3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
1H1VA 3MCPA 3BF3A 5FPMA 4O8KA 4CZJA 1XQSC 1KAXA 3FZFA 4H5VA 4IO8A 4JD2A 3VETA 2Q31A 2V7ZA 1J6ZA 5JMVA 3C0BA 1E4FT 3UKRB 3H6EA 4IJNA 3VEVA 1G99A 4FSVA 2QWOA 4BQLA 4NO7A 5AFUA 4BRMA 5BRFA 3CJ7A 2Q0RA 1ZBSA 1JCFA 2P9SA 2VWBA 4K43A 3A5OC 4PL7A 2E1YA 4PKIA 2ZGZA 2QWNA 2YI1A 5KPTA 3WUHA 3VGMA 3G25A 2D1KA 2P9KA 3I33A 4BC5A 3FZHA 1ESVA 2E2OA 2QM1A 1OKJA 3M3ZA 5BRDA 4BR4A 1NLVA 4H0XB 5AQLA 3VENA 2WUSA 2PBDA 3MK6A 4BR5A 3ULEA 3CIPA 5TKYA 1BDGA 3HBTA 3O1BA 5AQOA 3KHYA 5AQNA 5AQFA 4H5WA 4JHDB 3A5NC 1NMDA 4JAXA 4BRKA 2QWPA 5AQQA 4CZIA 2P9NB 3FZMA 1GLLO 4CZLA 4ISFA 4BGBA 3HTVA 3H1QA 1RFQA 5AR0A 5ADXH 4H5NA 1NWKA 3ENHA 2YCHA 4WYBA 4DCHA 4BRNA 4EIAA 2HMPA 2GTDA 3J8AA 3LL3A 4H0OA 4IWVA 4BR9A 3S41A 3WXIA 3SLCA 2I7NA 4B1YB 2EWSA 1IJJA 3RSEB 3OHRA 1YVNA 1NGDA 5AQRA 3VESA 3FZLA 4HTLA 1BA1A 3VEOA 5BPMA 3VPZA 3A0IX 4B1WB 4B1VA 4HWIA 1YAGA 3WXJA 2Q97A 5LJVA 2DPNA 1TYQA 3UKUB 1T6DA 5BN9A 2GWJA 1MA9B 3BP8A 4B1ZA 5EVZA 1TUUA 2QXLA 5F1XA 5AQMA 5AZJB 1NM1A 3L6QA 3KZBA 2CGJA 3LDLA 3CJAA 3AARA 3D2FB 2P9UA 3LDPA 1SAZA 3JS6A 1WOQA 5BPLA 4BRHA 3MMVA 4IZ9A 1T44A 3A8YA 4QS8A 5AQPA 3QICA 4EHTA 3GL1A 5KQ8A 1HUXA 4FWPA 1YXQA 2A5XA 4XH5A 2ASPA 4JD2B 4WQ4C 2E2QA 3FLCO 3ZX3A 4JN4A 4B9QA 4BVOA 4LC9B 3WXLA 1HPMA 2I7PA 2D0PA 4CZMA 1NGGA 3O4WA 3D2FA 3MN7A 2D0OA 5EX5A 2P9SB 3SMSA 4CI6A 2YHXA 4BREA 4CBXA 3W0LA 3QMLA 4FO0A 1BO5O 4IXCA 3TPQA 3VGKA 3B8AX 4EHUA 5KQDA 5AQYA 2P9KB 4CZHA 1BU6O 1QQNA 4FWLA 1HKGA 1ATNA 1BA0A 2ZF5O 3GOIA 4CZEA 3CQYA 5AQJA 1Q18A 2YJEA 3EKSA 1K8KA 2E8AA 2HF4A 4Z94A 4EAHD 5BRHA 3ULEB 4Y0WA 3P4IA 3ZX0A 3DAWA 5FPEA 5F0XA 1QZ6A 2CGKA 4CZGA 2ZGYA 3LM2A 1QQMA 2OANA 4BR2A 3C7NB 3VF6A 1WUAA 3VEXA 4C23A 2A6AA 3DXMA 3IUCA 5AQIA 1KXPA 3H46O 4M7YA 4BRGA 3QDKA 5LJWA 1YUWA 2VYPA 4QS7A 1MDUB 2V7YA 3H1VX 3L4IA 4H03B 4QS9A 5AQWA 4FWNA 3CETA 5AZIB 2QWRA 3R9PA 1ZC6A 1HJOA 2PAVA 