3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
1RBUA 4C8OA 5E41A 1NKBA 1QHTA 3NGZA 1FKOA 1RBRA 3K2PA 3SQ4A 3VQ5A 4ICLA 3ZT3A 4KAZA 5C42A 4H4OA 1DTQA 4CECA 1S1XA 4DMNA 3OS1A 2WOMA 4FYDA 4B9TA 1S6PA 4HHTA 2RKIA 1NJXA 3QEPA 2GBZA 1G15A 4J2BA 1Q8IA 1ZBUA 2ZQBA 4OKJA 1XHZA 4I9QA 2HHTA 1VSDA 4C8KA 1MU2A 3G10A 3K5OA 4RW7A 1VRTA 3NHGA 3SI6A 4M41A 1IG9A 2OZSA 2KW4A 3RWUA 4FK0A 3M8SA 4KHUA 3VQQA 4L8RB 3CYMA 4CJFA 4CGFA 3HPOA 4E7KA 1S9EA 2GUIA 3SPZA 1TK5A 1BCMA 4YNQA 3AO1A 3HP6A 1X9SA 1JLBA 3P1GA 4CFAA 1LWEA 4CE9A 4QAGA 3LWMA 1BQMA 3ZSYA 1XHXA 4KHYA 3AVAA 3AVIA 3L3UA 3O4QA 4PA1A 4H8KA 4CJUA 1L3UA 1KLNA 4CERA 4FJKA 3PX6A 4E19A 4RW4A 1RDDA 3IG1A 4DS4A 4B9VA 4ELVA 3O3HA 1RT6A 1GOCA 5K14A 2OYQA 4OKKA 4CJEA 4CIFA 3LPUA 1TVRA 1TKXA 4N47A 4Z0UA 3V6DA 3HL8A 3KK3A 3L8BA 3B6PA 4CK2A 3SUQA 1IKVA 2B6AA 4DQIA 1ITGA 5KTQA 1LW0A 3OY9A 2YKMA 3V9UA 4DSFA 3PX0A 4FZXC 4CEDA 1L3TA 3HM9A 4FJLA 4CESA 2D0BA 2IS3A 3ASMA 2QXFA 3AVNA 3ZSXA 2XRIA 4E3SA 3T1AA 4KREA 3B6OA 3QIOA 5J2NA 2VWJA 1TAQA 1XI1A 4FW2A 3VQCA 3TR8A 4DTUA 3QESA 1NK6A 3AVCA 1HYSA 4CGDA 3AV9A 3WNGA 1VSLA 3OYCA 2Z1JA 1JKHA 2LSNA 2YNHA 1ZYQA 3DM2A 3IAYA 3F9KA 5HLFA 3CM6A 3NF6A 3KJVA 1JLGA 1JLEA 3ZT2A 3EYZA 4CJPA 4DTSA 3BDPA 4CF2A 1L5UA 2A1SA 3DRRA 3LWLA 3OYJA 4FJ8A 5JS1A 1J9AA 3SCXA 3QIPA 5CY4A 3QNNA 4AHUA 4CJ5A 3LZJA 5CYMA 3KLIA 4FLYA 3PV8A 4KHSA 1FK9A 3S3OA 3CG7A 2DTUA 4CFCA 3AA2A 3NH1A 3RRGA 1XWLA 3AO4A 2DFEA 4B9UA 4M3TA 3KLHA 2EX3A 1LV5A 3NFAA 4NYFA 3THVA 4J2DA 4FLVA 3NF7A 3NF9A 3VQEA 4AHRA 2HNZA 5HP1A 4BWMA 4BE2A 2G8IA 1FXXA 2VWKA 1I39A 1JXEA 3DRPA 1CXQA 2F96A 2HHWA 5CZ2A 2XHBA 4M42A 2Z1IA 3CFRA 4B3OA 1CXUA 3C94A 2HNDA 4LSNA 1RDAA 2NUBA 3LP0A 5SWMA 3RMAA 4CJLA 3PO4A 3I8DA 3V1RA 2YHBA 4AHTA 3OYGA 5KRSA 3HYFA 5DMRA 1XC9A 1HYVA 3SQ1A 1U4BA 4FJIA 4W5QA 2HW3A 3ZSVA 1KLMA 1Z26A 1SKWA 3SV4A 4DWIA 2DFHA 4HCCA 4DLEA 