3WNGA

Cyclic hexapeptide pkidnp in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wngA00
4DSEA 3PUFA 1C0TA 4FJ7A 4O4GA 4FM2A 3LANA 4DLEA 2DFFA 4E7LA 1R0AA 1KFDA 1A5VA 2FBXA 1LW0A 1IKXA 2G8KA 3SUOA 3NF6A 1NOZA 5DK5A 4IKFA 1NJXA 3AVGA 4HUEA 4CHNA 5HRPA 3HK2A 1JXEA 1VSKA 1SL1A 1TK5A 1QSLA 4FJXA 3DMJA 4B9UA 1RDCA 1RBUA 2KQ2A 2FBTA 3K5OA 4FW1A 4CHYA 4CJ3A 4F2SA 4N47A 4FLZA 3RRHA 4KHSA 3K57A 2G8UA 4I9LA 3SQ4A 3SI6A 3TI0A 4R5PA 1Q9XA 1S1UA 1HQEA 4DSKA 1EXQA 4K8XA 4ID5A 4DQSA 2D0BA 1A5WA 1YT3A 5DMRA 1NK5A 4F4KA 2G8IA 5E41A 1S1WA 1NK4A 2ZQBA 1ZBHA 4CEDA 1VRUA 1U04A 1Z26A 1UA0A 4CFAA 4Q5VA 1ZBLA 4UQGA 3SUPA 4FZXC 1S1XA 4OKKA 4CGJA 1L3TA 1VK0A 4M3YA 4Z4EA 3A2FA 2QXFA 4I7FA 4DQQA 4AHCA 3CQ8A 4PWDA 2RN2A 3DRSA 4DTJA 1WSEA 2F8TA 3L8BA 1QHTA 1DLOA 2W42A 2XY7A 4F3TA 1JLAA 4C8MA 1EP4A 3TAMA 3AVIA 3QINA 4NCAA 4BE1A 2OZSA 3O4NA 1YTAA 4C8LA 3K5LA 1WAJA 3KK3A 4DU1A 4KAZA 4FJ8A 3RWUA 3AVAA 1IKVA 1X1PA 4CJPA 4DFMA 2HNYA 2XY6A 3TAEA 3L2UA 3H08A 3K5NA 1BHLA 4CK1A 3OYLA 1BL3A 2RF2A 3KTQA 3LP3A 2KZZA 4B9VA 1HPZA 2YNHA 4AILC 3NHGA 2OPRA 1ASVA 1RT1A 3CFOA 1JLQA 3AVBA 1RTJA 1SKWA 4OPJA 4I9QA 1ZBUA 3NH1A 4KHWA 2HMIA 4O0IA 1RILA 4FZYA 1BQNA 3TAGA 4CHPA 4FJNA 2HHVA 1MU2A 3HL8A 4YFUA 3PX4A 4M45A 1KLMA 3CFPA 4C8NA 1TL3A 1WLJA 1JLGA 4LSLA 3SNNA 3SQ0A 1X9SA 3LPUA 3AVNA 3T3FA 3BGRA 3VQQA 4CEAA 4DMNA 1G15A 1WSHA 3IG1A 3VQEA 3KLGA 3KLHA 1XHZA 1L3SA 3TAFA 4KI4A 4W5NA 4CEZA 2IS3A 1NKCA 4DSLA 1VSHA 4NCGA 3OYHA 2G8WA 4CJ4A 2DTUA 3OYMA 4DTXA 2Y1IA 3OYCA 3CYMA 3SQ2A 3DLHA 2O4IA 3WNHA 1T03A 2HHTA 4DFJA 4DTSA 1NK7A 4EZ6A 2HB5A 2KW4A 4KHYA 1CXUA 3MEDA 3HYFA 3L2QA 2D0CA 4OVLA 3S3OA 1NK0A 2QKKA 4DTNA 4CIGA 1C1AA 3HPGA 3AVFA 1RT2A 2OPQA 3C6UA 3I0SA 4IG3A 3VQ9A 1NK9A 3EYZA 1SL2A 4C8KA 2E4LA 1J9AA 3OYJA 1FKPA 4FLTA 1C1CA 4DTMA 2KTQA 3QNOA 4LH4A 3CFRA 4FZZA 3QIPA 3NDKA 1RBSA 3LP1A 2G8HA 5K14A 1LWCA 4JS5A 1U49A 1BI4B 4E7JA 2P5GA 3TARA 4E7KA 1C0MA 3U6FA 4OLBA 1L3UA 4DQPA 4IG0A 3PY8A 4E7IA 4DFKA 3QESA 1A5XA 1JKHA 4I2PA 4CF0A 3KK1A 4DLGA 2PYJA 1JL2A 4LSNA 4M3ZA 3SV4A 4BE0A 3D0PA 3SQ1A 