHA 3LP3A 4ID1A 3UIQA 4M45A 4FJGA 1BI4B 3QINA 3TAEA 2FBVA 4OGCA 4E0DA 4KAZA 4C8NA 3V9UA 3LP1A 2F8SA 3M8PA 3HYFA 1S1UA 4N5SA 4F2SA 4FLVA 4CF1A 3VQDA 4Z4GA 4DFPA 3THVA 4DTMA 4CEDA 2HVHA 4CGJA 3KIOA 1HQUA 2Z1GA 4CIGA 3NH0A 3L2VA 4KHNA 2OPQA 4M41A 4M42A 4ICLA 3AVIA 3DI6A 1HQEA 1SV5A 3KJVA 4CJKA 1QS4A 3PX6A 4M3TA 1C1CA 3VQQA 4CJFA 5D3GA 1RDAA 4FVMA 1BL3A 4FJLA 4IFVA 3AVMA 4KTZA 2G8UA 3OYFA 5HRNA 1HPZA 4W5OA 2DFFA 1RBRA 1EP4A 4I9QA 4FJXA 3SYZA 3AVJA 4IFYA 3S9HA 3SCXA 1B92A 1BIZA 3ZSYA 3AA5X 4NYFA 5E41A 4IKFA 1LWEA 3QO9A 3V1QA 4CHPA 1JL1A 1BI4A 1SUQA 4M3ZA 3L2UA 2OZMA 3SUNA 4CEAA 2PYJA 4KHSA 5CZ2A 2X74A 4G1QA 4Q0BA 3VQPA 4CJUA 3NGIA 1TV6A 4F3OA 4Z4HA 3KK1A 2HW3A 2B5JA 3HVTA 1NK4A 1C0TA 3HO1A 3DLHA 4CFAA 2RPIA 3HPHA 4CHZA 3NBPA 1NJZA 4BWJA 3V9XA 1SKWA 1U48A 3RR7A 2ZD1A 1D9FA 1FXXA 5T7BA 3KLHA 1IKWA 4DS5A 3I8DA 1TK5A 4CERA 3VQAA 4HVJA 3QEWA 3PUFA 2HHXA 2NUBA 1GOCA 1VK0A 4RW8A 1ZBHA 3HL8A 3I0RA 3TI0A 4FJ8A 1RCHA 3O3GA 3ITHA 1VSIA 4CGDA 2BE2A 3KTQA 5DK5A 1S6QA 3ZT4A 3ZT2A 4FJKA 1F21A 3OYAA 4PA1A 4E89A 4OPKA 3AA3A 4FW1A 3PV8A 1LWFA 1VSJA 3RMBA 2JGUA 4EZ9A 1RBVA 3MEDA 4CF8A 3VQEA 5C24A 3LP2A 3PY8A 3NHGA 3SQ1A 4XIUA 3ZSWA 1U45A 2E4LA 3OYCA 2I5JA 3VA3A 4OGEA 2GV9A 4Z4CA 2QKKA 3U3YA 3LWLA 3ZSZA 2YNGA 1Q8IA 3O4QA 3AVNA 1RBTA 1VRTA 4CEBA 4FW2A 5HP1A 3M8QA 5FDLA 4DQPA 3T19A 2XY5A 1NKBA 2PZSA 2QXFA 1ZBIA 4KV8A 3TAMA 3DLGA 4B8AB 1S9GA 3BDPA 4M3WA 3SUQA 4CESA 1BHLA 1YT3A 1C1AA 1NK8A 2F96A 1T03A 1RBUA 3MECA 4B9NA 1EETA 4QOZB 1VSFA 1SL0A 3MEGA 3ZSVA 4C8MA 4FJIA 1LW0A 2FC0A 2VG6A 3SJJA 4DSJA 2Y1JA 3OYMA 4FLTA 4K8XA 4KPYA 1S1VA 2HB5A 2WOMA 2BGGA 3HJFA 4FLUA 5CYMA 2BDPA 3SUOA 4KRFA 2YV0X 2HHUA 1ASVA 1VSHA 3A2FA 4FLYA 5CYQA 3VQ8A 4OLAA 1JLAA 3ISNC 3AVHA 5SWMA 4TSXA 1ZBUA 3DLRA 4AHRA 1JLBA 1GOBA 1CXUA 4CJSA 3M8RA 1C0MA 2G8WA 3CFOA 4CJEA 1TK0A 