3WXJA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol 3-phosphate
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 158
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxjA01
4A61A 1GLFO 1BOTO 4H5RA 3TPQA 4DQ8A 2WUSA 1GLLO 1R59O 3ID8A 3R9PA 4FWPA 2D0OA 3IUCA 3DWLA 3EKUA 3KVGA 3VEZA 1JCFA 3VERA 3WQUA 2ZWHA 3CHWA 3QB0A 3UKUB 1X9JA 3HZ6A 3O1BA 2BUPA 4BRQA 4PL7A 4CI6A 1T44A 3AY9A 3FZHA 4PKIA 2E1YA 3VF4A 2YCHA 3O80A 3BP8A 3U9ZA 4IZ9A 4PKHA 1E4GT 4XEIA 2QWLA 1TYQB 3O4WA 3H3OB 4MO5A 5BR9A 5LJVA 1S3XA 3VEVA 4NB4A 3WEEB 4F9OA 1YAGA 2A5XA 4FWQA 4YDUC 3A5NC 4RCHA 2QM1A 2GTDA 4GNIA 1V4TA 3O08A 2YI1A 1T6CA 3CERA 1D4XA 4B1XB 2Q97A 4H5WA 2I7PA 1ZBSA 5AQPA 4EFHA 3ENOA 4JHDB 4MLEA 1ZXOA 3ATVA 2QWNA 2QXLA 4BC2A 1NGJA 3BUZB 3SJHA 2BTFA 1Y64A 4FSVA 4CJ7A 2VCPA 4Z94A 1IJJA 3DXKA 1BO5O 2V7YA 1GLDG 1X3NA 3CQXA 1KAYA 3WQTA 3VGMA 1C0FA 4BRAA 2A3ZA 5AQOA 4FOIA 1HKCA 2P9UA 4A62A 2AP1A 3DXMB 5AQKA 3C0BA 2YHXA 3O1WA 4JD2B 3GOIA 2HF3A 1SQKA 1JCGA 3OHRA 4BG8A 2A6AA 1WOQA 3QMLA 5ADXH 3S41A 2CH6A 1BG3A 4K25A 4IJAA 4EIAA 3H3NO 4FL9A 1CZAN 1BA1A 4BG9A 3CETA 3ZETB 5BRDA 3VEWA 3G25A 2A41A 3MDQA 5EOYA 4B1ZA 1NGDA 3FR0A 3D7EO 4CBWA 3H46O 3CJ7A 1NGEA 2ASPA 4BRIA 3QFPA 3VENA 3ULEA 5FPNA 2PAVA 3B8AX 4XH1A 4BR5A 4CZMA 3L6QA 3VGKA 5BN8A 4O8KA 3VEOA 5AQZA 1SZ2A 3QBXA 4BQZA 2UYTA 3DJCA 3LDLA 4FPAA 3DAWA 4IJNA 5AZJB 2QWRA 2P9IA 5BPLA 3I33A 3L4IA 4BR2A 2F9WA 2E20A 2IVNA 4B1VA 3LDNA 1T6DA 4WYBA 4CZLA 2D0PA 2E88A 4M7YA 5BPNA 2QW9A 1QQMA 1RGIA 3CI5A 4B1UB 1Z6RA 3CQYA 1EQYA 4BR7A 4BR0A 3QBWA 5JMVA 3M6GA 3H1QA 1DEJA 1NGBA 3A5MC 4B9QA 5E26A 4DB3A 5FPDA 4H0XB 3A5OC 3BEXA 4CZFA 3H1VX 2GWKA 2CGLA 4BRKA 4WQ5A 1NGHA 4CZHA 2P9UB 4CD3A 1QZ5A 2QWPA 4H5TA 2P9LA 5BN9A 5KPZA 3CJ9A 5AQLA 4DHYA 3LDOA 5JLFA 2PBDA 4ISGA 3AARA 3C7NA 3GDQA 5EVZA 2CGJA 4H5NA 3SMSA 4BC4A 4H5VA 3MN6A 2J4RA 3LM9A 4BRPA 2E1ZA 5JICA 4FWKA 4BRLA 2P9KA 3FZFA 4BGAA 1NBWA 3UE5A 4BQLA 2ASMA 4BREA 1RDWX 