3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
2FXUA 4BR0A 4IJAA 5AZJA 2DPNA 4BG8A 5ADXA 1NBWA 5BRDA 4BRCA 2YJEA 4MO5A 4CZIA 3LL3A 5JLFA 4WQ4C 4BR4A 1NWKA 2P9SB 4B1WB 4A2BA 3DAWA 3WT0A 5AFUH 3O4WA 3DWLA 3O1BA 2Q36A 1HJOA 3CETA 2GWJA 2E2QA 1X3NA 1QZ5A 2P9KA 3CJ7A 3ENHA 3HTVA 3S41A 4CD3A 1Y64A 4M63C 2H3GX 1Q18A 1Z05A 1Z6RA 4I6MA 5JLHA 3H1QA 1X9JA 3DJCA 4F9OA 1YVNA 4FWPA 5EVZA 1NLVA 3WQUA 4H0XB 2E2NA 3LDOA 2FF3B 2IVOA 2QWRA 1XUPO 2E2PA 2YHXA 3RSEB 3VOVA 4BRKA 3CERA 2FSKA 4H0OA 3C0BA 1S22A 3A5LC 1XQSC 1YAGA 5LJVA 3W0LA 1NGHA 3ULEB 4E1JA 4H0VB 3H45C 2QXLA 3O08A 4WYBA 4BROA 3U8XA 5E26A 2P9IB 1HX1A 3UB5A 4FWNA 2P9LA 1GLLO 1U2VA 3R9PA 4H5WA 4CI6A 3ENOA 4JD2B 2QWPA 4QS9A 3U9DA 3ZX2A 1E4FT 5EOYA 1JCFA 3VGKA 1TUYA 3FGUA 3BP8A 3EKUA 2CH6A 4XEIA 3EN9A 2J4RA 5KPZA 3U9ZA 4YDUC 2WUSA 5I9EB 3WXJA 1T44A 3L0QA 1IG8A 1BU6O 5AQHA 3IFRA 4IO8A 5JICA 4HTLA 5FPMA 4BQZA 2GTDA 4FO0A 3MN9A 4H0TB 3SK3A 4B1UB 4EHTA 4IJNA 1HPMA 3ATVA 1HKBA 1YXQA 3VERA 3CJAA 3KHYA 4GNIA 4EAHD 2YHYA 3VF2A 1V4SA 2HF3A 4PKHA 3H3OB 2CGJA 3L6QA 4B1ZA 4H0YB 1DKGD 4RWTA 5AQKA 3QFUA 4FWQA 4KBOA 4FPAA 4JHDB 4BVPA 3IDHA 4CBUA 3VF6A 2D0OA 3H1VX 2ASOA 4YDUA 4FOEA 3RSEA 1HKCA 1QHAA 1ATRA 2VWBA 3VESA 3GBTA 4CZGA 1GLDG 5AQMA 1NGIA 5BRFA 3VENA 4PL7A 2NRHA 5EXWA 3FFKB 1GLEG 3KVGA 1SQKA 5CE3A 5AQYA 5AQNA 4BG9A 5BPLA 2P9IA 3A5NC 2I7NA 1KXPA 3D2FA 4PKIA 4H5RA 4RCHA 2E8AA 2GEMA 2Q0UA 4BRDA 2YJFA 4EIAA 2IVNA 1BWFO 4FWKA 1C0FA 1P8ZA 3WUHA 4BC3A 3O5BA 1QQOA 3BUZB 3LDPA 1GLFO 1QQMA 3ZEUB 3TU5A 2V7ZA 4L3QA 5LY3A 2NLXA 4GY2B 4MO4A 4CZHA 4JNEA 3CJ1A 5BREA 1NMDA 4IXCA 2Q31A 4PKGA 1RDWX 3LDQA 1TUUA 2CGLA 2Q2RA 5AQTA 3CIPA 3DXMB 2EWSA 5ELZA 3CHWA 3UKUA 2UYTA 5FPDA 4BVOA 4QS7A 4Y0WA 3QBWA 1SZ2A 1HUXA 3MN5A 4FPBA 4JHDA 5AQUA 5AQQA 3H3NO 4ISFA 3VPZA 3GDQA 2V51B 4A62A 1HKGA 2AA4A 5BN9A 1ZXOA 3BF1A 3CJCA 4H5NA 5AR0A 3MMVA 5FPEA 4WQ4A 3EO3A 1NGAA 1SAZA 3B8AX 5F0XA 