3OJSA 4LH4A 4LY7A 3HM9A 4DTNA 1TKTA 5I42A 3G10A 4DLEA 1X9SA 5HRPA 3V6DA 4F4KA 4E7IA 5KRSA 3AO5A 3DM2A 4W5NA 2E6MA 4FZYA 2IAJA 3CFRA 3MXMA 4DF8A 3DRSA 2YKNA 5J2QA 1JKHA 3QESA 1VRUA 1YVUA 3ZCMA 3HPGA 3DOKA 2IDOA 4HCBA 4N56A 4KTWA 3ZSXA 3MXIA 1RNHA 2G8IA 1U47A 5HRSA 3WNGA 3QNOA 2KZZA 1TKXA 3LP0A 5J1EA 1FKOA 5HBMA 1YTUA 4LD0A 3WNHA 4DQQA 3OYNA 3AVLA 3V1RA 3KK2A 4E3SA 3QEVA 2OA8A 4KHYA 1QSLA 1DLOA 2B4JA 1LWCA 1XHZA 1HRHA 1C0UA 3AA4A 2BANA 1FK9A 2WONA 3B6PA 1VSMA 3NH1A 3HXMA 4MFBA 3PO4A 2ATQA 3V1OA 4B9SA 1BCMA 4QAGA 1FKPA 3OS2A 2GUIA 4FJHA 2AJQA 2KQ2A 3AO3A 3VQ4A 3QIPA 5SZTA 3L2QA 1BISA 4CJLA 4OKEA 3VQ5A 1WLJA 1QTMA 2VG7A 4LSLA 3QEXA 4F3TA 1BQMA 3IAYA 3DRRA 4GVMA 1UA1A 4B9MA 3SPZA 2HHVA 3TANA 4FM2A 4GW6A 1NJXA 2XY7A 2HVIA 4CEOA 1HYZA 3OS0A 1NK5A 3SUPA 2QKBA 1U04A 1A5VA 4KHUA 3MXJA 2D0BA 3F73A 1L3UA 3AVFA 3LANA 5KGWA 4CEQA 1S6PA 2P5OA 1EX4A 3IG1A 2XY8A 4OKJA 3TAFA 3U3GA 1Y97A 2OPRA 3VN5A 3MEEA 4HTUA 3G0ZA 2R7YA 1HYSA 4E1MA 1RILA 4CFDA 4W5RA 1KRPA 1J9AA 1NOZA 2RF2A 4CHQA 4OVLA 4HCCA 2YHBA 3LZJA 3S3OA 4ZTJA 4CHYA 4HUGA 3OJUA 3RR8A 3SI6A 1X9MA 1XWLA 1IH7A 4ZTFA 4OPJA 1HYVA 1L5UA 2HNYA 3NCIA 3VQ7A 4BACA 4BDYA 1KSPA 3ZSRA 1WSHA 1L3VA 2OYQA 4FK0A 1JLQA 4CJ5A 2FBXA 2FBTA 5I3UA 5EU7A 4IG0A 4DSKA 3ZT0A 3KKRA 2RKIA 3O4NA 4BWMA 4DS4A 4E1NA 1TKZA 3KLGA 4E7LA 1EKEA 4DTSA 3EY1A 4DF4A 1W0HA 4KHWA 4L8RB 5KRTA 2G8FA 3OYGA 3LAMA 1RT5A 1YTAA 4KO0A 4OJRA 3O3FA 1RTHA 1N5YA 4PQUA 2KFNA 2XY6A 4O44A 1ZYQA 1KLMA 4DFJA 3NE6A 1IKVA 1HMVA 3QNNA 3OYHA 4OKKA 1RTDA 4AH9A 4ID5A 2PYLA 1XC9A 4KREA 2D5RA 3ZSQA 1T05A 5CY4A 5CZ1A 4DTOA 4FLZA 3PX4A 2ITGA 4DLGA 3OYDA 3ULDA 4DTUA 3SQ2A 4FJ5A 4FJ7A 4M3XA 3SV4A 4QCLA 2YNHA 4F2RA 1W9HA 3S3MA 4CHNA 1NJYA 3OYIA 4ELVA 4NCBA 3TR8A 1D5AA 1LAVA 3DRPA 4CF0A 4CGIA 2XRIA 1N6QA 4KHQA 3RRGA 4PWDA 3K2PA 2KTQA 4BE0A 3WNEA 