3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
3AAPA 4B1ZA 4FWNA 3FZLA 2P9LB 3DJCA 4GNIA 4BC4A 4CZLA 4FSVA 2ZWHA 3JS6A 2GTDA 3SK3A 4BG9A 1X3NA 2OANA 2P9PB 4A62A 3HZ6A 3LDQA 4YDUC 1D4XA 4BRMA 4B9QA 1TYQB 3WEEA 4K41A 1BA0A 3H45C 2YHWA 4BRFA 1C0FA 3D2EA 3FFKB 3VEVA 2P9SB 1ATSA 2D0PA 2QXLA 4F9OA 3DXMA 4KBOA 3VPZA 5BPNA 1V4TA 1NGHA 4H0TB 4FPBA 1LOTB 5TKYA 3QMLA 2Q2RA 4GY2B 3O1WA 4MO4A 4CBUA 3H3OB 5AQGA 4CZJA 3QICA 3SMSA 3DAWA 5KPZA 2A6AA 1T6DA 3AAQA 1BO5O 2A40A 4IWVA 3UE5A 3UKRA 4H03B 5B8HA 3MN9A 4FPAA 4XH4A 1K8KA 2P9NA 1QZ6A 2ASMA 3ENOA 4M7XA 5AQHA 3U8XA 3MCPA 2FSNA 5E26A 3L6QA 4JAXA 4EFHA 3CI5A 3QFUA 4LC9B 1RGIA 3A5OC 1XC3A 2P9IA 4CD1A 4H0YB 3VENA 4JHDB 4JN4A 4BC3A 4EIAA 3VF6A 2H3GX 3ULEA 3AY9A 1SQKA 1RFQA 1SAZA 5AQIA 4BROA 3ZEUA 1OKJA 1H1VA 3GBTA 3EN9A 1QQNA 2BTFA 2Q36A 4BG8A 4MLEA 1NLVA 2Q0RA 1NGJA 1BWFO 4ISEA 2E88A 2ZF5O 3CETA 2ZGZA 3WQTA 2GELA 4C23A 1BOTO 4EAHD 3HM8A 1J6ZA 1BUPA 1V4SA 3WXIA 4WQ5C 3CJBA 2HF4A 2HOEA 2YI1A 4RTFD 1HPMA 4CZIA 1NMDA 5AQSA 2E2QA 3VF4A 3VF2A 1KAZA 5AQOA 4H0OA 2IVNA 1KAXA 3O6WA 4H0PA 3VETA 4DB3A 1U2VB 3HTVA 1DGKN 5AQLA 1E4FT 4PKIA 1Z05A 2HF3A 5ADXA 5LJVA 3D2EB 5AQXA 2GWJA 2QWOA 3CERA 4M63C 3DXMB 4BQLA 1ESVA 3DXKA 1T6CA 2E20A 5AZJA 2P9KA 3KHYA 2VCPA 3WQUA 1GLDG 1WUAA 2FSJA 4FOEA 3ATVA 2A5XA 5AQZA 2Q97A 2AA4A 5LJWA 3FGUA 4FWPA 4NO7A 4QS9A 2IVPA 4BREA 3LDLA 2ZGYA 3H1QA 1S3XA 4BRQA 1JCGA 4BGAA 3OHRA 5F1XA 1NGGA 1HX1A 2P9NB 3QFPA 4ISFA 4MLHA 4CZHA 3ID8A 4BRAA 2QM1A 4BRGA 3A5LC 2FLOA 3IDHA 4BGBA 5CE3A 1Q18A 4FWLA 4PL8A 3CQXA 3CQYA 3RSEB 2P9IB 3ENHA 3G25A 1IG8A 5AZIA 2V52B 4HWIA 4XEIA 4XH1A 3D7EO 5LY3A 3ULEB 5BPMA 4BC2A 3VEYA 4BRLA 3ZETA 3ZEUB 1P8ZA 1MA9B 4JNEA 2DPNA 3W3DA 4BR0A 1JCFA 2GEMA 2UYTA 1HJOA 3VESA 4M7YA 1S22A 4Y0WA 5E84A 4CBXA 5KQDA 1HUXA 1C0GA 3VEXA 2E2NA 3O4WA 4H5WA 3W0LA 4BC5A 4DHYA 2HMPA 3O8MA 2P9UA 2QWMA 3BP8A 3LDNA 1GLLO 5AQVA 4RWTA 2PAVA 2FF3B 