3O80A 4K25A 4CBWA 1G99A 1U6ZA 1BA1A 2HMPA 2QM1A 3R8EA 4CZMA 4RTFD 5BRHA 4M7YA 3ZX0A 5AQIA 4NB4A 1QZ6A 4BRQA 4FL9A 4FWRA 3QICA 1ESVA 1ATSA 3HSCA 4WQ5C 4B1VA 5EX5A 1TYQB 2BTFA 1DGKN 2CH5A 4BRAA 3C7NB 2D4WA 1H1VA 2E88A 2PBDA 4H5TA 3LM9A 3ZEUA 3CJBA 5BPMA 3CQYA 2P9SA 5ADXH 2ZGZA 3OHRA 1MA9B 3H6EA 2IIRA 3I8BA 3W3DA 1KAZA 3WXIA 5FPNA 3DXMA 2P9UB 1BUPA 2QWNA 3ZETB 3WQTA 4BGBA 3EKSA 2P9PB 3BEXA 3WEEB 3HM8A 3FZKA 3SLCA 4CZKA 2YI1A 4HWIA 4DQ8A 2P9NB 4QS8A 4FWOA 3SJHA 3M1FA 2OANA 3DXKB 4XH5A 1ZBSA 1NM1A 3R6MA 5AZIB 1GLBG 5F1XA 4B9QA 3VEOA 4ISEA 5AFUA 1JCEA 1X3MA 4BR9A 1GLCG 2E20A 2I7PA 1NGCA 2ASPA 5AQPA 4BGAA 3O6WA 2FSJA 3HZ6A 1K8KB 5AQRA 3FE1A 3JS6A 2ZF5O 2E1ZA 2QWLA 3VEYA 4JN4A 1BOTO 3SMPA 3FR0A 3ULEA 4BRPA 2P9KB 3GG4A 4XH4A 3GE1A 1D4XA 2Q1NA 3EZWA 3GL1A 1DEJA 3U4LA 2F9TA 1TYQA 4JD2A 4O8KA 3AAPA 2HOEA 2A5XA 4H03B 4CZJA 5B8HA 3BF3A 1RFQA 3C7NA 2GWKA 4C23A 2FLOA 2A42A 2A40A 3HI0A 1BA0A 1T6CA 4BQLA 3D2EB 1MDUB 5AQLA 4XH1A 3QBXA 3FZHA 2GUPA 3QFPA 1ZC6A 2BUPA 3AARA 3D7EO 4BRGA 4BC4A 3ZETA 2YHWA 4BR2A 5AQWA 1ATNA 4FWSA 5BR9A 3MDQA 1BO5O 4CZFA 4DB3A 2P9PA 4BR5A 3WEEA 2V7YA 1R59O 1U2VB 2V52B 2QWMA 4K42A 3A0IX 3UE5A 3FZLA 3DXKA 3J8AA 1MWMA 5LJWA 2GELA 1XC3A 1IJJA 3QDKA 5AZIA 3A8YA 1CZAN 3VGMA 4BREA 4AM7A 4BRNA 1NGEA 1LCUA 3CI5A 1KAYA 2E2OA 2ITMA 3M6GA 3HBTA 2NZTA 4JAXA 1K8KA 3IUCA 3WXKA 1JCGA 3UKRB 5F2RA 4FWMA 1MWKA 1QQNA 2HF4A 3FZFA 3VEWA 3VF4A 3KZBA 4FSVA 5KQDA 5AQVA 3O8MA 1V4TA 3VEZA 5JMVA 4Z94A 3VETA 3A5OC 5AQOA 1J6ZA 3VGLA 5AQXA 1HLUA 1T6DA 5EY4A 5KQ8A 3LDLA 4BC5A 4MLHA 1NGBA 4B1YB 4BRMA 3D2EA 5TKYA 2F9WA 5AQSA 4BRFA 4IZ9A 4AM6A 4CD1A 4O5FA 2ASMA 4LC9B 3AAQA 2IVPA 1BDGA 2KHOA 1C0GA 1S3XA 2FSNA 3IMXA 3I33A 3MN6A 3F9MA 3WXLA 3M3ZA 4A2AA 2W40A 1NGJA 3D2FB 1GLAG 1BG3A 3FZMA 3MN7A 3O1WA 4J8FA 3LM2A 5BN8A 5E84A 1EQYA 2ZWHA 1YUWA 4WQ5A 3LDNA 3AY9A 2VYPA 3VEVA 4BRIA 4DHYA 5AZJB 4FWLA 4A61A 4CZLA 4PL8A 2VCPA 