3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
5AQUA 3MN5A 4BC4A 1BG3A 5LJVA 2P9IA 4WQ4A 4CBUA 5BN8A 5I9EB 1JCEA 4BRKA 2A6AA 4MO4A 3CJ9A 1Z05A 3GL1A 3QFPA 2ZWHA 3TPQA 1NMDA 4M63C 3H6EA 3ULEB 5EX5A 1NGHA 3O8MA 4JN4A 5BN9A 3GBTA 4BR9A 3SLCA 4WQ4C 2NZTA 1NWKA 3CHWA 4CI6A 5AQRA 3VEYA 3A8YA 4YDUC 3FE1A 3FZMA 5AZIB 2A41A 3MMVA 1ATRA 1ZC6A 4H5TA 3BF3A 3FZKA 5AQSA 1QZ6A 1GLCG 3U9DA 2BTFA 4IXCA 4B1WB 1V4TA 3W3DA 4BVOA 4H0XB 4BVPA 3O4WA 2E2NA 2YCHA 1E4FT 2Q2RA 2CH5A 3HM8A 2W40A 1TUUA 2ZGYA 2FXUA 4FO0A 4C23A 1T6DA 1NGIA 1BA0A 2IVNA 2PBDA 2IIRA 1YVNA 3LDPA 3ULEA 5E84A 4HWIA 2P9PB 4XH4A 4DHYA 1R59O 3J8AA 3WEEB 5AQNA 3CIPA 4IZ9A 4B1XB 3VGLA 3H1QA 5F0XA 4FWOA 5AQKA 3MDQA 3VEXA 4PL7A 2ASMA 1ATNA 3DXKB 3KHYA 5AZIA 4J8FA 3WT0A 2UYTA 1KAYA 2EWSA 2QXLA 4DB3A 3AAPA 2A3ZA 4CZKA 5AFUH 1KAZA 4CBXA 1GLAG 3VENA 4K42A 3ZX2A 3FZFA 4IO8A 4DCHA 2ZGZA 3U4LA 4I6MA 4BRHA 1X9JA 3CETA 1SZ2A 1HKGA 4XH1A 3UKUB 5LJWA 1NGBA 1MDUB 3CQYA 3FR0A 1BUPA 1ZXOA 3HI0A 2E88A 5KPRA 4JNEA 5AQGA 3WXLA 2NLXA 3S41A 4BRPA 1QQNA 2CGLA 3HZ6A 5AQWA 4HTLA 2P9PA 1IG8A 3EZWA 3JXUA 1X3MA 3ATVA 3WEEA 4A61A 5FPNA 4JHDA 4FWQA 2AA4A 3UKRB 1NM1A 5JMVA 5AQPA 4BRNA 3ENOA 2VWBA 1HJOA 5EVZA 5AQFA 2NRHA 5KQ8A 3WXIA 2ASPA 5CE3A 3DXKA 4FWNA 3M3ZA 4H5VA 2FF6A 2D0PA 3BF1A 3VEOA 1GLJO 3A0IX 3VEWA 5BREA 1U6ZA 2ITMA 1BA1A 5AQLA 5FPMA 2V7YA 3HBTA 3VESA 3B8AX 3LM9A 5BPNA 4FL9A 1WUAA 2GWJA 2FSKA 4F9OA 3UKUA 4PKIA 1OKJA 1S3XA 5B8HA 1QHAA 1X3NA 5FPEA 2IVOA 3GG4A 4BR0A 5EOYA 2QWOA 3D2EB 3BEXA 4QS8A 2Q36A 3C0BA 2A40A 3UKRA 4CD3A 4CZFA 2F9WA 3IFRA 2E2QA 3ENHA 3H46O 4FPBA 1HPMA 3EKUA 1Z6RA 4FOEA 5F1XA 3DAWA 5EY4A 4XH5A 4CZEA 1YXQA 5BRFA 3CI5A 5AQXA 4BC2A 4H0VB 3LDOA 5AQZA 1J6ZA 4MLEA 2YHXA 1JCGA 4CZHA 1T6CA 3M6GA 3ZX0A 4BR4A 2FSNA 1C0FA 1HX1A 1NGEA 1KAXA 3QICA 1E4GT 1D4XA 3R9PA 1U2VB 3VPZA 3R8EA 3IDHA 4AM7A 2CGJA 1NGJA 2A42A 3SK3A 1YUWA 3TU5A 4JAXA 3SJHA 4B1ZA 4BQZA 