3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
2E2QA 5BN8A 5ADXA 3CJBA 1LCUA 3EZWA 1NGAA 4CZEA 1HKGA 4BRGA 1D4XA 3MN7A 3GL1A 1S3XA 5AZIA 1JCFA 4BRAA 4BROA 3HTVA 1NLVA 4CZFA 2YHXA 3QB0A 4H03B 4FWRA 2E2OA 2QWMA 4EFHA 5F1XA 4BVOA 5EOYA 5AQPA 2E2PA 4AM7A 3VEOA 4M63C 1SZ2A 1Z6RA 4RTFD 1KAXA 5E84A 4DCHA 4IJAA 4PL7A 4RCHA 1YAGA 3VEXA 4CZMA 4PKIA 1S22A 4A61A 2D4WA 2ZGYA 4H0TB 3WXIA 5E26A 5AQXA 3ZX2A 2E1YA 3LL3A 3A5OC 4PL8A 1E4GT 2P9SA 3WQTA 4J8FA 1Y64A 4BG9A 3O1BA 1MDUB 4KBOA 4H0XB 2ASMA 2P9UA 5AFUH 3DXMB 4CI6A 3JS6A 3AARA 3IMXA 1Q18A 1ZBSA 1HKCA 3ZX3A 3TPQA 3ATUA 2GWJA 3FZLA 3L0QA 3CETA 1MA9B 2CH5A 3DJCA 3H3OB 2P9PA 5BR9A 2HF4A 4HTLA 3O1WA 3C7NB 3VEWA 4JHDB 5JLFA 1E4FT 4WQ4C 4IWVA 1NGGA 1QQOA 2GEMA 3GE1A 4BRCA 4FPAA 5AQGA 3FZHA 3VGKA 1IJJA 3M1FA 4XEIA 2BTFA 1QHAA 2QWNA 1GLBG 1U2VA 4H0YB 3QICA 4A62A 4FWLA 4FWNA 4JD2A 4FOEA 1NGDA 1C0FA 3UKRB 5AR0A 3D7EO 4BGBA 5KPRA 1T44A 1MWMA 2I7NA 2QWPA 1NGHA 2YHYA 3WQUA 3A5MC 1TYQB 2A41A 1R59O 5JLHA 3LM2A 3AAPA 3FZMA 4B1YB 5AZJB 4K42A 3H45C 2FLOA 4ISGA 4CBWA 3VESA 3SK3A 3D2FB 3H6EA 2IVPA 2DPNA 3H1VX 1XQSC 5LY3A 2H3GX 1NGBA 2NZTA 1GLAG 2UYTA 2KHOA 3KVGA 3UKUB 5BRHA 3A0IX 3MN9A 3HM8A 2GWKA 1C0GA 2HMPA 4BRNA 2NRHA 2E20A 3VF4A 1K8KB 1YXQA 5F2RA 2W40A 1GLEG 4WQ5A 1H1VA 4BRDA 4CZJA 4F9OA 3VF2A 3QBWA 3ZEUB 4B1UB 3H1QA 1IG8A 2A3ZA 2FSKA 1XUPO 4I6MB 1GLFO 4CZHA 4DB3A 3LDOA 4B1XB 4MLHA 4B1VA 4EHUA 2PBDA 4ISEA 1JCGA 3VF6A 3DXMA 3KHYA 4DQ8A 1BO5O 2E8AA 5BPNA 1TUYA 3I8BA 3EL2A 2FSJA 3VPZA 4BR2A 3M6GA 5KPTA 2CGKA 1JCEA 2Q1NA 4H0OA 3VEZA 5AQIA 2HF3A 4XH5A 3D2EB 2P9KB 1EQYA 5EX5A 4HWIA 4BRQA 3C7NA 4H5NA 4JHDA 3QFUA 3MDQA 5F0XA 3U8XA 3O6WA 5FPMA 1X3NA 4BC3A 2YJFA 2A6AA 1QZ5A 1WUAA 2P9NB 2A40A 3LDLA 5AQMA 3EN9A 2YI1A 5FPDA 4K25A 1KAYA 3H3NO 4BRKA 4BREA 3CERA 5AQJA 1RGIA 5EXWA 4BR9A 1NGIA 3L6QA 3SMPA 4CZGA 4FWQA 4WQ4A 2GTDA 4Y0WA 5KQDA 1HPMA 4FWKA 3HBTA 4B1WB 3F9MA 3LM9A 