3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
2NZTA 3H3NO 1V4TA 4YDUC 4CBXA 4BRCA 2UYTA 3CJBA 2QWQA 2A40A 1GLBG 1X9JA 4PL8A 2J4RA 1XC3A 2IVPA 3J8AA 4FO0A 3O4WA 3VETA 4CZMA 2IVNA 1ATNA 1Z05A 5FPEA 4HTLA 4BR5A 2D0OA 3VENA 4A2AA 2Q36A 3CHWA 1DKGD 1KAXA 3U9ZA 4GNIA 3WXIA 3O1BA 2NLXA 3GG4A 4KBOA 3A5NC 2YHXA 3FZLA 4AM7A 1ZXOA 4NO7A 3OHRA 3HTVA 1JCGA 3MN7A 4H5TA 3VEVA 4CBUA 1C0FA 5AQYA 3ZX2A 2VCPA 4Y0WA 2A6AA 4K41A 3H6EA 4MLHA 1QZ5A 4B1UB 4NB4A 4JHDB 3UE5A 1QQNA 1J6ZA 3H1VX 4IO8A 3H1QA 5AR0A 4FWOA 5AFUA 4JHDA 2GELA 1S3XA 2Q97A 1MWMA 5E26A 3WT0A 3MK6A 2ASPA 4C23A 4QS9A 5ADXA 1DEJA 3AAQA 5AQNA 3H46O 1D4XA 3I33A 4K43A 1X3NA 1GLJO 3H3OB 3CETA 4DQ8A 3R8EA 4M7XA 3DXKB 1Y64A 2DPNA 4AM6A 3FZKA 2ZF5O 1DGKN 1NMDA 3R9PA 3DXKA 4K25A 1K8KB 3IDHA 1WOQA 1BU6O 3C0BA 2QWPA 1K8KA 3QDKA 4QS8A 3FFKB 1HLUA 5KQDA 5JLHA 5AQVA 1BA0A 4PL7A 1JCFA 2V52B 4RWTA 2Q2RA 4ISGA 1T6CA 4FWNA 2QWLA 1YUWA 4BC4A 3W3DA 4DHYA 3BEXA 3LM2A 4BR7A 3FR0A 3MDQA 4FOIA 2ASMA 2CGJA 3JS6A 4CZKA 2YJEA 1SZ2A 4ISFA 1BO5O 3EL2A 4FPAA 2CH6A 3UKRB 5EY4A 1NGAA 4JD2B 2PAVA 2V7ZA 2QWOA 5TKYA 4FWSA 4MLEA 3UKRA 5AQLA 3HBTA 3TPQA 4JD2A 3GOIA 4XH4A 4BRHA 1BG3A 3SLCA 2YHYA 2H3GX 4BREA 3WQUA 4B1YB 3SMSA 2D4WA 3IUCA 3VESA 5FPNA 5BPMA 2ASOA 3AAPA 5F1XA 4RCHA 3ZEUB 3VEZA 3ZX0A 1TUUA 3ZEUA 3IFRA 3VF2A 2FF6A 3CI5A 3HM8A 1RFQA 2V7YA 4J8FA 2Q1NA 5KQ8A 3C7NB 3I8BA 2P9UB 1BDGA 1KXPA 3C7NA 1ATSA 3FZHA 3L0QA 4IWVA 3SK3A 4CZEA 2P9UA 3QICA 2QW9A 3WUHA 2D1KA 2GWKA 5AQTA 4WQ4A 4CZHA 2GUPA 3M6GA 1QZ6A 4WYBA 3FE1A 5AQKA 4H0TB 5AQSA 1C0GA 4EHTA 4XH1A 4CBWA 3WQTA 5JMVA 3GL1A 4PKHA 4FPBA 3F9MA 3LDQA 2GTDA 4PKIA 4GY2B 3QMLA 5AQOA 3U8XA 1BUPA 4Z94A 4E1JA 2VYPA 3IMXA 1GLAG 3WXLA 4H0PA 5BRDA 5FPDA 