5AR0A 5AQTA 1JCEA 1GLFO 1NGDA 3FZKA 4FWKA 3LL3A 4H5TA 5ADXH 2AP1A 4WQ4A 4BRNA 3TPQA 3QBWA 3S41A 3WXJA 2NZTA 3FR0A 3MN5A 4CZFA 1ZBSA 5BN9A 1Y64A 5EY4A 3O08A 3SLCA 4DQ8A 3MN6A 1QQOA 2Q0UA 1BG3A 4I6MA 3SMPA 4WQ5A 3LDOA 3LM2A 3ZX2A 4EHUA 4NB4A 1YUWA 2FF6A 3DXKB 3CJ9A 4CJ7A 5BN8A 5AZJB 2P9KB 3CHWA 4JD2A 5AQJA 2CH6A 2P9LA 4WQ4C 4BRKA 1YAGA 3ZX0A 1T44A 4K25A 1NWKA 4AM6A 3H3NO 3O1BA 2F9TA 3LDPA 3BF1A 5EOYA 3GG4A 4DCHA 3WUHA 2FSKA 4BVOA 3TU5A 1ZXOA 3MN7A 5AQRA 3U4LA 4FWSA 1KAYA 3HBTA 5AQPA 4B1VA 4E1JA 1G99A 3WXKA 3LM9A 5F0XA 3D2FA 1HKGA 4CZMA 5AZIB 2I7PA 3VGMA 3I8BA 5BREA 1YVNA 2E2PA 3WEEB 2NLXA 5F2RA 3EO3A 3U9ZA 3MK6A 5JMVA 2CGLA 3VEOA 4H0XB 1NM1A 3R8EA 3ZETB 4IJNA 3EL2A 1GLEG 2IVOA 1U6ZA 1ZC6A 3KZBA 4BRIA 2QWLA 2QWRA 4BR4A 1GLJO 5JLHA 3QB0A 2YCHA 1NGEA 1NGFA 3DWLA 4O5FA 4QS7A 2P9UB 5FPNA 3UKRB 1TUYA 2CH5A 5AQMA 1NGCA 3M1FA 5FPEA 4EHTA 3CJCA 1K8KB 4B1WB 3A5NC 3A0IX 5AQWA 5EVZA 2QWQA 1TUUA 4BR5A 5AQFA 3H1VX 1DKGD 2KHOA 1QZ5A 1SZ2A 3J8AA 2E1ZA 1BU6O 4I6MB 5JLFA 1MDUB 3CJAA 4A61A 3ATUA 5KPTA 3IUCA 3GE1A 3VGLA 3HSCA 1IJJA 4FO0A 2IIRA 3VGKA 3H46O 4JD2B 1ATNA 2QWPA 2QWNA 3QBXA 1RDWX 3UKUA 3VEZA 1LCUA 2EWSA 5BRFA 4MO5A 5AFUA 3L0QA 4BVPA 1NBWA 4CBWA 5AQKA 1U2VA 3C0BA 2GWKA 4HTLA 4CI6A 1QQMA 3ZX3A 1XQSC 1NGBA 3F9MA 5KQ8A 1BDGA 3FZMA 4A2BA 5FPDA 2ASPA 1QHAA 3O80A 2W40A 5AQUA 4IO8A 3D2FB 4H5RA 4L3QA 3M3ZA 4B1UB 1E4GT 2YJFA 3C7NA 1GLBG 2V7ZA 2I7NA 3GDQA 2VWBA 2VYPA 4O8KA 1HKCA 2E8AA 3EZWA 4FWQA 3UB5A 1X9JA 1MWMA 5EX5A 4PKHA 2F9WA 2W41A 3A5MC 3AARA 1WOQA 4B1YB 2NRHA 2YHXA 4XH5A 1HLUA 1EQYA 2Q1NA 2WUSA 2CGJA 2Q31A 4H0VB 3FE1A 5AQQA 4PKGA 4WYBA 2P9PA 2V51B 3VEWA 3RSEA 4BR9A 1CZAN 1GLCG 2FXUA 3BUZB 3R9PA 3GOIA 2YHYA 2D1KA 1TYQA 5BRHA 3HI0A 5BRDA 4FWOA 3L4IA 3P4IA 2E2OA 4K42A 3A8YA 3FZHA 5FPMA 4Z94A 2P9SA 2QW9A 3I33A 5EXWA 3FZFA 1HKBA 4IXCA 4BRDA 1MWKA 4J8FA 1NGAA 4FWMA 3FLCO 4H5NA 2GUPA 3IFRA 3CIPA 3MMVA 3SJHA 5AFUH 