3ULEB 3UKRA 4H5TA 3DAWA 3KZBA 5EY4A 4FO0A 3BEXA 4GY2B 4CD1A 3O5BA 1NGCA 5EVZA 1V4SA 1TYQA 1GLLO 4MO4A 3U9ZA 3EKSA 4QS9A 3EKUA 4CZKA 5AZJA 3BP8A 3O08A 4JAXA 5TKYA 1HUXA 5AQSA 3MMVA 5JMVA 4FWSA 4JN4A 4FWMA 3P4IA 1HKBA 4QS8A 2ZGZA 3D2FA 3LDNA 2YHWA 4FOIA 2CGLA 3FR0A 3WEEB 5AQWA 5AQLA 2A42A 2P9LB 3UKUA 4MO5A 1RDWX 1SAZA 4CBUA 3H46O 2I7PA 3O80A 2VYPA 2Q97A 4FSVA 2ZWHA 2GUPA 5BPMA 3LDQA 1K8KA 1NMDA 5CE3A 5JICA 3I33A 4FWOA 2V7ZA 5AQHA 3M3ZA 1ATSA 3ZEUA 3IDHA 5ADXH 2FSNA 3J8AA 2P9IB 3AAQA 2GELA 4K41A 4CZIA 3CJCA 3FLCO 3DWLA 4I6MA 2QW9A 2FF6A 3VEYA 1DGKN 1GLDG 2A5XA 4XH4A 3HI0A 4BQLA 1X9JA 1YVNA 2V51B 1DKGD 2F9TA 3CJ1A 5AQZA 3SLCA 1MWKA 3ENHA 4CBXA 3R9PA 3VEVA 2IVOA 4ISFA 5AFUA 2CGJA 4BRFA 3D2EA 2P9KA 2Q31A 4IJNA 5B8HA 1WOQA 4JNEA 4K43A 3R6MA 3VENA 3WT0A 2ASPA 4H5VA 4Z94A 1QQMA 2QWOA 3FE1A 3GG4A 3WXLA 5BREA 2D0PA 4RWTA 2P9NA 4IZ9A 4BC5A 3IUCA 4CZLA 5KPZA 1ZC6A 4YDUC 3C0BA 3CJ7A 5AQQA 4H0PA 1NM1A 2CH6A 3WUHA 3FGUA 3G25A 3OHRA 2J4RA 2VCPA 3ULEA 3RSEB 2BUPA 3VERA 3CJAA 1OKJA 4E1JA 4FWPA 3EO3A 4O8KA 4BR5A 3QMLA 4PKHA 1BG3A 3MCPA 5AQOA 5BN9A 3QFPA 1HJOA 2D1KA 2E1ZA 3L4IA 3WXJA 4IXCA 4B1ZA 5BRDA 1ZXOA 2V52B 1BDGA 3CHWA 4DHYA 3WEEA 3S41A 1NGEA 4M7YA 2P9LA 4BRHA 3LDPA 3FFKB 1DEJA 4BC2A 5ELZA 2FXUA 1NWKA 3GOIA 3ID8A 3VOVA 4EAHD 4WQ5C 3SMSA 3MN6A 2YCHA 3WXKA 4PKGA 3DXKB 3VETA 2D0OA 1ESVA 2EWSA 1NGFA 3ZETA 2ZF5O 1CZAN 4BRMA 5KQ8A 3BUZB 4B9QA 2ASOA 2OANA 2P9IA 3A8YA 4NO7A 1T6CA 1BA0A 3A5LC 2QWLA 4O5FA 3U4LA 1SQKA 5AQTA 1GLCG 3ATVA 2QM1A 3GDQA 3MN5A 4L3QA 3GBTA 1QZ6A 4GNIA 3BF1A 4MLEA 1G99A 2V7YA 5FPNA 2W41A 3BF3A 1YUWA 5AZIB 5FPEA 4AM6A 2WUSA 3QBXA 5AQFA 2ITMA 4H5WA 1ATNA 3A5NC 3VGMA 1T6DA 1XC3A 3ZETB 1BU6O 1Z05A 1HLUA 1NBWA 1TUUA 5AQNA 3U9DA 2AP1A 3CIPA 3CQXA 1ATRA 2FF3B 2PAVA 2Q0RA 2QXLA 4EIAA 2IIRA 2E2NA 5AQUA 4CD3A 5LJWA 1QQNA 1V4TA 2Q2RA 3IFRA 3FZFA 4BRPA 3QDKA 4BRIA 1BOTO 1LOTB 3SJHA 1KAZA 4IO8A 2Q0UA 4BQZA 