2GEMA 5BR9A 1NGGA 4A62A 3QFUA 3B8AX 2E20A 1CZAN 1NGHA 4LC9B 3A5LC 4EFHA 4FWKA 2W40A 3O08A 3LDLA 3ENOA 1ZC6A 1E4FT 4FOEA 3SJHA 3MN6A 4XEIA 5LJVA 2V51B 3AARA 4IZ9A 5AQUA 3ULEB 5B8HA 4BG8A 1YAGA 4FWPA 5F0XA 4EHUA 3MN5A 4BC3A 1NGFA 4BC5A 3O80A 3ULEA 5BREA 1MA9B 1LOTB 3ATUA 4FL9A 3VEWA 4DCHA 1HKBA 2CGKA 2E1ZA 2CGLA 2HF4A 3MMVA 1MDUB 3R6MA 4FSVA 4BGBA 3WEEB 5KPTA 3CERA 4B1XB 5AQWA 1RDWX 4M63C 1G99A 5F2RA 1E4GT 4H5VA 3WEEA 1U2VB 2YJFA 4FWQA 4WQ4C 5BRFA 5BN9A 1U2VA 1QHAA 1OKJA 3VOVA 4BRFA 3GDQA 3BP8A 3LM9A 2FSNA 3MCPA 3U4LA 3CQXA 4CJ7A 4H0OA 5JLFA 2I7NA 4BC2A 3M3ZA 2CH5A 4CZFA 1GLCG 4YDUA 3ATVA 3FZFA 3VGKA 1QQOA 1V4SA 4H5RA 3EO3A 1HKGA 5AQJA 4H5WA 3ZETB 4A2BA 2E2NA 4BROA 3UB5A 3VEXA 4B1ZA 3CJ9A 3ZETA 4BRIA 2HMPA 3TU5A 2KHOA 3LDOA 3VEOA 4CD1A 2EWSA 1WUAA 2IVOA 4JNEA 3BF1A 1NBWA 3VEYA 4I6MB 2E88A 2E8AA 3VERA 1KAZA 4H0YB 1ESVA 1RGIA 2ZGYA 4I6MA 3U9DA 2E1YA 4BRPA 4CZGA 2P9SB 1GLLO 1HX1A 3D7EO 3EKUA 2QWNA 4CZJA 1X3MA 2P9SA 2ITMA 2QM1A 2AA4A 5AQMA 4CI6A 1S22A 2FSKA 5AQXA 2AP1A 3CJAA 5AQHA 5EOYA 1TYQB 3D2FB 4CZLA 3FGUA 2WUSA 3CJ1A 1LCUA 1IJJA 2ZGZA 1TYQA 3SMPA 5KPRA 5BRHA 4H0VB 3D2FA 1Q18A 3HSCA 4BRDA 4BRMA 3A0IX 4L3QA 3HI0A 1MWKA 4BGAA 4EIAA 3O6WA 3RSEB 2W41A 3GBTA 4BRAA 5ELZA 3RSEA 3FLCO 3KZBA 4M7YA 3WXKA 5AQFA 4RTFD 1KAYA 3BUZB 3GE1A 3LDNA 4IJAA 4H0XB 2GWJA 3A5MC 2QWRA 5AQIA 4O8KA 2P9PB 2Q0UA 3CJ7A 4O5FA 3KHYA 2A5XA 3CJCA 3ENHA 5LJWA 2P9PA 4K42A 5AQGA 4IJNA 4WQ5A 5AZIB 5I9EB 3KVGA 4FWLA 1NLVA 2P9KB 2A3ZA 3JXUA 5AZIA 5AQRA 2A42A 2BTFA 2P9KA 3P4IA 3H45C 1BA1A 1EQYA 2OANA 3CQYA 1YVNA 4B1VA 4BVOA 2A41A 3DXMB 3L4IA 2YCHA 3LDPA 4BR2A 4BQZA 4CZIA 2NRHA 1GLFO 3DXMA 3VPZA 4FWRA 2P9IB 4ISEA 2E2PA 1JCEA 2P9IA 2P9NB 5BPNA 5BN8A 5AQPA 