3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
4K43A 4JN4A 2FSKA 4B1XB 1HX1A 1XUPO 3D7EO 1NGEA 4A62A 4DCHA 3MN5A 5FPNA 4CZKA 1GLBG 2V7YA 4BRAA 3ZEUB 2CH5A 4CJ7A 1MDUB 3VF2A 4CBXA 1S22A 4RTFD 3U9ZA 3UKUB 1QZ5A 4FWLA 2P9PA 3VF4A 2GUPA 3HSCA 2NRHA 3O6WA 1HLUA 2P9NA 4RWTA 3EN9A 4AM7A 1CZAN 1MWMA 3SMPA 2FF6A 3GG4A 3D2FA 4CZJA 3U8XA 3EL2A 1NGIA 1QQOA 1YUWA 2I7NA 1BUPA 1KAZA 2IVPA 2Q0RA 2W41A 3C7NB 4H03B 4H0XB 4EFHA 5KQDA 1BOTO 4QS8A 4CI6A 1R59O 4IO8A 3QFUA 4K41A 2FSNA 4H5TA 4WQ5A 3TPQA 3VEOA 3FE1A 2AA4A 1NGFA 3OHRA 5F2RA 3G25A 1GLAG 4FPAA 3D2EB 2CGLA 4RCHA 4FWRA 2E2PA 3DAWA 2FLOA 1U6ZA 3ZETB 1NGHA 3BF3A 3EZWA 4H5WA 3CI5A 3SMSA 4FWNA 2GELA 4BRKA 4WQ4A 3QICA 3DXMA 3CQXA 3WT0A 4XH5A 4PKIA 4CZEA 3BP8A 3HBTA 3L0QA 5JICA 1KXPA 3LM9A 1U2VA 5JLHA 3CIPA 4B1YB 4WQ5C 4EHTA 2P9IB 4Z94A 5EVZA 4BRQA 3UE5A 1T44A 1BWFO 2E20A 5BPNA 3M6GA 2YJFA 2VYPA 1NGBA 1K8KA 2ASPA 2QXLA 3VEWA 5BN8A 4O8KA 5AQMA 4H5RA 5AQLA 2PBDA 4EAHD 4WQ4C 3WXKA 1H1VA 4CD3A 2KHOA 3I33A 1QQNA 3LDPA 4BQZA 5AFUH 1ZXOA 4I6MA 3R9PA 3FLCO 5AZIA 4CZMA 1ATSA 3ZX2A 2P9UB 4C23A 5CE3A 1QQMA 3WXJA 2Q1NA 4DB3A 2F9WA 1T6CA 3VGKA 3HZ6A 4H0YB 2D4WA 5BRDA 2ZF5O 3QB0A 5AQFA 2NZTA 2QM1A 4J8FA 1XQSC 3AY9A 4NB4A 3VGMA 3UKRA 4CZIA 1IJJA 4CD1A 3O1WA 3S41A 4BREA 3MN7A 1RDWX 3SLCA 1GLJO 5AZJB 1P8ZA 4QS9A 1YVNA 3CHWA 1NM1A 1NLVA 3FZLA 1GLCG 4QS7A 1Q18A 3R8EA 3BEXA 2Q31A 3O5BA 2P9SB 1ATNA 1NGCA 3VEVA 5LJVA 1ESVA 2QWMA 3WQTA 4B1VA 3VERA 2V51B 5FPEA 3SK3A 1NWKA 3QBWA 2CGJA 5AQNA 4M63C 1J6ZA 3ZEUA 3UB5A 2QWOA 2IIRA 3A8YA 5KPTA 4NO7A 3EO3A 1Z6RA 2I7PA 5KPZA 1E4GT 2VWBA 4A61A 1V4SA 3ENHA 3HM8A 4PKHA 3LDLA 4BG8A 2Q97A 4FWMA 2A41A 1OKJA 5AQZA 5TKYA 2E2NA 3HI0A 4BRFA 1HJOA 4FWQA 5KQ8A 1DGKN 4F9OA 1TYQA 1DKGD 1RGIA 2YJEA 4MLEA 1LCUA 1NBWA 5AQKA 4BGAA 5FPMA 5AQJA 3CQYA 2HF4A 1Y64A 1KAXA 4BG9A 5AQQA 3H3OB 5JLFA 1NMDA 4CBWA 1ZBSA 3D2EA 2ITMA 1QHAA 2YHWA 2ZGZA 3ZETA 4BRHA 2D0PA 1TUUA 2YCHA 2E2QA 