3WNHA

Cyclic hexapeptide pkzdnv in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
137
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 137
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnhA00
4XIUA 3M8SA 1D8YA 1BCOA 1WN7A 2OYQA 4CJUA 3MEEA 5KGWA 4E0DA 1JXEA 3ZSYA 3KD5E 4CE9A 3AO4A 3FFIA 1FXXA 4B9LA 2G8WA 3HM9A 5C25A 3RMBA 2G8HA 4B08A 2ETJA 2YV0X 1C1CA 3L2WA 1BI4B 1TVRA 4CK1A 4JS5A 4F3TA 5CY4A 3IRXA 4FM2A 3VQ4A 4CGIA 3OS1A 3KK1A 2O4IA 1C0MA 3B6PA 4CESA 3F73A 1IKXA 4O4GA 4FLZA 3AA5X 1NJWA 3QIPA 3U3YA 2YKMA 3HP6A 2A1SA 4CJPA 3ZCMA 4FXDA 2KFZA 1WSEA 2P1JA 3M8QA 4FW2A 2DY4A 4CJFA 4CK3A 1HPZA 3PO4A 3TAPA 1EXQA 4PUOA 3V4IA 5HLFA 2DFFA 4MQ3A 3I0RA 2I5JA 3K5MA 4KREA 3HVRA 3NCIA 5J2NA 3V1OA 4FM1A 4OGEA 5KGXA 4DTUA 2IS3A 1BIZA 3NBPA 4I2PA 5FRMA 3VQDA 4I9QA 2IC3A 4M45A 1TKZA 4FVMA 4NYFA 5JS2A 3KK3A 1R0AA 4LY7A 1RT1A 4DWIA 4KI6A 4C8NA 4FJGA 5HP1A 4FK0A 2R7YA 1TKTA 3AO3A 4CEDA 2OA8A 1HJRA 3AVKA 3VQ5A 1QSLA 1WSJA 1UA0A 2HHVA 1N6QA 1RT5A 1RDAA 1LAWA 4TSXA 2OPQA 2YNFA 3NGIA 4FJMA 5CYQA 3KLIA 3TAEA 1ZYQA 1YTAA 1C1AA 4OPJA 2XO7A 1N5YA 4IDKA 4FJ9A 2E6LA 2XRIA 4B9SA 2OPRA 2YNHA 1LAVA 5T7BA 2G8VA 1RNHA 2E4LA 3V1RA 3WNGA 1RT3A 4CECA 4YFUA 2Y1IA 3RMDA 3AVIA 2XHBA 3QEXA 3DLGA 3ZSVA 1JLGA 4DU3A 3OYDA 4AHVA 4CFBA 2RN2A 2FBVA 2BANA 4FJLA 2HHXA 5FDLA 3SCXA 2O4GA 3LP3A 4DG1A 1JL1A 3PUFA 4HHTA 4FM0A 3P1GA 4JLHA 4FLVA 3LPTA 3CFOA 2FBTA 3QIOA 3DLHA 4C8OA 4W5QA 1Z26A 3NAEA 4DFJA 3EZ5A 4K8XA 2HNDA 5E41A 3G0ZA 1RDBA 4CK2A 4KRFA 1HYVA 4C8MA 3QEPA 2A1RA 1JLQA 4L8RB 1VK0A 1QE1A 4DSFA 5J2MA 3AVMA 4Z0UA 1TKXA 4CFAA 1T8EA 4AH9A 2ITGA 1HNVA 5JS1A 1U49A 1DTTA 4CJLA 3LAKA 3SQ2A 3OYFA 1KLNA 4NCBA 1RBVA 3DLEA 2B4JA 1YTUA 3OYKA 4FZYA 1C0UA 1RT2A 3HYFA 4CEOA 2ATQA 4CF1A 2HMIA 4OGCA 3WNFA 1D5AA 3ZSXA 3L2VA 2FC0A 1JXBA 5CYMA 3V9SA 3V9XA 2RPIA 1VSLA 3NH2A 4FLXA 3SUNA 4KPYA 4FK2A 1X1PA 2ZQBA 3JSMA 4E7LA 3IS9A 3K5OA 4DSKA 4YNQA 1HQEA 2LSNA 4ELTA 1JKHA 4N41A 3L2QA 1LW0A 2B5JA 4CGFA 2VG5A 3DOKA 2X74A 3HO1A 3TANA 3RWUA 1UWBA 3DOLA 4CIFA 4PY5A 4IG0A 3S3NA 2AJQA 3HL8A 1NKCA 1Q9XA 4CEQA 3NF6A 3HXMA 3DRPA 