3WUHA 3O6WA 4QS7A 1P8ZA 4ISFA 4AM6A 4QS9A 4CD1A 3J8AA 1K8KA 1QZ6A 3M3ZA 5AQVA 3D2EB 3UKRA 2Q0UA 3MN5A 3ULEB 2IIRA 3IMXA 4FWLA 5BPMA 3O8MA 4EAHD 2YHWA 4GY2B 2GWJA 3VF6A 1BU6O 4M63C 4HWIA 3D2FA 3WXLA 4BVOA 5AQHA 5EXWA 4JAXA 2EWSA 4BRCA 2P9PA 2OANA 2P9IB 4H0VB 4LC9B 2P9NB 4Y0WA 3IFRA 3LDQA 5AFUH 4BRMA 5KPTA 1BUPA 1G99A 3WXIA 4QS8A 5AQJA 3H6EA 4B1YB 1U2VB 3AAPA 4H0YB 2W41A 4FWMA 5AQYA 2IVPA 3JS6A 1MDUB 1HJOA 2D4WA 2YJEA 5AQXA 2GELA 5TKYA 2CGKA 3M1FA 3I8BA 3WT0A 2FLOA 5AQGA 3U8XA 3W3DA 1ZC6A 1YUWA 5AQIA 3TU5A 3KHYA 1ATRA 4CZJA 1LOTB 4FWRA 3L0QA 3RSEA 3VPZA 5AQFA 3WEEA 4WQ5C 2ITMA 1IG8A 5BRFA 4A2AA 4YDUA 3VESA 2Q1NA 3QFUA 4NO7A 3EL2A 1J6ZA 2P9LB 4H0PA 3VETA 3W0LA 1TUUA 2QWOA 1X3MA 2D1KA 4BC3A 1V4SA 4O5FA 2Q31A 3C7NB 4MO4A 4BRGA 3P4IA 4JHDA 5AQRA 4FO0A 5LJWA 2YJFA 3QDKA 1NGFA 2W40A 3BF3A 4EHTA 4H0OA 2P9KB 3EZWA 2F9TA 2VWBA 5AZIA 4FWNA 2ZGZA 4KBOA 4BR9A 2GEMA 1HUXA 1K8KB 2E2NA 4CZIA 3FFKB 4FPBA 3UKRB 4J8FA 1KXPA 2V52B 3MN7A 3FZKA 5JLHA 3U4LA 4H0TB 3DXKB 3ZX0A 1XUPO 3ENHA 4EHUA 2E2PA 3GE1A 3MN9A 3EN9A 1NGCA 3R8EA 2NLXA 4CBXA 3KZBA 5KQ8A 4JD2A 3CIPA 3SMPA 3LM2A 4BROA 3VF2A 1DGKN 1NMDA 2FSJA 3CJCA 5ELZA 5AQQA 2P9PB 5F2RA 4I6MA 1NGAA 2YHYA 4RWTA 4B1WB 4ISEA 5BRHA 3ZETA 2IVOA 3HSCA 4K41A 4IWVA 3ZEUA 5BREA 3O5BA 5FPMA 3VEXA 1BA0A 3CJ1A 2I7NA 1U6ZA 5F1XA 2HOEA 3BF1A 3CJBA 5AQSA 2CH5A 4BRDA 1HPMA 4RTFD 3FZLA 2Q36A 2P9SA 4IO8A 3GL1A 5AQNA 3FE1A 4A2BA 3MCPA 1MWKA 4K43A 2QWMA 1Z05A 3EO3A 1RFQA 3RSEB 1BWFO 1JCEA 1ESVA 2AA4A 1Q18A 1GLCG 4BRHA 3HI0A 4K42A 1WUAA 5AZJA 4BRFA 4FWOA 3ZX3A 4FOEA 1HLUA 4CZKA 2NRHA 3LL3A 3UB5A 4JNEA 3A8YA 1GLEG 2V7ZA 2V51B 3LDPA 1KAZA 1LCUA 2FF3B 3MMVA 3IDHA 3R6MA 4L3QA 4WQ4A 4CZGA 1NWKA 2E2OA 2QWQA 2FF6A 3WXKA 3HM8A 3WXJA 4C23A 4MLHA 1NM1A 4JN4A 4E1JA 1ATNA 4XH4A 5AZIB 4IXCA 1YVNA 4AM7A 2FXUA 3VEYA 3AAQA 3UKUA 1QHAA 3MK6A 5FPEA 2Q2RA 2H3GX 3GG4A 2Q0RA 5B8HA 2A40A 1E4FT 1NLVA 2ZF5O 5I9EB 1GLAG 3FLCO 3JXUA 5AQMA 5AFUA 