2YCHA 3UKRA 4CJ7A 5AQJA 2Q97A 4EHUA 2D0PA 5BPNA 3A5MC 2A3ZA 2QW9A 2AP1A 4ISGA 1LOTB 4BC2A 1WUAA 2QWOA 5AQFA 3JXUA 4K41A 3ATUA 3UKUB 2W41A 3VEXA 5AQZA 1NGGA 4CBXA 1NGFA 1KAXA 5AQGA 4BRLA 3QMLA 2QWQA 4I6MB 1WOQA 4H0PA 4DCHA 4NO7A 3QB0A 5KPRA 3H46O 3GOIA 4H5VA 4MLEA 4EFHA 3EL2A 4B1XB 3TPQA 4BR7A 1OKJA 2CGKA 3G25A 2A41A 4M7XA 1E4GT 2E1YA 4CZEA 3FLCO 4FOIA 4IWVA 3MK6A 2PAVA 1RGIA 2Q0RA 3CQXA 4K43A 2FF6A 3L4IA 3ID8A 2P9UA 3ZX3A 2A6AA 3CJ9A 1NGDA 3P4IA 3SMSA 1GLJO 3MCPA 2P9LB 2P9NA 5KPTA 2ZGYA 2D1KA 4BRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAJA 3HJFA 4CHZA 3QIOA 3OYLA 1I3AA 4DV6K 4BRCA 3LL3A 4BR4A 1NWKA 1DTTA 3RMCA 3OYJA 4E7KA 3O4WA 3NGIA 3IKMA 5JVGL 1FXXA 2Q36A 1WSJA 2OPQA 3P5JA 1QZ5A 3VQEA 3ENHA 3S41A 3PUFA 3EE9A 4CD3A 4M3TA 4M63C 4OLBA 3JAMO 1JLCA 1Q18A 4I6MA 5JLHA 1RDDA 3DJCA 1Q8IA 4FJ7A 1SUQA 3CCRN 1JLGA 3QEPA 4YOTA 4DFKA 1NLVA 1N33K 4GW6A 3CD6N 1DTQA 4NXMK 4H0XB 2ZJPL 2E2NA 3CMAN 4Z4IA 1XUPO 2B6AA 4UY8O 2JGUA 4L8RB 3T7ZA 3W0LA 3ISNC 1HJRA 3WNEA 1N32K 4BROA 4CHYA 3CCJN 2P9IB 4DTMA 1HX1A 2HHTA 4KTQA 3LP0A 1XMOK 3VQDA 4JD2B 4YOYA 3SYZA 4AQYK 3H08A 1KVAA 2KKZA 5EOYA 1EETA 4NLCA 1XMQK 2Q3SA 2HB5A 3HPHA 3EN9A 1WSHA 3U9ZA 1BIUA 3SZ2A 4OKKA 3MXJA 5GAEP 4C8LA 3L2UA 1FKOA 3DLHA 3SAFA 4B1UB 3JYTA 1RTHA 3CCMN 4EHTA 1YXQA 4EAHD 3CJAA 3KHYA 4CJ5A 2YHYA 1V4SA 5HL7L 4DTPA 4OPHA 3KJVA 4CW7B 4HUGA 4H0YB 2BE2A 3UIQA 4FLVA 3QFUA 4KBOA 4FPAA 4LSLA 4BVPA 3NE6A 4CBUA 2D0OA 3H1VX 2OYQA 2UXCK 4FOEA 4GV3A 2VWBA 5AQMA 4F4KA 4FLWA 4PL7A 5CE3A 3S3MA 5AQYA 3ZCMA 2BH1A 4AHUA 3LPTA 3DI6A 3QEIA 3ZT2A 2VG7A 3G6EN 1GOCA 1ITGA 3EZ5A 2YV0X 4YOUA 2RPIA 2VG5A 4C8MA 3OY9A 3ALYA 4GV9A 1A5XA 4BC3A 4DF8A 3NF9A 3O5BA 1K9MO 4NXNK 4IFEA 3TAGA 1QQMA 5AJ3K 1BI4A 2O4IA 4I2QA 4OLAA 4CFAA 4N56A 1BIZA 3TU5A 3KKSA 3TSPA 3ZSXA 2V7ZA 4L3QA 2WOMA 3E9LA 4DSEA 3OJUA 2JLEA 1HNWK 3QEVA 2B4JA 1RDWX 4FZZA 1UWBA 1ZBUA 3CIPA 5ELZA 3CHWA 4EP4A 