3DJCA 4BG9A 3EN9A 2F9TA 3ID8A 2P9NA 4MO4A 3VF4A 1T44A 5AFUH 5CE3A 1YXQA 2ZWHA 1GLEG 3W0LA 1R59O 5AQZA 5ADXH 5JICA 1BWFO 2E2OA 4H5NA 1NGEA 3D2EB 3DAWA 3G25A 5FPMA 4JN4A 3HZ6A 3O1WA 2YHWA 5LY3A 3D2EA 3QBWA 1NWKA 5EVZA 4BVPA 1GLDG 5EXWA 3O5BA 3MN9A 3WXJA 3VF6A 4H03B 3ZX3A 4B1WB 4EAHD 2FSJA 2FXUA 2HF3A 2QWMA 1XQSC 2VWBA 1P8ZA 1NGDA 3DWLA 3L6QA 3M1FA 5AZJB 5EX5A 1U6ZA 4JAXA 1HKCA 4WQ5C 5AZJA 2F9WA 2YI1A 4BRQA 4HWIA 4BRLA 5KPZA 3QFPA 1SQKA 4IXCA 2BUPA 2Q31A 4PKGA 4FWMA 2PBDA 1NGJA 1HJOA 1ZBSA 4BR9A 4BRKA 2I7PA 2FF3B 5AQQA 3AY9A 3A5OC 2FLOA 1SAZA 2IIRA 1XUPO 2QXLA 3UKUB 1Z6RA 2E2QA 3S41A 3EKSA 2HOEA 5BPLA 4XH5A 4BR4A 3UKUA 4CD3A 4BQLA 1H1VA 4F9OA 3A8YA 5E84A 3VGLA 4MO5A 4BRGA 1NGIA 4B9QA 2D0PA 1BOTO 1IG8A 3BF3A 2P9LB 4BR0A 1TUYA 2Q0RA 4QS7A 3O8MA 3VGMA 1HUXA 1NM1A 1T6DA 1ATRA 4A61A 2P9LA 3CIPA 1NGBA 1NGCA 3LL3A 3QBXA 3FZMA 4BRNA 3QB0A 4DB3A 1HPMA 3EZWA 1QQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXMB 3EE9A 3H3NO 4CBXA 4YDUC 4BRCA 1HNZK 3CJBA 1XHXA 4PL8A 4FM2A 1Q7YO 4AHTA 2IVPA 4C8OA 3THVA 4HCBA 3VETA 4FJ5A 2IVNA 1Z05A 3CCEN 3NGZA 1NJXA 4A2AA 3V9XA 1S1UA 4B9TA 4GNIA 1ZBHA 2NLXA 1XMQK 4K0KK 1NK9A 4AM7A 4Z0UA 4KTZA 3OHRA 4KHYA 3OJUA 3HTVA 1XI1A 3MN7A 3VEVA 3ZSQA 5FRNA 4C8MA 4AF1A 3H6EA 3PX6A 3HOSA 1QQNA 1Q8IA 5M1OA 3H1QA 4F8RA 3ULDA 2XY8A 3WT0A 3Q7CA 3A2FA 4LFBK 3AAQA 2OYQA 3ZT4A 1J9AA 3CETA 3P83D 1BQNA 3G0ZA 4GV9A 4CGDA 1HYSA 1K8KB 1KSPA 4YFUA 1LAWA 2QWPA 1K8KA 2NRTA 5KQDA 4M3TA 4CJVA 4OKKA 1JCFA 2V52B 1BIZA 2QWLA 4HCCA 4BC4A 2OA8A 1KFSA 3BEXA 3LM2A 4A5AA 4CVNE 3JS6A 3AVLA 3OYMA 1BO5O 3EL2A 3BDPA 2PFUA 1WBBA 5EY4A 1WAJA 3L2RA 1NGAA 4JD2B 4Z4FA 2PAVA 4B3RK 2HVIA 4FWSA 2HNZA 4I2PA 3ZLJA 1RTHA 2B4JA 2BE2A 4JD2A 