3BDPA 4RW7A 3LAMA 3L3VA 3TI0A 1ASUA 3QEVA 4BWMA 2G8FA 3SV3A 1S9GA 3V9ZA 1T03A 4BDPA 3LWLA 4M41A 4C8LA 1TV6A 3NGZA 3L2UA 4FJKA 1GOAA 1O1WA 3RMCA 4CJEA 3HPHA 2HNYA 1A5WA 3NH0A 1CXUA 5DK5A 4DLEA 1A5XA 4I7FA 3RRHA 3L8BA 3OS2A 2PY5A 4FJ5A 4RW4A 3CM5A 1Y97A 2XY8A 4CGGA 1WAJA 4Z4CA 4AHUA 4E89A 4RW6A 3WNHA 4PA1A 1X9SA 1I39A 1RBRA 1WAFA 1J5OA 3K2PA 3AVGA 1NK5A 3AVHA 3K5NA 3VQBA 4CF8A 1GOBA 3LZIA 1WSFA 4B3OA 2HHQA 2VG7A 2DFHA 3OY9A 4AHSA 1CZBA 1RTJA 2D0AA 5D3GA 2F8SA 3OJUA 3PO5A 3HVTA 3QO9A 2KQ2A 3QINA 1A5VA 5KRSA 4DTNA 1ITGA 2PZSA 3KTQA 4DSEA 3S9HA 1BI4A 3AVBA 1K6YA 2G8IA 3KLEA 1EETA 1SKRA 2D0CA 3V9WA 3DMJA 1VSEA 4FLWA 1BISA 1RBTA 1RILA 1VSMA 4FW1A 4DS4A 1VSFA 3SPYA 5I42A 1TL3A 1ZBHA 2Y1JA 5HROA 3K59A 1SKSA 1X9MA 4I9LA 4OKEA 1QTMA 1YT3A 3LP2A 3QNNA 1KSPA 3UIQA 4Z4EA 3B6OA 2OPSA 4B8AB 4OKJA 3S3MA 3AO2A 5HRNA 2QKKA 4KHNA 2F96A 4ID5A 3TABA 5C24A 1HMVA 5HRPA 3VA3A 3F9KA 1RTDA 1T05A 1TKDA 1JL2A 1X9WA 4DQIA 2D0BA 3ZSOA 4N56A 1UAXA 3NF9A 4E7HA 1NOYA 3KD1E 5SWMA 1U4BA 4KI4A 3T19A 4DFMA 1IO2A 4CJKA 1HRHA 3ZSQA 4OLAA 4CFDA 4Z4FA 3OYGA 4CJ3A 4E3SA 1TK8A 4LD0A 4CIEA 3OYMA 2P51A 2OZMA 4ELVA 1JLEA 1RDDA 1RT4A 2YNIA 4QOZB 3NE6A 3CM6A 4FJ8A 1ZBFA 3SQ0A 3AVAA 2BE2A 4CGDA 1KVBA 3AVNA 1SL0A 4Y1DA 2DFEA 2D5RA 1TK0A 4JRQA 5CZ1A 4E1MA 4FZZA 1SKWA 3EYZA 1F21A 2XY7A 3SI6A 3MAQA 2X78A 4KHWA 4F8RA 2IOCA 2IAJA 3OJSA 3OVNA 4EZ6A 1ZBIA 2PYJA 1ZBLA 3VQ7A 4QAGA 1J9AA 4DMNA 3TWHA 4CCHA 5J2QA 3HT3A 4F2SA 1BGXT 3TARA 4KV8A 1WNSA 4NCGA 1QS4A 5C42A 4EP4A 5KTQA 4W5RA 3OYHA 4FLTA 2HHTA 4PQUA 4DFKA 1TAUA 4W5TA 1Z25A 3ZT1A 1W9HA 4FYDA 1D9DA 4E1NA 3AA4A 1G15A 4G1QA 3DRRA 4CGHA 4F4KA 4M3YA 1IKVA 1L5UA 2F8TA 3KKRA 3E01A 4WE1A 3ZT4A 1IH7A 3C95A 3ITHA 4BE1A 1B9DA 2QKBA 1FKPA 4AILC 1NK6A 3SV4A 2JLEA 4BWJA 2Q3SA 1S9EA 3JYTA 1IKWA 3O3FA 3DM2A 3NFAA 4MFBA 2RKIA 3U6FA 1JLFA 1ZBUA 4KKOA 1REVA 1XHXA 4JS4A 3SUQA 3DI6A 4OJRA 3DYAA 1RT6A 4KHQA 3OYBA 4B9UA 1RTIA 4BE2A 4ZTJA 3LWMA 3LPUA 4IFVA 4DU1A 3TAFA 1DTQA 1TGOA 2G8UA 3DLBA 4M3WA 4CHYA 4BDZA 1HYSA 4RG8A 1NK7A 1HQUA 1LWFA 1NOZA 3V81A 3BGRA 3AO1A 1NJZA 2OZSA 3OS0A 4DS5A 