4FWSA 3SK3A 1H1VA 3VGLA 2ZGYA 1TYQA 1QQNA 1SAZA 1XC3A 4BR4A 3F9MA 5CE3A 4PL8A 5ADXA 3GBTA 1HKGA 4I6MB 2HMPA 3CJAA 2A42A 2HF4A 3FGUA 2E2QA 4BRNA 5LY3A 1MA9B 3U9DA 3A0IX 4HTLA 1HKBA 1OKJA 5AQUA 3ZEUB 3VOVA 4XH5A 1DKGD 4BC5A 5AQWA 1NGGA 2FSNA 2VYPA 2FSKA 3D2EA 5EX5A 5AQTA 5KPRA 3HBTA 2P9SB 5E84A 2ASOA 1KAXA 3A5LC 4DCHA 3SLCA 4PKGA 1GLBG 1BDGA 1YXQA 2KHOA 3ATUA 4M7XA 1C0GA 2DPNA 1GLJO 4H03B 1TUYA 4CZEA 5KQDA 1ATSA 3H45C 2E8AA 2NZTA 1NGIA 5F0XA 3QICA 1HX1A 1S22A 2P9NA 5EY4A 3DXMA 4BGBA 3EKSA 4BVPA 1XQSC 4CBUA 1U2VA 3FZMA 3D2FB 1QQOA 2GUPA 5AR0A 4WQ4C 1MWMA 3HTVA 3ZX2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JYAK 4H5RA 1BOTO 3V6DA 1WB9A 3R9PA 2HHHK 1SV5A 3IUCA 5EU7A 3VEZA 5JVGL 4DTPA 3IAYA 3MECA 5J2MA 4IFYA 3K59A 3THYB 4M42A 3C6UA 3FFIA 4DV0K 3AO2A 1RTDA 3HZ6A 3K57A 4CI6A 3DLKA 4OVLA 4PKIA 2XY7A 4NCGA 1WSFA 4DFMA 4MO5A 5BR9A 4NB4A 3OYIA 4JI3K 1YAGA 2RE2A 4YDUC 3ASMA 1ZYQA 3ZT1A 3E9LA 4YHHK 1Q9XA 1GOCA 1V4TA 2G8KA 3CERA 2X6SA 3K9JA 1SS6A 4H5WA 4PQUA 2I7PA 2WOMA 3DI6A 1QVGM 1OVQA 1ZXOA 4G1QA 1U45A 3S3NA 3CC7N 4BY9C 1NGJA 3ID6A 1Y64A 1BIZA 2IC3A 4M3ZA 3V9WA 1BO5O 4IG0A 1CXUA 3HVTA 1KLNA 1HYVA 3VGMA 1TK8A 3LP3A 1UWBA 2ZE2A 3OVNA 3MXJA 1I94K 1B92A 2A3ZA 1HKCA 4JI4K 4H4MA 3HPOA 2AP1A 5AQKA 3SPZA 2XRIA 3C0BA 1FW6A 4DQPA 3C65A 4DUZK 4NCAA 1JCGA 2NRVA 3AVFA 1WOQA 3QMLA 5GAEP 5HRRA 2VG5A 4KB1A 4FJ8A 4JKFA 4B3MK 2VGMA 4H4OA 3CETA 1REVA 2ZJQL 3QEVA 3TSPA 3MDQA 1NJIO 3HL8A 4Y1CA 2PYLA 3FR0A 4CEDA 4LF9K 3U3GA 4LF7K 4FLUA 4CBWA 1NJZA 1HR0K 3H46O 3CJ7A 4GV9A 4BRIA 1RDBA 1YJ9N 3B8AX 1I39A 3OS2A 3CG7A 4KHNA 3LP1A 3F73A 2R7YA 3O9TA 3VN5A 3PLAA 2GUIA 1DLOA 3MEEA 4KHSA 3NBPA 3EY1A 5AZJB 2P9IA 3TABA 4BR2A 4DKWA 3PX4A 2XO7A 3VMFB 1Q8IA 1T6DA 1TKDA 4WYBA 1C6VA 2VGNA 3DRRA 4I2PA 4FLXA 4DTXA 4B1UB 1Z6RA 2OYQA 1IH7A 3QBWA 4AHRA 3M6GA 1IKWA 3J7ZO 4B9QA 1ZBFA 4GVMA 3QIPA 3SUPA 1KRPA 4BWMA 1L3VA 4DV3K 3BEXA 3H1VX 4BRKA 2CGLA 4CJPA 4WQ5A 1NGHA 4CZHA 