4BR0A 2P9SB 3AY9A 3RSEA 5AQRA 3CJ9A 5I9EB 2NLXA 4XH1A 2QWQA 2P9UB 4YDUA 3HSCA 3O8MA 4QS7A 3ZX0A 3HZ6A 2VWBA 1BA1A 1BWFO 3R8EA 3ENOA 3CQYA 4LC9B 1X3MA 2E88A 4M7XA 1P8ZA 4NB4A 3UB5A 2Q36A 2P9PB 2HOEA 4H0VB 3TU5A 1U6ZA 3O4WA 4A2BA 2YJEA 1KXPA 4CJ7A 3VGLA 1NGJA 2IVNA 3JXUA 3MK6A 5AQVA 5AQYA 5BPLA 5BRFA 4BGAA 4BR4A 4A2AA 4C23A 3DXKA 4H5RA 1U2VB 3UE5A 4EHTA 4BC4A 4BVPA 1J6ZA 3FZKA 3CI5A 4JD2B 1HX1A 2QWRA 3W3DA 1RFQA 5AQKA 4BR7A 4BRLA 3W0LA 2F9WA 4WYBA 3B8AX 4FL9A 4BG8A 1BUPA 5LJVA 4FPBA 1GLJO 2AA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ADXA 3EZWA 4AQYK 4CZEA 4NXMK 3S3OA 1U47A 4M3UA 1QVGM 3GL1A 4I9QA 3P83D 4BROA 4CZFA 2HBLA 4KV8A 1SUQA 3QNOA 3DRRA 4CESA 1NJWA 4CGIA 4EFHA 4BY9C 2RF2A 3K2PA 1Z6RA 4RTFD 5E84A 5KRSA 1RBUA 2QEXN 4KAZA 2YX6A 1CXQA 4IJAA 4E7JA 1YAGA 4YOYA 4IDHA 4E7LA 3M5RA 5J2PA 2ZGYA 4H0TB 3WXIA 5E26A 3ZX2A 1RT4A 4OKJA 1U48A 3U6FA 3O1BA 2ASMA 4HUFA 1YT3A 2W6LA 4OGCA 4J2AA 1Q18A 1HKCA 4CJPA 1M90O 4DU1A 3ATUA 3L0QA 4Z4FA 3CETA 4NYNA 4KTQA 3VEWA 3O9SA 1BIUA 1E4FT 2VG5A 4FPAA 5AQGA 3FZHA 5CHIA 1IJJA 3M1FA 4XEIA 1Q82O 3AVKA 5H1SQ 4OO1J 1Q81O 4KKOA 4C8MA 4GMJB 5C25A 1C0FA 4FVMA 3DLBA 1M1KO 2I7NA 1X1PA 2QWPA 1NGHA 2ZM6K 1B9DA 5JLHA 1QSSA 4NYFA 3AAPA 3FZMA 1VQPN 4E3SA 3THXB 4MDBA 5AZJB 4MDAA 3T1HK 4ISGA 3HK2A 3NDKA 4DTOA 3VESA 1JLBA 5CZ2A 4JI6K 3SK3A 3PX0A 3H6EA 4M42A 2IVPA 3ZSXA 1DTQA 3VQ6A 5LY3A 2IS3A 3F5TA 4BE0A 2HHSA 1IKXA 3KVGA 2UYTA 2KHOA 3MN9A 3HM8A 3NVKA 1N5YA 4M3XA 4C8KA 1WAFA 2NRHA 4K0KK 1YXQA 3L3VA 1D8YA 4CGDA 4WQ5A 1H1VA 5J2QA 4BRDA 4F9OA 2E6MA 4B1UB 3L4QA 1VQNN 2NRWA 3L2UA 3RR8A 1HPZA 1RT5A 1VSHA 3LP1A 4B1VA 4EHUA 3SQ1A 3AO1A 4CF1A 4LF9K 3TWHA 4E1NA 1TK8A 4W5OA 4JI7K 5KGXA 5KPTA 1HRHA 4H0OA 1VQ7N 3D2EB 3CFOA 3HVTA 4DF4A 2HHXA 4FM1A 4FYDA 2HVIA 2JWKA 4H5NA 4M45A 1QS4A 5F0XA 3U8XA 4ICLA 3T19A 3O6WA 4BC3A 1QZ5A 4FJLA 4KREA 1WUAA 2P9NB 2A40A 4K25A 3H3NO 1X9MA 4CZGA 2DFFA 