4XEIA 3H1VX 1HLUA 5AZJB 3WXKA 3D2EA 4BRDA 5ADXA 3C7NB 5BRHA 1QZ5A 2FLOA 2E2PA 4NB4A 3VF2A 4IJAA 2QWPA 4BR7A 3CJ1A 4CZMA 2IVPA 4NO7A 4A62A 1NGGA 4QS7A 3VGKA 1CZAN 4DQ8A 4BRLA 4EAHD 5BRDA 5JLFA 3VETA 2F9TA 1QQOA 3WUHA 1H1VA 4FPAA 2V52B 5F2RA 3QBWA 2E8AA 4K41A 2FF3B 3AAQA 2GEMA 4K25A 4BGAA 4O5FA 4WQ5A 3QB0A 4K43A 2E1ZA 2J4RA 4FOIA 2CH6A 3DJCA 1T44A 3I8BA 4ISFA 5JLHA 4A2AA 4BG9A 4JD2B 1NGCA 1NBWA 4WQ5C 3CJ7A 2P9NB 2DPNA 1HKCA 1DKGD 2QWMA 2E20A 5AR0A 3CJBA 3HTVA 1XQSC 3LDLA 1XUPO 4FWRA 2VCPA 5AZJA 2GELA 3FZHA 2VYPA 3WXJA 4EHUA 3C7NA 3QFUA 4CZIA 3UB5A 3U8XA 4M7YA 4BRQA 4EIAA 4RCHA 4PKGA 2V51B 2HMPA 3VGMA 3HSCA 4BRIA 4EFHA 1V4SA 2YHWA 3L4IA 3ZEUB 5BR9A 3CQXA 3JS6A 5AQVA 2QWNA 3DXMB 2ZF5O 3WQTA 2YJEA 4BRAA 3U9ZA 3DWLA 2D4WA 4B1UB 1Y64A 3QDKA 2KHOA 5AQJA 1ATSA 4H0OA 2P9UB 4RTFD 3VOVA 4B1VA 3LL3A 1GLLO 4M7XA 4BRGA 2P9KB 4JD2A 1BO5O 4O8KA 2A5XA 5BPMA 1P8ZA 3EL2A 5KPTA 4CBWA 2P9NA 2Q97A 4CZJA 3KZBA 4BROA 2HF4A 2P9LB 4ISGA 2WUSA 3OHRA 5ADXH 4GY2B 5AFUA 2YI1A 1JCFA 5AQQA 4BC3A 3AARA 2GTDA 4H0PA 2GUPA 4QS9A 5EXWA 3EN9A 1BOTO 3ZEUA 3L6QA 3H45C 1NLVA 3FLCO 3DXMA 1YAGA 1TUYA 1HUXA 2E1YA 3RSEB 3M1FA 2E2OA 5JICA 4E1JA 3MCPA 4YDUA 1MWKA 3ID8A 1LOTB 4BGBA 2P9UA 2ASOA 2YJFA 2FSJA 3R6MA 2D1KA 1WOQA 1RDWX 2I7PA 4H0YB 4BREA 4BR5A 3BUZB 3FGUA 1GLDG 2P9KA 1GLFO 4B1YB 3CERA 3WQUA 3A5LC 2QM1A 5KQDA 3GE1A 3BP8A 4WYBA 2AP1A 4PL8A 3QBXA 2CGKA 2P9LA 1BU6O 4MLHA 1C0GA 3I33A 2HF3A 3H3OB 4H5WA 5AQOA 4H5NA 2D0OA 1Q18A 2PAVA 2QW9A 3FZLA 3O1WA 5AQMA 3KVGA 3ZETB 1NGAA 1NGFA 1K8KB 4KBOA 3MN7A 4FWSA 4I6MB 4FWKA 5KPZA 3LDQA 2YHYA 2QWRA 3RSEA 5ELZA 3FFKB 3LM2A 3VEZA 1TYQB 3W0LA 2V7ZA 1RFQA 2Q1NA 4H03B 3IMXA 3MN9A 3G25A 1GLEG 3D2FB 4MO5A 4BC5A 3GDQA 4LC9B 4JHDB 3IUCA 3EKSA 1ESVA 3A5MC 3O6WA 5LY3A 1NGDA 5AQIA 1U2VA 5AQHA 4CJ7A 1ZBSA 3L0QA 4AM6A 2Q0RA 4ISEA 2P9SB 3MN6A 2HOEA 3O1BA 3D7EO 3UE5A 4CZGA 2W41A 1MWMA 5FPDA 2I7NA 2QWLA 5AQTA 3VEVA 