4FLXA 2ATQA 3L2WA 3QINA 4CHOA 2HVHA 1LW2A 3C6TA 4O0IA 2G8FA 2JGUA 4N76A 4KFBA 2G8KA 4IBNA 1VSJA 1EXQA 3SV3A 3VA0A 4FJMA 3HXMA 2KZMA 4IG3A 1RDBA 3AO3A 2ZD1A 4DS5A 1SKRA 3LP1A 3OYEA 4F4KA 3ZT0A 4FM1A 4BE0A 1QE1A 3OYKA 5T7BA 4BACA 5I42A 1B9DA 4M3YA 3VA3A 5C24A 3TAPA 4CGHA 4CFBA 1RDCA 3LDSA 1IO2A 1VSHA 3SQ2A 4FJGA 4J2AA 4PY5A 2WONA 4CK3A 2RN2A 4FJ9A 1VRUA 1K6YA 3S3MA 2KZZA 4Z4FA 1KCFA 3QERA 1U45A 2O4IA 3HSTB 4B9NA 1I3AA 4CJQA 2BDPA 3PO5A 1U04A 3HVTA 3OYMA 4CGGA 4FLWA 4DTMA 4KHWA 2OPPA 5SZTA 1VSEA 3LANA 3LPTA 4W5TA 3NGYA 4B8AB 3TI0A 1B92A 1UWBA 1VK0A 3C6UA 1QTMA 4CHQA 1WSGA 3VQPA 2BE2A 4AHVA 4KB0A 4PWDA 2HHQA 1BQNA 3WNFA 1C0TA 3AVGA 2X6NA 4CEZA 4E7HA 1DTTA 3MXMA 1RTDA 4DSEA 1NK5A 1WSEA 3OJUA 4MFBA 3MEDA 4OPJA 5FROA 1QSLA 3AO2A 3VQAA 1D9DA 2OA8A 4CGIA 4B9SA 4CEAA 4EZ9A 4E7LA 4IFVA 2E6MA 1SL2A 3KKRA 4FZYA 4FJHA 4MQ3A 2JLEA 4RW8A 1S1UA 4OJRA 3CFOA 2D0CA 4N56A 4DQSA 3SUNA 4G1QA 1KFDA 2BANA 2HB5A 2XY5A 2Y1IA 1SUQA 1S5JA 1FKPA 1BL3A 5CYQA 4UQGA 1JXBA 4EZ6A 4DFMA 3KLEA 3KTQA 4K8XA 4FLUA 3LALA 2XO7A 3ZSOA 3ZCMA 1U47A 2B5JA 1SL0A 1ZBFA 4AHSA 3TAQA 3U6FA 4CEBA 2VG6A 4NCGA 3DLKA 4JS5A 1T7PA 4B9LA 4DQQA 1N5YA 1ZBLA 3LP3A 1C6VA 3MECA 3OYNA 4CF9A 5I3UA 4IDKA 2YV0X 4E0DA 3UIQA 3SZ2A 3AVJA 4IKFA 4W5NA 3VQBA 4C8LA 3E01A 4FW1A 4CEOA 3O3GA 4DFPA 2EHGA 5EU7A 1U48A 4W5RA 5J2QA 3D45A 1J54A 1HNIA 2YKNA 1JL1A 1RILA 2Q3SA 3PUFA 3T19A 3JSMA 4Z4CA 4BE1A 4FCYA 4O44A 3TARA 1J5OA 4FJ7A 1NJZA 1RT5A 4JRPA 2Y1JA 1WAJA 4KTQA 1B9FA 1BISA 3G0ZA 2DY4A 4KHQA 3L2RA 4EP4A 1RTIA 3MAQA 3HO1A 4GW6A 5CZ1A 4CJWA 2BGGA 4EP5A 3JYTA 3NAEA 5KI6A 3V1QA 3NDKA 1VSIA 2IDOA 5J1EA 1IKWA 1EP4A 3O3FA 4I9LA 3RRHA 1LWFA 3DI6A 4IG0A 1NOYA 1LAWA 2VG7A 3V9XA 4DSJA 2HNYA 4OLAA 1ASWA 3F73A 3AA4A 3ISNC 3O4NA 1T03A 5JS2A 3HK2A 2IGIA 4HUFA 2HMIA 1ASUA 3IS9A 4BDZA 3TAEA 4E1MA 1T05A 4RW9A 4CJ4A 1KFSA 1KTQA 3DMJA 4FM0A 