2B6AA 4ZHRA 1U47A 4ELUA 1NK9A 4DLGA 4CEEA 4BE0A 3HPGA 4HUEA 4FJXA 4DF4A 4FJHA 3VA0A 2HHUA 4CJRA 1QSYA 3ULDA 5J2PA 3OYLA 3SUPA 1KRPA 4FZXC 3VQEA 4Q5VA 3AA2A 3TAMA 5KRTA 4FCYA 2Z1IA 3LP1A 1VSIA 1C6VA 3D45A 4CJWA 4E7KA 1TAQA 1BCMA 2RF2A 3AVFA 4O55A 4KHSA 1FK9A 2WOMA 3SYZA 3HPOA 3RR7A 4DSJA 4N76A 1S1WA 4FJIA 3I8DA 1DLOA 4CERA 4E7IA 3L3UA 4DU4A 5I3UA 1MU2A 4KB1A 4OLBA 1J54A 4FJJA 2Z1HA 1XI1A 2IGIA 3VN5A 2GUIA 3KLHA 3CQ8A 1SL1A 3C6UA 1S1TA 1U04A 4B9MA 2P5OA 3AVCA 3NGYA 3V1QA 2YHAA 1LWCA 3QNOA 4M3ZA 3PV8A 3PX0A 1Q8IA 1IKYA 1KVAA 1KTQA 2YKNA 3VQQA 4ICLA 4W5OA 3NHGA 4HUGA 3T3FA 4OKKA 4W5NA 4DTPA 1CLQA 2YNGA 4KTWA 3SUOA 3I0SA 4IKFA 1EP4A 1JLAA 4ID1A 3OYEA 3AV9A 3RR8A 4NCAA 3CYMA 3DLRA 2NUBA 3CG7A 4CJSA 1KCFA 4BACA 4DSLA 4KHYA 2HVIA 3QERA 4OPKA 3U3GA 4FK4A 3OYIA 1C1BA 4H4OA 3P5JA 1UOCA 1JLCA 3QEIA 3MXMA 4J2DA 4CHQA 4LSLA 4CIGA 1NKEA 5HBMA 1XHZA 1NJYA 1YVUA 1UA1A 3ASMA 1HNIA 1XC9A 3T1AA 4CHOA 3V9UA 3VQ6A 4Y1CA 4FLYA 3ZSWA 1NKBA 4M3XA 3O3HA 1ASWA 4CFCA 5KI6A 3OYAA 1S1VA 4CHPA 4DQPA 1I3AA 4B9NA 4PWDA 3HSTB 3WNEA 2VWJA 3SNNA 4ZTFA 3NF7A 3O4QA 4B9TA 1CZ9A 1SV5A 1JLBA 5FROA 3OYJA 2P5GA 3OYCA 2GV9A 1S6PA 2X6SA 3EY1A 3LDSA 1NK8A 1L3SA 4DTOA 3SQ1A 3VQAA 3DLKA 3LP0A 4DF8A 4CJ5A 1T7PA 4CGJA 1L3VA 4KTQA 4LH4A 4CF2A 2VWKA 4H4MA 3NDKA 1EX4A 2G8KA 1QSSA 4UQGA 3H08A 1KFDA 3ISNC 3LANA 4FJ7A 4IBNA 3M8PA 1ASVA 3RTVA 3QETA 3QEWA 1RT7A 4CJ4A 1U45A 3MXIA 2FBXA 5FRNA 4Z4GA 4DTJA 1WSGA 2EHGA 2VG6A 3L2RA 3PX4A 1IG9A 2KTQA 1VRTA 1CXQA 1VSHA 4NYNA 3P83D 5SZTA 3SQ4A 4M42A 3O3GA 3SZ2A 3ZT0A 1Q9YA 4OVLA 3VQ8A 4O5BA 1L3UA 3LALA 1B9FA 2QK9A 4JRPA 4FJNA 1FKOA 2XY5A 3IG1A 3K57A 4BDYA 1BIUA 3AVLA 3PX6A 4J2AA 1VRUA 3CFPA 4DTXA 1QQCA 5K14A 4HCBA 4CEAA 4EP5A 4EZ9A 4I2QA 4GMJB 3VQCA 2ZE2A 2KZMA 4DQSA 1L3TA 4F3OA 4N47A 2YHBA 1WSHA 3MEGA 1NK4A 4DSIA 4Q0BA 3KJVA 4CHNA 4CEFA 5HRSA 2BGGA 1RBSA 3ZSZA 1B92A 5CZ2A 4AHCA 1KFSA 3VQ9A 2XY6A 4C8KA 1W0HA 3KIOA 4E7JA 4DTMA 5DMRA 3V6DA 4AHRA 4O0JA 2PYLA 3ZT2A 3K5LA 4DQRA 2HVHA 2QXFA 1TK5A 2HHWA 4KTZA 5EU7A 4KFBA 1BQNA 3HP9A 4IFYA 1D9FA 4M3UA 4CEBA 3THVA 1RTHA 2Z1GA 1U48A 4LH5A 