4BR7A 3VOVA 1GLLO 3TU5A 3DXKB 2EWSA 5ADXA 2YHYA 4H0OA 4ISGA 2P9NB 4JD2B 2QWQA 2OANA 5AR0A 3VGLA 2V7ZA 5BN9A 3ID8A 4CZFA 3RSEB 1D4XA 2V52B 1GLEG 3WXIA 2P9LB 4MO5A 4GY2B 3ENOA 2IVOA 2P9KB 5AQIA 4FWKA 3EKSA 3WEEB 2P9IA 1HKBA 4FWSA 4L3QA 5AQTA 1HKGA 3GDQA 5ADXH 3H46O 1EQYA 4BR4A 5AQOA 3C0BA 1QZ6A 4IWVA 5JMVA 4H0TB 1DEJA 3IUCA 1T6DA 3DJCA 5AQWA 4PL7A 1E4FT 2W40A 3FFKB 2E8AA 3H1QA 3MCPA 4BGBA 4BRPA 1BA0A 3WUHA 4B1WB 2A6AA 4M7YA 1TUYA 1NGAA 4MLHA 3FR0A 4EIAA 3VENA 4YDUA 3O08A 2YHXA 3KZBA 1JCFA 5AQYA 3VESA 2E88A 1MA9B 3LDNA 1JCGA 5AQUA 1U2VB 3W0LA 5BPLA 3IFRA 4H5VA 4IZ9A 4IJNA 3O4WA 3P4IA 3O8MA 2Q2RA 2HMPA 3IMXA 3WQUA 2D0OA 3KVGA 3ZX0A 3FZKA 5AZJA 4H0PA 3U9DA 4BC3A 2BUPA 3IDHA 3QMLA 3CJ1A 2DPNA 1SZ2A 4BRGA 2GWJA 1KAYA 5BR9A 4YDUC 4BRMA 2P9SA 4K25A 5AZIB 2BTFA 4CZLA 5BREA 5LJWA 3KHYA 1BDGA 2GTDA 3FZMA 4WYBA 3JS6A 3MMVA 1HKCA 5AQHA 2HOEA 3UKRB 2YI1A 3H1VX 3LM2A 1SQKA 5E26A 1GLDG 5EX5A 5BRHA 2HF3A 4JHDB 1BU6O 2F9TA 2IVNA 4XH1A 3F9MA 3UKUA 3A0IX 3ULEB 3B8AX 4BROA 1ATRA 2J4RA 1YAGA 3SJHA 4AM6A 1X9JA 2A5XA 4H0VB 3MDQA 4JNEA 3A5NC 3L6QA 3FZHA 2GEMA 4BC4A 5AQSA 4BRLA 5AQPA 3JXUA 3QBXA 3J8AA 5EOYA 3FZFA 3BF1A 5LY3A 2A42A 3A5MC 3C7NA 2ASOA 2A40A 1BO5O 1MWKA 3QDKA 3GL1A 4EHUA 2QWNA 5AQXA 3GOIA 3DWLA 4B1UB 5ELZA 3R6MA 3W3DA 3CJAA 4K42A 4IXCA 4BR5A 3MN6A 5BRFA 1BG3A 4BR9A 4E1JA 3M1FA 3DXKA 4ISEA 4BC2A 2P9PB 3GBTA 3L4IA 3MK6A 4BR0A 2ZGYA 3AAQA 1TYQB 3MN9A 2H3GX 4BR2A 4JD2A 2E1YA 2VCPA 3LL3A 3RSEA 3VETA 2ZWHA 3A5OC 5KPRA 3GE1A 4BRNA 1XC3A 2P9LA 3O80A 3FGUA 2GWKA 2P9KA 3D2FB 1ZC6A 5EXWA 3VEZA 3WEEA 2UYTA 3VEXA 3H45C 2QWPA 2QWLA 4FO0A 3ATVA 1V4TA 3VPZA 3VF6A 4HTLA 1WOQA 5AQGA 4DQ8A 1JCEA 4BRCA 4FWOA 4FPBA 4FL9A 2A3ZA 4MO4A 3AARA 4GNIA 2ASMA 5BPMA 3LDOA 1HPMA 4PKGA 3U4LA 1GLFO 4Y0WA 4FWPA 2QW9A 2E1ZA 1SAZA 4KBOA 5I9EB 3EKUA 3H6EA 3DXMB 3HTVA 4XH4A 5F1XA 1NGJA 1YXQA 2P9UA 1RFQA 3VEYA 5FPDA 2PAVA 5AFUA 3WXLA 4BC5A 2Q0UA 4B1ZA 4CBUA 