4Z4IA 4OGEA 1IKXA 3KLGA 3PY8A 2IC3A 2RF2A 4FJ5A 2OPQA 5KRTA 3ULDA 4B9MA 1UOCA 1TK8A 4KB1A 1RBTA 4DFKA 4KPYA 1QS4A 1RBSA 4QOZB 3HVRA 4LH4A 3L3VA 4I2QA 1TKZA 3NF8A 3LZIA 1C1BA 4FJNA 4CGJA 1KVAA 3DLEA 3K57A 2KQ2A 4DU4A 4DTNA 1NK9A 2PYLA 3K5LA 4GMJB 2QKKA 1TV6A 3M8QA 3L2QA 1LWCA 2KFNA 3RR7A 2IOCA 3A2FA 5J2PA 1SV5A 2X78A 1WLJA 1SKSA 1NKEA 1NKCA 1KRPA 4HUEA 4OVLA 3SUPA 4M3XA 2FBYA 5HBMA 3WNEA 1YTAA 4HUGA 4HCBA 1S1WA 2ETJA 2YNGA 4CJRA 3MXIA 4KI6A 4Q5VA 1RT4A 4N41A 4R5PA 3EZ5A 4Q0BA 3AO5A 4JS4A 1BIZA 1WSFA 4KV8A 3QEXA 4O5BA 1NK4A 1ZBHA 1RTJA 2HHXA 3KD1E 4KKOA 2DFFA 2VG5A 4I2PA 3ZSQA 4CF8A 1BIUA 1A5VA 3KK2A 4E7IA 1X9MA 1R0AA 4F2SA 1X1PA 1IKYA 2HHUA 4Y1DA 1S9GA 4AHCA 3AA3A 4PQUA 3RR8A 3SUOA 4CF0A 4M3WA 1C1AA 3CQ8A 1UAXA 3AVFA 3OYBA 3M8RA 1HPZA 3QETA 1RT2A 1Q9YA 4BDPA 2QKBA 4KO0A 3SYZA 4DTXA 1JLQA 1TL3A 3P83D 1UA0A 1D8YA 4FK4A 4RG8A 3KK1A 2RPIA 2X74A 1S1VA 3L2UA 3M8PA 3DOKA 3MXJA 1UA1A 4E7JA 4B8CA 4FM2A 4AH9A 3OS2A 3OYHA 3ALYA 3NE6A 4FXDA 3OYDA 3T3FA 3RMBA 4CFDA 4F8RA 3LP2A 3CFPA 4DFJA 3VQ7A 3S9HA 1RT1A 1JLAA 4LH5A 4J2EA 1F21A 4CEEA 2KTQA 4ZTFA 3ZSWA 3ZT4A 4NCBA 3KIOA 1WSHA 3QLHA 3V9ZA 4KTWA 1A5WA 2FBXA 3QNOA 4BDYA 4KHNA 1CZ9A 3DYAA 1RTHA 3DLGA 2XY6A 2PZSA 5C25A 1RT7A 2GV9A 4FVMA 3MEGA 3NBPA 4DQRA 1D9FA 4I7FA 1S6QA 4CEQA 4W5OA 1VSMA 1C1CA 1HMVA 3ZSZA 3CM5A 4Z4HA 2XY8A 4FZZA 2Z1HA 4QCLA 4KRFA 4FJJA 1WN7A 4Y1CA 1VSKA 4CHYA 1WAFA 4OPKA 1HQUA 4DU3A 2F8SA 4CIEA 3DRSA 4IFYA 3OS0A 3DLRA 3ITHA 3V1OA 3KD5E 3WNHA 3HPGA 2YNFA 3AVMA 4FLTA 1WNSA 4DQPA 4ELUA 1QQCA 4DSLA 1HRHA 5HRRA 4CJSA 4AILC 4CJTA 2FBTA 1EETA 1GOBA 1TKDA 3NCIA 1HNVA 1TAUA 1Z25A 1BGXT 5J2MA 3I0SA 3VN5A 1WSJA 4DTRA 4HTUA 4JRQA 4LSLA 4HVJA 4M3RA 4O4GA 3SJJA 2B4JA 4Z4GA 1BI4B 3IRXA 4DTOA 3DLBA 4Z4EA 3TWHA 3SPYA 4F2RA 2HVIA 3TAGA 1TGOA 5HRSA 3SNNA 3KKSA 2PYJA 1YT3A 2YHAA 4DF8A 1VSFA 2Z1GA 1BI4A 5HRPA 3I0RA 