4CZKA 3QDKA 3JXUA 3GL1A 4PL7A 5AQYA 1KXPA 3R6MA 3VOVA 5AQNA 4BRCA 2A41A 5KPRA 3KVGA 2A3ZA 1DEJA 3UKUB 3B8AX 4IZ9A 3WT0A 3BF3A 4K43A 3CJ1A 3EKSA 4A2AA 1ATRA 1BA1A 4RCHA 1X3MA 1R59O 2J4RA 2D0OA 1YXQA 3VERA 4BR7A 4JHDA 1Z6RA 5ELZA 3BEXA 3EKUA 1XUPO 4AM7A 4ISGA 5JICA 2ASOA 4BRPA 4CD3A 4FL9A 4CZGA 1GLAG 3H6EA 2CGKA 3C7NB 4FOIA 2D4WA 5I9EB 4YDUA 5BR9A 4FWRA 1NGIA 4CZEA 2YJEA 3M6GA 5BPLA 3MDQA 3U9DA 2V7YA 3O5BA 2E1YA 4BR2A 2PBDA 3IMXA 4H5VA 4BRHA 3CJ7A 4IJAA 2A42A 3WXLA 2BUPA 4B1XB 4BQZA 2ITMA 4QS8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AAPA 4B1ZA 2P9LB 4BC4A 1SUQA 2O8BA 1QQCA 3SUPA 4QCLA 1X3NA 2RN2A 1Q9XA 2IS3A 4YOVA 1I39A 2GV9A 4JKFA 2NRVA 4O5BA 1BA0A 3AVMA 4JI1K 4BRFA 5CZ2A 1JLCA 1NK5A 3HP9A 4DTSA 2HBJA 2QKBA 2D0PA 5TKWA 3VPZA 4DQIA 2B6AA 2BANA 2XY6A 4H0TB 5GAHP 4FLUA 1LOTB 3QMLA 2Q2RA 3NH2A 5C25A 4GY2B 4CBUA 1DT9A 4B9TA 2RHKA 3AVKA 4KTQA 3EZ5A 2P9NA 1QZ6A 3ENOA 1GOCA 4M7XA 5AQHA 3MCPA 5E26A 4EFHA 2UXDK 3CI5A 4RW9A 3QFUA 2O8FA 1RGIA 3O9UA 4FM2A 2G8UA 3NVKA 4OKKA 4H0YB 3VENA 3AVAA 4BE2A 1BCOA 4M3XA 3K9JA 4EIAA 3CFRA 3VF6A 2H3GX 5JVGL 1HYSA 5AQIA 3ZEUA 1RBRA 3OYDA 1QQNA 4BG8A 4MLEA 1C0MA 1CXUA 3SBTA 1JLGA 3LP2A 2Y1JA 1YJWN 1RNHA 4CF8A 4W5NA 1XWLA 3OYJA 4C23A 4LF5K 2WTUA 2YKNA 3C6UA 5M1FA 3CPWM 1NU0A 3KLFA 4WQ5C 2HF4A 2HOEA 4K8XA 1BQMA 1TAQA 3AO4A 4Z4FA 1HPMA 1NMDA 2E2QA 3VF4A 2YKMA 1KAZA 4FJNA 2JWKA 5CYMA 3O6WA 3VETA 4KREA 5AQLA 3D2EB 4ELUA 1YT3A 2QWOA 1N33K 3D6RA 4M63C 4CEAA 2O8DA 3QEVA 4BQLA 4CHNA 1GOBA 4OKJA 3UIQA 3DXKA 1T6CA 4B8CA 3E01A 3WQUA 1EO1A 1WUAA 5AQZA 2AA4A 5LJWA 2NRRA 1NOYA 3FGUA 4FWPA 3PSFA 4NO7A 4F2SA 1Z25A 2D0BA 4BRQA 1HNWK 3AO2A 3OHRA 3V9SA 1NK9A 4OKEA 2FBVA 4Y1DA 3PX0A 4FW1A 4CCHA 4BRAA 2OTLN 3O9TA 3A5LC 2YNGA 3IDHA 1OVYA 5E41A 1A5XA 4JK8A 2ZJQL 4PL8A 4OJRA 5AZIA 3OYFA 4XEIA 4XH1A 3T1HK 1BHLA 5LY3A 2IDOA 1HNZK 3HL8A 3M8RA 5JS1A 4E89A 4BRLA 1MA9B 4JNEA 2Y1IA 2OPPA 