3O5BA 1G99A 4IJNA 1GLBG 1S22A 1KXPA 3ZX3A 1DEJA 3ZETA 1LCUA 3MK6A 4GNIA 2BUPA 1K8KA 1SAZA 4CD1A 3A5OC 1EQYA 3O08A 2P9IB 4Z94A 4FWMA 2OANA 1TYQA 4BRCA 3F9MA 1MA9B 2Q31A 1IJJA 4BRMA 1QQMA 4BRFA 3D2FA 3H3NO 3SMPA 2QWQA 1SQKA 3VERA 3QMLA 4FSVA 3LDNA 3P4IA 4PKHA 3VF6A 4H0TB 2Q0UA 3AY9A 3EO3A 3GOIA 3CJAA 3O80A 1HKBA 4BG8A 4B9QA 4A2BA 4BR2A 3A5NC 2P9SA 4FWPA 4H5RA 4IWVA 5E26A 5AQYA 5TKYA 4L3QA 4RWTA 2GWKA 1XC3A 4CZLA 4BQLA 4EHTA 4FWLA 4Y0WA 3VF4A 1BDGA 3SMSA 1RGIA 3ATUA 2H3GX 1DGKN 3CJCA 5BPLA 1BWFO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJRA 1HR0K 3OYIA 3THWB 1VQ6N 5LJVA 3AO3A 5J1EA 3V81A 4BRKA 2A6AA 3CJ9A 1Z05A 1N5YA 1NMDA 5FLXO 4F3TA 3GBTA 1EWQA 3AVAA 4KHPK 3NBPA 2NZTA 3K9KA 3LP1A 1NWKA 1VQ7N 4Z4EA 2ZQBA 3VEYA 3A8YA 3HOSA 2KZMA 3I0SA 1VQ9N 4G1QA 4Q5VA 1BQMA 1QZ6A 1GLCG 4B1WB 4KTWA 3W3DA 3VQ4A 1RT5A 1SL2A 4LF9K 3O4WA 4DSLA 3MWPA 2YCHA 1E4FT 2F96A 4OKKA 3RMAA 3DLHA 1R0AA 3OYLA 1DT9A 4FO0A 1JLCA 1N36K 3VTIA 1BA0A 3LDSA 3IS9A 4M3WA 4DV4K 3TTDA 2IIRA 4DQRA 3ULEA 4XH4A 3S3NA 4HCCA 4DWIA 4CECA 4ILHA 3ZLJA 3J7YP 3I55N 3HJFA 3CIPA 4IZ9A 4LSNA 3SQ4A 3VGLA 3H1QA 4DU4A 1GOBA 2BH1A 4FWOA 5AQKA 4KREA 2FBTA 4B3TK 4J8FA 3WT0A 3T19A 2OA8A 2QXLA 4DB3A 1SL1A 3AAPA 2A3ZA 1XMQK 1TKXA 5TKWA 1KAZA 1GLAG 3C94A 4KH4A 3ZX2A 1KFDA 1NK9A 4O4GA 4CK3A 3RMDA 4FJMA 4DCHA 3K0SA 2X6NA 3U4LA 4J2DA 1BGXT 4YY3K 3NHGA 1I39A 3UKUB 4DV7K 5CHIA 4Y1CA 5LJWA 1NGBA 4O0JA 3HI0A 1SV5A 1QVFM 4JNEA 3O3HA 3S41A 2CGLA 4HTLA 1I94K 3JXUA 3WNFA 1RT1A 3QESA 1D9DA 4JHDA 4FWQA 3UKRB 1NM1A 2WONA 3NCIA 3CFRA 1HJOA 1HJRA 5KQ8A 3CFOA 3J7ZO 2FF6A 3SPYA 4E89A 4V19S 1YTUA 2UXCK 2YKMA 4B08A 4CJFA 2ITMA 3PLAA 3SZ2A 4PY5A 2V7YA 4KHYA 4IDHA 5BPNA 5LMUK 4JKHA 3NVKA 1QSYA 3RR8A 3NF6A 1RNHA 4LF5K 3DOLA 2P1JA 1U4BA 4C8KA 2O8EA 2A1SA 2B6AA 4F2SA 2IVOA 3GG4A 3CCLN 4JRQA 1FKOA 2EHGA 2QWOA 4NCGA 3QINA 3TSPA 3BEXA 4QS8A 4FM0A 4UY8O 3DLRA 2Q36A 1VAZA 1HNVA 