1NK8A 2G8UA 2ZE2A 4C8NA 4CIGA 2D5RA 3HT3A 1TK0A 1NK7A 3VQ6A 2X6SA 1O1WA 1WSIA 1KVCA 3AVBA 4DG1A 3TABA 1SL1A 4ID5A 3K5MA 4CEFA 3EY1A 4NCAA 3BGRA 3OJSA 3VQDA 3OYFA 3TANA 4LD0A 4OGCA 3OYAA 1C0MA 2QK9A 3H08A 1GOAA 2P5GA 1DLOA 3RMDA 3OYIA 1NJYA 1QSYA 1C0UA 4M3ZA 4FJXA 4TSXA 4FLZA 1X9WA 3U3GA 1JLFA 3NGIA 5DK5A 3K5NA 1N6QA 4CJ3A 1YTUA 2P51A 3TAMA 3NH2A 2F8TA 1REVA 2OZMA 4KI4A 4DU1A 4XIUA 3K59A 4JLHA 4CCHA 1KVBA 4LY7A 3OVNA 4ZHRA 1L3SA 1EX4A 2IAJA 5KGXA 2P5OA 4ID1A 2PY5A 4N5SA 1QSSA 4OLBA 4CK1A 5FRNA 5FRMA 2FC0A 3V4IA 2E4LA 3P5JA 1RCHA 3FFIA 1KSPA 1EKEA 1W9HA 5HROA 1U49A 1JL2A 3ZT1A 3HJFA 1Y97A 1RBVA 2FBVA 4NYNA 5D3GA 1ZBIA 1W0HA 4DLGA 3V9SA 2G8VA 1YVUA 1HQEA 3HP9A 1JLCA 4O0JA 4CHNA 3TAFA 4M3UA 3DOLA 1RT3A 1BCOA 2G8HA 3KLFA 3ZSRA 4DF4A 3AVKA 4BWJA 4CHPA 3QEIA 3RMCA 1LAVA 4ELTA 4F3TA 4CJVA 4E89A 3OYLA 4FK2A 2XY7A 4CF1A 3DLHA 1NJWA 4F3OA 3RTVA 2HHVA 2P1JA 1TKTA 4K8ZA 2D0AA 3AVHA 3HPHA 4RW6A 5KGWA 3SQ0A 4DTPA 3PX4A 2E6LA 2I5JA 4KTZA 1NK0A 3NH0A 1HYZA 4O55A 2AJQA 2YNIA 2W42A 1A5XA 2G8WA 4YFUA 2A1RA 5HRNA 2R7YA 3S3NA 4CJKA 3D0PA 3K58A 3V9WA 4WE1A 3QEWA 3C95A 3LAKA 2KFZA 2OPRA 1CLQA 3L2VA 3VQ4A 3V81A 2ITGA 3QO9A 1BHLA 3AVLA 4M45A 3VQ9A 3QEVA 1D5AA 3LAMA 4C8MA 1L3VA 4GVMA 4DSKA 4DSIA 4ZTJA 4E1NA 5FDLA 1IH7A 1T8EA 4CHZA 2OPSA 1NOZA 2HHSA 3MEEA 1Q9XA 1ASVA 1J53A 4PUOA 3VQ8A 4DTJA 1RNHA 4OKEA 2O4GA 1S1TA 4B08A 3U3YA 4H4MA 1HJRA 3AA5X 1TL1A 1CZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6QA 3VQ5A 4OPAA 2WUSA 4KAZA 3QBXA 4CECA 2UUCK 4HTLA 3TSPA 1XQSC 4HHTA 1NJXA 4XH5A 2GBZA 1G15A 2HHTA 1Q8IA 4OKJA 5BN8A 1VQNN 1VSDA 4C8KA 1MU2A 3NHGA 4M41A 3J80O 3CD6N 3RWUA 3CYMA 4CZFA 3SPZA 4E7KA 1LWEA 4WQ4A 1VQ4N 4A2BA 2ZF5O 4AF1A 3OA9A 3AVIA 4B1VA 5ADXA 1KLNA 4CERA 1BU6O 1W97L 1T44A 3IG1A 3QMLA 3O3HA 2UXCK 2HMPA 4Z0UA 3HL8A 1W7AA 3L8BA 4BRMA 3KVGA 2IVNA 5KTQA 1LW0A 1OH5A 