1VQ5N 4W5OA 1KFSA 1HNXK 1EWRA 5GIOA 3LWMA 4AF1A 4CIFA 4E7HA 4V19S 4CIGA 1YTUA 1KC8O 1N8RO 4PY5A 3L4QA 3VPZA 1NOYA 3TSUA 3ZSQA 3O3FA 1YTAA 4H5NA 4CF8A 4N76A 5FPEA 2GX9A 4KHQA 5F0XA 3O80A 4K25A 2DFEA 4E7IA 1U6ZA 3SAHA 1OH7A 1Z25A 1BA1A 2HMPA 5E41A 3T69A 5CR4A 4KO0A 5TKWA 2HBJA 3ZX0A 4YNQA 1RNHA 4DMNA 1TK5A 2IDOA 4B1VA 4LD0A 1BCOA 3SBTA 4DSJA 4ICLA 2CH5A 3C7NB 5M1QA 2D4WA 2PBDA 1SL1A 1T05A 3ZEUA 4FJ9A 5BPMA 3NH2A 3CQYA 2ZGZA 2O8FB 3HVTA 3OHRA 3CCVN 3V1QA 3I8BA 3JSMA 2IIRA 3W3DA 2FBTA 3OTOK 3WXIA 3CF5L 4YFUA 3IRXA 2P9UB 1C0MA 3ZETB 1NK8A 1VQKN 1S1XA 3KD1E 4E7JA 3BEXA 5KRSA 3FZKA 4ILHA 2YI1A 2E4LA 4PUOA 3HP9A 3SCXA 4DV0K 3J7ZO 3DXKB 2YHBA 2YKNA 2HHXA 1CZ9A 3VQCA 5HROA 1Q81O 1KLMA 5AQPA 1K8KB 5AQRA 4BE0A 2P9KB 4FJMA 3GG4A 1D4XA 4FJIA 4DSIA 2D0AA 2X6NA 4H03B 3T1HK 5C0YA 4IG3A 4JRPA 4C23A 1HNVA 1WSGA 4BQLA 1MDUB 4FK4A 1VSJA 3O4NA 4FJ5A 1BQNA 2GUPA 3QFPA 5K14A 4FZXC 2PY5A 3THYA 4CJRA 4DLEA 3SBGA 2IC3A 1RBSA 4DV1K 2YHWA 5BR9A 1BO5O 4C8KA 3NBPA 4CF0A 4BDYA 1QE1A 2V7YA 1R59O 3TTFA 4E89A 5LJWA 3KK3A 2GELA 5AZIA 1CZAN 4AM7A 4DTRA 1X9MA 3PIPL 3DLRA 4CEZA 2O8BA 2ITMA 3THXA 1JXBA 1HYSA 4JAXA 4ZHRA 3ZT4A 3IUCA 4DUZK 4ILGB 1VRUA 4R79A 4JI6K 1GOBA 3MEGA 3O9SA 3SQ4A 5C42A 3VEZA 5JMVA 4Q0BA 5FRMA 3VETA 4FLTA 3OYFA 4W5NA 4GVMA 5KQ8A 1T6DA 1NJWA 3AGKA 4BC5A 3QEWA 4BDZA 5TKYA 4JK9A 4CVNE 2WBNA 4C8NA 4AM6A 1SL0A 4FJLA 3KWGA 1RBUA 4AH9A 4LC9B 3OYGA 3TR8A 1EO1A 2KHOA 2EHGA 4I2PA 3OYDA 1TK8A 3I8DA 4OO1J 1NK4A 3DYAA 1T7PA 1BISA 3VQ7A 5E84A 1EQYA 3CFPA 3AV9A 3LAKA 3OA9A 1IO2A 4IOXA 3ZSRA 4CK2A 3TANA 4JI4K 3OYMA 1ZBIA 3LDNA 1VQON 1X9SA 1NK9A 3OYBA 1C0TA 2ITGA 3Q7CA 5AZJB 2G8HA 4A61A 1LWEA 5HRNA 3VTHA 1BL3A 3ZT0A 4BWMA 3NF8A 3IAYA 1ILYA 2YCHA 4RW4A 3UKRA 4JI2K 5LMNK 5AQJA 4DQRA 2Q97A 3KTQA 5C2FA 2D0PA 2Z1JA 3AVBA 3VQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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