1QQCA 4M3UA 4Y1CA 4Z4FA 4E3SA 4FJJA 4FYDA 2VG5A 2AJQA 4CEOA 3E01A 1XC9A 3V4IA 2OPPA 4KI6A 4FW2A 3ZSZA 3QLHA 4O5BA 4CCHA 2HVHA 2KZMA 3NH0A 4JS4A 1RDAA 3P5JA 3KD5E 4B9SA 3SV3A 4O0JA 3QEPA 2GUIA 4N56A 1GOAA 4ELTA 4OKEA 2QKBA 1VSEA 1NJYA 4E0DA 1J53A 4DU4A 3K2PA 3AVMA 4LH5A 2P5OA 3DRPA 3ZT3A 2KFZA 1ASUA 4NYFA 4MQ3A 4J2BA 3PO4A 2P51A 4BWMA 4CJUA 4CIFA 1KFSA 2FC0A 1B9DA 3O3HA 1S1VA 2BGGA 1WN7A 5D3GA 3MAQA 4C8OA 1HMVA 1FK9A 5EU7A 3CM6A 3LAKA 4GVMA 2ZD1A 3RTVA 5J2PA 4FXDA 1IO2A 4IBNA 3JYTA 3HM9A 4KRFA 1EX4A 4Z4CA 4CJTA 2X78A 4DQRA 3T19A 1TL1A 3ZSRA 4CERA 4CJKA 1T7PA 4B9NA 2HHXA 3L3UA 3AVHA 1LAWA 3OYNA 1HQUA 3LAMA 1RDBA 4JRQA 4B08A 3KK2A 3F73A 4HUFA 4JRPA 2E6LA 1J5OA 4ELVA 4Q0BA 1JLEA 2YV0X 2VWKA 2EX3A 5HRRA 1NKBA 4ZTJA 5KTQA 2DFEA 4CFBA 1KVBA 2I5JA 3OYKA 2XY8A 3DLEA 4MFBA 3I0RA 3ZT0A 3LPTA 3MXJA 4E1MA 4Z4HA 2Z1JA 3OYEA 3VQDA 3CM5A 1UWBA 3HXMA 1D9DA 2B4JA 2GBZA 3LZIA 4HVJA 3NGYA 4N41A 3C95A 3VQ4A 3I8DA 4XIUA 4CEBA 4HHTA 1XI1A 1UA1A 3DOKA 1VRTA 3HP6A 3QEWA 3IS9A 2PY5A 4FJKA 3M8QA 3DLGA 4B9MA 2RKIA 4CECA 1S9EA 2PYLA 4FK2A 3PX6A 4NCBA 3EZ5A 3OS1A 4HCCA 1QSSA 3PX0A 5KI6A 2YHAA 3DM2A 4ZHRA 4GMJB 4CF2A 2HHQA 1WSFA 3SPYA 4KREA 3S3MA 3OYBA 4NYNA 3VN5A 4DG1A 5C25A 1XWLA 3C6TA 4EP4A 5FDLA 5J2NA 1KVCA 1CLQA 1SL0A 2YKNA 3KIOA 4IFYA 4W5OA 4DF8A 4M42A 4FLXA 4FJGA 1XHXA 4KTQA 1QE1A 4KB0A 3TAQA 3VQCA 3KLFA 3DRRA 4CF9A 4PUOA 3V9WA 4RW9A 2OYQA 3V81A 4FJ5A 1Z25A 1RTIA 2HNDA 1U45A 1CXQA 3TR8A 2Y1JA 2BANA 3TWHA 2DFHA 4CF1A 1SV5A 3NF8A 2F96A 1SKSA 3P1GA 4CFDA 2DY4A 5KRSA 2LSNA 4CHZA 2Q3SA 4RW7A 4CK3A 1JXBA 2XRIA 4HTUA 1NK8A 3NGZA 1RCHA 4KKOA 3MXIA 1TKZA 3SJJA 3VQ8A 4FJ9A 3THVA 1TKDA 1KLNA 5CYQA 1K6YA 3V6DA 3V1RA 2OPSA 4CFCA 1L3VA 4BDPA 3UIQA 2O4GA 1X9WA 3VQ7A 1B92A 4J2DA 4FK4A 3NF7A 4CIEA 3OVNA 1I3AA 3O4QA 1RT3A 2X6NA 3AA5X 5I3UA 3G0ZA 4OJRA 1JL1A 1YVUA 2VG7A 1YTUA 3NFAA 4EZ9A 4KO0A 4O55A 3WNEA 3NCIA 4ZTFA 1VSMA 5KGWA 1VSLA 3DI6A 4RW6A 4OPKA 4DSJA 5J2MA 2IDOA 3OS0A 3WNGA 3K59A 3V9ZA 3QEIA 1S9GA 2F8SA 2HVIA 1RT5A 1RT6A 2ITGA 3TANA 5J1EA 1FKOA 4Z4IA 3P83D 1BQMA 4HUGA 