2FXUA 4ISFA 1C0GA 3ZX3A 2CGKA 4CZGA 3ATUA 5F0XA 1IG8A 4A2AA 5AQRA 1HUXA 4A2BA 1K8KB 3A5LC 4BRIA 1X3NA 3QFPA 5B8HA 3BUZB 4DHYA 2NLXA 4LC9B 3CJ7A 2CH6A 2FSJA 4FOEA 2AP1A 3AAPA 1G99A 4I6MB 5E84A 4M7XA 3CERA 3I8BA 1C0FA 1WUAA 4FOIA 2E2OA 4FSVA 4HWIA 5AQVA 1X3MA 4B9QA 4PL8A 4CZHA 1NGGA 1S3XA 2D1KA 3CJCA 4XEIA 4O5FA 1NGDA 5EY4A 4JHDA 3CETA 4BQLA 1LOTB 4H5NA 4JAXA 4IJAA 3CJBA 2Q36A 2WUSA 3M3ZA 3ULEA 4BVPA 3CJ9A 1BA1A 2QWRA 1Z05A 3LDQA 3H3NO 4BVOA 4BRDA 2FF3B 3O1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1QA 1IKYA 4B1XB 3D7EO 1J5EK 4A62A 1W9HA 4DQRA 2KQ2A 3K5LA 4B9VA 4DCHA 1EO1A 3G10A 1WSIA 4CZKA 1IG9A 3AVJA 3ZEUB 4C8LA 3AO5A 1KCFA 3AVAA 3U9ZA 3G6EN 1KVCA 2DFHA 4F2RA 1EWRA 1S6QA 3PO4A 4CJPA 4DR4K 2OTJN 4ZHRA 2PY5A 4RWTA 4R5PA 3K9JA 2FF6A 4DWIA 3HM9A 3D2FA 3U8XA 5I3UA 4H03B 1KAZA 1NU0A 2W41A 3C7NB 4DR2K 3D45A 4LF7K 1BOTO 4QS8A 3DMJA 4CI6A 2QXFA 1EETA 4FLZA 4H5TA 4KO0A 2XY8A 1VHXA 4WQ5A 3AVHA 3OHRA 3D2EB 4B3MK 1U6ZA 1NGHA 3AVNA 4IO9L 4NLBA 4H5WA 2B5JA 3LZJA 3SV3A 4E1NA 2UUCK 3CQXA 1KLNA 4IKFA 1TL3A 4HCBA 3CC4N 4PKIA 4CZEA 4DR3K 1ZBFA 4CJFA 4JV5K 1UA1A 1RBUA 4EHTA 4KAZA 2P9IB 3CC2N 4MFBA 4EZ6A 4F4KA 3M6GA 1BGXT 4F8RA 5HRRA 5C42A 4CEAA 3VEWA 5BN8A 5AQMA 1RT5A 4FLVA 4WQ4C 4CGJA 3CFOA 4M3RA 1YVUA 1T03A 3VA3A 4BWMA 4GKJK 1QQNA 3AGRA 4I6MA 4CZMA 1ATSA 2X6NA 3SV4A 2P9UB 4C23A 1R0AA 1TL1A 5CE3A 2Q1NA 2OA8A 2F9WA 1IKXA 3M8QA 1N8RO 4DSFA 5J1EA 3DLRA 4CEOA 1HQEA 3VMFB 3QB0A 2QK9A 4OPKA 4J8FA 4CIEA 3UKRA 3CM5A 2ZJRL 4DS4A 3MN7A 5A2QO 4CVNE 3OJUA 1VQ7N 4QS9A 4CJ5A 1XI1A 1GLCG 4QS7A 1Q18A 3OA9A 3BEXA 3O5BA 4CGIA 4Z0UA 1U4BA 5LJVA 3VEVA 4BACA 2VWKA 2GBZA 1HR0K 1Y97A 3O3HA 1VAZA 3THXA 5M1PA 2V51B 5KI6A 4IG0A 4E1MA 5FPEA 5HROA 1JJ2M 4MDAA 2CGJA 1TVRA 4C8NA 3QO9A 3UB5A 4JKBA 2QWOA 3VN5A 2G8HA 2O8CA 4CIGA 3HRGA 2YHBA 3LPTA 4A59A 3AA5X 2XRIA 1V4SA 3VQ7A 5CYQA 2ZE2A 1YIJN 1WB9A 4DR5K 3SI6A 5KQ8A 1TK0A 4YOVA 1DKGD 2YJEA 4JS4A 1WBDA 