4CEOA 4BRHA 1BG3A 4RW9A 4F3TA 2YHYA 3VTIA 4BREA 3WQUA 2D4WA 1YI2N 1DT9A 3KLHA 4AQYK 1J54A 3CMAN 1U45A 4E7JA 3O9RA 4Z4HA 3RMDA 4KHSA 3IFRA 4FLVA 1UA1A 3OYJA 3VQQA 2Q3SA 2YHBA 2XY6A 2P9UB 4WFBL 1BDGA 3SK3A 1ATSA 2P9UA 1TKXA 3QICA 4B3TK 4B3MK 4CZHA 4DF8A 1RDCA 1TV6A 1UAXA 5AQKA 4PA1A 1A5XA 1L5UA 3DYAA 1HQEA 2Z1IA 4G9ZA 5CYQA 4O55A 4AHRA 2FBXA 4O4GA 3CG7A 3NVKA 4DSEA 4GY2B 3QMLA 5KTQA 2F8SA 2HHTA 2ITGA 3U8XA 3WXLA 3MECA 3CCUN 1I39A 3SAGA 1J53A 2GEMA 3DLLL 4FYDA 2YNGA 4W5RA 4DV7K 1RBTA 4ID1A 3CCMN 3B8AX 3HJFA 4K8ZA 1BCOA 4LC9B 3A5LC 3OYEA 1RCHA 3O08A 3WNGA 4XEIA 2V51B 1HNIA 4IZ9A 1RBUA 3ULEB 1E3MA 5JVGL 2ETJA 3O3GA 3LZIA 4KB1A 3O80A 2X6NA 3ULEA 4OPJA 5M1KA 1LOTB 5C42A 5DM6L 4FL9A 3C6TA 4FJXA 4CHQA 4LD0A 4WCEL 3LP2A 2VG6A 3C65A 3R6MA 3VQPA 3WEEB 4CEBA 4B1XB 5AQWA 1XC9A 3OVNA 5F2RA 1E4GT 1Q9XA 4H5VA 3WEEA 4JV5K 3MEEA 2YJFA 3AVMA 5BRFA 1LWEA 4DMNA 4DQQA 2Z1JA 3H08A 1B9DA 2E4LA 1QHAA 3NF9A 4CEFA 1RT5A 2WBNA 2OTLN 5HRNA 2KQ2A 1DTQA 1VQ6N 3UIQA 5KGWA 3OBYA 3G4SN 3JSMA 4B3SK 2P5OA 3B6PA 5CZ1A 3L3VA 4CIFA 3SAHA 3KK2A 4KHWA 3M8SA 4B9UA 3ZETB 3AO4A 2JGUA 3OYGA 1RBRA 3UB5A 3VEXA 3ZETA 2FC0A 3AVJA 4CD1A 2EWSA 1WN7A 1VRUA 4FZXC 1WUAA 4CHOA 2IVOA 4JNEA 3KLFA 4ZTJA 2E8AA 5HBMA 3U9DA 4B08A 1SUQA 2E1YA 4CZGA 2B6AA 1GLLO 5A2QO 2RN2A 2W42A 3OYIA 1RDAA 2QWNA 1VQ8N 3KD5E 4XIUA 4FK0A 4AHSA 5AQMA 2O4IA 4GW6A 1S22A 3ZT1A 1K8AO 5CR4A 4KV8A 3V4IA 1TYQB 5J2MA 3AVCA 4WFNL 4JI0K 2UUAK 3CJ1A 2WUSA 2X74A 1LCUA 4IG3A 3SMPA 1TYQA 2OPSA 5M1PA 4H0VB 1Q18A 3HI0A 4EIAA 3RWUA 3RSEB 2W41A 3NFAA 4CGJA 3THWB 4KI4A 3C6HA 3RSEA 4CJTA 3FLCO 3TR8A 4M7YA 1U49A 4AHUA 3THWA 2VGMA 4YHHK 5LMNK 3BUZB 2YHAA 3GE1A 3ID6A 4IJAA 3ZSZA 4H0XB 4DQRA 1HNVA 4ELVA 2A1RA 2JWKA 