3AVCA 1T05A 4HCBA 4FLVA 1S6QA 1IKWA 3NE6A 1U48A 3NH2A 3AO5A 3CG7A 4PQUA 1Q9YA 2HHUA 4E89A 2IOCA 3U3GA 4FJLA 4CGIA 4N5SA 3MEEA 4Z0UA 4ICLA 5HROA 3IRXA 1NK6A 2D5RA 4CGFA 1RTHA 3ALYA 2X6SA 2XO7A 2R7YA 4FJHA 3HO1A 1ITGA 1TGOA 5KGXA 3L2WA 3JSMA 3ISNC 3AVLA 3RR8A 3ZSYA 4RW4A 3VQ6A 1JLBA 1TKXA 1J54A 2E6MA 5CYMA 3LZJA 1WNSA 2IGIA 4E19A 1TAUA 2A1SA 2BDPA 3ZT1A 1BIUA 1EETA 1RTDA 4OGCA 5HBMA 2NUBA 4CJLA 3RMAA 3OY9A 2A1RA 1IH7A 3AO3A 2ZE2A 4B9TA 5FRMA 2KFNA 3LP0A 4J2AA 1C6VA 4B8AB 4H8KA 4L8RB 4Y1DA 1BIZA 3TABA 1IKYA 1QS4A 2Z1IA 3DLBA 1DTQA 3NAEA 4KB1A 1WSGA 1HNIA 2JGUA 2JLEA 3BDPA 2HNZA 4TSXA 2G8FA 3RR7A 4W5QA 1Y97A 4GW6A 3SYZA 1WSIA 3AV9A 4CHQA 3HT3A 3RMDA 3S3NA 1NOYA 4I2QA 3VA3A 1C1BA 3G10A 3OYFA 4CGHA 3K58A 2BE2A 2G8VA 3AA4A 4B3OA 4ID1A 5I42A 1BCOA 4F8RA 1REVA 2VG6A 2PZSA 4W5TA 1HJRA 2YKMA 4KFBA 4DWIA 3ITHA 4BDYA 1ASWA 3NF9A 3LWLA 3U3YA 1GOCA 3C94A 3HJFA 1L5UA 3QETA 1UAXA 2Z1GA 5JS2A 4IFVA 5FROA 3ZSXA 4CE9A 3LWMA 1DTTA 1X9MA 1JLFA 1NKEA 1LV5A 2HHWA 1VSDA 3KKRA 1N5YA 1RBRA 4KHQA 3EY1A 1TK0A 3FFIA 4AHTA 2Z1HA 3V1QA 4DTRA 1U4BA 3RRGA 3NBPA 5HRSA 2IC3A 4DTUA 4DTPA 4FLYA 4FJIA 1ZBFA 5C24A 3ZCMA 1KSPA 5CY4A 3VQ5A 4CJEA 4BWJA 5KRTA 4K8ZA 4J2EA 1ZYQA 1HNVA 4M3XA 1QTMA 4QCLA 4CHOA 5CZ1A 4CESA 3K5MA 5HRNA 1VSJA 1BGXT 3HSTB 3ZSQA 3WNFA 4QOZB 5C42A 1UOCA 3DLRA 3VA0A 2YNIA 1QSYA 1RBTA 4FK0A 3B6PA 1S5JA 2GV9A 3MXMA 3PO5A 3L2RA 4KHNA 3DLKA 1TKTA 4KTWA 2B6AA 3MEGA 3LDSA 4FM0A 2QK9A 4W5RA 5HLFA 3B6OA 5SZTA 1KTQA 1W0HA 3ZSVA 4DF4A 3PV8A 4FJMA 1SUQA 4PY5A 5J2QA 3AO4A 4FLWA 1W9HA 1NJZA 4F2RA 3ULDA 3MECA 4CEFA 2WONA 2B5JA 3VQAA 2D0AA 1Q8IA 1TV6A 1O1WA 4KTZA 1HRHA 1I39A 1BCMA 1EKEA 4G1QA 2IAJA 3AVKA 4CK2A 3OS2A 3SZ2A 3QERA 3VQPA 1B9FA 1FXXA 3KLIA 4LY7A 4DTOA 1IG9A 1HYVA 1TVRA 5FRNA 2HHSA 3AA2A 4DS5A 1BI4A 3AO1A 1NJWA 3T1AA 3ZSWA 3AO2A 4PA1A 3DOLA 4IDKA 4JLHA 3ZSOA 3M8SA 2VWJA 5HP1A 2ETJA 1HYSA 4CGGA 4BDZA 1RDDA 1S6PA 4B8CA 4M3WA 3M8RA 3F9KA 4OGEA 3QNNA 1KVAA 3HP9A 4CJVA 1C0UA 1F21A 1SKRA 3KLEA 1LWEA 3OYAA 1N6QA 4DSIA 1TK8A 4DQIA 4CJWA 3OYGA 4CGDA 3O3FA 1KRPA 1D5AA 