2YKMA 3O9UA 2QA4N 3I56N 4FJLA 3G4SN 3AVNA 2V52B 4NB4A 4E3SA 4KREA 4BGBA 2VWJA 1TAQA 1GLFO 3MDQA 4DTUA 1DGKN 2CGLA 3QESA 4PKIA 1HYSA 4Z94A 1VSLA 3OYCA 1JKHA 2LSNA 2YNHA 4DKWA 3DM2A 4GNIA 2Q2RA 3KJVA 1JLGA 3EYZA 2A1SA 3DXKB 3DRRA 4FJ8A 4B3MK 3SCXA 3GOIA 3LDOA 4AHUA 1S22A 4FLYA 1J5EK 4B9QA 3S3OA 4AM6A 5BR9A 1ZXOA 3SJHA 3AA2A 3NH1A 3MN6A 4B9UA 4JI7K 1LV5A 3NF9A 1VQKN 1K73O 4BRKA 3ATVA 4JI0K 2CGKA 2F96A 2HHWA 1TYQB 1XC3A 1N8RO 1V4TA 2HNDA 3E9OA 3LL3A 4WF9L 3RMAA 4CJLA 4FPBA 1TYQA 3V1RA 4BRGA 5KRSA 3HYFA 5DMRA 1XC9A 1U4BA 3UKUB 4MO5A 3ZSVA 1I94K 2E8AA 1KXPA 1SKWA 3R1XA 4FLXA 3DAWA 5AQMA 3UKUA 4DQ8A 4KFBA 1VSJA 3VA0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3L6Q A;  3VQ5 A;  4OPA A;  2WUS A;  4KAZ A;  3QBX A;  4CEC A;  2UUC K;  4HTL A;  3TSP A;  1XQS C;  4HHT A;  1NJX A;  4XH5 A;  2GBZ A;  1G15 A;  2HHT A;  1Q8I A;  4OKJ A;  5BN8 A;  1VQN N;  1VSD A;  4C8K A;  1MU2 A;  3NHG A;  4M41 A;  3J80 O;  3CD6 N;  3RWU A;  3CYM A;  4CZF A;  3SPZ A;  4E7K A;  1LWE A;  4WQ4 A;  1VQ4 N;  4A2B A;  2ZF5 O;  4AF1 A;  3OA9 A;  3AVI A;  4B1V A;  5ADX A;  1KLN A;  4CER A;  1BU6 O;  1W97 L;  1T44 A;  3IG1 A;  3QML A;  3O3H A;  2UXC K;  2HMP A;  4Z0U A;  3HL8 A;  1W7A A;  3L8B A;  4BRM A;  3KVG A;  2IVN A;  5KTQ A;  1LW0 A;  1OH5 A;  2YKM A;  3O9U A;  2QA4 N;  3I56 N;  4FJL A;  3G4S N;  3AVN A;  2V52 B;  4NB4 A;  4E3S A;  4KRE A;  4BGB A;  2VWJ A;  1TAQ A;  1GLF O;  3MDQ A;  4DTU A;  1DGK N;  2CGL A;  3QES A;  4PKI A;  1HYS A;  4Z94 A;  1VSL A;  3OYC A;  1JKH A;  2LSN A;  2YNH A;  4DKW A;  3DM2 A;  4GNI A;  2Q2R A;  3KJV A;  1JLG A;  3EYZ A;  2A1S A;  3DXK B;  3DRR A;  4FJ8 A;  4B3M K;  3SCX A;  3GOI A;  3LDO A;  4AHU A;  1S22 A;  4FLY A;  1J5E K;  4B9Q A;  3S3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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