4JKGB 3BZKA 1LCUA 1EXQA 1NBWA 5C2DA 2NRXA 5T7BA 4BGAA 2ETJA 5FPMA 4ZTFA 3TTCA 3L4QA 5AQJA 3MAQA 1NK7A 1HNWK 3CQYA 2HF4A 2DY4A 3DOKA 1J5OA 5GINA 4BG9A 5AQQA 3NE6A 1T05A 3PUFA 1NMDA 2JWLA 1ZBSA 3JYTA 2G8VA 2ITMA 3BGRA 1NK4A 3TAEA 5TKWA 2WC9A 3VOVA 4O44A 3TU5A 2YHYA 4DQSA 1A5XA 1MU2A 3T1YK 3KIOA 3O4QA 3K58A 3SBTA 5D3GA 4CZFA 3T1AA 3RSEB 4KH5A 1LW2A 1D4XA 4JI3K 4CK1A 2OPSA 4NLCA 3ZT4A 3I55N 4M3TA 4MO5A 3ENOA 2IVOA 1K8AO 4DQIA 3O3FA 4OKEA 4LF6K 4FWSA 4L3QA 2KTQA 3GDQA 4BR4A 5AQOA 3ZT1A 5JMVA 2VQEK 4J2BA 4H0TB 3QIOA 4OVLA 4B9NA 3IUCA 2Q3SA 3V1RA 3FFKB 2E8AA 4GV3A 3H1QA 4X64K 4BGBA 4JKAA 5GIOA 5KGWA 5JVGL 1S9EA 3NF8A 3VESA 1JCFA 2E88A 3M8PA 4K0KK 4IZ9A 1VQON 3LDSA 3O8MA 1VSFA 4YOUA 1K6YA 2HMPA 3IMXA 2OZSA 2O8DB 4JRQA 3CCLN 3THWA 1YTAA 2HHVA 4BRGA 1A5WA 4M3ZA 2P9SA 1U47A 1NMNA 4IFEA 3K57A 1U04A 3H08A 3FZMA 4WYBA 3MMVA 3HPOA 4AHSA 2HOEA 1VQKN 3UKRB 3AVLA 1M90O 1SQKA 5E26A 3CFPA 1E3MA 5BRHA 4JK8A 4IDKA 2D5RA 3PSIA 4LF8K 4QCLA 1RBVA 1HYVA 1YAGA 4DV1K 3V9WA 1HMVA 3RMAA 2A5XA 4FLUA 4FVMA 3MDQA 4CFBA 5AQSA 3JXUA 5CHIA 5EOYA 1BIUA 1TAUA 3TABA 3A5MC 3KKSA 1LWCA 3GL1A 1CLQA 1S1VA 1REVA 4YOYA 3L2QA 3R6MA 1CZ9A 3OS0A 3AVMA 4X62K 3AVGA 4BR5A 3MN6A 3NHGA 4PY5A 1WBBA 4FJHA 3TARA 2ZJPL 3DXKA 4ISEA 4BC2A 4CGHA 2P9PB 1M1KO 1JLQA 4OKKA 3MXMA 5JVHL 4BR0A 2H3GX 4AHVA 2E1YA 1UOCA 4L8RB 5J2MA 4DFPA 1T8EA 3VETA 3A5OC 1VSEA 5KPRA 4YOWA 4KH6A 2PYJA 1RDBA 2P9KA 2YX6A 3WEEA 3OS1A 4YORA 3CF5L 1RDUA 3OYHA 2FBVA 1FKPA 1JKHA 3PX0A 4E7KA 4LF9K 4BE1A 3ZT2A 4LH4A 3HXMA 4OPJA 2D0CA 4F3TA 4BRCA 3I56N 1Q9YA 4N76A 4GNIA 3MXJA 5BPMA 2O8FA 3O9UA 1GLFO 4FWPA 2QW9A 2VQFK 3NH2A 2UXCK 3EKUA 4XH4A 3DXMB 3KTQA 1YJNN 1ASWA 1J9AA 1TKXA 1RFQA 1EKEA 1TKZA 1KVBA 3KKRA 3BY5A 3NBPA 4BC5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OYE A;  2KW4 A;  3HOT A;  3EE9 A;  3L2U A;  2G8U A;  3LM2 A;  3ZCM A;  4JHD B;  4CER A;  4XH1 A;  3F9M A;  1BL3 A;  4U67 L;  3B8A X;  