2ZJQL 5KQDA 1HPMA 1ASUA 1JXBA 3HBTA 1NKEA 3L8BA 4FCYA 1VQKN 3VTIA 3TSUA 4FO0A 3BEXA 3AVCA 3O5BA 5EVZA 3ALYA 1V4SA 1GLLO 4MO4A 3OYDA 3THWB 3EKSA 4CZKA 3THXA 5AZJA 2W42A 4PQUA 1Q8IA 5FLXO 4GVMA 3MMVA 3S3MA 4CGJA 3OW2M 3P4IA 3SUOA 1SKSA 1HKBA 5CYMA 2ZGZA 1BGXT 3FFIA 3SYZA 2A42A 1YITN 1SAZA 3SQ0A 4CHYA 2I7PA 1A5VA 1K8AO 4KTZA 2Q97A 4K8XA 4FSVA 4DV7K 5BPMA 2P51A 3LDQA 4DQIA 4LY7A 5JICA 3AVBA 5M1PA 4FLTA 1OVQA 4E7HA 3HP6A 5LMUK 1IG9A 3J8AA 4K41A 4GV6A 3KWIA 3CJCA 3DWLA 4CFCA 4DV4K 4V19S 2A5XA 3HOTA 4HTUA 1X9JA 3DLRA 2V51B 3CJ1A 3SLCA 4DV0K 1C0MA 3V4IA 2JLEA 2KZZA 3CQ8A 1Q9YA 3D6RA 1WN7A 3VTHA 3D2EA 3QEIA 1CZ9A 5B8HA 4CEEA 1WOQA 2I5JA 2ASPA 4H5VA 2YNIA 3FE1A 3WXLA 3VN5A 4RWTA 2P9NA 3PIOL 1GOCA 4QOZB 4TSXA 1VSIA 3C0BA 1ZBIA 4DU3A 1VK0A 4H0PA 4B08A 3KLIA 1EO1A 1ASWA 5KTQA 3G25A 2J4RA 1FKOA 3CMEN 3R3LA 4N76A 4H4MA 4Q5VA 2AJQA 4LF4K 3P31A 4CJQA 3THWA 4O8KA 1VRTA 4IOCL 3ID6A 1UA1A 1SS6A 2D1KA 3QESA 1S1TA 1NK9A 4GV9A 2Q3SA 5GIPA 4PA1A 3ZT2A 4FJ7A 3ULDA 4DHYA 3O9RA 3S41A 1NGEA 3AVJA 4BE2A 3O4NA 4BC2A 3VOVA 1RT2A 3WXKA 4Q0BA 4DV6K 4PKGA 1NMNA 3VETA 4GKKK 2RN2A 4G1QA 3EE8A 4DQSA 4YOUA 3AO4A 5HROA 3THVA 4JKDA 2XY5A 3QO9A 4NO7A 4DTSA 1EKEA 2IOCA 3HP9A 3NFAA 4FW1A 1OH8A 3CXCM 1RBRA 3U4LA 2KTQA 1SQKA 5AQTA 3ATVA 3HL8A 2P5OA 3K5LA 3HXMA 4M3RA 4GNIA 2HMIA 4JK9A 2JGUA 1D9DA 1ILYA 2UXBK 2KQ2A 3JAMO 1G99A 4UQGA 4W5RA 3S9HA 1VSKA 1NJYA 3QLHA 4LF5K 3NGZA 4DFPA 4ILGB 4DG1A 4LSLA 2F96A 2ITMA 4H5WA 4F3OA 1T6DA 4BDZA 1HLUA 4CW7B 2OCEA 3CIPA 3PUFA 3AVFA 5SWMA 2PAVA 2QXLA 4JI2K 2HNDA 3CM6A 2X78A 5AQUA 5LJWA 4JS5A 3RWUA 3V9UA 2OPQA 2Q2RA 3ZT3A 4YOWA 3QDKA 4BRIA 1LOTB 4KHUA 3M8SA 4WFAL 4BR0A 2KW4A 1TGOA 3CJ9A 4XH1A 4FJGA 1KLMA 3LWMA 3E9PA 2G8KA 3M8QA 3LP2A 3V6DA 3O8MA 1BA1A 1BWFO 1I39A 2B5JA 3CQYA 4BWMA 1WBBA 2P9PB 3EEQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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