5AQIA 1RT2A 2P9PB 3CJ7A 3CJCA 3ENHA 1QQCA 2P9PA 5LJWA 5AQGA 5AZIB 3KVGA 4C1NI 3LDSA 1NLVA 4M42A 4MDAA 4E7KA 4JEPA 5AZIA 5AQRA 4HUFA 3VQ7A 3S9HA 3RMCA 2JWLA 3ZSYA 3S3NA 3HL8A 3F9KA 4A59A 5FLXO 1YVNA 4CE9A 2NRVA 4W5QA 4DS5A 4BR2A 4CGFA 4CZIA 3CCJN 3PO5A 1DTTA 1GLFO 3QETA 2P9IB 1W97L 2P9IA 2P9NB 5AQPA 3PO4A 2F9TA 2VG5A 2X6SA 2P9NA 3VF4A 4KO0A 1GLEG 3PSFA 3TI0A 1BIUA 5LL6Z 3PY8A 3D2EB 3DAWA 1GOCA 4LFCK 4JN4A 3HZ6A 3ZSOA 1C0UA 1RNHA 2YHWA 5LY3A 3D2EA 4CFBA 4Z4CA 4CJRA 2VWKA 2IGIA 4BVPA 3DRSA 3SZ2A 2X78A 2KKZA 4M45A 3SUQA 4B1WB 2RF2A 2FSJA 1VQKN 3AVHA 4E7LA 3SV3A 2YX6A 3L2WA 1JLGA 5AZJB 4JI6K 4FJHA 1VQON 4WQ5C 4CJQA 5AZJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3WXJ A;  3OYK A;  3E01 A;  3SUP A;  3ZX3 A;  4EAH D;  2XY7 A;  2HF3 A;  3LWM A;  1NGD A;  4E7I A;  3KK1 A;  3DWL A;  2HBJ A;  3M1F A;  4JI2 K;  1Q81 O;  4JAX A;  4CJ5 A;  4HUG A;  1HKC A;  5J2N A;  2F9W A;  2A1S A;  5C0Y A;  4KRF A;  2O8D B;  4W5T A;  3DLK A;  3J7Z O;  2Q31 A;  2O8D A;  4PWD A;  1VRT A;  4FJN A;  1CXU A;  1NKB A;  3VN5 A;  3T69 A;  3OYA A;  3TAP A;  4RW4 A;  3T1Y K;  2ATQ A;  2FLO A;  4LF7 K;  3ASM A;  1JLB A;  3VQC A;  4XH5 A;  3K9J A;  4BR4 A;  2UXD K;  4NYN A;  4CHY A;  4BQL A;  4MFB A;  1T03 A;  3A8Y A;  4JRQ A;  5E84 A;  3TTF A;  3VGL A;  1I94 K;  2D0P A;  1IG8 A;  2P9L B;  2Q0R A;  2G8F A;  1T6D A;  3C6A A;  1ATR A;  4KHQ A;  4CEQ A;  3SUN A;  2P9L A;  1NGB A;  4F2R A;  4CHZ A;  1NGC A;  3IG1 A;  5DK5 A;  3QB0 A;  4JK7 A;  4DB3 A;  2QI2 A;  4Z4G A;  4WF9 L;  2RPI A;  3M5R A;  3RRG A;  1T3V A;  3EZW A;  4LY7 A;  5KRS A;  2DTU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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