3PX6 A;  4E19 A;  3OS2 A;  4GV9 A;  4FW1 A;  3DLH A;  1X9J A;  1XHZ A;  4BC4 A;  2GEM A;  4BRL A;  3OTO K;  2IDO A;  5AQP A;  1LWE A;  1DLO A;  1YF5 L;  4JRP A;  3FZF A;  3BF1 A;  1QE1 A;  1RDA A;  3C7N A;  2ASO A;  1BO5 O;  1MWK A;  3QDK A;  4EHU A;  2QWN A;  2HBM A;  3QIP A;  5AQX A;  3VQE A;  2E6M A;  4B1U B;  1C0U A;  4RW9 A;  3KK1 A;  3T19 A;  3V9S A;  1ASU A;  3W3D A;  4K42 A;  4IXC A;  4E1J A;  3F73 A;  5HRS A;  5C10 A;  3CCV N;  3AVK A;  4FM0 A;  1KSP A;  3Q7C A;  1P90 A;  3C94 A;  4HUG A;  1YIT N;  4M3W A;  4IOC L;  4BR2 A;  4JD2 A;  3LAK A;  2VCP A;  3LL3 A;  4ZTJ A;  1NK6 A;  5MLC Q;  4CES A;  4Q5V A;  4BRN A;  3FGU A;  1VSD A;  1ZC6 A;  3I0R A;  1SV5 A;  1W0H A;  3CQ8 A;  3CYM A;  4CJW A;  1QSL A;  3VEX A;  3ENB A;  3H45 C;  2QWL A;  1V4T A;  3PV8 A;  4KHY A;  4V19 S;  2HHQ A;  1IO2 A;  1LAV A;  4FWO A;  1KFS A;  2ASM A;  4KV8 A;  3LDO A;  1HPM A;  3DLL L;  2WTU A;  4W5R A;  3KK2 A;  4ELV A;  4KFB A;  2KZM A;  1NJX A;  4FJ7 A;  1FJG K;  4CJQ A;  2E1Z A;  1SAZ A;  3E9O A;  3RWU A;  5I9E B;  2XHB A;  2D0B A;  5C12 A;  4JI0 K;  2OYQ A;  2P9U A;  4CJ4 A;  1U49 A;  1Q81 O;  1ZBI A;  4E0D A;  1RIL A;  1TKD A;  4FLW A;  4B3S K;  1IG8 A;  4QOZ B;  2P5G A;  5HOO A;  1IKV A;  4A2A A;  2XY5 A;  1NKC A;  4A2B A;  1K8K B;  5B8H A;  3SCX A;  1D5A A;  2JWK A;  3THY B;  3BUZ B;  3K9K A;  4CJ3 A;  2G8K A;  3PY8 A;  4ELT A;  3N4Q A;  1W2B M;  4FJ8 A;  1NOY A;  1G99 A;  5E84 A;  3V81 A;  1Q86 O;  3CER A;  4FJ9 A;  3I8B A;  2O8E A;  1HQU A;  3TAF A;  3SAG A;  2D1K A;  2W6L A;  3CJC A;  4XEI A;  3OYK A;  4BY9 C;  2ZJQ L;  4DTN A;  3CET A;  3O9T A;  3S3O A;  4H5N A;  4Z4I A;  4JKC A;  4LSN A;  4DR7 K;  3SQ0 A;  3ULE A;  4NCA A;  5CY4 A;  2JGU A;  1K9M O;  4BVO A;  3RMC A;  3OYA A;  2OPR A;  3DRP A;  5CZ2 A;  3NMU A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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