4PKGA 3GDQA 3O1WA 3DXKA 5FPDA 4A62A 3ATVA 3LDOA 2QWQA 4CD1A 3C7NA 1Z05A 2A3ZA 4BQZA 2E88A 5AQGA 2ASOA 4FWRA 3O08A 1NGIA 4BG9A 1GLAG 3VGLA 5AZIA 1C0FA 3UE5A 3HZ6A 4EFHA 2A41A 3HM8A 4BROA 1BG3A 4RTFD 1S22A 4B1XB 2J4RA 4WQ5A 4F9OA 3MN6A 4JNEA 4BG8A 3VF2A 1RDWX 2NRHA 1QZ5A 4BC2A 4DHYA 3EN9A 4J8FA 1HKBA 1TYQB 3UB5A 4NB4A 2QWLA 4MO4A 3MN5A 5AFUH 3O6WA 3O8MA 4FOIA 2AA4A 1HKCA 5EXWA 3LDNA 4RCHA 5BREA 3U9ZA 2E1ZA 3AAQA 3WQUA 1C0GA 3L0QA 2GWKA 3QBXA 2P9UB 3VEYA 1GLEG 1T6CA 1GLDG 4GNIA 4KBOA 4GY2B 4BGAA 4CZFA 4K25A 3H3NO 3M1FA 3CHWA 3A5MC 2FXUA 3D2EA 3FZKA 4O5FA 4AM6A 3CI5A 3SMPA 1BUPA 2UYTA 3FR0A 3ZEUA 1KAZA 4FWMA 4FWKA 3EZWA 3U9DA 3CERA 3MN9A 1BOTO 2A40A 1XC3A 2P9PA 1JCEA 2CGLA 4H0YB 3U4LA 4BVPA 5E26A 3BEXA 4BRCA 1R59O 5AQUA 5JLFA 5AQVA 4BC4A 5ELZA 1NBWA 2FSNA 4CJ7A 2GELA 4BR0A 2V52B 4BRFA 5EOYA 2FSJA 1K8KB 3WEEB 3EO3A 3D7EO 1DEJA 3LM9A 4B1UB 3FE1A 3VEZA 4H0PA 5AQHA 4FWSA 4CZKA 4BRLA 2FLOA 5EY4A 4ISGA 4AM7A 1X3NA 4FOEA 5I9EB 1QHAA 3AY9A 4BRIA 3HI0A 2P9IB 1IG8A 3DXMB 3GBTA 1LOTB 2YHYA 2CH6A 3AAPA 2HOEA 1Z6RA 1ZXOA 4FWQA 3WEEA 1EQYA 4E1JA 5AQSA 3DXKB 1GLFO 3WXKA 2Q0UA 2Q1NA 2ITMA 5JLHA 3ATUA 1E4GT 5ADXA 3FFKB 4FWOA 5E84A 3KVGA 3F9MA 3SK3A 2P9IA 3H45C 3VF4A 3ZETA 2GEMA 1U2VA 3QFUA 2ZWHA 4A2BA 3DWLA 2F9TA 4CD3A 2W41A 1LCUA 4K41A 2H3GX 1U6ZA 2NZTA 1NGCA 2E20A 2QW9A 3JXUA 3DJCA 3R8EA 4M63C 1CZAN 2KHOA 4XH1A 3WT0A 1RGIA 1BWFO 1KAYA 2FSKA 4MO5A 3SJHA 3W3DA 1NGHA 2E2PA 2P9LB 1DGKN 3IFRA 3CJ9A 3UKRA 1HLUA 4I6MB 1TUYA 4FPBA 3IDHA 4BRDA 4H5RA 3TU5A 4H5TA 4BC3A 3ID8A 3MDQA 3A5LC 3ZX2A 4H0TB 3QB0A 2Q36A 1JCGA 3R6MA 3U8XA 4BR7A 4IJAA 2AP1A 3IMXA 2IVOA 3CJ1A 2GUPA 3QFPA 3LDQA 2YHWA 4YDUA 3CJCA 2BUPA 2P9LA 2IVPA 4PL8A 3D2EB 4BRPA 5JICA 4CBUA 3QBWA 4I6MA 1V4SA 3ZEUB 2BTFA 3CQXA 2QWMA 1QQOA 4WQ4A 1GLBG 1X3MA 1XUPO 2P9PB 3BF1A 1V4TA 4JHDA 3O5BA 4DQ8A 3M6GA 4CBWA 2P9NA 1X9JA 4XH4A 4A2AA 2YJFA 3GE1A 5BN8A 4L3QA 1MWKA 1Y64A 