4A5BA 1JCFA 2GEMA 3U3GA 3TR8A 3THYB 1VQ6N 4M7YA 1S22A 4Y0WA 4R79A 4CBXA 1HUXA 3CCEN 2E2NA 2G8HA 3W0LA 4AF1A 4DHYA 1XNRK 2P9UA 2D0AA 3QINA 1GLLO 2FF3B 2ATQA 4KHWA 1RTHA 3NF8A 3FZKA 4WQ4A 1B9DA 3S3MA 4FLZA 3IAYA 3TPQA 4E7JA 3FR0A 4JI6K 1Y64A 2X6SA 4DQ8A 1SKRA 1QQOA 2Q0UA 1BG3A 4HCBA 1BI4A 2NRXA 1MU2A 5FDLA 1O1WA 4NB4A 1YUWA 3L8BA 3CCUN 4KFBA 2FF6A 4CIEA 3O3FA 3D45A 4JKGA 4CJ7A 3OYBA 2Z1IA 3MWTA 1Q9YA 5AQJA 2CH6A 4BRKA 4CGJA 1YTUA 3ZSRA 3H3NO 1C0TA 3HPHA 3SZ2A 2F9TA 4XIUA 1HQUA 5J1EA 1RT6A 3KLGA 1SV5A 3TU5A 5AQRA 1XNQK 4PA1A 3ZT2A 4KH4A 4CEEA 3LM9A 5HRPA 1Y97A 3KWGA 3SV4A 4W5OA 3J80O 2DFHA 2NLXA 1GOAA 1RT4A 5C0YA 2CGLA 3PSIA 3AA3A 3ZETB 3EL2A 3L3UA 1WAFA 4CJRA 2PFUA 3RTVA 4KKOA 3K9KA 1ZC6A 2OCEA 2BE2A 3KZBA 1QVFM 3C6HA 3WNEA 2QWRA 3R3LA 1NGEA 4YOWA 1NGFA 3DWLA 4O5FA 3TAQA 4YFUA 2KZMA 1N32K 3AO5A 5AQMA 3CF5L 4YNQA 4ZTJA 5HBMA 1KLNA 3SPYA 3A0IX 1SL1A 4NCBA 4JRPA 4M3WA 4CIFA 3RMAA 1NNEA 4B9NA 1D9DA 2QWQA 4RW6A 3J7AP 4MDBA 4CESA 4FJXA 4Z4IA 2HVHA 3U6FA 4KTWA 2KLAA 4BWJA 4CHOA 3VA3A 1KLMA 3HVRA 2G8FA 2E1ZA 4Z4EA 5JLFA 3TAPA 3GE1A 3OY9A 3K58A 4DV0K 2QWNA 4CGHA 3RRHA 3KK3A 1LCUA 5A2QO 4W5QA 5BRFA 3AVIA 5AFUA 1U48A 3T19A 4DUYK 1KVCA 4FJ8A 1NBWA 1VSDA 4MQ3A 3MEDA 1U2VA 3OW2M 1KVBA 4HTLA 3SQ2A 2EX3A 1NGBA 3CQ8A 1VQ9N 3QEIA 2W40A 3SCXA 4FJ9A 1DLOA 3D2FB 3VA0A 3VQPA 4ILGB 3LANA 3M3ZA 5C24A 1E4GT 4B1UB 4OPJA 1GLBG 2V7ZA 1S9EA 3EEQA 2VYPA 3LWLA 2E8AA 3EZWA 3ZLJA 1RTIA 3UB5A 3VN5A 3LPTA 3RMDA 1X9JA 1QSLA 2RPIA 4PKHA 4CJUA 2W41A 4M3RA 5K14A 4HHTA 2NRHA 3L2QA 1EQYA 1VSIA 2Q1NA 3QIPA 2XY5A 2Q31A 2Q3SA 1JLAA 3G0ZA 4WYBA 4NLBA 4DV3K 4BR9A 3RSEA 5LL6Z 2FXUA 3BUZB 3R9PA 3ENBA 4CEDA 4DSLA 1A5WA 2YHYA 3BY5A 2D1KA 5KGWA 4JI3K 3B6OA 2RE2A 5BRHA 3QEXA 4FWOA 3NDKA 4KO0A 4DU4A 3O3GA 4K0KK 4K42A 3A8YA 3FZHA 5FPMA 1BIZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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