4NCGA 3ZT3A 2QK9A 4K8ZA 3KK3A 1SKRA 4CJQA 3K5MA 2IS3A 4LSNA 3AVGA 4O55A 3DOLA 1U49A 1UOCA 1KVAA 3E01A 4JS4A 4DU3A 1WSGA 3AVAA 3C94A 3HP6A 2DY4A 1ZBLA 3NF6A 1REVA 2D0CA 4CF9A 4DFKA 4FXDA 2XO7A 4CJPA 3TWHA 4CK3A 4N76A 2EX3A 1WAFA 2IOCA 3SQ0A 3OYEA 1S1TA 3VQCA 3KKSA 4CHOA 3LWMA 5J2NA 1MU2A 2YHAA 3RMAA 2Q3SA 2ZE2A 3D45A 3RTVA 3TAGA 1TK8A 4EP4A 2O4GA 2YNFA 1X1PA 1GOAA 4C8LA 3KLEA 3LZIA 4H4OA 3V9ZA 4E7JA 3RMCA 1U4BA 2P5GA 4Z4IA 4FYDA 1WSJA 3M8SA 4KI4A 4ZHRA 3QIOA 3K5LA 4CJTA 3KLIA 4FLXA 4KKOA 4CEEA 1JXEA 1X9WA 4DQIA 3V9SA 4PY5A 2VWJA 2X6NA 2P51A 1IO2A 4NCAA 1B9DA 3T1AA 4CJRA 1WSIA 1ASWA 3LAKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M7YA 5J2MA 3CJBA 4B9UA 2PAVA 2ITMA 1ITGA 2VQEK 4BDZA 3P1GA 4MO5A 3AV9A 1VQ5N 4GY2B 1TKDA 1RT1A 4JI2K 3NGZA 1K6YA 2RN2A 1ESVA 4JI3K 5AJ3K 2D4WA 3RMDA 1M1KO 5LJWA 3AO1A 4CEFA 1TL3A 4KFBA 3EE8A 1IKYA 4FWSA 1NJWA 3VPZA 3AO4A 2P9PB 4M7XA 4DWIA 1VSDA 3DAWA 1YXQA 4DSFA 1C6VA 3U6FA 4JI7K 4BC5A 1O13A 1BIUA 3ZEUA 4FK2A 4CFCA 3HOTA 1FJGK 1NK0A 2B6AA 4JRQA 1HNIA 1HNVA 1UAXA 1TAQA 3AA2A 3MX2A 4DHYA 4CGHA 3OYBA 1L3TA 3FLCO 4H5NA 3HSTB 1NMDA 5C2FA 2VWKA 2CGJA 3NVKA 4LF4K 3CCEN 1QVFM 1LW2A 4H5RA 4CECA 3VGLA 1KLNA 1QQNA 2Y1IA 3CM6A 1Z6RA 4XH1A 3FFIA 1NGAA 3KD1E 1JLCA 4K43A 4LF5K 4DTXA 1WNSA 5C25A 4CGGA 3QERA 4DQRA 3B8AX 4KB1A 4CK2A 4BRAA 2HHQA 1EXQA 2P9IA 1S1WA 4CD3A 3H1VX 2YHYA 4MO4A 3CCVN 3C6UA 2OANA 4DV5K 4AILC 3O1WA 2WFBA 1U6ZA 3AVBA 3T7ZA 4J2AA 2O4IA 5BRHA 3CCSN 3A8YA 5H1SQ 1YIJN 3EYZA 4RW7A 3LDOA 1J53A 2CGLA 3H3OB 3ZT1A 3ZX3A 3LPTA 2JLEA 2F9TA 3SAFA 5HRRA 4KI6A 2CGKA 5M1OA 1NGIA 1A5XA 3J81O 3CF5L 4FWLA 4B9VA 4J2BA 1YVNA 4Y1CA 4LFBK 3QICA 2WBNA 3H6EA 1P90A 4BC4A 4Y1DA 1IG9A 2VG5A 3EZWA 1C1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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