1BL3A 3PY8A 1GOCA 4CEZA 4O0IA 3IAYA 3SJJA 3CFRA 1HYZA 3AVJA 4J2BA 4HVJA 3SPZA 4DTSA 1RBUA 1SL2A 3MECA 4CF0A 1BHLA 2E6MA 2HB5A 4LSNA 3KLFA 2BDPA 1TL1A 4HCCA 1EKEA 4RW8A 1KLMA 1KVCA 4B8CA 3A2FA 3QESA 1SUQA 4J2EA 4RW9A 1S5JA 4N5SA 3RRGA 3K58A 1LWEA 3QLHA 3C94A 4CJQA 2EX3A 3KLGA 1S1XA 3MXJA 2W42A 3G10A 4CF9A 1XWLA 4E19A 3NH1A 4DFPA 4GVMA 3HJFA 3M8RA 1QHTA 3AO5A 3LZJA 4M3RA 2HHSA 1LW2A 1NJXA 3TR8A 4F2RA 4KO0A 4CJVA 4R5PA 2KZZA 3ZT3A 1RCHA 1S6QA 4O44A 1J53A 3C6TA 3O4NA 3ZSRA 1WSIA 3TAQA 4HTUA 4KHUA 4FLUA 4DQQA 3DRSA 3OYNA 4GW6A 4KB0A 4Z4IA 3KK2A 1BQMA 1VSDA 3HK2A 3D0PA 1VSKA 2FBYA 3KKSA 4HUFA 3NF8A 2HW3A 2Z1JA 2HNZA 1VSJA 1LV5A 1C0TA 2IDOA 4H8KA 2DTUA 4KAZA 2X6NA 3S3OA 3TAGA 2ZD1A 3VQPA 5HRRA 3RMAA 2OPPA 1WLJA 3ALYA 5J1EA 1RDCA 4IG3A 1NK0A 2KFNA 4AHTA 2GBZA 4M3TA 4CJTA 1S1UA 4K8ZA 4Z4HA 4QCLA 2JGUA 4DTRA 3AA3A 2WONA 3MEDA 4CHZA 2KW4A 4B9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D8YA 4CJUA 2H3GX 3MEEA 4B1VA 4FPBA 3FZHA 3KD5E 3AO4A 4BC3A 1FXXA 4IDHA 3IKMA 2NRWA 1C1CA 1BI4B 4FWMA 4JI5K 4JS5A 4F3TA 5CY4A 3VQ4A 3LDPA 4X65K 4H03B 4DV7K 4O4GA 1YHQN 3QIPA 3T69A 4ISEA 4BG8A 4CJPA 1WSEA 4JD2B 4BRHA 3LM9A 2P9UB 1HPZA 4PUOA 3V4IA 4YY3K 4MQ3A 2I5JA 3K5MA 1VAZA 5M1KA 4I2PA 5IT9O 5AQLA 3WT0A 5HP1A 3IFRA 1XC3A 2R7YA 2P9PA 4L3QA 3GDQA 4JKGA 5AQFA 1N6QA 3I55N 1RDAA 3E9PA 1LAWA 2OPQA 4FJMA 5AQMA 1ZYQA 2XRIA 2YNHA 3QDKA 2E4LA 3RMDA 1N33K 2Y1IA 3AVIA 1VQKN 2E1YA 3DLGA 2IVOA 2E2PA 3F2KA 1JCEA 3OYDA 4CFBA 4FJLA 2FBVA 2IIRA 2O4GA 4DG1A 1JL1A 3P1GA 4JLHA 4YORA 3LPTA 4FLVA 4W5QA 3KWGA 5E41A 2CGKA 4H5TA 4X62K 1HPMA 1I94K 4C8MA 3QEPA 4AF1A 4BREA 4L8RB 1QE1A 3QMLA 4BGBA 5M1QA 4AH9A 3O08A 3LAKA 4M7XA 3DLEA 3SAGA 1YTUA 4GV6A 4GV3A 3R9PA 2ATQA 4BR9A 3WNFA 1D5AA 1NGHA 2FC0A 1VSLA 3S41A 2ZM6K 4FK2A 1X1PA 4E7LA 3K5OA 3WXIA 3LDNA 2A6AA 2LSNA 4N41A 4WQ5C 2VG5A 5A2QO 3CCVN 1Q9XA 4CEQA 3CCJN 2HHHK 4RW7A 3K0SA 3OA9A 3G4SN 4CZMA 4PKGA 5AQGA 3V9ZA 3EO3A 1NJIO 3M3ZA 3FZLA 4C8LA 1TV6A 5AQUA 3GE1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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