4XEIA 4K42A 5AQZA 5B8HA 2NLXA 2IIRA 4RWTA 1SZ2A 2V51B 3EL2A 1GLCG 2FF6A 5BPNA 4M7XA 5FPNA 4DB3A 5KPRA 1SQKA 5AQXA 3VEWA 3CJBA 3RSEA 1DKGD 5KPZA 4PKHA 4WQ5C 5AQTA 4FPAA 4BRQA 1GLJO 1NGAA 2ASMA 2IVNA 5AQKA 2CH5A 5LY3A 3HSCA 3I8BA 5CE3A 5F2RA 4FL9A 2VCPA 4YDUC 2W40A 3VOVA 2F9WA 3ENOA 2Q2RA 2D4WA 4MLHA 3UKUA 3H3OB 2E2NA 1ATRA 3GG4A 3BUZB 4H0VB 1MWMA 1ATSA 2HF3A 1P8ZA 4ISEA 3O80A 4MLEA 5BR9A 5AZJA 1HX1A 3ZETB 1U2VB 3WQTA 2A42A 2FF3B 1NGBA 4A61A 3FGUA 1S3XA 4BRAA 1D4XA 3EKUA 1NGFA 1NGJA 3VERA 1NGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YF5L 1S1UA 1QTMA 4JI6K 1HQEA 5FPMA 4FM1A 1Q9YA 3FZFA 4H5VA 4JD2A 4IO8A 3VETA 2E6LA 1J6ZA 5JMVA 1A5WA 1TK0A 3DLBA 4KHPK 4IJNA 3S9HA 4BQLA 2QWOA 3TTDA 4NO7A 1JXEA 2Q0RA 4JKBA 1WLJA 1Q7YO 2VWBA 1I39A 4Z4FA 1C1AA 2E1YA 3AVGA 2YI1A 3WUHA 2QEXN 2D1KA 5FRMA 2O8CA 4BC5A 3V4IA 4CECA 5BRDA 2W42A 1IKXA 3C65A 4DQPA 4JK8A 4H0XB 3VENA 2QI2A 4BDZA 2OTJN 3QNNA 4PWDA 3RTVA 3CC2N 3PO5A 1LW2A 1LWCA 1NJZA 3HBTA 3O1BA 5AQOA 5MLCQ 2P1JA 3NGYA 1BL3A 4I9LA 4DR7K 3EZ5A 4JHDB 4DQRA 4HHTA 2HSTA 4BRKA 3KLFA 2PFUA 2HHQA 2P9NB 1HNVA 4NCGA 3HYFA 1TK5A 3SCXA 3VQ7A 2KFZA 4ISFA 1VSMA 4BGBA 4H5NA 3M8RA 4DTRA 4KV8A 2WONA 4BRNA 2HMPA 1UA1A 4LF7K 4DV7K 5C15A 4CJQA 1RT4A 5M1OA 3ZT3A 1T05A 1EP4A 1C1BA 4CJEA 2UXCK 4W5RA 5BPMA 3VPZA 4DTMA 2GBZA 4CF2A 4B1VA 5J2PA 4HWIA 1YAGA 4FJJA 1HRHA 3V9XA 3ITHA 4CHOA 4PA1A 1N8RO 3PX4A 1T6DA 4BWJA 2GWJA 1BQMA 3OJUA 2G8WA 4RW6A 5AQMA 5AZJB 1NM1A 4E0DA 3JYTA 2P9UA 5HROA 1SAZA 3KKRA 3JS6A 5C12A 4BRHA 3MMVA 2HHUA 3V9UA 1RDAA 1T44A 4QS8A 4FK2A 2VG6A 3O9QA 3WNGA 1ITGA 1TKTA 2E2QA 3FLCO 4EP5A 1BIZA 4JN4A 2VWKA 1HPMA 2P5OA 2D0PA 4CZMA 2OTLN 1NGGA 3AVNA 3DLEA 3D2FA 3K5OA 1TKZA 2YNIA 4RW7A 1YITN 2IAJA 3S3NA 3RRGA 2D0OA 1Z26A 2I5JA 2P9SB 5EX5A 2YHXA 4BREA 1KD1O 3QMLA 4FO0A 4IXCA 3RMAA 4EHUA 4CEAA 3SQ1A 2NRRA 4OGEA 1CLQA 1HKGA 4CF0A 3GOIA 4CZEA 4NCBA 4DG1A 5IT9O 2HHVA 