3IFRA 3H46O 3MECA 5KGXA 1VSJA 2OPQA 2HMIA 3E1YA 2HHHK 3E01A 4XH5A 1YXQA 2RF2A 1IKVA 3L2VA 3HT3A 2YHXA 4CHPA 4B9NA 3RRGA 1WBDA 1T6CA 3M6GA 5FDLA 3ZX0A 1VQ4N 1IKYA 3AVKA 4DF4A 4LF7K 1C0FA 4DR5K 3QICA 3KWGA 3I8DA 4WFAL 3KD5E 3VPZA 2YHBA 3R8EA 5M1NA 1C1CA 4DQPA 1NGJA 4JV5K 3TU5A 3LPUA 2X74A 4WCEL 3CMEN 4DTOA 4YOTA 4E3SA 3KK7A 1QZ5A 2E2PA 1KC8O 2QWPA 4BR7A 4U67L 1OH6A 4FK2A 2KTQA 4FJLA 5BRDA 4DQ8A 1L3UA 4BRLA 4DLGA 1O13A 4FPAA 4GW6A 1IO2A 3AO4A 2FF3B 3AAQA 2WBNA 4K25A 4BGAA 1IH7A 4WQ5A 3K59A 1NJIO 2FBXA 4CF1A 3OYKA 5CYMA 3TABA 4HUGA 1T44A 3VA0A 1D8YA 4BWJA 1JXBA 2YNIA 1VHXA 3HPOA 1RBVA 2P9NB 3V9ZA 2E20A 1BQNA 3HTVA 3LDLA 4GVMA 1XUPO 3ID6A 1KSPA 2VYPA 3CCQN 2F4VK 4CJSA 3QFUA 5J2NA 1WAJA 3AA3A 2ZJRL 4M7YA 4QOZB 1OH5A 3VGMA 2GBZA 3AVGA 3HSCA 4AH9A 4JKBA 5AQVA 4BRAA 4YNQA 1WSHA 1VRTA 3DWLA 3HSTB 2D4WA 3KLEA 2OPSA 2QKBA 1Y64A 2KHOA 3SUNA 2P9UB 4JKCA 3ZSWA 4CHYA 4RTFD 4DU3A 1XWLA 2Z1HA 3VOVA 1GLLO 1ZBHA 1YT3A 4B8AB 4BDPA 3AV9A 3CXCM 3LANA 1BO5O 5BPMA 2O8BB 4CEDA 3MEDA 1ZBFA 3BZCA 4F2RA 1IBKK 3E9PA 1LV5A 4ISGA 3DRSA 4CE9A 5AQQA 4FLTA 3AARA 2GTDA 4OLAA 4QS9A 2GUPA 3RMBA 4W5NA 4F4KA 4PUOA 3ZEUA 4AHVA 1Q9YA 3L6QA 4FJXA 2DFHA 3FLCO 3O9SA 3DXMA 4L8RB 1TUYA 1HUXA 4FLUA 3ZCMA 5GAHP 1VQON 5CYQA 4FJHA 4YDUA 1LOTB 1S5JA 3V9XA 3M8RA 2FSJA 3CC2N 4OJRA 3B6PA 3N4QA 1XNRK 1P90A 1S1VA 3L2WA 4KB1A 3CERA 4OGEA 3A5LC 5BR8K 2NRTA 4Z4IA 3BP8A 3O3FA 3QBXA 3DLEA 3P38A 4H5WA 4DFMA 3IAYA 3DYAA 3PX0A 5AQOA 3SQ2A 4LF8K 4CHZA 1Q18A 2PAVA 3O1WA 3KVGA 1NGAA 1K8KB 4FWSA 2YHYA 2QWRA 1IBMK 2RE2A 4FJ5A 5HRSA 1M90O 2Q3SA 1TYQB 4G9ZA 2E6MA 3G25A 1QVGM 4FZYA 3GDQA 4DTMA 1VQNN 1J5OA 4JHDB 5KTQA 4X65K 1JLQA 4HUFA 4LFBK 3L0QA 4AM6A 2VGMA 3LPTA 3D7EO 1WLJA 3UIQA 4CZGA 2W41A 2PYJA 2F8TA 1RTJA 3WNGA 3V9SA 2I7NA 3IRXA 3VQ6A 3C6AA 3O5BA 4E7JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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