1S1TA 4LD0A 4B9LA 1KCFA 4F3OA 5T7BA 2HW3A 1WAFA 3QIOA 3OYDA 4DSFA 1RNHA 1GOBA 4FVMA 3M8PA 4E1NA 2YHBA 2YNFA 3KKSA 5JS1A 3QEXA 4CJ5A 1RBVA 4EP5A 3V1OA 4OKJA 3IAYA 3L2VA 3KJVA 4KPYA 4ELUA 2ATQA 1VSFA 3DYAA 1ZBIA 3RMCA 3HPHA 1RT4A 2FBYA 4CF8A 3TAPA 4H4OA 1LAVA 3V9SA 1U47A 2EHGA 3HVTA 1RT7A 2X74A 4CEEA 3SUQA 3OJUA 3AA3A 4FM1A 1D8YA 3ASMA 4QAGA 2FBVA 5CZ2A 1LWFA 1WSJA 1TAQA 3D45A 4BACA 1T8EA 4DS4A 2RPIA 3KD1E 2YNGA 4M3TA 4RG8A 4M41A 3V9UA 4KV8A 4BE2A 4DU3A 2WOMA 3L3VA 3OJSA 4OLAA 4AHRA 3OYIA 1HYZA 3ZT4A 4M3RA 4Z4GA 3LALA 4RW8A 4O44A 3HPOA 4KHUA 2XY5A 4CEQA 3RMBA 4CJRA 3O3GA 3QO9A 4AHUA 1D9FA 4AH9A 4FLUA 3VQBA 4DFPA 2OA8A 1JLCA 4AHVA 2OZMA 3AVJA 4H4MA 4AHSA 3ZT2A 2P1JA 1BISA 4FCYA 3SCXA 1CZBA 1LW2A 3QEVA 3HVRA 4CJQA 4WE1A 3NGIA 3S9HA 1VSIA 3LP2A 4E7HA 4N76A 4CJSA 4CJFA 3V9XA 2XHBA 3SPZA 3SUNA 5SWMA 4YNQA 1CZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSEA 4FJ7A 4O4GA 4CBXA 2RE2A 4FVUA 1A5VA 5AFUA 3SUOA 1NOZA 3E66A 3ENHA 5M1QA 1NJXA 3AVGA 4BC3A 5HRPA 1VSKA 1TK5A 1RBUA 1NMNA 3C7NA 3C65A 4MDBA 3EEQA 3TI0A 2O8CB 4DSKA 4DQSA 2D0BA 1VRUA 5AZJB 1U6ZA 4LFBK 1S1XA 1ESVA 1VK0A 4I7FA 4DQQA 1C0GA 1VQ8N 1WSEA 4H0TB 4F3TA 1YIJN 3AVIA 3O4NA 3KK3A 4JK9A 1NGEA 4CI6A 4FJ8A 4IOCL 3WXJA 3RWUA 3ULEA 4K41A 4CJPA 3THWA 4CK1A 5C2FA 3LP3A 5GAGP 2KZZA 3BP8A 4AILC 2OPRA 1RT1A 4IDHA 3CFOA 1JLQA 3AVBA 4OPJA 3VF4A 3NH1A 1VQON 1BQNA 3CCLN 1D4XA 4JKFA 1GLEG 4B9QA 1WLJA 3SNNA 3SQ0A 3C6HA 3T3FA 2AA4A 3BGRA 4BRPA 3EN9A 4DMNA 3KLHA 3CJ9A 1L3SA 4GV9A 4W5NA 2V51B 5C15A 1KXPA 4DSLA 4NCGA 2G8WA 3GOIA 3MX5A 3BY5A 4PKHA 3CQYA 3PLAA 2HHTA 1BDGA 1NK7A 4KHYA 4FOIA 1HNWK 4BDPA 2P9KB 1NK9A 3C6UA 3EYZA 1J9AA 3T1HK 2FSNA 4LH4A 2G8HA 1IBMK 1U49A 1BI4B 3KVGA 2UXCK 1BWFO 1U2VA 3TARA 1RFQA 1DKGD 4CF0A 4M3ZA 3D0PA 3SQ1A 1DGKN 4Y1CA 4Z4FA 2CGKA 3CMEN 4FYDA 2VG5A 2AJQA 4CEOA 4EFHA 2UUCK 2HVHA 2KZMA 4JS4A 1RDAA 2F4VK 4YY3K 3BZCA 1HPMA 4FWPA 1VSEA 1J53A 3T69A 5HOOA 4LH5A 4O5FA 1QQOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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