3MX2A 1NK8A 4M3UA 2E8AA 1VSEA 4CFBA 1BI4A 1EO1A 3ASMA 4CE9A 1YI2N 3AVKA 2ZGYA 1QQMA 4BR2A 5HRRA 2Z1HA 3DXMA 4Y1CA 4DFKA 4FZYA 1KXPA 1YUWA 4QS7A 1MDUB 2HBJA 1VQLN 3CETA 2QWRA 1TGOA 3DYAA 2PAVA 1EETA 4KFBA 3O1WA 1XNQK 3DXKA 3DLLL 1ASUA 3ATVA 1NNEA 1RTJA 3LP3A 3LALA 1T03A 4CD1A 1EKEA 2E5LK 2A3ZA 1UOCA 4IEEA 4FWRA 4E89A 3MCAB 3PO4A 2JWKA 1GLAG 1EX4A 4EFHA 2A41A 4BE0A 2KTQA 2X6SA 3EE9A 2A1SA 1KC8O 3MN6A 2LSNA 3M5RA 2KW4A 3VF2A 1QZ5A 1KFSA 4DHYA 4J8FA 3L8BA 1TYQB 3R3LA 3NGZA 2HW3A 2B5JA 2DY4A 3MN5A 3O6WA 4E1MA 5M1KA 3CQ8A 4A59A 2O8EA 5BREA 2VGMA 2E1ZA 3WQUA 2QA4N 1C0GA 2OPRA 4OX9K 4KPYA 4DTOA 1X9MA 3ISNC 1JL1A 3PX6A 3CFOA 3P1GA 1Q81O 1D5AA 4O5FA 2F7TA 1LAWA 3ZEUA 1KAZA 4X65K 4FWMA 4FWKA 3LPTA 4OJRA 4WFNL 3U9DA 3CERA 5IWAK 3K2PA 1BOTO 3MN9A 1NJIO 4LH4A 1JLQA 1XC3A 4CF9A 4K8XA 2CGLA 4H0YB 2VG7A 1P90A 5E26A 4BRCA 4G9ZA 4J2DA 1YJ9N 4BC4A 2DTUA 5HRNA 1UAXA 4AH9A 3QIOA 3MEDA 3V9WA 4JI0K 3OYBA 4CJ7A 5J2MA 2FBVA 1JLCA 1XMQK 1K8KB 3WEEB 4DQIA 3LP1A 3VQEA 2HNDA 4BY9C 4F3OA 1DTTA 3NVMA 4H0PA 2FLOA 5EY4A 3J7AP 4KO0A 4CEEA 4WF9L 4J2EA 4OLBA 5I9EB 3AY9A 2HVHA 3HI0A 3OYEA 3TAQA 2YHYA 4RW8A 3G4SN 4PHTX 4CGIA 4KB0A 2HNYA 3HSTB 3WXKA 2HHWA 2Q0UA 3DRRA 2Q1NA 2WBNA 2ITMA 3QEWA 2ZE2A 3DLGA 3ZSWA 1E4GT 4CGHA 4FWOA 5ADXA 2ZJQL 4DR2K 3VQ8A 3KVGA 3KTQA 5J2QA 2GEMA 1QSLA 4Q0BA 2F9TA 1LCUA 2H3GX 5KRSA 3AVIA 3ZT2A 1U6ZA 2NZTA 3SI6A 1RBSA 3SBTA 3F5TA 5HL7L 5A2QO 3SJJA 3RMCA 3MEGA 3V9ZA 1XNRK 4JRPA 1RGIA 1BWFO 2B6AA 2FSKA 3SJHA 4OKEA 4JEPA 4EP4A 1NGHA 4E7KA 3P31A 4FLWA 1CZBA 1QSSA 4B3SK 3CCEN 4FPBA 1T7PA 1TL3A 3SNNA 3QEIA 4BRDA 5FROA 3THWB 4H5TA 1VSLA 1OVQA 3MDQA 3ZX2A 4E1NA 4CCHA 2UU9K 2AP1A 3IMXA 3QFPA 3CJCA 2IVPA 1BCOA 3D2EB 3ZYYX 2NRVA 3LWLA 2HHXA 5KGXA 3C6UA 3LZIA 3QEVA 1QQOA 1YVUA 1BHLA 5DM6L 5CZ1A 4JHDA 4AQYK 1B92A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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