2OCEA 3NGIA 5BN9A 4IFEA 1Q9YA 2O8FB 5KPZA 5CYQA 4DHYA 5JLFA 3E9OA 2UXBK 4ISGA 4ID1A 3C7NA 4HHTA 4DTMA 1WAJA 3CFOA 3ZSXA 1LWEA 4DTJA 2ZM6K 4PUOA 1HNXK 4FK0A 5JICA 1VSLA 3AVNA 1D9FA 3FZFA 4QAGA 2PYJA 2RKIA 3SBTA 1LWCA 1YVUA 4OKJA 3AVHA 4QS7A 4CD1A 3Q7CA 5AQVA 3D2EB 3UKRA 2HHUA 3QEWA 2QK9A 5C25A 2E6LA 3T7ZA 3ULEB 5BPMA 4EAHD 1TKZA 2JWKA 1BU6O 4FJIA 4DR3K 2VQFK 5AQHA 4YOTA 3VA0A 1CZ9A 4DV4K 4CGHA 4BRCA 3VQ5A 5FROA 3LDQA 4C8NA 4LFBK 3RRGA 4QS8A 3AAPA 4H0YB 4FWMA 1RBSA 5AQYA 4M41A 1D9DA 3THYA 1RT6A 2IVPA 1K9MO 3KIOA 1RDAA 1C1AA 3WXMB 2CGKA 3I8BA 3VQDA 4KHPK 4MQ3A 2W6LA 1ZC6A 3TU5A 3KHYA 1G15A 4RW8A 4FM1A 3SUNA 1WLJA 1LOTB 4AILC 3L0QA 1J5EK 4A57A 2Y1IA 3LANA 3QESA 2FC0A 4CJLA 5AQFA 4WQ5C 2ITMA 4I7FA 4A2AA 2Q1NA 1JLBA 1S6PA 3SQ0A 2FBYA 3KWIA 3O4QA 4FJNA 2F96A 4ILJA 1IBMK 2RN2A 2D1KA 3ZT0A 1RBVA 4OKEA 4J2DA 1WSGA 2KTQA 3P4IA 4JRPA 1YHQN 3IS9A 4F3OA 3RMAA 4JKHA 2YJFA 1U04A 3QDKA 1NGFA 3SUQA 4H0OA 1VSHA 4E19A 2UUCK 3CPEA 4FWNA 4FW2A 1NMNA 2IAJA 4CW7B 3BGRA 2E2NA 4CZIA 1A5VA 4FPBA 4CEOA 4LFCK 4W5QA 3QNOA 3FZKA 5FLXO 4BDPA 2GX9A 4EHUA 1JXEA 4JI6K 1IKVA 3R8EA 3CCLN 4JKEA 5KQ8A 1RBTA 4BROA 3LM2A 4JK9A 1WNSA 3OYMA 4FLYA 5FRMA 4CVNE 1ILYA 4BDZA 3MEGA 4ZTFA 2IVOA 4FCYA 4QOZB 5BREA 5FPMA 4DU3A 4E0DA 3AVMA 3OYJA 4JKGA 2ZJRL 3BF1A 4Z4CA 4YOXA 4DU1A 5TKWA 3NH1A 5AQSA 3V1QA 1WSJA 4N47A 3SBGA 1NKEA 4C8LA 4A2BA 4B9VA 3MCPA 3HK2A 1O1WA 4B9NA 1BWFO 2AA4A 1CLQA 2D5RA 1Q18A 2HMIA 5JVHL 3DLLL 5AZJA 3P5JA 2HHVA 1SKSA 1EKEA 4B9SA 4UQGA 4B08A 1QHTA 2HHXA 4JNEA 4CJ3A 1GLEG 4CEZA 4EP4A 4B8AB 2IDOA 3SV3A 1S1UA 1TL3A 2FF6A 4NYNA 4CFDA 1LW2A 2UU9K 3HM8A 4CGGA 4C23A 1EP4A 1CXQA 3D0PA 1NK5A 4JKBA 4IXCA 3LZIA 4AM7A 1NK9A 4CHOA 1C1CA 3THWA 3VEYA 3AAQA 3OYBA 1HJRA 4BE0A 5KGWA 2F4VK 4CHZA 1RDCA 3CM5A 3SAHA 2H3GX 3GG4A 2Q0RA 3WNEA 3L2VA 3V9UA 2YNIA 2O8CA 1I3AA 2O8FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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